Research was carried out in a 15,000 km2 study area in central Ladakh, India. The study area is Transhimalayan in character with ecological affinities to Tibet and Central Asia. The main study species were Ladakh urial Ovis vignei, bharal Pseudois nayaur and Himalayan ibex Capra sibirica, with additional data collected on two species occurring marginally within the study area, argali Ovis ammon and kiang Equus klang. Distributions were mapped in detail. Distribution of urial was restricted to a band along the Indus valley and its tributaries. Bharal and ibex were widely distributed and apparently share the study area. Bharal occur in the eastern part of the Zanskar Range and across the eastern plateau of Ladakh. Ibex occur mainly in the western part of the Zanskar range, along the northern slopes of the Himalayan range and the southern slopes of the Ladakh range. Argali and kiang occur across eastern Ladakh and just reach the eastern edge of the study area; both have occasionally established a presence farther west. Current estimated numbers in the study area were: 500-700 urial; 6,000-10,000 bharal, 3150-6150 ibex, <50 kiang and c. 12 argali. Urial use even terrain between 3000-4250m and avoid areas with cliffs. Ibex and bharal both use altitudes up to 5000m and prefer broken, more rugged terrain which they use as escape cover. Discriminant function analysis showed a clear differentiation between urial habitat and that of ibex and bharal, but a substantial overlap in the habitat used by ibex and bharal. The habitat preferences recorded are similar to what is known of other Caprini species. The ungulate community consisted of three main species, each occupying separate parts of the study area. The abrupt boundary between the distributions of ibex and bharal was examined in the framework of parapatry theory. Conservation prospects for mountain ungulates in the study area are currently satisfactory.

La variabilité des réponses individuelles est un processus central dans le fonctionnement du troupeau. L'objectif de cette thèse est d'étudier comment la variabilité se construit à partir des interactions entre réponses biologiques et pratiques de conduite et comment les performances du troupeau se construisent à partir de cette variabilité. Ainsi, un modèle individu-centré de fonctionnement du troupeau caprin laitier a été développé. Le modèle comprend un système décisionnel, qui représente les opérations techniques d'alimentation, de reproduction et de renouvellement et un système biotechnique, qui repose sur la démultiplication d'un modèle de chèvre simulant le poids vif et la production laitière en réponse aux pratiques d'alimentation et de reproduction. Trois plans d'expériences ont testé les effets du niveau des apports alimentaires, de la segmentation du plan d'alimentation et du niveau du potentiel de production du troupeau. La variabilité intra-conduite est caractérisée par des variables de durée et de productivité de la carrière. La variabilité inter-conduites est caractérisée par les variables liées à l'efficacité alimentaire. Des efficacités similaires peuvent être obtenues avec différentes combinaisons d'options de conduite. Celles ci ne sollicitent cependant pas les mêmes bases biologiques et génèrent des proportions contrastées d'individus à l'équilibre par rapport à leur potentiel de production. Ces différences dans l'élaboration des performances pourraient conduire à des capacités d'adaptation du troupeau variables dans un environnement fluctuant. Le simulateur permettrait alors d'explorer le rôle de la variabilité dans la résilience du troupeau.

