Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-05T12:31:08Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_AnalisesPopulacionaisL.Purpureus.pdf: 2353749 bytes, checksum: 4e42a8beef4fdc3a4441691c75184517 (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: Corrigir as palavras-chaves, iniciar com letra maiusculas. Corrigir na citação após o (mestrado) inserir - e não ponto. Incluir ponto no final da citação. Renomear pdf para AnalisesPopulacionaisLutjanus Acrescentar a palavra Programa antes de Pós-Graduação no final da citação. on 2016-12-05T15:26:25Z (GMT) / Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-03T11:27:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisL.Purpureus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: Renomear pdf Verificar na citação a ausência da palavra Programa. on 2017-01-03T13:07:55Z (GMT) / Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-04T12:14:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisLutjanus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-06T15:40:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisLutjanus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-06T15:40:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisLutjanus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Organismos marinhos com ampla distribuição são excelentes modelos para o entendimento de padrões de conectividade genética histórica. Lutjanus purpureus, ou pargo, como a espécie é popularmente conhecida, é um Teleósteo marinho pertencente à família Lutjanidae. A espécie distribui- se desde Cuba até o Nordeste do Brasil, sendo frequentemente encontrada sobre fundos rochosos e arenosos. Possui elevada importância econômica, no entanto poucos são os estudos disponíveis acerca da arquitetura genética da espécie. Dos principais objetivos do presente estudo, o primeiro trata do desenvolvimento e caracterização de iniciadores do tipo EPIC, para abordagens populacionais em L. purpureus, e outros teleósteos marinhos. A caracterização de regiões genômicas com polimorfismo suficiente para análises populacionais torna-se fundamental para estudos genéticos com múltiplas regiões não ligadas. Foram obtidos oito iniciadores, boa parte deles possuindo altos níveis de variação genética. Iniciadores EPIC possuem a vantagem de serem aplicáveis em um vasto nível taxonômico, assim estes iniciadores foram testados e amplificados em organismos de outros agrupamentos taxonômicos, portanto um indicativo de que podem ser usuais em abordagens intraespecíficas para vários grupos de peixes marinhos. O segundo objetivo principal foi avaliar questões sobre diversidade genética, demografia e conectividade genética histórica para L. purpureus, utilizando múltiplos loci (DNA mitocondrial e nuclear). Encontrou-se elevados índices de diversidade genética, provavelmente correlacionados a um elevado tamanho efetivo apresentado pela espécie. O pargo, aparentemente, demonstra elevados níveis de homogeneidade genética ao longo da região estudada, o que é coerente com traços biológicos da espécie tais como desova em mar aberto e desenvolvimento pelágico. Em relação a aspectos da demografia histórica, é apresentado um cenário de crescimento populacional, cujo início é datado de aproximadamente 170 mil anos, sendo esse período congruente com um período de máxima glacial para a região do Atlântico ocidental. / Marine organisms with wide distribution are excellent models for the understanding of historical genetic connectivity patterns. Lutjanus purpureus, or Caribbean snapper, as the species is popularly known, is a marine Teleost belonging to the Family Lutjanidae. The species distribution is from Cuba to the Northeast of Brazil, being often found on rocky and sandy bottoms. It has high economic importance, however there are few studies available on the genetic architecture of the species. Of major goals of this study, the first deals with the development and characterization of the EPIC primers, for population approaches in L. purpureus, and others marine teleosts. The characterization of genomic regions with sufficient polymorphism to population analysis is fundamental for genetic studies with multiple unlinked regions. Were obtained eight primers, and the majority has high levels of genetic variation. EPIC primers have the advantage of being applicable on a wide taxonomic level, thereby these primers were tested and amplified in other taxonomic groups of organisms, so that an indication can be useful in various approaches to intraspecific groups of marine fish. The second main objective was to evaluate issues of genetic diversity, demographics and historical genetic connectivity for L. purpureus using multiple loci (mitochondrial and nuclear DNA). It was found high levels of genetic diversity, probably related to a high effective size presented by species. The Caribbean snapper apparently shows high levels of genetic homogeneity along of the study area, which is consistent with biological traits of species such as spawning in offshore and larval pelagic development. In relation to aspects of historical demography, a population growth scenario is presented, whose beginning is dated about 170,000 years, this period being congruent with a period of glacial maximum to the region of the western Atlantic.