Bipolaris sorokiniana é um fungo fitopatogênico de gramíneas, sendo mais importante nas culturas de trigo e de cevada, ocasionando moléstias como a podridão comum da raiz, carvão do nó, ponta preta dos grãos e mancha marrom. No Brasil esse fitopatógeno encontra-se disseminado em todas as regiões tritícolas. O uso de sementes sadias ou tratadas adequadamente com fungicidas é de grande importância para o controle do fungo. O diagnóstico é dificultado pela grande variabilidade fisiológica e morfológica que o patógeno apresenta. O presente estudo teve por objetivos examinar a presença de polimorfismos intra-específicos das regiões do espaço transcrito interno (Spacer Transcribed Internal-ITS) do DNA ribossomal de isolados de B. sorokiniana e relacionar os padrões de polimorfismos com a região geográfica de origem dos isolados e com os diferentes tipos de hospedeiros. As regiões ITS1 e ITS2 do rDNA de 50 isolados de B. sorokiniana do Brasil e de outros países, um isolado de B. oryzae e seis de Drechslera teres foram amplificadas com oligonucleotídeos iniciadores universais ITS5-ITS2 e ITS3-ITS4. Os produtos da amplificação foram clivados com 18 endonucleases de restrição selecionadas e os polimorfismos foram analisados em gel não desnaturante de poliacrilamida 8%. A análise dos produtos de amplificação revelou a presença de dois fragmentos para ambas as regiões ITS em todos os isolados. Dois isolados de B. sorokiniana apresentaram variabilidade intra-específica de ITS com um terceiro fragmento nesta região. A partir da análise dos dendrogramas da clivagem das regiões ITS, verificou-se que os isolados do Brasil e de outros países formaram grupos intra-específicos e grupos interespecíficos. B.oryzae agrupou-se com até 75% de similaridade na análise da região ITS1 e 72,7% na região ITS2 com isolados de B. sorokiniana. Um isolados de D. Teres apresentou índice de similaridade de ITS1 de 75% com amostras de B. sorokiniana isoladas de trigo. Em todos os dendrogramas analisados não foi possível agrupar os isolados por região geográfica ou por tipo de hospedeiro. / Bipolaris sorokiniana is a worldwide pathogen of many cereal grasses. It is the most important causal agent of common root rot, leaf spot disease, seedling blight and black point of wheat and barley. In Brazil this fungus is disseminated in all wheat producing regions. Since this fungus is a seed borne pathogen, it is a very important to use in plantation seeds free of the fungus or seeds properly treated with fungicide. Diagnose of the phytopathogen is a difficult task because its high morphological and physiological variability. The purpose of this study was to examine the intra-specific polymorphism of internally transcribed spacer (ITS) region in the ribosomal DNA (DNAr) of Bipolaris sorokiniana isolates and to determine if there is some relationship among the isolates and their geographic origin or host. DNAr from 50 B. sorokiniana isolates, from Brazil and other countries, one B. oryzae and six Drechslera teres were used for the amplification of the ITS region using the universal primers ITS5-ITS2 and ITS3-ITS4. The amplification products were digested with 18 selected restriction endonucleases and the polymorphism was analyzed in 8% no denaturing polyacrylamide gel. The results of the amplification products showed two fragments for each ITS regions in all isolates. Two B. sorokiniana isolates presented an intra-specific variability with a third fragment for the ITS1 region. The dendrogram analyses of the polymorphism's, generated with the digestions of ITS region, from isolates of Brazil and from the other countries showed an intra and inter-specific groups. B. oryzae showed 75% of similarity with some B. sorokiniana isolates in the polymorphism analysis of ITS1 region and 72, 7% of in the ITS2 region. In the same way in the ITS1 region, one D. teres isolate presented 75% of similarity for B. sorokiniana isolated from wheat. In all the dendrograms analysis there was not possibility to group the isolates accordingly to their geographic origin or host type.

