Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-20T14:42:39Z No. of bitstreams: 2 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-20T14:43:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-20T14:43:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-11-03 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Microorganisms are of fundamental importance for maintaining the equilibrium of living organisms and the chemical elements of our planet. They occur in all nature environments, including in foods. Several researches have shown that microorganisms found in the oral cavity and intestines have the ability to degrade components found in milk (lactose) and in some cereals (gluten). This work had as objectives, to isolate, purify and morphologically characterize cheeses and yoghurt bacteria commercialized in the city of Manaus, Amazonas, as well as to test their crude extracts capable of degrading lactose and gluten, aiming as an alternative to minimize or solve the problem of lactose intolerance and Celiac disease that affect part of the world population. Seventy-five bacteria were isolated from the 10 types of cheese and 10 types of yogurts used for the tests. All 75 bacteria showed high growth in the first 24 hours of evaluation in both culture media tested (gluten or lactose). Of the 75 bacteria tested, 61 presented halo formation of degradation in medium containing gluten. For the Gluten Degradation Index (GDI), of the 61 bacteria evaluated, 22 did not present GID during the test, 30 had GIDs considered low, 9 GIDs were considered medium and none had GID considered high. The carbon source of the culture medium (gluten or lactose) influenced the morphological characteristics of the colonies of the 20 selected bacteria as the best ones. In the Gram staining test, 16 bacteria were Gram Negative and four Gram positive. Of the 13 bacteria used in the genetic characterization, it was possible to identify only four at the species level. Four isolates are of the genus Pseudomonas, four of the genus Bacillus, two of the genus Stenotrophomonas, one of the genus Brevibacillus, one of the genus Achromobacter and one of the genus Burkholderia. In order to evaluate twelve bacteria selected from previous tests, laboratory experiments were performed in a liquid medium containing lactose or gluten as a source of carbon at pH of 2.3 (similar to that of the stomach) and 8.0 (similar to that of the intestines) at temperatures of 37 ° C and 55 ° C. The bacteria BLG01 (Pseudomonas sp.), BLG02 (Bacillus sp.), BLG06 (Pseudomonas sp.), BLG16 (Stenotrophomonas maltophilia), BLG25 (Stenotrophomonas sp.), BLG28), BLG38 (Bacillus sp.), BLG45 (Burkholderia sp.), BLG52 (Brevibacillus parabrevis), BLG56 (Achromobacter sp.) and BLG73 (Bacillus sp.). showed potential to be used as probiotics after future confirmation of non-pathogenicity or as suppliers of enzymes capable of degrading lactose and gluten. All bacteria showed sensitivity to acidity and alkalinity equivalent to those of the human stomach and intestines, indicating that this acidity/alkalinity bipolarity can be a defense mechanism of the human organism against the action of pathogenic or undesirable bacteria. For desirable bacteria to be used as probiotics, they need to be ingested at high concentrations, above 106 células.mL-1. From the 12 bacteria tested, those with the highest potential for use as probiotics, if not pathogenics, are BLG28 (Bacillus sp.), BLG38 (Bacillus sp.), BLG45 (Burkholderia sp.), BLG52 (Brevibacillus parabrevis), BLG56 (Achromobacter sp.) and BLG73 (Bacillus sp.), since they are part of genera with little possibility of pathogenicity and because they present positive growth in the first two hours at pH 2.3, similar to that of the stomach. However, they need to colonize and participate of the intestinal flora, and to help to the lactose and gluten metabolism ingested as food. To evaluate if the carbon source and the growth phase of the bacteria affect the production and quality of proteases capable of degrading gluten, experiments were carried out on the crude extracts of nine bacteria, BLG02, BLG25, BLG28, BLG33, BLG38, BLG45, BLG52, BLG56 and BLG73. The extracts were obtained from culture of these bacteria in two culture media (gluten and lactose as carbon sources) and collected with 6, 12 and 24 hours of incubation. Dilutions of the extracts were also tested for their ability to degrade gluten. All bacteria produced extracts with the ability to break down gluten. The source of carbon (lactose or gluten) has affected the ability of these bacteria to produce extracts capable of degrading gluten. The majority of them produced more proteases when growing in the medium with this proteic complex. The time of collection of bacterial extracts also influenced their ability to degrade gluten, with the 24 hour extracts from most of these bacteria showing the highest degradability when comparing with those produced with 6 and 12 hours. The highest percentage of gluten degradation was 87.3% using the extract obtained with 24 hours of growth of bacterium BLG56 (Achromobacter sp.) grown in culture medium containing gluten. Based on the degradability, collection times of bacterial extracts and culture media, it can be concluded that the nine bacteria present different proteases capable of degrading gluten. This ability to degrade gluten varied with their concentrations in the solution in different ways and this feature may serve as an additional test to differentiate one from the other. More detailed studies, such as the purification of the extracts components of these bacteria, are needed to evaluate each of these proteases individually to choose the best with biotechnological potential. / Os microrganismos são fundamentais para a manutenção do equilíbrio dos organismos vivos e dos elementos químicos do nosso planeta. Eles ocorrem em todos os ambientes da natureza, inclusive em alimentos. Diversas pesquisas têm mostrado que microrganismos encontrados na cavidade bucal e intestinos apresentam habilidade de