L'objectif de cette thèse est de faciliter le diagnostic du cancer de la vessie. Durant une cystoscopie, un endoscope est introduit dans la vessie pour explorer la paroi interne de l'organe qui est visualisée sur un écran. Cependant, le faible champ de vue de l'instrument complique le diagnostic et le suivi des lésions. Cette thèse présente des algorithmes pour la création de cartes bi- et tridimensionnelles à large champ de vue à partir de vidéo-séquences cystoscopiques. En utilisant les avancées récentes dans le domaine de la minimisation d'énergies discrètes, nous proposons des fonctions coût indépendantes des transformations géométriques requises pour recaler de façon robuste et précise des paires d'images avec un faible recouvrement spatial. Ces transformations sont requises pour construire des cartes lorsque des trajectoires d'images se croisent ou se superposent. Nos algorithmes détectent automatiquement de telles trajectoires et réalisent une correction globale de la position des images dans la carte. Finalement, un algorithme de minimisation d'énergie compense les faibles discontinuités de textures restantes et atténue les fortes variations d'illuminations de la scène. Ainsi, les cartes texturées sont uniquement construites avec les meilleures informations (couleurs et textures) pouvant être extraites des données redondantes des vidéo-séquences. Les algorithmes sont évalués quantitativement et qualitativement avec des fantômes réalistes et des données cliniques. Ces tests mettent en lumière la robustesse et la précision de nos algorithmes. La cohérence visuelle des cartes obtenues dépasse celles des méthodes de cartographie de la vessie de la littérature.

Le but de cette thèse est d'étudier la neurobiologie du conditionnement de peur à l'odeur chez le rat adulte. Nous avons d'abord cherché si cet apprentissage s'accompagnait de plasticité dans les voies olfactives en enregistrant les potentiels évoqués par la stimulation électrique du bulbe olfactif dans l'amygdale et le cortex piriforme, avant et après apprentissage. Une facilitation synaptique entre le bulbe olfactif et l'amygdale et le cortex piriforme postérieur a été mise en évidence suite à l'apprentissage, suggérant un rôle de ces structures dans cette tâche. Nous avons ensuite étudié les conséquences du même conditionnement réalisé en période néonatale sur l'apprentissage adulte. Un déficit d'apprentissage à l'âge adulte corrélé à une absence d'activation de l'amygdale et du cortex piriforme postérieur lors de la séance d'acquisition (cartographie au 2-DG) a été observé. Cette étude souligne l'importance critique des expériences précoces sur la mémoire émotionnelle adulte.

L’hypertension constitue un facteur majeur de risque de maladies cardiovasculaires et touche à un pourcentage important de la population humaine. Il s’agit d’une maladie complexe étant donné son caractère multifactoriel. La régulation de la pression artérielle (PA) est sous contrôle de plusieurs gènes, appelés loci pour traits quantitatifs ou QTL, et elle est le résultat de leur interaction. Étant donné que la PA est un trait quantitatif sous contrôle de plusieurs composantes comme les facteurs génétiques et environnementaux, l’étude de l’hypertension est limitée chez les populations humaines. Ainsi la stratégie principale pour l’étude de cette maladie est l’identification de QTL à PA chez des souches congéniques de rat construites à partir des lignées hyper- et normotendues; à savoir les souches Dahl salt-sensitive [1] et Lewis, respectivement. Des études précédentes dans notre laboratoire ont localisé trois QTL à PA au niveau du chromosome 18 chez le rat. Au cours de ce projet, de nouvelles sous-souches ont été construites afin de raffiner la cartographie de ces QTL. Ainsi, les C18QTL1, C18QTL3 et C18QTL4 ont été définis. Des analyses moléculaires ont été effectuées sur deux gènes candidats pour le C18QTL3; à savoir, Adrb2 et Nedd4l associés précédemment à l’hypertension. La comparaison des résultats de séquençage des régions régulatrices et codantes de ces deux gènes, ainsi que leur analyse d’expression par qRT-PCR chez les souches contrastantes DSS et Lewis, n’ont pas montré de différence significative pouvant expliquer la variation du phénotype observé. Des études plus poussées devront être effectuées sur ces deux gènes et, le cas échéant, l’analyse d’autres gènes contenus dans le C18QTL3 devra être entamée afin d’identifier le gène responsable de ce QTL. / Hypertension is a major risk factor in cardiovascular disease and affects a large percentage of human population. It is a complex disease because of its multifactorial nature. Blood pressure (BP) regulation is controlled by several genes, known as quantitative trait loci or QTL, and results from their interaction. Given that BP is a quantitative trait influenced by several components such as genetic and environmental factors, the study of hypertension is limited in humans. As a result, the main strategy in the study of this disease is the identification of BP QTL in congenic rat strains established from hyper- and normotensive breeds, namely, Dahl salt-sensitive [1] and Lewis. Previous studies showed the existence of three QTL in rat chromosome 18. For this project, new congenic sub-strains were developed in order to refine these QTL containing regions. Thus, C18QTL1, C18QTL3 and C18QTL4 were defined. Molecular analyses were carried out for two candidate genes contained in C18QTL3; namely Adrb2 and Nedd4l previously associated with hypertension. Comparison of the sequencing results from regulatory and coding regions of the two genes, as well as their expression analyses, showed no significant difference able to account for the variation of the observed phenotype distinguishing DSS from Lewis. Further investigation of these two genes must be conducted and, if needed, analyses of other genes contained in C18QTL3 should be undertaken in order to uncover the locus responsible for the QTL.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