Les techniques d'élevage intensif appliquées dans les systèmes agricoles ont une influence négative sur la biodiversité des animaux domestiques. Une des mesures mises en œuvre afin de juguler ce phénomène d'érosion génétique est la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (RGAs). La problématique de conservation est d'arbitrer entre des impératifs de préservation et le caractère fini des ressources financières. Cette problématique a été abordée en retenant l'approche développée par Weitzman comme cadre d'analyse et des races ovines et caprines retenues dans le cadre d'un projet de recherche européen (Econogene) comme objet de recherche. Choisir les races à préserver revient à élaborer et à pondérer des critères de conservation. Dans le cadre de cette thèse, cette question a été approchée sous trois angles prospectifs distincts : politique, génétique et économique. Le quatrième angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles d'optimisation comme outils d'aide à la décision. Le premier angle s'est focalisé sur les déterminants des décisions des choix de conservation observés au niveau de l'Union européenne. Les résultats ont montré que les programmes de conservation opèrent indépendamment des risques d'extinction. Le second angle se place au niveau génétique. Les résultats ont révélé que les races originales présentent de faibles taux d'hétérozygotie et vice versa. Le troisième angle s'est attaché à analyser les critères de conservation et leur pondération par le biais d'une analyse économique intégrant les points de vue d'un échantillon d'experts. Les résultats ont permis de montrer que la dissemblance génétique est perçue comme l'attribut le plus important. Enfin, le dernier angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles bioéconomiques comme outils d'aide à la décision. A travers les résultats de ce travail, certaines implications empiriques et méthodologiques ont pu être identifiées. Celles-ci constituent une ébauche d'une vision pour la conservation des RGAs qui devrait s'articuler en quatre volets : un volet protection, un volet conservation, un volet valorisation et un volet recherche.

Les techniques d'élevage intensif appliquées dans les systèmes agricoles ont une influence négative sur la biodiversité des animaux domestiques. Une des mesures mises en œuvre afin de juguler ce phénomène d'érosion génétique est la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (RGAs). La problématique de conservation est d'arbitrer entre des impératifs de préservation et le caractère fini des ressources financières. Cette problématique a été abordée en retenant l'approche développée par Weitzman comme cadre d'analyse et des races ovines et caprines retenues dans le cadre d'un projet de recherche européen (Econogene) comme objet de recherche. Choisir les races à préserver revient à élaborer et à pondérer des critères de conservation. Dans le cadre de cette thèse, cette question a été approchée sous trois angles prospectifs distincts : politique, génétique et économique. Le quatrième angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles d'optimisation comme outils d'aide à la décision. Le premier angle s'est focalisé sur les déterminants des décisions des choix de conservation observés au niveau de l'Union européenne. Les résultats ont montré que les programmes de conservation opèrent indépendamment des risques d'extinction. Le second angle se place au niveau génétique. Les résultats ont révélé que les races originales présentent de faibles taux d'hétérozygotie et vice versa. Le troisième angle s'est attaché à analyser les critères de conservation et leur pondération par le biais d'une analyse économique intégrant les points de vue d'un échantillon d'experts. Les résultats ont permis de montrer que la dissemblance génétique est perçue comme l'attribut le plus important. Enfin, le dernier angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles bioéconomiques comme outils d'aide à la décision. A travers les résultats de ce travail, certaines implications empiriques et méthodologiques ont pu être identifiées. Celles-ci constituent une ébauche d'une vision pour la conservation des RGAs qui devrait s'articuler en quatre volets : un volet protection, un volet conservation, un volet valorisation et un volet recherche.

