Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-23T15:39:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DescricaoCariotipicaPeixes.pdf: 246239562 bytes, checksum: 3cd22cdb2ecca9d2af930f7077611254 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-30T14:22:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DescricaoCariotipicaPeixes.pdf: 246239562 bytes, checksum: 3cd22cdb2ecca9d2af930f7077611254 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-30T14:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DescricaoCariotipicaPeixes.pdf: 246239562 bytes, checksum: 3cd22cdb2ecca9d2af930f7077611254 (MD5) Previous issue date: 2003 / A subfamília Ancistrinae é uma das mais diversificadas entre os Loricariidae, incluindo cerca de 200 espécies distribuídas em 26 gêneros. Esses peixes são facilmente reconhecidos pela presença de placas ósseas dispostas em séries ao longo do corpo e pela presença de boca em posição ventral anterior. São vulgarmente conhecidos por acaris, bodós, cascudos. As espécies da subfamília Ancistrinae representam um importante recurso sócio-econômico, constituindo uma das mais importantes atividades comerciais no município de Altamira-PA. Foram analisadas, através das técnicas convencionais (Giemsa, bandeamento C e Ag-NORs) e técnica de fluorocromo (Cromomicina A3), dez espécies de peixes da subfamília Ancistrinae pertencentes a quatro gêneros (Baryancistrus, Parancistrus, Peckoltia e Ancistrus). As espécies do gênero Baryancistrus revelaram um número diplóide 2n= 52 e NF=104. A NOR foi encontrada em posição intersticial no braço curto de um par cromossômico do tipo meta/submetacêntrico. A espécie B. aff. niveatus apresentou grandes blocos heterocromáticos ricos em pares de bases G-C como apomorfia, sendo esta espécie considerada como mais derivada cariotipicamente entre os Baryancistrus. As espécies do gênero Parancistrus apresentaram uma estrutura cariotípica muito similar àquela encontrada em Baryancistrus, apresentando as Regiões Organizadoras de Nucléolos como uma provável sinapomorfia entre os dois gêneros. Os representantes do gênero Peckoltia possuem número diplóide 2n=52 e NF=102. Todas as espécies analisadas apresentaram grandes blocos heterocromáticos, envolvendo quase todos os braços longos de alguns pares cromossomos do tipo submetacêntricos e subtelocêntricos, sendo esta característica uma provável sinapornorfia para este grupo. A NOR foi localizada no braço longo de um par de cromossomos submetacêntricos em P. vittata e em no máximo três cromossomos nas espécies Peckoltia sp.1 e Peckoltia sp.2. A espécie Ancistrus ranunculus foi a que apresentou o cariótipo mais derivado entre as espécies estudadas, com o número dipló ide igual a 48 cromossomos e NF 80. As análises citogenéticas feitas até agora sugerem que os principais eventos de diversificação cariotípica para os Ancistrinae foram às inversões, a exceção de Ancistrus ranunculus que apresentou também rearranjos Robertsonianos. / The subfamily Ancistrinae is one of the most diversified among Loricariidae fish, including approximately 200 species, distributed in 26 genera. These fish are easily recognized by the presence of bony plates arranged in series along the body, and by the antero-ventral position of the mouth. Their common names are acaris, bodós, cascudos and sucker-mouth. Species of the subfamily Ancistrinae comprise an important social-economic resource, constituting one of the most important commercial activities in Altamira-PA. In this study, the karyotype of nine species of fish belonging to four different genera (Baryancystrus, Parancistrus, Peckoltia and Ancistru,$) of the subfamily Ancistrinae were analyzed through conventional (Giemsa, C-band and Ag-NORs) and fluorochrome (Chromomycin A3) techniques. The species of the genus Baryancistrus showed a diploid number 2n= 52, and FN=104. NORs were found in an interstitial position of the short arm of a biarmed chromosome. The species B. aff niveatus had large blocks of constitutive heterochromatin, rich in G-C. This character was considered apomorphic. Hence, the karyotype of this species was considered the most derived among the species of this genus. Genus Parancistrus includes species with a karyotypic structure very similar to the one found in Baryancistrus, and the position of NORs could be considered as a possible apomorphy shared by these two genera. The species of the genus Peckoltia showed a diploid number with 52 chromosomes, and FN=102, with large heterochromatic blocks in ali the species. These blocks comprised almost ali the long arras of some submetacentric and subtelocentric chromosome pairs, which could be considered as a possible apomorphy shared by the species of this group. NORs were found in the long arm of a submetacentric pair in P. vittata, and in the maximum of three chromosomes in Peckoltia spl and Peckoltia sp2. Ancistrus ranunculus showed the most derived karyotype among all the species analyzed in this study. This karyotype had 48 chromosomes and FN=80. Cytogenetic analyses so far suggest that inversions were the most important rearrangement that occurred during the chromosomal diversification of Ancistrinae, except in Ancistrus ranunculus, in which Robertsonian rearrangements were also observed.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-02-03T21:25:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoInteracaoGenotipo.pdf: 386149 bytes, checksum: e9a5e00bd658830d2afbabddf3d52048 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-04T15:21:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoInteracaoGenotipo.pdf: 386149 bytes, checksum: e9a5e00bd658830d2afbabddf3d52048 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-04T15:21:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoInteracaoGenotipo.pdf: 386149 bytes, checksum: e9a5e00bd658830d2afbabddf3d52048 (MD5) Previous issue date: 2008 / Verifica a presença de heterogeneidade de variâncias sobre a produção de leite na primeira lactação de fêmeas da raça Pardo-Suíço e, seu impacto sobre a avaliação genética dos reprodutores, utilizando a inferência Bayesiana por meio de amostrador de Gibbs, foram utilizados 2981 registros referentes às produções de leite e idade da vaca ao parto, em primeiras lactações de vacas da raça Pardo-Suíço, distribuídos em 62 rebanhos. Os registros foram provenientes do serviço de controle leiteiro da Associação Brasileira de Criadores de Gado Pardo Suíço, com os partos ocorridos