Orientador: Marcos Roberto de Mattos Fontes / Coorientador: Agnes Alessandra Sekijima Takeda / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: Rafael Lemos Miguez Counãgo / Banca: Valber de Albuquerque Pedrosa / Banca: Lucilene Delazari dos Santos / Resumo: Danos no DNA, podem ocorrer tanto por agentes genotóxicos endógenos quanto agentes exógenos, que podem promover a instabilidade do genoma e levar diretamente a doenças, como por exemplo, o câncer, alterações neurológicas, imunodeficiências e envelhecimento prematuro. Auxiliando na manutenção da estabilidade, as células apresentam uma série de vias de reparo de DNA, as quais realizam o processo em múltiplas etapas para resolver lesões específicas no DNA e manter a integridade do genoma. A importação nuclear é um pré-requisito para as funções das proteínas de reparo do DNA e dentre os mecanismos responsáveis pela regulação da importação nuclear, a via clássica constituída pelo heterodímero Importina-α/β é um dos principais mecanismos de deslocamento. A Importina-β (Impβ) atua como o transportador enquanto a Importina-α (Impα) atua como adaptador, reconhecendo as sequências de localização nuclear (NLS) presentes nas proteínas que possuem função no núcleo. Esse trabalho trata especificamente dos estudos estruturais de complexos da Impα peptídeos NLSs de proteínas relacionadas ao reparo de DNA utilizando técnicas de cristalografia e ensaios de afinidade pela técnica de calorimetria de titulação isotérmica (ITC). A expressão e purificação da Impα de Mus musculus truncada em sua porção N-terminal foi realizada, bem como a co-cristalização da Impα peptídeos NLSs de proteínas relacionadas ao reparo de DNA, correspondentes as sequências MLH1, PMS2, XPG1 e XPG2. Peptídeos mutados em regiões importantes de reconhecimento nuclear para os peptídeos MLH1 e PMS2 também foram selecionados para o desenvolvimento deste projeto. Dados de difração de raios-X foram coletados dos cristais obtidos e processados no intervalo de 2,0-2,8 Å de resolução. Com esses resultados, as estruturas contendo cNLSs MLH1, PMS2, XPG1 e XPG2 foram elucidadas. As proteínas do complexo MutLα, a MLH1 e... / Abstract: DNA damage can occur by endogenous and exogenous genotoxic agents, which may promote instability of the genome and directly lead to diseases such as cancer, neurological disorders, immunodeficiencies and even premature aging. Helping in the maintenance of the stability, the cells display a number of DNA repair pathways, which carry out the process in multiple steps to resolve specific DNA damage, and maintain the integrity of the genome. The nuclear import is a pre-requisite for the functions of DNA repair proteins and, among the mechanisms responsible for regulation of nuclear import, the classical pathway constituted by the heterodimer importin-α / β is a major shift mechanisms. Importin-β (Impβ) acts as the carrier while the importin α-(Impα) acts as an adapter recognizing the nuclear localization sequence (NLS) present in proteins that have function into the nucleus.This work concerns specifically the structural studies of complexes with Imp and NLSs peptides from proteins related to DNA repair using crystallographic techniques and binding assays by isotermal titration calorimetry technique (ITC). The expression and purification of Mus musculus Impα truncated at its N-terminal portion was performed, as well as co-crystallization with Impα NLSs peptides of proteins related to DNA repair, the corresponding sequences MLH1, PMS2, XPG1 and XPG2. Peptides mutated in key regions of nuclear recognition for MLH1 and PMS2 peptides were also selected for this project. X-ray diffraction data collected from crystals were obtained and processed in the range of 2.0-2.8 Å resolution. With these results, the structures containing cNLSs MLH1, PMS2, XPG1 and XPG2 were elucidated. The MutLα complex proteins, MLH1 and PMS2, related to the mismatch repair (MMR), bound to the Impα similarly to the T antigen NLS of SV40 in the major binding site. ITC experiments corroborate the crystallographic results, which suggest that both NLSs are classic... / Doutor

