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Análise da tolerância á resistência em Trichoderma harzianum / Resistance tolerance analysis in Trichoderma harzianum

Santos, Karina Roterdanny Araújo dos 31 July 2017 (has links)
Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-11-01T18:52:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karina Roterdanny Araújo dos Santos - 2017.pdf: 1875951 bytes, checksum: b8afa2140cacad832c547e18a95b2b41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-06T09:46:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karina Roterdanny Araújo dos Santos - 2017.pdf: 1875951 bytes, checksum: b8afa2140cacad832c547e18a95b2b41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-06T09:46:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karina Roterdanny Araújo dos Santos - 2017.pdf: 1875951 bytes, checksum: b8afa2140cacad832c547e18a95b2b41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The presence of heavy metals in the soil has increased, causing many problems of an agricultural nature. Trichoderma are a species which is among the most well know and used biocontrol agents wordwide, as well as possessing qualities such tha parasitism and antibiosis, they have great resistance to metals and can also absorb them. Therefore, it is necessary for more detailed studies of the resistance of this fungus to metals and to research further the processes involved. In this work, we aimed to better understand the tolerance of T. harzianum to aluminum chloride, though a series of experiments performed in BDA, MEX e MYG, as well Bradford tests for quantification of proteins. In addition, we evaluated the gene response to metal stress through the sequencing RNA samples obtained when the fungus was created in BDA medium and submitted to concentrations of 1.5 and 3.0 mg / mL of aluminum chloride, 1.5 mg / mL, the fungus showed significant inhibition. It was observed that T. harzianum showed higher mycelial growth when grown in BDA medium compared to MEX and MYG, presenting levels of protein secretion inversely proportional to increasing concentrations of aluminum. The amount of transcriptionspecific factors of the stress response was increased, as well as the induction of genes involved in G-mediated cell signaling and increase in genes involved in vacuolar transport and carrier proteins. A repression of genes encoding proteins associated with cellular processes important for the growth of T. harzianum was also observed. These results show that T. harzianum is resistant to aluminum since it is able to tolerate and absorb large concentrations of this metal, which is commonly harmful to agriculture. / A presença de metais pesados no solo tem sido cada vez mais frequente, aumentando dentre vários problemas, os de cunho agrícola. Espécies de Trichoderma estão entre os agentes de biocontrole mais conhecidos e empregados mundialmente, pois além de possuir ações como parasitismo e antibiose, possui grande resistência a metais, podendo também absorvê-los. Sendo assim, faz-se necessário, estudos mais aprofundados a cerca da resistência desse fungo a metais, envolvendo pesquisas que esclareçam melhor os processos envolvidos. Neste trabalho, objetivamos melhor compreensão a cerca da tolerância de Trichoderma harzianum ao alumínio, através do seu crescimento em diferentes meios de cultura com variadas concentrações do metal. Avaliamos também a secreção de proteínas quando o fungo crescia na presença de alumínio. Além disso, analisamos a resposta gênica ao estresse pelo metal através do sequenciamento de amostras de RNA obtidas quando o fungo foi crescido em meio BDA e submetido às concentrações de 1,5 e 3,0 mg/mL de cloreto de alumínio. Foi possível constatar que T. harzianum apresenta maior crescimento micelial quando crescido em meio BDA, comparado aos meios MEX e MYG, apresentando níveis de secreção de proteínas inversamente proporcionais às concentrações crescentes de alumínio. Foi observada alteração na expressão gênica através do aumento da quantidade de determinados fatores de transcrição de resposta a estresse, além da indução de genes envolvidos em sinalização celular mediada por proteína G e aumento em genes envolvidos com transporte vacuolar e proteínas transportadoras. A repressão de genes que codificam proteínas associadas a processos celulares importantes para o crescimento de T. harzianum também foi observada. No entanto, nossos resultados evidenciam que T. harzianum apresenta resistência significativa ao alumínio, uma vez que se mostra capaz de tolerar e absorver grandes concentrações deste metal, comumente prejudicial à agricultura.
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Antagonismo entre Magnaporthe oryzae e o fungo micorrízico Rhizoctonia sp. / Antagonism between Magnaporthe oryzae and the micorrhizal fungus Rhizoctonia sp.

Carvalho, Jacqueline Campos Borba de 25 March 2013 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-04-23T11:22:49Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Jacqueline Campos Borba de Carvalho - 2013.pdf: 2453380 bytes, checksum: 04cd0ef2d26879895e9dfc3e3f757f13 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-04-23T11:34:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Jacqueline Campos Borba de Carvalho - 2013.pdf: 2453380 bytes, checksum: 04cd0ef2d26879895e9dfc3e3f757f13 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-23T11:34:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Jacqueline Campos Borba de Carvalho - 2013.pdf: 2453380 bytes, checksum: 04cd0ef2d26879895e9dfc3e3f757f13 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-03-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Rice blast caused by the fungus Magnaporthe oryzae B. Couch [anamorfo - Pyricularia oryzae Cav.] occurs in all rice growing regions of the world. The sustainable agriculture requires the introduction of biological control as one of the components in the integrated disease management. The microorganisms associated to plants are capable of producing secondary metabolites such as alkaloids which may have a role in biological control. The objective of the present study consists, isolation and identification of secondary metabolites of the micorrhizal fungus Rhizoctonia sp. obtained from Epidendrum nocturnum and evaluate in vitro and in vivo antagonism to M. oryzae. Ten fungal isolates were used to test the antibiosis against M. oryzae. The isolate En07 of Rhizoctonia sp. exhibited a greater halo of inhibition and consequently was considered the best in vitro antagonist to M. oryzae. Crude, mycelial and lyophilized extracts of micorrhizal isolate were obtained. The analysis by CCD of these three extracts showed positive results in relation to Dragendorff, indicating the presence of phenolics. The analysis of RMN 1H and masses showed the presence of aromatic hydrogens and phenolics. Five concentrations of each extract were prepared and utilized in the studies on in vitro mycelial inhibition of M. oryzae and observed 77.86% of pathogen reduction by crude extract (700 μg/mL). Two crude extract treatments (520 μg/ml and 120 μg/ml) significantly reduced the radial growth of the pathogen compared to control. The crude extract showed best results for mycelia inhibition of the pathogen, followed by lyophilized and mycelial extracts. In two trials, the crude extract at 0.52 μg.μL-1 also reduced the formation of appressoria of M. oryzae by 100%. Two greenhouse experiments were conducted on leaf blast suppression with the cultivar Primavera, using completely randomized design with three replications. In both these trials, the mycelial extract (1860 μg/ml and M.o 3x105) showed marked reduction of leaf blast severity in relation to control by 59.27% and 77.58% respectively. In the second trial, the second treatment (1040 μg/mL and M.o3x105) of crude extract reduced AUDPC by 64.63% compared to control. The results showed that the metabolites of Rhizoctonia sp. posses great potential for biological control of rice blast. / A brusone ocorre em todas as áreas produtoras de arroz do mundo, e é causada pelo fungo Magnaporthe oryzae B. Couch [anamorfo - Pyricularia oryzae Cav.]