Guía de Prácticas de Laboratorio del curso de Biología General (MA155), que corresponde al ciclo 2014-1. Biología General es un curso teórico-práctico dirigido a los alumnos del primer año de la carrera de Odontología, cuyos objetivos son, que el alumno conozca la naturaleza, racionalidad y ordenamiento lógico de la Biología como ciencia, que relacione los conceptos unificadores de la biología para tener una concepción integral del hombre, y que conozca, valore y respete la biodiversidad y el medio ambiente.

CAMPELO, C. S. Avaliação da coagulabilidade e da calcificação em filmes de quitosana sulfonatada e carragenana . 2014. 102 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Química) - Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-02-19T13:26:07Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_cscampelo.pdf: 4430942 bytes, checksum: 129fdffd121ce6e497a602ddad69c32a (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-02-20T12:15:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_cscampelo.pdf: 4430942 bytes, checksum: 129fdffd121ce6e497a602ddad69c32a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-20T12:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_cscampelo.pdf: 4430942 bytes, checksum: 129fdffd121ce6e497a602ddad69c32a (MD5) Previous issue date: 2014-09-26 / Various strategies have been proposed to reduce the plasma proteins adsorption and consequently the probability of thrombus formation on materials when contacted with blood. Furthermore, another problem associated with biomaterials is the calcification process, which is described as calcium phosphate formation, which is the primary cause of failures in soft tissues and implants. Chitosan and carrageenan are two polymers that show properties that make them promising for use as biomaterials. Chitosan, due to amino groups in its structure, may promote platelet adhesion, being necessary to perform a chemical modification on it, such as sulfonation reactions, in order to reduce plasma protein adsorption. The presence of sulfate groups in carrageenan structure may contribute to obtain surfaces with antithrombogenic properties without the need of chemical modification on its structure. The formation of polyelectrolyte complexes (PECs) combines the high biocompatibility of chitosan with the charge density of carrageenan, generated by the presence of sulfate groups. This work aimed to study the effects of calcification and thrombogenicity of chitosan and carrageenan films, characterizing them by microscopy and spectroscopy techniques. We also conducted the study of metal surfaces coating using these polymers. A reduction in the effects of calcification for chitosan and carrageenan blends and for sulfonated chitosan films (Ca/P 0.11 or phosphate absence) was observed, reducing the formation and deposition of calcium salts when compared with pristine chitosan (Ca/P 2.78). Assays of platelet adhesion for chitosan surfaces when modified by sulfonation reaction or when blended with carrageenan, showed adhesion on average of 1 to 2 platelets/0.01mm2 against thrombus formation on chitosan film. For the coating essays, the modification on metal surface was characterized by the changing of carbon and oxygen percentage amount on the chemical composition surface, comparing the raw electropolished steel and grafted chitosan. The successive changes observed in the contact angle reinforce the success of the grafting of polymers, forming a hydrophilic layer both for pristine and sulfonated chitosan. From the results obtained, it can be inferred that the sulfonated chitosan and chitosan/carrageenan blends are promising for use as biomaterials in blood contact. / Várias estratégias têm sido utilizadas para que materiais, quando em contato com sangue, possam reduzir a adsorção de proteínas do plasma e, consequentemente, a probabilidade de formação de trombos. Além disso, outro problema associado é a calcificação, descrita como um processo de formação de fosfato de cálcio, que é a causa primária de falhas em tecidos moles e implantes devido à deposição destes sais. A quitosana e a carragenana são dois polímeros que apresentam propriedades que os tornam promissores para utilização como biomateriais. A quitosana, em função dos grupos amino em sua estrutura, pode promover a adesão plaquetária, sendo necessária uma modificação química, como reações de sulfonatação, que visam diminuir a adsorção de proteínas plasmáticas. A presença de grupos sulfato na carragenana pode contribuir para a obtenção de superfícies com propriedades antitrombogênicas sem a necessidade de modificação química da estrutura. A formação de complexos polieletrolíticos (PECs) alia a biocompatibilidade superior da quitosana com a densidade de carga da carragenana, gerada pela presença dos grupos sulfato. Esse trabalho teve por objetivo estudar os efeitos da calcificação e da trombogenicidade de filmes de quitosana e carragenana caracterizando-os através de técnicas de microscopia e espectroscopia, assim como realizar estudo de revestimento de superfície metálica utilizando estes polímeros. Observou-se uma diminuição nos efeitos de calcificação para as blendas de quitosana e carragenana e nos filmes sulfonatados (Ca/P 0,11 ou ausência de fósforo), reduzindo a formação e deposição de sais de cálcio quando comparados com a quitosana natural (Ca/P 2,78). Ensaios de adesão plaquetária mostraram melhoria das superfícies de quitosana quando modificadas pela sulfonatação, ou quando misturadas com carragenana, apresentando adesão, em média, de 1 a 2 plaquetas/0,01 mm², contra a formação de trombos em filme de quitosana. No ensaio de revestimento, a modificação da superfície metálica foi evidenciada pela alteração da quantidade percentual de carbono e oxigênio na composição química da superfície quando comparado o aço eletropolido bruto e após a inserção da quitosana. As sucessivas mudanças sofridas pelo ângulo de contato reforçam o sucesso do grafting dos polímeros, através da formação de uma camada hidrofílica tanto para quitosana natural quanto para a sulfonatada. Pelos resultados obtidos, pode-se inferir que a quitosana sulfonatada e as blendas de quitosana/carragenana mostram-se promissoras para serem utilizadas como biomateriais em contato com sangue.

