Tanto a mancha parda (Septoria gliycines Hemmi) quanto o crestamento foliar de cercospora (Cercospora kikuchii (Matsu. & Tomoyasu) Gardner) estão disseminados por todas as regiões produtoras de soja no Brasil. Ambas ocorrem na mesma época e, devido às dificuldades que apresentam nas avaliações individuais, são consideradas como um complexo de doenças de final de ciclo. O maior dano causado por esse complexo de doenças se deve à antecipação da desfolha. Sabe-se que antecipação da desfolha promove redução na produção, a qual geralmente se deve ao menor tamanho dos grãos. Com o objetivo de melhor compreender os danos causados pelas doenças de final de ciclo, foi conduzido um experimento para avaliar os efeitos dessas doenças na duração da área foliar sadia (HAD) da soja, procurar relações entre a severidade da doença e produção, bem como identificar o melhor estádio fenológico e dose de fungicida para o controle dessas doenças. Com base nos resultados obtidos, pôde-se concluir que: a) as doenças foliares de final de ciclo causaram perdas na produção da soja na ordem de 21%, sendo a redução no peso de 1000 grãos o principal fator de perda quantitativa; b) embora a análise estatística tenha demonstrado não haver diferenças significativas quanto à época de aplicação dos fungicidas (estádio R5.3 x estádio R4 repetindo-se a aplicação 15 dias mais tarde) em relação à produção e ao peso de 100 grãos de soja, os maiores valores absolutos das variáveis acima mencionadas foram conseguidos, para ambos os fungicidas, com uma aplicação de 500 g do produto comercial no estádio R4 de desenvolvimento da cultura da soja, seguida de outra aplicação da mesma quantidade do produto comercial 15 dias após primeira; c) o uso da variável severidade não se apresentou como uma boa indicadora para se prever ou estimar reduções na produção, haja vista a falta de relação que esta variável (severidade) apresenta com a mesma (produção); d) a duração da área foliar sadia (HAD) é uma variável de avaliação que apresenta relações significativas com a produção e peso de 1000 grãos, podendo ser utilizada no patossistema soja-doenças foliares de final de ciclo, uma vez que estas doenças afetam diretamente a HAD. / not available

A produção de massa celular de Candida parapsilosis var, Intermedia e das leveduras naturais provenientes da"goga"(mel de cacau), safra/87, foram obtidas em meio Sabouraud líquido. O crescimento das células foi interrompido com 6, 12, 24, 48, 72, 96, 120 e 144 horas consecutivas de fermentação, sendo realizados posteriormente, testes para avaliar a produção, por parte das leveduras, de um fator capaz de inibir o crescimento de P. capsici. As células foram separadas do meio fermentado por centrifugação, sendo depois rompidas com material abrasivo, sob resfriamento, separando-se a fração subcelular dos seus restos celulares. Todas as fraç6es obtidas (meio fermentado, restos celulares e fração subcelular) foram esterilizadas por autoclavagem. Os testes de inibição do crescimento de P. capsici foram conduzidos em placas de Petri contendo meio BDA, onde foram adicionadas diferentes concentraç6es do meio fermentado, de células rompidas e de fração subcelular, res- pectivamente. Estas placas foram inoculadas com P. capsici, observando-se seu crescimento durante 5 (cinco) dias consecutivos em temperatura ambiente. Os resultados obtidos mostraram que houve a produção de um fator inibidor do crescimento de P. capsici, no meio fermentado de Candida parapsilosis var, Intermedia mais acentuado até cerca de 48 horas de fermentação. Mesmo após esse período, a produção do fator de inibição se manteve ligeiramente crescente até 144 horas de fermentação nas concentrações estudadas de 1:10 e 1:5. Já para as leveduras naturais da"goga"de cacau, o fator de inibição, produzido no meio com concentração 1:10 manteve-se ligeiramente crescente de 6 a 120 horas, aumentando vigorosamente até 100% após 144 horas, o que pode ser verificado mesmo em concentrações menores como 1:20. O fator de inibição do crescimento de P. capsici, sendo produzido no interior das células no curso da fermentação, foi liberado para o meio fermentado, como pode ser demonstrado nos experimentos com frações subcelulares e restos celulares, cuja inibição foi considerada insignificante em relação ao meio fermentado / In order to reduce the"dark gray rottenness"of the cacao-tree fruits, caused by P. capsici, experiments were carried out to promote the biological control