Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-18Bitstream added on 2014-06-13T18:29:25Z : No. of bitstreams: 1 tomazella_im_me_jabo.pdf: 1956408 bytes, checksum: e74110eecf03b6849e3577dfb0d203f0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O processo de evolução cariotípica dos cervídeos a partir de um ancestral comum e hipotético, que possuía cariótipo com número diplóide e fundamental igual a 70, foi marcado por complexos rearranjos cromossômicos. Este cariótipo foi retido e pode ser encontrado na espécie Neotropical Mazama gouazoubira, que apresenta variação cromossômica e esta por sua vez, pode ser explicada pela fragilidade cromossômica. Este trabalho teve como finalidade identificar os cromossomos portadores de aberrações cromossômicas induzidas pela doxorrubicina, e localizar as regiões de quebras desses cromossomos. Foram analisados citogeneticamente 6 animais por meio da coloração convencional para a identificação e quantificação de 9 diferentes tipos de aberrações cromossômicas (anel, dicêntrico, gap cromatídico, gap cromossômico, quebra cromatídica, quebra cromossômica, forma trirradial, forma quadrirradial e rearranjo) e pelo bandamento G para a identificação precisa dos cromossomos portadores das aberrações e localização das regiões de quebras desses cromossomos. Os pares cromossômicos 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15, 16 e o cromossomo sexual X apresentaram aberrações cromossômicas em todos os animais analisados. Entre os cromossomos que apresentaram aberrações cromossômicas, as regiões em que estas se concentraram com maior frequência foram as regiões mediana e distal em relação ao centrômero. Tais dados sugerem que estas regiões dos cromossomos podem estar mais suscetíveis à fragilidade cromossômica e consequentemente, poderiam estar envolvidas com a diferenciação cariotípica das espécies / The process of karyotype evolution of deer from a hypothetical common ancestor with diploid and fundamental numbers equal to 70 was characterized by complex chromosomal rearrangements. This ancestral karyotype was retained and it is considered to be standard for the current Neotropical species, Mazama gouazoubira. Several animals of this species, analyzed in different studies, showed karyotype variation that can be explained by chromosomal fragility. This study aimed to identify the chromosomes carrying doxorubicin-induced aberrations and to locate the regions of chromosome breaks (proximal, middle or distal). Six animals were analyzed by conventional staining for the identification and quantification of nine different types of chromosomal aberrations (ring, dicentric, chromatid gap, chromosomal gap, chromatid break, chromosomal break, triradials form, quadriradials form and rearrangements) and by G-banding for the precise identification of the chromosomes that carry aberrations and the regions where the breaks occur. The 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15 and 16 chromosome pairs and the X sex chromosome showed chromosomal aberrations in all analyzed animals. Among all chromosomes that presented chromosomal aberrations, most of them were located in the middle and distal regions. These data suggest that the middle and distal regions of the chromosome may be more susceptible to chromosomal fragility and, consequently, could be involved in the karyotype differentiation of Mazama species

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-13Bitstream added on 2014-06-13T20:33:37Z : No. of bitstreams: 1 bizari_dc_me_jabo.pdf: 336489 bytes, checksum: 0801c01531c7ce877e08321205d11d07 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No presente estudo, cinco novos genes codificantes de proteínas foram selecionados para o mapeamento do cromossomo 6 bubalino (BBU6). Os novos genes (muc1, ppp1r7, psmd4, tshb e gtf2b) foram testados com a tecnologia de PCR resultando em produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando-se um painel de células somáticas híbridas irradiadas, denominado BBURH5000. Os resultados obtidos mostraram uma freqüência de retenção (FR) do produto de PCR de cada gene nas diferentes linhagens do painel com variação de 13,3% (gtf2b) a 26,6% (psmd4). A análise comparativa entre os mapas RH do BBU6 e a sequência do cromossomo 3 bovino permitiu indicar a localização dos novos genes no cromossomo 6 bubalino / In this study, five new protein coding genes were select for mapping buffalo chromosome 6. The new genes (muc1, ppp1r7, psmd4, tshb and gtf2b) were tested using PCR technology resulting in PCR products suitable for mapping using a radiation hybrid panel (BBURH5000). The retention frequency of the PCR products in each hybrid cell line of the panel showed the percentage from 13,3% (gtf2b) to 26,6% (psmd4). Comparative analysis between the buffalo chromosome 6 RH map and the sequence from bovine chromosome 3 allowed to assign the location of the new genes on buffalo chromosome 6

