Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-07T10:48:47Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leda Margarita Castaño Barrios - 2017.pdf: 980812 bytes, checksum: db3c4dca26b1b3bed20b822e4b839e3e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-07T10:49:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leda Margarita Castaño Barrios - 2017.pdf: 980812 bytes, checksum: db3c4dca26b1b3bed20b822e4b839e3e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-07T10:49:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leda Margarita Castaño Barrios - 2017.pdf: 980812 bytes, checksum: db3c4dca26b1b3bed20b822e4b839e3e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Outro / The purpose of this study was to detect the presence of Cryptosporidium spp. by the nested PCR in 95 samples of cat feces collected in four localities in Goiânia, Goiás, Brazil. In positive samples, we determined: (i) the frequency of Cryptosporidium spp., (ii) the species present, through BLAST sequences analysis, and (iii) risk factors (age, sex, and lifestyle of cats) using logistic regression and odds ratio (OR). We identified 17.9% (17/95) of samples were positive for Cryptosporidium spp. infection and, of these, 8,4% (8/95) were from males and 9,5% (9/95) from females. Among total samples, 7.4% (7/95) were from free-living animals and 10,5% (10/95) from non-free; 13,7% (13/95) were under six months of age and 4,2% (4/95) over six months of age. Regarding their origins, 7,4% (7/95) were from NGOs, 6,3% (6/95) from the University Veterinary Hospital, and 4,2 (4/95) from the premises of “Campus Samambaia”. Was detected circulating of C. felis 88,2 % (15/17), C. muris 5,9% (1/17) and Cryptosporidium sp. 5,9% (1/17) in the sampled animals. The only risk factor was age, for cats younger than six months (χ2 = 4,3, p= 0.04, OR = 3,4). This study demonstrated the existence of positive animals for Cryptosporidium spp. At least two species of Cryptosporidium circulate among the cats studied, affecting mainly cats under the age of six months. / Os objetivos do presente estudo foram detectar a presença de Cryptosporidium spp. por meio da técnica de nested-PCR em 95 amostras de fezes de gatos coletados em quatro localidades de Goiânia, Goiás (Brasil) e determinar (i) a frequência de Cryptosporidium spp., (ii) as espécies presentes, por meio de análise de sequencias no BLAST e (iii) avaliar os fatores de risco: sexo, idade e estilo de vida dos gatos, por meio de regressão logística e OR (odds ratio). Detectou-se 17,9% (17/95) de infecção por Cryptosporidiums sp., sendo 8,4% (8/95) em machos e 9,5% (9/95) em fêmeas. Do total dos animais amostrados, 7,4% (7/95) eram de vida livre e 10,5% (10/95) não livre. Dentre os positivos, 13,7% (13/95) tinham idade inferior a seis meses e 4,2% (4/95) idade igual ou superior a seis meses. Quanto à origem, 7,4 % (7/95) eram oriundos de Organização Não Governamental, 6,3% (6/95) do Hospital Veterinário da Escola de Veterinária e Zootecnia da Universidade Federal de Goiás e 4,2 (4/95) do Campus Samambaia da Universidade Federal de Goiás. Foi detectada a circulação nos animais amostrados de Cryptosporidium felis, 88,2 % (15/17), C. muris, 5,9 % (1/17) e Cryptosporidium sp., 5,9 % (1/17). O único fator de risco identificado foi a idade inferior a seis meses (χ2 = 4,3, p= 0.04, OR = 3,4). Conclui-se que, nas condições em que o estudo foi realizado, há animais positivos para Cryptosporidium spp. Pelo menos duas espécies de Cryptosporidium circulam entre os gatos amostrados e afetam principalmente aqueles animais com idade inferior aos seis meses.