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:47:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilExpressaoMetilacao.pdf: 2486152 bytes, checksum: b0cef2815d4aac67e90b4244b18b484c (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-05T13:27:57Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilExpressaoMetilacao.pdf: 2486152 bytes, checksum: b0cef2815d4aac67e90b4244b18b484c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-05T13:27:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilExpressaoMetilacao.pdf: 2486152 bytes, checksum: b0cef2815d4aac67e90b4244b18b484c (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O complexo Polycomb (PcG) é constituído por fatores multiproteicos que medeiam a repressão de diversos genes no organismo. As proteínas PcG são divididas em dois complexos distintos, PRC1 e PRC2, sendo que PRC1 tem atividade ligase E3, catalisando a mono-ubiquitinação da histona H2A nos resíduos de lisina na posição 119 (H2AK119ub), enquanto PRC2 tem atividade metiltransferase, mediando a mono, di, e trimetilação na histona H3 nos resíduos de lisina na posição 27 (H3K27me2/3). Sabe-se que PRC1 é subdivido em complexos não canônicos e canônicos, sendo este último composto por proteínas CBX (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 ou CBX8). Já PRC2, compreende três proteínas centrais: SUZ12, EED e EZH1 ou EZH2, que é a proteína metiltransferase responsável por conferir a principal atividade enzimática ao complexo PRC2. Sabe-se que a desregulação das proteínas PcG pode alterar vias relacionadas ao desenvolvimento, ocasionando um aumento desordenado de proliferação celular, inibição da apoptose, e aumento das células tumorais. Dentre os tumores com alteração na expressão de PcG, estão os tumores mamários. Em caninos, este tipo de tumor é a neoplasia mais frequente em cadelas. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar o padrão de metilação e expressão dos genes CBX2 e CBX7 (PRC1), e EED, EZH2 e SUZ12 (PRC2) em tumores de mama em cadelas do estado do Pará. Para isso, foram avaliadas 83 amostras de tecido neoplásico e não-neoplásico, provenientes de 40 animais, coletadas no Hospital Veterinário da Universidade Federal Rural da Amazônia. Para a análise do padrão de metilação, as amostras foram convertidas por ação do bissulfito de sódio e submetidas à técnica de Bissulfite sequence PCR para detecção das possíveis áreas metiladas. Para a análise da expressão de RNA, foi feita a conversão a cDNA e posterior quantificação dos transcritos usando a detecção por sonda Taqman. A emissão da fluorescência foi captada com o auxílio do ABI PRISM 7500 Sequence Detection System. As análises estatísticas foram realizadas pelos testes Kruskal-Wallis e Teste T Mann Whitnae, para avaliar as associações dos padrões de metilação com os níveis de expressão, e destes com progressão tumoral e demais características clinicopatológicas, sendo os resultados considerados significativos quando p< 0,05. / The Polycomb complex (PcG) consists of multiprotein factors that mediate the repression of various genes in the body. PcG proteins are divided into two distinct complexes, PRC1 and PRC2, with PRC1 having E3 ligase activity, catalyzing the mono-ubiquitination of histone H2A at lysine residues at position 119 (H2AK119ub), while PRC2 has methyltransferase activity, mediating mono, di, and trimethylation on histone H3 at lysine residues at position 27 (H3K27me2 / 3). It is known that PRC1 is subdivided into non-canonical and canonical complexes, the latter being composed of CBX proteins (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 or CBX8). Already PRC2, it comprises three central proteins: SUZ12, EED and EZH1 or EZH2, which is the methyltransferase protein responsible for conferring the main enzymatic activity to the PRC2 complex. It is known that deregulation of PcG proteins may alter developmental pathways, causing a disordered increase in cell proliferation, inhibition of apoptosis, and increase of tumor cells. Among the tumors with altered expression of PcG are mammary tumors. In canines, this type of tumor is the most frequent neoplasm in bitches. Thus, the objective of this study was to evaluate the methylation and expression pattern of the CBX2 and CBX7 (PRC1), and EED, EZH2 and SUZ12 (PRC2) genes in breast tumors in dogs from the state of Pará. Samples of neoplastic and non-neoplastic tissue from 40 animals collected at the Veterinary Hospital of the Federal Rural University of Amazônia. For the analysis of the methylation pattern, the samples were converted by sodium bisulfite and submitted to the Bissulfite sequence PCR technique to detect possible methylated areas. For analysis of RNA expression, cDNA conversion and subsequent quantification of transcripts were performed using Taqman probe detection. Fluorescence emission was captured with the aid of the ABI PRISM 7500 Sequence Detection System. Statistical analyzes were performed using the Kruskal-Wallis test and the Mann Whitnae test to evaluate the associations of methylation patterns with expression levels, and those with tumor progression and other clinicopathological characteristics. The results were considered significant when p <0, 05.