Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-06T17:46:50Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Gontijo Gomes - 2013.pdf: 491866 bytes, checksum: e2e59f1185f536c08f62a07a0db31bf8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-06T19:17:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Gontijo Gomes - 2013.pdf: 491866 bytes, checksum: e2e59f1185f536c08f62a07a0db31bf8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-06T19:17:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Gontijo Gomes - 2013.pdf: 491866 bytes, checksum: e2e59f1185f536c08f62a07a0db31bf8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-07-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / (Sem resumo em inglês) / Maioria dos insetos herbívoros se alimenta de um subconjunto de plantas proximamente relacionadas. Como consequência, locais com maior diversidade filogenética de plantas devem ter maior riqueza de herbívoros. Entretanto o mesmo parece não ser verdade quando o incremento na riqueza local de plantas é devido ao elevado número de espécies de plantas exóticas. Sendo assim, eu perguntei se a riqueza local de herbívoros é predita pela riqueza de plantas nativas, pela riqueza de plantas exóticas e pela diversidade filogenética das plantas hospedeiras. Adicionalmente perguntamos se a diversidade filogenética de plantas de um local tende a aumentar com o aumento do número de plantas exóticas. Para responder essas perguntas eu usei dados secundários de interações entre moscas-das-frutas e plantas frutíferas. Eu encontrei que a riqueza de plantas nativas explica a riqueza local de herbívoros melhor até do que o número total de plantas hospedeiras. Encontramos que a diversidade filogenética das plantas também explica a riqueza de herbívoros, embora fracamente. Plantas exóticas não aumentam desproporcionalmente a diversidade filogenética de plantas de um local. Os resultados indicam que o compartilhamento de história evolutiva entre plantas e herbívoros e restrições filogenéticas no consumo da hospedeira são importantes na determinação de interação entre herbívoros e plantas. Eles sugerem também que usar o número de espécies de plantas nativas e exóticas (sem distinção entre elas) para explicar a riqueza de herbívoros em um local pode não ser a melhor opção.

Orientador: Adriano Mondini / Resumo: Arbovírus é o acrônimo de vírus transmitidos por artrópodes hematófagos. Estes podem causar surtos importantes envolvendo animais e humanos. Arbovírus como Dengue (DENV), Zika (ZIKV), Febre Amarela (YFV) e Chikungunya (CHIKV) causaram epidemias importantes no Brasil nas últimas décadas. Febre, artralgia, mialgia, dor retroorbital, cefaleia e exantema são sintomas iniciais comuns de infecções causadas por arbovírus. Devido à similaridade dos sintomas iniciais e do diagnóstico baseado em aspectos clínicos, arbovírus de circulação menos comum normalmente acabam não sendo detectados. A detecção da circulação de um arbovírus é importante para responder questões epidemiológicas, como sua origem e como ocorreu sua dispersão. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar reconstrução filogenética do Flavivirus Encefalite de Saint Louis (SLEV), detectado em Araraquara (SP) e Sinop (MT), como também do Orthobunyavirus Oropouche (OROV) e de seus recombinates (OROV-like viruses), detectados no município de Ji-Paraná (RO). As amostras provenientes dos três municípios foram previamente testadas para a presença de Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. O RNA viral foi obtido por dois métodos de extração e amplificado por PCR para posterior sequenciamento dos amplicons gerados. Em seguida, foi feita análise filogenética de sequências parciais dos genes que codificam a proteína NS5 de SLEV e o segmento S de OROV/OROV-like. A reconstrução filogenética sugere que o genótipo V de SLE... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arbovirus is an acronym of arthropod-borne viruses. They can cause important outbreaks involving animals and humans. Arboviruses like Dengue (DENV), Zika (ZIKV), Yellow Fever (YFV), and Chikungunya (CHIKV) have been responsible for important epidemics in Brazil over the last decades. Fever, arthralgia, myalgia, retro-orbital pain, headache and rash are common initial symptoms found in infections by arboviruses. Due to the similar initial symptoms and diagnosis based on clinical aspects, several less frequent viruses are usually not even detected. The detection of a circulating arbovirus is important to tackle epidemiological questions, such as its origin and how it has spread. Therefore, the aim of this study was to perform the phylogenetic reconstruction of the Flavivirus Saint Louis Encephalitis (SLEV) that was detected in Araraquara (SP) and Sinop (MT), as well the Orthobunyavirus Oropouche (OROV) and its recombinants (OROV-like viruses) from Ji-Paraná (RO). Samples from the three cities were tested previously for the presence of Flavivirus, Alphavirus and Orthobunyavirus. Viral RNA was extracted with two methods and amplified by PCR for sequencing the generated amplicons. Thereafter, phylogenetic analysis were performed using partial sequences of the genes that encoding the NS5 protein of the SLEV and the S segment of the OROV/OROV-like. The phylogenetic reconstruction suggests that the genotype V of SLEV was circulating in Araraquara (SP) and Sinop (MT). Since only the S... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

