Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-05-14T11:12:13Z No. of bitstreams: 1 468517 - Texto Completo.pdf: 6892081 bytes, checksum: c5aa659f71c5093d831d4810c3ab482c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-14T11:12:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 468517 - Texto Completo.pdf: 6892081 bytes, checksum: c5aa659f71c5093d831d4810c3ab482c (MD5) Previous issue date: 2014-08-27 / The understanding of gene function in the externally visible characteristcs (EVC) expression has several uses in human population evolution studies or in forensic investigations. To this last, some effort has been done to discover an efficient and easy model for prediction of skin and eye color in humans. The obvious advantage of the prediction of such EVCs through the use of DNA is to be incorporated as routine in forensic labs and to be applied to police investigations. In our study we combined the genotyping of eight SNPs in pigment-related genes (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) with different analytical approaches. Considering this SNP panel we evaluated allele frequencies from HAPMAP and ALFRED data obtained from subjects with High Melanin Content (HMC; from African populations), and Low Melanin Content (LMC; from European populations) and defined the alleles H (to predict HMC subjects) and alleles L (to predict LMC subjects). The cumulative distribution of alleles H and alleles L in two phenotypically different color groups of 134 South Brazilian subjects showed that 82% of HMC subjects (N = 61) had eight or more allele H and 100% of LMC subjects (N = 73) had less than eight allele H, with accuracy value of 96.3%. We performed other analyses using AUC (Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), PGL (Calculation of Pathway Genetic Load), and GP (Genetic Probability) approaches. The AUC was 0.99 in predicting both HMC and LMC phenotypes; PGL showed the eight SNPs panel had 93% of concordance between genotype and HMC or LMC phenotypes; and GP approach showed 91% of concordance between prediction and HMC or LMC phenotypes. Our high-throughput genotyping technology combined with different analytical approaches reached very high accuracy to predict the extreme phenotypes of human pigmentation. We believe this forensic DNA phenotyping (FDP) technique would be particularly useful in cases in which the genetic profiles of crime scenes were not found in the DNA data banks or to help classify degraded cadavers skeletons, or biological clues of dismissed people. / A compreens?o da fun??o e express?o dos genes envolvidos nos tra?os externamente vis?veis (EVC; do ingl?s externally visible characteristics) t?m sido amplamente utilizada em v?rios estudos de evolu??o humana e investiga??es forenses. Para este ?ltimo prop?sito, v?rios esfor?os t?m sido feitos para descobrir um modelo eficiente e f?cil para a predi??o da cor da pele e dos olhos em seres humanos. A vantagem ?bvia da predi??o de tais EVCs, atrav?s da utiliza??o do DNA, ? sua incorpora??o na rotina em laborat?rios forenses, sendo assim aplicada em investiga??es policiais. Em nosso estudo, relacionamos o gen?tipo de oito SNPs em genes relacionados com a pigmenta??o (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) com diferentes abordagens anal?ticas. Este painel de SNPs considerou as frequ?ncias al?licas obtidas de dados do HapMap e Alfred a partir de indiv?duos com Alto Conte?do de Melanina (HMC; do ingl?s High Melanin Content; a partir de popula??es africanas), e Baixo Conte?do de Melanina (LMC; do ingl?s Low Melanin Content; a partir de popula??es europeias) e definiu os alelos H (para predizer os HMC) e alelos L (para predizer os LMC). A distribui??o cumulativa dos alelos H e L nos dois grupos com caracter?sticas de pigmenta??o fenotipicamente distintas, dos 134 indiv?duos da nossa popula??o, mostrou que 82% dos indiv?duos HMC (N = 61) tinham oito ou mais alelos H e 100% dos indiv?duos de LMC (N = 73) tinham menos de oito alelo H, com o valor de precis?o de 96,3%. Outras abordagens como AUC (do