Orientador: Edison Barbieri / Resumo: O complexo estuarino de Santos-Cubatão no litoral centro do estado de São Paulo, Brasil, local de extrema importância para a biodiversidade, encontra-se contraditoriamente pressionado pelas atividades antrópicas. O presente estudo teve como objetivo levantar, descrever e analisar quali-quantitativamente a assembleia de avifauna aquática que habita e se utiliza desta região, além de fornecer uma análise de seu status de conservação e indicar espécies com potencial bioindicador para a qualidade do ambiente. Para tal, foi feito um levantamento de dados secundários, provenientes dos âmbitos de Ciência-Cidadã, Licenciamento Ambiental e Pesquisa Científica. Em paralelo, foram coletados dados in situ a partir de dez campanhas mensais (novembro de 2018 a agosto de 2019), pelo método de censo visual por rota aquática na região estuarina dos municípios de Santos e Cubatão. Os dados secundários indicaram um total de 17 trabalhos realizados ao longo de um período de 20 anos, contribuindo com uma listagem de 135 espécies de avifauna aquática distribuídas em 33 famílias e 11 ordens. Apesar da maior contribuição das informações ser proveniente da Pesquisa Científica (117 espécies sendo 22 exclusivas), ressaltou-se a relevância dos dados oriundos da Ciência-Cidadã (108 espécies e 12 exclusivas), possibilitando informações relevantes para estudos relacionados à distribuição, conservação e movimentos migratórios. Ainda que em menor parcela (69 espécies e apenas uma exclusiva), os dados proveni... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Santos-Cubatão estuarine complex on the central coast of the state of São Paulo, Brazil, a site of extreme importance for biodiversity, is contradictorily under pressure from anthropic activities. This study aimed to reserch, describe and analyze qualitatively and quantitatively the water birds assembly that inhabits and uses this region, besides providing an analysis of its conservation status and indicating species with bioindicative potential for the quality of this environment. To this end, a secondary data analysis from the databases of Citizen Science, Environmental Compliance Services and Scientific Research was conducted. At the same time, in situ data were collected from ten monthly campaigns (November 2018 to August 2019) by the visual census method by water route in the estuarine region of the municipalities of Santos and Cubatão. From the secondary data survey, a total of 17 studies over a 20-year period were obtained, contributing to a list of 135 water birds species distributed in 33 families and 11 orders. Despite the major contributions of the information come from the Scientific Research (117 species and 22 exclusive), the relevance of the data from the Citizen Science (108 species and 12 exclusive) was highlighted, providing relevant information for studies related to distribution, conservation and migratory movements. Although in a minor proportion (69 species and only one exclusive), data from the Environmental Compliance Services provide information a... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A bacia do rio Tietê, é a maior região hidrográfica do Estado de São Paulo e possui biodiversidade pouco explorada. Actinomicetos são produtores de moléculas bioativas e são descritas em ambientes aquáticos. O objetivo deste estudo foi caracterizar e identificar actinomicetos isolados da água e sedimento da bacia do rio Tietê. Nove actinomicetos foram isoladas: 6 do gênero Streptomyces e 3 do gênero Micromonospora. Três dos isolados pertencem a novas espécies. Os demais isolados foram identificados como S. bingchenggensis, S. lavendulae, S. humi e S. gancidicus; M. sediminicula e M. tulbaghiae. Todos as linhagens foram capazes de hidrolisar ao menos um dos substratos lignocelulósicos testados. Todos os isolados do gênero Streptomyces apresentaram atividade antifúngica. Com exceção de 2 isolados, todos os isolados apresentaram atividade antibacteriana, inclusive contra bactérias multiresistentes a antibióticos. Os genomas dos isolados foram anotados por RAST e antiSMASH, e apresentaram clusters de PKS do tipo I, II e III, sideróforos, terpenos, NRPS, ectoínas, fenazinas, lantipeptídeos, butirolactonas e bacteriocinas. Todos os isolados deste estudo apresentaram grande potencial biotecnológico, comprovado in silico e in vitro. / The Tietê river basin is the largest hydrographic region of São Paulo and its biodiversity is underexplored. Actinomycetes are known to bioactive molecules, and are described in aquatic environments. The aim of this study was to characterize and identify actinomycetes isolated from water and sediment from the Tietê river basin. Nine strains of actinomycetes were isolated: 6 Streptomyces strains and 3 Micromonospora strains. Three isolates are new species of actinomycetes. The remaining isolates were identified as S. bingchenggensis, S. lavendulae, S. humi and S. gancidicus; M. sediminicula and M. tulbaghiae. All strains could hydrolyse at least one of the lignocellulosic substrates tested. All Streptomyces showed antifungal activity. Except for two strains, all isolates showed antibacterial activity, including against multiresistant bacteria. The genomes of all isolates were annotated by RAST and antiSMASH and showed clusters of: type I, II and III PKS, siderophores, terpenes, NRPS, ectoins, phenazines, lantipeptides, butyrolactones and bacteriocins. All isolates in this study showed a high biotechnological potential, proved by in silico and in vitro methods.