La sélection génomique, qui a révolutionné la sélection génétique des bovins laitiers notamment, est désormais envisagée dans d’autres espèces comme l’espèce caprine. La clé du succès de la sélection génomique réside dans la précision des évaluations génomiques. Chez les caprins laitiers français, le gain de précision attendu avec la sélection génomique était un des questionnements de la filière en raison de la petite taille de la population de référence disponible (825 mâles et 1945 femelles génotypés sur une puce SNP 50K). Le but de cette étude est d’évaluer comment augmenter la précision des évaluations génomiques dans l’espèce caprine. Une étude de la structure génétique de la population de référence caprine constituée d’animaux de races Saanen et Alpine, a permis de montrer que la population de référence choisie est représentative de la population élevée sur le territoire français. En revanche, les faibles niveaux de déséquilibre de liaison (0,17 entre deux SNP consécutifs) de consanguinité et de parenté au sein de la population, similaires à ceux trouvés en ovins Lacaune, ne sont pas idéaux pour obtenir une bonne précision des évaluations génomiques. De plus, malgré l’origine commune des races Alpine et Saanen, leurs structures génétiques suggèrent qu’elles se distinguent clairement d’un point de vue génétique. Les méthodes génomiques (GBLUP ou Bayésiennes) « two-step », basées sur des performances pré-corrigées (DYD, EBV dérégressées) n’ont pas permis une amélioration significative des précisions des évaluations génomiques pour les caractères évalués en routine (caractères de production, de morphologie et de comptages de cellules somatiques) chez les caprins laitiers. La prise en compte des phénotypes des mâles non génotypés permet d’augmenter les précisions des évaluations de 3 à 47% selon le caractère. L’ajout des génotypes de femelles issues d’un dispositif de détection de QTL améliore également les précisions (de 2 à 14%) que ce soit pour les évaluations two steps ou les évaluations basées sur les performances propres des femelles (single step). Les précisions sont augmentées de 10 à 74% avec les évaluations single step comparées aux évaluations two steps, ce qui permet d’atteindre des précisions supérieures à celles obtenues sur ascendance. Les précisions obtenues avec les évaluations génomiques multiraciales, bicaractères et uniraciales sont similaires même si la précision des valeurs génomiques estimées des candidats à la sélection est plus élevée avec les évaluations multiraciales. La sélection génomique est donc envisageable chez les caprins laitiers français à l’aide d’un modèle génomique multiracial single step. Les précisions peuvent être légèrement augmentées par l’inclusion de gènes majeurs tels que celui de la caséine αs1 notamment à l’aide d’un modèle « gene content » pour prédire le génotype des animaux non génotypés. / Genomic selection which is revolutionizing genetic selection in dairy cattle has been tested in several species like dairy goat. Key point in genomic selection is accuracy of genomic evaluation. In French dairy goats, gain in accuracy using genomic selection was questioning due to the small size of the reference population (825 males and 1 945 females genotyped). The aim of this study was to investigate how to reach adequate genomic evaluation accuracy in French dairy goat population. The study of reference population structure (Alpine and Saanen breeds) showed that reference population is similar to the whole population of French dairy goats. But the weak level of linkage disequilibrium (0.17 between two consecutive SNP), inbreeding and relationship between reference and candidate population were not ideal to maximize genomic evaluation accuracy. Despite their common origin, genetic structure of Alpine and Saanen breeds suggested that they were genetically distant. Two steps genomic evaluation (GBLUP, Bayesian) based on performances corrected for fixed effect (DYD, deregressed EBV) did not improve genetic evaluation accuracy compared to classical evaluations for milk production traits, udder type traits and somatic cells score classically selected in French dairy goat. Taking into account phenotypes of ungenotyped sires increased genomic evaluation from 3 to 47% depending on the trait considered. Adding female genotypes also improved genomic evaluation accuracies from 2 to 4% depending on the method (two steps or single step) and on the trait. When using gemomic evaluation directly based on female performances (single step), accuracy of genomic evaluation reach the level obtained from ascendance in classic evaluation which was not the case using two steps evaluations. Genomic evaluation accuracies were similar when using multiple-trait model, multi-breed or single breed evaluation. But accuracies derived from prediction error variances were better when using multi-breed genomic evaluations. Genomic selection is feasible in French dairy goats using single step multi-breed genomic evaluations. Accuracies could be slightly improved integrating major gene as αs1 casein especially when using « gene content » approach to predict genotypes of ungenotyped animals.

