La simulation d'écoulements dans des géométries complexes nécessite la création de maillages parfois difficile à réaliser. La méthode de pénalisation proposée dans ce travail permet de simplifier cette étape. En effet, la résolution des équations qui gouvernent l'écoulement se fait sur un maillage plus simple mais non-adapté à la géométrie du problème. Les conditions aux limites sur les parties du domaine physique immergées dans le maillage sont prises en compte à travers l'ajout d'un terme de pénalisation dans les équations. Nous nous sommes intéressés à l'approximation du terme de pénalisation pour une discrétisation par volumes finis sur maillages décalés et colocatifs. Les cas tests de vérification réalisés attestent d'un ordre de convergence spatial égal à 2 pour la méthode de pénalisation appliquée à la résolution d'une équation de type Poisson ou des équations de Navier-Stokes. Enfin, on présente les résultats obtenus pour la simulation d'écoulements turbulents autour d'un cylindre à Re=3900 et à l'intérieur d'une partie d'un assemblage combustible à Re=9500. / The simulations of fluid flows in complex geometries require the generation of body-fitted meshes which are difficult to create.The penalty method developed in this work is useful to simplify the mesh generation task.The governing equations of fluid flow are discretized using a finite volume method on an unfitted mesh.The immersed boundary conditions are taken into account through a penalty term added to the governing equations.We are interested in the approximation of the penalty term using a finite volume discretization with collocated and staggered grid.The penalty method is second-order spatial accurate for Poisson and Navier-Stokes equations.Finally, simulations of turbulent flows around a cylinder at Re=3900 and turbulent motions in a rod bundle at Re=9500 are performed.

La capacité du virus de la grippe aviaire à traverser la barrière des espèces et à devenir fortement pathogène chez les mammifères est un problème majeur de santé publique. Chez les oiseaux, la réplication a lieu dans l'intestin, à 4C, tandis que chez les humains elle a lieu dans l'appareil respiratoire, plus froid, à 33C. Il a été montré que l'adaptation à la température du virus de la grippe a lieu par de nombreuses mutations de la polymérase virale, notamment dans le domaine 627-NLS situé en C-terminal de la protéine PB2. Ce domaine est impliqué dans l'adaptation à l'hôte et interagit avec la protéine de l'hôte, importine alpha, étant donc indispensable pour l'entrée de la polymérase virale dans le noyau de la cellule [Tarendeau et al., 2008]. Les structures cristallographiques du 627-NLS et du complexe importine alpha/NLS existent. Cependant, lors de la superposition de ces structures via leur domaine NLS commun, un important choc stérique entre le domaine 627 et l'importine alpha devient évident. Ceci indique qu'une autre conformation du 627-NLS est requise pour l'interaction avec l'importine alpha [Boivin and Hart, 2011]. Dans cette étude, nous avons examiné les bases moléculaires de l'adaptation inter-espèces du virus à travers l'étude de la structure et de la dynamique du 627-NLS aviaire et humain. Nous avons identifié deux conformations du 627-NLS en échange lent (10-100 s-1), correspondant apparemment à une conformation ouverte et une conformation fermée des deux domaines. Nous proposons que la conformation ouverte du 627-NLS est la seule conformation compatible avec l'interaction avec l'importine alpha, et que l'équilibre entre conformation ouverte et fermée pourrait jouer le rôle de thermostat moléculaire, contrôlant l'efficacité de la réplication virale chez différents hôtes. La cinétique et la dynamique de ce comportement conformationnel important ainsi que de l'interaction entre le 627-NLS et l'importine alpha ont été caractérisées par résonance magnétique nucléaire (déplacements chimique, augmentation paramagnétique de la relaxation, relaxation de spin, transfert de saturation par l'échange chimique), combinée à la diffusion des rayons X et des neutrons aux petits angles ainsi qu'au transfert d'énergie par résonance de type Förster. Aussi, nous avons déterminé les affinités d'une série de mutants évolutifs du 627-NLS pour l'importine alpha et du 627-NLS aviaire ou humain pour différents isoformes de l'importine alpha, montrant que les affinités observées sont cohérentes avec les préférences d'interactions vues in vivo. / The ability of avian influenza viruses to cross the species barrier and become dangerously pathogenic to mammalian hosts represents a major threat for human health. In birds the viral replication is carried out in the intestine at 40°C, while in humans it occurs in the cooler respiratory tract at 33°C. It has been shown that temperature adaption of the influenza virus occurs through numerous mutations in the viral polymerase, in particular in the C-terminal domain 627-NLS of the PB2 protein. This domain has already been shown to participate in host adaptation and is involved in importin alpha binding and therefore is required for entry of the viral polymerase into the nucleus [Tarendeau et al., 2008]. Crystallographic structures are available for 627-NLS and the complex importin alpha/NLS, however, a steric clash between importin alpha and the 627 domain becomes apparent when superimposing the NLS domain of the two structures, indicating that another conformation of 627-NLS is required for binding to importin alpha [Boivin and Hart, 2011]. Here we investigate the molecular basis of inter-species adaptation by studying the structure and dynamics of human and avian 627-NLS. We have identified two conformations of 627-NLS in slow exchange (10-100 s-1), corresponding to an apparently open and closed conformation of the two domains. We show that the equilibrium between closed and open conformations is strongly temperature dependent. We propose that the open conformation of 627-NLS is the only conformation compatible with binding to importin alpha and that the equilibrium between closed and open conformations may play a role as a molecular thermostat, controlling the efficiency of viral replication in the different species. The kinetics and domain dynamics of this important conformational behaviour and of the interaction between 627-NLS and importin alpha have been characterized using nuclear magnetic resonance chemical shifts, paramagnetic relaxation enhancement, spin relaxation and chemical exchange saturation transfer, in combination with X-ray and neutron small angle scattering and Förster resonance energy transfer. Also, we have determined the affinities of various evolutionnary mutants of 627-NLS to importin alpha and of avian and human 627-NLS to different isoforms of importin alpha, showing that the observed affinities are coherent with the preferred interactions seen in vivo.

