No description available.

Drug repositioning can save considerable time and resources and significantly speed up the drug development process. The increasing availability of drug action and disease-associated transcriptome data makes it an attractive source for repositioning studies. Here, we have developed a transcriptome-guided approach for drug/biologics repositioning based on multi-layer self-organizing maps (ml-SOM). It allows for analyzing multiple transcriptome datasets by segmenting them into layers of drug action- and disease-associated transcriptome data. A comparison of expression changes in clusters of functionally related genes across the layers identifies “drug target” spots in disease layers and evaluates the repositioning possibility of a drug. The repositioning potential for two approved biologics drugs (infliximab and brodalumab) confirmed the drugs’ action for approved diseases (ulcerative colitis and Crohn’s disease for infliximab and psoriasis for brodalumab). We showed the potential efficacy of infliximab for the treatment of sarcoidosis, but not chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Brodalumab failed to affect dysregulated functional gene clusters in Crohn’s disease (CD) and systemic juvenile idiopathic arthritis (SJIA), clearly indicating that it may not be effective in the treatment of these diseases. In conclusion, ml-SOM offers a novel approach for transcriptome-guided drug repositioning that could be particularly useful for biologics drugs.

Des études de liaison et d’association génétiques ont permis d’identifier certains des facteurs de risque génétiques aux maladies inflammatoires de l’intestin (MII) dans la région chromosomique 3p21. Dans cette région, le polymorphisme nucléotidique simple (SNP) codant non-synonyme du gène MST1, rs3197999, encodant pour la mutation R689C, a été associé et répliqué à la fois à la colite ulcéreuse (CU) et à la maladie de Crohn (MC). Un autre SNP, corrélé à des SNP codants non-synonymes du gène MST1R, a également été associé à la MC. Afin de déterminer si d’autres variantes des gènes MST1 et MST1R sont associés à la CU, nous avons testé pour association des SNP de ces gènes. Seul un proxy de R689C a montré un signal d’association significatif aux MII, ce qui suggère que R689C est la variante causale aux MII dans le gène MST1. En cherchant à déterminer si la région 3p21 contenait plusieurs signaux d’association mutuellement indépendants, trois SNP ont été identifiés comme possible facteurs de risque indépendants, et ont été génotypés dans des cas de CU et de MC et des témoins, puis nos résultats d’association ont été combinés à ceux provenant de trois autres cohortes indépendantes. Les trois SNP, R689C (MST1), rs6802890 et rs7629936 (CDHR4), sont associés aux MII, mais une étude d’association conditionnelle suggère qu’il existe en fait deux signaux d’association mutuellement indépendants dans la région 3p21. Le signal principal provient de R689C, une mutation de la protéine MSP. Cette protéine a un rôle dans l’inflammation chez les macrophages murins, et la migration, la cicatrisation et la survie chez les cellules épithéliales. Dans cette étude, le rôle de la MSP a été investigué dans des modèles de macrophages humains et de cellules épithéliales de côlon, et seule la phosphorylation d’AKT, un acteur dans la voie de signalisation de la survie cellulaire, a été modulée par la MSP dans nos modèles. Ce projet a donc permis d’apporter des connaissances sur les facteurs de risques génétiques aux MII dans la région 3p21, en identifiant 2 signaux d’association indépendants, et en nous informant sur le rôle de MST1, duquel provient le signal d’association principal, chez les cellules humaines. / Linkage studies and association studies allowed the discovery of some of the genetic risk factors of inflammatory bowel disease (IBD) in the chromosomal region 3p21. In this region, the non-synonymous coding single nucleotide polymorphism (SNP) rs3197999, situated in the gène MST1 and encoding for the mutation R689C, has been associated to UC and CD multiple times, and an other SNP, correlated to non-synonymous coding SNPs in the gene MST1R, has also been associated to CD. In order to verify if other variants of MST1 and MST1R are associatied to UC, we tested the association of some of their SNPs. Apart from R689C, only its proxy showed a significative association signal to IBD. It suggests that R689C might be the causal variant of IBD in the region 3p21. In the aim to determine if the region 3p21 has multiple independant association signals, 3 SNPs have been identified, from the results of a published meta-analysis of UC genome-wide association studies, as being possibly independant risk factors for UC based on their correlation. Their association to IBD and their independance have been tested by genotyping them in a cohort composed of controls, and UC and CD cases. The results of the association tests have been combined, in a meta-analysis, to the results of 3 other independent association studies. The 3 SNPs, R689C (MST1), rs6802890 and rs7629936 (CDHR4) are associated to IBD, but the results of the subsequent conditional association tests suggest that there is only 2 independant association signals in the region 3p21. The main signal is raising from R689C, a mutation of the protein MSP. According to published studies, this protein has a function in the inflammation in murine macrophages, and also in the scattering, wound healing and survival of epithelial cells. In this thesis, we investigated the role of MSP in human macrophage models and in human côlon epithelial cells, and it has been show that MSP modulates the phosphorylation of AKT, an actor in the pathway of cellular survival. This project brought some knowledges about the IBD genetic risk factors in the region 3p21. We identified 2 independent association signals to IBD in this region, and the main signal is coming from a SNP in MST1, a gene which has a role, based on our results, in the survival in human colon epithelial cells.