Orientador: Katia Denise Saraiva Bresciani / Resumo: Os protozoários do gênero Cryptosporidium spp. são parasitos intracelulares obrigatórios, pertencentes ao filo Apicomplexa. Estes parasitos são capazes de se desenvolver nas microvilosidades das células epiteliais do intestino delgado de hospedeiros vertebrados, sendo potencialmente letais em adultos e crianças imunodeficientes. Não existem medicamentos eficazes para controlar essa doença e o desenvolvimento de medicamentos é dificultado pela falta de métodos de cultura eficazes que atuam permitindo detecção completa do ciclo de vida do parasito. Uma lacuna fundamental existe em relação ao entendimento de como os esporozoítos de Cryptosporidium spp. interagem com as células para iniciar a invasão e sua replicação. Assim, foi estudada essa lacuna para explicar a distinção entre aspectos da biologia do Cryptosporidium spp. e a especificidade do hospedeiro. Por meio de um ensaio de imunofluorescência detectou-se separadamente parasitos ligados e que invadiram às células e qual foi sua evolução ao longo de 2, 24 e 48 horas do parasitismo nas células hospedeiras. Com base nos genes mais significativos nas análises LDA (análise linear discriminante) e RDA (análise de redundância) e com maior valor FPKM (fragmentos por quilobase de transcritos por milhão de leituras mapeadas), pode-se perceber uma diferença significativa na expressão gênica desse parasito extracelular e intracelular. Os genes que mais se expressaram em células incubadas por 48 horas após a infecção foram analisados ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The protozoa of the genus Cryptosporidium spp. are obligate intracellular parasites that belongs to the phylum Apicomplexa. These parasites are capable to develop in the microvilli of epithelial cells of the gastrointestinal tract of vertebrate hosts, being potentially lethal in immunodeficient adults and children. There are no effective medications to control cryptosporidiosis, and drug development is hampered by the lack of effective culture methods that act to allow the complete life cycle of the parasite. It is fundamental to understand how Cryptosporidium spp. sporozoites interact with cells to initiate invasion and replication. Thus, this subject has been studied to explain the distinction between Cryptosporidium spp. biology and host specificity. By an immunofluorescence assay we detected bounded parasites invading host cells and their evolution over two, 24 and 48 hours. Based on the most significant genes in the LDA (Linear Discriminant Analysis) and RDA (redundancy analysis) analysis and with higher FPKM value (fragments per kilobase of transcribed per million mapped readings), we can perceive a significant difference in the expression of this extracellular and intracellular parasite. The genes that most expressed in cells incubated for 48 hours after infection were analyzed for the biological species of Ontology of Genes (GO) that show significantly the enriched processes and functions of the intracellular parasite. The knowledge of the genes that are most expresse... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Sérgio Diniz Garcia / Banca: Weslen Fabrício Pires Teixeira / Resumo: Este trabalho teve como objetivos determinar a ocorrência e realizar a caracterização molecular de Cryptosporidium spp. e comparar três métodos de detecção deste protozoário em amostras fecais de canários (Serinus canaria) criados em cativeiro nas regiões Sul e Sudeste do Brasil. Um total de 498 amostras foi purificado por centrífugo-flutuação em solução de Sheather. A detecção de Cryptosporidium spp. foi realizada utilizando três métodos de diagnóstico: análise microscópica pela coloração negativa com verde malaquita, nested PCR (gene 18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados, e PCR em duplex em tempo real (gene 18S rRNA) específica para detecção de Cryptosporidium galli e Cryptosporidium genótipo III de aves. A positividade para Cryptosporidium spp. (total de amostras positivas em pelo menos um método de diagnóstico) obtida pela análise microscópica, nested PCR e PCR duplex em tempo real foi de 13,3% (66/498). As taxas de positividade para Cryptosporidium spp. foram 2,0% (10/498) e 4,6% (23/498) por microscopia e nested PCR, respectivamente. O sequenciamento de 20 