Made available in DSpace on 2014-12-17T13:56:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HeitorAS_TESE.pdf: 6391130 bytes, checksum: 12b65bb2318b38dc637442caaa9b6f78 (MD5) Previous issue date: 2012-10-08 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Le th?me du patrimoine culturel architectural et urbain continue d avoir une place importante dans le milieu technique et scientifique. Le concept s est ?largi et aujourd hui comprend diff?rentes proc?dures de projets d intervention. L importance accord?e au th?me am?ne ? l inclusion de la mati?re de techniques r?trospectives et aux contenus qui en sont li?s: conservation, restauration, restructuration et reconstruction d ?difices et ensembles urbains, dans les parcours des cours d architecture et d urbanisme au Br?sil ?tablies par le Minist?re de l Education Nationale (MEC) dans les ann?es quatre-vingt-dix, post?rieurement incorpor?s dans les directrices disciplinaires nationales. Nous partons des discussions th?oriques et conceptuelles du Domaine du Patrimoine Culturel, ainsi que des principales th?ories p?dagogiques d enseignements et d apprentissage articul?es au projet. Dans ce contexte les objectifs principaux de cette th?se consistent ? syst?matiser et ? analyser les principales proc?dures m?thodologiques contribuant pour la construction de m?thodes d enseignement tourn?e vers des activit?s pratiques dans ce domaine. Pour cela, la recherche a ?t? syst?matis?e dans une approche ? deux niveaux. En ce qui concerne le premier, bas? sur des donn?es secondaires, neuf cours d architecture et urbanisme ont ?t?s identifi?s entre institutions publiques d enseignement sup?rieur dont huit br?siliennes et une fran?aise, consid?r?es repr?sentatives en ce qui concerne les pratiques d enseignement de projet et de patrimoine culturel. Trente disciplines d?di?es ? la mati?re ont ?t? ?galement reconnues initialement, et post?rieurement, cinq disciplines qui poss?dent un emploi du temps d?di? ? la pratique de projet ont aussi ?t? reconnues. Dans le deuxi?me cas, bas?e sur des donn?es primaires, ont ?t?s analys?es les m?thodologies et les strat?gies d enseignement de projet bas?es sur les d?finitions des mati?res et des autres ?l?ments des plans de travail avec des observations, des entrevues et des questionnaires en trois ateliers. Par rapport aux r?sultats nous avons constat? que toutes les ?coles poss?dent les contenus de la mati?re, mais peu d entre elles privil?gient la relation du projet appliqu? au patrimoine culturel. Nous avons constat? que les questions des projets dans ce contexte, m?me s elles sont consid?r?es complexes, ont privil?gi? le listage et l analyse du site. L atelier qui int?gre les fondements des th?ories de pr?servation, l histoire de l architecture et urbanisme et techniques anciennes et actuelles, est mis en valeur comme un mod?le coh?rent avec les propositions d int?gration des connaissances th?oriques et pratiques du projet appliqu? ? la discipline. Bas? sur ces constatations il est possible de d?montrer quatre ?tapes du projet appliqu? au patrimoine culturel: 1?) les fondements g?n?raux qui concernent les bases th?oriques sur la pr?servation, histoire et technique r?trospective, par exemple, l appropriation de lois et normes et la sensibilisation de l ?l?ve sur les questions de patrimoine culturel; 2?) le contacte avec la r?alit? qui inclut l appropriation du probl?me ? partir de ces acteurs, de ces ?chelles, de cette lecture de site et l analyse de l objet d ?tude; 3?) le d?veloppement de la proposition qui inclut programmes (fonctions existantes et propositions), d?finitions du partit (types d intervention), conception (hypoth?se et discussion) et d?finition de proposition; 4?) la finalisation du projet qui consiste ? d?velopper la proposition avec sa repr?sentation graphique et sa pr?sentation finale. Nous concluons que le projet en Domaine du Patrimoine Culturel demande une attention sp?ciale et doit ?tre pr?sent dans les cursus consid?rant les principes g?n?raux n?cessaires ? la formation de l ?l?ve. Le bin?me projet / patrimoine signifie avoir dans le cursus universitaire les contenus et questions n?cessaires les connaissances, les variables et possibilit?s existantes dans le projet appliqu? au patrimoine culturel de fa?on ? ce que ces connaissances soient incorpor?es dans l exercice de projet et n apparaissent pas comme un simple contenu th?orique sans articulation avec la pratique. Naturellement ces conclusions n ?puisent pas la r?flexion sur la question. Nous esp?rons que les analyses faites contribuent ? d?finir des m?thodologies d enseignements capables d ?tres v?rifi?es et test?es dans la pratique en salle de cours, et puisse collaborer avec les nouvelles recherches surtout celles qui ont pour but des nouvelles th?ories p?dagogiques d enseignement apprentissage du projet en Domaine du Patrimoine Culturel / A quest?o do patrim?nio cultural edil?cio continua ocupando lugar de destaque no meio t?cnico e cient?fico. O conceito tem se ampliado e hoje considera diferentes procedimentos projetuais de interven??o. A import?ncia do tema revela-se com a inclus?o da disciplina t?cnicas retrospectivas, bem como dos conte?dos ligados ? mat?ria conserva??o, restauro, reestrutura??o e reconstru??o de edif?cios e conjuntos urbanos nas estruturas curriculares dos cursos de arquitetura e urbanismo no Brasil pelo Minist?rio da Educa??o (MEC) desde a d?cada de 1990, posteriormente incorporados ?s Diretrizes Curriculares Nacionais. Partimos da discuss?o