Orientador: Marielle Cristina Schneider / Banca: Patricia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Katia Cristina Machado Pellegrino / Banca: Douglas de Araujo / Banca: Liano Cenofante / Resumo: Na ordem Araneae existem 45.741 espécies de aranhas descritas taxonomicamente, as quais estão distribuídas em duas subordens, Mesothelae e Opisthothelae, 114 famílias e 3.965 gêneros. Considerando o número de espécies de aranhas descritas taxonomicamente, as informações citogenéticas são muito escassas, pois menos de 2% dos representantes foram caracterizados até o momento. Dentre as 114 famílias de aranhas, 45 não possuem sequer uma espécie examinada citogeneticamente. Nas aranhas, o número diploide varia de 2n♂=7 a 2n♂=128, com sistema cromossômico sexual simples, como X0 e XY, ou múltiplo, como o X1X20, X1-X130, X1X2Y e X1-X7Y, e cromossomos com morfologia meta/submetacêntrica ou subtelo/telocêntrica. Em relação a regiões cromossômicas específicas, como as regiões organizadoras de nucléolo (RONs), somente cerca de 50 espécies de aranhas foram caracterizadas, principalmente através de impregnação pelo íon prata. Nas Mygalomorphae e Araneomorphae, as RONs estão localizadas predominantemente sobre a região terminal de um a três pares autossômicos. Porém, em algumas espécies foram observadas RONs sobre o cromossomo sexual X. Considerando as particularidades cromossômicas encontradas em Araneae e a escassez de informações citogenéticas, especialmente de regiões específicas como as RONs, este trabalho tem como objetivo estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica em espécies de aranhas pertencentes a diferentes famílias de Mygalomorphae e Araneomorphae, levando-se em conta as características cariotípicas básicas e o padrão de distribuição das RONs. As análises cromossômicas foram realizadas através de coloração convencional, impregnação pelo nitrato de prata (Ag-RON) para identificar as RONs ativas e hibridização in situ fluorescente (FISH) para localizar os genes de rDNA 18S. As 17 espécies examinadas neste trabalho pertencem a três famílias de Haplogynae, cinco de... / Abstract: The order Araneae possesses 45,741 taxonomically described species, which are distributed in two suborders, Mesothelae and Opisthothelae, 114 families and 3,965 genera. The cytogenetic data in this order are scarce, considering that less than 2% of the species were studied up to now. Among the 114 families of Araneae, in 45 there are no species cytogenetically examined. In the spiders, the diploid number ranged from 2n♂=7 to 2n♂=128, with sex chromosome system of the simple (X0 and XY) or multiple (X1X20, X1-X130, X1X2Y e X1-X7Y) types, and chromosomes with meta/submetacentric or subtelo/telocentric morphology. In relation to specific chromosome sites, such as the nucleolar organizer regions (NOR), only 30 species were investigated mainly through silver impregnation. In Mygalomorphae and Araneomorphae, the NORs were predominantly located in the terminal region from one to three autosomal pairs. However, in some species, the NORs occurred in the X sex chromosome. Considering the cytogenetic particularities observed in Araneae and the scarcity of information of specific chromosome regions, the purpose of this work was to establish the mechanism of chromosome evolution in Mygalomorphae and Araneomorphae spiders with the focus of the rDNA genes. The chromosome analyses were accomplished with standard staining, silver nitrate impregnation (Ag-NOR) to identify the active NORs and fluorescent in situ hybridization (FISH) to locate the 18S rDNA genes. The 17 species examined here belong to three families of Haplogynae, five of Entelegynae and three of Mygalomorphae. Mitotic metaphase cells exhibited 2n♂=16+X1X2Y in Sicarius cariri and Sicarius ornatus and 2n♂=18+XY in Sicarius tropicus, with Ag-NORs on the terminal region of pair 1. In S. ornatus and S. tropicus, the FISH technique showed similar results to Ag-NOR, but in S. cariri, the ribosomal cistrons were located in the terminal region of the X1 sex chromosome. The description of a ... / Doutor

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-18. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:32:58Z : No. of bitstreams: 1 000857570_20181118.pdf: 1213871 bytes, checksum: 1217b26e49381e1c08a0877fcc38cb08 (MD5) Bitstreams deleted on 2018-11-21T11:45:01Z: 000857570_20181118.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-11-21T11:45:57Z : No. of bitstreams: 1 000857570.pdf: 3162544 bytes, checksum: 933a175ada75ae354b262fe8ecddcd7a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Na ordem Araneae existem 45.741 espécies de aranhas descritas taxonomicamente, as quais estão distribuídas em duas subordens, Mesothelae e Opisthothelae, 114 famílias e 3.965 gêneros. Considerando o número de espécies de aranhas descritas taxonomicamente, as informações citogenéticas são muito escassas, pois menos de 2% dos representantes foram caracterizados até o momento. Dentre as 114 famílias de aranhas, 45 não possuem sequer uma espécie examinada citogeneticamente. Nas aranhas, o número diploide varia de 2n♂=7 a 2n♂=128, com sistema cromossômico sexual simples, como X0 e XY, ou múltiplo, como o X1X20, X1-X130, X1X2Y e X1-X7Y, e cromossomos com morfologia meta/submetacêntrica ou