entre os anos de 1980 a 2002. Foram estabelecidas duas classes de desvio-padrão fenotípico para produção de leite. Posteriormente, os dados foram analisados desconsiderando e considerando as classes de desvio-padrão. As médias observadas e desvio-padrão para produção de leite nas classes de alto e baixo desviopadrão e em análise geral foram iguais a 5802,02 ± 1929,96, 4844,37 ± 1592,99, 5373,47 ± 1849,13, respectivamente. As médias posteriores para os componentes de variâncias foram maiores na classe de alto desvio-padrão. A herdabilidade obtida na classe de alto desviopadrão foi próxima do valor observado na análise geral e inferior ao valor encontrado na classe de baixo desvio-padrão fenotípico. A correlação genética para a produção de leite entre as classes de desvio-padrão foi igual a 0,48. As correlações de Pearson e Spearman entre os valores genéticos para a produção de leite obtidos na análise geral, com os valores obtidos em cada classe de desvio-padrão foram todas maiores que 0,80, quando se considerou todos os reprodutores. Porém, refinando a amostra de reprodutores verifica-se que, as correlações diminuem em magnitude. Existindo uma maior variabilidade nos rebanhos presentes na classe de alto desvio-padrão e, o impacto dessa heterogeneidade de variância sobre a avaliação genética de reprodutores, é pequeno, pois a fonte principal dessa heterogeneidade é decorrente de fatores genéticos confirmando a presença de heterogeneidade de variâncias. / Checks for the presence of heterogeneity of variances on milk production in first lactation of females of Brown Swiss and, impact on genetic evaluation of breeding, using the Bayesian inference using Gibbs sampling we used 2981 records on milk yield and age at calving in first lactation of Holstein Brown Swiss, distributed in 62 herds. The records were from the service of dairy control of the Brazilian Association of Breeders of Brown Swiss cattle, with births occurring between the years 1980 to 2002. Established two classes of phenotypic standard deviation for milk production. Subsequently, the data were analyzed ignoring and considering the classes of standard deviation. The means and standard deviations for milk production in the classes of high and low standard deviation and analysis were generally equal to 5802.02 ± 1929.96, 4844.37 ± 1592.99, 5373.47 ± 1849.13 respectively. The averages for the later components of variance were higher in the high standard deviation. The heritability obtained in the high standard deviation was close to the value observed in the overall analysis and less than the value found in the low phenotypic standard deviation. The genetic correlation for milk production between the classes of standard deviation was equal to 0.48. Pearson and Spearman correlation coefficients and coefficient between breeding values for milk production obtained in the overall analysis, with the values obtained for each class of standard deviation were all higher than 0.80, when considering all breeding. However, refining the sample of players shows that the correlations decrease in magnitude. If there is a greater variability present in flocks in the high standard deviation, and the impact of this heterogeneity of variance on genetic evaluation of breeding is small because the main source of this heterogeneity is due to genetic factors confirming the presence of heterogeneity of variances.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-02-07T18:17:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnalisesQuantitativasAplicadas.pdf: 698852 bytes, checksum: 333d9c3a9b8826f02936d7cd9456492c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-02-27T12:10:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AnalisesQuantitativasAplicadas.pdf: 698852 bytes, checksum: 333d9c3a9b8826f02936d7cd9456492c (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-27T12:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AnalisesQuantitativasAplicadas.pdf: 698852 bytes, checksum: 333d9c3a9b8826f02936d7cd9456492c (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2010 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O trabalho aplica estudos de genética quantitativa aos registros de búfalos do Estado do Pará, gerando respostas auxiliares aos criadores para a seleção e acasalamento dos animais. A análise de pedigree para estudo da variabilidade genética nos rebanhos participantes do Programa de Melhoramento Genético foi estimada por meio dos cálculos dos parâmetros baseados na probabilidade de origem de gene, coeficiente de endogamia, parentesco e intervalo médio entre gerações, pelo software PEDIG®; do número efetivo de fundadores (Nfun), número efetivo de ancestrais (Na) e intervalo de gerações pelo software PROB_ORIG.exe presente no pacote PEDIG®; do número efetivo de genomas remanescentes (Ng), calculado pelo software SEGREG.exe. Foram calculadas as estatísticas descritivas, a análise de variância e realizado o teste de Normalidade de Shapiro-Wilk por meio do pacote estatístico Statistical Analisys System. As estimativas de herdabilidade para a característica Peso ao Nascer (PN) foram obtidas por meio de inferência Bayesiana pelo programa GIBBS2F90.exe. Os valores genéticos foram obtidos por meio do programa BLUPF90.exe e a regressão das Diferenças Esperadas na Progênie sobre o ano de nascimento foi realizada pelo Excel for Windows para obtenção da tendência genética do PN. O Nfun foi igual a 28,6, o Na igual a 22,8, o Ng igual a 11,2, a razão Nfun/Na foi 1,25, indicando a diminuição do número de reprodutores ao longo dos períodos e a razão Ng/Nfun foi de 0,39. Apesar do intervalo de gerações de 12,5 anos, o número efetivo de gerações foi próximo a cinco. O número total de animais estudados considerados endogâmicos foi 33,4%, sendo a máxima encontrada de 40,8%, a média da endogamia entre os animais endogâmicos foi 10,4%, e o valor médio da endogamia no arquivo total foi 3,5%. O PN de bezerros bubalinos apresentou média e desvio padrão de 36,6 ± 4,7 kg. A característica PN não apresentou distribuição Normal, com valor de W=0,976271 e P<W=0,000, conforme mostrou o teste de normalidade de Shapiro-Wilk. O modelo considerado na Análise de Variância mostrou-se significativo a P<0,0001, onde 30% da variação existente no PN pode ser explicada pelos efeitos considerados no modelo, e os outros 70% correspondem a diferenças genéticas e ambientais não consideradas no estudo. Somente os efeitos de composição racial, sexo