Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Ciência dos Alimentos. / Made available in DSpace on 2012-10-23T18:39:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A produção de embutidos cárneos destaca-se entre as alternativas econômicas para a região Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul, os quais, na sua grande maioria, são produzidos artesanalmente condimentados e processados conforme as preferências do manipulador, e muitas vezes são influenciadas pela sua origem (descendentes de italianos ou alemães). A fermentação acontece pela ação de uma microbiota natural variável e adaptada às condições ambientais. A qualidade do produto cárneo naturalmente fermentado é influenciada pelo crescimento dessa microbiota típica que geralmente pertence ao grupo de bactérias ácido lácticas (BAL) e grupo de cocos Gram positivos catalase positivo (GCC+) da Família Micrococcaceae (Staphylococcus e Kokuria). O objetivo desta pesquisa foi caracterizar linhagens de Staphylococcus xylosus isoladas de salames artesanais produzidos na região Noroeste do Rio Grande do Sul, estudar algumas propriedades tecnológicas e de segurança e sua viabilidade para uso como cultivo iniciador em embutidos cárneos. Como também, avaliar a ação do cultivo iniciador selecionado quanto às propriedades físico-químicas, microbiológicas e sensoriais em salame tipo Milano. Linhagens nativas de Micrococcaceae foram isoladas de 38 amostras de embutidos artesanais procedentes de 21 cidades da Região Noroeste do Rio Grande do Sul. Depois de isoladas e purificadas foram submetidas aos testes iniciais de coloração de Gram, catalase e coagulase. Em seguida, usou-se o sistema API Staph (BioMérieux) para a caracterização fenotípica e pela técnica de PCR (Reação em cadeia da polimerase) as linhagens foram caracterizadas molecularmente. Atividades tecnológicas foram avaliadas como: efeito da temperatura, pH, concentrações de NaCl, tolerância para NaCl e NaNO2, capacidade para reduzir nitritos, atividade lipolítica e atividade antagonística. A viabilidade das linhagens quanto ao processo fermentativo em caldo e posterior liofilização e armazenamento também foi avaliado. Aspectos relativos à segurança foram observados pela detecção de enterotoxinas. E por fim, foi processado salame tipo Milano inoculado com a linhagem selecionada de S. xylosus U5 isolada de embutidos artesanais para verificar a influência da mesma nas características microbiológicas, físico-quimicas e sensoriais do produto. Dos 89 isolados que apresentaram atividades positiva para catalase e negativa para coagulase, 25 linhagens foram aleatoriamente selecionadas para caracterização fenotípica. Nove dessas linhagens pertencentes à espécie S. xylosus, por API STAPH, apresentaram habilidade para reduzir nitratos e nitritos, crescimento satisfatório das linhagens foi verificado na presença de NaCl, e NaNO2 e atividade de catalase positivo e lipolítica. As linhagens foram ainda avaliadas quanto ao gênero e espécie através da PCR, e duas linhagens foram identificadas como S. xylosus (AD1 e U5). Ambas apresentaram viabilidade para a fermentação e estabilidade no processo de liofilização e armazenamento e reação negativa para enterotoxinas estafilocócicas, ausência de antagonismo para com os patógenos testados, porém apresentou sinergismo com as BAL. As enzimas da linhagem S. xylosus U5 inoculada em salame tipo Milano que mostraram eficiente atividade sob as condições encontradas no produto, foram catalase, nitrito e nitrato redutase, contribuindo para as propriedades físico-químicas e sensoriais do produto. Não houve diferenças significativas na composição geral dos ácidos graxos livres entre as amostras, enquanto os parâmetros de cor foram superiores no salame inoculado e foi o produto preferido pelos degustadores.