Proechimys is a genus of the family Echimyidae with wide distribution in the Neotropical region. Although it is abundant and widely distributed, this genus is little studied and has its taxonomy and systematics little solved. This lack of knowledge impairs studies in other areas, especially in ecology, since the species are externally similar, becoming the identification in the field and museums more difficult. There are few published studies with morphological and genetic variation, and on systematics of the genus Proechimys. The aim of this Thesis was to propose a phylogeny based on genomic data and to delimit the species of the genus, also using other dataset such as the morphometric, to better understand the diversification and evolution of Proechimys, especially in the Western Amazon. During the Ph.D. project, I identified in morphotypes and geo- referenced the localities of 3,104 Proechimys specimens in 18 museums and collections in Brazil, the USA and England, and evaluated the morphological variation from 22 quantitative characters in 1,503 specimens, and 58 qualitative characters of skull and skin in 315 specimens. In this thesis I will present the morphometric results of 479 adult specimens. The remaining morphometric and morphological data are still being studied for future publications. In addition, I sequenced part of the genome of 278 specimens using the ddRAD-seq technique to evaluate the genetic variation. Chapter 1 is a general introduction in which I presented the taxonomic history of the genus, the current knowledge on the evolutionary history of Proechimys, and remarks on the landscape evolution in Western Amazon. In addition, I discussed on species concepts and Integrative Taxonomy, themes that were addressed in this thesis. In Chapter 2, I proposed a genomic phylogeny based on genomic data, identified the clades and tested whether they could be considered different species based on the multispecies coalescent model for genetic data and Brownian motion for morphometric data. The phylogenetic relationships recovered among Proechimys individuals indicated five main clades within the genus, with statistical support for the recognition of at least 28 lineages at the species level. Proechimys was not recovered as monophyletic, and 12 of the 28 lineages did not correspond to currently valid species; some of them may be new taxa, while others may be revalidations of taxa currently included in the synonymy of valid species. In Chapter 3, I estimated divergence times between the clades and tested Bayesian models of geographic range evolution to indicate ancestral areas for the clades. With these results I created a biogeographic hypothesis for the evolution of Proechimys. The genus origin was estimated in the Miocene and in the Western Amazon. I was able to associate the biogeographic history to the landscape evolution of the Amazon. Diversification within the five main clades occurred in the Pliocene and Pleistocene. In Chapter 4, I evaluated the phylogeographic pattern of three sympatric species of Proechimys from the Western Amazon: : Proechimys brevicauda, Proechimys simonsi and Proechimys steerei. The aim was to test whether these species sharing the same geographic space would also share the same patterns of genetic structure or whether there would be segregation at the microhabitat level that would lead to different phylogeographic patterns. For this I calculated the overlap and similarity among their environmental and morphological hypervolumes, and tested the importance of barriers, the geographic and environmental distance between populations in each species to explain the genetic structure. Each species showed little overlap of the morphological hypervolume, and great overlap in the environmental one. In addition, they presented different genetic structure patterns, showing that even though they are congeners species and occur in sympatry, they may respond differently to landscape evolution, and to environmental changes. In Chapter 5, I present a synthesis of the main conclusions and future perceptives about the study of genus and the implications of my 15 results for the conservation and studies on diversity patterns in the Amazon region. Thus, this Thesis increased the knowledge on factors that lead to the genetic structure of mammalian species in the Amazon, as well as on the evolutionary history of the genus Proechimys and its genetic, morphological and species diversity. These results may support future studies in ecology, conservation biology and also fauna surveys in the Neotropical region. / Proechimys é um gênero da família Echimyidae com ampla distribuição na região Neotropical. Embora seja abundante e amplamente distribuído, este gênero é pouco estudado e tem sua taxonomia e sistemática pouco resolvida. Essa falta de conhecimento dificulta estudos em outras áreas, especialmente em ecologia, uma vez que as espécies são externamente semelhantes, tornando complexa a identificação de indivíduos no campo e nos museus. Existem poucos estudos publicados com variação morfológica e genética, e também sobre a sistemática de Proechimys. O objetivo desta tese foi propor uma filogenia baseada em dados genômicos e delimitar as espécies do gênero, utilizando também outros bancos de dados como o morfométrico, para entender melhor a diversificação e evolução de Proechimys, especialmente na Amazônia Ocidental. Durante o projeto de doutorado, eu identifiquei em morfotipos e fiz o georreferenciamento das localidades de 3.104 espécimes de Proechimys em 18 museus e coleções do Brasil, Estados Unidos da América e Inglaterra, e avaliei a variação morfológica de 22 caracteres quantitativos em 1.503 espécimes, e 58 caracteres