Orientador: Ana Marisa Fusco-Almeida / Coorientador: Francisco Javier Enguita / Banca: Eloisa aparecida Mocheuti Kronka / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Banca: Eleini Gomes / Banca: Tais Maria Bauab / Resumo: O processo de fermentação é amplamente utilizado em usinas brasileiras para produção de bioetanol e, mesmo sendo um processo amplamente difundido, a problemática sobre contaminações por micro-organismos ainda é uma incógnita. Problemas de redução de produtividade estão diretamente ligados à competição de nutrientes quando há decorrentes crises de contaminações por bactérias e leveduras não-Saccharomyces. Entre as leveduras contaminantes mais encontradas estão as pertencentes aos gêneros Candida, Torulopis, Rhodotorula, Pichia, Komagataella e Schizosaccharomyces. Muitos antimicrobianos são utilizados para combater contaminações, porém com baixas especificidade e eficiência para leveduras contaminantes. O desenvolvimento de novas alternativas para a descontaminação do processo fermentativo e a busca por biomoléculas naturais e não geradoras de resíduos tóxicos, são emergenciais. Tais biomoléculas podem ser originárias dos miRNAs, que são pequenas moléculas de RNA não codificantes que afetam a estabilidade dos RNAs mensageiros, atuando na expressão de transcritos dentro de processos biológicos, afetando controles transcricionais e pós-transcricionais, resultando na inibição ou potencialização da ação gênica nos processos biológicos fermentativos. Dessa forma, miRNAs livres na dorna de fermentação podem interferir de maneira controlada os contaminantes que competem com a levedura Saccharomyces cerevisiae na produção de bioetanol. Em estudos anteriores de nosso grupo foi seleciona... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The fermentation process is widely used in Brazilian plants for the production of bioethanol and, even though it is a widely diffused process, the problem of contamination by microorganisms is still unknown. Productivity reduction problems are directly linked to nutrient competition when there are bouts of contamination by bacteria and non-Saccharomyces yeasts. Among the most common contaminating yeasts are those belonging to the genera Candida, Torulopis, Rhodotorula, Pichia, Komagataella and Schizosaccharomyces. Many antimicrobials are used to combat contamination, but with low specificity and efficiency for contaminating yeasts. The development of new alternatives for the decontamination of the fermentative process and the search for natural biomolecules and non-toxic wastes are emergency. Such biomolecules may originate from the miRNAs, which are small molecules of non-coding RNA that affect the stability of messenger RNAs, acting on the expression of transcripts within biological processes, affecting transcriptional and post-transcriptional controls, resulting in the inhibition or potentiation of the gene action fermentative biological processes. Thus, free miRNAs in the fermentation dorna can interfere in a controlled manner the contaminants that compete with the yeast Saccharomyces cerevisiae in the production of bioethanol. In previous studies of our group, a contaminant strain of Candida tropicalis, isolated from a plant in the region of Araraquara/SP, was selected and studied, which persevered during the period of one harvest. As a continuity, our study aimed to elucidate the metabolic and transcriptional behavior of the relevant contaminant, C. tropicalis, during the fermentation cycle, through fermentative capacity techniques, sequencing of global RNA and to identify target genes for the development of miRNAs as antifungal biomolecules... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-06T15:05:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3560441 bytes, checksum: 82236d1734bfb37faef9de46c5042ddf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-06T15:05:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3560441 bytes, checksum: 82236d1734bfb37faef9de46c5042ddf (MD5) Previous issue date: 2015-10-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A encapsulação de moléculas bioativas é utilizada há décadas pelas industrias de alimentos e representa uma real oportunidade de desenvolvimento de produtos inovadores. Dada a sua versatilidade funcional, as proteínas do leite, em particular as proteínas do soro de leite, tem sido utilizadas para fins de encapsulação por meio de diferentes técnicas. Complementarmente, estudos recentes mostraram a habilidade de proteínas alimentares de carga oposta de se co-associar formando micro-esferas através da coacervação complexa. Compreender as forças que governam o processo de coacervação de hetero-proteínas e o efeito da presença de pequenos ligantes (bioativos) são pré-requisitos para o uso de coacervados complexos de hetero-proteínas como agentes de encapsulação. Neste contexto, o objetivo do meu projeto de tese foi entender o mecanismo de coacervação complexa entre β-lactoglobulina (β-LG) e lactoferrina (LF) na ausência ou na presença de pequenos ligantes. As condições ótimas para a coacervação entre β-LG e LF foram identificadas como sendo entre os pH 5.4 – 6.0 e em presença de um excesso molar de β-LG. Interessantemente, LF demonstrou uma seletividade de coacervação com a β-LG A, a isoforma ligeiramente mais eletronegativa. A nivel molecular, a presença de dois sítios de interação