La Fièvre Catarrhale Ovine est une arbovirose due à un Orbivirus touchant les ruminants. Récemment, une épizootie majeure, notamment due au sérotype 8 du virus (BTV-8), a touché les ruminants Européens. Ce sérotype a présenté plusieurs particularités telles que le spectre d’hôte original, et la transmission transplacentaire. L’impact de l’infection par le BTV-8 chez le caprin a été étudiée dans ce travail d’un point de vue clinique, virologique, hématologique et sérologique, et notamment pour ce dernier aspect à travers le développement de deux outils sérologiques. L’impact d’une infection maternelle sur le fœtus a également été étudié.Ces travaux ont confirmé que l’impact de l’infection par le BTV-8 chez les caprins est modéré, tant d’un point de vue clinique que d’un point de vue hématologique. Ce travail a également permis de faire ressortir plusieurs connaissances nouvelles: un impact modéré sur les comptages leucocytaires ; une transmission transplacentaire du virus lors d’infection en milieu de gestation ; une détection du virus dans la semence ; une possible transmission « directe », non vectorielle.Ces 3 dernières constatations n’avaient jusqu’alors pas été rapportées dans la littérature chez les caprins, mais avaient été observées chez les ovins et les bovins. Ceci confirme que, même si les caprins sont des animaux sensibles mais que l’impact clinique est limité, la plupart des caractéristiques faisant la spécificité de l’infection par la souche européenne du BTV-8 peuvent également être retrouvées dans cette espèce. Néanmoins, l’absence de description de ces particularités dans des conditions d’infection naturelle ne permet pas de conclure quant à leur impact sur le terrain.Des outils sérologiques ont été également développés afin d’étudier les propriétés antigéniques des protéines virales chez le caprin. La production des protéines recombinantes NS1, NS3, VP7 et VP2 en système baculovirus, et de la protéine NS2 en système E. coli, ont permis l’obtention de protéines recombinantes. Ces 5 protéines recombinantes ont permis le développement de tests sérologiques permettant d’étudier leurs propriétés antigéniques et la cinétique d’apparition des anticorps après vaccination ou/et infection par le BTV-8 chez le caprin.Dans un premier temps, des tests ELISA indirect NS1, NS2, NS3, VP7 et VP2 ont été développés, et la capacité des tests ELISA NS et VP7 à permettre une différenciation entre les animaux infectés et vaccinés a été évaluée. Cependant, des anticorps anti-NS2 et NS3 ont été détectés dans les sérums d’animaux vaccinés et une faible réponse obtenue en ELISA NS1 chez les animaux infectés rend difficile l’utilisation d’un test ELISA DIVA basé sur ces 3 protéines non structurales. Enfin, une réponse en anticorps anti-VP2 est détectée par le test ELISA VP2 après vaccination et après épreuve virulente, suggérant une détection d’anticorps spécifiques de type par ce test.Dans un second temps, un test Luminex multiplex, basé sur l’utilisation des protéines VP7 et VP2 a été développé. Le Luminex VP7 présente une très bonne corrélation avec l’ELISA VP7 lorsque les sérums d’animaux infectés sont testés, avec une aire sous la courbe de 0,987. Les performances de ce test paraissent cependant modérées lorsque des sérums issus d’animaux ayant reçu une unique injection vaccinale sont testés. Le Luminex VP2 présente des performances également excellentes, avec une aire sous la courbe de 0,978. Les VPP et VPN ont été calculées pour des prévalences très faibles (0,5%, correspondant à la prévalence devant être détectée par le screening sérologique d’animaux sentinelles) : la VPP est alors très faible mais la VPN est très élevée (99,99% pour VP7, 99,95% pour VP2). Le test Luminex multiplex développé, caractérisé par une VPN très élevée, permet d’exclure avec confiance la présence du BTV-8 dans une région indemne lors de résultat négatif, correspondant parfaitement aux objectifs assignés. / Bluetongue is an infectious non contagious arbovirosis caused by Bluetongue virus (BTV), belonging to the genus Orbivirus. Recently, a major epizooty, due to BTV-8, was encountered in European ruminants. This serotype presented several original features such as an original host spectrum and transplacental transmission. This work consisted in studying the impact of BTV-8 infection in goats from a clinical, virological, haematological and serological (after development of two new serological tests) point of view, because of the lack of knowledge in this