qualitativos de crânio e pele em 315 espécimes. Nesta tese eu vou apresentar os resultados oriundos de uma parte dos dados morfométricos, de 479 espécimes adultos. Os demais dados morfométricos e morfológicos ainda estão sendo trabalhados para futuras publicações. Além disso, sequenciei parte do genoma de 278 espécimes usando a técnica ddRAD-seq para avaliar a variação genética. O Capítulo 1 diz respeito a uma introdução geral na qual eu apresentei a história taxonômica do gênero, o conhecimento atual sobre a história evolutiva de Proechimys e fiz um breve comentário sobre a evolução da paisagem da Amazônia Ocidental. Além disso, eu discuti sobre alguns conceitos de espécies e sobre a Taxonomia Integrativa, temas que foram abordados nessa tese. No Capítulo 2, propus uma filogenia para o gênero baseada em dados genômicos, identifiquei os clados e testei se eles poderiam ser considerados espécies diferentes com base no modelo coalescente multiespecífico para dados genéticos e no movimento Browniano para dados morfométricos. As relações filogenéticas recuperadas entre os indivíduos de Proechimys recuperaram cinco grandes clados dentro do gênero, com suporte estatístico para o reconhecimento a nível de espécie de pelo menos 28 linhagens. Proechimys não foi recuperado como monofilético e 12 das 28 linhagens não corresponderam a espécies válidas atualmente; algumas delas podem ser novos táxons, enquanto outras podem ser revalidações de táxons atualmente incluídas na sinonímia de espécies válidas. No Capítulo 3, eu datei os tempos de divergência entre os clados e testei modelos bayesianos de evolução da distribuição geográfica para estimar as áreas ancestrais dos clados. Com esses resultados, eu criei uma hipótese biogeográfica para a evolução do gênero. A origem do gênero foi estimada para o Mioceno, na Amazônia Ocidental e foi possível associar a história evolutiva do gênero com mudanças na paisagem da Amazônia. A diversificação dentro dos 5 principais clados do gênero ocorreu no Plioceno e no Pleistoceno. No Capítulo 4, eu avaliei o padrão filogeográfico de três espécies simpátricas de Proechimys da Amazônia Ocidental: Proechimys brevicauda, Proechimys simonsi e Proechimys steerei. O objetivo foi testar se essas espécies que compartilham o mesmo espaço geográfico, compartilhariam também os mesmos padrões de estruturação genética, ou se haveria uma segregação ao nível de micro-habitat que levaria a diferentes padrões filogeográficos. Para isso eu calculei a sobreposição dos hipervolumes ambiental e morfológicos e testei a importância de barreiras, da distância geográfica e ambiental entre as populações de cada espécie para explicar a estruturação genética. Cada uma das três espécies simpátricas mostrou pouca sobreposição do hipervolume morfológico, e grande sobreposição no ambiental. Cada espécie teve um padrão de estruturação genética diferente, mostrando que mesmo ocorrendo em simpatria e sendo espécies congêneras, elas respondem de 13 formas diferentes à evolução da paisagem e às mudanças ambientais. No Capítulo 5, eu apresento uma síntese com as principais implicações dessa tese para diferentes áreas relacionadas à Ecologia Aplicada e as perceptivas futuras sobre o estudo do gênero. Dessa forma, esta tese ampliou o conhecimento sobre os fatores que levam à estruturação genética de espécies de mamíferos da Amazônia, bem como sobre a história evolutiva do gênero Proechimys e de sua diversidade genética, morfológica e de espe?ies. Estes resultados podem auxiliar trabalhos em ecologia, biologia da conservação e também nos levantamentos de fauna em grande parte da região Neotropical.

Dentre os desafios do cultivo de trigo, encontram-se as doenças fúngicas e a presença de micotoxinas. Estima-se que as perdas anuais nesse setor sejam bilionárias. Além dos prejuízos econômicos, há preocupações quanto a segurança alimentar humana e animal. Com o objetivo de avaliar a micobiota e a ocorrência de micotoxinas em diferentes estádios de maturação do trigo foram realizados estudos morfológicos, utilizando métodos morfológicos clássicos e moleculares, identificação do perfil genotípico dos fungos produtores de tricotecenos, por PCR em tempo real e determinação de deoxinivalenol (DON) e zearalenona (ZEA), utilizando a Cromatografia Líquida de Alta Eficiência acoplada à Espectrometria de Massas (LC-MS/MS). Os dados obtidos também foram correlacionados com os fatores climatológicos. Os resultados revelaram a predominância do gênero Fusarium nas amostras das duas safras, seguido de Alternaria e Epicoccum. A atividade de água média para os dois anos foram, 0,608 e 0,886, consecutivamente. Dentro do gênero Fusarium constatou-se predomínio do complexo de espécies Fusarium graminearum (CEFG), identificando F. graminearum sensu stricto, F. meridionale, F. cortaderiae e F. austroamericanum. Os genótipos dos isolados foram, na sua maioria, 15-ADON para F. graminearum s.s, seguido de NIV para as espécies F. meridionale, F. cortaderiae e F. austroamericanum e 3-ADON para as duas últimas. Por PCR em tempo real, a determinação do genótipo nos grãos de trigo nas safras 2014/15 e 2015/16 demonstraram predomínio de 100% e 93% para 15-ADON, respectivamente. A quantificação de DNA dos isolados do CEFG demostrou que o perfil 15-ADON foi responsável por mais de 95% nas duas safras, com valores irrisórios, menores que 3% para 3-ADON e NIV. Os níveis de contaminação pela micotoxina DON nas amostras foi de 100% nas duas safras, com valores variando entre 24,3 a 5530 &#956g/kg. Para ZEA os valores foram 30% e 96%, nas duas coletas consecutivas, variação entre 26,0 a 4360 &#956g/kg. Ambas as micotoxinas foram detectadas em concentrações acima do limite estabelecido pela