SANTOS, S. M. L. Síntese e caracterização de sílicas mesoporosas para adsorção de biomoléculas modelo (BSA, Lisozima e Celulase). 2013. 135 f. Tese (Doutorado em Engenharia Química) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2013. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-04-30T16:23:11Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_smlsantos.pdf: 11070721 bytes, checksum: 6fc6081d469e5467fbc862361d1fda85 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-05-04T10:33:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_smlsantos.pdf: 11070721 bytes, checksum: 6fc6081d469e5467fbc862361d1fda85 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-04T10:33:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_smlsantos.pdf: 11070721 bytes, checksum: 6fc6081d469e5467fbc862361d1fda85 (MD5) Previous issue date: 2013-09-23 / Part of the cost of production of biomolecules with high purity and yield depends on the separation and purification steps used. In these steps, it is usually necessary to use chromatography techniques and one of the factors that influence on its high performance is the development of stationary phases or suitable adsorbents. The present study investigates the adsorption of biomolecules three model (bovine serum albumin - BSA, lysozyme - LYS cellulase and - CEL) in mesoporous silica obtained from tri-block copolymers as agents drivers structure. We report different synthesis procedures aimed at modifying the surface chemistry and promoting textural changes, such as enlargement and/or pores, and the mesoscopic ordering. In the first part of this thesis were synthesized (i) SBA-15 by two different routes, sol-gel and hydrothermal and (ii) SBA-16 by hydrothermal. In the second part, SBA-15 samples with different pore sizes and channel length were s ynthesized using 1,3,5-trimethylbenzene (TMB), heptane and ammonium fluoride (NH4F). TMB was used to increase the pore diameter and heptane combined with NH4F to modify the size of the channels of SBA-15. In the third part of the work, the acidity of SBA-15 was modified by the addition of zirconium with three molar ratios Si/Zr distinct (5, 10 and 15). The adsorption of the three target biomolecules was studied by experiments in stirred tanks. The results indicate that for pure silicas, higher adsorption capacities are obtained when the pH is close to the isoelectric point of biomolecule. Very promising results for were found the adsorption of proteins on silicas with larger pore diameters (above 10 nm), up to hundreds of milligrams per gram of adsorbent. In the case of materials with zirconium, the best results were fou nd for the materials with the lowest amount of said heteroatom (Si/Zr = 15), which have similar texture to the original support. This suggests that there may be a moderate acidity which-enhances the adsorption of the studied biomolecules or excess zirconium atoms lead to steric hindrances causing a decrease in the adsorption capacity of the biomolecule / Parte do custo de produção de biomoléculas com elevada pureza e o rendimento deste processo depende das etapas de separação e purificação utilizadas. Nestas etapas, geralmente é necessário utilizar técnicas de cromatografia e um dos fatores que influenciam no seu elevado desempenho é o desenvolvimento de fases estacionárias ou adsorventes adequados. O presente trabalho investiga a adsorção de três biomoléculas-modelo (albumina de soro bovino - BSA, lisozima - LYS e celulase – CEL) em sílicas mesoporosas obtidas a partir de copolímeros tribloco como agentes direcionadores estruturais. Relatam-se diferentes procedimentos de síntese que visam modificar a química da superfície e promover alterações texturais como, por exemplo, o alargamento e/ou encurtamento dos poros, bem como a sua ordenação mesoscópica. Na primeira parte da tese, foram sintetizadas (i) SBA-15 por duas rotas distintas, sol-gel e hidrotérmica, e (ii) SBA-16 por via hidrotérmica. Na segunda parte, amostras de SBA-15 com diferentes tamanhos de poros e comprimento de canais foram sintetizados utilizando 1,3,5-trimetilbenzeno (TMB), heptano e fluoreto de amônio (NH4F). O TMB foi utilizado para aumentar o diâmetro dos poros e o heptano combinado com NH4F, para modificar o tamanho dos canais da SBA-15. Já na terceira parte do trabalho, a acidez da SBA-15 foi modificada pela adição de zircônio com três razões molares Si/Zr distintas (5, 10 e 15). A adsorção das três biomoléculas-alvo foi estudada por experimentos em tanques agitados. Os resultados indicam que, para sílicas puras, maiores capacidades de adsorção são obtidas quando o pH está próximo ao ponto isoelétrico da biomolécula. Resultados muito promissores foram encontrados para a adsorção de proteínas sobre as sílicas com maior diâmetro de poros (acima de 10 nm), chegando a centenas de miligramas por grama de adsorvente. No caso dos materiais com zircônio, os melhores resultados foram encontrados para os materiais com a menor quantidade do referido heteroátomo (Si/Zr = 15), que apresentam textura similar ao suporte original. Isto sugere que pode haver uma acidez moderada ótima para a adsorção das biomoléculas estudadas ou que o “excesso” de átomos de zircônio leva a impedimentos estéricos que causam uma redução na capacidade de adsorção da biomolécula