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseGG.pdf: 831763 bytes, checksum: b1376af900a84dd0298192f96eea7f38 (MD5) Previous issue date: 2007-03-17 / Universidade Federal de Sao Carlos / The large amount of phenotypic variability between Bos primigenius taurus and Bos primigenius indicus cattle, which had diverged hundreds of thousands of years ago and since then have been explored by men through artificial selection of the breeds to milk and meat production, allows the development of crossbreeds, since there is no reproductive isolation between these subspecies. It is known that part of the described differences for productive and parasite resistance traits among the breeds is under genetic control, and that is possible to distinguish genetically superior individuals from the others of the population with the combined use of molecular genetics and traditional livestock production programs. Since in Brazil the economy is largely influenced by agribusiness, once bovine meat exportation alone generated US$2.5 bilion in 2004, the search and identification of chromosomic regions that control al least part of the variation of these quantitative economic traits (QTL, Quantitative Trait Loci), like birth weight and weight gain, and also regions that influence resistance to parasites, is of great concern. The objective of the present study was to map QTLs for growth traits and resistance to gastrointestinal endoparasites and external parasites, like the tick (Riphicephalus (Boophilus) microplus) and the beef worm (Dermatobia hominis) using microsatellite markers to scan bovine chromosomes five and seven in a F2 Gir x Holstein experimental population. On chromosome five, a significant (P < 0.01) QTL for birth weight and one suggestive (P < 0.05) for resistance to tick count during the rainy season were detected. On chromosome seven, it was identified an indicative QTL (P < 0.10) for tick count in the dry season. In both cases, a significant dominance deviation was observed, suggesting that part of the genetic variation must be atributed to allele combinations. The favorable allele for resistance in chromosome five was from the Gir parental and on chromosome seven, from Holstein, which is a surprising result, since the zebu breeds were traditionally considered as the solely source of tick resistance. No QTL was associated to resistance to endoparasites or to the beef worm. The application of these informations still demands the reduction of confidence intervals for the QTLs locations and validation in other populations. / A enorme variabilidade fenotípica entre os bovinos Bos primigenius taurus e Bos primigenius indicus, os quais se separaram há centenas de milhares de anos atrás, e vêm sendo explorados desde então pelo homem através da seleção artificial de raças para corte e produção de leite, possibilita a formação de raças mestiças, pois não há isolamento reprodutivo entre essas subespécies. Sabe-se também que parte das diferenças observadas entre as raças para características produtivas e de resistência aos parasitas está sob controle genético, e que é possível distinguir animais geneticamente superiores aos demais da população com o uso combinado da genética molecular e do melhoramento animal tradicional. Uma vez que a economia do Brasil é grandemente influenciada pela agropecuária, somente a exportação de carne bovina gerou receita de US$2,5 bilhões em 2004, a busca e identificação de regiões cromossômicas que controlem ao menos parte da variação dessas características quantitativas de interesse econômico (QTL, Quantitative Trait Loci), tais como peso ao nascimento e ganho de peso, e também regiões que influenciem a resistência aos parasitas, é de grande importância. O objetivo do presente estudo foi mapear QTLs para características de crescimento e de resistência à endoparasitas gastrintestinais e parasitas externos, como o carrapato (Rhipicephalus (Boophilus) microplus) e o berne (Dermatobia hominis), utilizando marcadores microssatélites para fazer a varredura dos cromossomos cinco e sete dos bovinos, em uma população F2 Gir x Holandês. No cromossomo cinco, detectamos a presença de um QTL significativo (P < 0,01) para peso ao nascimento e outro sugestivo (P < 0,05) para contagem de carrapato na estação chuvosa. No cromossomo sete, detectamos um indicativo de QTL (P < 0,10) para contagem de carrapato na estação seca. Em ambos os casos houve desvio significativo de dominância, sugerindo que parte da variação genética da característica deve ser atribuída à combinação de alelos. O alelo favorável para resistência do QTL no cromossomo cinco foi oriundo da raça Gir e o do cromossomo sete da raça Holandesa, fato surpreendente, dado que as raças zebuínas foram tradicionalmente consideradas como única fonte de resistência ao carrapato. Nenhum QTL foi associado à resistência aos endoparasitas gastrontestinais ou ao berne. A aplicação dessas informações depende ainda da redução do intervalo de confiança para a posição dos QTLs e validação em outras populações.