Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-19T20:11:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_BiogeografiaFilogeografiaComparada.pdf: 971417 bytes, checksum: 31b0864f2d71d48043c68d89af1c1ebe (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-21T16:59:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_BiogeografiaFilogeografiaComparada.pdf: 971417 bytes, checksum: 31b0864f2d71d48043c68d89af1c1ebe (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-21T16:59:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_BiogeografiaFilogeografiaComparada.pdf: 971417 bytes, checksum: 31b0864f2d71d48043c68d89af1c1ebe (MD5) Previous issue date: 2012 / Esta dissertação de mestrado possui dois objetivos gerais: (a) investigar a filogeografia comparada de três espécies do complexo Micrastur ruficollis (M. ruficollis, M. gilvicollis e M. mintoni), que ocorrem na bacia amazônica, com a finalidade de identificar os contextos temporal e espacial da diversificação do grupo no bioma; e (b) reavaliar com base em caracteres moleculares o status taxonômico e limites interespecíficos entre os táxons do complexo. Para a melhor apresentação da Dissertação, os objetivos serão cobertos no artigo "Revisão sistemática e biogeografia do complexo M. ruficollis (Aves Falconidae)" o complexo de espécies Micrastur ruficollis é de especial interesse para estudos de filogeografia na bacia amazônica, pois preenche requisitos básicos como a existência de espécies politípicas e com ampla distribuição na bacia amazônica. Portanto, tem sido de interesse para aqueles que tentam entender a história de diversificação desta região. Aqui utilizamos análises filogenéticas, biogeográficas e estimativas do tempo de diversificação deste grupo para tentar revelar um cenário especial e temporal de diversificação dentro da Amazônia e fornecer novas evidências sobre a importância destes processos históricos na formação do bioma.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-06T22:46:50Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaPhaethornisBourcieri.pdf: 738227 bytes, checksum: 5310799bbed9775349de5a09ddd0ebc6 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-07T14:13:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaPhaethornisBourcieri.pdf: 738227 bytes, checksum: 5310799bbed9775349de5a09ddd0ebc6 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-07T14:13:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaPhaethornisBourcieri.pdf: 738227 bytes, checksum: 5310799bbed9775349de5a09ddd0ebc6 (MD5) Previous issue date: 2012 / Phaethornis bourcieri é uma espécie de beija-flor que habita o sub-bosque de florestas de terra-firme, distribuindo-se por quase toda Amazônia. Atualmente, duas subespécies alopátricas entre si são consideradas válidas, em P. bourcieri: P. b. bourcieri, P. b. major. Apesar de serem aceitos hoje, os táxons têm sua validade, limites interespecíficos e história evolutiva ainda não completamente elucidados. Com isso, foram utilizados caracteres morfológicos e moleculares para rever a taxonomia e propor uma hipótese filogenética para as populações e táxons agrupados em Phaethornis bourcieri. Nossos resultados mostraram que P. bourcieri faz parte do clado de Phaethornis de bico reto juntamente com P. philippii e P. koepckeae e que a subespécie major é mais próxima das últimas espécies em vez de populações agrupadas como bourcieri. Nossas hipóteses filogenéticas recuperaram três principais clados reciprocamente monofiléticos de P. bourcieri da margem norte do rio Amazonas separados pelos rios Negro e Solimões. Estes clados (juntamente com major) são melhor tratados como espécies biológicas e filogenéticas, para as quais apenas três nomes válidos são aplicáveis. A diversificação do clado de Phaethornis de bico reto (P. bourcieri, P. philippii, e P. koepckeae) está centrado na Amazônia e parece estar intimamente ligado com a formação da drenagem amazônica moderna durante o Plio-Pleistoceno. / The Straight-billed Hermit Phaethornis bourcieri inhabits the understory of upland terra-firme forest, being distributed through most of the Amazon. Currently, two allopatric taxa considered valid and, regarded as subspecies, are included in P. bourcieri: P. b. bourcieri and P. b. major. Nonetheless, these taxa have their validity, inter-specific limits, and evolutionary history not fully elucidated. Here, we used morphological and molecular characters to review the taxonomy and propose a phylogenetic hypothesis for populations and taxa grouped under Phaethornis bourcieri. Our results showed that P. bourcieri is part of the straight-billed Hermit clade, along with P. philippii