Le domaine PDZ participe aux réseaux moléculaires à l’origine de fonctions cellulaires touchées lors de pathologies diverses. L’exploration de ce réseau par double hybride a permis d’attribuer de nouvelles fonctions putatives aux ligands protéiques des domaines PDZ du ver Caenorhabditis elegans. Les interactions ont laissé apparaitre une proportion inattendue de ligands atypiques interagissant par une séquence interne. Nous avons ensuite validé fonctionnellement in silico des groupes d’interactions de notre interactome qui forment des micro-réseaux co-exprimés par l’intégration de données de profils d’expression. Finalement, ce travail a permis la construction d’un outil exploratoire, le PIPE (PDZ Interacting Protein Explorer) qui permet de cribler l’ensemble des domaines PDZ du ver à la recherche d’interactions avec une protéine d’intérêt révélant déjà de nombreuses interactions supplémentaires entre domaines PDZ et ligands / PDZ domains allow the organization of molecular networks responsible for cellular functions essential for multicellularity as polarization or transduction of extracellular signals. Exploration of this network by two-hybrid revealed a functional diversity for ligands of Caenorhabditis elegans’s PDZ domains. New putative functions were being observed through GO-terms and an unexpected proportion of internal ligands appeared, confirmed by Co-IP. We then functionally validated in silico groups of interactions that form our interactome microarrays co-expressed by the integration of data from expression profiles. Finally, this work has enabled the construction of an exploratory tool, the PIPE (PDZ Interacting Protein Explorer) that allows screening of all PDZ domains looking for interactions with a protein of interest and had already showed many additional interactions between PDZ domains and ligands

Pour la conception d’un système contrôle-commande, les spécifications fonctionnelles sont à la charge des concepteurs car ce sont eux qui en maîtrisent le fonctionnement. Ces experts n’ont pourtant généralement pas les connaissances en programmation de ceux qui conçoivent le système de pilotage. Ils écrivent alors ces spécifications fonctionnelles en langage naturel, les communiquent ensuite aux concepteurs de l’interface de supervision et du programme de commande qui sont en charge de les implémenter et de les intégrer au système. Les erreurs qui découlent de l’interprétation des spécifications émanent de la différence de culture technique entre les différents intervenants du projet. De plus, suivant la complexité du système, la définition des spécifications fonctionnelles peut être fastidieuse. Nous proposons une approche de conception basée d’une part sur l’analyse de la tâche et sur les techniques du End User Development pour l’obtention de spécifications fonctionnelles validées par les experts métiers. Les techniques de l’ingénierie dirigée par les modèles sont mises en oeuvre pour générer automatiquement l’interface de spécification (qui intègre un Enregistreur, un Généralisateur, un Rejoueur, et un Correcteur), l’interface de supervision du système à piloter et son programme de commande. La démarche proposée a fait l’objet d’une preuve de concept démontrant sa faisabilité technique. Cette preuve de concept a fait l’objet d’évaluations qui ont démontré son intérêt dans le cadre de la conception de système de supervision. / For designing complex and sociotechnical systems, business experts are responsible for writing the functional specifications because of their operational expert knowledge. However, these experts do not usually own the programming knowledge of those who design supervision systems. The task of the system design expert is then to define the functional specifications. S/he writes them in natural language, and then provides them to the designers of the supervision interface and the control-command code. The designers’ job is then to implement and integrate the specifications into the system. Errors from the specification interpretation come from the difference of technical knowledge between the various partners involved in the project. Moreover, depending on the complexity of the system, the definition of functional specifications can be tedious.We propose a design approach based on task modelling and End User Development in order to obtain functional specifications validated by the business experts (mechanical engineer for example).Model-driven engineering techniques are implemented to automatically generate the specification interface (that integrates Recorder, Generalizer, Replayer, and Corrector), the system supervision interface to be piloted and its control program.The technical feasibility of the proposed approach was demonstrated through a proof of concept. This proof of concept was evaluated to demonstrate the interest of the approach in the design of supervision systems.

