Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-13T19:30:08Z No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-15T18:25:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-15T18:29:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-15T18:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) Previous issue date: 2012-03-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The agro-industrial waste is renewable sources of carbon and energy and can be used for the production of food, feed, chemical compounds, and fuels liquids. The Brazil generates various agro-industrial waste, including the bagasse sugarcane It is the most abundant. This lignocellulosic biomass is rich in carbohydrates metabolizable an economically viable, provided there is adequate hydrolysis material. The deranged hydrolysis the fibers of the three majority polymers of plant biomass (Cellulose, hemicellulose and lignin), making them more accessible to hydrolytic enzymes microbial. This process, in addition to releasing the monomers and small saccharides fermentable, generates inhibitors of microbial growth and fermentation of the material hydrolyzate. The monomers generated by the hydrolysis of hemicellulose fraction are not composed solely of glucose such as starch and cellulosic substrates. They contain, among others wide concentration of pentoses which are not metabolized by all microorganisms. Aiming to get yeast with attributes needed to use the biomass, emphasizing the hemicellulose fraction, investigated the following rich sources of natural hydrolysates: faeces and saliva of ruminants (cattle), as well as digestive tubes immature insects that feed on wood. The culture media used for isolation and cultivation (solid and liquid) were made with hydrolyzed hemicellulose bagasse from sugarcane, obtained by acid hydrolysis. Microorganisms isolates were selected based on their characteristics of use pentose xylose (majority in hemicellulose) and arabinose, aimed at better use of lignocellulosic biomass. 237 were isolated colonies of unicellular microorganisms, through selective. Of these, 231 colonies were subjected to sugar assimilation tests, among which 125 were able to grow using hydrolyzed hemicellulose, xylose or arabinose as carbon source. They stood out, as growth in size, 57 colonies were selected and had the ITS1 - 5.8S rDNA sequenced. After selection for biomass accumulation in a sequenced yeast was chosen and investigated, by response surface methods for optimizing the production of biomass Microbial from hemicellulose hydrolyzate. The sequenced strains formed 05 different groups in the phylogenetic tree and had high similarity with Meyerozyma caribbica, Meyerozyma guilliermondi, micotoxinivorans Trichosporon, Trichosporon loubieri, Pichia kudriavzevii, Candida ethanolic lignohabitants and Candida. A strain with 99% similarity to Meyerozyma caribbica, isolated from bovine feces, accumulated 14,21g / L biomass in 72h in simple batch cultivation type (using instrumented fermenter), being able to tolerate up to 90% hemicellulose hydrolyzate in dry biomass accumulation around 12,43g / L, (Qx = 0.44g / L-1 h-1) after 27 hours cultivation experiments with conical bottles. This yeast produced 14,8g / L xylitol (Qxilt = 0.55 g / L-1h-1) 27 hours of cultivation. / Os resíduos agroindustriais são fontes renováveis de carbono e energia e podem ser utilizados para produção de alimentos, forragens, compostos químicos, além de combustíveis líquidos. O Brasil gera diversos resíduos agroindustriais, entre eles, o bagaço de cana-deaçúcar é o mais abundante. Esta biomassa lignocelulósica é rica em carboidratos metabolizáveis de forma economicamente viável, desde que haja hidrólise adequada do material. A hidrólise desarranja as fibras dos três polímeros majoritários da biomassa vegetal (celulose, hemicelulose e lignina), tornando-as mais acessíveis às enzimas hidrolíticas microbianas. Este processo, além de liberar os monômeros e pequenos sacarídeos fermentáveis, gera inibidores do crescimento microbiano e da fermentação do material hidrolisado. Os monômeros gerados pela hidrólise da fração hemicelulósica não são compostos apenas de glicose, como os substratos amiláceos e celulósicos. Eles contêm, entre outros, vasta concentração de pentoses que não são metabolizadas por todos os microrganismos. Objetivando obter leveduras com atributos necessários ao aproveitamento da biomassa, com ênfase na fração hemicelulósica, investigaram-se as seguintes fontes ricas em hidrolisados naturais: fezes e salivas de ruminantes (bovinos), como também tubos digestivos de insetos imaturos que se alimentam de madeira. Os meios de cultura utilizados para isolamento e cultivo (sólidos e líquidos) foram confeccionados com hidrolisado hemicelulósico do bagaço da cana-de-açúcar, obtido por hidrólise ácida. Os microrganismos isolados foram selecionados com base em suas características de utilização das pentoses xilose (majoritária na hemicelulose) e arabinose, visando o melhor aproveitamento da biomassa lignocelulósica. Foram isoladas 237 colônias de microrganismos unicelulares, em meio seletivo. Destas, 231 colônias foram submetidas aos ensaios de assimilação de açúcares, entre as quais 125 foram capazes de crescer utilizando hidrolisado hemicelulósico, xilose ou arabinose como fonte de carbono. Destacaram-se, quanto ao crescimento em tamanho, 57 colônias que foram selecionadas e tiveram a região ITS1 – 5.8S rDNA sequenciada. Após seleção para acúmulo em biomassa, uma levedura sequenciada foi escolhida e investigada, através de métodos de superfície de resposta para otimização da produção de biomassa microbiana a partir do hidrolisado hemicelulósico. As cepas sequenciadas formaram 05 grupos distintos na árvore filogenética e tiveram alta similaridade com Meyerozyma caribbica, Meyerozyma guilliermondi, Trichosporon micotoxinivorans, Trichosporon loubieri, Pichia kudriavzevii, Candida lignohabitants e Candida etanolica. Uma cepa com 99% de similaridade com Meyerozyma caribbica, isolada a partir de fezes de bovinos, acumulou 14,21g/L de biomassa em 72h, em cultivo tipo batelada simples (utilizando fermentador instrumentado), sendo capaz de tolerar até 90% de hidrolisado hemicelulósico com acúmulo de biomassa seca em torno de 12,43g/L, (Qx = 0,44g/L-1h-1), após 27 horas de cultivo, em experimentos com frascos cônicos. Esta levedura produziu 14,8g/L de xilitol (Qxilt=0,55 g/L-1h-1) em 27 horas de cultivo.