specie. The impact on foetuses of infection during gestation was also studied.The different animal studies realised confirmed that the BTV-8 infection has a moderate impact in goats from a clinical and haematological point of view. These studies led to obtain new information about BTV-8 impact: moderate impact on leucocytes counts; transplacental transmission of the virus when infection occurs in mid-pregnancy; detection of BTV-8 in bucks’ semen; direct, non vectorial transmission. The last 3 results had never been described in goats with BTV-8 before but had been encountered in sheep and cattle: it proves that, even if goats are susceptible to the infection but are less affected by the virus, most of feature of BTV-8 North European strain can also be encountered in this specie. However, these features have not been described in natural conditions, making impossible to conclude on their impact in the field.In a second part of this thesis, serological tool have been developed in order to study antigenic properties of viral proteins in goats. Recombinant proteins NS1, NS3, VP7 and VP2 were produced in baculovirus system, while NS2 was produced in E. coli system. These recombinant proteins were used to develop serological test in order to study antigenic properties and the kinetic of antibodies response against this 5 proteins after vaccination against and infection by BTV-8 in goats.In a first part, indirect ELISA NS1, NS2, NS3, VP7 and VP2 were developed, and the opportunity to develop DIVA ELISA test using NS and VP ELISA was evaluated. However, detection of antibodies against NS2 and NS3 in vaccinated animals, and the difficulties to detect antibodies against NS1 in infected animals led us to conclude that a DIVA ELISA test using non-structural proteins was difficult. Finally, it was possible to detect antibodies against VP2 in infected and vaccinated animals using our VP2 ELISA, suggesting a detection of antibodies specific of serotype by this test.In a second part, a multiplex Luminex test, using VP7 and VP2, was developed. This test has, for VP7 detection, a strong correlation with cELISA VP7, with an area under the curve of 0.987. Luminex VP7 performance is moderate when sera from goats having only one vaccine administration were tested. Concerning Luminex VP2, test performance are also excellent with an area under the curve of 0.978. When a prevalence of 0.5% was applied (prevalence that should be detected by serological screening in Europe), de predictive negative value was very high (99.99% for Luminex VP7; 99.95% for Luminex VP2). The Luminex test developed, with a very high PNV, can exclude with a high level of confidence the presence of BTV-8 in a free-area.

La sélection génomique (SG) des animaux et des plantes a été rendue possible grâce aux avancées des biotechnologies, notamment des puces à ADN de haute densité et de faible coût. Son efficacité et sa profitabilité a été clairement démontrée chez les bovins laitiers, où elle a été très rapidement mise en pratique. En revanche, son application pour les petits ruminants est encore limitée, et, notamment, n’a pas démarré en France. Ses potentialités sont toutefois à l’étude dans quelques programmes concernant les ovins et caprins laitiers, et les responsables des filières correspondantes désirent connaitre l’efficacité de cet outil dans leur situation. Cependant, la prudence est de règle, compte tenu des différences entre les schémas de sélection des bovins laitiers et des petits ruminants. Cette étude fait partie d’un programme entrepris pour évaluer l’utilisation et la gestion de l’information génomique dans les schémas de sélection ovin et caprin. Au cours de cette thèse ont été examinés (1) l’impact de la SG sur le gain génétique dans des schémas de sélection de petits ruminants, (2) l’efficacité économique de la SG en petits ruminants, en prenant l’exemple d’un programme de sélection ovin-viande; (3) l’importance d’une optimisation de certaines décisions (quantifiées par des variables dans un modèle décrivant les schémas) pour maximiser le progrès génétique et (4) une piste contribuant à l’optimisation de la population de référence. Les modèles utilisés appartiennent au champ des méthodes déterministes et les exemples ont porté sur les schémas de sélection existants (ovins laitiers, ovins viande et caprins laitiers). Les résultats de cette étude suggèrent que la sélection génomique peut être plus rentable que la sélection classique en terme de gain génétique, à