of this fungus. Its growth was accomplished in potato-dextrose-agar (PDA), showing a rapid sporulation. The production of Candida parapsilosis var, Intermedia cell mass and natural yeasts from"goga"Cacao- honey), harvest/87, were obtained in liquid Sabouraud medium. The cells growth was interrupted with 6, 12, 24, 48, 72, 96, 120 and 144 consecutive hours of fermentation; posterior tests were made to evaluate the production of an inhibition factor, by yeasts, suitable to inhibit the P. capsici, growth. The cells were separated from the fermentated medium by centrifugation, and then, they were broken with abrasive material, by cooling; the subcell fraction was separated from its cell rests. All the fractions obtained (fermentated medium, cell rests, and subcell fraction) were sterilized by autoclaving. The inhibition tests of the P. capsici, growth were conducted on Petri plates, containing PDA medium, adding different concentrations of the fermentated medium, broken cells and subcell fractions, respectively. These plates were inoculated with P. capsici, its growth was observed during five consecutive days at room temperature. The obtained results showed that there was production of a P. capsici, growth inhibitor factor Candida parapsilosis var, Intermediafermentated medium, until almost 48 hours of fermentation. Thus, after this period, the production of the inhibition factor maintained light increase until 144 hours of fermentation, at the 1:10 and 1:5 concentrations. Otherwise, the inhibition factor produced by cacao"goga"natural yeasts, in a medium with the concentration 1 :10, maintained a light increase from 6 through 12Q hours, augmenting strongly till 100%, after 144 hours, the same could be observed in concentrations smaller than 1:20. The P. capsici, growth inhibition factor produced inside the cells during the fermentation, was released to the fermentated medium, as could be demonstrated in the experiments with subcell fractions and cell rests, whose inhibition was considered insignificant in relation to the fermentated medium

A mancha preta dos citros, causada pelo fungo Guignardia citricarpa Kiely [Phyllosticta citricarpa (McAlp.) Van der Aa.], é uma doença de grande ocorrência no sul do Estado de São Paulo. Estudos epidemiológicos dessa doença ainda são controversos devido principalmente, às diferenças climáticas e do sistema de produção no Brasil, quando comparados com os países pioneiros no estudo da doença. Nesse trabalho, procurou-se elucidar as épocas favoráveis à infecção e a importância relativa de conídios e ascósporos nesse processo por meio de plantas armadilhas. Mudas de limão 'Siciliano' (Citrus limon (L.) Burn. f.), suscetíveis a G. citricarpa, foram colocadas em dois talhões de um pomar de citros em uma propriedade comercial. Num dos talhões as folhas caídas no solo, fonte de inóculo de ascósporos, foram removidas. No outro talhão as folhas permaneceram sobre o solo. Durante os meses de outubro de 2002 a maio de 2003 três mudas permaneceram expostas em cada talhão por um mês, ao final do qual eram substituídas por novas. Não foi possível diferenciar a importância de conídios e de ascósporos por meio de reação de polimerase em cadeia (PCR) nem de sintomatologia das folhas, pois a infecção foi constatada somente em duas das avaliações realizadas. A relação entre a liberação de ascósporos e as condições climáticas também foi avaliada. Armadilhas caça-esporos foram instaladas em campo comercial e semanalmente o número de ascósporos capturados foi relacionado com a temperatura média diária, com a precipitação diária e a precipitação três dias antes da leitura dos ascósporos. Os resultados obtidos demonstram que a precipitação acumulada em três dias foi relacionada com a liberação de ascósporos pela equação L= 6,45 + 0,04 Pp3d - 0,17 T onde L é a leitura de ascósporos, Pp3d é a precipitação três dias antes da leitura de ascósporos e T é a temperatura, com R2= 0,49. Paralelamente, foram conduzidos experimentos in vitro, visando a determinação de sucos cítricos que favorecessem a germinação de conídios, com o objetivo final de realizar experimentos que avaliassem a influência de períodos descontínuos de molhamento na capacidade de germinação de conídios de P. citricarpa. Suco de laranja das cultivares Pêra e Valência na concentração de 4% mostraram-se os mais favoráveis na indução da germinação de conídios com índice de germinação variando entre 23,89 e 41,81 %. A interrupção do período de molhamento independentemente de ser gradativa ou rápida não influenciou na germinação de conídios, mostrando assim a grande capacidade germinativa do fungo. / not available