Orientador: Vera Lucia Mores Rall / Coorientador: João Pessoa Araujo junior / Banca: Ary Fernandes Junior / Banca: Carlos Henrique Camargo / Banca: José Paes de Almeida Nogueira / Banca: Lina Casale Aragon-Alegro / Resumo: Staphylococcus sp é agente comum da mastite bovina, causando grandes perdas econômicas na pecuária brasileira. Esse micro-organismo possui fatores de virulência bastante conhecidos como a produção de hemolisinas, leucotoxinas e superantígenos como a toxina do síndrome do choque tóxico e enterotoxinas. Além disso, várias espécies de Staphylococcus podem adquirir genes de resistência aos antibióticos β lactâmicos. O objetivo do estudo foi caracterizar molecularmente isolados de Staphylococcus sp provenientes de leite de vacas com mastite clinica e subclínica de várias regiões do estado de São Paulo. Foram realizadas coletas de leite de vacas com mastite clinica e subclínica de diferentes fazendas no estado de São Paulo e realizados testes fenótipicos de resistência a antimicrobianos e de virulência (Toxina de Panton Valentine, sindrome do choque tóxico e toxinas esfoliativas), além de testes moleculares como Pulse Field Gel Eletrophoresis (PFGE), Multiloccus Sequence Typing (MLST) e Spa typing para comparação entre as cepas epidemiologicamente importantes e da tipagem do cromossomo cassette estafilocócico em cepas meticilina reistentes. As cepas resistentes a meticilina apresentaram amplo perfil de resistência e genes de resistência importantes e pouco relatados, sendo observados genes como fexA, lsaE, lnuB. Foram detectados dois novos spatyping (t10852 e t10856), bem como um novo alelo yqiL e um novo ST (2493). Os ECNs apresentaram resistências à maioria dos antibióticos estudados e foi observado a uma deleção no gene ermC, que codifica a resistência à eritromicina. / Abstract: Staphylococcus sp. is the common agent of bovine mastitis, causing big economic losses in Brazilian cattle. This micro-organism have virulence factors have been well known as the production of hemolysin, and leucotoxinas toxin superantigens such as toxic shock syndrome and enterotoxins. In addition, several Staphylococcus species can acquire antibiotic resistance genes β lactamics. The objective of the study is to characterize molecularly Staphylococcus sp. from milk of cows with subclinical mastitis in various regions of the state of São Paulo. Samples were coleted from milk of cows with subclinical and clinical mastitis from different farms in the state of São Paulo. Tests were performed phenotypic antimicrobial resistance and virulence (toxin Panton Valentine, toxic shock syndrome and exfoliative toxins), molecular tests as Eletrophoresis Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multiloccus Sequence Typing (MLST) and spa typing for comparison between epidemiologically important strains, as well as the typing of strains in staphylococcal cassette chromosome methicillin reistentes. Methicillin-resistant strains showed broad resistance profile and resistance genes important and underreported were detected as fexA, lsaE, lnuB. Two new spatyping (t10852 and t10856) were detected as well as a new allele yqiL and a new ST (2493). The ECN showed resistance to most antibiotics and was observed the deletion in ermC gene encoding resistance to erythromycin. / Doutor

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-03. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:45:29Z : No. of bitstreams: 1 000846627_20160603.pdf: 277832 bytes, checksum: 7929d2aee16b712233cb9e7c7ead0ee3 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-06-06T12:04:24Z: 000846627_20160603.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-06T12:05:01Z : No. of bitstreams: 1 000846627.pdf: 1718714 bytes, checksum: 5a4cdc638ab82c0241b5da2de887b8d8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O ácido fusídico é um antimicrobiano esteroide, indicado no tratamento de infecções graves causadas por micro-organismos do gênero Staphylococcus e de outras espécies de bactérias Gram-positivas, incluindo espécies resistentes à penicilina e a outros antimicrobianos. Pesquisas envolvendo o desenvolvimento de métodos analíticos mais práticos são relevantes para otimizar as análises de rotina na indústria farmacêutica e garantir a qualidade do produto comercializado. Desta forma, este trabalho teve como principal objetivo o desenvolvimento de métodos analíticos mais rápidos, seguros para os operadores, econômicos e de fácil execução, em comparação aos métodos descritos na literatura para a determinação do ácido fusídico na forma farmacêutica de creme dermatológico. O ácido fusídico foi analisado quanto às suas características organolépticas e físico-químicas. Também foi realizada análise qualitativa pelo método de espectrofotometria de absorção na região do visível e por cromatografia em camada delgada. Para quantificação do ácido fusídico, foram desenvolvidos e validados dois métodos: método por cromatografia líquida de alta eficiência indicadivo de