abstract: Continuous advancements in biomedical research have resulted in the production of vast amounts of scientific data and literature discussing them. The ultimate goal of computational biology is to translate these large amounts of data into actual knowledge of the complex biological processes and accurate life science models. The ability to rapidly and effectively survey the literature is necessary for the creation of large scale models of the relationships among biomedical entities as well as hypothesis generation to guide biomedical research. To reduce the effort and time spent in performing these activities, an intelligent search system is required. Even though many systems aid in navigating through this wide collection of documents, the vastness and depth of this information overload can be overwhelming. An automated extraction system coupled with a cognitive search and navigation service over these document collections would not only save time and effort, but also facilitate discovery of the unknown information implicitly conveyed in the texts. This thesis presents the different approaches used for large scale biomedical named entity recognition, and the challenges faced in each. It also proposes BioEve: an integrative framework to fuse a faceted search with information extraction to provide a search service that addresses the user's desire for "completeness" of the query results, not just the top-ranked ones. This information extraction system enables discovery of important semantic relationships between entities such as genes, diseases, drugs, and cell lines and events from biomedical text on MEDLINE, which is the largest publicly available database of the world's biomedical journal literature. It is an innovative search and discovery service that makes it easier to search/navigate and discover knowledge hidden in life sciences literature. To demonstrate the utility of this system, this thesis also details a prototype enterprise quality search and discovery service that helps researchers with a guided step-by-step query refinement, by suggesting concepts enriched in intermediate results, and thereby facilitating the "discover more as you search" paradigm. / Dissertation/Thesis / M.S. Computer Science 2010

