Determina la presencia de BLEE (Betalactamasas de Espectro Extendido), AmpC (Betalactamasas AmpC) y fenotipos de resistencia ACSSuT (resistencia a oxitetraciclina, ampicilina, estreptomicina, sulfatrimetropim y cloranfenicol) de aislados de Salmonella enterica mediante el uso de la técnica de Kirby Bauer siguiendo las recomendaciones del CLSI y métodos de confirmación apropiados, basados en el uso de inhibidores como ácido clavulánico y cloxacilina. Se utilizan 50 aislados de Salmonella enterica identificados según norma ISO: 6579 (2002) provenientes del cepario del Laboratorio de Microbiología y Parasitología de la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. / Tesis

Magíster en genética / Las paraplejias espásticas hereditarias (PEHs) corresponde a diversos desórdenes genéticos caracterizados por la espasticidad de miembros inferiores y una marcada debilidad muscular debido a una degeneración de los axones más largos en los seres humanos. Los genes más conocidos causantes de las PEHs (atlastina, espastina, VCP) están involucrados en el tráfico intracelular, localización y conformación de organelos membranosos. El gen atlastina (atl) codifica para una GTPasa que media la fusión homotípica en las membranas del retículo endoplásmico (RE). En el tratamiento de PEHs asociadas a mutaciones en atl no se han descrito blancos terapéuticos efectivos ya que inhibir cualquiera de las proteínas asociadas resulta en defectos en la morfogénesis del RE. En Drosophila melanogaster existen genes codificantes para moduladores de la expresión y actividad de atlastina. Como el gen es conservado tanto en humanos como en Drosophila, se utilizó este modelo biológico para identificar genes que modulen su actividad. En esta tesis se rastrearon genes del cromosoma 2 (aproximadamente un 40% del genoma de Drosophila) que actúen como modificadores dominantes del fenotipo asociado a la disminución de la expresión de atl en neuronas motoras. Nuestros resultados indican que existen genes que interactúan con atlastina, destacándose particularmente uno de ellos, en que la proteína codificada por este participa de la vía de señalización de BMP, que juega un rol fundamental en el correcto desarrollo de la unión neuromuscular. Esto es el inicio de una potencial investigación enfocada en encontrar más interactores de atlastina y los mecanismos moleculares que subyacen a estos descubrimientos. / The hereditary spastic paraplegias (HSPs) corresponds to a variety of genetic disorders, characterized by spasticity of the lower limbs and a marked muscle weakness due to degeneration of the longest axons in humans. The best known genes of the HSP (atlastin, spastin, VCP) are involved in intracellular trafficking, localization and formation of membranous organelles. The atlastin (atl) gene encodes a GTPase that mediates homotypic fusion of endoplasmic reticulum (ER) membranes. There have not been described effective therapeutic targets for the treatment of HSPs associated to atl mutations, because the inhibition of any associated proteins results in defects in morphogenesis ER. In Drosophila melanogaster there are genes coding for modulators of expression and activity of atlastin. As this gene is conserved in both humans as in Drosophila, this biological model is used to identify genes that modulate its activity. In this thesis we will screen genes of chromosome 2 (about 40% of the Drosophila genome) that acts as dominant modifiers of the phenotype associated with decreased expression of atl in motor neurons. Our results indicate that there are genes that interact with atlastin, particularly highlighting one of them, in which the protein encoded by this participates of the BMP signaling pathway, which plays a fundamental role in the proper development of the neuromuscular junction. This is the beginning of a potential research focused on finding more interactors of atlastin and the molecular mechanisms underlying these findings.

El aumento creciente de la incidencia de Bordetella pertussis en poblaciones con elevada cobertura de vacunación ha puesto de manifiesto que las vacunas en uso presentan falencias que han cobrado importancia con el tiempo. Con el fin diseñar vacunas con mayor capacidad protectora nuestra investigación se ha orientado al estudio del fenotipo infectante. Parte de los esfuerzos en este sentido se han centrado en la identificación de los cambios fenotípicos inducidos en B. pertussis en respuesta a la falta de hierro libre, por ser éste el stress nutricional mas importante durante infección. Para ello se ha elegido una estrategia de trabajo que es una combinación de proteómica bidimensional comparativa y análisis serológico del proteoma. La ventaja de emplear esta estrategia es que permitió identificar potenciales factores de virulencia y, a la vez, seleccionar inmunógenos que se expresan en condiciones fisiológicas y que, sin embargo, no están incluidos en ninguna de las formulaciones vacunales en uso. En este trabajo de tesis, por un lado se amplió la caracterización del proteoma de B. pertussis cultivada bajo limitación de hierro mediante una proteómica shotgun, una técnica que presenta alta sensibilidad. Además se describen dos nuevos inmunógenos capaces de mejorar la protección conferida por la vacuna acelular actualmente en uso.

Mestre -- Escola Nacional de Saude Publica, Rio de Janeiro, 2000.

Mestre -- Sao Paulo (Estado). Secretaria da Saude. Coordenacao dos Institutos de Pesquisa. Programa de Pos-Graduacao em Ciencias, Sao Paulo, 2003.

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-11Bitstream added on 2014-12-02T11:21:12Z : No. of bitstreams: 1 000792962.pdf: 3515072 bytes, checksum: 9e97af9de80a902b8bcd01386ba9a367 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Atualmente o Brasil possui uma estimativa de produção de bioetanol com a safra de 2013/14 de 27,17 bilhões de litros. Esta produção é derivada de um processo de fermentação das usinas sucroalcooleiras brasileiras e caracteriza-se atualmente como um processo semi-contínuo. A levedura Saccharomyces cerevisiae é a mais abrangente nos processos de fermentação, por ser adaptável aos diferentes ambientes, possuindo uma rica diversidade de perfis fenotípicos e genotípicos, evidenciando que as interações entre fatores ambientais e este organismo influenciam na identificação de características essenciais e específicas nos processos fermentativos. A construção de um banco de organismos relacionados com a produção de etanol é indispensável aos interesses de pesquisadores do programa Bioen da UNESP. Assim, é de fundamental importância a existência de uma coleção de linhagens de leveduras, com potencial fermentativo elevado. Em estudo anterior, desenvolvido por nosso grupo, foram selecionadas de uma usina brasileira duas linhagens (ZFC4 e ZFD4) com características potencialmente diferenciais no processo de produção de etanol. Com base nestes dados o objetivo deste estudo foi primeiramente analisar características genotípicas e fenotípicas das linhagens ZFC4 e ZFD4 para identificação de fatores genéticos funcionais por meio de sequenciamento do DNA e RNA global de nova geração Hiseq Ilumina e posteriormente, as linhagens selecionadas foram rastreadas por combinações com os padrões industriais (PE-2, CAT e SA-I), visando à seleção de associações sinérgicas promissoras no processo de fermentação para o setor sucroalcooleiro. Para tanto as associações destas linhagens foram avaliadas quanto ao crescimento celular, assimilação de açucares, tolerância à temperatura e ao etanol e capacidade fermentativa. Todas as combinações realizadas entre os padrões e as linhagens ZFC4 e ZFD4 foram sinérgicas para ... / Brazil currently has an estimated production of bioethanol with crop 2013/14 from 27.17 billion liters. This production is derived from a fermentation process of Brazilian sugarcane mills and is characterized today as a semi-continuous process. The yeast Saccharomyces cerevisiae is the most comprehensive in fermentation processes, by being adaptable to different environments, having a rich diversity of phenotypic and genotypic profiles, showing that the interactions between environmental factors and influences in this organism identification of essential and specific features in the fermentative process. The construction of a bank of organisms related to ethanol production is vital to the interests of researchers Bioen UNESP program. Thus, it is fundamental to the existence of a collection of yeast strains with high fermentation potential. In a previous study conducted by our group, were selected from a Brazilian plant two strains (ZFC4 and ZFD4) with potentially differential characteristics in the ethanol production process. Based on these data, the aim of this study was first to analyze genotypic and phenotypic characteristics of strains ZFC4 and ZFD4 to identify functional genetic factors through sequencing DNA and RNA global new generation HiSeq Ilumina and subsequently selected strains were screened for combinations with industry standards (PE-2, CAT and SA-I), aiming at selecting promising synergistic associations in the fermentation process for the alcohol sector. For both the associations of these strains were evaluated for cell growth, assimilation of sugars, tolerance to temperature and ethanol and fermentative capacity. All combinations made between the patterns and ZFC4 and ZFD4 strains were synergistic for all parameters analyzed, especially in relation to resistance to high ethanol concentrations and temperature. Importantly, our lines alone were as effective as the fermentation patterns, however these in combination ...

Orientador: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Coorientador: Antonio Orlando Di Mauro / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Maria Imaculada Zucchi / Resumo: O estudo da diversidade genética e o conhecimento das relações entre cultivares melhoradas é fundamental para os programas de melhoramento de soja. Sabe-se que existe um grande número de cultivares comercializadas no Brasil entretanto, pequena variabilidade genética está disponível entre elas, em razão da estreita base genética do germoplasma brasileiro. No Brasil mais de 80% do cultivo total de soja provém de sementes geneticamente modificadas, entretanto nada se sabe sobre as relações de parentesco existentes entre os genótipos cultivados. O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre 74 cultivares de soja RR oriundas de diferentes programas de melhoramento genético. As análises foram baseadas em técnicas de estatística multivariada a partir de caracteres agronômicos e marcadores moleculares microssatélites (SSR). Dez caracteres agronômicos quantitativos foram empregados nas análises da distância Euclidiana, agrupamento por Tocher, agrupamento pelo critério UPGMA e análise por componentes principais. A diversidade genética, estimada utilizando-se marcadores moleculares, foi realizada por meio de 86 iniciadores SSR polimórficos analisados pelo coeficiente de Jaccard e pela metodologia de agrupamento UPGMA. Para os caracteres agronômicos, as cultivares foram separadas em sete grupos distintos segundo os métodos de Tocher e UPGMA. Neste estudo, a análise de componentes principais revelou que os caracteres número de dias para florescimento, produção de grãos, valor agronômico e número de dias para maturidade foram os que mais contribuíram para a diferenciação das cultivares. O dendrograma gerado com base nos dados moleculares pelo critério de agrupamento UPGMA revelou a formação de seis grupos. Os marcadores SSR amplificaram 195 alelos entre as cultivares e apresentaram valor médio de PIC de 0,42. Tanto as análises baseadas em ... / Abstract: The study of genetic diversity and the knowledge of the relationships among improved cultivars is essential for soybean breeding programs. It is known that there is a large number of cultivars marketed in Brazil however, little genetic variability is available among them, due to the narrow genetic base of Brazilian germplasm. In Brazil more than 80% of the total soybean crop comes from genetically modified seeds, however nothing is known about the evolutionary relationships among these cultivated genotypes. The objective of this study was to analyze the genetic diversity among 74 RR soybean cultivars from different genetic breeding programs. Analyzes were based on multivariate statistical techniques from agronomic traits and microsatellite molecular markers (SSR). Ten quantitative agronomic traits were used in the analysis of the Euclidean distance, Tocher and UPGMA clustering and principal component analysis. Genetic diversity, estimated using molecular markers, was performed with 86 polymorphic SSR primers, analyzed by Jaccard coefficient and by UPGMA clustering method. For agronomic data, the cultivars were separated into seven distinct groups according to Tocher and UPGMA methods. Principal components analysis revealed that among the studied agronomic traits, number of days to flowering, grain yield, agronomic value and number of days to maturity were the main contributors to differentiate cultivars. The dendrogram based on the molecular data and the UPGMA criterion revealed six groups. SSR markers amplified 195 alleles among cultivars and showed 0,42, average value of PIC. Both analyzes based on agronomic traits, as SSR molecular markers were efficient in estimating the genetic divergence among soybean cultivars that carry RR gene / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-26Bitstream added on 2014-06-13T20:16:28Z : No. of bitstreams: 1 000738177.pdf: 2127211 bytes, checksum: 7752b2eb6f5bb2aa912ceafe0347ae5e (MD5) / O estudo da diversidade genética e o conhecimento das relações entre cultivares melhoradas é fundamental para os programas de melhoramento de soja. Sabe-se que existe um grande número de cultivares comercializadas no Brasil entretanto, pequena variabilidade genética está disponível entre elas, em razão da estreita base genética do germoplasma brasileiro. No Brasil mais de 80% do cultivo total de soja provém de sementes geneticamente modificadas, entretanto nada se sabe sobre as relações de parentesco existentes entre os genótipos cultivados. O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre 74 cultivares de soja RR oriundas de diferentes programas de melhoramento genético. As análises foram baseadas em técnicas de estatística multivariada a partir de caracteres agronômicos e marcadores moleculares microssatélites (SSR). Dez caracteres agronômicos quantitativos foram empregados nas análises da distância Euclidiana, agrupamento por Tocher, agrupamento pelo critério UPGMA e análise por componentes principais. A diversidade genética, estimada utilizando-se marcadores moleculares, foi realizada por meio de 86 iniciadores SSR polimórficos analisados pelo coeficiente de Jaccard e pela metodologia de agrupamento UPGMA. Para os caracteres agronômicos, as cultivares foram separadas em sete grupos distintos segundo os métodos de Tocher e UPGMA. Neste estudo, a análise de componentes principais revelou que os caracteres número de dias para florescimento, produção de grãos, valor agronômico e número de dias para maturidade foram os que mais contribuíram para a diferenciação das cultivares. O dendrograma gerado com base nos dados moleculares pelo critério de agrupamento UPGMA revelou a formação de seis grupos. Os marcadores SSR amplificaram 195 alelos entre as cultivares e apresentaram valor médio de PIC de 0,42. Tanto as análises baseadas em... / The study of genetic diversity and the knowledge of the relationships among improved cultivars is essential for soybean breeding programs. It is known that there is a large number of cultivars marketed in Brazil however, little genetic variability is available among them, due to the narrow genetic base of Brazilian germplasm. In Brazil more than 80% of the total soybean crop comes from genetically modified seeds, however nothing is known about the evolutionary relationships among these cultivated genotypes. The objective of this study was to analyze the genetic diversity among 74 RR soybean cultivars from different genetic breeding programs. Analyzes were based on multivariate statistical techniques from agronomic traits and microsatellite molecular markers (SSR). Ten quantitative agronomic traits were used in the analysis of the Euclidean distance, Tocher and UPGMA clustering and principal component analysis. Genetic diversity, estimated using molecular markers, was performed with 86 polymorphic SSR primers, analyzed by Jaccard coefficient and by UPGMA clustering method. For agronomic data, the cultivars were separated into seven distinct groups according to Tocher and UPGMA methods. Principal components analysis revealed that among the studied agronomic traits, number of days to flowering, grain yield, agronomic value and number of days to maturity were the main contributors to differentiate cultivars. The dendrogram based on the molecular data and the UPGMA criterion revealed six groups. SSR markers amplified 195 alleles among cultivars and showed 0,42, average value of PIC. Both analyzes based on agronomic traits, as SSR molecular markers were efficient in estimating the genetic divergence among soybean cultivars that carry RR gene

Orientador: Ana Marisa Fusco de Almeida / Coorientador: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Edwil Aparecida de Lucca Gattás / Banca: Alessandro de Mello Varani / Resumo: Atualmente o Brasil possui uma estimativa de produção de bioetanol com a safra de 2013/14 de 27,17 bilhões de litros. Esta produção é derivada de um processo de fermentação das usinas sucroalcooleiras brasileiras e caracteriza-se atualmente como um processo semi-contínuo. A levedura Saccharomyces cerevisiae é a mais abrangente nos processos de fermentação, por ser adaptável aos diferentes ambientes, possuindo uma rica diversidade de perfis fenotípicos e genotípicos, evidenciando que as interações entre fatores ambientais e este organismo influenciam na identificação de características essenciais e específicas nos processos fermentativos. A construção de um banco de organismos relacionados com a produção de etanol é indispensável aos interesses de pesquisadores do programa Bioen da UNESP. Assim, é de fundamental importância a existência de uma coleção de linhagens de leveduras, com potencial fermentativo elevado. Em estudo anterior, desenvolvido por nosso grupo, foram selecionadas de uma usina brasileira duas linhagens (ZFC4 e ZFD4) com características potencialmente diferenciais no processo de produção de etanol. Com base nestes dados o objetivo deste estudo foi primeiramente analisar características genotípicas e fenotípicas das linhagens ZFC4 e ZFD4 para identificação de fatores genéticos funcionais por meio de sequenciamento do DNA e RNA global de nova geração Hiseq Ilumina e posteriormente, as linhagens selecionadas foram rastreadas por combinações com os padrões industriais (PE-2, CAT e SA-I), visando à seleção de associações sinérgicas promissoras no processo de fermentação para o setor sucroalcooleiro. Para tanto as associações destas linhagens foram avaliadas quanto ao crescimento celular, assimilação de açucares, tolerância à temperatura e ao etanol e capacidade fermentativa. Todas as combinações realizadas entre os padrões e as linhagens ZFC4 e ZFD4 foram sinérgicas para ... / Abstract: Brazil currently has an estimated production of bioethanol with crop 2013/14 from 27.17 billion liters. This production is derived from a fermentation process of Brazilian sugarcane mills and is characterized today as a semi-continuous process. The yeast Saccharomyces cerevisiae is the most comprehensive in fermentation processes, by being adaptable to different environments, having a rich diversity of phenotypic and genotypic profiles, showing that the interactions between environmental factors and influences in this organism identification of essential and specific features in the fermentative process. The construction of a bank of organisms related to ethanol production is vital to the interests of researchers Bioen UNESP program. Thus, it is fundamental to the existence of a collection of yeast strains with high fermentation potential. In a previous study conducted by our group, were selected from a Brazilian plant two strains (ZFC4 and ZFD4) with potentially differential characteristics in the ethanol production process. Based on these data, the aim of this study was first to analyze genotypic and phenotypic characteristics of strains ZFC4 and ZFD4 to identify functional genetic factors through sequencing DNA and RNA global new generation HiSeq Ilumina and subsequently selected strains were screened for combinations with industry standards (PE-2, CAT and SA-I), aiming at selecting promising synergistic associations in the fermentation process for the alcohol sector. For both the associations of these strains were evaluated for cell growth, assimilation of sugars, tolerance to temperature and ethanol and fermentative capacity. All combinations made between the patterns and ZFC4 and ZFD4 strains were synergistic for all parameters analyzed, especially in relation to resistance to high ethanol concentrations and temperature. Importantly, our lines alone were as effective as the fermentation patterns, however these in combination ... / Mestre

Orientador: Ney Lemke / Coorientador: Marcio Luis Acencio / Banca Sandra Regina Costa Maruyama / Banca: Marcelo Mendes Brandão / Banca: Claudia Pio / Banca: Angelo Jose Magro / Resumo: Uma importante questão levantada logo após o primeiro sequenciamento completo do genoma de um organismo foi: quantos genes são essenciais para a vida celular? Experimentos de deleção individual realizados com a bactéria Escherichia coli revelaram que menos de 10% dos seus genes apresentam essa condição, ou seja, a inativação de cada um deles leva a total inviabilidade da bactéria. A teoria de redes fornece uma representação abstrata de um sistema biológico, onde o conjunto de nodos são os componentes biológicos (proteínas, genes, metabólitos, etc) e o conjunto de arestas são as interações de natureza biológica (interação física entre proteínas, interações metabólicas, interações de regulação transcricional, etc) que conectam cada dois componentes biológicos. A posição dos componentes biológicos em uma rede indica sua importância para a manutenção do sistema biológico. De forma geral, componentes localizados em posições centrais em uma rede biológica são aqueles componentes chaves para a integridade do sistema. Neste trabalho, decidimos investigar a posição dos restantes 90% dos genes considerados não-essenciais na rede integrada de interações gênicas (RIG) de E. coli. Especificamente, investigamos os genes condicionalmente essenciais, isto é, genes que são essenciais somente em determinadas condições de estresse. Além disso, investigamos também a posição na rede de pares de genes que constituem interações genéticas agravantes, isto é, pares de genes que quando deletados conjuntamente agravam a viabilidade do organismo. Utilizando uma abordagem puramente computacional baseada em aprendizado de máquina e propriedades topológicas da RIG, nós criamos modelos preditivos de árvores de decisão para definirmos como esses genes condicionalmente essenciais e as interações genéticas agravantes estão distribuídas na RIG. Ainda, uma lista com as probabilidades de classificação de cada... / Abstract: An important question raised after the first complete genome sequencing was: how many genes are essential for the cell life? Single deletion experiments carried out with the bacteria Escherichia coli unveiled that less than 10% of their genes are essential, which means that the inativation of each one leads to the total bacteria inviability. The network theory provides an abstract representation of a biological system, where a set of nodes are the biological components (protein, genes, metabolites, etc) and the set of edges are the interactions (protein-protein physical interactions, metabolic interactions, transcriptional regulational interactions, etc) that link each two biological components. The position of the biological components in a network indicates its importance for the maintenance of the biological system. In general, components located in central positions in a network are those key components for the system integrity. In this work, we decided to survey the position of the 90% genes considered not essential in integrated network of gene interactions (INGI) of the E. coli. Specifically, we investigated the conditionally essential genes, i. e. those genes essential under some type of stress. Moreover, we also investigated the network position of gene pairs that constitute aggravating genetic interaction, i. e. genes pairs that when deleted simultaneously aggravates the organism viability. Using a purely computational approach based on machine learning and topological properties of the INGI, we created preditive decision trees models to define how those conditionally essential genes and the aggravating genetic interaction are distributed in the INGI. A list with the probability of classification for each gene/interaction were obtained. The performance evaluation of our models demonstrates that this methodology can be applied with success in predicting conditionally essential genes. The prediction of genetic interactions also ... / Doutor