estabilidade, na faixa de concentração de 5,0 a 95,0 μg/mL, utilizando fase móvel composta por acetonitrila e água (72:28, v/v), pH 3,5 ajustado com ácido acético e comprimento de onda de 210 nm, este método apresentou tempo de retenção médio de 8,12 minutos, exatidão de 101,22% e teor de 104%; ensaio microbiológico pelo método turbidimétrico, na faixa de concentração de 0,25 a 2,25 μg/mL, utilizando caldo casoy e 6% do micro-organismo Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, cuja exatidão e percentual médio foram de 101,95% e 104,60%, respectivamente. Os métodos foram validados de acordo com as diretrizes do ICH e da legislação brasileira e mostraram ser precisos, robustos,... / Fusidic acid is an antimicrobial steroid, indicated in the treatment of serious infections caused by microorganisms of the genus Staphylococcus and other Gram-positive bacteria species, including resistant species to penicillin and other antimicrobials. Research involving the development of more practical analytical methods are relevant to optimize the analysis in the pharmaceutical industry and secure the quality of commercialized product. Thus, this study aimed to develop faster analytical methods, safer for operators, economical and easy to perform, compared to the methods described in the literature for the determination of fusidic acid in the pharmaceutical form of dermatological cream. Fusidic acid was analyzed for its organoleptic and physical-chemical characteristics. Qualitative analysis was performed method by spectrophotometric absorption in the visible region and by thin layer chromatography. For quantification of fusidic acid, were developed and validated two methods: stability indicative method by high performance liquid chromatography, in the concentration range from 5.0 to 95.0 μg mL-1, using mobile phase composed by acetonitrile and water (72:28, v/v), pH 3.5 adjusted with acetic acid and at a wavelength at 210 nm, this method presented average retention time of 8.12 minutes, accuracy of 101.22% and content of 104%; microbiological assay by turbidimetric method, in the concentration range from 0.25 to 2.25 μg mL-1, using casoy broth and 6% of the microorganism Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, whose accuracy and mean percentage were 101.95% and 104.60%, respectively. The methods were validated according to ICH guidelines and Brazilian legislation and shown to be accurate, robust, selective, accurate and equivalent to quantify the fusidic acid, at a significance level of 5%. Thus, both methods can be employed in the analysis of fusidic acid in pharmaceutical form of dermatological cream in the pharmaceutical ... / FAPESP: 13/02861-3

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T21:02:32Z : No. of bitstreams: 1 martins_a_dr_botfm.pdf: 809465 bytes, checksum: acd46a45f4a89f403b3072e0e67dd3d3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os estafilococos coagulase negativa são patógenos associados a infecções nosocomiais, principalmente bacteremia e sepse. A oxacilina é uma das alternativas de escolha no tratamento das infecções causadas por Staphylococcus spp., contudo, a resistência a esta droga têm se tornado um grande problema nas últimas décadas. O objetivo deste estudo foi caracterizar a sensibilidade à oxacilina em amostras de ECN isoladas de pacientes do Hospital das Clínicas (HC) da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB) por diferentes métodos, determinar a concentração inibitória mínima a antimicrobianos, a triagem de amostras com sensibilidade intermediária à vancomicina e a caracterização do perfil clonal de amostras de MRCoNS isoladas de hemoculturas. Um total de 160 amostras foram analisadas quanto a resistência à oxacilina por meio da técnica de difusão da droga em ágar com disco de oxacilina e cefoxitina, teste de triagem em Ágar Mueller-Hinton com 4 μg/mL de oxacilina e 4% de NaCl, E-test, detecção do gene mecA, e determinação da sensibilidade intermediária a vancomicina em ágar BHI com 4 μg/mL e com 6 μg/mL de vancomicina, além da caracterização do perfil epidemiológico pela tipagem do cassete cromossômico mec (SCCmec) e análise clonal por PFGE de 59 amostras de S. epidermidis e 07 amostras de S. haemolyticus isoladas no período de 2002 a 2009. Um total de 74,4% das amostras foram positivas para o gene mecA. A sensibilidade do método de difusão com disco de oxacilina e da técnica de E-test foi de 99,1% e com especificidade de 90,1%. O disco de cefoxitina apresentou 100% de sensibilidade e a mesma especificidade descrita para o disco de oxacilina. O método de triagem apresentou 94,2% de sensibilidade e a melhor taxa de especificidade com 93,2%. Houve diferença entre as amostras MRCoNS... / Oxacillin is one of the alternatives of choice in the treatment of infections caused by Staphylococcus spp. However, resistance to this drug has become a major problem in recent decades. The aim of this study was to characterize the sensitivity to oxacillin in CNS samples