BOMFIM, Isac Gabriel Abrahão. Relações filogenéticas de abelhas indígenas sem ferrão do táxon Melipona Illiger, 1806 (Apidae: Meliponina) baseadas em seqüências parciais da região its1 do DNA ribossômico nuclear. 2008. 97 f. Dissertação (Mestrado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2008. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-05-17T17:48:21Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T19:59:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T19:59:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) Previous issue date: 2008 / The present work was carried out from April 2006 to March 2008, in the departments of Biology and Animal Science in the Universidade Federal do Ceará. The aim of this research was to investigate, through molecular data, the phylogenetic relationships among some Brazilian stingless bee species belonging to the taxon Melipona Illiger, 1806. It was attempted to obtain information that could facilitate a taxonomic revision of this bee group in the future and to generate information useful to the development of rational rearing adequate to the distinct species of this taxon, contributing to a better commercial exploitation and conservation of these bee species. Bee samples were collected in various states of the North, Northeast and Southeast regions of Brazil. Through the extraction, amplification and partial DNA sequencing of the ITS1 region of nuclear ribosomal DNA of those samples and the partial sequences of the ITS1 region of other bees of the same taxon searched in the GenBank, it was possible to observe the following parameters: multiple alignment, nucleotide composition, matrixes of genetic distances and phylogenetic reconstruction. Results showed that multiple alignment resulted produced a central intersection of only 141 bp long and the average of the genetic distance among all the studied sequences of the taxon Melipona was of 7,6%. The phylogenetic trees built using algorithms based on the methods of the Neighbor-Joining (NJ), Maximum Parsimony (MP) and Maximum Likelihood (ML) for the partial sequences showed essentially the same topology, which was clearly distinct in three great clados: Clado 1 - contained the sequences of M. subnitida, M. quadrifasciata and M. mandacaia (all belonging to the subgenus Melipona); Clado 2 - included the sequences of M. quinquefasciata and M. fasciculata (both belonging to the subgenus Melikerria); and Clado 3 – represented in this work by the sequences of M. mondury, M. flavolineata and M. scutellaris (all belonging to the subgenus Michmelia). The three phylogenetic trees were capable to recover the monophyly of the genus Melipona as well as of the three clados, that appeared as monophyletic groups. / O presente trabalho foi conduzido no período de abril de 2006 a março de 2008, nos departamentos de Zootecnia e de Biologia, da Universidade Federal do Ceará. O objetivo desta pesquisa foi investigar, através de dados moleculares, as relações filogenéticas de algumas abelhas indígenas sem ferrão do táxon Melipona Illiger, 1806, nativas do Brasil. Procurou-se fornecer subsídios para facilitar uma futura revisão taxonômica sobre essas abelhas, e desse modo gerar informações para o desenvolvimento de um criatório racional, adequado às diferentes espécies deste táxon, dessa forma contribuindo para o melhor aproveitamento comercial e conservação dessas abelhas. As amostras de abelhas foram coletadas em vários estados das regiões Norte, Nordeste e Sudeste do Brasil. Por meio da extração, amplificação e seqüenciamento parcial da região ITS1 do DNA ribossômico nuclear dessas amostras, somadas às seqüências parciais da região ITS1 de outras abelhas do mesmo táxon retiradas do GenBank, pôde-se verificar os seguintes aspectos: alinhamento múltiplo, composição nucleotídica, matriz de distância genética e reconstrução filogenética entre as mesmas. Os resultados mostraram que o alinhamento múltiplo produziu uma interseção central com o comprimento de apenas 141 pb e a média da distância genética entre todas as seqüências estudadas do táxon Melipona foi de 7,6%. As árvores construídas usando algoritmos baseados nos métodos de agrupamento do vizinho mais próximo (NJ), máxima parcimônia (MP) e máxima verossimilhança (MV) para as seqüências parciais da região pesquisada mostraram essencialmente a mesma topologia, sendo esta bem definida em três grandes clados: Clado 1- contendo as sequências de M. subnitida, M. quadrifasciata e M. mandacaia (todas pertencendo ao subgênero Melipona); Clado 2 – abrangendo as seqüências de M. quinquefasciata e M. fasciculata (ambas pertencendo ao subgênero Melikerria); Clado 3 – tendo como representantes no presente trabalho, as seqüências de M. mondury, M. flavolineata e M. scutellaris (todas pertencentes ao subgênero Michmelia). Todas as três árvores filogenéticas foram capazes de recuperar a monofilia tanto do gênero Melipona como também a dos três clados, que apareceram como grupos monofiléticos.

Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) é um gênero sul-americano de peixes de água doce composto por onze espécies reconhecidas, sendo dez delas já descritas formalmente. A maioria dessas espécies ocorre no sul do Brasil nos Biomas Floresta Atlântica e Pampa. Acredita-se que o gênero possua um elevado grau de endemismo, com oito espécies associadas a regiões específicas de distribuição muito restrita. As espécies do gênero habitam ambientes de água doce com baixa correnteza e estão tipicamente associadas à vegetação campestre. Este trabalho teve como objetivo principal estudar e entender os padrões de diversificação em Cnesterodon através da utilização de ferramentas moleculares, e os resultados foram divididos em três manuscritos. No primeiro, foram utilizadas sequências de DNA dos genomas mitocondrial e nuclear para avaliar a estrutura genética e geográfica de C. decemmaculatus, uma espécie amplamente difundida no Bioma Pampa. Os resultados demonstraram que C. decemmaculatus possui uma estrutura genética associada aos amplos sistemas de drenagem do Sul da América do Sul. Esta espécie possui uma história evolutiva recente, com estimativas de divergência entre grupos genéticos entre 0.8 e 0.02 milhões de anos. Reconstruções filogeográficas apontam para um ancestral de C. decemmaculatus originado na Bacia do Uruguai, com posterior colonização para a Bacia do Rio Negro e bacias costeiras do Uruguai, com evidências de eventos de captura de cabeceiras ao longo de sua diversificação no Bioma Pampa. No segundo estudo, o objetivo foi estabelecer o número de linhagens genéticas relacionadas aos táxons Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus através de sequenciamento de nova geração pela técnica de RAD-seq. Essas espécies, simpátricas, endêmicas do Planalto Sul- Brasileiro (PSB), e restritas a altitudes acima de 750 metros podem ser distinguidas pela morfologia do órgão copulador masculino (gonopódio). Porém, a distinção baseada em outras estruturas morfológicas em fêmeas e machos jovens é extremamente difícil e até o momento não existem limites morfológicos claros entre esses táxons. Os resultados permitiram concluir que Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus constituem um complexo de espécies crípticas formado por quatro linhagens genéticas distintas, associadas ao tamanho do gonopódio e aos sistemas de drenagem Tramandaí-Mampituba, Laguna dos Patos e Rio Uruguai . A origem, diversificação e manutenção destes grupos genéticos estão provavelmente associadas a eventos de especiação alopátrica e seleção sexual. Finalmente, no terceiro estudo, dados de sequência de DNA (mitocondrial e nuclear) foram usados para propor uma hipótese filogenética, incluindo as novas linhagens identificadas no trabalho anterior. As filogenias moleculares se mostraram discordantes das resultantes a partir de dados morfológicos, e sugeriram que as espécies do Bioma Pampa e do complexo de espécies crípticas do PSB são grupos irmãos. A idade do ancestral comum mais recente do gênero foi estimada em 8 milhões de anos, sugerindo que o início da diversificação das espécies atuais do gênero teria ocorrido no Mioceno. As partes elevadas da bacia do Paraná podem ter sido o centro de origem de Cnesterodon, com posterior colonização, através de eventos vicariantes, para drenagens ao Norte e ao Sul. Os resultados obtidos neste trabalho revelaram que o conhecimento sobre a diversidade de Cnesterodon era subestimada, e que o grupo possui uma história evolutiva complexa, cuja diversidade genética e distribuição geográfica foram moldadas por processos geológicos e biológicos. / Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) is a South American genus of freshwater fishes composed of eleven recognized species, with ten of them formally described. Most species occur in Southern Brazil, in the Atlantic Forest and Pampa biomes. It is believed that this genus has high endemism, with eight species associated to specific regions and a narrow distribution. This genus inhabits freshwater environments with low streamflow, and is typically associated to grassland vegetation. This work had as its main goal to study and understand the diversification patterns of Cnesterodon using molecular tools, and the results were divided in three manuscripts. In the first study, DNA sequences from mitochondrial and nuclear genomes were used to evaluate the genetic and geographic structure of C. decemmaculatus, a species widely distributed in the Pampa Biome. The results showed that C. decemmaculatus has a genetic structure associated to the broad drainage systems in Southern South America. This species has a recent evolutionary history, with divergence time estimates among genetic groups between 0.8 and 0.02 million years. Phylogeographic reconstructions suggest a C. decemmaculatus ancestor originated in the Uruguay basin with subsequent colonization of Rio Negro and Coastal basins of Uruguay, showing evidence for headwater capture events along its diversification in the Pampa Biome. In the second study, the goal was to establish the number of genetic lineages related to the taxa Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus using nextgeneration sequencing (RAD-seq). These sympatric species, endemic to the Southern Brazilian Highlands (SBH) and restricted to elevations above 750m can be distinguished by the morphology of the male copulatory organ (gonopodium). However, the distinction based on other morphological structures in females and young males is extremely difficult, and so far there are no clear morphological limits between these taxa. The results allowed us to conclude that Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus constitute a complex of cryptic species formed by four distinct genetic lineages, associated to gonopodium morphology and to hydrological basins. The origin, diversification and maintenance of these genetic groups are probably associated to events of allopatric speciation and sexual selection. Finally, in the third study, DNA sequence data (mitochondrial and nuclear) were used to propose a phylogenetic hypothesis including the new lineages identified in the previous study. Molecular phylogenies were discordant from those based on morphological data, and suggested that the species from the Pampa Biome and those from SBH represent sister groups. The time to the most common ancestor of the genus was estimated around 8 million years, suggesting that the initial diversification of the current species in the genus occurred in the Miocene. High elevation areas in the Paraná basin could have been Cnesterodon center of origin, with the subsequent colonization, based on vicariant events, to Northern and Southern drainages. The results from this work revealed that knowledge about Cnesterodon diversity was underestimated, and that this group has a complex evolutionary history, in which genetic diversity and geographic distribution have been shaped by geological and biological processes.