Depuis une vingtaine d'années, la gestion forestière tend à augmenter l'utilisation de coupes partielles dans les peuplements régénérés naturellement, laissant les arbres résiduels sujets à un risque accru de dommages éoliens durant leurs premières années d'acclimatation. Largement répandu au Québec, le sapin baumier (Abies balsamea (L.) Mill.) est une essence connue pour être particulièrement vulnérable aux dommages éoliens. Afin de mitiger les pertes dans les sapinières naturellement régénérées, il est important de comprendre comment réagissent les sapins baumiers face aux charges de vent, et de trouver des paramètres sylvicoles spécifiques à intégrer dans les modèles de gestion des risques de chablis. Ceci permettrait d'aider les gestionnaires à mitiger les risques lors du choix de prescription sylvicole. Le principal objectif de cette thèse était d'étudier les charges de vents interceptées par un échantillon de sapin baumier en conditions estivales, hivernales et à la suite d'un retrait des compétiteurs proches. Pour réaliser cet objectif, un réseau de capteurs et d'acquisiteurs de données a été mis en place dans une sapinière à bouleau blanc de la Forêt Montmorency (Forêt expérimentale de l'Université Laval) pour avoir une prise de données continue durant trois saisons : l'été 2018, l'hiver 2019, et l'été 2019 à la suite d'une coupe partielle. Une tour aluminium équipée de deux anémomètres placés à hauteur et mi-hauteur de la canopée et de sondes de températures (air et sol) a été installée en bordure de peuplement pour suivre en continu les événements météorologiques. En parallèle, des jauges de contrainte fixées aux troncs de sapins baumiers ont permis de mesurer les moments de flexion induits par le vent sur un échantillon d'arbres. Durant l'hiver, un suivi continu de la quantité de neige sur les houppiers a été réalisé à l'aide d'une caméra de chasse pour évaluer l'effet additionnel de la neige sur la charge de vent. Au début de l'été 2019, une éclaircie localisée a été réalisée pour retirer l'ensemble des compétiteurs dans un rayon de 3.5m autour de 2/3 des arbres étudiés. Les principaux résultats de cette thèse démontrent (1) l'importance de l'utilisation d'indices de compétition, notamment CBAL, dans la modélisation des risques de chablis en peuplement hétérogène ; (2) l'impact global de l'hiver sur l'augmentation des moments de force appliqués sur les troncs et cela indépendamment de l'épaisseur de neige sur les houppiers ; et (3) l'effet local mais en même temps global d'une coupe partielle sur l'augmentation des moments de forces appliqués sur les arbres d'un peuplement, les arbres les moins compétitifs étant les plus affectés. / Over the past twenty years, forest management has tended to increase the use of partial cutting in naturally regenerated stands, leaving residual trees at increased risk of wind damage during their first years of acclimation. Widespread in Quebec, balsam fir (Abies balsamea (L.) Mill.) is a species known to be particularly vulnerable to wind damage. To mitigate losses in naturally regenerated balsam fir stands, it is important to understand how balsam fir trees bend under wind loads, and to find specific silvicultural parameters to be integrated into wind risk management models. This should help managers mitigate risks when choosing silvicultural prescriptions. The main objective of this thesis was to study the wind loads experienced by balsam fir trees under summer and winter conditions and following the removal of nearby competitors. For this purpose, a network of sensors and data loggers was set up in a white birch-balsam fir stand in the Montmorency Forest (Laval University's experimental forest) for continuous data collection over three seasons: summer 2018, winter 2019, and summer 2019 following partial cutting. An aluminium tower equipped with two anemometers placed at the height and mid-height of the canopy and temperature sensors (air and soil) was installed at the edge of the stand to continuously monitor weather events. At the same time, strain gauges attached to balsam fir trunks made it possible to measure wind induced bending moments on a sample of trees. During the winter, continuous monitoring of the amount of snow on tree crowns was carried out using a hunting camera to assess the additional effect of snow on wind load. At the beginning of summer 2019, a localised thinning was carried out to remove all competitors within a radius of 3.5m around 2/3 of the trees studied. The main results of this thesis demonstrate (1) the importance of using competition indices, in particular CBAL, in modelling the risk of wind damages in heterogeneous stands; (2) the global impact of winter on the increase in the turning moments experienced by the trunks, regardless of the thickness of snow on the canopies; and (3) the local, but also global, effect of partial cutting on the increase in the turning moments experienced by all the trees in a stand, with the most suppressed trees being the most at risk.

