Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-06-03Bitstream added on 2014-06-13T18:35:00Z : No. of bitstreams: 1 bonini_m_me_botfca.pdf: 503952 bytes, checksum: 1553a755d247df6ec4852dd6104b7a70 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Empresa Privada / O presente trabalho teve por objetivo avaliar a produção e a sensibilidade de 48 isolados de Xanthomonas axonopodis pv. citri e de 14 isolados de Xanthomonas spp. à bacteriocinas. Estudos foram realizados para verificar o efeito da temperatura, tempo de incubação e do tipo do meio de cultura sobre a produção de bacteriocina por isolados de X. axonopodis pv. citri. Todos isolados de X. axonopodis pv. citri não foram sensíveis às bacteriocinas produzidas por eles, não sendo essas afetadas pelo meio BDA, nutriente ágar + NaCl e YPDA, nos diferentes tempos e temperaturas de incubação. Porém, isolados de X. axonopodis pv. passiflorae foram sensíveis às bacteriocinas produzidas por 25 isolados de avaliados e o isolado de X. campestri pv. campestris e o de X. axonopodis pv. manihotis apresentaram sensibilidade variável. Dos 25 isolados de X. axonopodis pv. citri apenas cinco não foram inibidos pelas bacteriocinas produzidas por dois isolados de X. axonopodis pv. passiflorae. As bacteriocinas produzidas pelos isolados de X. axonopodis pv. citri (FDC-806) e de X. axonopodis pv. passiflorae (Mar 2850-A) foram termolábeis e resistentes à lisozima e sensíveis a DNAse. A bacteriocina produzida pelo isolado de X. axonopodis pv. passiflorae foi resistente à ação de proteinase K, tripsina e RNAse enquanto que a produzida pelo isolado de X. axonopodis pv. citri foi sensível a essas enzimas. / The objective of this work was to evaluate the production and sensitivity of 48 Xanthomonas axonopodis pv. citri strains and 14 Xanthomonas spp. strains to bacteriocins. A number of studies were carried out to verify the effect of temperature, incubation time, and type of culture medium on bacteriocine yield by X. axonopodis pv. citri strains. None of the X. axonopodis pv. citri strains were sensitive to the bacteriocins produced by themselves, and were not affected by the PDA, nutrient agar + NaCl, and YPDA media, at the different incubation times and temperatures studied. However, X. axonopodis pv. passiflorae and strains were sensitive to the bacteriocins produced by the 25 Xac strains evaluated, while a X. campestri pv. campestris and X. axonopodis pv. manihotis strains showed variable sensitivity. Of the 25 X. axonopodis pv. citri strains, only five were not inhibited by the bacteriocins produced by the two X. axonopodis pv. passiflorae strains. The bacteriocins produced by X. axonopodis pv. citri (FDC-806) and X. axonopodis pv. passiflorae (Mar 2850-A) were thermolabile and resistant to lysozyme and sensitive to DNAse. The bacteriocin produced by the X. axonopodis pv. passiflorae was resistant to the action of proteinase K, trypsin and RNAse, while the bacteriocin produced by the X. axonopodis pv. citri isolate was sensitive to those enzymes.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-13Bitstream added on 2014-06-13T20:04:34Z : No. of bitstreams: 1 jaciani_fj_dr_jabo.pdf: 1617312 bytes, checksum: 98bec775500aab00ebca7cf99caade23 (MD5) / Um dos objetivos do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de isolados brasileiros de X. citri subsp. citri (Xcc) com base em genes efetores do Sistema de Secreção Tipo III (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). Um total de 49 haplótipos foi identificado entre os 157 isolados analisados por “Southern blot”, e o maior polimorfismo genético observado nas análises com a sonda PthA4. Esses efetores estão amplamente distribuídos na população do patógeno e podem ser úteis para uma melhor compreensão da interação patógeno-hospedeiro. Outro objetivo desse trabalho foi a caracterização patogênica e genética de isolados de X. fuscans subsp. aurantifolii tipos B e C (Xfa-B e Xfa-C). Observou-se pequena agressividade dos isolados de Xfa-B e grande variação na patogenicidade de Xfa-C. Os isolados de Xfa-C produtores de pigmento escuro em meio de cultura foram menos agressivos que os isolados não produtores. Alguns isolados de Xfa-C foram patogênicos também a limões, limas ácidas, citrumelo ‘Swingle’ e tangerinas. Os isolados de Xfa-B e Xfa-C foram diferenciados pelas técnicas de AFLP, BOX e ERIC-PCR, com relativa diversidade entre isolados do mesmo patótipo, e análises da sequência do gene gyrB revelaram alta similaridade desses isolados com espécies de Xanthomonas patogênicas a