3 pp. / This publication provides information on the development and management of Fusarium wilt of lettuce. Topics covered include the characteristics of the plant pathogen, disease development, and disease management considerations.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-04-08T13:05:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Tulio_Diego_da_Silva.pdf: 899273 bytes, checksum: fa3051c19d26c20f1582174ad9033bfb (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T13:05:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Tulio_Diego_da_Silva.pdf: 899273 bytes, checksum: fa3051c19d26c20f1582174ad9033bfb (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / O tomateiro (Solanum lycopersicum) é uma das principais hortaliças de valor econômico no mundo e é a segunda solanácea mais cultivada, sendo superada apenas pela batata. Essa espécie está sujeita a várias doenças que comprometem seu desenvolvimento, dentre elas está a murcha de fusário, causada pelo fungo de solo Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol). Para está doença o controle químico não é eficiente, assim o uso de cultivares resistentes representa um dos melhores recursos para evitar o prejuízo causado pelo fungo. A proteômica é uma grande ferramenta no estudo de diversos estresses, permitindo a identificação de proteínas alvo no melhoramento genético, a fim de se obter genótipos resistentes. Neste contexto, analisou-se o perfil das proteínas secretadas pelo tomateiro frente ao Fol, para se identificar aquelas que estejam relacionadas com a defesa ao fitopatógeno. Para isso utilizou-se o genótipo BHRS, resistente a isolados da raça 2 do Fol. Coletou-se o tecido radicular da planta, nos tempos 1, 2, 4 e 6 dias após inoculação (DAI). Em seguida as proteínas totais foram extraídas, solubilizadas e separadas por eletroforese bidimensional (2-DE), para posterior identificação via espectrometria de massas. As proteínas do tomateiro apresentam um caráter ácido, não apresentando boa resolução na faixa de pH 3-10. Por isso utilizou-se tiras de pH 4-7 na primeira dimensão da 2-DE. Pode-se reconhecer aproximadamente 500 proteínas diferentes em cada gel e 34 proteinas com expressão diferenciada no experimento. Estas proteínas foram analisadas pelo espectrômetro do tipo MALDITOF/ TOF. As proteínas identificadas foram agrupadas de acordo com os grupos funcionais, para melhor descrever seu papel no metabolismo durante a infecção. Encontraram-se proteínas relacionadas com patogenicidade e relacionadas com a reação de hipersensibilidade. Também foram encontrados proteínas de sinalização, relacionadas com outros mecanismos de defesa e de metabolismo primário. A presença de grupos protéicos relacionados com a resistência a patógenos evidencia alguns dos mecanismos que confere ao genótipo de tomateiro BHRS a qualidade de resistente a fusariose. Entretanto mais estudos são necessários, principalmente nas proteínas de membrana e parede celular, a fim de obter informações sobre a interação inicial entre a planta e o fungo.

Made available in DSpace on 2018-08-24T12:05:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11833_DISSERTAÇÃO DÉBORA_CRISTINA_GONÇALVES_AGROQQUIMICA_2018.pdf: 1153022 bytes, checksum: 81a5e783c37833c235d8cee08e0683fe (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / O tomateiro pode ser cultivado em várias regiões devido à aceitabilidade da cultura a diferentes tipos de clima. Todavia, a cultura é suscetível a uma série de doenças que acarreta na redução da produção e produtividade, dentre as quais se destaca a murcha de Fusarium causada pelo agente etiológico Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici. O plantio de cultivares resistentes tem se mostrado eficiente contra as raças 1 e 2 desse patógeno, entretanto o surgimento da raça 3 tem comprometido a eficiência do controle genético. Assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar o potencial uso do óleo essencial de Origanum vulgare L. e do carvacrol no tratamento de sementes visando inibir a incidência da murcha de Fusarium em mudas de tomateiro. O O. vulgare L. e o carvacrol foram caracterizados por CG-DIC e CG-EM. Nos testes in vitro, o OE de O. vulgare L. (50, 85, 140, 240 e 400 