Orientadores: Tomomasa Yano, Marlene Braide Serafim / Dissertação (mestrado) Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-24T10:56:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FalconMarquez_Rosabel_M.pdf: 4335530 bytes, checksum: 25ab93b338c1572b6cca199ad30a0b46 (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: Aeromonas hydrophila vem se tornando um dos mais freqüentes agentes de infeções gastrointestinais. A enterotoxina citotóxica por ela sintetizada é considerada como um de seus principais fatores de virulência. No presente estudo, diferentes procedimentos foram empregados visando purificar e caracterizar biologicamente a enterotoxina citotóxica de Aeromonas hydrophila: A toxina protéica foi precipitada com sulfato de amônio e submetida a processos cromatográficos usando colunas de interações hidrofóbicas (Phenyl Sepharose CL-4B), troca iônica (Q Sepharose Fast Flow e Mono Q) e de exclusão molecular (Superdex 200) no sistema HPLC. O teste de alça ligada de intestino de coelho mostrou a enteropatogenicidade da Ent-ctx. Sua análise em PAGE e SDS-PAGE evidenciou uma banda protéica de peso molecular estimado de 68.000 Da. Ensaios biológicos em diferentes linhagens celulares mostraram uma cinética rápida (2 horas) na indução de efeito citopático. A Ent-ctx induziu alterações morfológicas, tais como vacuolização citoplasmática e condensação cromatínica em células Vero. Alguns dos aspectos morfológicos observados sugerem a indução à apoptose / Abstract: Not informed. / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Ciências Biológicas

Na fermentação alcoólica de substratos oriundos da cana-de-açúcar (caldo e/ou melaço), a sacarose é o principal açúcar e sofre inicialmente a ação da invertase da levedura, sendo transformada em glicose e frutose. Ao que parece essa hidrólise é muito mais rápida que a metabolização das hexoses, ocorrendo acúmulo dos monossacarídeos, os quais podem exercer um estresse osmótico à levedura, bem como disponibilizar tais hexoses para o crescimento de lactobacilos contaminantes do processo fermentativo industrial. Neste trabalho foi quantificada a atividade de invertase de 5 linhagens de Saccharomyces cerevisiae (PE-2, BG-1, CAT-1, FLE e IZ-1904) todas pertencentes à coleção de leveduras do Departamento de Ciências Biológicas da ESALQ/USP. A atividade de invertase foi determinada tanto nos meios de crescimento (caldo, mosto misto e melaço) como também nas leveduras após a autólise com bicarbonato de sódio. Ambas as quantificações levaram à conclusão de que, em ordem crescente, a atividade de invertase dessas linhagens foi a seguinte: CAT-1, PE-2, BG-1, IZ-1904 e FLE. A segunda etapa deste trabalho consistiu em estudar a interação levedura-bactéria durante a fermentação alcoólica, buscando correlacionar a atividade de invertase com a contaminação bacteriana. Nesta etapa, foram comparadas as leveduras descritas acima, buscando melhor entender as relações tróficas entre Saccharomyces e Lactobacillus em co-cultura. Os estudos conduzidos consistiram em ensaios de fermentação com reciclos, procurando-se imitar as condições industriais e concluiu-se que, nessas condições, a atividade de invertase não exerceu influência sobre os níveis de contaminação por L. fermentum / not available

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000422149-Texto+Completo-0.pdf: 415747 bytes, checksum: c509f9409deb999a7bde0e7f31c283e9 (MD5) Previous issue date: 2009 / Salmonella Enteritidis is a common foodborne pathogen that causes gastroenteritis and systemic infections in humans. The characterization of this bacterium is essential for epidemiological studies. In this context, two molecular methods, MLST and FAFLP, were tested for characterization of 32 S. Enteritidis isolates obtained from South of Brazil, as well as five isolates obtained from other geographical areas. Four isolates of different serovars of Salmonella (S. Panama, S. Senftenberg, S. Typhimurium and Salmonella [4,5:-:1,2]) were included as outgroup. These two techniques were already used to analyze different Salmonella serovars, but this study is the first to use them to discriminate the same S. Enteritidis isolates. The MLST scheme was performed with two housekeeping genes (hemD and mdh) combined with two virulence genes (ssaQ and slyA) to improve the discriminatory power of method. Both methods presented high discriminatory indexes calculated by Simpson’s index of diversity, 0. 99 and 0. 