. Seu controle, realizado pelo manejo que integra resistência genética, práticas culturais e controle químico, requer a inserção de agentes biológicos, além de assegurar uma agricultura mais sustentável. Os microrganismos associados às plantas são capazes de produzir metabólitos secundários como os alcaloides que podem atuar no controle biológico. O presente trabalho objetivou isolar os metabólitos secundários do fungo micorrízico Rhizoctonia sp. obtido de Epidendrum nocturnum, e avaliar o antagonismo in vitro e in vivo com M. oryzae. Todos os ensaios foram conduzidos em delineamento inteiramente casualizado. Um ensaio de antagonismo foi avaliado, pareando-se, 10 isolados fúngicos e M. oryzae, e identificou-se que o isolado En07 foi o que apresentou o maior halo de inibição e consequentemente o melhor antagonismo in vitro sobre M. oryzae. Foram obtidos três extratos do isolado micorrízico (bruto, micelial e liofilizado) que foram analisados por quatro métodos diferentes e complementares. A análise por Cromatografia em Camada Delgada dos três extratos mostrou-se positiva frente ao reativo de Dragendorf, sugerindo a presença de compostos fenólicos. Na análise dos espectros de Ressonância Magnética Nuclear e de massas verificou-se a presença de hidrogênios aromáticos e de compostos fenólicos. Cinco concentrações de cada extrato foram preparadas e utilizadas nos ensaios de inibição micelial de M. oryzae in vitro e observou-se 77,86% de redução do patógeno pelo extrato bruto (700 μg/mL). Dois tratamentos do extrato bruto (520 μg/ml e 120 μg/ml) reduziram o crescimento radial do patógeno de forma significativa quando comparado com a testemunha. Verificou-se que o extrato bruto apresentou os melhores resultados para a inibição micelial do patógeno, seguido dos extratos liofilizado e do micélio. Em dois ensaios o extrato bruto a 0,52 μg.μL-1 também reduziu o número de apressórios formados de M. oryzae em 100%. Foram conduzidos dois ensaios de supressão de brusone foliar em arroz, in vivo, com a cultivar Primavera em três repetições. Nos dois ensaios destacou-se o extrato micelial (1860 μg/ml e M.o 3x105) que proporcionou maiores reduções da severidade de brusone nas folhas em relação ao controle com 59,27% e 64,63%, respectivamente. No segundo ensaio o tratamento 2 (1040 μg/mL e M.o3x105) do extrato bruto reduziu a AACPD em 24,93% em relação à testemunha. Os resultados mostraram que o metabólito de Rhizoctonia sp. possui grande potencial para o controle biológico da brusone.
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Bactérias endofíticas e epifíticas cultivadas e não cultivadas do guaranazeiro e o controle da antracnose / Endophytic and epiphytic bacteria cultivated and uncultivated of guarana and control of anthracnose

Maria Leticia Bonatelli 19 July 2012 (has links)
O guaraná, Paullinia cupana var. sorbilis, espécie nativa do Brasil é uma cultura de relevância para o país, principalmente nos estados da Bahia e Amazonas. O fruto contém substâncias estimulantes, como a cafeína, que conferem ao guaraná um grande potencial exploratório, visto que esta é uma das substâncias estimulantes mais consumidas no mundo. Apesar de sua importância, a cultura do guaraná é pouco estudada, portanto pouco se sabe sobre sua genética e as interações microbianas existentes, tanto em relação aos microrganismos endofíticos e epifíticos, quanto em relação aos patógenos. De tal forma que a cultura do guaraná na região Amazônica vem sendo afetada por condições fitossanitárias desfavoráveis, como a presença do fungo do gênero Colletotrichum, causador da antracnose, doença considerada uma ameaça à produção comercial do guaraná. Assim, visando compreender a dinâmica envolvida na interação planta - microrganismos e o possível controle da antracnose, o presente trabalho acessou a comunidade bacteriana associada às folhas com e sem sintomas de antracnose, de forma independente e dependente de cultivo; bem como, investigou o potencial biotecnológico e de biocontrole dos isolados bacterianos. A comunidade bacteriana acessada de forma dependente e independente de cultivo apresentaram similaridades, como maior valor de riqueza e menor diversidade bacteriana em folhas assintomáticas, quando comparadas com folhas sintomáticas, e com relação ao filo Proteobacteria, mais abundantemente acessado nas duas comunidades. Comparações realizadas com isolados bacterianos acessados epi e endofiticamente de folhas com e sem sintoma da antracnose apontaram que o aparecimento da doença antracnose na folha pareceu ser o fator que mais influenciou na estrutura da comunidade bacteriana. Com relação às diferenças entre tecidos sintomáticos e assintomáticos, foi possível identificar alguns gêneros abundantes mais frequentemente acessados em plantas sintomáticas, sendo que os gêneros Pseudomonas, Stenotrophomonas e Pantoea foram acessados em grande frequência tanto de forma dependente como independente de cultivo. Porém, de forma independente de cultivo foram acessados outros táxons abundantes que diferiram significativamente entre as plantas, sendo que folhas sintomáticas apresentaram Acinetobacter, Acidobacter_GP1 e Sphingobacteria, e em folhas assintomáticas foram acessados os táxons Methylobacterium, Beijerinckia, Bacilli e um grupo de Rhizobiales não classificados. Além disto, os microrganismos endofíticos e epifíticos cultivados foram testados com o fitopatógeno Colletotrichum sp. em ensaios de antagonismos, sendo que isolados do gênero Bacillus, Stenotrophomonas, Pantoea, Erwinia, Entereobacter, Pseudomonas, entre outros, apresentaram inibição do crescimento do fungo fitopatogênico. As bactérias cultivadas ainda foram testadas quanto ao potencial biotecnológico de produção de enzimas hidrolíticas e sideróforo. Muitos isolados apresentaram produção de protease e sideróforo. Foi possível também correlacionar a produção das enzimas amilase, lipase e poligalacturanase com os isolados provenientes de tecidos sintomáticos. / Guarana, Paullinia cupana var. sorbilis, is a native culture of Brazil that has relevance to the country, mainly in the states of Bahia and Amazonas. The fruit contains stimulants substances, such as caffeine, that gives a high exploration potential to the culture, since this is one of the most consumed stimulant substance in the world. Despite its importance, the culture of guarana hasnt gotten much of attention, and little is known about its genetics and microbial interactions with both epiphytic and endophytic microorganisms, and in relation to pathogens. So, the guarana culture in the Amazon region has been affected by bad phytosanitary conditions, such as the presence of the fungi Colletotrichum, which causes anthracnose disease thats considered a threat to guarana commercial production. Thus, to understand the dynamics involved in the interaction plant-microorganism and the possible control of anthracnose, this study accessed the bacterial community associated to leaves with and without anthracnose symptoms, combining culture-dependent and -independent methodologies and also investigated the biotechnology potential and biocontrol of culture-dependent bacteria. The bacterial community accessed by culture-dependent and -independent manner presented similarities, both presented higher bacterial richness but lower bacterial diversity in asymptomatic leaves when compared with symptomatic leaves, and both communities presented the Proteobacteria phylum as the most abundant one. Comparisons between the endophytic and epiphytic bacterial isolates associated with leaves with and without anthracnose symptoms showed that the onset of anthracnose disease on leaf seemed to be the most important factor that modified the bacterial community structure. Regarding the differences between symptomatic and asymptomatic tissue it was possible to identify some genera most frequently accessed in symptomatic plants such as Pseudomonas, Stenotrophomonas and Pantoea accessed in both culture-dependent and independent methodologies. However, the cultureindependent approach of bacterial accessed others abundants taxa that differed significantly between plants. Symptomatic leaves showed Acinetobacter, Acidobacter_GP1 and Sphingobacteria and asymptomatic leaves presented taxa Methylobacterium, Beijerinckia, group Bacilli and a group of unclassified Rhizobiales. In addition, endophytic and epiphytic isolates microorganisms were tested with the pathogen Colletotrichum sp. in antagonism assays, and isolates from the genus Bacillus, Stenotrophomonas, Pantoea, Erwinia, Entereobacter, Pseudomonas, and others, showed inhibition of growth of the fungus. The bacterial isolates were also tested for production of hydrolytic enzymes and siderophore. Many isolates showed protease and siderophore production. It was possible to correlate the production of amylase, lipase and poligalacturanase with isolates from symptomatic tissue.