La région du Nord Cameroun est au cœur de la conservation de la biodiversité en raison de l’important réseau d’aires protégées qui couvre 44% de sa superficie, comprenant trois parcs nationaux et 28 zones d’intérêt cynégétiques (ZIC). L’objectif global de notre étude était d’évaluer la contribution de l’agroforesterie à la conservation de la biodiversité de la ZIC 19 à travers l’amélioration des connaissances sur les pratiques agroforestières adaptées à la zone. Spécifiquement, nous avons identifié et caractérisé les systèmes agroforestiers existants dans la ZIC, identifié les conflits dans l’utilisation et l’occupation des terres et leur fréquence relative et analysé la perception des populations locales sur le rôle de l’agroforesterie dans la résolution de ces conflits. Dans la ZIC 19, nous avons mené de mai à septembre 2014 un sondage dans dix villages choisis au hasard sur les 40 villages accessibles. Dans chaque village, 30% des ménages a été échantillonné. Au total, 90 paysans choisis dans 300 ménages ont été interrogés sur les systèmes agroforestiers existants, les types de conflits, leur localisation et leur perception quant aux systèmes agroforestiers à réduire ces conflits. Des entretiens semi structurés menés avec les agents de l’administration et les autorités traditionnelles ont également été menés. Six systèmes agroforestiers ont été identifiés dont le plus pratiqué était le système de plantation éparse (39%) et le moins pratiqué le parc arboré (2%). La majorité (65%) des conflits était due aux attaques de la faune sauvage sur les cultures. La fréquence des attaques dans les parcelles agricoles n’était pas associée à leur proximité des zones de conservation. Selon la majorité (79%) des paysans, les haies vives, les jardins de case et les parcs arborés contribuaient à réduire les conflits. Aucun lien n’existait entre cette perception et le nombre de systèmes agroforestiers développés, lesquels ne sont par ailleurs pas répartis uniformément sur le territoire. Nous recommandons aux gestionnaires de la ZIC 19, la promotion de la pratique des systèmes agroforestiers basée sur une gestion participative communautaire. Les systèmes agroforestiers à promouvoir sont les haies vives à épineux, les jachères améliorées et les parcs arborés. Mots clés : zone d’intérêt cynégétique, faune, agroforesterie, conflits, perception humaine. / North Cameroon is the focal point of a vast network of protected areas including three national parks and 28 hunting interest zones (zones d’intérêt cynégétique, ZIC). The overall objective of my study was to assess the contribution of agroforestry in the conservation of the biodiversity of ZIC 19 through the improvement of knowledge on agroforestry practices adapted to the area. Specifically, we identified and characterized the existing agroforestry systems in the ZIC, identified conflicts in the use and occupation of land, as well as their relative frequency, and analyzed the perception of local people on the role of agroforestry in the resolution these conflicts. We conducted a survey in ten randomly selected villages of the 40 accessible villages in the ZIC. In each village, we sampled 30% of peasant households. I interviewed 90 peasants from 300 households, on existing agroforestry systems, the types of conflicts, conflict location and the peasants’ perception of agroforestry systems to reduce these conflicts. Semi-structured interviews with administration officials and traditional authorities were also conducted. Six agroforestry systems were identified, the most frequently practiced was the sparse planting system (39%) and least practiced park (2%). The majority of conflicts was due to attacks by wild animals on crops. Frequency of attacks on pastures and crops was independent of distance to the nearest conservation area. According to the majority of peasants, hedgerows, box gardens and parklands helped reduce conflicts. There was no link between peasants’ perception and the number of developed agroforestry systems, which were not evenly distributed over the territory. It is recommended to managers of ZIC19, promoting the practice of agroforestry systems (thorn hedges, improved fallows) based on a community participatory management. Keywords: hunting land management, agroforestry, conflict, wildlife, perception.

