Durant les 20 dernières années d'anciens bras latéraux du Rhin ont été restaurés par reconnexion au cours principal. L'objectif de cette thèse est d'évaluer l'efficacité de la restauration et de vérifier si l'écosystème aquatique a retrouvé sa fonctionnalité. Les communautés végétales aquatiques sont utilisées ici comme indicateurs de ces changements. De nombreux facteurs ont été mesurés : les communautés végétales, leurs traits biologiques, les flux et stocks de diaspores, la chimie de l'eau, du sédiment et des plantes, l'hydro-géomorphologie. Cette étude a été menée dans 9 sites restaurés et 3 sites de référence. Trois communautés végétales ont été identifiées : une "eutrophe", une "mésotrophe", et une "rhéophile". La composition de ces communautés est liée aux conditions physiques et trophiques, et aux flux de diaspores. Les reconnexions ont permis aux sites restaurés de retrouver des communautés et une fonctionnalité écologique semblables à celles des sites de référence. / During the last 20 years, side channels of the Rhine have been reconnected to the main course. The objective of this thesis is to assess the efficiency of restoration and the recovery of the ecosystems functionality. The aquatic plant communities were used as indicators of changes. Many factors were monitored: plant communities, their biological characteristics, flux and bank of propagules, the chemistry of water, sediment and plants, hydro-geomorphology. This study was conducted in 9 restored sites and 3 reference sites. Three aquatic plant communities were identified: eutrophic, mesotrophic and rheophilic. The composition of these communities is first linked to physical conditions and second to trophic level, together with flux of propagules. Reconnections allowed the restored sites to exhibit communities and ecological functioning similar to reference sites, in a relatively short time.

L'objectif de cette thèse est d’étudier la définition de paiements incitatifs pour la conservation de la biodiversité d’un point de vue empirique et théorique. Dans ce travail, nous visons également à intégrer de façon pertinente les processus écologiques spatiaux et dynamiques inhérents à la biodiversité terrestre dans les modèles économiques que nous développons.Dans le premier chapitre de cette thèse, nous évaluons empiriquement la coût-efficacité des paiements pour contrats Natura 2000 mis en place en forêt en France par le biais d'une approche ex ante. Le caractère insuffisant de la définition de ces paiements et leur mauvaise calibration montre la nécessité de repenser la définition de ces dispositifs d’incitations. Dans le deuxième et troisième chapitre de cette thèse, nous étudions donc la définition de paiements incitatifs efficients et coût-efficaces de façon théorique et conceptuelle, tout en prenant en compte les principaux enjeux posés par la définition de paiements incitatifs pour la conservation de la biodiversité terrestre. Le chapitre 2, par le biais d'un modèle principal-agent à valeur commune, étudie la possibilité de définir des paiements incitatifs différenciés à destinations des propriétaires privés lorsque les coûts et bénéfices de conservation sont hétérogènes et inobservables pour l’agence de conservation. Ce chapitre s’intéresse donc à l’impact de l’asymétrie d’information -- en particulier du phénomène d’anti-sélection -- sur la définition des paiements. Dans le chapitre 3, nous nous intéressons principalement à l’impact du changement climatique sur la définition de paiements incitatifs coût-efficaces. Dans ce chapitre, nous développons un modèle écologique-économique intégré, dynamique et spatialement explicite, nous permettant d’étudier la coût-efficacité relative de différents types de design, impliquant différents degrés de ciblage et de différentiation des paiements de conservation. Le travail réalisé dans l'ensemble de cette thèse nous permet de formuler des recommandations concernant le ciblage et le design de paiements incitatifs pour la conservation de la biodiversité. / The objective of this thesis is to study the definition of incentive payments for biodiversity conservation from an empirical and theoretical perspective. In this work, we also aim to account, in a relevant way, for spatial and dynamic ecological processes inherent to terrestrial biodiversity in the economic models that we develop. In the first chapter of this thesis, we empirically assess the cost effectiveness of incentive payments for biodiversity conservation implemented in French forests, namely Natura 2000 contracts, by undertaking an ex ante approach. Our results underline the inadequacy of the current definition of payments for Natura 2000 contracts and their poor calibration. This calls for a rethinking of the definition of conservation incentives. In the second and third chapter of this thesis we leave the framework of Natura 2000 contracts. We study the definition of efficient and cost-effective incentive payments in a theoretical and conceptual way, while taking into account the main challenges posed by the definition of incentive payments for biodiversity conservation. Chapter 2 explores, through a principal-agent common-value model, the possibility of differentiating conservation payments for private landowners when both conservation costs and benefits are heterogeneous and unobservable to the conservation planner. This chapter focuses on the impact of asymmetric information - especially of adverse selection - on the definition of payments. In Chapter 3, we investigate the impact of climate change on the definition of cost-effective incentive payments. In this chapter, we develop an integrated, dynamic and spatially explicit ecological-economic model, and study the relative cost-effectiveness of various payment design options, involving different levels of targeting and differentiation of conservation payments. The work done throughout this thesis allows us to formulate recommendations regarding the targeting and design of incentive payments for biodiversity conservation.

