El presente estudio se inicia con una revisión teórica de la síntesis del (n6- C6H5CH3)Cr(CO)3 y su reactividad frente a carbonilazidas orgánicas, como C6H5-C(O)-N3. Posteriormente se desarrolla la sección experimental que trata, en su primera parte, sobre la síntesis de (n6-C6H5CH3)Cr(CO)3. Se encontró una ruta para obtener a (n6-C6H5CH3)Cr(CO)3 la cual consistió en hacer reaccionar a Cr(CO)6 en tolueno por un lapso de 12 horas. También se puede llevar a cabo la reacción utilizando una mezcla de solventes que incluya suficiente THF para recuperar el Cr(CO)6 que sublima y queda depositado en las paredes del refrigerante; sin embargo, el tiempo necesario para este tipo de reacciones es muy largo (de 48 a 72 horas) debido al bajo punto de ebullición del THF. La segunda parte se refiere a la síntesis de C6H5-C(O)-N3. La ruta empleada desde aproximadamente 1940 es la reacción de C6H5-C(O)-Cl con NaN3 durante una hora. El producto se obtiene como un polvo blanco, con un rendimiento del 82%. En la tercera parte se estudia la reactividad de (n6-C6H5CH3)Cr(CO)3 frente a un precursor de nitrenos, como lo es C6H5-C(O)-N3. La reacción se llevó a cabo en tres diferentes solventes (tolueno, acetonitrilo y dioxano). / Tesis

El proyecto se enfoca a los turistas que busquen disfrutar los beneficios curativos y de relajación del agua termal, el complejo cuenta también con espacios accesibles a la población, dando un adecuando y equitativo aprovechamiento al preciado recurso termal. El proyecto brinda espacios de relajación, sanación y descanso, a través de un planteamiento fiel en su forma y concepción a la arquitectura cajamarquina ancestral; y acorde en su función y bondades con los conceptos y estándares de la cultura termal de primer nivel. Se realizó un profundo análisis de los antecedentes y evolución de la cultura y arquitectura termal a través del tiempo. Se investigó la integración de la medicina convencional y la medicina alternativa y cómo la arquitectura al estar inmersa en la naturaleza, influyen en recuperación y sensación del bienestar del usuario. Para determinar el mejor emplazamiento del proyecto se estudió y comparó las regiones del país que poseen aguas termales. Además, se analizó proyectos que brindan los servicios similares a fosforecidos en el complejo a nivel nacional, en Cuzco y Arequipa, y a nivel internacionales, en Sudamérica y Europa. Se estudió también la arquitectura ancestral de la ciudad, centro histórico, y la campiña, vivienda popular, en la provincia de Cajamarca. Cabe destacar (i) los conceptos y recorridos termales materializados en una secuencia de espacios planteados en el sector termal (ii) los conceptos extraídos del “Healing environment” planteados en los ambientes de relajación y descanso; y (iii) los conceptos extraídos del análisis de “Vivienda popular en Cajamarca” – Arq. Jorge Burga, utilizados como lineamientos para definir la toma de partido y plástica arquitectónica del proyecto. Además, se otorgó protagonismo también a la naturaleza debido a que el proyecto está localizado en un entorno de riqueza natural que se encuentra en peligro por el crecimiento urbano desmedido. / The project focuses on tourists seeking to enjoy the curative and relaxation benefits of thermal baths, the project also has open spaces that are accessible to the locals, giving an appropriate and equal use to the precious thermal resource. The project provides spaces for relaxation, body-healing, and rest, through a faithful approach in its form and conception of ancestral Cajamarca architecture; and according to its function and benefits with the concepts and values of the thermal culture first culture. An in-depth analysis of the background and evolution of thermal culture and architecture over time was carried out during the design process of the project. We investigated the integration of conventional medicine and alternative medicine and how the architecture that is immersed in nature, influences on the recovery and wellness of the user. In order to determine the best location of the project, the regions of the country that possessed thermal baths were studied and compared. Furthermore, we analyzed projects that provide similar services at the national level, in Cuzco and Arequipa, and at international level, in South America and Europe. We also studied the ancestral architecture of the city, of historic center, and of the countryside and the architecture of the popular housing in the province of Cajamarca. It is important to emphasize (i) the concepts and thermal baths materialized in a sequence of spaces proposed in the thermal sector (ii) the concepts taken from the studies of the "Healing environment" proposed in the relaxation and rest environments; and (iii) the concepts taken from the analysis of the book “Vivienda Popular en Cajamarca" - Arq. Jorge Burga, we are used as principles to define the form of the architectonic project. Furthermore, nature becomes a main factor of the design due to the project is in an environment of natural wealth that is endangered by excessive urban growth. / Tesis