Orientador : Nelson Duran / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-16T21:16:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Makita_Yoshiko_M.pdf: 3845679 bytes, checksum: e5c5e0f8c3edade138a63bbd6754a1c8 (MD5) Previous issue date: 1980 / Mestrado

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Elisângela Soares Gomes Pepe / Coorientador: Mariana Rangel Pereira / Banca: Gustavo Orlando Bonilla Rodriguez / Banca: João Martins Pizauro Junior / Resumo: O mercado industrial está se tornando cada vez mais dependente do uso de enzimas como catalisadores. Dentre as enzimas utilizadas industrialmente estão as de origem microbiana, por serem ativas nas mais diversas condições. As lacases são enzimas com alto potencial, pois atuam sobre diversos compostos, o que possibilita uma vasta diversidade de possíveis aplicações. Entre as formas de prospecção de novas enzimas microbianas, encontra-se a metagenômica. Diante disto, foi realizada a busca por potenciais lacases seguindo uma estratégia "sequence-driven" em uma base de dados metagenomicos composta por amostras de diversos ambientes, pertencente ao Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas (LBMP). As ORFs previamente anotadas por similaridade de sequências e domínios conservados como possíveis "Multicopper oxidases" (grupo no qual se encontram as lacases) foram prospectadas pela região conservada para lacases L3 (HLHGH). Esta estratégia retornou três ORFs, a ORF50MF; a ORF51ME e a ORF13SE (lacmeta), as quais foram clonadas e submetidas as análises de super-expressão e purificação. LacMeta, similar em 82% com a sequência de proteína hipotética de Streptomyces rubidus [WP_069465126.1], foi a proteína que apresentou o melhor resultado de expressão e purificação, sendo então submetida a caracterização cinética. A proteína fusionada a uma cauda de hexa-histidina foi purificada na forma homo-trimérica, com 107 kDa, e apresentou atividade ótima em pH ácido para o substrato AB... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The industrial market is becoming increasingly dependent on the use of enzymes as biocatalysts. Among the enzymes used industrially are those of microbial origin, because they are active in the most diverse conditions. Laccases are enzymes with high potential, since they act on several compounds, which allows a wide diversity of possible applications. Among the search for new forms of microbial enzymes, is the metagenomic. In this way, the search for potential laccases was carried out following a sequence-driven strategy in a metagenomic database composed of samples from different environments, belonging to the Laboratory of Biochemistry of Microorganisms and Plants (LBMP). The ORFs previously annotated by similarity of sequences and conserved domains as possible "Multicopper oxidases" (group in which the laccases are) were prospected by the region conserved for laccases L3 (HLHGH). This strategy returned three ORFs, the ORF50MF; the ORF51ME and the ORF13SE (lacmeta), which were cloned and subjected to super-expression and purification analyzes. LacMeta, similar in 82% to the hypothetical protein sequence of Streptomyces rubidus [WP_069465126.1], was the protein that presented the best expression and purification result and was then subjected to kinetic characterization. The protein fused to a hexa-histidine tail was purified in the homo-trimeric form with 128.22 kDa and presented optimum acidic pH activity for the ABTS substrate, for which obtained the catalytic parameters k... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2015. / Submitted by Patrícia Nunes da Silva (patricia@bce.unb.br) on 2016-01-15T14:22:33Z No. of bitstreams: 1 2015_CarolinaDaSilvaCaniellesCaprara_Parcial.pdf: 17043 bytes, checksum: aa3a4af2c2797df0cbf341b8e65abd48 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-01-15T14:23:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_CarolinaDaSilvaCaniellesCaprara_Parcial.pdf: 17043 bytes, checksum: aa3a4af2c2797df0cbf341b8e65abd48 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-15T14:23:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_CarolinaDaSilvaCaniellesCaprara_Parcial.pdf: 17043 bytes, checksum: aa3a4af2c2797df0cbf341b8e65abd48 (MD5) / Proteases constituem um dos grupos de enzimas industriais mais importantes, com participação na indústria de detergentes, couro, alimentos e medicamentos. A indústria de detergentes é uma grande consumidora de enzimas hidrolíticas. Novas metodologias que possibilitem a purificação de biomoléculas são de grande interesse para a indústria pelas suas potenciais aplicações. O objetivo principal deste trabalho foi produzir, purificar e caracterizar proteases extracelulares de Penicillium restrictum cultivado sob fermentação submersa. A cepa de Penicillium restrictum isolada do solo do Cerrado foi capaz de produzir proteases extracelulares após 7 dias de cultivo a 28°C e 150 rpm em meio contendo farelo de trigo. Após os 7 dias de cultivo o filtrado do meio fermentado foi submetido ao processo de ultrafiltração em membrana de 100 kDa e a fração ultrafiltrada foi adicionada ao SMDFA em diferentes condições, sendo avaliada a purificação através de um planejamento fatorial 2³ com três repetições no ponto central. Os resultados mostraram que o SMDFA foi eficaz na partição das proteases presentes na fração < 100 kDa para a fase pobre em micelas, apresentando um coeficiente de partição (k) menor que 1 para todos os sistemas testados. O sistema 3 apresentou 80 de balanço de massas e 138,24% de rendimento. Baseado nos valores de k e nos valores do balanço de massa e do rendimento, o sistema contendo 10% Triton X114, 10% de caldo e separado a 31°C foi escolhido para dar continuidade ao processo de purificação da enzima de interesse. A fração pobre em micelas, foi ultrafiltrada em membrana de 30 kDa e o fator de purificação desta fração foi igual a 10,4. A purificação parcial de duas proteases extracelulares foi confirmada por SDS-PAGE seguido de zimograma. As bandas com atividade proteolítica revelaram pesos moleculares de aproximadamente 19,2 e 30,5 kDa. As proteases parcialmente purificadas apresentaram atividade máxima em pH 8,0 e a temperatura ótima foi estimada em 55°C. A enzima foi levemente inibida por PMSF e bastante inibida pelos íons metálicos Fe e Zn e o íon metálico Mg+2 induziu um aumento da atividade enzimática. As enzimas parcialmente purificadas foram aplicadas junto a detergentes comerciais apresentando potencial para possível aplicação na indústria de detergentes. / Proteases are one of the largest groups of industrial enzymes, participating in the detergent industry, leather, food and medicine. The detergent industry is a large consumer of hydrolytic enzymes. New methodologies for the purification of biomolecules are of great interest to the industry for its potential applications. The aim of this work was to produce and purify extracellular proteases from Penicillium restrictum under submerged fermentation. The strain of Penicillium restrictum isolated from cerrado soil was able to produce extracellular protease after 7 days of cultivation at 28°C and 150 rpm in medium with wheat bran. After 7 days of fermentation, broth culture was submitted to ultrafiltration process through a membrane of 100 kDa. Ultrafiltered fraction was added to SMDFA under different conditions, purification being evaluated through a factorial design 2³ with three replications at center point. The results showed that the SMDFA was effective in partitioning of proteases present in the fraction <100 kDa poor phase micelles, with a partition coefficient (k) less than 1 for all tested systems. The system 3 showed 80 mass balance and 138.24% yield. These results being the best mass balance and the best performance. Based on the k values in the mass balance and income values, the system containing 10% Triton X-114, 10% of broth and separated at 31°C was chosen to continue the process of purification of the enzyme of interest. Micelles poor fraction was ultrafiltered through a membrane of 30 kDa and the purification factor of this fraction was equal to 10.4. The partial purification of two extracellular proteases was confirmed by SDS-PAGE followed by zymography. The proteolytic activity showed bands with molecular weights of approximately 19.2 and 30.5 kDa. The partially purified protease showed maximum activity at pH 8.0 and the optimum temperature was estimated at 55 ° C. The enzyme was slightly inhibited by PMSF and quite inhibited by metal ions Fe and Zn and the metal ion Mg+2 induced an increased enzyme activity. Partially purified enzymes were applied to commercial detergent Ypê Premium® where the detergent has potential for possible application in the detergent industry aiding the detergent in removing proteinaceous stains.

