Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-27T16:55:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1072719 bytes, checksum: 850c174d9e195a77f095a6773032eab1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-27T16:55:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1072719 bytes, checksum: 850c174d9e195a77f095a6773032eab1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Dentre os objetivos dos programas de melhoramento genético de plantas de propagação assexuada (como a cana-de-açúcar e o eucalipto) e autógamas encontra-se o de selecionar indivíduos extremos ou segregantes transgressivos. Assim, é conveniente encontrar progênies com distribuições de caudas longas ou mesmo assimétricas, já que elas têm uma maior tendência de gerar indivíduos excepcionais. Os métodos de seleção comumente utilizados no melhoramento dessas espécies enquadram-se na classe BLUP sob os conceitos de média aritmética e média harmônica, os quais não levam em consideração a ocorrência de valores extremos dentro das famílias. Diante do exposto, este trabalho teve como objetivo propor e avaliar uma metodologia estatística para o melhoramento do máximo ou valor extremo das distribuições, e não necessariamente das médias das distribuições. Essa abordagem baseia-se nos quantis superiores da GEV (Distribuição de Valores Extremos Generalizada) dos BLUP ́s genotípicos individuais entre e dentro de famílias, como forma de prever o aumento da ocorrência de valores extremos em função do aumento do tamanho da família (seleção de indivíduos extremos dentro de família) e também do número de famílias utilizado para representar uma população (seleção de indivíduos extremos em toda a população). A metodologia consistiu em usar dados simulados e reais, típicos das variáveis consideradas no melhoramento genético (por exemplo, distribuição normal com ampla variabilidade e presença de valores extremos). A partir dessa base de dados, distribuições de valores extremos generalizadas são ajustadas aos máximos de cada família, visando verificar qual a distribuição mais adequada (Gumbel, Fréchet, ou Weibull). Os resultados revelaram que a distribuição Weibull se ajusta melhor à bases de dados com 100 ou mais famílias e mais de 20 indivíduos por família e a distribuição Gumbel se ajusta melhor à bases de dados menores. Uma base de dados experimentais referentes à avaliação de famílias, mediante o uso de uma distribuição de valor extremo para predição do máximo das distribuições dos indivíduos, permite a previsão do comportamento da eficiência seletiva para os máximos associados a vários tamanhos de famílias e de populações experimentais. Isso possibilita ao melhorista a otimização da experimentação no melhoramento visando a seleção de indivíduos extremos. Para essas previsões, emprega-se o período de retorno associado à ocorrência de um evento raro (nível de retorno) típico da distribuição ajustada. No caso, o período de retorno é interpretado como o tamanho amostral necessário para a ocorrência do nível de retorno do evento raro, interpretado como a magnitude do valor extremo. Simulações estocásticas e reamostragens de dados experimentais indicaram consistentemente que a avaliação de 200 famílias em cada ciclo seletivo maximiza a eficiência do melhoramento visando a seleção de indivíduos extremos. Uma boa opção prática seria a avaliação de 200 famílias com 100 indivíduos, perfazendo um total de 20000 indivíduos. Segundo a distribuição Weibull, o aumento da eficiência seletiva com o aumento do tamanho de família é em torno de 1,10 quando se passa de 20 para 100 indivíduos por família e de 1,12 quando se passa de 100 para 200 indivíduos e esses números são aproximadamente constantes independentemente do número de famílias avaliadas. Os modelos Gumbel e Weibull mostraram-se adequados para analisar as variáveis massa média de colmos (MMC em kg) e teor de Brix (B em %), sendo que a Gumbel mostrou-se adequada apenas nos casos de números de famílias muito pequenos. Assim, recomenda-se a Weibull para inferências práticas. A metodologia é adequada também para classificar as famílias ou progênies pela capacidade de geração de indivíduos superiores ou excepcionais e informar os tamanhos amostrais a serem praticados em cada família para capturar esses indivíduos. / Among the objectives of programs of genetic improvement of asexual propagation of plants (such as sugarcane and eucalyptus) and autogamous is to select extreme or segregating individuals transgressive. It is therefore appropriate to find progenies distributions of long or asymmetrical tails, as they are more likely to generate exceptional individuals. Selective methods commonly used in the improvement of these species fall under the BLUP (Best Linear Unbiased Predictor) class under the concepts of arithmetic mean and harmonic mean, which do not take into account the occurrence of extreme values within families. Given the above, this study aimed to propose and evaluate a statistical methodology to improve the maximum or extreme value distributions, and not necessarily the means of distribution. This approach is based on the upper quantiles of GEV a (Generalized Extremes Values Distribution) of BLUP's individual genotypic between and within families, as a way to predict the increased occurrence of extreme values due to the increase in family size (selection of extreme individuals within family), and also the number of families used to represent a population (selection of extreme individuals in the population). The methodology consisted of using simulated and real data, typical of the variables considered in genetic improvement (eg, normal distribution with wide variability and the presence of extreme values). From this database, generalized extreme value distributions are adjusted to the maximum of each