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Estudo químico e biológico de fungos endofídicos associados a Senna spectabilis /

Zanardi, Lisinéia Maria. January 2010 (has links)
Orientador: Angela Regina Araújo / Banca: Marcia Nasser Lopes / Banca: Lourdes Campaner dos Santos / Banca: Luiz Alberto Beraldo de Moraes / Banca: Geraldo Humberto Silva / Resumo: Este trabalho descreve o isolamento de 43 fungos endofíticos associados à espécie vegetal Senna spectabilis, e a triagem química e biológica destes. Os extratos brutos em AcOEt produzidos pelos fungos foram avaliados quimicamente por CCDC, CLAE-DAD e RMN de 1H, e submetidos a bioensaios para avaliação da potencialidade antifúngica, antioxidante e anticolinesterásica, onde se mostram promissores. A partir dos resultados obtidos os fungos Myrothecium gramineum e Acremonium sp. foram selecionados para crescimento em escala ampliada, em meio de cultivo MBD, visando a obtenção do extrato bruto para isolamento e determinação estrutural dos metabólitos produzidos. Nesta etapa foram utilizados dois modos de incubação (estático e sob agitação) para avaliação da influência do modo de crescimento na produção metabólica, evidenciando que não ocorreram mudanças significativas na produção dos metabólitos secundários. Do extrato bruto obtido de M. gramineum foi isolada a Verrucarina A, como um precipitado, durante a solubilização do extrato em MeOH. O sobrenadante foi então submetido a fracionamento cromatográfico e levou ao isolamento de 3 dicetopiperazinas, sendo a ciclo (Pro-Tyr), ciclo (L-Pro-L-Leu) e a ciclo(D-Pro-D-Phe), e 4 tricotocenos, a Verrucarina A (já isolada como precipitado), Roridina A e Isororidina A e a Verrucarina L. Durante o processo de concentração para a obtenção do extrato bruto de Acremonium sp., ocorreu a formação de cristais em forma de filetes que ficaram aderidos ao balão. Os cristais foram separados e identificados como a Citocalasina D. O extrato bruto resultante da separação destes cristais foi submetido a fracionamento cromatográfico levando ao isolamento de 7 substâncias: uma xantona (Fusaridina), 4 isocumarinas [(R)-8-metoxi-meleina; (3S, 4S)-5-carbometoxi-4-hidroximeleína; (3R)-5-carbometoximeleina e (3S)-5-carboetoxi-mele... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work reports the isolation of 43 endophytic fungi associated with Senna spectabilis, and the chemical and biological screening of their extracts. The AcOEt crude extracts produced by fungi were submitted to chemical analysis by TLC, DAD-HPLC, NMR and bioassays to evaluation of antifungal, antioxidant and anticholinesterase potential, which showed promising. The results enabled us to select the fungi Myrothecium gramineum and Acremonium sp. to growth on a large scale for isolation and structural determination of metabolites produced. The fungal strains were cultivated in liquid media PDB to obtaining the crude extracts. In this stage, we used two modes of incubation (static mode and under agitation), to evaluate the influence of the growing mode in production of the secondary metabolites, showing that there were no significant changes in metabolic production. The crude extract of M. gramineum yielded the substance Verrucarin A, as a white precipitated during solubilization of the extract in MeOH. The supernatant was fractioned by CC and preparative HPLC yielding three diketopiperazines [(cicle (Pro-Tyr), cicle (L-Pro-L-Leu) and cicle (D-Pro-D-Phe)] and four trichothecenes [Verrucarin A (already isolated as substance), Roridin A and Isororidin A and Verrucarin L. During the process of concentration of solvents to obtain crude extract of Acremonium sp., there was the formation of crystals in the form of fillets that were attached to the balloon. The crystals were separated and identified like Citocalasin D. The resulting crude extract was submitted to chromatographic fractionation yielding seven substances: one xanthone [Fusaridin, four isocoumarins [(R)-8-methoxi-mellein, (3S, 4S)-5-carbomethoxi-4-hydroximellein, (3R)-5-carbomethoximellein and (3S)-5-carboethoxi-mellein] and the griseofulvin and 7-dechlorogriseofulvin. The substances (3S, 4S)-5-carbomethoxi-4-hydroximellein... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Produção de celulases por fungos endofíticos e aplicação das enzimas na sacarificação do bagaço de cana-de-açúcar /

Marques, Natália Paganini. January 2017 (has links)