88 for FAFLP and MLST, respectively. These methods were efficient to differentiate isolates of distinct Salmonella serovars, but did not distinguish isolates probable epidemiologically non-related, and also did not group isolates of same phage type. These results suggested that these two techniques can be used as a tool for the epidemiological molecular characterization of S. Enteritidis isolates. / A Salmonella Enteritidis é uma das principais bactérias causadoras de gastrenterite, também podendo ser responsável por doenças sistêmicas. A adequada caracterização deste microrganismo é essencial nos estudos epidemiológicos. Neste contexto, este estudo avaliou a utilização de dois métodos moleculares, Tipificação por Sequenciamento de Múltiplos loci (MLST) e Análise de Fragmentos Polimórficos Amplificados e Fluorescentes (FAFLP), para a diferenciação de 32 isolados de S. Enteritidis oriundos de diferentes fontes do sul do Brasil, bem como de cinco isolados de S. Enteritidis provenientes de outras áreas geográficas. Também foram incluídos neste estudo quatro isolados pertencentes a outros sorovares (S. Panama, S. Senftenberg, S. Typhimurium e Salmonella [4,5:-:1,2]. As duas técnicas escolhidas para este trabalho já foram empregadas concomitantemente para analisar diferentes sorotipos de Salmonella, mas este estudo é o primeiro a utilizá-las para a diferenciação de um mesmo grupo de isolados de S. Enteritidis. O esquema desenvolvido para o MLST incluiu a amplificação de fragmentos de dois genes constitutivos (hemD e mdh) combinado com dois genes de virulência (ssaQ e slyA), aumentando, assim, a capacidade discriminatória do método. Ambas as técnicas apresentaram altos índices de poder discriminatório, calculados pelo índice de diversidade de Simpson, 0,99 e 0,88 para FAFLP e MLST, respectivamente. Além disso, os métodos avaliados também mostraram-se eficientes na discriminação de isolados de diferentes sorovares de Salmonella. Entretanto, a FAFLP e a MLST não foram capazes de diferenciar isolados provavelmente não relacionados epidemiologicamente, bem como não agruparam isolados pertencentes a um mesmo fagotipo. Desta forma, os resultados obtidos sugerem que ambas as técnicas podem ser ferramentas úteis para a análise epidemiológica molecular de isolados de Salmonella, inclusive para um sorovar com grande homogeneidade genética como a S. Enteritidis.

Título original: Comunidades de bactérias de dois gêneros de formigas Polyrhachis (Spiny ants) e camponotus (Carpenter ants) / Orientador: Odair Correa Bueno / Coorientadora: Corrie Saux Moreau / Banca: Fernando Carlos Pagnocca / Banca: Cíntia Martins Perinotto / Banca: James Montoya Lerme / Banca: Priscila Cintra Socolowski / Resumo: A interação simbiótica tem sido uma das responsáveis pela evolução e a biodiversidade de espécies existentes no planeta. Mais estudos abordando diferentes hospedeiros mostram-se necessários para aumentar o conhecimento do significado evolutivo desta associação na natureza. As formigas pertencentes aos gêneros Polyrhachis e Camponotus estão contidas na tribo Camponotini e são estreitamente relacionadas além de possuírem ampla distribuição, hábitos diversificados, e estão frequentemente associadas à endossimbiontes. Entretanto existem poucos estudos nesta área, permanecendo então muitas questões a respeito destas associações. Desta maneira, por meio da técnica de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) Illumina MiSeq2000, o presente estudo teve como objetivo: I. explorar a comunidade microbiana de diversas espécies de Polyrhachis distribuídas em toda sua extensão e verificar os fatores que a influenciam. II. caracterizar a comunidade bacteriana associada aos gêneros Colobopsis e Camponotus, e analisar se há diferenças na composição da comunidade bacteriana quando comparada entre os diferentes gêneros, colônias e em todos os estágios de desenvolvimento; III. averiguar como se dá a distribuição da comunidade bacteriana nas diferentes partes do corpo (cabeça, mesossoma e gáster) de Camponotus, e se esta diversidade está associada ao ambiente onde estas Camponotus foram coletadas; IV. caracterizar o ovário de Camponotus textor, utilizando técnicas de histologia (HE), documentar a ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Symbiotic interaction has been one of the factors responsible for the evolution and biodiversity of species on the planet. More studies addressing different hosts are necessary to increase the knowledge of the evolutionary meaning of this association in nature. The ants belonging to the genera Polyrhachis and Camponotus are contained in the Camponotini tribe and they are closely related in addition to having wide distribution, diversified habits, and are often associated with endosymbionts. However, there are few studies in this area, and many questions remain about these associations. In this way, through the New Generation Sequencing technique (NGS) Illumina MiSeq2000, the present study aimed: I. To explore the microbial community of several species of Polyrhachis distributed throughout its range and to verify the factors that influence it. II. Characterize the bacterial community associated with the genus Colobopsis and