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-09Bitstream added on 2014-06-13T18:29:42Z : No. of bitstreams: 1 menegazzo_mc_me_rcla.pdf: 10356948 bytes, checksum: 56f764ea2f9a268b9fefcc4b3771d258 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Testudines constituem um grupo de amniotas muito comum em depósitos do Cretáceo do Brasil, sendo abundantes na Bacia Bauru. Até o momento, para estes sedimentos, foram descritas as espécies “Podocnemis” harrisi, “Podocnemis” brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans e Cambaremys langertoni. As ocorrências de Testudines distribuem-se amplamente pelo Oeste dos estados de São Paulo e Minas Gerais, estando presentes nas formações Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina e Marília. O presente estudo revisa a Paleontologia, Paleoecologia e Paleobiogeografia relacionadas a essas ocorrências. Em adição, um novo material é descrito e discutida a Filogenia de alguns Pelomedusoides e as espécies presentes na Bacia Bauru. A descrição do novo morfótipo permitiu algumas questões sobre o relacionamento entre Cambaremys langertoni e “Podocnemis” brasiliensis, considerados no presente trabalho como um único táxon. Assim, essa proposta pode trazer possibilidades de correlações estratigráficas, porque o novo morfótipo, e as espécies Cambaremys langertoni e “Podocnemis” brasiliensis são provenientes de quatros unidades geológicas distintas da Bacia Bauru, formações Araçatuba, Adamantina, Marília e Santo Anastácio / Testudines is an amniote group very common in the Cretaceous deposits from Brazil, and it is abundant in the Bauru Basin. For these sediments, until now, there were described the species: “Podocnemis” harrisi, “Podocnemis” brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans and Cambaremys langertoni. The occurrences of Testudines are widely distributed in Western São Paulo and Minas Gerais states, and they are present in the Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina and Marília formations. The present study revises the Paleontology, Paleoecology and Paleobiogeography related to these occurrences. In addition, a new fossil material is described and the Phylogeny of some Pelomedusoides and the species presents in the Bauru Basin is discussed. The description of the new morphotype allowed some questions about the relationships between Cambaremys langertoni and “Podocnemis” brasiliensis, and in this study they are considered the same taxon. So, this assumption could bring significant stratigraphical correlations possibilities, because the new morphotype, “Podocnemis” brasiliensis and Cambaremys langertoni came from four distinct geological units of the Bauru Basin, Araçatuba, Adamantina, Marília and Santo Anastácio Formation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-03-10Bitstream added on 2014-06-13T20:43:20Z : No. of bitstreams: 1 toledo_cev_dr_rcla.pdf: 4493239 bytes, checksum: a9396cac5f1c39ec395a824192597efa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dipnoiformes não têm sido particularmente bem estudados no Brasil, devido à falta de espécimens e da aparente distribuição paleobiogeográfica limitada. A descoberta de novas localidades mudou isto. No momento foram identificados Dipnoiformes nas seguintes bacias sedimentares brasileiras: Paraná, estados de Rio Grande do Sul (Triássico), Paraná (Permiano Superior), São Paulo (Permiano Superior), Mato Grosso (Devoniano); Bauru, Estado de São Paulo (Cretáceo Superior); Parnaíba, Estado do Maranhão (Permiano Inferior); Araripe, Estado de Ceará (Jurássico Superior/Cretáceo Inferior); São Luís-Grajaú, Estado do Maranhão (Cretáceo médio); Acre, Estado do Acre (Mioceno superior/Plioceno inferior). As maiores diversidades de Dipnoiformes são encontradas nas bacias de Paraná e São Luís-Grajaú. As espécies até o momento identificadas no Brasil são Neoceratodus sp., Ceratodus africanus, Asiatoceratodus tiguidiensis, Protopterus humei, Lepidosiren megalos e o Gênero Archaeoceratodus. Muitas destas espécies são encontradas no continente Africano e outras semelhantes na Austrália, evidenciando a troca faunística que ocorreu no Gondwana durante Paleozóico e Mesozóico. A Análise Estatística Multivariada foi utilizada como uma ferramenta para auxiliar na classificação de fósseis. Seu objetivo foi propor uma classificação para o material ainda não descrito formalmente, com base na grande variação morfológica observada nos espécimens, simultaneamente levando-se em conta as diversas variáveis morfométricas dos fósseis. A Análise Histológica corroborou a Análise Estatística, evidenciando a observação de dois conjuntos de placas, o primeiro relacionado às famílias Ceratodontidae e Neoceratodontidae, o segundo a Família Gnarthorizidae... / Dipnoiformes have not been very well studied in Brazil, due to the lack of specimens and apparent limited paleobiogeographical distribution. The discovery of new localities has changed this scenario. To date, Dipnoiformes have been identified in the following Brazilian sedimentary basins: Paraná, in the states of Rio Grande do Sul (Lower/Middle Triassic), Paraná (Upper Permian), São Paulo (Upper Permian), and Mato Grosso (Devonian); Bauru, in the State of São Paulo (Upper Cretaceous); Parnaíba, in the State of Maranhão (Lower Permian); Araripe, in the State of Ceará (Upper Jurassic/Lower Cretaceous); São Luís-Grajaú, in the State of Maranhão (middle Cretaceous); Acre, in the State of Acre (upper Miocene/lower Pliocene). The largest Dipnoiformes diversities are found in the Paraná and São Luís-Grajaú basins. The species until now identified in Brazil are Neoceratodus sp., Ceratodus africanus, Asiatoceratodus tiguidiensis, Protopterus humei, Lepidosiren megalos and the Genus Archaeoceratodus. Many of these species are found in Africa and Australia, evidencing the faunistic changes in Gondwana during Paleozoic and Mesozoic era. The Multivariate Statistical Analysis was used as a tool to aid in the classification of the fossils. The main objective of this analysis was to propose a classification for the material not described formally, based on the great morphologic variation observed in the specimens, simultaneously taking into account the several variables morfometrics of the fossils. The Histological Analysis corroborated the Statistical Analysis, allowing the identification of two groups of dental plates, the first related to the families Ceratodontidae and Neoceratodontidae, the second to the Family Gnarthorizidae. A Phylogenetic Analysis is presented and sustained by the characteristics... (Complete abstract click electronic access below)