« En la actualidad el Perú, está creciendo gracias a que existen diferentes actividades económicas que dan paso a este crecimiento, una de estas actividades es el turismo. A lo largo de los últimos años nuestro país ha ido creciendo en lo que respecta a esta actividad, creando infraestructura necesaria, pero al ser un país en desarrollo aún falta. El objetivo de este proyecto es brindar una infraestructura de calidad a uno de los lugares turísticos, más visitados de nuestro país, fomentando el ecoturismo, con nuevas formas de construcción, preocupándose por causar el menor impacto ambiental, usando materiales naturales, energías renovables, etc. Asimismo, debe ser respetuoso con el entorno y promover el cuidado y protección de los atractivos turísticos que existen en el lugar, es por esta razón que el proyecto, además de ser para el turista, también está pensado para servir como lugar de capacitación e información para la comunidad de Máncora. Todo esto engloba realizar una arquitectura de calidad, que resuelva correctamente con las necesidades que ser requieren y que armonice con el entorno. » / « Peru is currently growing due to different economic activities that are helping this growth, one and the most important one is the tourism. Peru has grow tremendously in the last years due to their necessity to support tourism; however, Peru is a country currently developing which means we still need support for Peru's infrastructure. The main goal of this project is to provide quality infrastructure to one of the most visited place in the country by promoting the eco toursim, with different forms of construction always preserving the environment, using natural resources, reusable energy, etc. Moreover, we will be respectful with the places surrounding and protect the tourist attractions around it, for this reason, is that my project is not only focused on the tourist itself but also to be used as a source of information and learning center for the community of Mancora. All of the mention above, will be assess with quality architecture, which will bring positive solutions and will harmonize the environment ». / Tesis

Memoria para optar al título de Químico / Se describe un sencillo método de aminación reductiva, basado en la reacción de Leuckart. Este método permite no sólo la reducción del óxido de grafito, sino que también da lugar a grafeno funcionalizado con grupos amina, donde el grado de aminación es de 3.2% en peso, según análisis mediante XPS. El grupo funcional nitrogenado dominante es la amina primaria, pero también se observaron grupos tipo pirrólico y lactama. Se encontró que el grafeno funcionalizado con amina es un material semimetálico debido a la carencia de brecha de bandas, a diferencia del óxido de grafito que presenta una brecha de banda de 2.16 eV. Es sabido que los compuestos grafíticos mejoran las propiedades eléctricas y mecánicas de nanocompósitos con respecto a la matriz polimérica en su estado puro. En este estudio se utiliza el óxido de grafeno reducido y aminado químicamente como refuerzo en nanocompósitos a base de caucho natural, donde se obtienen nanocompósitos de NR/rGO-Am con conductividades eléctricas de hasta 1.5 S/m, muy superior al NR (10-11 S/m) / A very simple method of reductive amination, based on the Leuckart reaction, is reported. This method enables not only the reduction of graphite oxide, but also results in functionalized graphene with amine groups, where the amination degree is 3.2 at.% As determined by XPS. The dominant nitrogen functional group was primary amine, but pyrrolic and lactam-type groups were also observed. It was found that the amine-functionalized graphene is a semimetallic material because of the lack of band gap, unlike the graphite oxide that presented a band gap of 2.16 eV. It is known that the using of graphitic materials improves the electrical and mechanical properties of nanocomposites respect to the polymer matrix in its pure state. In this study, reduced and aminated graphene oxide by chemical reaction is used as reinforcement in natural rubber based nanocomposites, where NR / rGO-Am nanocomposites are obtained with electrical conductivities of up to 1.5 S / m, much higher than NR (10-11 S / m) / FONDECYT 1131139

Doctor en Química / Se estudiaron complejos macrocíclicos con ligandos [2+2] derivados de 2-hidroxi-5-metil- 1,3-benzenodicarbaldehido y di-aminas alifáticas y aromáticas, y con distintos centros metálicos, CuII, ZnII, EuIII, DyIII e YbIII. Estos complejos fueron intercalados en la fase MnPS3 y sus compositos fueron caracterizados por métodos espectroscópicos y magnéticos. Los estudios ópticos se centraron en espectroscopia UV-visible de absorción y emisión. Los complejos de ZnII con aminas aromáticas presentan un mayor rendimiento cuántico que los complejos con aminas alifáticas, con la banda de emisión a mayores longitudes de onda que las de complejos con aminas alifáticas. Por otra parte, los centros de CuII reducen la emisión, a diferencia de los centros de ZnII. Para los complejos con iones de metales de transición la emisión observada