O presente trabalho objetivou verificar o efeito de Bacillus subtilis no controle biológico de patógenos transportados por sementes e a influência desta bactéria sobre a emergência das sementes de trigo. Em testes in vitro todos os patógenos testados: Aspergillus sp., Alternaria tenuis, Bipolaris sorokiniana, Fusarium graminearum, Penicillium sp., Pyricularia oryzae e Septoria nodorum foram sensíveis a os metabólitos produzidos por B. subtilis. Para o tratamento das sementes utilizaram-se as técnicas de imersão em suspensões de células e contato de sementes com colônias de B. subtilis e em meio de cultura. As duas técnicas mostraram-se efetivas no controle de B. sorokiniana, P.oryzae e A. Tenuis, sendo que em alguns tratamentos os resultados foram semelhantes aos obtidos com iprodione + thiram. Os melhores resultados foram obtidos com imersão das sementes em suspensões contendo, aproximadamente, 6x108ufc/ml por 5 horas ou mantidas em contato com a bactéria por períodos superiores a 12 horas. A presença de B.subtilis na semente e o período de molhamento com posterior secagem não afetou fisiologicamente a semente, mantendo a emergência igual ou superior ao tratamento químico / not available

No presente trabalho utilizou-se o fungicida sistêmico Pyroquilon 50 PM, do grupo químico das Quinolinas, em tratamento de sementes de arroz de sequeiro. Foram tratados dois lotes de sementes do cultivar IAC 165, com e sem incidência de Pyricularia oryzae Cav. O experimento conduzido em casa-de-vegetação, apresentou duas fases distintas, sendo o ponto divisório das fases o pleno florescimento da cultura. Quatro regimes de irrigação foram usados: sem deficiência hídrica, com deficiência hídrica provocada aos 10 e 15 dias antes e 5 dias após o pleno florescimento. Para compor os tratamentos foram utilizadas duas amostras de sementes de arroz, uma com alta incidência de Pyricularia oryzae Cav. e outra com baixa incidência do patógeno, parte das sementes foram tratadas com o fungicida Pyroquilon e a outra permaneceu sem tratamento. O objeto principal do trabalho foi avaliar a atividade fungicida e fitoestimulante do Pyroquilon, aplicado em tratamento de sementes, na planta de arroz, bem como o seu efeito no aumento da tolerância da plantas de arroz a um período de deficiência hídrica. As avaliações foram: teste de sanidade de sementes, índice de área foliar, altura de plantas, número de colmos, número de panículas, massa de raízes secas, massa de panículas secas, massa da parte aérea seca, massa de grãos cheios e chochos secos, número de grãos cheios e chochos e porcentagem de grãos cheios. Os resultados obtidos permitiram concluir, que o Pyroquilon, quando aplicado em tratamento de sementes de arroz de sequeiro, controla eficazmente o patógeno Pyricularia oryzae Cav. E tem influência positiva, mesmo quando as sementes apresentam baixa incidência de Pyricularia oryzae Cav., estimulando o desenvolvimento vegetativo, atuando como fitoestimulante, no entanto quando ocorrem períodos de deficiência hídrica, particularmente próximo ao pleno florescimento, o efeito fitoestimulante do Pyroquilon não é suficiente para compensar os efeitos deletérios da deficiência hídrica. / not available

Tanto a mancha parda (Septoria gliycines Hemmi) quanto o crestamento foliar de cercospora (Cercospora kikuchii (Matsu. & Tomoyasu) Gardner) estão disseminados por todas as regiões produtoras de soja no Brasil. Ambas ocorrem na mesma época e, devido às dificuldades que apresentam nas avaliações individuais, são consideradas como um complexo de doenças de final de ciclo. O maior dano causado por esse complexo de doenças se deve à antecipação da desfolha. Sabe-se que antecipação da desfolha promove redução na produção, a qual geralmente se deve ao menor tamanho dos grãos. Com o objetivo de melhor compreender os danos causados pelas doenças de final de ciclo, foi conduzido um experimento para avaliar os efeitos dessas doenças na duração da área foliar sadia (HAD) da soja, procurar relações entre a severidade da doença e produção, bem como identificar o melhor estádio fenológico e dose de fungicida para o controle dessas doenças. Com base nos resultados obtidos, pôde-se concluir que: a) as doenças foliares de final de ciclo causaram perdas na produção da soja na