e ano de nascimento foram significativos (P<0,01) sobre a característica PN. A distribuição da estimativa de herdabilidade direta apresentou-se platicúrtica e com maior assimetria, tendo uma distribuição bimodal com a primeira moda próxima a 0,10 e a segunda próxima a 0,30; a materna apresentou-se trimodal, com picos bem próximos ao valor de 0,15 e outro menos evidente próximo a 0,20. A tendência genética do PN mostrou-se negativa (-0,008kg/ano), porém próxima a zero, ainda que a tendência fenotípica tenha sido positiva (0,156kg/ano). A adoção de acasalamentos otimizados com controle de parentesco seria uma saída para controlar endogamia e, consequentemente, a perda de variabilidade genética, que deve ser trabalhada com base nas estimativas de herdabilidade direta e materna. / This work applies studies of quantitative genetics to the buffalo registry for the Pará State (Brazil) and provides information that can assist farmers in animal mating and selection. For the study of genetic variability in the herds of Genetic Improvement Program, pedigree analysis was estimated with parameter calculations based on probability of gene origen, endogamy coefficient, kinship coefficient and average generation interval, using the PEDIG® software; effective number of founders (Nfun), effective number of ancestors (Na) and generation interval, using the PROB_ORIG.exe software, which is included in PEDIG®; and effective number of remaining genomes (Ng) was obtained with the SEGREG.exe software. Statistics descriptive and variance analysis were calculated, and the Shapiro-Wilk test for Normality was completed using the Statistical Analysis System package. The heritability estimates for Birth Weight (PN) were found through Bayesian inference with the GIBBS2F90.exe software. The genetic values were obtained using the BLUPF90.exe software, and the regression of Expected Progeny Differences for year of birth was determined by Excel for Windows to assess PN genetic trend. Nfun was 28.6, Na was 22.8, Ng was 11.2, the Nfun/Na was 1.25, showing a reduction in the number of reproducers across time, and the Ng/Nfun rate was 0.39. Despite the generation interval of 12.5 years, the maximum effective number of generations was five. In the study, total number of animals that were considered endogamous was 33.4%, and the highest endogamy was found to be 40.8%. Average coefficient of endogamy among endogamous animals was 10.4%, and the general mean was 3.5%. The PN of buffalo calves yielded an average and a standard deviation of 36.6 ± 4.7 kg. PN did not present Normal Distribution, W=0.976271 and P<W=0.000, according to the Shapiro-Wilk test for normality. The model that was considered for variance analysis was significative at P<0.0001, where 30% of the existing variance in PN can be accounted for by the effects considered in the model, and the remaining 70% correspond to genetic and environmental differences that were not taken into account in the study. Only the effects of racial composition, sex and year of birth were significative (P<0.01) on PN. The distribution of direct heritability estimates revealed platykurtic and greater asymmetry, with a bimodal distribution where the first mode was near 0.10, and the second near 0.30; maternal heritability estimate was trimodal, with peaks very close to 0.15 and other, less outstanding, near 0.20. PN genetic trend was negative (-0.008kg/year), near zero, although the phenotypic trend was positive (0.156kg/year). Optimized matings, with kinship control, might be a solution to monitor endogamy and, consequently, the loss of genetic variability, which must be explored and take into account the estimates for direct and maternal heritability.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-07-28T14:04:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstimacaoParametrosGeneticos.pdf: 817926 bytes, checksum: adb0e77806c49234569263d63b4edd60 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-09-11T13:05:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstimacaoParametrosGeneticos.pdf: 817926 bytes, checksum: adb0e77806c49234569263d63b4edd60 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-11T13:05:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstimacaoParametrosGeneticos.pdf: 817926 bytes, checksum: adb0e77806c49234569263d63b4edd60 (MD5) Previous issue date: 2007 / O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos para características produtivas, tais como: produção de leite (PL), produção de gordura (PG), duração da lactação (DL) e produção de leite por dia de intervalo de parto (PLDIDP) em búfalos (Bubalus bubalis) na Amazônia Oriental. O trabalho foi realizado na fazenda “Dr. Felisberto Camargo” de propriedade da EMBRAPA/CPATU, onde foram analisados registros produtivos colhidos no período compreendido entre 1967 a 2005. Foram analisados um total de 1.182 registros de fêmeas bubalinas da raça Murrah e seus mestiços. As médias observadas e os desvios-padrãopara PL, PG, DL e PLDIDP foram 1.663,84 ±343,60, 116,84 ±29,71, 269,89 ±56,36 e 3,88 ±1,15 respectivamente. Os parâmetros genéticos foram estimados por meio do método de Máxima Verossimilhança Restrita processada por meio de análises de bicaracterísticas, sendo as características como a produção de leite e gordura consideradas como efeitos fixos a época de parto, grupo genético e ordem de parto do animal, além da cováriavel duração da lactação. As estimativas de herdabilidade (h²) encontrada para as características PL, PG, DL e PLDIDP foram 0,25, 0,18, 0,08 e 0,09 respectivamente, com repetibilidade (r) para PL, PG e DL de 0,33, 0,29 e 0,10 respectivamente. As correlações genéticas entre as características foram 0,93(PL-PG), 0,76 (PL-DL), 0,99 (PL-PLDIDP), 0,89 (PG-DL), 0,87 (PG-PLDIDP) e -0,27 (DLPLDIDP). No rebanho estudado existe expressiva percentagem de animais que foram superiores geneticamente em relação à média da população para as características. Existe considerável variabilidade genética aditiva para as características estudadas, sendo que esta variabilidade pode ser utilizada para promover o melhoramento genético do rebanho. / The objective of this work was to estimate of genetics parameters of dairy buffaloes productive characteristics, such as: milk yield (MY), fat yield (FY), length of lactation (LL) and milk yield per day of calving interval (MYDCI) of buffaloes in the Eastern Amazon. The research was carried through at “Dr. Felisberto Camargo” farm, propriety