and P. koepckeae, and that the subspecies major is closer to the latter two species rather than populations grouped under nominate bourcieri. Our phylogenetic hypotheses recovered three main reciprocally monophyletic clades under nominate bourcieri separated by the Negro and Solimões rivers. These clades (along with the distantly related major) are best treated as valid phylogenetic and biological species, for which only three valid names are applicable. The diversification of the straight-billed Hermit clade (P. bourcieri, P. philippii, and P. koepckeae) is centered in the Amazon and appears to be tightly linked with the formation of the modern Amazon drainage during the Plio-Pleistocene.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-11-01T22:04:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_RevisaoSistematicaFilogeografia.pdf: 1568206 bytes, checksum: e2ec5b83ef9574ae03b0e2d063b0b751 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-14T15:31:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_RevisaoSistematicaFilogeografia.pdf: 1568206 bytes, checksum: e2ec5b83ef9574ae03b0e2d063b0b751 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-14T15:31:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_RevisaoSistematicaFilogeografia.pdf: 1568206 bytes, checksum: e2ec5b83ef9574ae03b0e2d063b0b751 (MD5) Previous issue date: 2010 / Os limites interespecíficos da espécie politípica Deconychura longicauda (Dendrocolaptidae) foram investigados por uma análise conjunta, incluindo caracteres moleculares, morfológicos e vocais. Um total de 1.108 pares de bases de genes mitocondriais Cit b e ND2 foram usados para construir hipóteses filogenéticas, ao passo que os caracteres morfológicos e vocais foram analisados com métodos estatísticos univariado e multivariado. Todas as árvores filogenéticas recuperadas indicam altos níveis de diferenciação genética e estrutura filogeográfica em Deconychura longicauda, com o reconhecimento de quatro grupos principais bem apoiados, geograficamente constituídos por aves (1) do centro de endemismo Guiana no nordeste da América do Sul (2), da bacia amazônica excluindo o escudo das Guianas (3), do sopé oriental dos Andes, e (4), trans-Andinas da América do Sul e América Central. O nível de divergência genética entre estes clados varia de 6-8% (entre as aves Guianenses, não-Guianenses, do sopé dos Andes e trans-Andinas). Embora os caracteres morfológicos contribuam pouco para a diagnose em Deconychura, o canto, por outro lado, consistetemente os distinguem. Nós recomendamos com base, principalmente, em sua diagnose molecular e vocal o desdobramento de D. longicauda nas seguintes espécies filogenéticas e biológicas: Deconychura longicauda, D. pallida, D. zimmeri, D. connectens, D. typica e um táxon ainda não nomeado, endêmico do sopé oriental dos Andes. / The interspecific limits of the polytypic specie Deconychura longicauda (Dendrocolaptidae) were investigated by a combined analysis including molecular, morphological, and vocal characters. A total of 1,108 base pairs of mitochondrial genes Cyt b and ND2 were used to build phylogenetic hypotheses, whereas the morphological and vocal characters were analyzed with univariate and multivariate statistical methods. All recovered trees indicated high levels of genetic differentiation and phylogeographic structure in Deconychura longicauda, with the recognition of four major groups well-supported statistically and geographically consisting of birds from (1) the Guiana area of endemism in northeastern South America, (2) the Amazon basin excluding the Guianan shield, (3) the eastern slope of the Andes and (4) trans-Andean South America and Central America. The levels of genetic divergence between these clades reach 6-8% (among birds from Guianan, non-Guianan, eastern slope of the Andes and, trans-Andean birds). Although morphological characters contribute little to the diagnoses among Deconychura, loudsongs, consistently distinguish them. Based on those analyzes, we recommend the splitting of D. longicauda into the following phylogenetic and biological species based on their molecular and vocal unequivocal diagnoses: Deconychura longicauda, D. pallida, D. zimmeri, D. connectens, D. typica and one yet unnamed taxon endemic to the eastern slope of the Andes.