ingl?s; Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), c?lculo de PGL (do ingl?s; Pathway Genetic Load) e GP (do ingl?s; Genetic Probability) foram realizadas. A an?lise AUC foi de 0,99 tanto para a predi??o fenot?pica dos HMC quanto LMC; as an?lises PGL, para o painel com 8 SNPs, teve 93% de concord?ncia gen?tipo-fen?tipo nos HMC ou LMC; e a abordagem GP mostrou 91% de concord?ncia para predi??o dos fen?tipos HMC e LMC. Nossa tecnologia de genotipagem de alto rendimento, combinada com diferentes abordagens anal?ticas, chegou a uma precis?o muito alta para predizer os fen?tipos extremos de pigmenta??o humana. Acreditamos que esta t?cnica de fenotipagem forense pelo DNA (FDP; do ingl?s forensic DNA phenotyping), seria particularmente ?til nos casos em que os perfis gen?ticos de locais de crime n?o fossem encontrados no bancos de dados de DNA ou para ajudar a classificar cad?veres degradados, esqueletos, ou vest?gios biol?gicos de pessoas desaparecidas.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 424184.pdf: 1198251 bytes, checksum: 5d2facf89d08e6d64c8ae6c201a342f7 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Desde 2003 o uso de um marcador molecular para identifica??o de esp?cies surgiu como uma solu??o plaus?vel para uma grande variedade de pesquisas da biodiversidade. Na literatura, o n?mero que trabalhos que conseguiu observar padr?es de diversidade desconhecidos aumenta cada vez mais. O presente estudo prop?e a utiliza??o de uma abordagem molecular para a identifica??o de esp?cies de roedores encontradas no trato digestivo de quatro esp?cies de gatos selvagens neotropicais (Leopardus tigrinus, L. geoffroyi, L. wiedi? e Puma yogouaroundil, e realizar uma compara??o entre os h?bitos alimentares de L. tigrinus e L. geoffroyi. Fomos capazes de identificar 59o/o das nossas amostras em n?vel de esp?cie, e separar os itens n?o identificados em agrupamentos, atrav?s de uma an?lise de dist?ncia, que tornou poss?vel evidenciar a diversidade de esp?cies amostradas, mesmo sem uma identifica??o taxon?mica precisa. Os t?xons identificados foram Cavia mogna, Mus musculus, Sooretamys angouya, Oligoryzomys nigripes, Rottus rattus, Oxymycterus quaestor, Oxymycterus sp., Akodon paranaensis e Akodon azoroe. Al?m disso, cinco outros agrupamentos foram identificados, n?o correspondendo a qualquer das esp?cies amostradas. Estes grupos provavelmente correspondem a t?xons de n?vel espec?fico, possivelmente n?o descritos ou n?o reconhecidos como ocorrentes na regi?o investigada. Este resultado salienta o potencial da aplica??o desta t?cnica ao conte?do da dieta de predadores para inventariar a diversidade de suas presas, inclusive com a possibilidade de descoberta de formas ainda desconhecidas. A an?lise ecol?gica comparativa de L. tigr?nus e L. geoffroyi evidenciou um forte padr?o de especializa??o da dieta para ambas as esp?cies e uma fraca sobreposi??o de nicho entre elas. Tendo em vista que a identifica??o detalhada de presas destas esp?cies tem se mostrado historicamente muito dif?cil, com base em m?todos tradicionais, os resultados aqui obtidos ilustram a utilidade deste m?todo para que se possa efetuar uma compara??o aprofundada da dieta destes predadores, viabilizando uma melhor compreens?o de sua interface ecol?gica em ?reas de simpatria no sul do Brasil.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 425616.pdf: 700521 bytes, checksum: 0b0a886f69479584d784bf6200b7110f (MD5) Previous issue date: 2009-03-20 / A hibrida??o natural entre esp?cies selvagens ? atualmente reconhecida como um processo bastante comum, que pode apresentar relev?ncia significativa na trajet?ria evolutiva das esp?cies envolvidas. Este processo pode consistir de eventos espor?dicos entre esp?cies simp?tricas, ou da forma??o de zonas h?bridas estreitas entre t?xons com distribui??o parap?trica, ou at? mesmo de um intenso processo de miscigena??o entre as popula??es parentais. Leopardus tigrinus e L. geoffroyi s?o duas esp?cies de pequenos felinos proximamente relacionados, com distribui??es basicamente alop?tricas