amostras amplificadas pela nested PCR identificou C. galli (3,0%;15/498), Cryptosporidium genótipo I de aves (0,8%; 4/498) e Cryptosporidium avium (0,2%; 1/498). A PCR duplex em tempo real revelou positividade de 7,8% (39/498) para C. galli e 2,4% (12/498) para Cryptosporidium genótipo III de aves. A análise microscópica diferiu significativamente da nested PCR para detecção de Cryptosporidi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study used several diagnostic methods to examine the occurrence of and molecularly characterize Cryptosporidium spp. in captive canaries (Serinus canaria) in southern and southeastern Brazil. A total of 498 samples were purified by centrifugal-flotation using Sheather's solution. Cryptosporidium spp. diagnosis was performed using three diagnostic methods: malachite green negative staining, nested PCR targeting the 18S rRNA gene, followed by sequencing the amplified fragments, and duplex real-time PCR targeting the 18S rRNA specific to detect Cryptosporidium galli and Cryptosporidium avian genotype III. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the microscopic analysis, nested PCR and duplex real-time PCR protocol results was 13.3% (66/498). The positivity rates were 2.0% (10/498) and 4.6% (23/498) for Cryptosporidium spp. by microscopy and nested PCR, respectively. Sequencing of 20 samples amplified by nested PCR identified C. galli (3.0%; 15/498), Cryptosporidium avian genotype I (0.8%; 4/498) and Cryptosporidium avium (0.2%; 1/498). Duplex real-time PCR revealed a positivity of 7.8% (39/498) for C. galli and 2.4% (12/498) for avian genotype III. Malachite green negative staining differed significantly from nested PCR in detecting Cryptosporidium spp.. Duplex real-time PCR was more sensitive than nested PCR/sequencing for detecting gastric Cryptosporidium in canaries. / Mestre

Resumo: O presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência dos protozoários Cryptosporidium spp. e Giardia spp. em leitões com 45 dias de idade. Amostras fecais de 107 leitões foram colhidas, em três dias alternados, em suinoculturas do Município de Araçatuba, São Paulo, Brasil. A ocorrência de oocistos de Cryptosporidium spp., foi observada em 4,7% (5/107) dos animais usando a técnica de Kinyoun, e a detecção de oocistos de Giardia spp. foi concomitantemente observada em 1,9% (2/107) dos animais pelo método de Faust.. Animais com a presença concomitante de ambos os parasitos apresentaram fezes com aspecto diarréico. A partir dos resultados obtidos é possível inferir que a ocorrência de Cryptosporidium e Giardia foi baixa, o que se atribuiu ao manejo e que a presença destes protozoários não estava associada a todos animais com sintomas diarréicos envolvidos no estudo. / Abstract: The goal of this research was to investigate the occurrence of Cryptosporidium spp. and Giardia spp. in 45-days-old pigs. Fecal samples of 107 pigs were collected at three alternate days in piggeries in Araçatuba, São Paulo, Brazil. Cryptosporidium spp. oocysts were observed in 4.7% (5/107) of animals by means of Kinyoun acid-fast stain and cysts of Giardia spp. were simultaneously observed in 1.9% (2/107) of the animals by the method of Faust. Animals with positivity for the both parasites presented feces with diarrheal aspect. From these results it is possible to infer that the occurrence of Cryptosporidium and of Giardia was low because of the good management practices and both protozoa were not associated the presence of clinical symptoms. / Orientador: Katia Denise Saraiva Bresciani / Coorientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Fernanda Paiva / Banca: Carlos Noriyuki Kaneto / Mestre

Submitted by BRUNA NICOLETI SANTANA null (brunanicoleti.ata@hotmail.com) on 2018-01-03T20:39:17Z No. of bitstreams: 1 Defesa Final (revisado) - Bruna 2017.docx: 1811276 bytes, checksum: b32071976cc79d8b95968a135760d1b6 (MD5) / Rejected by Ederson Vasconcelos Pereira null (edersonpereira@fmva.unesp.br), reason: Falta o certificado de Aprovação com a data da Defesa. Favor colocar o Certificado e fazer as alterações quanto à bolsa FAPESP. on 2018-01-08T13:19:20Z (GMT) / Submitted by BRUNA NICOLETI SANTANA null (brunanicoleti.ata@hotmail.com) on 2018-01-08T16:35:49Z No. of bitstreams: 1 Defesa Final (revisado) - Bruna 2017.