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Capacidade nematicida de Bacillus spp. sobre larvas de Haemonchus contortus / Capacidade nematicida de Bacillus spp. sobre larvas Haemonchus contortus

SINOTT, Marina Cunha 14 May 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T14:31:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_marina_cunha_sinott.pdf: 651389 bytes, checksum: a3911bf52b78e4b6458a51e537e40ea0 (MD5) Previous issue date: 2012-05-14 / Parasitic infections are the major cause of losses in livestock, particularly those involving sheep. Multidrug resistance makes the problem even more worrying because in addition to pathogens, parasites do not appear more susceptible to the active principles. Currently, for the progress to occur in sheep farming, there must be a need to seek alternatives that reduce the dependence on the success of the activity to the emergence of a molecule that makes a lack reduced, selective toxicity, and high degree of effectiveness in combating infestation. This context has led to studies in order to investigate the behavior of strains Bacillusspp, when in contact with eggs and young larvae of the forms tricostrongilídeo Haemonchuscontortus, which is undoubtedly the most pathogenic for sheep that are raised in the field. It was verified through in vitro tests, which B. circulans showed an 80.9% reduction in the number of larvae when compared to control groups. This reduction was also observed in the tests made in vivo, as well as the residual capacity of the agent through tests performed with Bacillus transformed and expressing the GFP gene. / As parasitoses que acometem ovinos são a maior fonte de prejuízos na pecuária. Devido aos tratamentos inadequados dessa enfermidade, os parasitos não se mostram mais suscetíveis aos princípios ativos químicos atuais. Para que ocorram progressos na pecuária ovina, há a necessidade de buscar alternativas que visem reduzir a dependência do sucesso da atividade ao surgimento de uma molécula que apresente carência reduzida, toxicidade seletiva com alto grau de eficácia no combate à infestação parasitária. O presente estudo avaliou a toxicidade de cepas de Bacillus spp. para ovos e formas jovens de larvas do tricostrongilídeo Haemonchus contortus. Através de testes in vitro utilizando uma suspensão esporotoxina contendo 2 x 108 UFC/mL foi possível verificar que os Bacillus thuringiensis var osvaldocruzi, Bacillus circulans, B. thuringiensis var israelensis, B. thuringiensis var kurstaki demonstraram ação larvicida com uma redução de 81; 80; 79 e 76% respectivamente no número de larvas. Nos testes in vivo, realizados com B. circulans em ovinos, observou-se atividade larvicida similar (80%) ao in vitro e esta atividade permaneceu por até sete dias após sua administração. Estes resultados sugerem que os Bacillus estudados são uma alternativa promissora no controle de helmintos em ovinos.
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Aspectos do controle biológico de Botrytis cinerea Pers. Ex. Fr. em videira / Aspects of Botrytis cinerea Pers. Ex. Fr. biological control on grapevine

Hamann, Fábio André 15 July 2011 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Rio Grande do Sul (RS), the most important state of grape production in Brazil, harvests, approximately, 780 thousand tons annually. One of the biggest constraint factors to the obtainment of higher production numbers is the incidence of late season diseases in vineyards, being botrytis bunch rot, caused by Botrytis cinerea, one of the major contributors for field and post-harvest losses. Red grapes can show more resistance against this fungus, due to higher levels of phenolic compounds. The use of biological control agents (BCAs) emerges as a promising alternative to control botrytis disease. For this reason, the objectives of this study were to test isolates from this fungal pathogen, originated from the two main grape production regions in the state of RS, trough in vitro direct confront test against BCAs fungal isolates (Trichoderma spp. and Gliocladium sp.) and to test the same pathogen isolates on semi in vivo biological control, against the BCAs isolates which obtained the highest biological activity during the in vitro test, on the post-harvest storage of table grapes, on a red and a white cultivar. The B. cinerea isolates used were UFSM SG01, UFSM SG02, from serra (mountain range) region, UFSM CM01, and UFSM CM02, from campanha meridional (meridional pampas) region. The BCAs isolates used in this study were Tricoderma spp., UFSM T20, UFSM T17, UFSM T15.1 (obtained from soil), UFSM TSG, UFSM TCM (obtained from the same grape bunches where B. cinerea was isolated, representing each region), and Gliocladium sp., UFSM G4DB (obtained from soil). UFSM TSG, UFSM TCM and UFSM T15.1 showed the highest biocontrol activity (B. A.) in vitro, in general over 50% against all B. cinerea isolates. The same BCAs were selected to be used at the semi in vivo test with detached berries for three inoculation periods: B+T, pathogen and BCA inoculated at the same time; B+24hT, pathogen inoculated first and BCA 24 h later, T+24hB, BCA inoculated first and pathogen 24 h later. A higher control, considered as the lower damage level, on T+24hB period, showed the importance of preventive treatment. Cracks on berries played a more important role than the color of the skin for botrytis infection. / O Rio Grande do Sul, o estado produtor de uvas mais importante no Brasil, colhe em média 780 mil toneladas por ano. Um dos maiores entraves para a obtenção de maiores médias de produção é a incidência de doenças de final de ciclo (DFC), sendo Botrytis cinerea, agente causador da podridão-cinzenta, um dos maiores responsáveis por perdas de produção no campo e na pós-colheita. Uvas tintas podem apresentar maior resistência à podridão-cinzenta, devido à maior concentração de compostos fenólicos. O uso de agentes de controle biológico (BCAs) é uma alternativa promissora no controle da podridão de botrytis. Dessa maneira, os objetivos deste estudo foram testar isolados do patógeno coletados das duas principais regiões vitivinícolas do RS em confronto direto in vitro com isolados de agentes antagonistas (Trichoderma spp e Gliocladium sp.) e testar os mesmos isolados do patógeno em controle biológico semi in vivo com os isolados antagonistas que obtiveram as maiores médias de atividade de biocontrole no teste in vitro, na pós-colheita de uvas de mesa, em cultivares branca e tinta. Os isolados de B. cinerea empregados foram UFSM SG01, UFSM SG02, UFSM SG 03, oriundos da serra, e UFSM CM01 e UFSM CM02, oriundos da campanha meridional. Os isolados antagonistas empregados no teste in vitro foram UFSM T20, UFSM T17, UFSM T15.1 (oriundos de solo), UFSM TSG, UFSM TCM (oriundos de cachos de uva coletados nas mesmas regiões de coleta do patógeno), de Trichoderma spp., e UFSM G4DB, de Gliocladium sp.. Os isolados UFSM TSG, UFSM TCM e UFSM T15.1 foram os três que obtiveram as maiores médias de atividade de biocontrole, em geral acima de 50%, para todos os isolados de B. cinerea, testados em confronto direto in vitro. Esses isolados BCAs foram selecionados para o teste de controle biológico semi in vivo em bagas destacadas, em três períodos de inoculação: B+T, antagonista e patógeno aplicados ao mesmo tempo; B+24hT, patógeno inoculado primeiro e antagonista 24h após, T+24hB, antagonista aplicado primeiro e patógeno 24h após. O maior controle, assumido a partir do menor grau de dano, no período T+24hB, evidenciou a importância do tratamento preventivo. Rachaduras em bagas tiveram maior influência do que a coloração da casca na ocorrência da podridãocinzenta.