degradar componentes encontrados no leite e em alguns cereais, podendo degradar a lactose e o glúten. Esse trabalho teve como objetivo, isolar, purificar e caracterizar morfologicamente bactérias de queijos e iogurtes comercializados no município de Manaus, Amazonas, bem como testar seus extratos brutos capazes de degradar lactose e glúten visando uma alternativa para minimizar ou solucionar o problema de intolerância à lactose e doença Celíaca que afetam parte da população mundial. Foram isoladas 75 bactérias dos 10 tipos de queijo e 10 tipos de iogurtes usados para os testes. Todas as 75 bactérias apresentaram elevado crescimento nas primeiras 24 horas de avaliação em ambos os meios de cultura testados (glúten ou lactose). Das 75 bactérias testadas, 61 apresentaram formação de halo de degradação em meio contendo glúten. Pelo Índice de Degradação de Glúten (IDG), das 61 bactérias avaliadas, 30 apresentaram baixos IDG’s, 9 IDG’s médios e nenhuma apresentou IDG alto. O uso do glúten ou lactose nos meios de cultura influenciou as características morfológicas das colônias das 20 bactérias selecionadas como as melhores. Das 13 bactérias usadas na caracterização genética, foi possível identificar somente quatro ao nível de espécie. Quatro isolados são do gênero Pseudomonas sp., quatro do gênero Bacillus sp., duas do gênero Stenotrophomonas sp., uma do gênero Brevibacillus sp., uma do gênero Achromobacter sp. e uma do gênero Burkholderia sp. Foram realizados também, experimentos de laboratório em meio líquido contendo lactose ou glúten como fonte de carbono em pH’s de 2,3 (semelhante ao do estômago) e 8,0 (semelhante ao dos intestinos) nas temperaturas de 37 °C e 55 °C. As bactérias BLG01 (Pseudomonas sp.), BLG02 (Bacillus sp.), BLG06 (Pseudomonas sp.), BLG16 (Stenotrophomonas maltophilia), BLG25 (Stenotrophomonas sp.), BLG28 (Bacillus sp.), BLG33 (Pseudomonas aeruginosa), BLG38 (Bacillus sp.), BLG45 (Burkholderia sp.), BLG52 (Brevibacillus parabrevis), BLG56 (Achromobacter sp.) e BLG73 (Bacillus sp.). mostraram potencial para serem usadas como probióticas, desde que não sejam patogênicas em testes futuros e/ou como supridoras de enzimas capazes de degradarem a lactose e o glúten. Todas mostraram sensibilidade à acidez e à alcalinidade equivalentes às do estômago e às dos intestinos humanos, indicando que essa bipolaridade acidez/alcalinidade pode ser um mecanismo de defesa do organismo humano contra a ação de bactérias patogênicas ou indesejáveis. Para que bactérias desejáveis sejam utilizadas como probióticas, elas precisam ser ingeridas em altas concentrações, acima de 106 células.mL-1. Das doze bactérias testadas, as com maiores potenciais de utilização como probióticas, desde que comprovadamente não sejam patogênicas, são as BLG28 (Bacillus sp.), BLG38 (Bacillus sp.), BLG45 (Burkholderia sp.), BLG52 (Brevibacillus parabrevis), BLG56 (Achromobacter sp.) e BLG73 (Bacillus sp.), por fazerem parte de gêneros com pouca possibilidade de patogenicidade e por apresentarem crescimento positivo nas duas primeiras horas em pH 2,3, semelhante ao do estômago. No entanto, elas precisam colonizar e fazer parte da flora intestinal, além de ajudarem no metabolismo da lactose e do glúten ingeridos como alimentos. Para avaliar se a fonte de carbono e a fase de crescimento das bactérias afeta a produção e qualidade de proteases capazes de degradar o glúten, foram realizados experimentos com os extratos brutos de nove dessas bactérias, BLG02, BLG25, BLG28, BLG33, BLG38, BLG45, BLG52, BLG56 e BLG73. Os extratos foram obtidos do cultivo dessas bactérias em dois meios de cultura (glúten e lactose como fontes de carbono) e coletados com 6, 12 e 24 horas de incubação. Diluições dos extratos também foram testadas quanto às suas capacidades de degradar o glúten. Todas as bactérias produziram extratos com capacidade de degradação do glúten. A fonte de carbono (lactose ou glúten) afetou a capacidade dessas bactérias em produzirem extratos capazes de degradarem o glúten. A maioria delas produziu mais proteases quando crescidas em meio contendo esse complexo proteico. O tempo de coleta dos extratos bacterianos também influenciou nas suas capacidades de degradarem o glúten, com os produzidos com 24 horas de crescimento sendo melhores para a maioria dessas bactérias quando comparados pelos produzidos com 6 e 12 horas. O maior percentual de degradação de glúten foi de 87,3 % usando o extrato obtido com 24 horas de crescimento da bactéria BLG56 (Achromobacter sp.) cultivada em meio de cultura contendo glúten. Com base na capacidade de degradação, nos tempos de coletas dos extratos bacterianos e meios de cultura, pode-se concluir que as nove bactérias apresentam diferentes proteases capazes de degradarem o glúten. Essa capacidade de degradarem o glúten variou com suas concentrações na solução de formas diferentes e essa característica pode servir como um teste a mais para diferenciar uma da outra. São necessários estudos mais detalhados, como o de purificação dos componentes dos extratos dessas bactérias, para avaliar cada uma dessas proteases individualmente, para escolher as de melhores potenciais biotecnológicos.