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) / Approved for entry into archive by Ederson Vasconcelos Pereira null (edersonpereira@fmva.unesp.br) on 2018-01-08T19:37:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santana_bn_me_araca_int.pdf.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-08T19:37:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santana_bn_me_araca_int.pdf.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) Previous issue date: 2017-12-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivou-se determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes de galinha doméstica em criações extensivas, semiextensivas e intensivas, no Estado de São Paulo, e avaliar três protocolos da reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) para diagnóstico de Cryptosporidium spp. A purificação e concentração dos oocistos presentes em amostras fecais provenientes de 190 aves foram realizadas por meio de centrífugo-flutuação em solução de Sheather. As amostras foram submetidas à extração do DNA genômico dos oocistos e submetidas à pesquisa de Cryptosporidium spp. utilizando três protocolos de nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA (18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados. Os resultados obtidos pelos três protocolos de nested PCR foram analisados pelo teste de McNemar e pelo índice de correlação Kappa. As amostras que foram identificadas como Cryptosporidium meleagridis ou Cryptosporidium sp., pela análise do gene 18S rRNA, foram submetidas à caracterização adicional por meio de subgenotipagem de C. meleagridis pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene GP60 ou pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene da actina, respectivamente. A positividade total para Cryptosporidium (total de amostras positivas em pelo menos um método diagnóstico) obtida pela nested PCR foi de 12,6% (24/190), com identificação de Cryptosporidium baileyi (9,47%; 18/190), C. meleagridis (0,53%; 1/190), Cryptosporidium parvum (2,1%; 4/190) e Cryptosporidium sp. (0,53%; 1/190). A subgenotipagem de C. meleagridis revelou a presença do subtipo zoonótico IIIgA23G3R1. A análise do gene da actina permitiu a identificação de um novo genótipo de Cryptosporidium, em uma ave de criação extensiva, relacionado geneticamente com Cryptosporidium bovis e Cryptosporidium xiaoi. A análise de regressão logística não revelou diferenças significativas nas taxas de detecção de Cryptosporidium associadas aos diferentes sistemas de produção (extensivo, semi-intensivo e intensivo). Em comparação com frangos de corte, houve maior probabilidade de que as aves de postura e as aves de criações mistas fossem positivas para Cryptosporidium. Não houve diferença significativa na frequência de resultados positivos obtidos pelos três protocolos de nested PCR (p> 0,05); a concordância obtida pelo índice Kappa variou de substancial (0,70) a quase perfeita (0,9). / The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. The results obtained by the three nested PCR reactions were analyzed using the McNemar test and the Kappa correlation index. Subgenotyping of Cryptosporidium meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Samples identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the nested PCR results was 12.6% (24/190), including Cryptosporidium baileyi (9.47%; 18/190), C. meleagridis (0.53%, 1/190), Cryptosporidium parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp. (0.53%; 1/190). Subgenotyping of C. meleagridis revealed the presence of the zoonotic subtype IIIgA23G3R1. Sequencing of the 18S rRNA gene and the actin gene fragments revealed a new Cryptosporidium genotype in an extensive poultry system genetically related to C. xiaoi and C. bovis. Logistic regression analysis did not reveal significant differences in the rates of Cryptosporidium detection associated with the variable production system (extensive, semi-intensive and intensive). In comparison to broiler chickens, there were higher odds for layer chickens and mixed chickens to be positive for Cryptosporidium. There was no significant difference in the frequency of positive results obtained by the three nested PCR protocols (p> 0.05); additionally, the agreement obtained by Kappa index ranged from substantial (0.70) to almost perfect (0.9). / FAPESP: 15/26334-8.