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-08-15T12:21:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Original. 16.08.pdf: 878189 bytes, checksum: ad94d84427d40e7d6e650cf040c79384 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-15T12:21:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Original. 16.08.pdf: 878189 bytes, checksum: ad94d84427d40e7d6e650cf040c79384 (MD5) Previous issue date: 2015-02-20 / O bullying escolar é um comportamento agressivo deliberado no qual uma(s) pessoa(s) inflige repetidamente outra(s) que é incapaz de se defender. Apesar da pluralidade de variáveis envolvidas no fenômeno, os achados da literatura mostram que há uma estreita relação entre a qualidade da vinculação afetiva entre mãe e criança e o nível de competência social para tornar-se um adolescente vítima ou praticante de bullying. Também se encontram indícios de que praticante e vítima apresentam formas particulares de refletir sobre a própria experiência subjetiva, quer sejam motivados pela qualidade de suas respectivas vivências de apego, quer sejam motivados pelas suas respectivas vivências escolares. Nesse sentido, a autoconsciência reflexiva constitui um modo epistemológico de refletir sobre si mesmo regado pelo autoconhecimento, ao passo que a autoconsciência ruminativa constitui uma maneira ansiosa de refletir sobre si mesmo, regado por aflição psicológica. Este estudo teve como objetivo elucidar as relações entre a prática e a vitimização no bullying e variáveis externas associadas como tipos de padrões de apego (seguro/inseguro) e estilos de autoreflexão (ruminação/reflexão). Para fins de testar a hipótese foi realizada uma pesquisa da qual participaram 293 adolescentes apresentando idades entre 12 e 18 anos. Para efetivação do objetivo, a aplicação de três escalas psicométricas – Escala de Disposição ao Bullying; Escala de Autoconsciência Situacional; e Escala das Experiências de Apego nas Relações de Amizade - foi coletiva em cada uma das salas de aula na qual a coleta de dados foi realizada após as garantias éticas vinculadas ao processo. Além das medidas relatadas os participantes também responderam um Questionário Sóciodemográfico contendo duas variáveis de interesse para este estudo (Sexo e Grau de União Familiar). Os dados foram tratados através do software estatístico SPSS, com o qual foram levantadas as principais estatísticas descritivas, após o que se procedeu a avaliação das características psicométricas das escalas do estudo com apoio em procedimentos da Análise Fatorial e Psicometria, tendo-se encontrado uma adequação dos instrumentos para uso no teste empírico da hipótese. Análises subseqüentes foram efetuadas com apoio nos coeficientes de correlação de Pearson, e Spearman, Regressões passo-a-passo e análise multivariada não métrica tipo SSA (Análise de Estrutura de Similaridade), para exame das inter-relações entre as variáveis, interpretados à luz da teoria das facetas. Entre os resultados elencamos: 1) Correlação Positiva entre Apego Inseguro Ambivalente, Apego Inseguro Desorganizado e Disposição à Prática de Bullying; 2) Correlação Positiva entre Apego Inseguro Evitante, Apego Inseguro Ambivalente, Apego Inseguro Desorganizado e Disposição à Vitimização; 3) Correlação Positiva entre Disposição à Vitimização e Autofoco Ruminativo; Correlação Positiva entre Disposição à Prática, Autofoco Ruminativo e Reflexivo. O bullying escolar é um tipo de violência cujos riscos de prática e de vitimização podem vir a ser incidentes em adolescentes cujos vínculos de apego são inseguros, o que confirma a importância crucial da relação entre pais e filhos tanto para o desenvolvimento dos padrões relacionais afetivos quanto para a aquisição da capacidade de autoconsciência reflexiva, sendo ambas as condições determinantes para conduzir-se socialmente no ambiente escolar. Concluímos a pesquisa atestanto que as disposições à prática e à vitimização no bullying escolar apresentam enlances desenvolvimentais com os vínculos de apego, e estes últimos com as disposições para as formas reflexivas de autofoco. / O bullying escolar é um comportamento agressivo deliberado no qual uma(s) pessoa(s) inflige repetidamente outra(s) que é incapaz de se defender. Apesar da pluralidade de variáveis envolvidas no fenômeno, os achados da literatura mostram que há uma estreita relação entre a qualidade da vinculação afetiva entre mãe e criança e o nível de competência social para tornar-se um adolescente vítima ou praticante de bullying. Também se encontram indícios de que praticante e vítima apresentam formas particulares de refletir sobre a própria experiência subjetiva, quer sejam motivados pela qualidade de suas respectivas vivências de apego, quer sejam motivados pelas suas respectivas vivências escolares. Nesse sentido, a autoconsciência reflexiva constitui um modo epistemológico de refletir sobre si mesmo regado pelo autoconhecimento, ao passo que a autoconsciência ruminativa constitui uma maneira ansiosa de refletir sobre si mesmo, regado por aflição psicológica. Este estudo teve como objetivo elucidar as relações entre a prática e a vitimização no bullying e variáveis externas associadas como tipos de padrões de apego (seguro/inseguro) e estilos de autoreflexão (ruminação/reflexão). Para fins de testar a hipótese foi realizada uma pesquisa da qual participaram 293 adolescentes apresentando idades entre 12 e 18 anos. Para efetivação do objetivo, a aplicação de três escalas psicométricas – Escala de Disposição ao Bullying; Escala de Autoconsciência Situacional; e Escala das Experiências de Apego nas Relações de Amizade - foi coletiva em cada uma das salas de aula na qual a coleta de dados foi realizada após as garantias éticas vinculadas ao processo. Além das medidas relatadas os participantes também responderam um Questionário Sóciodemográfico contendo duas variáveis de interesse para este estudo (Sexo e Grau de União Familiar). Os dados foram tratados através do software estatístico SPSS, com o qual foram levantadas as principais estatísticas descritivas, após o que se procedeu a avaliação das características psicométricas das escalas do estudo com apoio em procedimentos da Análise Fatorial e Psicometria, tendo-se encontrado uma adequação dos instrumentos para uso no teste empírico da hipótese. Análises subseqüentes foram efetuadas com apoio nos coeficientes de correlação de Pearson, e Spearman, Regressões passo-a-passo e análise multivariada não métrica tipo SSA (Análise de Estrutura de Similaridade), para exame das inter-relações entre as variáveis, interpretados à luz da teoria das facetas. Entre os resultados elencamos: 1) Correlação Positiva entre Apego Inseguro Ambivalente, Apego Inseguro Desorganizado e Disposição à Prática de Bullying; 2) Correlação Positiva entre Apego Inseguro Evitante, Apego Inseguro Ambivalente, Apego Inseguro Desorganizado e Disposição à Vitimização; 3) Correlação Positiva entre Disposição à Vitimização e Autofoco Ruminativo; Correlação Positiva entre Disposição à Prática, Autofoco Ruminativo e Reflexivo. O bullying escolar é um tipo de violência cujos riscos de prática e de vitimização podem vir a ser incidentes em adolescentes cujos vínculos de apego são inseguros, o que confirma a importância crucial da relação entre pais e filhos tanto para o desenvolvimento dos padrões relacionais afetivos quanto para a aquisição da capacidade de autoconsciência reflexiva, sendo ambas as condições determinantes para conduzir-se socialmente no ambiente escolar. Concluímos a pesquisa atestanto que as disposições à prática e à vitimização no bullying escolar apresentam enlances desenvolvimentais com os vínculos de apego, e estes últimos com as disposições para as formas reflexivas de autofoco.