family, in order to ascertain the most appropriate distribution (Gumbel, Fréchet, or Weibull). The results showed that the Weibull distribution best fits the data bases with 100 or more families and more than 20 individuals per family and the Gumbel distribution fits better at smaller databases. A basis of experimental data relating to the evaluation of families, through the use of an extreme value distribution for predicting the maximum of the distribution of individuals, allows a prediction of the selection efficiency behavior to the maximum associated with various families and sizes of experimental populations. This enables the breeder to optimize the experiment in breeding for the selection of extreme individuals. To these predictions, is employed the return period associated with the occurrence of a rare event (return level) typical of the fitted distribution. In this case, the return period is interpreted as the sample size required for the occurrence of the level of return the rare event, interpreted as the magnitude of the extreme value. Stochastic simulations and experimental data resampling consistently indicated that the evaluation of 200 families in each selection cycle to maximize efficiency improvement in order to select extreme individuals. A good practical option would be the evaluation of 200 families with 100 individuals, a total of 20,000 individuals. According to the Weibull distribution, the increase in selection efficiency with increasing family size is about 1.10 when going from 20 to 100 individuals per family and 1.12 when going from 100 to 200 individuals and these numbers they are approximately constant regardless of the number of families evaluated. The Gumbel and Weibull models have shown to be adequate to analyze the average mass variable stem (MMC kg) and Brix content (B %), and the Gumbel was adequate only in the case of very small families numbers. Thus, it is recommended to Weibull for practical inferences. The methodology is also suitable to classify the families or the progenies ability to generate superior or exceptional individuals and inform the sample sizes to be practiced in every family to capture these individuals.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-07-28T18:16:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 649865 bytes, checksum: bbef9d5258aca745f96c3f35a9039b7f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T18:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 649865 bytes, checksum: bbef9d5258aca745f96c3f35a9039b7f (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O objetivo inicial deste estudo, foi aplicar métodos tradicionais em análise de sobrevivência para analisar a mortalidade de peixes (alevinos), quando submetidos a 5 dietas com diferentes fontes de lipídios. O estudo incluiu o uso de métodos paramétricos e não paramétricos. Pelo método Kaplan-Meier, foram obtidas estimativas de sobrevivência, e em seguida foram traçadas as curvas de sobrevivência para cada um dos tratamentos. O teste Logrank foi utilizado para comparar as curvas, com intuito de verificar a existência de diferenças significativas entre elas. Paralelamente, foi realizado estudo de simulação para avaliar a concordância dos principais testes utilizados para comparação de curvas de sobrevivência, além disso, avaliou-se também a concordância destes testes com o teste Tukey. Os dados foram simulados com base nos modelos paramétricos ajustados aos dados reais. Os resultados mostraram que a porcentagem de concordância entre os testes logrank, Wilcoxon (Gehan) e Tarone-Ware, foi próxima de 97% para diferentes cenários avaliados. A avaliação do teste Tukey resultou em uma baixa concordância, assim, o mesmo não deve ser utilizado para comparação dos efeitos de tratamentos, pois ele não leva em conta a presença de dados censurados. / Initially, the aim of this study was to apply traditional methods of survival analysis to analyze fry mortality when exposed to 5 diets from different sources of lipids. The study included the use of parametric and non-parametric methods. Survival estimation was obtained through Kaplan-Meier method, thereafter, the survival curves were drawn to each treatment. Logrank test was used to compare the curves in order to verify the existence of significant differences between the curves. In parallel, a simulation study was conducted to evaluate the concordance of the main tests used to compare survival curves. Moreover, the concordance of these tests with Tukey test was also evaluated. The data was simulated on the basis of parametric models adjusted to real data. The results have shown that the percentage of concordance between logrank tests, Wilcoxon (Gehan) and Tarone-Ware was close to 97% to different evaluated groups. Tukey test evaluation resulted in low concordance, therefore, this test should not be used to compare the treatment effects as it does not take into account the presence of censored data.