Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4004.pdf: 582509 bytes, checksum: 157121d53bc3d84d647451c07af75e09 (MD5) Previous issue date: 2011-05-11 / Universidade Federal de Sao Carlos / Was conducted a survey of the subfamilies of Braconidae (Hymenoptera) on tree different ecosystems of Vale do Paraíba region, São Paulo state, Brazil: a degraded pasture, a secondary forest and an area in the recovery process, using native tree seedlings, during the period of September, 2007 to August of 2009. The objective was to verify the use of these animals as a tool to check the local conservation by examining the Shannon´s diversity index. Ten subfamilies were identified and Microgastrinae was predominant in number of individuals. The diversities index calculated vary between the sampled areas, thus showing a correlation with vegetation cover with the number of individuals collected and number of subfamilies found. The data analysis showed changes in the community of Braconidae, in the recovery area between the first and second year of study, showing that the community of these animals is highly sensitive and of rapid response to environmental changes, allowing concluding that animals are indicators of environmental quality. / Foi realizado levantamento das subfamílias de Braconidae (Hymenoptera) em três ecossistemas distintos da região do Vale do Paraíba, SP, Brasil: pastagem degradada, mata secundária e área em processo de recuperação, com utilização de mudas de árvores nativas, durante o período de setembro de 2007 a agosto de 2009. O objetivo foi a verificação da utilização deste grupo de insetos como ferramenta para identificar o estado de conservação local através da análise do índice de diversidade de Shannon. Foram identificadas 10 subfamílias, com predominância em número de indivíduos de Microgastrinae. Os índices de diversidade calculados permitiram diferenciar as áreas amostradas, mostrando assim uma correlação da cobertura vegetal com o número de indivíduos coletados e o número de subfamílias encontradas. A análise dos dados evidenciou alteração na comunidade de Braconidae, na área em recuperação, entre o primeiro e o segundo ano de estudo, demonstrando que essa comunidade é sensível e de rápida resposta a alterações ambientais, permitindo concluir que são indicadores de qualidade ambiental.

Terra Preta Antropogênica (TPA) é um dos tipos de solos mais \"férteis\" do mundo. A TPA recebe esta denominação por ser encontrada em sítios arqueológicos onde viveram grupos pré-históricos. São pequenas faixas de solos que apresentam altas concentrações de nutrientes, matéria orgânica e encontram-se distribuídas aleatoriamente pela região Amazônica. A verdadeira origem destes solos ainda não está bem esclarecida. Devido à falta de informações sobre sua diversidade bacteriana, este trabalho estudou a diversidade bacteriana em amostras de solos TPA coletadas em duas regiões: Lagoa Balbina - sítio Terra preta (Amazônia Central- Amazonas) e Floresta Nacional de Caxiuanã - sítio arqueológico Mina I (Amazônia Oriental - Pará), através de técnicas moleculares independentes de cultivo. O DNA genômico total das amostras de solo foi extraído e usado como molde em uma reação de PCR utilizando oligonucleotídeos específicos do gene 16S rRNA para o Domínio Bactéria. O produto de PCR amplificado foi clonado no vetor pGEM-T e 980 clones foram selecionados e comparados com o banco de dados de 16S rRNA do RDP II e GenBank (NCBI-EUA). Os resultados apresentaram predominância com microrganismos não-conhecidos representando 41,6 % das seqüências de solo TPA- Balbina, 68,3 % das seqüências de ADJ-Balbina, 84,8% das seqüências de solo TPAMina e 47,7 % das seqüências de ADJ-Mina. O filo mais predominante nas amostras TPABalbina foi Firmicutes, representando 37,1% do total de seqüências analisadas. Os filos em destaque foram Proteobacteria (9,6%), seguidos de Verrucomicrobia (5,6%), Acidobacteria (2,5%), Gemmatimonadetes (2,5%), Actinobacteria (0,5%) e Nitrospira (0,5%). Por outro lado, em ADJ-Balbina destacaram-se os filos Proteobacteria 15,1%, Acidobacteria (12,5%), Firmicutes (2,3%), Nitrospira (1,1%) e Verrucomicrobia (0,8%). Em TPA-Mina, os filos apresentados foram Proteobacteria (6,5%), Acidobacteria (4,7%), Firmicutes (1,4%), Nitrospira (1,1%), Planctomycetes (1,1%) e Verrucomicrobia (0,4%). Contudo, na biblioteca ADJ-Mina verificou a presença dos filos Acidobacteria (27,2%), Proteobacteria (14,2%), Firmicutes (3,8%), Verrucomicrobia (3,8%), Nitrospira (1,3%), Planctomycetes (1,3%), Actinobacteria (0,4%) e Gemmatimonadetes (0,4%). O pH do solo pode ser um dos atributos do solo que pode ter influência direta na diversidade bacteriana dos solos estudados, assim como pode ter efeito uma floresta natural sobre as populações microbianas em seu solo, fato observado na adjacência do solo Terra Preta em Caxiuanã - PA. A estimativa da riqueza de UTOs pelo Bootstrap corroborou diretamente os valores de diversidade obtidos pelos índices de Simpson e Shannon. De um modo geral, uma maior