of EMBRAPA/CPATU, where productive records had analyzed in the period of 1967 until 2005. It had been analyzed a total of 1.182 records of buffaloes females of Murrah breed and its crosses. The observed averages and the standard desviation MY, FY, LL and MYDCI were 1.663, 84 ± 343,60, 116,84 ± 29,71, 269,89 ± 56,36 and 3,88 ± 1,15, respectively. Genetic parameters had estimate by Restricted Maximum Likelihood method in which study the dairy yield of milk and fat were considered permanent effects in the period of birth, genetic group and birth order, besides the dairy yield. The estimate of heritability (h²) to MY, FY, LL and MYDCI were 0.25, 0.18, 0.08 and 0.09 respectively and with coefficients of repeatability (r) for MY, FY e LL of 0.33, 0.29 and 0.10, respectively. The genetic correlations among the characteristics were 0.93 (MY-FY), 0.76 (MY-LL), 0.99 (MY-MYDCI), 0.89 (FY-LL), 0.87 (FY-MYDCI) and -0.27 (LL-MYDCI). There is expresses percentage of animals on the herd studied with higher genetic with relation to medium population for characteristics. In the studied herd, should be considered the additive genetic variability to promote genetic improvement by observing that a majority percentage of the animals are genetically superior to referred characteristics.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:35:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) Previous issue date: 2015-05-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ordem Rodentia representa a mais numerosa ordem de mamíferos, com cerca de 42% das espécies conhecidas atualmente. Os roedores apresentam 2.227 espécies, 468 gêneros e 33 famílias recentes, sendo este último elevado para 50 se forem consideradas as famílias extintas. A enorme variação na morfologia, na diversidade de habitats e climas e na alimentação são as causas desta Ordem ser mais numerosa e melhor sucedida evolutivamente entre as ordens de mamíferos. O gênero Oecomys pertence à subfamília Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) com aproximadamente 16 espécies descritas, distribuídas em floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Estudos citogenéticos prévios sugerem que o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. No presente trabalho foram analisados, por meio de técnicas citogenéticas convencionais e pintura cromossômica multidirecional (Sondas cromossômicas de Hylaeamys megacephalus – HME), foram analisados 18 exemplares de Oecomys, sendo quatro coletados na região metropolitana de Belém, Pará; dois no Município de Santa Bárbara, Pará; cinco na região de Carajás, Pará e 7 na região do Calha Norte, Pará. Os exemplares do Parque Ambiental de Belém apresentaram 2n=72 e NF=76; os exemplares de Santa Bárbara apresentaram 2n=70 e NF=74 e os de Carajás apresentaram 2n=70 e NF=72. Todos estes exemplares foram identificados como O. paricola. Os exemplares coletados do Calha Norte apresentaram 2n=62 e NF=80 e foram identificados como O. auyantepui. Os citótipos descritos para O. paricola apresentaram diferenças em 5 picos de HME hibridizados, evidenciando 3 associações para esta espécie. Para O. auyantepui foram identificados 5 associações. As diferenças cromossômicas encontradas para O. paricola de diferentes regiões geográficas sugerem que estes citótipos pertencem a espécies crípticas, o que é caracterizado. Nós sugerimos que as populações de O. paricola são um complexo de espécies onde já ocorreu a diferenciação cromossômica, mas não diferenciação morfológica e molecular. / The Order Rodentia represents the largest mammal order, with approximately 42% of species currently known. Rodents have 2,227 species, 468 genera and 33 families recent, the latter being raised to 50 if the extinct families are considered. Their huge variation in morphology, diversity of habitats and climates and food are the causes of this be most numerous and evolutionarily successful among mammalian orders. The Oecomys genus belongs to the subfamily Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) with approximately 16 described species, distributed in tropical and subtropical forest of Central and South America. Previous cytogenetic studies suggest that Oecomys features large karyotype diversity, with the diploid number ranging from 58 to 86. In this study were analyzed by conventional cytogenetic techniques and multidirectional chromosome painting (using whole chromosome probes of Hylaeamys megacephalus) 18 specimens of Oecomys were analyzed, four were collected in the metropolitan area of Belém, Pará; two in the city of Santa Barbara, Pará; five in the region of Carajás, Pará and 7 in Calha Norte region, Pará. Specimes from Belém Environmental Park had 2n = 72 and FN = 76; specimes from Santa Barbara had 2n = 70 and FN = 74; from Carajás presented 2n = 70 and FN = 72. All this sample was identified as O. paricola. Specimens collected from the Calha Norte region had 2n = 62 and NF = 80 and were identified as O. auyantepui. The cytotypes described for O. paricola showed differences in five HME peaks, indicating 3 associations for this species. O. auyantepui showed five associations. Chromosomal differences found for O. paricola from different geographic regions suggest that these cytotypes belong to cryptic species. We suggest that these populations of O. paricola are a complex of species where the chromosomal differentiation already happened but not the morphological and molecular ones.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseRP.pdf: 4407176 bytes, checksum: f55e8130a1b9477505b02d9785dcefa3 (MD5) Previous issue date: 2005-03-10 / Universidade Federal de Sao Carlos / Astyanax fasciatus is characterized as a cytogenetically diverse species. Sympatric and syntopic occurrence of distinct cytotypes corroborates the hypothesis that A. fasciatus might represent a species complex sharing a common denomination. In this work, specimens from three collection sites along Mogi-Guaçu River, on Southeastern Brazil, were examined: (1) close to headwaters (Ouro Fino MG), (2) in the mean river portion (Cachoeira de Emas, Pirassununga SP, characterized by the presence of a dam) and (3) close to river mouth at Pardo river (Barrinha SP). Two karyotypes bearing perfectly paired chromosomes, named standard cytotypes, were identified; one of them with 2n=46 and another one with 2n=48 chromosomes. The cytotype 2n = 48 was found in all collection sites, whereas the cytotype 2n = 46 was restricted to Barrinha and Cachoeira de Emas. In this latter locality, the cytotype 2n=46 was predominant, but variant karyotypical forms were also reported, bearing 2n=45 and 47 chromosomes, besides a structural variant with 2n=46. A variant with 2n=47 chromosomes was also found in Ouro Fino. The Ag-NORs and 18S and 5S rDNA sites showed a conserved distribution among cytotypes, as well as the constitutive heterochromatin, preferentially located at terminal region on the long arms of submetacentric, subtelocentric and acrocentric chromosomes and terminal region on short arms of a submetacentric pair. This latter region showed to be GC-rich after chromomycin A3 staining and it corresponds to the location of a Nucleolar Organizer Region. Sites bearing the satellite DNA As51 were detected at terminal region on the long arms of several chromosomes, distributed over 4 submetacentric pairs, 3 subtelocentric pairs and one acrocentric pair in the standard cytotype 2n=46, and over 3 submetacentric pairs, 4 subtelocentric pairs and one acrocentric pair in the standard cytotype 2n=48. The variant karyotypical forms also presented other chromosomes bearing such satellite DNA, remarkably at a large metacentric chromosome bearing a terminal site on the long arms (found in two variant karyotypes), two subtelocentric pairs bearing additional interstitial site (found in one variant karyotype), and one submetacentric pair bearing a subterminal site on the long arms (found in one variant karyotype). Data based on RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) were poorly informative to analyze the reported diversity, indicating a high number of migrants per generation among cytotypes. On the other hand, data from ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) showed a low structuring, mainly between two standard cytotypes from Barrinha, where a Nm value of 0,4301 was observed, with a genetic identity of 0,6862 and genetic distance of 0,3765. The values of genetic distance (0,3219) and genetic identity (0,7248) between cytotypes with 2n=48 from Barrinha and Ouro Fino also evidenced a slight differentiation, indicating that the dam at Cachoeiras de Emas is probably a barrier to gene flow among populations located upstream and downstream the dam. The obtained results with molecular markers do not discard the possibility of inbreeding among the cytotypes of A. fasciatus, as a source of the diversity found. Hypothetically, the standard cytotype with 2n=48 might be the resident form at Mogi- Guaçu River, while the cytotype with 2n=46 would represent an invasive form, showing recent divergence. Although the variant karyotypes present a karyotypical structure similar to the cytotype with 2n=46, there are evidences that chromosomes typical from the cytotype with 2n=48 have been incorporated, suggesting that such variants may be derived from viable crossings among standard cytotypes, and/or their offsprings, which share some homologies, as demonstrated by chromosomal markers. The presence of a higher number of As-51 sites in some variants reinforces their inbreeding origin. The As-51 sites, which showed to be specific for some variant forms, might be originated by complementary chromosomal rearrangements, propitious to new locations of this satellite DNA on karyotypes. / Astyanax fasciatus caracteriza-se como uma espécie diversificada do ponto de vista citogenético. A ocorrência simpátrica e sintópica de diferentes citótipos corrobora a hipótese de que A. fasciatus possa representar um grupo de espécies, hoje englobadas em uma mesma denominação comum. Neste trabalho foram examinados exemplares provenientes de três pontos de coleta, ao longo do rio Mogi-Guaçu, no Sudeste do Brasil: (1) próximo à sua cabeceira (Ouro Fino MG), (2) no trecho médio do rio (Cachoeira de Emas, Pirassununga SP, caracterizado pela ocorrência de uma barragem) e (3) próximo à sua foz no rio Pardo (Barrinha SP). Foram detectados dois tipos de cariótipos com cromossomos perfeitamente pareáveis, denominados citótipos padrão, um com 2n=46 e outro com 2n=48 cromossomos. O citótipo 2n = 48 foi encontrado em todos os pontos de coleta, enquanto o citótipo 2n = 46 foi encontrado somente em Barrinha e Cachoeira de Emas. Nesta última localidade o citótipo 2n=46 foi predominante, mas ocorrendo também formas cariotípicas variantes com 2n=45 e 47 cromossomos, além de um variante estrutural 2n=46. Um variante 2n=47 cromossomos foi também encontrado em Ouro Fino. As Ag-RONs e os sítios de rDNA 18S e 5S mostraram uma distribuição conservada entre os citótipos, assim como heterocromatina constitutiva, localizada preferencialmente na região terminal do braço longo de cromossomos submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos e na região terminal do braço curto de um par submetacêntrico. Esta última região mostrou-se também GC rica, após coloração com cromomicina A3, e corresponde à localização de uma região organizadora de nucléolo. Foram detectados sítios do DNA satélite As51 na região terminal do braço longo de vários cromossomos, distribuídos em 4 pares submetacêntricos, em 3 pares subtelocêntricos e em um par acrocêntrico no citótipo padrão 2n=46, e em 3 pares submetacêntricos, em 4 pares subtelocêntricos e em um par acrocêntrico no citótipo padrão 2n=48. As formas cariotípicas variantes apresentaram também outros cromossomos portadores desse DNA satélite, destacando-se um cromossomo metacêntrico grande com um sítio terminal no braço longo (em dois cariótipos variantes), dois pares subtelocêntricos com um sítio intersticial extra (em um dos cariótipos variantes), e um par submetacêntrico com um sítio subterminal no braço longo (em um dos cariótipos variantes). Dados de RAPD ( Random Amplified Polymorphic DNA ) mostraram-se pouco informativos quanto à análise da diversidade encontrada, indicando altos valores de migrantes por geração entre os citótipos. Dados de ISSR, Inter- Simple Sequence Repeats , por outro lado, mostraram uma pequena estruturação, principalmente entre os dois citótipos padrão provenientes de Barrinha, onde o Nm foi de 0,4301, com identidade genética de 0,6862 e distância genética de 0,3765. Os valores de distância genética (0,3219) e de identidade genética (0,7248) entre os citótipos 2n=48 de Barrinha e Ouro Fino também evidenciam uma certa diferenciação entre os mesmos, indicando que a barragem de Cachoeira de Emas provavelmente seja um obstáculo ao livre fluxo entre populações situadas à jusante e à