isolated from patients at the School of Medicine University Hospital (HCFMB) - UNESP by different methods, to determine antimicrobial minimum inhibitory concentration, the screening of samples with intermediate sensitivity to vancomycin and characterization of the clonal profile of MRCoNS samples isolated from blood cultures. A total of 160 samples were analyzed for resistance to oxacillin by the drug diffusion technique in agar with oxacillin and cefoxitin, a screening test on Mueller-Hinton agar with 4 μg/mL of oxacillin and 4% NaCl, E-test, mecA gene detection, and determination of intermediate susceptibility to vancomycin in BHI agar with 4 μg/mL and 6 μg/mL of vancomycin, and characterizing the epidemiological profile by typing the cassette chromosome mec (SCCmec) and clonal analysis by PFGE a total of 59 samples of S. epidermidis and 07 samples of S. haemolyticus isolated in the period 2002 to 2009. A total of 74.4% of the samples were positive for mecA. The sensitivity of the oxacillin disk diffusion and E-test technique was 99.1% and specificity 90.1%. The cefoxitin disk showed 100% sensitivity and specificity reported for the same oxacillin disc. The screening method showed 94.2% sensitivity and specificity with the best rate of 93.2%. There were differences between samples when analyzed MSCoNS MRCoNS and the minimum inhibitory concentration (MIC), with higher levels of MIC in the group MRCoNS, and higher rates of multidrug resistance. None of the samples showed resistance or heteroresistant to vancomycin, however, 10 samples grown... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-05-14T16:59:10Z : No. of bitstreams: 1 000829511.pdf: 881174 bytes, checksum: 5862a5f3a939680b81d2d94e011d36fc (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os estafilococos coagulase-negativos (ECN) são integrantes da microbiota normal da pele humana e os microrganismos mais frequentemente isolados de materiais clínicos. No ambiente hospitalar são a maior causa de bacteremias, na maioria dos casos em pacientes mantidos em unidades de tratamento intensivo. A patogenia das infecções causadas por estas bactérias é complexa e multifatorial, sendo vários os fatores de virulência envolvidos nas infecções. O biofilme é o principal fator de virulência dos ECN, conferindo proteção contra o sistema imune do hospedeiro e a ação dos antimicrobianos. As toxinas estafilocócicas denominadas superantígenos são classificadas antigenicamente em toxina 1 da síndrome do choque tóxico (TSST-1) e em enterotoxinas. Desencadeiam uma série de efeitos tóxicos, pois funcionam como potentes toxinas gastrointestinais e estimulam de forma inespecífica a proliferação de células T. Os sistemas regulatórios estafilocócicos, tais como o sistema agr, podem afetar a produção das toxinas e do biofilme agindo como indutores ou repressores de genes específicos para a produção de fatores de virulência. Além dos fatores de virulência, o aumento da resistência antimicrobiana nos últimos anos tem fundamental significância nas infecções hospitalares. As amostras resistentes à oxacilina deixam poucas alternativas para o tratamento das infecções causadas por estes patógenos. Uma das drogas de escolha tem sido a vancomicina, porém já são relatados casos de susceptibilidade reduzida e de resistência a esta. Assim, este estudo objetivou caracterizar as espécies de ECN provenientes de hemoculturas de pacientes do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu quanto à detecção e expressão dos fatores de virulência, ao sistema agr envolvido na regulação da virulência e à susceptibilidade aos antimicrobianos / Coagulase–negative staphylococci (CNS) are normal resident microbes of human skin, often isolated from clinical specimens. They are the major cause of bacteremia in inpatients, especially intensive care patients. Pathogenesis of infection caused by these organisms is complex and multifactorial, with several virulence factors involved in infection processes. Biofilm is key for CNS virulence, since it provides protection against the host’s immune system and the action of antimicrobial agents. Staphylococcal toxins known as superantigens are antigenically classified as toxic shock syndrome toxin 1 (TSST-1) and enterotoxins. They trigger a chain of toxic effects by acting as potent gastrointestinal toxins and nonspecifically stimulating T cell proliferation. Staphylococcal regulatory systems, such as agr, may affect toxin and biofilm production through induction or repression of genes coding for virulence factor production specifically. In addition to virulence factors, increasing resistance rates to antimicrobial agents is also highly significant in nosocomial infections. Oxacillin–resistant strains leave few treatment alternatives for infection caused by these pathogens. Vancomycin has shown to be one drug of choice, although decreased susceptibility, as well as resistance, to vancomycin have been reported lately. Therefore, the aim of this study has been to categorize CNS species in blood culture specimens from inpatients at the UNESP Hospital das Clínicas in Botucatu, Brazil, as per detection and expression of virulence factors, agr system involved in virulence regulation, and susceptibility to antimicrobial agents / CNPq: 470649/2011-9 / FAPESP: 2011/23746-2