Camponotus, and analyze if there are differences in the composition of the bacterial community when compared between different genera, colonies and at all stages of development; III. To determine how the distribution of the bacterial community occurs in the different parts of the body (head, mesosome and gaster) of Camponotus, and if this diversity is associated with the environment where these Camponotus were collected; IV. To characterize the ovary of Camponotus textor using histology techniques (HE), to document the location of Blochmannia and Wolbachia in oogenesis by fluorescence in situ hybridization (FISH), and to suggest the mechanism of development that these bacteria use to reach the egg . These studies have demonstrated that there are several factors that can influence the ant-associated bacterial community, such as host phylogeny, genera, colony, ontogeny, different body parts, and the environment the ant was ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2008. / Submitted by wesley oliveira leite (leite.wesley@yahoo.com.br) on 2009-09-08T20:28:44Z No. of bitstreams: 1 Tese_Ieda Maria S Torres.pdf: 1184324 bytes, checksum: 1a8f013e18ff6a2485e7ff6182415423 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2009-09-09T15:08:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Ieda Maria S Torres.pdf: 1184324 bytes, checksum: 1a8f013e18ff6a2485e7ff6182415423 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-09-09T15:08:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Ieda Maria S Torres.pdf: 1184324 bytes, checksum: 1a8f013e18ff6a2485e7ff6182415423 (MD5) Previous issue date: 2008 / Pseudomonas aeruginosa é um microrganismo oportunista e tem a capacidade de responder a uma variedade de mudanças ambientais, apresentando alta resistência intrínseca a numerosos agentes antimicrobianos. Cefalosporinas, especialmente ceftazidima e cefepima são efetivas contra Pseudomonas aeruginosa, contudo sua intensa resistência tem limitado o uso desses antimicrobianos. Uma estratégia utilizada para evitar este problema é encapsular esses antimicrobianos em lipossomas unilamelares. Neste estudo, foi comparada a capacidade inibitória de ceftazidima e cefepima encapsuladas em lipossomas com a dos antibióticos na forma livre, contra a cepa de Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853. Foram determinados diâmetro, eficiência de encapsulação, estabilidade dos lipossomas e concentração inibitória mínima (CIM) dos antimicrobianos na forma livre e encapsulada. A concentração bactericida mínima (CBM) da ceftazidima e cefepima livre e encapsuladas em lipossomas unilamelares foram determinadas a 1, 2 ou 4 vezes o CIM. O diâmetro médio dos lipossomas foi de 131,88 nm, com eficiência de encapsulação da cefepima e ceftazidima de 2,29 % e 5,77 %, respectivamente. A CIM da ceftazidima e da cefepima encapsuladas em lipossomas foi 50% inferior àquela do fármaco livre. Ceftazidima e cefepima encapsuladas em lipossomas foram mais eficientes quanto ao efeito bactericida sobre a Pseudomonas aeruginosa, não havendo recuperação microbiana após 24 horas de incubação. Isto demonstra o potencial destes sistemas transportadores de fármacos para contribuir na redução do aparecimento de resistência bacteriana a estes antibióticos. ______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Pseudomonas aeruginosa is an opportunistc microorganismi which is able to respond to a large variety of environmental changes exhibits intrinsic resistance to several aintimocrobial agents. Cephalosporins, particularly ceftazidime and cefepime are effective against Pseudomonas aeruginosa, however, its increasing resistance has limites the usage of these antibiotics. Encapsulating antimicrobial drugs into unilamellar liposomes is an approach that has been investigated in order to overcome microorganism resistance. In this study, antimicrobial activity of liposomal ceftazidime and cefepime against Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 was investigated and compared to that of the free drugs. Liposomal characterization included diameter, encapsulations efficiency and stability. Minimal inhibitory concentration (MIC) was determined for free and liposomal forms of both drugs. Minimal bactericidal concentration (MBC) was determined at concentrations 1,2 and 4 times the MIC. Liposome average diameter was 131.88 nm and encapsulation efficiency for cefepime and ceftazidime were 2,29% and 5,77%, respectively. Mic for liposomal antibiotics was 50% lower than that for the free drugs. Liposomal Ceftazidime and cefepime exhibited a more efficient bactericidal effect over Pseudominas aeruginosa, with no microbial regrowth whithin 24 hours of incubation. This demonstrates the ability of these drug delivery sistems in contributing for the reduction of the development of bacterial resistance.