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2016. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-26T16:20:06Z No. of bitstreams: 1 2016_GuilhermeRamalhoChagasCataldiSantoro.pdf: 3452832 bytes, checksum: 19d934f667cb1c423257d010a4674404 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-15T14:24:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_GuilhermeRamalhoChagasCataldiSantoro.pdf: 3452832 bytes, checksum: 19d934f667cb1c423257d010a4674404 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-15T14:24:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_GuilhermeRamalhoChagasCataldiSantoro.pdf: 3452832 bytes, checksum: 19d934f667cb1c423257d010a4674404 (MD5) Previous issue date: 2017-08-15 / O conhecimento sobre como as espécies e linhagens se distribuem é essencial para compreender padrões biogeográficos e para a elaboração de estratégias voltadas à conservação. A distribuição da herpetofauna do Cerrado está fortemente associada à variação horizontal da paisagem. Tanto a distribuição regional quanto local da herpetofauna ainda não são bem conhecidas e existe escassez de informações básicas, especialmente em regiões em bom estado de conservação. Neste estudo, são utilizados dados de três Unidades de Conservação de Proteção Integral (Parques Nacionais de Brasília – PNB e Chapada dos Veadeiros – PNCV e o Parque Estadual de Terra Ronca PETER) para testar padrões ecológicos relevantes no entendimento de processos responsáveis pela distribuição da diversidade de lagartos no Cerrado. Além de gerar informações valiosas para planejamentos voltados a conservação da biodiversidade do bioma. São abordadas questões relacionadas distribuição da diversidade, uso de fitofisionomias, diversidade beta (taxonômica e filogenética), além da utilização de microhábitats pelas espécies e linhagens. Foram registradas 778 indivíduos de 31 espécies, de nove famílias de lagartos, sendo 39% endêmicos. Nove espécies foram registradas exclusivamente em PETER, seis no PNB e cinco no PNCV. A comunidade de lagartos do PNB foi a mais diversa em relação às formações abertas. No total de registros em cada UC, PETER foi a área mais diversa entre as três. Em todas as UCs as espécies foram predominantemente encontradas em áreas abertas. A análise de espécies indicadoras mostrou associações significativas de 15 espécies a fisionomias específicas, sendo que sete foram associadas exclusivamente a uma fitofisionomia. A diversidade beta local foi maior no PNCV provavelmente devido à heterogeneidade maior da paisagem. O turnover foi o componente mais importante para explicar as diferenças, tanto no PNCV quanto no PNB. A diversidade beta regional apresentou valor mais alto que a local e o turnover foi o componente mais importante. Quanto à diversidade beta filogenética, as diferenças foram menores, mostrando que as linhagens que compõem as comunidades nestas áreas compartilham a origem evolutiva. A maioria das espécies não apresentou associação com a disponibilidade de micro-hábitats. Apenas Tropidurus itambere e Micrablepharus atticolus mostraram associação com microhábitats característicos de formações abertas no PNB. A filogenia não explicou a utilização dos micro-hábitats. As espécies foram separadas quanto a sua morfologia, formando quatro grupos (“forrageadores ativos”, “discretivos”, “semi-arborícolas” e “termoreguladores de superfície lisa”). Assim como para as espécies, a abundância destes grupos não foi explicada pela disponibilidade de micro-hábitats. A seleção da morfologia das espécies apresenta tanto um componente filogenético quanto ecológico. Porém, apenas para Gymnophtalmideos a análise mostrou relação entre a filogenia e a morfologia. As espécies foram separadas em grupos morfológicos. A frequência dos grupos morfológicos é diferente nas UC e “forrageadores ativos” são mais frequentes no PNCV e os “semi-arborícolas” no PNB se comparados às outras UCs. A heterogeneidade mostrou grande importância na ocorrência e manutenção das espécies nas localidades. A adição do maior número de fisionomias deve ser uma prioridade no planejamento de UCs no Cerrado e em levantamentos faunísticos. Apesar de uma alta complementariedade entre as UCs, as linhagens que compõem estas comunidades são próximas filogenéticamente, limitando a capacidade de gerar respostas rápidas frente a grandes alterações ambientais. Assim, é preciso que iniciativas voltadas à conservação da biodiversidade do Cerrado, incorporem informações de diversidade filogenética, para garantir a capacidade de resiliência e serviços ecológicos importanes para a manutenção dos ecossistemas. / The knowledge on how species and evolutionary lineages are distributed in space is essential to understand biogeographic patterns and for conservation planning. The Cerrado herpetofauna distribution is strongly associated with the lanscape horizontal variation and the seasonality. Both the regional and local distribution of the herpetofauna is not completely understood. Basic biological information is lacking, especially in well conserved areas. In this study we use results of lizards surveys conducted in three Cerrado protected areas (Brasília - PNB and Chapada dos Veadeiros – PNCV National Parks and Terra Ronca State Park - PETER) to test relevant ecological patterns related to the knowledge of processes responsible for the diversity distribution in Cerrado biome. In addition, we discuss the implication of these informations in conservation planning. We focus on diversity distribution, the use of physiognomies, betadiversity (taxonomic and phylogenetic), and microhabitats use of species and lineages. We registered 778 individuals of 31 species, belonging to nine lizard families, from which were 39% endemic species. Nine species