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Actinobactérias de biomas brasileiros: biodiversidade e potencial de uso na agricultura / Actinobacteria from Brazilian biomes: biodiversity and potential use in agriculture

Vargas Hoyos, Harold Alexander 23 February 2018 (has links)
Neste estudo foi acessada a diversidade taxonômica e potencial biológico de actinobactérias isoladas de três biomas brasileiros com atividade antagônica contra Sclerotinia sclerotiorum. No total, 354 isolados foram obtidos da Coleção de Microrganismos de Importância Agrícola e Ambiental (CMAA) da Embrapa - Meio Ambiente. A atividade antagônica contra S. sclerotiorum foi avaliada por meio de ensaio in vitro. Foram selecionados 55 isolados, que apresentaram alguma porcentagem de inibição do crescimento de S. sclerotiorum. A identificação e análise da diversidade dos isolados, usando o gene 16S rRNA, demonstrou que 49 isolados são pertences ao genêro Streptomyces, quatro ao genêro Micromonospora, um a Kocuria e um a Actinomadura. Todas as actinobactérias apresentaram compatibilidade com bactérias benéficas do solo, exceto o isolado Caat P8 35. Três isolados, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, inibiram tanto o crescimento micelial quanto a germinação de escleródios de S. sclerotiorum. Os isolados Bc V1 06 e 3AS4 apresentaram hidrólise dos meios de fósforo orgânico e inorgânico. Com a ideia de conhecer o possível mecanismo de ação para solubilização de fósforo, o extrato aquoso do isolado 3AS4 foi submetido à análise de HPLC e o perfil cromatográfico obtido foi similar ácido glucônico. A avaliação desse isolado em casa de vegetação evidenciou diferenças na altura das plantas de soja, após seis semanas, quando inoculadas com a 3AS4. A relação Parte-aérea/Raiz foi significativamente maior quando adicionado o fósforo junto com a actinobactéria. Plantas sem adição de fósforo e com o isolado 3AS4 evidenciaram desenvolvimento similar na Parte-aérea/Raiz quando comparadas com plantas inoculadas com 40 kg ha-1 de PR e SPT. A avaliação da atividade enzimática evidenciou nove isolados capazes de hidrolisar quitina e laminarina como único substrato, sendo que três deles, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, foram avaliados quantitativamente, para a atividade enzimática quitinase (β 1-4 -Nacetilglucosaminidase) os resultados foram 0.03, 0.22 e 0.16 UI respectivamente, e a atividade glucanase (β 1-3-glucanase) foi 0.23, 0.25 e 0.26 UI respectivamente. Extratos orgânicos das actinobacterias obtidos com diclorometano (26) e acetato de etila (15) demostraram inibição do crescimento do fungo, somente o isolado 1AS2a apresentou inibição na concentração de 165 μg.mL-1. Estudos espectrométricos revelaram a prescença de um composto da família das bafilomicinas como principal composto ativo. A anotação do genoma do isolado 1AS2a revelou a presença de 33 operons gênicos envolvidos em vias biossínteticas para produção de compostos antimicrobianos, nos quais um deles, apresentou 100% de similaridade para operon de sintese de bafilomicina. Estudos taxonômicos mostraram que as características filogenéticas, morfológicas e químicas do isolado 1AS2c são consistentes com o gênero Streptomyces. Entretanto, algumas diferenças no perfil taxonômico, Hibridização DNA:DNA e análise de Multilocus confirmou o isolado 1AS2cT como linhagem tipo para uma nova espécie de Streptomyces, para qual o nome Streptomyces rhizosphaericola sp. nov. Com os resultados obtidos podemos afirmar: 1. Biomas brasileros possuem uma grande diversidade taxonômica e funcional 2. Os isolados de Actinobacteria posuem capacidade antagonica contra o fungo S. sclerotiorum 3. O isolado 3AS4 posui a capacidade de solubilização de fósforo e estimulação de crescimento vegetal do em condições de casa de vegetação 4. A efetiva produção de compostos antifúngicos do isolado 1AS2a, revelados diante o uso combiando de ferramentas espectroscopicas e bioinformaticas. Considerando todo isso, existe um enorme potencial de biocontrole em isolados de Actinobactérias de diferentes biomas do Brasil que podem ser uma nova opcão para uso na agricultura. / In this study, the taxonomic diversity and biological potential of actinobacteria isolated from different Brazilian biomes with antagonistic activity against Sclerotinia sclerotiorum were accessed. In total, 354 isolates were obtained from the Embrapa - Environment Collection of Microorganisms of Agricultural and Environmental Importance (CMAA). The antagonistic activity against S. sclerotiorum was evaluated by in vitro assay. In total, 55 isolates were obtained, all isolates showed some percentage of visible growth inhibition against S. sclerotiorum. The identification and analysis of the diversity of the isolates using the 16S rRNA gene showed that 49 isolates belong to the Streptomyces genus, 4 isolates belonging to the genus Micromonospora, 1 isolated to the genus Kocuria and 1 isolated to the genus Actinomadura. All the actinobacteria showed compatibility with the soil beneficial bacteria evaluated except the isolate Caat P8 35. Three isolates, 1AS2a, Caat P555 and Caat P8 79 inhibited both mycelia and S. sclerotiorum sclerotia. The isolates Bc V1 06 and 3AS4 showed hydrolysis using organic and inorganic phosphorus media. In order to know the possible mechanism of action for solubilization of phosphorus, the aqueous extract of the 3AS4 isolate was submitted to HPLC analysis, the chromatographic profile obtained was similar to gluconic acid. Greenhouse evaluation showed differences in height of soybean plants after 6 weeks when inoculated with 3AS4. The Shoot/Root ratio was significantly higher when the phosphorus was added along with the actinobacteria. Plants with no phosphorus addition and with 3AS4 showed similar development in the Shoot/Root when compared to inoculated plants with 40 kg.ha-1 of PR and SPT. The evaluation of the enzymatic activity evidenced nine isolates efficient of hydrolyzing chitin and laminarin as the