Orientador: Daniela Alonso Bocchini / Banca: Luis Henrique Souza Guimarães / Banca: Kelly Johana Dussan Medina / Banca: Jonas Contiero / Banca: Eleni Gomes / Resumo: Atualmente, há um crescente interesse na produção de bioetanol celulósico como biocombustível de segunda geração, sendo uma alternativa promissora aos combustíveis fósseis. Fungos tem sido constantemente isolados na busca por novas fontes de celulases e os endofíticos são interessantes para esta finalidade, por serem potenciais produtores de enzimas de degradação de material vegetal, incluindo celulases, e pouco estudados neste sendido. O presente estudo teve por finalidade a avaliação da influência das condições de cultivo (isolado e co-cultivo) para a produção de celulases pelos fungos endofíticos Botryosphaeria sp. AM01 e Saccharicola sp. EJC04, por meio de metodologias estatísticas, além da utilização dos extratos enzimáticos na sacarificação do bagaço de cana-de-açúcar pré-tratado hidrotérmicamente com NaOH, otimizando-se também esta etapa empregando-se as ferramentas estatísticas citadas. Para a condição de co-cultivo dos fungos, a quantidade de substrato (5,7g) e a umidade inicial do substrato (60,6%) foram otimizadas visando maximizar a produção de endoglunacase (121,56 U/g). Para o cultivo isolado de Botryosphaeria sp. AM01, foi possível a produção de endoglunacase (168,99 U/g), empregando a concentração de NaNO3 a 6,0 g/L e 5,0 g como quantidade de substrato. Para o cultivo isolado de Saccharicola sp. EJC04, obteve-se a condição ótima para produção de β-glicosidase (750,37 U/g) na concentração de ureia de 0,0836 g/L, teor de umidade de 49,2% e quantidade de substrat... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: There is a great interest in the production of cellulosic bioethanol as second generation biofuel and it is a promising alternative to fossil fuels. Fungi have been constantly isolated in the search for new sources of cellulases and the endophytics interesting for this purpose, being potential producers of plant material degrading enzymes, including cellulases, and underexploited in this sense.The present study had as purpose the optimization of culture conditions (monoculture and co-cultivation) for the production of cellulases by the endophytic fungi Botryosphaeria sp. AM01 and Saccharicola sp. EJC04, by statistics methodology, and also the use of enzymatic extracts in saccharification of sugarcane bagasse submitted to hydrothermal pretreatment with NaOH, optimizing this step using those statistical tools. For the fungi co-cultivation, the amount of substrate (5.7g) and the substrate initial moisture (60.6%) were optimized to maximize the production of endoglunacase (121.56 U/g). For the monoculture of Botryosphaeria sp. AM01, it was possible to produce endoglunacase (168.99 U/g), using the concentration of NaNO3 at 6.0 g/L and 5.0 g as substrate amount. For the monoculture of Saccharicola sp. EJC04, the optimal condition for β- glycosidase production (750.37 U/g) was obtained using urea at 0.0836 g/L, initial substrate moisture at 49.2% and substrate amount of 3.84 g. The enzymatic extracts obtained under optimized conditions were used in the saccharification of sugarcane bagasse submitted to alkaline hydrothermal pretreatment with NaOH. The pre-treated bagasse characterization indicated 59.52, 31.62 and 11.32% as the contents of cellulose, hemicellulose and lignin, respectively. The saccharification performed with the enzymatic extract produced by Botryosphaeria sp. AM01 was more efficient in glucose (Full abstract, click on electronic access below) / Doutor
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Estudo comparativo das características e da eficácia de celulases de fungos endofíticos na sacarificação do bagaço de cana-de-açúcar pré-tratado /

Tesche, Luana Zanchetta. January 2017 (has links)
Orientador: Daniela Alonso Bocchini / Banca: Kelly Johana Dussan Medina / Banca: Jonas Contiero / Resumo: Os principais desafios para a produção de etanol celulósico se relacionam aos custos de obtenção das celulases, à disponibilização da celulose presente nos materiais lignocelulósicos (para maior rendimento da sacarificação enzimática), bem como à eficiente conversão da glicose liberada em etanol. As celulases microbianas têm sido extensivamente estudadas nos últimos anos, visando a sua aplicação no bagaço de cana-de-açúcar para liberação de açúcares fermentescíveis e posteriormente a produção de etanol celulósico. O presente trabalho teve como objetivo o estudo da produção de celulases por oito fungos endofíticos, por fermentação em estado sólido (FES) e a utilização dos extratos enzimáticos na sacarificação do bagaço de cana-de-açúcar pré-tratado. Os fungos foram cultivados utilizando-se quatro misturas (1:1 p/p) de diferentes substratos lignocelulósicos, sendo selecionada para cada fungo, a mistura que proporcionou as maiores atividades de celulases nos extratos enzimáticos obtidos. Tais enzimas foram utilizadas na sacarificação do bagaço de cana submetido a pré-tratamento hidrotérmico alcalino (NaOH 5% p/v), o qual apresentou a vantagem de gerar uma baixa concentração de inibidores, seguindo três diferentes protocolos de sacarificação. Nesta etapa, foram selecionados os fungos Phomopsis stipata SC 04 (concentrações de glicose de 3,82 e 4,72 mg/mL nos hidrolisados obtidos pelos Protocolos 1 e 2 de sacarificação respectivamente) e Botryosphaeria sp. AM 01 (concentração de gl... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The main challenges for cellulosic ethanol production have been related to cellulases costs, to the availability of cellulose in lignocellulosic materials (for higher yield of enzymatic saccharification), as well as to the efficient conversion of glucose in ethanol. Microbial cellulases have been extensively studied in the last years, aiming its application on sugarcane bagasse to release of fermentable sugars and later the cellulosic ethanol production. The present work had as objective the study of cellulase production by eight endophytic fungi by solid-state fermentation (SSF), and the use of the enzymatic extracts in saccharification of pre-treated sugarcane bagasse. The fungi were cultivated using four mixtures (1:1 w/w) of different lignocellulosic substrates, has being selected for each fungus, the mixture that provided the highest cellulases activities in the enzymatic extracts obtained. These enzymes were used in the saccharification of sugarcane bagasse submitted to alkaline hydrothermal pre-treatment (NaOH 5% w/v), which had the advantage of generates a low inhibitors concentration, following three different saccharification protocols. In this step, the fungi selected were Phomopsis stipata SC 04 (glucose concentration of 3.82 and 4.72 mg/mL in the hydrolysates obtained from saccharification Protocols 1 and 2, respectively), and Botryosphaeria sp. AM 01 (glucose concentration of 4.01 mg/mL in the hydrolysate obtained from saccharification Protocol 2). Experimental ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Bioprospecção e isolamento de metabólitos de Microsphaeropsis arundinis, um fungo endofítico de Paepalanthus planifolius (Eriocaulaceae) /

Botero, Weslei Bruno. January 2018 (has links)
Orientador: Lourdes Campaner dos Santos / Banca: Maysa Furlan / Banca: Marcelo Aparecido da Silva / Resumo: As espécies da família Eriocaulaceae apresentam estudos químicos na literatura que descrevem a presença de substâncias com potencial biológico, com destaque para a planifolina em Paepalanthus planifolius. Apesar disso, existem poucos dados sobre a química dos microrganismos associados a essas espécies, como fungos endofíticos. Para esse estudo, selecionamos o fungo endofítico Microsphaeropsis arundinis, isolado dos capítulos de P. planifolius. O endófito foi cultivado em meios de cultivo líquido (Caldo Batata Dextrose, Caldo YM, Extrato de Malte, Caldo Nutrient e Caldo Czapek-Dox) e sólido (arroz parboilizado e milho canjica) e os extratos acetato de etila obtidos foram analisados quimicamente quanto a seu perfil cromatográfico por HPLC-PDA e biologicamente a partir da atividade antitumoral contra linhagens de câncer de mama e de câncer de pulmão. O extrato acetato de etila cultivado em arroz parboilizado demonstrou-se o mais ativo frente as linhagens de adenocarcinoma de mama murino (IC50 = 39,91 μg mL-1) e adenocarcinoma de mama humano (IC50 = 51,93 μg mL-1), sendo cultivado em escala ampliada e estudado fitoquimicamente buscando-se o isolamento das substâncias produzidas. A utilização de técnicas espectroscópicas e espectrométricas permitiu a identificação de oito substâncias, sendo as substâncias 1, 2, 3 e 7 inéditas na literatura e a substância 5 descrita pela primeira vez como produto natural. Uma análise biossintética mostra que as substâncias são provenientes da via d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Species of Eriocaulaceae family showed some chemical studies that describe the presence of compounds with biological potential, such as planifolin in Paepalanthus planifolius . Despite these compounds, there are few data about the chemistry of the microorganisms associated with these species, such as endophytic fungi. For this study, we selected the endophytic fungus Microsphaeropsis arundinis, isolated from P. planifolius capitula. The endophyte was cu ltivate in liquid culture media (Potato Dextrose Broth, YM Broth, Malt Extract, Nutrient Broth and Czapek - Dox Broth) and solid culture media ( parboiled rice and corn) and the ethyl acetate extracts were chemically analyzed by HPLC - PDA and biologically eval uated against adenocarcinoma cell lines using MTT assay. The ethyl acetate extrac t cultivated in parboiled rice was the most active one against murine breast adenocarcinoma (IC 50 = 39,91 μg mL - 1 ) and human breast adenocarcinoma (IC 50 = 51,93 μg mL - 1 ), being select to cultivated on an enlarged scale and fractionated result in the isolation of major compounds . The use of spectroscopic and spectrometric techniques result in the ide ntification of eight compounds, with 1 ( 2Z, 5E ) - 4,7,9 - trihydroxy - 2,5 - decadienoic acid) 2 ( ( 2Z, 5E ) - 4 - acetoxy - 7,9 - dihydroxydeca - 2,5 - dienoic acid ), 3 ( ( 2Z,5E ) - 7 - acetoxy - 4,9 - dihydroxydeca - 2,5 - dienoic acid) and 7 ( 1 - (2,5 - dihydroxypheny l) - 3' - oxobutan - 2' ' - yl acetate) unpublished in ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Otimização das condições de cultivo do fungo endofítico Cochliobolus sativus para a produção de compostos antimicrobianos / Optimization of culture conditions the fungus Cochliobolus sativus endophytic for the production of antimicrobial compounds

