Dans un contexte de gestion des systèmes côtiers, l'approche développée dans cette étude -associer un suivi des paramètres environnementaux avec celui des peuplements pélagiques et benthiques- permet d'appréhender le fonctionnement global de l'écosystème. La veille écologique menée depuis plus de 20 ans en rade de Brest a fait apparaître un nouveau risque écologique (et économique): la prolifération d'un filtreur benthique exotique, compétiteur potentiel de la coquille Saint-Jacques, la crépidule Crepidula fornicata (L.). Ses mécanismes de prolifération étaient encore inconnus en rade, notamment concernant l'accélération récente (15-20 ans) du processus. L'approche multidisciplinaire de ce travail permet d'étudier les mécanismes d'adaptation et de régulation naturelle de la crépidule en rade de Brest face aux fluctuations naturelles de l'environnement (hydroclimat) et aux perturbations anthropiques (eutrophisation...) et d'identifier ses impacts sur le fonctionnement de l'écosystème.<br />Les causes de la prolifération actuelle de la crépidule en rade et ses impacts sur la structuration et le fonctionnement de l'écosystème ont été précisés : les filtreurs exercent un rétro-contrôle de la production primaire (filtration, biodépositions). L'analyse des conditions favorables à la prolifération de la crépidule a montré la place importante prise par cette espèce dans l'écosystème et a permis de mieux appréhender les processus d'évolution de son aire de répartition et de son stock. La description réalisée des peuplements benthiques soumis à cette invasion constitue un état de référence de la mégafaune de la rade en 2000. Les impacts de la crépidule sur l'écosystème (colonne d'eau, sédiment, biocénoses) ont été précisés. Des évolutions futures sont envisagées et des recommandations sont faites pour en limiter l'extension et pérenniser la pêcherie de coquilles Saint-Jacques en rade de Brest. Des perspectives sont proposées dans le cadre de la gestion intégrée de cet écosystème.

En Guinée, en plus des pressions humaines, les ressources naturelles subissent les impacts de l'utilisation incontrôlée des espèces exotiques, des OGM, des engrais et des pesticides dans les principaux bassins versants. Le gouvernement et les citoyens sont peu conscients du danger des invasions biologiques et des politiques actuelles de développement. Peu d'études ont été menées dans ce domaine. La présente étude a consisté d'une part, à identifier ces espèces, les impacts, les enjeux de la cogestion des bassins, les connaissances, pratiques et espèces indigènes à utiliser pour leur restauration. D'autre part, à démontrer que contrairement aux pratiques et espèces exotiques actuelles, leur valorisation permet d'enraciner l'action environnementale des citoyens dans la culture, d'améliorer la ressource en eau, l'alimentation des populations, la fixation du bétail, la décontamination des points d'eau et le traitement des eaux et des maladies générées par les projets. Ceci a nécessité l'expérimentation d'une approche participative et interactive d'enquête, fondée sur les pratiques traditionnelles. C'est un jeu social et culturel d'accueil et d'apprivoisement de l'autre au cours du processus participatif. Il a permis de comprendre l'importance du champ culturel des populations autochtones dans la conservation. Celui-ci intègre à la fois le droit, l'éthique, les rapports sociaux, la sagesse populaire, la déontologie, les normes relatives à l'environnement, la science et la sacralité de la vie et de la nature. Les enquêtes réalisées au niveau des aménagements du massif du Foutah Djallon (Dalaba et Pita), considéré comme le château d'eau de l'Afrique de l'Ouest, ont montré que la recherche de la rentabilité et les critères des marchés contribuent à la disparition des forêts et de l'agriculture tropicales à travers l'homogénéisation et la spécialisation de la flore. Ceci a conduit à l'imposition de modèles agricoles et forestiers standardisés qui marginalisent le social, le culturel, la diversité et l'environnement. Les collections exotiques concernent les légumineuses alimentaires, les cultures maraîchères, céréalières, les tubercules, les agrumes et les semences forestières de Pinus, d'Eucalyptus, de Cassia, etc. Ces espèces épuisent