te?rica e conceitual de ?rea consolidada de patrim?nio cultural (ACPC), assim como das principais teorias pedag?gicas de ensino e aprendizagem articuladas ao projeto. Nesse contexto, os objetivos gerais desta tese consistem em sistematizar e analisar os principais procedimentos metodol?gicos do ensino do projeto aplicados ao patrim?nio cultural e adotados nas escolas de arquitetura e urbanismo nacionais, com um contraponto estrangeiro, visando enunciar propostas que contribuam para a constru??o de m?todos de ensino voltados para atividades pr?ticas de ateli? nesse campo. A pesquisa foi sistematizada em dois ?mbitos de abordagem. No primeiro, com base em dados secund?rios, foram identificados nove cursos de arquitetura e urbanismo, entre institui??es p?blicas de ensino superior sendo oito brasileiras e uma francesa considerados representativos no que se refere ?s pr?ticas de ensino de projeto e de patrim?nio cultural, bem como foram reconhecidas, inicialmente, trinta disciplinas dedicadas ? mat?ria, reduzidas, posteriormente, a cinco entre aquelas com carga hor?ria pr?tica de projeto. No segundo, a partir de dados prim?rios, foram analisadas as metodologias e estrat?gias de ensino de projeto, com base em ementas e demais itens dos respectivos planos de ensino, assim como em observa??es feitas, e entrevistas e question?rios aplicados em tr?s ateli?s. No que tange aos resultados foi constatado que todas as escolas contemplam conte?dos da mat?ria, por?m poucos s?o os casos que privilegiam a rela??o do projeto aplicado ao patrim?nio cultural. Ademais foi verificado que as quest?es de projeto, sendo consideradas complexas, privilegiam levantamentos e an?lises consistentes do s?tio. O ateli?, que integra fundamentos das teorias da preserva??o, hist?ria da arquitetura e urbanismo e t?cnicas (retrospectivas e contempor?neas), ? destacado como um formato coerente com os prop?sitos da integra??o de conhecimentos te?ricos e pr?ticos do projeto aplicado ? mat?ria. Com base nas an?lises realizadas foi poss?vel apontar quatro etapas do processo de ensino de projeto aplicado ao patrim?nio cultural, sendo elas: 1?) as fundamenta??es gerais, envolvendo o embasamento te?rico sobre preserva??o, hist?ria e t?cnicas retrospectivas, por exemplo , a apropria??o de leis e normas e a sensibiliza??o do aluno para a quest?o do patrim?nio cultural; 2?) o contato com a realidade, que envolve a apropria??o do problema atrav?s dos atores, escalas, leitura do s?tio e an?lise do objeto de estudo; 3?) o desenvolvimento da proposta, que inclui programas (fun??es existentes e propostas), defini??o do partido (tipo de interven??o), concep??o (hip?teses e discuss?es) e defini??o de proposta; e 4?) a finaliza??o do projeto, que consiste no desenvolvimento da proposta, como a sua representa??o gr?fica e apresenta??o final. Concluimos que o projeto em ACPC demanda uma aten??o especial e deve ser contemplado nos curr?culos, considerando os princ?pios gerais necess?rios ? forma??o do aluno. Ou seja, o bin?mio projeto/patrim?nio implica contemplar na gradua??o os necess?rios conte?dos e quest?es conhecimentos, vari?veis e possibilidades vigentes do projeto aplicado ao patrim?nio cultural de modo que esses conhecimentos sejam incorporados no pr?prio exerc?cio projetual e n?o apare?am como meros conte?dos te?ricos desarticulados da pr?tica. Naturalmente, estas conclus?es n?o esgotam a reflex?o sobre a quest?o. Esperamos que as constata??es feitas contribuam para a defini??o de metodologias de ensino, que possam ser averiguadas e testadas com a pr?tica em sala de aula, bem como colaborem com novas pesquisas, visando explorar novas teorias pedag?gicas do ensinoaprendizagem de projeto em ACPC

La présente étude intitulée «Terminologie juridique moderne de la langue anglaise: aspects linguistiques et cognitifs » aborde le langage juridique contemporain dans le cadre de la linguistique cognitive. Les objectifs de l'étude sont d'étudier les particularités de la terminologie juridique et de proposer des principes de systématisation, en se référant à la théorie cognitive de la métaphore. Il s’agit principalement : 1) de déterminer les concepts de base utilisés métaphoriquement dans la langue juridique ; 2) d'établir les correspondances principales entre domaines et les corrélations entre des éléments particuliers dans des domaines spécifiques. Pour répondre à cette question, un corpus d’anglais juridique a été constitué et soumis à une étude quantitative. Les expressions métaphoriques liées à la terminologie juridique ont été retirés et classés selon leur sens métaphorique. Il est ainsi apparu que les métaphores conceptuelles de la GUERRE, de la MEDECINE, du SPORT et de la CONSTRUCTION étaient les plus nombreuses et prégnantes en anglais juridique. Les projections et correspondances entre ces domaines sources et le domaine cible de la LOI ont été établies.Cette étude empirique repose sur 156 textes juridiques qui ont été rassemblés au sein d’un même corpus (COLE – Corpus of Legal English). Les sources renvoient à différentes catégories thématiques. Le corpus a été utilisé pour établir la réalité de certains phénomènes et interpréter les résultats quantitatifs dans le cadre de la théorie de la métaphore conceptuelle. / The present doctoral dissertation entitled “Modern English Legal Terminology: linguistic and cognitive aspects” investigates the contemporary legal idiom, from a cognitive linguistics perspective. The aim of this study is to map out the peculiarities of English legal