Submitted by PRISCILA LUIZA MELLO (priscila_mello@msn.com) on 2017-06-13T15:16:16Z No. of bitstreams: 1 Tese Priscila Luiza Mello - versao final.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-13T17:37:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mello_pl_dr_bot.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T17:37:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mello_pl_dr_bot.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mastite é considerada um grande problema na pecuária leiteira e o uso frequente de antimicrobianos contribui para o aumento da pressão seletiva de micro-organismos resistentes aos principais fármacos. A Organização Mundial da Saúde Animal tem alertado para o risco da resistência antimicrobiana resultante do uso indevido de antimicrobianos no tratamento de animais doentes. O presente trabalho tem como objetivos identificar e caracterizar o perfil clonal, bem como os fatores de virulência e de resistência aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados do leite de bovinos com mastite subclínica de várias regiões do Brasil. As amostras foram concedidas pela Embrapa Gado de Leite, provenientes de 6 estados brasileiros, incluindo Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Minas Gerais, São Paulo e Pernambuco. Foram incluídas 181 amostras de Staphylococcus spp. no estudo. A identificação fenotípica revelou um total de 82 (45,3%) Staphylococcus aureus e 99 (54,7%) Staphylococcus coagulase negativa (CoNS). Destes, a espécie mais isolada foi S. chromogenes com 27 (14,9%) amostras, seguido de S. epidermidis com 26 (14,3%). Realizou-se a confirmação genotípica utilizando a técnica Internal Transcribed Spacer - PCR (ITS-PCR) de todas as amostras, demonstrando um total de 98% de concordância com o teste fenotípico. Quanto à determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), S. aureus revelou 99% de sensibilidade à oxacilina, enquanto os CoNS apresentaram 32% de resistência à esse antimicrobiano. Já para a vancomicina, todas as amostras foram sensíveis, apresentando apenas susceptibilidade reduzida pelo método de triagem, onde 13 amostras cresceram em BHI ágar com concentrações de 4μg/mL e 6 μg/mL de vancomicina. Com referência à produção de beta-lactamase foi possível observar que 96% das amostras de Staphylococcus spp. foram positivas. O gene mecA foi detectado em 8 amostras, todas do grupo CoNS e a tipagem do SCCmec revelou isolados do tipo I e tipo IV. Nas amostras em que não foram encontrados o gene mecA, foi realizada pesquisa do mecA homólogo (LGA251) e um total de 12 amostras apresentaram um produto de PCR com tamanho semelhante ao esperado para o gene mecC. No entanto o sequenciamento das amostras revelou similaridade de 99% com um gene ancestral do mecA. Através da técnica de PCR foram pesquisados os genes do operon ica responsáveis pela produção de biofilme,sendo detectados o gene icaA em 79 amostras (43,6%), o icaB em 24 (13,2%), o icaC em 57 (31,4%) e o icaD em 127 (70,1%). O gene bap foi detectado em 66 amostras (36,4%), enquanto o gene bhp foi encontrado apenas em 9 (4,9%) amostras de S. epidermidis. Já os ensaios de expressão por RT-qPCR comprovaram a expressão do gene icaA em 60 amostras (33%) do icaB em 6 (3,3%), do icaC em 26 (14,3%) e do icaD em 80 (44%). Quanto aos genes de enterotoxinas, o estudo revelou o gene sea como o mais frequente, sendo detectado em 18,2% das amostras, o gene seb em 7,7%, o sec em 14,9%, o sed 0,5%, o see em 8,2%, o sei em 6,6%, e o ser em 1,6%. Os genes ses, set e tst não foram detectados em nenhuma das amostras. A tipagem do perfil clonal das amostras pela técnica de Pulsed Field Gel Electrophoresis permitiu a identificação de oito clones de S. aureus que incluíram simultaneamente, ≥3 amostras, com similaridade ≥80%. Em relação às outras espécies estudadas, houve a formação de três grupamentos para a espécie S. chromogenes, enquanto para S. epidermidis quatro clusters foram detectados. Já ao analisar S. saprophyticus, foi possível observar apenas um grupamento. Quanto ao Multilocus Sequence Type (MLST) para o sequenciamento dos sete genes housekeeping, os ST prevalentes em S. aureus foram ST126 e ST1 enquanto em S. epidermidis, os ST foram todos distintos. / Mastitis is considered a major problem in dairy farming and the frequent use of antimicrobials contributes to increased selection pressure of resistant micro-organisms to the main drugs. The World Organisation for Animal Health are aimed at the protection of animal and human health against the risk of antimicrobial resistance resulting from the treatment of sick animals. This study aims to identify and characterize the clonal profile and the virulence as well as the virulence factors and the antimicrobial resistance to Staphylococcus