Résumé La ribonucléase P (RNase P) est une ribonucléoprotéine omniprésente dans tous les règnes du vivant, elle est responsable de la maturation en 5’ des précurseurs des ARNs de transfert (ARNts) et quelques autres petits ARNs. L’enzyme est composée d'une sous unité catalytique d'ARN (ARN-P) et d'une ou de plusieurs protéines selon les espèces. Chez les eucaryotes, l’activité de la RNase P cytoplasmique est distincte de celles des organelles (mitochondrie et chloroplaste). Chez la plupart des espèces, les ARN-P sont constituées de plusieurs éléments structuraux secondaires critiques conservés au cours de l’évolution. En revanche, au niveau de la structure, une réduction forte été observé dans la plupart des mtARN-Ps. Le nombre de protéines composant la RNase P est extrêmement variable : une chez les bactéries, environ quatre chez les archéobactéries, et dix chez la forme cytoplasmique des eucaryotes. Cet aspect est peu connu pour les formes mitochondriales. Dans la plupart des cas, l’identification de la mtRNase P est le résultat de longues procédures de purification comprenant plusieurs étapes dans le but de réduire au minimum le nombre de protéines requises pour l’activité (exemple de la levure et A. nidulans). Cela mène régulièrement à la perte de l’activité et de l’intégrité des complexes ribonucléo-protéiques natifs. Dans ce travail, par l’utilisation de la technique de BN-PAGE, nous avons développé une procédure d’enrichissement de l’activité RNase P mitochondriale native, donnant un rendement raisonnable. Les fractions enrichies capables de cette activité enzymatique ont été analysées par LC/MS/MS et les résultats montrent que l’holoenzyme de la RNase P de chacune des fractions contient un nombre de protéines beaucoup plus grand que ce qui était connue. Nous suggérons une liste de protéines (principalement hypothétiques) qui accompagnent l’activité de la RNase P. IV De plus, la question de la localisation de la mtRNase P de A. nidulans a été étudiée, selon nos résultats, la majorité de la mtRNase P est attachée á la membrane interne de la mitochondrie. Sa solubilisation se fait par l’utilisation de différents types de détergent. Ces derniers permettent l’obtention d’un spectre de complexes de la RNase P de différentes tailles. / Abstract RNase P is a ribonucleo-protein complex (an RNA enzyme or ribozyme) that cleaves 5’ leader sequences of precursor tRNAs and a few other small RNAs. It occurs in all three domains of life, Bacteria, Archaea and Eukarya, with the latter containing distinct nuclear and organellar (mitochondrial or plastid) activities. In most instances, the complex contains a single, well-conserved RNA subunit that carries the active center of the enzyme. Yet, compare to bacterial and nuclear P RNA, most mtP RNAs are structurally highly reduced. The number of P proteins is highly variable: one in Bacteria, about four in Archaea, and ten in the cytoplasmic form of Eukarya. Much less is known in the case of mitochondria. MtRNase P is usually purified by using numerous separation steps that include unphysiological conditions, leading to complexes having a minimum number of subunits (e.g., in yeast and Aspergillus nidulans), that often loose their activity. Here, using BN PAGE, we have developed an enrichment procedure for A. nidulans mtRNase P that avoids some of the most disruptive conditions. The protein composition of active fractions was identified with LC/MS/MS, indicating that the RNase P holoenzyme is much larger than previously thought. Finally, the question of mtRNase P localization within mitochondria was investigated, by tracing its RNA subunit by RT PCR. We found that mtRNase P of A. nidulans is a predominantly membrane-attached enzyme; it is in part solubilized by detergents such as digitonin and Triton.

Many continuous medical tests often rely on a threshold for diagnosis. There are two sequential testing strategies of interest: Believe the Positive (BP) and Believe the Negative (BN). BP classifies a patient positive if either the first test is greater than a threshold θ1 or negative on the first test and greater than θ2 on the second test. BN classifies a patient positive if the first test is greater than a threshold θ3 and greater than θ4 on the second test. Threshold pairs θ = (θ1, θ2) or (θ3, θ4), depending on strategy, are defined as optimal if they maximized GYI = Se + r(Sp – 1). Of interest is to determine if these optimal threshold, or optimal operating point (OOP), estimates are “good” when calculated from a sample. The methods proposed in this dissertation derive formulae to estimate θ assuming tests follow a binormal distribution, using the Newton-Raphson algorithm with ridging. A simulation study is performed assessing bias, root mean square error, percentage of over estimation of Se/Sp, and coverage of simultaneous confidence intervals and confidence regions for sets of population parameters and sample sizes. Additionally, OOPs are compared to the traditional empirical approach estimates. Bootstrapping is used to estimate the variance of each optimal threshold pair estimate. The study shows that parameters such as the area under the curve, ratio of standard deviations of disease classification groups within tests, correlation between tests within a disease classification, total sample size, and allocation of sample size to each disease classification group were all influential on OOP estimation. Additionally, the study shows that this method is an improvement over the empirical estimate. Equations for researchers to use in estimating total sample size and SCI width are also developed. Although the models did not produce high coefficients of determination, they are a good starting point for researchers when designing a study. A pancreatic cancer dataset is used to illustrate the OOP estimation methodology for sequential tests.

