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Avaliação de atividade antibacteriana do actinomiceto endofítico R18(6) contra bactérias gram-negativas multirresistentes / Evaluation of antibacterial activity of endophytic actinomycete R18(6) against gram-negative bacteria multidrug resistantCarvalho, Tiele da Silva January 2014 (has links)
As bactérias Gram-negativas das famílias Enterobacteriaceae e Pseudomonadaceae são os patógenos mais comumente isolados de infecções. Devido ao crescente aparecimento de micro-organismos resistentes aos antimicrobianos disponíveis para terapêutica, a busca de novos compostos tornou-se eminente, principalmente oriundos de fontes naturais cultiváveis. Os actinomicetos são uma das principais fontes de metabólitos secundários com atividade antibacteriana. Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial do actinomiceto endofítico R18(6) em produzir metabólitos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. Para isto, utilizou-se o teste de dupla camada para avaliar a capacidade de produção de metabólitos ativos pelo actinomiceto. As condições de cultivo, como fontes de carbono, temperatura, pH, modo de incubação e tempo de incubação do isolado, sob cultura submersa, foram otimizadas. A atividade antimicrobiana do isolado foi avaliada a cada 24 horas durante 10 dias utilizando a técnica de difusão em poço, na qual foram medidos os halos de inibição. O actinomiceto mostrou melhor atividade contra as bactérias Gram-negativas testadas quando cultivado em meio base contendo glicose como fonte de carbono, pH ajustado para 6.5, incubação a 30ºC sob agitação constante durante 96 horas. No ensaio de concentração inibitória mínima do extrato bruto, esta variou entre 1/32 e 1/256, e mostrou atividade bactericida ou bacteriostática de acordo com o isolado Gram-negativo. O extrato ativo foi avaliado quando à sua estabilidade térmica e enzimática, o qual se apresentou estável a altas temperaturas e instável às enzimas proteolíticas. O extrato bruto foi submetido à extração com solventes e a acetona mostrou-se eficiente como solvente extrator. A micromorfologia do isolado foi observada em microscopia óptica e de varredura, nos quais apresentou características semelhantes ao gênero Streptomyces. O actinomiceto endofítico R18(6) mostrou ser uma nova fonte promissora para a produção de compostos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. / Gram-negative bacteria of the Enterobacteriaceae and Pseudomonadacea family are the most common pathogens isolated from infections. Due to the increase of microorganisms resistant to antimicrobial agents available for treatment, the search for new compounds, mainly from natural and culturable sources, has become an important issue. The actinomycetes are a major source of secondary metabolites with antibacterial activity. The aim of this work was to evaluate the potential production of active metabolites by the endophytic actinomycete R18(6) against Gram-negative bacteria multiresistant. For this, the double layer method was used to assess the ability of production of active metabolites by the isolate. Based on this assay the culture condition growth of the isolate in submerged culture was optimized. For that as carbon source, temperature, pH, incubation way and incubation time were tested looking for a better metabolite production. The antimicrobial activity of the isolate was evaluated every 24 hours for 10 days by the well diffusion assay, where the inhibition halo was measured. The actinomycete showed the best activity against Gram-negative bacteria when cultured in base medium supplemented with glucose, adjusted in pH 6,5, incubation temperature of 30ºC for 96 hours with agitation. In the microdilution assay the concentration of crude extract varied from 1/32 to 1/256, and it showed bactericidal or bacteriostatic activity according to Gram-negative tested isolate. The thermal and enzymatic stability of crude extract were evaluated, where it exhibited thermal stability in high temperature and it was unstable to proteolytic enzymes. The crude extract was subjected to solvent extraction and acetone was efficient as extractor solvent. The isolate showed similar characteristics of the genus Streptomyces when evaluated by optical and scanning microscopy. The endophytic actinomycete R18(6) showed to be a new and a promising source of active metabolites production against Gram-negative bacteria multidrug resistant.
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Ocorrência de leveduras oportunistas em amostras de água do Arroio Dilúvio de Porto Alegre / Occurrence of opportunistic yeasts in water samples from dilúvio stream in Porto AlegreFeltrin, Thaisa January 2014 (has links)
O Arroio Dilúvio é um dos principais cursos d’água de Porto Alegre possuindo 17.605m de extensão com a sua nascente localizada na cidade de Viamão e o seu deságue junto ao Lago Guaíba. Ao longo do seu percurso o Arroio Dilúvio recebe diversos dejetos oriundos de esgoto pluvial, doméstico e hospitalar, favorecendo o crescimento de uma população microbiana diversificada, com a possível presença de microrganismos resistentes a antimicrobianos que podem comprometer a qualidade de vida da população. O objetivo do presente estudo foi avaliar a presença de leveduras oportunistas em amostras de água coletadas próximo a hospitais localizados ao longo do Arroio Dilúvio, buscando verificar a presença de fatores de virulência e resistência aos antifúngicos comumente utilizados nos tratamentos de micoses. As coletas ocorreram em três pontos em duas estações do ano. As amostras coletadas foram isoladas e semeadas em diferentes meios de cultura seletivos para leveduras. Para a verificação dos fatores de virulência foram realizados métodos de crescimento a 37C e meios de cultura para atividade de fosfolipase e proteinase. Para a caracterização de resistência, foram realizados métodos de fungigrama e concentração inibitória mínima (CIM) utilizando diferentes antifúngicos. Após os ensaios preliminares foi observado a predominância de leveduras pertencente ao filo Ascomycota. Aproximadamente 25% dos isolados inicialmente selecionados apresentaram um potencial de leveduras oportunista. No ensaio de fungigrama foi observado resistência dos isolados ao fluconazol e voriconazol, enquanto que no CIM ao fluconazol e itraconazol. Somente três isolados apresentaram resistência ao fluconazol em ambos os ensaios. / The Dilúvio Stream is one of the main watercourses in Porto Alegre, with 17.605m large with its headwaters located in the Viamão city and the outlet in the Guaíba lake. Throughout its course the Dilúvio Stream receives a high concentration of waste that comes with the rain, household and hospital sewage, promoting in this way the microbial growth of a diverse population, with the possible presence of microorganisms resistant that can compromise the quality of population life. The aim of this study was to evaluate the presence of opportunistic yeast in water samples collected near hospitals located along the Dilúvio Stream, to verify the presence of virulence factors and resistance to antifungal drugs commonly used in the treatment of fungal infections. Sampling occurred at three points in winter and summer time. The samples were isolated on different selective culture media for yeasts. To verify the virulence factors, the growth at 37°C and activity for phospholipase and proteinase were performed. To characterize the resistance, two methods were performed, the fungigrama and minimum inhibitory concentration (MIC) for different antifungal agents. After preliminary tests the prevalence of yeasts belonging to the phylum Ascomycota was observed. Approximately 25% of the initially selected isolates presented a potential to be opportunistic yeasts. In the fungigrama test was observed a resistance to fluconazole and voriconazole, while in the MIC against fluconazole and itraconazole. Only tree isolates were resistant to fluconazole in both trials.