Dengue virus type 1 (DENV-1) was introduced in Brazil in 1986 and caused several epidemics. The first autochthonous cases of DENV-2 and DENV-3 were detected respectively in 1990 and 2000. Since then, the viruses have spread throughout Brazil and became endemic in most areas infested with Aedes aegypti. DENV-4 was isolated for the first time in 1982 in a focal epidemic in the northwestern region of the Brazilian Amazon. Later, in 2008, this serotype emerged as an important pathogen during outbreaks. The study of the historical processes that may be responsible for the contemporary geographic distributions of viruses is critical to understand viral epidemiology. However, those processes in urban scales are not well understood. 2013 was one of the worst years for dengue in the Brazils history, with 1.4 million cases, including 6,969 severe cases and 545 deaths. This project aimed to understand the dynamics of evolutionary change, origins and distributions of different viral strains in an urban setting during 2013. We expect this study to provide new perspectives for viral control. / O vírus da dengue tipo 1 (DENV-1) foi introduzido no Brasil em 1986 e foi responsável por numerosas epidemias. Os primeiros casos autóctones do DENV-2 e DENV-3 foram detectados respectivamente em 1990 e 2000. Desde então, o vírus ter se espalhado por todo o Brasil e tornou-se endêmico na maioria das áreas infestadas com Aedes aegypti. DENV-4 foi isolado pela primeira vez em 1982, em uma epidemia focal na região noroeste da Amazônia brasileira. Porem, este sorotipo somente emergiu como um importante patógeno durante os surtos de 2008. O estudo dos processos históricos que podem ser responsáveis para as distribuições geográficas contemporâneas do vírus é fundamental para compreender a epidemiologia viral. No entanto, esses processos em escalas urbanas não são bem compreendidos. 2013 foi um dos piores anos para a dengue na história do Brasil, com 1,4 milhões de casos, incluindo 6.969 casos graves e 545 mortes. Este projeto teve como objetivo compreender a dinâmica de mudança evolutiva, origens e distribuições de diferentes cepas virais em um cenário urbano em 2013. Esperamos que este estudos contribua com novas perspectivas para o controle viral.

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-04-11T13:25:05Z No. of bitstreams: 1 Camila Penha Abreu.pdf: 668357 bytes, checksum: bda3e1a88cd78c2f25f3b992ee3057bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T13:25:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Camila Penha Abreu.pdf: 668357 bytes, checksum: bda3e1a88cd78c2f25f3b992ee3057bf (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / CAPES, CNPQ / Hoplias malabaricus is a caraciforme of wide distribution, popularly known like traíra, that occurs in all the great Brazilian watersheds,presenting a small morphological differentiation and great karyotype variety.Since the population of H. malabaricus in the state of Maranhão presents only a cytotype recognized for this region, the present study examined its diversity in the Maranhão hydrographic region using geometric morphometry techniques and molecular diversity, associating the patterns found with geomorphological data and paleohydrologic processes of the drainage involved. Samples of H. malabaricus were collected from the rivers Turiaçu, Pindaré Mearim, Itapecuru, Munim, Gurupi, Parnaíba and Tocantins. The morphometric data, obtained from 15 anatomical landmarks, were submitted to a Canonical Variable Analysis (CVA). For molecular analysis two markers were used, the control region (D-Loop) of the mitochondrial DNA and the S7 intron 1 nuclear gene. Morphometric analyzes indicated significant variations among populations. In general, the differences were related in the variation of the head region and shortening / elongation of the caudal region. Molecular analysis Indicated the presence of eight Haplogroups (A-H) for D-loop and three groups (Group I, Group II and Group III) for the nuclear gene S7 íntron 1. The results found suggest high genetic diversity in specimens of H. malabaricus in the basins along the north-northeast region of Brazil with discreet morphometric variation. Such diversity seems to be related to the main events of diversification of freshwater fish, evidencing a possible speciation event cryptic of H. malabaricus in the studied region. / Hoplias malabaricus é um caraciforme de ampla distribuição, conhecido popularmente como traíra, que ocorre em todas as grandes bacias hidrográficas brasileiras, apresentando uma pequena diferenciação morfológica e grande variedade cariotípica. Uma vez que a população de H. malabaricus do estado do Maranhão apresenta apenas um citótipo reconhecido para essa região, o presente trabalho examinou sua diversidade críptica na região hidrográfica do Maranhão pelas técnicas de morfometria geométrica e diversidade molecular, associando os padrões encontrados com dados geomorfológicos e paleohidrológicos das