Crohns sjukdom är en kronisk inflammatorisk tarmsjukdom av okänd orsak. Det tidigaste tecknet på Crohns sjukdom är mikroskopiska sår i det s.k. follikelassocierade epitelet (FAE) som täcker ansamlingar av immunceller i tarmen. FAE är specialiserat för att fånga innehåll från tarmen och transportera det till underliggande immunvävnad. Denna funktion är viktig för att inducera skyddande immunsvar, men den utgör också en ingångsväg för sjukdomsalstrande bakterier. Crohns sjukdom är associerat med ett kraftigt ökat immunsvar mot bakterier, och sjukdomsförloppet kan ändras av stress. Det övergripande syftet med avhandlingen var att studera effekterna av stress på FAE samt att undersöka rollen av FAE vid utvecklingen av tarminflammation, särskilt vid Crohns sjukdom. Inledningsvis studerades effekterna av psykologisk stress på FAE. Stressade råttor uppvisade ökad genomsläpplighet av bakterier efter stress, och passagen var högre i FAE än i vanligt epitel. Efterföljande experiment visade att stressförändringarna i slemhinnan regleras via kortikotropinfrisättande hormon och mastceller. Vidare visade det sig att vasoaktiv intestinal peptid kunde efterlikna stressens effekter på genomsläppligheten, och att detta kunde förhindras genom att blockera mastcellerna. Studier av tunntarmsslemhinna från patienter med icke-inflammatorisk tarmsjukdom och friska kontroller visade en högre passage av bakterier i FAE än i vanligt epitel. Hos patienter med Crohns sjukdom var bakteriepassagen genom FAE betydligt ökad jämfört med kontroller. Resultaten från detta avhandlingsarbete visar att stress kan förändra upptaget av bakterier från tarmen via FAE, med mekanismer som innefattar kortikotropinfrisättande hormon och mastceller. Detta har gett nya kunskaper kring regleringen av slemhinnebarriären. Vidare presenterar denna avhandling nya insikter i sjukdomsuppkomsten vid Crohns sjukdom genom att påvisa en tidigare okänd defekt i barriärfunktionen i FAE. / The earliest observable signs of Crohn’s disease are microscopic erosions in the follicle-associated epithelium (FAE) covering the Peyer’s patches. The FAE, which contains M cells, is specialised in sampling of luminal content and delivery to underlying immune cells. This sampling is crucial for induction of protective immune responses, but it also provides a route of entry for microorganisms into the mucosa. Crohn’s disease is associated with an increased immune response to bacteria, and the disease course can be altered by stress. The overall aim of this thesis was to study the effects of stress on the FAE and elucidate the role of FAE in the development of intestinal inflammation, specifically Crohn’s disease. Initially, rats were submitted to acute and chronic water avoidance stress to study the effects of psychological stress on the FAE. Stressed rats showed enhanced antigen and bacterial passage, and the passage was higher in FAE than in regular villus epithelium (VE). Further, stress gave rise to ultrastructural changes. Subsequent experiments revealed the stress-induced increase in permeability to be regulated by corticotropin-releasing hormone and mast cells. Furthermore, vasoactive intestinal peptide (VIP) mimicked the stress effects on permeability, and the VIP effects were inhibited by a mast cell stabiliser. Human studies of ileal mucosa from patients with non-inflammatory disease and healthy controls showed a higher antigen and bacterial passage in FAE than in VE. In patients with Crohn’s disease, the bacterial passage across the FAE was significantly increased compared to non-inflammatory and inflammatory controls (ulcerative colitis). Furthermore, there was an enhanced uptake of bacteria into dendritic cells, and augmented TNF-α release in Crohn’s disease mucosa. Taken together this thesis shows that stress can modulate the uptake of luminal antigens and bacteria via the FAE, through mechanisms involving CRH and mast cells. It further shows that human ileal FAE is functionally distinct from VE, and that Crohn’s disease patients exhibit enhanced FAE permeability compared to inflammatory and non-inflammatory controls. This thesis presents novel insights into regulation of the FAE barrier, as well as into the pathophysiology of Crohn’s disease by demonstrating a previously unrecognised defect of the FAE barrier function in ileal Crohn’s disease.