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Resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formação de biofilme em Staphylococcus spp. isolados do Arroio Dilúvio / Antimicrobial resistance, enterotoxins genes and biofilm formation in Staphylococcus spp. isolated from arroio dilúvioBasso, Ana Paula January 2013 (has links)
A água é um recurso essencial para manutenção da vida. Entretanto, a ingestão de água de baixa qualidade está associada com um dos maiores problemas de saúde pública no mundo: doenças de veiculação hídrica. O Arroio Dilúvio é um dos principais córregos de Porto Alegre-RS e recebe grandes volumes de terra, lixo e águas residuais, o que contribui para deterioração das suas águas. Staphylococcus podem causar intoxicação alimentar devido à ingestão de Enterotoxinas Estafilocócicas (SEs). Enterotoxinas são proteínas termoestáveis com atividade de superantígeno. Esses microrganismos também estão envolvidos em diversas outras patologias e sua multirresistência a antimicrobianos é motivo de preocupação. Staphylococcus são capazes de formar biofilme, o que confere lhes proteção tanto no ambiente quanto no hospedeiro. Esse estudo objetivou identificar 88 isolados de Staphylococcus provenientes da água de cinco pontos do Arroio Dilúvio e analisar alguns de seus fatores de virulência. Os isolados foram identificados em nível de espécie através de testes bioquímicos e o perfil de resistência a antimicrobianos foi determinado pelo teste de disco-difusão. Foram também submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase para detecção dos genes das enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed e see) e ao teste de formação de biofilme em microplaca. 94,32% dos isolados foram classificados como Estafilococos Coagulase Negativa e as espécies mais frequentemente identificadas foram S. cohnii, S. haemolyticus e S. saprophyticus. 43,18% dos isolados apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano testado, sendo resistência a penicilina, eritromicina e oxacilina os fenótipos mais observados. A maior ocorrência de isolados resistentes foi no ponto C de coleta. 36,36% dos isolados apresentaram um ou mais genes de enterotoxinas, sendo sec o mais prevalente. No ponto B foi encontrado o maior número de isolados carregando genes de SEs. Dez isolados mostraram capacidade de formar biofilme in vitro, sendo dois fortes formadores. Conclui-se que as águas do Arroio Dilúvio estão contaminadas com estafilococos potencialmente virulentos, os quais apresentam resistência a antimicrobianos, genes de enterotoxinas e formam biofilme, o que confere risco à população do município. / Water is an essential resource for life maintenance. However, intake of low quality water is associated with one of the biggest public health problems in the world: the waterborne diseases. Arroio Dilúvio is a major stream of water in Porto Alegre-RS, which receives large volumes of earth, rubbish and waste water, contributing to water deterioration. Staphylococcus can cause food poisoning due to ingestion of Staphylococcal Enterotoxins (SEs). Enterotoxins are thermostable proteins with superantigen activity. These microorganisms are also involved in several other pathologies and their multidrug resistance to antibiotics is a concern. Staphylococci are able to form biofilm, which provide protection on both environmental and host. This study aimed to identify 88 Staphylococcus isolated from five points of Arroio Dilúvio water and analyze some of their virulence factors. Isolates were identified to species level by biochemical tests and antimicrobial resistance profile was determined by disk diffusion test. They were also submitted to Polymerase Chain Reaction to detect genes of classical enterotoxins (sea, seb, sec, sed and see) and to biofilm formation test. 94.32% of the isolates were classified as Coagulase Negative Staphylococci and the most frequent species were S. cohnii, S. haemolyticus and S. saprophyticus. 43,18% of isolates were resistant to at least one antimicrobial tested, and resistance to penicillin, erythromycin, and oxacillin was the phenotype most observed. The increased occurrence of resistant isolates was at point C. 36,36% of the isolates had one or more enterotoxin genes, sec being the most prevalent. At point B was found the largest number of isolates carrying genes SEs. Ten isolates showed ability to form biofilm in vitro, being two strong formers. We conclude that the water of the Arroio Dilúvio are contaminated with potentially virulent staphylococci, which are resistant to antibiotics, had enterotoxin genes and form biofilms, which confers risk for the city population.