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-06-02T18:09:18Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rafaela Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1551849 bytes, checksum: b39011c17618c122fad17d142b0288ec (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-06-03T12:41:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rafaela Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1551849 bytes, checksum: b39011c17618c122fad17d142b0288ec (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-03T12:41:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rafaela Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1551849 bytes, checksum: b39011c17618c122fad17d142b0288ec (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Sarocladium oryzae, the causal agent of rice sheath rot disease is described as antagonistic to rice pathogens. Rice blast is a major rice disease and is responsible for losses up to 100% in productivity. The disease control is done by integrated management, where the main practices are use of resistant cultivars and chemical control. The biocontrol agents or their metabolites may to be more practical to be including them as components in the management. The in objectives of this study a consist to evaluate of S. oryzae isolates for the morphological variability, genetics, biochemistry and antagonistic activity to rice pathogens; evaluate effect of S. oryzae filtrade on conidial germination and appressorium formation of M. oryzae; evaluate potential of conidia and filtrate S. oryzae in the suppression of leaf blast severity and quantify activity of enzymes involved in interaction M. oryzae x rice plant x S. oryzae. Isolates were characterized for color, texture, colony diameter, conidia size and hyphae thickness. In genetic studies, we used RAPD marker primers, and cerulenin production was quantified by HPLC. Antagonism in vitro was assessed by dual culture method. The effect of S. oryzae on conidial germination and appressorium formation of M. oryzae was evaluated using hydrophobic surface. Rice cultivar BRS Primavera, M. oryzae isolate (Py 10.900) and S. oryzae, isolate So 03, were utilized to study plant-pathogen-antagonist relationship. Plants were sprayed, with conidial suspension (CS), 3x105 conídios.mL-1 and culture filtrate (CF) 100% of S. oryzae, two days before inoculation with M. oryzae. S. oryzae isolates showed morphological variability, polymorphism in DNA. A majority of S. oryzae isolates (60%) ware able to produce cerulenin and over 55% were antagonistic to C. miyabeans, M. oryzae, M. albescens and T. cucumeris. The isolate So 29 showed largest inhibition zone. Filtrate of isolates So 03 and So 29 delayed conidia germination by 89.5% and inhibited appressoria formation of M. oryzae by 85%. CS reduced of leaf blast severity in 68.8% and CF in 75.5%. The enzymes β-1,3-glucanase and peroxidase exhibited maximum activity in plants sprayed with CF, when as the activity was high for SA and lipoxygenase in relation to CS treatment, compared to their respective controles, in the absence of M. oryzae. After inoculation with M. oryzae, the lipoxygenase and phenylalanine ammonia-lyase activity in both treatments CF and CS, showed differences compared to controls (plants inoculated with M. oryzae and water only). S. oryzae presented variability to characteristics evaluated and showed potential antagonism against to rice pathogens. Changes in enzyme activity indicate their role in induction resistance in plants in M. oryzae x rice x S. oryzae interaction. / Sarocladium oryzae, agente causal da podridão da bainha do arroz, é descrito como antagonista a patógenos de arroz. A brusone, principal doença do arroz é responsável por perdas de até 100% na produtividade. O controle desta doença é feito pelo uso do manejo integrado, onde as principais práticas são o uso de cultivares resistentes e o controle químico. O uso de agentes de biocontrole ou seus metabólitos pode ser mais uma prática a ser inserida ao manejo. Os objetivos deste estudo foram: avaliar isolados de S. oryzae quanto à variabilidade morfológica, genética, bioquímica e quanto à atividade antagônica aos patógenos de arroz; avaliar o efeito do filtrado de S. oryzae na germinação de conídios e na formação de apressórios de M. oryzae; avaliar o potencial da suspensão de conídios e do filtrado de S. oryzae na supressão da brusone foliar e quantificar a atividade das enzimas relacionadas à patogênese e do fitohormônio ácido salicílico (AS) envolvidos na interação M. oryzae x arroz x S. oryzae. Os isolados foram caracterizados quanto à cor, textura, diâmetro da colônia, tamanho dos conídios e espessura das hifas. No estudo genético, utilizou-se marcador RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) e a produção de cerulenina foi quantificada em HPLC. O antagonismo in vitro foi avaliado pelo método da cultura pareada. A ação de S. oryzae sobre a germinação de conídios e a formação de apressórios de M. oryzae foi avaliada em superfície hidrofóbica. Plantas de arroz da cultivar BRS Primavera, um isolado virulento de M. oryzae (Py 10.900) e o isolado So 03 de S. oryzae, foram avaliados no estabelecimento das relações planta-patógeno-antagonista. As plantas foram pulverizadas com S. oryzae, na forma de suspensão de conídios (SC) - 3x105 conídios.mL-1 e filtrado (FI) 100% concentrado, dois dias antes da inoculação com M. oryzae. Os isolados de S. oryzae apresentaram variabilidade morfológica e polimorfismo no DNA. A maioria dos isolados de S. oryzae (60%) foi capaz de produzir cerulenina e mais de 55% foram antagônicos a C. miyabeans, M. oryzae, M. albescens e T. cucumeris. O isolado So 29 apresentou o maior halo de inibição no pareamento. Os filtrados dos isolados So 03 e So 29 retardaram a germinação dos conídios em 89,5% e inibiram a formação dos apressórios de M. oryzae em 85%. A SC reduziu a severidade da brusone foliar em 68,8% e o FI em 75,5%. Os maiores valores de atividade enzimática específica em relação ao controle antes da presença de M. oryzae foram para β-1,3-glucanase e peroxidase no tratamento com FI, enquanto que, na SC foram lipoxigenase e AS. Depois da presença de M. oryzae a lipoxigenase e a fenilalanina-amônia liase apresentaram atividade tanto com FI quanto na SC, diferindo dos controles (plantas inoculadas com água e com M. oryzae, somente). S. oryzae apresentou variabilidade para as características avaliadas e potencial antagônico aos patógenos do arroz. As alterações na atividade enzimática indicam a indução de resistência em plantas na interação M. oryzae x arroz x S. oryzae.