outros hospedeiros (X. fuscans subsp. fuscans e X. axonopodis pvs. anacardii, dieffenbachiae, rhynchosiae, sesbaniae e vignicola). No presente estudo também foi descrito o primeiro relato de X. alfalfae (Xa) no Brasil. Os isolados investigados demonstraram limitada patogenicidade e agruparam-se geneticamente com X. alfalfae subsps. alfalfae e citrumelonis e X. axonopodis pvs. allii, cassiae, desmodii, patelii e ricini / In the present study, as one of the objectives, is showed the genetic diversity of Brazilian strains of X. citri subsp. citri (Xcc) based on effector genes of the Type III Secretion System (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). A total of 49 haplotypes were identified from 157 Xcc strains by Southern blot analysis using the cited genes as DNA probes. The highest polymorphism was observed with the PthA4. Those bacterium genes are extensively present in the Xcc population and can be used to a better comprehension of the Xcc-plant interaction. As a second objective, we present the genetic and pathogenic characterization of X. fuscans subsp. aurantifolii types B and C strains (Xfa-B e Xfa-C). In the pathogenic testes carried out Xfa-B presented a very limited pathogenicity, weaker than Xfa-C. Strains of this last pathotype presented a relatively high degree of pathogenicity variation, and those Xfa-C strains producers of dark pigment on culture medium were less pathogen than those not producers. Also some Xfa-C strains are pathogens to limes, lemons, Swingle citrumelo, and mandarins. Strains of Xfa-B and C were clearly differentiated by the molecular techniques AFLP, BOX and ERIC-PCR. Sequences of the gyrB gene revealed a high similarity of Xfa strains and other pathovars of Xanthomonas not pathogens of citrus. Finally, we presented the first detection of X. alfalfa (Xa) in Brazil, detected on a single Swingle citrumelo tree in São Paulo state. The Brazilian Xa strains showed a very limited pathogenicty, similar of a X. alfalfa subsp. citrumelonis

Resumo: A citricultura vem sendo constantemente ameaçada pela bactéria gram negativa Xanthomonas axonopodis pv. Gitri (Xac-A) , causadora do cancro cítrico. Esta bactéria, quando em contato com uma planta hospedeira, lesiona folhas, frutos e ramos. Por outro lado, quando este patógeno infecta uma planta não-hospedeira provoca uma reação necrótica no sítio de infecção (reação de hipersensibilidade). Os diversos mecanismos de defesa da planta ao ataque do patógeno, incluem aqueles mediados por genes codificadores da produção de ácido salicílico, ácido jasmônico, fitoalexinas, proteínas PR, dentre outros. Neste trabalho investigou-se a expressão dos genes codificadores de Fenilalanina amônia liase (FAL), Aleno oxido sintase (AOS), Chalcona sintase (CHS) e J3-1,3-glucanase (PR-2) na interação Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii C (Xaa-C)::Citrus (resposta de resistência) e o comportamento dos mesmos na interação Xac-A::Citrus (cancro cítrico). Folhas de laranjeira (Citrus sinensis) inoculadas com suspensões bacterianas (Xac-A ou Xaa-C) foram coletadas em diferentes tempos de infecção. A expressão dos genes foi analisada por Northern blot com a ajuda de sondas específicas de C. sinensis obtidas via amplificação por PCR, com a utilização de oligonucleotídeos específicos dos genes em questão e DNA genômico de folhas de laranjeira. Os genes fal, aos, chs e pr-2 foram expressos mais intensamente na interação Xaa-C:Citrus onde uma reação de resistência não-hospedeira é capaz de evitar o desenvolvimento de sintomas de cancro, quando comparados com a interação Xac-A:Citrus que leva ao cancro cítrico. / Abstract: The production of citrus fruits has being constantly threatened by the gram negative bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac-A) , the citrus canker disease agent. This bacterium, when in contact with host plants, induce canker lesions on leaves, fruits and branches. On the other hand, when this pathogen infects a non-host plant a necrotic reaction is induced at the infection site as a hypersensitive-like reaction. Plant defense mechanisms to pathogen attack include induction of genes coding to salicylic acid, jasmonic acid, phytoalexines and PR proteins. The expression of resistance related genes phenylalanine ammonia Iyase (PAL), aliene oxide syntase (AOS), chalcone syntase (CHS) and 13-1,3-glucanase (PR-2) were investigated on the Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii C (Xaa-C)::Citrus sinensis interaction (resistance response) or on Xanthomonas axonopodis pv. citri