les ressources en eau, éliminent la biodiversité et les habitats et répandent des ravageurs et des maladies exotiques telles que la pyriculariose et l'helminthosporiose au niveau des cultures céréalières et la cercosporiose des agrumes qui a détruit plus de la moitié de la production du pays sans prise de mesures d'atténuation. Les enquêtes réalisées auprès des riverains du bassin du barrage de Tinkisso et de sa forêt humide ont montré que la cogestion est utilisée comme moyen pour obtenir des fonds et réduire les coûts des projets sans partage des bénéfices. Elle divise les populations et conduit à la désintégration des structures d'interface, à la déperdition écologique, à la privatisation des terres et à l'élimination des forêts et mares sacrées des populations autochtones qui ont façonné leurs identités et cultures. Leur cogestion a conduit à la perte de leur biodiversité originelle et à leur transformation en stations piscicoles et rizicoles. En outre, contrairement aux espèces exotiques, les huit argiles à usages internes et externes et les 126 plantes indigènes identifiées améliorent l'alimentation et la santé humaines et animales. Elles permettent la fixation du bétail, le traitement des eaux, du paludisme, de la trypanosomiase (ou maladie du sommeil) et autres maladies générées par les projets, ainsi que la décontamination des points d'eau infectés par les vecteurs des bilharzioses, de l'onchocercose (cécité des rivières) et de la dracunculose. Les analyses ont montré que ces argiles constituées de kaolinite (32 à 83%), servent de barrières de stockage des métaux lourds et des nitrates dans les sols. Elles sont plus efficaces dans l'enlèvement de la turbidité et de la couleur des eaux de puits que Moringa oleifera qui s'est avéré plus performant pour les eaux de surface affectées par l'exploitation minière, le ruissellement et le tarissement précoce. Leur combinaison est avantageuse pour les deux types d'eau. De plus, les graines de Moringa, d'Anacardium occidentalis, de Tamarindus indica, de Terminalia cattapa, la pulpe des graines d'Adansonia digitata et ces argiles permettent de réduire de 53 à 86% des concentrations de 30 à 120 mg-N/L de nitrates. Leur performance est davantage favorisée par les suspensions, le pH acide et la filtration. La synthèse des données a montré que les méthodes et techniques de conservation des autochtones ne sont pas caractérisées par la compétition et le dualisme Homme/Nature, mais par la synergie et l'émulation fondées sur le principe selon lequel, plus l'Homme respecte la nature, plus celle-ci devient généreuse. Grâce aux croyances, à la sagesse populaire, au sceau du sacré et à la maîtrise de l'énergie vitale au niveau des autels et de son transfert sur des objets de culte, ils ont pu sacraliser leurs écosystèmes et punir les irrévérencieux (à l'aide de leurs techniques d'envoûtement). Ces méthodes leur ont permis de maîtriser l'Homme dans sa complexité et ses désirs matériels et de domination de la nature. Elles accordent une importance à la formation pluridisciplinaire et à l'éducation relative à l'environnement de leurs confréries de chasseurs, d'éleveurs, d'agriculteurs, de pêcheurs et de divins dans leurs couvents initiatiques (forêts et mares sacrées). La gestion des conflits entre ethnies, clans, castes et professions est régie par l'arbre à palabre, les pactes d'alliances de sang, de lait, de mariage et de plaisanterie. Pour réconcilier leurs besoins avec les équilibres naturels et enraciner leur action environnementale dans la culture, leurs méthodes intègrent ainsi, divers modes empiriques et non empiriques d'appréhension du réel tangible et intangible. D'où la nécessité de leur intégration dans la cogestion des bassins. versants et des forêts pour la conservation des ressources en eau et des deux diversités biologique et culturelle actuellement menacées par la mondialisation économique, les invasions biologiques et les changements climatiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Espèces exotiques, OGM, Connaissances traditionnelles, Forêts et mares sacrées, Énergie vitale, Sacralisation écosystème, Ressources eau, Cogestion bassins versants, Pollution, Nitrates, Traitement eau, Coagulants, Adsorbants et désinfectants naturels.