Made available in DSpace on 2014-08-27T14:36:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-11-25Bitstream added on 2014-08-27T15:57:01Z : No. of bitstreams: 1 000777574.pdf: 964474 bytes, checksum: 2335de7be944a43e2fb6373d3100705b (MD5) / O desenvolvimento da aquicultura ocasionou o aumento da oferta do pescado em comércios varejistas. Entretanto, esse produto requer atenção para que não ocorra contaminação por microrganismos. Assim, o objetivo desta pesquisa foi identificar microrganismos indicadores de qualidade sanitária (Staphylococcus coagulase positivos e Salmonella sp.) e qualidade higiênica (coliformes totais, coliformes termotolerantes e Staphylococcus sp.) em tilápias comercializadas no varejo, além de verificar a ocorrência de Escherichia coli patogênica e Aeromonas sp. Para isso, a colheita da tilápia, na forma de filé e in natura, foi realizada em dez estabelecimentos de municípios da região Nordeste do Estado de São Paulo. Para a caracterização da Escherichia coli patogênica, os genes pesquisados foram: stx1, stx2, eae, eltB, estA, estB, aggR e aafll por PCR multiplex. Além disso, os isolados obtidos de Aeromonas sp. e Escherichia coli foram submetidos ao teste de susceptibilidade a antimicrobianos. Os resultados para Salmonella sp. e Staphylococcus coagulase positivos estiveram de acordo com a legislação brasileira. Entretanto, foram encontradas altas populações de Aeromonas sp., coliformes totais e termotolerantes. A partir das amostras, foi possível obter 216 isolados de Escherichia coli e 96 isolados de Aeromonas sp. Cinco isolados de Escherichia coli apresentaram genes codificadores de fatores de virulência (estA e eae). Em relação aos isolados de Aeromonas sp., as espécies mais frequentes foram Aeromonas trota (50%), Aeromonas veronii biovar sobria (28%) e Aeromonas schubertii (17%). De forma geral, as maiores frequências de isolados resistentes foram observadas para os antimicrobianos ampicilina 10?g, amoxicilina + ácido clavulânico 20?g, cefalotina 30?g, cefoxitina 30?g, cefuroxima 30?g e cotrimozaxol 25?g. Além disso, foi possível observar múltipla resistência entre ... / Aquaculture development contributed to increase the fish supply at retail. However, this product requires attention to avoid contamination by microorganisms. The objective of this research was to identify microorganisms that indicate hygienic (Staphylococcus coagulase positive and Salmonella sp.) and sanitary (total coliforms, fecal coliforms and Staphylococcus sp.) quality in tilapia that were sold at retail. In addition, it was verified the occurrence of pathogenic Escherichia coli and Aeromonas sp. the sample included tilapia fillets and in natura that was obtained from ten establishments in São Paulo State, Brazil. For the characterization of pathogenic Escherichia coli, the genes stx1, stx2, eae, eltB, estB, estA, aggR and aafll were studied. In addition, the isolates obtained from Aeromonas sp. and Escherichia coli were tested for antimicrobial susceptibility. The results for Salmonella sp. and Staphylococcus coagulase positive were in accordance with Brazilian regulation. However, we found high populations of Aeromonas sp., total and fecal coliforms. The sample allowed to obtain 216 Escherichia coli strains and 96 Aeromonas sp. strains. Five Escherichia coli strains presented genes that were virulence factors coders (eae and estA). Compared to isolates of Aeromonas spp., the most frequent species were Aeromonas trota (50%), Aeromonas veronii biovar sobria (28%) and Aeromonas schubertii (17%). In general, higher frequency of resistant isolates was observed in antimicrobials ampicillin 10?g, amoxicillin + clavulanic acid 20?g, cephalothin 30?g, cefoxitin 30?g, cefuroxime 30?g and cotrimozaxol 25?g. Moreover, it was possible to observe multiple resistance among isolates. In conclusion, the maintenance of health and hygiene practices both in aquaculture and fish sales is necessary because the presence of pathogenic microorganisms with multiple resistances to antimicrobials tested