subtelo/telocêntrica. Em relação a regiões cromossômicas específicas, como as regiões organizadoras de nucléolo (RONs), somente cerca de 50 espécies de aranhas foram caracterizadas, principalmente através de impregnação pelo íon prata. Nas Mygalomorphae e Araneomorphae, as RONs estão localizadas predominantemente sobre a região terminal de um a três pares autossômicos. Porém, em algumas espécies foram observadas RONs sobre o cromossomo sexual X. Considerando as particularidades cromossômicas encontradas em Araneae e a escassez de informações citogenéticas, especialmente de regiões específicas como as RONs, este trabalho tem como objetivo estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica em espécies de aranhas pertencentes a diferentes famílias de Mygalomorphae e Araneomorphae, levando-se em conta as características cariotípicas básicas e o padrão de distribuição das RONs. As análises cromossômicas foram realizadas através de coloração convencional, impregnação pelo nitrato de prata (Ag-RON) para identificar as RONs ativas e hibridização in situ fluorescente (FISH) para localizar os genes de rDNA 18S. As 17 espécies examinadas neste trabalho pertencem a três famílias de Haplogynae, cinco de... / The order Araneae possesses 45,741 taxonomically described species, which are distributed in two suborders, Mesothelae and Opisthothelae, 114 families and 3,965 genera. The cytogenetic data in this order are scarce, considering that less than 2% of the species were studied up to now. Among the 114 families of Araneae, in 45 there are no species cytogenetically examined. In the spiders, the diploid number ranged from 2n♂=7 to 2n♂=128, with sex chromosome system of the simple (X0 and XY) or multiple (X1X20, X1-X130, X1X2Y e X1-X7Y) types, and chromosomes with meta/submetacentric or subtelo/telocentric morphology. In relation to specific chromosome sites, such as the nucleolar organizer regions (NOR), only 30 species were investigated mainly through silver impregnation. In Mygalomorphae and Araneomorphae, the NORs were predominantly located in the terminal region from one to three autosomal pairs. However, in some species, the NORs occurred in the X sex chromosome. Considering the cytogenetic particularities observed in Araneae and the scarcity of information of specific chromosome regions, the purpose of this work was to establish the mechanism of chromosome evolution in Mygalomorphae and Araneomorphae spiders with the focus of the rDNA genes. The chromosome analyses were accomplished with standard staining, silver nitrate impregnation (Ag-NOR) to identify the active NORs and fluorescent in situ hybridization (FISH) to locate the 18S rDNA genes. The 17 species examined here belong to three families of Haplogynae, five of Entelegynae and three of Mygalomorphae. Mitotic metaphase cells exhibited 2n♂=16+X1X2Y in Sicarius cariri and Sicarius ornatus and 2n♂=18+XY in Sicarius tropicus, with Ag-NORs on the terminal region of pair 1. In S. ornatus and S. tropicus, the FISH technique showed similar results to Ag-NOR, but in S. cariri, the ribosomal cistrons were located in the terminal region of the X1 sex chromosome. The description of a ... / FAPESP: 11/19873-9

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T19:42:38Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_sg_dr_botib.pdf: 1717229 bytes, checksum: 221defc5454fc90c8f9145b9239ba321 (MD5) / O estudo de DNAs repetitivos tem se mostrado uma ferramenta esclarecedora para diversas questões, que incluem desde a organização molecular e o entendimento da estrutura cromossômica, à análises relacionadas à diversificação e evolução cariotípica. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a organização cromossômica e genômica dos DNAs repetitivos com ênfase em representantes da tribo Phanaeini (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae), visando a compreensão dos mecanismos evolutivos envolvidos na dinâmica dos DNAs repetitivos no genoma e suas implicações. Em representantes da tribo Phaneini, especialmente membros do gênero Coprophanaeus, foi observado que a expansão de DNA repetitivo ocorreu no início da diversificação do grupo; estando estas sequências envolvidas com a diversificação dos mecanismos sexuais de Coprophanaeus, e com a origem e evolução do cromossomo B observado em C. cyanescens. O isolamento e mapeamento de transposons Mariner revelou que estas sequências sofreram uma elevada diversificação durante a história evolutiva de Phanaeini, podendo também exercer alguma função na região pericentromérica dos cromossomos. Comparações entre sequências de famílias relacionadas do transposon Mariner mostrou que estas sequências podem estar envolvidas em um processo de transferência horizontal (HT) em diversos grupos animais não-relacionados, especialmente entre insetos e mamíferos; o que contribuiu para a ampla distribuição destes elementos transponíveis. Em relação às famílias multigênicas analisadas, observou-se uma grande variação para o DNAr 18S em contraste com o padrão conservado de DNAr 5S, sugerindo que as regiões genômicas que abrigam as classes de genes ribossomais são governadas por distintas forças evolutivas. Adicionado à isso, as análises das... / The study of repetitive DNAs has been explored as an important tool to answer various biological