Des études de liaison et d’association génétiques ont permis d’identifier certains des facteurs de risque génétiques aux maladies inflammatoires de l’intestin (MII) dans la région chromosomique 3p21. Dans cette région, le polymorphisme nucléotidique simple (SNP) codant non-synonyme du gène MST1, rs3197999, encodant pour la mutation R689C, a été associé et répliqué à la fois à la colite ulcéreuse (CU) et à la maladie de Crohn (MC). Un autre SNP, corrélé à des SNP codants non-synonymes du gène MST1R, a également été associé à la MC. Afin de déterminer si d’autres variantes des gènes MST1 et MST1R sont associés à la CU, nous avons testé pour association des SNP de ces gènes. Seul un proxy de R689C a montré un signal d’association significatif aux MII, ce qui suggère que R689C est la variante causale aux MII dans le gène MST1. En cherchant à déterminer si la région 3p21 contenait plusieurs signaux d’association mutuellement indépendants, trois SNP ont été identifiés comme possible facteurs de risque indépendants, et ont été génotypés dans des cas de CU et de MC et des témoins, puis nos résultats d’association ont été combinés à ceux provenant de trois autres cohortes indépendantes. Les trois SNP, R689C (MST1), rs6802890 et rs7629936 (CDHR4), sont associés aux MII, mais une étude d’association conditionnelle suggère qu’il existe en fait deux signaux d’association mutuellement indépendants dans la région 3p21. Le signal principal provient de R689C, une mutation de la protéine MSP. Cette protéine a un rôle dans l’inflammation chez les macrophages murins, et la migration, la cicatrisation et la survie chez les cellules épithéliales. Dans cette étude, le rôle de la MSP a été investigué dans des modèles de macrophages humains et de cellules épithéliales de côlon, et seule la phosphorylation d’AKT, un acteur dans la voie de signalisation de la survie cellulaire, a été modulée par la MSP dans nos modèles. Ce projet a donc permis d’apporter des connaissances sur les facteurs de risques génétiques aux MII dans la région 3p21, en identifiant 2 signaux d’association indépendants, et en nous informant sur le rôle de MST1, duquel provient le signal d’association principal, chez les cellules humaines. / Linkage studies and association studies allowed the discovery of some of the genetic risk factors of inflammatory bowel disease (IBD) in the chromosomal region 3p21. In this region, the non-synonymous coding single nucleotide polymorphism (SNP) rs3197999, situated in the gène MST1 and encoding for the mutation R689C, has been associated to UC and CD multiple times, and an other SNP, correlated to non-synonymous coding SNPs in the gene MST1R, has also been associated to CD. In order to verify if other variants of MST1 and MST1R are associatied to UC, we tested the association of some of their SNPs. Apart from R689C, only its proxy showed a significative association signal to IBD. It suggests that R689C might be the causal variant of IBD in the region 3p21. In the aim to determine if the region 3p21 has multiple independant association signals, 3 SNPs have been identified, from the results of a published meta-analysis of UC genome-wide association studies, as being possibly independant risk factors for UC based on their correlation. Their association to IBD and their independance have been tested by genotyping them in a cohort composed of controls, and UC and CD cases. The results of the association tests have been combined, in a meta-analysis, to the results of 3 other independent association studies. The 3 SNPs, R689C (MST1), rs6802890 and rs7629936 (CDHR4) are associated to IBD, but the results of the subsequent conditional association tests suggest that there is only 2 independant association signals in the region 3p21. The main signal is raising from R689C, a mutation of the protein MSP. According to published studies, this protein has a function in the inflammation in murine macrophages, and also in the scattering, wound healing and survival of epithelial cells. In this thesis, we investigated the role of MSP in human macrophage models and in human côlon epithelial cells, and it has been show that MSP modulates the phosphorylation of AKT, an actor in the pathway of cellular survival. This project brought some knowledges about the IBD genetic risk factors in the region 3p21. We identified 2 independent association signals to IBD in this region, and the main signal is coming from a SNP in MST1, a gene which has a role, based on our results, in the survival in human colon epithelial cells.