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-03-14T19:03:25Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lana OHara Souza Silva - 2017.pdf: 3124489 bytes, checksum: 38e1e83b1c39e6954300e0cd3e709f2a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-20T12:27:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lana OHara Souza Silva - 2017.pdf: 3124489 bytes, checksum: 38e1e83b1c39e6954300e0cd3e709f2a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T12:27:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lana OHara Souza Silva - 2017.pdf: 3124489 bytes, checksum: 38e1e83b1c39e6954300e0cd3e709f2a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Paracoccidioides genus is composed of thermodimorphic fungus that causes paracoccidioidomycosis (PCM), an endemic human systemic mycosis in Latin America. These organisms grow as mycelium in temperatures below 28 °C and as yeast form in temperatures above 37 °C. Nitrogen is an important element in this microorganism’s nutrition that participates in the synthesis of proteins, nucleic acids and others biomolecules. In this regard, nitrogen uptake and metabolism are essential to growth and fungal establishment. When nitrogen levels and sources such as glutamine and ammonia concentration are limited, pathogenic fungus use a regulation system called Nitrogen Catabolic Repression that induces the expression of genes encoding permeases and enzymes required for the catabolism of secondary nitrogen sources, such as formamidase, gamma-glutamiltranspeptidase and urease. Gamma-glutamiltranspeptidase is an enzyme that catalyzes the first reaction of glutationa degradation and it has been the target of several studies about nitrogen starvation in various fungi. It has been observed that the expression of the gene encoding this enzyme was induced in limiting conditions of nitrogen and was repressed when the availability of nitrogen was high. Urease is an enzyme that catalyzes the degradation of urea in ammonia and carbonic acid. This enzyme is already known as a virulence factor in fungi such as Cryptococcus. neoformans, and also has been the target of studies about nitrogen starvation. In this study we expressed gamma-GT and urease proteins from Paracoccidioides brasiliensis, isolate Pb18, in Escherichia coli. The gene coding for Ggt and Ure were cloned in pET32a expression vector, and used for E. coli pLysS transformation. The recombinant proteins produced were shown to be catalytically active. Together, data obtained in this work could add knowledge about the role of gamma-GT and urease and can be used as a foundation for complementary experiments regarding nitrogen metabolism regulation, as well as in Paracoccidioides spp pathogenesis. / Resumo: O gênero Paracoccidioides é composto por fungos termodimórficos que causam a paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica humana endêmica na América Latina. Quando cultivados em temperaturas menores que 28 °C o fungo cresce como micélio e em temperaturas em torno de 37 °C, como levedura. O nitrogênio é um importante nutriente para os micro-organismos, pois participa da síntese de proteínas, ácidos nucléicos e outras biomoléculas. Nesse sentido, a captação e o metabolismo de nitrogênio são essenciais para o crescimento e o estabelecimento do fungo no hospedeiro. Quando os níveis de nitrogênio e fontes como glutamina e amônia estão em concentrações limitantes, os fungos patogênicos utilizam um sistema de regulação chamado Repressão Catabólica de Nitrogênio que induz a expressão de genes que codificam permeases e enzimas necessárias para o catabolismo de fontes secundárias de nitrogênio como a formamidase, a gama-glutamil transpeptidase e a urease. A gama-glutamil transpeptidase é uma enzima que catalisa a primeira reação da degradação da glutationa. Ela tem sido alvo de estudos de privação de nitrogênio em diversos fungos, nos quais foi observada uma alta expressão do gene codificador dessa enzima em condições limitantes de nitrogênio, enquanto que, em alta disponibilidade de nitrogênio a sua expressão era reprimida. A urease é uma enzima que degrada uréia em amônia e ácido carbônico. Ela já é conhecida por ser um fator de virulência em alguns fungos, como Cryptococcus neoformans, e também tem sido alvo de estudos de privação de nitrogênio. Neste estudo nós expressamos as proteínas gama-GT e urease de Paracoccidioides brasiliensis, isolado Pb18, em sistema heterólogo bacteriano de Escherichia coli. O fragmento dos genes codificadores de Ggt e Ure foram clonados em vetor de expressão pET32a e os respectivos clones foram utilizados na transformação de células de E. coli pLySs. As proteínas recombinantes produzidas mostraram estar cataliticamente ativas. Os dados obtidos neste trabalho puderam acrescentar conhecimentos sobre as enzimas gama-GT e urease e podem ser usados como base para experimentos complementares em relação à regulação do metabolismo de nitrogênio bem como na patogênese de Paracoccidioides spp.

O Brasil é considerado o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, voltada para a produção de açúcar, etanol e derivados. O aproveitamento de resíduos da usina, como torta de filtro e vinhaça no condicionamento do solo pode contribuir com a manutenção da sua fertilidade. Por outro lado, a cada operação agrícola necessária para o cultivo da cana-de-açúcar está associada uma emissão de GEE que deve ser contabilizada. O objetivo desta pesquisa foi estimar a emissão dos principais GEE (CO2, N2O e CH4) pela torta de filtro, e avaliar as alterações de alguns atributos das comunidades microbianas durante o processo de decomposição. Após avaliação de uma enquete sobre o modo de utilização da torta de filtro por diversas usinas, um estudo foi desenvolvido na Usina Costa Pinto localizada em Piracicaba (SP). A torta aplicada no sulco de plantio da cana foi monitorada quanto à emissão dos gases, sendo que as concentrações dos mesmos nas amostras foram determinadas por cromatografia gasosa. Os atributos microbiológicos examinados foram a biomassa, a atividade enzimática (fosfatase ácida, alcalina e ?