probabilidade de ocorrência de UTOs únicas empregadas pelo estimador Jackknife se correlacionou com uma maior percentagem de baixas frequências de filotipos nas quatro bibliotecas. Os métodos não-paramétricos ACE e Chao1 para a estimativa da riqueza de UTOs também corroboraram com os valores obtidos com o estimador Jackknife. / Anthropogenic Dark Earth (ADE) is one of the most fertile soils in the world. ADE soils have received this nomination due to the pre-historical origin of these archaeological sites, established by pre-colombian populations. ADEs are small areas of soil which present high nutrient and organic matter contents and are randomly distributed throughout the Amazonian region. The true origin of these soils is not known yet. Due to the lack of information concerning the bacterial diversity, this work studied the bacterial diversity in ADE soils collected from two regions: Lagoa Balbina - site Terra Preta (Central Amazonia- Amazonas state) and National Forest of Caxiuanã - archaeological site Mina I (Oriental Amazonia - Pará state), using culture-independent molecular techniques. The total genomic DNAs extracted from the soil samples were used as templates in the PCR reactions using the universal primers for the 16S rRNA bacterial gene. The PCR-products were cloned into the pGEM-T vector and 980 clones were selected and searched using the GenBank (NCBI-USA) and the RDP II program. Data analyses indicated predominance of unknown microorganisms, representing 41.6 % among the sequences from ADE-Balbina, 68.3 % from Adjacent-Balbina, 84.8% from ADE-Mina and 47.7 % from Adjacent-Mina. The predominant phylum in ADEBalbina was Firmicutes, representing 37.1% of the total sequences from that site, followed by Proteobacteria (9.6%), Verrucomicrobia (5.6%) Acidobacteria (2,5%), Gemmatimonadetes (2,5%), Actinobacteria (0,5%) and Nitrospira (0.5%). On the other hand, in the adjacent soil ADJ-Balbina, the predominant phylla were Proteobacteria (15.1%), Acidobacteria (12.5%), Firmicutes (2.3%), Nitrospira (1.1%) and Verrucomicrobia (0.8%). In the Oriental Amazon, the prevalent phylla from the ADE-Mina soil were Proteobacteria (6.5%), Acidobacteria (4.7%), Firmicutes (1.4%), Nitrospira (1.1%), Planctomycetes (1.1%) and Verrucomicrobia (0.4%). In the ADJ-Mina verificou a presença dos filos Acidobacteria 27.2%, Proteobacteria 14.2%, Firmicutes 3.8%, Verrucomicrobia 3.8%, Nitrospira 1.3%, Planctomycetes 1.3%, Actinobacteria 0.4% e Gemmatimonadetes 0.4%. The soil pH may be of the soil attributes which may have directly influenced the bacterial diversity in those soils, as well as the above-ground vegetation from the natural forest in Caxiuanã-Pará. The estimates of the Operational Taxonomic Units (OTUs) richness using Bootstrap directly corroborated the diversity values obtained from the Simpson and Shannon indexes. Unique UTOs using Jackknife estimator were correlated with a higher percentage of the low frequencies of phylla in all the four clone libraries. The nonparametric ACE and Chao1 methods to estimate the OTUs richness also corroborated the Jackknife values.

Les patterns de biodiversité et les mécanismes qui les maintiennent ont toujours intéressé les biologistes et ont été abordés en considérant des facteurs géologiques, évolutifs et écologiques. Les processus écologiques qui déterminent la co-occurrence des espèces diffèrent en fonction de l'environnement physique de l'écosystème. De nombreuses théories ont proposé des relations entre les tendances observées dans la diversité des espèces et les caractéristiques physiques de l’environnement à grande échelle. Dans les milieux terrestres et aquatiques, l’impact de la température sur la distribution de la biodiversité compte parmi les facteurs les plus influentes et étudiés. Toutefois, de nombreux taxa marins représentent des exceptions à cette influence primaire de la température, alors qu'une fraction dominante des espèces marines est planctonique ou à larves dispersibles. La dispersion par le transport physique a certainement un impact majeur sur les patterns d'abondance des espèces dans l’environnement marin. Certains courants océaniques peuvent en effet contraindre la distribution des stades planctoniques de certaines espèces, même lorsque les paramètres démographiques et physiologiques des espèces sont insensibles aux propriétés de l'eau. Les mécanismes de transport peuvent donc influencer la distribution de la diversité à toutes les échelles, de l’individu aux populations jusqu’aux espèces. Contrairement aux écosystèmes terrestres, les écosystèmes en milieu marin sont sujets à une variabilité dont les échelles spatiales et temporelles sont dictées par les processus du transport physique turbulent. Cet aspect complique l’obtention d’informations synoptiques sur la distribution des espèces marines au niveau global et à haute résolution, alors que cette vision globale est essentielle pour pouvoir comprendre les patterns de biodiversité et les mécanismes impliqués dans leurs variations. En outre, les