questions, including the molecular organization and understanding of chromosome structure, and the analysis of karyotype diversification and evolution. Thus, this study focused in the chromosomal and genomic organization of repetitive DNA with emphasis on representatives of the Phanaeini tribe (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae), with the aim in understanding the mechanisms involved in the evolutionary dynamics of repetitive DNAs in the genome and their implications. In Phaneini, especially members of Coprophanaeus genus, it was observed that the expansion of repetitive DNAs occurred early in the diversification of the group. Also, these sequences have being involved in the diversification of sex chromosomes of Coprophanaeus, and the origin and evolution of the B chromosome observed in C. cyanescens. Isolation and mapping of Mariner transposons revealed that these sequences had a high diversification during the evolutionary history of Phanaeini, and therefore may also play a role in the pericentromeric region of the chromosomes. Comparative analysis between sequences of related families of Mariner transposons showed that these sequences may have been involved in a process of horizontal transfer (HT) in several unrelated groups of animals, especially between insects and mammals, which contributed to the widespread distribution of transposable elements (TEs). Regarding to the chromosomal mapping of multigene families, there was a large variation for 18S rDNA in contrast to the conserved pattern of 5S rDNA, suggesting that distinct evolutionary forces govern the genomic regions that harbor both ribosomal. Furthermore, the chromosomal mapping of repetitive sequences is a useful tool in understanding the processes that govern ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-27Bitstream added on 2014-06-13T18:47:07Z : No. of bitstreams: 1 scudeler_pes_dr_botib.pdf: 3308271 bytes, checksum: e67620edd6e6af675f92b8452e36f2a2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os chamados cromossomos supranumerários ou B, também denominados de cromossomos extras ou acessórios, são elementos genômicos adicionais e não homólogos aos do complemento A. Alguns estudiosos consideram que os cromossomos B poderiam ter sido originados dos cromossomos do complemento cariotípico e posteriormente seguido sua própria evolução, mas existem também outras hipóteses a respeito disso. A presença desse tipo de cromossomo tem sido descrita em animais e plantas e estes elementos estruturais extras constituem material genético de origem e função geralmente desconhecidas. As mudanças no complemento cariotípico relacionadas à presença dos cromossomos B e a sua distribuição têm sido descritas como participantes dos mecanismos evolutivos em vertebrados. Entre os peixes, principalmente da fauna Neotropical, a presença de cromossomos B apresenta-se de forma expressiva entre as espécies, sendo de grande interesse para estudos sobre sua estrutura, origem e função no processo de diversificação biológica. Estes cromossomos têm um comportamento diferencial, quando submetidos à coloração por bandamento C, geralmente se apresentando total ou parcialmente heterocromáticos e às vezes eucromáticos. Essas características podem ser uma forte evidência da sua provável origem e evolução independente. Portanto, sabendo-se que o entendimento sobre os cromossomos B depende de intensivas análises citogenéticas e moleculares, e com o intuito de entender a natureza dos processos envolvidos na evolução desses cromossomos, no presente trabalho foram analisados cinco populações de Moenkhausia sanctaefilomenae e as espécies Moenkhausia cosmops e Moenkhausia oligolepis pertencentes a diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas em exemplares de M. sanctaefilomenae, população do ribeirão Araquá, técnicas citogenéticas básicas... / The so-called supernumerary or B chromosomes, also known as extra or accessory chromosomes, are additional genomic elements non-homologous to those from the standard or A complement. Some experts argue that B chromosome would have been derived from the standard karyotype that have undergone their own evolutionary history, bout other hypotheses have also been proposed. The occurrence of these chromosomes has been described in both animals and plants but the origin and function of such extra structural elements remains poorly understood. Karyotypical changes related to the presence of B chromosomes and their distribution have been reported as evolutionary mechanisms in vertebrates. Among fish, mainly neotropical ones, B chromosomes are expressively found in many species, justifying their great interest for studies about structure, origin and function during biological diversification processes. These chromosomes have a differential behavior when submitted to C-banding, being entirely or partially heterochromatic or else euchromatic. These features might be a reliable evidence of their probable independent origin and evolution. Therefore, the understanding about B chromosomes depends on intensive cytogenetic and molecular analyses, and in order to comprehend the nature of their evolutionary processes, five populations of Moenkhausia sanctaefilomenae and the species Moenkhausia cosmops and Moenkhausia oligolepis from different Brazilian hydrographic basins were analyzed in the present work. Basic cytogenetic (Giemsa staining, silver-stained NOR location and C-banding) and molecular (base-specific fluorochromes, 18S rDNA and 5S rDNA fluorescent in situ hybridization) techniques were applied on specimens of M. sanctaefilomenae from Araquá stream, to verify particularities related to heterochromatin distribution and B chromosomes, representing an interesting model for further molecular... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2014-11-10T11:58:43Z : No. of bitstreams: 1 000783206_20150121.pdf: 445977 bytes, checksum: 568c0580cc83af24804e6cc469e54cb0 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-01-23T10:59:21Z: 000783206_20150121.pdf,Bitstream added on 2015-01-23T10:59:53Z : No. of bitstreams: 1 000783206.pdf: 439530 bytes, checksum: d981e11be6f161c4a118125005a6a2bf (MD5) / Prochilodus lineatus constitui-se em uma espécie de grande ocorrência na bacia superior do rio Paraná, envolvendo, sobretudo, os rios Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. Citogeneticamente, essa espécie apresenta número diploide de 54 cromossomos dos tipos meta/submetacêntricos e apresenta um interessante sistema de microcromossomos B, que pode ocorrer variação interindividual de zero a nove supranumerários, além de apresentar polimorfismo, sendo encontrados diferentes morfotipos. P. lineatus pode ser considerada uma espécie modelo de peixe neotropical, sendo muito utilizada para estudos concernentes à origem, comportamento meiótico e evolução dos cromossomos B, devido à facilidade de captura, manejo, alta frequência de supranumerários e polimorfismo. Atualmente existem muitas especulações a respeito de sua função, origem e herança, o que torna a análise da estrutura do DNA deste tipo cromossômico, assim como o estudo do seu padrão de herança de extrema importância. Diante disto, o presente trabalho teve como objetivo estudar a origem, manutenção e herança das variantes de cromossomos B encontradas em P. lineatus do rio Mogi-Guaçu, a partir da análise da composição do DNA, frequência na população natural e padrão de transmissão destes elementos genômicos. Os resultados obtidos a partir da análise da herança destes supranumerários mostrou dinamismo entre as variantes de supranumerários para prevalecerem nos genomas hospedeiros, por meio do padrão de transmissão (kB), onde o morfotipo B-metacêntrico apresentou kB acima da taxa Mendeliana, indicando um possível mecanismo de acúmulo (drive), enquanto que os morfotipos B-acro e B-submetacêntrico apresentaram kB abaixo da taxa Mendeliana, indicando estarem em estágio de extinção. Ao realizar a técnica de pintura cromossômica, utilizando as sondas B-específicas obtidas a partir da microdissecção de cada morfotipo, observou-se ... / Prochilodus lineatus is a species of high incidence in the upper Paraná River basin, involving mainly the Grande, Pardo and Mogi-Guaçu Rivers. Cytogenetically, this species has a diploid number of 54 meta/submetacentric chromosomes and presents an interesting system of B microchromosomes, which can occur interindividual variation from zero up to nine supernumeraries, also it presents polymorphism and can be found in different morphotypes. P. lineatus can be considered a model species of neotropical fish, commonly used for studies concerning the origin, behavior and evolution of B chromosomes, due to ease of capture, handling, high frequency of supernumerary and polymorphism. Currently, there are only speculations about its function, origin and inheritance, which make the analysis of the DNA structure of this chromosomal type, as well as the study of the inheritance pattern, of the utmost importance. Faced with this, the present work aimed to study the origin, maintenance and inheritance of the B chromosomes variants found in P. lineatus from Mogi-Guaçu River, from DNA composition analysis, frequency in natural population and transmission pattern of these genomic elements. The results obtained from the inheritance analysis of these supernumerary showed a dynamism between supernumerary variants to prevail in the host genome through the transmission pattern (kB), in which the B-metacentric morphotype presented kB above Mendelian ratio, indicating a possible accumulation mechanism (drive), while the B-acro and B-submetacentric variants presented kB below Mendelian ratio, indicating that they were in extinction stage. When performing the chromosome painting technique, using B-specific probes obtained from each microdissected morphotypes, it was observed a homology between the B chromosome variants, indicating a common ancient variant origin. However, only the B-submetacentric chromosome probe (Bsm) showed ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-20Bitstream added on 2014-06-13T20:29:39Z : No. of bitstreams: 1 figueiredo_rf_me_arafcf.pdf: 495174 bytes, checksum: 7ab0836eb29809e44df113c6faa89bdc (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A identificação humana pela análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado no estudo de uma combinação de marcadores que são herdados de seus progenitores. Os marcadores genéticos mais utilizados na rotina forense estão presentes nos cromossomos autossomos, porém, os marcadores presentes nos cromossomos