corresponde a una emisión intraligando. Para los complejos con iones lantánidos y macrociclos derivados de aminas alifáticas es posible observar la emisión del ion metálico; no así para el complejo macrocíclico, derivado de la 1,2-fenilendiamina, cuya emisión es mas intensa y solapa la del ion lantánido. La energía del borde de absorción de los espectros de reflectancia difusa de los compositos intercalados con complejos macrocíclicos de iones de metales de transición presenta una relación inversa con la cantidad de complejo intercalado. En cuanto a las propiedades magnéticas, se logró determinar a través de susceptibilidad dc que los compositos derivados de complejos con centros paramagnéticos de CuII presentan dos máximos de magnetización espontánea en 13 y 27 K, a diferencia de los compositos derivados de complejos con centros diamagnéticos de ZnII, los cuales presentan un máximo asimétrico cerca de los 30 K. Los datos de susceptibilidad ac permitieron asignar estos resultados a fenómenos de “spin canting” en las fases. Además, se prepararon, por una reacción asistida por microondas, fases bimetálicas M0,2Mn0,8PS3∙0,25H2O (M = ZnII y CuII), donde se destaca la primera fase bimetálica de la familia MPS3 que contiene centros de CuII / Complexes with [2+2] macrocyclic ligands, derived from 2-hydroxy-5-methyl-1,3- benzenedicarbaldehyde and aliphatic or aromatic amines, and different metallic centers, CuII, ZnII, EuIII, DyIII and YbIII have been studied. These complexes were intercalated in the MnPS3 phase, and their composites were characterized by spectroscopic and magnetic methods. The optical studies were centered on UV-visible absorption and emission spectroscopy. The ZnII complexes with aromatic amines have a higher quantum yield and their emission band is at higher wavelengths than for the ones derived from aliphatic amines. On the other hand, CuII centers reduce the emission of the complexes, in contrast to those with ZnII centers. In both cases the origin of the emission is intraligand. The solid state spectra of the complexes with lanthanide ions and macrocyclic ligands, derived from aliphatic amines, show the lanthanide center emission. In the complexes derived from aromatic amine the emission of the ligand is so intense that it superimposes over the lanthanide ion emission. The energy of the absorption edge in the diffuse reflectance spectra of the intercalated composites with the complexes of the studied transition metal ions shows an inverse relationship with the amount of intercalated complex. For the CuII derived composites the magnetic properties obtained from the dc susceptibility data, show two maxima of magnetization at 11 and 27K. In contrast, the ZnII derived composites present only one asymmetric maximum at 30 K. The ac susceptibility data allow to infer that these results correspond to a spin canting phenomenon. In addition, M0.2Mn0.8PS3∙0.25H2O (M = ZnII y CuII) bimetallic phases were obtained by a microwave assisted reaction. It is important to remark that the first CuII bimetallic phase of the MPS3 family was obtained by this method / Conicyt, Fondecyt, CEDENNA

Tesis para optar al Grado de Doctor en Bioquímica / El denominado divisoma bacteriano es un complejo multiproteíco que consta de, al menos, 12 proteínas esenciales, las cuales se reclutan de forma secuencial e interdependiente para llevar a cabo el proceso de segregación de los cromosomas, citoquinesis y separación de las células hijas. La temporalidad y secuencialidad en la formación del divisoma se ha estudiado extensamente y se ha descrito que ocurre en dos etapas. Primero ocurre la polimerización de FtsZ para formar el anillo Z, el que se estabiliza y ancla a la membrana mediante FtsA y ZipA, esta es la fase temprana y da origen al proto anillo. La fase tardía consiste en el reclutamiento del resto de las proteínas (FtsEX > FtsK > FtsQLB > FtsW > FtsI > FtsN) por el proto anillo, el cual actúa como andamio de toda la maquinaria. Una vez que este complejo multi proteico esta ensamblado, comienza el proceso de división bacteriana. Para comprender a cabalidad este complejo, es necesario conocer las interacciones existentes entre sus componentes. Al recopilar la información publicada sobre estas interacciones, nos damos cuenta que su descripción ha sido, principalmente, de forma cualitativa mediante técnicas genéticas y algunas bioquímicas, sin embargo, la información sobre las afinidades y cooperatividad de las interacciones en el proceso de ensamblaje del divisoma es casi inexistente. La escasa información que existe se explica por la dificultad en la purificación de los componentes del divisoma. En este trabajo se caracterizaron, de forma cuantitativa, las interacciones presentes en una sub red del divisoma, específicamente en la red de interacciones de FtsEX. Según los datos publicados hasta la fecha, FtsEX interactúa con FtsZ, FtsA, FtsQ y EnvC, además se sabe que la unión y hidrólisis de ATP de FtsE es esencial para la división bacteriana. Se eligió FtsEX pues es un punto clave en el ensamblaje del divisoma, al ser la primera proteína