µg mL-1) e o carvacrol (50, 85, 140, 240 e 400 µg mL-1) foram avaliados para determinar as concentrações efetivas mínimas para inibir 50 e 100% (CE50 e CE100) do crescimento micelial do patógeno. Os testes de fitotoxicidade com o OE O. vulgare L. e com o carvacrol foram realizados em sementes de tomateiro. Ensaios in vivo foram realizados em casa de vegetação com sementes tratadas com o OE de O. vulgare L. e do carvacrol nas concentrações de 100, 200, 400, 600, 1.200 µg mL-1, onde foram avaliadas as variáveis índice de velocidade de emergência (IVE), altura das mudas de tomateiro e área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD). Os componentes majoritários do OE de O. vulgare L. foram carvacrol (67,67%), o-cimeno (11,60%) e timol (3,91%). Nos testes in vitro o OE de O. vulgare L. e o carvacrol inibiram 100% de PIC nas concentrações de 400 e 200 µg mL-1, respectivamente. O OE de O. vulgare L. apresentou ação fungicida contra F. oxysporum f.sp. lycopersici na concentração de 400 µg mL-1, enquanto o carvacrol apresentou efeito fungistático em todas as concentrações testadas (200-1.000). As CE50 e CE100 para o OE de orégano foram 134,5 e 323 µg mL-1 e para o carvacrol 62,6 e 166 µg mL-1, respectivamente. Não houve fitotoxidez nas sementes nem em plântulas de tomateiro. Para os testes in vivo, o OE de O. vulgare L. e o carvacrol não apresentaram diferença significativa entre osdois; porém houve diferença entre as concentrações, à medida em que as concentrações foram aumentando, a incidência da doença diminuía. A AACPD foi reduzida em 68% na concentração de 1.200 µg mL-1. Portanto, o OE de O. vulgare L. e o carvacrol podem ser uma alternativa para o tratamento de sementes de tomateiro, e fazer parte de um programa de manejo integrado da murcha de Fusarium em mudas de tomateiro.

The aim of this Diploma thesis was to assess the cultivar tolerance of a chosen assortment of butterhead lettuce, leaf lettuce, iceberg lettuce and cabbage to fungal pathogens (Bremia lactucae, Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans). The experiment was conducted in the laboratory conditions of the gardening department FAPPZ of the Czech University of Agriculture in growth chambers. The lettuce experiments were done in given conditions with the temperatures of 18 - 20 °C under the regime 12 hrs. of light and 12 hrs. of darkness. The cabbage experiments were conducted in given conditions under the regime 12 hrs. of light and 12 hrs. of darkness with the temperatures of 14 °C during the day and 12 °C in the night. The lettuce plants were planted in dishes on fine sand. All experiments had infected and control variants. After emergence, the experimental plants were inoculated with variants of the selected pathogen. The plants were observed in 2 - 3 day intervals throughout the whole experiment. The experiment was assessed using the modified standard method according to Pawelec et al. (2006). A modified method with a percentage scale was used to assess the lettuce experiments. Cabbage experiments were evaluated with a scale of points ranging from 0 to 9 according to the percentage of infection on the plants. The results of the methodology were determined using the program Statistica 12. In the experiments evaluating the variety tolerance of a chosen assortment leaf lettuce and iceberg lettuce to the pathogen Bremia lactucae Bl:31, a statistically significant difference in the sensitivity to this pathogen was established. The results show that the most resistant varieties are Tarzan, Stamir, Adinal a Verala. The greatest sensitivity to the pathogen Bl:31 has a variety "Dětenická Atrakce" then Traper and Nikolaj. Effect of seed treatment with hot water (HWT) to suppress pathogen B. lactucae was statistically significant in the varieties "Dětenická Atrakce" (10% decrease) and Dubáček (7% decrease) compared with untreated infectious variant with HWT. In the sensitivity evaluation of varieties and lines of white cabbage was a statistically significant difference in infecting of pathogen Fusarium oxysporum f. Sp. conglutinans breed 1. The most significantly susceptible to the pathogen Foc was variety Pourovo late-season (degree of assault after inoculation was 6.52 points).

ARAÚJO, Linda Brenna Ribeiro. Potencial genético de variedades tradicionais de feijão-caupi e avaliação para resistência à murcha-de-Fusarium. 2017. 80 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Deocleciano Xavier (dixavier.ufc@gmail.com) on 2017-08-21T18:35:50Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Linda Brenna R Araújo_FINAL.pdf: 1356498 bytes, checksum: b4e907dfc4ac85e53f13d1e09c6d0d55 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-08-29T20:36:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Linda Brenna R Araújo_FINAL.pdf: 1356498 bytes, checksum: b4e907dfc4ac85e53f13d1e09c6d0d55 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T20:36:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Linda Brenna R Araújo_FINAL.pdf: 1356498 bytes, checksum: b4e907dfc4ac85e53f13d1e09c6d0d55 (MD5) Previous issue date: 2017 / Traditional varieties are an important source of germplasm for several crops, and may present alleles that have long been lost, such as those that confer resistance to biotic and abiotic stresses. In the state of Ceará, the cultivation of the cowpea is highlighted because it is mainly carried out by family farmers who make use of these varieties, and their great adaptation to the region of cultivation and to the management adopted by the farmers can be used in the development of cultivars that better meet their demands. Thus, this work was carried out to evaluate the genetic potential of traditional varieties of cowpea collected from family farmers in the state of Ceará. In order to achieve this objective, laboratory analyzes, field and greenhouse tests were carried out. The laboratory analyzes consisted of the evaluation of the genetic diversity of the varieties through ISSR markers. The field experiments consisted of tests for the evaluation of morphological and agronomic descriptors in two environments: Fortaleza and Madalena, in the state of Ceará. The experiment in greenhouse was conducted to evaluate the existence of sources of resistance to Fusarium wilt by the root-dipping inoculation method. The ISSR markers selected for the study were efficient in identifying the genetic variability of the species, presenting high values of polymorphism and polymorphism information content (PIC). Even so, the genetic distance found between the studied varieties ranged from 0,05 to 0,31, values considered low and that suggest a narrow genetic base of the species. Some traditional varieties evaluated showed higher grain yield than commercial cultivars for the evaluated environments (3286.66 tons/ha), indicating a high agronomic potential and a great environmental adaptation. They presented greater genetic variability for the morphological characters evaluated, when compared to the molecular data. Regarding the severity of the disease, the varieties formed three distinct groups. The group with the lowest severity of the disease (25,00 to 32,50 %) consisted of thirty-seven varieties, the second group with intermediate values of severity (33,75 to 37,50 %) consisted of eight varieties and in the third Group were the five varieties that presented the highest values of severity (41,25 to 51,25 %). The varieties with the best results for agronomic traits, resistance to Fusarium wilt and greater genetic distance are promising for use in breeding programs. / As variedades tradicionais constituem importante fonte de germoplasma para diversas culturas, podendo apresentar alelos há muito perdidos, como os que conferem resistência a estresses bióticos e abióticos. No estado do Ceará, o cultivo do feijão-caupi tem destaque por ser realizado principalmente por agricultores familiares que fazem uso dessas variedades, e a grande adaptação delas à região de cultivo e ao manejo adotado pelos agricultores pode ser utilizada no desenvolvimento de cultivares que atendam melhor às suas demandas. Assim, objetivou-se com esse trabalho avaliar o potencial genético e a resistência à murcha-de-Fusarium de variedades tradicionais de feijão-caupi coletadas junto a agricultores familiares no estado do Ceará. Para se alcançar tal objetivo foram realizadas análises em laboratório, ensaios em campo e em casa de vegetação. As análises em laboratório constaram da avaliação da diversidade genética das variedades através de marcadores ISSR. Os experimentos de campo constaram de ensaios para a avaliação de descritores morfológicos e agronômicos em dois ambientes: Fortaleza e Madalena, no estado do Ceará. O ensaio em casa de vegetação foi realizado para avaliar a existência de fontes de resistência à murcha-de-Fusarium através do método de dipping. Os marcadores ISSR selecionados para o estudo foram eficientes na identificação da variabilidade genética dos genótipos, apresentando altos valores de polimorfismo e conteúdo de informação polimórfica (PIC). Ainda assim, a distância genética encontrada entre as variedades estudadas variou de 0,05 a 0,31, valores considerados baixos e que sugerem uma estreita base genética dos genótipos avaliados. Algumas variedades tradicionais avaliadas apresentaram produtividade de grãos superior às cultivares comerciais para os ambientes avaliados (3286,66 ton/ha), o que indica um alto potencial agronômico e uma grande adaptação ambiental. Elas apresentaram maior variabilidade genética para os caracteres morfológicos avaliados, quando comparados aos dados moleculares. Com relação à severidade da doença, as variedades formaram três grupos distintos. O grupo com a menor severidade da doença (25,00 a 32,50 %) foi constituído por trinta e sete variedades, o segundo grupo com valores intermediários de severidade (33,75 a 37,50 %) foi constituído por oito variedades e no terceiro grupo ficaram as cinco variedades que apresentaram os maiores valores de severidade (41,25 a 51,25 %). As variedades com melhores resultados para os caracteres agronômicos, de resistência à murcha-de-Fusarium e maior distância genética são promissoras para uso em programas de melhoramento genético.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2018-06-28T15:02:41Z No. of bitstreams: 1 TESE_Patricia Migliorini.pdf: 2682211 bytes, checksum: 8bdf76d1693cb07dba37b177863fdbef (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-07-03T18:36:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE_Patricia Migliorini.pdf: 2682211 bytes, checksum: 8bdf76d1693cb07dba37b177863fdbef (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-07-03T18:38:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE_Patricia Migliorini.pdf: 2682211 bytes, checksum: 8bdf76d1693cb07dba37b177863fdbef (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-03T18:38:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_Patricia Migliorini.pdf: 2682211 bytes, checksum: 8bdf76d1693cb07dba37b177863fdbef (MD5) Previous issue date: 2018-03-19 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / O presente trabalho teve por objetivo: a) avaliar o efeito de diferentes doses e fontes de Si por meio do recobrimento de sementes sobre a qualidade física, fisiológica e sanitária de sementes assim como, determinar a concentração de silício e cálcio absorvidos em plântulas de feijão; b) avaliar o desempenho de plântulas inoculadas com Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli e recobertas com diferentes fontes de Si, durante a emergência e na expressão dos mecanismos bioquímicos, envolvidos nas respostas pós infecção em diferentes momentos e; c) avaliar o efeito do recobrimento de sementes com Si em resposta à infecção em uma cultivar suscetível e resistente ao Colletotrichum lindemuthianum, sobre o potencial fisiológico e sanitário de sementes e plântulas, durante o desenvolvimento inicial da cultura do feijão. Testou-se diferentes doses (0; 45; 90; 135 e 180g Si 100 kg-1 de sementes) e fontes de Si [Agrosilício®, silicato de cálcio e casca de arroz carbonizada (CAC)] via recobrimento de sementes, inoculados ou não pelo método de restrição hídrica. O recobrimento das sementes composto por Agrosilício®, CAC e silicato de cálcio não altera a qualidade física das sementes e proporciona plântulas vigorosas, sem comprometer a emergência final. Sementes recobertas com doses de silicato de cálcio e CAC elevam a concentração de Si nas raízes, mas reduzem a concentração de cálcio (Ca), enquanto que o Agrosilício® aumenta a concentração de Si em folhas e do Ca nas raízes. Diferentes fontes e doses de Si não controlam patógenos associados às sementes de feijão. A associação do F. oxysporum f. sp. phaseoli nas sementes prejudica a emergência e crescimento das plântulas. O Si tem pouco efeito nas respostas em plântulas não inoculadas, mas eleva a concentração de lignina. Na presença do F. oxysporum f. sp. phaseoli, o Si desencadeia melhor desempenho inicial das plântulas, favorece e potencializa os mecanismos de defesa. A fonte de Si fornecido pelo Agrosilício® proporciona uma antecipação rápida inicial da peroxidase o que pode ter amenizado e atrasado os danos do patógeno nas plântulas. A CAC como fonte de Si, embora tenha contribuído para a potencialização das enzimas de defesa nos períodos mais avançados da infecção, não se mostrou eficiente no controle da incidência da doença. O recobrimento das sementes com Si diminui a incidência e a severidade de C. lindemuthianum e proporciona maior crescimento das plântulas de feijão. O efeito de respostas potencializadas pelo Si tem maior expressividade na cultivar de maior suscetibilidade. / The a im of this study was: a) to evaluate the effect of different doses and sources of Si through the coating of seeds on the physical quality, physiological and sanitary conditions of seeds as, to determine the concentration of silicon and calcium absorbed in bean seedlings; b) to evaluate the performance of seedlings inoculated with Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli and covered with different sources of Si, during emergence and in the expression of biochemical mechanisms, involved in post-infection responses at different times and; c) to evaluate the effect of seed coating with Si in response to infection in a susceptible and resistant Colletotrichum lindemuthianum, on the physiological and sanitary potential of seeds and seedlings, during the initial development of the bean culture. Different doses were tested (0; 45; 90; 135 and 180g Si 100 kg-1 of seeds) and sources of Si [Agrosilício®, calcium silicate and rice husk ash (AHC)] by seed coating, whether or not inoculated by the water restriction method. The covering of seeds composed of Agrosilício®, AHC and calcium silicate, does not change the physical quality of the seed, provides vigorous seedlings, without compromising the end emergency. Seeds coated with doses of calcium silicate and AHC, increase the concentration of Si in roots, but reduce the concentration of calcium (Ca), while the Agrosilício® increases the concentration of Si in leaves and Ca in the roots. Different sources and doses of Si do not control pathogens associated with bean seeds. The association of F. oxysporum f. sp. phaseoli in seeds impairs seedling emergence and growth. Si has little effect on responses in uninoculated seedlings, but raises lignin concentration. In the presence of F. oxysporum f. sp. phaseoli, Si triggered better initial seedling performance, favored and enhanced the defense mechanisms. The Si source supplied by Agrosilício® provides early rapid anticipation of peroxidase, which may have ameliorated and delayed the damage of the pathogen in the seedlings. The AHC as a source of Si, although it has contributed to the potentiation of defense enzymes in the later stages of infection was not efficient in controlling the incidence of the disease. The seed coating with Si decreases the incidence and severity of C. lindemuthianum and provides greater growth of the bean seedlings. The effect of responses potentiated by Si has greater expressiveness in the cultivar of greater susceptibility.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-01-10T09:15:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nayane Oliveira Almeida - 2016.pdf: 4246837 bytes, checksum: 2ee0e2f0ece0d114ea4032c91be4556f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-10T10:58:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nayane Oliveira Almeida - 2016.pdf: 4246837 bytes, checksum: 2ee0e2f0ece0d114ea4032c91be4556f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-10T10:58:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nayane Oliveira Almeida - 2016.pdf: 4246837 bytes, checksum: 2ee0e2f0ece0d114ea4032c91be4556f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-03-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The problems caused by nematodes and by the Panama disease on banana plantations are responsible for production losses and limiting to its cultivation. In the state of Goiás there is few information about the nematode genus that affect this crop, and its relationship with the incidence of the fungus Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc). This research aimed to survey the occurrence of plant parasitic nematodes, the incidence of Foc and soil attributes, and determine if there is a correlation among these factors. In January 2015, twelve banana producing regions in the state of Goiás were sampled: Anápolis, Caiapônia, Goiatuba, Itaguaru, Itumbiara (two areas), Jataí, Morrinhos, Ouro Verde, Palestina, Taquaral and Uruana. All sampled areas, except Morrinhos, revealed contamination with Foc, and all had different genus of nematodes. Meloidogyne sp., Helicotylenchus sp. and Rotylenchus sp. were the main genus of plant parasitic nematodes present in the banana plantations, with Meloidogyne sp. and Rotylenchus sp. the most dominant and abundant genus. We found that Pratylenchus sp. increases the population levels of F. oxysporum and that Helicotylenchus sp. has been affected by the concentration of P, Ca, Mn and the soil pH. / Os problemas fitossanitários causados por nematoides e pela doença mal-do-Panamá, na cultura da banana, são responsáveis por grandes perdas de produção ou são fatores limitantes de seu cultivo. Em Goiás, são escassas as informações sobre os gêneros de nematoides que afetam a bananicultura, bem como sua relação com a incidência do fungo Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc), agente causal do mal-do-Panamá. Assim, esse trabalho teve por objetivo fazer levantamento da ocorrência de fitonematoides, da incidência de Foc e dos atributos dos solos, e determinar se há correlação entre estes fatores. Em janeiro de 2015, foram amostradas doze regiões produtoras de banana no estado de Goiás, distribuídas em onze municípios: Anápolis, Caiapônia, Goiatuba, Itaguaru, Itumbiara, Jataí, Morrinhos, Ouro Verde, Palestina, Taquaral e Uruana. Todas as áreas amostradas, exceto a do município de Morrinhos, apresentaram-se contaminadas com Foc, e todas apresentaram diversos gêneros de fitonematoides. Meloidogyne sp., Helicotylenchus sp. e Rotylenchus sp. foram os principais gêneros de fitonematoides presentes nos bananais no estado de Goiás, sendo Meloidogyne sp. e Rotylenchus sp. os gêneros mais dominantes e abundantes. Foi constatado que a presença de Pratylenchus sp. aumenta o nível populacional de F. oxysporum e que Helicotylenchus sp. é afetado pelos teores de P, Ca, Mn e pelo pH do solo.

Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-08T13:49:50Z No. of bitstreams: 2 Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Olhe o espaço a mais na citação: VALDO, S. C. D. Estudo de resistência à murcha-de-fusarium e identificação de QTLs em feijeiro-comum. 2017. 178 f. Tese (ESPAÇO A MAIS Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2017. on 2018-10-09T10:59:43Z (GMT) / Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-09T11:17:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-09T11:41:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T11:41:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) Previous issue date: 2017-04-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The common bean (Phaseolus vulgaris) crop plays an important role in the culture and economy of Brazil. It is cultivated in all Brazilian regions and is affected by several diseases like fusarium wilt which is caused by Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli (soil-born fungus). This disease brings significant losses in common bean culture and genetic resistance is the primary form of control. One of the core goals of breeding programs is the development of resistant cultivars, therefore the objectives of this work are: i) To select F. oxysporum f. sp. phaseoli resistant F5:7 lines resulted from the crossing between Ouro Branco X CNFP10132, under controlled field and environment conditions ii) To identify SSR markers and QTL-linked SNPs associated with the resistance of common bean to fusarium wilt using 92 recombinat inbred lines(RILs) resulted from the crossing between Ouro Branco x CNFP10132. In the first study, 140 lines, the breeders Ouro Branco and CNFP10132, BRS Esplendor (resistant) and BRS Supremo (susceptible) as controls were evaluated. Field trials were conducted in a center pivot area where natural infestation of the pathogen occurs. The treatments were evaluated in summer and winter crop and the experimental design used was 12x12 triple lattice. The two controlled environment trials were conducted in a completely randomized design. The treatments were inoculated by cutting and immersing the roots in a conidial suspension, which was adjusted to 1x106 conidia/ml for five minutes. The evaluation was performed using a scale of nine grades that represent the severity of the disease: 1 – absence of symptoms and 9 – over 75% of foliage with wilt symptoms. Data were submitted to analysis of variance and Scott-Knott test for both environments. The area under the disease progress curve (AUDPC) and genetic parameters were estimated for controlled environment tests. Significant differences were observed for crops and for controlled environment trials, indicating that environment influences directly the severity of the disease. Highly significant differences were found for lines in all environments evaluated, demonstrating the existence of genetic variability, which allows the selection of resistant lines resistant to fusarium wilt. Treatments were classified in different groups according to the Scott-knott test. When considering the lowest averages in field, controlled environment and AUDPC, the strains Ouro Branco x CNFP 10132.140, Ouro Branco x CNFP 10132.49, Ouro Branco x CNFP 10132.12, Ouro Branco x CNFP 10132.90 and Ouro Branco x CNFP 10132.48 were prominent and are candidates to produce a breeding program. Heritability estimates were high for all environments, mean of 85.48% for field and 95.47% for controlled environment. Therefore, selection for resistance to F. oxysporum f. sp. phaseoli of these lines, will be successful. In the second study it was extracted DNA from 92 lines and from genitors for genotyping with SSRs and SNPs. In order to obtain the localization of these markers, sequences of the primers were aligned to the andean genome of the common bean. The method of single marker (analysis of QTLs based on linear regression) was used to identify QTLs associated with fusarium wilt resistance. These markers were considered significant when brought up p-value <0.05. Ninety-three markers were linked to 104 QTLs associated with fusarium wilt resistance and among these, were considered significant in more than one environment PV 115, PV 251, BARC-PV-0004089, BARC-PV-0004548, BARC-PV-0003450, BARC-PV-0006051, BARC-PV-0003368 , BARC-PV-0005477 and BARC-PV-0004897. However only the BARC-PV-0003450 marker was highly significant in the two environment controled trials (p <0.001) and winter crop (p <0.01) and explained up to 21.5% of the phenotypic variance. Subsequently, the gene annotation was made considering the location of all markers that were significant at p <0.01 comprising 500 kb before and after the localization. 960 coded transcripts were annotated. It was observed in gene annotation that BARC-PV-0003450 marker is located on the chromosome 8, 338.54 kb distant of the gene Phvul.008G014700 which is associated with the putative protein RPP13 related to disease resistance, identified in Arabidopsis thaliana. This protein belongs to the third class of resistance genes that encloses the domain called Leucine-Rich Repeats (LRR). This domain is involved in the recognition of the pathogen by the host during the infection process. Therefore, this marker is suitable for marker- assisted selection aiming the development of cultivars resistant to fusarium wilt. / A cultura do feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris) tem importância cultural e econômica no Brasil. O feijoeiro-comum é cultivado em todas as regiões brasileiras e é acometido por várias doenças, como a murcha-de-fusarium, causada pelo fungo habitante de solo Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli. Esta doença causa significativas perdas na cultura e a principal forma de controle é a resistência genética. Desenvolver cultivares resistentes é um dos alvos dos programas de melhoramento, portanto os objetivos deste trabalho foram: i) selecionar linhagens resistentes obtidas de população F5:7 oriunda do cruzamento entre Ouro Branco e CNFP10132 para F. oxysporum f. sp. phaseoli, em condições de campo e de ambiente controlado e ii) identificar marcadores SSR e SNP's ligados a QTLs associados à resistência do feijoeiro-comum à murcha-de-fusarium utilizando 92 linhagens recombinantes endogâmicas (RILs) derivadas do cruzamento Ouro Branco x CNFP10132. No primeiro estudo 140 linhagens, os genitores Ouro Branco e CNFP10132, duas testemunhas BRS Esplendor (resistente) e BRS Supremo (suscetível) foram avaliados. Os ensaios de campo foram conduzidos em área de pivô central onde ocorre infestação natural do patógeno. Os tratamentos foram avaliados em duas safras (safra das águas e de inverno) em delineamento de látice triplo 12x12. Os dois ensaios em ambiente controlado foram conduzidos em delineamento inteiramente causalizado. As plantas foram inoculadas utilizando o método de corte de raiz e imersão destas na suspensão de conídios, que foi ajustada para 1x106 conídeos/mL durante cinco minutos. A avaliação foi feita utilizando uma escala de notas de nove graus que representam a severidade da doença: sendo 1 - ausência de sintomas e 9 - acima 75% da folhagem com sintomas de murcha. Os dados foram submetidos à análise de variância e teste de Scott-Knott para os ambos ambientes. Para os ensaios em ambiente controlado foram estimados área abaixo da curva do progresso da doença (AACPD) e parâmetros genéticos. Foram observadas diferenças significativas para safras e para ensaios de ambiente controlado, indicativo de que o ambiente influencia diretamente na severidade da doença. Foram encontradas diferenças altamente significativas para linhagens em todos os ambientes avaliados, evidenciando a existência de variabilidade genética, o que possibilita seleção de linhagens resistentes à murcha-de-fusarium. Ao considerar as menores médias em campo, ambiente controlado e ACCPD as linhagens Ouro Branco x CNFP 10132.140, Ouro Branco x CNFP 10132.49, Ouro Branco x CNFP 10132.12, Ouro Branco x CNFP 10132.90 e Ouro Branco x CNFP 10132.48 se destacaram e são candidatas para compor o programa de melhoramento. As estimativas de herdabilidade foram altas para todos os ambientes, média de 85,48% para campo e 95,47% para ambiente controlado. Portanto, a seleção para resistência à F. oxysporum f. sp. phaseoli dentre estas linhagens, será bem sucedida. No segundo estudo foi extraído o DNA de 92 linhagens e dos genitores para genotipagem com marcadores SSRs e SNPs. Para obtenção da localização destes marcadores as sequências dos primers foram alinhadas no genoma andino do feijoeiro-comum. O método de mapeamento por marcas simples (análise de QTLs por meio da regressão linear) foi utilizado para identificar QTLs associados à resistência à murcha-de-fusarium. Foram considerados marcadores significativos os que apresentaram p-valor<0,05. Noventa e três marcadores foram identificados ligados a 104 QTLs associados