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-15T18:58:17Z No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:00:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:08:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:08:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) Previous issue date: 2011-09-28 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Adult plants Copaifera genus are known to have one of the resin oils most commonly used in folk medicine, which credited to several pharmacological and cosmetic properties. In plant oil resin produced in secondary xylem, is used for its defense against various internal agents and external. In this paper we analyzed the essential oil extracted in young plants Copaifera Hayne multijuga in order to confirm the presence of coding sequences enzymes responsible for synthesis of oil and to generate a cDNA library. To the oil extraction was used the technique of steam distillation in Clevenger apparatus modified and then the spectrophotometric analysis of masses for classification of sesquiterpene compounds (essential oil). In chromatographic analysis allowed identification of various compounds present in both the young plant as the plant the adult Copaifera gender, such as ß-caryophyllene, α-copaene, D germacrene, α- humulene, δ-cadineno, γ-elemene, α-cubebeno and α-bergamotene etc. Minority studied. In one approach we used immunohistochemistry methods microscopic to locate secretory canals of the plant, where slides were prepared using semi-automated microtome, stained blue solution toluidine reagent and NADI. After these analyzes, proved the presence of these secretory ducts in young leaves, a cDNA library was constructed, utilizandose as a source of mRNA similar biological material (young leaves of C. multijuga), and subsequently their nucleotides sequenced by pirosenquenciamento the which was analyzed by computational biology, using programs prioritized biosynthesis of terpenes and sesquiterpenes, where their coding sequences enzymes were found, showing engagement of the mRNA in the oil construction not essential in adult plants of this species. Using techniques chromatography to identify phytochemicals compounds, together with methods histological and then the sequencing of genes expressed in young leaves and therefore the secretory oil rosin, allow confirmation of the biosynthesis various substances present in this oil as well as their metabolic pathways. Those Data are presented for the first time together, believing that they can helping to open new frontiers in research and development biotechnologies based upon its results. / As plantas adultas do gênero Copaifera são conhecidas por possuírem um dos óleos resina mais utilizados na medicina popular, ao qual creditam-se diversas propriedades farmacológicas e cosméticas. Na planta, o óleo resina, produzido no xilema secundário, é utilizado para sua defesa contra diversos agentes internos e externos. Neste trabalho analisou-se o óleo essencial extraído em plantas jovens de Copaifera multijuga Hayne, a fim de confirmar a presença de seqüências codificadoras de enzimas responsáveis pela síntese do óleo e gerar uma biblioteca de cDNA. Para a extração do óleo foi usada a técnica de arraste a vapor em aparelho de clevenger modificado e a seguir a análise espectrofotométrica de massas para classificação dos compostos sesquiterpênicos (óleo essencial). Na análise cromatográfica permitiu a identificação de vários compostos presentes tanto na planta jovem quanto na planta adulta do gênero Copaifera, como: ß-cariofileno, α-copaeno, D germacreno, α- humuleno, δ-cadineno, γ-elemeno, α-cubebeno e α-bergamoteno entre outros minoritários estudados. Numa abordagem histoquímica utilizou-se métodos microscópicos para localizar canais secretores da planta, onde lâminas foram preparadas utilizando o micrótomo semi-automático, coradas em solução de azul de toluidina e em reagente de NADI. Após estas análises, comprovada a presença desses ductos secretores em folhas jovens, foi construída uma biblioteca de cDNA, utilizandose como fonte de mRNA material biológico similar (folhas jovens de C. multijuga), sendo posteriormente seqüenciado seus nucleotídeos por meio de pirosenquenciamento, o qual foi analisado por biologia computacional, utilizando-se programas que priorizaram a biossíntese dos terpenos e sesquiterpenos, onde suas seqüências codificadoras de enzimas foram encontradas, mostrando envolvimento do mRNA na construção do óleo essencial em plantas não adultas desta espécie. A utilização de técnicas cromatográficas para identificação de compostos fitoquímicos, aliadas a métodos histológicos e posteriormente ao seqüenciamento de genes expressos de folhas jovens e, portanto secretoras de óleo resina, permitiram a confirmação da biossíntese de diversas substâncias presentes nesse óleo, bem como suas rotas metabólicas. Esses dados são apresentados pela primeira vez conjuntamente, acreditando-se que possam contribuir para a abertura de novas fronteiras na pesquisa e no desenvolvimento de biotecnologias baseadas em seus resultados.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-12-07T20:38:11Z No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-01-19T18:27:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-01-19T18:28:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-19T18:28:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Não Informada / Microorganisms and animal association was too important for evolutive success of Metazoa, principally for wood-feeding insects. Assuming that: i) xylophagous insects have symbiotic association to its intestinal microbiota; ii) microbial community of insects gut is a hyperdiverse habitat, with high richness in undescribed strains and species; iii) the knowledge about this microbiota can to provide tools for producing biofuels and other value-added chemical compounds; the aim of this work was to isolate and identify yeasts associated to intestinal content of Veturius transversus (Passalidae, Coleoptera, Insecta, Arthropoda, Metazoa), able to metabolize sugarcane bagasse hemicellulosic hydrolyzate (SBHH) with xylitol production. After this, one of the isolates was selected to have its cultivation in SBHH characterized. Sugarcane bagasse hydrolysis was evaluated about obtaining total reducing sugar and D-xylose. Then, the yeasts were isolated and identified using biochemical profile and the nucleotide sequences of ribosomal genes (ITS). Each isolated strain was evaluated for ethanol and xylitol production, and lastly, the strain named VT01 had its growing in SBHH characterized. The hydrolysis method employed leads to obtaining, on average, 60,59 g/L of total reducing sugar, of which 71,13% is D-xylose. A total of 20 colonies were isolated, being 11 distinct biochemical profiles distributed at 3 clades. Except VT12 and VT13 strains, all isolates are able to producing xylitol, with high yield (average of 45,37%) observed to Geotrichum sp. (VT01). Futhermore, Geotrichum sp. (VT01) was able to consume the microbial inhibitors acetic acid (78,88 %), hydroxymethyl-furfural (83,47%) and furfural (98,78%). These results allow to conclude that: i) the isolated strains exhibit phenotypic variation, occurring differents biochemical profiles for the same species; ii) Geotrichum sp. (VT01) is the most promising isolate for xylitol production, showing high tolerance against microbial inhibitors; iii) furfural consumption by Geotrichum sp. (VT01) is performed in co-metabolism with glucose, being not used as carbon source for cell growth. / A associação entre micro-organismos e metazoários foi decisiva para o sucesso evolutivo destes últimos, sobretudo no que se refere a capacidade de digerir e assimilar substratos poliméricos complexos. Admitindo que: i) insetos xilófagos apresentam alta dependência de sua microbiota intestinal; ii) o conteúdo intestinal