en ser reclutada que actúa como un conector entre el citoplasma y el periplasma. Para efectuar esta caracterización mediante técnicas biofísicas se hizo necesario establecer protocolos de purificación y caracterización de las proteínas a ser estudiadas, para luego estudiar las interacciones. La purificación de FtsE se realizó en condiciones desnaturantes, pues el 100 % de esta aparece como cuerpos de inclusión. Distintas metodologías para obtener FtsE soluble se probaron sin éxito, por lo que se continúo trabajando en condiciones desnaturantes. El replegamiento de FtsE se estudió mediante dilución rápida y diálisis al equilibrio en distintas condiciones de pH, fuerza iónica, aditivos, etc. La única condición donde se obtuvo FtsE soluble fue en amortiguador acetato 50 mM pH 5. El replegamiento se siguió por dicroísmo circular, fluorescencia y dispersión de luz y todo indicó que FtsE adquirió estructura terciaria. Para corroborar la funcionalidad de FtsE, se estudió su interacción con ATP y ADP mediante termoforesis en micro escala. Se obtuvo isotermas de unión con ambos nucleótidos con constantes de disociación de 579 y 1394 μM, respectivamente. También se estudió la interacción de FtsE y FtsZ, la cual está descrita por co-purificación. Esta interacción se ajustó mejor a la ecuación de Hill con una constante de disociación de 9,1 μM y un coeficiente de Hill de 2,2. Estos resultados indican que FtsE ha adquirido, al menos, cierto grado de estructura que le permite interactuar con el resto de los componentes del divisoma. Se intentó una serie de estrategias para la sobreexpresión y purificación de FtsX obteniéndose resultados promisorios. La optimización de la sobreexpresión mediante el clonamiento de FtsE río arriba de FtsX y la sobreexpresión por el método de autoinducción disminuyó la toxicidad de FtsX. La solubilización de FtsX se logró con los detergentes CHAPS, colato y DDM. En la purificación en presencia del detergente DDM, se obtuvo una alta pureza, con un único contaminante. Finalmente se caracterizó la interacción entre el dominio periplasmático de FtsX (Xloop) con EnvC (Regulador de amidasas de la división celular), FtsQ y con ella misma. Estos resultados indican que EnvC interactúa con el monómero de Xloop y con el dímero de Xloop, con afinidades altas, Kd de 106 y 328 nM respectivamente. Además Xloop interactúa con FtsQ con una afinidad menor, Kd de 4 μM. Finalmente, los resultados obtenidos en este trabajo asocian FtsEX en la regulación de las amidasas involucradas en la remodelación del peptidoglicano en la división celular, mediante un secuestro de EnvC a la zona del septo. La alta afinidad observada en la interacción Xloop – ccEnvC sugiere que es un complejo estable, probablemente, se forme el complejo FtsEX/EnvC previo a la formación del divisoma. FtsE se reclutaría mediante la interacción con FtsZ y además estabilizaría el anillo Z. Por otro lado, la interacción de Xloop con FtsQ es de menor afinidad con respecto a su interacción con EnvC sugiriendo una interacción menos estable por esta última. Sin embargo, cabe destacar que las concentraciones locales, en el proceso de divisón celular, pueden variar considerablemente ya que la mayoría de las Fts’s son reclutadas al mismo sitio, aumentando su concentración local. Este podría ser un sistema de control que utilizaría FtsEX para regular a las amidasas, mediante la intearcción con otros componentes del divisoma, como podría ser el caso de FtsQ / The so-called bacterial divisome is a multiprotein complex consisting of at least 12 essential proteins, which are recruited sequentially and interdependent to carry out the process of chromosome segregation, cytokinesis and separation of the daughter cells. The timing and sequencing in the formation of divisome has been studied extensively and has been reported to occur in two stages. First occurs FtsZ polymerization to form the Z ring, which is stabilized and membrane anchor through ZipA and FtsA, this is the early stage and gives rise to the proto ring. The late stage involves the recruiting of other proteins (FtsEX> FtsK> FtsQLB> FtsW> FtsI> FtsN) to the proto ring, which acts as a scaffold of all machinery. Once this multi-protein complex is assembled, it begins the process of bacterial division. To fully understand this complex, it is necessary to know the interactions between its components. In compiling the information published on these interactions, we realize that the description has been mainly qualitatively by genetic and biochemical techniques. However, information on the affinities and cooperativity of interactions in the assembly process are almost nonexistent. This lack of information is explained by the difficulty in purifying divisome components. In this work, the interactions from a sub network of the divisome assembly were characterized quantitatively, specifically on the network centered on FtsEX. According to data published to date, FtsEX interacts with FtsZ, FtsA, FtsQ and EnvC, it is also known that the binding and hydrolysis of ATP by FtsE is essential for bacterial division. FtsEX was