A fertilização química é amplamente utilizada para aumento da produtividade de plantações, mas sua produção e uso levaram a severos danos ambientais. Para reduzir o uso de fertilizantes, pode-se fazer uso de bactérias promotoras de crescimento vegetal (Plant Growth Promoting Rhizobacteria, PGPR), que são bactérias associadas a plantas e que melhoram a sua saúde, tamanho e produtividade através de vários mecanismos. A eficiência das PGPR sabidamente flutua com as condições ambientais; porém, há poucos estudos abordando os efeitos da fertilização química nas características de promoção de crescimento dessas bactérias. Neste trabalho foram analisados os efeitos da fertilização a longo prazo na diversidade de 190 linhagens bacterianas isoladas do solo rizosférico e de raízes de arroz, além da ocorrência e níveis de expressão de algumas características de promoção de crescimento vegetal. Os resultados obtidos demonstraram que a fertilização tem pequeno efeito na diversidade bacteriana, mas um grande efeito nas habilidades de solubilização de fosfato e produção de compostos indólicos. Propõe-se que, em condições de ausência de nutrientes, as plantas selecionam bactérias que apresentem boa capacidade de solubilização de fosfato para uma íntima associação com suas raízes, ao invés de bactérias que sejam boas produtoras de compostos indólicos. Quando em condições de disponibilidade moderada de nutrientes as plantas selecionam bactérias que sejam boas produtoras de compostos indólicos, ao invés de boas solubilizadoras de fosfato. Em condições de abundância de nutrientes essa preferência seletiva parece estar desativada. Após sete linhagens bacterianas terem sido testadas para promoção de crescimento vegetal in vivo de arroz em casa de vegetação, as previsões descritas acima foram avaliadas em um experimento a campo. De fato observou-se que bactérias eficientes em solubilizar fosfato promoveram o crescimento das plantas apenas em condições limitadas de nutrientes e que bactérias produtoras de compostos indólicos promoveram o crescimento vegetal apenas em condições de disponibilidade moderada de nutrientes. Quando a disponibilidade de nutrientes foi abundante, a solubilização de fosfato e a produção de compostos indólicos não foram fatores chave para promover o crescimento vegetal. Essas observações podem ser utilizadas para uma prospecção direcionada de PGPRs e seleção antecipada de candidatas à promoção de crescimento vegetal, de acordo com as necessidades da planta e os interesses dos agricultores. / Chemical fertilization is widely used for increased crop productivity, but its production and use lead to serious environmental damage. To reduce the use of fertilizers, one can make use of plant growth promoting rhizobacteria (PGPR), which are plant-associated bacteria that increase plant health, size and yield through various mechanisms. PGPR effectiveness is known to fluctuate with environmental conditions; however, studies regarding the effect of chemical fertilization on plant growth promoting (PGP) traits of PGPR are scarce. In this work, the effects of long-term fertilization on the diazotrophic diversity, occurrence and expression levels of PGP traits from 190 bacterial strains isolated from rhizospheric soil and roots of rice were analyzed. We found that fertilization had a limited effect on diversity but had a major effect on phosphate solubilization and indolic compounds (IC) production abilities. We propose that plants select bacteria that present good phosphate solubilization ability for intimate root association in lieu of good IC production under nutrient-poor conditions and select good IC producers in lieu of good phosphate solubilizers under nutrient-moderate conditions. In nutrient-rich conditions, this selection preference seems to be deactivated. After testing seven selected isolates for effective in vivo plant growth promotion in greenhouse conditions, our predictions were tested in the field. We found that good phosphate solubilizers only promoted growth at nutrient-poor conditions and that good IC producers only promoted growth at nutrient-moderate conditions. In nutrient-rich conditions, phosphate solubilization and IC production were not key factors to promote plant growth. These findings may be used for directed PGPR prospection and anticipated PGPR candidate selection, according to plant needs and farmer interests.