The practice of sequential testing is followed by the evaluation of accuracy, but often not by the evaluation of cost. This research described and compared three sequential testing strategies: believe the negative (BN), believe the positive (BP) and believe the extreme (BE), the latter being a less-examined strategy. All three strategies were used to combine results of two medical tests to diagnose a disease or medical condition. Descriptions of these strategies were provided in terms of accuracy (using the maximum receiver operating curve or MROC) and cost of testing (defined as the proportion of subjects who need 2 tests to diagnose disease), with the goal to minimize the number of tests needed for each subject while maintaining test accuracy. It was shown that the cost of the test sequence could be reduced without sacrificing accuracy beyond an acceptable range by setting an acceptable tolerance (q) on maximum test sensitivity. This research introduced a newly-developed ROC curve reflecting this reduced sensitivity and cost of testing called the Minimum Cost Maximum Receiver Operating Characteristic (MCMROC) curve. Within these strategies, four different parameters that could influence the performance of the combined tests were examined: the area under the curve (AUC) of each individual test, the ratio of standard deviations (b) from assumed underlying disease and non-disease populations, correlation (rho) between underlying disease populations, and disease prevalence. The following patterns were noted: Under all parameter settings, the MROC curve of the BE strategy never performed worse than the BN and BP strategies, and it most frequently had the lowest cost. The parameters tended to have less of an effect on the MROC and MCMROC curves than they had on the cost curves, which were affected greatly. The AUC values and the ratio of standard deviations both had a greater effect on cost curves, MROC curves, and MCMROC curves than prevalence and correlation. The use of BMI and plasma glucose concentration to diagnose diabetes in Pima Indians was presented as an example of a real-world application of these strategies. It was found that the BN and BE strategies were the most consistently accurate and least expensive choice.

We present the synthesis and characterisation of novel single organic molecules known as phenoxylene borazines and borazatruxenes. Using temperature-dependant and concentration-dependant 1H NMR, we probe the supramolecular aggregation of these molecules in solution. Finally, we synthesise 2D hybrid material comprised of electron delocalised benzene rings and electron localised borazine rings. Using a combination of solid-state 11B and 13C NMR techniques, Raman spectroscopy and XPS, we confirm the presence of benzene and borazine regions in these novel materials.

Boron nitride (BN) materials have unique properties, which has led to interest in them in the last few years. The deformation of boron nitride materials including hexagonal boron nitride, boron nitride nanosheets (BNNSs) and boron nitride nanotubes have been studied by Raman spectroscopy. Both mechanical and liquid exfoliations were employed to obtain boron nitride nanostructures. Boron nitride glass composites were synthesised and prepared in thin films to be deformed by bending test in-situ Raman spectroscopy. Hexagonal boron nitride in the form of an individual flake and as flakes dispersed in glass matrices has been deformed and Raman measurement shows its response to strain. The shift rates were, -4.2 cm-1/%, -6.5 cm-1/% for exfoliated h-BN flake with thick and thin regions and -7.0 cm-1/%, -2.8 cm-1/% for the h-BN flakes in the h-BN/ glass (I) and glass (II) composites. Boron nitride nanosheets (BNNSs) shows a G band Raman peak at 1367.5 cm-1, and the deformation process of BNNSs/ glass composites gives a shift rate of -7.65 cm-1/% for G band. Boron nitride nanotubes (BNNTs) have a Raman peak with position at 1368 cm-1, and their deformation individually and in composites gives Raman band shift rates of -25.7 cm-1/% and -23.6 cm-1/%. Glass matrices shows compressive stresses on boron nitride fillers and this was found as an upshift in the frequencies of G band peak of boron nitride materials. Grüneisen parameters of boron nitride (BN) were used to calculate the residual strains in glass matrices of BNNSs nanocomposites as well as to estimate the band shift rates which found to be in agreement with the experimental shift rate of bulk BN and BNNTs.