spp. isolated from bovine milk with subclinical mastitis from several regions of Brazil. The samples were provided by Embrapa Gado de Leite (Embrapa Dairy Cattle), from 6 Brazilian states, including Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Minas Gerais, São Paulo and Pernambuco. A total of 181 samples of Staphylococcus spp. were included in the study. Phenotypic identification revealed a total of 82 (45.3%) Staphylococcus aureus and 99 (54.7%) Coagulase-Negative Staphylococci (CoNS) and, of these, the most isolated species was S. chromogenes with 27 (14.9%) samples, followed by S. epidermidis with 26 (14.3%). We realized the genotypic confirmation by using the technique Internal Transcribed Spacer - PCR (ITS-PCR) of all samples, demonstrating a total of 98% of concordance with the phenotypic test. As for the determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC), S. aureus showed 99% of susceptibility to oxacillin, while CoNS showed 32% resistance to this drug. As for vancomycin, all samples were susceptible, by displaying only reduced susceptibility screening method, where 13 samples grown on BHI agar at concentrations of 4μg/mL and 6 g/mL of vancomycin. With reference to the production of beta-lactamase was observed that 96% of Staphylococcus spp. strains were positive. The mecA gene was detected in 8 samples, all of CoNS group and typing of isolates revealed SCCmec type I and type IV. In the samples that were not found mecA gene, an homologous mecA (LGA251) survey was conducted and a total of 12 samples showed a PCR product with size similar to that expected for mecC gene. However, the sequencing of the samples revealed a similarity of 99% with an ancestral gene mecA. Through PCR technique were investigated genes of the ica operon responsible for the production of biofilm, being detected icaA gene in 79 samples (43.6%), the icaB in 24 (13.2%), icaC in 57 (31 , 4%) and icaD in 127 (70.1%). The bap gene was detected in 66 samples (36.4%), while bhp gene was found only in 9 (4.9%) samples of S. epidermidis. Yet, the expression assays by RT-qPCR demonstrated the expression of icaA gene in 60 samples (33%), of icaB 6 (3.3%) of icaC in 26 (14.3%) and icaD 80 (44 %). As for enterotoxin genes, the study revealed the sea gene as the most frequent, being detected in 18.2% of samples, the seb gene in 7.7%, sec in 14.9%, sed 0.5% , see in 8.2%, sei at 6.6% and the ser in 1.6%. The ses, set and tst genes were not detected in any of the samples. The typing of clonal profile of the samples by the Pulsed Field Gel Electrophoresis technique, permitted the identification of eight clones of S. aureus, included both ≥3 samples, with ≥80% similarity. For the other species studied, there was the formation of three groups for the S. chromogenes species, while for S. epidermidis, four clusters were detected. Have to analyze S. saprophyticus, we observed only one grouping. As for the Multilocus Sequence Type (MLST) that is the sequencing of seven housekeeping genes, the ST prevalent in S. aureus were ST126 and ST1 while in S. epidermidis, the ST were all different. / FAPESP: 2012/24135-0

Orientador: Ana Maria Centola Vidal / Banca: Andréia Cristina Nakashima Vaz / Banca: Karina Paes Bürger / Resumo: A criação racional de peixes desempenha um importante papel na economia brasileira e a existência de áreas de lazer para a população acaba promovendo a pesca como uma atividade esportiva, recreativa ou de caráter cultural para a região. Porém, as negligências sanitárias nos pesque-pague aumenta a possibilidade de veiculação de doenças transmitidas pela ingestão desses peixes. Há ainda a preocupação quanto aos antimicrobianos, pois o uso indiscriminado e/ou errôneo destes favorece a seleção de micro-organismos resistentes. Com base nos fatos mencionados o presente estudo teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica e verificar o perfil de sensibilidade antimicrobiana dos isolados de tilápia (Oreochromis spp.) oriundas de pesqueiros da microrregião centro-leste do Estado de São Paulo, Brasil. Para tanto, verificou-se o atendimento as exigências microbiológicas da legislação vigente - RDC n°12/ANVISA - para pescado fresco (peixe inteiro e filés), além da enumeração de coliformes termotolerantes e verificação da presença de Listeria spp., bem como avaliar a sensibilidade antimicrobiana dos isolados. Foram realizadas nove colheitas, quinzenalmente, em dois pesque-pague (Azul e Vermelho) e após o abate e filetagem no próprio estabelecimento, os 18 peixes inteiros e os 18 filés foram transportados para o laboratório para análises, durante o período de setembro/2014 a fevereiro/2015. Os resultados mostraram que, de acordo com a legislação vigente, apenas 11 (30,55%) amostras... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The creation of fish plays an important role in the brazilian economy and the existence of recreational areas for the population ends up promoting fishing as a sport activity, recreational or cultural character to the region. However, health oversights in fish-pay increases the possibility of airing of diseases transmitted by ingestion of these fish. On the basis of the facts mentioned, this study aimed to assess the microbiological quality and check the profile of antimicrobial sensitivity of isolated from tilapia (Oreochromis spp.) from fishing grounds of east-central microregion of the State of São Paulo in Brazil. For both, it was found the microbiological requirements of care legislation - RDC n° 12 ANVISA - for fresh fish (whole fish and fillets), in addition to the enumeration of coliforms termotolerantes and checking for the presence of Listeria spp., as well as assess the antimicrobial sensitivity of isolated. Nine crops were held, biweekly, in two fish-pay (Blue and Red) and after slaughter and filleting at the establishment, the 18 whole fish and fillets 18 were transported to the laboratory for analysis during the period of setembro/2014 since fevereiro/2015. The results showed that, in accordance with the current legislation, only 11 (30.55%) samples meet the established, being the only fillet samples 4 (22.23%) obtained from Blue fish-pay and 3 (16.67%) of Red would be considered fit for consumption; to whole fish samples, none of the net pay was fit for consump... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fernando Antônio de Ávila / Banca: Patrícia Amoroso / Banca: Branca Maria de Oliveira Santos / Banca: Ruben Pablo Schocken-Iturrino / Banca: José Moacir Marin / Resumo: Foram coletadas 143 amostras de mãos de humanos e camas hospitalares, através de suabes em caldo BHI (Brain Heart Infusion), em um Hospital Escola de Ribeirão Preto, SP. Este trabalho teve como objetivo caracterizar as cepas de Staphylococcus sp e verificar o grau de similaridade genética entre as cepas pelo RAPD-PCR e analisar o perfil de resistência a diversos antimicrobianos. As amostras coletadas foram incubadas a 37º C por 24 horas e após este período as culturas foram semeadas em placas de Petri contendo agar "Staphylococcus Médium 110". As colônias típicas do gênero Staphylococcus foram coletadas e estocadas a 4º C até o momento de elaboração das provas de produção de catalase e coagulase, fermentação do manitol, DNAse e hemólise. As cepas isoladas foram analisadas através da técnica de RAPD-PCR para verificar o grau de similaridade. A sensibilidade das cepas isoladas foi testada frente a 11 diferentes antibióticos. Foram isoladas 92 cepas de Staphylococcus sp sendo 67 (72,8%) cepas de Staphylococcus coagulase negativas e 25 (27,2%) cepas de Staphylococcus coagulase positivas. A análise de similaridade mostrou heterogeneidade genética entre as cepas. Foram encontradas oito (8.7%) cepas de Staphylococcus sp resistentes à vancomicina, sendo uma multirresistente a todos os antibióticos. Introduzir medidas de assepsia nas mãos de pessoal e leitos hospitalares e a racionalização do uso indiscriminado de antibióticos muito contribuirá para diminuição das infecções nosocomiais. / Abstract: A total of 143 samples were analyzed in this study. These included samples from human hands and hospital beds at a Medical Teaching Hospital of Ribeirão Preto, SP. This study aimed to characterize the strains of Staphylococcus sp and verify the degree of genetic similarity between the strains by RAPD-PCR and analyse the profile of the various antimicrobial resistance. Swabs samples were collected and cultured in brain heart infusion medium at 37o C for 24 h. Further cultivation was performed on Staphylococcus medium 110 agar plates. Typical colonies representing Staphylococcus genus were collected and stored at 4º C until it was used for identification tests, which included catalase, coagulase and mannitol production, hemolysis and Dnase. Isolates were analyzed by RAPD-PCR to verify similarity level. Antibiotic susceptibility was determined using 11 different antibiotics. A total of 92 Staphylococcus sp strains were isolated, whereas 67 (72.8%) were coagulase-negative Staphylococcus strains and 25 (27,2%) were coagulase-positive Staphylococcus strains. Similarity analysis revealed a great dissimilarity among isolates. High percentage of beta-lactams resistant Staphylococcus sp was found. Eight strains (8.7%) were vancomycin-resistant. A high percentage of multiresistant strains were found. Introduce of good hygiene practices for hands and hospital beds and adequate antibiotic use, may contribute to reduction of nosocomial infection and consequently improved antibiotic treatment response. / Doutor