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-08-04T16:12:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 800691 bytes, checksum: 71ffa9b9eb53def621a281f57e76fa35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-04T16:12:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 800691 bytes, checksum: 71ffa9b9eb53def621a281f57e76fa35 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Para o sucesso de um programa de melhoramento é indispensável que população de trabalho disponha de variabilidade genética de forma que a prática de seleção seja viável. Nesse sentido, a avaliação da divergência genética têm sido de grande importância por fornecerem parâmetros para a identificação de combinações híbridas cujo cruzamento proporcione maior efeito heterótico e maior probabilidade de recuperar genótipos superiores nas gerações segregantes. O estudo sobre diversidade genética elucida relações genéticas, quantifica ou prediz o nível de variabilidade total existente e sua distribuição entre indivíduos, acessos de bancos de germoplasma, linhagens e cultivares ou dentro de populações e espécies. Conhecimento que tem proporcionado, dentre outras coisas, importantes contribuições ao melhoramento genético, ao gerenciamento de bancos de germoplasma e à conservação de recursos genéticos. Assim, o interesse maior, em estudos de caracterização da diversidade genética das espécies vegetais, animais e de microrganismos consiste na identificação de grupos de genótipos similares de forma que a maior diferença entre os grupos formados seja realçada. Para isso, algumas técnicas multivariadas, como análise discriminante, componentes principais, análise de coordenadas e de agrupamento podem ser utilizadas nesse tipo de estudo. Contudo, de modo geral, tais técnicas ainda exigem a utilização de todas as variáveis para a avaliação dos indivíduos/acessos, o que nem sempre é possível devido ao alto custo ou mesmo o grau de dificuldade envolvido na obtenção de determinadas variáveis. É necessária, portanto, a aplicação de algum método de seleção de variáveis ou de um critério de seleção baseado em alguma técnica analítica, como é o caso do critério apresentado por Jolliffe (1972). Baseado na técnica de componentes principais, esse critério é usualmente utilizado na determinação da importância relativa de caracteres no estudo da diversidade de modo que caracteres de menor importância serão desconsiderados do estudo. Há também outra metodologia baseada em Análise de Procrustes ainda pouco utilizada em estudos de diversidade genética, sobretudo para este fim, por meio da qual é possível selecionar variáveis com base no padrão de dissimilaridade ou similaridade entre acessos. Desta forma, este trabalho tem por objetivo propor um critério baseado em Análise de Procrustes como nova possibilidade para a seleção de variáveis no estudo da diversidade genética. Em seguida, comparar o critério apresentado com o critério proposto por Jolliffe (1972) - ambos os critérios estabelecidos por meio do uso de componentes principais. Para elucidar a teoria apresentada, foram consideradas informações de 40 acessos de café Conilon avaliados em Sooretama/ES no ano 2000 segundo 16 caracteres agronômicos. As técnicas apresentadas neste trabalho demonstram ser vantajosas na seleção (ou descarte) de variáveis proporcionando relevante contribuição para os estudos sobre diversidade genética. A técnica apresentada, baseada em análise de Procrustes, torna-se uma alternativa mais eficaz do que o uso do critério de Jolliffe (1972) para fins de estudo da diversidade genética. / For the success of a breeding program, it is essential the existence of genetic variability in the base population so that selection practice can be feasible. In this context, the evaluation of genetic diversity have been very important because gives parameters to identify hybrid combinations whose cross provides the greatest heterotic effect and the highest probability of recovering superior genotypes in segregating generations. The study about genetic diversity aims to elucidate genetic relationships, quantify or predict the level of total variability existing and its distribution among genotypes, accessions of germplasm banks, landraces and cultivars or within populations and species. This knowledge have provided, among other things, important contributions to genetic breeding, the management of germplasm banks and the conservation of genetic resources. So, the main interest in characterization studies of genetic diversity of vegetable, animals and microorganisms species consists of identifying groups of similar genotypes, so that the largest difference between groups formed is highlighted. Some multivariate techniques such as discriminant analysis, principal component analysis, coordinate analysis and cluster analysis can be used in these studies. However, in general, these techniques still require the use of all variables for evaluation of genotypes - accessions, which is not always possible due to high cost or even the degree of difficulty involved in obtaining some variables. Thus, it is required the application of a variables selection method or a selection criterion based in an analytical technique, such as the criterion presented by Jolliffe (1972). Based on principal component technique, this criterion is commonly used to determine the relative importance of traits in diversity study, so that less important traits will be eliminated of the study. There is also another methodology based on Procrustes analysis still little used in genetic diversity studies, particularly for this purpose. By this methodology is possible to select variables based on the pattern of dissimilarity or similarity among accessions. Thus, this work aims to propose a criterion based on Procrustes analysis as a new possibility to select variables in genetic diversity study. Then, compare the criterion proposed with the criterion presented by Jolliffe (1972) - both criteria established through the use of principal components. To elucidate the theory presented, it was used the information from 40 accessions of Conilon coffee evaluated in Sooretama/ ES in the year 2000 regarding to 16 agronomic traits. The techniques presented in this work demonstrated to be advantageous in the selection (or discarding) of variables and consequently providing relevant contributions for genetic diversity study. The technique presented, based on Procrustes analysis, it becomes an alternative more effective than the criterion of Jolliffe (1972) for genetic diversity study.