à resistência à murcha-de-fusarium. Dentre estes marcadores destaca-se os que foram significativos em mais de um ambiente PV 115, PV 251, BARC-PV-0004089, BARC-PV-0004548, BARC-PV-0003450, BARC-PV-0006051, BARC-PV-0003368, BARC-PV-0005477 e BARC-PV-0004897. Dentre os marcadores, somente o marcador BARC-PV-0003450 foi altamente significativo nos dois ensaios, em ambiente controlado (p<0,001) e na safra de inverno (p<0,01), e explicou até 21,5% da variância fenotípica. Foi feita a anotação gênica considerando a localização de todos os marcadores que foram significativos à p<0,01 e abrangeu 500 kb anterior e posterior à localização. Foram anotados 960 transcritos codificados. Ainda observou-se que o marcador BARC-PV-0003450 está localizado no cromossomo 8 distante 338,54 kb do gene Phvul.008G014700 o qual está associado à proteína putativa RPP13 relacionada com resistência à doenças, identificada em Arabidopsis thaliana. Esta proteína pertence à terceira classe de genes de resistência que engloba o domínio denominado de Repetições Ricas em Leucina (LRR; Leucine Rich Repeats). Este domínio está envolvido no reconhecimento do patógeno pelo hospedeiro durante o processo de infecção. Portanto há a possibilidade de selecionar linhagens resistentes à murcha-de-fusarium e identificar QTLs que possivelmente estão ligados aos marcadores utilizados

La vanille, utilisée en alimentation et parfumerie, est une orchidée originaire d’Amérique centrale et maintenant cultivée dans l’océan indien (Vanilla planifolia, 97% de la production mondiale) et dans l’océan pacifique (Vanilla tahitensis, 3% de la production mondiale, essentiellement en Polynésie française).J’ai montré que Vanilla tahitensis était aussi sensible que Vanilla planifolia à la fusariose et représentait la maladie principale de la vanille en Polynésie française comme dans le reste des zones de production des vanilles aromatiques. J’ai participé à démontrer qu’il s’agissait d’une nouvelle espèce de Fusarium oxysporum « f. sp. radicis-vanillae » car elle ne s’attaque qu’au cortex racinaire et ne pénètre que peu dans les tissus vasculaires. J’ai suivi pendant 4 ans l’évolution qualitative et quantitative des dégâts dus à 6 pathogènes et ravageurs dans 51 plantations à Raiatea, principalement des ombrières. J’ai ainsi montré que, contrairement aux autres pathologies et ravageurs, la fusariose connaissait un développement presqu’exponentiel ces 3 dernières années, comme c’est également le cas sur Vanilla planifolia dans le reste du monde. Ayant, par ailleurs, conduit un travail d’enquête auprès des producteurs, j’ai indiqué (l’analyse statistique et la modélisation afférente ne sont pas terminées) que le soin apporté aux lianes par les producteurs était essentiel au bon contrôle de la fusariose. / Vanilla species, used for aroma and flagrances, are orchidaceae originated from central America. They are now mostly cultivated in the Indian ocean (Vanilla planifolia, 97%, mainly in Madagascar, Indonesia, India and smaller islands from the Indian ocean) and in the Pacific ocean (Vanilla tahitensis, 3%, mainly French Polynesia).I have shown that Vanilla tahitensis was as susceptible as Vanilla planifolia towards fusarium root rot. It does represent the major losses on Vanilla tahitensis in Raiatea like reported for all the other areas of vanilla production worldly. I have participated to show that this fungus was delimited to root cortex maceration and did not invade vascular tissues, reason for which we use a new name for this pathogen : Fusarium oxysporum f sp radicis-vanillae.I have followed the etiological and epidemiological characteristics of this disease and of 5 other pathogens and insects on 51 Vanilla plantations, mainly shade-houses, during 4 years, for each vine in cohort analysis manner. I have shown, among this 6 biological causes of loss, fusarium root rot was the only one to present an exponential trajectory within the last 3 years, while the other causes remain stable or display a year increase because of climatic reasons. I did interview all the producers owning these plantations and analyze statistically the answers to the very numerous questions. The statistical and modelling analysis is not yet finished. Nevertheless, I can already claim that regular vine cleaning is absolutely necessary to maintain the vanilla plantations healthy, something which, unfortunately is not a rule for everyone.

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