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Alessandro Lia Mondelli / Banca: Brasilina Campos Salles Cerqueira / Resumo: A infecção do trato urinário (ITU) é uma das infecções mais comuns na prática clínica, sendo S. saprophyticus o segundo agente mais frequente na comunidade. Esse estudo objetivou comparar três métodos fenotípicos de identificação e avaliar o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados de pacientes com ITU. As 101 amostras de estafilococos isoladas foram identificadas pelo disco de novobiocina, Vitek I e método simplificado de provas bioquímicas, utilizando como referência o método genotípico ITS-PCR. A prova da DNAse teve uma boa correlação com a coagulase em tubo, apresentando 100,0% sensibilidade e 97,6% de especificidade. No teste de concordância entre os métodos de identificação, o método simplificado de provas bioquímicas obteve taxas de concordância de 98,0% em relação ao ITS-PCR, enquanto que com o Vitek I foi de 81,2%, e com o disco de novobiocina de 89,1%. O maior percentual de resistência encontrado foi à oxacilina (78,0%) seguido da penicilina (73,0%), sendo todas as amostras sensíveis à vancomicina, linezolida e nitrofurantoina. Os 17 isolados de S. aureus encontrados foram identificados corretamente por todos os métodos e os que carreavam o SCCmec do tipo III foram os que apresentaram maior resistência aos antimicrobianos. Das 18 amostras de estafilococos mecA positivos encontradas neste estudo, 15 (83,3%) foram resistentes aos discos de cefoxitina e oxacilina concomitantemente, além disso foram resistentes também à oxacilina pelo E-test® e pelo Vitek I. Dos 57 S. saprophyticus, 7 (12,3%) foram resistentes ao disco de cefoxitina e nenhum apresentou o gene mecA, enquanto 56 (98,2%) demonstraram resistência ao disco de oxacilina, sendo que todos foram resistentes pelo E-teste® e pelo Vitek I e somente dois apresentaram o gene mecA e carreavam o SCCmec do tipo IV. Em relação aos métodos de detecção... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Urinary tract infection (UTI) is one of the most common infections in clinical practice, and S. saprophyticus is the second most frequent agent in the community. This study aimed at comparing three phenotypic methods to identify and evaluate the sensitivity profile to antimicrobials in Staphylococcus spp. isolated from patients with UTI. The 101 samples of staphylococcus isolated were identified by novobiocin disks, Vitek I and the simplified method of biochemical tests, using the ITS-PCR genotypic method as reference. The DNAse test showed good correlation with tube coagulase, exhibiting 100.0% sensitivity and 97.6% specificity. In the agreement test between the identification methods, the simplified method of biochemical tests showed agreement rates of 98.0% in relation to ITS-PCR, whilst with Vitek I, it was of 81.2%, and with the novobiocin disk, it was of 89.1%. The highest resistance percentage found was to oxacillin (78.0%), followed by penicillin (73.0%), and all samples were sensitive to vancomycin, linezolid and nitrofurantoin. The 17 isolates of S. aureus found were correctly identified by all methods, and those carrying type-III SCCmec showed the greatest resistance to antimicrobials. Of the 18 mecA-positive staphylococcus samples found in this study, 15 (83.3%) were concomitantly resistant to cefoxitin and oxacillin disks. Additionally, they were also resistant to oxacillin by the E-test® and by Vitek I. Of the 57 S. saprophyticus, 7 (12.3%) were resistant to the cefoxitin disk, and none showed the mecA gene, while 56 (98.2%) showed resistance to the oxacillin disk, all of them were resistant by the E-test® and by Vitek I, and only two showed the mecA gene and carried the type-IV SCCmec. As regards the detection methods for oxacillin resistance, the diffusion technique with oxacillin disks, E-test® and Vitek I showed greater sensitivity (94.4%) and lower specificity... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Banca: Patrícia Yoshida Faccioli Martins / Banca: Amanda Keller Siqueira / Banca: Elizabeth Oliveira da Costa Freitas Guimarães / Resumo: Os estafilococos coagulase negativa são patógenos associados a infecções nosocomiais, principalmente bacteremia e sepse. A oxacilina é uma das alternativas de escolha no tratamento das infecções causadas por Staphylococcus spp., contudo, a resistência a esta droga têm se tornado um grande problema nas últimas décadas. O objetivo deste estudo foi caracterizar a sensibilidade à oxacilina em amostras de ECN isoladas de pacientes do Hospital das Clínicas (HC) da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB) por diferentes métodos, determinar a concentração inibitória mínima a antimicrobianos, a triagem de amostras