L'Internet est devenu sans conteste en trois décades le support matériel majeur de l'ère de l'information. Durant cette courte période, il a subi deux mutations importantes. Tout d'abord, il a subi une mutation de taille : de quelques dizaines de systèmes interconnectés suivant une topologie fixée et bien connue, l'Internet est passé à une taille phénoménale de plus de 285 millions d'hôtes suivant une topologie désormais à dimension libre dûe au fait que son développement n'est plus centralisé. De plus, il a subi une mutation de forme : nous sommes passés des gros systèmes interconnectés par de simples lignes téléphoniques à des ordinateurs personnels mobiles interconnectés par des technologies radio en bordure de réseau et par des routeurs gigabits reliés par fibre optique en coeur de réseau. Ces deux mutations entraînent deux défis importants pour les chercheurs qui oeuvrent à l'amélioration de l'Internet. Premièrement, il est nécessaire de connaître avec le plus de précision possible, la topologie de l'Internet. Seules des méthodes macroscopiques et statistiques permettent désormais de connaître cette topologie car plus personne n'a autorité sur l'organisation et l'expansion du réseau Internet. De plus, étant donné sa dynamicité, il est aussi souhaitable que cette topologie soit mise à jour fréquemment. Deuxièmement, l'évolution rapide des technologies a fait que les paradigmes qui sous-tendaient à la création des protocoles initiaux de l'Internet ne sont plus valables à l'heure actuelle. Les notions de mobilité, de sécurité et de diffusion quasi-inexistantes à l'origine sont désormais ardemment souhaitées par les utilisateurs mais difficiles à mettre en oeuvre dans les protocoles actuels. Il faut donc trouver les moyens d'offrir ces nouvelles fonctionnalités en conservant les propriétés initiales des protocoles qui ont fait le succès d'Internet. Dans ce mémoire d'habilitation, nous présentons des contributions qui tentent de répondre à certains aspects de ces deux défis majeurs. Nous nous concentrons tout particulièrement sur la cartographie de l'Internet, le stockage d'états dans les routeurs exécutant des protocoles multipoints, l'implémentation de fonctionnalités réseaux dans les hôtes et la conception de réseaux recouvrants.

L'objectif premier de ce travail est l'étude puis la modélisation numérique 3D du fonctionnement hydrogéologique et salin actuel d'une partie de l'aquifère superficiel de la Moyenne Camargue afin de l'utiliser, dans un second temps, pour la prévision qualitative des modifications induites par le changement climatique. La caractérisation de l'aquifère a été mené selon deux approches : une étude structurale, en utilisant des sondages à la tarière et différentes techniques géophysiques (ERT, ES et cartographie EM), et une étude hydrogéologique, intégrée par plusieurs campagnes de pompages, suivi piézométrique et des prélèvements de l'eau souterraine. Cette méthodologie a servi pour caractériser la géométrie de l'aquifère superficiel ainsi que son fonctionnement actuel et les processus qui l'affectent. Divers phénomènes environnementaux ont été identifiés, tels que : un lessivage du sol grâce à l'action de l'irrigation, un endoréisme observé dans les zones basses produit par l'effet de l'évaporation, et la reproduction des fluctuations de l'étang de Vaccarès dans la piézométrie, jusqu'au moins 30 m de la rive. Le modèle numérique construit à partir des observations du terrain reproduit les principaux processus observés. Il met en évidence un possible flux sortant vers le Vaccarès et le rôle important du marais dans l'hydrodynamique et le comportement hydrosalin du système. Les résultats du modèle face aux différents scénarios de prédiction montrent une intrusion d'eau du Vaccarès et, donc, une salinisation du système induit par la remontée du niveau marin, ainsi que la présence de l'irrigation et le marais comme facteurs essentiels dans la neutralisation de cette salinisation.