Cette thèse participe à accroitre les connaissances sur les facteurs régissant la structures des communautés benthiques de la Grande Vasière (GV) du Golfe de Gascogne. Une attention particulière a été portée au rôle du chalutage de fond, dont l’intensité a été estimée à l’aide des données VMS. A l’échelle de la GV, nos résultats suggèrent que le chalutage de fond serait le principal moteur de structuration du mégabenthos (> 10 mm). Cependant, cette hypothèse n’a pu être formellement démontrée en raison de la co-variation entre l’activité de pêche et certaines caractéristiques environnementales. Par conséquent, les travaux ont été poursuivis sur une zone restreinte de la GV, choisie de manière à minimiser les variations dans l’habitat, tout en conservant un large gradient d’intensité de chalutageNous avons ainsi observé des modifications saisonnières et temporaires de la structure des communautés méga et macro-benthiques (>1 mm) en lien avec le chalutage. Ils proviendraient essentiellement d’une disponibilité alimentaire accrue pour les prédateurs-charognards de la mégafaune et de modifications des caractéristiques sédimentaires pour la macrofaune. En revanche, l’étude de la diversité fonctionnelle montre que ces changements n’ont que des répercussions mineures sur le fonctionnement de l’écosystème. Nos conclusions suggèrent que l’écosystème benthique de la GV a probablement été façonné par plusieurs décennies de pêche intensive et qu’il est actuellement adapté à des perturbations anthropiques chroniques / This PhD thesis aims at increasing the knowledge on factors influencing the benthic community structures of the « Grande Vasière » (GV) of the Bay of Biscay. Particular attention has been paid to the role of bottom trawling whose intensity has been estimated using VMS data. At the scale of the GV, our results suggest that bottom-trawling is the main driver of the megabenthic community structure (> 10mm). However, this hypothesis has not been formally demonstrated due to the co-variations between the trawling intensity and certain environmental characteristics. Hence, works continued on a restricted part of the GV that displayed minimal variations of environmental characteristics while exhibiting a wide gradient of trawling intensityResults suggest that bottom-trawling induces seasonnal and transient modifications on the mega and macrobenthic (> 1mm) communities. These changes could be due to an increase of food availability for the megabenthic predator-scavengers and to changes of sedimentary characteristics for macrofauna. However, investigation about functional diversity showed that these changes did not have major consequences on ecosystem functioning. We concluded that decades of bottom trawling may have shaped the benthic ecosystem of the GV and that it is currently adapted to frequent disruptions.

Pour résoudre le problème de déclin de la biodiversité, l'économie de la biodiversité, une branche de l'économie de l'environnement, suggère le recours aux mécanismes marchands. Lors de la Conférence des Nations Unies sur l'Environnement et le Développement (CNUED) de Rio en 1992, notamment durant les négociations de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB), cette idéalisation du marché en faveur de la conservation de la biodiversité influe fortement les décisions. Les pays riches en biodiversité, paradoxalement les plus pauvres, vont alors mettre en place des politiques basées sur la conciliation entre marché, développement soutenable et préservation de la biodiversité. Madagascar, un des hotspots en biodiversité, va prioriser dès la ratification de cette Convention, la valorisation de sa biodiversité par les marchés. Cette thèse a pour objectif d'analyser les retombées de ces marchés pour les populations locales et les impacts sur la conservation de la biodiversité. Basé sur l'étude de deux dispositifs marchands, à savoir les contrats de bioprospection et la filière huiles essentielles, ce travail montre que compte-tenu des objectifs de soutenabilité visés, intégrer la question de la redistribution permet de mieux répondre aux attentes des différents acteurs, en particulier celles des acteurs locaux, et de prendre en compte la diversité des enjeux. La première partie est axée sur l'analyse institutionnelle de la bioprospection et de la filière huiles essentielles. La seconde partie analyse les retombées économiques et les impacts de ces deux activités sur la conservation de la biodiversité, et propose l'utilisation d'une approche par les scénarios pour traiter de la question de redistribution.