Les répulsifs sont des molécules naturelles ou synthétiques dont le but estd'empêcher l'approche des arthropodes afin de prévenir la transmission demaladies vectorisées. Un exemple type est celui de la transmission de Leishmaniainfantum responsable de la Leishmaniose canine, qui est contractée après la piqûre d'un chienpar un phlébotome. Divers répulsifs d'arthropodes sont commercialisés pour une applicationtopique, ils ont tous une durée d'action courte, imposant des applications répétées deformulations basiques de type solution.La formulation de molécules actives à propriétés répulsives incorporées dans des systèmesnanoparticulaires et présentant une action prolongée dans le temps a été retenue. Lesnanoparticules sont des vecteurs colloïdaux intéressants dans le domaine de la technologiepharmaceutique vu leur capacité à former des complexes avec des molécules hydrophobes,telles que la plupart des molécules répulsives (DEET, Picaridin®, IR3535®...). Le ciblage, laprotection contre la dégradation et le contrôle de la libération sont les avantages principauxapportés par les nanoparticules contenant une matière active.Les caractéristiques physico-chimiques des nanoparticules (taille et potentiel zêta) permettantleur stockage dans les couches supérieures de la peau et une accroche le long des fibrespileuses ont été déterminées. Ainsi des nanoparticules cationiques de 200 nm de diamètre ontété formulées. Cette formulation originale inspirée du procédé de nanoprécipitation a permisl'obtention en une seule étape de suspensions concentrées en matière active (concentrationsupérieure à 10%) et sans ajout d'agents stabilisants. Une corrélation entre les profils delibération et l'efficacité sur insecte modèle (la drosophile) a été vérifiée. De ce fait, lepourcentage en polymère régule la libération de la molécule active encapsulée. Une efficacitérépulsive de formulations nanoparticulaires supérieure à 15 jours a été validéeexpérimentalement. La transposition d'échelle du procédé de nanoprécipitation permetd'envisager un développement industriel pour la formulation d'un répulsif d'arthropodeinnovant à longue durée d'action.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

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Les virus entérotropes sont des virus ubiquitaires infectant une large catégorie de vertébrés dont l’homme et les primates non-humains (PNHs). Ils se transmettent principalement par voie féco-orale directe ou indirecte à la suite de laquelle ils atteignent les entérocytes et s’y multiplient. Bien que parfois asymptomatiques, les infections causées par les virus entérotropes peuvent se manifester par des gastroentérites très fréquentes chez les enfants de moins de 5 ans. Ces mêmes virus peuvent être responsables de pathologies sévères telles que les maladies respiratoires, encéphalitiques, cardiaques, neurologiques. À partir des années 1950, de nombreux virus entérotropes ont été isolés de tissus de PNHs couramment utilisés en cultures cellulaires et en recherche biomédicale. Dès lors, de nombreuses études ont été conduites sur la caractérisation des virus entérotropes principalement chez les PNHs captifs ou en contact avec l’homme. En milieu naturel, en dehors des entérovirus et des adénovirus, leur circulation, leur épidémiologie et leur diversité restent encore peu connues. L’objectif de cette thèse est donc de rechercher et caractériser les virus entérotropes chez les PNHs d’Afrique Centrale. Ainsi à partir de 600 échantillons de fèces de PNHs collectés dans des forêts et réserves naturelles au Gabon, nous avons pu mettre en évidence la circulation de différentes espèces d’entérovirus (EVs) chez les mandrills et les chimpanzés. Cette caractérisation a également permis de mettre en évidence des EVs proches d’EVs infectant l’homme ainsi que deux nouveaux sérotypes chez un chimpanzé et chez un mandrill. Nous avons également mis en évidence un astrovirus (AstV) totalement divergent d’AstVs référencés chez un gorille. En dehors de leur circulation en milieu naturel, les virus entérotropes sont également présents chez les PNHs en contact fréquents avec l’homme. De ce fait à partir d’échantillons fécaux d’un groupe de 12 chimpanzés du Sanctuaire de Tchimpounga, nous avons caractérisé l’EV-C99 responsable de cas de paralysie chez l’homme et probablement responsable de celle observée chez un chimpanzé. De plus, deux sapovirus (SaVs) très proches d’un SaV identifié chez l’homme ont également été caractérisés. L’Afrique Centrale est donc caractérisée par une diversité de virus entérotropes qui circulent chez les PNHs. L’identification chez les PNHs de virus entérotropes proches en milieu naturel de ceux infectant l’homme soulève l’existence d’une probabilité de transmission inter-espèce entre les PNHs et l’homme dont le sens reste encore à déterminer. Par contre chez les PNHs du sanctuaire, la susceptibilité à ces virus humains peut être responsable de pathologies graves comme la paralysie observée chez les chimpanzés. / The enteric viruses are ubiquitous virus infecting a broad range of vertebrates, including humans and non-human primates (NHPs). They are spread by direct or indirect fecal-oral route following which they reach the enterocytes and multiply. Even though infections caused by these viruses are asymptomatic, enteric viruses could be responsible for frequent gastroenteritis in children under 5 years of age. These viruses may be responsible for severe pathologies such as respiratory, encephalitic, cardiac and neurological diseases. In the 1950s, many viruses have