Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-14T14:37:43Z No. of bitstreams: 1 Publico-39222.pdf: 1977138 bytes, checksum: fc8aa8b1fdd51076eef8be3cb204c292 (MD5) / Approved for entry into archive by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-14T14:39:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-39222.pdf: 1977138 bytes, checksum: fc8aa8b1fdd51076eef8be3cb204c292 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T14:39:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-39222.pdf: 1977138 bytes, checksum: fc8aa8b1fdd51076eef8be3cb204c292 (MD5) Previous issue date: 2007 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Muitos pacientes ainda morrem devido a infecções. Crescentes relatos da literatura atual têm atribuído ao intestino o papel de agravamento de doenças graves, e/ou a sua participação na gênese da sepse por mecanismo de translocação bacteriana (TB). Objetivo: Avaliar de forma cinética a TB e suas repercussões microcirculatórias e imunológicas. Método: Ratos Wistar-EPM (n=162) foram aleatoriamente distribuídos em grupo Sham (n=72) e grupo TB (n=90), e avaliados nos períodos de 2h, 6h, 24h, 72h, 7 e 14 dias, em relação a índice de translocação bacteriana; microscopia intravital; perfusão tecidual; e componentes celulares e humorais da linfa mesentérica por linfograma, citometria de fluxo e CBA-Flex. Resultado: A TB ocorreu somente no grupo TB e foi expressiva nas primeiras 24 horas tornando-se negativa somente com 7 dias. A conseqüência de um episódio de TB repercutiu na celularidade e citocinas pró e antiinflamatórias da linfa mesentérica associado a lesões da microcirculação e hipoperfusão tecidual de forma local e sistêmica. A citometria de fluxo mostrou que a linfa mesentérica eferente pós TB difere significativamente do grupo Sham quanto a número e subpopulação de linfócitos. Conclusão: Um episódio agudo de TB determinou uma recuperação máxima bacteriana com 6 horas e sua completa depuração entre 3 e 7 dias, além de provocar alterações da microcirculação intestinal e sistêmica associadas à ativação do GALT, principalmente no período de permanência das bactérias translocadas no hospedeiro, sendo a via linfática mesenterial uma importante rota na intercomunicação imunológica entre o ambiente intestinal e sistêmico. / Introduction: Many patients still die from infection. Currently, growing evidences have pointed out the role of the gut in the worsening of the critical illness, and/or its participation in the genesis of the bacterial translocation. Objective: Evaluate the bacterial translocation (BT) kinetics and its repercussion on microcirculation and immune response. Method: Wistar-EPM rats (n=162) were randomly distributed in Sham group (n=72) and BT group (n=90), and were monitored at 2h, 6h, 24h, 72h, 7 and 14 days periods in relation to bacterial translocation index, intravital microscopy, tissue perfusion index, and cellular and humoral components of the mesenteric lymph by lymphogram, flow cytometry and CBA-Flex. Results: Bacterial recovery was positive only in BT-group and it was expressive in the first 24 hours, becoming negative only after seven days. The consequences of one episode of BT could be seen in the cellularity and proinflammatory and antiinflammatory citokines of the efferent mesenteric lymph associated to local and systemic microcirculation and tissue hypoperfusion. The flow cytometry showed that efferent mesenteric lymph after BT was significantly different as compared to Sham group in relation to lymphocites number and their subtype. Conclusion: An acute episode of BT determined maximal bacterial recovery at 6h and its complete clearance occurred between 3 and 7 days, in addition to the gut and systemic microcirculation injuries due to the GALT activation, specially at the presence of translocated bacteria in the host, demonstrating the importance of the lymphatic route in the immune crosstalk between the gut and systemic enviroment. / FAPESP: 05/53826-7

Submitted by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-26T19:10:00Z No. of bitstreams: 1 Publico-06.pdf: 1095297 bytes, checksum: 4b8b87835ffd2946238eecd1b33b8462 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-26T19:11:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-06.pdf: 1095297 bytes, checksum: 4b8b87835ffd2946238eecd1b33b8462 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T19:11:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-06.pdf: 1095297 bytes, checksum: 4b8b87835ffd2946238eecd1b33b8462 (MD5) Previous issue date: 2009 / INTRODUÇÃO: O câncer pediátrico representa entre 0,5 - 3% dos tumores. As infecções por VRE, nesta população, representam um risco potencial, relacionado a altas taxas de morbi-mortalidade especialmente na aquisição de VRE-EFM, devido ao seu maior poder de virulência e resistência. Embora a relação colonização versus infecção seja relativamente baixa, a probabilidade do paciente oncológico desenvolver infecção pela cepa colonizante é considerável. OBJETIVOS: Devido à alta incidência de VRE isolados em pacientes do IOP, entre Janeiro a Agosto/08, foram adotadas ações emergenciais, com