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-16Bitstream added on 2014-06-13T19:21:39Z : No. of bitstreams: 1 marra_nm_dr_botib.pdf: 4252184 bytes, checksum: afb979c4c1ac0f6057b82f3677f698e2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo foram analisadas a dinâmica da infecção primária por Strongyloides venezuelensis em ratos Lewis, a influência do sexo do hospedeiro e sua resposta imune. Também foi comparada a sensibilidade da PCR com as técnicas histológica e parasitológica na caracterização desta infecção utilizando amostras de tecidos e fezes, respectivamente. No primeiro artigo, o número de ovos por grama de fezes (OPG) foi determinado pela técnica de McMaster modificada e o DNA foi extraído para análise por PCR. Comparou-se a sensibilidade de ambos os métodos para o diagnóstico do parasita em fezes de ratos inoculados com 40, 400 e 4000 larvas infectantes (L3) e essas infecções foram consideradas leve, moderada e grave, respectivamente. Na PCR dois pares de primers foram empregados, um foi desenhado a partir da seqüência parcial de rDNA de S. venezuelensis e o outro, amplifica o rDNA de diversas espécies deste gênero. Nas amostras oriundas dos animais com infecção leve o primer específico não detectou DNA, já o primer gênero apresentou maior sensibilidade que a quantificação de OPG. No segundo artigo foi analisada a influência do sexo dos hospedeiros na suscetibilidade às infecções leve, moderada e pesada. Machos com infecção moderada e pesada apresentaram maior média de OPG e de número de parasitas recuperados do intestino delgado em comparação com as fêmeas, porém esse fenômeno não foi observado nas infecções leves. No terceiro artigo, os animais foram inoculados com 4000 L3 para a avaliação da dinâmica da infecção e caracterização da resposta imune durante as fases aguda e de recuperação. A dinâmica da infecção foi monitorada, diariamente, por OPG durante 32 dias. A infecção apresentou período pré-patente de seis dias e picos de eliminação de ovos no oitavo e no 11º dias. Ambos os anticorpos específicos IgG1 e IgG2b apresentar... / In the present study the dynamics of Strongyloides venezuelensis primary infection in Lewis rats, the host sex influence and its immune response were analyzed. We also compared the sensitivity between PCR, parasitological and histological techniques to characterize this infection using feces and tissue samples. In the first paper the number of eggs per gram of feces (EPG) using a McMaster modified technique was enumerated and DNA was extracted to do PCR analysis. Sensitivity of both methods to diagnosis the parasite in feces of rats inoculated with 40, 400 or 4000 infective larvae (L3) was compared. These infections were considered light, moderate and heavy, respectively. Two PCR primer pairs were employed, a specific one was designed from a S. venezuelensis rDNA partial sequence and the other one amplifies several species within this genus. In light infection, the specific primer did not detect DNA in any sample, in the other hand the genus primer presented higher sensitivity than EPG. The host sex influence in susceptibility to light, moderate and heavy infection was evaluated in the second experiment. The FEC means and the mean parasite infection intensity were higher in males than in females in animals with moderate and heavy infection. But this phenomenon was not observed in light infection. In the third paper, animals were inoculated with 4000 L3 to determine the kinetics infection and to characterize the immune response during acute and recovery phases. The kinetics of infection was daily measured by FEC during 32 days after infection. Parasite eggs were detected in the feces for the first time at day 6 post-infection, but the maximal egg number was observed at days 8 and 11 post-infection. Both IgG1 and IgG2b specific antibodies were elevated at the acute phase and there was a significant increase of IgG1 concentration in the recovery one. IgE and IL-10 also presented a high... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-14Bitstream added on 2014-06-13T21:03:47Z : No. of bitstreams: 1 luccajr_m_dr_sjrp.pdf: 333115 bytes, checksum: 8f050df82ed0c282a0a7af016f5f9cba (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / As espécies de Drosophila pertencentes ao cluster buzzatii se distribuem pelo território sul americano, na área compreendida desde a Amazônia brasileira até o chaco argentino. São espécies tipicamente cactofílicas, por utilizarem cladódios de cactos em decomposição para realizarem seu ciclo de vida. Neste trabalho investigamos as relações filogenéticas entre as seguintes espécies pertencentes ao cluster buzzatii: D. richardson (cluster stalkeri), D. koepferae (linhagem B26D2), D. seriema (linhagens D54M e D40F1M), D. serido (linhagens 1431.3 e H49F1M) e D. borborema (linhagem 1282.2). Dentre as 690 posições analisadas, foram encontrados 152 sítios conservados e 173 sítios informativos para parcimônia quando todas as seqüências foram alinhadas. O número médio total de nucleotídeos obtido para alinhamento foi de 493.4, sendo que nestes foi encontrada uma porcentagem superior no conteúdo de A-T, cerca de ~70%, em relação ao conteúdo de G-C, cerca de ~30%. Os métodos da máxima parcimônia e de distância foram utilizados para o estabelecimento das relações filogenéticas entre as seqüências analisadas e demonstraram topologias semelhantes. Nossos resultados mostram que as espécies analisadas do cluster buzzatii constituem um grupo monofilético, e que D. richardsoni (cluster stalkeri) apresenta-se como uma espécie irmã colocada Resumo em uma posição basal em relação às outras espécies. Ainda com base em nossos resultados verificamos que a análise das seqüências do espaçador intergênico ITS-1 forneceu relações filogenéticas resolvidas, sem quaisquer politomias, embora o grupo de espécies analisadas seja constituído por espécies com baixa divergência genética. / Drosophila species belonging to cluster buzzatii are cactophilic species found in South América with a distribution from Amazonian region until Argentina. In this work we investigate the phylogenetic relationship among four species of the cluster buzzatii: D. koepferae (linhagem B26D2), D. seriema (linhagens D54M e D40F1M), D. serido (linhagens 1431.3 e H49F1M) e D. borborema (linhagem 1282.2) as well as D. richardsoni (stalkeri cluster), analised as outgroup species by comparison of intergenic ITS-1 sequences of ribosomal DNA. This spacer sequences presented a length of ~550 bp in all of analysed species. It was not found any restriction site for Eco RI, Alu I, Hind III, Sal I e Hae III inside ITS-1 amplified fragments, indicating a similarity among them. Higher proportion of A-T content (~70%) was found for all analysed ITS-1 fragments, as expected for non-coding sequences. In respect to phylogenetic relation among species belonging to cluster buzzatii our data suggest that this cluster is monophyletic. However, was observed that D. serido lineages presented polymorphism higher than other species.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-04-26Bitstream added on 2014-06-13T20:03:27Z : No. of bitstreams: 1 bernardo_aa_dr_sjrp.pdf: 946735 bytes, checksum: 8ca5645baf7f63ca8f1850d734030e34 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os padrões de esterases de 19 linhagens de 10 espécies do grupo saltans foram analisados usando eletroforese em gel de poliacrilamida e α e β-naftil acetatos como substratos. Cinqüenta e uma bandas esterásicas foram detectadas e classificadas como 31 α-esterases, 18 β-esterases e duas α/β-esterases. Com base nos padrões de inibição usando Malathion e sulfato de eserina, 34 bandas foram classificadas como carboxilesterases, 14 como acetilesterases e três como colinesterases. Dez loci gênicos foram tentativamente estabelecidos com base nos dados de posição da banda no gel, preferência ao substrato e padrões de inibição. Vinte bandas foram espécie-específicas, as restantes foram compartilhadas por espécie de um mesmo ou diferentes subgrupos. Sete bandas α-esterásicas foram observadas exclusivamente em machos. Bandas com diferentes