Cet étude s’adresse à la rencontre des savoirs entre les biologistes, les ingénieurs forestiers, les écologistes, les ribeirinhos et les indigènes au nord-amazonien du Brésil. La création du Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio) de l’Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) et l’invention en 2005 d’une nouvelle méthode de recherche, le RAPELD, poussent les perspectives scientifiques et institutionnelles à mettre ces différents acteurs en contact constant. Tout bref, il s’agit d’une méthode qui a la fin de mesurer, gérer et surveiller la biodiversité. Sur une période totale de dix mois répartie sur les années 2014 et 2015, j’ai suivi la rencontre de ces différents acteurs dans deux sites forestiers de rechercher où y était installé une grille complète de recherche RAPELD. Celle-là couvre une zone de 25km² quadrillée par un maillage Nord-Sud et Est-Ouest de 5km. Au travers des récits ethnographiques, j’ai suivi six études dans des thématiques multiples dans deux sites particuliers de la forêt: le Parque Nacional do Viruá et l’Estação Ecológica de Maracá. Le premier étant situé au nord et le second au sud de l’État de Roraima. Tous les deux sont des Centres de Conservation de la Biodiversité. Le Parque Nacional do Viruá est entouré des peuples des ribeirinhos qui habitent dans les petits Villages de Petrolina, Vista Alegre et à la ville de Caracaraí. Dans le cas de l’Estação Ecológica de Maracá, il s’agit d’un lieu entremêlé par une mosaïque de Terres Indigènes parmi lesquelles je me suis engagé dans celle du Boqueirão, habitée en majorité par l’ethnie macuxi. Dans toutes ces localités, les peuples participent comme assistants de terrain auprès des chercheurs. Parmi les multiples agencements qui mettent en rapport direct les chercheurs du PPBio avec les ribeirinhos et les macuxis, l’analyse porte sur les modes spécifiques par lesquels circulent, en chaque endroit, les désirs de conservation et les croyances quant à son importance. À la place d’énoncés et de discours, les acteurs s’engagent plutôt via des pratiques de collecte de données sur la biodiversité. À leur tour, ces mêmes pratiques mettent en évidence la dimension sensitive de la production de la connaissance. Les modes d’engagement révèlent donc les micro-dynamiques entre d’une part les forces quantitatives du désir et des croyances et, de l’autre, la force qualitative de la sensation. Toutes ces forces sont toujours entremêlées, comme en a fait état Gabriel Tarde dans sa sociologie. L’analyse porte sur les gestes, les contacts et les affections qui s’instaurent dans cet ensemble de pratiques, à travers de ce que Gabriel Tarde appelle la possession réciproque. En conséquence, tout comme ce que Michel Serres appelait le corps mêlé, il se crée de nouvelles capacités, ou aptitudes, dans une zone d’entre-savoirs. Un nouveau registre sociologique apparaît. Toutes les singularités que chaque localité apporte à la pratique de la recherche, se font présentes dans le traitement entre les locaux et les scientifiques. Ceux-là mettent en évidence le rapport de connaissance entre les sens, les outils de recherche et aussi les acteurs les plus différents. La compréhension moderne - donc coloniale – enveloppe des opérations pragmatiques, dans le sens où Alfred North Whitehead les définit. Dans ce cas-ci il s’agit de la relation spécifique entre le concret et l’abstrait de la “crise de l’extinction de la biodiversité”, facette particulière de la “crise de l’environnement”. L’expérience sensitive ajoute des dimensions inattendues à la compréhension moderne de la biodiversité. Autant la société comme l’environnement semblent refaites. Appréhender des corps entre eux c’est apprendre de nouvelles manières d’expérimenter la réalité. Il s’ouvre une nouvelle façon de faire de la politique. / Este trabalho de tese trata do encontro de saberes entre biólogos, engenheiros florestais, ecólogos, ribeirinhos, indígenas e a mata no norte-amazônico brasileiro. A criação do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio), vinculado ao Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia (INPA) e o surgimento, em 2005, de um novo método de medição, gestão e monitoramento da biodiversidade, o RAPELD, vêm colocando, sob a perspectiva científica e institucional, estes e outros agentes em constante contato. Ao longo dos anos de 2014 e 2015, num período total de dez meses, acompanhei o encontro entre estes agentes mata adentro, em dois sítios de pesquisa onde há instalada a grade RAPELD completa, este espaço permanente de 25km2, quadriculado por trilhas Norte-Sul e Leste-Oeste de 5km de extensão. Acompanhei, por intermédio da experiência e de relatos etnográficos, seis expedições com temas de pesquisa variados, em dois sítios específicos, o Parque Nacional do Viruá e a Estação Ecológica de Maracá, sendo este mais ao norte e aquele mais ao sul do Estado de Roraima. Ambos são Unidades de Conservação. O Parque Nacional do Viruá está rodeado de populações ribeirinhas reunidas nas Vilas de Petrolina e Vista Alegre, bem como no município de Caracaraí. A Estação Ecológica de Maracá, a sua vez, está cercada por um mosaico de Terras Indígenas, dentre as quais me detive na Terra Indígena do Boqueirão, de maioria macuxi. Em todas estas localidades, as populações locais atuam como auxiliares de pesquisa