sexuais (X e Y) e no DNA mitocondrial auxiliam as análises de forma eficiente. Assim, os marcadores do cromossomo Y têm sido muito estudados, pois além do campo forense, estes possuem várias aplicações no campo evolucionário, como na compreensão da genética populacional e exploração da história da evolução humana. Duas categorias principais são atualmente utilizadas para examinar o cromossomo Y: loci bialélico (polimorfismos de nucleotídeo único – SNPs – e inserção Alu) e loci multialélico (minissatélites e microssatélites – STRs). SNPs possuem várias vantagens em relação aos STRs, principalmente com amostras degradadas ou em pequena quantidade, devido a sua alta frequência, simplicidade, menor tamanho e baixa taxa de mutação. Assim, visando à ampliação dos dados da população brasileira em relação aos marcadores genéticos, este estudo teve por objetivo identificar os maiores haplogrupos existentes na população do Estado do Espírito Santo e avaliar as contribuições de Africanos, Ameríndios e Europeus na sua formação, uma vez que esse estado recebeu imigrantes de várias origens. Para isso, foram estudados 35 Y-SNPs em 255 amostras de indivíduos do sexo masculino nascidos no Estado do Espírito Santo - Brasil. A genotipagem foi realizada por PCR seguida por minisequenciamento (SNaPshot Multiplex) e detecção por eletroforese capilar no analisador genético ABI3500 (Applied Biosystems by Life Technologies). Dos 38 haplogrupos possíveis de serem classificados... / Human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual studying a combination of markers inherited from their parents. The genetic markers most widely used in routine forensic are present in the autosomes, however, the markers present in sex chromosomes (X and Y) and mitochondrial DNA helps analysis efficiently. Thus, the Y chromosome markers have been widely studied because beyond the forensic field, they have several applications in the field of evolution, such as in the understanding of population genetics and exploitation of human evolutionary history. Two main categories are currently used to examine the Y chromosome: biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs - and Alu insertion) and multiallelic loci (minisatellites and microsatellites - STRs). SNPs have several advantages over STRs, especially with degraded or in small quantities samples, due to its high frequency, simplicity, small size and low mutation rate. Thus, aiming to increase the data of the brazilian population related to genetic markers, the objective of this study was to identify the major haplogroups existing in the population of Espirito Santo and evaluate the contribution of Africans, Amerindians and Europeans in their formation, since this state has received immigrants from various origins. For this purpose, 35 Y-SNPs in 255 blood samples from male individuals born in Espirito Santo State-Brazil. Genotyping was performed by PCR followed by minisequencing reaction (SNaPshot Multiplex) and detection by capillary electrophoresis on ABI3500 genetic analyzer (Applied Biosystems by Life Technologies). Of the 38 possible haplogroups to be classified with the 35 SNPs studied, only 19 were detected in this sample. The haplogroup diversity was 0.7794±0.0229 and the most frequent haplogroup was... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-03T13:20:05Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3707475 bytes, checksum: ee35f581119aa666158d63338a246b7d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T13:20:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3707475 bytes, checksum: ee35f581119aa666158d63338a246b7d (MD5) Previous issue date: 2015-07-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família de peixes migratórios Prochilodontidae é constituída de 21 espécies distribuídas em três gêneros, sendo o gênero Prochilodus o mais diverso, com 13 espécies de ampla distribuição na América do Sul. Os estudos citogenéticos indicam que o gênero Prochilodus apresenta alta uniformidade cromossômica; todas as espécies partilham o mesmo número diploide e a mesma fórmula cariotípica. Este estudo teve como objetivo o estudo populacional para verificar o grau de variação cromossômica entre populações de P. costatus isoladas pela barragem de Três Marias construída no final da década de 1950, utilizando técnicas de citogenética clássica: coloração convencional (Giemsa), Banda C para evidenciar regiões ricas em heterocromatina, Cromomicina A3 (CMA3) para realçar regiões ricas em GC e Ag-NOR para revelar regiões organizadoras de nucléolo. As técnicas de citogenética molecular incluíram fluorescência in Situ (FISH) com sondas de rDNA SS e 18S, de DNA repetitivo (GA)15, (CA)15, (CAA)10, (CAT)10. Sondas obtidas do cromossomo supranumerário ou B de P. costatus, foram hibridizadas no material cromossômico. Trinta e cinco indivíduos de P. costatus foram coletados, 17 amostras a montante e 18 a jusante da barragem. Aproximadamente 620 metáfases foram analisadas. As amostras analisadas apresentaram um número diploide de 54 cromossomos, com fórmula cariotípica 4om+14sm. Doze indivíduos a montante e seis a jusante apresentaram cromossomos Bs. A técnica de bandamento C revelou marcações pericentroméricas em todos os cromossomos e um bloco adicional na região intersticial do braço maior