Les protéines de la famille TET catalysent l'oxydation des 5-méthylcytosines (5mC) en 5-hydroxyméthylcytosines (5hmC) et jouent ainsi un rôle dans la régulation épigénétique de la transcription et dans le processus de déméthylation de l'ADN. Les interactions entre la méthylation de l'ADN et les autres marques épigénétiques sont encore mal connues.Des mutations inactivatrices du gène TET2 ont été décrites dans les hémopathies myéloïdes et lymphoïdes et l'inactivation conditionnelle (cKO) de ce gène évaluée chez la souris a permis d'identifier de multiples anomalies de l'hématopoïèse, ainsi que le développement tardif d'hémopathies myéloïdes. Cette latence importante suggère la nécessité d'évènements oncogéniques coopératifs pour la transformation hématopoïétique. Chez l'Homme, les mutations de TET2 sont observées en association avec de nombreuses autres mutations, et en particulier avec des mutations du gène DNMT3A impliqué dans la méthylation de novo des cytosines de l'ADN, et avec des mutations du gène EZH2 responsable de methylation de la lysine 27 de l'histone H3. Nous avons testé fonctionnellement ces associations en utilisant des modèles murins.L'utilisation d'un modèle de transplantation de moelle osseuse nous a permis d'identifier une coopération de l'inactivation de Tet2 et du mutant DNMT3AR882H dans la transformation des lignées myéloïdes et lymphoïde T, correspondant aux hémopathies humaines porteuses de ces mutations. Dans la transformation lymphoïde, nos données indiquent que la dérégulation de la méthylation entraine une surexpression du gène NOTCH1 et de l'activité de la voie de signalisation correspondante.L'analyse de souris invalidées de manière conditionnelle pour Tet2 et Ezh2 a montré que les souris correspondantes meurent d'aplasie médullaire, dont l'origine est imputée à la disparition de cellules souches hématopoïétiques capables de reconstituer l'hématopoïèse à long terme (LT-HSC). Ezh2 et Tet2 ont donc des rôles primordiaux dans le maintien de l'autorenouvellement des cellules souches hématopoïétiques, dont les mécanismes moléculaires, génétiques et épigénétiques restent à définir. / TET family proteins catalyzing the conversion of 5-methylcytosines (5mC) into 5-hydroxymethylcytosines (5hmC) are crucial for epigenetic regulation of transcription and for DNA demethylation. Interactions between DNA methylation and other epigenetic marks are not fully understood.TET2 inactivating mutations have been identified in both myeloid and lymphoid malignancies. The conditional inactivation (cKO) of this gene in mice highlights pleiotropic hematopoietic abnormalities as well as myeloid transformation at late stages. This latency suggest cooperativity between Tet2 and other oncogenic events during transformation. Human TET2 mutations are frequently found associated with other mutations, and more particularly with mutations in DNMT3A, involved in de novo methylation of cytosines and with mutations in EZH2, responsible for lysine 27 of histone H3 methylation. We decided to functionally assess these mutation associations in mice.Bone marrow transplantation of Tet2 inactivated and DNMT3AR882H mutated cells allowed us to identify myeloid and T-cell transformations, corresponding to human hematological disorders harboring these mutations. Our results on T-cell transformations clearly demonstrate that the deregulation of methylation leads to NOTCH1 overexpression and activation of the corresponding signaling pathway.Analyses of Tet2 and Ezh2 inactivated mice show that these Ezh2 Tet2 mice succumb to bone marrow exhaustion, attributed to long term hematopoietic stem cells (LT-HSC) disappearance. Ezh2 and Tet2 show major roles in LT-HSC maintenance whose molecular, genetic and epigenetic mechanism remains to be investigated.