legislação brasileira, 3000 &#956g/kg para DON e 400 &#956g/kg para ZEA. Os fatores climáticos obtiveram uma correlação positiva tanto na contaminação fúngica quanto no acúmulo de micotoxinas. Este estudo forneceu novas informações sobre a micobiota natural do trigo brasileiro, em diferentes etapas do cultivo, demonstrando a contaminação por DON e alta frequência de ZEA em amostras do provindas do Paraná. / The fungal diseases and the presence of mycotoxins in cereals cause annually, billionaire losses. In addition, there are concerns about human and animal food safety. Due to the wheat culture relevance in feed and foodstuff, the present work aimed to evaluate mycobiota and the occurrence of mycotoxins in different wheat maturation stages. In order to achieve these objectives, morphologic studies using classic and molecular methods, genotype profile and DNA quantification from trichothecene producers, by real-time PCR and determination of deoxynivalenol (DON) and zearalenone (ZEA), using High Performance Liquid Chromatography coupled to Mass Spectrometry (LC-MS/MS), were done. The obtained data were also correlated with the climatic factors. The results showed the predominance of the genus Fusarium followed by Alternaria and Epicoccum. The average water activity over two years were 0.608 and 0.886, consecutively. Within the genus Fusarium, it was identified a predominance of the Fusarium graminearum species complex (FGSC), identifying F. graminearum sensu stricto, F. meridionale, F. cortaderiae and F. austroamericanum. The genotypes of the isolates were 15-ADON for F. graminearum s.s, followed by NIV for the F. meridionale, F. cortaderiae and F. austroamericanum and 3-ADON for F. cortaderiae and F. austroamericanum. In real-time PCR, the determination of genotype in wheat grains in the 2014/15 and 2015/16 harvests showed a predominance of 100% and 93% for 15-ADON, respectively. The DNA quantification of the FGSC isolates showed that the 15-ADON profile was responsible for more than 95% in both harvests. The levels of DON mycotoxin contamination in the samples were 100%, with values ranging from 24.3 to 5530 &#956g/kg. For ZEA the values were 30% and 96%, in the two consecutive collections, ranging from 26,0 to 4360 &#956g/kg. Both mycotoxins were detected in concentrations above the limit established by Brazilian legislation, 3000 &#956g / kg for DON and 400 &#956g/kg for ZEA. The climatic factors obtained a positive correlation both in the fungal contamination and in the accumulation of mycotoxins. This study provided new information on the Brazilian native mycobiota to different stages of cultivation, demonstrating contamination by DON and high frequency of ZEA in samples from Paraná.

Orientador: José Augusto Senhorini / Resumo: Alterações ambientais provocadas por atividades agropecuárias, barramentos, expansão urbana e poluição figuram entre as principais ameaças à conservação da ictiofauna no País. Na bacia do rio Doce, por exemplo, 9 de suas 70 espécies encontram-se listadas na portaria MMA 445/2014. O rompimento da barragem de rejeitos de mineração de Fundão, ocorrido em 2015, pode ter ocasionado uma piora no estado de conservação de algumas dessas espécies, bem como a inclusão de outras nas categorias de ameaças. Assim, torna-se imperativo a realização de estudos e ações para a conservação desses peixes. Entre as áreas reconhecidas como relevantes para a conservação da ictiofauna do rio Doce destaca-se a bacia do rio Santo Antônio. O presente trabalho teve como objetivo realizar estudos focados em biologia básica e reprodutiva para fornecer subsídios a conservação das espécies ameaçadas de extinção endêmicas da bacia do rio Doce. As coletas foram realizadas no rio Santo Antônio no Município de Ferros – MG. Foram coletados espécimes de Henochilus wheatlandii, Steindachneridion doceanum e Brycon opalinus os quais foram encaminhados ao ICMBio/CEPTA e mantidos em tanques e viveiros com renovação constante de água. Entre as espécies capturadas, H. wheatlandii foi a mais abundante com indicativos de possuir uma população saudável. As demais espécies foram menos abundantes e possivelmente podem estar em declínio na região. Os juvenis de H. wheatlandii se mostram sensíveis a variações de temperatura e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Environmental changes caused by agricultural activities, buses, urban sprawl, and pollution are among the main threats to ichthyofauna conservation in the country, as an example, 9 out of 70 species of the Doce river basin are listed in MMA 445/2014 ordinance. The Fundão mining tailings dam rupture of 2015 may have led to aggravation in the conservation status of some of these species, as well as the inclusion of others in higher threat categories. Thus, it is imperative to develop studies and actions for these fish conservation. Among the areas of Doce river basin that are recognized as relevant for ichthyofauna conservation, Santo Antônio river basin takes a place of highlight. Our work aimed to develop studies focused on species basic reproductive biology to provide support for the conservation of endangered endemic species of the Doce river basin. The collections were done in Santo Antônio river, located in Ferros – MG. Specimens collected of Henochilus wheatlandii, Steindachneridion doceanum, and Brycon opalinus were sent to ICMBio / CEPTA and kept in tanks with constant water renewal. Among the species captured, H. wheatlandii was the most abundant, with indications of having a healthy population. The other species were less abundant and possibly may be declining in the region. The H. wheatlandii juveniles showed to be sensitive to temperature variations and infestation by Ichthyophthirius multifiliis. On the other hand, the adults of the other three species adapted qui... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