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Alex Akira Nakamura / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência e os métodos de diagnóstico para Cryptosporidium spp. em psitacídeos exóticos de cativeiro provenientes das regiões sul e sudeste do Brasil. A purificação dos oocistos nas amostras fecais de 463 psitacídeos foi realizada por meio de centrifugo-flutuação em solução de Sheather. Para análise microscópica, nós utilizamos a coloração negativa de verde malaquita. A amplificação de um fragmento parcial do gene 18S rRNA de Cryptosporidium spp. foi feita usando-se nested PCR seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados (nPCR/S). As amostras também foram testadas por meio de PCR duplex em tempo real, visando-se amplificar um fragmento do gene 18S rRNA de Cryptosporidium galli e Cryptosporidium genótipo III de aves. A ocorrência de Cryptosporidium spp. pela microscopia e nested PCR (nPCR) foi de 3, 02% (14/463) e 4, 97% (23/463), respectivamente. A nPCR/S demonstrou positividade de 1, 73% (8/463) para Cryptosporidium genótipo III de aves, 0, 86% (4/463) para Cryptosporidium parvum e 0, 22% (1/463) para Cryptosporidium canis. A PCR duplex em tempo real demonstrou positividade de 9, 50% (44/463) para as criptosporidiose gástrica, sendo 1, 94% (9/463) para C. galli, 5, 83% (27/463) para Cryptosporidium genótipo III de aves e 1, 73% (8/463) para infecções mistas. Não houve diferença estatística significante entre a positividade pela nPCR e microscopia (p = 0. 1237) e houve concordância justa entre elas (Kappa = 0. 242). Diferença es... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the prevalence and diagnostic methods for Cryptosporidium spp. in caged adult exotic parrots from Southern and Southeastern Brazil. The oocyst purification in fecal samples from 463 psittacines was performed by centrifugal-flotation in Sheather's sugar solution. For microscopic analysis, we used malachite green negative staining. Amplification of a partial fragment of the 18S rRNA gene of Cryptosporidium spp. was accomplished using nested PCR (nPCR) followed by sequencing of the amplified fragments (nPCR/S). Samples were also tested by duplex real-time PCR targeting the 18S rRNA gene of Cryptosporidium galli and Cryptosporidium avian genotype III. The prevalence rates of Cryptosporidium spp. by microscopy and nPCR was 3. 02% (14/463) and 4. 97% (23/463), respectively. The nPCR/S showed positivity of 1. 73% (8/463) for Cryptosporidium avian genotype III, 0. 86% (4/463) for Cryptosporidium parvum and 0. 22% (1/463) for Cryptosporidium canis. Duplex real-time PCR showed a positivity of 9. 50% (44/463) for gastric cryptosporidiosis, 1. 94% (9/463) for C. galli, 5. 83% (27/463) for Cryptosporidium avian genotype III and 1. 73% (8/463) for mixed infections. There was no statistically significant difference between positivity for nPCR and microscopy (p = 0. 1237) and fair agreement between them (Kappa = 0. 242). A significant statistical difference (p <0. 0001) and fair agreement (Kappa = 0. 317) were obtained between nPCR and duplex real-time PCR. We found out that duplex real-time PCR is the best option for the diagnosis of gastric cryptosporidiosis and that Cryptosporidium avian genotype III is the most common Cryptosporidium species /genotype in psittacines / Mestre

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Coorientador: Alex Akira Nakamura / Banca: Gisele Fabrino MAchado / Banca Weslen Fabricio Pires Teixeira / Resumo: Objetivou-se determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes de galinha doméstica em criações extensivas, semiextensivas e intensivas, no Estado de São Paulo, e avaliar três protocolos da reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) para diagnóstico de Cryptosporidium spp. A purificação e concentração dos oocistos presentes em amostras fecais provenientes de 190 aves foram realizadas por meio de centrífugo-flutuação em solução de Sheather. As amostras foram submetidas à extração do DNA genômico dos oocistos e submetidas à pesquisa de Cryptosporidium spp. utilizando três