only carbon substrate, three of them; 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79 isolates (β-1-4-N-acetylglucosaminidase) was 0.03, 0.22 and 0.16 IU respectively, however, glucanase activity (β-1-3-glucanase) was 0.23, 0.25 and 0.26 IU respectively. Organic extracts of the actinobacteria obtained with dichloromethane (26) and ethyl acetate (15) demonstrated inhibition of fungus growth, only the 1AS2a isolate presented inhibition at the concentration of 165 μg.mL-1. Spectrometric studies have revealed the presence of a compound of the bafilomycins family as the main active compound. The annotation of the genome of the 1AS2a isolate revealed the presence of 33 gene operons involved in biosynthetic pathways for the production of antimicrobial compounds, in which one of them presented 100% similarity to the bafilomycin synthesis cluster. Taxonomic studies have shown that the phylogenetic, morphological and chemical characteristics of the 1AS2c isolate are consistent with the genus Streptomyces. However, some differences in the taxonomic profile, DDH and Multilocus analysis confirmed the isolated 1AS2cT as a type strain for Streptomyces, for which the name Streptomyces rhizosphaericola sp. Nov. With the results obtained we can corroborate: 1. Brazilian biomes possess a great taxonomic and functional diversity 2. Detection of the antagonism of Actinobacteria isolates against S. sclerotiorum fungus 3. Phosphorus solubilization and plant growth stimulation of 3AS4 isolate under conditions of greenhouse 4. The effective antifungal compounds production of the 1AS2a isolate, revealed in the combining use of spectroscopic and bioinformatics tools. Considering all this, there is an enormous potential for biocontrol in isolates of Actinobacteria from different Brazilian biomes that may be a new option for use in agriculture.
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Controle biológico de doenças foliares e murchas do tomateiro pelo uso rizobactérias / Biological control of tomato´s foliar and wilt diseases by the use of rhizobactaria

Rocha, Dediel Júnior Amaral Rocha 30 March 2012 (has links)
Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2017-06-20T16:50:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação Dediel.pdf: 766607 bytes, checksum: 1d7fec62b5b0587e0accd22056511b85 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-06-21T18:58:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação Dediel.pdf: 766607 bytes, checksum: 1d7fec62b5b0587e0accd22056511b85 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T18:58:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Dediel.pdf: 766607 bytes, checksum: 1d7fec62b5b0587e0accd22056511b85 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / A busca por alternativas no controle de doenças em substituição ao uso intensivo de agrotóxicos tem sido objeto da pesquisa agrícola. Rizobactérias são conhecidas pelo biocontrole de doenças e promoção de crescimento em diversos cultivos. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a eficácia de seis rizobactérias, pré- selecionadas, no controle de Ralstonia solanacearum e Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL), em casa de vegetação e relacionar este comportamento a produção de compostos “in vitro”, bem como avaliar a proteção de plantas de tomate contra doenças da parte aérea que ocorreram naturalmente em condições de campo. Foi avaliada a capacidade destas rizobactérias em produzir quitinases, amilases, lipases, compostos antibióticos e de solubilizar fosfato. A microbiolização das sementes com a rizobactéria DFs1420 (Bacillus sp.) reduziu a severidade da murcha bacteriana em 66% aos 14 dias após a inoculação, no primeiro ensaio e valores de AACPD em 70%, no segundo ensaio. Este controle pode ser associado à produção de compostos responsáveis pela antibiose observada “in vitro”. Streptomyces (DFs1296 e DFs1315) e Bacillus sp. (DFs1414) reduziram significativamente a murcha de fusário. O controle observado pode ser atribuído à atividade quitinolítica e/ou antibiótica por compostos voláteis. Foram instalados três ensaios de campo. A severidade das doenças foliares foi monitorada ao longo do tempo. As rizobactérias foram capazes de proteger as plantas contra Septoria lycopersici. DFs1414 e DFs1421 (Pseudomonas sp.) foram as mais estáveis, proporcionando proteção em dois ensaios consecutivos. As rizobactérias DFs1296 e DFs1420 foram capaz de controlar a requeima (Phytophthora infestans) em dois ensaios. A bactéria DFs1296 também apresentou capacidade de proteção contra estas e outras doenças quando pulverizada semanalmente na parte aérea. De modo geral, o controle alcançado por estas bactérias, microbiolizadas às sementes ou em aplicação foliar, não diferiu dos tratamentos utilizando produtos químicos recomendados para a cultura em aplicações semanais. / The search on alternative control of diseases to replace the use of pesticides has been the subject of agricultural research. Rhizobacteria are known by controlling diseases and promoting growth in several crops. The objectives of this work were to evaluate the efficacy of six rhizobacteria pre-selected for the control of Ralstonia solanacearum and Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) in greenhouse, and to relate this behavior with the production of compounds "in vitro", as well as evaluate the protection of tomato plants against foliar diseases under field conditions. It was evaluated the ability of these rhizobacteria to produce chitinases, amylases, lipases, antibiotic compounds and to solubilize phosphate. The seed microbiolization with rhizobacterium DFs1420 (Bacillus sp.) reduced the severity of the bacterial wilt 66% at 14 days after inoculation and AUDPC 70%, respectively, the first and second assays. This control may be associated with the production of compounds responsible for the antibiosis observed "in vitro". Streptomyces (DFs1296 and DFs1315) and Bacillus sp. (DFs1414) significantly reduced fusarium wilt. The control observed can be attributed to the chitinolytic activity and/or antibiosis in the presence of volatile compounds. Three field trials were carried out in field. The foliar diseases severity was monitored over time. The rhizobacteria were capable of protecting plants against Septoria lycopersici. DFs1414 and DFs1421 (Pseudomonas sp.) were the most stable, providing protection in two consecutive trials. The rhizobacteria DFs1296 and DFs1420 were able to control late blight (Phytophthora infestans) in two trials. DFs1296 also had the ability to protect against these and other diseases when sprayed weekly in the plant canopy.In general, the control achieved by these rhizobacteria, by seed microbiolization or by foliar application, did not differ from treatments using recommended chemical in weekly applications.