Préserver la biodiversité est peut être un des plus grands défis de notre époque. Mais dès lors que l'on parle de biodiversité et non de diversité biologique s'ouvre un champ si vaste que ce terme nous amène au flou sémantique du mot nature. La biodiversité est un point de rencontre entre sciences de la nature et société. Avec l'avènement du Développement Durable, la biodiversité se trouve associée au progrès économique et social (Principe 5 de la Déclaration de Rio). Elle déborde du strict domaine de la protection de la nature, sa préservation devient critère, contrainte ou support de développement, bref indissociable désormais des politiques (Principe 4 ). Dépassant, d'un point de vue théorique comme d'un point de vue politique, toutes mesures objectives, les études de biodiversité croisent plusieurs champs de perceptions et de représentations, ceux des différentes sciences comme ceux des différents peuples. A ce carrefour, nous avons abordé la gestion locale de la Biodiversité en Guinée Maritime par niveaux d'intégration : relations à l'espèce, pratiques de l'écosystème et gestion territorial de l'éco-complexe. L'analyse menée au sein des objets géographiques, hybrides de nature et de culture, que sont la facette éco-paysagère et le territoire, montre à la fois l'interdépendance qui existe entre les trois niveaux d'intégration, comme les liens puissants qui se tissent entre faits sociaux et processus écologiques. Toutes ces interactions se conjuguent aujourd'hui en faveur du maintien de la diversité biologique comme de ses capacités de résilience, contrariant de fait les discours catastrophistes parfois tenus sur l'environnement en Afrique.

Cette thèse a pour objet l'étude des patrons de biodiversité et des processus qui la soustendent au sein d'un écosystème marin remarquable : les forêts de laminaires. L'originalité de ce travail a été de caractériser les variations spatio-temporelles de la biodiversité conjointement à deux niveaux de diversité intra et inter-spécifique. La diversité génétique des populations des deux espèces soeurs Laminaria digitata et Laminaria hyperborea, et la diversité spécifique des macroalgues vivant sous leur canopée ont été étudiées à l'échelle de la Bretagne, dans l'espace, à différents niveaux hiérarchiques (sur 500 km de côte), et dans le temps, à l'échelle des saisons et des deux dernières décennies. Les résultats obtenus révèlent que les populations de L. digitata, occupant la marge inférieure de l'intertidal, sont moins diverses et plus structurées que celles de l'espèce subtidale : L. hyperborea. De la même manière, les communautés algales en sous strate de L. digitata sont moins diverses et plus structurées que celles associées à L. hyperborea. Ces deux observations s'expliqueraient en partie par une dispersion plus importante en zone subtidale qu'en zone intertidale. Nos résultats démontrent qu'à l'échelle du littoral breton, il existe une mosaïque de conditions abiotiques avec des caractéristiques spatio-temporelles contrastées, et que cette variabilité permet d'expliquer certaines différences dans les patrons de diversité. Ainsi, les deux régions de la baie de Morlaix et de la mer d'Iroise forment " une poche d'eau froide " caractérisée par une faible amplitude des températures à la fois saisonnières et annuelles et apparaissent comme relativement peu impactées par le changement global par rapport aux autres régions étudiées. Les niveaux de diversité et de connectivité y sont forts aussi bien pour les mesures de diversités intra et inter-spécifiques et pour les deux espèces cibles. Inversement, la baie de St Malo, montre les niveaux de diversités et de connectivités génétique et spécifique les plus faibles aussi bien pour L. digitata que pour L. hyperborea alors que c'est la région étudiée qui révèle les plus fortes amplitudes saisonnières de températures des eaux de surface, cette variabilité s'accentuant nettement au cours des deux dernières décennies. Les patrons de diversités en Bretagne Sud, où les eaux sont les plus chaudes, diffèrent selon l'espèce cible (L. digitata s'y trouve en limite d'aire) et/ou le niveau de diversité considéré. En conclusion, nos résultats montrent qu'il existe une mosaïque d'environnements différents à une échelle spatiale (10 à 250 km) qui n'est souvent pas prise en compte dans les modèles de niches écologiques prédisant les changements de biodiversité. De plus, les corrélations entre les patrons spatiaux de diversité génétique et spécifique (SGDC) sont généralement positives, bien que leur force et leur significativité varient dans l'espace et/ou selon l'espèce cible considérée.