Bipolaris sorokiniana é um fungo fitopatogênico de gramíneas, sendo mais importante nas culturas de trigo e de cevada, ocasionando moléstias como a podridão comum da raiz, carvão do nó, ponta preta dos grãos e mancha marrom. No Brasil esse fitopatógeno encontra-se disseminado em todas as regiões tritícolas. O uso de sementes sadias ou tratadas adequadamente com fungicidas é de grande importância para o controle do fungo. O diagnóstico é dificultado pela grande variabilidade fisiológica e morfológica que o patógeno apresenta. O presente estudo teve por objetivos examinar a presença de polimorfismos intra-específicos das regiões do espaço transcrito interno (Spacer Transcribed Internal-ITS) do DNA ribossomal de isolados de B. sorokiniana e relacionar os padrões de polimorfismos com a região geográfica de origem dos isolados e com os diferentes tipos de hospedeiros. As regiões ITS1 e ITS2 do rDNA de 50 isolados de B. sorokiniana do Brasil e de outros países, um isolado de B. oryzae e seis de Drechslera teres foram amplificadas com oligonucleotídeos iniciadores universais ITS5-ITS2 e ITS3-ITS4. Os produtos da amplificação foram clivados com 18 endonucleases de restrição selecionadas e os polimorfismos foram analisados em gel não desnaturante de poliacrilamida 8%. A análise dos produtos de amplificação revelou a presença de dois fragmentos para ambas as regiões ITS em todos os isolados. Dois isolados de B. sorokiniana apresentaram variabilidade intra-específica de ITS com um terceiro fragmento nesta região. A partir da análise dos dendrogramas da clivagem das regiões ITS, verificou-se que os isolados do Brasil e de outros países formaram grupos intra-específicos e grupos interespecíficos. B.oryzae agrupou-se com até 75% de similaridade na análise da região ITS1 e 72,7% na região ITS2 com isolados de B. sorokiniana. Um isolados de D. Teres apresentou índice de similaridade de ITS1 de 75% com amostras de B. sorokiniana isoladas de trigo. Em todos os dendrogramas analisados não foi possível agrupar os isolados por região geográfica ou por tipo de hospedeiro. / Bipolaris sorokiniana is a worldwide pathogen of many cereal grasses. It is the most important causal agent of common root rot, leaf spot disease, seedling blight and black point of wheat and barley. In Brazil this fungus is disseminated in all wheat producing regions. Since this fungus is a seed borne pathogen, it is a very important to use in plantation seeds free of the fungus or seeds properly treated with fungicide. Diagnose of the phytopathogen is a difficult task because its high morphological and physiological variability. The purpose of this study was to examine the intra-specific polymorphism of internally transcribed spacer (ITS) region in the ribosomal DNA (DNAr) of Bipolaris sorokiniana isolates and to determine if there is some relationship among the isolates and their geographic origin or host. DNAr from 50 B. sorokiniana isolates, from Brazil and other countries, one B. oryzae and six Drechslera teres were used for the amplification of the ITS region using the universal primers ITS5-ITS2 and ITS3-ITS4. The amplification products were digested with 18 selected restriction endonucleases and the polymorphism was analyzed in 8% no denaturing polyacrylamide gel. The results of the amplification products showed two fragments for each ITS regions in all isolates. Two B. sorokiniana isolates presented an intra-specific variability with a third fragment for the ITS1 region. The dendrogram analyses of the polymorphism's, generated with the digestions of ITS region, from isolates of Brazil and from the other countries showed an intra and inter-specific groups. B. oryzae showed 75% of similarity with some B. sorokiniana isolates in the polymorphism analysis of ITS1 region and 72, 7% of in the ITS2 region. In the same way in the ITS1 region, one D. teres isolate presented 75% of similarity for B. sorokiniana isolated from wheat. In all the dendrograms analysis there was not possibility to group the isolates accordingly to their geographic origin or host type.