CAPES / O Brasil abriga uma das mais ricas avifaunas do mundo, a qual está submetida a altos índices de degradação ambiental, principalmente no que se refere à fragmentação florestal. O bioma Floresta Atlântica retrata esse histórico de devastação e hoje remanesce em paisagens altamente degradadas na forma de pequenos fragmentos isolados. Este projeto teve por objetivo avaliar os efeitos da fragmentação florestal em uma área com remanescentes de Floresta Atlântica no norte do Paraná (Brasil) sobre a distribuição e a organização da assembleia de aves florestais, testando a hipótese de que a organização da assembleia nos fragmentos é diferente daquela esperada ao acaso. Realizamos quatro amostragens qualitativas da avifauna em três conjuntos de fragmentos florestais na paisagem, cada um com três fragmentos cada: grande, médio e pequeno. Foram duas amostragens entre setembro e novembro/2013 e duas entre março e maio/2014. Em cada amostragem foi aplicado o método de pontos de escuta ao longo de transectos percorridos aleatoriamente, com um esforço amostral de dois dias de observação por fragmento e duas réplicas diárias (6h30 às 10h30 e 15h00 às 19h00), respeitando os horários de maior atividade das aves. A estrutura da assembleia foi avaliada por índices de coocorrência de espécies (Checkerboard e CScore) e padrões de diversidade α (riqueza) e β (turnover de espécies), enquanto a estrutura da paisagem foi analisada a partir dos parâmetros: área, distância entre os fragmentos, dimensão fractal, densidade de borda, índice de forma do fragmento e índice de área nuclear. A hipótese nula de ausência de estrutura na assembleia de aves na paisagem foi testada com modelos nulos a partir dos índices de coocorrência. Os efeitos da estrutura da paisagem sobre a estrutura da assembleia foram analisados pelo teste de Mantel e análise de componentes principais (PCA). A estrutura da assembleia na paisagem apresentou um padrão de organização espaço-temporal significativamente diferente daquele esperado ao acaso, revelando uma estruturação mais influenciada pela segregação entre as espécies. Os fragmentos apresentaram diferenças significativas quanto à riqueza, ao contrário dos conjuntos de fragmentos, indicando relativa homogeneidade na estrutura da paisagem. As diferenças entre os tamanhos e a distância entre os fragmentos influenciaram significativamente os padrões de organização da assembleia de aves florestais na paisagem e os padrões de diversidades α e β, indicando que quanto maiores os fragmentos e menores as distâncias entre eles, mais o padrão de coocorrência entre as espécies é diferente do esperado ao acaso. A partir dos resultados encontrados foi possível inferir que a paisagem fragmentada de remanescentes de Floresta Atlântica do norte do Paraná ainda apresenta disponibilidade de recursos ambientais e características físicas que permitem a persistência de uma estrutura de organização da assembleia de aves florestais no espaço ao longo do tempo. / Brazil is home to one of the richest avifaunas the world, which is subject to high levels of environmental degradation, in particular forest fragmentation. The Atlantic Forest biome depicts this history of devastation and today remains as small isolated fragments on highly degraded landscapes. This project aimed to evaluate the effects of forest fragmentation in an area with Atlantic Forest remnants in northern Paraná (Brazil) on the distribution and the organization of assemblage of forest birds and tested the hypothesis that the structure of the assembly in the fragments is different than expected by chance. We did four qualitative samplings of birds in three sets of forest fragments in the landscape, each with three fragments: large, medium and small. The method applied in the sampling was point counts along transects, traveled randomly for four hours in each fragment. Samples were taken in two periods: from September to November / 2013, and between March and May / 2014. The structure of the meeting was assessed by rates of co-occurring species (Checkerboard and CScore) and α diversity patterns (wealth) and β (turnover of species), while the landscape structure was analyzed from the parameters: area, distance between fragments, fractal dimension, edge density, fragment shape index and nuclear area index. The null hypothesis of no structure in the assembly of birds in the landscape was tested with null models from the co-occurrence indexes. The effects of landscape structure on the assembly of the structure were analyzed by the Mantel test and principal component analysis (PCA). The assembly of the structure in the landscape showed a pattern of spatiotemporal organization significantly different from that expected by chance, revealing a structure most influenced by segregation of the species. The fragments showed significant differences in richness, unlike sets of fragments, indicating relative homogeneity in the landscape structure. The differences between the size and the distance between the fragments significantly influenced the patterns of organization of the meeting of forest birds in the landscape and patterns of α and β diversity, indicating that the higher the fragment and smaller distances between them, more the standard of species cooccurrence is different than expected by chance. Thus, the fragmented landscape of remnants of the northern Paraná Atlantic Forest still has availability of environmental resources and physical characteristics that allow a persistent organizational structure of the assembly of forest birds in space over time.