Le projet urbain, par la démarche souple et transversale qu’il produit, est emblématique des concepts urbanistiques contemporains. Cette approche peut-elle opérer une reconnexion entre villes, ports et fleuves? A contrario, pourrait-elle renforcer cette déconnexion en cours, dans un contexte où les logiques de marché urbain sont plus favorables aux sphères d’économie résidentielle qu’à la sphère productive? Cette question se pose d’autant plus que ces espaces sont à l’intersection d’enjeux majeurs: la densification urbaine dans un contexte de lutte contre l’étalement urbain; le redéploiement du fret fluvial, alternative durable au réseau routier; et l’amélioration de la gestion de l’eau. En se basant sur les cas de Lille et Bruxelles, ce travail de recherche se fonde sur les facettes matérielle, organisationnelle et existentielle de ces territoires, abordées à différents échelons géographiques. Cette analyse montre que, dans son processus, le projet initie un nouveau dialogue ville-port, par de nouvelles formes de coopération horizontale. Par contre, dans sa matérialisation, il reproduit les coupures fonctionnalistes de l’ère industrielle, causées par les conditions externes et internes à son cadre de conception. Se distinguant de l’environnement conflictuel des sphères de conception et de décision, les pratiques révèlent le rôle de régulation de ces interfaces entre ville et port : des espaces de «quiétude», dans des environnements denses et enclavés. Finalement, les conditions d’une reconnexion sont proposées : l’évolution des formes de gouvernance ville-port, les nouvelles formes d’aménagement, et les processus de projet, comme rouage central au cœur de ces mutations. / The urban development project, thanks to its flexible and cross-sectional approach, is emblematic for contemporary urban concepts. Can this approach prompt a re-connection between cities, inland ports and waterways? On the other hand, could it strengthen this current de-connection, in an economic environment where urban market logic is more favorable to residential economy than to productive economy? This question is particularly important since these spaces are at the intersection of major issues: urban densification in a context of fight against urban sprawl; inland waterway freight transport redeployment, sustainable alternative to road transport; and the improvement of water management. Starting from the cases of Brussels and Lille, this research work is based on material, organizational and existential aspects of these territories, tackled at different geographical levels. This analysis shows that, throughout its process, an urban development project can initiate a new city-port dialogue by means of new forms of horizontal cooperation. In the contrary, in its materialization, it reproduces the functional cuts of the industrial era, caused by constraints and influences of its design framework. Distinguishing themselves from the conflicting environment of design and decision circles, daily practice reveals the role of regulation of these city port interfaces: quiet spaces in dense and landlocked environments. Finally, conditions for a re-connection are put forward: an evolution of city-port governance forms, new forms or urban developments and development processes, as pivotal issue of these transformations.

Pour approcher les altérations de la temporalité dans la maladie d'Alzheimer, nous étudions une population de référence et 22 patients en phase légère à modérément sévère, avec une échelle sémantique de temporalité et une tâche d'estimation de durée d'actions de la vie quotidienne clinique et pour concevoir un paradigme d'exploration en IRMf. Une analyse des questions- réponses d'entretiens à propos du récit d'une journée, a été effectuée chez 6 de ces patients avec un suivi évolutif. Les résultats en sémantique de la temporalité sont influencés par âge et niveau culturel, indépendants du genre et significativement altérés chez les patients. Les connaissances sur la segmentation temporelle, indépendantes du niveau culturel, sont les moins atteintes. Nous conjecturons que l'estimation de durée de tâches de la vie quotidienne préservée ferait appel à la mémoire procédurale. L?analyse de contenu des entretiens montre l'atteinte des repères chronologiques et de manière plus marquée celle de l'estimation des durées. Elle éclaire les conduites interlocutoires de fuite mises en oeuvre pour "masquer" le handicap mnémonique et les représentations défaillantes. L'analyse de contenu des entretiens se révèle constituer une méthode adaptée pour comprendre en profondeur la représentation vécue du temps par le patient et analyser son rapport dans l'interaction avec ses difficultés. Il en découle des perspectives pour le diagnostic et le suivi des altérations de la temporalité. Une démarche raisonnée de réhabilitation cognitive, l'élaboration de stratégies d'aide aux patients spécifiques, le tutoring des interventions des proches et des professionnels, peuvent s'appuyer sur ce travail. / To approach the representation of time and perturbations in time perception for daily activities in mild and moderate Alzheimer's disease patients, we study a temporal semantic knowledge scale and a time duration estimation about daily activities test, in a control group and in a group of 22 patients. The patients also had a general neuropsychological assessment. We conducted with 6 of these patients a semi structured interview. These 6 patients were followed-up with an other similar evaluation. We create a paradigm with the same material to explore brain areas involved in time duration estimation of daily activities. Age and cultural level, but not gender, influence the semantic knowledge scale, which is significatively impaired in patients. Temporal segmentation, independant from cultural level, appears to be the best preserved acquisitions. There is no difference in time duration estimation test about daily activities between controls and patients who seems to use their preserved procedural memory process connected to the scripts of the actions knowledge. The analysis of the interviews using interlocutory logic, gave us a deep understanding of how the patients experience time. Their perception of time is impaired. The estimation duration is significatively more impaired than chronology. The alterations of temporality in Alzheimer's disease have serious impact in daily life of patients and their caregivers. Results will be helpful to develop their diagnosis, elaborate strategies to help the patients and for tutoring interventions for caregivers and professionnals.

Les Alliages à Mémoire de Forme Ferromagnétiques (AMFF) sont de nouveaux matériaux intelligents qui présentent des déformations induites par l’application d’un champ magnétique pouvant aller jusqu’à 10%. Ainsi, ils ont un fort potentiel pour de nombreuses applications technologiques. En outre, les couplages forts entre le champ magnétique et la structure dans ces matériaux rendent le phénomène « mémoire » très intéressant d'un point de vue scientifique. Ce travail présente une investigation de ces matériaux via des calculs ab initio effectues en utilisant la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) a l’aide du logiciel VASP. Dans les alliages stœchiométriques du type Ni2XY (X = Mn, Fe, Co, Y = Ga, In), les paramètres structuraux, les distances interatomiques, les moments magnétiques partiels et totaux augmentent graduellement avec le nombre d’électrons de valence de l’élément X alors que le module de compressibilité varie en sens inverse. Les énergies de formation des composes indiquent une tendance a la déstabilisation de l’alliage si les atomes de Mn sont substitues par des atomes de Fe ou de Co mais également si les atomes de Ga sont remplacés par des atomes d’In. La liaison forte entre les atomes de Ni dans Ni2MnGa est remplacée par des liaisons entre les atomes de Ni et de X dans les autres alliages. Pour les alliages non-stoechiométriques Ni2XY (X = Mn, Fe, Co, Y = Ga, In), des énergies de formation de plusieurs types de défauts (permutations atomiques, enrichissement et appauvrissement en un ou plusieurs éléments, lacunes) ont été calcules. Dans la plupart des cas, les atomes en excès occupent les sites de l’atome déficient, sauf dans le cas d’un compose pauvre en Ni et riche en Y. Dans ce dernier cas, la paire de défauts (YX + Xni) est énergétiquement plus favorable. La valeur du moment magnétique dépend de manière très sensible de la distance entre les atomes de Ni et X. Les effets de l'addition de Co sur les propriétés de l’alliage Ni8-xMn4Ga4Cox (x=0-2) ont été étudiés. Les atomes de Co occupent préférentiellement les sites Ni. Les énergies de formation calculées indiquent une instabilité structurale augmentant avec la teneur en Co pour les deux phases : austénite paramagnétique (AP) et ferromagnétique (AF). La différence d'énergie totale entre ces 2 phases AP et AF augmente également avec la teneur en Co, qui se traduit par une élévation de la température de Curie Tc quand le Ni est substitue par le Co. La complémentarité et le couplage des aspects fondamentaux tels que la cristallographie, la stabilité de phase, et la structure électronique dans les AMFF de type Ni-X-Y (X = Mn, Fe, Co, Y = Ga, In) ont une grande importance pour améliorer les performances fonctionnelles et permettront de concevoir de nouveaux AMFF prometteurs / Ferromagnetic shape memory alloys (FSMAs) are novel smart materials which exhibit magnetic field induced strains of up to 10 %. As such they have potential for many technological applications. Also, the strong magnetostructural couplings of the FMSM effect make the phenomenon very interesting from a scientific point of view. In the present work, a series of first–principles calculations have been performed within the framework of the Density Functional Theory (DFT) using the Vienna Ab initio Software Package (VASP). In the stoichiometric Ni2XY (X=Mn, Fe, Co; Y=Ga, In) alloys, lattice parameters, atomic separations, total and partial magnetic moments decrease gradually with the increase in the X atomic number; whereas the bulk modulus displays an opposite tendency. The formation energy indicates a destabilization tendency if Mn is substituted by Fe or Co, or Ga is replaced by In. The strong bond between neighboring Ni atoms in Ni2MnGa is replaced by the bond between Ni and X atoms in other alloys. For the off-stoichiometric Ni2XY (X=Mn, Fe, Co; Y=Ga, In), the formation energies of several kinds of defects (atomic exchange, antisite, vacancy) were calculated. For most cases of the site occupation, the excess atoms of the rich component directly occupy the site(s) of the deficient one(s), except for Y-rich Ni-deficient composition. In the latter case, the defect pair (YX + XNi) is energetically more favorable. The value of Ni magnetic moment sensitively depends on the distance between Ni and X atoms. The effects of Co addition on the properties of Ni8-xMn4Ga4Cox (x=0-2) FSMAs were systematically investigated. The added Co atoms preferentially occupy the Ni sites. The calculated formation energies indicate a structural instability with the increase in the Co content for both paramagnetic (PA) and ferromagnetic austenite (FA). The total energy difference between PA and FA increases, which results in the rise of Tc when Ni is replaced by Co. Insights into fundamental aspects such as crystallography, phase stability, and electronic structure in Ni-X-Y (X=Mn, Fe, Co; Y=Ga, In) FSMAs are of great significance to improve the functional performances and to design new promising FSMAs

Le Centre-Ouest de la France est une région clef pour l’appréhension des variations culturelles du Magdalénien moyen ancien (19-17 500 cal. BP). Elle apparaît, à travers de riches productions artistiques (art pariétal et mobilier, parure) et osseuses (pointes de projectiles, navettes), comme un carrefour culturel. Deux faciès sont identifiés : le Magdalénien à pointe de Lussac-Angles et le Magdalénien à navettes. À travers l’étude des sites de la Marche (Lussac-Angles) et de la grotte Blanchard à la Garenne (navettes), nous avons cherché à restituer les comportements techniques liés à la production et à l’utilisation de l’outillage de ces deux grands faciès. À la suite d’une approche systémique combinant analyse technologique et fonctionnelle des productions lithiques, nous montrons qu’il existe un partage de fonds technique commun et une perméabilité entre ces faciès, à travers les modalités de production des lames et des lamelles, les relations entre forme et fonction et les stratégies de gestion de l’outillage (utilisations multiples, réutilisations, ravivages, raffûtages, multiplication des outils doubles). En revanche, des variations en termes de gestes voire de procédés techniques liés à l’utilisation des grattoirs et des lamelles à dos sont perceptibles. Ces éléments révèlent des spécificités propres aux comportements techniques sur chacun des sites. / West-central France is a key region to apprehend cultural variations of the Early Middle Magdalenian (19-17 500 cal. BP). This region appears to be at a cultural crossroad of several traditions visible through rich art (cave art, portable art, ornaments) and bone industry traditions (projectile points, navettes). Two facies are identified: the Lussac-Angles Magdalenian and the navettes Magdalenian. By focusing on the sites of la Marche (Lussac-Angles) and the Blanchard cave on the hillside of la Garenne (navettes), we seeked to approach technical behaviours related to use and production of the tools of these two facies. With a systemic approach that combines technological and functional analyses of lithic production, we show the existence of a shared technical background and a permeability between facies. This is evidenced through modalities of production of blades and bladelets, relations between form and function and tools management strategies (multiple uses, reuses, sharpenings, multiplication of double tools). On the other hand, variations in terms of gestures or technical processes related to the use of endscrapers and backed bladelets are perceptible. These elements reveal specificities of the technical behaviours on each site.

Les mécanismes précis à l’origine de la dépression ne sont pas encore élucidés. L’avènement des techniques de neuro-imagerie fonctionnelle telle que l’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (fMRI) fournit un outil puissant permettant non seulement de définir les circuits neurobiologiques perturbés dans la dépression, mais aussi de mieux comprendre la contribution de chaque région. Les objectifs de ce travail ont consisté à mettre en évidence : (i) les clusters neuronaux impliqués dans l’évaluation hédonique d’un odorat, (ii) les anomalies cérébrales fonctionnelles sous-tendant les déficits olfactifs dans l’épisode de dépression caractérisée (EDC) et (iii) les modulations de ces anomalies suite à un traitement d’antidépresseur. Trente-huit patients dépressifs et trente sujets sains ont été sélectionnés pour réaliser un examen de fMRI comprenant trois tâches olfactives, les trois odeurs sont la menthe crépue (odeur agréable), bois de santal (odeur neutre) et le lie de vin (odeur désagréable). D’après notre étude nous avons conclu que les patients déprimés présentent des anomalies de fonctionnement dans le thalamus qui peut être considéré un marqueur efficace pour le pronostic de la dépression. De plus, la fMRI constitue un bon outil pour juger de l’efficacité du traitement antidépresseur. / The precise mechanisms at the origin of the depression are not yet elucidated. The advent of functional neuroimaging techniques such as functional magnetic resonance imaging (fMRI) has provided a powerful tool not only for defining the neurobiological circuits disturbed in depression, but also for better understanding the contribution of each region. The objectives of this work were to highlight: (i) the clusters involved in the hedonic evaluation of the smell (ii) the functional brain abnormalities underlying the olfactory deficits in the major depressive episode (MDE) and (iii) the modulations of these abnormalities following antidepressant treatment. Thirty-eight depressive patients and thirty healthy subjects were selected to perform a fMRI examination with three tasks: recognizing three smells which are the spearmint, sandalwood and wine lees. Based on our study, we can conclude that depressed patients have functional abnormalities in the thalamus, this region may be considered as a good marker for the prognosis of depression. In addition, fMRI could be a good tool to evaluate the treatment performance of antidepressant treatment.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2015-2016 / Le touladi est une espèce de salmonidé exploitée de manière importante par la pêche sportive. Cette pêche est entre autres supportée par des populations d’écotypes planctivore et piscivore utilisant des niches écologiques différentes. Cependant, les connaissances concernant la divergence évolutive entre ces deux écotypes demeurent pour l’instant très limitées. Cette étude visait à investiguer les bases génomiques de la divergence adaptative entre ces écotypes à partir d’analyses morphologiques (géométrie morphométrique, mesures linéaires et morphométrie des branchiospines) et d’analyses génétiques (3925 marqueurs de type «polymorphisme nucléotidique simple») effectuées sur un total de 367 touladis provenant de 12 lacs. Les résultats ont démontré une divergence morphologique potentiellement reliée à l’exploitation de niches écologiques différentes, une forte divergence génomique neutre entre les différentes populations de touladi et une divergence génomique potentiellement adaptative entre les écotypes. Ces résultats pourront servir à améliorer les mesures de gestion du touladi actuellement en place. / Lake Trout is an important salmonid species exploited by sport fishing. This fishery is supported by planktivorous and piscivorous Lake Trout populations, that use different ecological niches. Nevertheless, knowledge about evolutionary divergence between these two ecotypes remains scarce. The goal of this study was to investigate the genomic basis of the adaptive divergence between these two Lake Trout ecotypes using morphological analyses (geometric morphometrics, linear measurements and gill rakers morphometry) and genetic analyses (3 925 single nucleotide polymorphism markers) performed on a total of 367 Lake Trout from 12 lakes. The results demonstrated a morphological divergence that is potentially related to the use of different ecologial niches, a strong neutral genomic divergence between populations and a potentially adaptive genomic divergence between ecotypes. The results of this study could be used to improve management policies for this species.