destes insetos é abundante em espécies ou linhagens ainda não descritas; iii) o conhecimento desta microbiota poderá fornecer ferramentas para obtenção de combustíveis e outros produtos com valor agregado a partir da biomassa lignocelulósica; o objetivo deste trabalho foi isolar e identificar leveduras, associadas ao conteúdo intestinal do besouro Veturius transversus (Passalidae, Coleoptera, Insecta, Artrhopoda, Metazoa), hábeis em metabolizar hidrolisado hemicelulósico de bagaço de cana-de-açúcar (HACA), investigando a seguir a capacidade destas em produzir xilitol neste substrato. Por fim, um dos isolados foi selecionado para caracterização do seu crescimento quando cultivado em HACA. Inicialmente, o processo de hidrólise do bagaço foi analisado quanto à obtenção de açúcar redutor total e D-xilose. A seguir, as leveduras foram isoladas e identificadas segundo o perfil bioquímico e sequências de nucleotídeos de genes ribossomais (ITS). Todos os isolados foram submetidos a teste de produção de etanol e xilitol e, por fim, o isolado VT01 teve seu crescimento em HACA caracterizado. O protocolo de hidrólise de bagaço empregado conduziu, em média, a obtenção de 60,59 g/L de açúcar redutor total, sendo a maior parte deste (71,13%) D-xilose. Um total de 20 colônias de leveduras foram isoladas, distribuídas em 11 perfis bioquímicos e três clados distintos. Exceto os isolados VT12 e VT13 (Geotrichum sp.), todos foram hábeis em produzir xilitol. O cultivo de Geotrichum sp. (isolado VT01) indicou a habilidade deste em produzir xilitol com rendimento médio de 45,37%, sendo ainda hábil em consumir inibidores do crescimento microbiano gerados durante o processo de hidrólise, a saber, hidroximetil-furfural (83,47%), ácido acético (78,88%) e, principalmente, furfural (98,78%). Face aos resultados, se conclui que: i) os isolados apresentam variedade fisiológica, havendo indivíduos da mesma espécie com perfis bioquímicos divergentes; ii) Geotrichum sp. (VT01) é o isolado com maior potencial para produção de xilitol, apresentando maior tolerância aos inibidores do crescimento microbiano; iii) o consumo de furfural por Geotrichum sp. (VT01) ocorre em co-metabolismo com glicose, sendo que este inibidor não é utilizado como fonte de carbono para produção de biomassa.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-02T14:09:59Z No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T12:59:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T13:04:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T13:04:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) Previous issue date: 2015-06-11 / Não informada / The Amazon and Orinoco rivers have the greatest diversity of fish fauna of the planet, which is estimated between 1300 - 3000 species. Much of this diversity is shared between them, but to respect there are no solid studies to support the spatial boundaries, time nor the mode of interaction of the ichthyofauna between the two river systems, preventing lay the scientific justification for its correct use for fishing and prioritization of conservation areas. In order to know the evolutionary history and current and historical population relationship between the shared fish fauna for the basins, in addition to the spatial configuration of its conservation units, a phylogeographic and population genomic/genetic approach was performed using eight species of highly exploited fish as model: Five migratory species (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) and three sedentary species (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi, Pterophyllum altum). For that, the study was conducted in four stages, two for create some genomics tools for the analysis, and two in which was applied genetic and/or genomic tools to answer the initial population questions. First, it was standardized and characterized a methodology for genomic libraries construction for SNPs discovery and de novo genotyping in non-model species. Second, in order to verify the reproducibility and efficiency of the method in sequence tags discovery, genotyping, and utility for SNPs primer design, was used individuals of B. rousseauxii and C. macropomum as model. Third, mtDNA (Cytochrome oxidase I and Region control) and nuDNA (Glycosyltransferase and 6 alpha heavy chain of cardiac myosin) sequences were used to population genetic and phylogeographic analyzes in order to test the hypothesis of current and historical connectivity between basins. Fourth, the conservation units were defined (Evolutionary Significantly Units - ESUs, Adaptive Units - AUs and Management Units - MUs) including new evidence as multilocus analysis (Species trees), ecological data (pH and pluviosity) and genomic data. As a result, we obtained a compatible and efficient method for sequence reads production in IonTorrent PGM. The method was effective for tags discovery (18772-22476), de novo SNPs genotyping (268-398 SNPs) and for primer design in flanking regions of SNPs (23-39 SNPs). Population analysis showed a strong structure for all species between basins, but not within theme (except for sedentary fish). Of the eight species studied, only P. orinocoense/P. punctifer showed evidence of recent gene flow between basins, through the Casiquiare. Nevertheless, for all species, the nuDNA showed strong biological groups sharing between basins, suggesting that the divergence between these is recent. Coalescent analysis showed that only N. unifasciatus populations of Orinoco and Amazon diverged in the Pliocene, while the rest of the species diverged in the Pleistocene. In any case, there was not concordance with the vicariance hypothesis between basins generated by the Vaupés Arch in the Middle Miocene. The genetic, genomic and ecological evidence permitted to determine ESUs and MUs, but not AUs to any species. In most migratory fishes, the basins constituted a single ESU with independents MUs (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), but only to B. rousseauxii and P. brachypomus each basin were independents ESUs. For sedentary fish, was observed a greater number of ESUs compared with migratory fishes, wherein at least one of these units is shared between basins, while others were exclusives. This study demonstrates that the basins of the Orinoco and Amazon possessed a historical connectivity until the very recent past, and even today keeps this connection condition for part of their fish fauna. / Os rios Amazonas e Orinoco possuem a maior diversidade de ictiofauna do planeta, a qual é estimada entre 1300 - 3000 espécies de peixes. Grande parte desta diversidade é compartilhada entre elas, mas à respeito não existem estudos robustos que sustentem os limites espaciais, temporais e nem o modo de interação desta ictiofauna entre os dois sistemas fluviais, impedindo assim definir as bases científicas que permitam orientar políticas para seu correto uso pesqueiro e priorização de áreas de conservação. Com o objetivo de conhecer a história evolutiva e relações populacionais atuais e históricas entre a ictiofauna compartilhada para as bacias, bem como a configuração espacial das suas unidades de conservação, foi realizada uma abordagem