L'annotation génomique identifie l'ensemble des éléments significatifs présents sur l'ADN génomique, le support du programme de fonctionnement de l'organisme. Elle prédit leurs fonctions biologiques et leurs relations. L'annotation d'un génome complet est soumise à diverses contraintes: elle doit être réalisée rapidement et représenter l'organisme comme système biologique fonctionnel cohérent. Nous proposons une méthode de vérification de la qualité de l'annotation génomique, basée sur un ensemble de règles de cohérence définies d'après les connaissances et contraintes biologiques admises par la communauté scientifique. Ces règles vérifient la complétude de l'annotation (présence des éléments vitaux pour l'organisme) et son absence d'erreur (sens biologique correct des éléments décrits). Notre méthode est appliquée dans le cadre du projet Génolevures, un projet de génomique comparée chez les levures hémiascomycètes. Nous avons mis en place un système d'annotation facilitant le travail d'annotation manuelle par les experts. L'intégration de nos règles dans ce système permet de garantir la bonne qualité de l'annotation produite. Nous avons choisi de valider expérimentalement l'application de ces règles en étudiant les interactions protéine-protéine chez les levures Saccharomyces cerevisiae et Yarrowia lipolytica par la technique de l'électrophorèse en gel de polyacrylamide en bleu natif et SDS (BN/SDS PAGE). Les résultats obtenus apportent de nouvelles connaissances chez les levures étudiées. Ils démontrent l'universalité de certaines règles et le bien fondé de la stratégie d'annotation.

Cette thèse comporte trois parties. Dans la première, nous nous intéressons à la formule du commutateur d'un groupe admettant une BN-paire scindée. Nous montrons que sous une condition dite "condition de Lévi faible", le groupe vérifie cette formule. Dans la seconde partie, nous étudions la conservation de la forme unitriangulaire lors du passage d'une matrice de décomposition d'un module sur une algèbre graduée à la matrice de décomposition de la restriction de ce module sur l'algèbre effectuant la graduation et vice-versa. Nous verrons des applications pour des algèbres cellulaires pourvues également d'autres propriétés, notamment des algèbres de Ariki-Koike. Nous terminons par une partie traitant de la conjecture de J. Gruber et G. Hiss pour les nombres de décomposition des algèbres de Hecke de type B et D. Nous généralisons et prouvons cette conjecture dans le cas des algèbres de groupes de réflexions complexes. Puis nous observons quels sont les problèmes de la généralisation des méthodes utilisées lors du passage des algèbres de groupes aux algèbres de Hecke (de type B et D). Enfin, nous donnons une condition naturelle sur des filtrations de modules de Specht, sous-laquelle la conjecture est satisfaite.

Résumé La ribonucléase P (RNase P) est une ribonucléoprotéine omniprésente dans tous les règnes du vivant, elle est responsable de la maturation en 5’ des précurseurs des ARNs de transfert (ARNts) et quelques autres petits ARNs. L’enzyme est composée d'une sous unité catalytique d'ARN (ARN-P) et d'une ou de plusieurs protéines selon les espèces. Chez les eucaryotes, l’activité de la RNase P cytoplasmique est distincte de celles des organelles (mitochondrie et chloroplaste). Chez la plupart des espèces, les ARN-P sont constituées de plusieurs éléments structuraux secondaires critiques conservés au cours de l’évolution. En revanche, au niveau de la structure, une réduction forte été observé dans la plupart des mtARN-Ps. Le nombre de protéines composant la RNase P est extrêmement variable : une chez les bactéries, environ quatre chez les archéobactéries, et dix chez la forme cytoplasmique des eucaryotes. Cet aspect est peu connu pour les formes mitochondriales. Dans la plupart des cas, l’identification de la mtRNase P est le résultat de longues procédures de purification comprenant plusieurs étapes dans le but de réduire au minimum le nombre de protéines requises pour l’activité (exemple de la levure et A. nidulans). Cela mène régulièrement à la perte de l’activité et de l’intégrité des complexes ribonucléo-protéiques natifs. Dans ce travail, par l’utilisation de la technique de BN-PAGE, nous avons développé une procédure d’enrichissement de l’activité RNase P mitochondriale native, donnant un rendement raisonnable. Les fractions enrichies capables de cette activité enzymatique ont été analysées par LC/MS/MS et les résultats montrent que l’holoenzyme de la RNase P de chacune des fractions contient un nombre de protéines beaucoup plus grand que ce qui était connue. Nous suggérons une liste de protéines (principalement hypothétiques) qui accompagnent l’activité de la RNase P. IV De plus, la question de la localisation de la mtRNase P de A. nidulans a été étudiée, selon nos résultats, la majorité de la mtRNase P est attachée á la membrane interne de la mitochondrie. Sa solubilisation se fait par l’utilisation de différents types de détergent. Ces derniers permettent l’obtention d’un spectre de complexes de la RNase P de différentes tailles. / Abstract RNase P is a ribonucleo-protein complex (an RNA enzyme or ribozyme) that cleaves 5’ leader sequences of precursor tRNAs and a few other small RNAs. It occurs in all three domains of life, Bacteria, Archaea and Eukarya, with the latter containing distinct nuclear and organellar (mitochondrial or plastid) activities. In most instances, the complex contains a single, well-conserved RNA subunit that carries the active center of the enzyme. Yet, compare to bacterial and nuclear P RNA, most mtP RNAs are structurally highly reduced. The number of P proteins is highly variable: one in Bacteria, about four in Archaea, and ten in the cytoplasmic form of Eukarya. Much less is known in the case of mitochondria. MtRNase P is usually purified by using numerous separation steps that include unphysiological conditions, leading to complexes having a minimum number of subunits (e.g., in yeast and Aspergillus nidulans), that often loose their activity. Here, using BN PAGE, we have developed an enrichment procedure for A. nidulans mtRNase P that avoids some of the most disruptive conditions. The protein composition of active fractions was identified with LC/MS/MS, indicating that the RNase P holoenzyme is much larger than previously thought. Finally, the question of mtRNase P localization within mitochondria was investigated, by tracing its RNA subunit by RT PCR. We found that mtRNase P of A. nidulans is a predominantly membrane-attached enzyme; it is in part solubilized by detergents such as digitonin and Triton.