freqüências ou grau de expressão entre os sexos também foram detectadas. Nos géis preparados para análise da expressão dos genes nas partes do corpo (cabeça, tórax e abdome), o grau de expressão das β- esterases foi alto no tórax, enquanto as α-esterases expressaram-se predominantemente no abdome e tórax. Uma visão global dos dados, atualmente disponíveis, quanto às esterases das espécies do grupo saltans é apresentada neste trabalho. As hipóteses filogenéticas geradas à partir dos dados deste estudo foram comparadas com filogenias anteriores baseadas na morfologia, bioquímica e características moleculares. / The esterase patterns of 19 strains from 10 species in the saltans group were analyzed using polyacrylamide gel electrophoresis and α- and β-naphthyl acetates as substrates. Fifty-one esterase bands were detected and classified as 31 α-esterases, 18 β-esterases and two α/β- esterases. On the basis of the inhibition patterns using Malathion and eserine sulfate, 34 bands were classified as carboxylesterases, 14 as acethylesterases and three as cholinesterases. Ten gene loci were tentatively established on the basis of data on band position in the gel, substrate preference and inhibition pattern. Twenty bands were species-specific, the remaining being shared by species from the same or different subgroups. Seven α-esterase bands were observed exclusively in males. Bands with a different frequency or degree of expression between sexes were also detected. In the gels prepared for analysis of gene expression in the body parts (head, thorax and abdomen), the degree of expression of the β- esterases was higher in the thorax, while the α-esterases were expressed predominantly in the abdomen and thorax. A global view of the data available at present on the esterases of species from the saltans group is presented. Phylogenetic hypotheses generated from data in this study are compared with prior phylogenies based on morphological, biochemical and molecular characteristics.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-16Bitstream added on 2014-06-13T19:21:45Z : No. of bitstreams: 1 granzotto_a_dr_sjrp.pdf: 1610042 bytes, checksum: 27692bc1e2301a5aee3ec1445fded2d8 (MD5) / Os elementos de transposição (TEs) são sequências de DNA com a capacidade de catalisar seu próprio movimento e de se inserir em novas regiões do genoma. Desde que TEs são fonte de variação genética, os estudos da dinâmica dessas sequências permitem a compreensão da evolução do genoma do hospedeiro. Na presente Tese foi estudado o retroposon Helena, um LINE que se encontra em diferentes estágios do seu ciclo evolutivo e, portanto, um bom modelo para estudos da dinâmica evolutiva de TEs. Por meio de análises de Bioinformática de 12 espécies de Drosophila que têm o genoma sequenciado, verificou-se que Helena varia de estágios em que se encontra ao menos uma cópia completa e ativa (D. mojavensis), ou putativamente completas, mas inativas (D. simulans), a estados em que as cópias são altamente degeneradas (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae e D. virilis) ou ausentes (D. pseudoobscura, D. persimilis, D. willistoni e D. grimshawi). As análises filogenéticas mostram que esse TE estava presente no ancestral comum do gênero Drosophila e tem sido transmitido verticalmente nas linhagens derivadas, e perdido em algumas. Desde que uma cópia completa, e altamente ativa, foi observada apenas no genoma de D. mojavensis, estudamos em detalhe a região 5’ dessa cópia e verificamos, por meio de análises in vitro com o uso de um gene reporter, a presença de promotor interno para a Pol II que se encontra associado com modificações epigenéticas de histonas tanto permissivas, típicas de eucromatina, onde a transcrição pode ocorrer (H3K4me2), como repressivas, típicas de heterocromatina facultativa (H3K27me3). Esses “domínios bivalentes”, juntamente com a baixa associação de H3K9me2 (típica de heterocromatina constitutiva) indicam que Helena pode ser expresso em resposta a estímulos adequados. Análises preliminares do estudo da atividade transposicional... / The transposable elements (TEs) are DNA sequences capable of catalyze its own movement and to enter into new regions of the genome. Since TEs are source of genetic variation, studies on their dynamics allow the understanding of the genome evolution. In the present study we