hotspots de biodiversité sont d’importance primaire pour les efforts de conservation. Les objectifs de cet étude sont les suivants: identifier les hotspots de biodiversité pélagique des producteurs primaires à l'échelle globale et à haute résolution; déterminer les processus physiques de l'océan qui contrôlent la dynamique spatio-temporelle des hotspots, en se focalisant sur les mécanismes de transport, de dispersion, advection et mélange; étudier l'influence de ces mécanismes de structuration de la biodiversité sur les niveaux trophiques supérieurs.Pour obtenir ces résultats, les informations sur les parcelles d’eaux aux caractéristiques biophysiques cohérentes (‘niches fluido-dynamiques’) obtenues par satellite sont utilisées pour identifier les hotspots de biodiversité microbienne comme région de forte variabilité spatiale de ces niches. Ces hotspots et le rôle du transport dans leur structuration sont étudiés par l'analyse des modèles écologiques et biophysiques de circulation globale (Modèle ECCO2-Darwin) et par l’examen de données moléculaires et morphologiques sur la structure de la communauté in-situ collectées par l'expédition Tara Oceans et Atlantic Meridional Transect. Les possibles effets ‘bottom-up’ de la diversité des producteurs primaires sur les niveaux supérieurs de la chaine trophique sont évalués par comparaison avec des modèles globaux qui intègrent des bases de données in situ. / Patterns of biodiversity and the mechanisms that maintain them have always interested biologists and have been addressed considering geological, evolutionary and ecological factors. Ecological processes that determine the co-occurrence of species differ according to the physical environment of the ecosystem. Many theories have proposed relationships between patterns in species diversity and large-scale physical features. In terrestrial and aquatic environments, the impact of temperature on the distribution of biodiversity is among the most influent and studied factors. However, many marine taxa are exceptions in the primary influence of temperature, since a large fraction of marine species is planktonic or with dispersible larvae. In the marine environment, dispersal through physical transport has a major impact on patterns of species abundance. Some ocean currents can indeed determine the distribution of planktonic stages of some species, even when demographic and physiological features of the species are unaffected by water properties. Transport mechanisms may therefore influence the distribution of diversity at all scales, from the individual to populations and species. Contrarily to the terrestrial environment, marine ecosystems are characterized by a variability that has spatial and temporal scales defined by specific biophysical processes of turbulent transport. This aspect makes it challenging to provide synoptic information on the distribution of marine species at the global level and at high resolution, features that are essential to understand patterns of biodiversity and the mechanisms involved in their changes. Moreover, hotspots of biodiversity are of primary concerns for conservation efforts. The objectives of this study are therefore: to identify biodiversity hotspots of pelagic primary producers on a global scale and at high resolution; to determine the physical ocean processes that control the spatial and temporal dynamics of such hotspots, focusing on transport-driven mechanisms like dispersion, advection and mixing; study the role of these mechanisms in the structuring of biodiversity at higher trophic levels.To obtain these results, information on water masses with coherent biophysical characteristics ('fluid-dynamical niches') obtained by remote sensing are used to identify hotspots of microbial biodiversity as regions of strong spatial patchiness. These hotspots and the role of transport in shaping their structure are studied by analysing ecological and biophysical global circulation models (Model-ECCO2 Darwin), together with molecular and morphological data on the structure of the community, obtained using in-situ data collected during the Tara-Oceans expedition and Atlantic Meridional Transect. The possible bottom-up effects of the diversity of primary producers on the upper levels of the food chain are evaluated by comparing them with global models integrated with data collected in situ.The ecological models coupled with ocean circulation, identified as biodiversity hotspots of primary producers the most dynamic areas of the global ocean characterized by increased turbulence, mixing and the presence of vortices. These oceanographic features can improve local productivity by transporting nutrients in the photic zone and increase biodiversity by the mixing of species typical of different water masses. In addition, maps of microbial biodiversity suggest a bottom up propagation of biodiversity across the ecosystem, hotspots for primary producers being positively correlated with regions where highest number of top predator species are observed.