da β-LG com a LF foram evidenciados. Em complemento, hetero-complexos como o pentâmero LF(β-LG 2 ) 2 e outros complexos maiores (LFβ- LG 2 ) n foram identificados como constituintes da fase coacervada. Para avaliar o efeito da presença de pequenos ligantes na coacervação complexa entre β-LG e LF, foram usados modelos de moléculas hidrofóbica (ANS) e hidrofílica (ácido fólico). Embora nas condições experimentais os pequenos ligantes não tenham interagido com a β-LG, ambos interagiram com a LF induzindo sua auto-associação em nano- partículas. Concentrações relativamente elevadas de pequenos ligantes afetaram a interação entre as duas proteínas levando a uma transição entre os regimes de coacervação e agregação. / Le bénéfice de l’encapsulation des molécules bioactives a séduit les industries agroalimentaires depuis plusieurs décennies et constitue toujours un levier de développement pour des produits innovants. Plus récemment des études ont montré la capacité de protéines alimentaires de charge opposée à s’assembler en microsphères par coacervation complexe. La compréhension des forces gouvernant le processus de coacervation complexe entre protéines et l’influence exercée par la présence de petits ligands (bioactifs) demeurent des prérequis pour l’utilisation des coacervats complexes de protéines comme agent d’encapsulation. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de thèse a été de comprendre le mécanisme de coacervation complexe entre une protéine chargée négativement, la β-lactoglobuline (β-LG), et une protéine chargée positivement, la lactoferrine (LF), issues du lactosérum en absence et en présence de petits ligands. Les conditions optimales de coacervation entre la β-LG et la LF ont été définies entre pH 5.4 et 6.0 ainsi qu’en présence d’un excès de β-LG. La LF a présenté une coacervation préférentielle avec le variant A de la β-LG qui se distingue du variant B par la substitution de 2 acides aminés. Au niveau moléculaire, deux sites de fixation de la β-LG sur la LF ont été identifiés. En outre, par la mesure d’une part des coefficients de diffusion rotationnel et d’autre part de la cinétique de diffusion des entités moléculaires constituant les coacervats, il est suggéré que ces derniers sont formés à partir de β-LG libre, de pentamère, LF(β- LG 2 ) 2 , ainsi que des entités plus larges, (LFβ-LG 2 ) n . Afin d’évaluer l’effet de la présence de petits ligands sur la coacervation complexe entre la β-LG et la LF, des ligands modèles, l’un hydrophobe (ANS), l’autre hydrophile (acide folique) ont été utilisés. Dans les conditions expérimentales testées ces deux ligands n’ont pas d’affinité pour la β-LG, mais après interaction avec la LF ils sont capables d’induire son auto-association en nanoparticules. En concentrations élevées de ligands, la coacervation complexe entre la β-LG et la LF est perturbée et une transition vers un régime d’agrégation est observée. / Encapsulation of bioactives has been used by the food industries for decades and represents a great potential for the development of innovative products. Given their versatile functional properties, milk proteins in particular from whey have been used for encapsulation purposes using several encapsulation techniques. In parallel, recent studies showed the ability of oppositely charged food proteins to co-assemble into microspheres through complex coacervation. Understanding the driving forces governing heteroprotein coacervation process and how it is affected by the presence of ligands (bioactives) is a prerequisite to use heteroprotein coacervates as encapsulation device. In this context, the objective of my thesis work was to understand the mechanism of complex coacervation between β-lactoglobulin (β-LG) and lactoferrin (LF) in the absence and presence of small ligands. The conditions of optimal β-LG - LF coacervation were found at pH range 5.4-6 with a molar excess of β-LG. Remarkably, LF showed selective coacervation with β-LG A, the slightly more negative isoform. At molecular level, the presence of two binding sites on LF for β-LG was evidenced. Moreover, the heterocomplexes such as pentamers LF(β-LG 2 ) 2 and quite large complexes (LFβ-LG 2 )n were identified as the constituent molecular species of the coacervate phase. To evaluate the β-LG - LF complex coacervation in the presence of small ligands, models of hydrophobic (ANS) and hydrophilic molecules (folic acid) were used. Although under the experimental conditions tested the small ligands did not interact with β-LG, both interacted with LF inducing its self- association into nanoparticles. High relative concentrations of small ligands affected the interaction between the two proteins leading to a transition from coacervation to aggregation regime.