com sensibilidade intermediária à vancomicina e a caracterização do perfil clonal de amostras de MRCoNS isoladas de hemoculturas. Um total de 160 amostras foram analisadas quanto a resistência à oxacilina por meio da técnica de difusão da droga em ágar com disco de oxacilina e cefoxitina, teste de triagem em Ágar Mueller-Hinton com 4 μg/mL de oxacilina e 4% de NaCl, E-test, detecção do gene mecA, e determinação da sensibilidade intermediária a vancomicina em ágar BHI com 4 μg/mL e com 6 μg/mL de vancomicina, além da caracterização do perfil epidemiológico pela tipagem do cassete cromossômico mec (SCCmec) e análise clonal por PFGE de 59 amostras de S. epidermidis e 07 amostras de S. haemolyticus isoladas no período de 2002 a 2009. Um total de 74,4% das amostras foram positivas para o gene mecA. A sensibilidade do método de difusão com disco de oxacilina e da técnica de E-test foi de 99,1% e com especificidade de 90,1%. O disco de cefoxitina apresentou 100% de sensibilidade e a mesma especificidade descrita para o disco de oxacilina. O método de triagem apresentou 94,2% de sensibilidade e a melhor taxa de especificidade com 93,2%. Houve diferença entre as amostras MRCoNS... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Oxacillin is one of the alternatives of choice in the treatment of infections caused by Staphylococcus spp. However, resistance to this drug has become a major problem in recent decades. The aim of this study was to characterize the sensitivity to oxacillin in CNS samples isolated from patients at the School of Medicine University Hospital (HCFMB) - UNESP by different methods, to determine antimicrobial minimum inhibitory concentration, the screening of samples with intermediate sensitivity to vancomycin and characterization of the clonal profile of MRCoNS samples isolated from blood cultures. A total of 160 samples were analyzed for resistance to oxacillin by the drug diffusion technique in agar with oxacillin and cefoxitin, a screening test on Mueller-Hinton agar with 4 μg/mL of oxacillin and 4% NaCl, E-test, mecA gene detection, and determination of intermediate susceptibility to vancomycin in BHI agar with 4 μg/mL and 6 μg/mL of vancomycin, and characterizing the epidemiological profile by typing the cassette chromosome mec (SCCmec) and clonal analysis by PFGE a total of 59 samples of S. epidermidis and 07 samples of S. haemolyticus isolated in the period 2002 to 2009. A total of 74.4% of the samples were positive for mecA. The sensitivity of the oxacillin disk diffusion and E-test technique was 99.1% and specificity 90.1%. The cefoxitin disk showed 100% sensitivity and specificity reported for the same oxacillin disc. The screening method showed 94.2% sensitivity and specificity with the best rate of 93.2%. There were differences between samples when analyzed MSCoNS MRCoNS and the minimum inhibitory concentration (MIC), with higher levels of MIC in the group MRCoNS, and higher rates of multidrug resistance. None of the samples showed resistance or heteroresistant to vancomycin, however, 10 samples grown... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Fabiana Pilarski / Banca: Karina Paes Bürger / Banca: Fernanda de Rezende Pinto / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Resumo: O desenvolvimento da aquicultura ocasionou o aumento da oferta do pescado em comércios varejistas. Entretanto, esse produto requer atenção para que não ocorra contaminação por microrganismos. Assim, o objetivo desta pesquisa foi identificar microrganismos indicadores de qualidade sanitária (Staphylococcus coagulase positivos e Salmonella sp.) e qualidade higiênica (coliformes totais, coliformes termotolerantes e Staphylococcus sp.) em tilápias comercializadas no varejo, além de verificar a ocorrência de Escherichia coli patogênica e Aeromonas sp. Para isso, a colheita da tilápia, na forma de filé e in natura, foi realizada em dez estabelecimentos de municípios da região Nordeste do Estado de São Paulo. Para a caracterização da Escherichia coli patogênica, os genes pesquisados foram: stx1, stx2, eae, eltB, estA, estB, aggR e aafll por PCR multiplex. Além disso, os isolados obtidos de Aeromonas sp. e Escherichia coli foram submetidos ao teste de susceptibilidade a antimicrobianos. Os resultados para Salmonella sp. e Staphylococcus coagulase positivos estiveram de acordo com a legislação brasileira. Entretanto, foram encontradas altas populações de Aeromonas sp., coliformes totais e termotolerantes. A partir das amostras, foi possível obter 216 isolados de Escherichia coli e 96 isolados de Aeromonas sp. Cinco isolados de Escherichia coli apresentaram genes codificadores de fatores de virulência (estA e eae). Em relação aos isolados de Aeromonas sp., as espécies mais frequentes