L'optimisation de la biomasse produite par les taillis à courte rotation de peupliers représente un enjeu majeur pour la production de biocarburants de deuxième génération. Dans ce contexte, ce travail vise à faciliter le développement à court terme de nouvelles variétés clonales de peuplier permettant la production d'une ressource de qualité en s'intéressant plus particulièrement à l'architecture génétique de la résistance à la rouille foliaire et de la qualité du bois chez le peuplier noir (Populus nigra), espèce parente des hybrides cultivés. Des marqueurs SNP ont été développés à partir du séquençage de 665 fragments de gènes dans un panel de 21 individus. Ces derniers ont été associés à des marqueurs SSR et AFLP pour construire de nouvelles cartes génétiques sur une famille de 324 plein-frères clonés. Une technique de phénotypage à haut débit basée sur la spectrométrie à proche infrarouge a été développée pour prédire les teneurs en composés chimiques du bois ainsi que le rendement en saccharification. La mise en évidence d'une variabilité génétique importante pour l'ensemble des caractères a permis de cartographier les régions génomiques impliquées dans leur variation. Parmi les 11 QTL détectés pour la résistance, un QTL à effet majeur co-localise avec un QTL majeur associé à la résistance à la rouille foliaire du saule. Pour la qualité du bois, 15 QTL à effet faible à moyen ont été détectés, dont un cartographié sur le chromosome XIII qui colocalise avec des QTL précédemment identifiés chez le peuplier pour les teneurs en sucres et en lignines. Ce travail de thèse ouvre des perspectives d'identification de gènes sous-jacents aux QTL par génétique d'association.

Cette recherche cartographie la sexualité, elle cherche à lui donner un espace. Elle étudie comment la sexualité européenne se construit à l'époque moderne. Un fond de carte est élaboré à partir d'auteurs, particulièrement le Dr Krafft-Ebing, qui ont posé les jalons de la science de la sexualité, ainsi que d'autres champs sociaux qui s'en sont faits les relais. Cela montre l'importance des perversions dans la mise en place de " normes invisibles " de la sexualité. Il s'agit alors de donner un espace à ces territoires et flux de la sexualité - de faire une carte de l'orientation sexuelle.Les corps, les affects et les pratiques physico-sexuelles constituent les catalyseurs de la sexualité : ils sont investis de significations sociales (codes) et à leur tour codent et signifient (interfaces). La sexualité dans ses fonctions classificatrices et hiérarchisantes, disperse des vecteurs de contrôle des populations. Elle est une technique de structuration des populations par groupes raciaux et socio-économiques culturellement homogènes. La sexualité est liée à des visions impériales de ce que doivent être un homme normal, une femme normale, et les deux dans leur complémentarité. Ceci est affaire d'affinités : qui noue des liens ? Comment et pourquoi ? La sexualité prend alors une importance majeure dans la définition du soi, de ces zones de sédimentation qui ne sont pas seulement des démarches individuelles, mais aussi des politiques de comment vivre ensemble.

La spectrométrie gamma à haute résolution offre un outil d'analyse performant pour effectuer des mesurages environnementaux. Dans le cadre de la caractérisation radiologique d'un site (naturelle ou artificielle) ainsi que pour le démantèlement d'installations nucléaires, la cartographie des radionucléides est un atout important. Le principe consiste à déplacer un spectromètre HPGe sur le site à étudier et, à partir des données nucléaires et de positionnements, d'identifier, de localiser et de quantifier les radionucléides présents dans le sol. Le développement de cet outil fait suite à une intercomparaison où un exercice orienté intervention a montré les limites des outils actuels. Une partie de ce travail s'est portée sur la représentation cartographique des données nucléaires. La connaissance des paramètres d'un spectre in situ a permis la création d'un simulateur modélisant la réponse d'un spectromètre se déplaçant au-dessus d'un sol contaminé. Ce simulateur a lui-même permis de développer les algorithmes de cartographie et de les tester dans des situations extrêmes et non réalisables. Ainsi, ce travail ouvre sur la réalisation d'un prototype viable donnant en temps réel les informations nécessaires sur l'identité et la position possible des radionucléides. La recherche réalisée sur la déconvolution des données permet de rendre en post traitement une carte de l'activité du sol par radionucléide mais également une indication sur la profondeur de la source. Le prototype nommé OSCAR (Outil Spectrométrique de Cartographie de Radionucléides) a ainsi été testé sur des sites contaminés (Suisse et Japon) et les résultats obtenus sont en accord avec des mesures de référence.