Orientadora: Patrícia Soares Santiago / Coorientadora: Patrícia Gleydes Morgante / Banca: Eduardo Maffud Cilli / Banca: Norival Alves Santos Filho / Resumo: As hemoglobinas extracelulares apresentam alta estabilidade oligomérica, resistência à oxidação, cooperatividade e afinidade para ligar oxigênio, além do potencial uso em aplicações biotecnológicas como substituto sanguíneo e biossensores de contaminação ambiental. Devido a estas propriedades, os objetivos desta dissertação foram caracterizar a estrutura e a estabilidade da hemoglobina extracelular gigante do anelídeo Amynthas gracilis (HbAg) por diferentes técnicas biofísicas, tais como, absorção ótica, intensidade de espalhamento de luz (LSI), espalhamento de luz dinâmico (DLS), eletroforese SDS-PAGE, ultracentrifugação analítica (AUC), espectrometria de massas por tempo de voo (MALDI-TOF-MS) e microscopia de força atômica (AFM). Em pH 7,0, a HbAg apresentou espectro de absorção ótica com máximo em 415 nm (banda de Soret) e em 540 e 575 nm (bandas Q). A alcalinização do meio deslocou os máximos de absorção para 405 nm e uma única banda Q alargada em 540 nm, devido à oxidação do grupo heme. O perfil proteico apresentado pela HbAg por eletroforese SDS-PAGE foi semelhante, mas não igual a hemoglobina extracelular de Glossoscolex paulistus (HbGp). A HbAg apresentou três bandas com massa molar (MM) entre 25-37 KDa associadas as cadeias L, enquanto a HbGp apresenta apenas duas bandas nesta faixa de massa. As análises dos dados de MALDI-TOF-MS mostraram que a HbAg apresenta quatro isoformas para o monômero d (d1 - d4) com MM entre 16,2-16,8 kDa, três linkers (L1, L2 e L3), 25,8-26... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The extracellular hemoglobin molecules present high oligomeric stability, resistance to oxidation, cooperativity and affinity to bind oxygen, besides the potential use in biotechnological applications a s blood substitute and biosensors of environmental contam ination. Considering that, this dissertation aimed to characterize the structure and stability of the giant extracellular hemoglobin of the annelid Amynthas gracilis (HbAg) by different biophysical t echniques, such as optical absorption, light scattering intensity (LSI), dynamic light scattering (DLS), SDS - PAGE electrophoresis, analytical ultracentrifugation (AUC), Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Fly - Mass Spectrometry (MALDI - TOF - MS ) and atomic force microscopy . The HbAg had an optical absorption spectrum with a maximum of 415 nm (Soret band), and 540 and 575 nm (Q bands) at pH 7.0 . The alk alinization of the medium shifted the absorption maxima to 405 nm and a single broad Q band at 54 0 nm due to the oxidation of the heme group. The protein profile presented by HbAg by SDS - PAGE electropho resis was similar but not identical to the extracellular hemoglobin of Glossoscolex paulistus (HbGp). HbAg presented three bands with molecular mass (MM) ranging 25 - 37 KDa associated with the L chains, whereas HbGp presented only two bands in this MM range. MALDI - TOF - MS data show ed that HbAg presents four isoforms for the monomer d ( d 1 - d 4 ) with MM ranging 16.2 - 16.8 kDa, three linkers... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Eliana Aparecida Varanda / Banca: Mirim Sannomiya / Banca: Denise Crispim Tavares / Resumo: O cerrado brasileiro contém inúmeras plantas utilizadas no tratamento popular de várias enfermidades onde destacamos as espécies do gênero Byrsonima. Os relatos de seu uso são diversos: tratamento de infecções fúngicas e bacterianas, feridas crônicas, doença de Chagas, contra tuberculose, como diurética, antiemética e etc. Na literatura, há comprovação para atividades: antioxidante, antiprotozoário, depressor no Sistema Nervoso Central (SNC), antihiperglicêmicas e antihiperlipêmica. O perfil fitoquímico demonstra taninos, flavonóides, triterpenos, ésteres aromáticos, entre outros, o que indica o potencial farmacológico deste gênero. Sabe-se que o uso não padronizado de plantas pode ser danoso aos usuários, devido a propriedades desconhecidas ou por conterem contaminantes ambientais. Embora haja diversos estudos abordando o potencial biológico das plantas deste gênero, amplamente utilizadas na medicina popular, ainda há poucos estudos sobre sua segurança Por esta razão, o objetivo deste trabalho foi avaliar as atividades mutagênica, antimutagência e estrogênica de extratos etanólicos padronizados (70%) de folhas de quatro espécies: Byrsonima verbascifolia, Byrsonima coccolobifolia, Byrsonima correifolia e Byrsonima ligustrifolia. A atividade mutagênica foi realizada pelo Teste de Ames, utilizando o ensaio de pré-incubação, na ausência e presença de ativação metabólica (S9). As linhagens utilizadas foram TA98, TA97a, TA100 e TA102 e foram testadas cinco concentrações de cada amostra. A atividade antimutagênica foi testada apenas para as amostras negativas para o teste de Ames (B. verbascifolia e B. correifolia), com a diferença que sempre foi associada a um agente mutagênico conhecido. A atividade estrogênica foi avaliada por dois testes: -Recombinant