Bipolaris sorokiniana é um fungo fitopatogênico de gramíneas, sendo mais importante nas culturas de trigo e de cevada, ocasionando moléstias como a podridão comum da raiz, carvão do nó, ponta preta dos grãos e mancha marrom. No Brasil esse fitopatógeno encontra-se disseminado em todas as regiões tritícolas. O uso de sementes sadias ou tratadas adequadamente com fungicidas é de grande importância para o controle do fungo. O diagnóstico é dificultado pela grande variabilidade fisiológica e morfológica que o patógeno apresenta. O presente estudo teve por objetivos examinar a presença de polimorfismos intra-específicos das regiões do espaço transcrito interno (Spacer Transcribed Internal-ITS) do DNA ribossomal de isolados de B. sorokiniana e relacionar os padrões de polimorfismos com a região geográfica de origem dos isolados e com os diferentes tipos de hospedeiros. As regiões ITS1 e ITS2 do rDNA de 50 isolados de B. sorokiniana do Brasil e de outros países, um isolado de B. oryzae e seis de Drechslera teres foram amplificadas com oligonucleotídeos iniciadores universais ITS5-ITS2 e ITS3-ITS4. Os produtos da amplificação foram clivados com 18 endonucleases de restrição selecionadas e os polimorfismos foram analisados em gel não desnaturante de poliacrilamida 8%. A análise dos produtos de amplificação revelou a presença de dois fragmentos para ambas as regiões ITS em todos os isolados. Dois isolados de B. sorokiniana apresentaram variabilidade intra-específica de ITS com um terceiro fragmento nesta região. A partir da análise dos dendrogramas da clivagem das regiões ITS, verificou-se que os isolados do Brasil e de outros países formaram grupos intra-específicos e grupos interespecíficos. B.oryzae agrupou-se com até 75% de similaridade na análise da região ITS1 e 72,7% na região ITS2 com isolados de B. sorokiniana. Um isolados de D. Teres apresentou índice de similaridade de ITS1 de 75% com amostras de B. sorokiniana isoladas de trigo. Em todos os dendrogramas analisados não foi possível agrupar os isolados por região geográfica ou por tipo de hospedeiro. / Bipolaris sorokiniana is a worldwide pathogen of many cereal grasses. It is the most important causal agent of common root rot, leaf spot disease, seedling blight and black point of wheat and barley. In Brazil this fungus is disseminated in all wheat producing regions. Since this fungus is a seed borne pathogen, it is a very important to use in plantation seeds free of the fungus or seeds properly treated with fungicide. Diagnose of the phytopathogen is a difficult task because its high morphological and physiological variability. The purpose of this study was to examine the intra-specific polymorphism of internally transcribed spacer (ITS) region in the ribosomal DNA (DNAr) of Bipolaris sorokiniana isolates and to determine if there is some relationship among the isolates and their geographic origin or host. DNAr from 50 B. sorokiniana isolates, from Brazil and other countries, one B. oryzae and six Drechslera teres were used for the amplification of the ITS region using the universal primers ITS5-ITS2 and ITS3-ITS4. The amplification products were digested with 18 selected restriction endonucleases and the polymorphism was analyzed in 8% no denaturing polyacrylamide gel. The results of the amplification products showed two fragments for each ITS regions in all isolates. Two B. sorokiniana isolates presented an intra-specific variability with a third fragment for the ITS1 region. The dendrogram analyses of the polymorphism's, generated with the digestions of ITS region, from isolates of Brazil and from the other countries showed an intra and inter-specific groups. B. oryzae showed 75% of similarity with some B. sorokiniana isolates in the polymorphism analysis of ITS1 region and 72, 7% of in the ITS2 region. In the same way in the ITS1 region, one D. teres isolate presented 75% of similarity for B. sorokiniana isolated from wheat. In all the dendrograms analysis there was not possibility to group the isolates accordingly to their geographic origin or host type.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:40:09Z No. of bitstreams: 2 Tese Merilane Calixto.pdf: 3296398 bytes, checksum: 4ebdcc3320e5ae2af6c49364b68099bd (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:40:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Merilane Calixto.pdf: 3296398 bytes, checksum: 4ebdcc3320e5ae2af6c49364b68099bd (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-08-16 / FACEPE / Para compreender a organização cromossômica de elementos repetitivos na família Phyllostomidae o mapeamento físico de genes ribossomais/sequências teloméricas e do retrotransposon MAZE/L1-like foi realizado em 12 e 13 espécies, respectivamente. O número de clusters para o gene 45S variou de um a três, com exclusiva localização autossômica exceto em Carollia perspicillata (cromossomo X). Para o gene 5S um único par de sítios