O gênero Drosophila abrange pelo menos 1.149 espécies, subdivididas em oito subgêneros, muitas das quais vêm desempenhando um papel fundamental no desenvolvimento do conhecimento biológico, principalmente nos âmbitos genético e evolutivo. Toda esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo em que gera inúmeras oportunidades de pesquisa, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. Desta forma, apesar de Drosophila compor um dos organismos experimentais mais bem estudados, muitas questões acerca de sua evolução permanecem irresolvidos ao longo do tempo. A presente tese foi, portanto, desenvolvida com o objetivo de auxiliar na resolução de aspectos particulares relacionados à história evolutiva deste complexo grupo de espécies. Neste sentido, os Capítulos II e III foram designados com o intuito de elucidar as relações filogenéticas entre espécies e grupos tradicionalmente situados no subgênero Drosophila, com ênfase naqueles de distribuição primariamente Neotropical. A inclusão de outros gêneros pertencentes à família Drosophilidae levou, porém, a definições parafiléticas para o gênero e para o subgênero Drosophila. Mesmo assim, níveis adicionais de resolução foram acrescentados à filogenia do subgênero Drosophila, que se apresentou subdividido em duas (Capítulo II) ou três (Capítulo III) grandes radiações. Os Capítulos IV e V, por outro lado, buscaram a inferência de cenários evolutivos mais restritos. No Capítulo IV o foco foi um pequeno grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, o grupo mesophragmatica, para o qual se obteve descrições evolutivas confiáveis. No Capítulo V, por outro lado, o grupo willistoni, pertencente ao subgênero Sophophora teve sua complexidade evolutiva mais uma vez reiterada. Em cada um destes casos, entretanto, novos estudos são incentivados para que um dia realmente nos aproximemos da história evolutiva verdadeira do gênero Drosophila. / The genus Drosophila encompasses at least 1.149 species subdivided into eight subgenera, many of which presented a central role in the development of the biological knowledge, mainly in the genetical and evolutionary areas. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of research, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Thus, although Drosophila composes one of the best studied experimental organisms, many questions concerning its evolution remain unsolved through time. This thesis was developed with the aim of helping to solve particular questions related to the evolutionary history of this complex group of species. In this sense, Chapters II and III were designed with the aim of elucidating the phylogenetic relationships within and between species groups traditionally placed in the Drosophila subgenus, with an emphasis in those mainly Neotropical in distribution. The inclusion of other Drosophilidae genera, nevertheless, led the Drosophila genus and subgenus entirely paraphyletic. Even so, improved levels of resolution were provided to the subgenus Drosophila phylogeny, which was subdivided into two (Chapter II) or three (Chapter III) major radiations. Chapters IV and V, on the other hand, addressed more restricted evolutionary scenarios. In Chapter IV the focus was a small group of species included in the Drosophila subgenus, the mesophragmatica group, for which a confident evolutionary description was attained. In Chapter V, otherwise, the willistoni group, included in the Sophophora subgenus, had its evolutionary complexity once again reiterated. In each of these cases, nevertheless, new studies are encouraged in order to approach the genus Drosophila real evolutionary history.

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Daniela Calcagnotto / Banca: Anderson Luis Alves / Banca: Ricardo Cardoso Benine / Resumo: Os Characiformes são peixes exclusivamente de água doce e encontram-se distribuídos nas Américas e na África, atingindo maior diversidade nas principais drenagens neotropicais. A família Characidae é o grupo mais especioso entre os Characiformes, porém, a relação dessa família com outras famílias é ainda incerta. São conhecidas cerca de 1000 espécies de Characidae das quais cerca de um terço estão distribuídas em 14 subfamílias, e as demais não tem uma posição filogenética clara, sendo incluídas em um grande grupo considerado incertae sedis em Characidae. A subfamília Cheirodontinae compreende cerca de 60 espécies, sendo um grupo de characídeos amplamente distribuídos nas bacias hidrográficas da América do Sul e Central, incluindo espécies trans-andinas. Os gêneros de Cheirodontinae atualmente estão divididos e, três tribos: Cheirodontini, Compsurini e Odontostilbini. No presente estudo, o principal objetivo foi investigar as relações de Cheirodontinae com as subfamílias de Characidae e as relações internas dos membros de Cheirodontinae através da análise de sequências de DNA mitocondrial (16S e Citocromo b) e nuclear (RAG1, RAG2 e Myh6). As análises mostraram que Spintherobolus não pertence à subfamília e Cheirodon stenodon, que era considerado incertae sedis em Characidae, deve fazer parte da mesma. Diversos gêneros apareceram polifiléticos, principalmente Odontostilbe. As espécies trans-andinas e andinas, são as espécies mais antigas da subfamília. As relações observadas nas análises são bastante diferentes das correntemente aceitas para Cheirodontinae e assim é proposta uma nova classificação para o grupo. O gênero Holoshesthes é considerado válido e pertencente a um clado juntamente com o gênero Aphyocheirodon e Acinocheirodon. Odontostilbe forma um clado monofilético com as espécies antes pertencentes à Serrapinnus... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Characiformes are exclusively freshwater fishes and they are found distributed in Americas and Africa, reaching more diversity in the major Neotropical drainages. The family Characidae is the most specious group among characiforms, but the relationships among this family and other families remains unclear. It is known about 1,000 species belonging to Characidae, one third distributed in 14 subfamilies, and the remaining does not have a clear phylogenetic position, and currently are included in a large group considered incertae sedis in Characidae. The subfamily Cheirodontinae comprises about 60 species, being a characid group widely distributed in the South and Central America hydrographic basins, including trans-Andean species. The genera of Cheirodontinae are currently divided in three tribes: Cheirodontini, Compsurini, and Odontostilbini. In the present work, the main goal was investigate the internal relationships of the members of Cheirodontinae through sequencing and analysis of mitochondrial (16S rRNA and Cytochrome b) and nuclear (RAG1, RAG2, and Myh6) genes. These analyses shown that Spintherobolus does not belong to the subfamily and Cheirodon stenodon, which was considered incertae sedis in Characidae, belongs to the same. Several genera are polyphyletic, mainly Odontostilbe. The trans-Andean and Andean species are the older species of the subfamily. The relationships observed in the analyses are very different of the currently accepted to Cheirodontinae and thereby it is suggested a new classification to the group. The genus Holoshesthes is considered valid and belonging to a clade jointly with the genus Aphyocheirodon and Acinocheirodon. Odontostilbe form a monophyletic clade with the species currently belonging to Serrapinnus, a new species, and Compsura heterura. The tribes Cheirodontini, Compsurini and Odontostilbini are preserved, with different compositions and a new tribe is suggested (Pseudocheirodontini) / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000410923-Texto+Completo-0.pdf: 13934438 bytes, checksum: ee355e5c27aa53c04afc0422aafa6e74 (MD5) Previous issue date: 2008 / A phylogenetic analysis of the Neoplecostominae was performed under the maximum parsimony optimality criterion, based on characters originally proposed in this study as well as on characters from previous analyses. Seventy one taxa were included in the analysis, 12 as outgroup and 59 as ingroup. In this analysis all species of Pareiorhaphis, Pareiorhina and Kronichthys were included as well as most of the species of Neoplecostomus and Isbrueckerichthys. Were also included five genera of the Hypoptopomatinae (Parotocinclus, Eurycheilichthys, Epactionotus, Otocinclus and Hisonotus), all species of Hemipsilichthys and most of Delturus. The analysis of the 303 characters from external morphology and anatomy resulted in two maximally parsimonious cladograms with 2171 steps, consistency index of 0. 21 retention index of 0. 66. The genera Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis, Pareiorhina, and Kronichthys were recovered as monophyletic. The subfamily Neoplecostominae is considered monophyletic and includes the genera Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis and an undescribed genus. The relationships among the genera included in the Neoplecostominae recovered Isbrueckerichthys and Neoplecostomus as sister-groups and more related to Pareiorhaphis. The new genus is basal, sister to the genera mentioned above. Pareiorhina and Kronichthys were recovered as sister to each other and more related to the members of the Hypoptopomatinae, and are transferred to that subfamily. The basal position of Delturus and Hemipsilichthys in the family was confirmed in the present analysis, corroborating previous hypothesis. Delturinae includes the genera Delturus and Hemipsilichthys. Phylogenetic relationships among Delturinae are (Hemipsilichthys nimius (H. gobio + H. papillatus)) (Delturus brevis (D. angulicauda + D. parahybae)).Several new species were recognized: six Pareiorhaphis, one Neoplecostomus, two Pareiorhina, one Kronichthys, and one Hisonotus. Finally, three new genera were recognized, one Neoplecostominae and two Hypoptopomatinae. / A análise filogenética de Neoplecostominae foi realizada pelo método de parcimônia, com base em caracteres originalmente propostos e oriundos de análises prévias. Foram analisados 71 táxons terminais, sendo 12 considerados como grupo-externo e 59 como grupo-interno. Nessa análise foram incluídas todas as espécies dos gêneros: Pareiorhaphis, Pareiorhina e Kronichthys, a maioria das espécies de Neoplecostomus e Isbrueckerichthys. Também foram incluídos cinco gêneros de Hypoptopomatinae (Parotocinclus, Eurycheilichthys, Epactionotus, Otocinclus e Hisonotus), todas as espécies de Hemipsilichthys, e a maioria das espécies de Delturus. A análise dos 303 caracteres morfológicos externos e anatômicos, resultou em dois cladogramas maximamente parcimoniosos com 2171 passos, índice de consistência de 0,21 e índice de retenção de 0,66. Os gêneros Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis, Pareiorhina, e Kronichthys foram recuperados como monofiléticos. A subfamília Neoplecostominae é considerada monofilética e inclui os gêneros Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis e um novo gênero. As relações de parentesco entre os gêneros incluídos em Neoplecostominae recuperam Isbrueckerichthys e Neoplecostomus como grupos-irmãos e mais relacionados a Pareiorhaphis. O novo gênero é mais basal, grupo-irmão dos gêneros acima. Pareiorhina e Kronichthys foram recuperados como grupos-irmãos e são mais relacionados com os membros de Hypoptopomatinae, e foram transferidos para esta subfamília. A posição basal de Delturus e Hemipsilichthys foi confirmada na presente análise, corroborando com hipóteses prévias. Delturinae inclui os gêneros Delturus e Hemipsilichthys. As relações de parentesco mostraram (Hemipsilichthys nimius (H. gobio + H. papillatus)) (Delturus brevis (D. angulicauda + D. parahybae)). Foram reconhecidas seis novas espécies de Pareiorhaphis, uma de Neoplecostomus, duas de Pareiorhina, uma de Kronichthys, uma de Hisonotus, além de três novos gêneros, um representante de Neoplecostominae e dois incluídos em Hypoptopomatinae.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438126-Texto+Completo-0.pdf: 8216166 bytes, checksum: 09a1819f75864391af4634c2bb50e051 (MD5) Previous issue date: 2012 / A taxonomic revision and phylogenetic analysis of the genus Dasyloricaria were performed. This group belongs to the catfish family Loricariidae, subfamily Loricariinae and its distribution is strictly Trans Andean. Within the loricariines, individuais in Das yloricaría can reach more than 20 cm of Standard Length. The taxonomic revision was based on 142 specimens of the main river basins of Colombia, Venezuela and Panama, from which were obtained rneasurements and counts. In this study are proposed as valid the species DasylorÊcaría jilarnentosa (Steindachner) from the upper, middie and lower Magdaiena River, lower Cauca River and Sinú River basin in Colombia, and the Maracaibo Lake basin m Venezuela, and Dasyloricaria latiura (Eigenmann & Vance) from the Atrato River basin in Colombia and Tuyra River basin m Panama, as well as a description of a new species, Dasyloricaria n. sp. , from the middie and upper portions of the Magdaiena River, Coiombia. Redescriptions of the previousiy described species and the description of the new species are presented, including diagnosis, color in alcohol, distribution, sexual dimorphism, comments on each species, and an identification key of the species. After the taxonomic revision, a phylogenetic analysis was conducted based on 187 morphological characters (osteology and extemal morphology) and 23 terminal taxa. Species belonging to five subfamilies of the Loricariidae were included:Dasyloricaria filarnentosa, D. latiura, Dasyloricaria n. sp, Rineloricaria strigilata, R. microlepidogaster, Spatuloricaria sp. Tocantins, Spatuloricaria sp. Xingu, Ixinandria steinbachi, Loricaria cataphracta, L. clavipinna, Pseudoloricaria sp. , Pseudoherniodon sp. , Loricariichthys anus, Hemiodontichthys acipenserinus, Harttia loricarformis, Siurisorna rostratum, S. robustum (Loricariinae), Hypostomus pyrineusi, Ancistrus reisi (Hypostominae), Eurycheilichthys pantherinus, Otocinclus xakriaba (Hypoptopomatmae), Neoplecostomus microps (Neoplecostominae), and Delturus brevis (Delturinae). Were obtained three equaily most parsimonious trees of 1006 steps each, consistency index of 0. 34 and retention index of 0. 52. Dasyloricaria was recovered as a monophyletic unit, presenting nine unique synapomorphies. Spatuloricaria is proposed as the sister group of Dasyioricaria. This ciade is supported by tbree unique synapomorphies, and was observed to be the most derived clade within the analysis. Rineloricariina sensu Isbrücker was not recovered as inonophyletic. Relationships between Rineloricaria and (Spatuloricaria + Dasyloricaria) vere not resolved, even when they were found related within the analysis. Harttiini is found as monophyletic, including the genera Harttia and Sturisoma. Also, both Loricariini and Loricariinae are recovered as monophyletic. / Foram realizadas a revisão taxonômica e uma análise filogenética do gênero Dasyloricaria. Este grupo de cascudos pertence à família Loricariidae, subfamília Loricariinae e a sua distribuição é estritamente Transandina. Dentro dos loricarineos, em Das yloricaria se encontram indivíduos que podem atingir mais de 20 cm de Comprimento Padrão. A revisão taxonômica foi baseada em 142 exemplares das principais bacias da Colômbia, Venezuela e Panamá, dos quais foram obtidas medidas e contagens. São propostas como válidas as espécies Dasyioncaria Jilamentosa (Steindachner) das porções alta, média e baixa do rio Magdalena, baixo rio Cauca e bacia do rio Sinú na Colômbia, e bacia do lago de Maracaibo na Venezuela, e Dasyloricaria latiura (Eigenmann & Vance) da bacia do rio Atrato na Colômbia e bacia do rio Tuira no Panamá, além da descrição de urna nova espécie, Dasyloricaria sp, nov. , da porção média e alta do rio Magdalena, na Colômbia. Foram realizadas as redescrições das espécies previamente descritas e a descrição da nova espécie, assim como diagnoses, coloração no álcool, distribuição, dimorfismo sexual, comentários em cada uma delas e uma chave de identificação das espécies.Posterior à revisão taxonômica, uma análise filogenética foi realizada. Esta análise foi conduzida a partir de 187 caracteres morfológicos (osteologia e morfologia externa) e 23 táxons terminais. Foram incluidas espécies pertencentes a cinco subfamílias de Loricariidae: Das loricaria filarnentosa, D. latiura, Dasyloricaria sp. nov. , Rineloricaria strigilata, R. microlepidogaster, Spatuloricaria sp. Tocantins, SpatuÍoricaria sp. Xingu, Ixinandria steinbachi, Loricaria cataphracta, L. ciavipinna, Pseudoíoricaria sp. , Pseudoherniodon sp. , Loricariichthys anus, Hemiodontichthys acipenserinus, Harttia loricarfrmis, Sturisoma rostratum, S. robustum (Loricariinae), Hypostornus pyrineusi, Ancistrus reisi (Hypostorninae), Eurycheilichthys pantherinus, Otocinclus xakriaba (Hypoptopomatínae), Neoplecostomus rnicrops (Neoplecostominae) e Delturus brevis (Delturinae).Foram obtidas três árvores igualmente parcimoniosas de 1006 passos, índice de consistência de 0,34 e índice de retenção de 0,52. Dasyloricaria foi recuperado corno um grupo monofiletico apresentando nove sínapomorfias exclusivas. Spatuloricaria é proposto ser o grupo irmão de Dasyloricaria. Este dado é suportado por três smapomorfias exclusivas, e é observado ser o agrupamento mais derivado dentro da análise. Rineloricarima sensu Isbrücker não foi recuperado como monofilético. As relações entre Rineloricaria e (Spatuloricaria + Dasylorícaria) não foram resolvidas, ainda quando foram achados próximos na análise. Harttiini foi encontrada monofiletica, incluindo os gêneros Harttia e Sturisoma. Igualmente, tanto Loricariini, como Loricariinae são recuperadas como monofiléticas.

Made available in DSpace on 2014-08-13T02:01:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000460186-Texto+Completo-0.pdf: 4588179 bytes, checksum: 4532da491a69ae539a460cd8e0108839 (MD5) Previous issue date: 2014 / The genus Rineloricaria Bleeker (1862) currently comprises 65 valid species that are distributed from Panama in Central America to northern Argentina. Three Rineloricaria species are currently recorded from Peru: Rineloricaria lanceolata, with type locality in the district of "Xeberos" in the department of Loreto, R. morrowi and R. wolfei both species with type locality in the río Ucayali basin in the district Contamana. Peruvian Rineloricaria species are reviewed based on external morphology, osteological features and color pattern. Six species are recognized. The three species were validated and Rineloricaria morrowi and R. wolfei were redescribed. Rineloricaria lanceolata is differentiated by having irregular dark blotches on on all fins and two parallel bands on dorsum of head, by having a higher number of post-rostral plates and the anterior ventral margin of pectoral girdle straight; its distribution mainly comprises río Madre de Dios, río Amazonas and río Ucayali basins and their tributaries. Rineloricaria morrowi is distinguished by having five longitudinal lateral plate series, a dark line along both sides on ventral area of caudal peduncle, a dark spot at anal-fin unbranched ray base and a dark band at the distal region of the caudal; its distribution is restricted to the río Amazonas basin and tributaries. Rineloricaria wolfei, has four longitudinal lateral plate series, triangular head profile and wide dark brown stripe covering the first half of the caudal fin, fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate wider with globular shape (vs. fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate narrow with triangular shape), a set of plates between insertions of pelvic fins anterior to the posterior complex irregularly arranged in more than one row (vs. arranged in one row). Additionally, three new species were described: Rineloricaria sp."Loreto", distinguished by a strongly convex snout profile with naked snout tip area reduced to a narrow line and type locality at río Morona basin in Loreto State. Rineloricaria sp."Madre de Dios" is differentiated from all congeners except from R. fallax by having a conspicuous dar brown spot on nuchal plate (vs. nuchal plate without dark brown spot); it differs from R. fallax by having four longitudinal lateral plate series (vs. five longitudinal lateral plate series), having type locality in the quebrada Wiratkentsa in Loreto State. Rineloricaria sp."Pasco" is distinguished by having the naked area of snout tip as a globular protuberance and a narrow body, with type locality in Puerto Bermudez at Pasco State. Illustrations of species and osteological characters are presented. The diagnostic characters of the genus are discussed, as well as geographical distribution of Rineloricaria species occurring in Peru and its relationship with highly diverse areas in the Neotropics. / O gênero Rineloricaria Bleeker (1862) atualmente inclui 65 espécies válidas distribuídas desde o Panamá na América Central até o norte da Argentina. O Peru atualmente registra três espécies deste gênero: Rineloricaria lanceolata, com localidade tipo no distrito de “Xeberos” no departamento de Loreto, R. morrowi e R. wolfei ambas com localidade tipo na bacia do río Ucayali no distrito de Contamana. As espécies de Rineloricaria que ocorrem no Peru foram revisadas com base em características morfológicas externasassim como também osteológicas e o padrão de colorido, sendo reconhecidas seis espécies. As três espécies registradas foram validadas e Rineloricaria morrowi e R. wolfei foram redescritas. Rineloricaria lanceolata é diferenciada por possuir manchas escuras irregulares em todas as nadadeiras e duas faixas paralelas na região dorsal da cabeça, um maior numero de placas pós-rostrais e pela margem anterior do cleitro reta; sua distribuição compreende principalmente as bacias do río Madre de Dios, río Amazonas e río Ucayali e seus tributários. Rineloricaria morrowi se diferencia de seus congêneres por ter cinco series longitudinais de placas laterais e coloração ventral lateral do pedúnculo caudal, uma mancha escura na base do raio indiviso da nadadeira anal e uma banda escura na região distal da nadadeira caudal; sua distribuição está restrita a bacia do río Amazonas e tributários. Rineloricaria wolfei, possui quatro series longitudinais de placas laterais, perfil triangular da cabeça e uma barra marrom escura que cobre a primeira metade da nadadeira caudal, placas que se contatam com a margem anterior do complexo posterior de placas abdominais, entre a inserção das nadadeiras pélvicas, dispostas irregularmente ocupando mais de uma fileira (vs. placas organizadas em uma única fileira entre a inserção das nadadeiras pélvicas) e por possuir a placa dentígera ventral do quinto ceratobranquial expandida e com forma globular (vs. placa dentígera ventral do quinto ceratobranquial estreita e triangular). Adicionalmente foram descritas três novas espécies: Rineloricaria sp. “Loreto”, diferenciada pelo focinho fortemente convexo com região nua reduzida a uma linha e com localidade tipo na bacia do río Morona no departamento de Loreto; Rineloricaria sp. “Madre de Dios” diferenciada de todos os seus congêneres exeto de R. fallax por possuir uma mancha marrom escura na placa nucal (vs. ausência de mancha na placa nucal) e com localidade tipo na quebrada Wiratkentsa no río Marañón no departamento de Loreto; e Rineloricaria sp. “Pasco” diferenciada por possuir a ponta do focinho com região nua em forma de protuberância globular e corpo estreito, com localidade tipo na quebrada Ataz em Puerto Bermudez no departamento de Pasco. Ilustrações de todas as espécies e caracteres osteológicos analisados são apresentadas. Os caracteres diagnósticos do gênero são discutidos, como também a distribuição das espécies de Rineloricaria que ocorrem no Peru e sua relação com áreas de grande diversidade Neotropical.

Entre as serpentes do gênero neotropical Xenodon, um grupo que inclui seis espécies atualmente válidas (X. dorbignyi, X. histricus, X. nattereri, X. matogrossensis, X. pulcher e X. semicinctus) se diferencia pela escama rostral elevada, em forma de “pá”, quilhada e projetada posteriormente, separando as internasais. Este grupo de serpentes comumente chamadas “narigudas”, de morfologia especializada, compunha até recentemente o gênero Lystrophis, sinonimizado com Xenodon com base em evidências moleculares. A maioria destas espécies esteve envolvida em alguma confusão taxonômica devido a descrições insuficientes e ausência de revisões abrangentes da variação morfológica. Xenodon matogrossensis, X. pulcher e X. semicinctus apresentam padrão de coloração aposemático, mimético com algumas espécies de cobras-corais do gênero Micrurus e estiveram por muito tempo agrupadas sob X. semicinctus. Por sua vez, X. histricus, X. nattereri e X. dorbignyi apresentam um padrão de coloração de fundo predominantemente pardo com bandas simples ou ocelos. Estas três espécies foram o foco deste estudo. O complexo histricus-nattereri inclui um grupo de serpentes pequenas e raras amplamente distribuídas em formações abertas desde o centro da Argentina até o norte do Brasil, em áreas de transição Cerrado-Caatinga. Xenodon dorbignyi, por sua vez, é uma das espécies mais comuns dos Pampas e Chaco. O polimorfismo da espécie levou a descrição de subespécies, insuficientemente caracterizadas, o que levou ao desuso desta categoria taxonômica apesar do reconhecimento por alguns autores de padrões regionais. A variação em alguns caracteres considerados diagnósticos tem por vezes ocasionado identificações errôneas e levantado considerações sobre os limites específico entre estes táxons. A sistemática e taxonomia dessas espécies foi analisada com base em uma revisão geograficamente abrangente da variação em caracteres morfológicos externos combinada com análises filogenéticas moleculares (DNA mitocondrial e nuclear). A variação genética em populações destas espécies é analisada pela primeira vez. Em relação ao complexo histricus-nattereri, os dados moleculares demonstraram que a diversidade de X. nattereri do sudeste do Cerrado engloba a variação morfológica de X. histricus e revelam a presença de uma linhagem independente no extremo norte da distribuição do complexo, proximamente relacionada a X. dorbignyi. Apesar de não ter localidade tipo precisa, se demonstra que X. nattereri foi descrita com base em um exemplar com número de faixas dorsais intermediário (o principal caráter diagnostico para diferenciar as duas espécies), uma condição encontrada apenas em exemplares da região sudeste e oeste do cerrado. Esta região coincide com a procedência da maior parte do material coletado por Johann Natterer (coletor do holótipo). Assim, se propõem manter X. nattereri na sinonímia de X. histricus. As populações do norte do Cerrado e áreas de transição Cerrado-Caatinga são descritas como uma nova espécie caracterizada por um número extremamente baixo de faixas dorsais. A estruturação genética encontrada para as populações de X. dorbignyi mostra que a espécie comporta duas linhagens distintas, uma de distribuição restrita no extremo nordeste da distribuição da espécie, na planície costeira de Santa Catarina e Rio Grande do Sul (clado nordeste), e a outra a oeste e sul da primeira, englobando a maior parte da distribuição (clado sudoeste). Os dados morfológicos, no entanto, falharam em diagnosticar qualquer das subespécies propostas. As duas linhagens genéticas parapátricas estão em grande parte isoladas pela Laguna dos Patos, com uma zona de contato entre as duas linhagens ao sul desta. Embora a linhagem nordeste corresponda em grande parte morfológica e geograficamente ao descrito para a forma orientalis, análise dos exemplares procedentes da zona de contato entre as duas linhagens revela que todos possuem o fenótipo característico das populações da planície costeira (críptico em relação aos solos arenosos da região), independente da linhagem genética, demonstrando que a variação morfológica utilizada para caracterizar as subespécies não está relacionada com linhagens evolutivas independentes. Mais provavelmente estas formas correspondem a morfotipos ecológicos associados a fatores ambientais. Não se reconhece portanto a utilização da categoria taxonômica subespecífica para as populações de Xenodon dorbignyi. / Among the Neotropical snake genus Xenodon, a group including six currently valid species (X. dorbignyi, X. histricus, X. nattereri, X. matogrossensis, X. pulcher and X. semicinctus) is distinguished by the elevated, shovel-like, keeled rostral scale, prolonged posteriorly, separating the internasals. This group of morphologically specialized species, commonly known as the South American hog-nosed snakes, was included until recently in the genus Lystrophis, synonymized with Xenodon based on molecular evidences. Most of these species were involved in some taxonomic confusion due to insufficient descriptions and lack of broad taxonomic revisions. Xenodon matogrossensis, X. pulcher and X. semicinctus present aposematic color patterns, mimetic with some coral snakes of the genus Micrurus, and had long been grouped under X. semicinctus. On the other hand, X. histricus, X. nattereri and X. dorbignyi show a predominantly pale ground color pattern with simple bands or ocelli. These last three species were the focus of this study. The histricus-nattereri complex includes a group of small and rare snakes broadly distributed in open formations from central Argentina to northern Brazil, in transition areas of Cerrado- Caatinga. On the other hand, Xenodon dorbignyi is one of the most common snake species of the Pampas and Chaco. The species polymorphism led to the description of poorly characterized subspecies, but despite the acknowledgement of regional patterns by some authors this taxonomic category is no longer used. The variation in some morphological characters considered to be diagnostic has lead to some misidentifications and even raised questions on the specific boundaries among these taxa. Here, the systematic and taxonomy of these species was analyzed based on a broad geographic revision of the variation of external morphologic characters combined with molecular phylogenetic analysis (mitochondrial and nuclear DNA). The genetic variation of these species’ populations is analyzed for the first time. Regarding the histricus-nattereri complex, molecular data showed that the diversity of X. nattereri in southeastern region of the Cerrado encompasses the morphological variation of X. histricus and reveal an independent lineage at the northern limits of the complex’ distribution, closely related to X. dorbignyi. Despite having no precise typelocality, it is showed that X. nattereri was described based on one specimen with intermediate number of dorsal bands (the main diagnostic character to differentiate both species), a condition found only in specimens from the southeast and western regions of the Cerrado. This region coincides with the precedence of the largest part of the material collected by Johann Natterer (holotype collector). Thus, we propose to maintain X. nattereri as a synonym of X. histricus. The populations from northern Cerrado and transition areas of Cerrado-Caatinga are described as a new species characterized by an extremely low number of dorsal bands. The genetic structure found in the populations of X. dorbignyi shows that the species encompasses two distinct lineages, one restricted to the northeastern extreme of the species distribution, in the coastal plain of the states of Santa Catarina and Rio Grande do Sul (northeast clade), and the other west and south of the first, encompassing most of the distribution (southwest clade). Morphological data, however, failed to diagnose any of the proposed subspecies. The two parapatric genetic lineages are largely isolated by the Patos Lagoon, with a contact zone between them to the south of this lagoon. Although the northeast lineage corresponds greatly to what was morphologically and geographically described as orientalis, the analysis of specimens from the contact zone between the two lineages revealed that all specimens have the characteristic phenotype of the coastal plain populations (cryptic regarding to sandy soils of the region), regardless the genetic lineage, showing that the morphological variation used to characterize the subspecies is not related to independent evolutionary lineages. Most likely, these forms correspond to ecological morphotypes associated with environmental factors. Therefore, the use of the subspecific taxonomic category is not acknowledged for populations of Xenodon dorbignyi.

O eucalipto é a arbórea mais cultivada no mundo para a exploração comercial de madeira. No Brasil, a principal espécie do gênero Eucalyptus utilizada é E. grandis, cujo cultivo, principalmente de híbridos com outras espécies, é voltado para a produção de celulose e papel. A relevância econômica do eucalipto para o Brasil e para vários países do mundo tem estimulado avanços científicos e tecnológicos, desde a área de biologia molecular até a silvicultura e a indústria de processamento da madeira. Entre os tópicos de interesse em biologia molecular estão genes e proteínas responsáveis pelo crescimento, pela qualidade da madeira e pela resposta vegetal a estresses ambientais. A família de proteínas Dof (DNA binding with one finger) compreende fatores de transcrição exclusivos de plantas, caracterizados pela presença do domínio Dof de ligação ao DNA, que contém uma estrutura semelhante ao domínio “dedo-de-zinco”. Esses fatores estão relacionados à ativação e à inibição de promotores de genes envolvidos nos mais variados fenômenos metabólicos das plantas tais como desenvolvimento do endosperma, metabolismo de carboidratos, germinação de sementes, desenvolvimento vascular e resposta a fitormônios. Pelo presente trabalho, visou-se caracterizar os fatores de transcrição Dof de E. grandis realizando-se análises filogenéticas com ferramentas de bioinformática, além de ensaios de RT-qPCR para se determinar perfis de expressão relativa dos genes Dof de E. grandis em folhas, caules e raízes de plantas sob diferentes tratamentos bióticos e abióticos que incluíram ABA, NAA, KIN, NaCl e seca. As análises filogenéticas permitiram a identificação de dez pares de genes parálogos no genoma de E. grandis, além de 13 grandes clados e nove pequenos grupos de genes ortólogos entre E. grandis, Arabidopsis thaliana e Populus trichocarpa. Os resultados permitiram-nos sugerir funções aos fatores de transcrição Dof de E. grandis. Os perfis de expressão relativa exibidos levaram-nos a concluir que os genes Dof são expressos em diversos órgãos e apresentam diferentes graus de acúmulo de mRNAs sob diferentes tratamentos. / Eucalypt is the most widely cultivated tree in the world for commercial logging. In Brazil, the main species of the Eucalyptus genus used is E. grandis, whose cultivation, mainly done with hybrids, is geared primarily for the production of pulp and paper. The economic relevance of eucalypts in Brazil and many countries worldwide has stimulated scientific and technological advances, from molecular biology to forestry and wood processing industry. Among the topics of interest in molecular biology are genes and proteins responsible for growth, the quality of wood and the plant response to environmental stress. The Dof (DNA binding with one finger) family of proteins comprehends plant exclusive transcription factors characterized by the presence of the DNA binding Dof domain, which is similar to the zinc finger domain. Dof transcription factors are related to the activation and inhibition of the promoters of genes involved in various plant metabolisms such as endosperm development, carbohydrate metabolism, seed germination, vascular development and response to phytohormones. In this study, we aimed to characterize the Dof transcription factors of E. grandis through phylogenetic analyzes using bioinformatic tools, in addition to RT-qPCR assays to determine the relative expression profiles of E. grandis Dof genes in leaves, stalks and roots of plants under different biotic and abiotic treatments that included ABA, NAA, KIN, NaCl and drought. Phylogenetic analysis allowed the identification of 10 pairs of paralogous genes in the genome of E. grandis, in addition to 13 major clusters and 9 small groups of orthologous genes between E. grandis, Arabidopsis thaliana and Populus trichocarpa, which allowed us to suggest functions for the E. grandis Dof transcription factors. The relative expression profiles showed that the Dof genes are expressed in various organs and display different degrees of mRNA accumulation under different treatments.