Yeast Assay (RYA) que utiliza a levedura Saccharomyces cerevisiae (linhagem BY4741) modificada geneticamente, contendo um gene para receptor e... / Abstract: The Brazilian cerrado contain several native plants used in folk medicine for treating many diseases. Plants of the genus Byrsonima are one of them. There are several reports of its use: the treatment of fungal and bacterial infections, chronic wounds, Chagas disease, tuberculosis, as a diuretic and antiemetic. In literature there is evidence for activities: antioxidant, antiprotozoal, depressing CNS, antihiperglicemic and antihiperlipemic. The phytochemical profile shows tannins, flavonoids, triterpenes, aromatic esters and others, which indicates the pharmacological potential of this genus. It is known that the use of non-standard plant can be harmful to users due to unknown properties or for containing environmental contaminants. Although there are several studies about the biological potential of plants of this genus, widely used in folk medicine, there are few studies about their safety. For this reason, the aim of this study was to investigate the mutagenic, antimutagenic and estrogenic activities of standardized ethanolic extracts (70%) of leaves of four species: Byrsonima verbascifolia, Byrsonima correifolia, Byrsonima coccolobifolia and Byrsonima ligustrifolia. Mutagenic acivity was evaluated by Ames Test, performed according to preincubation assay, in absence and presence of metabolic activation system (S9). TA98, TA97a, TA100 and TA102 strains were used and five concentrations of each sample, in triplicates, were tested. For antimutagenicity assay were used only the samples negative in Ames Test (B. verbascifolia and B. correifolia), with the difference that samples were associated a known mutagenic agent The estrogenic activity was evaluated by two assays: -The Recombinant Yeast Assay (RYA) uses the yeast Saccharomyces cerevisiae (BY4741 strain)genetically modified, containing a gene for human estrogen receptor and a plasmid which expresses the β-galactosidase enzyme of Escherichia coli and - Escreen, a test that evaluates ... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-22Bitstream added on 2014-06-13T19:15:01Z : No. of bitstreams: 1 000736635.pdf: 2331643 bytes, checksum: 167aba47cf2d8bdfb0a675d7f72c523f (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O cerrado brasileiro contém inúmeras plantas utilizadas no tratamento popular de várias enfermidades onde destacamos as espécies do gênero Byrsonima. Os relatos de seu uso são diversos: tratamento de infecções fúngicas e bacterianas, feridas crônicas, doença de Chagas, contra tuberculose, como diurética, antiemética e etc. Na literatura, há comprovação para atividades: antioxidante, antiprotozoário, depressor no Sistema Nervoso Central (SNC), antihiperglicêmicas e antihiperlipêmica. O perfil fitoquímico demonstra taninos, flavonóides, triterpenos, ésteres aromáticos, entre outros, o que indica o potencial farmacológico deste gênero. Sabe-se que o uso não padronizado de plantas pode ser danoso aos usuários, devido a propriedades desconhecidas ou por conterem contaminantes ambientais. Embora haja diversos estudos abordando o potencial biológico das plantas deste gênero, amplamente utilizadas na medicina popular, ainda há poucos estudos sobre sua segurança Por esta razão, o objetivo deste trabalho foi avaliar as atividades mutagênica, antimutagência e estrogênica de extratos etanólicos padronizados (70%) de folhas de quatro espécies: Byrsonima verbascifolia, Byrsonima coccolobifolia, Byrsonima correifolia e Byrsonima ligustrifolia. A atividade mutagênica foi realizada pelo Teste de Ames, utilizando o ensaio de pré-incubação, na ausência e presença de ativação metabólica (S9). As linhagens utilizadas foram TA98, TA97a, TA100 e TA102 e foram testadas cinco concentrações de cada amostra. A atividade antimutagênica foi testada apenas para as amostras negativas para o teste de Ames (B. verbascifolia e B. correifolia), com a diferença que sempre foi associada a um agente mutagênico conhecido. A atividade estrogênica foi avaliada por dois testes: -Recombinant Yeast Assay (RYA) que utiliza a levedura Saccharomyces cerevisiae (linhagem BY4741) modificada geneticamente, contendo um gene para receptor e... / The Brazilian cerrado contain several native plants used in folk medicine for treating many diseases. Plants of the genus Byrsonima are one of them. There are several reports of its use: the treatment of fungal and bacterial infections, chronic wounds, Chagas disease, tuberculosis, as a diuretic and antiemetic. In literature there is evidence for activities: antioxidant, antiprotozoal, depressing CNS, antihiperglicemic and antihiperlipemic. The phytochemical profile shows tannins, flavonoids, triterpenes, aromatic esters and others, which indicates the pharmacological potential of this genus. It is known that the use of non-standard plant can be harmful to users due to unknown properties or for containing environmental contaminants. Although there are several studies about the biological potential of plants of this