During the last 50 years, there has been an overall improvement of efficiency in all domestic species thanks to an improvement in productivity traits. However, during the last years, disorders associated to a loss of functionality of animals (such as poor fertility, health and longevity of reproductive females) with high productivity standards have been observed. In this scenario, interactions between genetics and nutrition are becoming relevant. The main hypothesis of the present thesis is that nutritional strategies adapted to the genetic type could help to modulate productivity and functionality of females in the long term. To evaluate this hypothesis, 203 rabbit females were used which gave birth a total of 758 litters. These females belonged to 3 genetic types that differed greatly on their breeding goals: H, maternal line characterised by hyper-prolificacy; LP, maternal line characterised by functional hyper-longevity; R, paternal line characterised by growth rate. Females were fed during 5 consecutive reproductive cycles with 2 iso-energetic and iso-protein diets differing in energy source: Animal fat enhancing milk yield (84 g of ether extract per kg of DM and 105 g of starch per kg of DM); Cereal starch promoting body reserves recovery (21 g of ether extract per kg of DM and 237 g of starch per kg of DM). This experiment generated a set of longitudinal data with particular structures of (co)variances among data which had to be taken into account. Several models differing in the way data structure is modelled were evaluated. We found that none of the tested models was the best in terms of goodness of fit to the data for all traits, but it seems that models in which (co)variance structure was modelled in blocks of (co)variances for each reproductive cycle could be the most recommendable because they presented an overall suitable statistic performance (in terms of parsimony and fitting) and biological interpretation. These models provided useful information to understand acquisition and allocation of individual animals. In this sense, it seems that we can modulate allocation between energy addressed to milk or to body reserves by changing energy source of diet, but altering normal homeostasis of animals. Respect to the strategies of genetic types, results of the present experiment seem to indicate that R females were characterized by greater adult weight and by a high dependence on the body reserves to cope with the reproductive requirements of the current reproductive cycle. They gave birth little but heavier kits, although it seems they could be more immature. When R females were fed with a diet promoting milk yield, they invested more on the current litter, whereas when fed with a diet promoting body reserves recovery, it seems that they invested more in recovering for future reproduction. On the contrary, females from the maternal lines were smaller and had numerous but lighter kits, but each genetic type used different strategies. H females were also high dependent on body reserves, but storing body reserves during lactation to cope with future reproduction. This strategy makes them more sensible to the energy source of the diet, triggering problems to ensure future reproduction when fed with a diet promoting body reserves recovery (low conception rate or higher mortality of females). LP females were characterised by an acquisition capacity better fitted to changing requirements, safeguarding body reserves. This strategy seems to be more generalist, allowing them to ensure high performance of the current litter without neglecting future reproduction and with less sensitivity to the diet. Therefore, to properly balance between productivity and functionality, results reported in the presented thesis suggest that apart from requirements, the way each genetic type acquire and allocate energy over its life trajectory should be considered when formulating diets for reproductive rabbit females. / En los últimos 50 años, ha habido mejora general de la productividad y en consecuencia de la eficiencia en todas las especies domésticas. Sin embargo, en los últimos an¿os se han observado trastornos asociados a una pérdida de funcionalidad en animales con altos estándares de productividad (como baja fertilidad, salud o longevidad de las hembras reproductivas). Las interacciones entre la genética y la nutricio'n son cada vez ma's relevantes. La principal hipótesis de la presente tesis es que estrategias nutricionales adaptadas al tipo genético podrían ayudar a modular entre productividad y funcionalidad de las hembras. Para evaluar esta hipótesis, se utilizaron 203 conejas que dieron lugar a un total de 758 lactaciones. Estas conejas pertenecían a 3 tipos genéticos que diferían ampliamente en sus objetivos de selección: H, línea materna caracterizada por hiper-prolificidad; LP, línea materna caracterizada por hiper-longevidad funcional; R, línea paterna caracterizada por la velocidad de crecimiento. Las conejas fueron alimentadas durante 5 ciclos reproductivos consecutivos con 2 dietas iso-energéticas e iso-proteicas que diferían en la fuente de energía: Grasa animal para fomentar la producción de la leche (84 g de extracto etéreo por kg MS y 105 g de almidón por kg MS); Almidón de cereal para promover la recuperación de las reservas del corporales (21 g de extracto etéreo por kg MS y 237 g de almidón por kg MS). El experimento genero' una base de datos con datos longitudinales con unas estructuras particulares de (co)varianzas entre los datos y que debían tenerse en cuenta. En este sentido, se evaluaron varios modelos que diferían en la forma en que se modelan la estructura de datos. Se encontró que ninguno de los modelos probados fue el mejor en términos de bondad de ajuste para todos los caracteres. Sin embargo, parece que los modelos en los que la estructura (co) varianza se modelo' en bloques de (co)varianzas para cada ciclo reproductivo podrían ser los ma's recomendables. Respecto al efecto de la fuente de energía de la dieta, parece que podemos modular la asignación entre la energía dirigida a la producción de leche o la ganancia de reservas corporales cambiando la fuente de energía de la dieta, pero alterando la homeostasis normal de los animales. Respecto a las estrategias de los tipos genéticos, los resultados del presente experimento parecen indicar que las hembras R se caracterizaron por un mayor peso adulto y por una alta dependencia de las reservas corporales para hacer frente a las necesidades reproductivas del ciclo reproductivo actual. Estas hembras