were recorded exclusively in PETER, six in PNB and five in PNCV. Brasília National Park community had the highest number of species inhabiting open formations. Regarding, the total number of lizards recorded in each protected area, PETER was the most diverse of them and lizards were predominantly found in open formations in all areas. The indicator species analysis shows significant associations of 15 species with specific physiognomies, seven being exclusively associated with only one of them. Local beta-diversity is higher in PNCV, probably due to horizontal heterogeneity. Turnover was the most important component to explain the differences, both in PNCV and PNB. Regional beta-diversity (among areas) is higher than local, and the turnover is the most important component to generate differences between areas. The areas presented low phylogenetic beta-diversity, showing that the lineages that compose the communities in these areas share an evolutionary origin, especially PETER and PNCV. Most species do not have significant associations with microhabitat availability. Only Tropidurus itambere and Micrablepharus atticolus showed association with microhabitats from open formations of PNB. Microhabitat use is not explained by species phylogeny in the sampled areas. Lizards were separated according to their morphology, forming four groups ("active foragers", "discretive", "semi-arboreal" and "smooth surface thermoregulators"). As for species, the abundance of these groups is not explained by the availability of microhabitats. Apparently, both phylogeny and ecology act in shaping the morphology of the species. However, the conducted analyses showed that morphology is significantly related to phylogeny only for Gymnophtalmidae. The frequency of morphological groups is different in each area, with "active foragers" being more frequent in PNCV and “semiarboreals” in PNB, compared to the other areas. Our results show that habitat heterogeneity is important for the occurrence and maintenance richness and biodiversity in these areas. Adding as many physiognomies as possible should be a priority in conservation planning in Cerrado, as well as in biodiversity survey programs. Despite a great complementarity among sites, the species that compose these communities are phylogenetically close, limiting the ability to generate rapid responses to great climatic and environmental changes. Thus, informations based on phylogenetic diversity must be incorporated in conservation strategies in Cerrado, to ensure the capacity of resilience and maintain important ecological services in threatned ecossistems.

Made available in DSpace on 2015-11-28T01:04:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000476493-Texto+Completo-0.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015 / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0. 98 and expected heterozygosity: He = 0. 81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i. e. deforestation in the Atlantic Forest).Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) é o menor dos canídeos brasileiros sendo endêmica do bioma Cerrado, porém podendo ser encontrada também em áreas de transição adjacentes. Estudos recentes investigaram as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Lycalopex e indicaram que L. vetulus é a espécie mais basal deste grupo, cuja diversificação ocorreu há apenas 1 milhão de anos. Além disso, obtiveram evidências que sugerem a ocorrência de um potencial processo de hibridação entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato recém-formada. Usando dados de microssatélites e DNA mitocondrial, investigamos a influência dos processos históricos nos padrões de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorrência de hibridação entre esta espécie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribuição de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as espécies e áreas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos níveis de diversidade genética para L. vetulus (diversidade haplotípica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cenários populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo gênico influenciado pelos machos e filopatria das fêmeas. Observou-se também uma partição norte-sul entre dois grupos filogeográficos, não existindo o compartilhamento de haplótipos entre essas regiões. Este padrão é semelhante ao observado em outra espécie simpátrica de canídeo (Cerdocyon thous) e em vários outros vertebrados da Floresta Atlântica, levantando a hipótese de que também espécies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indivíduos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composição de seu genótipo, com cinco destes apresentando haplótipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a existência de hibridação entre estas espécies, provavelmente induzida por efeitos antropogênicos (desmatamento na Mata Atlântica). Nosso estudo ilustra como a fragmentação e a alteração de habitats naturais pode afetar a constituição genética de populações nativas, fornecendo dados úteis para o delineamento de estratégias de conservação para as duas espécies.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438924-Texto+Completo-0.pdf: 1388538 bytes, checksum: afb7ca8f25e199e05b398d5b916bb622 (MD5) Previous issue date: 2012 / The pampas cat, Leopardus colocolo, is a little-known species of Neotropical felid that has a broad geographic distribution in South America, and is strongly associated with grasslands. The presence of phenotypic differences among geographic populations of this species has raised questions about the demographic history and taxonomy of this felid. More recently, initial phylogeographic studies showed that this species indeed possesses a strong genetic structure, but were mostly restricted to Andean samples, so that much of its distribution was not analyzed in detail. Furthermore, the recent discovery of evidence of hybridization between L. colocolo and another Neotropical felid (L. tigrinus) in central and northeastern Brazil, added an even greater complexity to the evolutionary history of this species, and emphasized the need for more detailed studies on its phylogeographic patterns and historical demography. Previous studies have indicated that this hybridization event is relatively old, and is currently detected only as an introgression of L. colocolo mitochondrial DNA (mtDNA) into L. tigrinus populations, without