chosen because it is a key point in the assembly of the divisome, being the first protein to be recruited, and it can acts as a connector between the cytoplasm and the periplasm. To perform this characterization by biophysical techniques, it became necessary to establish purification protocols for this proteins, and then study the interactions. Purification of FtsE was performed on denatured conditions, as 100% of this protein is expressed as inclusion bodies. Different methodologies for FtsE expression as soluble were tested without success, so work continued on denatured conditions. FtsE refolding was studied by rapid dilution and equilibrium dialysis under different conditions of pH, ionic strength, additives, etc. The only condition, where soluble FtsE was obtained, was 50 mM acetate buffer pH 5. Refolding was monitored by circular dichroism, fluorescence and light scattering, proven that FtsE did acquire tertiary structure. To corroborate the functionality of FtsE, it interactions with ATP and ADP was measured by MicroScale Thermophoresis. Binding isotherms were obtained with both nucleotides with dissociation constants of 579 and 1394 uM, respectively. The interaction of FtsE and FtsZ, which was previously described by co-purification, was also studied. This interaction was best fitted to the Hill equation with a dissociation constant of 9.1 uM and a Hill coefficient of 2.2. These results indicate that FtsE did acquire tertiary structure that lets it interact with the other components of divisome. A number of strategies for overexpression and purification of FtsX were attempted, yielding promising results. Cloning FtsE upstream of FtsX and overexpression by the method of auto-induction diminished FtsX toxicity. FtsX solubilization was achieved with the detergents CHAPS, cholate and DDM. Purification in the presence of detergent DDM gave the best result with a single contaminant protein. Finally the interaction between the periplasmic domain of FtsX (Xloop) with EnvC (regulator of cell division amidases), FtsQ and with itself was studied. These results indicate that EnvC interacts with Xloop monomer and dimer, with high affinities, Kd 106 nM and 328 nM respectively. Furthermore, Xloop interacts with FtsQ with lower affinity, Kd 4 uM. Finally, the results obtained in this work showed that FtsEX recruits and regulates the amidases involved in the remodeling of peptidoglycan in cell division, by a sequestration EnvC to the area of the septum. The high affinity interaction observed between Xloop - ccEnvC suggests that a stable complex FtsEX / EnvC is formed prior to the recruitment of the divisome. FtsE is recruited by interacting with FtsZ and also stabilize the ring Z. It was also showed that Xloop interacts with FtsQ with lower affinity with respect to it interaction with EnvC suggesting a less stable complex. However, it is noteworthy that the local concentration of the proteins from the divisome can vary considerably, since most Fts's are recruited to the same site, increasing their local concentration. This could be a control system on how FtsEX regulate amidases activities, increasing the concentration of FtsQ to compete for the Xloop which will release EnvC to activate the amidases / Conicyt; Fondecyt

Doctor en psicología / Tesis no autorizada por el autor para estar disponible en línea / El complejo paterno es un problema teórico fundamental y de vastas implicancias al interior del campo psicoanalítico. En efecto, esta temática atraviesa las áreas de la metapsicología, la psicopatología, la técnica y también los análisis en torno a la cultura y la religión, lo cual la convierte en un problema de investigación interesante y relevante. Asimismo, no existen a la fecha estudios que analicen en profundidad las contribuciones teóricas, las convergencias y las divergencias entre Sigmund Freud, Jacques Lacan y Donald Winnicott –tres de las figuras más relevantes en la historia del psicoanálisis- en torno a la problemática del complejo paterno. Esto implica que la presente tesis tiene el valor teórico de llenar un vacío de conocimiento y de sugerir, a partir de sus hallazgos, nuevas ideas, propuestas o hipótesis a futuros estudios. Junto con lo anterior, las actuales transformaciones socioculturales en torno al lugar, la función y el rol del padre en la familia y en la sociedad, que muestran una creciente declinación del modelo patriarcal tradicional y una apertura hacia nuevas y menos verticales construcciones de la paternidad tanto a nivel mundial como nacional (Olavarría, 2001; Tort, 2005 [2008]; Polo, 2005; Rebolledo González, 2008), permiten sostener que es de suficiente relevancia investigar el estado del arte acerca de las concepciones psicoanalíticas sobre el complejo paterno, así como analizar y discutir estos resultados, no sólo como una forma de profundizar el estado de situación en la disciplina respecto a la temática abordada -constituyéndose así la presente investigación en un estudio de frontera- sino también como una manera de enfrentar con profundidad y rigor teórico un fenómeno de relevancia social.