foram Aeromonas trota (50%), Aeromonas veronii biovar sobria (28%) e Aeromonas schubertii (17%). De forma geral, as maiores frequências de isolados resistentes foram observadas para os antimicrobianos ampicilina 10μg, amoxicilina + ácido clavulânico 20μg, cefalotina 30μg, cefoxitina 30μg, cefuroxima 30μg e cotrimozaxol 25μg. Além disso, foi possível observar múltipla resistência entre ... / Abstract: Aquaculture development contributed to increase the fish supply at retail. However, this product requires attention to avoid contamination by microorganisms. The objective of this research was to identify microorganisms that indicate hygienic (Staphylococcus coagulase positive and Salmonella sp.) and sanitary (total coliforms, fecal coliforms and Staphylococcus sp.) quality in tilapia that were sold at retail. In addition, it was verified the occurrence of pathogenic Escherichia coli and Aeromonas sp. the sample included tilapia fillets and in natura that was obtained from ten establishments in São Paulo State, Brazil. For the characterization of pathogenic Escherichia coli, the genes stx1, stx2, eae, eltB, estB, estA, aggR and aafll were studied. In addition, the isolates obtained from Aeromonas sp. and Escherichia coli were tested for antimicrobial susceptibility. The results for Salmonella sp. and Staphylococcus coagulase positive were in accordance with Brazilian regulation. However, we found high populations of Aeromonas sp., total and fecal coliforms. The sample allowed to obtain 216 Escherichia coli strains and 96 Aeromonas sp. strains. Five Escherichia coli strains presented genes that were virulence factors coders (eae and estA). Compared to isolates of Aeromonas spp., the most frequent species were Aeromonas trota (50%), Aeromonas veronii biovar sobria (28%) and Aeromonas schubertii (17%). In general, higher frequency of resistant isolates was observed in antimicrobials ampicillin 10μg, amoxicillin + clavulanic acid 20μg, cephalothin 30μg, cefoxitin 30μg, cefuroxime 30μg and cotrimozaxol 25μg. Moreover, it was possible to observe multiple resistance among isolates. In conclusion, the maintenance of health and hygiene practices both in aquaculture and fish sales is necessary because the presence of pathogenic microorganisms with multiple resistances to antimicrobials tested / Doutor

Orientador: Márcio Garcia Ribeiro / Coorientador: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Antonio Carlos Paes / Banca: Hélio Langoni / Banca: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Nilson Roberti Benites / Resumo: O presente estudo avaliou a qualidade microbiológica, as características físicoquímicas e a presença de resíduos de antimicrobianos em leite de mulheres, vacas e cabras, bem como investigou a multirresistência bacteriana à antimicrobianos e a detecção de genes e produção de toxinas em linhagens de Staphylococcus spp. Foram colhidas 240 amostras de leite de mulheres encaminhadas ao Banco de Leite Humano (BLH) de Botucatu, SP, 200 amostras de leite de vacas com mastite e 200 de vacas sem mastite. Iguais quantidades de amostras de leite foram colhidas de cabras com e sem mastite. Dentre os tetos amostrados de vacas e cabras com mastite, 85,50% e 97,50% respectivamente acusaram mastite subclínica no CMT. A mastite clínica foi observada em 14,50% dos tetos de vacas e 2,50% dos tetos de cabras amostrados. A presença de micro-organismos em leite de vacas e cabras sem mastite foi verificada em cerca de 25,00% das amostras de leite testadas, alertando para a presença de animais portadores de patógenos no rebanho. A acidez dornic do leite de mulheres revelou que 95,42% encontraram-se dentro dos limites aceitáveis pela Rede Nacional de BLH. O aporte calórico do leite humano (LH) apresentou ampla variação nos teores de creme, gordura e valor energético. A acidez dornic do leite de vacas e cabras com e sem mastite apresentaram ampla variação indicando que outros fatores, além da contaminação microbiana do leite, podem interferir nos índices de acidez titulável. Staphylococcus spp. e Enterobacter spp. foram os isolados mais frequentes em amostras de LH. Streptococcus spp., Staphylococcus spp. e Corynebacterium bovis foram os micro-organismos mais comumente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present study evaluated the microbiological quality, the characteristics physicist-chemistries and the presence of antimicrobials residues in milk of women, cows and goats, as well as investigated the bacterial multidrug resistance and the detection of genes and/or toxin production in Staphylococcus spp. strains. Was collected 240 milk samples from women referred to the Human Milk Bank (HMB) in Botucatu, 200 milk samples from cows with mastitis and 200 cows without mastitis. Equal amounts