junto aos cientistas. Dentre os inúmeros atravessamentos que colocam em relação direta os pesquisadores do PPBio com os ribeirinhos e macuxis ali presentes, a análise é direcionada aos modos por meio dos quais circulam, em cada lugar, o desejo na conservação da biodiversidade e a crença na sua relevância Os agentes são engajados entre si, antes dos enunciados e discursos, por práticas de levantamento de dados sobe a biodiversidade que colocam em evidência a dimensão sensitiva da produção de conhecimento. Os modos de engajamento, portanto, expõem as microdinâmicas entre as forças quantitativas do desejo e da crença, e a força qualitativa da sensação, como Gabriel Tarde as definiu. Estas práticas são analisadas pelos gestos, contatos e afecções que se instauram entre pessoas, folhas, facões, lupas, trados, animais etc. mediante aquilo que este sociólogo chama de possessão recíproca. Instaura-se, assim, o que Michel Serres nomeia de corpo misturado. Instauram-se, também, novas habilidades em uma zona de entre-saberes. Abre-se um novo registro sociológico. Em meio às singularidades que cada localidade aporta às pesquisas, está o tratamento entre locais e cientistas, e a relação entre os sentidos e os instrumentos. O entendimento moderno, portanto colonial, aparece envelopado pelas operações pragmáticas de Alfred North Whitehead. Neste caso, estas definem a relação específica entre o concreto e o abstrato da “crise de extinção da biodiversidade”, faceta particular da “crise do ambiente”. O atravessamento sensitivo acrescenta dimensões inesperadas ao entendimento moderno da biodiversidade. Sociedade e ambiente se reconfiguram. Apreender os corpos entre si é aprender novas maneiras de experienciar a realidade. Abre-se uma nova forma de fazer política. / Este trabajo de tesis es sobre el encuentro de saberes entre biólogos, ingenieros forestales, ecólogos, ribereños y indígenas en el norte de la Amazonia brasileña. La creación del Programa de Pesquisa em Biodiversidad (PPBio) del Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) y la invención, en 2005, de un nuevo método de investigación para medir, gestionar y monitorear la biodiversidad, el RAPELD, ponen en constante contacto, a lo largo de estos últimos años, bajo la perspectiva científica e institucional, estos y otros agentes. En los años de 2014 y 2015, en un periodo total de diez meses, seguí el encuentro de estos agentes en el interior del bosque, en dos sítios de investigación donde hay instalada la grelha RAPELD completa, un espacio permanente de 25km2, cuadriculado por trilas Norte-Sur y Este-Oeste de 5km de extensión. En el marco de la experiencia y de los relatos etnográficos, seguí seis expediciones con temas de investigación variados, en dos sitios específicos, el Parque Nacional do Viruá y la Estação Ecológica de Maracá, este más al norte y aquello más al sur del Estado de Roraima. Los dos son Unidades de Conservación. El alrededor del Parque Nacional do Viruá es compuesto por poblaciones ribereñas reunidas en los pueblitos de Petrolina y Vista Alegre, así como en la cuidad de Caracaraí. La Estação Ecológica de Maracá, a su vez, está entretejida con un mosaico de Tierras Indígenas, entre las cuales yo me detuve en la Tierra Indígena del Boqueirão, de mayoría macuxi. En todas estas localidades, las poblaciones locales actúan como auxiliares de investigación al lado de los científicos. Entre los innumerables entrelazamientos que ponen en relación directa a los investigadores del PPBio con los ribereños y macuxis ahí presentes, el análisis se dirige a los modos en los cuales circulan en cada lugar el deseo por la conservación de la biodiversidad y la creencia en su relevancia Los agentes interactúan entre sí no por medio de los enunciados y discursos, sino a través de las prácticas de colección de datos sobre la biodiversidad que sacan à la luz la dimensión sensitiva de la producción de conocimiento. Según la definición de Gabriel Tarde, las microdinámicas entre las fuerzas cuantitativas del deseo y de la creencia, y la fuerza cualitativa de la sensación, traen à la superfície los modos de entrelazamiento entre agentes múltiples. Estas prácticas son analizadas por los gestos, contactos y afecciones que se instauran entre personas, hojas, machetes, lupas, trados, animales etc. mediante lo que este sociólogo llama posesión recíproca. Se produce, así, lo que Michel Serres llama cuerpo mezclado. Se instauran, también, nuevas habilidades en la zona de entre-saberes. Se abre un nuevo registro sociológico. Todas las singularidades que se traman entre cada localidad y las investigaciones se hacen presentes en el tratamiento entre locales y científicos, y en la relación entre los sentidos y los instrumentos. El entendimiento moderno, por lo tanto colonial, es analisado por medio de las operaciones pragmáticas de Alfred North Whitehead. Aquellas definen, en este caso, la relación específica entre lo concreto y lo abstracto de la “crisis de extinción de la biodiversidad”, faceta particular de la crisis del ambiente. La experiencia sensitiva añade dimensiones inesperadas à la comprensión moderna de la biodiversidad. La sociedad y el medio ambiente se modifican. La aprehensión de los cuerpos entre sí significa el aprender nuevas maneras de experimentar la realidad. Nace una nueva forma de hacer política.