ROCHA, L. L. Estudo de comunidades bacterianas de solos de manguezal da Barra Grande, Icapui - Ce e seleção de cepas com potencial para degradar hidrocarbonetos. 2008. 87 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by Solange Gomes (solagom@yahoo.com.br) on 2013-02-05T19:07:57Z No. of bitstreams: 1 Lidianne Leal Rocha.pdf: 4237870 bytes, checksum: a422868f7ed7096d63d141961e2729c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2013-06-04T15:21:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Lidianne Leal Rocha.pdf: 4237870 bytes, checksum: a422868f7ed7096d63d141961e2729c2 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-04T15:21:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lidianne Leal Rocha.pdf: 4237870 bytes, checksum: a422868f7ed7096d63d141961e2729c2 (MD5) Previous issue date: 2008 / Os manguezais são ecossistemas entremarés produtivos e biologicamente importantes que ocorrem em regiões tropicais e subtropicais do mundo. Áreas de manguezais não perturbados fornecem habitats para uma variedade de plantas, animais e microrganismos. Estes ecossistemas recebem materiais sedimentares do mar e continente, tornando-se uma área de transição com elevada produtividade. Importantes processos, tais como ciclagem de nutrientes, estão diretamente conectados à atividade e diversidade das comunidades microbianas dos solos do manguezal. No entanto, devido a sua localização estratégica, manguezais têm sido amplamente impactados por todo o mundo. A compreensão da estrutura e das funções das comunidades microbianas e suas adaptações às alterações ambientais resultantes de xenobióticos, alterações climáticas e a prática industrial, tais como a exploração petrolífera, é essencial para manter ou restabelecer funções desejáveis do ecossistema. Dessa forma, o presente estudo investigou a estrutura de comunidades bacterianas de amostras de solos do manguezal da Barra Grande, Icapuí (37° 20’W, 4° 40’S), por método independente de cultivo usando Polimorfismo do Tamanho de Fragmentos de Restrição Terminal (T-RFLP) e também avaliou o método dependente de cultivo (enriquecimento) para isolar cepas de bactérias com potencial para degradar petróleo e n-Hexadecano. Um total de três pontos foi amostrado ao longo do manguezal, com 150 metros de distância entre cada um deles. Temperatura, pH, salinidade, matéria orgânica e granulometria dos solos foram medidas. Análises de T-RFLP foram feitas após a digestão de DNA genômico com as enzimas Hha I e Msp I e o número e diversidade de Unidades Taxonômicas operacionais (OTU) de cada amostra foi analisado pelo programa T-Align (Applied Biosystems). A cepa selecionada para testes de diferentes concentrações de n-Hexadecano foi identificada pelo seqüenciamento do gene do rRNA 16S. Esta cepa foi também avaliada em relação à susceptibilidade a radiação UV e antibióticos. Os resultados mostraram que as comunidades bacterianas de solos do manguezal são semelhantes em número de OTUs, mas diferem em composição. Provavelmente a peculiaridade das variáveis físico-químicas e granulometria do solo são responsáveis pelas diferenças na composição e estrutura das comunidade s bacterianas. Dezoito cepas de bactérias foram isoladas de culturas de enriquecimento com petróleo e quatro cepas mostraram potencial particular para degradar n-Hexade cano. Uma cepa identificada como Acinetobacter sp. IC18 foi caracterizada como uma boa degradadora de hidrocarboneto, pois foi capaz de degradar 1% do -Hexadecano em 48 horas. Esta cepa também utilizou cerca de 30% de uma concentração total de 20% (v/v) de n-Hexadecano durante o mesmo período de incubação. Além disso, IC18 foi susceptível a vários antibióticos e resistente à radiação UV. Em conclusão, a estrutura da comunidade bacteriana de solos do manguezal da Barra Grande parece não ser afetada pela presença da exploração petrolífera em Icapuí. Além disso, os solos deste manguezal são colonizados por várias cepas com potencial para degradar hidrocarbonetos, que é particularmente interessante em virtude do risco de derramamentos de petróleo.