Submitted by Jonathan Brito Souza de Oliveira (jonath_brito@hotmail.com) on 2018-08-07T16:40:23Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_final_.pdf: 2492287 bytes, checksum: 97355dac17e5ee7a8bd27f2dac2943e2 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Carolina Gonçalves Bet null (abet@iq.unesp.br) on 2018-08-08T17:43:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_jbs_me_araiq_int.pdf: 2471764 bytes, checksum: e9ce68f4b56affe9b165a13603afd25a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-08T17:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_jbs_me_araiq_int.pdf: 2471764 bytes, checksum: e9ce68f4b56affe9b165a13603afd25a (MD5) Previous issue date: 2018-06-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As hemoglobinas extracelulares apresentam alta estabilidade oligomérica, resistência à oxidação, cooperatividade e afinidade para ligar oxigênio, além do potencial uso em aplicações biotecnológicas como substituto sanguíneo e biossensores de contaminação ambiental. Devido a estas propriedades, os objetivos desta dissertação foram caracterizar a estrutura e a estabilidade da hemoglobina extracelular gigante do anelídeo Amynthas gracilis (HbAg) por diferentes técnicas biofísicas, tais como, absorção ótica, intensidade de espalhamento de luz (LSI), espalhamento de luz dinâmico (DLS), eletroforese SDS-PAGE, ultracentrifugação analítica (AUC), espectrometria de massas por tempo de voo (MALDI-TOF-MS) e microscopia de força atômica (AFM). Em pH 7,0, a HbAg apresentou espectro de absorção ótica com máximo em 415 nm (banda de Soret) e em 540 e 575 nm (bandas Q). A alcalinização do meio deslocou os máximos de absorção para 405 nm e uma única banda Q alargada em 540 nm, devido à oxidação do grupo heme. O perfil proteico apresentado pela HbAg por eletroforese SDS-PAGE foi semelhante, mas não igual a hemoglobina extracelular de Glossoscolex paulistus (HbGp). A HbAg apresentou três bandas com massa molar (MM) entre 25-37 KDa associadas as cadeias L, enquanto a HbGp apresenta apenas duas bandas nesta faixa de massa. As análises dos dados de MALDI-TOF-MS mostraram que a HbAg apresenta quatro isoformas para o monômero d (d1 - d4) com MM entre 16,2-16,8 kDa, três linkers (L1, L2 e L3), 25,8-26,8 kDa, duas isoformas para o trímero abc e uma única isoforma para o tetrâmero abcd (67,7 kDa). Por AUC foi determinada a MM da HbAg na sua forma íntegra de 3,9 MDa, sendo este valor superior a HbGp (3,6 MDa). O maior valor de MM observado é associado a auto-agregação da HbAg em função do tempo de estocagem. O valor de ponto isoelétrico (pI) estimado por Potencial Zeta foi de 6,0 ± 0,3. A HbAg nativa apresenta um diâmetro hidrodinâmico (Dh) de 28 nm determinado por DLS. Porém, em pH menor que 6,5 a proteína mostrou tendência em formar agregados, já em pH acima de 8,0 a hemoglobina sofreu dissociação concomitante com agregação. A microscopia de força atômica (AFM) de filmes de HbAg em pH 7,0 revelou altura entre 15-20 nm que foi associado a dois discos hexagonais sobrepostos. Estudos iniciais de atividade peroxidase (POD) indicaram maior estabilidade da HbAg frente altas concentrações de peróxido de hidrogênio (H2O2) em relação a HbGp. Por fim os resultados apresentados nesta dissertação mostram um grande avanço na caracterização da HbAg, uma hemoglobina extracelular gigante até então não relatada na literatura. Adicionalmente possibilitou a criação de novas vertentes de estudos que no futuro poderão resultar na criação de produtos de grande aplicação biotecnológica, tais como biossensores destinados às áreas médica e ambiental, além de produtos de suprimento de oxigênio para tecidos sob condição de hipóxia. / The extracellular hemoglobin molecules present high oligomeric stability, resistance to oxidation, cooperativity and affinity to bind oxygen, besides the potential use in biotechnological applications a s blood substitute and biosensors of environmental contam ination. Considering that, this dissertation aimed to characterize the structure and stability of the giant extracellular hemoglobin of the annelid Amynthas gracilis (HbAg) by different biophysical t echniques, such as optical absorption, light scattering intensity (LSI), dynamic light scattering (DLS), SDS - PAGE electrophoresis, analytical ultracentrifugation (AUC), Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Fly - Mass Spectrometry (MALDI - TOF - MS ) and atomic force microscopy . The HbAg had an optical absorption spectrum with a maximum of 415 nm (Soret band) , and 540 and 575 nm (Q bands) at pH 7.0 . The alk alinization of the medium shifted the absorption maxima to 405 nm and a single broad Q band at 54 0 nm due to the oxidation of the heme group. The protein profile presented by HbAg by SDS - PAGE electropho resis was similar but not identical to the extracellular