filogeográfica e genômico/genético-populacional utilizando oito espécies de peixes altamente explorados como modelo: cinco migradores (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) e três sedentários (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi e Pterophyllum altum). Para tanto, o estudo foi realizado em quatro etapas, duas de criação de algumas ferramentas genômicas para as análises, e duas de aplicação de ferramentas genéticas e/ou genômicas para responder as perguntas iniciais. Primeiro, foi padronizada e caracterizada uma metodologia para o desenvolvimento de bibliotecas genômicas para a descoberta e genotipagem de novo de SNPs em espécies não-modelo. Segundo, para verificar a reprodutibilidade e eficiência do método na descoberta de tags de sequência, genotipagem de novo e desenho de primers em regiões flanqueadoras de SNPs, foi aplicado dito método utilizando como modelo às espécies B. rousseauxii e C. macropomum. Terceiro, foram utilizadas sequências de ADNmt (Citocromo oxidase I e Região controle) e ADNnu (Glycosiltransferase e Cadeia pesada 6 alfa da miosina do músculo cardíaco) para análises genético-populacionais e filogeográficos com o objetivo de testar a hipótese de conectividade atual e histórica entre bacias. Quarto, foram delimitadas as unidades de conservação (Unidades Evolutivas Significantes - ESUs, Unidades Adaptativas - AUs e Unidades de Manejo - MUs) incluindo novas evidências como análises multilocus (Species trees), dados ecológicos (pH e pluviosidade) e dados genômicos. Como resultado, obteve-se um método de desenvolvimento totalmente compatível e eficiente na produção de leituras em IonTorrent PGM. O método demonstrou eficácia na descoberta de tags de sequência (18772 – 22476), genotipagem de novo (268 – 398 SNPs) e desenho de primers em regiões flanqueadoras de SNPs (23 – 39 SNPs). As análises populacionais mostraram uma forte estrutura para todas as espécies entre bacias, mas não dentro destas (exceto para os peixes sedentários). Das oito espécies avaliadas, apenas P. orinocoense/P. punctifer apresentou evidências de fluxo gênico recente entre bacias, sendo através do Casiquiare. Apesar disso, para todas as espécies, o ADNnu mostrou um forte compartilhamento de grupos biológicos entre bacias, sugerindo que a divergência entre estas é recente. As análises de coalescência mostraram que apenas as populações de N. unifasciatus do Orinoco e Amazonas divergiram no Plioceno, enquanto que o resto das espécies divergiu no Pleistoceno. Em qualquer caso, não coincidindo com a hipótese de vicariância entre bacias, gerada pelo Arco do Vaupés no Médio Mioceno. As evidências genéticas, genômicas e ecológicas permitiram delimitar ESUs e MUs, mas não AUs para nenhuma espécie. Na maior parte dos migradores as bacias constituíram uma única ESU com MUs independentes (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), mas só para B. rousseauxii e P. brachypomus cada bacia constituiu uma ESU independente. Para os peixes sedentários foi observado um maior número de ESUs comparado com os migradores, sendo que pelo menos uma destas unidades foi compartilhada entre bacias, enquanto que outras foram exclusivas. Este estudo demonstra que as bacias do Orinoco e Amazonas possuíram uma conectividade histórica até um passado muito recente, ao ponto de hoje se manter esta condição de conexão para parte da sua ictiofauna.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-22T13:39:54Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - André de Lima Guerra Corado.pdf: 3389619 bytes, checksum: fcb500ead3af3056d3f59d1d03bfe2c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-22T13:40:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - André de Lima Guerra Corado.pdf: 3389619 bytes, checksum: fcb500ead3af3056d3f59d1d03bfe2c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-22T13:40:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - André de Lima Guerra Corado.pdf: 3389619 bytes, checksum: fcb500ead3af3056d3f59d1d03bfe2c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-22T13:40:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - André de Lima Guerra Corado.pdf: 3389619 bytes, checksum: fcb500ead3af3056d3f59d1d03bfe2c7 (MD5) Previous issue date: 2014-09-23 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The study of genetic diversity and detection of mutations to antiretroviral therapy is crucial for epidemiological surveillance of HIV-1, because it can provide information about the viral biology, guiding policies for prevention and treatment. From 2007 to 2012, Roraima ranks among the top five states with the highest incidence rates, from 2008 to 2010 occupied the second position. Likewise, the capital of Boa Vista in 2007 until 2011 also ranks among the five capitals with highest incidence rate. Data related to HIV-1 genotyping or related data on resistance mutations in the state are of fundamental importance to understand the local epidemic. In this context, this work has identified circulating HIV-1 subtypes; evaluated primary and secondary resistance in patients with HIV and described the frequency of the CCR5 gene polymorphism (rs333) in patients treated at the Central Laboratory of the State of Roraima / HIV Lab. A total of 121 samples were collected and regions of the proviral DNA of RT / PR, integrase and envelope genes were amplified and subjected to nucleotide sequencing. Human genomic DNA was only amplified and compared by electrophoresis. Demographic data were analyzed using descriptive statistics, while the genetic data were evaluated by several bioinformatics tools for analyzing: resistance, genotyping, phylogenetic reconstruction and viral tropism. A frequency of 9.17% for the human CCR5 genotype / CCR5Δ32 and 90.83% in relation to CCR5 / CCR5 was observed. With respect to the viral subtype, the highest prevalence was found for subtype B (Integrase) and Pol gene, followed by subtype F1 and recombinant forms of B / F (Integrase) and B / D (Pol). Only one case of primary resistance was detected (7.69%), however, in patients receiving therapy this number achieved 30,7%. Phylogenetic analysis showed that the Roraima's samples grouped into different clades with Uruguayan, Brazilian, Venezuelan and Guyanese samples, which probably reflects distinct events of viral entry. Around 25% of X4 samples were found, which affects the possibility of administering the fusion Maraviroc inhibitors for these patients. We believe that the data obtained in this study will contribute to a better understanding of the HIV / AIDS epidemiology of in the state of Roraima. Besides the scientific return, we believe that the results will indirectly contribute to improving patient care in this population / O estudo da diversidade genética e da presença de mutações de resistências aos antirretrovirais é de fundamental importância para a vigilância epidemiológica do HIV-1, pois pode fornecer informações sobre a biologia do vírus e orientar as políticas de prevenção e tratamento. De 2007 a 2012, dentre todos os estados da federação, Roraima figura entre os cinco primeiros estados com as maiores taxas de incidências, sendo que de 2008 a 2010 ocupou