a finalidade de rastrear os isolados de VRE e conter a sua disseminação na instituição. O presente estudo teve como objetivo analisar epidemiologicamente os isolados de VRE no IOP no período de Janeiro/08 a Março/09. MATERIAL E MÉTODOS: No estudo retrospectivo foi realizado levantamento de dados, seguidos de análises fenotípicas e genotípicas de amostras de enterococos durante os oito primeiros meses de 2008, com a finalidade de verificar a incidência de pacientes colonizados e/ou infectados por VRE. Os dados do estudo prospectivo foram avaliados de acordo com quatro sucessivas etapas de culturas de vigilância de swab anal realizadas em todos os pacientes internados no IOP em um determinado dia, entre Outubro/08 a Março/09. Foram utilizados meios de cultura de triagem e realizada caracterização fenotípica e molecular dos VRE, assim como PFGE dos VRE-EFM. RESULTADOS: Verificou-se grande incidência de VRE (colonizados e infectados) no IOP (70,8%). Todos os casos foram de E. faecium, sendo 23,5% provenientes de ICS relacionada a CVC. O maior índice de isolados de VRE-EFM foi verificado em julho (n=8), sendo três casos de infecção. No estudo prospectivo, as sucessivas coletas de culturas de vigilância somadas às medidas de controle adotadas no IOP mostraram uma redução significativa no índice de VRE-EFM, caindo de 36% (Outubro/08) para 0% (Março/09). De acordo com o PFGE, houve a prevalência de dois clones A e B, totalizando 27 dos 35 isolados de VRE-EFM analisados, localizados, principalmente, no sétimo andar (12 casos). Acredita-se que este andar foi o principal responsável pela disseminação deste patógeno no IOP. CONCLUSÃO: O modelo prospectivo utilizado neste estudo, somado as estratégias de controle coordenadas pela CCIH do IOP, apresentou impacto positivo no controle da disseminação de VRE, uma vez que verificou-se uma drástica redução no número de casos. Sendo assim, o presente estudo pode servir como modelo epidemiológico para as CCIH de outras instituições no controle da disseminação de VRE no ambiente hospitalar. / BACKGROUND: The pediatric cancer represent between 0.5 - 3% of the tumors. VRE infections in this population, is a potential risk related to high rates of morbidity and mortality especially in the acquisition of VRE-EFM, due to their greater virulence and resistance. Although the relationship between colonization versus infection is relatively low, the likelihood of oncology patients develop infection with the colonizing strain is considerable. OBJECTIVES: Due to high incidence of VRE isolated from patients in IOP between January and August/08 were adopted emergency measures, in order to trace the VRE isolates and contain its spread in the institution. The objective of the present work was to study epidemiologically isolates of VRE in IOP during the January/08 to March/09. MATERIAL AND METHODS: A retrospective study was conducted on the data, followed by phenotypic and genotypic analysis of enterococcal samples during the first eight months of 2008, in order to determine the incidence of colonized patients and/or infected with VRE. Data from the prospective study were evaluated according to four successive surveillance cultures of anal swabs taken from all units of the IOP between Octuber/08 and March/09. We used screening media and performed phenotypic and molecular characterization of VRE, and PFGE of VRE-EFM. RESULTS: A high incidence of VRE (colonized and infected) in IOP (70.8%) was observed. All cases were related to the species E. faecium, with 23.5% from BSI associated to the CVC. The highest rate of isolates of VRE-EFM was observed in July (n=8), and three cases related to infection. In the prospective study, successive samples of surveillance cultures added to the new control measures adopted in IOP showed a significant reduction in the rate of VRE-EFM, decreasing from 36% (Octuber/08) to 0% (March/09). According to PFGE results, there was the prevalence of two clones A and B, totalling 27 of 35 isolates of VRE-EFM analysed, mainly located on the seventh floor (12 cases). We believed that this floor was the main responsible for the dissemination of this pathogen in IOP. CONCLUSION: The prospectively study used in this study, associated with control strategies coordinated by the HICC of IOP showed a positive impact on controlling the spread of VRE, since there was observed a significant reduction in the number of cases. Therefore, this study can serve as an epidemiological model for HICC of other institutions in controlling the spread of VRE in the hospital.