hemoglobin of Glossoscolex paulistus (HbGp). HbAg presented three bands with molecular mass (MM) ranging 25 - 37 KDa associated with the L chains, whereas HbGp presented only two bands in this MM range. MALDI - TOF - MS data show ed that HbAg presents four isoforms for the monomer d ( d 1 - d 4 ) with MM ranging 16.2 - 16.8 kDa, three linkers ( L 1 , L 2 and L 3 ), 2 5.8 - 26.8 kDa, two isoforms for the abc trimer and a single isoform for the abcd tetramer (67.7 kDa). By AUC , the MM of whole HbAg was determined in 3.9 MDa, a higher value than that observed for HbGp (3.6 MDa). The highest MM value observed was associated with self - aggregation of HbAg as a function of storage time. The isoelectric point value (pI) estimated by Zeta Potential wa s 6.0 ± 0.3. Native HbAg had a h ydrodynamic d iameter (D h ) of 28 nm determined by DLS. However, at pH less than 6.5 the protein sho we d tendency to form aggregates; at pH above 8.0 the hemoglobin undergoes dissociation concomitant wit h aggregation. Atomic Force M icroscopy (AFM) of HbAg films at pH 7.0 revealed a height between 15 - 20 nm that was associated with two overlapping hexagonal l ayers. Initial studies of peroxidase activity (POD) indicate d higher stability of HbAg against high concentrations of hydrogen peroxide (H 2 O 2 ) relative to HbGp. Finally, the results presented in this dissertation show a great advance in the characterizatio n of HbAg, a giant extracellular hemoglobin not previously reported in the literature. In addition, it has enabled the creation of new study strands that in the future may result in the creation of products of great biotechnological application, such as bi osensors destined to the medical and environmental areas, as well as products of oxygen supply to tissues under the condition of hypoxia. / FAPESP: 2016/10884-1 / FAPESP:2017/19332-4 / FAPESP:2015/11447-1

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-04-29Bitstream added on 2014-06-13T20:32:59Z : No. of bitstreams: 1 arima_aa_me_botib.pdf: 1075360 bytes, checksum: 9d02ce6ddf64780e885cc7e1816fa812 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A floretina (3-(4-hidroxifenil)-1-(2,4,6-trihidroxifenil)-1-propanona) é uma dihidrocalcona presente principalmente em maçãs que ultimamente vem sendo empregada para fins terapêuticos e cosméticos. Essa molécula tem demonstrado interagir com membranas modelo neutras e carregadas, alterando a hidratação, a qual é importante tanto para a estabilidade de bicamadas, como para suas permeabilidades seletivas. Neste trabalho, o efeito da floretina foi estudado em lipossomos (vesículas) negativamente carregados de DMPG (dimiristoilfosfatidilglicerol) a baixa força iônica (10 mM Hepes pH 7.4 + 2 mM NaCI). Os resultados foram comparados com os obtidos para a barbaloína [10-glicopiranosil-1,8-dihidroxi-3-(hidroximetil)-9(10H)-antracenona], - uma antraquinona glicosilada extraída de folhas de diferentes plantas do gênero Aloe -, porque essa biomolécula demonstrou ser capaz de interagir fortemente com vesículas de DMPG a baixa força iônica. As alterações dinâmicas e estruturais foram monitoradas pela técnica espectroscópica de ressonância paramagnética eletrônica (RPE) através da incorporação de marcadores de spin nas membranas lipídicas. Os dados foram analisados através de parâmetros medidos diretamente sobre os espectros e por meio de parâmetros simulados (soluções da equação estocástica de Liouville para um conjunto de spins magnéticos). Os resultados de RPE no intervalo entre 5 ºC e 10 ºC mostraram que a floretina aumenta sensivelmente a anisotropia tanto na superfície quanto no centro das bicamadas; enquanto que entre 15 ºC a 19 ºC, tanto a floretina como a barbaloína aumentam a mobilidade e a fluidez no centro da bicamada. Para altos valores de temperaturas (35 ºC a 45 ºC) a adição da floretina aparentemente não alterou a hidratação, mas mudou significantemente o empacotamento e a difusão molecular na região das cabeças polares; enquanto... / Phloretin (3-(4-Hydroxyphenyl)-1-(2,4,6-trihydroxyphenyl)-1-propanone) is a dihydrochalcone present mainly in apples, which lately has been used for medical and cosmetic purposes. It has been shown that phloretin interacts with neutral and charged model membranes, changing the hydration, which is important as for bilayer stability as for its permeability properties. In this work, the effect of phloretin was studied in negatively charged DMPG (dimyristoylphosphatidylglycerol) liposomes (vesicles) at low ionic strength (10mM Hepes pH 7.4 + 2 mM NaCI). The results were compared with the biomolecule barbaloin (10-glucopyranosyl-1,8-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)-9(10H)-anthracenone), - a known active ingredient extracted from leaves of different Aloe plants -, because this glycosilated anthraquinone