do segundo par de cromossomos metacêntricos; o cromossomo E se mostrou inteiramente heterocromático. O fluorocromo CMA3 revelou que o braço maior do segundo par cromossômico é rico em GC, além disso foi detectada outra marcação no décimo sexto par cromossômico, localizada na região intersticial do braço menor. Através da técnica de impregnação por prata foi possível detectar regiões ativas de NOR no segundo par cromossômico, porém, um indivíduo coletado a montante apresentou uma marcação adicional na região terminal no braço maior de um homólogo do oitavo par de cromossomos. As sondas de rDNA SS e 188 marcaram em sintenia no braço maior do segundo par de cromossomos. Através da sonda 18S, confirmou-se a variação na NOR no indivíduo localizado a montante da barragem, além de uma marcação na região terminal do braço menor de um dos homólogos do par cromossômico 4. As sondas de DNA repetitivo se apresentaram predominantemente como marcações subteloméricas em todos os cromossomos, com algumas variações de padrão da sonda (CA)15 em um individuo localizado a montante. O cromossomo supranumerário de amostras a montante e jusante apresentou também marcações com a sonda (CA) 15. A sonda do cromossomo B revelou marcação apenas no cromossomo supranumerário de P. costatus, evidenciando que este cromossomo não se originou do complemento A ou que se originou a partir deste complemento, mas sofreu evolução independente, acumulando regiões heterocromáticas para a estabilização. O padrão obtido para o SS e 188 é o mesmo encontrado em estudos anteriores indicados no gênero, porém o polimorfismo encontrado apenas no indivíduo a montante é inédita e indica que existem diferenças estruturais entre as amostras analisadas. Concluiu-se que os padrões espaciais dos polimorfismos cromossômicos sugerem que as populações encontradas a montante e a jusante da UHE não são citogeneticamente homogêneas. / The migratory family of fish Prochilodontidae consists of 21 species distributed in three genera, with genus Prochilodus as the most diverse, with 13 species widely distributed in South America. Cytogenetic studies indicate that Prochilodus genus presents high chromosome uniformity; all species share the same diploid number and the same karyotype formula. This study aimed to realize a populations study to determine the degree of chromosomal variation between samples of P. costatus isolated by the Três Marias dam, built in the late l95os, using techniques of classical cytogenetics: convencional staining (Giemsa), C-Banding to show regions rich in heterochromatin, Chromomycin A3 (CMA3) to highlight regions rich in GC and Ag-NOR to reveal nucleolar organizer regions. Molecular cytogenetic techniques include fluorescent in situ (FISH) with rDNA probes SS and 188, and probes of repetitive DNA (GA)15, (CA)15, (CAA)10, (CAT)10. Probes obtained from supemumerary chromosome, or B, of P. costatus was hybridized in chromosomal material. Thirty-five individuals of P. costatus were collected, l7 samples upstream and 18 downstream of the dam. Approximately 620 metaphases were analyzed. The samples analyzed showed a diploid number of 54 chromosomes with karyotype formula 4om+l4sm. Twelve individuals upstream and six downstream presented B chromosomes. C-Banding technique proved pericentromeric markings on all chromosomes and an additional block in the interstitial region of the bigger arm of the second pair of metacentric chromosomes; the B chromosome proved entirely heterochromatic. The iluorochrome CMA3 revealed that the largest arm of the second chromosome pair is rich in GC, also was detected other marking on the sixteenth chromosome pair, located in the interstitial region of the lower arm. Silver impregnation technique was able to detect active regions of NOR in the second chromosome pair, however, an upstream collected individual presented an additional marking in the terminal region in the largest arm of the eighth chromosome pair. Probes of rDNA l8S SS showed synteny markings in the bigger arm of the second chromosome pair. Through l8S rDNA probe, was confirmed the variation in the individual Ag-NOR located upstream of the dam, in addition with markings on the lower arm of the terminal region of the chromosome pair 4. The microsatellites repetitive DNA probes were predominantly present as subtelomeric markings in all chromosomes, with some pattern of variations of the probe (CA)15 in an individual located upstream. The supernumerary chromosome samples upstream and downstream also showed markings with the probe (CA)15. The probe of the B chromosome revealed markings only in the supernumerary chromosome of P. costatus, showing that this chromosome did not originate from the standard complement or that originated from this complement, but suffered independent evolution, accumulating heterochromatic regions for stabilization. The pattern obtained for SS and 188 is the same as found in previous studies indicated in the genus, but the polymorphism found only in an upstream individual is unprecedented and indicates that there are structural differences between the samples analyzed. It was concluded that spatial patterns of chromosomal polymorphisms suggests that populations found upstream and downstream of the UHE Três Marias are not cytogenetically homogeneous.