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Insumos e indicadores Biol?gicos em Agrossistemas com Bananeiras

Quintero, Emmeris Ivan Quintero 29 March 2010 (has links)
Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2016-08-17T13:45:07Z No. of bitstreams: 1 2010 - Emmer?s Ivan Q. Quintero.pdf: 1261300 bytes, checksum: 0078bde3a7d0a80eea89948870dd7901 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-17T13:45:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - Emmer?s Ivan Q. Quintero.pdf: 1261300 bytes, checksum: 0078bde3a7d0a80eea89948870dd7901 (MD5) Previous issue date: 2010-03-29 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Studies were performed in the experimental area of Embrapa Agrobiologia, region - RJ, in order to evaluate the association of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) with a variety of banana ?Grand nine ", and the potential antagonist in AMF biocontrol nematodes. We also tested biological indicators and products as alternatives to monitoring and restoration of ecosystems with bananas. The first study evaluated the microbial activity in soil samples from two management systems with bananas in the municipality of Casimiro de Abreu, RJ. In the second study, was evaluated the AGAS organic product for the control of nematodes in banana. In the third, was evaluated the potential antagonist in AMF biocontrol nematode Radophulus similis and their contribution in the development of banana plants in the greenhouse. In the fourth study was estimated the effect of using two management systems with bananas in the community of soil fauna in Casimiro de Abreu, RJ. The indices of diversity, richness and density of macrofauna groups was calculate in each system. The results indicated no significant differences between management systems in relation to carbon and nitrogen levels of microbial biomass and soil organic carbon ratio vs. carbon microbial biomass in each season, while the variables soil basal respiration and metabolic quotient indicated that the organic farming system was greater efficiency of microbial biomass and the use of substrate by soil microorganisms than the system with conventional tillage. The organic product AGAS showed significant difference in population of the nematode Meloidogyne spp. and Radophulus similis both in samples of roots after 60 days of treated. In the field was control to phytoparasitic R. similis with the AGAS treatment showing a decrease in soil at 120 days. In the laboratory tests were performed with R. similis and the results demonstrated that the effects of exposure of nematodes to organic product showed a high percentage of control, especially in higher dosages with a 100% with respect to the nematicide effect in Radophulus. Regarding the development of plants in treatments with species of arbuscular mycorrhizal fungi inoculated in banana no significant difference. The foliar phosphorus analyzed varied significantly in the treatment with the fungus Scutellospora calospora, and foliar calcium and magnesium for the treatments with fungi: S. calospora, Entrhopospora colombiana and S. calospora + Glomus clarum. AMF reduced the population of the nematode R. similis in roots of banana plants in a greenhouse, and S. calospora and G. clarum were the most efficient. In soil macrofauna results indicated a reduction in the banana organic system, with lower density and lower richness of taxonomic groups when compared with the conventional system. The group of decomposers and predators showed better soil quality in organic farming system especially in the summer due to its greater diversity and density at this season of year. / Os trabalhos foram realizados com o objetivo de avaliar a associa??o de fungos micorr?zicos arbusculares (FMAs) com a variedade de banana ?Grand nine?, e o potencial antagonista dos FMAs no biocontrole dos nemat?ides. Tamb?m foram testados indicadores e insumos biol?gicos como alternativas para recupera??o e monitoramento de ecossistemas pertubados com bananeiras. O primeiro estudo avaliou a atividade microbiana do solo em amostras de dois sistemas de manejo com bananeiras no municipio de Casimiro de Abreu, RJ. No segundo estudo avaliou-se o insumo org?nico com ?cido glut?mico e saponinas (AGAS) para o controle de nemat?ides em bananeiras na Pesagro, Serop?dica, RJ. O terceiro avaliou o potencial antagonista dos FMAs no biocontrole do nemat?ide Radophulus similis e seu aporte no desenvolvimento de plantas de bananeira em casa de vegeta??o da Embrapa Agrobiologia. No quarto estudo se estimou o efeito do uso de dois sistemas de manejo com bananeiras na comunidade da macrofauna ed?fica em Casimiro de Abreu, RJ. Foram calculados os ?ndices de biodiversidade, riqueza e densidade dos grupos de macrofauna em cada sistema. Os resultados indicaram que n?o houve diferen?a significativa entre sistemas de manejo com rela??o a valores de carbono e nitrog?nio da biomassa microbiana, e rela??o carbono org?nico vs carbono da biomassa microbiana nas ?pocas de ver?o e inverno, enquanto que as vari?veis respira??o basal do solo e quociente metab?lico indicaram que no sistema com cultivo org?nico houve uma maior efici?ncia da biomassa microbiana e do uso do substrato pelos microorganismos do solo do que o sistema com cultivo convencional. O produto org?nico AGAS proporcionou uma redu??o nos ?ndices populacionais de Meloidogyne spp nas doses de 1,51 e 2,02 ml.cm?? e de Radophulus similis na dose de 2,02 ml.cm?? ambos nas amostras de ra?zes ap?s 60 dias das plantas serem tratadas. No campo houve redu??o da popul??o de R. similis no solo aos 120 dias ap?s o tratamento com AGAS nas doses de 0,5 e 1,0 ml.cm??. No laborat?rio, quando diferentes estadios de R. similis foram expostos ao produto AGAS nas doses 1,0; 1,5 e 2,0 ml.m?? observou-se uma alta taxa de mortalidade chegando a 100% nas doses mais altas demonstrando efeito nematicida ?in vitro?. Com rela??o ao desenvolvimento das plantas, nos tratamentos com esp?cies de fungos micorr?zicos arbusculares inoculadas em plantas de bananeiras n?o houve diferen?a significativa. Por?m o teor de f?sforo foliar analisado aumentou significativamente no tratamento com o fungo Scutellospora calospora, e nos teores foliares de c?lcio e magn?sio para os tratamentos com os fungos: S. calospora, Entrhopospora colombiana e S. calospora+Glomus clarum. Os FMAs reduziram a popula??o do nemat?ide R. similis nas ra?zes das plantas de bananeira em casa de vegeta??o, sendo que S. calospora e G. clarum foram as mais eficientes. Na macrofauna do solo os resultados indicaram uma redu??o no sistema org?nico com bananeira, apresentando menor densidade e menor riqueza de grupos taxon?micos quando comparado com o sistema convencional. Os grupos decompositores e predadores apresentaram no ver?o a maior diversidade e densidade indicando uma melhor qualidade do solo no sistema com cultivo org?nico.