-glicosidase) e a estrutura da comunidade através do polimorfismo de fragmento de restrição terminal (T-RFLP). Foi observada emissão significativa dos principais GEE predominantemente da torta quando aplicada nos sulcos de plantio, com destaque para o N2O, com uma proporção doze vezes maior em massa do que o CH4, em 56 dias de experimento. Quanto aos aspectos microbiológicos, o maior valor encontrado de carbono e nitrogênio da biomassa microbiana para a dose usualmente aplicada (25 Mg ha-1), foi com dois meses de experimento, com respectivamente 484,89 ?g C g solo seco-1 e 62,95 ?g N g solo seco-1, e correlacionado pelo coeficiente de Pearson com a atividade enzimática no material. Pela técnica de T-RFLP foi possível avaliar a estrutura dos Domínios de Archaea, Bacteria e Fungi na comunidade microbiana da torta de filtro. Não houve modificação dessa estrutura ao longo do tempo analisado. Os resultados obtidos reforçam a importância dos atributos microbiológicos aliados a fatores químicos e físicos e a influência dos mesmos sobre as emissões de GEE. / Brazil is the greatest worldwide producer of sugarcane with production of sugar, ethanol and derived. Usually applied to soil as fertirrigation, filter cake and vinasse on soil conditioning have contributed to the maintenance of fertility. On the contrary, each agricultural operation is associated to GHG emissions that must be accounted for the balance of products. This work aims evaluate GHG emissions (CO2, N2O and CH4) from the filter cake, as well as evaluate the main differences in the microbiological community available within the decomposition process. After evaluation of a survey about to use the filter cake by industries, the study has been developed at Usina Costa Pinto located in Piracicaba (SP). The filter cake applied to the row of sugarcane planting have been monitored by taking regular samples of the emissions. The concentration of the three gases in the samples has been determined by gas chromatography. The microbiological aspects has been evaluated by biomass, enzymatic activity (acid phosphatase, alkaline phosphatase, and beta-glycosidase) and the community structure through terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). Significant GHG emission has been observed; mainly from the filter cake applied to the row of sugarcane planting especially N2O, with ratio twelve times greater than CH4 in 56 days of experiment. For microbiological aspects, the maximum of carbon and nitrogen from the microbial biomass for the treatment usually applied (25 Mg ha-1), within two months of experimentation, with respectively 484,89 ?g C g dry soil-1 e 62,95 ?g N g dry soil-1, and correlated by the coefficient of Pearson with the enzymatic activity existent in the material. The T-RFLP analysis has allowed evaluate the community structures of Archaea, Bacteria e Fungi in the microbiological community of the filter cake. Modification in the community structures was not observed over this time examined. The results obtained reinforce the importance of microbiological aspects combined with chemical and physical factors and their influence on GHG emissions.

Orientadores: Maricilda Palandi de Mello, Fernanda Caroline Soardi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T09:56:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lusa_AnaLeticiaGori_D.pdf: 4582728 bytes, checksum: a14d0d0453e90b4a59cb02532b21d83b (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A Hiperplasia congênita da Adrenal (HCA) é uma das doenças mais comuns com herança autossômica recessiva. Uma das causas é a deficiência da 21-hidroxilase que surge por mutações no gene CYP21A2. O desequilíbrio na síntese de cortisol causa um estímulo excessivo das glândulas adrenais pelo hormônio adrenocorticotrópico (ACTH) e, consequentemente, à hiperplasia da glândula e ao aumento na síntese de andrógenos. O presente trabalho teve por objetivo clonar e expressar variantes do gene CYP21A2 e, avaliar as variantes enzimáticas da 21-hidroxilase quanto à atividade residual, comparando suas formas nativa e mutantes. Foi também realizado o estudo in silico para se comparar as estruturas das enzimas 21-hidroxilase e 3?-hidroxiesteróide desidrogenase tipo 2 (HSD3B2) avaliando o impacto das alterações provocadas por mutações sobre a estrutura da proteína nativa. Para a enzima 21-hidroxilase, as mutações analisadas quanto à atividade foram: p.Ser113Phe, p.Pro267Leu, p.Val358Ile, p.Arg426Cis e, as combinações p.Ile172Asn+p.Val358Ile e p.Val281Leu+p.Arg426Cis. Nos testes de atividade enzimática, as enzimas com as mutações p.Val358Ile e as combinações p.Ile172Asn+p.Val358Ile e p.Val281Leu+p.Arg426Cis apresentaram valores de atividade residual compatíveis com a forma perdedora de sal. Por outro lado, a enzima com a mutação p.Pro267Leu apresentou atividade residual maior que 50%, compatível com mutações da forma não clássica. As mutações p.Ser113Phe e p.Arg426Cis, por sua vez, apresentaram atividade residual entre 2 e 7% que, em relação aos controles utilizados, foram correspondentes à forma clássica virilizante simples. Os modelos estruturais gerados para as enzimas 21-hidroxilase portadoras da deleção p.(Gln389_Ala391del) e das mutações individuais ou combinadas acima citadas foram comparados ao da enzima nativa. Estudo similar foi realizado com enzimas HSD3B2 nativa e portadoras de duas mutações, p.Pro222Gln e p.Pro222Thr, relacionadas à forma perdedora de sal da deficiência de HSD3B2. Esse estudo demonstrou boa correlação das mutações encontradas nos pacientes com os seus fenótipos tanto no que diz respeito à atividade enzimática quanto às alterações estruturais. Assim, ficou demonstrado que este tipo de abordagem é eficaz para a avaliação dos aspectos funcionais de mutações inéditas / Abstract: Congenital adrenal hyperplasia (CAH) is one of the most common hereditary autosomal recessive diseases. 21-hydroxylase deficiency is one important cause of the disease and results from mutations in CYP21A2 gene. The unbalance in cortisol synthesis leads to excessive stimulation of adrenal glands by adrenocorticotropic hormone (ACTH), consequently, to adrenal hyperplasia and excessive androgen synthesis. The present study aimed to obtain and express CYP21A2 clones carrying sequence variations and to evaluate 21-hydroxylase enzymatic residual activities of variant enzymes in comparision to the wild-type. In silico studies were also performed to compare the structure of 21-hydroxylase and 3?