Orientador: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Hinig Isa Godoy Vicente / Resumo: O trabalho objetivou caracterizar a qualidade microbiológica do camarão resfriado e comercializado em feiras-livres na cidade de São Paulo, por meio da contagem de microrganismos mesófilos, psicrotróficos, Staphylococcus coagulase positivo, isolamento de Salmonella spp. e quantificação de coliformes termotolerantes e E. coli. Para isto, selecionou-se 14 feiras do município onde foram realizadas três coletas em momentos distintos. Em cada coleta foram compradas porções do camarão vendido limpo e do camarão inteiro, estas porções deram origem aos três tipos de amostras analisadas: o camarão vendido limpo (CL), o músculo retirado de maneira asséptica a partir do camarão vendido inteiro (M), e a água de enxágue (AE), amostra obtida a partir da lavagem da superfície externa dos camarões inteiros, com água peptonada a 0,1%. Além disso, foi observada a aplicação de pontos específicos de boas práticas de manipulação de alimentos relacionados às condições higiênico-sanitárias das barracas e dos manipuladores. Verificaram-se populações de mesófilos maiores que 106 UFC.g-1 em 7,1% das amostras de M e 34,2% das amostras de CL. Em relação à população de psicrotróficos, 28,6% das amostras de M e 86,8% das amostras de CL estavam inadequadas para o consumo. Na análise de Staphylococcus coagulase positivo, duas amostras de M (4,8%) e cinco de CL (13,2%) atingiram populações maiores que 103 UFC.g-1. A maior parte das amostras de CL e M apresentou NMP de coliformes termotolerantes <3,0 por grama de amostra. A bactéria E. coli foi isolada em 22,9% das amostras de CL e 11,9% das amostras de M. As amostras de CL tendem a ter uma contaminação por mesófilos e psicrotróficos significativamente maior que as amostras de M. As amostras de AE, mostraram que uma unidade de camarão pode veicular populações médias de mesófilos, psicrotróficos e Staphylococcus coagulase ... / Abstract: The objective of this study was to characterize the microbiological quality of refrigerated shrimp commercialized in open market places in the city of São Paulo, through count of mesophilic, psychotrophic and coagulase positive Staphylococcus microorganisms, isolation of Salmonella spp., and quantification of thermotolerant coliforms and E. coli. Fourteen county open market places were selected for three different sample collections obtained in distinct ocasions. Each time, amounts of "clean" shrimp (deveined and peeled) and whole shrimp were purchased, generating the three types of samples analysed: clean shrimp (CL), the muscle asseptically removed from whole shrimp (M), and rinsing water (AE), which was obtained by washing the exterior of whole shrimps with 0,1% peptone water. Furthermore, specific standards of good practice in food manipulation related to hygienic and sanitary conditions of stalls and workers manipulating the shrimp were evaluated. Mesophilic populations higher than 106 UFC.g-1 were observed in 7,1% of M samples and 34,2% of CL samples. Regarding psychotrophic populations, 28,6% of M samples and 86,8% of CL samples were inadequate for consumption. Analysis of coagulase positive Staphylococcus microorganism demonstrated that two M samples (4,8%) and five CL samples (13,2%) had reached population levels higher than 103 UFC.g-1. Most CL and M samples showed thermotolerant coliforms MPN <3,0 per gram of sample. Bacteria E. coli was isolated in 22,9% of CL samples and 11,9% of M samples. CL samples tend to have significant higher mesophilic and psychotrophic contamination levels than M samples. AE samples demonstrated that one shrimp unit can spread mean population levels of mesophilic, psychotrophic and coagulase positive Staphylococcus microorganisms equivalent to 5,4 x 107, 1,1 x 1011 and 2,0 x 104 UFC.g-1, respectively. E. coli was isolated in 50% of AE samples ... / Mestre

Orientador: Luiz Francisco Zafalon / Coorientador: Fernando Antônio de Ávila / Coorientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Maurício de Alvarenga Mudadu / Banca: Luciano Menezes Ferreira / Banca: Hélio José Montassier / Banca: Marita Vedovelli Cardozo / Resumo: Tendo em vista a importância e o crescente interesse na produção de leite de búfala e seus derivados e da ocorrência de Staphylococcus coagulase negativa (SCN) como patógenos da mastite tanto em bovinos como em bubalinos. O presente estudo objetivou avaliar genes de virulência, a resistência a antimicrobianos, bem como metodologias para correta identificação destes SCN em ambiente de ordenha e no leite de bubalinos. Foram colhidas 320 amostras de leite de quartos mamários de 80 búfalas escolhidas aleatoriamente, 20 amostras de narinas e 20 amostras da boca dos bezerros bubalinos, 16 amostras das mãos dos ordenhadores e 64 amostras de insufladores das teteiras, coletadas durante a ordenha. Vinte e sete cepas de Staphylococcus coagulase negativa foram positivas para o gene eno, 10 para o gene ebps, 10 para o gene fnbA. Em relação aos genes relacionados com a produção de enterotoxinas, apenas uma cepa foi positiva para o gene sea, uma para o gene see e para os genes relacionados a resistência antimicrobiana, uma cepa foi positiva para o gene mecA. A identificação das espécies isoladas foi realizada utilizando-se a metodologia de MALDI-TOF MS e confirmada por iniciadores espécie-especifico desenhados neste estudo, exceto para S. agnetis o qual foi erroneamente identificado como S. hyiucs por espectofotometria de massa. Neste trabalho a identificação destas duas espécies foi confirmada por sequenciamento genômico de um isolado representativo. Foram observadas