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Actinobactérias de biomas brasileiros: biodiversidade e potencial de uso na agricultura / Actinobacteria from Brazilian biomes: biodiversity and potential use in agriculture

Harold Alexander Vargas Hoyos 23 February 2018 (has links)
Neste estudo foi acessada a diversidade taxonômica e potencial biológico de actinobactérias isoladas de três biomas brasileiros com atividade antagônica contra Sclerotinia sclerotiorum. No total, 354 isolados foram obtidos da Coleção de Microrganismos de Importância Agrícola e Ambiental (CMAA) da Embrapa - Meio Ambiente. A atividade antagônica contra S. sclerotiorum foi avaliada por meio de ensaio in vitro. Foram selecionados 55 isolados, que apresentaram alguma porcentagem de inibição do crescimento de S. sclerotiorum. A identificação e análise da diversidade dos isolados, usando o gene 16S rRNA, demonstrou que 49 isolados são pertences ao genêro Streptomyces, quatro ao genêro Micromonospora, um a Kocuria e um a Actinomadura. Todas as actinobactérias apresentaram compatibilidade com bactérias benéficas do solo, exceto o isolado Caat P8 35. Três isolados, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, inibiram tanto o crescimento micelial quanto a germinação de escleródios de S. sclerotiorum. Os isolados Bc V1 06 e 3AS4 apresentaram hidrólise dos meios de fósforo orgânico e inorgânico. Com a ideia de conhecer o possível mecanismo de ação para solubilização de fósforo, o extrato aquoso do isolado 3AS4 foi submetido à análise de HPLC e o perfil cromatográfico obtido foi similar ácido glucônico. A avaliação desse isolado em casa de vegetação evidenciou diferenças na altura das plantas de soja, após seis semanas, quando inoculadas com a 3AS4. A relação Parte-aérea/Raiz foi significativamente maior quando adicionado o fósforo junto com a actinobactéria. Plantas sem adição de fósforo e com o isolado 3AS4 evidenciaram desenvolvimento similar na Parte-aérea/Raiz quando comparadas com plantas inoculadas com 40 kg ha-1 de PR e SPT. A avaliação da atividade enzimática evidenciou nove isolados capazes de hidrolisar quitina e laminarina como único substrato, sendo que três deles, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, foram avaliados quantitativamente, para a atividade enzimática quitinase (β 1-4 -Nacetilglucosaminidase) os resultados foram 0.03, 0.22 e 0.16 UI respectivamente, e a atividade glucanase (β 1-3-glucanase) foi 0.23, 0.25 e 0.26 UI respectivamente. Extratos orgânicos das actinobacterias obtidos com diclorometano (26) e acetato de etila (15) demostraram inibição do crescimento do fungo, somente o isolado 1AS2a apresentou inibição na concentração de 165 μg.mL-1. Estudos espectrométricos revelaram a prescença de um composto da família das bafilomicinas como principal composto ativo. A anotação do genoma do isolado 1AS2a revelou a presença de 33 operons gênicos envolvidos em vias biossínteticas para produção de compostos antimicrobianos, nos quais um deles, apresentou 100% de similaridade para operon de sintese de bafilomicina. Estudos taxonômicos mostraram que as características filogenéticas, morfológicas e químicas do isolado 1AS2c são consistentes com o gênero Streptomyces. Entretanto, algumas diferenças no perfil taxonômico, Hibridização DNA:DNA e análise de Multilocus confirmou o isolado 1AS2cT como linhagem tipo para uma nova espécie de Streptomyces, para qual o nome Streptomyces rhizosphaericola sp. nov. Com os resultados obtidos podemos afirmar: 1. Biomas brasileros possuem uma grande diversidade taxonômica e funcional 2. Os isolados de Actinobacteria posuem capacidade antagonica contra o fungo S. sclerotiorum 3. O isolado 3AS4 posui a capacidade de solubilização de fósforo e estimulação de crescimento vegetal do em condições de casa de vegetação 4. A efetiva produção de compostos antifúngicos do isolado 1AS2a, revelados diante o uso combiando de ferramentas espectroscopicas e bioinformaticas. Considerando todo isso, existe um enorme potencial de biocontrole em isolados de Actinobactérias de diferentes biomas do Brasil que podem ser uma nova opcão para uso na agricultura. / In this study, the taxonomic diversity and biological potential of actinobacteria isolated from different Brazilian biomes with antagonistic activity against Sclerotinia sclerotiorum were accessed. In total, 354 isolates were obtained from the Embrapa - Environment Collection of Microorganisms of Agricultural and Environmental Importance (CMAA). The antagonistic activity against S. sclerotiorum was evaluated by in vitro assay. In total, 55 isolates were obtained, all isolates showed some percentage of visible growth inhibition against S. sclerotiorum. The identification and analysis of the diversity of the isolates using the 16S rRNA gene showed that 49 isolates belong to the Streptomyces genus, 4 isolates belonging to the genus Micromonospora, 1 isolated to the genus Kocuria and 1 isolated to the genus Actinomadura. All the actinobacteria showed compatibility with the soil beneficial bacteria evaluated except the isolate Caat P8 35. Three isolates, 1AS2a, Caat P555 and Caat P8 79 inhibited both mycelia and S. sclerotiorum sclerotia. The isolates Bc V1 06 and 3AS4 showed hydrolysis using organic and inorganic phosphorus media. In order to know the possible mechanism of action for solubilization of phosphorus, the aqueous extract of the 3AS4 isolate was submitted to HPLC analysis, the chromatographic profile obtained was similar to gluconic acid. Greenhouse evaluation showed differences in height of soybean plants after 6 weeks when inoculated with 3AS4. The Shoot/Root ratio was significantly higher when the phosphorus was added along with the actinobacteria. Plants with no phosphorus addition and with 3AS4 showed similar development in the Shoot/Root when compared to inoculated plants with 40 kg.ha-1 of PR and SPT. The evaluation of the enzymatic activity evidenced nine isolates efficient of hydrolyzing chitin and laminarin as the only carbon substrate, three of them; 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79 isolates (β-1-4-N-acetylglucosaminidase) was 0.03, 0.22 and 0.16 IU respectively, however, glucanase activity (β-1-3-glucanase) was 0.23, 0.25 and 0.26 IU respectively. Organic extracts of the actinobacteria obtained with dichloromethane (26) and ethyl acetate (15) demonstrated inhibition of fungus growth, only the 1AS2a isolate presented inhibition at the concentration of 165 μg.mL-1. Spectrometric studies have revealed the presence of a compound of the bafilomycins family as the main active compound. The annotation of the genome of the 1AS2a isolate revealed the presence of 33 gene operons involved in biosynthetic pathways for the production of antimicrobial compounds, in which one of them presented 100% similarity to the bafilomycin synthesis cluster. Taxonomic studies have shown that the phylogenetic, morphological and chemical characteristics of the 1AS2c isolate are consistent with the genus Streptomyces. However, some differences in the taxonomic profile, DDH and Multilocus analysis confirmed the isolated 1AS2cT as a type strain for Streptomyces, for which the name Streptomyces rhizosphaericola sp. Nov. With the results obtained we can corroborate: 1. Brazilian biomes possess a great taxonomic and functional diversity 2. Detection of the antagonism of Actinobacteria isolates against S. sclerotiorum fungus 3. Phosphorus solubilization and plant growth stimulation of 3AS4 isolate under conditions of greenhouse 4. The effective antifungal compounds production of the 1AS2a isolate, revealed in the combining use of spectroscopic and bioinformatics tools. Considering all this, there is an enormous potential for biocontrol in isolates of Actinobacteria from different Brazilian biomes that may be a new option for use in agriculture.