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-09-24 / Introdução: A avaliação de lesões pigmentadas de pele para o diagnóstico precoce de melanoma primário é baseada na análise macro e microscópica dessas lesões, por meio de modelos morfológicos pré-estabelecidos para cada padrão histopatológico. Entretanto, a sensibilidade e a especificidade diagnósticas dependem da experiência dos avaliadores. Frente a esta problemática, estudos referentes à automatização de métodos diagnósticos estão sendo discutidos. A Biópsia Óptica é um dos métodos experimentais estudados, cuja principal vantagem é a extração de informações sobre os caracteres bioquímicos das amostras avaliadas, de forma reprodutível, cuja interpretação dependerá de algoritmos matemáticos desenvolvidos exclusivamente para essa finalidade. Uma das técnicas de Biópsia Óptica é a Espectroscopia Raman, conhecida por ser uma ferramenta altamente compatível para estudos em sistemas biológicos, e que tem sido utilizada nos últimos 15 anos na avaliação de lesões neoplásicas para promoção de diagnóstico tanto in vivo quanto in vitro. Objetivo: Avaliar a viabilidade de algoritmos de pré-processamento e de classificação para espectros Micro-Raman de epiderme de pele normal e de melanoma cutâneo espesso. Métodos: Para a aquisição dos espectros Micro-Raman, sete amostras de pele normal e seis amostras de melanoma cutâneo foram preparadas do mesmo modo para análise histopatológica por congelação. Foi construído um espectrômetro Micro-Raman, composto por laser de excitação @785 nm, circuito óptico composto por lentes, filtros e espelhos, microscópio óptico invertido e detector de CCD. Coletados os 168 espectros de pele normal e os 150 de melanoma cutâneo, a classificação dos subtipos estruturais foi realizada por meio da Análise dos Componentes Principais e da Análise de Clusterização e a classificação diagnóstica entre Pele Normal e Melanoma Cutâneo foi desempenhada pela aplicação da Análise dos Componentes Principais e da Análise Discriminante Linear. Resultados: A atribuição dos modos vibracionais se referiu à região de deslocamento Raman entre 1200 a 1800 cm-1, destacando-se os modos de 1260, 1300, 1380, 1440, 1550, 1650 cm-1, referentes aos ácidos nucléicos, Amida III e lipídios, respiração do anel aromático C=C das bandas da melanina, estiramento simétrico CH de lipídios e proteínas e estiramento C=O de proteínas e C=C de lipídios. A classificação dos grupos espectrais e atribuição celular foi possível para os dois grupos, sendo atribuídos a cada um deles quatro subgrupos: para a pele normal foi possível inferir os espectros referentes à camada córnea, queratinócitos, melanócitos e colágeno; para o melanoma, os subgrupos espectrais foram atribuídos para melanoma acral (queratina), melanoma com alta pigmentação melânica, pigmentação por hemossiderina, tecido inflamatório, necrótico e fibroso. A classificação diagnóstica foi possível com sensibilidade entre 39,1 % e 100 % e especificidade entre 54,8 % a 100 %, dependendo do subgrupo confrontado. Conclusão: Os espectros, os tipos de pré-processamento e os algoritmos de classificação foram viáveis para associação dos tipos histológicos e diagnóstico do Melanoma Cutâneo. / Introduction: Pigmented skin lesions evaluation for primary melanoma early diagnosis is based on macro and microscopical analysis by means of preestablished standard histopathology morphological models. However, diagnostic sensitivity and specificity depend on the specialists experiences. Facing this problem, studies concerning about the diagnostic methods automation are being discussed. Optical Biopsy is a experimental technique, which main advantage is that biological samples biochemical characteristics are extracted in a reproducible way, whose interpretation will depend on mathematical algorithms developed exclusively for this purpose. Raman spectroscopy is one of Optical Biopsy techniques, known to be highly compatible for biological systems studies. Raman spectroscopy has been used in the last 10 years in the evaluation of neoplastic lesions to promote diagnosis. Objective: To evaluate the feasibility of preprocessing algorithms for Micro-Raman spectra of normal skin epidermis and cutaneous melanoma classification. Methods: Seven samples of normal skin and six samples of cutaneous melanoma in native were sectioned using a cryostat with 16 μm thick section per sample and distributed on CaF2 slides for Micro-Raman spectral acquisition. A Micro-Raman spectrometer was built with a excitation laser @780 nm, optical circuit composed by lenses, filters, mirrors, optical inverted microscope, and a CCD detector. It was collected 168 spectra of normal skin and 150 of cutaneous melanoma. The classification of the Normal Skin and Melanoma subgroups was performed using Principal Components Analysis and Cluster Analysis, and the diagnostic classification was performed applying Principal Components Analysis and Linear Discriminant Analysis. Results: Vibrational modes assignment was referred to the Raman spectral region from 1200 to 1800 cm-1. Especially at 1260, 1300, 1380, 1440, 1550, 1650 cm-1, the vibrational modes were attributed to nucleic acids, Amide III and lipids, aromatic ring C=C breathing bands of melanin, symmetric CH stretch of lipids and proteins and C=O stretching of proteins and lipids from C=C. The spectral classification and cell allocation was possible for the two groups. For normal skin it was possible find the spectral feature for: corneal layer, keratinocytes, melanocytes and collagen; for melanoma, spectral features were attributed to acral melanoma (keratin), melanoma with high melanocytic pigmentation, hemosiderin pigmentation, inflammatory, necrotic and fibrous tissues. Diagnostic classification was possible with sensitivity between 39.1 % and 100 % and specificity between 54.8 % to 100 %, depending on the subgroups confronted. Conclusion: Spectra aquisition, pre-processing and classification algorithms mehods were viable for histological types diagnosis of cutaneous melanoma. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8417_Dissertação Cyntia M. Silva.pdf: 2692985 bytes, checksum: 82cd88364ba63243ff1211e8d4ebf3c8 (MD5) Previous issue date: 2015-02-20 / A cafeicultura apresenta importância em vários segmentos, desde social, econômica até o cultural, sendo o Brasil o maior produtor e exportador mundial. O objetivo desse trabalho foi avaliar a taxa de crescimento de 16 genótipos de café arábica (Coffea arabica) no Cerrado brasileiro. O experimento foi implantado em Morrinhos no estado de Goiás, com o espaçamento de 3x1m entre plantas. O delineamento utilizado foi em blocos ao acaso, com quatro repetições, sendo cada unidade experimental constituída de cinco plantas. Os caracteres avaliados foram comprimento dos ramos plagiotrópicos, comprimento dos ramos ortotrópicos, número de nós dos ramos plagiotrópicos e número de nós dos ramos ortotrópicos. As taxas de crescimento vegetativo variaram sazonalmente ao longo do período de avaliação. Ajustou-se o modelo não linear exponencial, sendo a qualidade do ajuste do modelo quantificada pelos Coeficientes de determinação , Coeficiente de determinação ajustado ( ), critério de informação de Akaike (AIC) e o critério de informação Bayesiano (BIC). Concluiu-se que é possível a obtenção de genótipos adaptados as condições climáticas do cerrado brasileiro, com períodos de crescimento maiores condizendo com períodos de chuva e temperatura amenas. Presumidamente, os genótipos Catucaí 2 SL e Catuaí amarelo IAC 62, apresentam características que propiciem futuros estudos de melhoramento visando a adaptação em situações de estresse hídrico uma vez que os mesmos demostraram menores alterações nas taxas de crescimento durante o período seco. / The coffee has importance in several segments, from social, economic to the cultural, and Brazil is the largest producer and exporter. The aim of this study was to evaluate the growth rate of 16 Arábica coffee genotypes (Coffea arabica) in the Brazilian Cerrado. The experiment was established in Morrinhos in Goiás State, with the spacing of 3x1m between plants. The design was a randomized block design with four replications; each experimental unit consists of five plants. Traits recorded length of reproductive branches, length of orthotropic branches, number of nodes of reproductive branches and number of nodes of orthotropic branches. The vegetative growth rates varied seasonally throughout the evaluation period. Set the exponential not linear model, and the quality of the model fit quantified by determining coefficients (R 2 ), adjusted determination coefficient ( ), information Akaike (AIC) and the criterion Bayesian (BIC) information. It was concluded that it is possible to obtain the genotypes adapted climatic conditions of the Brazilian cerrado, with highest growth periods befitting rain and mild temperature. Presumably, the Catucaí 2 SL genotypes and Yellow Catuaí IAC 62, have characteristics that facilitate future studies of breeding for adaptation to water stress situations since they have shown minor variations in growth rates during the dry season.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8368_Tese Final João Felipe de Brites Senra20150914-93412.pdf: 793682 bytes, checksum: 4b0c0e4fa9a46d0ae2e7e1c4102106b4 (MD5) Previous issue date: 2015-02-19 / CAPES / A espécie Euterpe edulis Martius é nativa da Mata Atlântica e conhecida popularmente como palmeira juçara. Esta é uma espécie chave da Mata Atlântica, pois produz frutos que são consumidos por cerca de 30 espécies de aves e 13 espécies de mamíferos além de possuírem um grande potencial econômico para ser explorado na forma de polpa de fruta, doce e sovertes. Atualmente a palmeira juçara encontra-se na lista oficial das espécies ameaçadas de extinção no Brasil. Este trabalho teve por objetivos: estimar o coeficiente de repetibilidade e de determinação de características dos frutos e das sementes, analisar o número de medições para um nível de confiança de 95% e testar diferentes metodologias de estimação da repetibilidade; estudar a diversidade genética entre os acessos e avaliar o padrão de germinação das sementes via modelos não lineares Logístico, Gompertz, Von Bertalanffy e Will Bill; quantificar a diversidade genética interpopulacional da espécie baseada na correlação entre caracteres vegetativos e relacionados à produção de frutos. A coleta dos frutos da palmeira juçara foi realizada em 20 fragmentos florestais nos município da região Sul do estado do Espírito Santo: Alegre (oito fragmentos); Guaçuí (quatro fragmentos); Ibitirama (três fragmentos); Jerônimo Monteiro (um fragmento); Mimoso (três fragmentos); e Muqui (um fragmento). Para o estudo de repetibilidade foram utilizados 198 acessos, 25 frutos por planta, sendo avaliado: diâmetro longitudinal e equatorial do fruto e da semente (DLF, DLS, DEF e DES) em milímetros (mm); massa do fruto e da semente (MF e MS) em gramas (g). A deviance foi estimada pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). Os coeficiente de repetibilidade e determinação e o número de medições necessárias foi realizado utilizando os métodos da REML, componentes principais via matriz de correlações e covariâncias e análise estrutural baseada nas matrizes de correlações e covariâncias. As estimativas dos coeficientes de repetibilidade e determinação de todas as variáveis analisadas são superiores a 0,78 e 98% respectivamente, para todas as metodologias testadas, realizando 25 medições. Para 95% de confiabilidade são necessárias 5 medições para as variáveis DLF, DEF, DLS, DES e MS e 4 medições para a variável MF. As metodologias utilizadas não diferem quanto à estimativa do coeficiente