has showed to interact strongly with DMPG vesicles at low ionic strength. The dynamics and structural changes were monitored by ESR (electron spin resonance), using spin labels incorporated in the membranes. The data were analyzed by using parameters measured directly on the spectra and by simulated parameters (solutions of the stochastic Liouville equation for a set of magnetic spins). The ESR results for the interval between 5 ºC and 10 ºC showed that phloretin increases strongly the anisotropy on the surface as well as at the bilayer core, while between 15 ºC to 19 ºC, phloretin and barbaloin increase the mobility and the fluidity at the bilayer core. For high temperature (35 ºC to 45 ºC) the presence of phloretin apparently did not alter the hydration, but changed significantly the packing and the motional diffusion of the lipid polar heads; while barbaloin increased the hydration on the surface as well as the bilayer core, but produced great structural changes (“folds”) mainly at the end of the hydrocarbon... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Elias Basile Tambourgi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-28T01:00:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leite_PatriciaBernardi_M.pdf: 2749912 bytes, checksum: 4e5b2113e862fef3f3a9776ec97294c4 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: Os sistemas bifásicos aquosos têm sido largamente utilizados na pesquisa bioquímica para a separação e purificação de macromoléculas, células e partículas de origem celular. Nos últimos anos, os sistemas bifásicos também têm encontrado aplicações em diferentes áreas da biotecnologia, especialmente no que se refere a utilização de sistemas alternativos de baixo custo, como o sistema constituído por polissacarídeo da goma do cajueiro (POLI CAJU) e polietileno glicol (PEG). O exsudato de Anacardium occidentale L. consiste em um polissacarídeo ácido largamente encontrado no Nordeste brasileiro, onde é empregado como substituto da goma arábica para uso farmacêutico. A goma bruta foi coletada como exsudato natural de árvores cultivadas no estado de Pernambuco. Nódulos I ivres de cascas foram selecionados para o processo de isolamento da goma via precipitação por etanoI. Foram estabelecidos diagramas de fases para o sistema polissacarídeo da goma do cajueiro e polietileno glicol 1500,4000 e 8000 nos pH's 6,0, 7,0 e 8,0 para temperatura de 27 °C . Observou-se um deslocamento da binodal no sentido de maiores concentrações de polímeros com a diminuição do peso molecular do polietileno glicoI. A faixa de pH estudada, não acarretou alterações significativas na binodaI. Diferentes "tie-lines" foram analisadas para a determinação do coeficiente de partição de uma proteína modelo, a tripsina. A proteína se particionou predominantemente na fase inferior rica em POLI CAJU nas condições experimentais testadas. O aumento do comprimento da "tie-line" e do massa molar do polietileno glicol provocou, de modo geral, a redução do coeficiente de partição da tripsina. O coeficiente de partição não apresentou um comportamento regular com a variação da faixa de pH estudada. Em processamento contínuo, estudou-se o comportamento do sistema bifásico PEG­POLICAJU em coluna de campânulas pulsantes. O sistema selecionado para a transferência da tripsina da fase dispersa para a fase contínua foi o sistema obtido no processo em batelada: PEG 4000-POLlCAJU. Os estudos preliminares de transferência de tripsina numa coluna de campânulas pulsantes indicou que ocorreu uma recuperação de cerca de 40% de proteína na fase POLICAJU. (Condições: número de campânulas: 2; pulsação 1 :3; velocidade de pulsação: 2,0 mL/min) / Abstract: Aqueous two-phase systems have found widespread use in biochemical research for separation and purification of macromolecules, cells and cell partic1es. In recent years the aqueous two-phase systems have also found applications in various areas of biotechnology, specially when utilising low-cost biphasic systems, as the new aqueous two-phase system based on cashew-nut tree gum (POLICAJU) and poly(ethylene glycol) (PEG). The exsudate gum from Anacardium occidentale L. is a branched acidic heteropolysaccharide found in Brazilian north-westem. It's employed locally as a substitute for arabic gum in pharmaceutical uses. Crude gum was collected as natural exsudate from cultivated trees in Pemambuco state. Clear nodules free of bark were selected to be isolated via ethanol precipitation. Phase diagrams were provided for POLICAJU and PEG molecular weight of 1500, 4000 and 8000 at pH 6,0, 7,0 and 8,0, for 25°C. It was observed a displacement of the binodal for higher polymer concentrations when polyethylene glycol molecular weights decreased. The pH range studied, did not promote significant alterations on the binodal. Different tie-lines were analysed for partition coefficient determination of a model protein, trypsin. The protein partitioned almost in the bottom gum-rich phase for the experimental conditions tested. The increase of the tie-line length promoted and PEG molecular weight variation, in general, a decreased of the protein partition coefficient. The partition coefficient did not show a regular tendency with the pH range studied. / Mestrado / Desenvolvimento de Processos Biotecnologicos / Mestre em Engenharia Química