A lombalgia e a cervicalgia possui grande incidência em toda a população mundial. Segundo a Organização Mundial de Saúde (OMS), em média, cerca de 80% da população adulta apresenta, em algum momento da vida, pelo menos uma queixa de dor na coluna, onde a degeneração da articulação do processo articular é frequentemente apontada como a etiologia. Diversos estudos vêm sendo realizados, na tentativa de se compreender como ocorre o processo degenerativo patológico dessas articulações, onde, frequentemente são usados indivíduos sintomáticos. Deste modo, avaliou-se, com o uso de técnicas macroscópicas, de microscopia de luz e de microscopia eletrônica, a organização estrutural da cartilagem dos processos articulares (CPas) das vértebras cervicais (C) e lombares (L) de indivíduos jovens (GJ) e idosos (GI), presumivelmente assintomáticos. Foram utilizados blocos vertebrais obtidos de cadáveres necropsiados no Serviço de Verificação de Óbitos da Capital do Estado de São Paulo, onde familiares de todos os indivíduos forneceram informações que permitiram incluir ou excluí-los da pesquisa. Os resultados mostram que ocorrem alterações na superfície da CPa do segmento L no GJ. A degeneração da CPa ocorre de forma heterogênea entre os indivíduos do GI e as característica do grau 2 podem ser admitidas como decorrentes do processo de envelhecimento normal, não havendo diferenças entre os segmentos C e L. / Back pain and neck pain have a high occurrence in populations worldwide. According to the World Health Organization (WHO), approximately 80% of adults have at some instance in life pain in the spine with an etiology frequently indicated to be the degeneration of the articular process. Several studies have been undertaken to understand how the pathological degenerative process occurs and symptomatic subjects are frequently used for this end. Macroscopic and light and electron microscopy techniques have been employed to assess the structural organization of the cartilage of the articulation processes (CAP) of the cervical (C) and lumbar (L) vertebrae of presumably asymptomatic young (Y) and elderly (E) people. Samples, retrieved from routinely necropsied corpses by the Death Verification Service of the Capital City of the State of São Paulo (SVOC/SP) and the family of all individuals provided information that enabled include or exclude them from search. Results show that changes in the CAP surface of segment L of Y occur. CAP degradation occurs heterogeneously among elderly people, whereas second degree characteristics are caused by normal aging without any difference between the C and L segments.

Tree diameter data from 29 years of observations in six permanent plots was used to calculate the growth rate parameter of the FACET gap model for 39 species in the Imataca forests in Venezuela. The compound topographic index was used as a measure of differential soil water conditions and was calculated using geographic information systems. Growth rate values and topographic conditions typical of hill and valley were input to FACET to simulate dynamics at the species level and by ecological and functional groups. Species shade-tolerance led to expected successional patterns. Drought-tolerant/saturation-intolerant species grew in the hills whereas drought-intolerant/saturation-tolerant species occurred in the valleys. The results help to understand forest composition in the future and provide guidance to forest management practices.

O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de lesões cervicais não cariosas (LCNC), além de observar possíveis fatores de risco relacionados ao seu desenvolvimento. Pacientes de ambos os gêneros e com idade a partir de 18 anos, da Clínica Integrada da Faculdade de Odontologia do Recife, foram examinados, totalizando 1110 dentes, onde se buscou a presença de LCNC, facetas de desgaste e prematuridades oclusais. Os pacientes também foram investigados quanto a presença de problemas gastrintestinais, hipersensibilidade dentinária, hábitos parafuncionais e a dieta utilizada. A presença de LCNC foi observada com auxílio de sonda periodontal posicionada paralela ao longo eixo do dente, e a severidade, medida pelo índice de desgaste dental (IDD) de Smith e Knight, utilizando a mesma sonda, porém, perpendicular ao longo eixo do dente. Posteriormente foi observada a presença de contatos prematuros em RC ou interferência nos movimentos de lateralidade e protrusão. A presença de LCNC foi encontrada em 72,5% dos indivíduos, com maior freqüência no primeiro pré-molar, seguido do segundo prémolar e primeiro molar. Foi observada relação entre LCNC e a presença de facetas de desgaste, de contatos prematuros e interferências. Nos dados referentes ao questionário, não foram encontradas diferenças significantes, entre os grupos com e sem lesão, quanto a idade, gênero, dieta, problemas gastrintestinais, hábito parafuncional ou hipersensibilidade dentinária. Concluiu-se que as LCNC estão associadas à facetas de desgaste e contatos oclusais parafuncionais, embora, novos estudos sejam necessários para esclarecer seu complexo desenvolvimento. / The aim of this study was to observe the prevalence of noncarious cervical lesions (NCL),and the risk factors involved in this development. Patients of both genders and over eighteen years old, were examined, with 1110 teeth where the presence of NCL, wear facets and oclusal prematuritiess were sought. The patients also given a questionnaire about age, gender, gastrointestinal problems, diet, dentin hipersensitivity and parafunctional habits. The NCL was detected by a periodontal probing located parallel to the long axis of the tooth, and its severity was evaluated by the Smith and Knight tooth wear index (TWI) by using the same periodontal probe, but perpendicular to the long axis. Later, the presence of premature contacts at centric relation (CR) or interference in lateral and protrusive movements was observed. NCL was found in 72,5% of the individuals, with greater frequency in the first premolars, followed by seconds premolars and then first molars. It was observed relationship between NCL and wear facets and between NCL and premature or interferents contacts. In the data gotten fron the questionnaire, no significant diference for age, gender, diet, gatrointestinals problems, parafunctional habits or dentin hipersensitiveness, between the groups with and without lesions. We conclude that NCL are associate with wear facet and parafunctional oclusal contacts, inspite of new studies must to be necessary to explain their complex development.