ordem de 21%, sendo a redução no peso de 1000 grãos o principal fator de perda quantitativa; b) embora a análise estatística tenha demonstrado não haver diferenças significativas quanto à época de aplicação dos fungicidas (estádio R5.3 x estádio R4 repetindo-se a aplicação 15 dias mais tarde) em relação à produção e ao peso de 100 grãos de soja, os maiores valores absolutos das variáveis acima mencionadas foram conseguidos, para ambos os fungicidas, com uma aplicação de 500 g do produto comercial no estádio R4 de desenvolvimento da cultura da soja, seguida de outra aplicação da mesma quantidade do produto comercial 15 dias após primeira; c) o uso da variável severidade não se apresentou como uma boa indicadora para se prever ou estimar reduções na produção, haja vista a falta de relação que esta variável (severidade) apresenta com a mesma (produção); d) a duração da área foliar sadia (HAD) é uma variável de avaliação que apresenta relações significativas com a produção e peso de 1000 grãos, podendo ser utilizada no patossistema soja-doenças foliares de final de ciclo, uma vez que estas doenças afetam diretamente a HAD. / not available

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-28T13:39:52Z No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-28T20:07:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T20:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / O controle biológico é um processo complexo que inclui diferentes mecanismos e uma diversidade de vias metabólicas. Espécies de Trichoderma harzianum são conhecidas por sua atividade de biocontrole contra patógenos de plantas. Para melhor entender os mecanismos utilizados por T. harzianum no controle biológico, no presente trabalho foi sequenciado o genoma do isolado TR274 usando sequenciamento Illumina, assim como seu respectivo transcritoma na interação direta com Scletotinia sclerotiorum ou na presença de sua parede celular. A montagem do genoma feita utilizando o programa AllPaths-LG cobertura máxima de 100x, resultou em 2282 contigs, tamanho do genoma de 40,8 Mb e um conteúdo GC de 47.7%, similar aos outros genomas de Trichoderma. Um total de 13932 genes foram anotados. Análise do Core Eukariotic Genes Dataset (CEGMA) sugere que o genoma está 100% completo e 97,9% das sequencias de RNA-seq alinharam corretamente no genoma. A análise filogenética usando proteínas ortólogas com todas as espécies de Trichoderma sequenciadas no JGI, confirmam a divisão nas seções Tricoderma (T. asperellum e T. atroviride), Longibrachiatum (T. reesei, T. citrinoviride e T. longibrachiatum) e Pachibasium (T. harzianum e T. virens). Das proteínas ortólogas anotadas, 8242 compõem proteínas compartilhadas por todas as espécies, as proteínas espécie específicas variam de 262 (T. reesei) a 1803 (T. longibrachiatum). Os dois genomas de T. harzianum analisados sugerem uma alta similaridade entre eles, mesmo tendo sido isolados de locais e continentes distintos, um de solo de cerrado no Brasil e outro de solo de jardim na Inglaterra. Análises de genes envolvidos com o metabolismo secundário, CAZymes, transportadores, proteases e fatores de transcrição foram feitas. A seção Pachibasium expandiu virtualmente todas as categorias analisadas quando comparada com as outras seções. Análise CAFE mostrou uma correlação positiva entre estas expansões e o tamanho dos genomas. O subgrupo C1 das quitinases foi completamente perdido pela seção Longibrachiatum. Estes resultados sugerem que estas famílias proteicas tem um importante papel nos seus respectivos fenótipos. As abordagens transcritômicas mostraram que a interação entre T. harzianum e S. sclerotiorum é bem complexa e envolve a produção de metabólitos secundários e síntese de transportadores antes e durante o contato, com uma modulação principalmente de enzimas hidrolíticas após o contato. Dos genes encontrados diferencialmente expressos na condição de crescimento em parede celular, 86,8% foram também encontrados diferencialmente expressos na interação direta. Cerca de 25% de todo o genoma de T. harzianum foi modulado durante a interação com S. sclerotiorum. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Biological control is a complex process, which requires many mechanisms and a high diversity of biochemical pathways. Trichoderma harzianum species complex are well known for their biocontrol activity against many plant pathogens. To gain new insights into the biocontrol mechanism employed by T. harzianum, we sequenced genome of the isolate TR274 with its transcriptome during direct interaction with the fungal pathogen Sclerotinia sclerotiorum and its cell wall, using Illumina sequencing. Whole genome assembly was performed using AllPaths-LG, with a maximum coverage of 100x. The assembly resulted in 2282 contigs, with an estimated genome size of 40.8 Mb and GC content of 47.7%, similar to other Trichoderma genomes. Using the JGI Annotation Pipeline we predicted 13,932 genes, with high transcriptome support. Core Eukariotic Genes Dataset (CEGMA) tests suggested 100% genome completeness and 97.9% of RNA-SEQ reads mapped to the genome. The phylogenetic comparison using orthologous proteins with all Trichoderma genomes sequenced at JGI, corroborates the Trichoderma section division described previously (T. asperellum and T. atroviride), Longibrachiatum (T. reesei, T. citrinoviride and T. longibrachiatum) and Pachibasium (T. harzianum and T. virens). A Venn diagram was built with orthologs proteins, with 8242 composing the core protein group and species specific varying from 262 proteins (T. reesei) to 1803 (T. longibrachiatum). The comparison between two Trichoderma harzianum CBS 226.95 and TR274 isolates, suggests a high genome similarity. Analyses of the secondary metabolites, CAZymes, transporters, proteases and transcription factors were performed. The Pachybasium section expanded virtually all categories analyzed compared with the other sections. CAFE analysis showed positive correlation between these families and genome size. The chitinase subgroup C1 was completely absent in Longibrachiatum section members. These results suggest that these proteins families play an important role on their respective phenotypes. Transcriptome analysis suggests that the interaction between T. harzianum and S. sclerotiorum is complex, involving production of secondary metabolites and transporters before and during the contact, with a modulation of CAZymes after contact. A total of 86.8% of differentially expressed genes during growth on Sclerotinia sclerotiorum cell wall were found during direct interaction. Approximately the 25% of whole T. harzianum genome was seen to be modulated during the interaction with S. sclerotiorum.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-20T18:12:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1130155 bytes, checksum: 0950afcb6db136da799b0f7aae36c9f8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T18:12:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1130155 bytes, checksum: 0950afcb6db136da799b0f7aae36c9f8 (MD5) Previous issue date: 2003-07-24 / Schinus terebinthifolius é uma planta originária do Brasil, Paraguai e Argentina. Foi introduzida em outros países como ornamental, tornando-se posteriormente uma planta invasora. Visando subsidiar futuros programas de controle biológico de S. terebinthifolius, utilizando-se fungos fitopatogênicos em locais onde esta tenha se tornado invasora, buscou-se ampliar o conhecimento sobre a micobiota associada a esta planta. Para isso, foi realizado entre o segundo semestre de 2001 e início de 2003, um levantamento desta micobiota, na região sudeste do Brasil. Foram identificados os fungos Hainesia lythri, Pilidium concavum, Meliola sp., Irenopsis sp., Septoria sp., Phyllosticta sp., Stenella sp., Pseudocercospora sp. e Pseuderythrogloeum schini gen. nov.. A patogenicidade de Hainesia lythri, Pilidium concavum e Septoria sp., foram comprovadas através da realização do postulado de Kock. Inoculações de Pseudocercospora sp. e Pseuderythrogloeum schini em S. terebinthifolius provocaram sintomas, mas estes não foram reisolados. Inoculações feitas com Stenella sp. não resultaram em sintomas. Foi realizado teste simplificado de especificidade para o fungo Septoria sp., utilizando-se outras plantas da família Anacardiaceae. Tais plantas não foram infectadas por Septoria sp.. A severidade da doença provocada por Septoria sp. em Schinus terebinthifolius, tanto em condições de campo, quanto em condições controladas, bem como a sua especificidade, fazem deste fungo um possível candidato a agente de controle biológico de Schinus terebinthifolius. Entretanto, o potencial deste fungo deve ser mais estudado. / Schinus terebinthifolius is a plant belonging to the Anacardiaceae native from Brazil, Paraguay and Argentina. It was introduced as an ornamental in many countries often becoming invasive in natural habitats. A search for pathogenic fungi associated to S. terebinthifolius was conducted in part of its native range of distribution in Brazil aimed at the discovery of potential candidates to be used as biocontrol agents against this plant. Several survey trips were carried out from 2001 to 2003 in Southeastern Brazil. Specimens available from previous ad hoc collections were also included. The following fungi were found during the surveys: Meliola sp., Irenopsis sp., Hainesia lythri, Pilidium concavum, Septoria sp., Phyllosticta sp., Pseudoerythrogloeum (gen. nov.), Stenella sp., Pseudocercospora sp., Corticium sp., Phomopsis sp. and Oidium sp. Some of them had their taxonomy studied in more detail: Meliola sp., Irenopsis sp., , Septoria sp., Phyllosticta sp., Stenella sp., Pseudocercospora sp., Hainesia lythri, Pilidium concavum. The first five clearly represent new species to science and will be published soon. Pseudocercospora sp. is presently inadequately placed in Cercospora and requires a recombination. Additionally a coelomycete that was found couldn’t be placed in any known genus and the new genus Pseuderythrogloeum will be proposed based on specimens of this fungus. The pathogenicity of Hainesia lythri, Pilidium concavum and Septoria sp. were demonstrated. Inoculations of Pseudocercospora sp. and Pseuderythrogloeum schini in S. terebinthifolius also produced symptoms, but results were dubious as the fungus couldn’t be recovered from seemingly diseased tissues, after inoculation. Although field observations suggest that Stenella sp. is also a pathogen inoculations didn’t produce any symptoms. A simplified host-specificity test was performed for Septoria sp. involving only a limited number of plants belonging to the Anacardiaceae (Table 1). Only S. terebinthifolius was infected by Septoria sp.. The significant defoliation that Septoria sp. caused both in field as well as under controlled conditions together with the indications that this fungus is host-specific suggested by the results from the preliminary essay indicates that this species is a potential biological control agent for Schinus terebinthifolius. It is nevertheless acknowledged here that additional work is necessary in order to confirm that. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T16:34:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T16:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O fungo fitopatogênico Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei é uma espécie cosmopolita com relatos de ocorrência em folhas, hastes e raízes em diversas espécies de plantas, sendo frequentemente associada como agente causal da mancha alvo em diferentes espécies de importância agronômica. Este estudo analisou uma coleção de 32 isolados de C. cassiicola, obtidos de diferentes hospedeiros e locais no Brasil. Sete genes nucleares e um gene mitocondrial foram parcialmente sequenciados e analisados de modo a explorar as relações filogenéticas e filogeográficas entre os isolados e verificar se existe associação entre o gene precursor da toxina produzida pelo fungo, a cassiicolina, e as linhagens encontradas. Adicionalmente, a presença de mutações pontuais independentes – E198A, F200Y e G143A – que conferem resistência a fungicidas foram investigadas. Os isolados se agruparam em três linhagens. A distribuição dos isolados entre as linhagens não esteve associada a hospedeiro ou origem geográfica dos isolados. Isolados da coleção contêm uma de quatro possíveis isoformas da cassiicolina. Em geral, associação entre as isoformas e clados filogenéticos foi ausente. As três mutações pontuais que conferem resistência a fungicidas estão presentes (sozinhas ou combinadas) em oito isolados. Duas dessas mutações (E198A e F200Y) nunca haviam sido identificadas em isolados de C. cassiicola. As evidências de variabilidade genética entre os isolados e a ocorrência de três mutações pontuais independentes, em conjunto com o hábito polífago de C. cassiicola, comprometem as atuais práticas de manejo da doença na agricultura brasileira. As informações obtidas neste estudo poderão ser úteis em análises ecológicas e epidemiológicas de C. cassiicola, bem como no desenvolvimento de medidas de manejo da mancha alvo. / The plant pathogenic fungus Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei is a cosmopolitan species with reports of occurrence in leaves, stems and roots in several plant species, being frequently associated as the causal agent of the target spot in different plant species of agronomic importance. This study analyzed a collection of 32 isolates of C. cassiicola obtained from different hosts and locations in Brazil. Seven nuclear genes and a mitochondrial gene were partially sequenced and analyzed in order to explore the phylogenetic and phylogeographic relationships among the isolates and to verify if there is an association between the precursor gene of the toxin produced by the fungus, the cassiicolin, and the lineages we found. Additionally, the presence of independent point mutations - E198A, F200Y and G143A - that confer resistance to fungicides were investigated. The isolates were grouped into three lineages. The distribution of the isolates between the lineages was neither associated with host nor geographical origin of the isolates. The isolates of the collection contain one of four possible cassiicolin isoforms. In general, association between isoforms and phylogenetic clades was absent. The three point mutations that confer resistance to fungicides were present (alone or in combination) in eight isolates. Two of these mutations (E198A and F200Y) had never been identified in isolates of C. cassiicola. The evidence of genetic variability among the isolates and the occurrence of three independent point mutations, along with the polyphagous habit of C. cassiicola, compromise the current disease management practices in the Brazilian agriculture. Therefore, the information generated may be useful in ecological and epidemiological analysis of C. cassiicola, as well as in the development of management measures against the target spot.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-24T13:20:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T13:20:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A ferrugem do cafeeiro, causada pelo fungo Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, é considerada a principal doença da cultura. O fungo está amplamente distribuído nas regiões produtoras de café, causando severos danos econômicos. Novas raças fisiológicas de H. vastatrix tem surgido, com frequência em todo mundo, infectando algumas cultivares de café lançadas comercialmente como resistentes à ferrugem. Dessa forma, a obtenção de cafeeiros resistentes tem sido um desafio devido ao alto potencial adaptativo do fungo e tem se tornado cada vez mais difícil a caracterização dos patótipos por meio da coleção de cafeeiros diferenciadores de raça. Além disso, as informações acerca da interação de cafeeiros com as raças existentes são escassas, embora o processo infeccioso de H. vastatrix seja bem estudado. Estudos genômicos estão ajudando no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no processo de interação entre planta e patógeno e no desenvolvimento de técnicas moleculares para a identificação de isolados. Nosso objetivo foi caracterizar as raças de H. vastatrix encontradas nas principais regiões produtoras de café do Brasil, e estudar as proteínas candidatas a efetoras preditas para H. vastatrix que possam contribuir para patogenicidade nas diferentes raças do fungo. Foram utilizados 56 isolados monopustular coletados de diferentes espécies de café, Coffea canephora, C. arabica e Híbrido de Timor (C. canephora x C. arabica) e multiplicados em cafeeiro suscetível C. arabica variedade Caturra. Cada isolado foi inoculado em cafeeiros que compõe a série diferenciadora de raças, com três repetições. O DNA dos 56 isolados monopustulares foram extraídos para os estudos genômico. Foram utilizadas 47 combinações de primer para amplificar genes de candidatos a efetores. Sete genes foram amplificados, sequenciados e tiveram sua expressão validada em cafeeiros resistente e suscetível. As sequências obtidas foram alinhadas para os 46 isolados, usando o programa DNA Baser. Estudo de domínio conservado foram realizados no programa Pfam e a categorização das proteínas no Blast2GO. O alinhamento das sequências de nucleotídeos, proteínas e agrupamento dos isolados foi feito no programa Clustalw e as diferença de nucleotídeo foi analisada no Weblogo. Os dados obtidos foram usados para o estudo de diversidade. Por meio da inoculação na série diferenciada, foram identificadas sete raças, sendo cinco já descritas no Brasil e duas pela primeira vez (raça XXIX e XXX). Não foi possível caracterizar 15 combinações dos genes de virulência, sendo assim consideradas novas raças. A análise da coleção de isolados permitiu inferir a presença de pelo menos