protocolos de nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA (18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados. Os resultados obtidos pelos três protocolos de nested PCR foram analisados pelo teste de McNemar e pelo índice de correlação Kappa. As amostras que foram identificadas como Cryptosporidium meleagridis ou Cryptosporidium sp., pela análise do gene 18S rRNA, foram submetidas à caracterização adicional por meio de subgenotipagem de C. meleagridis pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene GP60 ou pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene da actina, respectivamente. A positividade total para Cryptosporidium (total de amostras positivas em pelo menos um método diagnóstico) obtida pela nested PCR foi de 12,6% (24/190), com identificação de Cryptosporidium baileyi (9,47%; 18/190), C. meleagridis ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. The results obtained by the three nested PCR reactions were analyzed using the McNemar test and the Kappa correlation index. Subgenotyping of Cryptosporidium meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Samples identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the nested PCR results was 12.6% (24/190), including Cryptosporidium baileyi (9.47%; 18/190), C. meleagridis (0.53%, 1/190), Cryptosporidium parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp.... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Cáris Maroni Nunes / Banca: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Eliana Reiko Matushima / Resumo: A manutenção de animais silvestres em cativeiro domiciliar como animais de estimação é bastante comum no Brasil e os papagaios tem sido preferidos por serem considerados curiosos, inteligentes e divertidos, além de serem excelentes imitadores e faladores. Entretanto, os papagaios-verdadeiros (Amazona aestiva) podem ser fontes de infecção de algumas zoonoses. Neste trabalho foram estudados 50 papagaios-verdadeiros mantidos em cativeiro domiciliar no município de Araçatuba, São Paulo. As condições sócio-econômicas e os manejos sanitário e nutricional das aves, bem como o contato com os residentes foram avaliados por meio de visitas às casas. Os resultados revelaram manejos sanitário e nutricional inadequados na maioria dos casos, estreito contato com os papagaios e falta de conhecimento sobre enfermidades dos mesmos. Não foi isolada Salmonella sp. nas amostras de fezes, enquanto Escherichia coli estava presente em três animais e estruturas leveduriformes foram encontradas na maioria deles. Cryptosporidium sp. foi encontrado em uma das amostras. Pode-se concluir que o estreito contato dos residentes com as aves e as condições sanitárias inadequadas podem favorecer a ocorrência de zoonoses nas residências avaliadas. A presença de Cryptosporidium sp., caso se trate de uma espécie zoonótica, indica a possibilidade da transmissão de criptosporidiose de papagaios para o homem em condições de cativeiro domiciliar. / Abstract: The maintenance of wild animals in domiciliary captivity as pets has been common in Brazil and parrots are preferred because they are considered curious, intelligents, amusing, excellent talkative and mimics. However, the blue- fronted amazon parrot (Amazona aestiva) can be source of some zoonosis infections. In the present study the sanitary and nutritional management of 50 blue-fronted amazon parrots kept in domiciliary captivity in Araçatuba city, SP, as well as the occurrence of zoonosis agents in stools samples, social-economic conditions and residents-birds contact were evaluated. Results showed inadequate sanitary and nutritional management in the majority of the cases, strait contact with the parrots and lack of knowledge about parrots diseases. Salmonella was not found in stool samples while Escherichia coli was present in three samples and levedures-like structures were found in the majority them. Cryptosporidium was found in one sample. We can conclude that the close contact with the birds and the uncorrect management can favour occurrence of zoonosis in evaluated residences. The presence of Cryptosporidium sp. Indicates transmition possibility of cryptosporidiosis, in case of zoonotic specie, from parrots to humans in domiciliary captivity conditions. / Mestre