A fragmentação das formações naturais e a degradação de habitats provocados pela intervenção antrópica têm gerado uma grande perda de biodiversidade. Para mitigar esses impactos, faz-se necessária a implantação de ações de restauração em áreas historicamente degradadas. Esta dissertação visa testar o uso da técnica de semeadura direta de espécies de recobrimento, que é indicada como uma técnica prévia e complementar ao plantio de mudas de espécies de diversidade, visando à redução os custos de implantação e manutenção de projetos de restauração ecológica. O experimento avaliou a semeadura de espécies de recobrimento e de adubação verde, como Senna alata (L.) Roxb. e Cajanus cajan cv. BRS Mandarim, visando ao rápido recobrimento inicial de áreas de preservação permanente (APPs) degradadas. Além disso foi testado como técnica alternativa, o plantio de mudas de espécies de diversidade e de recobrimento junto à semeadura direta de Leucena - Leucaena leucocephala (Lam.) de Wit.: cv. Cunningham, nas entrelinhas. O estudo foi desenvolvido em APPs degradadas na Usina São Manoel e na Usina São João, no estado de São Paulo. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados, com 16 parcelas de 30x24m, para cada local. Nessas parcelas foram estabelecidos 3 tratamentos (T1, T2, T3) e um controle (T4) a saber: T1) semeadura direta em covas da espécie de recobrimento Senna alata (L.) Roxb. (3 sementes por cova) consorciada com plantio de mudas de espécies de diversidade (20 espécies com 3 indivíduos cada uma); T2) semeadura direta em covas da espécie de recobrimento Cajanus cajan cv. BRS (3 sementes por cova), consorciado com plantio de mudas de espécies de diversidade (20 espécies com 3 indivíduos cada uma); T3) semeadura direta na entrelinha com a espécie de recobrimento de Leucaena leucocephala (Lam.) de Wit. ( (20 sementes por metro linhar) consorciado com plantio de mudas de espécies de recobrimento (5 espécies com 12 indivíduos)e de diversidade (20 espécies com 3 indivíduos cada uma) e T4) Controle, plantio de mudas de recobrimento (5 espécies com 12 indivíduos), consorciado com plantio de mudas de espécies de diversidade (20 espécies com 3 indivíduos cada uma). Foram obtidos dados de diâmetro, altura, cobertura de copa, cobertura de gramíneas, mortalidade das mudas, área basal e densidade em duas avaliações, no período de 12 meses. Além disso, os custos operacionais de cada tratamento foram registrados e monitorados. Os resultados mostraram que não houve diferenças estatísticas nos descritores de vegetação entre o plantio de restauração convencional e o uso de semeadura direta para recobrimento. No entanto, foi verificado que, com o uso de semeadura direta, os custos de operações de plantio semi-mecanizado e de replantio são reduzidos pela metade, o que comprova a vantagem dessa técnica. Ainda convém ressaltar que estudos futuros devam ser feitos uma vez que o período de avaliação de 12 meses é considerado muito curto, portanto os resultados são ainda incipientes. / The fragmentation of natural formations and the extinction of habitats caused by human intervention have generated a great biodiversity loss. To mitigate these impacts, it is necessary to implement the restoration activities in historically degraded areas. This dissertation tries to test the use of direct seeding technique indicated as a complementary and preview one to seedling planting with species of diversity aiming lower costs of deployment and maintenance of ecological restoration projects. The objective of this experiment is to evaluate the seeding use of green manure species with the legume shrubby species Senna alata (L.) Roxb Cajanus cajan cv. BRS Mandarim aiming the fast initial covering in permanent preservation areas degraded in agriculture environment. Besides, as complementary technique of the seedling plantings of diversity and coverage species, direct seedling Leucaena leucocephala (Lam.) de Wit.: cv. Cunningham, between the lines was tested. The study was developed in permanent preservation areas degraded in two different places at São Manoel mill, in São Manoel town and at Sao João mill in Araras town in the state of São Paulo. The used experimental design was randomized blocks design with sixteen plots of 30x24m for each local. In these plots, three treatments were established (T1,T2,T3) and a control (T4): T1) direct seedling in pits of covering Senna alata (L.) Roxb. (three seeds per hole) along with the seedling planting of diversity species (twenty species with three items of each one); T2) direct seedlings in pits of covering Cajanus cajan cv. BRS (3 seeds for hole), along with the seedlings plantings of diversity species ( twenty species with three items of each one); T3) direct seedling of covering Leucaena leucocephala (Lam.) de Wit. (twenty seeds per meter) along with the seedling planting of diversity species ( twenty species with three items of each one) and covering ( five species with twelve items) and T4) control, the planting of covering seedling (five species with twelve items), along with the seedling planting of diversity species (twelve species with three items of each one). Data of diameter, height, canopy covering, grass covering, seedling mortality, basal area and density have been gotten in two assessments in 12 months. In addition, operating costs per treatment were recorded and monitored. The results showed that there were no statistical differences in the descriptors in vegetation between the conventional restoration planting and the use of direct seedling for recovering, therefore, it was observed that the costs of semi-mechanized planting operations and the replanting are reduced to half cost using the direct seedling, proving the advantage of this technique. It is also important to mention that the future studies must be performed once the period of twelve month evaluation is considered very short, therefore the results are still incipient.