a segunda posição. Da mesma maneira, a capital Boa Vista de 2007 até 2011 também se posiciona entre as cinco capitais com maior taxa de incidência. Dados relacionados a genotipagem do HIV-1 circulante ou dados relacionados sobre mutações de resistência no estado são de fundamental importância para compreender a epidemia local. Nesse contexto, este trabalho identificou os subtipos do HIV-1 circulante, avaliou a resistência primária e secundária nos pacientes portadores de HIV e descreveu a frequência do polimorfismo rs333 no gene CCR5, em pacientes atendidos no Laboratório Central do Estado de Roraima/Laboratório de HIV. Para isso foram coletadas 121 amostras e as regiões do DNA proviral da RT/PR, Integrase e Envelope foram amplificadas e submetidas ao sequeciamento nucleotídico. O DNA genômico humano foi apenas amplificado e comparado por eletroforese. Os dados demográficos foram analisados por estatística descritiva, enquanto que os dados genéticos foram avaliados por diversas ferramentas de bioinformática para análise de resistência, genotigem, reconstrução filogenética e tropismo viral. Foi observada uma freqüência de 9,17% para o genótipo humano CCR5/CCR5Δ32 e 90,83% em relação ao CCR5/CCR5. Com relação ao subtipo viral, a maior prevalência encontrada foi para o subtipo B (Integrase) e gene Pol, seguido do subtipo F1 e de formas recombinantes B/F (Integrase) e B/D ( Pol). Somente um caso de resistência primária foi detectado (7,69%), no entanto em pacientes em tratamento esse número atingiu 30,7% . A análise filogenética mostrou que as amostras de Roraima se agrupam em diferentes clados com amostras brasileiras, venezuelanas, uruguaias e guianenses, o que provalvelmente reflete eventos distintos de introdução viral. Foram encontradas 25% de amostras com tropismo X4, o que afeta a possibilidade de administração do inibidor de fusão Maroviroque em parte dos pacientes avaliados. Acreditamos que os dados obtidos no presente estudo contribuirão para um melhor entendimento da epidemiologia do HIV/AIDS no estado de Roraima. Além do retorno científico, acreditamos que os resultados contribuirão indiretamente para a melhoria do atendimento desta população de pacientes.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-10T20:02:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Iury Valente Debien.pdf: 1501772 bytes, checksum: d5a887cf6677085e583ca52ae3c9605e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-10T20:02:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Iury Valente Debien.pdf: 1501772 bytes, checksum: d5a887cf6677085e583ca52ae3c9605e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-10T20:02:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Iury Valente Debien.pdf: 1501772 bytes, checksum: d5a887cf6677085e583ca52ae3c9605e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T18:33:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Iury Valente Debien.pdf: 1501772 bytes, checksum: d5a887cf6677085e583ca52ae3c9605e (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study aimed to do an inventory and evaluate the influence of environmental factors (depth of leaf litter, altitude, slope, distance from the nearest water body and number of fallen trees) and the distance between sampling units on the Squamata reptiles community at the Amanã Sustainable Development Reserve (Amanã SDR). The study area is located in the State of Amazonas, Brazil, in the interfluve of the Negro and Solimões rivers and is composed of a mosaic of várzea (white-water flooded) forests and terra firme (non-flooded) forests. The data was collected in rainy and non-rainy periods, between October 2013 and February 2014. The species were captured using active search in 40 plots (20 in várzea and 20 in terra firme) of 250 meters long and 5 meters width and passively by sets of pitfall traps installed in each plot. The species composition was summarized by NMDS ordination axes and Redundancy Analysis (RDA) were performed in order to evaluate models of spatial and environmental variables on species composition. Variance partitioning analyses was used to evaluate the fraction of the variance explained by each component. The species composition was significantly different between the two forest types, with low similarity between the environments. The várzea was characterized by a smaller number of species, nonetheless with a greater total abundance of individuals; while at the terra firme have a greater number of species, but in a smaller abundance. The significant environmental variables were altitude, depth of leaf litter and slope. The variance partitioning analyses revealed that 5% of the community structure was explained by environmental variables, 7% by the geographical distances between the areas and 18% by the environmental and spatial component jointly. The great difference in composition between environments could be caused by direct or indirect influence to the recurrent flood pulse in the várzea environment, which selects species able to survive in these conditions. The moist of leaf litter layer may be influencing the community in the várzea during the dry season, even that these species are not specialist of this habitat. The effects of the altitude and slope on the community could be related to their role in determining the influence of severe floods at lower altitudes, consequently influencing on forest formation. The mosaic of these environments, illustrated by high species dissimilarity between the forests types (beta diversity), has a direct contribution to the diversity of the Amanã RDS region. / O estudo teve como objetivos i) realizar o levantamento de espécies de répteis Squamata e ii) avaliar a influência de fatores ambientais (profundidade de serapilheira, altitude, inclinação do terreno, distância do corpo hídrico mais próximo e número de árvores caídas) e da distância geográfica entre as unidades amostrais na estruturação da comunidade de Squamata na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Amanã. A área de estudo está localizada no estado do Amazonas-Brasil, no interflúvio entre os rios Negro e Solimões e é composta de um mosaico de florestas de várzea e de terra firme. As amostragens foram realizadas em período chuvoso e não chuvoso, na estação seca, entre outubro de 2013 e fevereiro de 2014. Os répteis Squamata foram capturados por busca ativa em 40 parcelas (20 em várzea e 20 em terra firme) de 250 metros de comprimento por 5 m de largura e, passivamente, por conjuntos de armadilhas de interceptação e queda instalados em cada parcela. A composição de espécies foi resumida por eixos de ordenação NMDS. Para avaliar os modelos de variáveis espaciais e ambientais sobre a composição de espécies, foram realizadas Análises de Redundância (RDA). Para visualizar quanto da variação foi explicada pelos componentes do modelo foi realizada uma partição da variância. As composições de Squamata entre as fitofisionomias foram bem distintas, com baixa similaridade entre os ambientes. A várzea foi caracterizada por um menor número de espécies, mais com uma abundância total de indivíduos maior, enquanto que na terra firme, houve um número superior de espécies, mas