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseSMC.pdf: 1475573 bytes, checksum: 4f80d07f9aea9ed3c478641a4ab37393 (MD5) Previous issue date: 2004-06-29 / The PIT1 gene codes for the pituitary transcription factor Pit-1, which is critical for the activation of the expression of prolactin and growth hormone genes, in addition to participating in the activation of PIT1 itself. The objective of the present study was to investigate the effect of HinfI polymorphism of this gene on meat production traits. The sample consisted of 509 Canchim animals born between 1998 and 2000. The sample included a traditional line (GG1) consisting of 5/8 Charolais genome breed and 3/8 of the Zebu breeds, Nelore, Guzerá and Indubrasil, and a new line (GG2) with 21/32 Charolais genome and 11/32 of the Nelore breed. The genotypes for the PIT1 gene were identified by PCR-RFLP. Genotype effect on phenotypic values for birth weight (BW), standardized weaning weight (W240) and at 12 month of age weight (W365), and on average daily weight gain to the born at weaning (GMND) and to the weaning at 12 month of age (GMD12), were analyzed by the least squares method. The results revealed significant effects of the interaction between genetic animal group and PIT1 genotype on W240, GMND and GMD12 (P < 0.05). The differences in mean least squares between genotype ( / ) and genotypes (+/+) and (+/ ) for W240 and GMND were significant in GG2 (P < 0,01 and p < 0,05, respectively), revealing superiority of the ( / ) genotype on that characters. The means for genotypes (+/+) and (+/ ), respectively at the W240 and GMND, did not differ from one another, suggesting a dominance effect of the HinfI (+) allele. The means effects of the HinfI ( ) allele indicated a positive effect of this allele on W240 and GMND, and the deviation estimates attributed to dominance showed a favorable effect of the HinfI ( ) allele on W240 and GMND of GG2 animals, when present in homozygosis in the genotypes of the individuals. The means of the genotypes in GG1 did not differ from one another. The difference in PIT1 behavior observed in the two genetic groups, however, may suggest the action of a quantitative trait locus linked to PIT1 segregating only in GG2 of the population studied, and not a direct effect of PIT1. / O gene PIT1 codifica o fator de transcrição pituitário Pit-1, crítico para ativar a expressão dos genes da prolactina e do hormônio de crescimento, além de participar na ativação do próprio PIT1. Esta pesquisa teve por objetivo investigar o efeito do polimorfismo HinfI desse gene sobre caracteres de produção de carne em um rebanho da raça Canchim. A amostra foi constituída por 509 animais nascidos entre os anos de 1998 e 2000. A amostra incluiu uma linhagem tradicional (GG1) com média de 5/8 de genoma da raça Charolês e 3/8 das raças zebuínas Nelore, Guzerá e Indubrasil, e uma linhagem nova (GG2) com média de 21/32 de genoma de Charolês e 11/32 da raça Nelore. Os genótipos para o gene PIT1 foram identificados mediante técnica PCR-RFLP empregando a enzima HinfI. Os efeitos dos genótipos sobre valores fenotípicos para pesos ao nascimento (PN) e pesos padronizados à desmama (P240) e ao ano (P365), e sobre os valores de ganhos de peso médios diários do nascimento à desmama (GMND) e da desmama aos 12 meses de idade (GMD12) foram analisados pelo método dos quadrados mínimos. Os resultados revelaram efeitos significativos da interação entre grupo genético do animal e genótipo de PIT1 sobre P240, GMND e GMD12 (P < 0,05). As diferenças nas médias dos quadrados mínimos entre o genótipo ( / ) e os genótipos (+/+) e (+/ ) para P240 e para GMND foram significativas em GG2 (P < 0,01 e p < 0,05, respectivamente), revelando superioridade do genótipo ( / ). As médias dos genótipos (+/+) e (+/ ), referentes a P240 e GMND, não diferiram entre si, indicando efeito de dominância do alelo HinfI (+). As médias dos efeitos do alelo HinfI ( ) apontaram para efeito positivo deste alelo sobre P240 e GMND, e as estimativas de desvios atribuídos à dominância mostraram efeito favorável do alelo HinfI ( ), sobre P240 e GMND dos animais do grupo GG2, quando presente em homozigose nos genótipos dos indivíduos. Não houve diferenças significativas entre as médias dos três genótipos no grupo genético GG1. A diferença de comportamento de PIT1 observada nos dois grupos genéticos, entretanto, pode sugerir a ação de um QTL ( Quantitative Trait Locus) ligado ao gene PIT1 segregando apenas em GG2 da população estudada e não efeito direto de PIT1.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMM.pdf: 1266413 bytes, checksum: d6fbf6c10fe74d26ef6a06263083f0bd (MD5) Previous issue date: 2006-06-30 / Universidade Federal de Sao Carlos / Brazil possesses the largest commercial bovine herd in the world and cattle represents about 43% of agricultural PIB of Brazil. Crossing Bos taurus and Bos indicus species allows the combination of traits of production from the first specie and of rusticity from the second specie for the genetic improvement of the bovines. Due to the economical relevance of livestock in Brazil, the search for regions in the genome that contribute to prodution traits is object of many studies including traits such as meat yield, precocity of growth and many weight measures (eg. birth weight, yearling weight). The endoparasites and ectoparasites have great economical relevance, once the growth losses and production (meat and milk) affect the bovine herd and consequently, the producer and consumer. The objective of this work was to map QTL (Quantitative Trait Loci) for growth