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissEMS.pdf: 3165612 bytes, checksum: 5b8faf93a6bcf389405ae12de61bd8ff (MD5) Previous issue date: 2005-02-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / In this work the efficiency of three traditional methods of collection of insects were analyzed and tested (Malaise trap, Moericke trap and "sweepings" of the vegetation) for studies of the subfamília Hormiinae and, separately, for the six more abundant sorts in the collections (Allobracon Gahan, 1915; Aspilodemon Fischer, 1968; Hormius, Nees, 1818; Pambolus Haliday, 1836; Pseudorhysipolis Scatolini & Penteado-Dias, 2002, and Rhysipolis Förster, 1862). The relation of this efficiency ea biology of the sorts briefly is argued. The technique of "sweepings" of the vegetation was the method most efficient for specimen collection of the majority of the sorts. The theories regarding the distribution of the species in a latitudinal gradient are argued on the basis of specimen samples of a subfamily of parasitoid insects, that seem to constitute an exception to the classic standard of distribution of the largest part of the organisms. The importance to consider the biology of the organisms and regional variables is pointed out. The gotten results corroborate with the consulted works and the hypotheses of geometric limits, energy of the environment and spalling of resources. Twelve new species and new occurrences for three sorts and two species for Brazil are cited. The distribution of the species in the points of collection and the South America is told and illustrated. The potential of new species is briefly commented with approach in the main sorts and also in the Northeast Region. Twelve new species of Allobracon Gahan, 1915 (Hymenoptera: Braconidae) are described and illustrated. All species described were collected in Brazilian Atlantic Forest. A key to species is added. / Neste trabalho foram analisadas e testadas a eficiência de três métodos usuais de coleta de Hymenoptera (armadilha Malaise, armadilha Moericke e varredura da vegetação) para estudos da subfamília Hormiinae e, separadamente, para os seis gêneros mais abundantes nas coletas (Allobracon Gahan, 1915; Aspilodemon Fischer, 1968; Hormius, Nees, 1818; Pambolus Haliday, 1836; Pseudorhysipolis Scatolini & Penteado-Dias, 2002, e Rhysipolis Förster, 1862). A relação dessa eficiência ea biologia dos gêneros é brevemente discutida. A técnica de varredura da vegetação foi o método mais eficiente para coleta de espécimes da maioria dos gêneros. As teorias a respeito da distribuição das espécies em um gradiente latitudinal são discutidas com base em amostras de espécimes de uma subfamília de insetos parasitóides, que parecem constituir uma exceção ao padrão clássico de distribuição da maior parte dos organismos. A importância de considerar a biologia dos organismos e variáveis regionais é salientada. Os resultados obtidos corroboram com os trabalhos consultados e com as hipóteses de limites geométricos, energia do ambiente e fragmentação de recursos. São citadas 12 novas espécies e novas ocorrências para três gêneros e duas espécies para o Brasil. A distribuição das espécies nos pontos de coleta e na América do Sul é relatada e ilustrada. A possibilidade de novas espécies é brevemente comentada com enfoque nos principais gêneros e também na Região Nordeste. Doze novas espécies do gênero Allobracon Gahan, 1915 (Hymenoptera: Braconidae) são descritas e ilustradas. Todas as espécies descritas nesse trabalho foram coletadas na Mata Atlântica strictu sensu do Brasil. Uma chave para espécies é incluída.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this study was to evaluate the effect of rotational grazing on the floristic composition and structure of a natural grassland of Pampa biome. The study comprises the periods of spring / summer of three years (2011, 2012 and 2013) in an experimental site at Depressão Central of Rio Grande do Sul state. Treatments were two rest intervals under rotational grazing, 375 degree days (DD) and 750 degree-days (DD), the experimental design was randomized blocks with three replications, with repeated measures over time. The blocking factor was the proportion of the top, slope and lowland relief at each repetition. Records were analyzed as a three-year data base and subjected to ordination analysis and randomization testing using MULTIV software. There was no significant difference for the variables assessed over the three assessment periods. The evaluated rest intervals on rotational grazing didn t affect structure and floristic composition of a natural grassland during the spring / summer over the three years of evaluation. / O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do pastoreio rotativo sobre a composição florística e estrutural de uma pastagem natural do Bioma Pampa. O trabalho compreende avaliações referentes aos períodos de primavera/verão de três anos (2011, 2012 e 2013) em área experimental na Depressão Central do Estado do Rio Grande do Sul. Os tratamentos foram dois intervalos de descanso sob pastoreio rotativo, 375 graus dia (GD) e 750 graus dias (GD), em delineamento experimental de blocos casualizados, três repetições, com medidas repetidas no tempo. O fator de bloqueamento foi a proporção dos relevos topo, encosta e baixada em cada repetição. Os dados foram analisados como um conjunto de três anos de avaliações e submetidos à análise de ordenação e testes de aleatorização utilizando o software MULTIV. Não houve diferença significativa para as variáveis avaliadas ao longo dos três períodos de avaliação. O pastoreio rotativo com os intervalos de descanso avaliados não alterou a composição florística e estrutural de uma pastagem natural no período de primavera/verão ao longo dos três anos de avaliação.

