Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2017-05-24T12:52:15Z No. of bitstreams: 1 DeboraCFS_DISSERT.pdf: 959405 bytes, checksum: d84cdb5dd73a237b1df97ec439e0072c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-24T12:52:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DeboraCFS_DISSERT.pdf: 959405 bytes, checksum: d84cdb5dd73a237b1df97ec439e0072c (MD5) Previous issue date: 2017-05-23 / The aim of this study was to make a comparison of physicochemical, microbiological and sensory properties of meat of free-range and industrial chicken strains from local trade. Analyses of chemical composition, color, pH, shear force and sensory analysis were made. The chromaticity revealed higher intensity of yellow for free-range broiler chicken meat (b = 11.56), finding a lower pH, a negative correlation with luminosity, and the meat more tenderness with average value of 2.95 kgf /cm2 (P <0.05), associated with muscle stiffness or change in texture compared to industrial chicken meat, which may be indicative of pre-slaughter stress, an effect of physical activity of the semi-confined breeding, beyond genetic differences between muscle energy metabolism in chickens. Statistical differences were observed in relation to the protein of the thigh (15.7% and 18%), lipids for thigh (3.4% and 2.2%) and thigh (5.0% and 3.0%) for industrial and rustic free range chickens, respectively, possibly due to genetic and nutritional characteristics of the rearing system. Microbiological analysis showed satisfactory standard for fecal coliforms in all samples, according to Brazilian legislation, with average values of 2.45 log NMPg-1 for industrial and 2.75 log NMPg-1 for free-range chickens. Analysis of Salmonella spp. was more prevalent in free-range carcass (50%) compared to the industrial (25%), possibly due to handling and hygiene pre-slaughter. Thus, all the sensory attributes (odor, flavor, texture, juiciness and overall impression) were evaluated by the judges as slightly worse for freerange samples / O objetivo desse trabalho foi fazer uma avaliação comparativa das características físico-químicas, microbiológicas e sensoriais de carnes de frango oriundos de sistemas caipira e industrial adquiridas no comércio. Foram realizadas análises de composição química, cor, pH, força de cisalhamento e análise sensorial. A cromaticidade revelou maior intensidade de amarelo para a carne de frango tipo caipira (b=11,56), constatando-se menor pH, correlação negativa com a luminosidade, apresentando essa carne menor maciez com valor médio de 2,95kgf/cm2 (p<0,05), associado ao enrijecimento muscular ou alteração na textura em relação a carne de frango tipo industrial, o que pode ser indicativo de estresse préabate, um efeito da atividade física da criação semi-confinada (ou caipira), além das diferenças genéticas entre o metabolismo energético muscular das aves. Diferenças estatísticas foram observadas em relação ao teor de proteína para coxa (15,7% e 18%), lipídeos para coxa (3,4% e 2,2%) e sobrecoxa (5,0% e 3,0%) para os frangos industrial e caipira, respectivamente, possivelmente devido à características genéticas e nutricionais do sistema de criação. A análise microbiológica mostrou padrão satisfatório para Coliformes fecais para todas as amostras, segundo a legislação brasileira vigente, com valores médios de 2,45 log NMPg-1 para industrial e 2,75 log NMPg-1 para frango caipira . A análise de Salmonella spp. foi prevalente nas carcaças caipiras (50%) comparado às industriais (25%), possivelmente devido à manipulação e higienização pré-abate. Desta maneira, todos os atributos sensoriais (odor, sabor, textura, suculência e impressão geral) foram avaliadas pelos provadores como ligeiramente piores para as amostras de frangos tipo caipira e industrial / 2017-05-23

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Final_Leticia de Castro.pdf: 529055 bytes, checksum: b285c0565af0c730f3734a65427c2422 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / One of the features that detract Brazilian s beef quality is the lack of tenderness, and that happens because most of their meat comes from Bos indicus animals, known to be less tender than Bos taurus beef. This study was carried out to identify individuals which have higher probabilities to carry meat tenderness genes, as well as mating the progenitors to produce an experimental population to phenotype meat tenderness. The purpose of this study was to analyze the interrelationships among the variables and also to estimate the genetic correlations between meat tenderness feature (WBSF), and growth (PI, PF and GPD) and carcass (EG, P8 and AOL) features. The data were from Guaporé Agropecuária s OB Choice Program. Factor analysis and canonical correlations were used to analyze the phenotypic relationships. The covariance components and genetic parameters were estimated using Gibbs Sampling method. The heritability estimated for shear force trait was of a low magnitude (0.11). Thus, based on the principle of identical genes probability by ancestry to identify individuals which have higher probabilities to carry meat tenderness genes, two segregating populations were formed. A lack of phenotypical correlations between the WBSF trait and the other measured productive traits was also observed. The genetic correlations between WBSF and the other evaluated traits were of a low magnitude, with values of -0.15; -0.18; -0.13; 0.10; -0.12 and 0.18, between WBSF and PI, PF, GPD, EG, P8 and AOL, respectively. The results of this study support the conclusion that tenderness selection will not affect the selection of other economic traits and vice-versa. For a better knowledge of the genetic relationships between WBSF and other traits for Polled Nellore breed more studies are required. / O Brasil se apresenta como o maior exportador em volume de carne e não em valores financeiros, onde se destacam outros países, como EUA, Austrália e Argentina. Uma das características que depreciam a qualidade da carne bovina brasileira é a falta de maciez, isso porque a grande maioria dessa carne vem de animais com maior proporção genética zebuína, sabidamente menos macia do que as raças de corte taurinas. Objetivou-se com este estudo, identificar indivíduos que apresentem alta probabilidade de serem portadores de genes favoráveis à maciez, bem como acasalar os progenitores e produzir animais experimentais para fenotipagem de maciez da carne. Foi proposto também, analisar os inter-relacionamentos entre as variáveis, além de estimar as correlações genéticas entre as características de maciez (WBSF), crescimento (PI, PF e GPD) e carcaça (EG, P8 e AOL) dos animais avaliados. Foram utilizados dados do Programa OB Choice da Guaporé Agropecuária. Para análises de relacionamentos fenotípicos foram utilizadas análises de fatores e correlações canônicas. Os componentes de variância necessários à obtenção dos parâmetros genéticos foram estimados pelo método da Amostragem de Gibbs. A estimativa de herdabilidade para a característica de força de cisalhamento foi de baixa magnitude (0,11). Para identificar aqueles com alta probabilidade de carregar genes favoráveis à maciez, e, por meio de técnicas de acasalamento otimizado, formar as duas populações segregantes, baseou-se no princípio da probabilidade de genes idênticos por descendência. Observou-se ausência de correlações fenotípicas entre WBSF e as outras características produtivas avaliadas. As correlações genéticas entre WBSF e as outras características foram de baixa magnitude, com valores de -0,15; -0,18; -0,13; 0,10; -0,12 e 0,18, entre WBSF e PI, PF, GPD, EG, P8 e AOL, respectivamente. Os resultados desse estudo sugerem que, a seleção para a maciez não influenciará na seleção de outras características de interesse econômico e vice-versa. São necessários mais estudos para um melhor conhecimento sobre as relações genéticas de WBSF e outras características produtivas em bovinos da raça Nelore Mocho.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-02-03T09:48:47Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maria Izabel Amaral Souza - 2014.pdf: 2005376 bytes, checksum: 3bfdb741e6e197bd29313dcc4bfee4e9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-05T13:27:25Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maria Izabel Amaral Souza - 2014.pdf: 2005376 bytes, checksum: 3bfdb741e6e197bd29313dcc4bfee4e9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-05T13:27:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maria Izabel Amaral Souza - 2014.pdf: 2005376 bytes, checksum: 3bfdb741e6e197bd29313dcc4bfee4e9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Due to the need for alternative sources of food for cattle nutrition, research on agribusiness by-products has been carried out, such as the use of babassu mesocarp bran ( MB ) in the ruminants diet. In this experiment, we analyzed 30 Longissimus dorsi samples obtained from animals that received babassu meal replacing pearl millet grain, in six different treatments: ( T1 ) 100% pearl millet ; ( T2 ) 88% pearl millet + 12% MB; ( T3 ) 76% pearl millet + 24% MB, ( T4 ) 64% pearl millet + 36% MB, ( T5 ) 52% pearl millet and 48% MB, and ( T6 ) 100% corn. Several physico-chemical analyzes were performed to identify possible factors affecting the tenderness of the meat. We use flame atomic absorption spectrophotometry, to quantify the minerals: copper, iron, calcium, magnesium, manganese, zinc, sodium and potassium from babassu mesocarp bran, pearl millet and Longissimus dorsi samples. In babassu mesocarp bran the minerals that presented the greatest levels were K ( 590.49 mg/100 g ), followed by Ca, Fe, and Mg, in pearl millet K ( 484.86 mg/100 g ) followed by Mg and Capresented the highest level, whithout showing concentrations of Fe, in meat samples Mn was not found with the methodology used, and the minerals with the highest concentrations were K, (with difference between the standard treatment and the one with greater MB inclusion), followed by Na and Mg. The average shear force was 5.74 kgf. The water holding capacity was determined by thawing weight loss ( 13%), cooking weight loss (14.16%) and pressure weight loss (26.3%) . Regarding the myofibrillar fragmentation index (MFI) there was difference between the standard treatment and the one with greater MB inclusion, demonstrating that the MB can reduce the MFI. As for total collagen, the value found was 3.06% and soluble collagen was of 7.5% ( relative to total collagen content). The MB is an interesting alternative source for ruminants' feed and, taking MFI into consideration, the concentrations lower than 48% MB would be ideal, MB inclusion also favours potassium concentration. / Confrontados com a necessidade de fontes alternativas de alimentos na nutrição de bovinos, muitas pesquisas tem sido realizadas com subprodutos das agroindústrias, assim o uso do farelo de mesocarpo de babaçu (FB) tem sido objeto de estudo na dieta de ruminantes. Neste experimento foram analisadas 30 amostras de Longissimus dorsi, de animais que receberam a inclusão de farelo de babaçu em substituição ao grão de milheto, obedecendo seis tratamentos: (T1) 100% milheto; (T2) 88% milheto + 12% FB; (T3) 76% milheto + 24% FB, (T4) 64% milheto + 36% FB, (T5) 52% milheto e 48%FB e (T6) 100% milho. Várias análises físico-químicas foram realizadas para identificar os possíveis fatores que interferem na maciez da carne. A partir das amostras de farelo de mesocarpo de babaçu, milheto e de Longissimus dorsi, por espectrofotometria de absorção atômica em chama, puderam-se quantificar os minerais: cobre, ferro, cálcio, magnésio, manganês, zinco, sódio e potássio. No farelo de mesocarpo de babaçu o mineral encontrado em maior quantidade foi o K (590,49 mg/100g), seguido por Ca, Fe e Mg, no milheto a maior quantidade também foi de K (484,86 mg/100g), seguida de Mg e Ca, não apresentando concentrações de Fe. Nas amostras de carne não foi encontrada concentrações de Mn com a metodologia utilizada, o mineral com maior concentração foi o K, (foi encontrada diferença entre o tratamento padrão e o tratamento de maior inclusão de FB), seguido de Na e Mg. Para força de cisalhamento a média encontrada foi de 5,74 kgf. A capacidade de retenção de água foi determinada através das análises por perdas de peso no descongelamento (13%), perdas de peso na cocção (14,16%) e perdas de peso por pressão (26,3%). Para análise de índice de fragmentação miofibrilar (IFM) houve diferença entre o tratamento padrão e a maior inclusão de FB, demonstrando que o FB pode diminuir o IFM, consequentemente a maciez. Na análise de colágeno total o valor encontrado foi de 3,06% e para colágeno solúvel de 7,5% (em relação ao conteúdo de colágeno total). O farelo de mesocarpo de babaçu é uma fonte de alimentos alternativa interessante para os ruminantes, levando em consideração o IFM valores menores de 48% de inclusão seria ideal, a inclusão de FB favorece a concentração de potássio.

Amaciamento natural devido proteólise miofibrilar pelas enzimas calpaínas (cálcio-dependentes) e descoloração devido oxidação do pigmento mioglobina podem ocorrer em carne maturada. Em bovinos, o tipo biológico Bos indicus apresenta maior atividade de calpastatina (CAST, inibidora das calpaínas) no músculo e concentração de melanina (modulador de vitamina D3) na pele do que Bos taurus. Maior concentração de melanina na pele reduz fotossíntese de vitamina D3 e, subsequentemente, poderia reduzir as concentrações de seus metabólitos 25-hidróxivitamina D3 (25-D) e 1,25-di-hidróxi-vitamina D3 (1,25-D; modulador de cálcio) no plasma de Bos indicus. Nos casos de maiores concentrações de 1,25-D plasmático, uma melhor absorção de cálcio da dieta com aumento de suas concentrações no plasma e músculo poderia resultar em atividade melhorada das calpaínas. Além disso, maiores concentrações de 1,25-D plasmático poderiam colaborar para minimizar oxidação de carne devido sua propriedade antioxidante. Então, além da maior atividade de CAST no músculo, os Bos indicus poderiam ter mais duas desvantagens para produzir carne mais macia e menos oxidada: concentrações maiores de melanina na pele e menores de 1,25-D no plasma. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi estudar as relações entre as concentrações de melanina total (MELT) e suas frações [faeumelanina (FAE) e eumelanina (EUM)] na pele, metabólitos da vitamina D3 (25-D e 1,25-D) no plasma, cálcio plasmático e muscular e maciez [Índice de Fragmentação Miofibrilar (MFI) e força de cisalhamento (FC)] e cor (valores de L*, a* e b*) em carne maturada (1, 7 e 14 dias) e suas associações com polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs) nos genes candidatos receptor da melanocortina-1 [MC1R; rs109688013 (C/T) e rs110710422 (G/-)], proteína ligante à vitamina D3 [DBP; rs136359868 (T/C) e rs135330728 (T/C)] e CAST [rs109384915 (T/C)]. Bovinos Nelore (n=86), abatidos com 516 ± 39 kg aos 24 ± 1 meses, foram usados para determinação dos genótipos e mensuração das características. Na pele, a fração EUM foi positivamente correlacionada com MELT, mais do que a fração FAE. As frações de melanina na pele foram correlacionadas negativamente. A fração FAE foi correlacionada negativamente com 1,25-D plasmático, mas não foi correlacionada com 25-D plasmático. Melanina e suas frações na pele e metabólitos da vitamina D3 no plasma não foram correlacionadas com cálcio plasmático e muscular. Todavia, cálcio no plasma e músculo foram correlacionados positivamente com MFI e valores de L* e b* e negativamente com FC e valores de a*. A EUM e MELT na pele foram correlacionadas negativamente com FC e valores de a* e b* e positivamente com valores de L*, enquanto que 25-D no plasma foi correlacionada positivamente com MFI e valores de a* e b* e negativamente com valores de L*. A FAE foi correlacionada positivamente com MFI e negativamente com os valores de L*, a* e b*. No gene MC1R, o alelo T do SNP rs109688013 apresentou-se fixado (100%) na população, enquanto que o alelo G e sua deleção (-) do SNP rs110710422 tiveram frequência de 97,7 e 2,3%, respectivamente. SNPs do gene MC1R resultaram nos genótipos do loco Extension (E/E = T/T + G/G e E/e = T/T + G/-), que foi associado com 1,25-D plasmático e valores de b* no dia 1. No gene DBP, o alelo C do SNP rs136359868 foi menos frequente (3,5%) do que o alelo T, enquanto que os alelos C e T do SNP rs135330728 tiveram uma frequência de 73,8 e 26,2%, respectivamente. SNPs do gene DBP foram associados com MELT na pele e valores de L* e a* em diferentes dias. No gene CAST, os alelos C e T do SNP rs109384915 tiveram a mesma frequência. O SNP rs109384915 foi associado com MFI ao dia 7 e a substituição do alelo T por C reduziu os valores de MFI e a* no dia 7 e os valores de b* no dia 1. Ao final, maiores concentrações de FAE na pele e 25-D no plasma melhoraram proteólise miofibrilar e cor de carne, enquanto as maiores concentrações de EUM e MELT na pele resultaram em uma carne mais macia com uma pior cor. Associações do loco Extension e dos SNPs no gene DBP com cor de carne parecem consequência das diferenças em 1,25-D no plasma e melanina na pele. SNP do CAST associou-se com proteólise miofibrilar e cor de carne maturada, mas não com FC. / Natural tenderization by myofibrillar proteolysis through the calpains enzymes (calcium-dependent) and discoloration by oxidation of myoglobin pigment may occur in aged meat. In cattle, the Bos indicus biological type has higher calpastatin activity (CAST, inhibitor of calpains) in muscle and melanin concentration (modulator of vitam in D3) in skin than Bos taurus. Higher melanin concentration in skin reduces photosynthesis of vitamin D3 and, subsequently, could reduce the concentrations of its metabolites 25-hydroxy-vitamin D3 (25-D) and 1,25-di-hydroxy-vitamin D3 (1,25-D; modulator of calcium) in plasma from Bos indicus cattle. In cases of higher plasma 1,25-D concentrations, an improved absorption of calcium from the diet followed by increased plasma calcium concentrations could result in enhanced activity of calpains. Furthermore, higher plasma 1,25-D concentrations could collaborate to minimize meat oxidation due to its antioxidant propriety. Then, in addition to higher CAST activity in muscle, the Bos indicus cattle could have two more disadvantages to produce tender and less oxidized meat: higher melanin concentrations in skin and lower 1,25-D concentrations in plasma. Hence, the objective of this work was to study the relationships between the concentrations of total melanin (MELT) and its fractions [pheomelanin (PHEO) and eumelanin (EUM)] in skin, vitamin D3 metabolites (25-D and 1,25-D) in plasma, plasma and muscle calcium, and tenderness [Myofibrillar Fragmentation Index (MFI) and shear force (SF)] and color (L*, a*, and b* values) in aged meat (1, 7, and 14 days) and their associations with single nucleotide polymorphisms (SNPs) in candidate genes as melanocortin-1 receptor [MC1R; rs109688013 (C/T) and rs110710422 (G/-)], vitamin D3-binding protein [DBP; rs136359868 (T/C) and rs135330728 (T/C)], and CAST [rs109384915 (T/C)]. Nellore cattle (n=86), slaughtered with 516 ± 39 kg at 24 ± 1 months, were used for genotyping and traits measurements. In skin, the EUM fraction was positively correlated with MELT than the PHEO fraction. The melanin fractions in skin were negatively correla ted. The PHEO fraction was negatively correlated with plasma 1,25-D, but not with plasma 25-D. Melanin and its fractions in skin and vitamin D3 metabolites in plasma were not correlated with plasma and muscle calcium. Nevertheless, plasma and muscle calcium were positively correlated with MFI, and L* and b* values and negatively correlated with SF and a* values. The EUM and MELT in skin were negatively correlated with SF, and a* and b* values and positively correlated with L* values, while 25-D in plasma was positively correlated with MFI, and a* and b* values and negatively correlated with L* values. The PHEO was positively correlated with MFI and negatively correlated with L*, a*, and b* values. In MC1R gene, the rs109688013 SNP allele T was fixed (100%) in the population, while the rs110710422 SNP allele G and its deletion (-) had a frequency of 97.7 and 2.3%, respectively. MC1R SNPs resulted in genotypes of the Extension locus (E/E = T/T + G/G and E/e = T/T + G/-), which was associated with plasma 1,25-D and b* values at the day 1. In DBP gene, the rs136359868 SNP allele C was less frequent (3.5%) than allele T, while rs135330728 SNP alleles C and T had a frequency of 73.8 and 26.2%, respectively. DBP SNPs were associated with MELT in skin, and L* and a* values at different days. In CAST gene, the rs109384915 SNP alleles C and T had a similar frequency. The rs109384915 SNP was associated with MFI at the day 7 and the substitution from allele T to C reduced the MFI and a* values at the day 7 and the b* values at the day 1. At last, higher skin PHEO and plasma 25-D concentrations improved the myofibrillar proteolysis and meat color, while higher skin EUM and MELT concentrations resulted in a meat with improved tenderness and worsened color. Associations of the Extension locus and polymorphisms in DBP gene with the meat color seem to be a consequence of the differences in plasma 1,25-D and skin melanin. CAST SNP is associated with myofibrillar proteolysis and meat color, but not with SF.

Beef quality in Brazil is important for both consumers and the food industry due to high demand and competitiveness in the domestic and international markets. Therefore, it is necessary to develop research to improve beef quality of Nellore cattle (Bos indicus), mainly tenderness, one of the main features to add value to meat. New-generation technologies provide accurate, rapid and inexpensive information on the entire genome, showing great advantage over conventional methods for sequencing and gene expression. However, these new technologies generate large database, which require the use of bioinformatics tools for data analyses of sequencing and for a better understanding of biological regulation mechanisms , cellular control, gene interactions, among other applications. In a previous study, samples were collected from the Longissimus dorsi muscle of 790 animals from Nellore cattle and shear force assessments were made 24 hours after slaughter, with seven and 14 days of aging. Aiming to identify differentially expressed (DE) genes, 34 samples from Nellore animals with extreme levels of estimated breeding value (EBV) for shear force (SF) were selected, sequenced by the method of RNA sequencing (RNA-Seq) (Illumina HiScanSQ). This study performed the processing of data generated by RNA-Seq using software QuasiSeq and Cuffdiff. In the QuasiSeq analysis, 22 DE genes were found, while in the Cuffdiff analysis, 113 DE genes were found. To better understand the biological process involved in meat tenderness, integrative analysis identified possible regulators that can explain the activity of transcriptional regulation in this process using partial correlation coefficient with information theory (PCIT), phenotypic impact factor (PIF) and regulatory impact factor (RIF) methods. The genes found in the PCIT analysis USP2, GBR10, ANO1 and TMBIM4; microRNAs found in RIF analysis bta-mir-133a-2 and bta-mir-22, and the genes with high PIF value MB, ENO3, CA3 could be fundamental to unravel the complex molecular mechanisms that control the meat tenderness in Nellore cattle. / A qualidade da carne bovina no Brasil é importante tanto para o consumidor, como para a indústria alimentícia devido à alta competitividade e exigência do mercado nacional e internacional. Portanto, é necessário o desenvolvimento de pesquisas para melhorar a qualidade da carne bovina da raça Nelore (Bos indicus), principalmente a maciez, que é considerada uma das principais responsáveis por agregar valor à carne. Tecnologias de nova geração proporcionam informações precisas, rápidas e baratas de todo genoma, mostrando grande vantagem em relação aos métodos convencionais de sequenciamento e de estudos de expressão gênica. Essas novas tecnologias geram um grande volume de dados, sendo necessário o uso de ferramentas de bioinformática para realizar as análises de sequenciamento e ter uma maior compreensão de mecanismos biológicos de regulação, controle celular, interações gênicas, entre outras aplicações. Em um estudo prévio, foram coletadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 790 animais da raça Nelore e foram realizadas avaliações da força de cisalhamento 24 horas após abate, e com sete e 14 dias de maturação. Com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos (DE), foram selecionadas no total 34 amostras de animais da raça Nelore com valores extremos de valor genético estimado (EBV) para força de cisalhamento (SF), e sequenciados pelo método de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) (Illumina HiScanSQ). Neste estudo foi realizado o processamento dos dados gerados pelo RNA-Seq através dos softwares QuasiSeq e Cuffdiff. Foram encontrados 22 genes DE para as análises do QuasiSeq e 113 genes DE para as análises do Cuffdiff. Para melhor compreensão dos processos biológicos envolvidos na maciez da carne, análises integrativas identificaram possíveis reguladores que podem explicar a atividade de regulação transcricional neste processo utilizando os métodos do Coeficiente de Correlação Parcial com Teoria da Informação (PCIT), Fator de Impacto Fenotípico (PIF) e Fator de Impacto Regulatório (RIF). Os genes encontrados nas análises análises do PCIT USP2, GBR10, ANO1 e TMBIM4, assim como os microRNAs encontrados nas análises do RIF, bta-mir-133a-2 e bta-mir-22 e os genes de maior valor de PIF MB, ENO3, CA3 podem ser fundamentais para desvendar os complexos mecanismos moleculares que controlam a maciez da carne na raça Nelore.

O objetivo do presente trabalho foi determinar a força de cisalhamento Warner-Bratzler do músculo Longissimus lumborum de animais zebuínos machos inteiros (Bos indicus) durante o período de maturação, nas faixas de pH final (pHf 48 horas post mortem) normal (pH entre 5,5 e 5,8) e anormal (pH entre 5,81 e 6,19) e temperaturas internas de cozimento. Concomitante com a avaliação de força de cisalhamento, foram avaliadas também a degradação da desmina e troponina T, o comprimento do sarcômero, o teor de colágeno total e solúvel, as temperaturas máximas de desnaturação das proteínas e a morfologia geral de agregação das fibras do músculo no cozimento. A degradação da desmina e troponina T foi maior no pHf normal, aparecendo produtos de degradação a partir do dia 7 nessa faixa de pHf. Não houve diferenças nos valores de comprimento do sarcômero, descartando-se assim, a contribuição desse parâmetro sobre a temperatura máxima de desnaturação (Tmáx) das proteínas, determinada utilizando calorímetro exploratório diferencial (DSC). Similarmente, não foram encontradas diferenças para os teores de colágeno total e solúvel, e os valores de colágeno total foram baixos, sugerindo que sua contribuição na segunda transição térmica e nos valores de força de cisalhamento foi mínima. As Tmáx1 e Tmáx2, correspondentes à desnaturação da meromiosina leve e pesada, respectivamente, foram menores no pHf normal, mas o efeito foi maior para a Tmáx2. A Tmáx3 da actina e titina aumentou até 14 dias post mortem na faixa de pHf normal, e posteriormente diminuiu significativamente após 21 dias, sugerindo possível degradação dessas proteínas nesse período de dias. Não foram encontradas diferenças nos valores de Tmáx no pHf anormal, em todos os dias post mortem, o que sugere a contribuição de um possível mecanismo de proteção que estabiliza as miofibrilas no aquecimento. Houve maior agregação das fibras do músculo no pHf normal nas temperaturas internas de cozimento de 65 e 80°C, provavelmente devido à maior desnaturação térmica das miofibrilas. Os valores de força de cisalhamento foram maiores com o aumento da temperatura interna de cozimento, devido ao aumento da desnaturação térmica das miofibrilas do músculo. Independente da temperatura interna de cozimento, os valores de força de cisalhamento foram altos em quase todos os dias post mortem para ambas as faixas de pHf, o que sugere a necessidade de utilizar métodos físicos ou químicos para aumentar a maciez do músculo Longissimus lumborum de animais zebuínos. / The aim of this work was to determine the Warner-Bratzler shear force of Longissimus lumborum muscle of Zebu bulls during ageing, at the normal (pH between 5.5 e 5.8) and abnormal (pH between 5.81 e 6.19) ultimate pH (pHu) groups (pH 48 hours post mortem) and internal temperatures of cooking. Concomitant with the Warner-Bratzler shear force evaluation, the degradation of desmin and troponin T, sarcomere length, total and soluble collagen content, maximum temperature of proteins denaturation, and aggregation of muscle fibers during cooking were also evaluated. The degradation of desmin and troponin T was higher in the normal pHu, appearing degradation products at day 7. There were no differences in the sarcomere length values, discarding the contribution of this parameter on the maximum temperature of proteins denaturation (Tmax) determined by differential scanning calorimeter (DSC). Similarly, no differences were found for total and soluble collagen contents, and the total collagen values were low, suggesting that its contribution in the second thermal transition and in the shear force values was minimal. The Tmax1 and Tmax2, corresponding to the denaturation of light and heavy meromyosin, respectively, were lower in the normal pHu group, but the effect was higher for Tmax2. The Tmax3 of actin and titin increased up to 14 days post mortem in the normal pHu group, which subsequently significantly decreased after 21 days, suggesting the possible degradation of these proteins in that period of time. No differences were found in the Tmax values for the abnormal pHu group at all days post mortem, suggesting the contribution of a possible protective mechanism that stabilizes the myofibrils during heating. There was higher aggregation of muscle fibers in the normal pHu, at internal temperatures of cooking of 65 and 80°C, probably due to a higher thermal denaturation of myofibrils. The shear force values were higher with the increase of the internal temperature of cooking due to the increased denaturation of the muscle myofibrils. Regardless of internal temperature of cooking, the shear force values were higher in almost all days post mortem for both pHu groups, which suggest the need of physical or chemical methods to increase the tenderness of Longissimus lumborum muscle of Zebu bulls.

Embora muitos avanços tenham ocorrido no entendimento dos fatores que afetam a maciez, a incidência de carne dura ainda é significativa. Animais mais reativos apresentam carnes mais duras, porém o mecanismo que determina este efeito ainda não foi estabelecido. Presume-se que o maior estresse nos animais reativos aumente a atividade de calpastatina afetando o amaciamento post mortem. Com objetivo de testar esta hipótese, foram avaliadas correlações da força de cisalhamento (FC), temperamento e temperatura corporal obtida de noventa e seis novilhos Nelore castrados, com cerca de 20 meses de idade. O temperamento foi baseado nas variáveis velocidade de fuga (VF) e escore de tronco (ET) avaliadas 3 - 4 semanas antes do abate (Manejo 1) e 2 dias pré-abate (Manejo 2). A análise de componentes principais com as variáveis de temperamento obtidas em ambos os manejos resultou em dois índices: índice de temperamento (IT) e índice de habituação (IH). Estes índices apresentaram maior correlação com a FC do que a VF. O IH apresentou correlação negativa e positiva com FC e pH (P < 0,05), respectivamente. A temperatura retal foi positivamente correlacionada com IT e negativamente com FC. A termografia infravermelho de várias regiões corporais apresentou correlações baixas com IT ou FC. Dois grupos divergentes quanto à FC (extremos da população para FC), cada qual com 6 novilhos, foram comparados para variáveis de temperamento, expressão dos genes CAPN1, CAST, CAST1 e CAST2, e características de carne. O grupo de alta FC (AFC) apresentou maior (P< 0,05) VF, ET, IT e índice de temperamento com base na média da VF e ET (ITM). Os grupos de AFC e baixa FC (BFC) não diferiram (P > 0,05) para comprimento de sarcômero e pH final, mas tiveram diferenças no amaciamento post mortem, com diferenças em maciez que persistiram em todos os tempos de maturação (2, 16 e 30 dias post mortem; P < 0,05). O grupo AFC apresentou maior atividade inibitória de calpastatina total 48 h post mortem medida no M. triceps brachii (P < 0,05), embora diferenças não tenham sido observadas no M. longissimus lumborum (P > 0,05). No entanto, o grupo AFC teve no M. longissimus maior expressão de CAST do que o grupo de BFC (P < 0,05). Em conclusão, temperamentos divergentes têm impacto na atividade de calpastatina que influência o amaciamento post mortem. / Despite significant advancements in the knowledge of factors affecting beef tenderness, incidence of tough beef continues to be elevated. Animals more excitable have tougher meat, but the mechanism that determines this effect has not been established. It is presumed that more stress in excitable animals increases calpastatin activity with effects on tenderization post mortem. With the aim of test this hypothesis, correlations were measured for shear force (SF), temperament and body surface temperature obtained from ninety-six Nellore with about 20 months of age. Temperament was based on the exit velocity variables (EV) and crush score (CS) measured 3-4 weeks (handling 1) and two days (handling 2) before slaughter. The principal component analysis with the temperament variables obtained in both handlings resulted in two index: temperament index (TI) and habituation index (HI). These indexes had higher correlation with the SF than the VF. The HI had negative and positive correlation with SF and pH (P < 0.05), respectively. Rectal temperature was positively correlated with TI and negatively with SF. Infrared thermography of different body sites had low correlations with TI or SF. Two divergent groups to SF (extremes of the population to FC), each with 6 steers, were compared to temperament variables, expression of genes CAPN1, CAST, CAST1 and CAST2, and meat traits. The high SF group (HSF) had higher EV, CS, TI and temperament index based on the average of EV and CS (ATI) (P < 0.05). The HSF groups and low SF (LSF) did not differ for sarcomere length and final pH (P < 0.05), but it had differences in post mortem tenderization, with differences in tenderness that persisted in all aging times (2, 16 and 30 days post mortem; P < 0.05). The HSF group had higher calpastatin inhibitory activity 48 h post mortem measured in M. triceps brachii (P < 0.05), although no differences were observed in the M. longissimus lumborum (P > 0.05). However, the HSF group had in the M. longissimus greater CAST expression than the LSF group (P < 0.05). In conclusion, divergent temperaments affect the calpastatin activity that influence the tenderization post mortem.

O Brasil ocupa a segunda posição mundial na produção de carne bovina, a implantação de novas ferramentas para a seleção de animais zebuínos (Bos indicus) com carne de melhor qualidade tem uma importante contribuição para a competividade da pecuária de corte. Neste contexto, compreender os padrões de expressão de microRNAs específicos envolvidos nos processos que afetam a maciez da carne é fundamental para a sua produção, uma vez que essa característica organoléptica é de grande valor na aceitação deste alimento pelos consumidores. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração em conjunto com o uso de ferramentas de bioinformática tem permitido o estudo do genoma em larga escala de forma mais rápida e com menor custo. Para este estudo, foram utilizadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 34 animais da raça Nelore com medidas extremas de valor genético estimado (EBV) para força de cisalhamento (FC). Os RNAs totais foram extraídos, as bibliotecas de microRNA foram construídas e os sequenciamentos foram realizados em equipamento da plataforma Illumina (MiSeq). O processamento dos dados foi feito por meio dos softwares FastQC, Cutadapt e miRDeep2 e as análises de expressão diferencial foram realizadas por meio do programa estatístico QuasiSeq. Utilizando um critério de taxa de descoberta de falsos positivos (FDR) inferior a 0,1, três microRNAs (bta-mir-182, bta-mir-183, bta-mir-338) foram identificados como diferencialmente expressos entre os grupos de animais com valores extremos de EBV para FC. Um total de 1204 genes alvos foi previsto e análises funcionais de enriquecimento foram realizadas por ferramentas de bioinformática. Várias redes e vias metabólicas como a sinalização de apoptose e regulação dos mecanismos celulares pela protease calpaína foram obtidas, demonstrando assim que os genes alvos identificados estariam envolvidos em muitos processos metabólicos relacionados com a maciez da carne bovina. / Brazil occupies the second world position in beef production and thus, the implementation of new tools to select zebuine animals (Bos indicus) with better beef quality has an important contribution to the competitiveness of beef cattle. Inside this context, to comprehend the microRNAs expression patterns involved in the processes that are related to beef tenderness is essential to the meat production since this organoleptic characteristic has a high value in meat acceptance by the consumers. The advent of new generation sequencing technologies along with the biotechnology tools usage has allowed large-scale genome studies as well as faster and cheaper analysis. In this study, samples of the Longissimus dorsi muscle from 34 animals of Nellore cattle breed with extreme estimated genetic value (EBV) for shear force (FC) were used. The total RNAs were extracted, libraries of microRNA were built and finally the sequencing was performed using the Illumina (MiSeq) platform equipment. Data processing was done using FastQC, Cutadapt and miRDeep2 softwares while the differential expression analyzes were realized through the statistical package QuasiSeq. Using a false discovery rate (FDR) criteria below 0.1, three microRNAs (bta-mir- 182, bta-mir-183, bta-mir-338) were identified as differentially expressed among the group of animals with extreme EBV values for FC. A total of 1024 target genes were predicted and functional analyzes of enrichment were performed using bioinformatics tools. Many metabolic networks and pathways such as the apoptosis signalization and cell regulation mechanisms by calpain protease were obtained, demonstrating therefore that the identified target genes would be involved in many metabolic processes related with the beef tenderness.

Embora muitos avanços tenham ocorrido no entendimento dos fatores que afetam a maciez, a incidência de carne dura ainda é significativa. Animais mais reativos apresentam carnes mais duras, porém o mecanismo que determina este efeito ainda não foi estabelecido. Presume-se que o maior estresse nos animais reativos aumente a atividade de calpastatina afetando o amaciamento post mortem. Com objetivo de testar esta hipótese, foram avaliadas correlações da força de cisalhamento (FC), temperamento e temperatura corporal obtida de noventa e seis novilhos Nelore castrados, com cerca de 20 meses de idade. O temperamento foi baseado nas variáveis velocidade de fuga (VF) e escore de tronco (ET) avaliadas 3 - 4 semanas antes do abate (Manejo 1) e 2 dias pré-abate (Manejo 2). A análise de componentes principais com as variáveis de temperamento obtidas em ambos os manejos resultou em dois índices: índice de temperamento (IT) e índice de habituação (IH). Estes índices apresentaram maior correlação com a FC do que a VF. O IH apresentou correlação negativa e positiva com FC e pH (P < 0,05), respectivamente. A temperatura retal foi positivamente correlacionada com IT e negativamente com FC. A termografia infravermelho de várias regiões corporais apresentou correlações baixas com IT ou FC. Dois grupos divergentes quanto à FC (extremos da população para FC), cada qual com 6 novilhos, foram comparados para variáveis de temperamento, expressão dos genes CAPN1, CAST, CAST1 e CAST2, e características de carne. O grupo de alta FC (AFC) apresentou maior (P< 0,05) VF, ET, IT e índice de temperamento com base na média da VF e ET (ITM). Os grupos de AFC e baixa FC (BFC) não diferiram (P > 0,05) para comprimento de sarcômero e pH final, mas tiveram diferenças no amaciamento post mortem, com diferenças em maciez que persistiram em todos os tempos de maturação (2, 16 e 30 dias post mortem; P < 0,05). O grupo AFC apresentou maior atividade inibitória de calpastatina total 48 h post mortem medida no M. triceps brachii (P < 0,05), embora diferenças não tenham sido observadas no M. longissimus lumborum (P > 0,05). No entanto, o grupo AFC teve no M. longissimus maior expressão de CAST do que o grupo de BFC (P < 0,05). Em conclusão, temperamentos divergentes têm impacto na atividade de calpastatina que influência o amaciamento post mortem. / Despite significant advancements in the knowledge of factors affecting beef tenderness, incidence of tough beef continues to be elevated. Animals more excitable have tougher meat, but the mechanism that determines this effect has not been established. It is presumed that more stress in excitable animals increases calpastatin activity with effects on tenderization post mortem. With the aim of test this hypothesis, correlations were measured for shear force (SF), temperament and body surface temperature obtained from ninety-six Nellore with about 20 months of age. Temperament was based on the exit velocity variables (EV) and crush score (CS) measured 3-4 weeks (handling 1) and two days (handling 2) before slaughter. The principal component analysis with the temperament variables obtained in both handlings resulted in two index: temperament index (TI) and habituation index (HI). These indexes had higher correlation with the SF than the VF. The HI had negative and positive correlation with SF and pH (P < 0.05), respectively. Rectal temperature was positively correlated with TI and negatively with SF. Infrared thermography of different body sites had low correlations with TI or SF. Two divergent groups to SF (extremes of the population to FC), each with 6 steers, were compared to temperament variables, expression of genes CAPN1, CAST, CAST1 and CAST2, and meat traits. The high SF group (HSF) had higher EV, CS, TI and temperament index based on the average of EV and CS (ATI) (P < 0.05). The HSF groups and low SF (LSF) did not differ for sarcomere length and final pH (P < 0.05), but it had differences in post mortem tenderization, with differences in tenderness that persisted in all aging times (2, 16 and 30 days post mortem; P < 0.05). The HSF group had higher calpastatin inhibitory activity 48 h post mortem measured in M. triceps brachii (P < 0.05), although no differences were observed in the M. longissimus lumborum (P > 0.05). However, the HSF group had in the M. longissimus greater CAST expression than the LSF group (P < 0.05). In conclusion, divergent temperaments affect the calpastatin activity that influence the tenderization post mortem.