any trace so far identified in the nuclear genome. Therefore, the aim of this study was to analyze four mitochondrial segments in L. colocolo individuals sampled broadly across their geographic distribution, along with samples of L. tigrinus hybrids from central and northeastern Brazil. The analysis of 2,141 base pairs of the mtDNA control region and ATP8, ND5 and Cyt-b genes revealed a strong population structure in L. colocolo, with high haplotype and nucleotide diversity in comparison with others Neotropical cats. Haplotypes from Chile, Bolivia and Argentina were positioned as the most basal in the phylogeographic structure of L. colocolo, while samples from Brazil and Uruguay formed recent, internal groups, suggesting a west-to-east colonization for this species. Demographic analyses indicated the occurrence of two episodes of population expansion, an earlier one (ca. 200,000 years ago) in the west, and another ca. 50,000 years ago in the east. The latter coincides with paleoclimatic and paleogeographic studies that indicated an expansion of grasslands in Brazil and consequent loss of forests. The joint analysis with the L. tigrinus hybrid samples revealed a complex history of hybridization. We found no haplotype sharing between L. colocolo and L. tigrinus hybrids, supporting the hypothesis that this hybridization event is quite old. Moreover, the analysis of population structure revealed that the pampas cat populations from southern Brazil and Uruguay are phylogenetically closer to L. tigrinus hybrid haplotypes than to the extant lineages of L. colocolo from central and northeastern Brazil. The most plausible interpretation to this unusual pattern is that ancestral L. colocolo haplotype lineages from central Brazil have only been sampled in present-day hybrids, and may be extinct in their original species. The observed pattern also indicates that southern Brazil and Uruguay were colonized by L. colocolo from central Brazil, with no immediate connection to nearby populations still present in Argentina. This has direct consequences for the conservation of this group, which is geographically isolated and appears to evolve without gene flow (at least mitochondrial) with nearby populations. If this result is confirmed with nuclear markers, it will emphasize the immediate prioritization of these populations for conservation and management. From an evolutionary standpoint, our results showed the importance of analyzing L. colocolo populations from eastern South America, as well as the inclusion of L. tigrinus hybrids, because an essential portion of the pampas cat mitochondrial history seems to be currently recorded only by these introgressed haplotypes. / Leopardus colocolo (popularmente conhecido como gato-palheiro) é uma espécie pouco conhecida de felídeo neotropical que possui uma ampla distribuição geográfica na América do Sul, sendo fortemente associada a habitats com vegetação aberta. A presença de diferenças fenotípicas entre populações geográficas desta espécie levantou questões quanto à taxonomia e a história demográfica deste táxon. Posteriormente, estudos filogeográficos iniciais indicaram que a espécie apresenta realmente uma forte estrutura genética, mas ficaram predominantemente restritos a amostras de regiões andinas, de forma que grande parte da distribuição deste felídeo não foi analisada detalhadamente. Além disso, a recente descoberta de evidências de hibridação entre L. colocolo e outra espécie de felídeo neotropical, Leopardus tigrinus, nas regiões centro-oeste e nordeste do Brasil, revelou uma complexidade ainda maior de sua história evolutiva, e enfatizou a necessidade de estudos mais detalhados acerca de seus padrões filogeográficos e demografia histórica. Estudos prévios revelaram que este evento de hibridação é relativamente antigo, sendo atualmente detectado apenas como uma introgressão de DNA mitocondrial (mtDNA) de L. colocolo em populações de L. tigrinus, sem qualquer vestígio até o momento identificado no genoma nuclear. Assim sendo, o objetivo deste trabalho foi analisar quatro segmentos mitocondriais de indivíduos de L. colocolo amostrados amplamente em sua distribuição geográfica, em conjunto com amostras de L. tigrinus híbridos provenientes das regiões centro-oeste e nordeste do Brasil. A análise de 2141 pares de bases da região controle e dos genes ATP8, ND5 e Cit-b do DNA mitocondrial indicou uma forte estruturação populacional em L. colocolo, com altas diversidades haplotípica e nucleotídica em comparação com outros felídeos neotropicais. Os haplótipos chilenos, bolivianos e argentinos foram posicionados como os mais basais na estrutura filogeográfica de L. colocolo, enquanto as amostras brasileiras e uruguaias formaram grupos mais recentes, sugerindo uma colonização oeste – leste das linhagens desta espécie. Análises demográficas indicaram uma expansão populacional há aproximadamente 50 mil anos, o que coincide com estudos paleoclimáticos e paleogeográficos que indicam uma expansão das vegetações do tipo savana no Brasil e consequente diminuição das florestas. As análises em conjunto com as amostras de L. tigrinus híbridos revelaram uma história complexa de hibridação. Não encontramos compartilhamento de haplótipos entre L. colocolo e L. tigrinus híbridos quando os segmentos mitocondriais foram analisados em conjunto (concatenados), apoiando a hipótese de que este evento de hibridação seja bastante antigo. Além disto, a análise da estrutura populacional revelou que as populações do gato-palheiro oriundas do sul do Brasil e do Uruguai são mais próximas a amostras de L. tigrinus híbridos do que a linhagens atuais de L. colocolo do centro-oeste e do nordeste brasileiro. Este fato, além de surpreendente do ponto de vista evolutivo, tem consequências diretas para a conservação destes grupos do sul, os quais se encontram isolados geograficamente e parecem evoluir sem fluxo gênico (ao menos mitocondrial) com populações próximas. Caso este resultado seja confirmado com marcadores nucleares, isto enfatizaria a priorização imediata destas populações para fins de manejo e conservação. Do ponto de vista evolutivo, este trabalho evidenciou a importância de analisar as populações de L. colocolo do leste da América do Sul em conjunto com as amostras de híbridos de L. tigrinus, visto que uma parte essencial da história mitocondrial do gato-palheiro parece estar sendo retratada apenas pela inclusão de amostras desta outra espécie.

Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) é um gênero sul-americano de peixes de água doce composto por onze espécies reconhecidas, sendo dez delas já descritas formalmente. A maioria dessas espécies ocorre no sul do Brasil nos Biomas Floresta Atlântica e Pampa. Acredita-se que o gênero possua um elevado grau de endemismo, com oito espécies associadas a regiões específicas de distribuição muito restrita. As espécies do gênero habitam ambientes de água doce com baixa correnteza e estão tipicamente associadas à vegetação campestre. Este trabalho teve como objetivo principal estudar e entender os padrões de diversificação em Cnesterodon através da utilização de ferramentas moleculares, e os resultados foram divididos em três manuscritos. No primeiro, foram utilizadas sequências de DNA dos genomas mitocondrial e nuclear para avaliar a estrutura genética e geográfica de C. decemmaculatus, uma espécie amplamente difundida no Bioma Pampa. Os resultados demonstraram que C. decemmaculatus possui uma estrutura genética associada aos amplos sistemas de drenagem do Sul da América do Sul. Esta espécie possui uma história evolutiva recente, com estimativas de divergência entre grupos genéticos entre 0.8 e 0.02 milhões de anos. Reconstruções filogeográficas apontam para um ancestral de C. decemmaculatus originado na Bacia do Uruguai, com posterior colonização para a Bacia do Rio Negro e bacias costeiras do Uruguai, com evidências de eventos de captura de cabeceiras ao longo de sua diversificação no Bioma Pampa. No segundo estudo, o objetivo foi estabelecer o número de linhagens genéticas relacionadas aos táxons Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus através de sequenciamento de nova geração pela técnica de RAD-seq. Essas espécies, simpátricas, endêmicas do Planalto Sul- Brasileiro (PSB), e restritas a altitudes acima de 750 metros podem ser distinguidas pela morfologia do órgão copulador masculino (gonopódio). Porém, a distinção baseada em outras estruturas morfológicas em fêmeas e machos jovens é extremamente difícil e até o momento não existem limites morfológicos claros entre esses táxons. Os resultados permitiram concluir que Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus constituem um complexo de espécies crípticas formado por quatro linhagens genéticas distintas, associadas ao tamanho do gonopódio e aos sistemas de drenagem Tramandaí-Mampituba, Laguna dos Patos e Rio Uruguai . A origem, diversificação e manutenção destes grupos genéticos estão provavelmente associadas a eventos de especiação alopátrica e seleção sexual. Finalmente, no terceiro estudo, dados de sequência de DNA (mitocondrial e nuclear) foram usados para propor uma hipótese filogenética, incluindo as novas linhagens identificadas no trabalho anterior. As filogenias moleculares se mostraram discordantes das resultantes a partir de dados morfológicos, e sugeriram que as espécies do Bioma Pampa e do complexo de espécies crípticas do PSB são grupos irmãos. A idade do ancestral comum mais recente do gênero foi estimada em 8 milhões de anos, sugerindo que o início da diversificação das espécies atuais do gênero teria ocorrido no Mioceno. As partes elevadas da bacia do Paraná podem ter sido o centro de origem de Cnesterodon, com posterior colonização, através de eventos vicariantes, para drenagens ao Norte e ao Sul. Os resultados obtidos neste trabalho revelaram que o conhecimento sobre a diversidade de Cnesterodon era subestimada, e que o grupo possui uma história evolutiva complexa, cuja diversidade genética e distribuição geográfica foram moldadas por processos geológicos e biológicos. / Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) is a South American genus of freshwater fishes composed of eleven recognized species, with ten of them formally described. Most species occur in Southern Brazil, in the Atlantic Forest and Pampa biomes. It is believed that this genus has high endemism, with eight species associated to specific regions and a narrow distribution. This genus inhabits freshwater environments with low streamflow, and is typically associated to grassland vegetation. This work had as its main goal to study and understand the diversification patterns of Cnesterodon using molecular tools, and the results were divided in three manuscripts. In the first study, DNA sequences from mitochondrial and nuclear genomes were used to evaluate the genetic and geographic structure of C. decemmaculatus, a species widely distributed in the Pampa Biome. The results showed that C. decemmaculatus has a genetic structure associated to the broad drainage systems in Southern South America. This species has a recent evolutionary history, with divergence time estimates among genetic groups between 0.8 and 0.02 million years. Phylogeographic reconstructions suggest a C. decemmaculatus ancestor originated in the Uruguay basin with subsequent colonization of Rio Negro and Coastal basins of Uruguay, showing evidence for headwater capture events along its diversification in the Pampa Biome. In the second study, the goal was to establish the number of genetic lineages related to the taxa Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus using nextgeneration sequencing (RAD-seq). These sympatric species, endemic to the Southern Brazilian Highlands (SBH) and restricted to elevations above 750m can be distinguished by the morphology of the male copulatory organ (gonopodium). However, the distinction based on other morphological structures in females and young males is extremely difficult, and so far there are no clear morphological limits between these taxa. The results allowed us to conclude that Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus constitute a complex of cryptic species formed by four distinct genetic lineages, associated to gonopodium morphology and to hydrological basins. The origin, diversification and maintenance of these genetic groups are probably associated to events of allopatric speciation and sexual selection. Finally, in the third study, DNA sequence data (mitochondrial and nuclear) were used to propose a phylogenetic hypothesis including the new lineages identified in the previous study. Molecular phylogenies were discordant from those based on morphological data, and suggested that the species from the Pampa Biome and those from SBH represent sister groups. The time to the most common ancestor of the genus was estimated around 8 million years, suggesting that the initial diversification of the current species in the genus occurred in the Miocene. High elevation areas in the Paraná basin could have been Cnesterodon center of origin, with the subsequent colonization, based on vicariant events, to Northern and Southern drainages. The results from this work revealed that knowledge about Cnesterodon diversity was underestimated, and that this group has a complex evolutionary history, in which genetic diversity and geographic distribution have been shaped by geological and biological processes.