Submitted by RICARDO UTSUNOMIA (utricardo@ibb.unesp.br) on 2016-09-21T19:55:11Z No. of bitstreams: 1 Tese Ricardo Utsunomia.pdf: 3423315 bytes, checksum: 526ac1e1d49d5b6df6ec0602e8c6f842 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T16:36:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 utsunomia_r_dr_bot.pdf: 3423315 bytes, checksum: 526ac1e1d49d5b6df6ec0602e8c6f842 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T16:36:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 utsunomia_r_dr_bot.pdf: 3423315 bytes, checksum: 526ac1e1d49d5b6df6ec0602e8c6f842 (MD5) Previous issue date: 2016-02-19 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, duas populações da espécie de peixe Moenkhausia sanctaefilomenae, uma coletada no rio Batalha, Bauru-SP (bacia do rio Tietê) e outra coletada no rio Novo, Ocauçu-SP (bacia do rio Paranapanema), foram analisadas através de técnicas citogenéticas básicas e moleculares. Além disso, o sequenciamento na plataforma Illumina HiSeq2000 de ambos os genomas e de uma variante do cromossomo B microdissecado também foram realizados. Os resultados obtidos revelaram que todos os indivíduos da população do rio Batalha apresentam de 0 a 6 cromossomos B por célula, enquanto os indivíduos da população do rio Novo não mostram elementos supranumerários. Deve-se destacar que os cromossomos B encontrados nos indivíduos do rio Batalha podem ser divididos em 2 variantes, sendo uma eucromática (B1) e altamente frequente na população, e outra heterocromática (B2) e com uma baixa prevalência. A hibridação in situ fluorescente (FISH) de DNAs repetitivos evidenciou que ambas as variantes apresentam clusters de DNAr 18S, histona H3 e satDNAs MS3 e MS7, com diferenças apenas na abundância do DNAr 18S. A análise das sequências presentes nos cromossomos B revelam que a variante B1 é mais antiga que a variante B2, embora ambas pareçam ter derivado de um mesmo cromossomo. Além disso, a seleção parece estar relaxada em ambas as variantes para o gene de histona H3. Para um melhor conhecimento do conteúdo genômico do cromossomo B, uma biblioteca microdissecada da variante B1 foi sequenciada e os dados obtidos revelam um intenso acúmulo de elementos transponíveis neste cromossomo supranumerário, além de possíveis genes de cópia única, que estão presentes em diferentes grupos de ligação no genoma de Astyanax mexicanus. Estes resultados serão utilizados como base para estudos evolutivos e funcionais deste sistema de cromossomo B. A integralização de abordagens cromossômicas e moleculares foi utilizada na tentativa de melhor compreender questões relacionadas à biologia evolutiva de cromossomos supranumerários em peixes Neotropicais. / In the present study, two populations of the fish species Moenkhausia sanctaefilomenae, one collected at the Batalha river, Bauru-SP (Tietê river basin) and the other collected at the Novo river, Ocauçu-SP (Paranapanema river basin), were analyzed through classical and molecular cytogenetic techniques. Besides, Illumina HiSeq2000 sequencing was performed for both genomes and for one microdissected B-variant. Results obtained revealed that all the individuals from the Batalha river show from 0 to 6 B chromosomes per cell, while the specimens from Novo river did not show any supernumerary chromosomes. One must note that the B chromosomes found in the Batalha river might be classified into 2 variants, one euchromatic (B1) and present in all the population, and another heterochromatic (B2) with lower prevalence. Fluorescence in situ hybridization (FISH) using repetitive DNA probes revealed that both B-types showed 18S rDNA, H3 histone and MS3 and MS7 satDNAs. Interestingly, the only between-variant difference was the abundance of 18S rDNA. Sequence analysis revealed that the B1 variant is older than B2, although both variants seem to be derived from the same autosomal pair. Notably, selection seems to be relaxed for H3.3 histone genes located on the B chromosomes. For a better knowledge about the genomic content of B chromosomes, a microdissected library of B1 variant was sequenced and data obtained revealed an intense accumulation of transposable elements in this supernumerary, in addition to single copy genes, that are present in different linkage groups of Astyanax mexicanus genome. These results will be used for future evolutionary and functional studies about B chromosomes. The combined approach of chromosomal and molecular methods was used to better understand evolutionary issues of supernumerary chromosomes in Neotropical fish. / FAPESP: 2013/00953-8