terminology and develop principles of systematization, within the framework of conceptual metaphor theory. This means 1) determining the basic concepts used metaphorically in English legal language, and 2) establishing the main cross-domain mappings and correlations between separate items within concrete domains.The Corpus of Legal English (COLE) was set up and a quantitative analysis performed, in which metaphorical expressions related to legal terminology were searched for and classified on the basis of meanings, conceptual domains and mappings. Thus, the conceptual metaphors of WAR, MEDICINE, SPORT and CONSTRUCTION were found to be the most numerous and valuable in Legal English. The main cross-domain mappings between these source domains and the target domain of LAW were established.In order to carry out this data-driven study, 156 legal texts were selected and compiled into the Corpus of Legal English (COLE). The source-texts represent various thematic categories. The COLE was systematically used to interpret frequency counts from the point of view of conceptual metaphor theory. / Дисертаційне дослідження на тему «Сучасна англійська юридична термінологія: лінгвокогнитивний аспект» досліджує сучасну мову права з точки зору когнітивної лінгвістики. Головною метою дослідження було дослідження особливостей англійської юридичної термінології та принципів її систематизації з точки зору когнітивної теорії і власне теорії концептуальної метафори. В ході написання роботи були поставлені наступні цілі: 1) визначити головні концепти які використовуються у якості метафор в англійській мові права; 2) встановити головні концептуальні зв’язки між окремими елементами доменів.З метою вирішення цих питань і задач був проведений кількісний аналіз корпусу юридичної англійської мови. В ході цього аналізу біли виділені та класифіковані метафоричні вирази які пов’язані з юридичною термінологією згідно їх метафоричного значення. В результаті аналізу було виявлено що концептуальні метафори WAR, MEDICINE, SPORT та CONSTRUCTION займають домінуюче положення в мові права. Також були встановлені основні концептуальні зв’язки між сферою-джерелом та сферою-ціллю.В даному дослідженні було використано спеціально створений корпус, який включає в себе 156 правових текстів різноманітної сюжетної направленості, для проведення кількісного аналізу з точки зору концептуальної метафори.

Au cours de ces dernières années, des études ont montré l’existence d’une compartimentation latéraledes composants de la membrane plasmique végétale, de manière analogue à ce qui avait été montréchez les animaux et les levures. L’objectif de cette thèse était d’apporter de nouveaux éléments decaractérisation de cette compartimentation (propriétés physiques de domaines particuliers, mécanismesde mise en place de ces domaines, de contrôle de leur taille, etc…) et d’étudier son rôle dans laphysiologie de la cellule végétale.Le développement d’une méthodologie de microscopie confocale spectrale couplée à l’utilisationd’une sonde environnementale a permis d’apporter la première description à l'échellesubmicrométrique de l’organisation du plasmalemme en territoires aux propriétés physiquesdifférentiées. Ces domaines coexistent au sein de la membrane plasmique de cellules en suspension,comme à celle de membranes artificielles composées de lipides modèles ou de lipides de membranescellulaires, de vésicules géantes constituées de membrane plasmique purifiée, ou de protoplastes.Cependant, les différences de l’organisation latérale observées chez ces différentes membranes ontpermis de montrer l’importance des phytostérols qui seraient, par le biais d'interactions spécifiquesavec d’autres lipides végétaux tels que les GIPCs, des composés essentiels pour la formation locale dedomaines lipidiques ordonnés. La grande diversité des lipides végétaux organiserait ainsi lacompartimentation de la membrane plasmique permettant la ségrégation dynamique des composantsmembranaires. Si les stérols augmentent de manière importante le degré de compaction de la bicouche,les protéines le diminuent. Le cytosquelette et la paroi ne semblent, quant à eux, modifier ni laprésence, ni l’organisation des domaines ordonnés de la membrane plasmique. Nous avons égalementmontré que l’organisation de ces domaines évolue transitoirement lors des étapes précoces de lacascade de signalisation induite par des réactions de défense. De fait, nous avons identifié desmodifications des propriétés physiques globales et de l’organisation fine de la membrane provoquéespar différents éliciteurs de réactions de défense, dont la cryptogéine, une protéine sécrétée parl’oomycète Phytophthora cryptogea. Nous avons montré que ces modifications sont un élémentgénérique de la signalisation de défense, sous la dépendance de phénomènes de phosphorylation, leburst oxydatif étant également une étape clé de l’augmentation du degré d’ordre observé dans lesphases précoces de cette signalisation. La cryptogéine, qui présente une aptitude singulière pour piégerles stérols, a également montré une capacité spécifique à augmenter la fluidité membranaire, ceparamètre pouvant contrôler l’intensité de la cascade de signalisation, mesurée par la production deformes actives d’oxygène.Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives dans la compréhension des interactions cellule-élicitineet apportent un nouvel éclairage sur le rôle des lipides végétaux dans l’organisation latérale de lamembrane plasmique végétale et positionne la dynamique membranaire comme un élément designalisation de défense des plantes. / Recent studies have shown the existence of lateral sub-compartmentalization of plant plasmamembrane similar to that of animal cells and yeasts. The aim of this thesis was to provide newelements to characterize this compartmentalization (physical properties of specific domains,mechanisms of their formation, determination of their size, etc...) and to study its role in thephysiology of plant cells.The development spectral confocal microscopy coupled with the use of an environment-sensitiveprobe enabled to obtain the first description at the submicron scale of plasma membrane organizationinto domains exhibiting various physical properties. These domains coexist at the plasma membranesurface of tobacco suspension cells as well as the membrane of vesicles composed of models lipids orcell plasma membrane lipids, purified plasma membrane vesicles, and protoplasts. However,differences in the lateral organization observed in these membranes have shown the importance ofphytosterols which are, through specific interactions with neighboring plant lipids such as GIPCs,essential for local formation of ordered domains. The huge diversity of plant lipids drives thecompartmentalization of the plasma membrane allowing the dynamic segregation of membranecomponents. Sterols greatly increase membrane order, whereas proteins tends to decrease it.Cytoskeleton and cell wall do alter neither presence nor organization of ordered domains of the plasmamembrane. We have also shown that the organization of these domains is transiently modified duringthe early stages of defense signaling cascade. In fact, we have identified changes in overall physicalproperties and fine lateral organization of the membrane caused by various elicitors of defensereactions, including cryptogein, a protein secreted by the oomycete Phytophthora cryptogea. We haveshown that these changes are a generic element of defense signaling cascade and depend onphosphorylation processes; oxidative burst being also a major actor of the control of the increase ofmembrane order observed during the very early stages of the signalling process. Cryptogein, whichexhibits the particular ability to trap sterols, also showed a specific capacity to increase membranefluidity and amplify the intensity of the signalling cascade, as measured by the production of reactiveoxygen species.These results open new perspectives in the understanding of cell-elicitin interactions and provide anew view on the central role of sterol composition in the lateral organization of plant plasmamembrane. They also identify membrane dynamics as a new player in the signalling cascade occurringduring plant defense.

Les travaux présentés dans cette thèse concernent des problématiques d'architecture logicielle multi-domaines pour le développement d’applications distribuées. Ces applications sont caractérisées aujourd’hui comme des systèmes ouverts, complexes, hétérogènes et à large échelle. Les approches traditionnelles, telles que l’approche orienté objet, n’offrent plus un paradigme de conception suffisant pour appréhender la complexité de tels systèmes. Ces nouvelles tendances ont conduit à l’émergence d’approches de plus haut niveau telles que les approches orientées services, composants ou agents. Chacune de ces approches offrent des intérêts et des caractéristiques propres dans le développement d’applications distribuées. Les services offrent une abstraction et une interopérabilité à large échelle. Abstraction dans le sens où un service permet de spécifier un élément fonctionnel sans préciser comment cet élément est implémenté. Les composants sont une approche robuste basée sur la composition et la réutilisation d’éléments clairement définis par leurs interfaces. Les agents sont eux des éléments présentant un comportement dynamique dirigé par un but et des interactions de haut niveau avec les autres agents formant l’application, vue comme une organisation de services collaboratifs. D’un point de vue conceptuel, le service peut donc être perçu comme le modèle « métier » de l’application, alors que les composants et les agents constituent un modèle d’implémentation. L’étude de ces différents domaines et des modèles associés, a montré que les approches composants et agents sont complémentaires, les points forts d’une approche représentant les faiblesses de l’autre. Face à ce constat, il nous est paru intéressant d’intégrer ces deux approches, au sein d’une même démarche de conception. Cela permet, d’une part, qu’une approche puisse bénéficier des intérêts de l’autre et d’autre part, d’utiliser conjointement des agents et des composants dans la conception d'une même application. La démarche que nous avons adoptée consiste à considérer les services comme pivot d’interaction afin de rendre possible l’interopérabilité des agents et des composants. Pour supporter cette démarche, nous avons défini un processus de conception basé sur l’Ingénierie Des Modèles qui contient quatre modèles conceptuels (Domain Specific language) dont l’intérêt est de mettre l’accent sur les concepts de services et d’interaction. Nous avons ainsi défini un modèle de services, un modèle de composants et un modèle d’agents. Enfin, un modèle mixte appelé CASOM, Component Agent Service Oriented Model, permet de spécifier une application via une combinaison des trois domaines précédents. Ensuite, des règles de correspondances ont été définies entre les quatre modèles pour pouvoir par exemple