of milk samples were collected from goats with and without mastitis. Among the sampled cows and goats teats with mastitis, 85.50% and 97.50% respectively accused subclinical mastitis on CMT. Clinical mastitis was observed in 14.50% of cows teats and 2.50% of the sampled goats teats. The presence of microorganisms in milk from cows and goats without mastitis was found in about 25.00% of the milk samples tested, warning of the presence of pathogens from animals in the herd. Dornic acidity of woman's milk revealed that 95.42% were within acceptable limits by the National Network of HMB. Calorie intake of human milk (HM) showed wide variation in the amounts of cream, fat and energy value. Dornic acidity of cows and goats milk with and without mastitis showed wide variation indicating that other factors in addition to microbial contamination of milk can interfere with acidity indices. Staphylococcus spp. and Enterobacter spp. were the most frequently isolated in samples of human milk. Streptococcus spp., Staphylococcus spp. and Corynebacterium bovis were the microorganisms most commonly isolated in milk cows with and without mastitis. In milk samples from goats with and without... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jose Luiz Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-21T02:30:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bonetti_FabianaBertoni_M.pdf: 3667680 bytes, checksum: 8accb9a84edb9bec7db89cbf798700d0 (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: Um total de 26 linhagens enterotoxigênicas de Staphylococcus aureus foram caracterizadas utilizando-se os perfis de fragmentos de DNA gerados pela técnica de RAPD por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e os perfis eletroforéticos de proteínas totais obtidos por eletroforese em gel de poliacrilamida contendo SDS (SDS-P AGE). Dezessete linhagens foram isoladas de leite cru de diferentes fazendas do estado de São Paulo, e cinco foram provenientes de presunto adquirido em padarias da cidade de Campinas (SP). As quatro linhagens restantes foram as linhagens 772 (EEA), S6 (EEB), 1230 (EEC) e 1151 (EED) fornecidas pelo Food Research lnstitute - FRI, Madison, USA. Cinco primers compostos de 10 pares de bases foram utilizados para gerar os perfis de fragmentos de DNA, que variaram de 0.5 a 4.0 kb. As 26 linhagens fora;m agrupadas em 2 sub-grupos a um nível de 40% de similaridade, revelando uma variabilidade muito grande entre elas. O perfil eletroforético de proteínas totais permitiu discriminação visual das linhagens, que foram agrupadas em 2 sub-grupos a um nível de similaridade de 90 a 100%. Os resultados deste trabalho revelaram não haver correlação entre as características obtidas pelas duas técnicas (RAPD e SDS-P AGE) e a produção de toxinas. / Abstract: A total of 26 enterotoxigenic strains of Staphylococcus aureus were characterized by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) profiles using polymerase chain reaction (PCR), and by whole-cell protein patterns using sodiurn dodecyl sulfate-polyacrilamide gel electrophoresis (SDS¬P AGE). Seventeen strains were isolated from raw milk, obtained from several farms in the same geographic location in the state of São Paulo, and five strains were isolated from ham bought in different bakeries from Campinas (SP) city. The other four strains were 772 (SEA), S6 (SEB), 1230 (SEC) and 1151 (SED) provided by Food Research Institute- FRI, Madison, USA. Five primers, each one of 10 bp were used to generate the RAPD profiles. The molecular size of the fragments ranged of 0.5 to 4.0 kb. The 26 strains were clustered into two sub-groups at the 400/0 similarity level, this showing a great variability among them. Protein patterns allowed visual discrimination of strains, which were clustered into two sub-groups at the 90 to 100% similarity level. In this study, the results revealed that there is no correlation between the characteristics obtained in these two techniques (RAPD and SDS-P AGE) and the toxin production. / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador : Arnaldo Yoshiteru Kuaye / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-03T09:59:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carvalho_JulianeDoeringGasparin_M.pdf: 594843 bytes, checksum: 414a63903dead405c39fe99e23c36e88 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: o queijo Minas Frescal é um produto obtido a partir da coagulação enzimática do leite pasteurizado. Diferentes procedimentos de fabricação têm sido adotados pelas indústrias de laticínios: o tradicional com adição de cultura lática (CL), a acidificação direta (AO) e a ultrafiltração (UF). Estes queijos apresentam pH e teor de umidade (>55 %) elevados, características que favorecem o desenvolvimento