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-03T10:49:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Katiúscia A. Rios.pdf: 5557349 bytes, checksum: 1964fe97b319914d498f0df13ea42974 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-03T11:00:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Katiúscia A. Rios.pdf: 5557349 bytes, checksum: 1964fe97b319914d498f0df13ea42974 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-03T11:00:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Katiúscia A. Rios.pdf: 5557349 bytes, checksum: 1964fe97b319914d498f0df13ea42974 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-03T11:00:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Katiúscia A. Rios.pdf: 5557349 bytes, checksum: 1964fe97b319914d498f0df13ea42974 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dengue infection has become a public health problem in tropical and sub-tropical areas. It is a viral disease transmitted by arthropods with high mortality rates. Its clinical diagnosis requires laboratory confirmation because several other conditions can also cause similar symptoms with acute fevers as well as the primary use antibodies or antigens for detection of DENV. The continued development of diagnostic tests that are cheap, sensitive, specific, easy to perform, and that are capable of giving early diagnosis of the dengue virus infection is still a needed. Using bioinformatics, we mapped peptides of Envelope protein (E), Nonstructural 1 and 2 which have antiginity, hidrofility and probality to apper on the surface. The first peptide, with molecular weight of the 17KDa, was called E/ENS3 and corresponds to two Envelope protein (E) sequences and a Nonstructural 3 sequence. The second peptide, with molecular weight of the 15Kda, was called ENS1/3 and it corresponds to a Envelope protein (E) sequence, a Nonstructural 1 sequence and Nonstructural 3 sequence. The peptides were expressed in prokaryotic sistem, purified and used in ELISA (Enzyme-Linked Assay Imunoabsorvente). Using Indirect ELISA in the IgM and IgG antibody detection previously characterized, we obtained as results: (1) IgG research using E/ENS3 and ENS1/3 peptides, sensibility was 65% and the specificity was 91,7% and (2) IgM research, sensibility was 75,7% and and the specificity was 91,8%. These results indicate that use of both E/ENS3 and ENS1/3 peptides may be a alternative to the serological diagnosis of dengue. / A infecção pelo vírus dengue continua sendo um grande problema de saúde pública em regiões tropicais e subtropicais do mundo, sendo a principal doença viral transmitida por artrópodes, com alta morbidade e mortalidade. O diagnóstico clínico da dengue requer confirmação laboratorial devido à semelhança dos sintomas com uma série de outras febres agudas e para detecção de infecções virais primárias ou secundárias. O desenvolvimento de testes baratos, sensíveis, específicos e de fácil execução, que sejam capazes de proporcionar diagnóstico precoce da infecção pelo vírus da dengue, é ainda uma necessidade. Neste trabalho mapeamos, por ferramentas de bioinformática, peptídeos das proteínas de Envelope (E), Não Estrutural 1 e 2 que apresentasse como características: elevada antigenicidade, hidrofilicidade e probabilidade de se apresentar na superfície. O primeiro peptídeo, com peso molecular de 17KDa, foi denominado E/ENS3 e corresponde a duas sequências da proteína de Envelope (E) e uma sequência da Não Estrutural 3. O segundo peptídeo, com peso molecular de 15Kda, foi denominado ENS1/3 e corresponde a uma sequência da proteína de Envelope (E), uma sequência da Não Estrutural 1 e uma sequência da Não Estrutural 3. Os peptídeos foram expressos em sistemas em sistema procarioto, purificados e utilizados em teste de ELISA (Enzyme-Linked Assay Imunoabsorvente). Foram realizadas a detecção de anticorpos IgM e IgG de amostras de laboratório, previamente caracterizadas, através de ELISA Indireto e obteve-se os seguintes resultados: (1) na pesquisa de IgG usando os peptídeos E/ENS3 e ENS1/3, a sensibilidade foi de 65% e a especificidade foi de 91,7% e (2) na pesquisa de IgM a sensibilidade foi de 75,7% e especificidade foi de 91,8%. Estes resultados indicam que a utilização dos peptídeos E/ENS3 e ENS1/3 podem ser uma alternativa para o diagnóstico sorológico da dengue