transformer une spécification agents en une spécification composants ou mixte. L'implémentation de ces transformations a été réalisée en langage ATL (ATLAS Transformation Language). / The presented work considers problems related to multi-domain software architecture for the development of distributed applications. These applications are large-scaled, heterogeneous, open and complex software systems. Traditional approaches such as object-oriented are no longer sufficient to represent such complex systems. These trends lead to the emergence of higher-level approaches such as service-oriented, components or agents. Each one of these approaches offers interests and characteristics in the development of distributed applications. Services provide an abstraction and interoperability in a large scale. Abstraction is in the sense that a service can specify a functional element without specifying how this element is implemented. The components are a robust approach based on composition and reusability through their clearly defined interfaces. Agents are elements which are characterized by dynamic goal directed behaviours and high-level interactions with other agents forming the application, seen as an organization for collaborative services. From a conceptual point of view, the service can be seen as the “business” model of an application, while components and agents are the implementation models. The study of these different domains, with their related models, showed that the components and agents approaches are complementary; the strengths of one approach overcome the weaknesses of the other. Therefore, we are interested in the integration of these two approaches in a single design approach. This allows an approach to benefit from the interests of the other, on one hand and the use of agents and components jointly in the design of an application on the other hand. To reach our objective, we consider services as pivot of interaction between agents and components. The result of our analysis leads us to develop a design process based on Model-Driven Engineering which contains four conceptual models (Domain Specific Languages) with the main interest of focusing on the concepts of services and interaction. We then defined a service, component and agent models. Finally, a hybrid model called CASOM, Component Agent Service Oriented Model, was proposed that allows application specification via a combination of the three domains. Then, mapping rules have been defined between the four models in order to transform agents specification into components specification or mixed. The implementation of these transformations was done in ATL language (ATLAS Transformation Language).

À la surface ou à l’interface d’un matériau ferroélectrique, la polarisation peut être déstabilisée voire même annulée par le champ dépolarisation qui résulte de charges de polarisation non compensées. En l’absence de mécanismes d’écrantage extrinsèques (adsorbats, électrodes) ou intrinsèques (défauts, dopants), l’ordonnancement en domaines est le moyen le plus naturel dont un système a recourt pour rester ferroélectrique et minimiser son énergie électrostatique. Cette thèse se concentre sur l’étude de la stabilité de multiples configurations en domaines, ainsi que de la façon dont elle dépend de facteurs géométriques, chimiques et élastiques, à la surface du BaTiO3(001).Des calculs ab initio, fondés sur la théorie de la fonctionnelle de la densité, ont été menés pour éclaircir l’influence de la terminaison de surface, de la contrainte parallèle à la surface, de l’épaisseur du système et de la taille des domaines sur la polarisation de différentes phases ferroélectriques dans des couches ultraminces. L’effet de lacunes d’oxygène en surface sur la polarisation et sur la structure électronique a aussi été étudié. La microscopie d’électrons lents (LEEM) et la microscopie d’électrons photoémis (PEEM) ont été utilisées pour étudier les propriétés de la polarisation à la surface de monocristaux de BaTiO3 réduit, afin d’examiner l’influence des lacunes d’oxygène sur la polarisation ferroélectrique par une approche expérimentale, renforçant ainsi les résultats de calculs. / At a surface or interface of a ferroelectric material, the polarization can be destabilized and even suppressed by the depolarizing field which arises from uncompensated polarization charge. In the absence of external (adsorbates, electrodes) or internal (defects, dopants) screening mechanisms, domain ordering is the most natural way for a system to remain ferroelectric and minimize its electrostatic energy. This thesis focuses on the study of the stability of various possible domain configurations, and on how it depends and interplays on size, chemical and elastic factors, at the (001) surface of BaTiO3.First-principles calculations, based on density functional theory, have been performed to enlighten the influence of surface terminations, in-plane strain, system thickness and domain size in ultrathin films on the polarization in different ferroelectric phases. The effect of surface oxygen vacancies on the polarization and electronic structure has also been investigated. Low Energy electron microscopy (LEEM) and photoemission electron microscopy (PEEM) have been used to study the surface properties of ferroelectric polarization in reduced BaTiO3 single crystals, allowing to address the influence of oxygen vacancies on the ferroelectric polarization from experimental approaches, supporting the calculations results.