Submitted by Elís Domingos Ferrari null (elisd.ferrari@yahoo.com.br) on 2017-10-31T11:41:02Z No. of bitstreams: 1 FINAL-Defesa Mestrado CORRIGIDO.pdf: 1177720 bytes, checksum: 7a08f0cef1e5a124653c8190f8178822 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-11-10T18:35:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ferrari_ed_me_araca_par.pdf: 606404 bytes, checksum: 87114f79e3b3cffb7d3ab08cd9009eb6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-10T18:35:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ferrari_ed_me_araca_par.pdf: 606404 bytes, checksum: 87114f79e3b3cffb7d3ab08cd9009eb6 (MD5) Previous issue date: 2017-10-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência e os métodos de diagnóstico para Cryptosporidium spp. em psitacídeos exóticos de cativeiro provenientes das regiões sul e sudeste do Brasil. A purificação dos oocistos nas amostras fecais de 463 psitacídeos foi realizada por meio de centrifugo-flutuação em solução de Sheather. Para análise microscópica, nós utilizamos a coloração negativa de verde malaquita. A amplificação de um fragmento parcial do gene 18S rRNA de Cryptosporidium spp. foi feita usando-se nested PCR seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados (nPCR/S). As amostras também foram testadas por meio de PCR duplex em tempo real, visando-se amplificar um fragmento do gene 18S rRNA de Cryptosporidium galli e Cryptosporidium genótipo III de aves. A ocorrência de Cryptosporidium spp. pela microscopia e nested PCR (nPCR) foi de 3, 02% (14/463) e 4, 97% (23/463), respectivamente. A nPCR/S demonstrou positividade de 1, 73% (8/463) para Cryptosporidium genótipo III de aves, 0, 86% (4/463) para Cryptosporidium parvum e 0, 22% (1/463) para Cryptosporidium canis. A PCR duplex em tempo real demonstrou positividade de 9, 50% (44/463) para as criptosporidiose gástrica, sendo 1, 94% (9/463) para C. galli, 5, 83% (27/463) para Cryptosporidium genótipo III de aves e 1, 73% (8/463) para infecções mistas. Não houve diferença estatística significante entre a positividade pela nPCR e microscopia (p = 0. 1237) e houve concordância justa entre elas (Kappa = 0. 242). Diferença estatística significante (p <0. 0001) e concordância justa (Kappa = 0. 317) foram obtidas nas comparações entre nPCR e PCR duplex em tempo real. Nós concluímos que a PCR duplex em tempo real é a melhor opção para o diagnóstico de criptosporidiose gástrica e que Cryptosporidium genótipo III de aves é o mais comum dentre as espécies/ genótipos de Cryptosporidium que acometem psitacídeos. / The aim of this study was to evaluate the prevalence and diagnostic methods for Cryptosporidium spp. in caged adult exotic parrots from Southern and Southeastern Brazil. The oocyst purification in fecal samples from 463 psittacines was performed by centrifugal-flotation in Sheather's sugar solution. For microscopic analysis, we used malachite green negative staining. Amplification of a partial fragment of the 18S rRNA gene of Cryptosporidium spp. was accomplished using nested PCR (nPCR) followed by sequencing of the amplified fragments (nPCR/S). Samples were also tested by duplex real-time PCR targeting the 18S rRNA gene of Cryptosporidium galli and Cryptosporidium avian genotype III. The prevalence rates of Cryptosporidium spp. by microscopy and nPCR was 3. 02% (14/463) and 4. 97% (23/463), respectively. The nPCR/S showed positivity of 1. 73% (8/463) for Cryptosporidium avian genotype III, 0. 86% (4/463) for Cryptosporidium parvum and 0. 22% (1/463) for Cryptosporidium canis. Duplex real-time PCR showed a positivity of 9. 50% (44/463) for gastric cryptosporidiosis, 1. 94% (9/463) for C. galli, 5. 83% (27/463) for Cryptosporidium avian genotype III and 1. 73% (8/463) for mixed infections. There was no statistically significant difference between positivity for nPCR and microscopy (p = 0. 1237) and fair agreement between them (Kappa = 0. 242). A significant statistical difference (p <0. 0001) and fair agreement (Kappa = 0. 317) were obtained between nPCR and duplex real-time PCR. We found out that duplex real-time PCR is the best option for the diagnosis of gastric cryptosporidiosis and that Cryptosporidium avian genotype III is the most common Cryptosporidium species /genotype in psittacines. / FAPESP: 2015/26334-8