COLARES, Geórgia Barguil. Ecologia microbiana de sedimentos de manguezal do Estado do Ceará. Fortaleza (CE), 2014. 162 f. Tese (Doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) – Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-06-15T14:39:34Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_gbcolares.pdf: 3566267 bytes, checksum: 7ab08cff14d0d5aa13cbdd42f4df3baf (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-06-15T14:40:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_gbcolares.pdf: 3566267 bytes, checksum: 7ab08cff14d0d5aa13cbdd42f4df3baf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-15T14:40:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_gbcolares.pdf: 3566267 bytes, checksum: 7ab08cff14d0d5aa13cbdd42f4df3baf (MD5) Previous issue date: 2014 / Mangroves are highly productive coastal ecosystems found in tropical and subtropical climates, with Brazil having the second largest mangrove area in the world and the largest in the Americas. Although the macro ecology of these environments is well known, little is known about the microbial community. The objective of this study was to contribute to the knowledge of the microbial ecology of mangrove sediments investigating mangroves of the state of Ceará (Pacoti, Ceará, Coreaú and Acaraú) subjected to different types of impacts, having a pristine mangrove (Timonha) as a reference. One of the studies involved a five-year monitoring of the microbial community structure in the sediment in the root zones of Rhizophora mangle in Pacoti mangrove. A second approach comprised a biogeographic study of microbial communities in sediments without vegetation and in the root zones of R. mangle and Avicennia shaueriana in five mangroves. These two studies were performed using PCR- DGGE and analyses of environmental variables and their correlations. The last approach sought to characterize the taxonomic diversity of the five mangroves using high-throughput sequencing. The results of the five-year monitoring of bacteria and archaea showed variation in the structure of these communities, and this variation was mostly explained by the silt-clay contents. The ribotype richness for Bacteria and Archaea ranged from 10-29 and 14-38, respectively, and the site most distant to the sea presented the lowest average richness for both domains. In the biogeographic study the structure of bacterial and archaeal communities was largely explained by the silt-clay contents, but also by the mangrove species, since the sediments of vegetated areas were more similar to each other than with the unvegetated sediments. The five mangroves differed regarding to the microorganism richness, with Pacoti having the second highest richness of bacteria and the lowest of archaea. By analyzing the richness in the habitats, the unvegetated area showed lower bacterial richness, especially in the mangroves impacted by shrimp farming. Regarding the taxonomic diversity the predominance of the phylum Proteobacteria in the mangroves was detected, with the exception of Pacoti, which showed higher abundance of Firmicutes. Among the most abundant phyla Bacteroidetes, Actinobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi and Planctomycetes were also detected. The most abundant classes of Proteobacteria in the five mangroves were Gamma, Delta, Alpha and Epsilonproteobacteria. Only two phyla of Archaea were detected in the five mangroves, Crenarchaeota and Euryarchaeota. Interestingly, Ceará mangrove exhibited some unique genera of archaea, including Halobacterium, Natrococcus and Thermogymnomonas. This first dataset for northeast Brazil mangroves clearly demonstrates the existence of structural patterns of the communities of Bacteria and Archaea and these patterns were molded primarily by the silt-clay contents and habitat type. Seven phyla of Bacteria and two of Archaea dominate these mangroves. This basal phyla composition comprises a wide range of genera that distinguishes each mangrove and signals for a high functional redundancy. This complex microbial diversity is responsible for the mangrove functioning and contributes to the resilience of these ecosystems, emphasizing the importance of their conservation. / Os manguezais são ecossistemas costeiros produtivos encontrados em regiões de clima tropical e subtropical, tendo o Brasil a segunda maior área de manguezal do mundo e a maior do continente americano. Embora a macro ecologia desses ambientes seja bastante