Manhães, Jonathan Henrique Carvalho 28 July 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-06T16:54:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 650913 bytes, checksum: b9f17c4a57a8b906d67c928beb6ed056 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T16:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 650913 bytes, checksum: b9f17c4a57a8b906d67c928beb6ed056 (MD5) Previous issue date: 2015-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os fungos endofíticos constituem um grupo de micro-organismos produtores de metabólitos secundários bioativos. Dentro desta perspectiva, foi estudado o potencial antimicrobiano do endofítico Cochliobolus sativus, isolado do feijoeiro comum Phaseolus vulgaris. Foi investigada a capacidade deste fungo em produzir metabólitos secundários com atividade antifúngica e antibacteriana em diferentes condições de crescimento, levando em consideração o meio de cultura, o fotoperíodo e o tempo de incubação. Os extratos gerados nas diferentes condições foram testados contra quatro fitopatógenos de importância agrícola e bactérias Gram-positivas e Gram-negativas de interesse médico e industrial, utilizando o método de diluição em ágar e difusão em ágar, respectivamente. O extrato que apresentou os melhores resultados de inibição determinou a melhor condição de crescimento para a síntese desses compostos. Foi observado que a atividade do extrato E4 nos micro- organismos testados foi superior a atividade dos demais extratos, apresentando inibição significativa de 52%, 29,69% e 8,16% do crescimento micelial dos fungos Sclerotinia sclerotiorum, Rhizoctonia solani e Fusarium oxysporum. A inibição do fitopatógeno Colletotrichum lindemuntianum não foi significativa. Quanto as bactérias, a atividade dos extratos brutos só foi observadas nas Gram-positivas Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis e Enterococcus faecalis, apresentando os melhores halos de inibição, pelo extrato bruto 4, de 12 mm, 10 mm e 6,8 mm, respectivamente. A menor MIC (concentração mínima inibitória) do extrato bruto foi contra S. aureus (MIC = 32 μg mL -1 ), enquanto em B. subtillis e E. faecalis foi de 68 μg mL -1 . Sendo assim, foi selecionada a condição de crescimento correspondente ao extrato bruto E4 para otimização da síntese de metabólitos secundários em larga escala. Ensaios biológicos foram realizados, para averiguação da influência do pH do filtrado fúngico na extração com acetato de etila. Os resultados indicaram que não há necessidade de acidificação ou alcalinização do filtrado para se obter os compostos bioativos. Posteriormente, os extratos brutos foram submetidos a análises de cromatografia à gás, apontando inicialmente, para dois compostos majoritários. Procedimentos futuros serão empregados para o isolamento e caracterização completa desses compostos e será testada a capacidade do fungo para inibir o crescimento de fitopatógenos in vivo. / From this perspective, we investigated the potential antimicrobial activity of Cochliobolus sativus endophyte, isolated from the common bean Phaseolus vulgaris. We investigated the ability of this fungus to produce antifungal and antibacterial secondary metabolites in different growth conditions, taking into account the culture medium, photoperiod and incubation time. Extracts of the culture media generated under the various growth conditions were tested against four phytopathogenic fungi of agricultural importance and against gram- positive and gram-negative bacteria of medical and industrial interest, using the agar dilution method and agar diffusion, respectively. The extract that showed the best inhibition results determined the best growth condition for the synthesis of these compounds. Extract E4 showed the higher antifungal and antibacterial activities inhibiting 52%, 29.69%, and 8.16% of the mycelial growth of the fungus Sclerotinia sclerotiorum, Rhizoctonia solani and Fusarium oxysporum, respectively. Also, this extract presented significant activity against gram-positive bacteria Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, and Enterococcus faecalis,producing inhibition zones of 12 mm, 10 mm, and 6.8 mm in diameter, respectively. MIC (minimum inhibitory concentration) values were determined as 32 ug mL -1 for S. aureus and 68 ug mL -1 for B. subtilis and E. faecalis . Therefore, the growth conditions that lead to extract E4 were selected for large scale fermentation and isolation of bioactive metabolites. Biological assays were performed to investigate the influence of the pH of the culture filtrates on the of extraction of the metabolites. The results indicated that there is no need for acidification or alkalinization of the filtrate to improve the extraction of the bioactive compounds. Subsequently, the crude extracts were subjected to analysis by Gas-Chromatography-Mass Spectrometry, pointing initially to two major compounds. Future procedures will be applied to the complete isolation and characterization of these compounds, which will be tested for its ability to inhibit in vivo growth of pathogens.
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Diversidade de leveduras endofíticas e epifíticas em frutos de café cereja (Coffea arabica L.) e sucessão durante a seca natural / Diversity of endophytic and epiphytic yeasts in coffee cherries (Coffea arabica L.) and sucession during natural drying

Vale, Helson Mário Martins do 08 May 2009 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T11:23:03Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T11:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) Previous issue date: 2009-05-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A diversidade de leveduras endofíticas e epifíticas em frutos de café cereja das cultivares Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo em lavouras situadas a diferentes altitudes na Zona da Mata Norte em Minas Gerais, Brasil, foi estudada por metodologias dependentes e independentes de cultivo. A densidade de leveduras epifíticas e endofíticas em frutos de café é variável, menos de 25 UFC.fruto -1 a 6,5 x 10 4 UFC.fruto -1 . As 36 leveduras isoladas foram agrupadas em doze morfotipos e a árvore filogenética reconstruída com dados de sequências de bases de rDNA 26S mostrou o agrupamento com as sequências de Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp e Sporobolomyces sp., já depositadas no National Center for Biotechnology Information (NCBI). O isolado LEM 647-9, proveniente de Bourbon Vermelho, 1101 m, foi o único com identidade correspondente a Meira geulakonigii, um fungo yeast-like classificado em Ustilaginales, a mesma ordem de Pseudozyma. A ocorrência de um só morfotipo de leveduras endofíticas cultiváveis em Malt yeast glucose peptone medium (MYGP), contendo cloranfenicol, em apenas 4 amostras de café cereja é considerada baixa. As endofíticas foram identificadas com base no perfil de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAME), pelo sistema de identificação Sherlock ® (MIDI), e por análise filogenética de sequências de rDNA 26S. As sequencias parciais de rDNA destes isolados mostraram identidade entre 96 e 100 % com as correspondentes a Candida, Pichia e Brettanomyces. Pela análise filogenética a maior identidade foi com Candida e Pichia. A constatação de C. diddensiae P. guilliermondii e C. parapsilosis como endofíticas em frutos de café sadios no estádio cereja se configura como relato novo sobre nicho de ocorrência das espécies. Clones de uma biblioteca de rDNA 26S obtida por amplificação de DNA metagenômico de frutos cereja da C.Vermelho, coletada a 1189 m, foram sequenciados. Doze clones mostraram 98-99% de identidade com rDNAs de fungos filamentosos. Estes correspondem a Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria e a alguns fungos filamentosos potencialmente endofíticos e ainda não identificados, cujas sequências estão presentes no GenBank. A DGGE da sucessão de leveduras associadas aos grãos de C. arabica durante os 14 dias do período de secagem natural no terreiro de cimento revelou UTOs dominantes já nos 4 primeiros dias. A análise com o programa GelCompar II ® demonstrou que o perfil de UTOs da comunidade é alterado a cada dois dias, até o 12o dia de secagem. A determinação de ocorrência e diversidade de leveduras endofíticas nos frutos de café cereja se constitui em etapa fundamental para identificar a síntese de metabólitos produzidos por esses microrganismos e para desenvolver processo biotecnológico que assegure a qualidade superior da bebida do café. / Diversity among endophytic and epiphytic yeasts in coffee cherries (Coffea arabica L.) from the cultivars Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho, and Bourbon Amarelo, sampled from plantations located at different altitudes in the Zona da Mata Norte, Minas Gerais State, Brazil, were studied using culture-dependent and culture-independent methods. Density of epiphytic and endophitic yeasts in coffee cherries varied from less than 25 CFU. cherries -1 to 6,5.10 4 CFU.cherries -1 . Thirty six isolated yeasts were grouped in 12 morphotypes. The reconstructed phylogenetic tree, obtained with 26S rDNA sequence data, grouped the sequences with those of Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp and Sporobolomyces sp. present in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. The isolate LEM 647-9, from Bourbon Vermelho collected at 1101 m, was identified as Meira geulakonigii, a yeast-like fungus classified among the Ustilaginales, the same order of Pseudozyma. Five yeast colonies of the same morphotype were selected and identified using the fatty acid methyl ester profiling (FAME) by the Sherlock ® identification system (MIDI). The isolates were phylogenetically clustered using 26S rDNA sequences analyses. Partial 26S rDNA sequences showed 96 % and 100 % similarity to rDNA from yeast species belonging to Candida, Pichia, and Brettanomyces. However, phylogenetic cluster analyses showed that the rDNA sequences from the isolates were more closely related to rDNA sequences from the genera Candida and Pichia. The presence of C. diddensiae, P. guilliermondii e C. parapsilosis as endophytes in wholesome coffee cherries is reported here and thus a new niche for these species. Sequencing of clones obtained from a 26S rDNA library of amplified metagenomic DNA from Catuaí Vermelho coffee cherries, collected at 1189 m, yielded 12 clones with 98-99% identity with filamentous fungi. They corresponded to the genera Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria, and also to some potentially endophytic fungi yet to be identified and that have sequences already in GenBank. DGGE fingerprint of yeasts in C. arabica during 14 days of natural drying revealed dominant OTUs already in the four first days. GelComparII analysis demonstrated that the OTU profile is altered each two days up to the 12 th day. Knowledge on the occurrence and diversity of endophytic yeasts, as well as on the secondary metabolites that they produce should contribute to the development of biotechnological processes aimed at improving the quality of coffee beverages. / Tese antiga
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Bioprospecção de fungos endofílicos Camarops sp., Periconia atropurpurea e Pseudofusicoccum stromaticum e avaliação epigenética de Phoma sp

Gubiani, Juliana Regina [UNESP] 24 July 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-03-07T19:20:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-24. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:24:01Z : No. of bitstreams: 1 000854407_20170724.pdf: 663761 bytes, checksum: 60eaa36c360bd21a72c549385424c3ff (MD5) Bitstreams deleted on 2017-07-24T11:34:16Z: 000854407_20170724.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-07-24T11:35:24Z : No. of bitstreams: 1 000854407.pdf: 8174488 bytes, checksum: 9e24d2d63d9e50b4f003bc5a41502cda (MD5) / Os fungos são considerados fontes promissoras de compostos bioativos com potencial aplicação na indústria alimentícia, agricultura e medicina, e de fato, diversos medicamentos utilizados na saúde pública são originárias de fungos. Estes são encontrados em vários ecossistemas, entre os quais podemos citar os que vivem no interior das espécies vegetais. Estes micro-organismos são denominados de endófitos e tem se revelado uma fonte promissora de metabólitos bioativos. Dentro deste contexto, este trabalho foi idealizado, objetivando a obtenção de substâncias potencialmente bioativas a partir do estudo químico e biológico dos extratos produzidos pelos fungos endofíticos Camarops sp., Periconia atropurpurea e Pseudofusicoccum stromaticum isolados de espécies vegetais do Cerrado e, o estudo epigenético de Phoma sp. isolado de espécie vegetal do Deserto de Sonora, utilizando no cultivo o modificador epigenético SAHA. Estes endófitos foram cultivados em escala reduzida em meios de cultivo líquidos e sólidos para obtenção dos extratos brutos, os quais foram submetidos a análises químicas (CCDC, HPLC e RMN de 1H) e biológicas (antifúngico, anticolinesterásico e citotóxico). Todos os extratos brutos apresentaram pelo menos uma atividade biológica, o que adicionado às análises químicas permitiram selecionar os meios de cultivo adequados para o crescimento em escala ampliada e, isolamento dos metabólitos secundários. Do cultivo de Camarops sp. no meio sólido de Milho isolou-se cinco substâncias, das quais quatro são inéditas 3-((1S,2S)-1,2-dihidroxibut-3-enil)-4-((E)-pent-1-enil)furan-2(5H)-ona (1), 3, 5, 9-trihidroxi presilfiperfolano (2), deacetilbotridial (3), ácido (E)-2,4-dimetilocta-2-enóico (4) e, ácido (E)-2,4-dimetilnon-2-enóico (5), os compostos 4 e 5 foram ativos na inibição da enzima acetilcolinesterase. Do extrato, obtido do meio líquido de Malte, de... / Fungi are considered promising sources of bioactive compounds with potential application in the food, agriculture and medicine industry, and in fact, many drugs used in public health originate from fungi. These are found in various ecosystems, among which we can mention those who live inside the plant species. These microorganisms are called endophytes and have proved to be a promising source of bioactive metabolites. Within this context, this work was carried out, aiming to obtain potentially bioactive substances from chemical and biological study of extracts produced by the endophytic fungi Camarops sp., Periconia atropurpurea and Pseudofusicoccum stromaticum isolated from plant species of the Cerrado and epigenetic studies of Phoma sp. isolated from plant species of the Sonoran Desert using in cultivation the epigenetic modifier SAHA. These endophytes were grown on small scale in liquid culture media and solid to obtain the crude extract. These were subjected to chemical analysis (TLC, HPLC and 1H NMR) and biological (antifungal, anticholinesterase and cytotoxic). All crude extracts showed at least one biological activity, which added the chemical analysis allowed to select the culture medium of appropriate for growth in large scale and isolation of secondary metabolites. The growing of Camarops sp. in solid medium of corn were isolated five compounds of which four are new 3-((1S,2S)-1,2-dihydroxybut-3-enyl)-4-((E)-pent-1-enyl)furan-2(5H)-one (1), 3, 5, 9-trihydroxy presilphiperfolane (2), deacetyl-botrydial (3), (E)-2, 4-dimetilocta-2-enoic acid (4), and (E)-2, 4-dimetilnon-2-enoic acid (5), compounds 4 and 5 were active in inhibiting the enzyme acetylcholinesterase. From the extract obtained from the liquid medium Malt, of P. atropurpurea were isolated the compounds 4,5-diethyl-3,4,5,6-tetrahydrobenzo[c][1,6]dioxecine-1,8-dione (6) and periconicina B (7). From the cultivation of P. stromaticum...
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Metabólitos secundários de Streptomyces clavuligerus ATCC 27064 e fungos endofíticos filamentosos

Benavides, Diana Jimena López 11 October 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2209.pdf: 3433970 bytes, checksum: f1696bf3d4dba44ef3cb8eb1b129cdf5 (MD5) Previous issue date: 2008-10-11 / Financiadora de Estudos e Projetos / This work describes the investigation of part of the secondary metabolism of actinomicete Streptomyces clavuligerus and endophytic filamentous fungus Penicillium sp isolated from Murraya paniculata; Penicillium brasilianum and Aspergillus aculeatus isolated from Melia azedarach and Penicillium griseoroseum isolated from the grains of Coffea arabica. Preliminary tests were realized to define the best composition of medium culture and the best condition of cultivation Streptomyces clavuligerus. On the other hand, the endophytic fungus were cultivated in rice and Czapec´k (medium liquid). The anthranilic acid and the 7-hydroxy-2- methyl-chromone were identified from the extracts of S. clavuligerus by spectroscopic methods 1D e 2D NMR and mass spectrometry. Methodologies of analysis for detection of β-lactam antibiotics were developed by liquid chromatography combined with mass spectrometry. The identification was based on studies of standard compounds and comparison with literature data. These methodologies were efficient in the analysis of this type of substances and they allowed the detection and identification of β-lactam antibiotics such as the penicillin N, the cephamycin C, deacetoxy-cephalosporin C and the clavulanic acid in small amounts in S. clavuligerus the extracts. In the endophytic fungus extracts were possible to identify the 6-aminopenicillanic acid, precursor of the penicillin G and metabolites no β-lactams as nucleotides thymine and adenine. / Este trabalho descreve a investigação química de uma parte do metabolismo secundário do actinomiceto Streptomyces clavuligerus e dos fungos endofíticos filamentosos Penicillium s.p isolado de Murraya paniculata; Penicillium brasilianum e Aspergillus aculeatus isolados de Melia azedarach e Penicillium griseoroseum isolado dos grãos de Coffea arabica. Inicialmente, foram realizados testes preliminares para definir a melhor composição do meio de cultura e as melhores condições de cultivo para Streptomyces clavuligerus, já os fungos endofíticos foram cultivados em arroz e em meio líquido Czapec k. Dos extratos de S. clavuligerus foram identificados, por métodos espectroscópicos de RMN 1D e 2D e espectrometria de massas, o ácido antranílico e a 7-hidroxi-2-metilcromona. Com o objetivo de determinar a presença de antibióticos β-lactâmicos e outros metabólitos nos extratos foram desenvolvidas metodologias de detecção por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas. A identificação das substâncias foi feita com base no estudo de padrões comerciais e levantamento bibliográfico. Estas metodologias se mostraram eficientes na análise deste tipo de substâncias e permitiu a detecção de antibióticos β-lactâmicos como a penicilina N, a cefamicina C, a deacetoxicefalosporina C e o ácido clavulânico nos extratos de S. clavuligerus. Estas metodologias foram aplicadas nas análises dos extratos fúngicos onde foi identificado o ácido 6-aminopenicilânico, precursor da penicilina G e metabólitos não β-lactâmicos como os nucleotídeos timina e adenosina.
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Estudo químico e biológico de fungos endofídicos associados a Senna spectabilis

Zanardi, Lisinéia Maria [UNESP] 24 September 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-09-24Bitstream added on 2014-06-13T20:26:04Z : No. of bitstreams: 1 zanardi_gj_dr_araiq.pdf: 7757680 bytes, checksum: 124090a2cfedea428566b448f77acc17 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho descreve o isolamento de 43 fungos endofíticos associados à espécie vegetal Senna spectabilis, e a triagem química e biológica destes. Os extratos brutos em AcOEt produzidos pelos fungos foram avaliados quimicamente por CCDC, CLAE-DAD e RMN de 1H, e submetidos a bioensaios para avaliação da potencialidade antifúngica, antioxidante e anticolinesterásica, onde se mostram promissores. A partir dos resultados obtidos os fungos Myrothecium gramineum e Acremonium sp. foram selecionados para crescimento em escala ampliada, em meio de cultivo MBD, visando a obtenção do extrato bruto para isolamento e determinação estrutural dos metabólitos produzidos. Nesta etapa foram utilizados dois modos de incubação (estático e sob agitação) para avaliação da influência do modo de crescimento na produção metabólica, evidenciando que não ocorreram mudanças significativas na produção dos metabólitos secundários. Do extrato bruto obtido de M. gramineum foi isolada a Verrucarina A, como um precipitado, durante a solubilização do extrato em MeOH. O sobrenadante foi então submetido a fracionamento cromatográfico e levou ao isolamento de 3 dicetopiperazinas, sendo a ciclo (Pro-Tyr), ciclo (L-Pro-L-Leu) e a ciclo(D-Pro-D-Phe), e 4 tricotocenos, a Verrucarina A (já isolada como precipitado), Roridina A e Isororidina A e a Verrucarina L. Durante o processo de concentração para a obtenção do extrato bruto de Acremonium sp., ocorreu a formação de cristais em forma de filetes que ficaram aderidos ao balão. Os cristais foram separados e identificados como a Citocalasina D. O extrato bruto resultante da separação destes cristais foi submetido a fracionamento cromatográfico levando ao isolamento de 7 substâncias: uma xantona (Fusaridina), 4 isocumarinas [(R)-8-metoxi-meleina; (3S, 4S)-5-carbometoxi-4-hidroximeleína; (3R)-5-carbometoximeleina e (3S)-5-carboetoxi-mele... / This work reports the isolation of 43 endophytic fungi associated with Senna spectabilis, and the chemical and biological screening of their extracts. The AcOEt crude extracts produced by fungi were submitted to chemical analysis by TLC, DAD-HPLC, NMR and bioassays to evaluation of antifungal, antioxidant and anticholinesterase potential, which showed promising. The results enabled us to select the fungi Myrothecium gramineum and Acremonium sp. to growth on a large scale for isolation and structural determination of metabolites produced. The fungal strains were cultivated in liquid media PDB to obtaining the crude extracts. In this stage, we used two modes of incubation (static mode and under agitation), to evaluate the influence of the growing mode in production of the secondary metabolites, showing that there were no significant changes in metabolic production. The crude extract of M. gramineum yielded the substance Verrucarin A, as a white precipitated during solubilization of the extract in MeOH. The supernatant was fractioned by CC and preparative HPLC yielding three diketopiperazines [(cicle (Pro-Tyr), cicle (L-Pro-L-Leu) and cicle (D-Pro-D-Phe)] and four trichothecenes [Verrucarin A (already isolated as substance), Roridin A and Isororidin A and Verrucarin L. During the process of concentration of solvents to obtain crude extract of Acremonium sp., there was the formation of crystals in the form of fillets that were attached to the balloon. The crystals were separated and identified like Citocalasin D. The resulting crude extract was submitted to chromatographic fractionation yielding seven substances: one xanthone [Fusaridin, four isocoumarins [(R)-8-methoxi-mellein, (3S, 4S)-5-carbomethoxi-4-hydroximellein, (3R)-5-carbomethoximellein and (3S)-5-carboethoxi-mellein] and the griseofulvin and 7-dechlorogriseofulvin. The substances (3S, 4S)-5-carbomethoxi-4-hydroximellein... (Complete abstract click electronic access below)
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Estudo químico e biológico dos fungos endofílicos associados com a espécie vegetal Alibertia macrophylla (Rubiaceae)

Oliveira, Camila Martins de [UNESP] 17 April 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-17Bitstream added on 2014-06-13T20:06:36Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_cm_dr_araiq.pdf: 6887141 bytes, checksum: 82b00c7d4674c3606654ce87230ecfce (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este trabalho, descreve a busca de substâncias bioativas a partir do estudo químico e biológico dos extratos brutos produzidos pelos fungos endofíticos AM-01 identificado como Penicillium sp1, AM-02 e AM-03 não identificados e AM-04, também pertencente ao gênero Penicillium, que foram isolados das folhas de Alibertia macrophylla. Os fungos endofíticos isolados, foram cultivados em meio líquido MBD, e sólido (milho) a 25oC, sob agitação, e no modo estático, respectivamente. Para o meio líquido, o caldo foi separado do micélio e submetido à partição com AcOEt, fornecendo os extratos brutos após a evaporação do solvente. Para o meio sólido, foi realizado uma extração com metanol, seguido de filtração e evaporação do solvente, originando os extratos brutos. Após análises por RMN de ¹H e CLAE-DAD, os extratos brutos obtidos em milho, foram fracionados por cromatografia em coluna, seguida de separação via Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (CLAEprep.). O extrato bruto de AM-01 (Penicillium sp1) forneceu seis substâncias da classe das isocumarinas, sendo duas inéditas. O fracionamento cromatográfico do extrato bruto de AM-02, conduziu ao isolamento de três sesquiterpenos inéditos identificados como Xylarenonas C, D e E. Também do extrato bruto de AM-02 foi isolado um composto furânico identificado como (E)-5-(1- hidroxialil)-4-(pent-1-enil)-2,5-diidrofurano-3-ácido carboxílico. O fracionamento cromatográfico de AM-04, permitiu o isolamento de um benzenóide, identificado como orcinol. O estudo químico dos extratos brutos obtidos em MBD, de AM-03 e AM-04, permitiram o isolamento das dicetopiperazinas ciclo (Pro-Try) e ciclo (L-Pro- L-Val), além da uracila. As substâncias isoladas foram identificadas por análises de RMN 1D e 2D e espectrometria de massas, bem como por comparação com dados da literatura... / This work describes the search for bioactive substances from the chemical/biological of the crude extracts produced by endophytic fungi AM-01 identified as Penicillium sp1, AM-02, AM-03 and AM-04 also belonging to the genus Penicillium isolated from the leaves of Alibertia macrophylla. The endophytic fungal isolates were grown in liquid medium and solid MBD to 25 °C under shaking and static mode, respectively. For the liquid medium the mycelium was separated from the broth and subjected to partition with AcOEt, giving the crude extracts after evaporation of the solvent. For solid medium, the extraction was performed with MeOH, followed by filtration and evaporation of the solvent yielding the crude extracts. After analysis by the ¹H NMR and HPLC-DAD, the crude extracts from maize were fractionated by chromatography on a column followed by separation using High Performance Liquid Chromatography (HPLCprep.). The crude extract of AM-01 (Penicillium sp1) provided six isocoumarins, two news. Chromatographic fractionation of the crude extract of AM-02 led to the isolation of three novel sesquiterpenes identified as Xylarenonas C, D and E and a furanic compound identified as 2,5-dihydro-5-(1-hydroxyallyl)-4-(E)-pent-1-enyl)furan-3-carboxylic acid. Chromatographic fractionation of AM-04 allowed the isolation of a benzenoid, identified as orcinol. The chemical study of AM-03 crude extracts and AM-04 cultivated in MDB allowed the isolation of diketopiperazines cyclo (Pro-Try), cyclo (L-Pro-L-Val), and uracil. The substances isolated were identified through analysis of 1H NMR, mass spectrometry and by comparison with literature data. The crude extracts and pure substances were submited for trials for antifungal agents, antioxidants, anticholinesterasic and inhibition of protease. All substances showed biological activities.

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