drenagens envolvidas. Amostras de H. malabaricus foram coletados dos rios Turiaçu, Pindaré Mearim, Itapecuru, Munim, Gurupi, Parnaíba e Tocantins. Os dados morfometricos, obtidos a partir de 15 marcos anatômicos, foram submetidos a uma Análise das Variáveis Canônicas (AVC). Para a análise molecular foram utilizados dois marcadores, a região controle (D-Loop) do DNA mitocondrial e o gene nuclear S7 íntron 1. As análises morfometricas indicaram variações significativas entre as populações. De uma forma geral, as diferenças foram relacionadas na variação da região da cabeça e encurtamento/alongamento da região caudal. A análise molecular indicou a presença de oito Haplogrupos (A-H) para D-loop e três grupos (Grupo I, Grupo II e Grupo III) para o gene nuclear S7 íntron 1. Os resultados encontrados sugerem elevada diversidade genética em espécimes de H. malabaricus nas bacias hidrográficas ao longo da região norte-nordeste do Brasil com discreta variação morfométrica. Tal diversidade parece estar relacionada aos principais eventos de diversificação dos peixes de água doce, evidenciando um possível evento de especiação críptica de H. malabaricus em curso na região estudada.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-08T14:37:39Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FilogeografiaComparadaAves.pdf: 3337628 bytes, checksum: 5035a96d97c51224b6f2cf9dc26c319c (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-08T14:38:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FilogeografiaComparadaAves.pdf: 3337628 bytes, checksum: 5035a96d97c51224b6f2cf9dc26c319c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T14:38:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FilogeografiaComparadaAves.pdf: 3337628 bytes, checksum: 5035a96d97c51224b6f2cf9dc26c319c (MD5) Previous issue date: 2015-05-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As florestas Neotropicais possuem a avifauna mais rica do mundo, com muitos táxons endêmicos; e os padrões de distribuição e variação fenotípica dos organismos nessa região são muito complexos. Muitas hipóteses já foram propostas para tentar explicar os processos de diversificação que resultaram na atual diversidade e nos padrões de endemismo encontrados nessa região. A maior parte dessas hipóteses não havia sido testada devido à dificuldade de falseação das mesmas num contexto filogenético. Contudo, com o acumulo de informações e a disponibilidade de novos métodos analíticos, estão sendo desenvolvidos trabalhos voltados à análise das hipóteses biogeográficas a partir da descrição e dos testes de suas premissas. Estudos de paleoclimatologia e paleoecologia associados a informações da história geológica de uma área produzem cenários que, por sua vez, levam a formulação de hipóteses de diversificação. O contraste destas hipóteses com os padrões de distribuição e relações filogenéticas entre os organismos pode fornecer informações acerca dos eventos de diversificação que influenciaram a origem das espécies atuais. Dessa forma, o principal objetivo desse trabalho é usar dados moleculares de duas espécies de aves com distribuição trans-Amazônica e trans-Andina para contrastar as hipóteses de diversificação, incorporando informações sobre tempos relativos de divergência, áreas ancestrais e meios de diversificação, e realizando inferências sobre quais eventos no passado podem ter influenciado os processos de cladogênese. E finalmente foi avaliado se os padrões espaciais e temporais de divergência entre os filogrupos das espécies estudadas são congruentes para as mesmas barreiras consideradas (por exemplo, principais rios Amazônicos e a cordilheira dos Andes).

Les anàlisis realitzades en cent deu poblacions de truita comuna (Salmo trutta) que abarquen el seu rang natural de distribució indiquen que el patró filogenètic es relaciona amb les tres grans vessants on es troba distribuïda l'espècie: ponto-càspia, atlàntica i mediterrània. Aquesta diferenciació estaria associada a l'aïllament de les vessants durant el Quaternari. L'origen de l'espècie es relaciona amb la vessant ponto-càspia, d'acord amb els models biogeogràfics que postulen l'origen asiàtic de la ictiofauna europea. S'ha detectat també un segon nivell de divergència dins de cada vessant que dóna com a resultat l'existència de sis llinatges evolutius: Atlàntic i Duero a la vessant atlàntica, els llinatges Adriàtic, Mediterrani i Marmoratus als rius mediterranis, i el llinatge Danubi a la zona ponto-càspia.Les glaciacions del Pleistocè han modificat profundament el rang de distribució de la truita comuna, especialment a la vessant atlàntica, on s'han proposat quatre