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-10-02T18:24:18Z No. of bitstreams: 1 andrealemoscabalzar.pdf: 1656685 bytes, checksum: e9910962b3bc92892b53761e1aa94f40 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-10-09T19:56:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 andrealemoscabalzar.pdf: 1656685 bytes, checksum: e9910962b3bc92892b53761e1aa94f40 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-09T19:56:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andrealemoscabalzar.pdf: 1656685 bytes, checksum: e9910962b3bc92892b53761e1aa94f40 (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / Introdução: Atividade física de vida diária e capacidade de exercício nunca foram avaliadas em pacientes com Doença de Crohn (DC) em remissão induzida por infliximabe. Objetivos: Nosso objetivo foi avaliar a atividade física de vida diária, capacidade de exercício, qualidade de vida (QV) e desordens do humor em pacientes com DC moderada a grave em remissão induzida por infliximabe, e investigar variáveis associadas com atividade física de vida diária nestes pacientes. Métodos: Um estudo transversal foi conduzido, com 26 pacientes com DC foram selecionados. Controles foram indivíduos assintomáticos com dispepsia funcional. Os pacientes foram avaliados quanto à atividade física de vida diária pelo acelerômetro triaxial, à capacidade de exercício (shuttle walk test – SWT), força de preensão manual, QV e desordens de humor. As associações entre a atividade física de vida diária e a QV ou desordens do humor foram testadas. Resultados: O número de passos dado (7446 ± 3081 vs. 7898 ± 2487), o tempo ativo (80,56 ± 41,97 min vs. 89,65 ± 24,30 min), a distância percorrida no SWT (662,69 ± 252,86 m vs. 728,82 ± 346,55 m) e a força de preensão manual (34,3 ± 11,1 kgf vs. 32,9 ± 11,9 kgf) não mostraram significância estatística entre pacientes com DC e controles. O tempo gasto deitado (116,31 ± 107,38 min vs. 63,71 ± 55,79 min) e alguns domínios da QV foram superiores em pacientes com DC (p< 0,05). Nenhuma correlação foi observada entre o nível de atividade física de vida diária e QV ou desordens de humor em pacientes com DC (p>0,05). Conclusão: Nós encontramos que pacientes com DC em remissão induzida por infliximabe tem o mesmo nível de atividade física de vida diária e capacidade de exercício quando comparados com controles. / Background: Physical activity in daily life and exercise capacity have never been assessed in Crohn’s disease (CD) patients on infliximab-induced remission. Objective: We aimed to evaluate the physical activity in daily life, exercise capacity, quality of life (QoL) and mood disorders in patients with moderate-to-severe CD on infliximab-induced remission, and to investigate variables associated with physical activity in daily life in these patients. Methods: A cross-sectional study was conducted, in which 26 patients with CD were selected. Controls were currently asymptomatic individuals with functional dyspepsia. Patients underwent to evaluation of physical activity in daily life by a triaxial accelerometer, exercise capacity (shuttle walk test-SWT), handgrip strength, QoL and mood disorders. The associations between the physical activity in daily life and QoL or mood disorders were tested. Results: The number of steps taken (7446 ± 3081 vs. 7898 ± 2487), the active time (80.56 ± 41.97 min vs. 89.65 ± 24.30 min), the SWT distance (662.69 ± 252.86 m vs. 728.82 ± 346.55 m) and the handgrip (34.3 ± 11.1 kgf vs. 32.9 ± 11.9 kgf) didn’t show significant difference between CD patients and controls, respectively. The time spending lying down (116.31 ± 107.38 min vs. 63.71 ± 55.79 min) and some domains of quality of life were superior in CD patients (p< 0.05). No correlation was observed between the level of physical activity in daily life and QoL or mood disorders in CD patients (p>0.05). Conclusions: We found that patients with CD on infliximab-induced remission have the same level of physical activity in daily life and exercise capacity when compared with controls.