Les Eléments Transposables (ET) sont des parasites du génome caractérisés par leur capacité à se répliquer plus rapidement que les autres éléments génétiques du génome. La régulation par la voie des piARN joue un rôle essentiel pour limiter l’expansion des ET dans les lignées germinales des animaux.La première question posée est comment le génome répond face à une nouvelle invasion par un ET. Dans ce but, nous avons introduit le transposon de Classe II mariner (sous-famille mos1) chez D. melanogaster, qui ne contient naturellement pas l’élément. Nous avons montré, qu’après son amplification autonome dans le génome, l’élément avait atteint un équilibre en termes de nombre de copies, depuis qu’une régulation de novo par les piARN avait été acquise.Deuxièmement, nous avons étudié la mobilisation de l’élément mariner au cours du processus de colonisation des régions géographiques tempérées. A partir d’un large panel de populations naturelles nous avons trouvé que l’activité moyenne de mariner était remarquablement augmentée dans les populations non-Africaines en comparaison aux populations Africaines. Ces variations peuvent s’expliquer par un fort polymorphisme d’expression (transcriptionnel et traductionnel) des gènes de la voie des piARN.Le troisième chapitre soutient que la forte activité des ET dans la lignée germinale mâle est un phénomène global chez les drosophiles. Par ailleurs, le contenu en ET chez les espèces sœurs (D. melanogaster et D. simulans) a fortement divergé et, cela a affecté la réponse associée à la production des piARN. Chez D. melanogaster, de nombreux « burst » de transposition ont eut lieu récemment. Ces familles d’ET sont activement réprimées par les piARN dans l’ovaire et donc, se retrouvent massivement surexprimés dans les testicules. Chez D. simulans, nous pensons que la réponse par les piARN résulte principalement d’une régulation passée qui semble être la relique d’anciennes invasions d’ET.La voie des piARN est supposé être « garante de l’intégrité du génome » de par son rôle actif dans la défense contre les ET. Cependant, si la sélection naturelle purge les génomes de ces parasites délétères, il semble que les mécanismes de régulation de l’hôte contribuent au maintien de l’homéostasie du génome en limitant leur expansion, et quelque part en favoriser le maintien sur long terme. Ainsi, une autre interprétation pourrait être que la voie des piARN est « garante de la diversification du génome » de par son rôle à faciliter l’accumulation des ET. / Transposable Elements (TEs) are genomic parasites characterized by their ability to replicate faster than any other genetic element in the genomes. The piRNA mediated silencing is of central importance to limit TE expansion in the germline of animal species. The present dissertation explores the relationship between TEs and piRNAs alongside their evolutionary dynamics.The first question raised here was to understand how the genome responds to a new TE invasion. For that purpose, we injected a mariner Class II transposon into D. melanogaster genome that does not naturally contain the element. We found that, after its self-replication into the genome, the element have reached a copy number equilibrium since a de novo piRNA mediated regulation have been acquired.Second, we studied the mariner rewiring activity during the colonization of geographical temperate regions. From a large sampling of D. simulans natural populations, we found the mean activity of mariner to be strikingly higher in non-African populations compared to the African ones. These findings support the idea that selection acting on piRNA effector proteins has been of central importance to explain TE lineages diversification during colonization process.The third chapter provides evidences to propose that, the strong TE activity in testes, is a general phenomenon in Drosophila. We also observed that TE landscape divergence between the two sister species, have affected the genomic response mediated by the piRNAs. As a response of their recent bursts of transposition, TEs overexpressed in testes are preferentially silenced by piRNAs in D. melanogaster ovaries. By contrast, we assumed the