The additive partition diversity has been a promising method to analyze patterns of diversity in hierarchical studies. Streams are recognized for having a spatial structure hierarchically organized in increasing scales, ranging from places such as habitat, stretch, streams and the entire drainage system. The diversity and spatial distribution of mayfly nymphs communities were studied over four hierarchical spatial scales in Planalto Sul-rio-grandense (sampling units, substrates, streams and basin). Additionally, the influence of local environmental descriptors on the structure of the nymphs communities was tested. Samples were collected in 13 streams of two independent parts of the Planalto Sul-rio-grandense, in each stream were obtained 10 samples in falls five in stone substrate and five in leaves. The spatial distribution of mayfly nymphs showed structuring according to types of substrates sampled. The partitioning of diversity among the analyzed scales revealed that the major portion of beta diversity occurred between the sampling units and between the streams of the same dimension and a very small amount in the range of substrate. Thus, we assume that the fauna of aggregation in the smaller spatial scale was not due to substrate differences associated with rapid but the variation between rapids, reflecting the predominance of specific processes related to the availability of resources. We assume also that the nymphs of ephemeral not have barriers to the use at these substrate, which could actively move between the rapids of streams. In addition, the diversity that occurs between streams of the same part, can be attributed to local characteristics of each stream, such as slope, conductivity and current velocity. Finally, three environmental descriptors (altitude, slope, and dissolved oxygen) were important to structure the mayfly community at the streams of Planalto Sulriograndense. We conclude that the scales from rapids (sampling units) and between streams are scales that have the largest portion of the variability of the taxonomic composition showing to be more effective in assessing the spatial variation of mayfly nymphs communities. / A partição aditiva da diversidade vem sendo um método promissor para analisar padrões de diversidade em estudos hierárquicos. Riachos são reconhecidos por apresentarem uma estrutura espacial organizada hierarquicamente, em escalas crescentes, variando desde locais, como habitat, trecho, riachos e toda a rede de drenagem. A diversidade e distribuição espacial das comunidades de ninfas de Ephemeroptera foram estudadas ao longo de quatro escalas espaciais hierárquicas no Planalto Sul-rio-grandense (unidades amostrais, substratos, riachos e bacias). Adicionalmente, a influência de descritores ambientais locais sobre a estrutura das comunidades das ninfas foi testada. As coletas foram realizadas em 13 riachos de duas bacias independentes do Planalto Sul-rio-grandense, em cada riacho foram obtidas 10 amostras em corredeiras, cinco em substrato de pedras e cinco em folhas. A distribuição espacial das ninfas de Ephemeroptera não mostrou estruturação segundo os tipos de substratos amostrados em corredeiras de riachos. A partição da diversidade entre as escalas analisadas revelou que a maior porção da diversidade beta ocorreu entre as unidades amostrais e entre os riachos da mesma bacia e uma porção muito pequena na escala de substrato e de bacia. Dessa forma, supomos que a agregação da fauna na menor escala espacial não foi devido à diferença de substrato, mas a variação entre corredeiras, refletindo a predominância de processos pontuais relacionados à disponibilidade de recursos. Supomos ainda, que as ninfas de efêmeros não encontram barreiras para a utilização desses substratos, as quais poderiam se deslocar ativamente entre as corredeiras de riachos. Adicionalmente, a diversidade que ocorre entre os riachos de uma mesma vertente, pode ser atribuída as características locais de cada riacho, tais como declividade, condutividade e velocidade da correnteza. Por fim, três descritores ambientais (altitude, declividade e oxigênio dissolvido) foram importantes para estrutura da comunidade de Ephemeroptera em riachos do Planalto Sul-riograndense. Concluímos que as escalas entre corredeiras (unidades amostrais) e entre riachos são escalas que detêm a maior porção da variabilidade da composição taxonômica evidenciando-se mais efetivas na avaliação da variação espacial das comunidades de ninfas de Ephemeroptera.