A bacia do Rio Corumbataí é composta por um mosaico de ambientes, fortemente antropizado, com predominância de pastagens e plantações de cana-deaçúcar, além de florestas plantadas de eucalipto e fragmentos de floresta estacional semidecidual. Esta bacia, principal fonte de abastecimento de água da região metropolitana de Campinas, pode ser considerada como um modelo conveniente para o estudo da conservação da diversidade biológica. Subdivide-se em cinco sub-bacias, sendo que a maior, e que apresenta os maiores fragmentos florestais remanescentes, é a do Rio Passa-Cinco. Para verificar a diversidade e a abundância de espécies de mamíferos de médio e grande porte, bem como a utilização que fazem deste mosaico agroflorestal, foram realizados censos por meio de transectos, buscando-se todos os possíveis tipos de registro - diretos e indiretos - como observação direta, fezes, pegadas, arranhões e carcaças. Entre julho de 2003 e junho de 2004 foram percorridos 284,4 km ao todo, e registradas 25 espécies silvestres nativas e duas exóticas, além de seis espécies domésticas. Na floresta nativa foram registradas 23 espécies, no canavial 20, no eucaliptal 17 e nas áreas de pastagem 12. O estimador não-paramétrico Bootstrap calculou 25 espécies para a floresta nativa, 22 para o canavial, 18 para o eucalipto e 13 para o pasto, indicando que o esforço amostral não foi suficiente para a estabilização da curva de esforço. Os índices de Diversidade (H’ e 1/D), bem como Pielou (J’), mostraram ambientes similares, e o ajuste das curvas de distribuição de espécies ao modelo de séries logarítmicas mostra uma comunidade com uma estrutura composta por poucas espécies abundantes e muitas espécies raras. Quanto à freqüência de ocorrência e à abundância relativa nos quatro ambientes amostrados, as únicas espécies que apresentaram diferenças entre os ambientes foram o cachorro-do-mato (Cerdocyon thous) e a lebre européia (Lepus europaeus), ambas com hábitos generalistas, as duas com maior freqüência no canavial, e a lebre-européia também com maior abundância no canavial. Já em relação à comunidade de mamíferos como um todo, o pasto apareceu como o ambiente com menor riqueza de espécies e com o menor freqüência de ocorrência, enquanto que o canavial obteve a maior freqüência de ocorrência. A análise de correspondência mostrou sete espécies mais relacionadas à floresta nativa, cinco ao eucalipto e nove às áreas abertas (pastagem e canavial). Os resultados obtidos sugerem que a comunidade de mamíferos de médio e grande porte da Bacia do Rio Passa-Cinco é sujeita às modificações ambientais que a região vem sofrendo, e que as espécies de hábitos mais generalistas são as que estão conseguindo se manter com maior facilidade, devido, possivelmente, a seus menores requerimentos de habitat. / The Corumbataí river basin is a landscape with great human influence, with the most relevant agroecosystems of São Paulo. It has been used as one of the major water supplies for the metropolitan region of Campinas. This basin is formed by five subbasins, where the Passa-Cinco river basin is the largest, with the most native remaining fragments. This basin could be considered as a convenient model for the study of biodiversity conservation in agroecosystems. In order to evaluate the distribution and abundance of medium and large-sized mammals, 284,4 km of transects were censused from July 2003 to June 2004 in Semideciduous native forest, eucalyptus plantations, sugar-cane plantations and pastures. All possible records were recorded such as direct observation, faeces, tracks, scratches, and carcasses. I found 25 native species and two exotic species, besides six domestic species. On the native forest I recorded 23 species, on sugar cane 20, on eucalypt forest 17, and on the pasture areas 12. The diversity and the evenness index suggested that environments were similar, and the distribution species curve (Log-series model) showed few abundant and a majority of rare species. Crab-eating fox and European hare were the only species with differences among habitats in frequency of occurrence, and European hare was the only one with difference among habitats in relative abundance. The results suggested that this mammalian community has been influenced by the environmental alteration that this region has been suffering, and the current community is basically formed by generalist species what enhanced its adaptation to an anthropogenic landscape. In such conditions, current environmental laws should be enforced in order to improve forest conservation and mitigate the impacts of agriculture, paper industry, and livestock production.

Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-06-23T21:24:53Z No. of bitstreams: 1 AntonioCarvalho.pdf: 2731250 bytes, checksum: 35369a74be0aec3dd6b29a792c37fc35 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-23T21:24:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AntonioCarvalho.pdf: 2731250 bytes, checksum: 35369a74be0aec3dd6b29a792c37fc35 (MD5) Previous issue date: 2016-10-10 / Lung cancer has been identi ed as the leading cause of death among cancer patients worldwide. The high rates of deaths and instances of records of this type of cancer worldwide demonstrate the importance of the development and research in order to produce resources for the detection and early diagnosis of this disease. Because of the exhaustive analysis process, alternatives such as computational tools that use image processing techniques and pattern recognition have been widely explored. Therefore, to assist the expert in the identi cation and diagnosis of nodules, systems are developed Computer-Aided Detection (CAD) and Computer-Aided Diagnostic (CADx). This thesis proposes the development of methods that reduce false positives, and the diagnosis of volumes of interest in computed tomography. The proposed methods are based on image processing techniques and pattern recognition. For this, biology concepts have been adapted and applied to the study of the branch of the diversity of species; such concepts are the phylogenetic diversity indexes used in this thesis as texture descriptors. In another aspect, techniques that measure the properties of the shape of radiological ndings have been developed and adapted. Subsequently, an evolutionary methodology is used for the selection of the best models for training. Finally, a support vector machine is applied to perform the classi cation. Promising results were found in the 833 tests that we performed; these tests were divided into 80% for training and 20% for testing. In general, for the best results, we have false positive reduction methods, an accuracy of 99.57%, sensitivity of 99.45%, speci city of 99.61%, and an ROC curve of 0.992. The results obtained for the classi cation of the degree of malignancy and benignity are: accuracy of 93.46%, sensitivity of 92.95%, speci city of 93.49%, and an ROC curve of 0.931. / O câncer de pulmão é apontado como a principal causa de morte entre os pacientes com câncer. As altas taxas de mortes e registros de ocorrências desse câncer em todo o mundo demonstram a importância do desenvolvimento e investigação, a fi m de produzir meios para a detecção e o diagnóstico precoce dessa doença. Devido ao exaustivo processo de análise, alternativas como ferramentas de cunho computacional que utilizam técnicas de processamento de imagens e do reconhecimento de padrões têm sido amplamente exploradas. Assim, para auxiliar o especialista na identifi cação e diagnóstico de nódulos, são desenvolvidos sistemas Computer-Aided Detection (CAD) e Computer-Aided Diagnostic (CADx). Esta tese propõe o desenvolvimento de métodos para redução de falsos positivos em um sistema CAD e diagnóstico de nódulos em tomografi a computadorizada. Os métodos propostas baseiam-se em técnicas de processamento de imagens e reconhecimento de padrões. Para tanto, foram adaptados e aplicados os conceitos da biologia no ramo do estudo da diversidade entre espécies, sendo esses os índices de diversidade logenética, usados nesta tese como descritores de textura. Em outro aspecto, foram desenvolvidas e adaptadas técnicas capazes de mensurar propriedades de forma dos achados radiológicos. Seguindo, usou-se uma metodologia evolutiva genética para seleção dos melhores modelos de treinamento. E por fi m, foi aplicada a máquina de vetor de suporte para realizar a classificação . Resultados promissores foram encontrados em teste com 833 exames divididos em 80% para treino e 20% para testes. Em linhas gerais, para os melhores resultados tem-se, nos métodos de redução de falsos positivos: uma acurácia de 99,57%, sensibilidade de 99,45%, especificidade de 99.61% e uma curva ROC de 0,992. Já nos resultados para a classificação quanto a taxa de malignidade e benignidade, obtiveram-se os seguintes valores: acurácia de 93,46%, sensibilidade de 92,95%, especificidade de 93,49% e uma curva ROC de 0,931.

Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-08-17T17:25:58Z No. of bitstreams: 1 FernandoOliveira.pdf: 2347086 bytes, checksum: 0b2d54b7d13b7467bee9db13f63100f5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-17T17:25:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandoOliveira.pdf: 2347086 bytes, checksum: 0b2d54b7d13b7467bee9db13f63100f5 (MD5) Previous issue date: 2013-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Breast cancer is the second most common type of cancer in the world and difficult to diagnose. Distinguished Systems Aided Detection and Diagnosis Computer have been used to assist experts in the health field with an indication of suspicious areas of difficult perception to the human eye, thus aiding in the detection and diagnosis of cancer. This dissertation proposes a methodology for discrimination and classification of regions extracted from the breast mass and non-mass. The Digital Database for Screening Mammography (DDSM) is used in this work for the acquisition of mammograms, which are extracted from the regions of mass and non-mass. The Taxonomic Diversity Index (∆) and the Taxonomic Distinctness (∆*) are used to describe the texture of the regions of interest, originally applied in ecology. The calculation of those indices is based on phylogenetic trees, which applied in this work to describe patterns in regions of the images of the breast with two regions bounding approaches to texture analysis: circle with rings and internal with external masks. Suggested in this work to be applied in the description of patterns of regions in breast imaging approaches circle with rings and masks as internal and external boundaries regions for texture analysis. Support Vector Machine (SVM) is used to classify the regions in mass or non-mass. The proposed methodology provides successful results for the classification of masses and non-mass, reaching an average accuracy of 99.67%. / O câncer de mama é o segundo tipo de câncer mais frequente no mundo e de difícil diagnóstico. Distintos Sistemas de Detecção e Diagnóstico Auxiliados por Computador (Computer Aided Detection/Diagnosis) têm sido utilizados para auxiliar especialistas da área da saúde com a indicação de áreas suspeitas de difícil percepção ao olho humano, assim ajudando na detecção e diagnóstico de câncer. Este trabalho propõe uma metodologia de discriminação e classificação de regiões extraídas da mama em massa e não-massa. O banco de imagens Digital Database for Screening Mammography (DDSM) é usado neste trabalho para aquisição das mamografias, onde são extraído as regiões de massa e não-massa. Na descrição da textura da região de interesse são utilizados os Índices de Diversidade Taxonômica (∆) e Distinção Taxonômica (∆*), provenientes da ecologia. O cálculo destes índices é baseado nas árvores filogenéticas, sendo aplicados neste trabalho na descrição de padrões em regiões das imagens da mama com duas abordagens de regiões delimitadoras para análise da textura: círculo com anéis e máscaras internas com externas. Para classificação das regiões em massa e não-massa é utilizado o classificador Máquina de Vetores de Suporte (MVS). A metodologia apresenta resultados promissores para a classificação de massas e não-massas, alcançando uma acurácia média de 99,67%.