On étudie dans cette thèse des méthodes de localisation coopérative de robots mobiles sans utilisation de mesures extéroceptives relatives, comme des angles ou des distances entre robots. Les systèmes de localisation considérés sont basés sur des mesures de radionavigation sur des balises fixes ou des satellites. Pour ces systèmes, on observe en général un écart entre la position observée et la position réelle. Cet écart systématique (appelé biais) peut être dû à une mauvaise position de la balise ou à une différence entre la propagation réelles des ondes électromagnétiques par rapport aux conditions standard utilisées pour établir les modèles d’observation. L’influence de ce biais sur la localisation des robots est non négligeable. La coopération et l’échange de données entre les robots (estimations des biais, estimations des positions et données proprioceptives) est une approche qui permet de corriger ces erreurs systématiques. La localisation coopérative par échange des estimations est sujette aux problèmes de consanguinité des données qui peuvent engendrer des résultats erronés, en particulier trop confiants. Lorsque les estimations sont utilisées pour la navigation autonome à l’approche, on doit éviter tout risque de collision qui peut mettre en jeu la sécurité des robots et des personnes aux alentours. On doit donc avoir recours à un mécanisme d’intégrité vérifiant que l’erreur commise reste inférieure à une erreur maximale tolérable pour la mission. Dans un tel contexte, il est nécessaire de caractériser des domaines de confiance fiables contenant les positions des robots mobiles avec une forte probabilité. L’utilisation des méthodes ensemblistes à erreurs bornées est considérée alors comme une solution efficace. En effet, ce type d’approche résout naturellement le problème de consanguinité des données et fournit des domaines de confiance fiables. De surcroît, l’utilisation de modèles non-linéaires ne pose aucun problème de linéarisation. Après avoir modélisé un système coopératif de nr robots avec des mesures biaisées sur des balises, une étude d’observabilité est conduite. Deux cas sont considérés selon la nature des mesures brutes des observations. En outre, des conditions d’observabilité sont démontrées. Un algorithme ensembliste de localisation coopérative est ensuite présenté. Les méthodes considérées sont basées sur la propagation de contraintes sur des intervalles et l’inversion ensembliste. La coopération est effectuée grâce au partage des positions estimées, des biais estimés et des mesures proprioceptives.L’échange des estimations de biais permet de réduire les incertitudes sur les positions des robots. Dans un cadre d’étude simple, la faisabilité de l’algorithme est évaluée grâce à des simulations de mesures de distances sur balises en utilisant plusieurs robots. La coopération est comparée aux méthodes non coopératives. L’algorithme coopératif ensembliste est ensuite testé sur des données réelles en utilisant deux véhicules. Les performances de la méthode ensembliste coopérative sont enfin comparées avec deux méthodes Bayésiennes séquentielles, notamment une avec fusion par intersection de covariance. La comparaison est conduite en termes d’exactitude et d’incertitude. / In this work, we study some cooperative localization issues for mobile robotic systems that interact with each other without using relative measurements (e.g. bearing and relative distances). The considered localization technologies are based on beacons or satellites that provide radio-navigation measurements. Such systems often lead to offsets between real and observed positions. These systematic offsets (i.e, biases) are often due to inaccurate beacon positions, or differences between the real electromagnetic waves propagation and the observation models. The impact of these biases on robots localization should not be neglected. Cooperation and data exchange (estimates of biases, estimates of positions and proprioceptive measurements) reduce significantly systematic errors. However, cooperative localization based on sharing estimates is subject to data incest problems (i.e, reuse of identical information in the fusion process) that often lead to over-convergence problems. When position information is used in a safety-critical context (e.g. close navigation of autonomous robots), one should check the consistency of the localization estimates. In this context, we aim at characterizing reliable confidence domains that contain robots positions with high reliability. Hence, set-membership methods are considered as efficient solutions. This kind of approach enables merging adequately the information even when it is reused several time. It also provides reliable domains. Moreover, the use of non-linear models does not require any linearization. The modeling of a cooperative system of nr robots with biased beacons measurements is firstly presented. Then, we perform an observability study. Two cases regarding the localization technology are considered. Observability conditions are identified and demonstrated. We then propose a set-membership method for cooperativelocalization. Cooperation is performed by sharing estimated positions, estimated biases and proprioceptive measurements. Sharing biases estimates allows to reduce the estimation error and the uncertainty of the robots positions. The algorithm feasibility is validated through simulation when the observations are beacons distance measurements with several robots. The cooperation provides better performance compared to a non-cooperative method. Afterwards, the cooperative algorithm based on set-membership method is tested using real data with two experimental vehicles. Finally, we compare the interval method performance with a sequential Bayesian approach based on covariance intersection. Experimental results indicate that the interval approach provides more accurate positions of the vehicles with smaller confidence domains that remain reliable. Indeed, the comparison is performed in terms of accuracy and uncertainty.