This diploma thesis deals with the growth of semiconductor nanowires on Ge(111) surface. The nanowires were prepared by means of PVD (physical vapor deposition). The growth was calatyzed by Au colloidal nanoparticles. An impact of different growth conditions on nanowire morfology is presented. It is demonstrated that Ge nanowires grow preferentially along axis. Ge wires with orientation were observed as well.

Thesis advisor: Larry H. Ludlow / In the field of teacher education, it is well documented that the most influential part is the clinical component, often referred to as student teaching or the practicum experience (Cochran-Smith, 1991; Darling-Hammond, 2014; Evertson, 1990). During the practicum, there exists a triad of three individuals: a university supervisor, a K-12 classroom teacher (often referred to as the cooperating teacher), and the teacher candidate. While much research has been conducted on teacher candidates and the cooperating teacher role, there has been a lack of research on the role of the university supervisor. The lack of measurement instruments to assess the quality of the university supervisor puts teacher education programs at a disadvantage, both from a programmatic improvement standpoint, as well as meeting accreditation requirements. This dissertation provides an answer to this issue, creating a new instrument that assesses the quality of the university supervisor, from the perspective of teacher candidates. This instrument is constructed under the Rasch-Guttman Scenario (RGS) framework, as most clearly defined by Ludlow, Baez-Cruz, et al. (2020). The RGS framework derives its influence from the works of George Rasch (1960/80) as well as Louis Guttman’s facet theory (Guttman 1954; Guttman 1957). The result is a new scale, entitled the University Supervisor Quality (USQ) scale, consisting of nine scenario items. All nine items include four facets that comprise the construct of university supervisor quality: resourcefulness, constructive feedback, mentorship, and collaboration. The results of this dissertation suggest that the utilization of the RGS framework is successful for developing a scale about university supervisor quality. In addition, the use of cognitive interviews provide valuable insight into the development of scales using the RGS framework. This scale has the potential for use in teacher education programs for evaluating the quality of their supervisors, and to utilize as evidence for accreditation purposes. / Thesis (PhD) — Boston College, 2022. / Submitted to: Boston College. Lynch School of Education. / Discipline: Educational Research, Measurement and Evaluation.

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Management scholars have become increasingly interested in the role of organizational context. As part of this trend, research on work climates has thrived. This contemporary climate research differs from traditional approaches by concentrating on facet-specific climate types like service or innovation, rather than general, global conceptualizations of climate. Consequently, the climate literature has become fragmented and disorderly. I seek to remedy this in my dissertation. Specifically, I propose and test an integrated model of work climate that examines both molar and facet-specific climates. Chapter 1 is a review of the organizational work climate literature. This review seeks to review, reorganize, and reintegrate the climate literature. In addition, this review brought to light an issue that hinders the integration of the climate literatures: the literature does not contain a quality instrument for assessing the general characteristics of the molar work climate of an organization. In Chapter 2, I develop a theoretically-driven measure of work climate by drawing on the competing values framework (Quinn & Rohrbaugh, 1983). Preliminary results from three studies suggest that the proposed four-component model of molar work climate appears to be viable. The results indicate the instrument has internal reliability. Further, the results demonstrate discriminant, convergent, and criterion-related validity. In Chapter 3, I propose and test an integrated model of work climate by drawing on bandwidth-fidelity theory (Cronbach & Gleser, 1957). I predict that facet-specific climates will be more strongly related to specific outcomes and molar climates will be more strongly related to global outcomes. Further, I suggest weaker, indirect relationships between molar climate and specific outcomes and between facet-specific climates and global outcomes. The results indicate support for my predictions.

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