Tesis para optar al grado de Doctor en Ciencias, Mención Computación / Han habido muchos enfoques para integrar tipado estático y dinámico. Uno de los enfoques más notables es el del tipado gradual. El enfoque clásico para diseñar lenguajes graduales es usualmente ad-hoc, pero existen metodologías que sistematizan este proceso. Una de ellas es la Abstracting Gradual Typing (AGT), que ayuda a construir sistemáticamente lenguajes graduales a partir de lenguajes estáticamente tipados usando interpretación abstracta al nivel de tipos. A pesar que se a mostrado que AGT a sido efectiva en diferentes contextos, hay aún muchas preguntas abiertas: ¿AGT escala a mecanismos de lenguaje y disciplinas de tipos complejos? ¿Que lenguajes obtienen al usar abstracciones más ricas, o al introducir imprecisión de una manera poco convencional? ¿Cómo se compara el lenguaje gradual resultante con lo existente en la literatura? ¿Que propiedades AGT garantiza de preservar por construcción? ¿Podemos aplicar AGT a un lenguaje gradual derivado con AGT? En esta tesis se trata de responder a estas preguntas, aplicando AGT a disciplinas de tipos y mecanismos de lenguaje complejos. Primero, se aplica AGT a un cálculo lambda con tipado simple y referencias mutables, donde se muestra que una directa aplicación de AGT no garantiza una semántica eficiente respecto al espacio. Se prueba equivalencia contextual con uno de los lenguajes graduales con referencias encontrados en la literatura. Segundo, se aplica AGT a un lenguaje con tipado de seguridad y referencias, introduciendo imprecisión solo en las etiquetas de seguridad de los tipos. Se aprende que una aplicación directa de AGT sólo garantiza preservar por construcción la seguridad de tipos y los criterios refinados de lenguajes graduales. En orden de satisfacer no-interferencia, la propiedad semántica crucial del lenguaje estático, se deben refinar las abstracciones usadas en la semántica dinámica. Pero debido a las referencias mutables, se agrega un chequeo extra en la regla de reducción de asignaciones para prevenir flujos implícitos de información a través de la memoria. Este chequeo extra rompe la garantía gradual dinámica, la cual es parte de los criterios refinados de los lenguajes graduales. Tercero, se aplica AGT para introducir una nueva forma de imprecisión en los tipos, llamada unión gradual, un diseño original de tipos de unión que combina ambos beneficios de uniones etiquetadas y no etiquetadas. Se descubre que las uniones graduales interactúan con el tipo desconocido en una forma que exige un enfoque estratificado para AGT, dependiendo de la composición de dos interpretaciones de abstracción distintas en orden de recuperar optimalidad. Cuarto, se aplica AGT a System F, un lenguaje que soporta polimorfismo paramétrico. Se descubre que una aplicación directa de AGT rompe parametricidad, una propiedad semántica crucial de System F. En orden de recuperar parametricidad, se refinan las abstracciones (y se personalizan ciertas operaciones) usadas en la semántica dinámica. Esta personalización ayuda a preservar parametricidad pero a costa de la violar la garantía gradual dinámica. Esta garantía fue dejada como una conjetura en todos los trabajos previos; aquí se prueba que es simplemente incompatible con la noción clásica de parametricidad. Sin embargo, se establece una propiedad más débil que permite refutar varias afirmaciones acerca de teoremas graduales gratis, clarificando el tipo de razonamiento soportado por la parametricidad gradual. / CONICYT-PCHA/Doctorado Nacional/2015-21150510

Tesis

El mecanismo por el cual los sistemas biológicos responden a un estímulo externo es un problema fundamental de la biología moderna. En el caso particular de los factores de transcripción (FT) una señal extracelular conduce a la activación de la expresión de un gen determinado. La motivación de esta tesis surge de la enorme importancia de estas proteínas regulatorias en el funcionamiento celular por lo que es evidente la importancia de comprender las bases moleculares que rigen sus interacciones con el fin último de diseñar estrategias racionales para alterar de forma programable y selectiva la expresión de determinados genes. En este contexto y a través de la combinación de síntesis orgánica, química supramolecular y biosupramolecular en orden creciente de complejidad, es que nos proponemos obtener sistemas miméticos de FT que interaccionen de forma específica con sus ds ADN consenso in vitro. Como objetivo general de esta tesis, estamos interesados en avanzar en el entendimiento del proceso de reconocimiento molecular de sistemas sencillos en medio acuoso, para finalmente trasladar estos conocimientos en el diseño de miméticos de FT. Como objetivos específicos nos propusimos promover la formación de homodímeros no covalentes mediada por un ligando externo y su interacción con