genus, widely used in folk medicine, there are few studies about their safety. For this reason, the aim of this study was to investigate the mutagenic, antimutagenic and estrogenic activities of standardized ethanolic extracts (70%) of leaves of four species: Byrsonima verbascifolia, Byrsonima correifolia, Byrsonima coccolobifolia and Byrsonima ligustrifolia. Mutagenic acivity was evaluated by Ames Test, performed according to preincubation assay, in absence and presence of metabolic activation system (S9). TA98, TA97a, TA100 and TA102 strains were used and five concentrations of each sample, in triplicates, were tested. For antimutagenicity assay were used only the samples negative in Ames Test (B. verbascifolia and B. correifolia), with the difference that samples were associated a known mutagenic agent The estrogenic activity was evaluated by two assays: -The Recombinant Yeast Assay (RYA) uses the yeast Saccharomyces cerevisiae (BY4741 strain)genetically modified, containing a gene for human estrogen receptor and a plasmid which expresses the β-galactosidase enzyme of Escherichia coli and - Escreen, a test that evaluates ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-22Bitstream added on 2014-06-13T19:49:17Z : No. of bitstreams: 1 bossa_gv_me_sjrp.pdf: 1762827 bytes, checksum: e5ab0758cdec4ff5faee4c416a7cc194 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Proteínas e peptídeos são constituídos por subunidades estruturalmente mais imples chamadas aminoácidos. Uma importante propriedade destes é que, dependendo das características do meio (tais como pH e concentração iônica), os seus grupos onizáveis podem ceder prótons e, assim, adquirir carga elétrica não nula. Tal carga nfluenciará na eficiência da formação de ligações peptídicas e em interações proteína- igante, por exemplo. Partindo da hipótese de que a diferença entre os valores de pK dos rupos ionizáveis isolados e destes como partes constituintes de um aminoácido é devida, principalmente, à interação eletrostática adicional que se atribui à presença de rupos vizinhos, elaborou-se um modelo que emprega a forma linearizada da equação de Poisson-Boltzmann para o estudo de propriedades físico-químicas de moléculas com rês grupos ionizáveis. Neste trabalho tal modelo foi aplicado aos aminoácidos: Aspartato, Glutamato, Cisteína, Tirosina, Arginina, Lisina e Histidina. Calcularam-se os valores de pK e as respectivas cargas elétricas médias de tais moléculas. Como os esultados obtidos concordaram com aqueles oriundos de trabalhos experimentais, o modelo teórico foi expandido para tratar de di, tetra, pentapeptídeos e de resíduos de isina e glutamato da proteína Staphylococcal Nuclease. Os valores do Fator de Correlação de Pearson calculados para ambos proteínas e peptídeos são superiores a 0,99, fato este que evidencia a eficiência e versatilidade do modelo ao reproduzir alores de pK reportados por outros autores / Proteins and peptides are composed of subunits structurally simpler called amino acids. An important property of these is that, depending on the medium characteristics (such pH and ionic concentration), its ionizable groups may provide protons and thereby acquire a nonzero electric charge. Such charge will affect the formation of peptide bond and protein-ligand interactions, for example. Assuming that the difference between pK values of the isolates ionizable groups and of these as constituents parts of an amino acid is mainly due to the extra electrostatic interaction attributed to the presence of neighboring groups, was developed a structure-based model that employs the linearized form of the Poisson-Boltzmann equation for the study of physicochemical properties of molecules with three ionizable groups. In this work it was applied to the amino acids: aspartate, glutamate, cysteine, tyrosine, arginine, lysine and histidine. The pK values and respective mean electric charges were calculated. As the calculated values agreed with those from experimental studies, the theoretical model has been expanded to the treatment of di, tetra, pentapeptides and Staphylococcal Nuclease residues. The Pearson Correlation Factor calculated for both proteins and peptides are above 0.99, what points to the effectiveness and versatility of the model to reproduce pK values reported by other works

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:05Z : No. of bitstreams: 1 000869160_20200801.pdf: 948171 bytes, checksum: b1b99c6dc56613330126eb9e2d642cff (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Danos no DNA, podem ocorrer tanto por agentes genotóxicos endógenos quanto agentes exógenos, que podem promover a instabilidade do genoma e levar diretamente a doenças, como por exemplo, o câncer, alterações neurológicas, imunodeficiências e envelhecimento prematuro. Auxiliando na manutenção da estabilidade, as células apresentam uma série de vias de reparo de DNA, as quais realizam o processo em múltiplas etapas para resolver lesões específicas no DNA e manter a integridade do genoma. A importação nuclear é um pré-requisito para as funções das proteínas de reparo do DNA e dentre