La préservation de l’environnement urbain est aujourd’hui une préoccupation récurrente dans notre société. La lutte contre le réchauffement climatique et la protection de la biodiversité représentent des enjeux majeurs pour les villes. Des enjeux, qui incitent à une évolution de nos modes de vie. Face à l’urgence d’une réponse aux menaces qui pèsent sur l’environnement, le Droit peut offrir un cadre aux mutations attendues. Mais jusqu’à présent, le Droit de l’environnement n’apporte que des réponses partielles, timorées et souvent complexes. L’étude des techniques juridiques de préservation de l’environnement urbain révèle que la protection de la nature s’est longtemps cantonnée à des pratiques et des usages plutôt qu’à des dispositifs juridiques. Toutefois, la jurisprudence de la Cour européennes des Droits de l’Homme portant sur l’environnement ainsi que l’émergence en France d’une législation visant à protéger la biodiversité ouvre la voie à une meilleure conservation de la nature en ville.Le lien, aujourd’hui avéré, entre la lutte contre le réchauffement climatique et la protection de la biodiversité plaide en faveur de l’avènement d’un corpus juridique garant de la protection de l’environnement urbain. Les difficultés à faire émerger ce cadre juridique doivent être dépassées au nom de la préservation de la vie sur la terre / Today, the preservation of the urban environment is a recurring source of concern in our society. Fighting global warming and protecting biodiversity are major issues for the cities or (even) challenges that will imply an evolution in our lifestyle. Faced to the emergency of a response to the threats hanging over the environment, Law may offer a framework for the expected changes. However, up to now, environmental law only provides partial, timid and often complex answers. Technical studies on legal proposals for the preservation of the city / cities show that conservation has been limited to practices and customs rather than legal arrangements. Nevertheless, the jurisprudence of the European Courts of Human Rights relating to the environment and French emerging legislation to protect biodiversity points the way to better nature conservation in cities.The connection, today proven, between the fight against global warming and the conservation of biodiversity urges in the coming of a single legal corpus safeguarding the conservation / preservatiion of the urban environment. The difficulties in emerging this legal framework should be discarded in favour of preservation of life on earth

Quatre espèces halophyles, Silene maritima, Carpobrotus edulis, Senecio cineraria et Limonium latifolium, ont fait l’objet d’études phytochimiques en procédant par fractionnement bioguidé. Nous avons ainsi identifié une trentaine de métabolites bioactifs, capables de limiter la production d’espèces réactives de l’oxygène qui interviennent dans le stress radicalaire et/ou inflammatoire et/ou de favoriser la lipolyse adipocytaire. La visualisation de l’impact du biotope sur le métabolome de Silene maritima nous a permis d’identifier des marqueurs jouant un rôle important dans la capacité adaptative de cette halophyte sous l’effet de stress environnementaux. L’analyse de profils métaboliques montre clairement qu’un même individu, récolté à des moments différents et/ou dans des biotopes différents, possède une composition phytochimique variable. Afin de tester l’effet d’éliciteurs sur la capacité biosynthétique de suspensions cellulaires de Silene maritima, nous avons eu recours à la biotechnologie végétale. Nous avons également développé des conditions de culture in vitro permettant l’initiation de cals à partir d’une halophyte protégée, Crambe maritima. Ces cals pourront in fine servir à initier des suspensions cellulaires, valorisables industriellement. / Four halophile species, Silene maritima, Carpobrotus edulis, Senecio cineraria and Limonium latifolium have been studied phytochemically by bioguided fractionation. This work led to the discovery of thirty biologically active compounds able to reduce the production of reactive oxygen species that occur during inflammatory and/or radical stress, and to promote the adipocytary lipolysis. The visualization of the biotope’s impact on the halophyte Silene maritima metabolome helped us to identify markers playing an important role in the adaptative capacity of plants under environmental stress. Analysis of metabolite profiles clearly shows that the same individual harvested at a different moment and/or from a different biotope possesses an extremely variable chemical composition. In order to test elicitor effect, we used plant biotechnology. Finally, we were able to develop in vitro culture conditions permitting initiation of callus from the protected halophile Crambe maritima. The obtained callus could serve to initiate cell suspension, which is suitable for industrial purposes.

La biosphère marine joue un rôle fondamental dans la dynamique du Système Terre (cycle du carbone, composition atmosphérique, etc.) et rend un certain nombre de services essentiels à l’humanité (pêcheries, séquestration du carbone notamment). Sa vulnérabilité aux changements globaux (changement climatique, exploitation croissante des ressources naturelles et pollution en particulier) rend nécessaire et urgente l’anticipation de ses évolutions possibles. Dans cette perspective, il s’agira dans cette thèse d’étudier comment les écosystèmes marins sont structurés par leur environnement et comment cette structuration peut influer sur leur fonctionnement jusqu'à l’échelle de l’océan global. Dans un premier temps un cadre de modélisation a été développé pour prendre en compte l'impact de l'environnement des individus aux populations aux communautés. Il est basé sur un modèle de spectre de biomasse représentant les communautés de poisson en utilisant seulement la taille des individus et la taille maximum des espèces comme variables. Issu d'un modèle détaillé par Maury O. & Poggiale J.C. (2013) il est implémenté pour la représentation d'une communauté de poisson générique. Des indicateurs de structure, diversité et métabolisme sont développés pour étudier les écosystèmes ainsi représentés. Une fois le cadre méthodologique définit le modèle est utilisé pour l'étude idéalisée des propriétés du spectre de biomasse contraint par des conditions environnementales variables. L'impact de la variation de production primaire ainsi que la variation de température du milieu sont plus particulièrement étudiés. Tout d'abord en statique, c'est à dire en imposant différents niveaux constants. Indépendamment du forçage les communautés ont des propriétés similaires en augmentant la production primaire, en diminuant la température du milieu. Quatre domaines se succèdent en augmentant la production primaire, diminuant la température, à l'intérieur desquels les communautés de poissons ont des caractéristiques similaires. Les différentes propriétés dans les différents domaines induisent diverses sensibilités des écosytèmes à des niveaux de production primaire et/ou température distincts. Afin de lier les résultats de ces expériences numériques à la réalité, les propriétés des écosystèmes à différentes latitudes sont simulées. Le spectre de communauté est calculé le long d'une section latitudinale de l'équateur au pôle en forçant avec des niveaux moyens de production primaire et température. Les propriétés des écosystèmes ainsi représentés éclairent sur l'observation de tailles d'espèces croissantes de l'équateur aux pôles, la règle de Bergmann. Après ces résultats pour des spectres statiques, les propriétés dynamiques des spectres de communauté sont étudiées par l'étude de la saisonnalité. En forçant les communautés à différentes latitudes par un cycle saisonnier de production primaire et température, la succession d'espèces au sein de celles-ci joue un rôle sur les propriétés des communauté. Des pôles à l'équateur cette succession est plus ou moins marquée et impact la capacité des écosystème à maintenir les espèces les plus