traits and for resistance to ectoparasite and endoparasites through the BTA14 scan, using microssatellite markers in a F2 population Holstein x Gyr. The QTL mapping for the trait birth weight (BW) suggested a QTL (P <0.05) at 1 cM from centromere and for the weight at 60 days (P60), a suggestive QTL (P <0.05) was found at 0 cM from centromere. The mapping for resistance to the ectoparasite Boophilus microplus revealed a significant QTL (P<0.01) at 22 cM from centromere but no association was observed for endoparasites. Together, the results found in this work suggest the possibility to map regions of the bovine genome that affect quantitative traits, like growth and resistance, by means of microssatellite markers. / O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo e a bovinocultura representa cerca de 43% do PIB agropecuário do Brasil, onde o cruzamento das espécies Bos taurus e Bos indicus permite a combinação de características de produção da primeira espécie e a rusticidade da segunda espécie visando o melhoramento genético dos bovinos. Devido à essa importância econômica da pecuária no Brasil, a procura por regiões no genoma que contribuem para características de produção é objeto de muitos estudos, que incluem características como rendimento de carne, precocidade de crescimento e diversos tipos de pesos. Também importante é o combate aos endoparasitas e ectoparasitas, que têm grande relevância econômica, uma vez que as perdas de crescimento e de produção (carne e leite) afetam o rebanho bovino e consequentemente, o produtor e consumidor. O objetivo deste trabalho foi mapear QTLs (Quantitative Trait Loci) para características de crescimento e de resistência (a ectoparasitas e endoparasitas) por meio da varredura do cromossomo 14 dos bovinos (BTA14), utilizando marcadores microssatélites em uma população F2 Holandês x Gir. O mapeamento de QTLs relacionados à característica peso ao nascimento (PN), permitiu encontrar um QTL sugestivo (P<0,05) a 1 cM do centrômero e para a característica peso aos 60 dias (P60), permitiu encontrar um QTL sugestivo (P<0,05) a 0 cM do centrômero. O mapeamento para característica de resistência ao ectoparasita Boophilus microplus revelou um QTL significativo (P<0,01) a 22 cM do centrômero e à resistência a endoparasitas nenhum QTL foi associado. Os resultados encontrados neste trabalho sugerem que é possível mapear regiões do genoma dos bovinos que afetam características quantitativas, como crescimento e resistência à parasitas, através da utilização de marcadores microssatélites.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMMS.pdf: 957649 bytes, checksum: 26153578cc56d59b9fd242494f3cd28d (MD5) Previous issue date: 2007-03-09 / Financiadora de Estudos e Projetos / Due to the great economic importance of sugarcane crop in Brazil, the occurrence of infections by phytopathogens leading to decreased productivity and quality remains a serious problem. As the plants have natural mechanisms of defense against the attack of fungi and insects, amongst which the inhibitors of proteases are distinguished, the use of these substances in the development of resistant plants or in pesticide production may be an interesting alternative. One of the major classes of protease inhibitors acting against the attack of pathogens is the cystatins, proteins that inhibit cysteine proteases specifically. Canecystatin was the first cysteine protease inhibitor characterized from sugarcane. This gene codes for a ~ 14 kDa protein that contains conserved regions common to the cystatin family. Although the protein has previously been produced in a bacterial system of expression, in this work we use this sugarcane cystatin as a model for the implementation of a heterologous protein expression system in insect cells. This system has some advantages relatively to the prokaryotic system such as the possibility of posttranslational modifications. The recombinant protein was expressed in this system in a soluble form and purified using affinity chromatography in a nickel column, rendering approximately 23 mg/L of pure protein. The activity of the protein was assayed against papain, being capable of inhibiting the activity of this cysteine protease efficiently. Furthermore, the stability of the protein was analyzed in different conditions of pH and temperature. We conclude that the canecystatin is a good model for the implementation of the Baculovirus Expression System at the Molecular Biology Laboratory of the UFSCar / Devido à grande importância da cultura da cana-de-açúcar no Brasil, a ocorrência de infecções por fitopatógenos constitui um grave problema que acarreta queda na produtividade e na qualidade da lavoura canavieira. Uma vez que as plantas têm mecanismos naturais de defesa contra o ataque de fungos e insetos, dentre os quais se destacam os inibidores de proteases, a utilização dessas substâncias no desenvolvimento de plantas resistentes ou na produção de pesticidas seria uma alternativa interessante. Um tipo de inibidor de protease que atua na proteção contra o ataque de patógenos e como proteínas de reservas em algumas sementes são as cistatinas, proteínas que inibem especificamente cisteínoproteases. A Canacistatina foi o primeiro inibidor de cisteíno-protease caracterizado originado