Šio darbo tikslas – įvertinti Dubysos upės vidurupio vandens kokybę, taikant bioindikacinius vandens telkinių vertinimo metodus. Naudojant Saprobiškumo (S) ir Simpsono įvairovės indeksų (D) metodus buvo identifikuoti zooplanktoniniai organizmai bei įvertinti rūšių skaičiaus, gausumo ir įvairovės pasiskirstymo dėsningumai. Pagal J. Brown-Blanquet skalę atliktas atskirų augalų rūšių gausumo (projekcinis padengimo) barelyje vertinamas. Apie 50 km atkarpoje buvo išdėstytos 15 tyrimų vietų, kurias pasirenkant buvo atsižvelgiama į netoliese esančius žemės ūkio, pramonės, transporto objektus bei gamtinę aplinką. Tiriant zooplanktoniną paimti 270 vandens ir vandens – dumblo mėginiai. Šie tyrimai atlikti tris kartus metuose, bandymą pakartojant tris kartus. Naudojant J. Brown-Blanquet skalę augalų projekcinio padengimo vertinimas atliktas liepos mėn. Taigi vandens kokybės vertinimui buvo skaičiuoti tokie rodikliai: zooplanktoninių organizmų rūšių skaičius, gausumas, Simpsono įvairovės (D), Saprobiškumo (S) indeksai bei augalų projekcinis padengimas. Tirtoje teritorijoje buvo aptikta 33 zooplanktono rūšys: 8 infuzorijos, 8 dumbliai, 2 bakterijos, 2 vabzdžių lervos, 3 verpetės, 4 pirmuonys, 2 šakotaūsiai ir 3 irklakojai vėžiagyviai. Taikyta vienfaktorinė dispersinė analizė (One–way ANOVA) parodė, kad tyrimų vietos vandens kokybė (vandens užterštumas arba švarumas) turi įtakos vandens kokybę indikuojantiems rodikliams (rūšių skaičiui, gausumui, D bei S indeksams). Rūšių sudėtis ir... [toliau žr. visą tekstą] / The aim – to assess middle of the river Dubysa water quality, using valuation techniques by bioindicationous water mines. Using saprobic index (S) and Simpson's diversity index (D) methods have been identified zooplanktons organisms and the number of species, abundance and diversity of distribution patterns. According to J. Brown-Blanquet scale of an individual plant species richness (covering projection) rating in the barrel. About 50 km stretch was down 15 test sites, the choice was taken to the nearby agricultural, industrial, transport facilities and the environment. Studying zooplankton, it was taken of 270 water mines, and water - sludge ("hanging drop") samples. These studies were conducted three times a year, repeating the test three times. Using J. Brown-Blanquet scale projection covering the plant assessment was carried out in July. Thus, the assessment of water quality indicators have been calculated as follows: organisms zooplankton number of species, abundance, Simpson's diversity index (D), saprobic index (S) and the projection coating plant. There was found 33 species of investigated zooplankton area: 8 infusoria, 8 algae, 2 bacteria, 2 insect larvae, 3 vortex, 4 protozoa, crustaceans 2 and 3 copepods. Applied to one factor analysis of variance (one-way ANOVA) revealed that research on local water quality (water pollution or purity) affect water quality for indication indicators (number of species, abundance, D index). Species composition and quantitative... [to full text]

Les incendies sont des perturbations intrinsèques au fonctionnement des écosystèmes agissant sur la distribution des espèces, les cycles biogéochimiques et les interactions biosphère/atmosphère. La distribution spatiale et temporelle des surfaces brûlées résulte principalement d'un compromis entre la disponibilité en biomasse combustible et son état hydrique. Ainsi, caractériser et modéliser un régime d'incendie repose donc sur une évaluation principalement de la saisonnalité et l'intensité de la sécheresse. Dans les écosystèmes fortement soumis aux incendies comme les savanes, biome le plus affecté au niveau global, les informations disponibles ne sont issues que des observations issues de la télédétection globale. Malgré que ces types de données ont été largement utilisés depuis les années 2000 pour la quantification des émissions de carbone par les modèles globaux, les incertitudes restent grandes entre les différents produits mis à la disposition des scientifiques. De même les processus utilisés dans la modélisation dynamique des surfaces incendiées, couplés aux modèles de végétation repose sur des équations empiriques de quantification de la sécheresse. Pour des écosystèmes comme les savanes du Brésil, où les informations incendies sont uniquement obtenues par les informations issues de la télédétection globale, et où la variabilité des types fonctionnels de la végétation affecte le bilan hydrique des sols, évaluer les incertitudes sur ces variables est un pré requis important pour une modélisation appropriée des processus. Cette thèse aborde donc la caractérisation de la variabilité saisonnière des incendies et ses incertitudes dans les différents biomes du Brésil à partir des principales sources d'information sur les surfaces brulées issues de la télédétection globale (GFED4, GFED4s, MODIS MCD45A1, ESAFIRECCI) et des principaux indicateurs de sécheresse développés par les différents services forestiers. La même analyse est aussi appliquée aux surfaces incendiées issues des principaux modèles globaux de dynamique de végétation (DGVM) couplés avec un modèle incendie, afin d'identifier si les relations feux/sécheresse observées sur les produits satellitaires étaient conservées dans le modèles globaux. Après