estirpe A (Xac-A)::Citrus sinensis (citric canker) interaction. Orange leaves inoculated with bacterial suspensions (Xac-A or Xaa-C) were collected at different moments during infection. Resistance related gene expression was analyzed by Northern blot with the aid of citrus probes obtained by PCR amplification using specific oligonucleotides and orange leaves genomic DNA. The resistance related genes paI, aos, chs and pr-2 have shown a more intense expression on the (Xaa-C)::Citrus interaction which induce non-host resistance response, when compared to the citrus canker Xac-A::Citrus inducing interaction. / Orientador: Julio Cezar Franco de Oliveira / Coorientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Mestre

Resumo: A bactéria fitopatogênica Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, responsável por perdas significativas na citricultura nacional e mundial. Com a finalidade de se obter um primeiro mapa proteômico de referência da Xac, as bactérias foram cultivadas em dois meios não indutores de virulência (meios CN e TS8), e as proteínas foram digeridas com tripsina e analisadas pela tecnologia de MudPIT (Tecnologia de Identificação Multidimensional de Proteínas). Trinta e nove por cento de todas as proteínas preditas pelo genoma da Xac foram identificadas através de seus peptídeos, e estão distribuídas em todas as categorias funcionais. Além disso, 25% das proteínas designadas como hipotéticas conservadas do genoma foram identificadas. Outro objetivo deste trabalho foi analisar o perfil de expressão protéico durante a patogênese decorrente do contato Xac::citros. Para isso, Xac em condição infectante foi cultivada em meio indutor de virulência XAM1 por 24 h, ou recuperadas de folhas de laranjeiras inoculadas após 3 ou 5 dias de infecção, tendo como referência a Xac cultivada em meio CN. A tecnologia 20 + MS detectou 228 proteínas diferencialmente expressas em condição infectante, e a tecnologia MudPIT identificou 1.679 proteínas de Xac. Um total de 57 proteínas diferenciais [17 (20 + MS) + 40 (MudPIT)] associadas à patogenicidade e virulência, na interação Xac::citros são discutidas neste trabalho, destacando-se proteínas do Sistema de Secreção Tipo 111 (SSTT), 11 (SSTO) e IV (SSTO), efetoras do SSTT, proteínas relacionadas a estresse, goma xantana, carência nutricional, entre outras. / Abstract: The phytopathogenic bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker disease, which responds for important losses in national and worldwide citriculture. In arder to obtain the first proteomic reference map of Xac, the bacterium was grown on two non-inductive media for bacterial virulence (CN and TSB media) and proteins were proteolysed with trypsin and analyzed by MudPIT technology (Multidimensional Protein Identification Technology). Thirty nine per cent of ali predicted proteins from Xac genome were identified with their component peptides as belonging to ali functional categories. Besides, 25% of proteins described as conserved hypothetical in Xac's genome were identified. Another aim of this study was to analyze the proteome profile during Xac::citrus pathogenesis. For this reason, infecting Xac was grown in XAM1 virulence inductive medium for 24 h, or recovered from infected citrus leaves at 3 or 5 days of infection, taking Xac grown on CN medium as reference. The 20 + MS technology has detected 228 differentially expressed proteins in infecting conditional, and MudPIT technology identified 1679 Xac proteins. A total of 57 differential proteins [17 (20 + MS) + 40 (MudPIT)] related to pathogenicity and virulence during Xac::citrus interaction are discussed in this study, emphasizing proteins of type 111 (SSTT), 11 (SSTO) and IV (SSTQ) secretion system, effectors of SSTT, proteins related to stress, xanthan gum, starvation, among others. / Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Julio Cezar Franco de Oliveira / Banca: Haroldo Alves Pereira Júnior / Banca: Márcia Regina Soares da Silva / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: João Martins Pizauro Júnior / Doutor