na Regi?o Neotropical. No Estado do Rio Grande do Sul (RS), as duas esp?cies apresentam uma zona de contato geogr?fico onde foi verificada a exist?ncia de um complexo e extenso padr?o de hibrida??o. Este estudo tem como objetivo caracterizar novos marcadores nucleares a serem utilizados na investiga??o gen?tica desta zona h?brida a fim de quantificar o processo de hibrida??o e ampliar os conhecimentos existentes sobre a magnitude e direcionalidade deste fen?meno. Para a realiza??o deste trabalho foram utilizadas sequ?ncias de cinco locos localizados no cromossomo X e dois locos autoss?micos, al?m de onze locos de microssat?lites, em uma amostra total de 68 indiv?duos, incluindo prov?veis puros e h?bridos. Al?m das amostras de L. tigrinus e L. geoffroyi, seis amostras de L. colocolo foram inclu?das para fins de compara??o. Atrav?s da constru??o de redes de hapl?tipos e de an?lises Bayesianas de aloca??o populacional dos indiv?duos, foi poss?vel identificar 48 h?bridos, a maioria deles com proced?ncia do RS. No entanto, a amplitude geogr?fica do gradiente gen?tico entre as duas esp?cies parece indicar uma extens?o da zona h?brida para al?m do estado do RS. Os resultados corroboram estudos recentes documentando a exist?ncia de um processo atual de hibrida??o entre estas esp?cies, e indicam a ocorr?ncia de um padr?o de introgress?o gen?mica bidirecional e provavelmente assim?trico.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 451413.pdf: 1438370 bytes, checksum: 1320e7640f2832d4355692836e95b936 (MD5) Previous issue date: 2013-03-26 / Hybridization in animal species has been observed with increasing frequency in nature, probably due to advances in molecular techniques, which have allowed accessing a wealth of information on the biology of living beings. The Neotropical felids Leopardus geoffroyi e L. tigrinus have essentially allopatric distributions, with a narrow contact zone that includes Rio Grande do Sul state, Brazil. Following initial suspicions raised by field studies, hybridization between these species was confirmed by the analysis of mitochondrial DNA and nuclear microsatellites (Trigo 2008). The main objective of this study was to clarify aspects related to hybridization and introgression between these species, including its symmetry and directionality, and also to test the application of multiple loci linked to the X chromosome to differentiate ancestral haplotype sharing from that resulting from the hybridization process. We selected 43 L. geoffroyi individuals and 38 L. tigrinus from regions that are near as well as outside the contact zone, in addition to six L. colocolo used as outgroups for comparison. Through the use of haplotype networks, it was possible to identify 38 hybrids, and based on shared haplotype blocks, we inferred that this number could reach more than 53 individuals. We observed bidirectional and quite asymmetric introgression between these species, corroborating the hypothesis that this is a current and complex hybridization process. In addition, an important result was the demonstration that the X chromosome segment analyzed here harbors sufficient information content to identify ancestral haplotypic blocks from each of the implicated species, opening up new avenues for in-depth genomic analyses targeting this hybridization process. / A hibrida??o entre esp?cies animais vem sendo observada cada vez mais frequentemente na natureza, devido provavelmente ao avan?o das t?cnicas moleculares, que t?m nos permitido acessar in?meras informa??es previamente desconhecidas com rela??o ? biologia dos seres vivos. Os fel?deos Neotropicais Leopardus geoffroyi e L. tigrinus possuem sua distribui??o essencialmente alop?trica, com uma estreita zona de contato que inclui o Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Ap?s suspeita levantada em estudos de campo, a hibrida??o entre estas esp?cies foi confirmada com an?lises do DNA mitocondrial e microssat?lites nucleares (Trigo 2008). O principal objetivo do presente trabalho ? aprofundar a investiga??o dos processos de hibrida??o