studied Helena, a LINE element that is at different stages of its evolutionary cycle and therefore, it is a good model for studies of TEs evolutionary dynamics. Through bioinformatics analysis of 12 Drosophila species which have their genomes sequenced, we found Helena in different stages of its evolutionary cycle, that varies of at least one full active copy (D. mojavensis) an putatively complete copy, but inactive (D. simulans) to highly degenerate (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae and D. virilis) or absent (D. pseudoobscura, D. persimilis, D. willistoni and D. grimshawi) sequences. Phylogenetic analysis showed that Helena was present in the common ancestor of the Drosophila genus and has been vertically transmitted in derived lineages, but lost on some of them. Since a complete highly active copy was observed only in D. mojavensis, we studied in more detail its 5' end region. Through in vitro assays using a reporter gene we verified the presence of internal promoter for Pol II that is associated with epigenetic histone modifications for permissive (could induce transcription (H3K4me2)) and repressive heterochromatin (facultative heterochromatin (H3K27me3)). These “bivalent marks” and poor association to H3K9me2 (constitutive heterochromatin) indicate that Helena can be expressed in response to specific stimulus. The preliminary analysis of Helena transposicional activity in vivo (by injection of complete copy in D. melanogaster) showed integration and activity of this TE in the transgenic lines. A study of BS element, a TE closely related to Helena, showed that the evolutionary dynamics of both... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-25Bitstream added on 2014-06-13T20:43:04Z : No. of bitstreams: 1 guidolin_dgf_dr_jabo.pdf: 427451 bytes, checksum: 084dc7a803aeb9d016055543a1cf6b98 (MD5) / O monitoramento dos resultados de um programa de seleção de bovinos de corte serve para avaliar o progresso genético alcançado e para que os resultados obtidos sirvam de elementos orientadores de ações futuras. Neste trabalho, os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e tendências genéticas para características de importância econômica em bovinos da raça Guzerá, estimar parâmetros populacionais e os coeficientes de endogamia e relaciona-los com valores genéticos e com o índice de seleção recomendado para a raça (MGT). Para isto, dados de 18.491 animais, oriundos de 43 fazendas foram cedidos pelo Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). As características estudadas foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura entre a 12ª e a 13ª costela (EG), espessura de gordura na garupa (EGP8), idade ao primeiro parto (IPP), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), peso adulto da vaca (PAV), peso corporal ao nascimento (PN), aos 120 (P120), aos 210 (P210), aos 365 (P365), aos 450 (P450) dias de idade e produtividade acumulada em fêmeas (PAC). Os parâmetros populacionais estimados foram taxa de endogamia por geração, tamanho efetivo da população, intervalo de gerações e o número efetivo de fundadores e de ancestrais. Os parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni e bi-características. Tendências genéticas foram obtidas por regressão linear das médias dos valores genéticos anuais, em função do ano de nascimento. A estatística t foi usada e a hipótese nula considerava o coeficiente da regressão como sendo zero. As características apresentaram suficiente variação genética aditiva, sendo passíveis de seleção e estas se mostraram favoravelmente correlacionadas geneticamente, exceto... / Monitoring the results of a breeding program for beef cattle is used to evaluate the genetic progress achieved and the results serve as guiding elements for future actions. In this work, the objectives were to estimate genetic parameters and genetic trends for traits of economic importance in Guzerat beef cattle, estimate population parameters and coefficients of inbreeding and its relationship with breeding values and the selection index recommended for the breed (MGT).For this, data from 18,491 animals from 43 farms were granted by the Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). The traits studied were rib eye area (REA), fat thickness between the 12th and 13th rib (FT), rump fat thickness (RF), age at first calving (AFC), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (GL), mature weight of the cow (MWC), body weight at birth (BWB), 120 (BW120), 210 (BW210), 365 (BW365) and 450 days of age (BW450) and cumulative productivity in females (AP). The population parameters estimated were rate of inbreeding per generation, effective population size, generation interval and the effective number of founders and ancestors. The genetic parameters, breeding values were estimated by restricted maximum likelihood, by one and two-trait analysis. Genetic trends were calculated from a linear regression of mean predicted breeding values (PBV) based on birth year. At-statistic was used to test the hypothesis that the regression coefficient for each equation is equal to zero. The traits showed sufficient additive genetic variation, being capable to respond to selection and proved to be genetically correlated among them, except AP, FT and RF, which showed low genetic correlations with other traits. The genetic trend indicated that the animal’s mean breeding value has changed over time for the traits studied... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-12Bitstream added on 2014-06-13T20:43:05Z : No. of bitstreams: 1 000736380.pdf: 3145920 bytes, checksum: eb9040463ecaf8a423ca7772cda63410 (MD5) / Esta tese compreende quatro diferentes estudos conduzidos a fim de avaliar estratégias alternativas para aumentar a eficiência de seleção genômica (GS) em programas de melhoramento animal. Um primeiro estudo foi desenvolvido com a finalidade de avaliar a performance preditiva de diferentes métodos estatísticos com base na informação de painéis de marcadores densamente distribuídos ao longo do genoma. Cinco diferentes características de uma população real de camundongos foram analisadas. Verificou-se que métodos com grandes diferenças conceituais apresentaram performance preditiva similar em algumas situações, também havendo variação na performance relativa dos métodos em função da característica analisada. O uso de diferentes variáveis resposta (pseudo-fenótipos) para estimação de efeitos de marcadores foi avaliado num segundo estudo, por meio da simulação de uma grande população de bovinos de corte, para a qual predições genômicas foram obtidas usando um procedimento de múltiplas etapas. Houve evidência de que provas desregredidas (dEBV) são mais apropriadas do que valores genéticos preditos (EBV) e médias ajustadas de desempenho da progênie (PYD), tanto para o treinamento de modelos quanto para a validação de predições genômicas. No terceiro estudo, procurou-se avaliar consequências em longo-prazo da aplicação de GS numa população de bovinos de corte sob seleção. Verificou-se grande benefício da aplicação de GS em cenários simulando seleção para características de qualidade de carne e reprodução de fêmeas. Houve evidência de que pode-se esperar maior benefício para GS, quando comparada à seleção por BLUP, no caso de características oligogênicas. Também foi possível inferir que em aplicações de GS, o uso de um critério de seleção em que se atribui maior peso a alelos favoráveis de menor frequência poderia proporcionar... / Improvements in production levels and product quality are needed in livestock systems to meet the growing world demand for animal-source foods. Besides this increasing demand, the productive sector must deal with constraints related to competition for land, greenhouse gas emissions and also due to hardening legislation in the fields of environment and animal welfare (FAO, 2011). In this context, animal breeding has played and will continue to play an important role to improve the efficiency of such production systems, especially in terms of competitiveness, safety, sustainability and biodiversity conservation (Harlizius et al., 2004). The main objective of animal breeding programs is to improve the performance of the next generations, through identification and reproduction of the animals with better genetic pool to efficiently produce in a specific environment (herein, superior animals). In the last decades, animal breeders succeeded in achieving this goal, mostly through the application of statistical tools grounded in quantitative genetics theory, what could be called as 'classical animal breeding'. In this case, the traditional prediction of the genetic merit of individuals (estimated breeding values, EBV) is