secuencias de ds ADN consenso. Pero también estamos interesados en dar los pasos iniciales hacia la heterodimerización de dos fragmentos proteicos a través de la complejación entre ciclodextrinas y azobencenos, así como ciclodextrina y adamantano. En el Capítulo 3, hemos investigado una estrategia de dimerización no covalente de homodímeros de miniproteínas del factor de transcripción GCN4 mediada por el agregado de un receptor alostérico y evaluado la interacción con diferentes ds ADN. Inicialmente, para este fin se sintetizó y caracterizo exhaustivamente un dímero fotomodulable de azo ß-ciclodextrina (4), el mismo se encuentra en dos estados fotoestacionarios, el primero estable termodinámicamente de cuya relación de isómeros E:Z es de 95:5 (azoCyD(E)) y un segundo obtenido luego de irradiar con luz ultravioleta en la una relación E:Z 60:40 (azoCyD(Z)). El dímero 4 fue usado con el fin promover la dimerización de dos monómeros de la región básica del GCN4 provistos de un grupo adamantano en el extremo C-terminal, llamados Ad26 y Ad30 ya que difieren solo en 4 a.a (Capitulo 5). Mientras el péptido Ad26 no presento unión a ninguna secuencia, en ausencia o presencia de 4; el péptido Ad30, es capaz de unir a los ADN consenso luego del agregado de azoCyD(E) a la concentración de 200 nM de monómero. Tanto los experimentos de retardo en gel como los de dicroísmo circulan muestran que el sistema Ad30-azoCyD(E)-Ad30 reconoce específicamente la secuencia consenso 2/2C (CRE, 5’-ATGAcgTCAT-3’), mientras que el sistema Ad30-azoCyD(Z)-Ad30 no es capaz de hacerlo. En el caso de Ad30, es posible establecer un reconocimiento secuencial al ds CRE, donde dímero azoCyD (4) en configuración E mejora la unión promoviendo la dimerización y aumentando así la afinidad del reconociendo. A pesar que estos resultados en cuanto a afinidad son moderados es el primer ejemplo de un mimético del GCN4 que forma un sistema tetra-componente en la interacción con su ds ADN consenso. En cuanto a la estrategia de heterodimerización no covalente, hipotetizamos que el grupo azobenceno podría ser usado como huésped en la complejación de la cavidad de la ciclodextrina y así aprovechar la diferencia de afinidad de ambos isómeros E y Z por la cavidad. Sin embargo como es necesario controlar no solo la organización de los FT en tiempo y espacio y de manera reversible; sino también con una elevada afinidad, es que primero trabajamos con sistemas modelos. Para ello, evaluamos la formación de complejos de α- y β- ciclodextrinas con derivados funcionalizados de forma diferente en las posiciones 4 y 4’ de azobencenos, 14, 15, 16, 17, 18, por RMN. Esta técnica nos permitió determinar no solo las constantes de afinidad sino también la geometría de los complejos por experimentos Off ROESY, como se describe en el Capítulo 4. Así determinamos, que el grupo –NH2COCH3 tiene una afinidad adecuada (Ka de 3000 M-1) por la cavidad de β-ciclodextrina, y una posible fotoisomerización eficiente en agua. Con esta información en el Capítulo 6 hemos sintetizado un nuevo mimético fotomodulable del GCN4 con un grupo azobenceno sustituido con un grupo –NH2COCH3, AZO26. Finalmente, y con motivo de extender la química de miméticos de Ft, hemos sintetizado en fase sólida dos fragmentos de la proteína Id1, que es inhibidor transcripcional del FT MyOD. Luego del corte de la resina y de una laboriosa purificación hemos obtenido dos fragmentos del Id1, H1 (extremo N-terminal) y H2 (extremo C-terminal) puros. Hemos intentado, acoplar a estos fragmentos diferentes moléculas como β-ciclodextrina, azobenceno o adamantano, pero solo hemos sido exitosos en la síntesis y aislamiento del péptido H2Ad, que es una miniproteína mutada de H2 en el extremo N-terminal con el grupo adamantano. Mientras que AZO26 es un candidato mejorado para formar heterodímeros con otro monómero del GCN4 con un grupo β-Ciclodextrina CyD26; todos, los fragmentos de la proteína Id1 podrían ser potenciales inhibidores de la proteína MyoD. Estas moléculas serán probadas en trabajos posteriores. Desde el punto de vista de la ciencia básica esperamos con esta tesis contribuir al avance en el desarrollo de estrategias de diseño, síntesis química y de reconociendo molecular con el objetivo final de obtener miniproteínas controlables a través de estímulos externos. / The mechanism by which biological systems respond to an external stimulus is a fundamental problem of modern biology. In the particular case of transcription factors (FT) an extracellular signal leads to the activation of the expression of a given gene. The motivation of this thesis arises from the enormous importance of these regulatory proteins in the cellular behavior so it is evident the importance of understanding the molecular basis governing their interactions with the ultimate goal of designing rational strategies to programmatically and