grans refugis glacials: a l'est de la capa de gel, a Europa central, a l'entorn del canal de la Mànega i a l'entorn del golf de Biscaia; tot i que només els tres primers haurien participat en la recolonització del nord d'Europa al final de l'última glaciació. El quart refugi, que inclou el sud de França i el Cantàbric hauria estat l'origen de l'expansió cap al sud durant el Pleistocè Superior d'un grup de poblacions distribuïdes actualment a la vessant atlàntica ibèrica, i també hauria servit de base per a l'expansió cap al nord d'altres grups de truita durant interglacials anteriors.A la vessant atlàntica de la peninsula Ibèrica, l'estructura poblacional es troba associada a la xarxa hidrogràfica i es determinen fins a cinc unitats poblacionals: les truites dels rius Cantàbrics, les del Miño, les del Duero, les del Tajo i les del Guadalquivir. Les poblacions del Guadalquivir pertanyerien a un grup d'influència mediterrània. Els marcadors d'al·lozims i de DNA mitocondrial es troben fortament correlacionats en aquesta vessant, on apunten cap als mateixos grups de poblacions. Per contra, els rius de la vessant mediterrània haurien estat colonitzats pels llinatges Adriàtic i Mediterrani i s'hauria produït una intensa intergradació secundària entre aquests llinatges durant els períodes glacials a partir de l'expansió de les poblacions retingudes a les capçaleres durant els interglacials. Els grups de hibridació, l'aïllament i la deriva en el període interglacial fa que els grups de poblacions identificats pels marcadors d'al·lozims i de DNA mitocondrial no coincideixin. / The analyses performed in one hundred and ten brown trout (Salmo trutta) populations that cover its native European distribution, shows that the phylogenetic pattern is associated with the three major basins occupied by the species: Ponto-Caspian, Atlantic and Mediterranean. This differentiation is related with basin isolations during the Quaternary. The origin of the species is placed in the Ponto-Caspian region, in clear agreement with biogeographic models that postulates the Asian origin of European ichthyofauna. Further divergence occurred in the mid-lower Pleistocene generated the actual lineages: Atlantic and Duero in the Atlantic basin, Adriatic, Mediterranean and Marmoratus lineages in the Mediterranean rivers and the Danubian lineage in the Ponto-Caspian area.Pleistocene glacial periods have deeply modified the distribution range of brown trout, mainly in the Atlantic basin, where four major glacial refugia have been proposed: (i), at the East side of the ice sheet, (ii), in Central Europe, (iii), around the English Channel and (iv), around the Bay of Biscay. Only the three first seem to be involved in the recolonization of North Europe at the end of the last glacial period. The fourth glacial refugia, placed in Southern France and the Cantrabrian Sea area, would have been the origin of a southern expansion during Late Pleistocene. Nowadays, those trout populations are distributed in the Atlantic basin of the Iberian Peninsula. This glacial refugia could also be involved in older recolonizations of North-Europe previous to last glacial process.Brown trout population structure in areas at the Atlantic basin of the Iberian Peninsula is associated with river network. Thus, five trout population groups could be determined: trout from the Cantabrian Rivers, from the Miño River, from the Duero River, from the Tajo River and trout populations from the Guadalquivir basin. These last populations show a strong Mediterranean influence. In this basin, comparisons involving allozyme and mitochondrial DNA data are strongly correlated and points towards the same population groups. The rivers in the Mediterranean basin have been colonized by Adriatic and Mediterranean lineages, and strong secondary intergradations are reported among them during glacial periods. Population groups identified by allozyme and mitochondrial DNA do not agree as a consequence of this intergradation, as well as isolation and genetic drift during interglacial periods.