Hintergrund: Angaben zu Inzidenz und Prävalenz von chronisch entzündlichen Darmerkrankungen (CED) bei Kindern und Jugendlichen in Deutschland fehlen bisher, die Daten des im Jahr 2000 gegründeten Sächsischen CED-Registers für Kinder und Jugendliche wurden bisher nicht veröffentlicht. Bei internen Diskussionen der Registerdaten zeigte sich stets eine nicht erklärbare abfallende altersspezifische Inzidenz der CED ab dem 15. Lebensjahr. Es wurde vermutet, dass einige ältere Jugendliche ausschließlich von Erwachsenengastroenterologen betreut wurden und bei einigen Adoleszenten eine längere diagnostische Latenz zur Diagnosestellung nach dem 18. Lebensjahr führte. Patienten und Methoden: Zur Prüfung der Thesen wurden alle gastroenterologisch tätigen Internisten in Leipzig aufgesucht und Patienten eingeschlossen, bei denen bis zum 26. Lebensjahr in den Jahren 2005-2009 eine CED endoskopisch neu diagnostiziert wurde. Die Auswertung des Sächsischen CED-Registers erfolgte hinsichtlich Inzidenz, Prävalenz, Geschlechterverteilung und diagnostischer Latenz im Zehnjahreszeitraum 2000-2009. Ergebnisse: Es wurden tatsächlich einige Jugendliche vor dem 18. Lebensjahr ausschließlich von Internisten betreut und nicht an das Register gemeldet. Die korrigierte Inzidenz von CED bei Patienten bis zum 18. Lebensjahr in Leipzig lag um 37 % höher als im Register angegeben. Nach dem 15. Lebensjahr wurde – ebenfalls in Abweichung zu den Registerdaten – ein kontinuierlicher Anstieg der altersspezifischen Inzidenz bis zum 18. Lebensjahr registriert. Es zeigte sich eine Tendenz zur längeren diagnostischen Latenz bei Adoleszenten, die sich jedoch nicht statistisch sichern ließ. Bis zum 15. Lebensjahr wurden nahezu alle Patienten im CED-Register erfasst.:INHALTSVERZEICHNIS 1. EINLEITUNG 1.1 Definition chronisch entzündlicher Darmerkrankungen 1.1.1 Morbus Crohn 1.1.2 Colitis ulcerosa 1.1.3 Colitis indeterminata 1.1.4 Mikroskopische Kolitis 1.2 Ätiologie und Pathogenese 1.2.1 Genetik 1.2.2 Immunologie / Barrierestörung 1.2.3 Hygienehypothese 1.3 Klinische Symptome 1.4 Diagnostik 1.4.1 Anamnese und körperliche Untersuchung 1.4.2 Labordiagnostik 1.4.3 Bildgebung 1.4.4 Endoskopie 1.5 Therapie 2. AUFGABENSTELLUNG 3. PATIENTEN UND METHODEN 3.1 Sächsisches Register für Kinder und Jugendliche mit chronisch entzündlichen Darmerkrankungen 3.2 In Leipzig betreute Patienten mit CED bis zum 26. Lebensjahr 3.3 Sächsisches CED-Register und zweite Datenquelle Leipzig 3.3.1 Sächsisches CED-Register 3.3.2 Zweite Datenquelle Leipzig 3.3.3 Junge Patienten mit CED in Leipzig bis zum 26. Lebensjahr 3.3.4 Sächsisches CED-Register und junge Patienten mit CED in Leipzig bis zum 26. Lebensjahr 3.4 Software und statistische Analysen 4. ERGEBNISSE 4.1 Sächsisches CED-Register im Zeitraum 2000 bis 2009 4.1.1 Epidemiologie 4.1.1.1 Patienten 4.1.1.2 CED-Inzidenz bei Kindern und Jugendlichen in Sachsen im Zeitraum 2000 bis 2009 4.1.1.3 CED-Prävalenz bei Kindern und Jugendlichen in Sachsen im Zeitraum 2000 bis 2009 4.1.2 Alter bei Diagnosestellung der Kinder und Jugendlichen mit CED in Sachsen im Zeitraum 2000 bis 2009 4.1.3 Geschlecht der Kinder und Jugendlichen mit CED in Sachsen im Zeitraum 2000 bis 2009 4.1.4 Kinder und Jugendliche mit CED in Sachsen im Zeitraum 2000 bis 2009 – Lokalisation der Darmentzündung bei Diagnosestellung 4.1.4.1 Lokalisation der Darmentzündung bei Patienten mit CU zum Zeitpunkt der Diagnosestellung 4.1.4.2 Lokalisation der Darmentzündung bei Patienten mit MC zum Zeitpunkt der Diagnosestellung 4.1.5 Kinder und Jugendliche mit CED in Sachsen im Zeitraum 2000 bis 2009 – Diagnostische Latenz 4.1.5.1 Diagnostische Latenz in Abhängigkeit zu den Krankheitsgruppen 4.1.5.2 Diagnostische Latenz in Abhängigkeit zum Erkrankungsalter 4.1.5.3 Diagnostische Latenz und Lokalisation der Darmentzündung 4.2 In Leipzig betreute Patienten mit CED bis zum 26. Lebensjahr im Zeitraum 2005 bis 2009 4.2.1 Patienten 4.2.2 Alter bei Diagnosestellung der jungen Patienten mit CED in Leipzig im Zeitraum 2005 bis 2009 4.2.3 Geschlecht der jungen Patienten mit CED in Leipzig im Zeitraum 2005 bis 2009 4.2.4 Junge Patienten mit CED in Leipzig im Zeitraum 2005 bis 2009 – Lokalisation der Darmentzündung bei Diagnosestellung 4.2.4.1 Lokalisation der Darmentzündung bei Colitis