Protocole d'entente entre l'Université Laval et l'Université du Québec à Chicoutimi / L’entraînement d’adultes atteints de dystrophie myotonique de type 1 a des spécificités encore méconnues. Le but de cette recherche est donc de vérifier l’impact d’un programme d’entraînement ciblé sur la force musculaire, l’endurance cardiorespiratoire ainsi que sur l’amélioration des capacités fonctionnelles chez des adultes atteints de DM1. Neuf participants (4 femmes et 5 hommes) âgés de 47,8 ± 4,6 ans ont complété un programme d’entraînement d’une durée de 8 semaines combinant un entraînement en force, un circuit d’endurance cardiorespiratoire ainsi que des exercices fonctionnels. En comparant les résultats du groupe avant et après les 8 semaines d’entraînements, on remarque une amélioration significative (p<0,05) pour 4 des 6 tests de force 1 RM et une tendance à l’amélioration de la capacité fonctionnelle. La durée du projet, l’absence d’un groupe témoin et le faible nombre de participants font en sorte qu’une interprétation prudente des résultats est requise. Malgré ces contraintes, les résultats préliminaires obtenus sont très prometteurs. / Training of adults suffering from myotonic dystrophy type 1 (DM 1) has specificities still unknown. The purpose of this research is therefore to verify the impact of a periodized training program targeted on muscle strength, cardiorespiratory endurance as well as improving functional capacities in adults with DM1. Nine participants (4 women and 5 men) aged 47.8 ± 4.6 years completed an 8-week training program combining strength training, cardiorespiratory endurance training and functional exercises. Comparing the results of the group before and after the 8 weeks of training, we noticed a significant improvement (p<0.05) for 4 of the 6 RM muscular strength tests and a tendency to improve the functional capacity. The duration of the project, the absence of a control group and the small number of participants mean that a careful interpretation of the results is required. Despite these constraints, it remains that the preliminary results obtained are very promising.

Pseudomonas aeruginosa est l’agent pathogène principal causant des infections pulmonaires chroniques chez les patients atteints de fibrose kystique (FK). Le mutant STM_modA dérivé de la souche P. aeruginosa PAO1 a été obtenu par mutagénèse par étiquette-signature et est donc incapable de persister dans le poumon d’un modèle de rat. Le mutant STM_modA présente une mutation par insertion interrompant le cadre de lecture du gène modA, dont le produit fait partie du transporteur ModABC qui permet l’internalisation du molybdate depuis l’espace périplasmique. Le molybdate est la forme environnementale et assimilable du molybdène, essentiel pour l’activité des molybdoenzymes. Il a été démontré par les présents travaux que l’activité du transporteur ModABC est essentielle pour l’infection pulmonaire chronique chez le rat, pour la formation du biofilm, pour la résistance à la prédation par l’amibe Dictyostelium discoideum, pour la dénitrification et la croissance anaérobie subséquente, ainsi que pour l’expression du transcriptome en conditions anaérobies. / Pseudomonas aeruginosa is the main pathogen causing chronic lung infections in cystic fibrosis patients. The genome of the laboratory reference strain PAO1 was sequenced revealing its highly complex virulence regulatory network and a large part of genes of unknown function. A PCR-based signature tagged mutagenesis (STM) allowed the identification of 148 genes essential for chronic lung infection in a rat model. The PAO1-derivated strain STM_modA was obtained using this technique and is thus unable to persist in the rat lug in competition with a pool of strains. This strain carries an insertional mutation interrupting the open reading frame of the modA gene. This gene codes with the co-transcribed modB and modC genes for an ATP-binding cassette transporter (ModABC) responsible for the internalization of molybdate from the periplasmic space. Molybdate is the environmental molybdenum-containing ion, which is essential for the activity of the molybdoenzymes, a group of enzymes involved in a wide range of metabolic functions. The present work demonstrates that the ModABC transporter activity is essential for chronic lung infection in a rat model, for biofilm formation, for resistance to predation by the amoeba Dictyostelium discoideum as well as for denitrification and subsequent anaerobic growth. Whole transcriptome shotgun sequencing demonstrated major changes in the gene transcription levels of STM_modA in comparison with wild-type PAO1 in anaerobic conditions. This work highlights the ModABC transporter as a potential target for the inhibitors development, a new strategy for antimicrobial research.