been isolated from NHPs species commonly used in cell culture and biomedical research. Since, many studies have been conducted to characterize, then enteric viruses have been mainly identified in captive NHPs or those living in close contact with humans. Little is known concerning the circulation, epidemiology and diversity of enteric viruses in the wild, except for enteroviruses and adenoviruses. The objective of this thesis is to investigate and characterize the enteric virus in NHPs of Central Africa. Thus from 600 samples of feces of NHPs collected in natural forests and reserves in Gabon, we highlighted the circulation of different species enteroviruses (EVs) in mandrills and chimps. We also identified EVs close to those infecting humans as well as two new serotypes in a chimpanzee and in a mandrill. We have highlighted an astrovirus (AstV) completely divergent from those referenced in a gorilla. Apart from their outstanding natural environment, enteric viruses are also present in NHPs in frequent contact with humans. Therefore fecal samples from a group of 12 chimpanzees from the Tchimpounga Sanctuary, we characterized the EV-C99 responsible for cases of paralysis in humans and probably responsible for that observed in a chimpanzee. In addition, two sapovirus (SaVs) very close to a SaV identified in humans have also been characterized. Central Africa is therefore characterized by a diversity of enteric virus circulating in NHPs. The identification in the wild of enteric virus in NHPs close to those infecting humans raises probability of cross-species transmissions between NHPs and humans whose sense remains to be determined. However in NHPs in the sanctuary, susceptibility to these human viruses can be responsible for severe diseases such as paralysis observed in chimpanzee.

Nous partons du constat que l’actuelle urgence écologique (réchauffement climatique, crise de la biodiversité, pollutions) constitue notre condition historique durable. Causée par des activités économiques et sociales identifiables, elle engage la pérennité de multiples espèces vivantes et met en question l’avenir de notre espèce. Cette thèse de philosophie interroge le concept d’espèce humaine, saisi sous l’angle de la naturalité évolutive et écologique, pour prendre acte de la fin de sa version pré-darwinienne sans rouvrir la route au biologisme racialiste et aux délires hiérarchiques criminels que ce dernier a accompagnés. L’enjeu théorique est d’élaborer une ontologie de l’espèce humaine, qui ne cède pas aux mystifications naturalisantes, mais fournisse des repères pour affronter l’urgence écologique. Cette ontologie se forge avec Hans Jonas et Robert Antelme, deux auteurs marqués par l’expérience du nazisme, qui aident à formuler un monisme dialectique non réductionniste, dont puisse dériver une éthique de la vie dans le monde, de la reconnaissance et de la solidarité élargies. La conviction qui guide ce travail est que l’urgence écologique est politique en ce que s’y joue la projection de destins collectifs. Contre la tentation de sauver l’espèce humaine (ou certaines de ses portions) via des « augmentations » biotechnologiques prétendant la faire passer au-delà de la catastrophe ou au-delà d’elle-même, tout en esquivant notre responsabilité présente, nous soutenons que la considération des « limites planétaires », où se diffractent spectre de la mort et désir de pouvoir, appelle un travail sur les conditions d’habitabilité humaine et non-humaine de ce monde, dans lequel l’expérience démocratique trouve matière à se renouveler sans céder à la panique. / The starting point of my study is the observation that the current ecological emergency (global warming, biodiversity crisis, pollution) shapes our long-term historical condition. The ecological emergency, which results from identifiable economic and social activities, threatens the continued sustainability of a wide range of species and places the future of our species in jeopardy. My dissertation in philosophy consequently explores the concept of human species, which I address from the point of view of its evolving and ecological naturality. In so doing, I intend to take note of the end of a pre-Darwinian definition, and at the same time I refuse to pave the way for any racialist biologism and for the criminal hierarchies it brought about. What is at stake here for theoretical research is the elaboration of an ontology of human species, which will not give in to any deceptive naturalizing doctrine and will provide us with landmarks to face the ecological emergency. This ontology builds upon two authors, Hans Jonas and Robert Antelme, who endured the experience of Nazism. Their works are central to elaborate a non-reductionist dialectical monism, which can generate an ethics of our life in the world and an ethics of greater recognition and extended solidarity. I argue that the ecological emergency is political in so far as it is the future of collective destinies which is at stake. My approach dismisses the urge to save the human species – or parts of it - by resorting to biotechnological enhancements which would supposedly help our species to step beyond the catastrophe or even beyond “humanity” while shirking our responsibility here and now. I accordingly claim that deeper consideration of planetary boundaries - as well as the spectre of death and the desire for power they imply - calls for a work on the conditions in which humans and non-humans can properly inhabit the world and the democratic experience can be renewed without giving way to panic.