condition qu’une population de référence de taille moyenne soit disponible (environ 2000 individus). Ils montrent, en particulier dans les schémas laitiers, que le potentiel de la SG de réduire l’intervalle de génération pourrait fortement augmenter le gain génétique. Dans le schéma ovin allaitant modélisé, combiner l’information génomique et les phénotypes de caractères bouchers donne plus de gain génétique que la sélection classique ou la SG sans phénotype sur les candidats. En termes d’impacts économiques, les résultats du schéma ovin allaitant modélisé montrent que toutes les stratégies de sélection génomiques sont plus onéreuses que la sélection classique. Cependant, les gains marginaux (recettes totales moins coûts variables) de certains scénarii de SG s’avèrent légèrement plus élevés que pour la sélection classique. L’étude montre également, dans tous les schémas et stratégies de sélection, que l’optimisation de l’utilisation de variables de décision pourrait grandement augmenter le gain génétique et l’efficacité économique, par rapport aux situations actuelles. Avec cette étude, on peut conclure que la mise en place de la sélection génomique dans les programmes de sélection des petits ruminants est possible et pourrait être plus bénéfique que la sélection classique dans certains cas. Cependant, il y a plus d’obstacles par rapport aux bovins laitiers, en particulier, la construction d’une population de référence fiable et des coûts élevés de génotypages par rapport à la valeur des candidats à la sélection. Ces obstacles pourraient freiner sa mise en œuvre, voire l’empêcher dans certaines races. / Implementing genomic selection (GS) in small ruminant breeding programs is still at the research and development level. This new way of selection in animals and plants was made possible thanks to the development of low costs, high density SNP chips. It proved to be highly beneficial in dairy cattle breeding programs. The French small ruminant industries are strongly interested in evaluating the efficiency of this tool in their situation. However, they are also very cautious given the inherent differences in terms of capacity and functionalities between dairy cattle and small ruminant breeding programs. This study is part of bigger efforts mobilized to evaluate the use and management of genomic information in sheep and goats breeding programs. The PhD work examined (1) the impact of genomic selection on genetic gain of small ruminant breeding programs; (2) the economic efficiency of genomic selection in small ruminant, through an example of a meat sheep breeding program; (3) the benefits of optimizing the use of decision variables on genetic gain; and (4) contributed some ideas on how to optimize the choice of individuals in the reference population. The modeling parts were done by deterministic methods and the examples focused on the existing breeding programs (dairy sheep, meat sheep and dairy goats) with medium to small size breeding units. The results of this study suggest that adopting genomic selection can be more profitable than classic selection in terms of genetic gain, provided that, at least, a medium size reference population is available (around 2,000 individuals). They show, especially in dairy breeds, that the GS potentials of reducing generation interval could greatly increase the genetic gain. In meat sheep breeding program, exploring the possibility of combining genomic information and meat phenotypes gave higher genetic gain than classic or pure genomic selection. In terms of economic impacts, results of the meat sheep breeding program we modeled show that all genomic selection strategies are more expensive than classic selection. However, the contribution margins (total revenues minus total variable costs) of some GS variants were slightly higher than benefits from classic selection. The study also shows, across breeds and selection strategies, that optimizing the use of decision variables could greatly increase the genetic gain and benefits, compared to the current situation. With this thesis we can conclude that adopting genomic selection in small ruminant breeding programs is possible and could be more beneficial than classic selection in some cases. However, there are more obstacles compared to dairy cattle, especially, construction of reliable reference populations and high costs of genotypes relative to the value of selection candidates. These might delay implementation in general or prevent it in some breeds.