conhecida, pouco se sabe sobre a comunidade microbiana. O objetivo deste trabalho foi contribuir para o avanço do conhecimento da ecologia microbiana de sedimentos de manguezais, através de uma varredura em manguezais do estado do Ceará (Pacoti, Ceará, Coreaú e Acaraú) submetidos a diferentes tipos de impactos, tendo um manguezal pristino (Timonha) como referência. Um dos estudos envolveu o monitoramento durante 5 anos da estrutura da comunidade microbiana de sedimentos em zonas de raízes de Rhizophora mangle no manguezal do Pacoti. Uma segunda abordagem abrangeu um estudo biogeográfico das comunidades microbianas em sedimentos sem vegetação e em zonas de raízes de R. mangle e Avicennia shaueriana nos cinco manguezais. Esses dois estudos foram feitos usando a técnica de PCR-DGGE e análises de variáveis ambientais e suas correlações. A última abordagem buscou caracterizar a diversidade taxonômica dos cinco manguezais através do sequenciamento em larga escala. O resultado de cinco anos de monitoramento das comunidades de bactérias e arqueias mostrou variação na estrutura dessas comunidades e que esta foi em maior parte explicada pelo conteúdo de silte-argila. A riqueza de ribotipos para Bacteria e Archaea variou de 10 a 29 e de 14 a 38, respectivamente, sendo a região mais distante do mar a que apresentou menor média de riqueza para ambos os domínios. No estudo biogeográfico, a estrutura das comunidades de Bacteria e Archaea foi, em grande parte, explicada pelo conteúdo de silte-argila, mas também pela espécie de mangue, já que os sedimentos das áreas vegetadas foram mais similares entre si do que com os sedimentos de áreas sem vegetação. Os cinco manguezais diferiram com relação à riqueza de micro-organismos, sendo o manguezal do Pacoti o que apresentou a segunda maior riqueza de bactérias e a menor de arqueias. Ao analisar a riqueza por habitat, a área sem vegetação apresentou menor riqueza de bactérias, principalmente nos manguezais impactados pela carcinicultura. Quanto à diversidade taxonômica, foi detectada a predominância do filo Proteobacteria nos manguezais, com exceção do Pacoti, que apresentou maior abundância de Firmicutes. Entre os filos mais abundantes também se encontram Bacteroidetes, Actinobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi e Planctomycetes. As classes de Proteobacteria mais abundantes nos cinco manguezais foram Gamma, Delta, Alpha e Epsilonproteobacteria. Foram detectados apenas dois filos de Archaea nos cinco manguezais, Crenarchaeota e Euryarchaeota. O manguezal do rio Ceará se destacou por apresentar alguns gêneros exclusivos de Archaea, incluindo Halobacterium, Natrococcus e Thermogymnomonas. Esse primeiro conjunto de dados para manguezais do Nordeste do Brasil demonstra claramente a existência de padrões de estruturas de comunidades de Bacteria e Archaea, padrões esses moldados principalmente pelo conteúdo de silte-argila e tipo de habitat. Sete filos de Bacteria e dois de Archaea dominam esses manguezais. Essa composição basal de filos por sua vez, compreende uma extensa diversidade de gêneros que distingue cada manguezal e sinaliza para uma alta redundância funcional. Essa complexa diversidade microbiana responde pelo funcionamento e contribui para a reconhecida resiliência desses ecossistemas, ressaltando a importância de sua conservação.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-27T14:31:34Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 178752 bytes, checksum: a3cf4a241824c5fd7f8d40c532deca3a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-27T14:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 178752 bytes, checksum: a3cf4a241824c5fd7f8d40c532deca3a (MD5) Previous issue date: 2003-08-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bactérias Gram positivas e Gram negativas foram isoladas de pele de pacientes, de espécimes clínicos e do ambiente de um Centro de Terapia Intensiva hospitalar com o objetivo de estudar sua resistência a agentes biocidas e outros antimicrobianos. Dos trinta e oito isolados do ambiente, treze foram identificados como Staphylococcus sp.; sete como S. aureus; dez como Acinetobacter sp.; um como Acinetobacter baumannii; e sete como Pseudomonas aeruginosa. Na pele de pacientes, dos dezessete isolados, encontraram-se sete de P. aeruginosa; cinco de Staphylococcus sp.; quatro de Escherichia coli; e um de S. aureus. Entre os dez isolados dos espécimes clínicos, três foram identificados como P. aeruginosa; três