selectively alter the expression of certain genes. In this context and through the combination of organic synthesis, supramolecular and biosupramolecular chemistry in increasing order of complexity, we propose to obtain mimetic systems of FTs that interact specifically with their ds DNA consensus in vitro. As a general objective of this thesis, we are interested to advance in the understanding of the process of molecular recognition of simple systems in aqueous medium, to finally transfer this knowledge in the design of FTs mimetics. As specific objectives, we aimed to promote the formation of non-covalent homodimers mediated by an external ligand and its interaction with ds DNA consensus sequences. But we are also interested in taking the initial steps towards the heterodimerization of two protein fragments through the complexation between cyclodextrins and azobenzenes, as well as cyclodextrin and adamantane. In Chapter 3, we investigated a non-covalent dimerization strategy of miniprotein homodimers of transcription factor-mediated GCN4 by the addition of an allosteric receptor and evaluated the interaction with different ds DNA. Initially, for this purpose a photomodulable dimer of azo ß-cyclodextrin (4) has been synthesized and characterized. It is found in two photostates, the first thermodynamically stable with an E: Z isomer ratio of 95: 5 (azoCyD (E)) and a second obtained after irradiating with ultraviolet light, E: Z ratio 60:40 (azoCyD (Z)). Dimer 4 was used to promote the dimerization of two monomers of the GCN4 base region bearing an adamantane group at the C-terminus, called Ad26 and Ad30, as they differ only in 4 a.a (Chapter 5). While the Ad26 peptide does not exhibit binding to any sequence, in the absence or presence of 4; the Ad30 peptide, is capable of binding consensus DNAs following the addition of azoCyD (E) to the concentration of 200 nM monomer. Both Emsa experiments and circular dichroism experiments show that the Ad30-azoCyD (E) -Ad30 system specifically recognizes the consensus sequence 2 / 2C (CRE, 5'-ATGAcgTCAT-3 '), while the Ad30- AzoCyD (Z) -Ad30 is not capable of doing so. In the case of Ad30, it is possible to establish a sequential recognition to the ds CRE, where dimer azoCyD (4) in E configuration improves the binding promoting dimerization and thus increasing the recognition affinity. Although the observed affinity is moderate, it is the first example of a GCN4 mimetic which forms a tetra-component system in the interaction with its ds DNA consensus. As for the non-covalent heterodimerization strategy, we hypothesized that the azobenzene group could be used as a host in the complexation of the cyclodextrin cavity and thus take advantage of the difference in affinity of both isomers E and Z through the cavity to promote a differential DNA binding. However, it is not only necessary to control the organization of the FT in time and space and in a reversible way; but the interaction must have a high affinity. For this porpoise, we first worked with model systems. For this, we evaluated the formation of α- and β-cyclodextrin complexes with differently functionalized derivatives at the 4 and / or 4 'positions of azobenzenes, 14,15,16,17,18 by NMR. This technique allowed us to determine not only the affinity constants but also the geometry of the complexes by Off-ROESY experiments, as described in Chapter 4. Thus, we determined that the -NH2COCH3 group has a suitable affinity (Ka of 3000 M -1) by the cavity of β-cyclodextrin, and it has possible efficient photoisomerization in water, too. With this information in Chapter 6, we have synthesized a new photomodulable mimetic of GCN4 with an azobenzene group substituted with an -NH2COCH3 group, AZO26. Finally, and in order to extend the chemistry of Ft mimetics, we have synthesized in solid phase two fragments of the Id1 protein, which is transcriptional inhibitor of FT MyOD. After cutting the resin and following laborious purification we obtained two fragments of the pure Id1, H1 (N-terminal) and H2 (C-terminal) fragments. We have attempted to couple to these fragments different molecules with potential use as β-cyclodextrin, azobenzene or adamantane, but we have only been successful in the synthesis and isolation of peptide H2Ad, which is a mutated miniprotein of H2 at the N-terminal end with the adamantane group. Whereas AZO26 is an improved candidate for forming heterodimers with another GCN4 monomer with a β-Cyclodextrin CyD26 group; all new fragments of the Id1 protein could be potential inhibitors of the MyoD FT. These molecules will be tested in later works. From the point of view of basic science with this thesis we hope to contribute to the advancement in the development of strategies of design, chemical synthesis and molecular recognition with the goal of obtaining miniproteins controllable through external stimuli.