Chez les rongeurs, les facteurs sociaux sont connus pour pouvoir moduler la transition pubertaire. Ainsi une jeune souris femelle mise en contact avec un mâle adulte présentera une ouverture vaginale plus précoce qu’une femelle isolée du mâle. L’objectif de ma thèse a été de caractériser les conséquences d’une exposition précoce au mâle dans l’espèce caprine. Les caprins sont une espèce dont la reproduction est saisonnée et permettant, de par sa taille, une étude plus fine des sécrétions endocrines que les rongeurs. Nos résultats ont permis de mettre en évidence que la présence de boucs sexuellement actifs induit une puberté précoce chez les chevrettes, l’ovulation pouvant être induite dès l’âge de 3 mois et demi. Les femelles présentent suite à cette première ovulation une cyclicité régulière ainsi qu’une maturation précoce du tractus génital. Le niveau d’activité sexuelle du bouc est un facteur crucial à l’induction d’une puberté précoce chez la chèvre puisque la présence de mâles castrés n’a aucun effet et que les femelles sont toutes pubères dans le mois suivant l’entrée en saison sexuelle des mâles. Ce travail démontre, dans l’espèce caprine, un rôle crucial de l’environnement social dans la régulation de la maturation sexuelle. Plus particulièrement, cela met en évidence que la présence de boucs peut réactiver efficacement et de manière très précoce l’axe gonadotrope de jeunes chèvres immatures. / In rodents, social factors are known to modulate the pubertal transition. Hence, young female mice exposed to adult male exhibit an earlier vaginal opening than young females isolated from male. The aim of my thesis was to characterize the consequences of a precocious exposure to male in another specie, goats. Goats are seasonal breeders and due to their size the fine study of endocrine secretions is easier than in rodents. Our results highlighted that an early exposure to sexually active bucks induces a precocious puberty in young female goats. The first ovulation can be induced as early as 3.5 months old, following this induced first ovulation, goats remain cycling regularly. Females precociously exposed to bucks also exhibit an acceleration of the genital tract maturation. The level of sexual activity of the male is a crucial criteria to induce a precocious puberty in goats as exposure to castrated bucks had no effect on the age at puberty. Moreover, all females exposed to intact bucks ovulated for the first time within a month after buck started to exhibit sexual behaviors. This work revealed, in goats, a crucial role of the social environment on the regulation of sexual maturation. More precisely, it highlights that exposure to bucks is highly efficient to reactivate precociously the gonadotrope axis of youg immature goats.

L’objectif général du projet de thèse était de produire des connaissances pour contribuer au développement de bonnes pratiques d’alimentation des caprins, ovins et bovins des régions chaudes. La méthodologie utilisée dans ce projet a croisé des méta-analyses à une approche expérimentale. Les besoins énergétiques d’entretien des caprins, ovins et bovins des régions chaudes seraient plus élevés que ceux des ruminants des régions tempérées. Ces différences ont été partiellement attribuées à la capacité des génotypes animaux de ces régions de mobiliser une fraction des nutriments ingérés à des fonctions non productives dont l’adaptation aux stress et le coût énergétique de l’ingestion et la digestion de rations plus fibreuses. Des besoins énergétiques pour la production du même ordre de grandeur que ceux des génotypes des régions tempérées ont été estimés. Nos estimations des besoins protéiques d’entretien et de production indiquent que ceux-ci sont plus élevés avec les génotypes tropicaux comparativement aux génotypes tempérés.La hiérarchie des besoins entre espèces varie avec leurs modalités d’expressions (expression du poids métabolique).Le système d’unité d’alimentation énergétique et protéique de l’INRA, basé sur une approche mécaniste de l’utilisation des aliments, conduit potentiellement à une bonne évaluation des ressources alimentaires. Cependant, certains coefficients doivent être révisés pour tenir compte de la composition spécifique des ressources fourragères disponibles en régions chaudes. / The overall aim of the thesis project was to generate knowledge to contribute to the development of good feeding practices for sheep goats and cattle in warm regions. The methodology used in this project crossed meta-analysis to an experimental approach. The maintenance energy requirements of goats, sheep and cattle in warm regions are higher than those of ruminants in temperate regions. These differences were partly attributed to the capacity of livestock genotypes of these regions to mobilize a fraction of the nutrients ingested for unproductive functions adaptation to stress and the energy cost of ingestion and digestion of more fibrous diets. The estimation for the energy requirements for production was the same order of magnitude as the genotypes of temperate regions. Our estimates of protein requirements for maintenance and production show that they are higher with tropical genotypes compared to temperate genotypes.The hierarchy of needs between species varies with their modes of expression (expression of metabolic weight).The energy and protein supply unit system of INRA, based on a mechanistic approach to the use of feed, potentially leads to a good assessment of food resources. However, some factors must be revised to reflect the specific composition of forage resources in warm regions.