montante da mesma. Os resultados gerais obtidos com os marcadores moleculares não descartam a possibilidade de intercruzamentos entre os citótipos de A. fasciatus, como fonte da diversidade encontrada. É levantada a hipótese que o citótipo padrão 2n=48 seja a forma residente do rio Mogi-Guaçu, sendo o citótipo 2n=46 uma forma invasora, com divergência recente. Embora os cariótipos variantes apresentem uma estrutura cariotípica mais similar ao citótipo 2n=46, há evidências de que cromossomos característicos do citótipo 2n=48 tenham sido neles incorporados, sugerindo que tais variantes sejam decorrentes de intercruzamentos viáveis entre os dois citótipos padrão e/ou seus descendentes, os quais ainda compartilham uma série de homologia, como evidenciado na análise dos marcadores cromossômicos. A presença de um maior número de sítios As-51 em alguns variantes reforça, de certa forma, a sua origem por intercruzamentos. Os sítios As-51, que se mostraram específicos para algumas formas variantes, poderiam ser decorrentes de rearranjos cromossômicos complementares, propiciando novas localizações desse DNA satélite nos cariótipos.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1317.pdf: 622613 bytes, checksum: 65d3b8c3c48ecb8239f9f5d3aad37175 (MD5) Previous issue date: 2007-02-26 / Universidade Federal de Minas Gerais / Canchim is a synthetic breed that has been used in the beef cattle industry as an alternative for production intensification. However, this breed has poor fat deposition. Therefore researches have been done with the objective of increasing the fat deposition in this breed. These efforts include search for molecular markers that could aid the identification of animals with greater genetic potential for this trait. In several bovine populations the centromeric region of chromosome 14 was related with fat deposition. The thyroglobulin gene is located at 4.46 Mb in that chromosome and reports describe the influence of a polymorphism in the 5´ leader sequence of that gene on marbling and fat thickness. The scope of this work was to analyze the effect of this polymorphism in the thyroglobulin gene as well as of two flanking microsatellite markers, CSSM066 (2.95 Mb) and ILSTS011 (6.93 Mb) on backfat thickness of Canchim beef cattle. Five hundred and seventy two animals of two groups genetic (CA and MA), raised in two farms and pertaining to 64 half-sib families were evaluated. Associations of marker genotypes with phenotypic measures (backfat thickness) were analyzed by a mixed model. The results showed that microsatellite marker CSSM066 had a significant effect on fat thickness in the studied populations. However, this trait was not significantly associated with the polymorphism of the thyroglobulin gene and with the microsatellite marker ILSTS011, what suggests that another gene located in the centromeric region of chromosome 14 of bovine can be responsible for the variation on this trait. The genome region close to CSSM066 marker, that indicated association with fat thickness in our study, should be further investigated to produce information that may be incorporated in improvement programs / Canchim é uma raça sintética que tem sido usada na indústria de gado de corte como uma alternativa para intensificação da produção. No entanto, esta raça possui pouca gordura de cobertura. Desse modo pesquisas têm sido realizadas com o objetivo de aumentar a deposição de gordura nessa raça. Essas pesquisas incluem a procura por marcadores moleculares que podem auxiliar a identificação de animais com maior potencial genético para a característica. Em várias populações bovinas a região centromérica do cromossomo 14 foi associada com deposição de gordura. O gene da tireoglobulina está localizado à 4,46 Mb nesse cromossomo e relatos descrevem a influência de um polimorfismo na seqüência 5´ líder desse gene sobre o marmoreio e espessura de gordura. O objetivo deste trabalho foi analisar o efeito desse polimorfismo no gene da tireoglobulina, assim como de dois marcadores microssatélites que flanqueiam esse gene, CSSM066 (2,95 Mb) e ILSTS011 (6,93 Mb) sobre a espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Quinhentos e setenta e dois animais, de dois grupos genéticos (MA e CA), criados em duas fazendas e pertencentes à 64 famílias de meio-irmãos foram avaliados. Associações dos genótipos dos marcadores com as medidas fenotípicas (espessura de gordura) foram analisadas por um modelo misto. Os resultados mostraram que o marcador microssatélite CSSM066 teve efeito significativo sobre a espessura de gordura nas populações estudadas. No entanto, esta característica não foi significativamente associada com o polimorfismo do gene da tireoglobulina e com o marcador microssatélite ILSTS011, o que sugere que outro gene situado na região centromérica do cromossomo 14 de bovinos deva ser responsável pela variação da característica. Novos estudos merecem ser realizados próximos ao marcador CSSM066, que indicou associação com espessura de gordura em nosso estudo, a fim obter informações que possam ser incorporadas em programas de melhoramento

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissLCN.pdf: 1049732 bytes, checksum: 3b15cb5910d99ba0eb9ffc041a1a9a86 (MD5) Previous issue date: 2006-10-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Boophilus microplus tick affects cattle productivity causing economic losses in the order of billions of dollars annually. It is know that tick saliva exert immunomodulatory effects, an evolutionary adaptation to the immune response of the host that can counteract tick feeding. It has been suggested that the outcome of many parasitic infections with regard to resistance or susceptibility is determined by the pattern of response involving Th1 and Th2 cells, which produce specific cytokines that may direct the immune response towards different mechanisms. Limited information is available regarding to the host response to B. microplus tick infestation. In an attempt to improve our knowledge about cattle immune-response to ticks, this work determined the expression levels of cytokines mRNAs in two groups of Nelore (Bos indicus) calves: one control and other challenged by tick infestation. Our results demonstrated a down-regulation of IL-2 (P < 0.03) mRNA levels in challenged animals, while no effect of tick challenge was observed for IL-4, IL-8, IL-12p35, TNF-&#945; and MCP-1. The down regulation of an important Th1 cytokine suggests a tendency