autossômicos foi observado em todas as espécies. A FISH com sequência telomérica hibridizou os telômeros de todas as espécies, exceto em C. perspicillata e foram observados sítios teloméricos intersticiais (ITS) na região pericentromérica da maioria das espécies. Adicionalmente, o elemento MAZE/L1-like mostrou-se presente na região centromérica (regiões heterocromáticas) dos cromossomos de todas as espécies, exceto em Chrotopterus auritus, e algumas espécies apresentaram o enriquecimento desse elemento no braço longo do cromossomo X e outras apresentaram sinais de hibridização na região proximal dos braços cromossômicos do X. Esses resultados indicam que distintas forças evolutivas atuam no genoma de Phyllostomidae, bem como podemos especular que a presença do elemento MAZE/L1-like em regiões heterocromáticas centroméricas seja pela baixa pressão seletiva que atua nestas regiões genômicas e pelo seu envolvimento com funções centroméricas. Além disso, a localização de elementos repetitivos em regiões centroméricas fornece um bom marcador molecular com aplicações em estudos de evolução e rearranjos cromossômicos.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3708_1.pdf: 2384941 bytes, checksum: eb88b5415a7535a2dd1ff4be7f2c1781 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sistemas de expressão heteróloga em Saccharomyces cerevisiae têm sido descritos, porém apresentam algumas desvantagens quando utilizados em linhagens industriais: (1) a marca de seleção é baseada em supressão de auxotrofia ou resistência a compostos químicos; (2) a marca de seleção nem sempre é excisável; (3) o alvo de integração geralmente não é multicópia; (4) os vetores ainda possuem seqüência bacteriana. Neste trabalho, construímos um novo sistema para modificação de linhagens industriais de S. cerevisiae que obedecem aos requisitos para utilização de OGM s na indústria: linhagem modificada sem marca de resistência a antibióticos, não portadora de seqüências de origem bacteriana e seqüências integradas derivadas de organismos GRAS (Generally recognized as safe). Este sistema pFB, composto por dois vetores pFB-LAC4 e pFB-LAC12, combina o método de seleção por complementação metabólica para lactose com a utilização do DNA ribossomal como alvo de integração por recombinação homóloga resultando num sistema de modificação com seleção limpa (ecologicamente correta), de integrações estáveis e re-utilizável numa mesma linhagem. Este sistema permite a modificação genética de linhagens industriais de S. cerevisiae para expressão heteróloga e/ou modificações de vias metabólicas permitindo o melhoramento ou introdução de vias bioquímicas nestas linhagens.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPQCN.pdf: 1591126 bytes, checksum: 47e87d1e295d07b8d7e7495ed953e78b (MD5) Previous issue date: 2002-09-27 / The tropical palm pupunha (Bactris gasipaes Kunth) was domesticated by Amerindians and is cultivated in several countries. In Brazil, the interest is in the agribusiness for heart-of-palm production, although the fruits nutritional value is also interesting. Endophytic microorganisms were isolated from fruit fragments of 18 plants using BDA and PDA (pupunha pulp-dextrose-agar) in the absence of light at 18ºC. In fragments of mesocarp, endocarp and endosperm the presence of endophytic bacteria, yeast and filamentous fungi was observed. The fungal isolates were identified as: Thielaviopsis paradoxa 36.4%, Ceratocystis paradoxa 17.1%, Phomopsis sp. 10.4%, Fusarium sp. 9.7% and Penicillium sp. 2,0%. The infection rate was highest in the mesocarp with 47.7%. More than one isolate was colonizing pupunha fruits in the same plant and in all plants investigated there were endophytes. C. paradoxa showed specificity for mesocarp while T. paradoxa for endocarp and endosperm. T. paradoxa was the most frequent isolate, and was chosen for molecular analysis. The DNA from 22 endophytes was extracted with CTAB and liquid nitrogen. A fragment with 1600 bp was amplified from rDNA by PCR and the purified amplification product was sequenced. The 22 samples had been submitted to the GenBank and all had presented greater similarity with access C. paradoxa (AF043607). The alignment among the 22 endophytes showed little variability among them. The samples were submitted to the TCS program, where gaps were considered as a fifth character, resulting in the identification of nine haplotypes. Among these only two were found in more than one individual. The greatest genetic variability was among the endosperm isolates. The PAUP 4.0 Program, utilizing the distance p method not corrected, was used to obtain a distance matrix and a parsimonious tree by neighbor-joining, with a length of 139 steps. The estimate of the transition/transvertion rate was 1.2, and the base proportions were 27.9% for adenine, 21.5% for cytosine, 21.5% for guanine and 29.1% for thymine. The proportion of invariable sites was 0.476 and the