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Controle biológico do nematoide das galhas, Meloidogyne javanica, e promoção de crescimento vegetal com os fungos Pochonia chlamydosporia e Duddingtonia flagrans / Biological control of the rot-knot nematode Meloidogyne javanica and plant growth promotion by the fungus Pochonia chlamydosporia and Duddingtonia flagrans

Monteiro, Thalita Suelen Avelar 28 February 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1284492 bytes, checksum: 553a1e66f159f200babfafbb0bac0ccd (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In vitro and greenhouse tests were carried out in order to: (i) assess the compatibility of the nematophagous fungi Pochonia chlamydosporia and Duddingtonia flagrans; (ii) evaluate the control of Meloidogyne javanica by the nematophagous fungi applied together and separately; (iii) evaluate the development of tomato plants inoculated with the nematophagous fungi and study the action of the fungi on plant nutritional status. All the compatibility tests, with the exception of an antibiosis test, indicated that P. chlamydosporia and D. flagrans are compatible to be applied toghether. An experiment in microcosm soil, in which predation of M. javanica by D. flagrans was assessed, the number of juveniles reduced in up to 72.7%. In a second assay, in microcosm soil, with different doses of the fungi applied together and separately, the application of P. chlamydosporia and D. flagrans reduced in up to 81.35% the number of juveniles when 10.000 chlamydospores of each fungus were applied per g of soil. Two experiments were conducted in a greenhouse to evaluate the effect of different concentration of P. chlamydosporia and D. flagrans in the control M. javanica and growth of tomato. The number of galls, number of eggs, height and dry weight of plants were evaluated. In both experiments the antagonists reduced the number of galls and egg production of root-knot nematode and did not affect plant height. In the first experiment, the addition of P. chlamydosporia increased plant dry matter, what was not observed in second one. An assay, in greenhouse conditions, was also carried out to evaluate growth promotion and mineral nutrients content in the tomato plants depending on the application of P. chlamydosporia and D. flagrans in combination and separated. The content of N, P, K, Ca, Mg and S and dry matter of the plants were evaluated. The two fungi increased total dry matter and mineral nutrients content in tomato plants. The combination of the two antagonists provides greater control of root-knot nematode and proved to be a promising strategy in the biological control of plant nematodes. Growth promotion and the positive effect in the nutritional status of the plants inoculated with the studied fungi indicated the great potential of these organisms for agricultural use, not only for the control of nematodes but also by its direct effect on plant growth and for providing better use of fertilizers. / Testes in vitro e em casa de vegetação foram realizados com os objetivos de: (i) avaliar a compatibilidade dos fungos nematófagos Pochonia chlamydosporia (Pc) e Duddingtonia flagrans (Df); (ii) avaliar a influência do nematoide Meloidogyne javanica e de ambos os fungos nematófagos no desenvolvimento de plantas de tomate; (iii) estudar a ação dos fungos sobre o estado nutricional das plantas. Nos ensaios de compatibilidade de Pc e Df in vitro, com exceção do teste de antibiose, todos os testes de compatibilidade dos isolados indicaram que os organismos são compatíveis. No primeiro experimento no solo em microcosmo em que foi avaliado a predação de M. javanica por Df, houve redução no número de juvenis em até 72,7%. No segundo experimento em microcosmo, em que foram avaliadas doses dos fungos em conjunto e em separado, a aplicação em conjunto dos dois organismos aumentou o controle, reduzindo em até 81,35% o número de juvenis quando 10.000 clamidósporos de cada fungo foram aplicados por g de solo. Dois experimentos foram realizados em casa de vegetação para avaliar o efeito de diferentes concentrações dos fungos nematófagos Pc e Df, isoladamente ou em mistura, no controle de M. javanica e no crescimento do tomateiro. Foram avaliadas as variáveis: número de galhas g-¹ de raiz, número de ovos g-¹ de raiz, altura e massa seca das plantas. Em ambos os experimentos observou-se o efeito dos dois antagonistas na redução do número de galhas e de ovos do nematoide das galhas. Os tratamentos não influenciaram a altura das plantas nos dois experimentos. No experimento 1, a adição de Pc aumentou a massa seca das plantas, o que não ocorreu no experimento 2. Um ensaio em casa de vegetação também foi realizado para avaliar a promoção de crescimento e aquisição de nutrientes minerais no tomateiro em função da aplicação de ambos os fungos. Após 60 dias avaliou-se a massa seca das plantas e o conteúdo de N, P, K, Ca, Mg e S. Houve efeito positivo dos dois fungos aplicados sobre a massa seca total do tomateiro e conteúdo de nutrientes minerais nas plantas. Dos resultados obtidos, conclui-se que a ação conjunta dos dois antagonistas proporciona maior controle do nematoide das galhas, mostrando-se uma estratégia promissora no controle biológico de fitonematoides. Adicionalmente, a promoção de crescimento vegetal pelos dois fungos estudados, associada à melhoria do estado nutricional das plantas, indica o potencial de uso agrícola desses organismos, não apenas para o controle de nematoides, mas também por sua ação direta no desenvolvimento do tomateiro e na economia de fertilizantes.

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