obtained based on information of pedigree and phenotypes (own records and measures on relatives). With the advent of dense molecular marker panels, the implementation and design of breeding programs, especially in dairy cattle, had changed dramatically as a consequence of incorporating this new information to identify superior animals earlier and more precisely. Pioneer simulation studies drew attention of animal breeders to the possibility of making accurate predictions of the genetic merit of individuals by using genotypic information from dense marker panels, a process known as genomic selection (GS) (Nejati-Javaremi et al., 1997; Meuwissen et al., 2001). Other influential work ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-06Bitstream added on 2014-06-13T18:46:30Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_cs_dr_jabo.pdf: 1211579 bytes, checksum: 2f19bde4e0f7fbfd3f2aae7f084ceea1 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Modificações pós-translacionais de histonas são importantes componentes do código epigenético, e contribuem para o controle da transcrição gênica de cada célula. O presente trabalho descreve a participação de duas modificações de histonas no desenvolvimento embrionário pré-implantacional: a acetilação de lisinas e a citrulinização de argininas. No capítulo 1, avaliamos a presença de duas modificações de histona H3, K9ac (permissiva) e K27me3 (repressiva) em embriões bovinos no ciclo de ativação do genoma embrionário (AGE), por imunofluorescência. Ambas as marcas estão presentes e apresentam alto coeficiente de correlação, e dois perfis de embriões (com alta e baixa variação dos níveis das modificações entre blastômeros) foram descritos. A acetilação de histonas está relacionada à ativação da expressão gênica, portanto no capítulo 2 hipotetizamos que a manipulação de seus níveis em embriões bovinos poderia influenciar a ativação do genoma embrionário, o desenvolvimento de blastocistos e a inativação do cromossomo X em fêmeas. Foram testadas concentrações do inibidor das histona desacetilases tricostatina A variando de 5 a 50nM, aplicadas por 12 a 144h, iniciando 70h após a FIV. Três protocolos foram selecionados: 5nM 48h, 5nM 144h e 15nM 48h. Após, foi utilizado sêmen sexado para estudar os efeitos da TSA sobre embriões fêmeas e machos separadamente. Por imunofluorescência para H3K9ac, foi observado aumento na acetilação de histonas em ambas as concentrações (5 e 15nM), sendo 5nM mais eficaz em fêmeas do que machos. O tratamento com 15nM 48h reduziu a produção de blastocistos em machos e fêmeas, e 5nM 144h em machos. A taxa de apoptose, avaliada pelo ensaio TUNEL, foi elevada em embriões fêmeas (grupos 5nM144h e 15nM48h), e em machos (grupo 15nM48h), mas tal aumento... / Histone post translational modifications are important components of the epigenetic code, and contribute to the control of gene transcription in each cell. This work describes the participation of two histone modifications in embryonic preimplantation development: acetylation of lysines and citrullination of arginines. In chapter 1, we evaluated the presence of two modifications of histone H3, K9ac (permissive) and K27me3 (repressive) in bovine embryos in the cycle of embryonic genome activation (EGA), by immunofluorescence. Both marks are present and show a high correlation coefficient, and two profiles of embryos were described, displaying high and low variation of modifications level between blastomeres. The acetylation of histones is related to gene expression activation, so in Chapter 2 we hypothesized that the manipulation of acetylation levels in bovine embryos could influence embryonic genome activation, blastocyst development and X chromosome inactivation in females. Five concentrations of the histone deacetylase inhibitor trichostatin A (TSA), ranging from 5 to 50nM beginning 70 hours after FIV were applied per 12 to 144h. Three protocols were selected: 5nM 48h, 5nM 144h and 15nm 48h. After, sexed semen was used to study the effects of TSA on male and female embryos separately. Immunofluorescence of H3K9ac showed increased histone acetylation at both concentrations (5 and 15nM). 