parameter gamma was 0.57; CI=0.897 and RI=0.976. There was little genetic divergence among isolates. The taxons topology was estimated by neighbor-joining, using a 1000 replication bootstrap. The tree was rooted with two outgroups, both of Chalara elegans (AF275509 e AF275482). Three major groups were formed, with one group containing C. paradoxa (AF043607) with all T. paradoxa isolates. No specific groups were formed according to the fragment sampled although some haplotypes from the endocarp and endosperm were grouped closely together. The molecular analysis confirmed the identification of T. paradoxa made from reproductive structures. / A palmeira tropical pupunheira (Bactris gasipaes Kunth) foi domesticada pelos ameríndios e atualmente é cultivada em diversos países. No Brasil possui interesse agroeconômico principalmente para produção de palmito; além disso, o valor nutricional de seu fruto é bastante valorizado. Foi realizado o isolamento de microrganismos endofíticos de fragmentos de frutos de 18 pupunheiras, em meios BDA e PDA (polpa de pupunha-dextrose-ágar) em ausência de luz a 18ºC. A partir de fragmentos do mesocarpo, endocarpo e amêndoa foi observada a presença dos microrganismos endofíticos: bactérias, leveduras e fungos filamentosos. Foram identificados os seguintes táxons: Thielaviopsis paradoxa apresentou freqüência de isolamento de 36,4%, Ceratocystis paradoxa com 17,1%, Phomopsis sp. com 10,4%, Fusarium sp. com 9,7% e Penicillium sp. com 2,0% e o maior índice de infecção foi apresentado pelo mesocarpo com 47,7%. Mais de uma espécie estava colonizando frutos de pupunha em uma mesma planta e em todas as plantas investigadas havia endófitos. C. paradoxa apresentou especificidade pelo mesocarpo enquanto T. paradoxa pelo endocarpo e amêndoa. Por ser o isolado mais frequente T. paradoxa foi escolhido para análise molecular. O DNA de 22 endófitos foi extraído com CTAB e nitrogênio líquido. Um fragmento com 1600 pb foi amplificado a partir do rDNA pela técnica de PCR. A partir da purificação do produto amplificado, foi obtido o sequenciamento de parte da região espaçadora ITS1, ITS2 e gene 5,8S completos, e parte da subunidade maior 28S. As 22 amostras foram submetidas ao GenBank e todas apresentaram maior semelhança com o acesso C. paradoxa (AF043607). O alinhamento realizado entre os 22 endófitos demonstrou pouca variabilidade entre eles. As amostras foram então submetidas ao Programa TCS, onde os gaps foram considerados como um quinto caracter, resultando na identificação de nove haplótipos. Dentre estes somente dois apresentaram mais de um indivíduo e a maior variabilidade genética foi entre os isolados da amêndoa. Por meio do Programa PAUP 4.0, utilizando o método de distância p não corrigida, foram obtidas uma matriz de distância e uma árvore parcimoniosa pelo método agrupamento de vizinhos, com tamanho de 139 passos. A estimativa da taxa de transição/transversão foi de 1,2 e a proporção de bases foi de 27,9% para adenina, 21,5% para citosina, 21,5% para guanina e 29,1% para timina. A proporção de sítios invariáveis foi de 0,476 e o parâmetro gama foi 0,57. O Índice de Consistência foi 0,897 e o de Retenção de 0,976. A matriz demonstrou pouca divergência genética entre os isolados. A topologia dos táxons foi estimada pelo agrupamento de vizinhos, com aplicação de bootstrap com 1000 repetições. A árvore foi enraizada a partir de dois grupos externos, ambos da espécie Chalara elegans (AF275509 e AF275482). Três grupos maiores foram formados, sendo que C. paradoxa (AF043607) originou um grupo com todos os isolados de T. paradoxa. Não houve a formação de grupos específicos por fragmento de isolamento, entretanto, alguns haplótipos isolados do endocarpo e amêndoa foram agrupados juntos. A análise molecular ratificou a identificação realizada por meio das estruturas de reprodução de T. paradoxa.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Oyster farming is a fishing activity that has been showing growth among the years to supply Brazil´s commercial demand. In Brazilian estuaries, two native oysters represent most of this type of mollusk population: Crassostra rhizophorae and Crassostrea brasiliana. Due to their great resemblance and also for sharing the same ecological traits, the lack of morphological distinction in between the two species do complicate the visual identification. Hence, genetic analysis is mandatory to distinguish them. Owing to fishing industry, it is crucial to identify accurately cultivated oysters aiming productivity growth, also providing sustainable and responsible use of natural resources. The transference of one organism to another habitat, under economic purposes, may trigger several hazards to the ecosystem; therefore it must be ensured that there is gene flow between the two locations to avoid such ecological damages. To do this, an analysis of DNA haplotypes may be used among the samples to estimate genetic