ulcerosa-Patienten zum Zeitpunkt der Diagnosestellung 4.2.4.2 Lokalisation der Darmentzündung bei Morbus Crohn-Patienten zum Zeitpunkt der Diagnosestellung 4.2.5 Junge Patienten mit CED in Leipzig im Zeitraum 2005 bis 2009 – Diagnostische Latenz 4.2.5.1 Diagnostische Latenz in Abhängigkeit zu den Krankheitsgruppen 4.2.4.2 Diagnostische Latenz in Abhängigkeit zum Erkrankungsalter 4.2.5.3 Diagnostische Latenz und Lokalisation der Darmentzündung 4.3 Untersuchung junger Patienten mit CED in Leipzig im Zeitraum 2005 bis 2009 als mögliche zweite Datenquelle des Sächsischen CED-Registers für Kinder und Jugendliche 4.3.1 Altersstruktur der Leipziger Patienten mit CED, die im Zeitraum 2005 bis 2009 an das Sächsische CED-Register gemeldet wurden 4.3.2 Tatsächliche Altersstruktur der Leipziger Kinder und Jugendlichen sowie jungen Erwachsenen mit CED im Zeitraum 2005 bis 2009 nach Ergänzung durch die zweite Datenquelle 4.3.3 Tatsächliche Inzidenz der CED bei Kindern und Jugendlichen sowie jungen Erwachsenen in Leipzig im Zeitraum 2005 bis 2009 nach Ergänzung durch die zweite Datenquelle 5. DISKUSSION 6. ZUSAMMENFASSUNG 7. LITERATUR 8. ANHANG

No description available.

La maladie de Crohn (MC) a une incidence élevée dans la population pédiatrique en Amérique du Nord et cette incidence est en augmentation. L’évolution naturelle de la MC est mal comprise. L'évolution du délai à la rémission au fil des ans et les causes influençant le délai à la rémission sont très limitées dans la littérature. Peu de facteurs de risque sont identifiés dans la littérature pour prédire les rechutes de la maladie chez les enfants. Le premier objectif de cette étude était de décrire les variations du phénotype clinique, des caractéristiques endoscopiques, histologiques et de laboratoire de la MC pédiatrique au cours de la dernière décennie et de décrire les variations saisonnières de la présentation de la maladie au moment du diagnostic. Le deuxième objectif était de décrire le délai à la rémission chez les enfants atteints de MC ainsi que son évolution au cours de la dernière décennie et de déterminer les facteurs associés au délai à la rémission. Le troisième objectif de l’étude était de décrire le taux de rechutes chez les enfants atteints de la MC, son évolution au cours de la dernière décennie et de déterminer les facteurs de risque associés à la rechute de la maladie. Les patients éligibles étaient âgés de 4 à 18 ans et diagnostiqués entre 2009 et 2019. Toutes les caractéristiques cliniques, endoscopiques, histologiques et de laboratoire des patients, ainsi que leurs traitements, ont été recueillis à partir de leurs dossiers médicaux. Des analyses de survie et des modèles de régression linéaire ont été utilisés pour évaluer l'impact de ces facteurs sur le délai à la rémission et des analyses de survie et des modèles de régression de Cox ont été utilisés pour évaluer l'impact de ces facteurs sur le risque de rechute. 654 patients ont été inclus dans cette étude de cohorte rétrospective. Le nombre de nouveaux diagnostics annuels de MC a augmenté au fil des ans et les patients diagnostiqués entre 2015 et 2019 avaient un âge au diagnostic plus bas (OR 2.53, IC à 95% [1.29; 4.98]), plus de maladies périanales (OR: 2.30, IC à 95% [ 1.52; 3.48]), plus de granulomes (OR: 1.61, IC à 95% [1.17; 2.22]), mais moins d’éosinophiles (OR: 0.35, IC à 95% [0.25; 0.48]) et moins d’infiltrat lympho-plasmocytaire chronique (OR: 0.56, IC à 95% [0.36; 0.86]) comparé aux patients diagnostiqués entre 2009 et 2014. Il y avait moins de diagnostics de MC chez les enfants en hiver. Les patients diagnostiqués à l'automne avaient une activité de la maladie plus faible (score PCDAI), moins de retard de croissance et des maladies digestives moins diffuses. Les MC diagnostiquées au printemps et à l’été avaient des taux d'hémoglobine plus faibles et des taux de vitesse de sédimentation plus élevés associées à plus d’atteintes articulaires et plus d'érythème noueux. La localisation colique était significativement plus fréquente l’été et l’automne. Il n'y a pas eu de changement dans le délai à la rémission au cours de la dernière décennie. Le sexe féminin chez les adolescents (coefficient de regression bêta ajusté (aβ) = 31.8 jours, p=0.02), l'atteinte du tube digestif