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:14Z : No. of bitstreams: 1 000868844_20170731.pdf: 356252 bytes, checksum: 38bf2107cf66a4b3cb426b24a0184a36 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868844_20170731.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868844.pdf: 8016009 bytes, checksum: a5ffc89b1b5a01ff1b019ba237d0b05e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / CAPES: 3127-14-1 / CNPq: 151697/2001-6 / FAPESP: 13/04533-3

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Greiciane Gaburro Paneto / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Resumo: A identificação humana pela análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado no estudo de uma combinação de marcadores que são herdados de seus progenitores. Os marcadores genéticos mais utilizados na rotina forense estão presentes nos cromossomos autossomos, porém, os marcadores presentes nos cromossomos sexuais (X e Y) e no DNA mitocondrial auxiliam as análises de forma eficiente. Assim, os marcadores do cromossomo Y têm sido muito estudados, pois além do campo forense, estes possuem várias aplicações no campo evolucionário, como na compreensão da genética populacional e exploração da história da evolução humana. Duas categorias principais são atualmente utilizadas para examinar o cromossomo Y: loci bialélico (polimorfismos de nucleotídeo único - SNPs - e inserção Alu) e loci multialélico (minissatélites e microssatélites - STRs). SNPs possuem várias vantagens em relação aos STRs, principalmente com amostras degradadas ou em pequena quantidade, devido a sua alta frequência, simplicidade, menor tamanho e baixa taxa de mutação. Assim, visando à ampliação dos dados da população brasileira em relação aos marcadores genéticos, este estudo teve por objetivo identificar os maiores haplogrupos existentes na população do Estado do Espírito Santo e avaliar as contribuições de Africanos, Ameríndios e Europeus na sua formação, uma vez que esse estado recebeu imigrantes de várias origens. Para isso, foram estudados 35 Y-SNPs em 255 amostras de indivíduos do sexo masculino nascidos no Estado do Espírito Santo - Brasil. A genotipagem foi realizada por PCR seguida por minisequenciamento (SNaPshot Multiplex) e detecção por eletroforese capilar no analisador genético ABI3500 (Applied Biosystems by Life Technologies). Dos 38 haplogrupos possíveis de serem classificados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual studying a combination of markers inherited from their parents. The genetic markers most widely used in routine forensic are present in the autosomes, however, the markers present in sex chromosomes (X and Y) and mitochondrial DNA helps analysis efficiently. Thus, the Y chromosome markers have been widely studied because beyond the forensic field, they have several applications in the field of evolution, such as in the understanding of population genetics and exploitation of human evolutionary history. Two main categories are currently used to examine the Y chromosome: biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs - and Alu insertion) and multiallelic loci (minisatellites and microsatellites - STRs). SNPs have several advantages over STRs, especially with degraded or in small quantities samples, due to its high frequency, simplicity, small size and low mutation rate. Thus, aiming to increase the data of the brazilian population related to genetic markers, the objective of this study was to identify the major haplogroups existing in the population of Espirito Santo and evaluate the contribution of Africans, Amerindians and Europeans in their formation, since this state has received immigrants from various origins. For this purpose, 35 Y-SNPs in 255 blood samples from male individuals born in Espirito Santo State-Brazil. Genotyping was performed by PCR followed by minisequencing reaction (SNaPshot Multiplex) and detection by capillary electrophoresis on ABI3500 genetic analyzer (Applied Biosystems by Life Technologies). Of the 38 possible haplogroups to be classified with the 35 SNPs studied, only 19 were detected in this sample. The haplogroup diversity was 0.7794±0.0229 and the most frequent haplogroup was... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre