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Perfil Genotípico de Resistência do HIV em pacientes com falha virológica ao esquema antirretroviral de primeira linha na coorte de pacientes com HIV/AIDS do Instituto de Pesquisa Clinica Evandro Chagas-Fiocruz

Tavares, Isabel Cristina Ferreira January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-12-29T16:20:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 isabel_tavares_ini_mest_2013.pdf: 1099315 bytes, checksum: 11f2428b3a85a3607457516345628393 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-11-23 / Introdução: Ao longo dos trinta anos de identificação do HIV como agente etiológico, muitas mudanças ocorreram, principalmente em relação ao tratamento dos pacientes. O adequado monitoramento e a detecção precoce das falhas virológicas desde o primeiro esquema antirretroviral possibilita escolhas mais adequadas do esquema de segunda linha através da obtenção do perfil das mutações relacionadas à classe de antirretroviral que foi utilizada como primeiro esquema. Objetivos: Descrever o perfil genotípico por ocasião da primeira falha virológica em uso de um esquema inicial de cART; Avaliar o impacto do perfil mutacional no momento da primeira falha no uso potencial da etravirina em esquemas antirretrovirais subsequentes; Descrever o perfil da população baseando-se no escore de mutações da etravirina e analisar os fatores relacionados à redução na sensibilidade a esta droga; Avaliar a prevalência de genotipagens com de vírus selvagem e analisar os fatores associados à sua ocorrência; Descrever os fatores relacionados à mutação K65R na primeira falha à cART. Métodos: Estudo com coleta de dados a partir de prontuários médicos e exames de genotipagem de pacientes com HIV acompanhados no IPEC que tiveram a falha virológica ao esquema antirretroviral inicial no período de 2000 a 2012. Este estudo foi revisto e aprovado pelo Comitê de Ética do IPEC Resultados: Foram incluídos 166 pacientes nesse estudo. O subtipo viral predominante foi o B (65,3%). Nos 113 pacientes que usaram esquemas baseados em ITRNN (66,5%), a mutação mais frequente para esta classe foi a 103N. Entre os 17 pacientes que fizeram uso de IP sem booster, as mutações mais frequentes na protease foram a 30N, 32I e 46ILV e entre os 36 pacientes que fizeram uso de IP com booster as mutações mais frequentes na protease foram a 82ATF, 90M e 46ILV. A mutação para ITRN mais frequente nos três grupos foi a 184VI. Os pacientes que usaram ITRNN foram os que tiveram maior percentual de mutações para ITRN e os que usaram IP com booster foram os que tiveram menor pecentual de mutação para duas classes. Trinta e dois pacientes (17,6%) apresentaram genotipagem com vírus selvagem, sendo esta associada à presença de carga viral no momento da genotipagem > 50.000 cópias/ml e ao uso de IP com booster e sem booster.. Em relação à etravirina, observou-se uma menor proporção de indivíduos com perfil de sensibilidade plena e uma maior proporção de indivíduos com perfil de resistência (principalmente de nível intermediário) entre os pacientes que utilizaram tenofovir, sendo essa diferença significativa em relação ao total de pacientes avaliados (p=0,004). Quarenta e sete pacientes usaram Tenofovir sendo que 31,9% apresentaram a K65R Conclusões: O perfil genotípico da primeira falha entre os pacientes da coorte do IPEC no período avaliado mostrou uma alta prevalência de 184V/I e 103N. Contrariamente, a prevalência de mutações para a protease foi baixa. A carga viral no momento da genotipagem > 50.000 cópias/ml e o uso de IP com booster e sem booster foram considerados fatores associados à maior presença de genotipagens com vírus selvagem. Foi evidenciado um perfil mutacional relativamente favorável à utilização da Etravirina em esquemas de futuro resgate na coorte de pacientes do IPEC, pela moderada frequência das mutações que comprometem a atividade deste antirretroviral / ntro duction : Over thirty years of HIV epidemic , many changes have occurred, especially in term ́s of patients treatment. Proper monitoring and early detection of virological failures from the first antiretroviral regimen allows better choices for second - line re gimen by obtaining the profile of mutations related to antiretroviral class that are being used as the first line . Objectives : To describe the genotypic profile at the first virologic failure while using the first line cART ; evaluate the impact of the mut ational profile at the time of first failure in the potential subsequent use of etravirine for salvage regimens; describe the profile of the population relying etravirine ́s mutations and analyze the factors related to reduced sensitivity to this drug; eval uate the prevalence as well as the associated risk factors of genotyping with the presence of wild - type virus; d escribe the factors related to the presence of K65R mutati on at the first failure to cART . Methods : The study included data collection from medi cal records and genotyping of HIV patients followed at IPEC who had presented virologic failure for initial antiretroviral regimen in the period of 2000 to 2012 . The present study was approved by IPEC`s Ethics Committee . Results : 166 patients were included in this stud y .The predominant virus subtype was B (65.3 %). Among the 113 patients using NNRTI - based regimens, the most frequent mutation to NNRTI was 103N. Among the 17 patients who used an unboosted PI , the most prevalent mutations in protease were 30N , 32I and 46ILV. Among the 36 patients who used boosted PI the most frequent mutations in protease were 82AT F, 90M and 46ILV . The most frequent NRTI mutation into the three groups was 184VI . Among p atients who used NNRTI we found a higher percentage of mut ations to NRTIs and among those who used boosted PI fewer mutations to NRTIs were found . Thirty - two patients (17.6% ) had wild type vírus, which is associated with the presence of viral load > 50.000 copies/ml at the time of genotyping and with the use of unboosted and boosted PI. Regarding etravirine , there was a lower proportion of individuals with full sensitivity profile and a higher proportion of indivi duals with resistance profile ( primarily intermediate level) a m ong patients who used tenofovir , with a significant difference in relation to total evaluated patients ( p = 0.004). Forty - seven patients used Tenofovir of which 31.9 % had presented K65R . Conclusions : The genotypic profile of the first failure among patients in the IPEC cohort showed a higher prevalence of 184V/I and 103N. A small number of mutations to protease was evidenced. The overall prevalence of genotyping with wild type virus was 17.6 % . A viral load > 50,000 copies/ml at the time of genotyping as well as PI use (both, boosted and non - boosted) were found to be associated with an increased presence of with wild type virus factors. A relatively favorable mutational profile to the future use of etravirine in salvage regime ns in the IPEC cohort was evidenced by the moderate frequency of mut ations that compromise this antiretroviral act ivity.
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Isolamento e caracterização de enteropatógenos bacterianosem aves provenientes do tráfico de animais selvagens no estado do Rio de Janeiro - Brasil: riscos para a saúde pública / Isolation and characterization of bacterial pathogens in birds from the trafficking of wild animals in the state of Rio de Janeiro - Brazil: risks to public health

Matias, Carlos Alexandre Rey January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-15T14:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 367.pdf: 8318494 bytes, checksum: 1a685a694b4d4b093de0d34fdb6d14e8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Este estudo teve como objetivo avaliar o papel da avifauna silvestre apreendidano Estado do Rio de Janeiro, oriunda do comércio ilegal, como reservatórios deenteropatógenos bacterianos e o risco de transmissão para o homem. Foram coletadasamostras de 109 animais, sendo a maioria, passeriformes das famílias Emberezidae eThraupidae. Em relação ao isolamento de Enterobacteriaceae, houve uma prevalênciade 78,9 por cento. Diferentes bactérias por indivíduo foram isoladas, com uma riqueza de 1,68,com destaque para Escherichia coli, Enterobacter spp. e Klebsiella pneumoniae. Foramisoladas uma cepa de Salmonella sorovar Typhimurium de uma Cigarra-verdadeira eduas Salmonella sorovar Panama de dois indivíduos de Maria-preta. Os resulados demonstraram que estes sorovares circulam no Brasil, o que foi reforçado com a análisepor PFGE, que comparou as cepas isoladas com outras isoladas de surtos em diversasregiões do país. A cepa de Salmonella sorovar Tiphymurium mostrou 100 por cento desimilaridade com duas amostras envolvidas em surtos de origem humana. Os isolados avaliados apresentaram um elevado percentual de resistência aos antimicrobianos, onde algumas amostras chegaram a apresentar resistência a nove dos antibióticos testados.Nenhuma bactéria das famílias Vibrionaceae e Aeromonadaceae foram isoladas,indicando que estas espécies de aves não são reservatórios importantes destas bactérias.Cepas de Staphylococcus foram isolados em 45,9 por cento das amostras. / O isolamento deespécies que não tem as aves silvestres como hospedeiros naturais, a elevada proporçãode cepas com graus de resistência aos B-lactâmicos, lincosamidas e tetraciclina, e aindaa presença de genes de resistência associada a fenótipos de multi-resistência sugere que esses animais podem ter papel relevante na transmissão desses patógenos e na disseminação dos mecanismos de resistência aos antimicrobianos. Recomenda-se o monitoramento constante das aves silvestres apreendidas no comércio ilegal, com a realização de procedimentos de quarentena para evitar que a soltura e destinação desses animais contribua para a disseminação de cepas com potencial zoonótico e com perfil de multi-resistência aos antibióticos. Atenção especial deve ser dada para aqueles envolvidos no manejo de espécies silvestres, uma vez que o maior contato e manipulação desses animais os expõe a um maior risco de transmissão a agentes zoonóticos. / This study aimed to evaluate the role of wild birds seized in the illegal trade in the Riode Janeiro State, as a reservoir of bacterial pathogens and the risk of transmission tohumans. Samples of 109 animals were collected, the majority passerines fromEmberezidae and Thraupidae families. Regarding the isolation of Enterobacteriaceae, there was a prevalence of 78,9 percent. Different bacteria were isolated per individual, with arichness of 1,68, especially Escherichia coli, Enterobacter spp. and Klebsiella pneumoniae. One strain of Salmonella serovar Typhimurium was isolated from aTemminck s Seedeater and two Salmonella serovar Panama isolates from two Chestnut capped Blackbird. The results showed that these serovars are circulating in Brazil, which was reinforced by PFGE analysis, that compared the strains isolated with othersinvolved in outbreaks in several regions of the country. The Salmonella serovar Tiphymurium strain showed 100% of similarity with two samples involved in humano ut breaks. The isolates showed a high percentage of antimicrobial resistance, with somesamples showing resistance to nine of the antibiotics tested. No bacteria of Vibrion aceaeand Aeromonadaceae families were isolated, indicating that these birds are notimportant reservoirs of these bacteria. Staphylococcus strains were isolated in 45,9 percent ofthe samples. ^ien / The detection of species that don t have wild birds as natural hosts, thehigh proportion of strains with varying degrees of resistance to
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Caracterização de isolados de actinobactérias utilizando BOX-PCR e URP-PCR e purificação de composto bioativo produzido por um isolado de Streptomyces sp. / Characterization of actinobacterias isolates using BOX-PCR and URP-PCR and purification of a bioactive compound produced by an isolate of Streptomyces sp

Borba, Marcela Proença January 2016 (has links)
O filo Actinobacteria é um importante grupo de bactérias Gram positivas amplamente distribuídas nos ambientes aquáticos e terrestres, são grandes produtores de compostos biologicamente ativos e, portanto, de grande interesse biotecnológico. O gênero Streptomyces destaca-se como maior produtor destes compostos, sendo responsável por cerca de 70% dos antibióticos que hoje utilizamos. A identificação dos organismos deste gênero ainda é um desafio. Durante muitos anos a identificação foi realizada somente com base em características morfológicas e fisiológicas. Atualmente, com o avanço das técnicas moleculares, há um grande número de espécies relatadas em bancos de dados genômicos. Este trabalho tem por objetivo identificar isolados de actinobactérias presentes no Laboratório de Microbiologia Ambiental ICBS/UFRGS com auxílio das técnicas de BOX-PCR, amplamente utilizado em estudos de diversidade dentro deste filo, e URP-PCR. E, além disso, realizar purificação parcial de um composto antimicrobiano efetivo contra bactérias produzido pelo isolado Streptomyces 8S. Os primers URP e BOX1AR produziram distintos padrões de amplificação nos isolados estudados, porém não foi possível investigar as relações de similaridade entre eles. Ainda o sequenciamento da região 16S rDNA não foi eficiente para identificar as espécies. Para a purificação do composto antimicrobiano foi realizada extração líquido-líquido com o solvente acetato de etila, posteriormente cromatografia de gel-filtração (Sephadex G-75) e troca iônica (SP-Sepharose e DEAE-celulose). A atividade antimicrobiana do composto foi recuperada após cada etapa. O composto manteve-se ativo após os ensaios de estabilidade frente à adição de EDTA, enzimas proteolíticas e altas temperaturas. Isto sugere que o composto antimicrobiano não é de origem protéica. Este trabalho sugere novos estudos a partir dos resultados preliminares obtidos, como a amplificação de todo o fragmento 16S rDNA dos isolados de actinobactérias e a investigação do composto antimicrobiano através de cromatografias de alta resolução. / The Actinobacteria phylum is an important group of Gram positive bacteria widely distributed in terrestrial and aquatic environments. They are major producers of biologically active compounds and therefore of great biotechnological interest. The genus Streptomyces stands out as the largest producer of these compounds, accounting for about 70% of the antibiotics that we use today. The identification of these organisms is still a challenge. For many years the identification was carried out only based on morphological and physiology characteristics. Today, with the advance of molecular techniques, there are a large number of species reported in genomics database. This work aims to identify isolates of actinobacterias present in the Laboratório de Microbiologia Ambiental ICBS / UFRGS with the help of BOX-PCR techniques, widely used in diversity studies within this phylum, and URP-PCR. And besides that, performing partial purification of an antimicrobial compound effective against bacteria produced by Streptomyces 8S isolated. The URP and BOX1AR primers produced different amplification patterns in the isolates, but it was not possible to investigate the relationship of similarity between them. Also the sequencing of 16S rDNA was not efficient to identify the species. To purify the antimicrobial compound was carried out liquid-liquid extraction with the solvent ethyl acetate, subsequently chromatography: gel-filtration (Sephadex G-75) and ion exchange (SP-Sepharose and DEAE-cellulose). The antimicrobial in question did not adhere to the SP-Sepharose column, showing that it has negative charge. The antimicrobial activity of the compound was recovered after each step. The compound remained active after the stability tests like the addition of EDTA, proteolytic enzymes and high temperatures. This suggests that the antimicrobial compound is not a protein. This work suggests further studies based on the obtained preliminary results such as the amplification of the entire 16S rDNA of actinobacterias isolated fragment and the investigation of the antimicrobial compound using high resolution chromatography.
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Resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formação de biofilme em Staphylococcus spp. isolados do Arroio Dilúvio / Antimicrobial resistance, enterotoxins genes and biofilm formation in Staphylococcus spp. isolated from arroio dilúvio

Basso, Ana Paula January 2013 (has links)
A água é um recurso essencial para manutenção da vida. Entretanto, a ingestão de água de baixa qualidade está associada com um dos maiores problemas de saúde pública no mundo: doenças de veiculação hídrica. O Arroio Dilúvio é um dos principais córregos de Porto Alegre-RS e recebe grandes volumes de terra, lixo e águas residuais, o que contribui para deterioração das suas águas. Staphylococcus podem causar intoxicação alimentar devido à ingestão de Enterotoxinas Estafilocócicas (SEs). Enterotoxinas são proteínas termoestáveis com atividade de superantígeno. Esses microrganismos também estão envolvidos em diversas outras patologias e sua multirresistência a antimicrobianos é motivo de preocupação. Staphylococcus são capazes de formar biofilme, o que confere lhes proteção tanto no ambiente quanto no hospedeiro. Esse estudo objetivou identificar 88 isolados de Staphylococcus provenientes da água de cinco pontos do Arroio Dilúvio e analisar alguns de seus fatores de virulência. Os isolados foram identificados em nível de espécie através de testes bioquímicos e o perfil de resistência a antimicrobianos foi determinado pelo teste de disco-difusão. Foram também submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase para detecção dos genes das enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed e see) e ao teste de formação de biofilme em microplaca. 94,32% dos isolados foram classificados como Estafilococos Coagulase Negativa e as espécies mais frequentemente identificadas foram S. cohnii, S. haemolyticus e S. saprophyticus. 43,18% dos isolados apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano testado, sendo resistência a penicilina, eritromicina e oxacilina os fenótipos mais observados. A maior ocorrência de isolados resistentes foi no ponto C de coleta. 36,36% dos isolados apresentaram um ou mais genes de enterotoxinas, sendo sec o mais prevalente. No ponto B foi encontrado o maior número de isolados carregando genes de SEs. Dez isolados mostraram capacidade de formar biofilme in vitro, sendo dois fortes formadores. Conclui-se que as águas do Arroio Dilúvio estão contaminadas com estafilococos potencialmente virulentos, os quais apresentam resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formam biofilme, o que confere risco à população do município. / Water is an essential resource for life maintenance. However, intake of low quality water is associated with one of the biggest public health problems in the world: the waterborne diseases. Arroio Dilúvio is a major stream of water in Porto Alegre-RS, which receives large volumes of earth, rubbish and waste water, contributing to water deterioration. Staphylococcus can cause food poisoning due to ingestion of Staphylococcal Enterotoxins (SEs). Enterotoxins are thermostable proteins with superantigen activity. These microorganisms are also involved in several other pathologies and their multidrug resistance to antibiotics is a concern. Staphylococci are able to form biofilm, which provide protection on both environmental and host. This study aimed to identify 88 Staphylococcus isolated from five points of Arroio Dilúvio water and analyze some of their virulence factors. Isolates were identified to species level by biochemical tests and antimicrobial resistance profile was determined by disk diffusion test. They were also submitted to Polymerase Chain Reaction to detect genes of classical enterotoxins (sea, seb, sec, sed and see) and to biofilm formation test. 94.32% of the isolates were classified as Coagulase Negative Staphylococci and the most frequent species were S. cohnii, S. haemolyticus and S. saprophyticus. 43,18% of isolates were resistant to at least one antimicrobial tested, and resistance to penicillin, erythromycin, and oxacillin was the phenotype most observed. The increased occurrence of resistant isolates was at point C. 36,36% of the isolates had one or more enterotoxin genes, sec being the most prevalent. At point B was found the largest number of isolates carrying genes SEs. Ten isolates showed ability to form biofilm in vitro, being two strong formers. We conclude that the water of the Arroio Dilúvio are contaminated with potentially virulent staphylococci, which are resistant to antibiotics, had enterotoxin genes and form biofilms, which confers risk for the city population.
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Avaliação de atividade antibacteriana do actinomiceto endofítico R18(6) contra bactérias gram-negativas multirresistentes / Evaluation of antibacterial activity of endophytic actinomycete R18(6) against gram-negative bacteria multidrug resistant

Carvalho, Tiele da Silva January 2014 (has links)
As bactérias Gram-negativas das famílias Enterobacteriaceae e Pseudomonadaceae são os patógenos mais comumente isolados de infecções. Devido ao crescente aparecimento de micro-organismos resistentes aos antimicrobianos disponíveis para terapêutica, a busca de novos compostos tornou-se eminente, principalmente oriundos de fontes naturais cultiváveis. Os actinomicetos são uma das principais fontes de metabólitos secundários com atividade antibacteriana. Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial do actinomiceto endofítico R18(6) em produzir metabólitos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. Para isto, utilizou-se o teste de dupla camada para avaliar a capacidade de produção de metabólitos ativos pelo actinomiceto. As condições de cultivo, como fontes de carbono, temperatura, pH, modo de incubação e tempo de incubação do isolado, sob cultura submersa, foram otimizadas. A atividade antimicrobiana do isolado foi avaliada a cada 24 horas durante 10 dias utilizando a técnica de difusão em poço, na qual foram medidos os halos de inibição. O actinomiceto mostrou melhor atividade contra as bactérias Gram-negativas testadas quando cultivado em meio base contendo glicose como fonte de carbono, pH ajustado para 6.5, incubação a 30ºC sob agitação constante durante 96 horas. No ensaio de concentração inibitória mínima do extrato bruto, esta variou entre 1/32 e 1/256, e mostrou atividade bactericida ou bacteriostática de acordo com o isolado Gram-negativo. O extrato ativo foi avaliado quando à sua estabilidade térmica e enzimática, o qual se apresentou estável a altas temperaturas e instável às enzimas proteolíticas. O extrato bruto foi submetido à extração com solventes e a acetona mostrou-se eficiente como solvente extrator. A micromorfologia do isolado foi observada em microscopia óptica e de varredura, nos quais apresentou características semelhantes ao gênero Streptomyces. O actinomiceto endofítico R18(6) mostrou ser uma nova fonte promissora para a produção de compostos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. / Gram-negative bacteria of the Enterobacteriaceae and Pseudomonadacea family are the most common pathogens isolated from infections. Due to the increase of microorganisms resistant to antimicrobial agents available for treatment, the search for new compounds, mainly from natural and culturable sources, has become an important issue. The actinomycetes are a major source of secondary metabolites with antibacterial activity. The aim of this work was to evaluate the potential production of active metabolites by the endophytic actinomycete R18(6) against Gram-negative bacteria multiresistant. For this, the double layer method was used to assess the ability of production of active metabolites by the isolate. Based on this assay the culture condition growth of the isolate in submerged culture was optimized. For that as carbon source, temperature, pH, incubation way and incubation time were tested looking for a better metabolite production. The antimicrobial activity of the isolate was evaluated every 24 hours for 10 days by the well diffusion assay, where the inhibition halo was measured. The actinomycete showed the best activity against Gram-negative bacteria when cultured in base medium supplemented with glucose, adjusted in pH 6,5, incubation temperature of 30ºC for 96 hours with agitation. In the microdilution assay the concentration of crude extract varied from 1/32 to 1/256, and it showed bactericidal or bacteriostatic activity according to Gram-negative tested isolate. The thermal and enzymatic stability of crude extract were evaluated, where it exhibited thermal stability in high temperature and it was unstable to proteolytic enzymes. The crude extract was subjected to solvent extraction and acetone was efficient as extractor solvent. The isolate showed similar characteristics of the genus Streptomyces when evaluated by optical and scanning microscopy. The endophytic actinomycete R18(6) showed to be a new and a promising source of active metabolites production against Gram-negative bacteria multidrug resistant.
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Ocorrência de leveduras oportunistas em amostras de água do Arroio Dilúvio de Porto Alegre / Occurrence of opportunistic yeasts in water samples from dilúvio stream in Porto Alegre

Feltrin, Thaisa January 2014 (has links)
O Arroio Dilúvio é um dos principais cursos d’água de Porto Alegre possuindo 17.605m de extensão com a sua nascente localizada na cidade de Viamão e o seu deságue junto ao Lago Guaíba. Ao longo do seu percurso o Arroio Dilúvio recebe diversos dejetos oriundos de esgoto pluvial, doméstico e hospitalar, favorecendo o crescimento de uma população microbiana diversificada, com a possível presença de microrganismos resistentes a antimicrobianos que podem comprometer a qualidade de vida da população. O objetivo do presente estudo foi avaliar a presença de leveduras oportunistas em amostras de água coletadas próximo a hospitais localizados ao longo do Arroio Dilúvio, buscando verificar a presença de fatores de virulência e resistência aos antifúngicos comumente utilizados nos tratamentos de micoses. As coletas ocorreram em três pontos em duas estações do ano. As amostras coletadas foram isoladas e semeadas em diferentes meios de cultura seletivos para leveduras. Para a verificação dos fatores de virulência foram realizados métodos de crescimento a 37C e meios de cultura para atividade de fosfolipase e proteinase. Para a caracterização de resistência, foram realizados métodos de fungigrama e concentração inibitória mínima (CIM) utilizando diferentes antifúngicos. Após os ensaios preliminares foi observado a predominância de leveduras pertencente ao filo Ascomycota. Aproximadamente 25% dos isolados inicialmente selecionados apresentaram um potencial de leveduras oportunista. No ensaio de fungigrama foi observado resistência dos isolados ao fluconazol e voriconazol, enquanto que no CIM ao fluconazol e itraconazol. Somente três isolados apresentaram resistência ao fluconazol em ambos os ensaios. / The Dilúvio Stream is one of the main watercourses in Porto Alegre, with 17.605m large with its headwaters located in the Viamão city and the outlet in the Guaíba lake. Throughout its course the Dilúvio Stream receives a high concentration of waste that comes with the rain, household and hospital sewage, promoting in this way the microbial growth of a diverse population, with the possible presence of microorganisms resistant that can compromise the quality of population life. The aim of this study was to evaluate the presence of opportunistic yeast in water samples collected near hospitals located along the Dilúvio Stream, to verify the presence of virulence factors and resistance to antifungal drugs commonly used in the treatment of fungal infections. Sampling occurred at three points in winter and summer time. The samples were isolated on different selective culture media for yeasts. To verify the virulence factors, the growth at 37°C and activity for phospholipase and proteinase were performed. To characterize the resistance, two methods were performed, the fungigrama and minimum inhibitory concentration (MIC) for different antifungal agents. After preliminary tests the prevalence of yeasts belonging to the phylum Ascomycota was observed. Approximately 25% of the initially selected isolates presented a potential to be opportunistic yeasts. In the fungigrama test was observed a resistance to fluconazole and voriconazole, while in the MIC against fluconazole and itraconazole. Only tree isolates were resistant to fluconazole in both trials.
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Associação entre consumo de antimicrobianos e multirresistência bacteriana em centro de terapia intensiva de hospital universitário brasileiro, 2004-2006

Jacoby, Thalita Silva January 2008 (has links)
Introdução: As IH são consideradas um dos maiores problemas de saúde pública em todo o mundo. Estima-se que entre 5 e 15% dos pacientes hospitalizados adquirem infecção durante a internação e aproximadamente 25% a 40% deles recebem antibiótico para tratamento ou profilaxia de infecções. A exposição a antimicrobianos exerce pressão seletiva sobre os microrganismos e é fator decisivo para a emergência de multirresistência. Objetivos: Este estudo tem por objetivos (1) descrever o consumo de antimicrobianos através das taxas de DDD do CTI adulto e do Hospital de Clínicas de Porto Alegre, no período de julho de 2004 a dezembro de 2006, (2) estimar a prevalência de GMR em isolados clínicos de pacientes do CTI, com diagnóstico de infecção hospitalar, (3) avaliar a correlação entre o consumo de antimicrobianos no CTI e no hospital com a prevalência de GMR nos isolados clínicos de pacientes do CTI, com diagnóstico de infecção hospitalar e (4) caracterizar o perfil de resistência dos GMR isolados em exames microbiológicos realizados em pacientes internados no CTI.Delineamento: Estudo ecológico Métodos: Foi aferido o consumo mensal de antimicrobianos, em gramas, em toda a instituição e no CTI, de julho de 2004 a dezembro de 2006, a partir dos quais foram calculadas as respectivas Doses Diárias Definidas/100 pacientes-dia (DDD). A DDD foi calculada para aminoglicosídeos, carbapenêmicos, cefalosporinas, fluoroquinolonas, glicopeptídeos, ampicilina sulbactam e piperacilina tazobactam. No mesmo período, foi avaliada aprevalência de germes multirresistentes em isolados microbiológicos de todos pacientes adultos internados no CTI, com diagnóstico de infecção hospitalar adquirida antes ou após a admissão. Foi estimada a freqüência de multirresistência em Staphylococcus aureus, Enterococcus spp, Escherichia coli, Klebsiella spp, Pseudomonas spp, Enterobacter spp, Citrobacter spp, Serratia spp, Proteus spp, Acinetobacter spp, Burkholderia cepacia e Stenotrophomonas maltophilia, principais bactérias relacionadas à presença de resistência aos antimicrobianos em CTI. A associação entre o consumo de antimicrobianos e a prevalência de germes multirresistentes foi avaliada através do coeficiente de correlação de Spearman’s.Resultados: O consumo de piperacilina tazobactam, cefalosporinas e fluoroquinolonas aumentou significativamente durante o período, de 1,9 para 2,3 DDD/100 pacientes-dia (r= 0,61; P< 0,01), de 12,1 para 16,4 DDD/100 pacientes-dia (r= 0,60; P< 0,01) e de 4,7 para 10,3 DDD/100 pacientes-dia (r= 0,56; P<0.01) respectivamente. Em contraste, o consumo de ampicilina sulbactam e aminoglicosídeos diminuiu de 9,8 para 1,6 DDD (r=-0,75; P< 0,01) e de 4,7 para 4,4 DDD (r=-0,60; P< 0,01), respectivamente. Considerando-se somente o consumo de antimicrobianos do CTI, apenas as DDD de piperacilina-tazobactam e ampicilina-sulbactam variaram no tempo, elevandose de 6,8 para 9,0 DDD/100 pacientes-dia (r=0,57; P < 0,01) e diminuindo de 22,0 para 3,8 DDD/100 pacientes-dia (r=-0,37; P=0,04), respectivamente. Foram incluídos no estudo 1.490 isolados microbiológicos, e GMR foram identificados em 31,3% (466) dos isolados – 45,3% (190) entre microrganismos Gram positivos e 31,9% (276) entre Gram negativos. Houve aumento na taxa de Klebsiella spp resistente à meropenem (r=0,76; P=0,01), Acinetobacter sppresistente à meropenem (r=0,70; P=0,02) e tendência de redução na taxa de Pseudomonas spp resistente à ciprofloxacina (r=-0,56; P=0,09). Foi identificada correlação positiva entre taxa de GMR do CTI e consumo de cefalosporinas (r= 0,79; P <0,01) e fluoroquinolonas (r=0,68; P=0,03) na instituição. A taxa de Klebsiella spp resistente à ceftazidima correlacionou-se com o consumo de fluoroquinolonas (r=0,70; P=0,02) e cefalosporinas (r=0,77; P=0,01), Pseudomonas spp resistente à ceftazidima com consumo de cefalosporinas (r=0,65; P=0,04) e MRSA com consumo de fluoroquinolonas (r=0,88; P<0,01). Não houve correlação com multirresistência quando somente o consumo de antimicrobianos do CTI foi considerado. Conclusão: Houve correlação entre consumo de antimicrobianos na instituição e prevalência de germes multirresistentes no CTI. Monitorar o consumo de antimicrobianos através da DDD e a prevalência de resistência bacteriana são medidas que auxiliam na política institucional de uso de antimicrobianos e no controle da emergência de germes multirresistentes.
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Avaliação da capacidade de Candida parapsilosis e Candida glabrata desenvolverem resistência fenotípica à própolis vermelha brasileira e ao fluconazol e avaliação de sua atividade antifúngica em associação com fluconazol e anidulafungica / Evaluation Of The Ability Of Candida Parapsilosis And Candida Glabrata Develop Phenotypic Resistance To Brazilian Red Propolis And To Fluconazole And Evaluation Of Its Antifungal Activity In Association With Fluconazole And Anidulafungin

Pippi, Bruna January 2014 (has links)
As taxas de mortalidade causadas por Candida não-albicans (CNA) aumentaram nas últimas décadas e a resistência aos fármacos é um desafio para tratamento dessas infecções, representando um problema de saúde pública. O uso indiscriminado de antifúngicos, principalmente fluconazol (FLZ) resulta no surgimento de cepas resistentes aos medicamentos entre populações anteriormente suscetíveis. Dessa forma mostra-se importante a realização de testes de aquisição de resistência in vitro na prospecção de um novo medicamento. Própolis é uma mistura resinosa complexa feita pelas abelhas e sua atividade antifúngica já foi intensamente investigada, entretanto, sua capacidade de indução de resistência em fungos ainda não havia sido avaliada. O objetivo principal desse estudo foi averiguar a capacidade de C. parapsilosis e C. glabrata desenvolverem resistência fenotípica à fração enriquecida em benzofenonas da própolis vermelha brasileira e comparar ao FLZ, bem como investigar possível sinergismo quando esta fração é associada com FLZ e anidulafungina (AND). Para analisar o desenvolvimento de resistência, isolados suscetíveis foram cultivados em concentrações crescentes de FLZ e a fração de própolis. O aumento da concentração inibitória mínima (CIM) do FLZ foi evidenciado para todos isolados e a maioria desenvolveu resistência, enquanto que nenhum isolado tornou-se menos suscetível à própolis após a exposição O sinergismo foi investigado pelo método checkerboard. Própolis e FLZ demonstraram sinergia para a maioria dos isolados com resistência induzida ao FLZ, e própolis e AND apresentaram aditividade ou indiferença para a maioria dos isolados. Em conclusão, a própolis demonstrou ser um produto não indutor de resistência, uma vez que não provocou o desenvolvimento de resistência in vitro, ao contrário do FLZ. Além disso, própolis mostrou importante efeito sinérgico com FLZ, apontando uma possível estratégia terapêutica para o tratamento de infecções relacionadas a Candida spp. resistentes ao FLZ. / Mortality rates caused by non-albicans Candida (CNA) have increased in recent decades and drug resistance is a challenge to treat these infections, representing a public health problem. The indiscriminate use of antifungals, especially fluconazole (FLZ), results in the emergence of drug-resistant strains among previously susceptible populations. Thus it is important to develop tests of acquisition of resistance in vitro in prospecting of a new drug. Propolis is a complex resinous mixture made by bees and its antifungal activity has been intensively investigated, however, its ability to induce resistance in fungi has not yet been evaluated. The main aim of this study was to evaluate the ability of C. parapsilosis and C. glabrata develop phenotypic resistance to benzophenones enriched fraction of the Brazilian red propolis and compare to the FLZ, as well as investigate possible synergy when this fraction is associated with FLZ and anidulafungin (AND). To analyze the development of resistance, isolates susceptible to these antifungals were cultured in increasing concentrations of FLZ and propolis. The increase in FLZ Minimum inhibitory concentration (MIC) for all isolates was evident and the majority has developed resistance, whereas none isolated has become less susceptible to propolis after exposure. Synergism was investigated by checkerboard method. Propolis and FLZ demonstrated synergy for most isolates with induced resistance to the FLZ, and propolis and AND showed additivity or indifference to the majority of the isolates. In conclusion, propolis has demonstrated to be a product does not inductor resistance, since it has not caused the development of resistance in vitro, unlike the FLZ. In addition, propolis showed an important synergistic effect with FLZ, indicating a possible therapeutic strategy for the treatment of infections related to FLZ-resistant Candida spp.
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Resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formação de biofilme em Staphylococcus spp. isolados do Arroio Dilúvio / Antimicrobial resistance, enterotoxins genes and biofilm formation in Staphylococcus spp. isolated from arroio dilúvio

Basso, Ana Paula January 2013 (has links)
A água é um recurso essencial para manutenção da vida. Entretanto, a ingestão de água de baixa qualidade está associada com um dos maiores problemas de saúde pública no mundo: doenças de veiculação hídrica. O Arroio Dilúvio é um dos principais córregos de Porto Alegre-RS e recebe grandes volumes de terra, lixo e águas residuais, o que contribui para deterioração das suas águas. Staphylococcus podem causar intoxicação alimentar devido à ingestão de Enterotoxinas Estafilocócicas (SEs). Enterotoxinas são proteínas termoestáveis com atividade de superantígeno. Esses microrganismos também estão envolvidos em diversas outras patologias e sua multirresistência a antimicrobianos é motivo de preocupação. Staphylococcus são capazes de formar biofilme, o que confere lhes proteção tanto no ambiente quanto no hospedeiro. Esse estudo objetivou identificar 88 isolados de Staphylococcus provenientes da água de cinco pontos do Arroio Dilúvio e analisar alguns de seus fatores de virulência. Os isolados foram identificados em nível de espécie através de testes bioquímicos e o perfil de resistência a antimicrobianos foi determinado pelo teste de disco-difusão. Foram também submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase para detecção dos genes das enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed e see) e ao teste de formação de biofilme em microplaca. 94,32% dos isolados foram classificados como Estafilococos Coagulase Negativa e as espécies mais frequentemente identificadas foram S. cohnii, S. haemolyticus e S. saprophyticus. 