D. simulans piRNA response to be the relic of a past regulation that still persists mostly against inactive TEs.The piRNA silencing in the germline, is assumed to be the “vanguard of genome” defense and integrity due to its active role against TEs. However, while natural selection purifies the genome from its deleterious parasites, it seems that the host regulation contributes to genome homeostasis by limiting their expansion, and somehow, favors their longterm maintenance. Thus, another interpretation would have been that piRNA silencing is the “vanguard of genome” diversification due to its active role in facilitating TE accumulation

La chromatine sert de support à de multiples processus biologiques, cependant son organisation spatiale diffère fortement selon l'échelle considérée. L'expression des gènes est ainsi coordonnée par des éléments régulateurs dispersés dans le génome mais capables d'interagir entre eux. Chez les métazoaires, des expériences de capture de conformation de chromosome (3C) combinées au séquençage haut-débit (Hi-C) ont permis la découverte de domaines d'association topologique (TAD), à l'échelle de la mégabase. Puisque la résolution du Hi-C reste limitée, nous avons utilisé la 3C-qPCR pour explorer, dans des cellules souches embryonnaires murines, la dynamique chromatinienne à l'intérieur de ces domaines ainsi qu'à leurs bordures. Nous identifions ainsi une modulation des fréquences de contacts, sur quelques centaines de kilobases. Cette modulation est plus ou moins importante en fonction du contenu en gènes des domaines, mais elle semble néanmoins universelle. Des modèles dérivés de la physique des polymères permettent de décrire cette modulation sous la forme d'une hélice statistique, que la chromatine adopterait en moyenne et en l'absence d'interactions spécifiques, à l'intérieur des TAD. Cette hélice reflète certaines contraintes que la chromatine subit à l'échelle supranucléosomale. Elle est très affectée par les bordures, qui bloquent la modulation, mais elle l'est beaucoup moins par le contenu en histone de liaison H1. Par ailleurs, grâce à des résultats de Hi-C à haute résolution, nous montrons que la modulation observée chez les souris n'est pas retrouvée chez la drosophile, où les caractéristiques des TAD semblent avant tout liées au paysage épigénétique local. Pour ces deux organismes, la dynamique chromatinienne à l'intérieur des domaines est donc sous le contrôle de phénomènes différents / The chromatin hosts various biological processes. However, its organization differs considerably depending on the scale. For example, gene expression is coordinated by regulatory elements that are dispersed in the genome but that are able to interact within the tridimensional space of the nucleus. In the Metazoa, chromosome conformation capture (3C) assays combined with high-throughput sequencing (Hi-C) uncovered the existence of topologically associating domains (TADs), at the mégabase scale. Due to the limited resolution of Hi-C, we used the 3C-qPCR method to explore, in murine embryonic stem cells, the chromatin dynamics inside TADs as well as at their borders. We found that contact frequencies undergo a periodic modulation over large genomic distances (few hundred kilobases). This modulation is weaker in gene-deserts than in gene-containing domains but it seems nevertheless to be universal. Using models derived from polymer physics, we show that this modulation can be understood as a fundamental helix shape that chromatin tends to adopt statistically, when no strong locus-specific interaction takes place, within the TADs. This statistical helix reflects some constraints that the chromatin undergoes at the supranucleosomal scale. It is affected by TADs borders, which disrupt the modulation, but linker histone H1 depletion only leads to subtle changes in the helix characteristics. Furthermore, using high-resolution Hi-C data, we found that chromatin dynamics is unconstrained in Drosophila where it seems mainly linked to the local epigenetics landscape. Therefore, distinct genome organization principles govern chromatin dynamics within mouse and Drosophila topologically associating domains.