Les répulsifs sont des molécules naturelles ou synthétiques dont le but estd’empêcher l’approche des arthropodes afin de prévenir la transmission demaladies vectorisées. Un exemple type est celui de la transmission de Leishmaniainfantum responsable de la Leishmaniose canine, qui est contractée après la piqûre d’un chienpar un phlébotome. Divers répulsifs d’arthropodes sont commercialisés pour une applicationtopique, ils ont tous une durée d’action courte, imposant des applications répétées deformulations basiques de type solution.La formulation de molécules actives à propriétés répulsives incorporées dans des systèmesnanoparticulaires et présentant une action prolongée dans le temps a été retenue. Lesnanoparticules sont des vecteurs colloïdaux intéressants dans le domaine de la technologiepharmaceutique vu leur capacité à former des complexes avec des molécules hydrophobes,telles que la plupart des molécules répulsives (DEET, Picaridin®, IR3535®…). Le ciblage, laprotection contre la dégradation et le contrôle de la libération sont les avantages principauxapportés par les nanoparticules contenant une matière active.Les caractéristiques physico-chimiques des nanoparticules (taille et potentiel zêta) permettantleur stockage dans les couches supérieures de la peau et une accroche le long des fibrespileuses ont été déterminées. Ainsi des nanoparticules cationiques de 200 nm de diamètre ontété formulées. Cette formulation originale inspirée du procédé de nanoprécipitation a permisl’obtention en une seule étape de suspensions concentrées en matière active (concentrationsupérieure à 10%) et sans ajout d’agents stabilisants. Une corrélation entre les profils delibération et l’efficacité sur insecte modèle (la drosophile) a été vérifiée. De ce fait, lepourcentage en polymère régule la libération de la molécule active encapsulée. Une efficacitérépulsive de formulations nanoparticulaires supérieure à 15 jours a été validéeexpérimentalement. La transposition d’échelle du procédé de nanoprécipitation permetd’envisager un développement industriel pour la formulation d’un répulsif d’arthropodeinnovant à longue durée d’action. / The repellents are natural or synthetic molecules whose aim is to prevent theapproach of arthropods to avoid transmission of vector-borne diseases. A typicalexample is the transmission of Leishmania infantum responsible for canineLeishmaniasis, which is contracted after a sandfly bite on a dog. The arthropod repellentsmarketed for topical application have all a short action duration, requiring repeatedapplications of basic formulations (solution).The formulation of active molecules having repellent properties, incorporated intonanoparticle systems and having a prolonged action in time was selected. Nanoparticles arecolloidal carriers interesting in the pharmaceutical technology field due to their ability to formcomplexes with hydrophobic molecules, such as repellent molecules (DEET, Picaridin®,IR3535®...). Targeting, protection against degradation and control of the release are the mainadvantages provided by the nanoparticles containing an active ingredient.The nanoparticle physicochemical characteristics (size and zeta potential) permitting theirstorage in the upper dog skin layers and a along the hairs were determined. For that reasoncationic nanoparticles of 200 nm in diameter were formulated. This original formulationinspired from the nanoprecipitation process has allowed us to obtain one single stepconcentrated suspensions (above 10% of active molecules in the final product) and withoutstabilizer addition. A correlation between the release profiles and the effectiveness of modelinsect (Drosophila) has been verified. Therefore the percentage of polymer regulates therelease of encapsulated active molecules. Repellent efficacy of nanoparticulate formulationgreater than 15 days has been validated experimentally. The scale transposition of thenanoprecipitation process makes conceivable an industrial development for the formulation ofan innovative arthropod repellent having a long lasting effect.