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T20:52:35Z No. of bitstreams: 1 Joilton. Distribuição clonal de cepas de Escherichia coli isoladas em infecções do trato urinário adquiridas na comunidade.pdf: 892150 bytes, checksum: f9c041684e517924fdabc9c5c88c11ad (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T20:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joilton. Distribuição clonal de cepas de Escherichia coli isoladas em infecções do trato urinário adquiridas na comunidade.pdf: 892150 bytes, checksum: f9c041684e517924fdabc9c5c88c11ad (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A infecção do trato urinário adquirida na comunidade (ITU-AC) situa-se entre as mais freqüentes infecções bacterianas do ser humano e uma das principais razões para o uso de antibióticos. A Escherichia coli causa aproximadamente 80% destas infecções. Estudos recentes sugerem que as mudanças na prevalência da resistência aos antimicrobianos entre os isolados de E. coli na comunidade são mais influenciados pelo aparecimento e desaparecimento transitório de grupos clonais do que pela pressão seletiva exercida com o uso indiscriminado de determinados antimicrobianos. Objetivos: Avaliar a clonalidade das cepas de E. coli isoladas em ITU-AC, investigando o papel da clonalidade destas cepas na persistência e disseminação da resistência à ciprofloxacina. Material e Métodos: Das 463 cepas de E. coli isoladas consecutivamente de pacientes com ITU-AC atendidos em dois serviços ambulatoriais em Salvador/BA no período de 2001 a 2002, foi selecionada uma amostra de cepas resistentes à Ciprofloxacina (n=45) e outra de cepas sensíveis a todos os antimicrobianos testados (n=43). Os testes de susceptibilidade foram realizados conforme recomenda o Clinical and Laboratory Standards Institute e a clonalidade das cepas foi analisada através da comparação dos padrões de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE), utilizando os critérios de Tennover como estabelecido pelo Centers for Disease Control and Prevention. Resultado: Os principais grupos clonais entre as cepas resistentes à ciprofloxacina foram G, A e D que corresponderam a 42% destas e apenas a 7% das cepas sensíveis (p< 0, 001). Conclusão: Nossos dados mostram a predominância de alguns grupos clonais entre os isolados de E. coli resistentes à ciprofloxacina. Sugerindo, portanto, que a expansão de determinados clones pode desempenhar papel importante na disseminação de resistência bacteriana em ITUs-AC. / Community-acquired urinary tract infection (CA-UTI) is among the most frequent bacterial infections in humans and a major reason for antibiotic use. Escherichia coli causes approximately 80% of these infections. Recent studies suggest that changes in the prevalence of antimicrobial resistance among isolates of E. coli in the community are more influenced by appearance and disappearance of transient clonal groups than by selective pressure from indiscriminate use of certain antimicrobials. Objectives: To evaluate the clonality of strains of E. coli isolated from CA-UTI, investigating the role of clonality of these strains in the persistence and spread of resistance to ciprofloxacin. Methods: Of 463 strains of E. coli isolated consecutively from patients with CA-UTI treated at two outpatient services in Salvador, Bahia from 2001 to 2002, we selected a sample of strains resistant to ciprofloxacin (n = 45) and another sample of strains susceptible to all antimicrobials tested (n = 43). The susceptibility tests were performed as recommended by the Clinical and Laboratory Standards Institute and clonality of the strains was analyzed by comparing the electrophoresis patterns of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the criteria of Tennover as established by Centers for Disease Control and Prevention. Results: The main clonal groups of strains resistant to ciprofloxacin were G, A and D which accounted for 42% of them and comprised only 7% of susceptible strains (p <0.001). Conclusion: Our data show the predominance of some clonal groups among isolates of E. coli resistant to ciprofloxacin. Thus suggesting that the expansion of certain clones may play an important role in the spread of bacterial resistance in CA-UTI.

Made available in DSpace on 2016-03-15T14:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 367.pdf: 8318494 bytes, checksum: 1a685a694b4d4b093de0d34fdb6d14e8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Este estudo teve como objetivo avaliar o papel da avifauna silvestre apreendidano Estado do Rio de Janeiro, oriunda do comércio ilegal, como reservatórios deenteropatógenos bacterianos e o risco de transmissão para o homem. Foram coletadasamostras de 109 animais, sendo a maioria, passeriformes das famílias Emberezidae eThraupidae. Em relação ao isolamento de Enterobacteriaceae, houve uma prevalênciade 78,9 por cento. Diferentes bactérias por indivíduo foram isoladas, com uma riqueza de 1,68,com destaque para Escherichia coli, Enterobacter spp. e Klebsiella pneumoniae. Foramisoladas uma cepa de Salmonella sorovar Typhimurium de uma Cigarra-verdadeira eduas Salmonella sorovar Panama de dois indivíduos de Maria-preta. Os resulados demonstraram que estes sorovares circulam no Brasil, o que foi reforçado com a análisepor PFGE, que comparou as cepas isoladas com outras isoladas de surtos em diversasregiões do país. A cepa de Salmonella sorovar Tiphymurium mostrou 100 por cento desimilaridade com duas amostras envolvidas em surtos de origem humana. Os isolados avaliados apresentaram um elevado percentual de resistência aos antimicrobianos, onde algumas amostras chegaram a apresentar resistência a nove dos antibióticos testados.Nenhuma bactéria das famílias