larges tout au long de la période de basse production entre deux blooms. Une fois les propriétés du spectre de biomasse évaluées de façon idéalisée, le modèle est implémenté dans le modèle d'écosystème APECOSM afin de prendre en compte les interactions spatiales et les interactions avec l'habitat. Appliqué à l'échelle de l'océan global et forcé par les champs physiques et biogeochimiques du modèle NEMO-PISCES il permet la modélisation des caractéristiques des écosytèmes en fonction de leur environnement. Différentes caractéristiques connues des écosystèmes marins sont reproduites, notamment la règle de Bergmann. Les modèles actuels décrivant le fonctionnement des écosystèmes marins ne comportent que des représentations très simplifiées de la biodiversité / The marine biosphere plays a fundamental role in the earth system dynamics (carbon cycle, atmosphere composition, etc.) and provides numerous essential services to humanity (fisheries, carbon sequestration). Its vulnerability to global change (climate change, growing exploitation of natural resources, pollution) makes the study of its evolutions imperative. In this framework, the aim of this thesis is the study of the structuring of the marine biodiversity by hydro-climatic variability of the global ocean, as well as how this structuring impacts on the ecosystems functioning. First, a modelling framework is developed to account for the impact of environment from individuals to populations to communities. It is based on a biomass size spectrum model which represents fish communities with individuals size and species maximum length as only variables. Detailed in Maury O. & Poggiale J. C. (2013) the model is implemented to represent a generic fish community. Indicators of structure, diversity and metabolism are developed to study so represented ecosystems. Once the methodogical framework defined the model is used for the idealized study of the biomass size spectrum properties when constrained with different environmental conditions. The impact of distinct constant primary production and temperature levels are investigated. First the static impact, forcing ecosystems with constant levels. Communities present similar properties for increasing primary production or decreasing water temperature. A succession of four domains characterized by similar fish community features are observed with increasing primary production, decreasing temperature. These distinct charateristics will induce distinct sensitivities of ecosystems function of the level of primary production or temperature. In order to link the results of these numerical experiments to reality the properties of ecosystems along latitudes are also computed. The community biomass spectrum is simulated along stations at different latitudes from pole to equator forcing with mean primary productions and temperatures. The properties of so represented communities enlight the observation of increasing species length with latitude, the so called Bergmann's rule. After the results for static spectra, the dynamic properties of fish community spectra are analyzed through the seasonality. Forcing communities at different latitudes with a seasonal primary production and temperature cycle a more or less strong species sucession is observed. The succession impacts the capacity of communities to maintain larger species during the bad season of poor conditions between two peaks of primary production. Once the properties of the biomass community spectrum investigated in an idealized manner, the model is implemented in the ecosystem model APECOSM in order to account for the spatial interactions and the link with habitat. Applied in the global ocean and forced with physical and biogeochemical NEMO-PISCES domains the model allows the modelling of ecosystems characteristics. Different known characteristics of marine ecosystems are reproduced, especially Bergmann's rule. The current models describing marine ecosystems provide a simplified representation of biodiversity (e.g. NPZD type biochemical models, Ewe or Atlantis type box models, OSMOSE and APECOSM type models). It induces a limitation of their use in the study of the impact of climate change on biodiversity and reversely; for the study of the impact of biodiversity changes on the functioning of ecosystems. The model we describe mechanistically allows the representation of the dynamic of ecosystems from individual bioenergetic and predation interactions while keeping diversity.

Ce travail a permis de démontrer que l’avenir de la conservation des ressources biologiques ne se joue pas seulement dans les aires protégées, mais aussi que l’intégration des zones non protégées dans un plan de gestion rationnelle du territoire pourrait être un gage de conservation à long terme. En outre, il a aussi démontré aux différents acteurs que la présence d’une aire protégée dans une localité n’est pas sans effets sur les zones périphériques. Pour ce faire, 65 impacts des parcs nationaux sur les zones périphériques ont été répertoriés dont 28 impacts positifs soit 43% contre 37 impacts négatifs soit 57%. Les impacts socio-économiques sont les plus nombreux suivis des impacts culturels et des impacts écologiques.L’analyse critique et comparative, qui s’est inscrite dans la perspective du paradigme de développement durable, a révélé que beaucoup d’impacts écologiques se manifestent à long terme. Les impacts socio-économiques et culturels négatifs sont mieux gérés dans une approche de gestion participative par opposition à une gestion trop centralisée et exclusive. Les facteurs extrinsèques qui ont influencé l’intensité des impacts sont d’ordre socio-politique, démographique, climatique, les systèmes de cultures locales et l’empreinte écologique des centres urbains situés à proximité. Cette influence témoigne de la difficulté à dissocier les impacts imputés aux créations des espaces protégés de ceux générés par d’autres facteurs. Ce qui justifie à suffisance que non seulement les impacts sont multiformes mais s’expriment différemment selon les contextes. En outre, les approches participatives permettent de faire accepter les impacts négatifs sans pouvoir les atténuer totalement. / This work has enabled to show that the future of biological resources safeguarding is not only to be performed on the protected areas but also the integration of non protected areas in the rational management framework of the territory could be a guarantee of a sustainable safeguarding. Moreover, it has also shown to different actors that the presence of a protected area in a location is not without impact on surrounding areas. In this case, 65 national parks impacts on the surrounding areas have been identified meaning there are 28 positive impacts representing 43% against 37 negative impacts representing 57%. Socio-economic impacts are the most numerous followed by cultural impacts and ecological impacts.In order to get these results, two case studies have been performed on Manda and Sena Oura national parks in Chad, all located in the southern area. These are two national parks of the differents generations. In the study framework, 152 people have been surveyed among which there are 19 civil servants, 11 development representatives and 122 members of local communities adjacent to national parks. The satellite images have completed the analysis agenda.The critical and comparative analysis which is included in the perspective of the sustainable development paradigm has revealed that many ecological impacts will occur in long term. The negative socio economic and cultural impacts are best managed in a participative management approach as opposed to a too centralized and exclusive management. The intrinsic factors which have influenced the intensity of impacts are of socio political, demographic, climatic order, the local culture systems and ecological footprints of urban centers nearby. This influence witnesses the difficulty to separate impacts attributed to the creation of protected areas from those generated by other factors.