Ce travail de thèse s'intéresse aux propriétés structurales et optiques de semiconducteurs à grand gap de nitrure d'éléments III (AlxGa1-xN et h-BN), émettant dans l'ultraviolet (4-6 eV). Les propriétés des nano-objets étant modifiées par la réduction de dimensionnalité, un point central de ce travail a consisté à étudier des nanostructures de ces matériaux (nanofils d'AlN et d'AlxGa1-xN, nanotubes et nanofeuillets de BN). Un soin particulier a aussi été apporté à la corrélation à l'échelle nanométrique, entre la structure et la luminescence. Dans un premier temps, les nanofils d'AlxGa1-xN ont été synthétisés par épitaxie par jets moléculaires, sur des nanofils de GaN afin de promouvoir la croissance de nanostructures 1D non coalescées. Nous montrons que le gallium s'incorpore difficilement, aboutissant à des nanofils d'un alliage fortement inhomogène à plusieurs échelles (de l'unité à la centaine de nanomètre). Ces inhomogénéités influencent grandement les propriétés optiques, dominées par des états localisés. L'ensemble des résultats nous a permis de proposer un mécanisme de croissance de ces nanofils. Dans un deuxième temps, les propriétés des nanostructures de BN ont été comparées à celles du matériau massif (le BN hexagonal). Nous montrons que jusqu'à 6 couches les nanofeuillets présentent une luminescence similaire au h-BN. Cela indique une faible influence de la réduction de dimensionnalité dans le h-BN, contrairement aux nanostructures de GaN ou d'AlN. Enfin, nous montrons que les principaux nanotubes étudiés dans ce travail, multiparois, présentent une structure complexe, micro-facettée, et que les défauts sont probablement responsables de la luminescence observée.

本研究以新台幣兌美元之匯率日資料作為主要研究標的，同時加入台灣加權股價指數及金融業隔夜拆借利率之日資料作為股價與利率之代理變數，利用Beveridge-Nelson分解趨勢的方法將變數資料拆解成趨勢項與循環項之時間序列資料，藉此捕捉匯率資料具有景氣循環的特性。在循環項的序列資料，以向量自我迴歸模型來分析並予以估計，趨勢項的部分，利用共整合檢定來探討趨勢項變數間長期的均衡關係，再以向量誤差修正模型予以估計，得到未來30天期之匯率走勢。接著，再以RMSE與MAE指標來衡量不同模型之匯率預測績效，以期能找出最適之匯率預測模型。 實證研究結果發現，將匯率資料先透過Beveridge-Nelson分解趨勢的方法予以拆解後，再利用時間序列模型進行分析及預測，時間序列模型的預測能力都比原始匯率利用時間序列模型進行預測或透過ARIMA模型進行預測還要來的好。因此，根據實證研究的結果，若企業與政府在進行匯率預測的分析時，能夠考慮先將匯率資料透過Beveridge-Nelson分解方法予以處理，便能更有效提升模型的預測能力，除了企業能夠降低避險成本來提高公司整體績效，對於國家而言，有效的掌握匯率的趨勢便能夠迅速且正確的制定政策，提升國家的經濟發展。