de repetibilidade para as variáveis DLF, DES, MF e MS, enquanto que para as demais variáveis as diferenças foram mínimas. Para a análise de identidade de modelos foram utilizados sementes de 45 acessos sendo avaliado: germinação; índice de velocidade de germinação; tempo médio de germinação; primeira contagem de germinação e a porcentagem de germinação. Com base nos dados quantitativos foi calculada a matriz de distância generalizada de Mahalanobis (D²) e posteriormente os acessos foram agrupados pelo método de otimização de Tocher formando quatro grupos. Em cada grupo a germinação foi analisada via regresão não linear utilizando os modelos de Logístico, Gompertz, Von Bertalanffy e Will Bill. O ajuste dos modelos foi avaliado pelo coeficiente de determinação (R²), quadrado médio do resíduo (QMR), desvio médio absoluto (DMA), critério de informação de Akaike (AIC) e critério de informação Bayesiano (BIC). O teste de identidade de modelos foi realizado pelo teste F. O modelo de Gompertz apresentou valores de β1, β2 e β3 intermediários aos demais modelos o que evita a sub ou super estimação destes parâmetros da regressão, além disso, este modelo apresenta os maiores valores de R2 e os menores valores do QMR, DMA, AIC e BIC sendo o mais indicado para descrever o padrão de germinação. O teste de identidade de modelos foi não significativo e desta forma uma única regressão não é eficiente para descrever o processo germinativo. Os grupos três e quatro possuem os maiores valores da TG indicando um maior vigor e para produção de mudas o tempo ideal para o transplantio seria de 30 dias para os grupos um, dois e quatro e 22 dias para o grupo três. Para o estudo de diversidade genética foram utilizados os dados dos frutos dos 198 acessos utilizados na análise de repetibilidade. Neste caso foram avaliados os caracteres: massa de cem frutos (MCF) e massa de cem sementes (MCS) em gramas; rendimento em polpa (RP) em porcentagem; diâmetro do caule a 1,5 m do solo (D1,5), diâmetro do caule a 1,0 m do solo (D1,0) e diâmetro do caule a 0,5 m do solo (D0,5) em milímetros; número de cachos (NC); comprimento do cacho (CC) em centímetros; número de ráquilas (NR); e altura até o cacho (AC) em metros. Com base nestes dados foi estimada a correlação genética, uma análise de componentes principais e análise de correspondência. A correlação genética entre os caracteres MCF x NR (0,44) é positiva. A característica NR é a principal determinante na variação da MCF e a seleção indireta poderá ser eficaz, dependendo de suas estimativas da herdabilidade. Os fragmentos GU3, AL4, JM1, MI1 e MQ1 oriundos de municípios diferentes são os que apresentam maior divergência genética interpopulacional entre os 20 fragmentos estudados. Os fragmentos GU2, GU3 e AL4 possuem indivíduos produtores de massa de cem frutos extragrandes (211,54 a 352,24 g) o que os tornam importantes fontes de seleção para utilização em programas de melhoramento genético da palmeira juçara visando a produção de polpa de fruta. / The species Euterpe edulis Martius is native to the Atlantic Forest and popularly known as jussara palm. It is a key species of the Atlantic Forest, producing fruits that are consumed by about 30 bird species and 13 mammal species, and also presenting great economic potential for exploitation of its fruit in the form of pulp, sweets and ice creams. Currently the jussara palm is on the official list of endangered species in Brazil. The objectives of this study were to: estimate the coefficient of repeatability and determination of the characteristics of fruits and seeds, analyze the number of measurements for a 95% confidence level and test different methods for estimation of repeatability, study the genetic diversity among accessions and evaluate the pattern of seed germination via the Logistic, Gompertz, von Bertalanffy and Will Bill nonlinear models, quantify the inter-population genetic diversity of the species based on the correlation between plant traits and related to fruit production. Collection of the jussara palm fruits was performed in 20 forest fragments in the following municipalities in the southern region of the state of Espírito Santo: Alegre (eight fragments), Guaçuí (four fragments), Ibitirama (three fragments), Jerônimo Monteiro (one fragment), Mimoso (three fragments) and Muqui (one fragment). For the study of repeatability 198 accessions were used, 25 fruits per plant, evaluating: longitudinal and equatorial diameter of the fruit and seed (DLF, DLS, DEF and DES) in millimeters (mm), and fruit and seed mass (MF and MS) in grams (g). Deviance was estimated by the restricted maximum likelihood (REML). The coefficient of repeatability and determination and the required number of measurements was determined using the REML methods, principal components via the correlation matrix, and covariances and structural analysis based on correlation and covariance matrices. Estimates of the repeatability coefficients and determination of all variables analyzed were greater than 0.78 and 98% respectively, for all tested methodologies, performing 25 measurements. For 95% reliability, 5 measurements are required for the variables DLF, DEF, DLS, DES and MS and 4 measurements for the variable MF. The methods used do not differ with respect to estimate of the repeatability coefficient for the variables DLF, DES, MF and MS, while for the other variables the differences were minimal. To analyze the identity of the models, seeds from 40 accessions were used to evaluate: germination, germination speed index, mean germination time, first germination count and the germination percentage. Based on the quantitative data the generalized Mahalanobis distance matrix (d²) was calculate and later accessions were clustered by the Tocher optimization method divided into four groups. In