Resumo: O cancro cítrico é uma doença de importância mundial para o cultivo de laranjas e seu agente causador é a bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri. Embora todos os genes presentes nessa bactéria já tenham sido sequenciados, grande parte destas sequências não apresenta qualquer informação experimental sobre a contribuição para o sucesso da instalação do patógeno na planta hospedeira. Por outro lado, torna-se cada vez mais evidente que várias bactérias fitopatogênicas utilizam mecanismos de adaptação de origem genética que podem induzir efeitos fisiológicos na planta e adequar o ambiente de tal forma que permita a ocorrência da doença. Dentre estes mecanismos, está a possibilidade da bactéria produzir substâncias que se assemelhem a hormônios vegetais, como a auxina (AIA). O objetivo deste trabalho foi desenvolver metodologia genômica de busca para investigar se há genes que codificam para a produção de compostos iguais ou semelhantes a este hormônio em X. axonopodis pv. citri e se a sua participação no processo de patogênese é fundamental para o sucesso da infecção. Para tal, foi produzida coleção de mutantes genéticos funcionais aleatoriamente em X. axonopodis pv. citri, com posterior submissão desta mesma coleção a teste de produção de auxina utilizando o reagente Salkowski. Após produção e análise de grupo de mutantes dirigidos e coleção de aproximadamente 14200 mutantes aleatórios não foi detectada linhagem defectiva para a produção de AIA ou composto semelhante. Os resultados obtidos neste estudo, no entanto, mostram que a biossíntese do composto em X. axonopodis pv. citri é dependente do triptofano e que existe uma concentração ótima deste aminoácido a ser adicionado no meio de cultura para que a bactéria realize a biossíntese. Este é o primeiro estudo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The citrus canker is a disease of global significance for the cultivation of oranges and its causative agent is the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri. Although all the genes present in this bacterium have been sequenced, most of these sequences have no experimental information regarding the contribution to the successful installation of the pathogen on the host plant. On the other hand, it has been clearly demonstrated that several pathogenic bacteria use adaptative mechanisms that can induce physiological effects in plants and adjust the environment in a way that allows the occurrence of the disease. Among these mechanisms there is the possibility the bacteria produce substances that are similar to plant hormones such as auxin (IAA). The objective of this study was to develop a screening methodology to investigate the presence of genes that code for a compound identical or similar to auxins in X. axonopodis pv. citri as well as if it plays a role during the pathogenesis process. The main goal of this study was to produce a collection of random and directed genetic mutant strains of X. axonopodis pv. citri for the screening of auxin production by using the Salkowski reagent. After production and analysis of the group of mutants, including a collection of approximately 14,200 random mutant strains, defective production of IAA or similar compound was not detected. On the other hand, the results of this study show that such compound mimics effects of hormonal properties in X. axonopodis pv. citri and is dependent of tryptophan. In addition, it is shown that there is an optimum concentration of this amino acid to be added in the culture medium for the bacteria to carry out biosynthesis. To our knowledge, this is the first study to investigate systematically the production of auxin-like compounds in Xanthomonas axonopodis pv. citri. / Orientador: Alexandre Morais do Amaral / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Nelson Wulff / Banca: Dario Abel Palmieri / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-22Bitstream added on 2014-06-13T18:53:21Z : No. of bitstreams: 1 sumares_jap_me_arafcf.pdf: 902012 bytes, checksum: 885db9e62dd6f2315568900f3dbc8407 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O cancro cítrico asiático, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das doenças mais importantes dos Citrus e de ocorrência mundial. Esta doença constitui um grande risco para a citricultura brasileira uma vez que os sintomas podem diminuir o valor de mercado das frutas, e, por vezes, até impedir a sua comercialização. Neste trabalho determinamos a influência da temperatura no crescimento e fisiologia de Xac, com especial atenção à temperatura da morte bacteriana e sua influência sobre a competência infecciosa da bactéria. Descobrimos que a taxa de crescimento de Xac é de forma geral influenciada por altas temperaturas. Notamos uma diminuição do crescimento quando bactérias foram submetidas a temperaturas superiores àquela considerada ótima para cultivo controlado (30 ºC). Bactérias expostas a temperaturas de até 37 ºC foram perfeitamente competentes para infectar o hospedeiro citros, além