supérieur (aβ= 46.4 jours, p=0.04), la maladie périanale (aβ= 32.2 jours, p=0.04), les signes d'inflammation active sur les biopsies (aβ= 46.7 jours, p=0.01) et l’exposition aux 5-ASA oraux lors de la phase d'induction (aβ= 56.6 jours, p=0.002) étaient associés à un délai à la rémission plus long. À l’inverse, l'utilisation d'antibiotiques (aβ= -29.3 jours, p=0.04), l’augmentation des éosinophiles sur les biopsies (aβ= -29.6 jours, p=0.008) et l'utilisation de la nutrition entérale exclusive comme traitement d'induction avec les anti TNF-alpha (aβ= -36.8 jours, p=0.04) étaient associés à un délai à la rémission plus court. Il y a eu une diminution du taux de rechute au cours de la dernière décennie : 69.59% chez les patients diagnostiqués entre 2009 et 2014 et 47.76% chez les patients diagnostiqués entre 2015 et 2019 (p<0.0001). Le sexe féminin (hazard ratio ajusté (aHR) = 1.51, p=0.0009), les scores PCDAI (aHR= 1.02, p=0.04) et SES-CD élevés (aHR= 1.03, p=0.03) au diagnostic, l'atteinte du tube digestif supérieur (aHR= 1.59, p=0.0003), l’utilisation des 5-ASA oraux (aHR= 1.91, p=0.0003), l’usage d'agents immunomodulateurs par rapport aux biologiques (methotrexate aHR= 1.91, p=0.0006; thiopurines aHR= 2.06, p<0.0001), la présence de granulomes (aHR= 1.27, p=0.04) et l’augmentation des éosinophiles sur les biopsies (aHR= 1.34, p=0.02), des niveaux élevés de protéine C-réactive (aHR= 1.01, p<0.0001) et de calprotectine fécale (aHR=1.09, p<0.0001) pendant la rémission clinique et de faibles taux sériques d'infliximab en post-induction (aHR pour les niveau moyen d’infliximab inférieur à 7ug/mL = 2.48, p=0.005) étaient indépendamment associés à la rechute. Le phénotype de la maladie a changé au fil des ans et des tendances saisonnières dans la fréquence et la gravité des diagnostics existent, suggérant des hypothèses étiologiques telles que la carence en vitamine D en hiver, les colites bactériennes saisonnières, les processus de réactivation virale et les changements dans la composition du microbiote. Plusieurs résultats de l'étude sont originaux et ceux-ci ont apporté de nouvelles connaissances et certains pourraient être intégrés dans les lignes directrices de prise en charge de la MC pédiatrique afin d’améliorer la qualité de vie des patients, soit obtenir une rémission rapide et durable. / Crohn's disease (CD) has a high incidence in the pediatric population in North America. The etiology of CD remains unknown and the disease incidence has been increasing. The natural evolution of CD is misunderstood, especially in the pediatric population. The trends of time-to-remission over the years and the influencing factors are very limited in the literature. Few risk factors are identified in the literature to predict relapses of the disease in children. The first part of this study was to describe the trends in the clinical phenotype, endoscopic, histological, and laboratory characteristics of pediatric CD during the last decade and to describe the seasonal variation of disease presentation at diagnosis. The secondary part of this study was to describe the time to remission in children with CD as well as its evolution over the past decade and to determine factors associated with time to remission. The third part of the study was to describe the rate of relapses in children with CD, its evolution over the past decade and to determine risk factors associated with relapse of the disease. Eligible patients were aged from 4 to 18 years and diagnosed between 2009 and 2019. All clinical, endoscopic, histological, laboratory and treatment data were collected from their medical records. Survival analyses and linear regression models were used to assess the impact of those factors on time to remission. Likewise, survival analyses and Cox regression models were applied to assess the impact of those risk factors on relapse. A total of 654 patients were included in this retrospective cohort study. The number of new diagnoses per year increased over the decade. Patients diagnosed between 2015 and 2019 had a lower age at diagnosis (OR 2.53, 95% CI [1.29; 4.98]), more perianal diseases (OR: 2.30, 95% CI [1.52; 3.48]), more granulomas (OR: 1.61, 95% CI [1.17; 2.22]), but less eosinophils (OR: 0.35, 95% CI [0.25; 0.48]) and less chronic