-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 (HSDB2) evaluating the impact of mutations upon the native structure of the enzymes. Residual activity analyses for 21-hydroxylase enzyme comprised the mutations p.Ser113Phe, p.Pro267Leu, p.Val358Ile and the combined mutations p.Ile172Asn+p.Val358Ile and p.Val281Leu+p.Arg426Cys. The assays indicated that p.Val358Ile and p.Ile172Asn+p.Val358Ile and p.Val281Leu+p.Arg426Cys reduced CYP21A2 activity to levels corresponding to the salt wasting form. Whereas the enzyme bearing p.Pro267Leu mutation showed residual activity higher than 50% indicating a nonclassic mutation. Conversely, p.Ser113Phe and p.Arg426Cys mutations showed residual activities that varied between 2% and 7% that, compared to controls, corresponded to simple virilizing form. Structural models generated for 21-hydroxylase enzyme with p.(Gln389_Ala391del) and each individual or combined mutations cited above have been compared to the native enzime. Similar study was performed with HSD3B2 enzyme in its native and mutated formas with p.Pro222Gln e p.Pro222Thr that are related to the salt wasting form of HSD3B2 deficiency. This study demonstrated a good genotype-phenotype correlation in patients either for residual activities or for structural changes. Therefore, it has been demonstrated that such analyses are effective to evaluate functional aspects for novel mutations / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:07:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_jaqueline_tavares_schafer.pdf: 2389820 bytes, checksum: 6ebde337718d550322c67052472113ac (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / The rice crop is subject to the occurrence of various diseases that cause yield losses of crops. Currently is seeking alternative ways to control these diseases, and biocontrol a viable possibility. The aim of this study was to compare the control of brown spot and leaf scald of rice provided by rhizobacteria isolated and combined, their impact on grain production, as well as the involvement of induced resistance associated with the activity of catalases and peroxidases. We used the DFs185 rhizobacteria (Pseudomonas synxantha) DFs223 (P. fluorescens), DFs306 (not identified), and DFs416 DFs418 (Bacillus sp.). And some combinations of these. Rice seeds of El Paso 144L were immersed in suspensions (A540 = 0.5) for each of the bacterial treatments and agitated for 30'/10°C. Seeds immersed in saline and saline plus fungicide were used as control. The experiment was conducted in a greenhouse, with assessment of disease severity in two separate trials. The first was conducted by the production and second, plants were collected at three different times to check the enzyme activity (0 h before inoculation, 24 and 168 h after). The experimental design was completely randomized. In general, the bacterial treatments were able to control both diseases, except DFs306 not provided effective control of brown spot in the first trial. In plants inoculated with Bipolaris oryzae, no treatment was able to increase production of grains or grains with lower intensity of staining. Already in plants inoculated with Gerlachia oryzae, all treatments resulted in increase of at least one variable related to production. In general, it was possible to associate the participation of enzymes evaluated the control provided by some treatments. Thus, it is believed that the bacterial treatments, individual and combined, have the potential to control brown spot and leaf scald and ability to induce resistance by altering the activity of catalases and peroxidases. / A cultura do arroz irrigado está sujeita à ocorrência de várias doenças que provocam perdas na produtividade das lavouras. Atualmente buscam-se alternativas para o controle destas doenças, sendo o biocontrole uma possibilidade viável. O objetivo deste trabalho foi de comparar o controle da mancha parda e da escaldadura do arroz proporcionado por rizobactérias isoladas e em combinações, seu impacto sobre a produção de grãos, bem como o envolvimento da indução de resistência associado à atividade de catalases e peroxidases. Utilizaram-se as rizobactérias DFs185 (Pseudomonas synxantha), DFs223 (P. fluorescens), DFs306 (não identificado), DFs416 e DFs418 (Bacillus sp.), e algumas combinações destas. Sementes de arroz da cultivar El Paso 144L foram imersas nas suspensões (A540=0,5) de cada um dos tratamentos bacterianos e agitados por 30 /10°C. Sementes imersas somente em solução salina e em salina mais fungicida foram usadas como testemunha. O experimento foi conduzido em casa de vegetação, com avaliação da severidade das doenças, em dois ensaios distintos. O primeiro foi conduzido até a produção e o segundo, as plantas foram coletadas em três diferentes tempos para verificar a atividade enzimática (0 h antes da inoculação, 24 e 168 h após). O delineamento experimental foi inteiramente casualizado. De modo geral, os tratamentos bacterianos foram capazes de controlar ambas as doenças, exceto DFs306 que não proporcionou controle efetivo da mancha parda no primeiro ensaio. Nas plantas inoculadas com Bipolaris oryzae, nenhum tratamento foi capaz de aumentar a produção de grãos ou grãos com menor intensidade de manchas. Já nas plantas inoculadas com Gerlachia oryzae, todos os tratamentos avaliados resultaram em aumento de pelo menos uma variável relacionada à produção. Em geral, foi possível associar a participação das enzimas avaliadas ao controle proporcionado por alguns tratamentos. Assim, acredita-se que os tratamentos bacterianos, individuais e combinados, possuem potencial de controle da mancha parda e da escaldadura e capacidade para induzir resistência pela alteração da atividade de catalases e peroxidases.