Le groupe ‘M. mycoides’ constitue une branche phylogénétique homogène des mycoplasmes regroupant 6 taxons pathogènes des ruminants, responsables pour la plupart de maladies inscrites sur la liste de l’OIE. L’identification taxinomique sur laquelle repose le diagnostic reste délicate à cause de réactions antigéniques et génétiques croisées et d’un manque d’universalité intra-taxon des PCR, notamment pour les taxons Mcc, MmmLC et Mbg7. Une approche par hybridation soustractive sélective a été développée pour 1) appréhender les différences moléculaires entre ces 3 taxons ; 2) analyser globalement la diversité au sein du groupe ‘M. mycoides’ et 3) rechercher de nouveaux marqueurs d’intérêt diagnostique. Nos résultats montrent un important partage de séquences entre ces taxons, MmmLC et Mcc étant très polymorphes par rapport à Mbg7, plus homogène et qui représente une sorte de chimère entre les taxons Mcc et MmmSC. Nos données nous ont permis de développer un test PCR spécifique pour Mcc mais la diversité génétique du groupe ‘M. mycoides’ dépasse les frontières entre taxons rendant difficile et peu pertinente l’identification taxinomique. Un typage des souches en fonction de la virulence indépendamment de l’espèce serait l’approche diagnostique alternative. La faisabilité d’une telle approche a été explorée dans le cas du taxon MmmLC mais aucun critère susceptible de différencier les souches issues de foyers de celles issues de portage dans des troupeaux sans antécédent clinique n’a pu être mis en évidence. Ce continuum génétique entre souches, probablement lié à des transferts génétiques horizontaux, imposera à l’avenir une surveillance globalisée des mycoplasmoses / The ‘M. mycoides’ cluster, a homogenous phylogenetic branch of the Mollicutes, includes 6 taxa which are responsible for diseases in ruminants, most of which are listed by the OIE. Their taxonomic identification, on which current diagnosis is based, is impaired by antigenic and genetic cross-reactivity and by the lack of a universal, intra-taxon PCR assay, especially for the Mcc, MmmLC and Mbg7 taxa. A suppression subtractive hybridization approach was developed to: 1) define molecular differences between these 3 taxa; 2) analyze the overall genetic diversity within the ‘M. mycoides’ cluster and 3) search for new markers useful for diagnosis. Results obtained here showed that several sequences are shared across taxa, with Mcc and MmmLC being very polymorphic compared to Mbg7 which is more homogeneous, representing a sort of chimera between Mcc and MmmLC. From these analyses, a specific PCR assay was designed for Mcc identification but, because of the genetic diversity existing within the ‘M. mycoides’, the taxonomic identification of new strain appears less and less relevant. Instead, regardless of their species, strain typing on the basis of their virulence would offer an alternative approach for diagnosis. We assessed this type of approach for the MmmLC taxon but so far, our attempts to uncover markers that would distinguish pathogenic strains from carrier strains, isolated from herds with no clinical history, have failed. The genetic continuum observed between strains is remnant of horizontal gene transfers and imposes the development of a more global approach for mycoplasmosis surveillance