seis novos genes na série diferenciadora, o que possibilitou diferenciar dois isolados descritos como raças III. Na análise genômica, os 47 genes candidatos a efetores estudados se mostraram conservados em todos os isolados e estão ligados a 15 processos biológicos do desenvolvimento do fungo. Foram identificados 14 domínios nas proteínas provenientes desses genes. Para os sete genes sequenciados nos diferentes isolados, observou-se diferença na sequência dos nucleotídeos e presença de indivíduos heterozigoto e homozigoto. Com análise de diversidade foi possível discriminar os indivíduos, sendo o isolado Hv-09 o mais divergente. As informações geradas nesta pesquisa poderão ampliar o entendimento da interação entre H. vastatrix e o cafeeiro. O conhecimento dos genes que estão envolvidos no processo infeccioso auxiliará o entendimento dos mecanismos moleculares que levam à suplantação da resistência por novas raças do fungo. / Coffee rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, is considered the main disease of the crop. The fungus is widely distributed in the coffee producing regions, causing severe economic damage. New physiological races of H. vastatrix have arisen, often all over the world, infecting some commercially released coffee cultivars as resistant to rust. Thus, obtaining resistant coffee trees has been a challenge due to the high adaptive potential of the fungus and it has become increasingly difficult to characterize the pathotypes through the collection of coffee races. In addition, information on the interaction of coffee trees with the existing races is scarce, although the infectious process of H. vastatrix is well studied. Genomic studies are helping to understand the molecular mechanisms involved in the process of interaction between plant and pathogen and in the development of molecular techniques for the identification of isolates. Our objective was to characterize the H. vastatrix race found in the main coffee producing regions of Brazil and to study the effector candidate proteins predicted for H. vastatrix that may contribute to pathogenicity in the different fungus races. Fifty six monopustular isolates collected from different coffee species, Coffea canephora, C. arabica and Hybrid of Timor (C. canephora x C. arabica) were used and multiplied in susceptible coffee C. arabica variety Caturra. Each isolate was inoculated in coffee plants that make up the differentiating series of races, with three replicates. The DNA of the 56 monopustular isolates were extracted for genomic studies. We used 47 primer combinations to amplify effector candidate genes. Seven genes were amplified, sequenced and had their validated expression in resistant and susceptible coffee trees. The sequences obtained were aligned for the 46 isolates using the DNA Baser program. A conserved domain study was performed on the Pfam program and the protein categorization in Blast2GO. The alignment of the nucleotide sequences, proteins and clustering of the isolates was done in the Clustalw program and the nucleotide differences were analyzed in Weblogo. The data obtained were used for the study of diversity. Through inoculation in the differentiated series, seven races were identified, five of which were already described in Brazil and two for the first time (races XXIX and XXX). It was not possible to characterize 15 combinations of the virulence genes, thus being considered new races. The analysis of the collection of isolates allowed to infer the presence of at least six new genes in the differentiator series, which made it possible to differentiate two isolates described as breeds III. In genomic analysis, the 47 candidate effector genes studied have been conserved in all isolates and are linked to 15 biological processes of fungus development. 14 domains were identified in proteins from these genes. For the seven genes sequenced in the different isolates, we observed a difference in nucleotide sequence and presence of heterozygous and homozygous individuals. With diversity analysis it was possible to discriminate individuals, being the Hv-09 isolate the most divergent. The information generated in this research may broaden the understanding of the interaction between H. vastatrix and the coffee tree. The knowledge of the genes that are involved in the infectious process will help the understanding of the molecular mechanisms that lead to the supplanting of resistance by new races of the fungus.