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Pesquisa de genes de resistência a antimicrobianos beta-lactâmicos e de enterotoxina em cepas de Staphylococcus aureus presentes em amostras de alimentos / Search of antimicrobial beta-lactam resistance genes and enterotoxin genes in Staphylococcus aureus strains present in food samplesRizek, Camila Fonseca 13 August 2010 (has links)
Introdução: Staphylococcus aureus são microrganismos causadores de diversos tipos de doenças. Existem dois grandes agravantes a sua presença: a produção de toxinas e a resistência a antimicrobianos. S. aureus produzem enterotoxinas termolábeis que, quando presentes nos alimentos, podem levar a uma toxinfecção a quem o consumir. Esta espécie também é conhecida por facilmente responder adaptativamente ao uso de drogas tornandose cada vez mais difícil controlá-la. Um dos maiores responsáveis por esta preocupação são os MRSA (methicillin-resistant Staphylococcus aureus), resistentes a beta-lactâmicos através da produção de uma proteína diferenciada de parede codificada pelo gene mecA. A presença deste patógeno resistente fora do ambiente hospitalar é registrada há alguns anos e pouco a pouco vem se descobrindo que a via alimentar pode ser um meio deste gene se disseminar. Objetivos: procurar pelo gene mecA e o codificador da enterotoxina em Staphylococcus aureus de amostras alimentares para discutir a presença do gene de resistência em uma nova via de transmissão e a validade de apenas se fiscalizar a presença apenas de Staphylococcus coagulase positivo em produtos alimentares como forma de manter o alimento seguro contra toxinfecções. Métodos: Cinquenta e sete amostras de S. aureus provenientes de amostras de quatro tipos de fontes alimentares foram testadas por PCR com primer específico para o gene mecA e para o gene codificador da enterotoxina. Resultados: Destas, cinco (8,8 por cento do total) amostras apresentaram o gene de resistência e onze (19,2 por cento do total) continham o gene codificador da enterotoxina termolábil. Conclusão: A presença do gene de enterotoxina em produtos prontos para consumo e peixe cru de feira é uma realidade, assim como o debate sobre qual a melhor forma de se legislar sobre o assunto que deve ser mantido e melhor avaliado. Já no caso do gene de resistência, evidenciou-se que a via alimentar é sim local de circulação do gene de resistência. Também é a primeira vez que se notifica o gene mecA em alimentos prontos para consumo no Brasil e América Latina / Introduction: Staphylococcus aureus are a bacterium that causes various types of diseases. There are two major aggravating to its presence: the toxins production and antimicrobial resistance. S. aureus produce heat-labile enterotoxina that, when present in food, can lead to poisoning of those who consume. This specie is also known to easily respond adaptively to drug use becoming increasingly difficult to control it. One of the main reasons for this concern are MRSA (methicillin-resistant Staphylococcus aureus) which are resistant to betalactams drugs through a differentiated wall protein production encoded by the mecA gene. The presence of this resistant pathogen outside hospitals has been recorded a few years ago and gradually comes to discover that the food chain can be a way for the gene spread. Objectives: Search for the mecA gene and the enterotoxins encoded gene in Staphylococcus aureus from food samples to discuss the presence of the resistance gene in a new transmission route and the validity of only review the presence of Staphylococcus coagulase positive in food product as a way to keep insurance against food poisoning. Methods: Fifty-seven samples of S. aureus from five different sources of food samples were tested by PCR with specific primer for the mecA gene and the enterotoxins gene. Results: Of these, five (8,8 per cent of total) samples showed the resistance gene and eleven (19,2 per cent of total) contained the gene encoding the heat-labile enterotoxin. Conclusion: The presence of enterotoxin encoded gene in food products ready for consumption and raw fish is a fact and a debate about how best to legislate should be maintained and better evaluated. In the case of the resistance gene, the food chain is really a way where this gene can spread. It is also the first time the mecA gene from food ready for consumption is reported in Brazil and Latin America
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Avaliação do impacto da cirurgia de epilepsia no desenvolvimento de crianças com epilepsia refratária / Impact of epilepsy surgery on development of children with epilepsy refractoryOliveira, Ana Valeria Duarte 03 March 2017 (has links)
A epilepsia é uma desordem cerebral definida por pelo menos duas crises não provocadas ocorrendo em um intervalo maior que 24 horas, uma crise não provocada e uma probabilidade de futuras crises similar ao risco de recorrência geral depois de duas crises não provocadas (pelo menos 60%) nos próximos 10 anos; ou o diagnóstico de uma síndrome epiléptica. Após o diagnóstico do tipo de epilepsia, existem situações em que o paciente não responde ao tratamento medicamentoso, apresentando pelo menos uma crise epiléptica por mês por um período mínimo de 2 anos. Se durante esse período, dois ou três diferentes fármacos antiepilépticos foram utilizados em monoterapia ou politerapia, e o paciente não obtém controle das crises, configura-se o quadro de epilepsia farmacorresistente. A intervenção cirúrgica é uma opção para essas crianças, atuando no controle das crises e, potencialmente no desenvolvimento neuropsicomotor. Neste estudo, avaliamos as variáveis clínicas como a idade de início da epilepsia, duração da epilepsia, frequência de crises, etiologia e a Escala de Comportamento Adaptativo de Vineland (ECAV) para caracterizar aspectos referentes aos domínios da comunicação, socialização, habilidades diárias e habilidades motoras, no período pré e pós-operatório de cirurgia de epilepsia. A nossa intenção foi determinar o impacto da cirurgia de epilepsia no desempenho dos pacientes nessas esferas avaliadas pela ECAV. Como resultados, encontramos que o grupo de participantes livre de crises após a cirurgia de epilepsia apresentou melhor desempenho cognitivo na segunda avaliação pós-operatória, quando comparado ao grupo que não teve controle de crises. A variável clínica duração da epilepsia influenciou a equivalência etária e as pontuações padrão da ECAV no período pré-operatório, sendo considerada determinante para o atraso neuropsicomotor dos pacientes submetidos à cirurgia de epilepsia. Quanto aos fatores preditivos de melhora das crises pós-operatórias, observou-se que Engel e cirurgia foram as variáveis consideradas significativas. A maioria dos pacientes (63,9%) na segunda avaliação pós-operatória ainda apresentou convulsões ou não obteve melhora. Nos achados da investigação sobre o impacto das crises em relação ao desenvolvimento neuropsicomotor na primeira avaliação 21,3 meses após a cirurgia, foi observado um ganho abaixo do esperado de apenas 4,4 meses na equivalência etária, não evidenciando melhora em curto prazo após a cirurgia, independente do controle de crises. Após 41,3 meses do procedimento cirúrgico os pacientes que apresentaram controle de crises tiveram ganhos adaptativos significativos de 15 meses na equivalência etária quando comparados com os que não apresentavam controle das crises. Nesses últimos pacientes, a equivalência etária permaneceu praticamente estável com um incremento de apenas 3 meses quando analisada as fases pré e pós - operatória / Epilepsy is a disease of the brain defined by at least two unprovoked seizures occurring 24 h apart, one unprovoked seizure and a probability of further seizures like the general recurrence risk (at least 60%) after two unprovoked seizures, occurring over the next 10 years or diagnosis of an epilepsy syndrome. After epilepsy diagnosis, there are situations where patients do not respond to drug treatment, developing one seizure per month for a minimum of 2 years. If during this period two or three antiepileptic drugs different used as monotherapy or in combination, a condition known as drug-resistant epilepsy. Epilepsy surgery is an option for children with drug-resistant epilepsy acting on the seizure control seizures and, potentially on neuropsychomotor development. In this study, we evaluated clinical variables such as epilepsy age of onset, epilepsy duration, seizure frequency, etiology and adaptive behavior scale of Vineland to characterize aspects related to age equivalence through the domains of communication, socialization, daily skills and motor skills pre- and post-surgical period. Our intention was to determine the impact of epilepsy surgery on the performance of patients in these areas evaluated by Vineland. Thus, we found that the seizure free group participants showed better cognitive performance in the second evaluation, compared to the group that not seizure controlled. The clinical variable duration of epilepsy influenced the age equivalence and standard Vineland scores in the preoperative period, being considered determinant for the neuropsychomotor delay of patients submitted to epilepsy surgery. Regarding the predictive factors of improvement of postoperative crises, it was observed that Engel and surgery were the variables considered significant. The majority of the patients (63.9%) in the second postoperative evaluation still had seizures or did not improve. The findings of the research on the impact of crises on neuropsychomotor were that in the first evaluation 21.3 months after surgery there was a below-expected gain of only 4.4 months of age equivalence, not showing improvement in the short term after surgery, independent of control crisis. After 41.3 months of the surgical procedure, the patients presenting with seizure control had significant adaptive gains of 15 months when compared to those without seizure control. In the latter patients, the age equivalence remained practically stable with an increase of o preoperative only 3 months, analyzing the phases pre and postoperative evaluation
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Caracterização clínica, microbiológica e molecular e tratamento de infecções por enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos / Clinical, microbiology and molecular characterization and treatment of infections with carbapenem-resistant EnterobacteriaceaeCarrilho, Cláudia Maria Dantas de Maio 26 March 2015 (has links)
Introdução: Infecções por Enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos (ERC), em especial produtoras de Klebsiella pneumoniae carbapenamase tipo KPC hoje são endêmicas em diversas regiões do mundo, seu tratamento é ainda um grande desafio em particular de isolados resistentes à polimixina. Objetivos: Descrever as características clínicas, microbiológicas e moleculares das infecções por ERC. Método: Estudo de coorte prospectiva, realizado no Hospital Universitário de Londrina, Paraná, Brasil, entre março de 2011 a dezembro de 2012. Foram acompanhados pacientes >= 18 anos, que apresentaram infecção por ERC. Dados demográficos e clínicos como idade, sexo, diagnóstico à admissão e presença de co-morbidades de acordo com critérios de Charlson, internação em Unidade de Terapia intensiva e scores APACHE e SOFA desses pacientes, colonização prévia por ERC, cirurgia prévia à infecção, diálise, uso prévio de antimicrobianos e sítio de infecção foram coletados. Foram avaliados os antimicrobianos utilizados para tratamento das infecções por mais de 48 horas nos seguintes pontos: monoterapia ou terapia associada, tempo de início (menor e maior que 12 horas). A identificação do agente foi realizada por método automatizado (Vitek II - bioMerieuxR) e a concentração inibitória mínima dos antibióticos por técnica de microdiluição em caldo, pesquisa de gene blaKPC pela técnica de Polimerase Chain Reaction e sinergismo entre drogas utilizadas em tratamento combinado por meio do método Time Kill. A clonalidade, por Pulsed Field gel eletroforese e analisada por dendograma pelo Bionumerics. Foram realizadas análise bivariada e regressão logística multivariada com técnica de Forward Stepwise para detectar fatores de risco para resistência a polimixina e mortalidade. O nível de significância adotado foi de 5%, utilizando os programas Epi Info 7.0 e SPSS. Resultados: No período de estudo, 127 pacientes apresentaram infecções por ERC, idade média de 55,7 (± 18) anos e 88 (69.3%) do sexo masculino. Infecções de trato respiratório (52-42%) e trato urinário (51 - 40,2%) foram as mais freqüentes, 27 (21,3%) resistentes à polimixina, 113 (89%) das enterobactérias eram K. pneumoniae e 96 (75,6%) tinham gene blaKPC.. Cinquenta e cinco (43,3%) eram polimicrobianas, a maioria (28,3%) co-infecção por Acinetobacter baumannii. A taxa de mortalidade hospitalar foi 61,4%, sendo 34,6% relacionada à infecção e não houve diferença significativa entre os grupos sensíveis (34%) e resistentes à polimixina (37%), p=0.46. Os fatores de risco independentes para óbito foram choque (OR 27.40; IC95% 1.68-446.82; p= 0.02) e diálise (OR 13.26; IC95% 1.17-149.98; p= 0.03); para resistência à polimixina: uso prévio de carbapenem ( OR 2.95; IC95% 1.12-7.78; p= 0.02) e para óbito nessa população: diálise (OR 7,58; IC95% 1,30-43,92; p= 0.02). Terapia combinada, tempo de início de antibiótico sensível e sinergismo in vitro não tiveram impacto significativo na mortalidade. Conclusão: O uso prévio de carbapenêmico foi o único fator associado com a resistência à polimixina nesse estudo. Os fatores associados ao óbito entre os pacientes com infecções por enterobactérias resistentes à polimixina foram fatores de gravidade, como diálise e choque. Nenhuma opção terapêutica, em especial a associação de drogas e nem o tempo de início do tratamento, interferiu na mortalidade deste grupo de pacientes / Introduction: Infections due to Carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE), particularly Klebsiella pneumoniae producing carbapenemase type KPC, have been endemic in several regions around the world. Their treatment remains a major challenge, particularly for isolates resistant to polymyxin. Objectives: To describe the clinical, microbiological and molecular characteristics of infections by CRE. Methods: Prospective cohort conducted at the University Hospital of Londrina, Paraná, Brazil, from March 2011 to December 2012. All hospitalized patients >= 18 years old who developed infection by CRE were followed until death or discharge. We collected and analyzed the following clinical data: age, sex, diagnosis at admission, presence of comorbidities according to the Charlson criteria, admission in Intensive Care Unit, APACHE and SOFA scores, previous colonization by CRE, previous surgery, dialysis, prior antibiotic use and infection site; furthermore, we also evaluated the time between the blood culture collect and the first antimicrobial dose administration (start time - smaller or longer than 12 hours) as well as whether the treatment was monotherapy or combine therapy for more than 48 hours. The microbiological identification was performed by automated method (Vitek II - bioMerieuxR) and the minimum inhibitory concentration of antibiotics by broth microdilution technique, research blaKPC gene by the technique of Polymerase Chain Reaction and synergism between the drugs used in the combination therapy by Time Kill method. The clonality was carried out by pulsed-field gel electrophoresis and analyzed by dendrogram by BioNumerics. Bivariate analyses and multivariate logistic regression with forward stepwise technique were performed to detect risk factors for resistance to polymyxin and mortality. The level of significance was 5%, using Epi Info 7.0 and SPSS programs. Results: During the study period, 127 patients developed infections by CRE, mean age 55.7 (± 18) years and 88 (69.3%) were male. Respiratory tract infections 52 (42%) and urinary tract 51 (40.2%) were the most frequent. Twenty seven (21.3%) agents were resistant to polymyxin; 113 (89%) were K. pneumoniae and 96 (75.6%) had blaKPC gene. Fifty-five (43.3%) were polymicrobial, the majority (28.3%) co-infection by Acinetobacter baumannii. The hospital mortality rate was 61.4% and 34.6% of the death were related to infection. There was no difference in mortality rate between sensitive (34%) versus resistant (37%)(p = 0.46) to polymyxin. The independent risk factors for death were shock (OR 27.40; 95% CI 1.68-446.82; p = 0.02) and dialysis (OR 13:26; 95% CI 1.17-149.98; p = 0.03); and for resistance to polymyxin were previous use of carbapenem (OR 2.95; 95% CI 1.12-7.78; p = 0.02). The risk factor for death in our study was dialysis (OR 7.58; 95% CI 1.30 to 43.92; p = 0.02). Combine therapy, start time and sensitive and antibiotic synergy in vitro had no significant impact on mortality. Conclusion: In our study, previous carbapenem use was the only factor associated with resistance to polymyxin. Furthermore, dialysis and shock were the only factors associated with death among patients with infections caused by CRE resistant to polymyxin. No therapeutic option, especially the combination of drugs and the start time decreased the higher mortality rates in this group of patients
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Avaliação do perfil de sensibilidade e caracterização molecular de isolados de Klebsiella pneumoniae produtores de KPC isoladas de corrente sanguínea em quatro hospitais de Porto AlegreAntochevis, Laura Czekster January 2017 (has links)
Klebsiella pneumoniae (KP) pertence à família Enterobacteriaceae e é frequentemente isolada em infecções nosocomiais, reportada globalmente como uma das mais importantes causas de bacteremias. O seu tratamento usual com β-lactâmicos foi posto a prova na década de 80, com o surgimento de cepas produtoras de β-lactamases de espectro estendido (ESBLs), e posteriormente com as carbapenemases, como sua principal representante Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capazes de hidrolisar todos os β-lactâmicos. Apesar das limitadas opções, em geral as Klebsiella pneumoniae produtoras de KPC (KP-KPC) apresentam susceptibilidade às polimixinas, aminoglicosídeos e tigeciclina, que são comumente aplicadas em regimes terapêuticos combinados, dependente dos perfis de sensibilidade ou resistência a estas drogas, mas dos quais ainda não há informações suficientes para a definição do tratamento mais adequado. A escassez de opções terapêuticas é um dos fatores que contribuem para os altos índices de mortalidade das infecções por K. pneumoniae, de cerca de 40%. Assim, se fazem necessárias avaliações dos perfis fenotípicos de isolados de KP-KPC e a caracterização da disseminação deste mecanismo de resistência, avaliando a presença de perfis clonais relacionados dentro da população. A partir deste cenário, os objetivos deste trabalho foram determinar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) frente à polimixina B (PMB), meropenem (MEM) e tigeciclina (TGC), os perfis de sensibilidade frente a outras drogas comumente utilizadas no tratamento destas infecções, assim como caracterizar molecularmente as amostras resistentes à PMB. Para a determinação das CIMs e dos perfis de susceptibilidade foram utilizadas as técnicas de microdiluição em caldo e disco-difusão, respectivamente, e o perfil molecular foi analisado através de técnica de macrorestrição de DNA seguida por PFGE. Foram incluídas neste estudo 158 amostras isoladas de corrente sanguínea, de quatro hospitais terciários de Porto Alegre. Destas 158 amostras, nenhuma foi sensível a MEM de acordo com o Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74,7%) a PMB utilizando a recomendação do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), e 94 (59.5%) à TGC considerando EUCAST ou 137 (86.7%) de acordo com o Food and Drug Administration (FDA). Um total de 48 (30.4%), 28 (17.7%) e 16 (10.1%) isolados foram considerados sensíveis à amicacina (AMK) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente, e 11 (7.0%), 9 (5.7%) e 9 (5.7%) reportados como sensíveis à gentamicina (GEN) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente. Doxiciclina foi o antimicrobiano mais ativo (24, 60.0%) frente aos 40 (25,3%) isolados resistentes a PMB. Destes 40 isolados, 29(72.5%) foram caracterizados molecularmente sendo encontrados 18 clones, dos quais cinco perfis clonais foram identificados em mais de um hospital. Neste estudo, pudemos demonstrar um importante aumento nos níveis de resistência às polimixinas, acompanhado por um desafiador perfil de susceptibilidade frente as outras opções terapêuticas disponíveis, ainda que os índices de sensibilidade destas drogas variem de acordo com os pontos de corte de cada comitê. Quanto à caracterização molecular, a detecção de dezoito clones diferentes e a presença do mesmo perfil em mais de um hospital provavelmente estão associadas à emergência de resistência mediada por mutações, assim como a um processo de disseminação horizontal. / Klebsiella pneumoniae (KP) belongs to the family Enterobacteriaceae and is frequently isolated in nosocomial infections, reported globally as one of the most important causes of bacteremia. Its usual β-lactam treatment was challenged in the 1980s with the emergence of extended-spectrum β-lactamase producing (ESBLs) strains, and later with carbapenemases, as its main representative Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capable of hydrolyze all β-lactam. Despite the limited options, KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-KP) are generally susceptible to polymyxins, aminoglycosides and tigecycline, which are commonly applied in combination therapy regimens depending on levels of sensitivity or resistance to these drugs, but of which there is still insufficient information to define the most appropriate treatment. The scarcity of therapeutic options is one of the factors that contribute to the high mortality rates of K. pneumoniae infections, of around 40%. Thus, it is necessary to evaluate the phenotypic profiles of KPC-KP isolates and the characterization of the dissemination of this resistance mechanism, evaluating the presence of related clonal profiles within the population. From this scenario, the objectives of this study were to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin B (PMB), meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) by broth microdilution and the susceptibility profiles to aminoglycosides and other drugs by disk-diffusion method, as well as to evaluate the molecular profile of KPC-KP isolates from four tertiary hospitals in Porto Alegre. A total of 158 samples were included in this study, where none were sensitive to MEM according to the Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74.7%) to PMB using the recommendation of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), and 94 (59.5%) to TGC considering EUCAST or 137 (86.7% %) according to Food and Drug Administration (FDA). A total of 48 (30.4%), 28 (17.7%) and 16 (10.1%) isolates were considered susceptible to amikacin (AMK) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively, and 11 (7.0%), 9 %) and 9 (5.7%) reported as sensitive to gentamicin (GEN) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively. Doxycycline was also the most active antimicrobial (24, 60.0%) against 40 (25.3%) PMB resistant isolates. Of these 40 isolates, 29 (72.5%) were clonally related, resulting in 18 clones, where five profiles were identified in more than one hospital. In this study, we could demonstrate an important increase in the levels of resistance to polymyxins, accompanied by a challenging profile of susceptibility to other drugs, although the sensitivity indexes of the latter vary significantly according to the breakpoints of each committee. As for molecular characterization, the detection of eighteen different clones and the presence of the same profile in more than one hospital are probably associated with the emergence of resistance mediated by mutations, as well as a process of horizontal dissemination.
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Tuberculose em pacientes com síndrome de imunodeficiência adquirida : análise do perfil de suscetibilidade aos tuberculostáticosDeutschendorf, Caroline January 2010 (has links)
Base teórica: Tuberculose (TB) e infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) são as principais causas de mortalidade relacionada a doenças infecciosas no mundo. A associação de TB com HIV e Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS) adicionou morbidade e mortalidade a cada uma das pandemias; ambas expuseram as fragilidades dos sistemas de saúde pública e dos sistemas médicos e sociais, assim como disparidades em recursos e direitos sociais. A estratégia para controle da tuberculose consiste em diagnóstico e tratamento rápidos para interromper a cadeia de transmissão da doença e obter dsfechos favoráveis. Apesar disso, situações como monoterapia, prescrição inadequada e má adesão levam a emergência de cepas de Mycobacterium tuberculosis resistentes. A resistência às drogas anti- TB foi descrita logo após a introdução da estreptomicina em 1944 e, atualmente, é a maior ameaça ao controle da tuberculose. Cepas resistentes causam maiores taxas de mortalidade, falha e recidiva, e o tratamento é mais tóxico, caro e prolongado. Objetivos: Determinar o padrão de resistência do M. tuberculosis isolado em pacientes HIV-positivos e os fatores de risco a ela associados. Métodos: Através de um estudo retrospectivo de coorte revisaram-se os prontuários de todos pacientes com HIV/AIDS e tuberculose do Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre 2000 e 2005. Resultados: Foram incluídos 236 pacientes, selecionados a partir de dados do laboratório de microbiologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Resistência a pelo menos uma das drogas anti-TB foi detectada em 28 isolados (13,6%). Multirresistência (MDR), ou seja, resistência a pelo menos isoniazida e rifampicina, ocorreu em quatro (1,9%) pacientes. Uso prévio de quinolonas (por pelo menos cinco dias nos últimos 6 meses) foi relacionado com resistência à rifampicina (OR 16,54; IC95% 2,15 a 125,21; P<0,001), à isoniazida (OR 3,94; IC95% 1,02 a 15,79; P=0,04), à estreptomicina (OR 4,3; IC95% 1,06 a 17,11; P=0,02), ao etambutol (OR 33,27; IC95% 2,82 a 387,61; P<0,001) e à TB MDR (OR 16,15; IC95% 2,1 a 124; P<0,001), mas não com resistência à pirazinamida (OR 2,66; IC95% 0,29 a 23,57; P=0,36). Na análise multivariada, tratamento prévio com rifampicina, isoniazida, estreptomicina ou quinolona se relacionou com resistência a qualquer droga. Tratamentos contendo rifampicina foram protetores para mortalidade intra-hospitalar (OR 0,18; IC95% 0,02 to 1,01; P=0,02). Conclusão: Atualmente não há evidência de resistência cruzada entre quinolonas e outras drogas utilizadas no tratamento da tuberculose. Apesar disso, em nosso estudo, houve correlação entre uso prévio de quinolonas e resistência a drogas de primeira linha para tratamento da TB. Com isso, o uso de quinolonas em áreas de alta endemicidade da tuberculose deve ser evitado. / Background: Tuberculosis (TB) and human immunodeficiency virus (HIV) disease are the two leading causes of infectious disease-associated mortality worldwide. The harmful interaction of TB and HIV/AIDS has added greatly to the suffering and loss of life caused by each pandemic; together, the diseases expose underlying weakness in public health, medical, and social systems, as well as disparities in resources and human rights. The strategies to control tuberculosis consist in diagnosis and treatment as fast as possible to interrupt the transmission of the disease and to provide better outcomes. Even though, situations like monotherapy, bad prescription or lack of compliance lead to emergence of resistant M. tuberculosis. Resistance to antituberculosis drugs was first described soon after the introduction of streptomycin in 1944 and is currently one of the most important threats to global tuberculosis control. Drug resistant strains cause much higher rates of mortality, failure and relapse, and treatment is more toxic, expensive and lengthy. Objectives: This study was performed to determine the resistance profile of M. tuberculosis isolated from HIV-infected patients and factors that could be associated with resistance in southern Brazil. Methods: A retrospective cohort study was conducted at Hospital de Clínicas de Porto Alegre. From august 2000 to august 2005 all patients with the diagnosis of HIV infection and tuberculosis were included. Results: Tuberculosis was diagnosed in 236 patients. Resistance to at least one drug was seen in 28 (13.6%) isolates. Multi-drug resistance (resistance to isoniazid and rifampin) tuberculosis was seen in 4 (1.9%) isolates. Previous treatment with quinolones was related to resistance to rifampin (OR 16.54; CI 95% 2.15 to 125.21), to isoniazid (OR 3.94; CI 95% 1.02 to 15.79), to streptomycin (OR 4.3; CI 95% 1.06 to 17.11), to ethambutol (OR 33.27; CI 95% 2.82 to 387.61) and to multidrug-resistance (OR 16.15; CI 95% 2.1 to 124.0), but not with resistance to pyrazinamide (OR 2.66; CI 95% 0.29 to 23.57). In multivariate analysis, risk factors for any drug resistance were: previous rifampicin (P<0.001), isoniazid (P<0.001) and streptomycin (P<0.001) use. Previous quinolone use was also related to any drug resistance (P=0.006). Treatments containing rifampin were protective for in-hospital all-cause mortality rate (OR 0.18; CI 95% 0.02 to 1.01; P=0.02). Conclusion: So far, there is no evidence of cross-resistance between quinolones and anti-TB agents. The quinolones and first line TB drugs do not share similar mechanisms of resistance and there is lack of data referring to this cause-effect relation. Although, we found a correlation between previous use of quinolones and first-line TB drugs resistance and we believe that quinolones should not be used as first-line antibiotics to treat pneumonia in settings were TB is endemic.
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Caracterização clínica, microbiológica e molecular e tratamento de infecções por enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos / Clinical, microbiology and molecular characterization and treatment of infections with carbapenem-resistant EnterobacteriaceaeCláudia Maria Dantas de Maio Carrilho 26 March 2015 (has links)
Introdução: Infecções por Enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos (ERC), em especial produtoras de Klebsiella pneumoniae carbapenamase tipo KPC hoje são endêmicas em diversas regiões do mundo, seu tratamento é ainda um grande desafio em particular de isolados resistentes à polimixina. Objetivos: Descrever as características clínicas, microbiológicas e moleculares das infecções por ERC. Método: Estudo de coorte prospectiva, realizado no Hospital Universitário de Londrina, Paraná, Brasil, entre março de 2011 a dezembro de 2012. Foram acompanhados pacientes >= 18 anos, que apresentaram infecção por ERC. Dados demográficos e clínicos como idade, sexo, diagnóstico à admissão e presença de co-morbidades de acordo com critérios de Charlson, internação em Unidade de Terapia intensiva e scores APACHE e SOFA desses pacientes, colonização prévia por ERC, cirurgia prévia à infecção, diálise, uso prévio de antimicrobianos e sítio de infecção foram coletados. Foram avaliados os antimicrobianos utilizados para tratamento das infecções por mais de 48 horas nos seguintes pontos: monoterapia ou terapia associada, tempo de início (menor e maior que 12 horas). A identificação do agente foi realizada por método automatizado (Vitek II - bioMerieuxR) e a concentração inibitória mínima dos antibióticos por técnica de microdiluição em caldo, pesquisa de gene blaKPC pela técnica de Polimerase Chain Reaction e sinergismo entre drogas utilizadas em tratamento combinado por meio do método Time Kill. A clonalidade, por Pulsed Field gel eletroforese e analisada por dendograma pelo Bionumerics. Foram realizadas análise bivariada e regressão logística multivariada com técnica de Forward Stepwise para detectar fatores de risco para resistência a polimixina e mortalidade. O nível de significância adotado foi de 5%, utilizando os programas Epi Info 7.0 e SPSS. Resultados: No período de estudo, 127 pacientes apresentaram infecções por ERC, idade média de 55,7 (± 18) anos e 88 (69.3%) do sexo masculino. Infecções de trato respiratório (52-42%) e trato urinário (51 - 40,2%) foram as mais freqüentes, 27 (21,3%) resistentes à polimixina, 113 (89%) das enterobactérias eram K. pneumoniae e 96 (75,6%) tinham gene blaKPC.. Cinquenta e cinco (43,3%) eram polimicrobianas, a maioria (28,3%) co-infecção por Acinetobacter baumannii. A taxa de mortalidade hospitalar foi 61,4%, sendo 34,6% relacionada à infecção e não houve diferença significativa entre os grupos sensíveis (34%) e resistentes à polimixina (37%), p=0.46. Os fatores de risco independentes para óbito foram choque (OR 27.40; IC95% 1.68-446.82; p= 0.02) e diálise (OR 13.26; IC95% 1.17-149.98; p= 0.03); para resistência à polimixina: uso prévio de carbapenem ( OR 2.95; IC95% 1.12-7.78; p= 0.02) e para óbito nessa população: diálise (OR 7,58; IC95% 1,30-43,92; p= 0.02). Terapia combinada, tempo de início de antibiótico sensível e sinergismo in vitro não tiveram impacto significativo na mortalidade. Conclusão: O uso prévio de carbapenêmico foi o único fator associado com a resistência à polimixina nesse estudo. Os fatores associados ao óbito entre os pacientes com infecções por enterobactérias resistentes à polimixina foram fatores de gravidade, como diálise e choque. Nenhuma opção terapêutica, em especial a associação de drogas e nem o tempo de início do tratamento, interferiu na mortalidade deste grupo de pacientes / Introduction: Infections due to Carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE), particularly Klebsiella pneumoniae producing carbapenemase type KPC, have been endemic in several regions around the world. Their treatment remains a major challenge, particularly for isolates resistant to polymyxin. Objectives: To describe the clinical, microbiological and molecular characteristics of infections by CRE. Methods: Prospective cohort conducted at the University Hospital of Londrina, Paraná, Brazil, from March 2011 to December 2012. All hospitalized patients >= 18 years old who developed infection by CRE were followed until death or discharge. We collected and analyzed the following clinical data: age, sex, diagnosis at admission, presence of comorbidities according to the Charlson criteria, admission in Intensive Care Unit, APACHE and SOFA scores, previous colonization by CRE, previous surgery, dialysis, prior antibiotic use and infection site; furthermore, we also evaluated the time between the blood culture collect and the first antimicrobial dose administration (start time - smaller or longer than 12 hours) as well as whether the treatment was monotherapy or combine therapy for more than 48 hours. The microbiological identification was performed by automated method (Vitek II - bioMerieuxR) and the minimum inhibitory concentration of antibiotics by broth microdilution technique, research blaKPC gene by the technique of Polymerase Chain Reaction and synergism between the drugs used in the combination therapy by Time Kill method. The clonality was carried out by pulsed-field gel electrophoresis and analyzed by dendrogram by BioNumerics. Bivariate analyses and multivariate logistic regression with forward stepwise technique were performed to detect risk factors for resistance to polymyxin and mortality. The level of significance was 5%, using Epi Info 7.0 and SPSS programs. Results: During the study period, 127 patients developed infections by CRE, mean age 55.7 (± 18) years and 88 (69.3%) were male. Respiratory tract infections 52 (42%) and urinary tract 51 (40.2%) were the most frequent. Twenty seven (21.3%) agents were resistant to polymyxin; 113 (89%) were K. pneumoniae and 96 (75.6%) had blaKPC gene. Fifty-five (43.3%) were polymicrobial, the majority (28.3%) co-infection by Acinetobacter baumannii. The hospital mortality rate was 61.4% and 34.6% of the death were related to infection. There was no difference in mortality rate between sensitive (34%) versus resistant (37%)(p = 0.46) to polymyxin. The independent risk factors for death were shock (OR 27.40; 95% CI 1.68-446.82; p = 0.02) and dialysis (OR 13:26; 95% CI 1.17-149.98; p = 0.03); and for resistance to polymyxin were previous use of carbapenem (OR 2.95; 95% CI 1.12-7.78; p = 0.02). The risk factor for death in our study was dialysis (OR 7.58; 95% CI 1.30 to 43.92; p = 0.02). Combine therapy, start time and sensitive and antibiotic synergy in vitro had no significant impact on mortality. Conclusion: In our study, previous carbapenem use was the only factor associated with resistance to polymyxin. Furthermore, dialysis and shock were the only factors associated with death among patients with infections caused by CRE resistant to polymyxin. No therapeutic option, especially the combination of drugs and the start time decreased the higher mortality rates in this group of patients
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Pesquisa de genes de resistência a antimicrobianos beta-lactâmicos e de enterotoxina em cepas de Staphylococcus aureus presentes em amostras de alimentos / Search of antimicrobial beta-lactam resistance genes and enterotoxin genes in Staphylococcus aureus strains present in food samplesCamila Fonseca Rizek 13 August 2010 (has links)
Introdução: Staphylococcus aureus são microrganismos causadores de diversos tipos de doenças. Existem dois grandes agravantes a sua presença: a produção de toxinas e a resistência a antimicrobianos. S. aureus produzem enterotoxinas termolábeis que, quando presentes nos alimentos, podem levar a uma toxinfecção a quem o consumir. Esta espécie também é conhecida por facilmente responder adaptativamente ao uso de drogas tornandose cada vez mais difícil controlá-la. Um dos maiores responsáveis por esta preocupação são os MRSA (methicillin-resistant Staphylococcus aureus), resistentes a beta-lactâmicos através da produção de uma proteína diferenciada de parede codificada pelo gene mecA. A presença deste patógeno resistente fora do ambiente hospitalar é registrada há alguns anos e pouco a pouco vem se descobrindo que a via alimentar pode ser um meio deste gene se disseminar. Objetivos: procurar pelo gene mecA e o codificador da enterotoxina em Staphylococcus aureus de amostras alimentares para discutir a presença do gene de resistência em uma nova via de transmissão e a validade de apenas se fiscalizar a presença apenas de Staphylococcus coagulase positivo em produtos alimentares como forma de manter o alimento seguro contra toxinfecções. Métodos: Cinquenta e sete amostras de S. aureus provenientes de amostras de quatro tipos de fontes alimentares foram testadas por PCR com primer específico para o gene mecA e para o gene codificador da enterotoxina. Resultados: Destas, cinco (8,8 por cento do total) amostras apresentaram o gene de resistência e onze (19,2 por cento do total) continham o gene codificador da enterotoxina termolábil. Conclusão: A presença do gene de enterotoxina em produtos prontos para consumo e peixe cru de feira é uma realidade, assim como o debate sobre qual a melhor forma de se legislar sobre o assunto que deve ser mantido e melhor avaliado. Já no caso do gene de resistência, evidenciou-se que a via alimentar é sim local de circulação do gene de resistência. Também é a primeira vez que se notifica o gene mecA em alimentos prontos para consumo no Brasil e América Latina / Introduction: Staphylococcus aureus are a bacterium that causes various types of diseases. There are two major aggravating to its presence: the toxins production and antimicrobial resistance. S. aureus produce heat-labile enterotoxina that, when present in food, can lead to poisoning of those who consume. This specie is also known to easily respond adaptively to drug use becoming increasingly difficult to control it. One of the main reasons for this concern are MRSA (methicillin-resistant Staphylococcus aureus) which are resistant to betalactams drugs through a differentiated wall protein production encoded by the mecA gene. The presence of this resistant pathogen outside hospitals has been recorded a few years ago and gradually comes to discover that the food chain can be a way for the gene spread. Objectives: Search for the mecA gene and the enterotoxins encoded gene in Staphylococcus aureus from food samples to discuss the presence of the resistance gene in a new transmission route and the validity of only review the presence of Staphylococcus coagulase positive in food product as a way to keep insurance against food poisoning. Methods: Fifty-seven samples of S. aureus from five different sources of food samples were tested by PCR with specific primer for the mecA gene and the enterotoxins gene. Results: Of these, five (8,8 per cent of total) samples showed the resistance gene and eleven (19,2 per cent of total) contained the gene encoding the heat-labile enterotoxin. Conclusion: The presence of enterotoxin encoded gene in food products ready for consumption and raw fish is a fact and a debate about how best to legislate should be maintained and better evaluated. In the case of the resistance gene, the food chain is really a way where this gene can spread. It is also the first time the mecA gene from food ready for consumption is reported in Brazil and Latin America
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