Les prairies semi-naturelles constituent des espaces multifonctionnels susceptibles de rendre de nombreux services à la société. Ce sont en particulier des agro-écosystèmes favorables à l'expression d'une grande diversité floristique et faunistique. Le pâturage peut constituer un mode de gestion durable de ces espaces adapté à des objectifs de préservation et de restauration de la diversité, pouvant concilier enjeux écologiques et agronomiques. Dans ce contexte, l'objectif de cette thèse est d'arriver à une meilleure compréhension de la réponse des communautés végétales au pâturage et des conséquences fonctionnelles associées en utilisant comme modèle d'étude, trois communautés végétales rencontrées dans les prairies humides du Marais Poitevin. Cet objectif requiert d'étudier le pâturage à la lumière de deux problématiques majeures de l'écologie des communautés : (i) l'étude des règles d'assemblage des communautés et (ii) l'étude du lien entre la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes. Pour cela, une approche fonctionnelle basée sur les traits des espèces se révèle pertinente. Nous avons montré que le pâturage a un impact positif sur la richesse et la diversité floristiques des trois communautés étudiées. Au sein de chacune de ces communautés, le patron de pâturage hétérogène des herbivores est à l'origine d'une hétérogénéité de la structure de la végétation qui se présente sous la forme d'une mosaïque de types de patchs caractérisés par des compositions floristiques et des abondances relatives des espèces contrastées. L'impact positif du pâturage sur la diversité et la richesse floristiques des communautés résulte à la fois (i) des variations de la composition floristique et des abondances relatives des espèces entre patchs et (ii) de l'impact des herbivores sur la diversité et la richesse spécifiques de la végétation à l'échelle intra-patch. Les variations de la composition floristique observées entre types de patchs sont le résultat des variations de l'importance de différents filtres environnementaux associés au pâturage, notamment du prélèvement de biomasse et de la compétition interspécifique. L'augmentation de l'intensité du pâturage entraîne un remplacement des espèces dominantes caractérisées par une fortes aptitude à la compétition aérienne et une stratégie conservatrice vis à vis des ressources par des espèces dominantes présentant une forte aptitude à l'acquisition des ressources une forte aptitude à la compétition racinaire. L'impact du pâturage sur la diversité à l'échelle intra-patch peut résulter de son impact négatif sur l'intensité de la compétition pour la lumière et de son impact sur l'hétérogénéité environnementale à une échelle fine. Nous avons enfin montré que le patron hétérogène de pâturage avait pour conséquence des variations des processus écosystémiques associés au cycle de l'azote et du carbone. Il existe un lien entre la structure des différents types de patchs générés par les herbivores et ces processus. Il apparaît que les valeurs des traits des espèces dominantes influencent davantage le fonctionnement écosystémique que la diversité de ces traits. Ce travail constitue une étape vers une approche prédictive de l'impact du pâturage sur la structure des communautés et le fonctionnement de l'écosystème pouvant se révéler d'une grande utilité dans l'optique de la gestion des prairies naturelles.