Vibrionaceae e Aeromonadaceae foram isoladas,indicando que estas espécies de aves não são reservatórios importantes destas bactérias.Cepas de Staphylococcus foram isolados em 45,9 por cento das amostras. / O isolamento deespécies que não tem as aves silvestres como hospedeiros naturais, a elevada proporçãode cepas com graus de resistência aos B-lactâmicos, lincosamidas e tetraciclina, e aindaa presença de genes de resistência associada a fenótipos de multi-resistência sugere que esses animais podem ter papel relevante na transmissão desses patógenos e na disseminação dos mecanismos de resistência aos antimicrobianos. Recomenda-se o monitoramento constante das aves silvestres apreendidas no comércio ilegal, com a realização de procedimentos de quarentena para evitar que a soltura e destinação desses animais contribua para a disseminação de cepas com potencial zoonótico e com perfil de multi-resistência aos antibióticos. Atenção especial deve ser dada para aqueles envolvidos no manejo de espécies silvestres, uma vez que o maior contato e manipulação desses animais os expõe a um maior risco de transmissão a agentes zoonóticos. / This study aimed to evaluate the role of wild birds seized in the illegal trade in the Riode Janeiro State, as a reservoir of bacterial pathogens and the risk of transmission tohumans. Samples of 109 animals were collected, the majority passerines fromEmberezidae and Thraupidae families. Regarding the isolation of Enterobacteriaceae, there was a prevalence of 78,9 percent. Different bacteria were isolated per individual, with arichness of 1,68, especially Escherichia coli, Enterobacter spp. and Klebsiella pneumoniae. One strain of Salmonella serovar Typhimurium was isolated from aTemminck s Seedeater and two Salmonella serovar Panama isolates from two Chestnut capped Blackbird. The results showed that these serovars are circulating in Brazil, which was reinforced by PFGE analysis, that compared the strains isolated with othersinvolved in outbreaks in several regions of the country. The Salmonella serovar Tiphymurium strain showed 100% of similarity with two samples involved in humano ut breaks. The isolates showed a high percentage of antimicrobial resistance, with somesamples showing resistance to nine of the antibiotics tested. No bacteria of Vibrion aceaeand Aeromonadaceae families were isolated, indicating that these birds are notimportant reservoirs of these bacteria. Staphylococcus strains were isolated in 45,9 percent ofthe samples. ^ien / The detection of species that don t have wild birds as natural hosts, thehigh proportion of strains with varying degrees of resistance to

Salmonella é um dos principais agentes de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) em todo o mundo. No Rio Grande do Sul, uma cepa de Salmonella Enteritidis vem sendo identificada como o principal agente causador de DTA na última década, a qual foi nominada SE86. Quando comparada com outros sorovares de Salmonella, a SE86 demonstrou maior capacidade de adaptação ácida e térmica, além de maior resistência contra diferentes sanificantes. O presente estudo teve como objetivo investigar o envolvimento dos genes rpoS e dps na resistência ao hipoclorito de sódio e do gene ompR na adaptação ácida e resistência térmica da cepa S. Enteritidis SE86. Os genes avaliados foram atenuados pela técnica de Knockout e a expressão dos mesmos foi investigada pela técnica Epitope Tagging - 3 x FLAG. Os resultados demonstraram que a cepa mutante SE86, sem a presença do gene dps ( dps), demonstrou uma maior sensibilidade em relação à cepa SE86 Wild Type (WT), após a exposição ao hipoclorito de sódio a 200 ppm. As proteínas Rpos e Dps foram ativamente expressas nas mesmas condições de exposição ao hipoclorito de sódio, demonstrando assim a relação destes genes com o estresse oxidativo provocado por hipoclorito de sódio na SE86. O envolvimento do gene ompR na resistência térmica foi investigado após a adaptação ácida de SE86 WT e do mutante ompR. As células ácido adaptadas do mutante ompR foram completamente inativadas após 240 minutos de exposição a temperatura de 52º C, enquanto que as células WT resistiram até 300 minutos de exposição. A expressão da proteína OmpR foi observada por Western blotting e confirmou a relação da adaptação ácida com a maior resistência térmica da SE86. / Salmonella is one of the main agents of foodborne diseases worldwide. In Rio Grande do Sul, a clone of Salmonella Enteritidis has been identified as the main cause of foodborne diseases in the last decade, which was named SE86. The the present study aimed to investigate the involvement of rpoS and dps genes in resistance to sodium hypochlorite and ompR gene in acid adaptation and thermal resistance of the strain S. Enteritidis SE86. The genes evaluated were attenuated by knockout technique and their expression was determined by tagged (3XFLAG) strains. The results demonstrated that strain S. Enteritidis SE86 without the presence of dps gene ( dps) showed a higher sensitivity to the wild type strain SE86 (WT) when exposed to sodium hypochlorite at 200 ppm. Furthermore, RpoS and Dps proteins were actively expressed in these experimental conditions, thus demonstrating the relationship of these genes with oxidative stress in S. Enteritidis SE86 caused by sodium hypochlorite. The involvement of ompR gene in thermal resistance was observed after the acid adaptation of S. Enteritidis SE86 WT and ompR since cells adapted acid without the presence of ompR have been completely inactivated when exposed to 240 min at temperature of 52 °C, while WT cells resisted until 300 min of exposure. The expression of the OmpR protein by western blotting confirmed the necessity of the acid adaptation for that S. Enteritidis SE86 resists to high temperatures.