e introgress?o entre estas duas esp?cies, incluindo aspectos como sua simetria e direcionalidade, bem como testar a viabilidade de utiliza??o de m?ltiplos locos localizados no cromossomo X para diferenciar o compartilhamento de hapl?tipos por ancestralidade daquele resultante do processo de hibrida??o. Foram selecionados 43 indiv?duos da esp?cie L. geoffroyi e 38 da esp?cie L. tigrinus, de regi?es pr?ximas (incluindo prov?veis puros e h?bridos) e tamb?m de regi?es afastadas da zona de contato, al?m de seis L. colocolo utilizados como grupo externo para fins de compara??o. Atrav?s da constru??o e an?lise de redes de hapl?tipos, foi poss?vel identificar 38 h?bridos, enquanto atrav?s da avalia??o de blocos haplot?picos compartilhados, inferiu-se que este n?mero pode chegar a mais de 53 indiv?duos. Foi observada introgress?o bidirecional e bastante assim?trica entre as esp?cies, corroborando a hip?tese de que se trata de um processo atual e complexo em sua din?mica. Al?m disso, um resultado importante deste estudo foi a demonstra??o de que o segmento analisado do cromossomo X apresenta poder informativo suficiente para identificar blocos haplot?picos ancestrais de cada uma das esp?cies envolvidas, o que abre caminho para an?lises gen?micas mais aprofundadas deste processo de hibrida??o.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 412181.pdf: 1636756 bytes, checksum: 3138ac69bb4f361c6d1b29069af27d7a (MD5) Previous issue date: 2009-03-26 / O Toll-like receptor 2 (TLR2) ? um receptor de reconhecimento de microorganismos que identifica um amplo repert?rio de padr?es moleculares associados a pat?genos. Entre os polimorfismos j? descobertos no gene que codifica para o TLR2, dois SNPs (single nucleotide polimorphism) (supposed-2029C>T e 2258G>A) podem estar relacionados com a redu??o da ativa??o do NF-kB e, consequentemente, com o aumento do risco ?s doen?as infecciosas. O objetivo deste estudo foi investigar os SNPs supposed-2029C>T e 2258G>A do TLR2 em 422 pacientes criticamente doentes oriundos de uma popula??o do sul do Brasil (295 com sepse e 127 sem sepse), e realizar uma revis?o sistematizada de 33 trabalhos publicados sobre esses SNPs conduzindo um estudo de avalia??o de qualidade com um sistema de escores. Entre os pacientes admitidos no estudo foi encontrado apenas um heterozigoto (0,2%; 1/422) para o SNP supposed-2029C>T e nenhum para o SNP 2258G>A (0%; 0/422). Assim, n?o foi poss?vel identificar qualquer aplicabilidade cl?nica entre esses SNPs do TLR2 nos pacientes cr?ticos do sul do Brasil. A revis?o sistematizada detectou que os atuais trabalhos com tais SNPs do TLR2 apresentam conclus?es controversas e contradit?rias resultantes de estudos com uma ampla variedade de crit?rios de qualidade. Os resultados sugerem que, quando analisados individualmente, os SNPs supposed-2029C>T e 2258G>A n?o s?o bons candidatos para os trabalhos que buscam por aplica??es cl?nicas diretas entre gen?tipo e fen?tipo. Esfor?os futuros para aumentar o conhecimento e para realizar an?lises simult?neas com outros polimorfismos poder?o revelar efeitos mais efetivos do TLR2 na susceptibilidade ?s doen?as infeciosas.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 437736.pdf: 1457817 bytes, checksum: bdde27fe7d092198d722bf49a1924aa8 (MD5) Previous issue date: 2011-06-15 / Franciscana (Pontoporia blainvillei) is the only extant representative of the Pontoporiidae family. This species occurs along the Atlantic coast of South America from Itaunas, Espirito Santo in Brazil to Golfo Nuevo, Valdes Peninsula in Argentina. The most important threat to the species is the accidental by-catch that in some places reached the number of 1000 related events per year. In recent years an increasingly number of studies had revealed the existence of considerable genetic variation along the geographical distribution of P. blainvillei. In this study, looking to collaborate towards a better comprehension of such existing structure, we analyzed new molecular data, including the sequencing of mitochondrial DNA control region and 11 microsatellite loci from 253 individuals along the Brazilian, Uruguayan and Argentine coast. For the mitochondrial DNA analysis, we added sequences previously deposited in GenBank, totalizing 512 sequences. Results obtained based on the two molecular markers revealed a clear differentiation of the species in three main groups: (1) Rio de Janeiro / Espirito Santo, (2) Sao Paulo and north of Santa Catarina, and (3) south of Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Uruguay and Argentina. The study also shows alarming estimates in reference to the effective size of some populations, mainly from Rio de Janeiro/Espirito Santo which will probably reflect on its conservation status. These results supports the definition of the four management areas (Franciscana Management Area - FMAs) previously suggested by Secchi and associates in 2003, and point out the importance of this definition to the conservation of the genetic diversity of the species. / A toninha, Pontoporia blainvillei ? o ?nico representante atual da fam?lia de odontocet?ceos Pontoporiidae. Esta esp?cie ocorre ao longo da costa atl?ntica da Am?rica do Sul, entre Ita?nas, Esp?rito Santo e o Golfo Nuevo, Pen?nsula Vald?s, Argentina. A principal amea?a ? esp?cie s?o as capturas acidentais em redes de pesca, que em algumas localidades chegaram a atingir o n?mero de 1000 capturas anuais. Nos ?ltimos anos, um n?mero crescente de estudos tem revelado a exist?ncia de varia??es gen?ticas consider?veis ao longo da distribui??o geogr?fica de P. blainvillei. Visando colaborar para uma melhor compreens?o dessa estrutura??o existente, novas informa??es moleculares foram analisadas, incluindo o sequenciamento da regi?o controladora do DNA mitocondrial e 11 loci de microssat?lites de 253 indiv?duos ao longo da costa brasileira, uruguaia e argentina. Para as an?lises do DNA mitocondrial foram incluidas sequ?ncias previamente depositadas no GenBank, totalizando 512 sequ?ncias. Os resultados obtidos a partir dos dois marcadores moleculares revelam uma clara diferencia??o da esp?cie em tr?s grupos principais: 1) Rio de Janeiro/Esp?rito Santo, 2) S?o Paulo/Paran? e norte de Santa Catarina, e 3) Sul de Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Uruguai e Argentina. O estudo tamb?m apontou estimativas preocupantes no que se refere ao tamanho efetivo de algumas popula??es, em especial ? do Rio de Janeiro/Espirito Santo e consequentemente ao seu status de conserva??o. Os resultados corroboram a defini??o das quatro ?reas de manejo (Franciscana Management Areas FMAs) previamente sugeridas por Secchi e colaboradores em 2003, e ressaltam a import?ncia desta defini??o para a Conserva??o da diversidade gen?tica da esp?cie.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 408010.pdf: 324019 bytes, checksum: a134e04c894f3ac9eaae510c195117e6 (MD5) Previous issue date: 2008-11-20 / Para avaliar as duas vers?es do gene SOD2 que codifica para a prote?na super?xido dismutase dependente de mangan?s na sepse, n?s determinamos a freq??ncia do polimorfismo de nucleot?deo simples (SNP) 47C>T em pacientes criticamente doentes com sepse (n=356) e sem sepse (n=173), e tamb?m investigamos as freq??ncias genot?picas nos desfechos adversos ? sepse (choque s?ptico e mortalidade) no grupo de pacientes s?pticos. N?s comparamos os portadores do alelo 47C (gen?tipos 47CC+47CT) com homozigotos 47TT e demonstramos uma associa??o estatisticamente significativa entre os portadores do alelo 47C e a ocorr?ncia de choque s?ptico no subgrupo de pacientes s?pticos (p=0.025). Na an?lise ajustada de regress?o log?stica bin?ria, incorporando o SNP 47C>T e os principais preditores cl?nicos, n?s mostramos que somente o escore SOFA [p<0.001, OR=9.107 (95%CI=5.319-15.592)] e o alelo 47C [p=0.011, OR=2.125 (95%CI=1.190-3.794)] foram significativamente associados com o desfecho de choque s?ptico. Nossos resultados e nossa hip?tese sugerem que a mais alta freq??ncia de portadores do alelo 47C em pacientes s?pticos com desfecho desfavor?vel ? provavelmente explicada por um efeito no estresse celular.