da cana-de-açúcar. Apesar de já ter sido anteriormente produzida em sistema bacteriano de expressão, a Canacistatina foi utilizada, nesse trabalho, como modelo de estudo para implementação do sistema de expressão de proteínas heterólogas em células de inseto. Esse sistema apresenta algumas vantagens sobre o sistema procariótico como a possibilidade de realizarem modificações pós-traducionais. A proteína recombinante foi expressa nesse sistema na forma solúvel e purificada em cromatografia de afinidade em coluna de níquel, resultando em um rendimento de 23 gramas por litro de cultura. A proteína purificada foi submetida a testes de inibição enzimática contra a papaína, sendo capaz de inibir satisfatoriamente a atividade dessa cisteíno-protease. Também foram realizados testes de estabilidade desse inibidor em diferentes condições de pH e temperatura, mostrando-se estável. A Canacistatina foi um modelo de estudo adequado para a implementação do sistema de expressão de proteínas no Laboratório de Biologia Molecular da UFSCar

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1754.pdf: 1794601 bytes, checksum: 8220baeae04cb592863e172e96970c80 (MD5) Previous issue date: 2008-03-14 / Financiadora de Estudos e Projetos / Brazilian livestock production presents great impact for the national agriculture, possessing the largest bovine commercial herd of the world. However, the productivity is low and gastrintestinal diseases caused by Haemonchus spp are one of the major constraints to the production. It is known that those parasites are responsible for many immunological responses in the host. Cytokine polarization Th1/Th2 has been studied to understand the infections caused by nematodes. However, the studies that try to understand immune response of cattle with Haemonchus spp are still scarce. The goal of this work was to verify differences in the mRNA abundance of genes involved in immune response of calves of Nelore breed (Bos indicus) submitted to the first infection with Haemonchus spp, relating these differences to patterns of cellular infiltrate. Genes were evaluated by real time PCR and relative quantification was made by the software Relative Expression Software Tool. Results showed up-regulation of the interleukins IL-4 (p&#8804;0.05) and IL- 13 (p&#8804;0.05) in the lymph node of challenged animals. No significant differences (p > 0.05) were found in mRNA abundance for the genes analyzed in abomasum. There were no significant differences for mast cells and eosinophil counts in abomasal tissue among analyzed groups. From the results, it can be concluded that for the short infection time, there was increased polarization of Th2 in lymph node, but it was not seen in abomasal tissue. / RESUMO A pecuária brasileira apresenta grande impacto para o setor agrícola nacional, possuindo o maior rebanho bovino comercial do mundo. Em contrapartida, a produtividade é baixa e as doenças causadas por endoparasitoses do gênero Haemonchus são um dos principais limitantes na produção. Sabe-se que esses parasitos são responsáveis por uma série de respostas imunológicas no hospedeiro. A polarização de citocinas Th1/Th2 tem sido amplamente estudada visando entender melhor as infecções causadas por parasitos gastrintestinais. Entretanto, ainda são escassos os estudos que procuram entender a resposta imunológica de bovinos endoparasitados com Haemonchus spp. Os objetivos deste trabalho foram verificar diferenças na abundância de RNA mensageiro de genes relacionados à resposta imune de bezerros da raça Nelore (Bos indicus) submetidos à primeira infecção com Haemonchus spp, relacionando-as às respostas locais de infiltrados celulares. Os genes foram quantificados por PCR em tempo real e a quantificação relativa foi feita pelo programa computacional Relative Expression Software Tool. Os resultados mostraram um aumento significativo das interleucinas IL-4 (p&#8804;0,05) e IL- 13 (p&#8804;0,05) nos linfonodos do grupo de animais desafiados. Não foram encontradas diferenças significativas (p > 0,05) de abundância de mRNA para os genes analisados no tecido abomasal. Não houve diferenças significativas (p > 0,05) para contagens de mastócitos e eosinófilos no tecido abomasal entre os grupos analisados. Assim, pode-se concluir que, para o curto período de infecção, houve um aumento da polarização Th2 em linfonodo, mas não em abomaso.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2146.pdf: 1671091 bytes, checksum: f97eeea1da741ae03253f4c73616f003 (MD5) Previous issue date: 2007-11-30 / Universidade Federal de Minas Gerais / Several Psittacidae species, as those of Ara genus, have biological characteristics frequently associate with extinction risk. These include corporal size, specialized food preferences, low rate of population growth, restricted habitat and geographic dispersal. Genetic studies are important tools because they provide helpfulness for the conservation of those species with high extinction risks. Microsatellite markers are frequently used in population and conservation studies, and are usually isolated from the genome of the targeted species or of the related species. The main goal of this study was evaluate the genetic variation of Ara chloroptera inhabiting a touristic area, named Buraco das Araras, in Mato Grosso do Sul. For such way, six microsatellite loci were isolated and characterized and were useful to assess the genetic variation of Ara chloroptera and presented also a good value to study other Neotropical parrot. The studied population showed a genetic variation value comparable to that previously observed in a non endangered congeneric species. A significant Hardy-Weinberg disequilibrium was detected, probably related to migrants. It was hypothesized the occurrence a throughout of the years alternation of visiting individuals. The Buraco das Araras constitutes a favorable and helpful environment for reproduction and food of the red-and-green macaw and species conservation. / Certas espécies de psitacídeos possuem uma série de características normalmente associadas ao risco de extinção, como grande tamanho corporal, pequena diversidade de itens alimentares, alta especificidade de hábitat, pequena taxa de crescimento populacional e distribuição geográfica restrita, como o gênero Ara. Estudos genéticos são importantes ferramentas para auxiliar a conservação de espécies sob risco de extinção. Um dos marcadores moleculares mais utilizados é o microssatélite, o qual deve ser isolado da própria espécie ou de espécies correlatas. O objetivo principal desse estudo foi avaliar a variação genética de uma população de Ara chloroptera que habita uma região turística do Mato Grosso de Sul, conhecida por Buraco das Araras. Para tanto foram identificados e caracterizados seis locos de microssatélites na espécie, os quais foram úteis para acessar a variação genética e também apresentaram potencial para utilização em estudos com outros psitacídeos neotropicais. A população estudada apresentou uma variabilidade genética comparável a observada em uma espécie congenérica não ameaçada. Mostrouse significativamente em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, provavelmente devido aos imigrantes detectados. Foi hipotetizada a ocorrência de alternância de indivíduos visitantes ao através dos anos. O Buraco das Araras proporciona um ambiente favorável para reprodução e alimentação da arara vermelha, ajudando na conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2152.pdf: 1768000 bytes, checksum: bfe924ab33d5d72de49d9edd1a2c9176 (MD5) Previous issue date: 2008-08-15 / Financiadora de Estudos e Projetos / The sheep production has been growing surprinsingly in the last years in Brazil, but in despite of this, it can not be considered competitive yet, principally because the lack of structure and organization of the sector. Among the problems faced by the Brazilian sheep producers we could cite the gastrointestinal parasites and the relatively low productivity of the native breeds when compared with the exotic ones. The knowledge of the genetic factors controlling these traits can help in the improvement of then without impair the correlated traits. Through molecular biology and statistical technics is possible to identify genes/chromosomal regions associated with these traits and once the region is confirmed as really important in the control of the characteristic this information could be used in breeding programs through marker assisted selection. Many regions were identified as candidate for growth and nematode resistance traits in sheep and other ruminants, and among of them is the Q arm of the sheep chromosome OAR3. Because of this, the aim of this study was to investigate three microssatelite markers located in the Q arm of the OAR3 and its relationship with growth and nematode resistance traits in sheep from three genetic groups: Santa Inês X Santa Inês, Dorper X Santa Inês e Suffolk X Santa Inês. The association analysis revealed two alleles of the BL4 marker with significative effect in the Santa Inês x Santa Inês genetic group and one allele form the same marker with significative effect in the genetic group Dorper x Santa Inês on birth weight. It was also observed one allele from the BL4 marker associated with slaughter weight in the Santa Inês x Santa Inês genetic group. We did not observe any association between the markers studied and nematode resistance. Our results suggest that there are one or more genes in the studied region related with growth traits, but more studies are required to confirm the importance of this region in the control of these traits and to identificate the candidate genes. / A ovinocultura, apesar de apresentar um crescimento significativo nos últimos anos, ainda não pode ser considerada no Brasil como uma exploração competitiva. Isto se deve principalmente pela falta de organização e estruturação do setor produtivo. Dentre os problemas da ovinocultura nacional podemos citar as parasitoses gastrintestinais e a baixa produtividade das raças locais quando comparadas com raças importadas. O entendimento dos fatores genéticos que controlam as características produtivas pode auxiliar na melhoria dos rebanhos para uma característica importante sem significar prejuízo a outras características. Através de técnicas de biologia molecular e estatística pode-se identificar genes/regiões cromossômicas responsáveis pelo controle dessas características e uma vez que essas regiões sejam identificadas e comprovadas como importantes, essa informação pode ser utilizada em programas de melhoramento