Le concept de « réseau écologique » souligne l'importance de la connectivité écologique entre différents espaces naturels. Produit des évolutions historiques des pratiques de conservation et des nouvelles découvertes scientifiques, ce concept propose une nouvelle manière d'appréhender la protection de la nature. De nombreuses initiatives de « réseaux écologiques » ont ainsi lieu à travers le monde, notamment dans les Alpes. Elles témoignent de cette nouvelle conception de la protection de la nature, qui dépasse la simple conservation d'espèces pour s'orienter vers la préservation de systèmes écologiques. L'application de ce concept est étudiée dans trois régions alpines en Allemagne, Suisse et France. Sur ces territoires, de nombreuses initiatives différentes viennent se superposer, engendrant des questionnements quant à la coordination et la coopération entre ces divers échelles, acteurs, actions et les objectifs qui en découlent. En plus de ses impacts purement écologiques, la démarche de réalisation de réseaux écologiques semble également offrir un potentiel particulier allant au-delà des objectifs liés à la protection de la nature. Ce sont également ces autres effets fortuits qui sont au cœur de la recherche : le potentiel mobilisateur de l'outil offrant des possibilités particulières de gouvernance territoriale, les liens existants et potentiels avec l'aménagement du territoire, et les nouvelles logiques d'acteurs. Le concept de réseaux écologiques est venu bouleverser les pratiques de protection de la nature entrainant des modifications de la perception de la nature par la société et transformant ainsi également la relation entre la société et la nature. / The concept of “ecological networks” emphasises the importance of ecological connectivity between different natural areas. As a result of the historical evolutions of nature conservation practices and new scientific evidence this concept provides a new approach to nature protection. Numerous initiatives of “ecological networks” exist worldwide and also in the Alps. They are evidence of this new conception of nature protection going beyond the conservation of single species aiming the protection of functioning ecosystems. The implementation of this concept is analysed in three alpine regions in Germany, Switzerland and France. In these regions various different initiatives are overlapping one another generating interrogations concerning the coordination and cooperation between the different scales, actors, actions and related aims. In addition to the pure ecological impacts the creation of ecological networks seems to offer a particular potential going beyond the general objectives related to nature protection. These additional casual effects are in the centre of this research: the potential of the tool to mobilise various categories of different actors, the particular possibilities of regional governance, the prospective and existing links with spatial planning. The concept of ecological networks has completely changed nature protection practice inducing modifications of the perception of nature by society and therefore of the relation between society and nature.

Cet étude s’adresse à la rencontre des savoirs entre les biologistes, les ingénieurs forestiers, les écologistes, les ribeirinhos et les indigènes au nord-amazonien du Brésil. La création du Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio) de l’Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) et l’invention en 2005 d’une nouvelle méthode de recherche, le RAPELD, poussent les perspectives scientifiques et institutionnelles à mettre ces différents acteurs en contact constant. Tout bref, il s’agit d’une méthode qui a la fin de mesurer, gérer et surveiller la biodiversité. Sur une période totale de dix mois répartie sur les années 2014 et 2015, j’ai suivi la rencontre de ces différents acteurs dans deux sites forestiers de rechercher où y était installé une grille complète de recherche RAPELD. Celle-là couvre une zone de 25km² quadrillée par un maillage Nord-Sud et Est-Ouest de 5km. Au travers des récits ethnographiques, j’ai suivi six études dans des thématiques multiples dans deux sites particuliers de la forêt: le Parque Nacional do Viruá et l’Estação Ecológica de Maracá. Le premier étant situé au nord et le second au sud de l’État de Roraima. Tous les deux sont des Centres de Conservation de la Biodiversité. Le Parque Nacional do Viruá est entouré des peuples des ribeirinhos qui habitent dans les petits Villages de Petrolina, Vista Alegre et à la ville de Caracaraí. Dans le cas de l’Estação Ecológica de Maracá, il s’agit d’un lieu entremêlé par une mosaïque de Terres Indigènes parmi lesquelles je me suis engagé dans celle du Boqueirão, habitée en majorité par l’ethnie macuxi. Dans toutes ces localités, les peuples participent comme assistants de terrain auprès des chercheurs. Parmi les multiples agencements qui mettent en rapport direct les chercheurs du PPBio avec les ribeirinhos et les macuxis, l’analyse porte sur les modes spécifiques par lesquels circulent, en chaque endroit, les désirs de conservation et les croyances quant à son importance. À la place d’énoncés et de discours, les acteurs s’engagent plutôt via des pratiques de collecte de données sur la biodiversité. À leur tour, ces mêmes pratiques mettent en évidence la dimension sensitive de la production de la connaissance. Les modes d’engagement révèlent donc les micro-dynamiques entre d’une part les forces quantitatives du désir et des croyances et, de l’autre, la force qualitative de la sensation. Toutes ces forces sont toujours entremêlées, comme en a fait état Gabriel Tarde dans sa sociologie. L’analyse porte sur les gestes, les contacts et les affections qui