essas com poucos indivíduos. As variáveis ambientais significativas foram altitude, profundidade de serapilheira e inclinação do terreno. A partição da variância revelou que 5% da estruturação da comunidade foi explicada pelas variáveis ambientais, 7% pelas distâncias geográficas entre as áreas e 18% por ambas conjuntamente. As maiores diferenças encontradas nas composições entre os ambientes estão ligadas diretamente ou indiretamente ao pulso de inundação recorrente em ambiente de várzea, que seleciona espécies capazes de sobreviver nessas condições. A camada úmida da serapilheira pode estar influenciando a comunidade em ambiente de várzea durante o período da seca, mesmo que as espécies nesse ambiente não sejam, em sua maioria, especialistas neste habitat. A altitude e inclinação parecem responder melhor pela influência das alagações severas nas formações florestais em altitudes menores. O mosaico desses ambientes, ilustrado por uma alta dissimilaridade de espécies entre tipos de floresta (diversidade beta), tem uma contribuição direta para a diversidade da região da RDS Amanã

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-16T15:57:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-16T15:57:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-16T15:58:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-16T17:34:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) Previous issue date: 2009-03-04 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Amazon is characterized primarily by having two major ecosystems, the flooding and no flooding, which is covering the land where it is anthropogenic archaeological sites caused by human action from pre-Columbian peoples of Amazon, rich in organic matter with high nutrient content, which provides a favorable habitat for microbial community can or can’t shows vast diversity of microbial populations in natural environments and until this moment was not disclosure and make use of sequences of 16S rRNA gene directly from the environment has be possible to estimate this diversity. Facing this, the objective of this study was to construct four libraries 16S rRNA from soils Anthropogenic Dark Earth (TPBact e TPArch) and adjacente soil (TABact e TAArch), to compare biodiversity of Bacteria Domain and Archaea Domain between these two environments. Were selected 960 clones to Bacteria Domain and 672 clones to Archaea Domain and were compared using databases of Genbank (NCI-USA) and RDP-II program. Data analyses indicated prodominace of microoganims unknown from 38% among the sequences from TPBact, 58% from TABact, and 52% from TPArch and 49% from TAArch. The phylum founded for libraries to Domain Bacteria was: Acidobacteria (20% TPBact and 33 11% TABact); Nitrospira (8% TPBact and 1% TABact); Firmicutes (7% TPBact and 3% TABact); Actinobacteria and Alphaproteobacteria (5% TPBact and 4% TABact); Proteobacteria (5% TPBact and 2% TABact); Sphigobacteria (2% TPBact and 5% TABact) and 4% Gammaproteobacteria in both libraries. For Archeae Domain were found just two phylum, Crenarcheota (40% TPArch and 46% TAArch) e Euryarcheota (8% TPArch and 5% TAArch). Overall values obtaind from Simpson and shannon indexes for library Bacteria Domain of Dark Earth and Mulata showed greater diversity in this soil, while it doesn’t occur to Archaea libraries, perhaps because they are poorly described in literature. This study aimed to contribute with knowledge about variety of Bacteria Domain, with great diversity of Filos and Archaea Domain, a group still needs to be further studied, mainly in Amazonian soil, with its ecological significance and biotechnological / A Amazônia caracteriza-se por apresentar dois ecossistemas principais, os inundáveis e os não-inundáveis, sendo que este engloba a terra firme onde encontra-se os sítios arqueológicos antropogênicos originados pela ação humana de povos pré-colombianos da Amazônia. Este solo é rico em matéria orgânica e com alto teor de nutrientes, o que proporciona um habitat favorável a comunidade microbiana, podendo ou nao demonstrar uma imensa diversidade microbiana em ambientes naturais que ainda encontra-se por ser desvendada, e a utilização de seqüências do gene 16S rRNA diretamente nestes ambientes tem tornado possível estimar essa diversidade. Diante disto, o objetivo deste trabalho foi construir quatro bibliotecas 16S rRNA de solos de Terra Preta de Índio (TPBact e TPArch) e Adjacente (TABact e TAArch), visando comparar a biodiversidade do Domínio Bacteria e do Domínio Archaea entre estes dois tipos de solos. Foram selecionados 960 clones para o Domínio Bacteria e 672 clones para o Domínio Archaea e foram comparados usando os bancos de dados do NCBI (BLAST) e RDP-II. Os resultados mostraram o predomínio de microrganismos desconhecidos e ou não-cultivados representando 38% em TPBact, 58% em TABact, 52% em TPArch e 49% em TAArch. Os Filos encontrados para as bibliotecas do Domínio Bacteria foram: Acidobacteria (20% em TPBact e 11% TABact); Nitrospira (8% TPBact e 1% 32 em TABact); Firmicutes (7% TPBact e 3% TABact); Actinobacteria e Alphaproteobacteria (5% TPBact e 4% TABact); Proteobacteria (5% TPBact e 2% TABact); Sphigobacteria (2% TPBact e 5% TABact) e por fim, 4% de Gammaproteobacteria em ambas as bibliotecas. Para o Domínio Archaea foram encontrados apenas dois Filos, Crenarcheota (40% TPArch e 46% TAArch) e Euryarcheota (8% TPArch e 5% TAArch). De um modo geral, os valores obtidos pelos índices de Simpson e Shannon para a biblioteca do Domínio Bacteria de Terra Preta e Mulata, nos mostraram uma maior diversidade netes solos, enquanto isso não ocorre para as bibliotecas de Archaea, talvez porque estas últimas sejam pouco descritas na literatura. Este trabalho visou contribuir com o conhecimento sobre a diversidade do Domínio Bacteria, com sua grande diversidade de Filos, e do Domínio Archaea, um grupo que ainda precisa ser mais estudado, principalmente nos solos amazônicos, com sua importância ecológica e biotecnológica

Submitted by Allison Andrade (allisonandrade.13@hotmail.com) on 2016-03-21T14:49:59Z No. of bitstreams: 1 NÃO AUTORIZADO (Dissertação - Yury Oliveira Chaves).pdf: 2946397 bytes, checksum: 617c45e456c2a50064426a77318221ef (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-21T15:47:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 NÃO AUTORIZADO (Dissertação - Yury Oliveira Chaves).pdf: 2946397 bytes, checksum: 617c45e456c2a50064426a77318221ef (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-21T15:49:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 NÃO AUTORIZADO (Dissertação - Yury Oliveira Chaves).pdf: 2946397 bytes, checksum: 617c45e456c2a50064426a77318221ef (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-21T15:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NÃO AUTORIZADO (Dissertação - Yury Oliveira Chaves).pdf: 2946397 bytes, checksum: 617c45e456c2a50064426a77318221ef (MD5) Previous issue date: 2013-08-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The innate immune response in the acute phase of malaria results in an immune state that is profoundly altered can protect the host against a grave form of disease. The aim of this study was to evaluate the dynamics of cellular subpopulations of T lymphocytes (CD3+CD4+ e CD3+CD8+), B lymphocytes (CD5+CD19+ e CD5-CD19+) , NK (CD3+CD16+CD56+ e CD16+CD56+) and regulatory T cells ((CD4+CD25+FoxP3+) in patients infected with Plasmodium vivax according to exposure criteria provided malaria and hemoglobin and platelets. During May and November (2012) Peripheral blood samples from patients infected exclusively by P. vivax with uncomplicated malaria were separated into: Group 1 (Primo-infected), Group 2 (Last infection <7 months) and Group 3 (Last infection over 1 year). Mixed infections and co-infections with dengue were excluded by PCR. The expression of adhesion molecules (CD31 and CD54) molecule and memory (CD45RO) and cytokines IL-2, IL-4, IL-6, IL-10, IL-17, TNF-α and IFN-Ɣ, were analyzed by Flow Cytometry. Hematological data showed that patients with vivax malaria had decreased percentages of lymphocytes (p <0.0001) compared to controls. Of the seventy-one patients, 36 were Primo infected; 16 had malaria <7 months and 19 for 1 more year. We observed significant differences in immunophenotyping in relation to the malaria patients recent (<7 months) relative to other features. These patients showed decreased amount of B1 lymphocytes (p=0.042) and T-CD8-CD69 (p=0.027). Was also noted Thrombocytopenia in patients infected with cousin directly proportional correlation with the subpopulations of activated CD4 and CD8 expression and PECAM-1 in CD8 T-lymphocytes. Marked differences in cytokine profile could be observed with cytokines TNF-α compared with IL-10 and IL-6 and the reduction in the number of some lymphocyte subpopulations in patients whose last malaria occurred <7 months. These results would indicate immunocompensation of the immune response against severe disease in these individuals with recent history malaria, and the state is not immune from the Primo-infected patients could contribute to the change in platelet count behaving as a risk factor for the development of thrombocytopenia in malaria. / A resposta imune inata na fase aguda da malária resulta em um estado imunológico que é profundamente alterado podendo proteger o hospedeiro contra uma forma grave da doença. O objetivo deste estudo foi avaliar a dinâmica celular das subpopulações de Linfócitos T (CD3+CD4+ e CD3+CD8+), Linfócitos B (CD5+CD19+ e CD5-CD19+) , NK (CD3+CD16+CD56+ e CD16+CD56+) e células T reguladoras (CD4+CD25+FoxP3+) em pacientes infectados pelo Plasmodium vivax segundo critérios de exposição previa de malária e níveis de hemoglobina e plaqueta. Durante maio e novembro (2012), amostras de sangue periférico de pacientes infectados exclusivamente pelo P. vivax com malária não complicada foram separadas em: Grupo 1 (Primo-infectado); Grupo 2 (Última infecção < 7 meses) e Grupo 3 (Última infecção mais de 7 meses). Infecções mistas e co-infecções com dengue foram excluídas por PCR. A expressão moléculas de Adesão (CD31 e CD54) e molécula de memória (CD45RO e as citocinas IL-2, IL-4, IL-6, IL-10, IL-17, TNF-α e IFN-Ɣ, foram analisadas por Citometria de Fluxo. Os dados hematológicos mostraram que os pacientes com malária vivax apresentaram diminuídas as porcentagens de linfócitos (p <0.0001) em relação aos controles. Dos setenta e um pacientes, 36 foram Primo infectado; 16 tiveram malária < 7 meses e 19 há mais 1 ano. Foi observado diferenças significativas nas imunofenotipagens em relação ao aos pacientes com malária Recente (< 7 meses) em relação aos outros históricos. Esses pacientes apresentaram diminuídas quantidade de Linfócitos B1 (p=0.042) e T-CD8-CD69 (p=0.027).Foi também observada a Plaquetopenia acentuada nos pacientes primo infectados com correlação diretamente proporcional com as subpopulações de CD4 e CD8 ativados e expressão PECAM-1 em linfócitos T-CD8. Diferenças acentuadas no perfil de citocinas puderam de ser observadas com as citocinas TNF-α em relação com IL-10 e IL-6 e a redução no numero de algumas subpopulações linfocitárias nos pacientes cuja ultima malária ocorreu < 7 meses Estes resultados seriam indicativos de imunocompensação da resposta imune contra formas graves da doença nestes indivíduos com historia recente de malária, e o estado não imune de pacientes do Primo infectadopoderia contribuir para a alteração da contagem de plaquetas comportando-se como um fator de risco para o desenvolvimento de Plaquetopenia na malária.

Submitted by Allison Andrade (allisonandrade.13@hotmail.com) on 2016-03-21T14:35:46Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Suellen Cristina Barbosa Nunes.pdf: 1512344 bytes, checksum: 9b95573f007457d2ef442b115deb5952 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-14T19:19:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Suellen Cristina Barbosa Nunes.pdf: 1512344 bytes, checksum: 9b95573f007457d2ef442b115deb5952 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-14T19:22:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Suellen Cristina Barbosa Nunes.pdf: 1512344 bytes, checksum: 9b95573f007457d2ef442b115deb5952 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-14T19:22:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Suellen Cristina Barbosa Nunes.pdf: 1512344 bytes, checksum: 9b95573f007457d2ef442b115deb5952 (MD5) Previous issue date: 2014-02-14 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Pediculosis is caused by Pediculus capitis, presenting worldwide. The objectives were: To verify and associates the prevalence on frequenting beauty salons in Manaus-AM with gender, ethnicity, age, hair styles, location os salons; To measure the repellent and fumigant activity of hair dyes and tints repelling products against P. capitis. The method used for the epidemiological study was collecting hair and fill form with data: ethniciity, age, gender and hair styles. The analysis of the samples was performed with magnifying glass and microscope, being positive the samples with stages if P. Capitis. The tests were in triplicate, with 4 hours of full observation. The repellent test consisted of dividing a circle of 12 cm diameter Whatman paper in the inner zone (A) and external (B). The product was sprayed on (A). Then, three lice were placed in (A) and the percentage repellence was evaluated by counting the number of lice (B). To the fumigant test was used a system containing a larger petri dish, a cover slip with 100 ul of dye and tint and another smaller plate. Three lice were placed on the lower plate on Whatman paper and the largest plate was closed and rated the percentage mortality. The clear dye, hydrogen peroxide 30 volumes and clear emulsion showed 100% repellency. The other substances ranged 77-100% efficiency. In fumigant test, hydrogen peroxide 30 volumes showed 44% of deaths, other substances obtained 11-22%. According to the results, the hydrogen peroxide 20 and 30 volumes, dye and emulsion clear for the control of lice repellent action. Of the 1860 samples were infested 53 (2.84%). The prevalence was higher in females (3.01%). The elderly had a higher prevalence (4.76%). No blacks were more prevalent (3.48%). Most infested hair was long length (3.36%), curly type (3.65%), color gray (4.44%), high