Bien que l’ADN contenu dans les cellules eucaryotes permette le stockage de l’information génétique, c’est l’empaquetage de l’ADN en chromatine qui permet d’organiser finement cette information au cours du développement des organismes. Cependant cette structure constitue une barrière pour l’accessibilité de séquences d’ADN régulatrices. Ainsi, il existe différents mécanismes qui permettent de moduler la structure de la chromatine afin de définir le programme transcriptionnel spécifique de chaque cellule durant le développement des organismes. Dans cette étude nous avons montré que BAF60, une sous unité des complexes de remodelage de la chromatine de type SWI/SNF, favorise la transition florale en réprimant l’expression du gène FLC, répresseur de la floraison, et en contrôlant la formation d’une boucle intra-génique sur ce gène via la modulation de la condensation de la chromatine, la composition en histone et la régulation de marques épigénétiques au niveau de ce locus. De plus, nous avons mis en évidence que BAF60 agit sur la croissance des racines en régulant négativement la production de cytokinines et en favorisant la progression du cycle cellulaire grâce à son rôle sur l’architecture chromatinienne. Nous avons également montré que BAF60 se fixe préférentiellement sur les G-box des gènes actifs au niveau des régions sans nucléosome. BAF60 est exprimé durant le jour et favorise la répression de gènes impliqués dans l’élongation de l’hypocotyle. L’ensemble des résultats obtenus dans cette étude a montré que BAF60 régule des étapes clés du développement d’Arabidopsis thaliana en modulant l’architecture chromatinienne afin de réguler l’expression de nombreux gènes indispensables à différentes voies développementales de la plante. Comprendre comment BAF60 peut réguler l’organisation chromatinienne au sein de tissus spécifiques constituera le prochain défi. / Although DNA in eukaryotic cells allows storage of genetic information, it is its packaging into chromatin which allows to finely organize this information throughout the development of organisms. Chromatin constitutes a barrier to regulatory DNA sequences accessibility. Different mechanisms modulate chromatin structure in order to set the specific transcriptional program for each cell type during development. In this study, we have shown that BAF60, a subunit of SWI/SNF complexes, promotes flowering, by repressing the expression of FLC, a key flowering repressor. BAF60 regulates FLC by controlling gene loop formation via modulation of chromatin condensation, histone composition and post-translational modifications. Furthermore, we have demonstrated that BAF60 acts on root growth by negatively regulating cytokinin production and by promoting cell cycle progression through its role in chromatin architecture. We have also shown that BAF60 binds preferentially G-box of active genes at nucleosome-free region. BAF60 is expressed during the day to promote repression of genes involved in hypocotyl elongation. All together these results have shown that BAF60 regulates key steps of Arabidopsis thaliana development. BAF60 can thus modulate chromatin architecture to regulate the expression of many genes required for different plant developmental pathways. Understanding how BAF60 can regulate chromatin organization in specific cell types is the next challenge.

Le cancer colorectal (CCR) représente un problème majeur de Santé publique. Des facteurs de risque environnementaux, ainsi que l'apparition séquentielle d'altérations génétiques et épigénétiques corrélant avec la progression tumorale ont été extensivement décrites. Cependant, les variations épigénétiques préexistant dans le tissu sain, potentiellement responsables de différences notoires de susceptibilité au CCR, sont restées élusives jusqu'à ce jour. Afin de répondre à cette problématique, la lignée murine Apcd14 (porteuse d'une mutation hétérozygote constitutive au niveau du gène Adenomatous polyposis coli) a servi de modèle au cours de ce projet. Les individus de cette lignée comportent une expressivité très variable, au sens qu'ils développent spontanément un nombre plus ou moins important de tumeurs intestinales, impactant sur leur survie. Cette hétérogénéité est observée en dépit de conditions d'élevage et de génomes considérés identiques. L'analyse exhaustive de cette lignée a conduit à y caractériser deux groupes de souris, présentant une gravité différente de phénotype. La variation d'expression génétique dans le tissu sain (i.e en amont de la tumorigenèse) a ensuite été analysée dans le but de comprendre l'établissement de cette hétérogénéité. Ceci a mené à la découverte d'une signature de gènes différemment exprimés entre les deux groupes, permettant de corréler de façon parfaite données moléculaires et phénotype. La potentielle héritabilité de cette signature a par la suite conduit à remettre en cause le statut considéré syngénique de la lignée. Les approches expérimentales effectuées ont déjà permis de cibler une région chromosomique, ce qui mènera à court terme à la caractérisation d'un nouvel acteur impliqué dans la tumorigenèse intestinale. De manière plus générale, les expériences développées durant ce projet ouvrent la voie à la notion de susceptibilité individuelle face au cancer dépendante de la variation d'expression génétique. / Colorectal cancer (CRC) is a major public health concern. Environmental clues, as well as sequential genetic and epigenetic alterations correlating with tumor progression have been extensively described. Meanwhile, pre-existing epigenetic variations in the healthy intestinal mucosa, potentially leading to differences in CRC suceptibility, have generally been overlooked. In order to answer to this question, we have made use of the Apcd14 mouse model (carrying a heterozygous mutation in the Adenomatous polyposis coli gene). Although all Apcd14 mice apparently share the same genome and are raised in the same environmental conditions, they exhibit a huge phenotypic variability at the individual level, spontaneously developping a few or numerous intestinal tumors, that ultimately results in differences in survival rates. Through detailed analysis of this strain, two groups have been characterized, exhibiting several phenotypic specificities. Gene expression analysis in the healthy intestinal tissue was then performed in order to understand the differences already existing, prior to tumorigenesis. This led to the identification of a group-specific gene expression signature, allowing a correlation between macroscopic phenotype and molecular data. Consideration of the hereditary potential of this signature led to reconsider the syngeneic status of the Apcd14 strain. Several experimental data already targeted a specific genomic region, and this will allow to identify the genetic alteration involved. More generally, this project opens the way to discover a link between individual susceptibility to intestinal tumorigenesis and gene expression variability.