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-05-24T17:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337989.pdf: 18652505 bytes, checksum: 37369408f6b055919af1127008506d13 (MD5) Previous issue date: 2015 / A epidemia de HIV/aids na região Sul do Brasil é distinta da observada em outras regiões do país. Principalmente nos estados de Santa Catarina (SC) e do Rio Grande do Sul (RS) as taxas de incidência anual de aids e de mortalidade pela doença são bem maiores que a média nacional. Além disso, na mesma região é encontrada grande prevalência de subtipo C enquanto nos outros estados brasileiros há predominância do subtipo B. Uma minuciosa revisão da bibliografia revelou que, apesar de vários estudos já terem descrito a epidemia molecular do subtipo C nas capitais do Sul do Brasil, uma investigação que abrangesse de forma representativa a população dessa região ainda fazia-se necessária. Em vista disso, o trabalho apresentado aqui estudou a epidemia do HIV em 13 municípios do interior dos estados de SC e do RS. Material biológico e dados epidemiológicos de aproximadamente 350 pacientes foram coletados e utilizados para montar um banco de dados com informações moleculares, clínicas e demográficas. Em praticamente todas as cidades amostradas, mas principalmente em SC, o HIV-1 subtipo C mostrou-se como forma predominante. No RS, um número maior de formas recombinantes foi observado com três possíveis novas formas circulantes recombinantes (CRF) identificadas. Análises filodinâmicas revelaram um crescimento mais rápido da epidemia do HIV-1 subtipo C em relação ao subtipo B, sendo esta diferença ainda mais pronunciada em SC, onde também observou-se uma clara segregação dos subtipos virais entre categorias de exposição. Os dados coletados aqui ainda foram utilizados em um estudo filogeográfico para descrever a expansão da epidemia do subtipo C pelo Brasil. Através da análise integrada de dados ecológicos e moleculares foi identificado que a origem dessa epidemia ocorreu em Porto Alegre e a partir desta cidade o subtipo C foi sendo progressivamente introduzido em cidades mais distantes e/ou isoladas. A prevalência de HIV-1 e o número de pessoas infectadas pelo subtipo C foram identificados como preditores da dispersão viral do Sul ao Norte do país. Em conclusão, os resultados apresentados aqui revelam o rápido crescimento que a epidemia do HIV-1 subtipo C teve em SC e RS; discute como a separação em diferentes grupos de exposição pode impactar na velocidade de expansão e também na formação de novas recombinantes; e ainda descreve as rotas de dispersão do subtipo C rumo ao norte do Brasil, alertando para o potencial expansivo dessa epidemia em outras regiões, principalmente no Centro-Oeste.<br> / Abstract : The HIV/AIDS epidemic in Brazilian Southern region is distinct than that observed in other parts of the country. Mainly in the states of Santa Catarina (SC) and Rio Grande do Sul (RS) the annual aids incidence and mortality rates are far higher than the national average. Furthermore, in the same states HIV-1 epidemic is driven by subtype C, while in other Brazilian regions subtype B is more prevalent. A detailed review of the bibliography revealed that studies describing the molecular epidemiology in south Brazil were mainly performed in the capital cities and that a more comprehensive characterization of the epidemic was necessary. In view of this, the study presented here investigated the HIV epidemic in 13 countryside municipalities form SC and RS states. Blood samples and epidemiological data were collected and assembled in a databank with molecular, clinical and demographic information from around 350 HIV sero-positive individuals. HIV-1 subtype C was observed to be the most prevalent in virtually all sampled locations, with higher frequencies in SC. HIV recombinant forms were observed in higher frequencies in RS, where some possible new CRFs were also identified. Phylodynamic analyses revealed a faster epidemic growth rate for subtype C in comparison with subtype B. This difference was more pronounced in SC where was also observed subtype segregation in categories of exposure. In addition, data collected here was also used in a phylogeographical investigation of the subtype C dispersion throughout Brazil. By using a new approach which integrates ecological and molecular data in the phylogeographical reconstructions, Porto Alegre was found to be the origin of subtype C epidemic and the central hub of dispersion towards north Brazil. HIV prevalence and subtype C population size were identified as predictors of the viral diffusion. In conclusion, the results presented here reveal the fast epidemic growth that subtype C went through in RS and SC; discuss how viral segregation in separated exposure categories can impact in the epidemic growth rates and in the emergence of recombinant forms; and, finally, describe the northward dispersion of subtype C, highlighting the potential to increase in prevalence mainly in Central-West region.