une analyse des processus utilisés dans les DGVMs, et notamment les nouveaux développements sur la caractérisation des patches de feux, la deuxième partie de mon travail a cherché à évaluer la capacité des produits globaux issus de la télédétection à méso-échelle (500m) à conserver la morphologie des patchs de feux observés à résolution plus fine pour une utilisation dans la caractérisation du régime des incendies et l'évaluation des DGVMs. La dernière partie de ce travail utilise une approche de biogéographie fonctionnelle basé sur les traits morphologiques des feux pour décrire un assemblage d'événements incendies et les comparer entre différents produits de télédétection pour en évaluer leurs similitudes ou leurs différences, ou entre différents biomes pour une nouvelle approche de pyrogéographie comparative / Fires are intrinsic disturbances in ecosystems functioning, and affecting species distribution, biogeochemical cycles and biosphere/atmosphere interactions. The spatial and temporal pattern of burnt areas is mainly the consequence of a compromise between fuel biomass availability and its water status. Characterizing and modelling a fire regime then relies on a reliable spatial and temporal evaluation of mainly seasonality and intensity of drought. In fire-prone ecosystems as savannas, the most fire affected biome globally, the only available information on burnt areas are derived from global remote sensing. Despite this information has been widely used for a global assessment of carbon emissions from fires since 2000, uncertainties remain important among data sources available for the scientific community. As well, processes used in the dynamic modelling of burned areas, embedded in vegetation models, are based on empirical equations quantifying the seasonal pattern of drought. For ecosystems like Brazilian savannas where fire information only rely on global remote sensing products, and where the variability in vegetation functional types affects the soil water budget, evaluating uncertainties on these variables is a prerequisite for an adequate modelling of processes. This thesis then aimed at characterizing the fire seasonality and the associated uncertainties in the different Brazilian biomes based on the main sources of global burned area (GFED4, GFED4s, MODIS MCD45A1, ESA FIRECCI) and a panel of drought indices developed by forest services worldwide. This thesis also investigated the same relationships analysis but with burned areas derived from the major dynamic global vegetation models (DGVM) coupled with fire modules, in order to test whether the burned area/drought relationships based on remote sensing are conserved in global models. After a review of the main processes computed in DGVMs, and particularly the new developments on the characterization of fire patches, the second part of this research aimed at evaluating the ability of global remote sensing products at 500m resolution to conserve patch morphologies captured at finer resolutions, for better characterizing fire regimes and evaluate DGVMs performances. The last part of this work used a functional biogeography approach based on fire morphological traits to describe an assemblage of fire events and to compare them between different remote sensing products, in order to evaluate their similarities and discrepancies, or between biomes for a new approach of comparative pyrogeography.

A bacia do Rio Corumbataí é composta por um mosaico de ambientes, fortemente antropizado, com predominância de pastagens e plantações de cana-deaçúcar, além de florestas plantadas de eucalipto e fragmentos de floresta estacional semidecidual. Esta bacia, principal fonte de abastecimento de água da região metropolitana de Campinas, pode ser considerada como um modelo conveniente para o estudo da conservação da diversidade biológica. Subdivide-se em cinco sub-bacias, sendo que a maior, e que apresenta os maiores fragmentos florestais remanescentes, é a do Rio Passa-Cinco. Para verificar a diversidade e a abundância de espécies de mamíferos de médio e grande porte, bem como a utilização que fazem deste mosaico agroflorestal, foram realizados censos por meio de transectos, buscando-se todos os possíveis tipos de registro - diretos e indiretos - como observação direta, fezes, pegadas, arranhões e carcaças. Entre julho de 2003 e junho de 2004 foram percorridos 284,4 km ao todo, e registradas 25 espécies silvestres nativas e duas exóticas, além de seis espécies domésticas. Na floresta nativa foram registradas 23 espécies, no canavial 20, no eucaliptal 17 e nas áreas de pastagem 12. O estimador não-paramétrico Bootstrap calculou 25 espécies para a floresta nativa, 22 para o canavial, 18 para o eucalipto e 13 para o pasto, indicando que o esforço amostral não foi suficiente para a estabilização da curva de esforço. Os índices de Diversidade (H’ e 1/D), bem como Pielou (J’), mostraram ambientes similares, e o ajuste das curvas de distribuição de espécies ao modelo de séries logarítmicas mostra uma comunidade com uma estrutura composta por poucas espécies abundantes e muitas espécies raras. Quanto à freqüência de ocorrência e à abundância relativa nos quatro ambientes amostrados, as únicas espécies que apresentaram diferenças entre os