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar os mecanismos adquiridos de resistência de isolados de enterobactérias produtoras de carbapenemases utilizando a tecnologia de sequenciamento de nova geração. Foram incluídos no estudo quatro isolados – três Escherichia coli e uma Serratia marcescens – produtores de diferentes carbapenemases – OXA-370, KPC-2, NDM-1 e GES-5, respectivamente, obtidos a partir de um estudo de vigilância para detecção de carbapenemases. O DNA total dos isolados foi extraído utilizando kits comerciais e submetido à fragmentação enzimática para a obtenção de bibliotecas genômicas de aproximadamente 300 pares de bases. Após a preparação das bibliotecas, elas foram carregadas em chips 316 v2 para a plataforma Ion Torrent PGM e submetidas ao sequenciamento, utilizando um programa de 850 flows. Para cada genoma, foram obtidos aproximadamente um milhão de reads, os quais foram submetidos ao processo de montagem para a obtenção de genomas de aproximadamente 5Mb com uma cobertura de, em média, 175 vezes. As sequências obtidas foram submetidas à anotação utilizando o sistema RAST e a ferramenta online ResFinder. Sequências de inserção foram pesquisadas utilizando a ferramenta ISFinder. Além das carbapenemases, genes que codificam para outras β-lactamases (blaTEM-1, blaCTX-M-2 blaCTX-M-8, blaOXA-1, blaOXA-2) foram encontrados em todos os genomas. AMEs (aadA1, aph(3’)-la, aac(3)-IIa, strA, strB, aac(6’)Ib-cr, aac(6’)-Ib and aac(6`)-Ic), bem como genes que codificam resistência às sulfonamidas e ao trimetoprim também foram comuns aos isolados avaliados. Os seguintes ambientes genéticos foram observados: blaOXA-370 é flanqueada pela IS5075-like, blaKPC-2 está inserida no transposon Tn4401, e blaNDM-1, no transposon Tn3000. Cada isolado de E. coli pertenceu a um sequence type (ST) distinto: 1099F pertence à ST617, 1326F, à ST648, e 2610F, à ST707. Nossos resultados indicaram a diversidade de genes de resistência que podem ser encontrados em um isolado clínico, ressaltaram a variedade de contextos genéticos em que as carbapenemases podem estar inseridas e demonstraram que o sequenciamento de nova geração pode ser utilizado como uma ferramenta para a caracterização de isolados bacterianos multirresistentes, auxiliando, entre outros aspectos, na tipagem e na identificação de determinantes de resistência. / The aim of this study was to characterize the resistome of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae using a next-generation sequencing platform. Four isolates were included in this study – three Escherichia coli and one Serratia marcescens – producing different carbapenemases – OXA-370, KPC-2, NDM-1 and GES-5, respectively, obtained from a surveillance study for carbapenemase detection. Total DNA was extracted using commercially available kits and submitted to enzymatic fragmentation to obtain libraries of around 300 base pairs of each isolate. After library preparation, they were loaded in 316 v2 chips for Ion Torrent PGM platform, and sequencing was performed using an 850 flows program. For each genome, approximately a million reads were obtained, and they were further assembled. The genome length for each isolate was of around 5Mb, with a mean coverage of 175x. The RAST system and the online tool ResFinder were used for annotation, as well as ISFinder. Besides the carbapenemases, genes encoding for other β-lactamases (blaTEM-1, blaCTX-M-2 blaCTX-M-8, blaOXA-1, blaOXA-2) were found in all genomes. AMEs (aadA1, aph(3’)-la, aac(3)-IIa, strA, strB, aac(6’)Ib-cr, aac(6’)-Ib and aac(6`)-Ic) were also detected in every isolate included in the study, as well as genes encoding for resistance determinants to sulfonamides and trimetoprim. The genetic environment of the carbapenemases was very similar to other isolates described in the literature – blaOXA-370 is flanked by IS5075-like, blaKPC-2 is inserted in transposon Tn4401, and blaNDM-1 was found in transposon Tn3000. Each isolate belonged to a distinct ST – 1099F is part of ST617, 1326F belonged to ST648 and 2610F, to ST707. Our results demonstrated the diversity of resistance determinants that can be found in a clinical isolate, highlighted the variability of genetic environments in which carbapenemases can be present and demonstrated that next-generation sequencing is a valuable tool for the characterization of multidrug-resistant isolates, and can provide information regarding the molecular typing and the identification of resistance determinants.