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Soybean is the main aleuro oleaginous cultivated in the world and are used for several ends such as human and animal food and biofuel. Nevertheless, the productivity is still below the productive potential. Among the factors, which limit high productive levels to be achieved, is the use of quality seeds, which determine the stand of plants in the field. The seed physiological quality depends on, among other factors, its chemical composition, because the nutrients stored in the reserves are fundamental for the growth of the embryo and seedling development. Therefore, seedlings originated with higher nutrient availability will originate seedlings that are more vigorous. Thus, this work aimed to evaluate the influence of the chemical composition of seeds and the contribution of mineral supplementation through the treatment of seeds in physiological quality, seedling initial development, activity of enzymes related to the vegetal metabolism and grain productivity. Chapter I aimed to evaluate the influence of different levels of soybean seeds mineral chemical composition as well as the efficiency of mineral supplementation through seed treatment in physiological quality and field performance. Chapter II concerned about evaluating the contribution of N derivate from the mineral supplementation in seeds with different nutritional content, for soybean seedlings. Chapter III aimed to evaluate the influence of nutritional content and mineral supplementation through seed treatment in germination, initial development and enzyme activity related to vegetal metabolism of soybean seedlings. The chemical composition of seeds influenced the physiological quality and the seed field and laboratory performance. The seeds, which derivate from the lot with lower nutritional content, absorbed more N from the mineral supplement, which was accumulated in the cotyledons and redistributed to the root system and canopy. Most of the N in soybean seedling organs, along 10 days after the seeding derivate results from seed reserves, in lots with low and high nutritional content, thus the application of N through mineral supplementation is of low importance to nutrition and development of seedlings. The amount of stored reserves influences the physiological quality and early development of seedlings. Mineral supplementation via seed treatment influenced the physiological quality and seedling development on the lot of low nutritional value. Mineral supplementation influenced the activity of α-amylase in the cotyledons and POD and APases in shoots of seedlings from seed lot of low nutritional value. / A soja é a principal aleuro-oleaginosa cultivada no mundo sendo utilizada para diversos fins como alimentação humana, animal e biocombustível. No entanto a produtividade ainda de encontra muito abaixo do potencial produtivo. Dentre os fatores limitantes para que altas que produtividades sejam atingidas está o uso de sementes de qualidade as quais determinam o estande de plantas no campo. A qualidade fisiológica de sementes depende, entre outros, da sua composição química, pois os nutrientes armazenados nas reservas são fundamentais para o crescimento do embrião e desenvolvimento das plântulas. Dessa forma, plântulas originadas com maior disponibilidade de nutrientes originam plântulas mais vigorosas. Diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar a influencia da composição química de sementes e a contribuição da suplementação mineral via tratamento de sementes na qualidade fisiológica, desenvolvimento inicial de plântulas, atividade das enzimas relacionadas ao metabolismo vegetal e desempenho em campo. O capitulo I teve por objetivo avaliar a influência de diferentes níveis de composição química mineral de sementes de soja bem como a eficiência da suplementação mineral via tratamento de sementes na qualidade fisiológica e desempenho em campo. O capítulo II objetivou avaliar a contribuição de N derivado da suplementação mineral em sementes com diferentes teores nutricionais, para plântulas de soja. O capitulo III teve por objetivo avaliar a influencia do teor nutricional e da suplementação mineral via tratamento de sementes na germinação, desenvolvimento inicial e atividade de enzimas relacionadas ao metabolismo vegetal de plântulas de soja. A composição química das sementes influenciou a qualidade fisiológica e o desempenho das sementes em campo. A suplementação mineral via tratamento de sementes influenciou o desempenho de sementes em laboratório e campo. As sementes derivadas do lote com menor teor nutricional absorveram mais N do suplemento mineral, que foi acumulado nos cotilédones e redistribuído para o sistema radicular e parte aérea. A maior parte do N nos órgãos de plântulas de soja, ao longo de 10 dias após a semeadura é derivada das reservas da semente, em lotes com baixo e alto teor nutricional, assim a aplicação de N via suplementação mineral é de pouca importância para a nutrição e desenvolvimento das plântulas. A quantidade de reservas armazenadas influenciou a qualidade fisiológica e desenvolvimento inicial de plântulas. A suplementação mineral via tratamento de sementes influenciou a qualidade fisiológica e desenvolvimento de plântulas no lote de baixo teor nutricional. A suplementação mineral influenciou a atividade das enzimas α-amilase nos cotilédones e POD e APase na parte aérea das plântulas provenientes de sementes do lote de baixo teor nutricional.

La prédiction de l'activité des phosphatases fongiques dans l'amélioration de la nutrition phosphatée doit prendre en compte les facteurs qui influencent leur fonctionnement dans les sols. L'objectif de cette thèse a été d'étudier divers facteurs qui pouvaient influencer l'efficacité des phosphatases de champignons ectomycorhiziens dans les sols. L'adsorption et l'activité à l'état adsorbé des phosphatases de Suillus collinitus et de Hebeloma cylindrosporum ont été étudiées avec plusieurs fractions de différents sols tropicaux. La persistance de l'activité de ces enzymes immobilisées sur les sols a également été étudiée. Ces phosphatases ont montré une diversité d'affinité avec les colloïdes des sols, liée surtout à leur origine et leurs caractéristiques. En outre, aucune relation n'a été établie entre l'adsorption et l'activité catalytique résultante, car il n'y avait généralement pas de perte d'activité à l'état adsorbé. L'une des enzymes qui à montré une dégradation rapide en solution suivant le temps d'incubation, a été protégée par les sols ferrallitiques mais pas par les vertisols. Des essais de purification et de caractérisation ont été faits sur ces échantillons de phosphatases fongiques. Les fractions de phosphatases de S. collinitus purifiées et retenues sur une colonne hydrophobe de chromatographie ont montré une activité en contact avec des argiles fortement supérieure à celle en solution. L'hypothèse d'une dimérisation produite à la surface des argiles a été avancée pour expliquer l'amplification inattendue d'activité catalytique à l'état adsorbé des fractions purifiées / The role of catalytic activity of fungal phosphatases in the improvement of the phosphorus nutrition cannot be reliably predicted without taking into account the factors which influence their behaviour in the soil. The objective of this thesis was to study various factors which could influence the effectiveness of ectomycorrhizal fungal phosphatases in soils. Adsorption and the activity in the adsorbed state of phosphatases produced by Suillus collinitus and Hebeloma cylindrosporum were studied in contact with several fractions of various tropical soils. The persistence of the activity of these enzymes immobilized on the soils was also studied. These phosphatases showed a diversity of affinity for soil colloids, due to their origin and their characteristics. Moreover, no relation was found between adsorption and the resulting catalytic activity; there was generally no loss of activity in an adsorbed state. One of the enzymes which underwent rapid degradation in solution was protected by the presence of ferrallitic soils but not by the vertisols. These fungic phosphatase samples were purified and partially characterized. The fractions of S. collinitus phosphatases retained on hydrophobic chromatography column showed enhanced activity in contact with mineral clays with respect to solution. The hypothesis of dimeerisation on the clay surfaces was advanced to explain the unexpected enhancement of catalytic activity in an adsorbed state of the purified fractions.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:55:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Reinaldo Camacho Bezerra.pdf: 607647 bytes, checksum: 1745657e41ebeb1e290325ce90721b08 (MD5) Previous issue date: 2014-03-21 / This work aims to evaluate the alterations, depending on the dose of potassium dichromate (0, 12, 24 and 36 mg.km-¹), in liver tissue after supplementation with probiotic at dosages 0 or 0.2% in 90 male rats. Oral ingestion done for 90 days of increasing amounts of potassium dichromate produced clinical signs of toxicity compared to histopathological analysis (p&#706;0.05), and seric enzymatic activities (p&#706;0.05), markers of hepatic function. The inclusion of probiotics to the diet reduced the effects on the studied parameters, indicating that it can be used to detoxify and/or prevent the action of the mineral, however other studies should be conducted to determine the most appropriate microorganisms and their dosages to minimize and/or to prevent the action of these xenobiotics in humans and animals. / O objetivo do presente trabalho foi o de avaliar as alterações dependentes da dose de dicromato de potássio (0, 12, 24 e 36 mg.kg-1) no tecido hepático, após suplementação com probiótico em dosagens 0 ou 0,2%, em 90 ratos machos. A ingestão oral por 90 dias de doses crescentes de dicromato de potássio produziu sinais clínicos de toxicidade frente a análise histopatológica (p<0,05) e atividades séricas enzimáticas (p<0,05), dos marcadores de função hepática. A inclusão do probiótico na dieta reduziu os efeitos nos parâmetros estudados, indicando que ele pode ser utilizado para desintoxicar e/ou impedir a ação desse mineral, porém outros estudos deverão ser realizados para determinar os microorganismos mais apropriados e suas dosagens, para minimizar e/ou impedir a ação desses xenobióticos nos homens e animais.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:53:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Reinaldo Camacho Bezerra.pdf: 607647 bytes, checksum: 1745657e41ebeb1e290325ce90721b08 (MD5) Previous issue date: 2014-03-21 / This work aims to evaluate the alterations, depending on the dose of potassium dichromate (0, 12, 24 and 36 mg.km-¹), in liver tissue after supplementation with probiotic at dosages 0 or 0.2% in 90 male rats. Oral ingestion done for 90 days of increasing amounts of potassium dichromate produced clinical signs of toxicity compared to histopathological analysis (p&#706;0.05), and seric enzymatic activities (p&#706;0.05), markers of hepatic function. The inclusion of probiotics to the diet reduced the effects on the studied parameters, indicating that it can be used to detoxify and/or prevent the action of the mineral, however other studies should be conducted to determine the most appropriate microorganisms and their dosages to minimize and/or to prevent the action of these xenobiotics in humans and animals. / O objetivo do presente trabalho foi o de avaliar as alterações dependentes da dose de dicromato de potássio (0, 12, 24 e 36 mg.kg-1) no tecido hepático, após suplementação com probiótico em dosagens 0 ou 0,2%, em 90 ratos machos. A ingestão oral por 90 dias de doses crescentes de dicromato de potássio produziu sinais clínicos de toxicidade frente a análise histopatológica (p<0,05) e atividades séricas enzimáticas (p<0,05), dos marcadores de função hepática. A inclusão do probiótico na dieta reduziu os efeitos nos parâmetros estudados, indicando que ele pode ser utilizado para desintoxicar e/ou impedir a ação desse mineral, porém outros estudos deverão ser realizados para determinar os microorganismos mais apropriados e suas dosagens, para minimizar e/ou impedir a ação desses xenobióticos nos homens e animais.