5nM TSA was more effective in females than in males. Treatment with 15nM 48h reduced male and female blastocyst yield, and 5nM 144h reduced male blastocyst yield. Apoptosis rate was measured by the TUNEL assay. Female 5nM144h and 15nM48h groups, and male 15nM48h group displayed higher apoptosis levels, but this increase was not observed in low quality embryos. In female embryos, TSA did not affect... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2015-04-09T12:47:34Z : No. of bitstreams: 1 000811200.pdf: 1923583 bytes, checksum: 84c931392978dc9e10b51b2550541665 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os camarões do gênero Macrobrachium (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae), encontrados em ambientes de água doce, são amplamente distribuídos pelas regiões tropicais e subtropicais do mundo, inclusive em locais próximos ao litoral. Algumas espécies desse gênero, como por exemplo M. rosenbergii, apresentam valor econômico, sendo cultivadas e comercializadas como alimento. Na região Noroeste do Estado de São Paulo, são encontradas as espécies classificadas como M. amazonicum e M. jelskii, as quais são espécies exóticas de camarões dulcícolas recentemente introduzidas e amplamente disseminadas em reservatórios de usinas hidrelétricas desta região. Essas espécies possuem hábitos crípticos e noturnos, sendo predadores de larvas de peixes e também presas de peixes adultos e outros organismos. M. amazonicum e M. jelskii apresentam grande similaridade interespecífica em termos de caracteres morfológicos, o que pode dificultar a classificação taxonômica desses organismos. O objetivo deste estudo foi conduzir análises morfométricas, ultraestruturais, isoenzimáticas e moleculares em M. amazonicum e M. jelskii, na tentativa de obter-se novos dados para distinguí-los. Os camarões foram coletados das populações dos reservatórios de Sales/SP e Mendonça/SP. As análises morfométricas englobaram as medidas do télson, dos espinhos caudais internos e do rostro. As análises por microscopia eletrônica de varredura foram realizadas nas estruturas do télson, nos espinhos caudais internos e no apêndice masculino. As análises isoenzimáticas, realizadas por eletroforese em gel de poliacrilamida, abrangeram as enzimas álcool desidrogenase, octanol desidrogenase, glicose-6-fosfato desidrogenase, lactato desidrogenase, amilase e esterases do hepatopâncreas e tecido muscular. Análises moleculares envolveram a amplificação do espaçador intergênico interno ITS-1 (Internal Transcribed Spacer 1) do rDNA. Os fragmentos ... / Prawns of the genus Macrobrachium (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) can be found in freshwater environments, widely distributed throughout tropical and subtropical regions of the world, including regions near the coast. Some species of this genus, for example Macrobrachium rosenbergii, present economic value, which are reared and traded as food. In the northwest region of São Paulo State two exotic freshwater prawn species are found, classified as M. amazonicum and M. jelskii, which were recently introduced to the aquatic reservoirs of hydroelectric power plants and then, disseminated throughout reservoirs in this region of the State. These species have cryptic and overnight habits, being predators of fish larvae and also being prey to adult fishes and other organisms. M. amazonicum and M. jelskii present high rates of interspecific similarity in terms of morphological characters, which are generally used to distinguish them, what may induce mistakes in taxonomic identification. The objective of this study was to conduct morphometric, ultrastructural, isoenzymatic and molecular analyses of M. amazonicum and M. jelskii, in order to obtain more data about their differentiation. The prawns were collected in reservoirs of Sales/SP and Mendonça/SP. Morphometric analyses were performed involving the structures of telsons, internal caudal spines and rostrums. Scanning electron microscopy analyses were performed on structures of telsons, internal caudal spines and male appendices. Isoenzymatic analyses by polyacrylamide gel electrophoresis included the enzymes alcohol dehydrogenase, octanol dehydrogenase, glucose-6-phophate dehydrogenase, lactate dehydrogenase, amylase and esterases of hepatopancreas and muscle tissue. Molecular analyses were performed by amplification and sequencing of ITS-1(Internal Transcribed Spacer 1) intergenic spacer from rDNA. The amplificated fragments were used for analyzing length polymorphism restriction fragments ...