O descarte de antimicrobianos e bactérias através de efluentes hospitalares tem contribuído para o aumento e disseminação da resistência antimicrobiana no ambiente natural. Esta resistência pode estar associada à aquisição de genes de resistência, presença de bombas de efluxo ou características intrínsecas das bactérias. O presente trabalho teve como objetivos: caracterizar o perfil de resistência em 60 isolados de Pseudomonas para os antimicrobianos Ceftazidima e Imipenem, detecção fenotípica das bombas de efluxo e detecção dos genes mex B, mex D, mex Y e mex F de bomba de efluxo da família Resistência-Nodulação- Divisão (RND), associados a fenótipos de resistência neste gênero bacteriano. O perfil de resistência dos isolados foi avaliado através da Concentração Inibitória Mínima (CIM) dos antimicrobianos Ceftazidima e Imipenem. Para a detecção fenotípica das bombas de efluxo foi comparada a CIM do Imipenem (IMP) e da Ceftazidima (CAZ) na presença e na ausência de carbonil cianida mclorofenilhidrazona (CCCP). A presença dos genes foi verificada através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Os isolados de Pseudomonas aeruginosa (n=32) mostraram-se mais resistentes aos antimicrobianos testados do que as outras espécies do gênero (n=28). Na avaliação fenotípica das bombas de efluxo 10 isolados reduziram a CIM do IMP e 6 isolados reduziram a CIM da CAZ na presença do CCCP, indicando que bombas de efluxo possivelmente são responsáveis por esta resistência nestes isolados. Dos 60 isolados utilizados no estudo, 95% amplificaram o gene mex Y, 88% o gene mex B, 88% mex F, 48% mex D, no entanto, quando os resultados do PCR foram comparados com a análise fenotípica, revelou que nem todos os isolados expressam os genes encontrados, portanto a resistência pode ser associada também a outros mecanismos. / The disposal of antimicrobial and bacteria through hospital effluents has contributed to the increase and spread of antimicrobial resistance in the natural environment. This resistance can be associated to gene acquisition, presence of efflux bombs or intrinsic characteristics of the bacteria. This study aimed to: characterize the resistance profile of 60 Pseudomonas isolates for Ceftazidime and Imipenem l, to detect phenotypically efflux pumps systems and detect the genes mex B mex D, mex Y and mex F responsible by the efflux pump family resistance-nodulation-division (RND). The isolates resistance profile was evaluated by Minimum Inhibitory Concentration (MIC) of ceftazidime and imipenem l. For the phenotypic detection of efflux pumps the MIC of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) in the presence and absence of carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP was compared. The presence of the genes was verified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Isolates of Pseudomonas aeruginosa (n=32) were more resistant to antimicrobials tested than other species of the genus (n=28). In the phenotypic evaluation of efflux pumps 10 isolates reduced the MIC of IMP and 6 isolates reduced the CAZ MIC in the presence of CCCP, indicating that an efflux system can be responsible for the resistance of the isolates. Of the 60 isolates used in the study, 95% amplified the mex Y, 88% mex B, 88% mex F and 48% mex D, however, when the PCR results were compared with the phenotypic analysis the results revealed that neither all isolates express genes found, therefore the resistance observed might be associated to another mechanism.

A pneumonia bacteriana é de ocorrência comum na clínica de psitacídeos. O uso de antibióticos, imprescindível nestes casos, pode acarretar em stress causado pela necessidade do manuseio frequente destas aves. Desta forma, com o intuito da diminuição do manejo, torna-se necessária a pesquisa de novas drogas que possam ser utilizadas com um maior intervalo de tempo entre as aplicações, reduzindo o risco de óbito por stress causado durante a contenção dos enfermos. A cefovecina sódica é uma cefalosporina de terceira geração já utilizada em cães e gatos, com uso recomendado de 8 mg/Kg por via subcutânea, com intervalos de duas semanas entre as aplicações e que em aves foi aplicada a cada nove dias, também por via subcutânea, com uma dose de 10 mg/Kg. A medicação foi testada em 47 aves da ordem Psitaciforme, todos provenientes de atendimentos realizados da clínica Toca dos Bichos e que apresentavam quadro clínico condizente com pneumonia. Como diagnóstico complementar foram realizados exames radiográficos de tórax e cultura bacteriana através de swab traqueal, com indicação de repetição dez dias após o término do tratamento preconizado. Também foram analisados diversos fatores que poderiam ser considerados intervenientes, como idade, peso, ambiente, alimentação e doenças concomitantes. A análise dos resultados deste teste de eficácia nos indica ser este um medicamento com resultado positivo para uso em aves que apresentam pneumonia bacteriana. / In the piscitacine practice bacterial pneumonia is very common. The use of injectable antibiotic agents in this cases can lead birds to stress due to the frequency of handling and contention. To reduce the risk of death caused by stress, researchers must find new drugs with longer application intervals. Cefovecin is a third generation cephalosporin used in dogs and cats, 8mg/Kg, subcutaneous with administration interval of two weeks, in birds it was used in the dosage of 10 mg/Kg, subcutaneous with the interval of nine days between applications. The drug was tested in 47 bird patients of a private practice, all presenting signs of clinical pneumonia. It was taken thorax radiographs and traqueal swabs cultures as complementary diagnostic and after 10 days of treatment all the exams where reapeted. Another factors where analized as age, weight, enviroment, feeding and concurent diseases. The tests results analyses indicates that this medicine has a positive result for avian use in bacteria pneumonia.