towards a Th2 response pattern, which is in agreement with similar studies conducted with other tick-host models. / O carrapato Boophilus microplus afeta a produtividade bovina causando perdas econômicas na ordem de bilhões de dólares anualmente. Sabe-se que a saliva do carrapato exerce efeitos imunomodulatórios, uma adaptação evolutiva à resposta do hospedeiro que pode prejudicar a alimentação do carrapato. Tem sido sugerido que o resultado de muitas infecções parasitárias, com relação a resistência ou suscetibilidade, é determinada pelo padrão de resposta das células TH1 e TH2, as quais produzem citocinas específicas que podem direcionar a resposta imune para diferentes mecanismos. As informações relacionadas à resposta do hospedeiro ao B. microplus ainda é bastante limitada. Na tentativa de ampliar os conhecimentos sobre a resposta imune dos bovinos ao carrapato, este trabalho determinou os níveis de mRNA de algumas citocinas em dois grupos de bezerros da raça Nelore (Bos indicus): um grupo controle e um grupo desafiado por infestação de carrapatos. Nossos resultados demonstraram uma redução dos níveis de mRNA de IL-2 (P < 0.03) nos animais desafiados, enquanto nenhum efeito foi observado para IL-4, IL-8, IL-12p35, TNF-&#945; and MCP-1. A redução na expressão de uma importante citocina TH1 sugere uma tendência para o padrão de resposta TH2, o que está de acordo com estudos similares conduzidos em outros modelos carrapatohospedeiro.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2863.pdf: 780094 bytes, checksum: c8a008a959e5b4d1e7d94595428c3b47 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Universidade Federal de Minas Gerais / To remain competitive in the market of meat production, it is crucial that the Brazilian producer is aware of the criteria used by consumers for local and international markets. One factor that determines the beef quality is genetics, so it is necessary to conduct studies in Brazil to understand the genetic variation of carcass and meat quality traits in order to outline plans to improve such attributes. Backfat thickness (BFT) and ribeye area (RAE) are characteristics of late measurements, so the investigation of molecular markers associated with these characteristics can help in their inclusion in breeding programs. In cattle, some polymorphisms have been related to characteristics of meat production. Thus, this work aimed to assess the presence of polymorphisms in candidate genes PPARGC1A (peroxisome proliferative active recptor gamma coactivator 1A), FABP4 (fatty acid binding protein 4), DDEF1 (development and differentiation enhancing factor 1), Leptin, PSMC1 (proteasome 26S subunit, ATPase, 1) and IGF-1 (insulin-like growth factors) and associate them with production traits in reference families of Nellore breed. We used 280 steers descendants of 20 sires, that were chosen to represent the variability in Nellore. The sires were genotyped for all markers to investigate their allelic distribution within the race. The SNPs of the leptin and PSMC1 genes showed no variability in the bulls, so these were not genotyped in the progeny. The other markers were genotyped for the whole population. The investigation of the effects of markers on the characteristics was performed using a mixed model, including fixed and random effects, using the restricted maximum likelihood method. There was a significant association (P<0,05) between FABP4 and BFT and a suggestive association (P<0,10) between fat gain in the feedlot and these marker. Significant association was found between RAE, weaning weight (WW) and yearling weight (YW) and the DDEF1 gene and a suggestive association between the IGF-1 gene and YW in this sample of Nellore cattle. / Para que a produção de carne se mantenha competitiva no mercado, é fundamental que o produtor brasileiro esteja atento aos critérios requeridos pelos consumidores dos mercados locais e internacionais. Um dos fatores que determina a qualidade da carne bovina é a genética, sendo, portanto necessário conduzir estudos no Brasil relacionados à variação genética de características que influenciam a qualidade da carcaça e da carne bovina para que se possam delinear programas de melhoramento no sentido de aperfeiçoar tais atributos. A espessura de gordura subcutânea (EGS) e a área de olho de lombo (AOL) são características de mensuração tardia, por isso, a investigação de marcadores moleculares associados com essas características pode ajudar na inclusão das mesmas em programas de melhoramento. Em bovinos, alguns polimorfismos já foram relacionados com características de produção de carne. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar a presença de polimorfismos nos genes candidatos PPARGC1A (peroxisome proliferative active recptor gamma coactivator 1A), FABP4 (fatty acid binding protein 4), DDEF1 (development and differentiation enhancing factor 1 ), Leptina, PSMC1 (proteasome 26S subunit, ATPase, 1) e IGF-1 (insulin-like growth factor) e associálos com características de produção de carne em famílias de referência da raça Nelore. Foram utilizados 270 novilhos machos, descendentes de 20 touros, escolhidos para representar a variabilidade dentro da raça Nelore. Os touros foram genotipados para todos marcadores para investigar a distribuição alélica dentro da raça. Os SNPs dos genes Leptina e PSMC1 apresentaram-se fixados na amostra, sendo assim, estes não foram genotipados na progênie, enquanto os demais marcadores foram genotipados para toda população. A investigação dos efeitos dos marcadores sobre as características foi realizada através de um modelo misto, incluindo efeitos fixos e aleatórios, utilizando o método de máxima verossimilhança restrita. Foi encontrada uma associação significativa (P<0,05) entre o marcador FABP4 e EGS e associação sugestiva (P<0,10) entre ganho de gordura no confinamento e este marcador. Foi encontrada associação significativa entre o polimorfismo no gene DDEF1 e AOL, peso à desmama (PD) e peso ao sobreano (PS) e associação sugestiva entre o polimorfismo do gene IGF-1 e PS em bovinos da raça Nelore.