quatro amostras resis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Due to the importance and the growing interest in buffalo milk production and its derivate and the concurrency of coagulase negative staphylococci as major mastitis pathogens both in cattle and in buffalo. This study aimed to search for virulence genes, antimicrobial resistance, and to evaluate methodologies for the identification of these microorganisms in samples of buffalo milk and from milking environment. For this, a total of 320 milk samples were collected from mammary quarters of 80 randomly selected buffaloes, 20 samples from nostrils and 20 samples from buffalo calves 'mouths, 16 samples from milking hands and 64 samples from liners were collected at the time of milking. Twenty-seven strains of coagulase negative staphylococci were positive for the eno gene, ten for ebpS gene, ten for the fnbA. Regarding genes related to enterotoxins production. Only one strain was positive for the sea and see gene and one for the mecA gene. The identification of the isolates was correctly done by MALDI-TOF MS and subsequently confirmed by species specific primers, except for S. agnetes that was wrongly identified as S. hyiucs. This identification was confirmed by genomic sequencing of a representative isolate from each species. There were four strains resistant to clindamycin, nine to vancomycin, one to chloramphenicol, seven to rifanmpicina, four to cefepime, seven to oxacillin, 17 to penicillin, 13 to erythromycin, 15 to cotrimoxazole and three to tetracycline. Furthermore, resistance to two or more antibiotics were observed in 21 isolates. The present study results may contribute to incidence prevention and control of mastitis in buffalo, caused by coagulase negative Staphylococcus. The main SCN species isolated were S. chromogenes, S. agnetis and S. epidermidis., the detection of genes related to adhesion and the production of enterotoxins m... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-12Bitstream added on 2014-06-13T20:16:19Z : No. of bitstreams: 1 000735871.pdf: 2684577 bytes, checksum: 729cf2eef0f45e5bc928bb4e1cfad1c3 (MD5) / O trabalho objetivou caracterizar a qualidade microbiológica do camarão resfriado e comercializado em feiras-livres na cidade de São Paulo, por meio da contagem de microrganismos mesófilos, psicrotróficos, Staphylococcus coagulase positivo, isolamento de Salmonella spp. e quantificação de coliformes termotolerantes e E. coli. Para isto, selecionou-se 14 feiras do município onde foram realizadas três coletas em momentos distintos. Em cada coleta foram compradas porções do camarão vendido limpo e do camarão inteiro, estas porções deram origem aos três tipos de amostras analisadas: o camarão vendido limpo (CL), o músculo retirado de maneira asséptica a partir do camarão vendido inteiro (M), e a água de enxágue (AE), amostra obtida a partir da lavagem da superfície externa dos camarões inteiros, com água peptonada a 0,1%. Além disso, foi observada a aplicação de pontos específicos de boas práticas de manipulação de alimentos relacionados às condições higiênico-sanitárias das barracas e dos manipuladores. Verificaram-se populações de mesófilos maiores que 106 UFC.g-1 em 7,1% das amostras de M e 34,2% das amostras de CL. Em relação à população de psicrotróficos, 28,6% das amostras de M e 86,8% das amostras de CL estavam inadequadas para o consumo. Na análise de Staphylococcus coagulase positivo, duas amostras de M (4,8%) e cinco de CL (13,2%) atingiram populações maiores que 103 UFC.g-1. A maior parte das amostras de CL e M apresentou NMP de coliformes termotolerantes <3,0 por grama de amostra. A bactéria E. coli foi isolada em 22,9% das amostras de CL e 11,9% das amostras de M. As amostras de CL tendem a ter uma contaminação por mesófilos e psicrotróficos significativamente maior que as amostras de M. As amostras de AE, mostraram que uma unidade de camarão pode veicular populações médias de mesófilos, psicrotróficos e Staphylococcus coagulase... / The objective of this study was to characterize the microbiological quality of refrigerated shrimp commercialized in open market places in the city of São Paulo, through count of mesophilic, psychotrophic and coagulase positive Staphylococcus microorganisms, isolation of Salmonella spp., and quantification of thermotolerant coliforms and E. coli. Fourteen county open market places were selected for three different sample collections obtained in distinct ocasions. Each time, amounts of “clean” shrimp (deveined and peeled) and whole shrimp were purchased, generating the three types of samples analysed: clean shrimp (CL), the muscle asseptically removed from whole shrimp (M), and rinsing water (AE), which was obtained by washing the exterior of whole shrimps with 0,1% peptone water. Furthermore, specific standards of good practice in food manipulation related to hygienic and sanitary conditions of stalls and workers manipulating the shrimp were evaluated. Mesophilic populations higher