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-10-19T13:03:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337989.pdf: 18652505 bytes, checksum: 37369408f6b055919af1127008506d13 (MD5) Previous issue date: 2015 / A epidemia de HIV/aids na região Sul do Brasil é distinta da observada em outras regiões do país. Principalmente nos estados de Santa Catarina (SC) e do Rio Grande do Sul (RS) as taxas de incidência anual de aids e de mortalidade pela doença são bem maiores que a média nacional. Além disso, na mesma região é encontrada grande prevalência de subtipo C enquanto nos outros estados brasileiros há predominância do subtipo B. Uma minuciosa revisão da bibliografia revelou que, apesar de vários estudos já terem descrito a epidemia molecular do subtipo C nas capitais do Sul do Brasil, uma investigação que abrangesse de forma representativa a população dessa região ainda fazia-se necessária. Em vista disso, o trabalho apresentado aqui estudou a epidemia do HIV em 13 municípios do interior dos estados de SC e do RS. Material biológico e dados epidemiológicos de aproximadamente 350 pacientes foram coletados e utilizados para montar um banco de dados com informações moleculares, clínicas e demográficas. Em praticamente todas as cidades amostradas, mas principalmente em SC, o HIV-1 subtipo C mostrou-se como forma predominante. No RS, um número maior de formas recombinantes foi observado com três possíveis novas formas circulantes recombinantes (CRF) identificadas. Análises filodinâmicas revelaram um crescimento mais rápido da epidemia do HIV-1 subtipo C em relação ao subtipo B, sendo esta diferença ainda mais pronunciada em SC, onde também observou-se uma clara segregação dos subtipos virais entre categorias de exposição. Os dados coletados aqui ainda foram utilizados em um estudo filogeográfico para descrever a expansão da epidemia do subtipo C pelo Brasil. Através da análise integrada de dados ecológicos e moleculares foi identificado que a origem dessa epidemia ocorreu em Porto Alegre e a partir desta cidade o subtipo C foi sendo progressivamente introduzido em cidades mais distantes e/ou isoladas. A prevalência de HIV-1 e o número de pessoas infectadas pelo subtipo C foram identificados como preditores da dispersão viral do Sul ao Norte do país. Em conclusão, os resultados apresentados aqui revelam o rápido crescimento que a epidemia do HIV-1 subtipo C teve em SC e RS; discute como a separação em diferentes grupos de exposição pode impactar na velocidade de expansão e também na formação de novas recombinantes; e ainda descreve as rotas de dispersão do subtipo C rumo ao norte do Brasil, alertando para o potencial expansivo dessa epidemia em outras regiões, principalmente no Centro-Oeste.<br> / Abstract : The HIV/AIDS epidemic in Brazilian Southern region is distinct than that observed in other parts of the country. Mainly in the states of Santa Catarina (SC) and Rio Grande do Sul (RS) the annual aids incidence and mortality rates are far higher than the national average. Furthermore, in the same states HIV-1 epidemic is driven by subtype C, while in other Brazilian regions subtype B is more prevalent. A detailed review of the bibliography revealed that studies describing the molecular epidemiology in south Brazil were mainly performed in the capital cities and that a more comprehensive characterization of the epidemic was necessary. In view of this, the study presented here investigated the HIV epidemic in 13 countryside municipalities form SC and RS states. Blood samples and epidemiological data were collected and assembled in a databank with molecular, clinical and demographic information from around 350 HIV sero-positive individuals. HIV-1 subtype C was observed to be the most prevalent in virtually all sampled locations, with higher frequencies in SC. HIV recombinant forms were observed in higher frequencies in RS, where some possible new CRFs were also identified. Phylodynamic analyses revealed a faster epidemic growth rate for subtype C in comparison with subtype B. This difference was more pronounced in SC where was also observed subtype segregation in categories of exposure. In addition, data collected here was also used in a phylogeographical investigation of the subtype C dispersion throughout Brazil. By using a new approach which integrates ecological and molecular data in the phylogeographical reconstructions, Porto Alegre was found to be the origin of subtype C epidemic and the central hub of dispersion towards north Brazil. HIV prevalence and subtype C population size were identified as predictors of the viral diffusion. In conclusion, the results presented here reveal the fast epidemic growth that subtype C went through in RS and SC; discuss how viral segregation in separated exposure categories can impact in the epidemic growth rates and in the emergence of recombinant forms; and, finally, describe the northward dispersion of subtype C, highlighting the potential to increase in prevalence mainly in Central-West region.