Les notions selon lesquelles l’exposition environnementale peut être mémorisée et puisse dans des conditions défavorables favoriser l’apparition d’épimutations soulèvent la question d’une possible transmission transgénérationnelle chez l’Homme lorsque les gamètes sont atteints.Afin de répondre à la question du risque de transmission de dérégulation épigénétique (épimutation) chez l’Homme, nous l’avons abordé selon deux axes. Le premier nous a permis d’évaluer le risque de transmission intergénérationnelle chez un patient présentant un syndrome de Silver-Russell (SRS) et nous avons pu démontrer pour la première fois l’efficience de la reprogrammation épigénétique chez l’Homme pour des régions soumises à empreinte : disparition du défaut de méthylation du locus H19/IGF2 causal dans les gamètes du patient ainsi qu’une absence de transmission à sa descendance. Le second nous a conduit à dépister la présence d’épimutations spermatiques à partir de deux modèles : 1/ de pères d’enfants atteints de pathologies liées à l’empreinte parentale et 2/ de patients atteints de cancer testiculaire. Dans les 2 cas, l’analyse par pyroséquençage de leurs spermatozoïdes n’a pas mis en évidence de défaut d’empreinte. Néanmoins, nous avons retrouvé une association entre oligozoospermie et défaut d’empreinte spermatique.Le principal défi des études à venir est d’identifier les mécanismes intervenant dans l’apparition de ces épimutations. Les principales pistes convergent vers les petits ARNs non codants ou certaines régions de l’ADN dont les marques épigénétiques pourraient (au moins partiellement) échapper aux contrôles mis en place lors des phases successives de reprogrammation épigénétique. / The notion that environmental exposure can be memorized and promote epimutation (defined as defects on DNA methylation) raises the question of possible epigenetic transgenerational transmission in humans. To address whether an epimutation could be transmitted in humans, we pursued two axes. First, the evaluation of intergenerational transmission in the family of a Silver-Russell patient has shown, for the first time, the efficiency of epigenetic reprogramming in humans, specifically on imprinted regions. Indeed, no imprinted defect on causal H19/IGF2 locus was detected in the patient’s spermatozoa or in the DNA of his daughter. The second axis was to assess the presence of sperm epimutations 1/ from fathers of children diagnosed with imprinted syndromes and 2/ from men presenting testicular seminoma. Pyrosequencing analyses on imprinted genes did not reveal any alteration of sperm DNA methylation, though we confirmed an association between oligozoospermia and sperm imprinting defects.The next step will be to identify the mechanisms involved in the origin of the sperm epimutation. The main hypotheses converge to small non-coding RNAs or certain DNA regions which escape to controls setting up (at least partially) at the time of epigenetic reprogramming.