Orientador: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Carlos Noriyuki Kaneto / Banca: Solange Maria Gennari / Banca: Sílvia Helena Venturoli Perri / Banca: Jancarlo Ferreira Gomes / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram comparar os métodos de diagnóstico por ensaio imunoenzimático (ELISA) de captura e reação em cadeia da polimerase (nested-PCR) à análise morfológica utilizando a técnica de centrífugo-flutuação em água-éter seguida de coloração de Kinyoun modificada (microscopia) para estimar a taxa de eliminação de oocistos de Cryptosporidium spp. na população de gatos domiciliados na zona urbana do Município de Araçatuba, São Paulo. O potencial zoonótico do coccídio isolado em fezes deste hospedeiro foi investigado por meio de caracterização molecular. Um total de 138 amostras fecais foi colhido de forma aleatória simples e proporcional à população de gatos de cada uma das sete áreas censitárias pertencentes à zona urbana do município. Não houve discordância entre ELISA de captura e microscopia (p = 1,0000) nem entre nested-PCR e microscopia (p = 0,1094); entretanto, o grau de concordância variou de substancial (Kappa = 0,7948) a moderado (Kappa = 0,4647), respectivamente, entre estes métodos. Especificidade da nested-PCR e do ELISA de captura foi semelhante; entretanto, a nested-PCR apresentou menor sensibilidade, justificada pela associação entre a intensidade da densidade óptica e a amplificação da subunidade 18S do rRNA. Detectamos oocistos de Cryptosporidium spp. em 9,4% das amostras por pelo menos dois métodos diagnósticos. Com intervalo de 95% de confiança, estimamos que a taxa de eliminação de oocistos desse protozoário na população felina do município variou de 4,5% a 14,3%. Todos os isolados sequenciados apresentaram 100% de similaridade com Cryptosporidium felis. Concluímos que gatos domiciliados possam contribuir para a contaminação ambiental de um município, ainda que C. felis não seja o principal agente etiológico da criptosporidiose em seres humanos / Abstract: The aim of this work was to compare the diagnostic methods by capture enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and polymerase chain reaction (nested-PCR) to morphological analysis using the technique of flotation in water-ether followed by modified Kinyoun staining (microscopy) to estimate the shedding rate of Cryptosporidium spp. in stool samples of cats domiciled in urban area of municipality of Araçatuba, São Paulo State. Zoonotic potential of coccidian isolated in feces was investigated by molecular characterization. A total of 138 stool samples were collected random and proportionally from to cat population in each of the seven census areas belonging to the urban area. There was no disagreement between capture ELISA and microscopy (p = 1.0000) or between nested-PCR and microscopy (p = 0.1094); however, the degree of agreement varied from substantial (Kappa = 0.7948) to moderate (Kappa = 0.4647), respectively, in these diagnostic methods. Specificity of nested-PCR and ELISA capture were similar; however, the nested-PCR showed lower sensitivity, justified by the association between the intensity of the optical density and amplification of 18S rRNA subunit. We detected Cryptosporidium spp. in 9.4% of the samples by at least two diagnostic methods. With the 95% confidence, we estimate that shedding rate of Cryptosporidium oocysts ranged from 4.5% to 14.3% in the feline population of Araçatuba. All isolates sequenced showed 100% similarity with Cryptosporidium felis. We conclude that cats domiciled can contribute to environmental contamination of a municipality, although C. felis is not the primary etiologic agent of cryptosporidiosis in humans / Doutor