lympho-plasma cells infiltrate (OR: 0.56, 95% CI [0.36; 0.86]) on ileo-colonic biopsies compared to patients diagnosed in 2015-2019. There were fewer diagnoses of CD in children in winter. Patients diagnosed in fall had lower PCDAIs and less failure to thrive. CD diagnosed in spring and summer had lower hemoglobin levels and higher erythrocyte sedimentation rate levels. In addition, arthritis and erythema nodosum were more frequent in spring and summer. Colonic location was significantly more frequent in summer and fall. There was no change in the time to clinical remission over the past decade. Female sex in adolescents (adjusted bêta regression coefficient (aβ)= 31.8 days, p=0.02), upper digestive tract involvement (aβ= 46.4 days, p=0.04) perianal disease (aβ= 32.2 days, p=0.04), presence of active inflammation on biopsies (aβ= 46.7 days, p=0.01) and oral 5-ASA exposure (aβ= 56.6 days, p=0.002) were all associated with longer time to clinical remission. However, antibiotic exposure (aβ= -29.3 days, p=0.04), increased eosinophils on biopsies (aβ= -29.6 days, p=0.008) and combination of exclusive enteral nutrition and TNF-alpha inhibitors as induction therapy (aβ= -36.8 days, p=0.04) were associated with shorter time to clinical remission. There has been a decrease in the relapse rate over the past decade : 69.6% in patients diagnosed between 2009 and 2014 and 47.8% in patients diagnosed between 2015 and 2019 (p<0.0001). Female sex (adjusted hazard ratio (aHR) = 1.51, p=0.0009), high PCDAI (aHR= 1.02, p=0.04) and SES-CD (aHR= 1.03, p=0.03) scores at diagnosis, upper digestive tract involvement (aHR= 1.59, p=0.0003), exposure to oral 5-ASA (aHR= 1.91, p=0.0003), use of immunomodulatory agents compared to TNF-alpha inhibitors (methotrexate aHR= 1.91, p=0.0006; thiopurines aHR= 2.06, p<0.0001), presence of granulomas (aHR= 1.27, p=0.04) and increased eosinophils on biopsies (aHR= 1.34, p=0.02), high levels of C-reactive protein (aHR= 1.01, p<0.0001) and fecal calprotectin (aHR=1.09, p<0.0001) during clinical remission and low serum infliximab levels during maintenance (aHR for mean serum infliximab level under 7ug/mL = 2.48, p=0.005) were all significantly associated with relapse in patients. The disease phenotype has changed over the years and important trends in the frequency and severity of diagnoses exist according to the diagnosis period within a year, suggesting etiological hypotheses such as vitamin D deficiency in winter, seasonal bacterial and viral colitis and academic stress. Many of the results of the study are original and brought new knowledge while confirming certain statements which had not obtained consensus in recent studies of expert opinions and some could be incorporated into management guidelines of pediatric CD to short time to remission and avoid relapse in patients.

The self-organizing maps portraying has been proven to be a powerful approach for analysis of transcriptomic, genomic, epigenetic, single-cell, and pathway-level data as well as for “multi-omic” integrative analyses. However, the SOM method has a major disadvantage: it requires the retraining of the entire dataset once a new sample is added, which can be resource- and timedemanding. It also shifts the gene landscape, thus complicating the interpretation and comparison of results. To overcome this issue, we have developed two approaches of transfer learning that allow for extending SOM space with new samples, meanwhile preserving its intrinsic structure. The extension SOM (exSOM) approach is based on adding secondary data to the existing SOM space by “meta-gene adaptation”, while supervised SOM portrayal (supSOM) adds support vector machine regression model on top of the original SOM algorithm to “predict” the portrait of a new sample. Both methods have been shown to accurately combine existing and new data. With simulated data, exSOM outperforms supSOM for accuracy, while supSOM significantly reduces the computing time and outperforms exSOM for this parameter. Analysis of real datasets demonstrated the validity of the projection methods with independent datasets mapped on existing SOM space. Moreover, both methods well handle the projection of samples with new characteristics that were not present in training datasets.