Le parasite intracellulaire Toxoplasma gondii est l'agent pathogène de la toxoplasmose. Cette maladie est gravissime pour le fœtus et pour l'individu immunodéprimé. L'interconversion du parasite de la forme tachyzoïte virulente à la forme bradyzoïte quiescente est au centre de la pathogénèse de cette infection. Ce processus engage une régulation coordonnée des gènes du parasite qui se traduit par une cascade d'évènements moléculaires au niveau de l'ADN. Des études suggèrent un contrôle transcriptionnel de l'interconversion avec l'expression exclusive de certains gènes dans une forme donnée. Cependant, ce parasite et son phyllum se distinguent des autres eucaryotes par une quasi-pénurie des facteurs spécifiques de transcription. Nous avons émis l'hypothèse que le niveau d'expression des gènes du Toxoplasme est étroitement régulé par la structure physique et la nature chimique de la chromatine. Ce manuscrit illustre l'influence majeure du « code histone » sur la différenciation parasitaire. Nous avons identifié plusieurs enzymes en charge de l'écriture de ce code. L'exemple le plus frappant est la découverte d'une methyltransférase TgCARM1 qui méthyle l'arginine 17 de l'histone H3, une marque activatrice de la transcription. Nous avons également identifié le premier complexe co-repressor du Toxoplasme (TgCRC). TgCRC en opposition avec l'acétylase TgGCN5 régule en partie la balance acétylation/déacétylation, qui en retour influe sur la différenciation parasitaire. L'ensemble de nos résultats converge vers l'idée de l'existence d'un « code histone parasitaire » hautement sophistiqué, qui a co-évolué avec celui de la cellule hôte parasitée.

Un contexte réglementaire de plus en plus strict en évaluation du risque écotoxicologique des milieux aquatiques exige de renforcer les outils d'évaluation. A ce titre, l'étude des biomarqueurs de génotoxicité doit être privilégiée, compte tenu du rôle central de l'ADN dans le fonctionnement du vivant. L'exposition à des agents génotoxiques peut générer des dommages par interaction directe avec l'ADN, mais aussi indirectement, en modulant l'efficacité des mécanismes de réparation de l'ADN, ou la régulation épigénétique de l'expression des gènes. Aujourd'hui, la plupart des biomarqueurs de génotoxicité visent les dommages primaires à l'ADN ou la mutagènicité mais les effets indirects sur sa fonctionnalité sont encore peu étudiés. Dans ce contexte, à l'issue d'une analyse bibliographique comprenant la rédaction d'une revue sur les mécanismes de réparation des dommages à l'ADN chez le poisson, ce travail visait au développement méthodologique de plusieurs biomarqueurs de génotoxicité à l'aide de trois lignées cellulaires pisciaires (RTL-W1, RTGill-W1 et PLHC-1). Pour ce faire, l'essai des comètes en conditions alcalines a été décliné sous plusieurs versions dans l'objectif d'utiliser une technique de base unique permettant la mesure complémentaire de plusieurs biomarqueurs de génotoxicité : les dommages primaires à l'ADN, les activités de réparation et le niveau de méthylation des cytosines du génome. Les résultats soulignent l'intérêt des trois lignées en évaluation de la génotoxicité 1) pour détecter in vitro de manière sensible des atteintes primaires à l'ADN de natures variées à de faibles concentrations grâce à un essai des comètes modifié par une étape de digestion enzymatique avec une glycosylase (Fpg), 2) pour évaluer l'influence des contaminants sur l'activité de réparation par excision de bases (BER) via la mesure de la capacité d'incision d'un ADN substrat porteur de lésions de type 8-oxoGua par des extraits cellulaires (essai BERc). Le niveau de méthylation des cytosines (5-meCyt) des lignées RTgill-W1et RTL-W1 a été mesuré par HPLC-MS-MS, leur valeur élevée permet d'envisager le paramètre méthylation comme biomarqueur potentiel. Ce volet nécessitera cependant des étapes de validations ultérieures car il n'a pas été techniquement possible de mettre au point un essai des comètes modifié pour la mesure du niveau de méthylation de l'ADN. Plusieurs activités de réparation des lignées RTgill-W1 et RTL-W1 ont été caractérisées et révèlent de bonnes aptitudes de réparation de type " Base Excision Repair " (BER) et " Photo Enzymatic Repair " (PER) et une plus faible capacité au " Nucleotide Excision Repair " (NER), soit un profil proche de celui décrit in vivo et sans différence marquée entre les deux lignées. Les biomarqueurs développés sur les lignées cellulaires de poisson au cours de ce travail ont également été appliqués à la mesure des effets génotoxiques d'effluents issus du lessivage de revêtements routiers.