os mecanismos responsáveis pela regulação da importação nuclear, a via clássica constituída pelo heterodímero Importina-α/β é um dos principais mecanismos de deslocamento. A Importina-β (Impβ) atua como o transportador enquanto a Importina-α (Impα) atua como adaptador, reconhecendo as sequências de localização nuclear (NLS) presentes nas proteínas que possuem função no núcleo. Esse trabalho trata especificamente dos estudos estruturais de complexos da Impα peptídeos NLSs de proteínas relacionadas ao reparo de DNA utilizando técnicas de cristalografia e ensaios de afinidade pela técnica de calorimetria de titulação isotérmica (ITC). A expressão e purificação da Impα de Mus musculus truncada em sua porção N-terminal foi realizada, bem como a co-cristalização da Impα peptídeos NLSs de proteínas relacionadas ao reparo de DNA, correspondentes as sequências MLH1, PMS2, XPG1 e XPG2. Peptídeos mutados em regiões importantes de reconhecimento nuclear para os peptídeos MLH1 e PMS2 também foram selecionados para o desenvolvimento deste projeto. Dados de difração de raios-X foram coletados dos cristais obtidos e processados no intervalo de 2,0-2,8 Å de resolução. Com esses resultados, as estruturas contendo cNLSs MLH1, PMS2, XPG1 e XPG2 foram elucidadas. As proteínas do complexo MutLα, a MLH1 e... / DNA damage can occur by endogenous and exogenous genotoxic agents, which may promote instability of the genome and directly lead to diseases such as cancer, neurological disorders, immunodeficiencies and even premature aging. Helping in the maintenance of the stability, the cells display a number of DNA repair pathways, which carry out the process in multiple steps to resolve specific DNA damage, and maintain the integrity of the genome. The nuclear import is a pre-requisite for the functions of DNA repair proteins and, among the mechanisms responsible for regulation of nuclear import, the classical pathway constituted by the heterodimer importin-α / β is a major shift mechanisms. Importin-β (Impβ) acts as the carrier while the importin α-(Impα) acts as an adapter recognizing the nuclear localization sequence (NLS) present in proteins that have function into the nucleus.This work concerns specifically the structural studies of complexes with Imp and NLSs peptides from proteins related to DNA repair using crystallographic techniques and binding assays by isotermal titration calorimetry technique (ITC). The expression and purification of Mus musculus Impα truncated at its N-terminal portion was performed, as well as co-crystallization with Impα NLSs peptides of proteins related to DNA repair, the corresponding sequences MLH1, PMS2, XPG1 and XPG2. Peptides mutated in key regions of nuclear recognition for MLH1 and PMS2 peptides were also selected for this project. X-ray diffraction data collected from crystals were obtained and processed in the range of 2.0-2.8 Å resolution. With these results, the structures containing cNLSs MLH1, PMS2, XPG1 and XPG2 were elucidated. The MutLα complex proteins, MLH1 and PMS2, related to the mismatch repair (MMR), bound to the Impα similarly to the T antigen NLS of SV40 in the major binding site. ITC experiments corroborate the crystallographic results, which suggest that both NLSs are classic... / FAPESP: 2011/09905-0

Resumo: A floretina (3-(4-hidroxifenil)-1-(2,4,6-trihidroxifenil)-1-propanona) é uma dihidrocalcona presente principalmente em maçãs que ultimamente vem sendo empregada para fins terapêuticos e cosméticos. Essa molécula tem demonstrado interagir com membranas modelo neutras e carregadas, alterando a hidratação, a qual é importante tanto para a estabilidade de bicamadas, como para suas permeabilidades seletivas. Neste trabalho, o efeito da floretina foi estudado em lipossomos (vesículas) negativamente carregados de DMPG (dimiristoilfosfatidilglicerol) a baixa força iônica (10 mM Hepes pH 7.4 + 2 mM NaCI). Os resultados foram comparados com os obtidos para a barbaloína [10-glicopiranosil-1,8-dihidroxi-3-(hidroximetil)-9(10H)-antracenona], - uma antraquinona glicosilada extraída de folhas de diferentes plantas do gênero Aloe -, porque essa biomolécula demonstrou ser capaz de interagir fortemente com vesículas de DMPG a baixa força iônica. As alterações dinâmicas e estruturais foram monitoradas pela técnica espectroscópica de ressonância paramagnética eletrônica (RPE) através da incorporação de marcadores de spin nas membranas lipídicas. Os dados foram analisados através de parâmetros medidos diretamente sobre os espectros e por meio de parâmetros simulados (soluções da equação estocástica de Liouville para um conjunto de spins magnéticos). Os resultados de RPE no intervalo entre 5 ºC e 10 ºC mostraram que a floretina aumenta sensivelmente a anisotropia tanto na superfície quanto no centro das bicamadas; enquanto que entre 15 ºC a 19 ºC, tanto a floretina como a barbaloína aumentam a mobilidade e a fluidez no centro da bicamada. Para altos valores de temperaturas (35 ºC a 45 ºC) a adição da floretina aparentemente não alterou a hidratação, mas mudou significantemente o empacotamento e a difusão molecular na região