como Staphylococcus sp.; dois como A. baumannii; um como Acinetobacter sp.; e um como Stenotrophomonas altophila. A resistência a cinco ou a mais antimicrobianos foi freqüente na maioria dos isolados de P. aeruginosa e S. aureus. Os isolados de P. aeruginosa, provenientes da pele de pacientes, apresentaram-se mais multirresistentes quando comparados à linhagem-tipo, e houve prevalência de sulfametoxazol/trimetoprim resistência e a à tetraciclina, perfloxacina. Houve cloranfenicol, prevalência de sensibilidade a imipenem, ciprofloxacina, norfloxacina, ceftazidima e a amicacina. Os três isolados de A. baumannii apresentaram sensibilidade a imipenem e resistência a norfloxacina, cloranfenicol, sulfametoxazol/trimetoprim, amicacina, gentamicina, perfloxacina, tetraciclina, cefotaxima, ceftazidima, ceftriaxona e ciprofloxacina. Destes, dois isolados foram sensíveis à fosfomicina. Todos os oito isolados identificados como S. aureus apresentaram sensibilidade a fosfomicina; seis a amicacina; e cinco a tetraciclina, ciprofloxacina e vancomicina. Todos foram resistentes à penicilina; sete a norfloxacina, eritromicina, gentamicina, oxacilina e cefoxitina; seis a clindamicina e ticarcilina/ácido clavulânico; e cinco, a cefalotina. As concentrações inibitórias mínimas (MIC) do digluconato de clorhexidina indicam maior suscetibilidade da espécie S. aureus, quando comparada com P. aeruginosa e A. baumannii. Houve diferença de resistência entre os isolados de diferentes origens, principalmente entre os identificados como P. aeruginosa. Isolados de A. baumannii apresentaram MICs, para polivinilpirrolidona-iodo (PVP-I), pelo menos duas vezes maiores que a linhagem de referência. MICs de PVP-I em P. aeruginosa e S. aureus não foram muito superiores aos encontrados nas respectivas linhagens-tipo. Não houve correlação entre a resistência aos antimicrobianos e aos biocidas. / Gram-positive and Gram-negative bacteria were isolated from patients skin surfaces, clinical samples, and the environment in an intensive care unit at a hospital in order to determine their resistance to and other biocides antimicrobial agents. Among the thirty eight environmental isolates, thirteen were identified as Staphylococcus sp; seven were S. aureus; ten were Acinetobacter sp.; one Acinetobacter baumannii, and seven Pseudomonas aeruginosa. From patients skin surfaces were isolated seven strains of P. aeruginosa, five Staphylococcus sp, two A. baumannii, one Acinetobacter sp and one Stenotrophomonas altophila. Resistance to five or more antibiotics was found in most isolates identified as P. aeruginosa and S. aureus. When compared to the type-strain, isolates of P. aeruginosa were more multiresistant, prevailing resistance sulfametoxazol/trimetropin, to and tetracycline, perfloxacin. Sensitivity chloranphenicol, to imipenem, ciprofloxacin, norfloxacin, and ceftazidime prevailed in most isolates of this species. All A. baumannii isolates were sensitive to imipenem and resistant to the other antibiotics tested. All the S. aureus isolates were resistant to penicillin, seven were resistant to norfloxacin, erythromycin, gentamycin, oxacillin, cefoxitin; six were resistant to clindamycin, ticarcillin/clavulanic acid, and five to cefalotin. Minimal Inhibitory Concentrations (MIC) for chlorhexidine digluconate showed that S.aureus is more sensitive to this biocide as compared to P. aeruginosa and A. baumannii. Differences in resistance could be noticed among isolates of distinct origins, mainly among P. aeruginosa isolates. MICs for PVP-I for A. baumannii were at least twice as large as that for the type-strain. MICs for PVP-I for P. aeruginosa and S. aureus were not very different from those for the respective type-strains. There was no correlation between resistance to biocides and resistance to antibiotics. / Dissertação antiga

Made available in DSpace on 2014-12-05T18:34:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 126.pdf: 4674442 bytes, checksum: cc5837dc7103e17302c1970357051e19 (MD5) Previous issue date: 2007 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Os produtos que requerem a característica de esterilidade tais como medicamentos injetáveis, soros, vacinas entre outros, devem ser submetidos ao ensaio de esterilidade bacteriana e fungica. Nesse estudo avaliamos metodologias de identificação fenotípica e molecular para identificação de bastonetes Gran positivos irregulares - bactérias corineformes e nocardioformes