structure. This research used DNA samples extracted from the adductor muscle of the shell of 180 oysters gathered at three estuaries of Sergipe: São Francisco, Vaza Barris and Piauí-Real. Levels of genetic variability were determined through amplification of two mitochondrial genes: 16S, for the species identification, and cytochrome oxidase subunit I (COI), for genetic identity and population diversity. Of the 156 analyzed oysters, 49 were identified as C. rhizophorae and 107 as C. brasiliana. The two species co-occurred in all three examined estuaries. C. brasiliana is more frequent in lower salinity waters and next to oyster farming sites. Molecular marker COI delivered the same polymorphism levels for both species, and 14 haplotypes for C. rhizophorae, 12 haplotypes for C. brasiliana. AMOVA analysis detects the absence of geographical structuring in both species´ populations due to the low FST value. According to the acquired data, it can be stated that there is gene flow in high levels between populations of the two native oyster species at the analyzed estuaries. The higher genetic diversity for C. brasiliana is situated on Piauí-Real estuary. It may be related to the North-South direction of ocean currents in this region, which favors the migration of larvae to South estuaries, on the other hand it hinders the flow of unique haplotypes of Piauí-Real estuary to others located to the North. Moreover, the higher diversity for C. rhizophorae was detected in Vaza Barris river, due to the absence of any oyster farming sites in this estuary, whereas the choice of C. brasiliana for cultivation because it has better performance for commercial purposes. Thus, it can be concluded that, from a genetically speaking, the translocation of native oysters among the researched estuaries for cultivation would not affect local populations. / O cultivo de ostras ostreicultura é uma atividade pesqueira que vem crescendo no Brasil ao longo dos anos para suprir a demanda comercial local. Nos estuários brasileiros, duas ostras nativas apresentam a maior abundância populacional: Crassostrea rhizophorae e Crassostrea brasiliana e, por consequência, são as principais espécies exploradas. Devido à grande semelhança e por também apresentarem hábitos ecologicamente similares, as pequenas variações morfológicas entre as duas espécies prejudicam a identificação visual, tornando-se necessárias análises genéticas que possibilitem sua diferenciação. Tendo em vista o setor pesqueiro, a identificação das ostras cultivadas é essencial para o aumento da produtividade, além de possibilitar o uso sustentável e responsável dos recursos naturais. O transporte de um organismo para outro habitat, com finalidade econômica, pode desencadear diversos prejuízos para o ecossistema, portanto é preciso certificar que há fluxo gênico entre os locais para evitar tais danos ecológicos. O presente trabalho teve por objetivo diferenciar as espécies de Crassostrea por meio de amostras de DNA extraídas do músculo adutor da concha de 180 ostras coletadas em três estuários de Sergipe: São Francisco, Vaza Barris e Piauí-Real. Os níveis de variabilidade foram determinados através da amplificação de dois genes mitocondriais: DNA ribossomal 16S, para a identificação das espécies e citocromo oxidase I (COI), utilizado para identidade genética e diversidade populacional. Dos 156 indivíduos utilizados para a análise genética, 49 foram identificados como C. rizophorae e 107 como C. brasiliana, sendo que as duas espécies coocorreram nos três estuários analisados. C. brasiliana é mais frequente em locais de salinidade mais baixa e também junto aos sítios de ostreicultura. O marcador COI apresentou o mesmo nível de polimorfismo para as duas espécies e 14 haplótipos para C. rhizophorae, 12 haplótipos para C. brasiliana. O teste AMOVA detectou a inexistência de estruturação geográfica nas populações das duas espécies, devido ao baixo valor de fixação FST. De acordo com os dados obtidos, é possível afirmar que há grande fluxo gênico entre as populações das duas espécies de ostras nativas dos estuários analisados. A maior diversidade genética para C. brasiliana encontra-se no estuário do complexo fluvial Piauí-Real, podendo estar relacionada ao sentido Norte-Sul das correntes marinhas nessa região, que favorece a migração de larvas para estuários do Sul, entretanto dificulta o fluxo de haplótipos exclusivos do complexo Piauí-Real para estuários localizados ao Norte. Por outro lado, a maior diversidade para C. rhizophorae foi encontrada no rio Vaza Barris, devido a ausência de criatórios comerciais de ostras nativas neste estuário, sabendo que nos viveiros são cultivadas ostras da espécie C. brasiliana, por possuir melhor desempenho para fins comerciais. Dessa forma, podese concluir que, do ponto de vista genético, a translocação de ostras nativas entre os estuários analisados para cultivo, não afetaria as populações locais.