each group germination was analyzed via non-linear regression using the Logistic, Gompertz, von Bertalanffy and Will Bill models. Fit of the models was evaluated by the determination coefficient (R²), residual mean error (QMR), mean absolute deviation (MAD), Akaike information criterion (AIC) and Bayesian information criterion (BIC). The identity test of the models was performed by the F-test. The Gompertz model showed intermediary values of β1, β2 and β3 compared to other models which avoid under or over estimation of these regression parameters; in addition, this model presents the highest R 2 values and the lowest values of QMR, DMA, AIC and BIC, and is the most indicated to describe the pattern of germination. The identity test of the models was not significant and therefore a single regression is not efficient to describe the germination process. Groups three and four have the highest values of TG, indicating greater vigor, and for seedling production the ideal time for transplanting would be 30 days for groups one, two and 4, and 22 days for group three. For the study of genetic diversity, data from fruit of the 198 accessions utilized in the analysis of repeatability were used. In this case we evaluated the traits of: mass of one hundred fruits (MCF) and mass of one hundred seeds (MCS) in grams, pulp yield (RP) in percentage, stem diameter at 1.5 m above the ground (D1,5), stem diameter at 1.0 m above the ground (D1,0) and stem diameter at 0.5 m above the ground (D0,5) in millimeters, number of clusters (CN), cluster length (CC) in centimeters, number of rachilles (NR), and height of the cluster (AC) in meters. Based on these data the genetic correlation was estimated, and a principal components analysis and correspondence analysis were performed. Genetic correlation between the traits MCF x NR (0.44) is positive. The characteristic NR is the main determinant in variation of MCF and indirect selection can be effective, depending on estimates of heritability. The fragments GU3, AL4, JM1, MI1 and MQ1 from different municipalities are those that presented the greatest inter-population genetic divergence among the 20 fragments studied. The fragments GU2, GU3 and AL4 have exceptionally large individual producers regarding the mass of one hundred fruits (211.54 to 352.24 g) which make them important sources of selection for use in jussara palm breeding programs focused on the production of fruit pulp.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho é estudada a viabilidade de uma implementação em paralelo do algoritmo scale invariant feature transform (SIFT) para identificação de íris. Para a implementação do código foi utilizada a arquitetura para computação paralela compute unified device architecture (CUDA) e a linguagem OpenGL shading language (GLSL). O algoritmo foi testado utilizando três bases de dados de olhos e íris, o noisy visible wavelength iris image Database (UBIRIS), Michal-Libor e CASIA. Testes foram feitos para determinar o tempo de processamento para verificação da presença ou não de um indivíduo em um banco de dados, determinar a eficiência dos algoritmos de busca implementados em GLSL e CUDA e buscar valores de calibração que melhoram o posicionamento e a distribuição dos pontos-chave na região de interesse (íris) e a robustez do programa final. / Present work studies the feasibility of a parallel implementation of the scene recognition algorithm SIFT for iris recognition. The code was built using the Compute Unified Device Architecture (CUDA) and the shading language GLSL. The algorithm was tested using three databases containing eyes and iris, the UBIRIS, Michal- Libor and CASIA. Tests were made for: analyzing the requested time for checking if an subject is or is not present on current database, the efficiency of the search algorithms written in CUDA and GLSL, the search for calibration values that improve keypoints position and distribution through the region of interest (iris), analyzing the reliability of the final code.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Florianópolis, 2012 / Made available in DSpace on 2013-06-25T21:01:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 312160.pdf: 2341823 bytes, checksum: 8d2b0ce79f3479d239bab9f53b2caa14 (MD5) / Nesta Dissertação de Mestrado, apresenta-se a proposta de um protocolo para autenticação de usuários, fazendo uso de biometria e smartcards. As principais características desse conjunto de protocolos são: prover um mecanismo próprio e integrado para cadastro e autenticação, assim como permitir a existência de diferentes papéis de usuários. Com a união destas duas características, almeja-se a obtenção de protocolos que possuam níveis aprimorados, não apenas de segurança, mas também de gerenciamento. Seu desenvolvimento é norteado pela adoção de uma metodologia própria ao projeto de protocolos de segurança. As seguintes etapas fazem parte desta metodologia: projeto inicial, prototipação, implantação, modelagem formal e verificação. A modelagem formal é feita em Lógica de Primeira Ordem. Os modelos lógicos criados são, posteriormente, alvo de verificação com auxílio de um provador automático de teoremas (em nosso caso, o SPASS). De modo a antecipar as ações de um atacante em potencial, seus possíveis movimentos são também alvo de formalização, resultando na criação de um modelo lógico próprio. Logo após, tem início a etapa de verificação, a qual consiste no teste de conjecturas sobre os modelos lógicos. O resultado deste teste permite a extração de fatos (certezas) sobre nosso conjunto de protocolos. Em última análise, estes fatos são a comprovação da resistência do protocolo a padrões conhecidos de ataque. Com a finalidade de propiciar uma visão geral da temática da verificação de protocolos de segurança, este trabalho também apresenta uma revisão dos métodos disponíveis, não se limitando apenas àqueles efetivamente utilizados neste estudo. Ademais, todo o material relativo às modelagens formais e respectivas provas é incluído como anexos.