Les traitements actuels contre le virus de l’hépatite B (VHB) combinent un ou plusieurs analogues de nucléos(t)ides qui inhibent directement la réplication virale en bloquant l’étape de transcription inverse. Ces traitements très efficaces sont pourtant confrontés à l’émergence de virus résistants à ces traitements. Ces résistances sont la conséquence de l’émergence et la sélection de mutants parfois complexes présentant des mutations à la fois dans le gène de la polymérase (pol) et de l’enveloppe virale. Les objectifs principaux de ce doctorat ont été d’étudier la sensibilité des variants résistants du VHB vis-à-vis d’analogues de nucléos(t)ides et de nouveaux composés nonnucléos(t)idiques agissant contre la nucléocapside, mais également de comparer les performances virales de différents mutants afin de comprendre le processus de sélection des mutants qui s’opère chez le patient sous pression thérapeutique. Ces études ont caractérisé la sensibilité de certaines mutations de résistance aux analogues de nucléos(t)ides, de souligner l’importance des modifications de l’enveloppe dues aux mutations de résistance dans le processus d’émergence et de sélection des variants dans la quasi-espèce virale et d’identifier de nouvelles molécules antivirales efficaces permettant, en combinaison avec les analogues de nucléos(t)ide, de diminuer fortement les phénomènes de résistance du VHB. Mieux comprendre les phénomènes de résistance, les procédés d’émergence, de sélection et de transmission des mutants du VHB pour élaborer les meilleures stratégies cliniques de combinaisons thérapeutiques peut réduire considérablement le nombre de personnes touchées par ce virus / Current therapies against the hepatitis B virus (HBV) combine one or more nucleoside analogues that directly inhibit viral replication by blocking reverse transcription step. These treatments are very effective, however, faced with the emergence of viruses resistant to these treatments. These resistances are the result of the emergence and selection of mutants with mutations can be complex in both the polymerase gene (pol) and the viral envelope. The main objectives of this PhD was to study the sensitivity of resistant HBV variants vis-à-vis similar nucleos(t)ides and new compounds non-nucleos(t)idic acting against the nucleocapsid, but also compare the performance of different viral mutants to understand the process of selection of mutants that occurs in patients under therapeutic pressure. These studies have characterized the sensitivity of some resistance mutations to nucleoside analogues, to highlight the importance of the envelope changes due to resistance mutations in the process of emergence and selection of variants in the quasispecies virus and to identify new effective antiviral drugs may allow, in combination with nucleoside analogues, to greatly reduce the phenomenon of HBV resistance. Better understanding the phenomenon of resistance, the processes of emergence, selection and transmission of HBV mutants to develop the best clinical strategies of combination therapy can significantly reduce the number of people affected by this virus

Les arbovirus (dont le virus chikungunya, CHIKV) sont responsables de millions d'infections chaque année ; aucun vaccin n'est encore approuvé, et les traitements disponibles restent limités. De part leur circulation constante entre le moustique et l'humain, leur adaptation rapide à différents hôtes est un facteur clé pour leur pathogenèse. Le taux d'erreur particulièrement élevé de leur polymérase ARN permet une rapide diversification génique qui conduit à la génération d'un nuages de mutants, appelée quasi espèce. Les quasi espèces contiennent non seulement des génomes mutés, mais aussi des ARN recombinés à partir de deux génomes d'origine différente, ainsi que des génomes avec de grandes délétions, incapables de se répliquer sans l'aide d'un autre virion qui doit infection la même cellule, nommés génomes viraux défectifs (GVD). Une régulation étroite de la taille du nuage de mutants est clé pour une pathogenèse efficace : si trop petit, le potentiel adaptatif du virus sera impacté ; au contraire, une quasi-espèce trop grande peut mener à l'accumulation rapide de mutations délétères pour le virus. Alors que la régulation du paysage mutationnel est atteinte grâce à un taux d'erreur de la polymérase viral finement contrôlé, la recombinaison et la réplication des génomes défectifs sont influencés par le potentiel de co-infection des cellules cibles. Dans ce contexte, l'exclusion de la surinfection (ESI), un processus par lequel l'infection par un premier virus inhibe l'infection par un second virus, peut influer le dynamique de la quasi-espèce. Bien que décrite dans la plupart des familles virales, les mécanismes à l'origine de l'ESI restent mal caractérisés. Dans ce travail, je montre que CHIKV exclut une infection future par CHIKV, mais aussi par le virus Sindbis et le virus de la grippe A, mais non par le virus du Nil occidental. Je démontre que l'exclusion de CHIKV se situe au niveau de la pénétration