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-08-12T19:39:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T19:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Capes / Cromossomos holocêntricos apresentam atividade cinetocórica difusa e essa organização favorece, em teoria, rápidas variações cromossômicas numéricas e o acúmulo de DNA satélite (DNAsat) predominantemente nas regiões terminais dos cromossomos. O gênero de plantas Rhynchospora (Cyperaceae), um dos diversos grupos com esse tipo cromossômico, apresenta espécies com cariótipos entre 2n = 4 e 2n = 58, cuja variação é atribuída à poliploidia e a eventos de quebra/fusão, levando a disploidias. Quanto à distribuição de DNAsat, o único relato até o momento revelou uma baixa proporção dessas sequências, com o único repeat identificado (Tyba) associado aos holocentrômeros. Com o intuito de entender como a estrutura centromérica difusa interfere na organização de sequências ao longo do cromossomo e na evolução do cariótipo como um todo, foram realizadas uma análise de reconstrução dos números cromossômicos ancestrais de Rhynchospora em um contexto filogenético e a caracterização de DNAsats em três espécies do gênero. O complemento cromossômico 2n = 10 foi indicado como o mais provável para o ancestral do gênero, tendo sido mantido em diferentes taxa. A maioria dos clados mostrou números estáveis e a homoplasia de cariótipos foi observada em uma frequência relativamente baixa. Os genomas de R. ciliata/R. globosa e R. tenuis apresentaram duas e uma família(s) de DNAsat, respectivamente, com um padrão de condensação típico (blocos condensados em intérfase). Uma localização preferencial nos terminais cromossômicos foi observada apenas para os DNAsat de R. globosa. Três tipos de cromatina foram revelados pela distribuição dessas sequências: (1) associadas à heterocromatina e presente na forma de cromocentros em intérfase e blocos nos cromossomos metafásicos (R. ciliata e R. globosa); (2) compactados em interfase mas parcialmente descondensados em metáfase e não diretamente associados à heterocromatina (R. ciliata e R. tenuis); ou (3) associados aos holocentrômeros (R. ciliata e R. tenuis). De forma geral em Rhynchospora, os eventos de fusão e fissão parecem atuar localmente no remodelamento dos cariótipos e as sequências satélites não mostram uma tendência única de distribuição. A estrutura centromérica difusa, portanto, não determina em larga escala a dinâmica evolutiva dos cromossomos do gênero. / Holocentric chromosomes show diffuse kinetochore activity, what would lead to fast evolution of chromosome numbers and a biased distribution of satellite repeats. The plant genus Rhynchospora (Cyperaceae) possesses holocentric chromosomes and shows a large chromosome number variation (2n = 4 to 2n = 58) attributed to polyploidy and frequent fusion/fission events, leading to dysploidy. Regarding satellite repeats (satDNA), the only investigated species showed a low proportion of these sequences, with the single family identified associated to the holocentromeres. In the present work, aiming to better understand how the diffuse centromere organisation could interfere with the distribution of satellite repeats along the chromosomes and with the karyotype evolution as a whole, we combined a reconstruction of Rhynchospora chromosome numbers in a phylogenetic framework and the characterisation of satellite repeats in three selected species. The karyotype with 2n = 10 was suggested as the ancestral state and was maintained in different lineages. Most of the clades showed stable chromosome number and recurrent karyotypes changes (leading to homoplasies) were detected in low frequency. All Rhynchospora species analysed (R. ciliata, R. globosa and R. tenuis) showed a higher diversity of satellite repeats than R. pubera, with most of the repeats showing a typical condensation profile (clustered in interphase). A preferential terminal location on chromosomes was only observed for R. globosa satDNAs. These sequences, however, might represent different chromatin types, organized in distinct ways: (1) associated to the heterochromatin and clustered in interphase and metaphase (identified in R. ciliata and R. globosa only); (2) clustered in interphase but partially decondensed in metaphase and not associated to heterochromatin domains (R. ciliata e R. tenuis); (3) associated to the holocentromeres (R. ciliata e R. tenuis). Taken together, at least for Rhynchospora, fusion/fission events may not act in a broader way in the reshuffling of karyotypes and satellite repeats distribution do not appeared to be biased towards the chromosome termini. A non-localized centromere, therefore, must not constrain, in a large scale, the chromosome evolution of the genus.