L'évaluation des conséquences de l'érosion de la biodiversité sur le fonctionnement de divers écosystèmes est récemment devenue une problématique centrale de l'écologie. Par le biais de 4 expériences réalisées dans des cours d'eau de tête de bassin, nous avons montré que la diversité de la ressource, des organismes décomposeurs, et de leurs prédateurs peuvent altérer le processus de décomposition par le biais de différents mécanismes. Notamment, il est montré que des altérations concomitantes de la biodiversité à plusieurs niveaux trophiques peuvent avoir des conséquences synergiques sur le fonctionnement de ces écosystèmes et l'efficacité de la décomposition des litières. Ces résultats suggèrent que l'évaluation formelle des conséquences de l'érosion de la biodiversité nécessite une prise en compte plus systématique de l'influence de la complexité trophique sur la structuration des communautés et sur le fonctionnement des écosystèmes.

Un des impacts importants des autoroutes sur l'avifaune est la mortalité due au trafic. Pour mesurer cette mortalité et évaluer les facteurs qui l'influencent, il faut tenir compte des biais importants affectant les comptages des cadavres sur la chaussée, et notamment leur rapide disparition due au trafic et au charognage. Lors de cette thèse, le nombre de tués a été évalué par des méthodes de capture-marquage-recapture d'après des comptages des cadavres en voiture et à pied sur des autoroutes du sud-ouest de la France. Les résultats montrent que les comptages de cadavres, et donc les estimations de tués, sont influencés par le statut taxonomique, la masse des cadavres, leur fraîcheur, et la saison, en lien notamment avec l'activité des charognards. La chouette effraie et certains turdidés sont les plus tués par le trafic. Ayant testé par GLM divers traits spécifiques (densités des passeriformes à proximité, régimes alimentaires, morphométrie, statut sédentaire/migrateur, capacité d'apprentissage), seul la distance de fuite apparaît influencer la mortalité liée au trafic. La prise en compte des facteurs environnementaux montre que les strigiformes sont plus souvent tués près des bermes mixtes, les passeriformes plus souvent tués près des bermes arborées, les deux moins souvent dans les profils en déblais. Déblais et merlons acoustiques en terre, abattage (ou non plantation) des arbres proches au droit des points noirs de collision des oiseaux, constituent des mesures efficaces de réduction de la mortalité.

L'activité érosive des badlands marneux des Alpes du Sud présente des conséquences négatives pour l'homme qui a ainsi cherché à restaurer ces terrains dès le XIXème siècle. Depuis une dizaine d'années, une stratégie d'ingénierie écologique y est développée et se concentre sur les lits de ravines, pierres angulaires de leur restauration. La question appliquée à la base de ce travail de thèse est d'identifier comment l'implantation d'ouvrages de génie écologique dans lelit de ravines marneuses érodées favorise leur restauration écologique sur le long terme.L'objectif de recherche associé à cette question est de mieux comprendre comment des communautés végétales interagissent avec la restauration des sols de lits de ravines érodées sur le long terme. Nous avons fait l'hypothèse que les traits végétaux des plantes à l'échelle de communautés constituent un point d'entrée pertinent pour étudier ces interactions. Dans la première partie, nous avons utilisé les traits comme un outil de compréhension de l'effet mécanique des plantes sur les dynamiques géomorphologiques des lits de ravines en cours de restauration. Nous avons notamment montré que les traits permettent d'expliquer la capacité de communautés végétales implantées à favoriser la formation d'amas sédimentaires dans le lit des ravines durant la première décennie post-travaux. Dans la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à l'évolution potentielle sur le long terme (centaine d'années) des propriétés de ces amas, constituant des sols en devenir. Nous avons montré que la diversité ainsi que les valeurs dominantes des traits végétaux influencent les propriétés de ces sols, notamment la stabilité des agrégats et la fertilité des sols. En plus d'être un outil de compréhension, nous montrons que cette utilisation des traits constitue un outil pour guider les actions de restauration de badlands via l'implantation d'ouvrages de génie écologique, en apportant des éléments sur le devenir géomorphologique et écologique post-travaux des systèmes sol-plante de lits de ravines.