s’instaurent dans cet ensemble de pratiques, à travers de ce que Gabriel Tarde appelle la possession réciproque. En conséquence, tout comme ce que Michel Serres appelait le corps mêlé, il se crée de nouvelles capacités, ou aptitudes, dans une zone d’entre-savoirs. Un nouveau registre sociologique apparaît. Toutes les singularités que chaque localité apporte à la pratique de la recherche, se font présentes dans le traitement entre les locaux et les scientifiques. Ceux-là mettent en évidence le rapport de connaissance entre les sens, les outils de recherche et aussi les acteurs les plus différents. La compréhension moderne - donc coloniale – enveloppe des opérations pragmatiques, dans le sens où Alfred North Whitehead les définit. Dans ce cas-ci il s’agit de la relation spécifique entre le concret et l’abstrait de la “crise de l’extinction de la biodiversité”, facette particulière de la “crise de l’environnement”. L’expérience sensitive ajoute des dimensions inattendues à la compréhension moderne de la biodiversité. Autant la société comme l’environnement semblent refaites. Appréhender des corps entre eux c’est apprendre de nouvelles manières d’expérimenter la réalité. Il s’ouvre une nouvelle façon de faire de la politique. / Este trabalho de tese trata do encontro de saberes entre biólogos, engenheiros florestais, ecólogos, ribeirinhos, indígenas e a mata no norte-amazônico brasileiro. A criação do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio), vinculado ao Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia (INPA) e o surgimento, em 2005, de um novo método de medição, gestão e monitoramento da biodiversidade, o RAPELD, vêm colocando, sob a perspectiva científica e institucional, estes e outros agentes em constante contato. Ao longo dos anos de 2014 e 2015, num período total de dez meses, acompanhei o encontro entre estes agentes mata adentro, em dois sítios de pesquisa onde há instalada a grade RAPELD completa, este espaço permanente de 25km2, quadriculado por trilhas Norte-Sul e Leste-Oeste de 5km de extensão. Acompanhei, por intermédio da experiência e de relatos etnográficos, seis expedições com temas de pesquisa variados, em dois sítios específicos, o Parque Nacional do Viruá e a Estação Ecológica de Maracá, sendo este mais ao norte e aquele mais ao sul do Estado de Roraima. Ambos são Unidades de Conservação. O Parque Nacional do Viruá está rodeado de populações ribeirinhas reunidas nas Vilas de Petrolina e Vista Alegre, bem como no município de Caracaraí. A Estação Ecológica de Maracá, a sua vez, está cercada por um mosaico de Terras Indígenas, dentre as quais me detive na Terra Indígena do Boqueirão, de maioria macuxi. Em todas estas localidades, as populações locais atuam como auxiliares de pesquisa junto aos cientistas. Dentre os inúmeros atravessamentos que colocam em relação direta os pesquisadores do PPBio com os ribeirinhos e macuxis ali presentes, a análise é direcionada aos modos por meio dos quais circulam, em cada lugar, o desejo na conservação da biodiversidade e a crença na sua relevância Os agentes são engajados entre si, antes dos enunciados e discursos, por práticas de levantamento de dados sobe a biodiversidade que colocam em evidência a dimensão sensitiva da produção de conhecimento. Os modos de engajamento, portanto, expõem as microdinâmicas entre as forças quantitativas do desejo e da crença, e a força qualitativa da sensação, como Gabriel Tarde as definiu. Estas práticas são analisadas pelos gestos, contatos e afecções que se instauram entre pessoas, folhas, facões, lupas, trados, animais etc. mediante aquilo que este sociólogo chama de possessão recíproca. Instaura-se, assim, o que Michel Serres nomeia de corpo misturado. Instauram-se, também, novas habilidades em uma zona de entre-saberes. Abre-se um novo registro sociológico. Em meio às singularidades que cada localidade aporta às pesquisas, está o tratamento entre locais e cientistas, e a relação entre os sentidos e os instrumentos. O entendimento moderno, portanto colonial, aparece envelopado pelas operações pragmáticas de Alfred North Whitehead. Neste caso, estas definem a relação específica entre o concreto e o abstrato da “crise de extinção da biodiversidade”, faceta particular da “crise do ambiente”. O atravessamento sensitivo acrescenta dimensões inesperadas ao entendimento moderno da biodiversidade. Sociedade e ambiente se reconfiguram. Apreender os corpos entre si é aprender novas maneiras de experienciar a realidade. Abre-se uma nova forma de fazer política. / Este trabajo de tesis es sobre el encuentro de saberes entre biólogos, ingenieros forestales, ecólogos, ribereños y indígenas en el norte de la Amazonia brasileña. La creación del Programa de Pesquisa em Biodiversidad (PPBio) del Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) y la invención, en 2005, de un nuevo método de investigación para medir, gestionar y monitorear la biodiversidad, el RAPELD, ponen en constante contacto, a lo largo de estos últimos años, bajo la perspectiva científica e institucional, estos y otros agentes. En los años de 2014 y 2015, en un periodo total de diez meses, seguí el encuentro de estos agentes en el interior del bosque, en dos sítios de investigación donde hay instalada la grelha RAPELD completa, un espacio permanente de 25km2, cuadriculado por trilas Norte-Sur y Este-Oeste de 5km de extensión. En el marco de la experiencia y de los relatos etnográficos, seguí seis expediciones con temas de investigación variados, en dos sitios específicos, el Parque Nacional do Viruá y la Estação Ecológica de Maracá, este más al norte y aquello más al sur del Estado de Roraima. Los dos son Unidades de Conservación. El alrededor del Parque Nacional do Viruá es compuesto por poblaciones