than 106 UFC.g-1 were observed in 7,1% of M samples and 34,2% of CL samples. Regarding psychotrophic populations, 28,6% of M samples and 86,8% of CL samples were inadequate for consumption. Analysis of coagulase positive Staphylococcus microorganism demonstrated that two M samples (4,8%) and five CL samples (13,2%) had reached population levels higher than 103 UFC.g-1. Most CL and M samples showed thermotolerant coliforms MPN <3,0 per gram of sample. Bacteria E. coli was isolated in 22,9% of CL samples and 11,9% of M samples. CL samples tend to have significant higher mesophilic and psychotrophic contamination levels than M samples. AE samples demonstrated that one shrimp unit can spread mean population levels of mesophilic, psychotrophic and coagulase positive Staphylococcus microorganisms equivalent to 5,4 x 107, 1,1 x 1011 and 2,0 x 104 UFC.g-1, respectively. E. coli was isolated in 50% of AE samples ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-08Bitstream added on 2014-06-13T20:51:47Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_am_me_botfm.pdf: 1340334 bytes, checksum: b26b55556f3f00a6c239a58042141404 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A infecção do trato urinário (ITU) é uma das infecções mais comuns na prática clínica, sendo S. saprophyticus o segundo agente mais frequente na comunidade. Esse estudo objetivou comparar três métodos fenotípicos de identificação e avaliar o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados de pacientes com ITU. As 101 amostras de estafilococos isoladas foram identificadas pelo disco de novobiocina, Vitek I e método simplificado de provas bioquímicas, utilizando como referência o método genotípico ITS-PCR. A prova da DNAse teve uma boa correlação com a coagulase em tubo, apresentando 100,0% sensibilidade e 97,6% de especificidade. No teste de concordância entre os métodos de identificação, o método simplificado de provas bioquímicas obteve taxas de concordância de 98,0% em relação ao ITS-PCR, enquanto que com o Vitek I foi de 81,2%, e com o disco de novobiocina de 89,1%. O maior percentual de resistência encontrado foi à oxacilina (78,0%) seguido da penicilina (73,0%), sendo todas as amostras sensíveis à vancomicina, linezolida e nitrofurantoina. Os 17 isolados de S. aureus encontrados foram identificados corretamente por todos os métodos e os que carreavam o SCCmec do tipo III foram os que apresentaram maior resistência aos antimicrobianos. Das 18 amostras de estafilococos mecA positivos encontradas neste estudo, 15 (83,3%) foram resistentes aos discos de cefoxitina e oxacilina concomitantemente, além disso foram resistentes também à oxacilina pelo E-test® e pelo Vitek I. Dos 57 S. saprophyticus, 7 (12,3%) foram resistentes ao disco de cefoxitina e nenhum apresentou o gene mecA, enquanto 56 (98,2%) demonstraram resistência ao disco de oxacilina, sendo que todos foram resistentes pelo E-teste® e pelo Vitek I e somente dois apresentaram o gene mecA e carreavam o SCCmec do tipo IV. Em relação aos métodos de detecção... / Urinary tract infection (UTI) is one of the most common infections in clinical practice, and S. saprophyticus is the second most frequent agent in the community. This study aimed at comparing three phenotypic methods to identify and evaluate the sensitivity profile to antimicrobials in Staphylococcus spp. isolated from patients with UTI. The 101 samples of staphylococcus isolated were identified by novobiocin disks, Vitek I and the simplified method of biochemical tests, using the ITS-PCR genotypic method as reference. The DNAse test showed good correlation with tube coagulase, exhibiting 100.0% sensitivity and 97.6% specificity. In the agreement test between the identification methods, the simplified method of biochemical tests showed agreement rates of 98.0% in relation to ITS-PCR, whilst with Vitek I, it was of 81.2%, and with the novobiocin disk, it was of 89.1%. The highest resistance percentage found was to oxacillin (78.0%), followed by penicillin (73.0%), and all samples were sensitive to vancomycin, linezolid and nitrofurantoin. The 17 isolates of S. aureus found were correctly identified by all methods, and those carrying type-III SCCmec showed the greatest resistance to antimicrobials. Of the 18 mecA-positive staphylococcus samples found in this study, 15 (83.3%) were concomitantly resistant to cefoxitin and oxacillin disks. Additionally, they were also resistant to oxacillin by the E-test® and by Vitek I. Of the 57 S. saprophyticus, 7 (12.3%) were resistant to the cefoxitin disk, and none showed the mecA gene, while 56 (98.2%) showed resistance to the oxacillin disk, all of them were resistant by the E-test® and by Vitek I, and only two showed the mecA gene and carried the type-IV SCCmec. As regards the detection methods for oxacillin resistance, the diffusion technique with oxacillin disks, E-test® and Vitek I showed greater sensitivity (94.4%) and lower specificity... (Complete abstract click electronic access below)