Les Megavirales appartiennent à des familles de virus géants infectant un grand nombre d'hôtes eucaryotes. Leurs génomes ont des tailles variant de 100 kb to 2.5 mb et leur composition a montré des caractéristiques surprenantes qui ont soulevées diverses questions sur l’origine et l’évolution de ces virus. Les études de métagénomique environnementale ont montré qu’il existe une «matière noire», composée de séquences reliées à aucun organisme connu. Cependant, l'identification des séquences a été principalement réalisée en utilisant les séquences ADN ribosomal (ADNr), ce qui conduit à ignorer les virus. D’autres gènes informationnels « cœur », incluant la DNA-dependant RNA polymerase (RNAP) constituent d'autres marqueurs qui apparaissent comme plus appropriés pour une classification plus exhaustive des séquences, puisqu’ils apparaissent conservés dans les organismes cellulaires ainsi que les mégavirus. Nous avons utilisé un petit ensemble de gènes universels conservés incluant la RNAP et avons reconstruit des séquences ancestrales pour rechercher des séquences reliées aux mégavirus dans les bases de données. Cela a permis d’identifier trois nouvelles séquences de megavirus qui avaient été mal annotées comme correspondant à des organismes cellulaires, ainsi que de nouveaux clades viraux dans les bases métagénomiques environnementales. De plus, nous avons montré que l’ordre Megavirales constituait une quatrième branche monophylogénétique ou « TRUC » (pour Things Resisting Uncompleted Classification). Nos analyses montrent également que la RNAP ainsi que quelques autres gènes utilisés dans nos études permettent de considérer un répertoire plus complet d’organismes que l’ADNr. / Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs), or representatives of order Megavirales, belong to families of giant viruses that infect a large number of eukaryotic hosts. These viruses genomes size ranges from 100 kb to 2.5 mb and compose surprising features, which raised various questions about their origin and evolution. Environmental metagenomic studies showed that there is a “dark matter”, composed of sequences not linked to any known organism. However sequence identification was mainly determined using ribosomal DNA (rDNA) sequences, which led therefore to ignore viruses, because they are devoid of such genes. Informational genes, including DNA-dependant RNA polymerase (RNAP), are other markers that appear as more appropriate for a comprehensive classification as they are conserved in cellular organisms (Bacteria, Archaea and Eukarya) and in Megavirales. We used a small set of universally conserved genes that included RNAP and reconstructed ancestral sequences to search for megavirus relatives in sequence databases and to perform phylogeny reconstructions. This allowed identified three megaviral sequences that were misannotated as cellular orgainsms, and new viral clades in environmental databases. In addition, we delineated Megavirales as a fourth monophylogenetic TRUC (things resisting uncompleted classification) aside cellular organisms. Moreover, we classified by phylogenetic and phyletic analyses based on informational genes new giant viruses as new bona fide members of the fourth TRUC. Our analyses shows that RNAP as well as a few other genes used in our studies allow a more comprehensive overview and classification of the biological diversity than rDNA.

Les sciences relevant des sciences du vivant et de l'environnement (biologie, risques naturels, télédétection, etc.) ont depuis de nombreuses années accumulé les données d'observation et développé de grandes variétés de traitements.Les scientifiques de ces domaines doivent asseoir leur réflexion par des validations expérimentales. Celles-ci nécessitent la mise en œuvre de chaînes de traitements (ou protocoles expérimentaux) plus ou moins complexes.Le concept de "workflow" a été introduit de manière globale et raffiné en "workflow scientifique".Les systèmes actuels restent cependant difficiles à appréhender par des scientifiques dont les préoccupations ne relèvent pas directement de l'ingénierie informatique.L'approche suivie, en terme de méthodologie et de composants, propose une solution à ce problème.L'hypothèse initiale repose sur la vision utilisateur qui conçoit son travail en trois étapes :- La phase de planification, qui consiste à définir un modèle métier abstrait d'un workflow ;- La phase intermédiaire, qui consiste à concrétiser le modèle abstrait précédemment défini, en localisant les diverses ressources existantes au sein de ce que nous désignons comme contexte de travail. La définition, la vérification et la validation des modèles concrets reposent sur la connaissance des experts et sur la compatibilité des éléments du modèles ;- La phase dynamique, qui consiste à exécuter le modèle concret validé avec un moteur d'exécution.La thèse se focalise principalement sur les divers problèmes soulevés dans les deux premières phases (planification et intermédiaire).A partir d'une analyse des travaux existants, nous déclinons les divers maillons :méta modèle et langage de workflow, contexte de travail, graphe de ressources, traitement de cas d'incompatibilité de la proposition.La validation des travaux s'est effectuée dans plusieurs domaines cibles: biologie, risques naturels et télédétection.Un prototype a été développé, il propose les fonctionnalités suivantes :conception et sauvegarde de chaines de traitements abstraites,description et localisation de ressources, vérification de la validité des chaînes concrètes. / For many years in life and the environmental science domains (such asbiology, risk, remote sensing, etc.), observational data haveaccumulated and a great number of related applications have beenimplemented. Scientists working in these domains have to establish theirreflections and evaluations based on experimental validations, whichrequire a more or less complex workflow. The "workflow" has beenintroduced as a global and general concept, and defined as "scientificworkflow". However, the current complex systems remain difficult toaccess by scientist, whose expertise is not directly related to thedomain of computer science engineering.Within the following approach we propose a methodical solution for thisproblem.The initial hypothesis is based on the vision of an user, who conceiveshis work in three stages:1) The conception stage, which consists of constructing an abstractworkflow model;2) The intermediate stage, which represents an instantiation step of thepre-defined abstract model, by locating different existing resources inan environment, named "work context" in our approach. The definition,verification and validation of a concrete model depend on the experts'knowledge of his specialized domain and the compatibility of elements inthe model.3) The dynamic stage, which consists of establishing and executing thevalid concrete model by using a workflow execution engine.In this thesis we mainly concentrate on the different problems raised bythe first two stages (conception and intermediate). Based on an analysisof existing efforts we decline some elements such as meta model and theassociated workflow language, work context, resource graph, solution propositions for incompatible compositions.The validation for our approach has been carried out in various target domains such as biology, natural risk and remote sensing. A prototype has been developed, which provides the following functionalities:construction and saving the abstract workflow models, description and location of (data / application) resource, verification and validation of concrete workflow models.