<br> / Abstract : In this Master Thesis, a proposal for a set of authentication protocols through the use of biometrics and smartcards is presented. The main characteristics of such protocols are: to provide their own integrated mechanism for user registration and authentication, as well as to differentiate the existent user roles. By combining these characteristics, we aim at creating protocols with, not only improved security levels, but also with flexible management. Their development is guided by the adoption of a proper methodology for the security protocols' project. The following steps make part of it: initial design, prototyping, deployment, formal modelling and verification. The formal modelling is carried out in First-Order Logic. The logic models created are subsequently targeted of verification with the assistance of an automated theorem prover (in this case, SPASS). To anticipate the actions from a potential attacker, his characteristics are also target of formalisation, resulting in his own logic model. After, we proceed with the verification which consists on testing conjectures upon the logic models. The results collected with those tests allow the extraction of facts about our set of protocols. In a last instance, such facts are the evidence of the protocol's resistance to well-known attack patterns. In order to provide a broader view of the subject of security protocol verification, this work also reviews all the available methods. Not limiting to those already used in this study. In addition, every piece of material related to the formal modelling and respective proofs is included as appendices.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Produção. / Made available in DSpace on 2012-10-21T15:25:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 224597.pdf: 627346 bytes, checksum: 2b098ba5e3219b8b0c338082472af59f (MD5) / Segundo dados do Governo Federal, a média nacional do índice de reincidência de ex-detentos no Brasil é considerado elevado, 82%. No Paraná, esta taxa é de 30%, um dos menores índices do país. Entretanto, estes números não fornecem informações a respeito do tempo até que ocorra a primeira reincidência, como também não informam se existe alguma relação entre o tipo de benefício e a reincidência. Para cada indivíduo colocado em liberdade, pode-se definir uma variável aleatória que indica o tempo até a reincidência e então tentar modelar esta variável em função de alguma covariável, como por exemplo o tipo de benefício adquirido ao sair em liberdade. Na modelagem de dados relacionados ao tempo até a ocorrência de algum evento de interesse, utiliza-se métodos estatísticos de análise de sobrevivência. Nesta pesquisa buscou-se modelar o tempo de reincidência de 1172 ex-detentos da PEM - Penitenciária Estadual de Maringá no período de abril de 1996 a dezembro de 2002. A existência de um grande número de observações censuradas, induziu uma modelagem através de modelos de mistura de longa duração. O modelo forneceu a proporção, de ex-detentos imunes à reincidência, isto é, que não voltarão a reincidir ao crime, de acordo com os benefícios adquiridos para sair da PEM.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-18. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:55Z : No. of bitstreams: 1 000849768.pdf: 618602 bytes, checksum: d46fe5579cf4eb6161bd6a77d8046a79 (MD5) / A cultura da cana-de-açúcar no Brasil apresenta grande importância econômica pela produção de etanol e açúcar, podendo, também, transformar os resíduos produzidos durante o processamento em subprodutos. A moagem atualmente está em torno de 640 milhões de toneladas, numa área de aproximadamente 10 milhões de hectares por todo o Brasil. A produção cada vez maior nos canaviais, em parte, é devido ao melhoramento genético, resultando em cultivares capazes de se desenvolverem em áreas de expansão, proporcionando ganhos importantes para diferentes regiões. Mas apesar da diversidade de cultivares existentes no mercado, dos diferentes programas de melhoramento, são escassas algumas informações, quanto à suscetibilidade/tolerância de pragas, predisposição ao florescimento, variáveis tecnológicas, entre outros, nos diversos cultivares atualmente utilizadas no Brasil, ressaltando a importância do estudo do comportamento dos diferentes cultivares. Observa-se que os cultivares apresentaram diferenças em relação ao ataque da broca-do-colmo, no desenvolvimento, no florescimento assim como isoporização para a região de Ribeirão Preto, com destaque positivo para os cultivares IAC91-1099 e CTC 6 / The culture of sugarcane in Brazil with large economic for the production of ethanol and sugar, it can also transform the waste produced during processing by-products. The grind is currently around 640 million tons, an area of approximately 10 million hectares throughout Brazil. The increased production in the cane fields, in part, is due to genetic improvement, resulting in cultivars that can develop in expansion areas, providing important gains for different regions. But despite the diversity of cultivars on the market, the different breeding programs are scarce some information, for susceptibility / tolerance to pests, predisposition to flowering, technological variables, among others, the various cultivars currently used in Brazil, highlighting the importance behavior studies of different cultivars. It is observed that the cultivars showed differences from the attack of the borer stem, in the development, flowering as well as pith to the Ribeirão Preto region, with a positive emphasis on cultivars IAC91-1099 and CTC 6