Made available in DSpace on 2015-05-14T12:56:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1306209 bytes, checksum: 7375d4165c06e1945051f54d5a0010de (MD5) Previous issue date: 2014-12-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Purpose: This study evaluated the influence of air-particle-abrasion and different solutions application on the shear bond strength of resin cement to zirconia ceramic (Y-TZP). Materials and method: Sintered zirconia blocks (N=180) (Lava, 3M ESPE), with final dimensions of 5.25 x 3.74 x 4.5 mm, were embedded in acrylic resin, polished and randomly distributed among 18 groups (n=10), according to the factors: "solution (8 levels) and air-particle-abrasion" (2 levels): Ctr (control without treatment), AP- Alloy Primer/Kuraray, MP- Monobond Plus/Ivoclar, MZP- Metal Zircônia Primer/Ivoclar, MZ- MZ Primer/Angelus, ReX- Relyx Ceramic Primer/3M ESPE, Sg- Signum Zirconia Bond/Kulzer, SbU- Scotchbond Universal/3M ESPE and ZP- Z Prime Plus/Bisco. The same solutions were also used after zirconia sandblasting: Ctr.S, AP.S, MP.S, MZ.S, ReX.S, Sg.S, SbU.S and ZP.S (*.S = sandblasting). Prior sandblasting, the zirconia/acrylic resin assemblents were ultrasonic cleaned for 5min (Vitasonic, Germany). The .S groups were air abraised with Al2O3 particles (110μm, 2.5 bar, 20s at 10mm), with an assistance of a chairside air-abrasion device (Bioart, Brazil) and another ultrasonic cleaned was performed. After dry the solutions were applied according to the manufactors´ recommendations. The resin cement (Rely X ARC, 3M ESPE) cylinders were bonded and polymerized to zirconia surface, with the aid of a silicone mold (Ø = 3.5, height = 3 mm). All samples were stored in distilled water (60 days at 370 C), and after were subjected to shear test (1 mm/min). Data were analyzed by ANOVA (e-way) and Tukey test (α=5%). Results: Air-particle abrasion (p=0.0001) and solution (p=0.0001) factors significantly affected the bond strength (ANOVA) All samples of the groups Ctr, Ctr.S, ReX, MZ.S and MZP, MZP.S showed premature failure (debonding). Thus, they were not included in the statistical analysis. In addition, air-abrasion increased the bond strength (With: 110.78A MPa; Without: 70.92B MPa) and the solution SbU (142.91a MPa) promoted higher adhesion between ceramic/resin cement than MP (100.15bc MPa), AP (90.03c MPa), ReX (34.03d MPa) and MZ (23.66d MPa), and was similar to Sg (131.78ab MPa) and ZP (113.37bc MPa) (Tukey). Conclusion: Air-abrasion with 110 μm Al2O3 followed by solutions application increased the bond strength to zirconia, except for SbU, that presented the highest value of bond strength. / Objetivo: Este estudo avaliou a influência do jateamento com partículas de O2Al3 e de diferentes soluções na resistência ao cisalhamento entre um cimento resinoso e à cerâmica de zircônia (Y-TZP). Materiais e método: Blocos de zircônia sinterizados (N = 180) (Lava, 3M ESPE), com dimensões finais de 5,25 x 3,74 x 4,5 mm foram incluídos em resina acrílica, polidos e aleatoriamente distribuídos em 18 grupos (n = 10), de acordo com os fatores: "solução" (8 níveis) e "jateamento" (2 níveis): Ctr (controle sem tratamento), AP- Alloy Primer/Kuraray, MP- Monobond Plus/Ivoclar, MZP- Metal zircônia Primer/Ivoclar, MZ- MZ Primer/Angelus, Rex- Relyx Primer para Cerâmica/3M ESPE, Sg- Signum Zircônia Bond/Kulzer, SbU- Scotchbond Adesivo Universal/3M ESPE e ZP- Z Prime Plus/Bisco. As mesmas soluções também foram utilizadas após o jateamento da zircônia: Ctr.S, AP.S, MP.S, MZ.S, ReX.S, Sg.S, SbU.S e ZP.S(* S = jateamento). Anteriormente ao Jateamento os bloco de zircônia foram submetidos à limpeza em ultrassom por 5min (Vitasonic, Alemanha). Os grupos ".S" foram jateados com Al2O3 (110μm, 2,5 bar, 20s à 10 mm), com o auxílio de um microjateador (Bioarte, Brasil) e outra limpeza ultrassônica foi realizada. Depois de secos, as soluções foram aplicadas de acordo com as recomendações dos fabricantes. Cilindros do cimento resinoso (Rely X ARC, 3M ESPE) foram colados e polimerizados na superfície da zircônia com auxílio de um molde de silicone (Ø = 3,5, altura= 3 mm). Todas as amostras foram armazenadas em água destilada (60 dias a 370 C), e depois submetidas ao teste de cisalhamento (1mm/min). Os dados foram analisados pela análise de variância (dois- fatores) e teste de Tukey (α=5%). Resultados: "Os fatores jateamento com O2Al3" (p = 0,0001) e "solução" (p=0,0001) afetou significativamente a resistência de união (ANOVA). Todas as amostras dos grupos Ctr, Ctr.S, Rex, MZ.S e MZP, MZP.S mostraram uma falha prematura (descolamento). Assim, não foram incluídos na análise estatística. Além disso, o jateamento aumentou a resistência de união (com: 110.78A MPa; sem: 70.92B MPa) e a solução SbU (142.91a MPa) promoveu maior adesão entre cimento resinoso/cerâmica. O MP (100.15bc MPa), AP (90.03c MPa), ReX (34.03d MPa) e MZ (23.66d MPa), e foi semelhante ao Sg (131.78ab MPa) e ZP (113.37bc MPa) (Tukey). Conclusão: Jateamento com O2Al3 seguido pela aplicação de soluções aumentou a resistência de união à zircônia, com exceção do SbU, que apresentou o maior valor de resistência de união