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2667.pdf: 1236621 bytes, checksum: 9702ce62be0433e7639201366d6444aa (MD5) Previous issue date: 2009-06-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / Species of the fraterculus group are associated to the biggest damages to fruit crops due to the fact that they attack indiscriminately green and ripe fruits, making them pests of great economic importance. These species are hard to tell apart, even showing some potential criptic species. The understanding of the populational structure and biology of this species group is of paramount importance to strategies of management and control of these pests. Here, we investigate variation on the gene yolk em 37 individuals sampled throughout the species distribution in Brazil seeking to better understand the populational structure of this species group in Brazil. Our data indicated existence of recombination, which lead us to analyze three different regions in the gene, 5 , mid, and 3 . These regions show high levels of nucleotide diversity intra and interspecifically for all three gene regions investigated. The use of Nested Clade Phylogenetic Analysis independently used on these regions indicate two main results that occurred more than one throughout our analyses. The first is a range expansion from north-NE populations towards the south, mostly related to specimens of Anastrepha fraterculus. The second common event, detected eight times, is restricted gene flow with isolation by distance (IBD). Dating of such events indicated that they are temporarily congruent which might indicate that the lack of IBD in other levels of the analysis might be caused either by sampling limitations or an excess of local gene flow that tampers out as we move farther in space. Our results of the gene yolk have provided us with a better understanding of the levels of local variation of this marker of for the species that may help us determine the evolutionary processes that shaped the species group current distribution. / Espécies do grupo fraterculus estão relacionadas com os maiores danos a culturas de frutas carnosas por atacar frutos verdes e maduros indistintamente, o que as torna pragas de grande importância econômica. Contudo, estas espécies são de difícil distinção, com a existência potencial de diversas espécies crípticas. Dessa forma, o entendimento da biologia e, particularmente, da estrutura populacional desses insetos-praga tem grande importância para o desenvolvimento de novas estratégias de manejo. Neste trabalho, investigamos a variação no gene yolk em 37 indivíduos ao longo da distribuição do grupo no Brasil para conhecermos melhor o padrão estrutural das espécies do grupo fraterculus. Os dados indicam a existência de recombinação, de forma que analisamos a região amplificada separadamente por regiões distintas: 5 , mid e 3 . Análises de polimorfismos nestas regiões apontaram para altos valores de diversidade nucleotídicas intra e interespecíficas para as três regiões gênicas em questão, sendo estes valores maiores para a região 3 . A metodologia da Análise dos Clados Aninhados (NCPA) foi utilizada para inferências de possíveis relações entre a configuração das redes haplotípicas com o padrão de distribuição geográfica considerando estas três regiões distintas. Através do uso desta metodologia, observamos dois eventos principais que podem estar influenciando a distribuição das espécies do grupo fraterculus no território nacional. A primeira inferência refere-se à expansão populacional no sentido Centro-Sul do Brasil, referente preferencialmente à espécie Anastrepha fraterculus. O segundo evento de inferência indica fluxo gênico restrito com isolamento por distância ao longo da distribuição global dos espécimes amostrados. A datação destes eventos indica uma congruência temporal, o que pode indicar que a não ocorrência de fluxo gênico em clados inferiores possa estar associado a restrições amostrais, uma vez que nossa amostragem é de fato restrita. Além disso, em populações mais próximas, o fluxo gênico pode estar ocorrendo com freqüência suficiente para promover a homogeneização genética das populações. Os resultados obtidos mediante a análise das seqüências do gene yolk nos permitiu um melhor conhecimento àcerca dos níveis de variação referentes a esse marcador, bem como determinar os processos que possam estar envolvidos no padrão de distribuição atual das espécies do grupo fraterculus no território nacional.