de bactérias patogênicas. A contaminação microbiana de queijos, aliada à grande oferta e ao consumo deste produto, representa um sério risco para a saúde pública. Este trabalho avaliou a influência de diferentes procedimentos de fabricação na qualidade microbiológica de queijos tipo Minas Frescal comercializados no varejo de Campinas. Foram analisadas 31 amostras de queijo Minas Frescal, de cada tipo de processamento, para determinação de: coliformes termotolerantes (45°C), estafilococos coagulase positiva, Salmonella e Usteria monocytogenes; conforme a Resolução - RDC nO12 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária - ANVISA, de 2 de janeiro de 2001. As amostras também foram submetidas às determinações físico-químicas de pH, acidez titulável, atividade de água e umidade. O resultado das análises microbiológicas demonstraram que o número de amostras acima do Limite Máximo Estabelecido pela Legislação - LMEL para coliformes termotolerantes (45°C) foi de 64,5 % para o processamento AO, 29 % para o CL e 9,7 % para o UF. Quanto ao estafilococos coagulase positiva, as amostras CL apresentaram maior percentagem de resultados acima do LMEL (12,9 %) em relação às amostras AD (9,7 %). Foi detectada Usteria spp em 7 amostras AO (22,6 %) e em 4 amostras CL (12,9 %), sendo L. monocytogenes identificada em 3 amostras (42,9 %) do processamento AD positivas para Usteria spp. Não foi isolada SalmoneJ/a em nenhuma das amostras analisadas e as amostras UF não apresentaram estafilococos coagulase positiva e Usteria spp. O maior número de amostras em desacordo com a legislação (71 %) evidenciou a suscetibilidade do processamento AO em relação à contaminação por patágenos. A deficiência na qualidade microbiológica dos queijos Minas Frescal mostrou-se independente do porte da indústria produtora / Abstract: The Minas Frescal cheese is a product obtained trom the enzymatic coagulation of the pasteurized milk. Oifferent processes have been used by dairy industry: the traditional with addition of latic culture (CL), direct acidifrcation (AO) and ultrafiltration (UF). This cheese presents high pH and moisture content (>55 %), characteristics that allow the growth of pathogenic bacteria. The microbial contamination of cheeses, togheter with the great offer and the consumption of these cheeses, represent a serious risk for the public health. This work evaluated the influence of different cheese making processes on the microbial quality of Minas Frescal cheeses comercialized at Campinas market. Thirty one samples of cheese from each process were analyzed for the determination of Fecal coliforms (45°C), Coagulase-positive staphylococci, Salmonella and Usteria monocytogenes; according to the Resolution - ROC - nO12 trom Agência Nacional de Vigilância Sanitária - ANVISA, January 2nd, 2001. The samples were also submitted to physical-chemical determinations of pH, titratable acidity, water activity and moisture content. The microbial results showed that the number of samples above the legal pattern - LMEL - for Fecal coliforms (45°C) was 64,5% for the AO processing, 29% for CL and 9,7% for UF. For the Coagulase-positive staphylococci, the CL samples presented larger percentage of positive results (12,9%) compared to the AO samples (9,7%). Usteria spp was detected in 7 AO samples (22,6 %) and 4 CL samples (12,9 %). L monocytogenes was found in 3 (42,9%) of the positive AO samples for Usteria spp Salmonella was not isolated in the analyzed samples. UF samples did not presented coagulase-positive staphylococci or Usteria spp The larger number of AO samples in disagreement with the legislation (71 %) showed the susceptibility of this process to the contamination by pathogens. The poor microbiological qualitity verifred for the Minas Frescal cheese was indepent of the size of the industry / Mestrado / Mestre em Tecnologia de Alimentos

Determina la resistencia de cepas de Staphylococcus a la meticilina en ambientes intrahospitalarios y ambulatorios. Se recolectaron 254 muestras provenientes de secreciones urocultivos, hemocultivos, líquido pleural y punta de catéter. Realiza la identificación bioquímica correspondiente y determina la susceptibilidad mediante los métodos disolución en agar (MIC) y difusión en agar (Antibiogramas-K-B). Encuentra diferencias altamente significativas de resistencia de cepas de Staphylococcus aureus a la meticilina. Halla mayor frecuencia de Staphylococcus aureus meticilino resistentes (SAMR) intrahospitalarios (67 .2) en relación, a los SAMR ambulatorios (29.3). Los SAMR coagulasa (-) intrahospitalarios presentan mayor frecuencia (42.2) que los SAMR coagulasa (-) ambulatorios (20.5). No se encuentran diferencias estadísticamente significativas entre los métodos MIC y Kirby-Bauer. / Tesis