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-01-26T10:20:58Z No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-07T15:39:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-07T15:42:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T15:43:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) Previous issue date: 2013-10-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The network of South American rivers network has experienced deep changes during Late Miocene through Pleistocene, including major marine transgressions, Andean uplift driving drainage changes, and changes in eustatic level. After a marine transgression during Late Miocene in northwest South America, the ancestor of freshwater stingrays (Potamotrygonidae) adapted to the freshwater environment. Since then, the group has diversified while colonizing new drainage networks, given rise to new phenotypes and diet preferences. There are currently 24 species described, a number that will certainly rise once new species already known are described and new geographical regions are sampled. In the present work, I present a phylogeny for the Potamotrygonidae family based on molecular markers, with estimates of age and statistical tests of changes in rates of diversification while also testing for the occurrence of hybridization among some species of the family. The pattern of diversification in time and space was interpreted in light of major paleogeographical events that shaped drainage networks in South America during the Neogene, Mitochondrial and nuclear data corroborate the hypothesis of family origin in northwest South America around 25 Million years ago (MYA), after a major marine transgression, in a time when the Andes was not a topographic barrier between the Caribbean Sea and coastal regions. After those hydrographic basins were differentially colonized, whereas lineages that given rise to the genera Heliotrygon and Plesiotrygon possibly originated in the Pebas System, the lineage that gave rise to Potamotrygon probably was restricted to the region that is now the upper Negro river/Orinoco/Essequibo. After the inversion of the proto-Amazonas direction from East-West to West-East and reorganization of drainages, the Potamotrygon stingrays colonized both West portions of the Amazon Basin, previously occupied by Pebas megawetlands, and an Eastern portion, previously isolated by the Purus Arch. Contrary to the more accepted hypothesis, the estimated speciation ages suggest that this reorganization occurred around 3 MYA. Alternatively, the inversion of proto- Amazonas may have occurred earlier but the Negro river basin was kept isolated from the Amazon Basin at least as long to prevent stingrays dispersion. Following the reorganization of the drainages, a group of Potamotrygon named spotocellated underwent an increase in speciation rate – a radiation – as new regions were colonized. Upstream colonization of Crystalline Shields probably occurred in periods of higher eustatic level at the end of Pliocene, followed by vicariance after reduction of water levels.The Paraguai-lower Paraná basin was probably colonized at this same time, after headwater capture between Paraguai and Amazon Basins driven by foredeep formation. During the radiation, extensive hybridization took place among species of the spot-ocellated group. / As redes de drenagem da América do Sul passaram por profundas transformações do Mioceno Tardio ao Pleistoceno, incluindo grandes transgressões marinhas, soerguimento dos Andes com consequente mudança nas redes de drenagem, e oscilações no nível eustático. Após transgressão marinha no final do Mioceno no noroeste da América do Sul, os ancestrais das arraias da família Potamotrygonidae adaptaram-se a água doce. Desde então o grupo vem se diversificando à medida que coloniza novas redes de drenagem, com o surgimento de novos fenótipos e adaptações a diferentes ambientes e dieta. Dado o conhecimento taxonômico atual, existem cerca de 24 espécies na família, número esse que certamente será elevado à medida que novas espécies já conhecidas forem descritas, e novas regiões geográficas forem amostradas. Neste trabalho, apresento hipótese filogenética baseada em marcadores moleculares para a família Potamotrygonidae, com estimativa de idade dos eventos cladogenéticos e testes de mudança das taxas de especiação. A ocorrência de hibridação entre algumas espécies da família também foi testada. O padrão geográfico e tempo de diversificação das arraias da família Potamotrygonidae foram interpretados à luz dos principais eventos paleogeográficos que influíram nas mudanças das redes de drenagem da América do Sul durante o Neógeno, eventos esses revisados aqui. Os dados corroboram a hipótese de origem da família no noroeste da América do Sul há aproximadamente 25 milhões de anos atrás, após grande transgressão marinha, época em que os Andes ainda não serviam de barreira topográfica entre o Mar do Caribe e as regiões costeiras dessa região. A partir daí as bacias hidrográficas foram diferencialmente colonizadas, sendo que as linhagens que deram origem aos gêneros Heliotrygon e Plesiotrygon possivelmente se originaram no sistema Pebas, enquanto que a linhagem que deu origem ao gênero Potamotrygon provavelmente ficou restrito à região compreendida hoje pelo alto Rio Negro/Oricono/Essequibo. Após a inversão do sentido do proto-Amazonas de Leste-Oeste para o sentido moderno Oeste-Leste e reorganização das bacias de drenagem que atingiram conformação próxima a atual, as arraias do gênero Potamotrygon colonizaram tanto a região a Oeste da Bacia Amazônica, anteriormente ocupada pelas megawetlands do Sistema Pebas, quanto a região Leste, anteriormente isolada pelo Arco do Purus. Diferentemente da hipótese mais difundida, as idades de especiação estimadas sugerem que essa reorganização ocorreu há aproximadamente 3 milhões de anos atrás. Alternativamente, a inversão do proto-Amazonas pode ter ocorrido antes, mas a bacia do rio Negro teria se mantido isolada da bacia do rio Amazonas, ao menos a ponto de evitar a dispersão das arraias. Seguindo essa reorganização das drenagens, um grupo do gênero Potamotrygon denominado roseta-ocelado sofreu um aumento na taxa de especiação – radiação – à medida que novas regiões foram colonizadas. A colonização sentido rio acima das drenagens dos Escudos Cristalinos provavelmente ocorreu em período de águas mais altas no final do Plioceno, com posterior vicariância devido ao rebaixamento das águas. A Bacia do Paraguai-baixo Paraná provavelmente foi colonizada nessa mesma época, possibilitada pela conexão entre as cabeçeiras do rio Paraguai e Bacia Amazônica, após subsidência do tipo foredeep desencadeada por soerguimento dos Andes. Durante o processo de radiação do grupo roseta-ocelado houve extensiva hibridação entre as espécies do grupo.