genético através de seleção assistida por marcadores. Algumas regiões já foram identificadas como sendo candidatas a conter genes importantes tanto para resistência aos nematódeos gastrintestinais quanto para características de crescimento em ovinos e outras espécies de ruminantes. Dentre estas regiões está o braço Q do cromossomo OAR3 dos ovinos. Por isso, o objetivo deste trabalho foi estudar três marcadores microssatélites localizados no braço Q do cromossomo ovino OAR3 e suas relações com as características de crescimento (peso ao nascimento e peso ao abate) e resistência aos nematódeos gastrintestinais utilizando ovinos pertencentes a três grupos genéticos (Santa Inês X Santa Inês, Dorper X Santa Inês e Suffolk X Santa Inês). A análise de associação revelou a presença de dois alelos do marcador BL4 com efeito significativo no grupo genético Santa Inês x Santa Inês e um alelo do mesmo marcador com efeito significativo no grupo genético Dorper x Santa Inês para peso ao nascimento. Também foi observado efeito de um alelo do marcador BL4 com efeito significativo no grupo genético Santa Inês x Santa Inês para peso ao abate. Não foi observado efeito significativo de nenhum marcador na característica de resistência aos nematódeos gastrintestinais. Os resultados deste trabalho sugerem a presença de um ou mais genes na região estudada para características de crescimento, porém mais estudos são necessários para confirmar a real importância desta região no controle destas características bem como a identificação de possíveis genes candidatos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3514431 bytes, checksum: 363b70b87828ee72684cb0b0718115ca (MD5) Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dinoponera lucida (Formicidae: Ponerinae) is a ant of black color and large size, up to four cm, with apterous females and smaller, winged males. There are no morphologically differentiated castes and the reproduction is carried out by fertilized workers known as gamergates . The species is on the Brazilian list of fauna threatened with extinction. Its distribution is restricted to the south of Bahia and to Espírito Santo in the Central Corridor of the Mata Atlântica. As a contribution to the elucidation of the type of geopgraphic distribution and population structure of the species, the phylogeography of D. lucida was studied from mitochondrial DNA. 1149 bp of the COI, COII and Cytb genes were sequenced. Phylogenetic trees were constructed by Bayesian Inference. Molecular variation, fixation indices, nucleotide and haplotype diversity indices were estimated. Haplotype networks were reconstructed by median-joining network. The type of phylogeography observed was phylogeographic structure with discontinuous genetic divergence and loss of intermediate haplotypes and populations with limited gene flow. The area of occurrence of the species has been intensely impacted by habitat loss and consequently isolation of remaining populations and preserved forests that represent modern ecological refuges for the species. The loss of the habitat also represents loss of intermediate haplotypes and the remaining populations presented exclusive haplotypes. The loss of any of these can not be replaced or compensated for by the conservation of any other. This implies the necessity of conservation efforts aiming to preserve as many as possible of the remaining areas that still harbour population of the D. lucida. / Dinoponera lucida (Formicidae: Ponerinae) é uma formiga de coloração preta e grande porte, até 4 cm, com fêmeas ápteras e machos alados e menores. Não há castas morfologicamente diferenciadas e a reprodução é feita por operárias fertilizadas conhecidas como gamergates . A espécie consta na lista brasileira da fauna ameaçada de extinção. Sua distribuição está restrita ao sul da Bahia e ao Espírito Santo no Corredor Central da Mata Atlântica. Como contribuição para a elucidação do padrão de distribuição geográfica e estruturação populacional da espécie, a filogeografia de D. lucida foi estudada a partir de seqüências do DNA mitocondrial. Foram seqüenciados 1149 pb dos genes COI, COII e Cytb. Árvores filogenéticas foram construídas por Inferência Bayesiana. Variância molecular, índices de fixação, índices de diversidade nucleotídica e haplotípica foram estimados. Redes de haplótipos foram reconstruídas por median-joining network. Os índices de diversidade e fixação indicaram a estruturação das populações. O padrão filogeográfico observado foi a estruturação filogeográfica com padrão descontínuo de divergência genética e perda de haplótipos intermediários em populações com limitado fluxo gênico. A área de ocorrência da espécie tem sido intensamente impactada com perda de habitat e conseqüente isolamento das populações remanescentes em fragmentos florestais preservados que representam refúgios ecológicos modernos para a espécie. A perda de habitat representa também a perda haplótipos intermediários e as populações remanescentes apresentaram haplótipos exclusivos. A perda de qualquer uma delas não pode ser substituída ou compensada pela conservação de nenhuma outra. Isto implica a necessidade de esforços conservacionistas que visem preservar o máximo possível das áreas remanescentes que ainda abrigam populações de D. lucida.