ribereñas reunidas en los pueblitos de Petrolina y Vista Alegre, así como en la cuidad de Caracaraí. La Estação Ecológica de Maracá, a su vez, está entretejida con un mosaico de Tierras Indígenas, entre las cuales yo me detuve en la Tierra Indígena del Boqueirão, de mayoría macuxi. En todas estas localidades, las poblaciones locales actúan como auxiliares de investigación al lado de los científicos. Entre los innumerables entrelazamientos que ponen en relación directa a los investigadores del PPBio con los ribereños y macuxis ahí presentes, el análisis se dirige a los modos en los cuales circulan en cada lugar el deseo por la conservación de la biodiversidad y la creencia en su relevancia Los agentes interactúan entre sí no por medio de los enunciados y discursos, sino a través de las prácticas de colección de datos sobre la biodiversidad que sacan à la luz la dimensión sensitiva de la producción de conocimiento. Según la definición de Gabriel Tarde, las microdinámicas entre las fuerzas cuantitativas del deseo y de la creencia, y la fuerza cualitativa de la sensación, traen à la superfície los modos de entrelazamiento entre agentes múltiples. Estas prácticas son analizadas por los gestos, contactos y afecciones que se instauran entre personas, hojas, machetes, lupas, trados, animales etc. mediante lo que este sociólogo llama posesión recíproca. Se produce, así, lo que Michel Serres llama cuerpo mezclado. Se instauran, también, nuevas habilidades en la zona de entre-saberes. Se abre un nuevo registro sociológico. Todas las singularidades que se traman entre cada localidad y las investigaciones se hacen presentes en el tratamiento entre locales y científicos, y en la relación entre los sentidos y los instrumentos. El entendimiento moderno, por lo tanto colonial, es analisado por medio de las operaciones pragmáticas de Alfred North Whitehead. Aquellas definen, en este caso, la relación específica entre lo concreto y lo abstracto de la “crisis de extinción de la biodiversidad”, faceta particular de la crisis del ambiente. La experiencia sensitiva añade dimensiones inesperadas à la comprensión moderna de la biodiversidad. La sociedad y el medio ambiente se modifican. La aprehensión de los cuerpos entre sí significa el aprender nuevas maneras de experimentar la realidad. Nace una nueva forma de hacer política.

Cette thèse porte sur la gestion intégrée de la biodiversité, la mise en place de systèmes de traçabilité et la gestion de la chaîne d'approvisionnement verte (GSCM). En particulier, cette recherche tente de développer un modèle de mesure de la performance de la gestion de la biodiversité par des variables linguistiques sous la théorie de la logique floue (O1), d'étudier les relations entre la gestion de la biodiversité, GSCM et la mise en œuvre des systèmes de traçabilité (O2), et déterminer les changements dans les attributs de transaction et les coûts des entreprises dans le cadre de l'économie des coûts de transaction (O3). À cette fin, cette étude fait l'objet d'examens empiriques dans la chaîne d'approvisionnement des produits de la mer Vietnamiens en utilisant des données primaires provenant d'enquêtes par questionnaire et de visites sur le terrain. À partir de l'enquête spécialisée, un ensemble de cinq indicateurs clés de performance (KPIs) a été validé pour mesurer les performances de la gestion de la biodiversité des entreprises. Les résultats empiriques montrent que les entreprises de fruits de mer Vietnamiennes obtiennent de meilleurs résultats sur les indicateurs clés Biodiversity Stewardship Practice, Biodiversity Business Assessment, mais des scores inférieurs sur Biodiversity Conservation Commitment, Biodiversity Management Policy et Biodiversity Performance Reporting. Compte tenu de ce fait, les pratiques de gestion de la chaîne d'approvisionnement écologique sont proposées pour avoir des effets positifs sur les performances de la gestion et de la traçabilité de la biodiversité. Par conséquent, la mise en œuvre des systèmes de traçabilité entraîne une augmentation de la spécificité des actifs (71%), une baisse de l'incertitude des transactions (60%) et une faible variation (7%) de la fréquence des transactions. / This study observes corporate biodiversity management, the implementation of traceability systems and green supply chain management. In specific, this research attempts to develop a model for measuring the performance of corporate biodiversity management with linguistic variables under fuzzy logic theory (O1), to investigate the relationships between biodiversity management, GSCM and the implementation of traceability systems (O2), and to determine changes in the transaction attributes and costs of firms under the transaction cost economics framework (O3). For these purposes, this study takes empirical examinations in the Vietnamese seafood supply chain using primary data from questionnaire surveys and field trips. From the specialist survey, a set of five key performance indicators (KPIs) has been validated for measuring the performance of corporate biodiversity management. The empirical results show that the Vietnamese seafood companies perform better on the key indicators Biodiversity Stewardship Practice, Biodiversity Business Assessment, but lower scores on Biodiversity Conservation Commitment, Biodiversity Management Policy and Biodiversity Performance Reporting. Considering this fact, the green supply chain management practices are proposed to have positive effects on the performance of biodiversity management and traceability. As a result, the implementation of traceability systems leads to an increase in asset specificity (71%), a decrease in transaction uncertainty (60%) and low variation (7%) in the frequency of transactions.