Afin d'initier la transcription par l'ARN Polymérase II, la chromatine est modifiée par des coactivateurs, dont certains catalysent des modifications post-traductionnelles des queues des histones. La protéine GCN5 est une enzyme qui possède une activité histone acétyltransférase (HAT). Elle fait partie du complexe coactivateur SAGA, qui acétyle les histones H3. Or, il existe un second complexe HAT contenant GCN5 : le complexe ATAC, mis en évidence chez la drosophile. Chez l'homme en revanche, l'existence d'un tel complexe n'avait pas encore été démontrée au début de ma thèse.L'objectif de ma thèse a consisté tout d'abord en la purification et la caractérisation du complexe HAT ATAC chez l'homme. Puis, j'ai cherché à comprendre le fonctionnement et la spécificité d'action du complexe ATAC, par rapport au complexe SAGA.Dans une première partie, j'ai ainsi pu montrer que GCN5 fait partie d'un second complexe chez l'homme, le complexe ATAC. La composition en sous-unités du complexe ATAC a été déterminée et l'activité de ce dernier sur les histones étudiée. Nous avons pu démontrer que, comme hSAGA, hATAC acétyle les histones in vitro et in vivo, et préférentiellement la lysine 14 de l'histone H3. Chez les vertébrés, un paralogue de GCN5, PCAF peut se substituer à GCN5 dans les complexes ATAC ou SAGA.Par la suite, j'ai poursuivi la caractérisation de ces complexes HAT afin de comprendre le rôle des enzymes au sein des complexes et leurs fonctions. Pour cela, j'ai voulu comprendre le rôle des sous-unités, comment elles influencent l'activité de l'enzyme, et ainsi identifier les protéines qui permettent la spécificité de hATAC par rapport à hSAGA.

La betterave sucrière est une plante bisannuelle dont le besoin de vernalisation est absolu. Ce processus correspond à l'acquisition de l'aptitude à la montaison et à la floraison et résulte d'une exposition prolongée à de basses températures. La durée de froid requise pour induire la montaison puis la floraison varie suivant les génotypes et reflète leur tolérance à la montaison, qui constitue donc un caractère agronomique essentiel. Cette thèse visait à (i) mettre en évidence un éventuel contrôle épigénétique (méthylation ADN) de l'induction de la montaison chez des génotypes de betterave sucrière résistants ou sensibles à la montaison, (ii) identifier les séquences ciblées par des remaniements de méthylation de l'ADN et d'expression associés, et (iii) caractériser certaines séquences candidates en vue de leur utilisation comme marqueurs de la montaison. Nos travaux ont montré que l'amplitude et la cinétique des variations de méthylation de l'ADN observées au cours de la vernalisation semblent être des éléments critiques de l'induction et de la tolérance à la montaison. Par une approche ciblée, des séquences dont la méthylation de l'ADN est remaniée ont été identifiées. L'implication dans la transition florale de deux BvRNMT (RNA METHYLTRANSFERASES) et de la méthylation des ARN, tels que l'ARNm de BvFL1, un répresseur floral, a ainsi été mise en évidence chez la betterave sucrière. Enfin, grâce à une approche génomique, un réseau de gènes intégratif incluant la réponse à l'environnement, la signalisation hormonale et l'induction de la floraison a été identifié. La cinétique d'activation de ces gènes définirait le niveau de tolérance à la montaison des différents génotypes de betterave sucrière.