density (3.02%) and gross thickness (3.02%). The highest prevalence was observed in the beauty salons of the south-central area (3.50%). These data indicate the need for implementation of control programs of pediculosis. The method of analysis of hair is an efficient tool to indicate the prevalence of pediculosis in adults and elderly. / A pediculose da cabeça é causada por Pediculus capitis, apresentando distribuição mundial. Os objetivos foram: verificar e associar a prevalência da pediculose em frequentadores de salões de beleza de Manaus-AM com o sexo, etnia, idade, características dos cabelos, localização dos salões; avaliar a atividade repelente e fumigante de tinturas e tonalizantes de cabelos contra P. capitis. O método utilizado para o estudo epidemiológico foi coleta de cabelos e preenchimento de ficha com dados: etnia, idade, sexo e características dos cabelos. A análise das amostras foi realizada com lupa e microscópio, sendo positivas as amostras com estágios de P. capitis. Os testes foram em triplicata, com observação total de 4h. O teste repelente consistiu em dividir um círculo com 12cm diâmetro de papel Whatman em zona interna (A) e externa (B). O produto foi borrifado em (A). Em seguida, três piolhos foram colocados em (A) e foi avaliada a repelência percentual contando o número de piolhos em (B). Para o teste fumigante foi utilizado um sistema contendo uma placa de Petri maior, uma lamínula com 100μl de tinturas e tonalizantes e outra placa menor. Três piolhos foram colocados na placa menor, sobre papel Whatman e a placa maior foi fechada e avaliada a mortalidade percentual. A tintura clara, água oxigenada 30 volumes e emulsão clara apresentaram 100% de repelência. As demais substâncias variaram de 77 a 100% de eficiência. No teste fumigante, a água oxigenada 30 volumes apresentou 44% de mortes, as demais substâncias obtiveram de 11 a 22%. De acordo com os resultados, a água oxigenada (20 e 30 volumes), a tintura e tonalizante claros possuem ação repelente. Das 1860 amostras, 53 estavam infestadas (2,84%). A prevalência foi maior no sexo feminino (3,01%). Os idosos apresentaram maior prevalência (4,76%). Indivíduos não negros foram mais prevalentes (3,48%). Os cabelos mais infestados foram de comprimento longo (3,36%), tipo crespo (3,65%), cor grisalho (4,44%), densidade alta (3,02%) e espessura grossa (3,02%). A maior prevalência foi observada nos salões da zona centro-sul (3,50%). Tais dados indicaram a necessidade da implementação de programas de controle da pediculose. O método de análise dos cabelos é uma eficiente ferramenta para indicar a prevalência da pediculose em adultos e idosos.

Submitted by Allison Andrade (allisonandrade.13@hotmail.com) on 2016-03-21T15:05:46Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Allyson Guimarães da Costa.pdf: 5856281 bytes, checksum: 0f49f9274b69e90a05dc60b3e1aa9719 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-14T19:29:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Allyson Guimarães da Costa.pdf: 5856281 bytes, checksum: 0f49f9274b69e90a05dc60b3e1aa9719 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-04-14T19:33:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Allyson Guimarães da Costa.pdf: 5856281 bytes, checksum: 0f49f9274b69e90a05dc60b3e1aa9719 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-14T19:33:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Allyson Guimarães da Costa.pdf: 5856281 bytes, checksum: 0f49f9274b69e90a05dc60b3e1aa9719 (MD5) Previous issue date: 2013-04-26 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Introduction: Malaria is caused by protozoa, genus Plasmodium, with immunopathogenesis differentiated, related to biological factors to the parasite and the host. According to WHO, there are about 300 to 500 million new cases and one million deaths per year. The pathogenic process initiates by sporozoite inoculation by the vector in the subcutaneous tissues releases merozoites into the circulation forms. Several defense mechanisms are associated with the inflammatory process and the individual's resistance to the pathogen. Objectives: The aim of this study is to evaluate the cellular immune response and determine the frequency of allelic polymorphism of Toll-Like Receptor-4 in patients with malaria, the city of Coari-AM. Material and Methods: For this study, samples were collected from 77 patients infected with P. vivax and 58 samples from uninfected individuals. Immunophenotyping was performed by flow cytometry and levels of cytokines by ELISA and CBA. The determination of the allele frequencies of the polymorphisms of TLR-4 was obtained by PCR-RFLP. Statistical analyzes were performed with the GraphPad Prism 5.0. Results: The results revealed leukopenia and thrombocytopenia, significant increase in the percentage of monocytes, CD4 + T cells and T regulatory cells, and an increase in IL-5, IL-6, IL-8, IL-10 and IFN-y in malaria patients compared with controls. Regarding the Thr399Ile polymorphisms Asp299Gly and TLR-4 was observed in heterozygous frequency of 10% and 5% in malaria patients, respectively. Conclusion: Our data suggest that exist a exacerbation of immune response profile with proand anti-inflammatory cytokines acting without direct influence of polymorphisms in the immunopathogenesis of the disease. / Introdução: A malária é causada pelo protozoário do gênero Plasmodium, com imunopatogênese diferenciada, relacionado aos fatores biológicos do parasita e do hospedeiro. De acordo com a OMS, ocorrem cerca de 300 a 500 milhões de novos casos e um milhão de mortes por ano. O processo patogênico é iniciado com a inoculação dos esporozoítos pelo vetor nos tecidos subcutâneos e a liberação das formas merozoítas na circulação. Vários mecanismos de defesa são associados e resultam no processo inflamatório e de resistência do indivíduo ao patógeno. Objetivos: O presente estudo tem como objetivo avaliar a resposta imune celular e determinar a frequência alélica do polimorfismo dos receptores do tipo Toll-4 em indivíduos com malária, da cidade de Coari-AM. Material e Métodos: Para este estudo foram coletadas amostras de 77 pacientes infectados com P. vivax e 58 amostras de indivíduos não infectados. A imunofenotipagem foi realizada pela técnica de citometria de fluxo e as dosagens de citocinas por ELISA e CBA. A determinação das frequências alélicas dos polimorfismos do TLR-4 foi obtida por PCR-RFLP. As análises estatísticas foram realizadas com o programa GraphPad Prism 5.0. Resultados: Os resultados revelaram que os pacientes apresentaram quadros de leucopenia e trombocitopenia, aumento significativo no percentual de monócitos, linfócitos T CD4+ e células T regulatórias, além do aumento nas citocinas IL-5, IL-6, IL-8, IL-10 e IFN-y nos pacientes com malária em comparação com os controles. Em relação aos polimorfismos Asp299Gly e Thr399Ile do TLR-4, foi observada frequência em heterozigose de 10% e 5% nos pacientes com malária, respectivamente. Conclusão: Em conclusão, nossos dados sugerem processo de exacerbação da resposta imune, com perfil próe anti-inflamatório atuante, sem influência direta dos polimorfismos na imunopatogênese da doença.