de recobrarem perfil de crescimento padrão quando retornadas a temperatura de 30 ºC. Tratamentos com temperaturas superiores a 40 ºC promovem alterações fisiológicas irreversíveis e acima de 42 ºC não foi possível resgatar células capazes de induzir sintomas de cancro cítrico, sendo, pois, designadas temperatura de morte. Temperaturas diferentes de 30 ºC promoveram aumento de tamanho celular, sugestivo de perturbação de processos essenciais de replicação/segregação cromossômica e/ou divisão celular. Para investigar a influência do tratamento térmico em tais processos, submetemos linhagens de Xac com marcação para centrômero e septo bacterianos a tratamentos com diferentes temperaturas, seguindo-se avaliação por microscopia de fluorescência. Tratamento... / Asiatic citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is one of the most important Citrus diseases and occurs worldwide. This disease poses a major risk to the Brazilian citrus industry since the symptoms may decrease the market value of the fruit, and restrict its commercialization. In this work we have determined the influence of temperature on growth and physiology of Xac, with special attention to the temperature of bacterial death and its influence on the bacterial infectious competence. We have found that the growth rate of Xac was generally affected by high temperatures. We have noticed a decrease of bacterial growth when exposed to temperatures higher than that considered optimal for controlled cultivation (30 ºC). Bacteria exposed to temperatures up to 37 ºC were fully competent to infect the citrus host, and regain ability to grow when temperature was returned to 30 ºC. Treatments at temperatures above 40 ºC promote irreversible physiological chances. Above 42 ºC it has not been possible to recover viable cells that could produce symptoms of citrus canker, and therefore, it was designated death temperature. Temperatures different from 30 ºC caused an increase in cell size, suggesting disturbance on essential biological processes, as chromosomal replication/segregation and/or cell division. To investigate the influence of heat treatment in such processes, we have submitted mutant Xac strains, marked for bacterial centromere and septum, to treatments at different temperatures, followed by fluorescence microscopy analysis. Treatment at 37 ° C for 6 hours did not affect... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-23Bitstream added on 2014-06-13T20:54:11Z : No. of bitstreams: 1 jacob_tr_me_jabo.pdf: 729486 bytes, checksum: 4304febd044d7016287bf88e804083f7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A citricultura é uma atividade agro-industrial de suma importância para o Estado de São Paulo e para o Brasil. Com uma área plantada em torno de aproximadamente 1 milhão de hectares o país mantém a posição de maior produtor mundial de citros. Desse total, 77% encontram-se localizados na região Sudeste. O sistema citrícola representa 4,47% das exportações de produtos do agronegócio nacional, sendo que o suco de laranja concentrado representa 72% do valor dessas exportações. Entretanto, todo este potencial econômico vem sendo prejudicado por várias doenças dentre elas uma denominada Cancro Cítrico, a qual é causada por um fitopatógeno bacteriano denominado Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). Com o objetivo de analisar os feitos da interação entre essa bactéria e seu hospedeiro natural, utilizou-se a técnica de Análise da Transcrição Reversa em Tempo Real (qRT-PCR) para quantificar a expressão dos genes que compõem o SSTT, SSTQ, algumas ORFs hipotéticas e as quatro cópias do gene pthA. Para tanto, realizou-se um estudo prévio com 10 genes candidatos visando identificar os mais adequados para serem usados como genes de referência no processo de normalização de dados em experimentos dessa natureza. O experimento contou com quatro replicatas biológicas e duas replicatas técnicas. Com base nos resultados, verificou-se que os genes rpoB e rpoC parecem ser os mais indicados para a normalização de dados em experimentos de expressão gênica por qRT-PCR que envolvam analises intergrupos. A maioria dos genes que compõem o SSTT se mostraram induzidos quando a bactéria esteve em contato com seu hospedeiro, com destaque para os genes hrpXct e hrpB4, o que sugere que este sistema tenha um importante papel na patogenicidade dessa bactéria. Por outro lado, os resultados e o estudo da expressão gênica evidenciaram que... / The citrus is an agro-industrial activity of great importance for the State of São Paulo