A água é um recurso essencial para manutenção da vida. Entretanto, a ingestão de água de baixa qualidade está associada com um dos maiores problemas de saúde pública no mundo: doenças de veiculação hídrica. O Arroio Dilúvio é um dos principais córregos de Porto Alegre-RS e recebe grandes volumes de terra, lixo e águas residuais, o que contribui para deterioração das suas águas. Staphylococcus podem causar intoxicação alimentar devido à ingestão de Enterotoxinas Estafilocócicas (SEs). Enterotoxinas são proteínas termoestáveis com atividade de superantígeno. Esses microrganismos também estão envolvidos em diversas outras patologias e sua multirresistência a antimicrobianos é motivo de preocupação. Staphylococcus são capazes de formar biofilme, o que confere lhes proteção tanto no ambiente quanto no hospedeiro. Esse estudo objetivou identificar 88 isolados de Staphylococcus provenientes da água de cinco pontos do Arroio Dilúvio e analisar alguns de seus fatores de virulência. Os isolados foram identificados em nível de espécie através de testes bioquímicos e o perfil de resistência a antimicrobianos foi determinado pelo teste de disco-difusão. Foram também submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase para detecção dos genes das enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed e see) e ao teste de formação de biofilme em microplaca. 94,32% dos isolados foram classificados como Estafilococos Coagulase Negativa e as espécies mais frequentemente identificadas foram S. cohnii, S. haemolyticus e S. saprophyticus. 43,18% dos isolados apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano testado, sendo resistência a penicilina, eritromicina e oxacilina os fenótipos mais observados. A maior ocorrência de isolados resistentes foi no ponto C de coleta. 36,36% dos isolados apresentaram um ou mais genes de enterotoxinas, sendo sec o mais prevalente. No ponto B foi encontrado o maior número de isolados carregando genes de SEs. Dez isolados mostraram capacidade de formar biofilme in vitro, sendo dois fortes formadores. Conclui-se que as águas do Arroio Dilúvio estão contaminadas com estafilococos potencialmente virulentos, os quais apresentam resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formam biofilme, o que confere risco à população do município. / Water is an essential resource for life maintenance. However, intake of low quality water is associated with one of the biggest public health problems in the world: the waterborne diseases. Arroio Dilúvio is a major stream of water in Porto Alegre-RS, which receives large volumes of earth, rubbish and waste water, contributing to water deterioration. Staphylococcus can cause food poisoning due to ingestion of Staphylococcal Enterotoxins (SEs). Enterotoxins are thermostable proteins with superantigen activity. These microorganisms are also involved in several other pathologies and their multidrug resistance to antibiotics is a concern. Staphylococci are able to form biofilm, which provide protection on both environmental and host. This study aimed to identify 88 Staphylococcus isolated from five points of Arroio Dilúvio water and analyze some of their virulence factors. Isolates were identified to species level by biochemical tests and antimicrobial resistance profile was determined by disk diffusion test. They were also submitted to Polymerase Chain Reaction to detect genes of classical enterotoxins (sea, seb, sec, sed and see) and to biofilm formation test. 94.32% of the isolates were classified as Coagulase Negative Staphylococci and the most frequent species were S. cohnii, S. haemolyticus and S. saprophyticus. 43,18% of isolates were resistant to at least one antimicrobial tested, and resistance to penicillin, erythromycin, and oxacillin was the phenotype most observed. The increased occurrence of resistant isolates was at point C. 36,36% of the isolates had one or more enterotoxin genes, sec being the most prevalent. At point B was found the largest number of isolates carrying genes SEs. Ten isolates showed ability to form biofilm in vitro, being two strong formers. We conclude that the water of the Arroio Dilúvio are contaminated with potentially virulent staphylococci, which are resistant to antibiotics, had enterotoxin genes and form biofilms, which confers risk for the city population.

Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Ingeniero en Biotecnología Molecular. / Acidithiobacillus ferrooxidans es una bacteria quimiolitoautótrofa, acidófila, involucrada en un consorcio bacteriano capaz de biolixiviar metales como el cobre. Este microorganismo posee la capacidad de vivir en ambientes con altas concentraciones de metales. Por ello que esta bacteria es importante en procesos industriales de biolixiviación y por ende, su estudio resulta de utilidad en relación con esta biotecnología. Uno de los componentes más abundantes e importantes de la membrana externa de las bacterias Gram-negativas como A. ferrooxidans es el lipopolisacárido (LPS). Esta molécula consta de una parte integral hidrofóbica conocida como lípido A, y una parte hidrofílica dividida en dos, el “core” y el antígeno O. La síntesis de las distintas partes del LPS es catalizada por varias proteínas. Dentro de éstas, se encuentra la proteína RfaE, involucrada en la síntesis del “core” del LPS, la enzima Wzy, que polimeriza al antígeno O y la proteína Wzz, que determina el largo de cadena del antígeno O. Al ser la molécula más expuesta de la bacteria, el LPS está en contacto directo con el medio donde vive el microorganismo. Por lo tanto, interactúa directamente con eventuales metales presentes en el ambiente como el cobre, el oro, etc. Diversos estudios han revelado que modificaciones del LPS pueden afectar la adherencia de las bacterias a distintas superficies e incluso afectar la viabilidad de la célula. En base a estos antecedentes, para analizar si el LPS modifica su estructura y/o cantidad, se midieron mediante qRT-PCR los cambios transcripcionales de los genes wzy, wzz y rfaE de las cepas ATCC 23270 y ATCC 53993 de A. ferrooxidans, que codifican para las proteínas nombradas previamente, cuando la bacteria creció a distintas concentraciones de cobre. También se cuantificó y analizó la estructura del LPS de A. ferrooxidans. 2 Los resultados mostraron que la presencia de cobre provoca cambios transcripcionales significativos para los tres genes analizados en la cepa ATCC 23270 y sólo para el gen wzz en la cepa ATCC 53993. Tanto la estructura del LPS analizado, como el número de unidades repetidas del antígeno O, no presentaron cambios significativos en ambas cepas. La cantidad de LPS presente en la cepa ATCC 23270 es menor que en la cepa ATCC 53993, sin embargo, se observó un aumento parcial del LPS en la cepa ATCC 23270 cuando la bacteria crece a mayores concentraciones de cobre, mientras que la cepa ATCC 53993 no presentó cambios significativos en esta condición, sugiriendo que la cepa ATCC 23270 utilizaría el LPS como una forma de resistencia contra el cobre y que la cepa ATCC 53993 no aumentaría su cantidad de LPS, ya que de manera basal posee mayores cantidades de esta molécula. Estos resultados son una primera aproximación al posible rol que tendría el LPS en esta bacteria acidófila en la interacción con metales. / Acidithiobacillus ferrooxidans is a chemolithoautotrophic and acidophilic bacterium, involved in the microbial consortium capable of bioleaching metals such as copper. This microorganism has the ability to live at very high metal concentrations and therefore, plays a pivotal rol in bioleaching of minerals. One of the most abundant and important components of the outer membrane of Gram-negative bacteria such as A. ferrooxidans is the lipopolysaccharide (LPS). This molecule consists of an integral hydrophobic part known as lipid A, and a hydrophilic portion divided in to the “core” and the O-polysaccharide or O-antigen. The synthesis of the different parts of LPS is catalyzed by several proteins. Among these, RfaE protein is involved in the “core” synthesis of LPS. Wzy enzyme polymerizes the O antigen and Wzz protein is the O antigen chain lenght determinant. Being the most exposed molecule of the bacterium, LPS is in direct contact with the environment. Therefore, it can directly interact with the metals present in the environment. Some reports indicate that modifications of LPS can affect the attachment of bacteria to different surfaces and even their viability. Based on this background, to analyze whether the LPS structure and/or its quantity are modified in the presence of copper, transcriptional changes of wzy, wzz and rfaE genes from A. ferrooxidans ATCC 23270 and ATCC 53993, were measured in bacteria grown at different copper concentrations. The levels of LPS present in both strains of A. ferrooxidans were also quantified and their structure analyzed by electrophoresis in poliacrilamide gels. 4 The results showed significant transcriptional changes for the three genes analyzed in strain ATCC 23270 and only for the wzz gene in strain ATCC 53993. The LPS structure was analyzed by determining the number of repeated units of O antigen. No significant changes in the electrophoretic banding patterns were seen in both strains. The amounts of LPS present in strain ATCC 23270 was lower than that of strain ATCC 53993. However, the amounts of LPS were partially increased when strain ATCC 23270 was grown in high copper concentrations. On the contrary, strain ATCC 53993 did not show significant changes in the presence of the metal, suggesting that strain ATCC 23270 would use LPS as a way of copper resistance. Strain ATCC 53993 on the other hand, already has a higher basal amount of LPS. These preliminary results are a first approximation to study the posible role of LPS in its interaction with metals in this acidophilic bacteria.