ambientes foram o cachorro-do-mato (Cerdocyon thous) e a lebre européia (Lepus europaeus), ambas com hábitos generalistas, as duas com maior freqüência no canavial, e a lebre-européia também com maior abundância no canavial. Já em relação à comunidade de mamíferos como um todo, o pasto apareceu como o ambiente com menor riqueza de espécies e com o menor freqüência de ocorrência, enquanto que o canavial obteve a maior freqüência de ocorrência. A análise de correspondência mostrou sete espécies mais relacionadas à floresta nativa, cinco ao eucalipto e nove às áreas abertas (pastagem e canavial). Os resultados obtidos sugerem que a comunidade de mamíferos de médio e grande porte da Bacia do Rio Passa-Cinco é sujeita às modificações ambientais que a região vem sofrendo, e que as espécies de hábitos mais generalistas são as que estão conseguindo se manter com maior facilidade, devido, possivelmente, a seus menores requerimentos de habitat. / The Corumbataí river basin is a landscape with great human influence, with the most relevant agroecosystems of São Paulo. It has been used as one of the major water supplies for the metropolitan region of Campinas. This basin is formed by five subbasins, where the Passa-Cinco river basin is the largest, with the most native remaining fragments. This basin could be considered as a convenient model for the study of biodiversity conservation in agroecosystems. In order to evaluate the distribution and abundance of medium and large-sized mammals, 284,4 km of transects were censused from July 2003 to June 2004 in Semideciduous native forest, eucalyptus plantations, sugar-cane plantations and pastures. All possible records were recorded such as direct observation, faeces, tracks, scratches, and carcasses. I found 25 native species and two exotic species, besides six domestic species. On the native forest I recorded 23 species, on sugar cane 20, on eucalypt forest 17, and on the pasture areas 12. The diversity and the evenness index suggested that environments were similar, and the distribution species curve (Log-series model) showed few abundant and a majority of rare species. Crab-eating fox and European hare were the only species with differences among habitats in frequency of occurrence, and European hare was the only one with difference among habitats in relative abundance. The results suggested that this mammalian community has been influenced by the environmental alteration that this region has been suffering, and the current community is basically formed by generalist species what enhanced its adaptation to an anthropogenic landscape. In such conditions, current environmental laws should be enforced in order to improve forest conservation and mitigate the impacts of agriculture, paper industry, and livestock production.

Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Peterson.pdf: 1362910 bytes, checksum: 963fec328036941a0790b198cc0d6187 (MD5) Previous issue date: 2012-04-20 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / Breast cancer is the second most common in the world and which more affects women. In recent years, several Computer Aided Detection/Diagnosis Systems has been developed in order to assist health specialists in the detection and diagnosis of cancer, serving as a second opinion. The aim of this paper is to present a methodology for discrimination and classification of regions extracted from mammograms in mass and non-mass. In this study, Digital Database for Screening Mammography (DDSM) is used. To describe the texture of the region of interest is applied McIntosh Diversity Index, commonly used in ecology. The calculation of this index is proposed in four approaches: through the Histogram, through the Gray Level Co-occurrence Matrix, through the Gray Level Run Length Matrix and through the Gray Level Gap Length Matrix. For the classification of regions in mass and non-mass, is used the supervised classificator Support Vector Machine (SVM). The methodology shows promising results for the classification of masses and non-masses, reaching an accuracy of 93,68%. / O câncer de mama é o segundo tipo de câncer mais frequente no mundo e o que mais acomete as mulheres. Nos últimos anos, vários Sistemas de Detecção e Diagnóstico auxiliados por Computador (Computer Aided Detection/Diagnosis) têm sido desenvolvidos no intuito de auxiliar especialistas da área da saúde na detecção e diagnóstico de câncer, servindo como uma segunda opnião. O objetivo deste trabalho é apresentar uma metodologia de discriminação e classificação de regiões extraídas de mamografias em massa e não massa. Neste estudo, o Digital Database for Screening Mammography (DDSM) é usado. Para descrever a textura da região de interesse é aplicado o Índice de Diversidade de McIntosh, comumente usado em ecologia. O cálculo deste índice é proposto em quatro abordagens: através do Histograma, da Matriz de Co-ocorrência de Níveis de Cinza, da Matriz de Comprimentos de Corrida de Cinza e da Matriz de Comprimentos de Lacuna de Cinza. Para classificação das regiões em massa e não massa, é utilizado o classificador supervisionado Support Vector Machine (SVM). A metodologia apresenta resultados promissores para a classificação de massas e não massas, alcançando uma acurácia de 93,68%.