43,18% dos isolados apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano testado, sendo resistência a penicilina, eritromicina e oxacilina os fenótipos mais observados. A maior ocorrência de isolados resistentes foi no ponto C de coleta. 36,36% dos isolados apresentaram um ou mais genes de enterotoxinas, sendo sec o mais prevalente. No ponto B foi encontrado o maior número de isolados carregando genes de SEs. Dez isolados mostraram capacidade de formar biofilme in vitro, sendo dois fortes formadores. Conclui-se que as águas do Arroio Dilúvio estão contaminadas com estafilococos potencialmente virulentos, os quais apresentam resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formam biofilme, o que confere risco à população do município. / Water is an essential resource for life maintenance. However, intake of low quality water is associated with one of the biggest public health problems in the world: the waterborne diseases. Arroio Dilúvio is a major stream of water in Porto Alegre-RS, which receives large volumes of earth, rubbish and waste water, contributing to water deterioration. Staphylococcus can cause food poisoning due to ingestion of Staphylococcal Enterotoxins (SEs). Enterotoxins are thermostable proteins with superantigen activity. These microorganisms are also involved in several other pathologies and their multidrug resistance to antibiotics is a concern. Staphylococci are able to form biofilm, which provide protection on both environmental and host. This study aimed to identify 88 Staphylococcus isolated from five points of Arroio Dilúvio water and analyze some of their virulence factors. Isolates were identified to species level by biochemical tests and antimicrobial resistance profile was determined by disk diffusion test. They were also submitted to Polymerase Chain Reaction to detect genes of classical enterotoxins (sea, seb, sec, sed and see) and to biofilm formation test. 94.32% of the isolates were classified as Coagulase Negative Staphylococci and the most frequent species were S. cohnii, S. haemolyticus and S. saprophyticus. 43,18% of isolates were resistant to at least one antimicrobial tested, and resistance to penicillin, erythromycin, and oxacillin was the phenotype most observed. The increased occurrence of resistant isolates was at point C. 36,36% of the isolates had one or more enterotoxin genes, sec being the most prevalent. At point B was found the largest number of isolates carrying genes SEs. Ten isolates showed ability to form biofilm in vitro, being two strong formers. We conclude that the water of the Arroio Dilúvio are contaminated with potentially virulent staphylococci, which are resistant to antibiotics, had enterotoxin genes and form biofilms, which confers risk for the city population.
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Estudo de biossurfactante produzido pelo patógeno alimentar Salmonella Enteritidis SE86 / Study of biosurfactant produced by the food pathogen Salmonella Enteritidis SE862

Rossi, Eliandra Mirlei January 2015 (has links)
Salmonella Enteritidis SE86 tem sido a principal responsável por surtos de salmonelose no Rio Grande do Sul, desde 1999. Essa bactéria apresenta várias características que a diferencia de outros sorovares de Salmonella, dentre elas a capacidade de produzir biossurfactante. Porém, a caracterização desse composto e o motivo pelo qual ele é produzido ainda não foram investigados. Assim, esse estudo teve como objetivo caracterizar o biossurfactante produzido por S. Enteriditis SE86 e verificar algumas de suas prováveis funções, como por exemplo, a influência desse composto na aderência e na resistência a desinfetantes, em folhas de alface. A produção de biossurfactante por S. Enteriditis SE86 foi avaliada em caldo infusão cérebro e coração (BHI), em meio mínimo e em folhas de alface. Foram realizados testes para caracterização do composto e S. Enteritidis SE86, com e sem biossurfactante, foi inoculada em folhas de alface, a fim de avaliar a influência do biossurfactante na aderência e resistência da bactéria a diversos métodos de desinfecção de vegetais folhosos. Os resultados demonstraram que o maior índice de emulsificação (IE24: 62,95% após 72 horas) foi produzido em caldo BHI, mas a bactéria também foi capaz de produzir biossurfactante em meio mínimo (IE24: 46% após 46 h) e em contato com as folhas de alface (IE24: 52,15% após 120h). Os testes de caracterização do demonstraram que o biossurfactante é um composto polimérico que apresenta estabilidade em diferentes pH, temperatura e salinidade. O biossurfactante aumentou a aderência de S. Enteritidis SE86 (4,1 LogUFC/cm2 para 7,3 Log UFC/cm2 após 60 minutos) e contribuiu para o aumento da resistência do patógeno na superfície das folhas de alface para todos os sanitizantes testados. / Salmonella Enteritidis SE86 has been recognized for outbreaks of salmonellosis in Rio Grande do Sul-RS since 1999. This bacteria shows several characteristics that differ it from other serovars, as its ability to produce biosurfactant. However, the characterization of this compound and the reason why its produced have not been investigated yet. The present study aimed to characterize the biosurfactant produced by S. Enteritidis SE86 and to check some of their probable functions, as checking the influence of this compound in the adherence and resistance of food pathogen on lettuce leaves. The biosurfactant production by S. Enteritidis SE86 was evaluated in Brain Heart Infusion broth (BHI), in minimal medium and on lettuce leaves. Several tests were taken to characterize the compound produced and S. Enteritidis SE86 with and without biosurfactant, was inoculated on lettuce leaves to evaluate the influence of biosurfactant in adherence and resistance to several bacterial disinfection methods of leafy vegetables. The results showed that the more emulsification index (IE24: 62.95% after 72 hours) was produced in BHI broth, but S.Enteritidis SE86 was also able to produced biosurfactants in minimal medium (IE24: 46% after 46 hours) and on lettuce leaves (IE24: 52.15% after 120 hours). The characterization tests showed that the biosurfactant is a polymeric compound which is stable at different pH, temperature and salinity. The biosurfactant increased adherence of S. Enteritidis SE86 (4.1 LogUFC / cm2 to 7.3 log CFU / cm2 after 60 minutes) and contributed to increasing pathogen resistance on surface of lettuce leaves for all tested sanitizers.

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