das cabeças polares; enquanto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Phloretin (3-(4-Hydroxyphenyl)-1-(2,4,6-trihydroxyphenyl)-1-propanone) is a dihydrochalcone present mainly in apples, which lately has been used for medical and cosmetic purposes. It has been shown that phloretin interacts with neutral and charged model membranes, changing the hydration, which is important as for bilayer stability as for its permeability properties. In this work, the effect of phloretin was studied in negatively charged DMPG (dimyristoylphosphatidylglycerol) liposomes (vesicles) at low ionic strength (10mM Hepes pH 7.4 + 2 mM NaCI). The results were compared with the biomolecule barbaloin (10-glucopyranosyl-1,8-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)-9(10H)-anthracenone), - a known active ingredient extracted from leaves of different Aloe plants -, because this glycosilated anthraquinone has showed to interact strongly with DMPG vesicles at low ionic strength. The dynamics and structural changes were monitored by ESR (electron spin resonance), using spin labels incorporated in the membranes. The data were analyzed by using parameters measured directly on the spectra and by simulated parameters (solutions of the stochastic Liouville equation for a set of magnetic spins). The ESR results for the interval between 5 ºC and 10 ºC showed that phloretin increases strongly the anisotropy on the surface as well as at the bilayer core, while between 15 ºC to 19 ºC, phloretin and barbaloin increase the mobility and the fluidity at the bilayer core. For high temperature (35 ºC to 45 ºC) the presence of phloretin apparently did not alter the hydration, but changed significantly the packing and the motional diffusion of the lipid polar heads; while barbaloin increased the hydration on the surface as well as the bilayer core, but produced great structural changes ("folds") mainly at the end of the hydrocarbon... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: André Sampaio Pupo / Coorientador: Roberto Morato Fernandez / Banca: Carlos Frederico de Oliveira Graeff / Banca: Joel Meza Hormaza / Mestre

Orientador: Luiz Cláudio Di Stasi / Banca: Sílvio Luis de Oliveira / Banca: Alessandra Gambero / Banca: Jairo Kenupp Bastos / Banca: Noeli Pereira Rocha / Resumo: As reações alérgicas afetam grande parte da população e tem aumentado nos últimos anos. Nesse sentido, a histamina liberada pelos mastócitos é um mediador importante e a procura por compostos que inibam a liberação do referido mediador se faz necessária tendo em vista que os tratamentos disponíveis apresentam limitações. Estudos prévios demonstraram que o extrato metanólico bruto da casca do caule de Hymenaea stigonocarpa (ME) apresenta atividade inibitória sobre a liberação de histamina. Assim, o presente trabalho realizou o fracionamento biomonitorado do ME a fim de identificar a(s) frações mais ativa(s). As frações foram avaliadas em suspensão de mastócitos peritoneais de ratos Wistar machos desafiados com ionóforo A23187 e composto 48/80 (apenas as frações mais ativas). Posteriormente, a fração mais ativa foi avaliada em mastócitos sensibilizados com ovoalbumina (OVA). A dosagem de histamina foi realizada utilizando-se um sistema fluorimétrico automatizado e a análise fitoquímica por CG/EM. Os resultados mostraram que a fração acetato de etila foi a mais ativa e, na concentração de 100 g/mL inibiu em 78, 98 e 85% a liberação de histamina induzida pelo ionóforo A23187, composto 48/80 e OVA respectivamente. O fracionamento biomonitorado desta fração por cromatografia líquida sob vácuo (CLV) gerou seis sub-frações, das quais as mais ativas demonstraram ser constituídas por terpenos e ácidos graxos de cadeia longa / Abstract: Allergic reactions affect most of the population and has increased in recent years. Accordingly, histamine released by mast cells is an important mediator and search for compounds that inhibit release of that mediator is necessary in order that the treatments available have limitations. Previous studies demonstrated that the crude methanol extract of the stem bark of Hymenaea stigonocarpa (ME) has an inhibitory activity on the histamine release. Thus, the present study performed the bioguided fractionation of the ME in order to identify (s) most active fractions (s). The fractions were evaluated on the histamine release from rat peritoneum mast cells challenged with ionophore A23187 and compound 48/80 (only the most active fractions). Subsequently, the most active fraction was evaluated in mast cells sensitized with ovalbumin (OVA). The dosage of histamine was performed using an automated fluorimetric system and phytochemical analysis by GC/MS. The results showed that the ethyl acetate fraction was the most active and at concentration of 100 g/mL inhibited by 78, 98 and 85% histamine release induced by ionophore A23187, compound 48/80 and OVA, respectively. The bioguided-fractionatation of this fraction by vacuum liquid chromatography (VLC) generated six sub-fractions, of which the most actives showed the presence of terpenes and long chain fatty acids / Doutor