O gênero Drosophila abrange pelo menos 1.149 espécies, subdivididas em oito subgêneros, muitas das quais vêm desempenhando um papel fundamental no desenvolvimento do conhecimento biológico, principalmente nos âmbitos genético e evolutivo. Toda esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo em que gera inúmeras oportunidades de pesquisa, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. Desta forma, apesar de Drosophila compor um dos organismos experimentais mais bem estudados, muitas questões acerca de sua evolução permanecem irresolvidos ao longo do tempo. A presente tese foi, portanto, desenvolvida com o objetivo de auxiliar na resolução de aspectos particulares relacionados à história evolutiva deste complexo grupo de espécies. Neste sentido, os Capítulos II e III foram designados com o intuito de elucidar as relações filogenéticas entre espécies e grupos tradicionalmente situados no subgênero Drosophila, com ênfase naqueles de distribuição primariamente Neotropical. A inclusão de outros gêneros pertencentes à família Drosophilidae levou, porém, a definições parafiléticas para o gênero e para o subgênero Drosophila. Mesmo assim, níveis adicionais de resolução foram acrescentados à filogenia do subgênero Drosophila, que se apresentou subdividido em duas (Capítulo II) ou três (Capítulo III) grandes radiações. Os Capítulos IV e V, por outro lado, buscaram a inferência de cenários evolutivos mais restritos. No Capítulo IV o foco foi um pequeno grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, o grupo mesophragmatica, para o qual se obteve descrições evolutivas confiáveis. No Capítulo V, por outro lado, o grupo willistoni, pertencente ao subgênero Sophophora teve sua complexidade evolutiva mais uma vez reiterada. Em cada um destes casos, entretanto, novos estudos são incentivados para que um dia realmente nos aproximemos da história evolutiva verdadeira do gênero Drosophila. / The genus Drosophila encompasses at least 1.149 species subdivided into eight subgenera, many of which presented a central role in the development of the biological knowledge, mainly in the genetical and evolutionary areas. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of research, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Thus, although Drosophila composes one of the best studied experimental organisms, many questions concerning its evolution remain unsolved through time. This thesis was developed with the aim of helping to solve particular questions related to the evolutionary history of this complex group of species. In this sense, Chapters II and III were designed with the aim of elucidating the phylogenetic relationships within and between species groups traditionally placed in the Drosophila subgenus, with an emphasis in those mainly Neotropical in distribution. The inclusion of other Drosophilidae genera, nevertheless, led the Drosophila genus and subgenus entirely paraphyletic. Even so, improved levels of resolution were provided to the subgenus Drosophila phylogeny, which was subdivided into two (Chapter II) or three (Chapter III) major radiations. Chapters IV and V, on the other hand, addressed more restricted evolutionary scenarios. In Chapter IV the focus was a small group of species included in the Drosophila subgenus, the mesophragmatica group, for which a confident evolutionary description was attained. In Chapter V, otherwise, the willistoni group, included in the Sophophora subgenus, had its evolutionary complexity once again reiterated. In each of these cases, nevertheless, new studies are encouraged in order to approach the genus Drosophila real evolutionary history.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1218_1.pdf: 799737 bytes, checksum: 6f4ef3323e6a4b2e53c93b2c4f4a3206 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / A Sistemática Filogenética preocupa-se em descrever a diversidade, encontrar um padrão em suas regras, e compreender os processos que são responsáveis pela geração das formas de vida em um sistema geral de referência sobre a diversidade biológica. Entretanto, esta área precisa ser completamente entendida antes de ser ensinada. O objetivo geral deste estudo é contribuir para a compreensão da inserção do tema tanto no ensino básico como no superior. Seu ponto de partida é um diagnóstico de como o assunto é percebido por estudantes e professores, como ele é abordado nos livros textos de Biologia, e como ele pode ser desenvolvido em situações didáticas. Esta dissertação investigou o arcabouço teórico de professores e alunos em relação à Sistemática Filogenética, além de analisar materiais e procedimentos didáticos. Foi observada uma abordagem limitada e com erros conceituais do assunto Filogenia nos livros texto, e que a maioria dos alunos do ensino básico nunca tiveram aulas sobre o assunto. Na universidade, o tema é largamente negligenciado, e tanto alunos como professores apresentam dificuldades conceituais e metodológicas em sua abordagem

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:01:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2399_1.pdf: 4055915 bytes, checksum: 4f30178f7ef177dcfdda69d689a06cae (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pterossauros são um dos grupos de arcossauros fósseis melhor representados no registro fóssil brasileiro. Dentro desta diversidade, uma das primeiras espécies descritas, Cearadactylus atrox, tem causado divergências de interpretação entre pesquisadores desde a sua publicação. Devido ao fato de o holótipo e único espécime conhecido estar parcialmente preparado, as tentativas de classificações taxonômicas realizadas, posicionaram-no em grupos diferentes. Estas discordâncias geraram o colapso de certos ramos da filogenia de Pterosauria. O presente trabalho teve como objetivo a preparação do holótipo de Cearadactylus atrox, sua re-descrição e o posicionamento filogenético, utilizando-se matrizes filogenéticas disponíveis para o grupo. Evidências de adulterações foram observadas durante a preparação. Dentre as características exclusivas apresentadas por Cearadactylus atrox estão uma fenda no dentário bifurcada na extremidade rostral, órbita e narina em posição elevada relativo a fenestra nasoanterorbital e menos de 15 dentes em cada lado da maxila e mandíbula. Filogeneticamente Cearadactylus atrox se mostrou como grupo irmão do clado Anhangueridae, sendo uma espécie intermediária entre as formas européias (nominalmente Ornithocheirus compressirostris) e as formas brasileiras (Tropeognathus mesembrinus e as espécies que compõem o gênero Anhanguera)