du génome viral dans le cytoplasme, puis de sa réplication, mais n'influence ni l'attachement du virion ni la traduction de son génome. Je montre également que l'ESI est indépendant de l'action des interférons de type I, et qu'elle n'est médiée ni par la transcription cellulaire, ni par un facteur soluble. De plus, l'exclusion n'est pas due à une unique protéine virale, suggérant un potentiel rôle de la réponse cellulaire à l'infection.Déterminer l'influence des pressions immunologiques dans l'établissement de la quasi-espèce peut aider à une meilleure compréhension de l'interaction entre évolution virale et réponse immunitaire. Bien que la caractérisation non biaisée des mutations ponctuelles fût le fruit de nombreux travaux, les GVD restent peu caractérisées, en particulier chez les alphavirus. Dans la deuxième partie de ce travail, je développe des outils bio-informatiques pour isoler rapidement les GVD de données de séquençage à haut débit, et analyse les avantages et les inconvénients d'un ajout d'une étape de pré-amplification pour détecter et quantifier les GVD. À l'aide de ces outils, je fournis ensuite la première description complète des GVD produits par des passages séquentiels de CHIKV en culture cellulaire. En particulier, je montre que le type de GVD générés est très dépendants du type cellulaire, avec des motifs de séquences et des cadres de lecture ouverts différents lorsque les cellules hôtes sont des cellules de mammifère ou d'insecte. Ces résultats soulignent le role de l'environnement cellulaire dans le modelage de la quasi-espèce, et des GVD en particulier. Des travaux futurs aideront à dévoiler les mécanismes sous-jacents à cette interaction et pourraient permettre la conception de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant les dynamiques des quasi-espèces. / Arboviruses such as chikungunya virus (CHIKV) are responsible for millions of yearly infections, with no approved vaccines and limited treatments. Because they circulate between mosquitoes and humans, their fast adaptation potential to different hosts is key to pathogenesis. To achieve genome diversification, they rely on the error-prone nature of their self-encoded RNA-dependent RNA polymerase, which quickly generates a cloud of mutants, termed quasispecies. Quasispecies contain not only mutated genomes, but also shuffled genomes of different parental origin (through a process known as recombination), as well as genomes with large deletions, unable to replicate without the co-infection with a full-length helper genome, and thus termed defective viral genomes (DVGs). A tight regulation of the mutant cloud size is key to pathogenesis: if too small, it will limit the adaptation potential of the virus, whilst too big a quasispecies may lead to the fast accumulation of deleterious mutations. While regulation of the mutational landscape is achieved through the finely tuned error rate of the viral polymerase, recombination and DVG replication are influenced by the co-infection potential of the target cells.In this context, superinfection exclusion (SIE), a process by which infection by a first virus prevents infection by a second, closely related virus, can regulate quasispecies dynamics. While described in most viral families, mechanisms underlying SIE remain poorly characterised. Here, I show that CHIKV infection excludes subsequent infection by CHIKV, Sindbis virus and influenza A virus, but not West Nile virus. I demonstrate that CHIKV exclusion occurs at two steps, impacting independently viral penetration and replication, but does not directly influence binding, nor viral protein translation. I further show that SIE is interferon independent, and does not rely on host cell transcription nor on soluble cellular factors. Moreover, exclusion is not mediated by the action of a single CHIKV protein, suggesting that a cellular response may be at play. Assessing how different immunological pressures can shape quasispecies landscape may prove useful to a more thorough understanding of the interplay between viral evolution and the immune response. Although the unbiased study of point mutations has received much attention, less is known about the characteristics of DVGs, especially in alphaviruses. In the second part of this work, I develop bioinformatics tools to quickly isolate DVGs from next-generation sequencing data, and assess the advantages and drawbacks of pre-amplification steps to detect and quantify DVGs. Using these tools, I provide the first unbiased description of the DVG landscape generated through serial passaging of CHIKV in cell culture. In particular, I show that the DVG landscape is highly dependent on the cell type, with sequence patterns and open reading frames differing between DVGs generated in mammalian and insect cells. These results highlight the role of the cellular environment in shaping quasispecies, and DVGs in particular. Future work will help uncover the mechanisms underlying this crosstalk and may prove useful for the design of treatments targeting quasispecies dynamics.