and Brazil. With a planted area around 1 million hectares the country maintains its position of world's leading producer of citrus. Of these, 77% are located in the Southeast. The citrus system represents 4.47% of national agribusiness exportation, being the orange juice concentrate responsible for 72% of the value of these exports. However, all this economic potential is being hampered by diseases among them one called citrus canker, which is caused by a phytopathogenic bacterium known as Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). With the aim of analyzing the achievements of the interaction between this bacterium and its natural host, we used the technique of Real- Time Reverse Transcription Analysis (qRT-PCR) to quantify the expression of genes that comprise the SSTT, SSTQ, some hypothetical ORFs and the four copies of the gene pthA. Thus, a preliminary study with 10 candidate genes were conducted to identify the most suitable ones for use as reference in the process of data standardization in such experiments. The experiment had four biological replicates and two technical replicates. Based on the results, it was found that the rpoB and rpoC genes seem to be the most suitable for the standardization of data in experiments of gene expression by qRT-PCR analysis involving intergroup. Most of the genes that comprise the SSTT was induced when the bacterium was in contact with its host, with emphasis on the genes... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-15Bitstream added on 2014-06-13T19:33:26Z : No. of bitstreams: 1 dallacqua_fc_me_jabo.pdf: 321125 bytes, checksum: 095ba41139dc507b26139c5c4897dd6c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As bactérias pertencentes ao gênero Xanthomonas constituem um dos grupos de fitopatógenos mais importantes na natureza, com capacidade de infectar aproximadamente 120 tipos diferentes de plantas monocotiledôneas e 270 dicotiledôneas. A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças dos citros. Restrita à Flórida, a mancha bacteriana dos citros, causada por Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), afeta principalmente o citrumelo ‘Swingle’. A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) é o agente causal das cancroses B e C, encontradas apenas na América do Sul. As técnicas mais utilizadas na diferenciação e caracterização dos patógenos bacterianos, hibridização DNA-DNA (DDH) e sequenciamento da região do DNA que codifica o RNA ribossomal 16S (rRNA 16S), são onerosas, trabalhosas, lentas e de resultados restritos, não permitindo a comparação dos resultados obtidos entre diferentes estudos laboratoriais. Por isso, a técnica de análise de sequências multilocus (MLSA), considerada rápida, barata e confiável, tem sido recomendada para a caracterização e delimitação de espécies de patógenos bacterianos, tais como as do gênero Xanthomonas, permitindo o estabelecimento das relações filogenéticas por meio de genes housekeeping. Portanto, o objetivo do trabalho foi caracterizar os isolados de Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C e Xacm) por meio da técnica MLSA. Foram utilizados 27 isolados de Xanthomonas patogênicas a citros, sendo quatro de X. citri subsp. citri (Xcc), três de X. fuscans subsp. aurantifolli B (Xfa-B), dezenove de X. fuscans subsp. aurantifolli C (Xfa-C) e um de X. alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm). Os genes atpD, dnaK e fusA foram utilizados como genes housekeeping e para a reação da PCR... / Bacteria belonging to the genus Xanthomonas are one of the main groups of phytopathogens in nature, capable to infecting about 120 different monocots and 270 dicots plants. Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of bacterial citrus canker, one of the major diseases of citrus. Restricted to Florida, citrus bacterial spot, caused by Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), affects mainly citrumelo 'Swingle'. Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) is the causal agent of canker B and C, found only in South America. The most widely used techniques for the differentiation and characterization of bacterial pathogens, DNA-DNA hybridization (DDH) and analysis of DNA sequences coding for small subunit ribosomal RNAs (16S rRNA), are costly, cumbersome, slow and give limited results, do not allowing the interlaboratorial comparisons of the results. Therefore, the technique of multilocus sequence analysis (MLSA), which is considered fast, cheap and reliable, has been recommended for characterization and delineation of species of bacterial pathogens, such as the genus Xanthomonas, allowing the establishment of phylogenetic relationships between them through housekeeping genes. Therefore, the objective of this study was to characterize strains of Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C and Xacm) using the MLSA technique. We used 27 strains of Xanthomonas pathogenic to citrus, being four Xcc, three Xfa-B, 19 Xfa- C and one Xacm. The PCR reaction was performed using the specific primers to amplify the atpD, dnaK and fusA genes. PCR products were purified, sequenced and the sequences were analyzed using the software CodenCode Aligner version 3.7.1. Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood based on the model of Tamura-Nei and using the software MEGA 5. Analyses ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-01-30Bitstream added on 2014-06-13T18:54:10Z : No. of bitstreams: 1 vantini_js_me_jabo_prot.pdf: 1997059 bytes, checksum: d7a4eb83f1290513e650d32a88072bd9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A citricultura vem sendo constantemente ameaçada pela bactéria gram negativa Xanthomonas axonopodis pv. Gitri (Xac-A) , causadora do cancro cítrico. Esta bactéria, quando em contato com uma planta hospedeira, lesiona folhas, frutos e ramos. Por outro lado, quando este patógeno infecta uma planta não-hospedeira provoca uma reação necrótica no sítio de infecção (reação de hipersensibilidade). Os diversos mecanismos de defesa da planta ao ataque do patógeno, incluem aqueles mediados por genes codificadores da produção de ácido salicílico, ácido jasmônico, fitoalexinas, proteínas PR, dentre outros. Neste trabalho investigou-se a expressão dos genes codificadores de Fenilalanina amônia liase (FAL), Aleno oxido sintase (AOS), Chalcona sintase (CHS) e J3-1,3-glucanase (PR-2) na interação Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii C (Xaa-C) / The production of citrus fruits has being constantly threatened by the gram negative bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac-A) , the citrus canker disease agent. This bacterium, when in contact with host plants, induce canker lesions on leaves, fruits and branches. On the other hand, when this pathogen infects a non-host plant a necrotic reaction is induced at the infection site as a hypersensitive-like reaction. Plant defense mechanisms to pathogen attack include induction of genes coding to salicylic acid, jasmonic acid, phytoalexines and PR proteins. The expression of resistance related genes phenylalanine ammonia Iyase (PAL), aliene oxide syntase (AOS), chalcone syntase (CHS) and 13-1,3-glucanase (PR-2) were investigated on the Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii C (Xaa-C)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:02:43Z : No. of bitstreams: 1 facincani_ap_dr_jabo.pdf: 858313 bytes, checksum: ed1c0a29bbfb5d008f9e8ca583e52cf0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria fitopatogênica Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, responsável por perdas significativas na citricultura nacional e mundial. Com a finalidade de se obter um primeiro mapa proteômico de referência da Xac, as bactérias foram cultivadas em dois meios não indutores de virulência (meios CN e TS8), e as proteínas foram digeridas com tripsina e analisadas pela tecnologia de MudPIT (Tecnologia de Identificação Multidimensional de Proteínas). Trinta e nove por cento de todas as proteínas preditas pelo genoma da Xac foram identificadas através de seus peptídeos, e estão distribuídas em todas as categorias funcionais. Além disso, 25% das proteínas designadas como hipotéticas conservadas do genoma foram identificadas. Outro objetivo deste trabalho foi analisar o perfil de expressão protéico durante a patogênese decorrente do contato Xac / The phytopathogenic bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker disease, which responds for important losses in national and worldwide citriculture. In arder to obtain the first proteomic reference map of Xac, the bacterium was grown on two non-inductive media for bacterial virulence (CN and TSB media) and proteins were proteolysed with trypsin and analyzed by MudPIT technology (Multidimensional Protein Identification Technology). Thirty nine per cent of ali predicted proteins from Xac genome were identified with their component peptides as belonging to ali functional categories. Besides, 25% of proteins described as conserved hypothetical in Xac's genome were identified. Another aim of this study was to analyze the proteome profile during Xac