parieron menos gazapos, pero ma's pesados. Cuando las hembras R fueron alimentadas con una dieta que promovía la producción de la leche, invirtieron ma's en la camada actual, mientras que cuando se les alimento' con una dieta que promovía la recuperación de las reservas corporales, invirtieron ma's en la recuperación para su futura reproducción. Por el contrario, las hembras de las líneas maternas fueron ma's pequen¿as y tuvieron ma's gazapos, pero ma's ligeros. No obstante, cada tipo genético utilizo' una estrategia diferente. Las hembras H también fueron muy dependientes de las reservas corporales, pero almacenando reservas corporales durante la lactación para hacer frente a la futura reproducción. Esta estrategia les hace sensibles a la fuente de energía de la dieta, desencadenando problemas para asegurar la reproducción futura cuando fueron alimentadas con una dieta que promueve la recuperación de las reservas corporales. Las hembras LP se caracterizaron por una capacidad de adquisición mejor adaptada a las necesidades cambiantes. Esta estrategia parece ser ma's generalista, lo que les permite asegurar un alto rendimiento de la camada actual sin descuidar la reproducción futura, salvaguardando las reservas corporales, y con menos sensibilidad a la dieta. / En els últims 50 anys, ha aportat una millora general de la productivitat i, en conseqüència, de l'eficiència en totes les espècies domèstiques. Al llarg dels últims anys s'han observat trastorns associats a una pèrdua de funcionalitat en animals amb estàndards elevats de productivitat (com baixa fertilitat, salut o longevitat de les femelles reproductives). Les interaccions entre la genètica i la nutrició són cada vegada més rellevants. La hipòtesi principal de la tesi proposa que les estratègies nutricionals adaptades al tipus genètic permeten modular la productivitat i funcionalitat de les femelles. Per avaluar esta hipòtesi es van utilitzar 203 conilles que proporcionaren un total de 758 lactacions. Estes conilles pertanyien a tres tipus genètics que diferien àmpliament en els seus objectius de selecció: H, línia materna caracteritzada per hiperprolificitat; LP, línia materna caracteritzada per hiperlongevitat funcional; R, línia paterna caracteritzada per velocitat de creixement. A les conilles se'ls va subministrar 2 dietes isoenergètiques i isoproteiques durant cinc cicles reproductius consecutius, els quals diferien en la font d'energia: Greix animal per fomentar la producció de llet (84 g d'extracte eteri per kg MS i 105 g de midó per kg MS); Midó de cereal per promoure la recuperació de les reserves del corporals (21 g d'extracte eteri per kg MS i 237 g de midó per kg MS). L'experiment va generar una base de dades amb dades longitudinals amb unes estructures particulars de covariàncies entre les dades que havien de tindre's en compte. Es van avaluar diversos models que diferien en la forma en què modelitzaven l'estructura de les dades. Es va trobar que cap dels models provats va ser millor en termes de bondat d'ajust per a tots els caràcters. No obstant això, pareix que els models en què l'estructura covariància es va modelar en blocs de covariàncies per a cada cicle reproductiu podrien ser els més recomanables. Estos models van proporcionar informació útil per a comprendre l'adquisició i assignació d'animals individuals. Respecte a la font d'energia de la dieta, pareix que podem modular l'assignació entre l'energia dirigida a la producció de llet o el guany de reserves corporals si canvia la font d'energia de la dieta, tanmateix l'homeòstasi normal dels animals es veu alterada. Des del punt de vista de les estratègies segons el tipus genètics, els resultats del present experiment pareixen indicar que les femelles R es van caracteritzar per tindre major pes adult i per una dependència elevada de les reserves corporals per a fer front a les necessitats reproductives del cicle reproductiu actual. Estes femelles van parir menys catxaps. Quan les femelles R van ser alimentades amb una dieta que promovia la producció de la llet, van invertir més en la ventrada actual, mentres que quan se'ls va alimentar amb una dieta que promovia la recuperació de les reserves corporals, van invertir més en la recuperació per al següent cicle reproductiu. Contràriament, les femelles de les línies maternes van ser més menudes i van tindre més catxaps, però més lleugers. No obstant això, cada tipus genètic va utilitzar una estratègia diferent. Les femelles H també van ser molt dependents de les reserves corporals, però emmagatzemaren reserves corporals durant la lactació per a fer front a pròxima reproducció. Esta estratègia les fa més sensibles a la font d'energia de la dieta, i conseqüentment, desencadena problemes per assegurar la reproducció propera quan es nodrixen amb una dieta que promou la recuperació de les reserves corporals (baixa taxa de concepció o major mortalitat de les femeelle). Les femelles LP es van caracteritzar per una capacitat d'adquisició de recursos millor adaptada a les necessitats canviants. Esta estratègia pareix més generalista, la qual cosa les permet assegurar un rendiment alt de la ventrada actual sense descuidar la reproducció fu / Arnau Bonachera, A. (2017). OPTIMIZATION OF RESOURCE ALLOCATION TO THE GENETIC TYPE IN REPRODUCTIVE RABBIT DOES [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/85980 / TESIS

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2016-08-29T12:48:48Z No. of bitstreams: 1 PDF - Emanuela Maria da Silva.pdf: 1724505 bytes, checksum: 547c132ac64f15c63b3f3bf61b1de9f1 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-08-29T17:02:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Emanuela Maria da Silva.pdf: 1724505 bytes, checksum: 547c132ac64f15c63b3f3bf61b1de9f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-29T17:02:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Emanuela Maria da Silva.pdf: 1724505 bytes, checksum: 547c132ac64f15c63b3f3bf61b1de9f1 (MD5) Previous issue date: 2016-04-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This study was conducted to evaluate the effects of genotype x environment interaction, estimate the adaptability of cotton genotypes and perform clustering environments, through FGGA method (Analysis of factors associated with the effects of genotype x environment interaction and genotypic). They used data obtained from the breeding program of Embrapa Cotton (CNPA), for the 16 cotton genotypes in 8 locations (environments) distributed in Mato Grosso. analysis of individual and joint variance were performed, then the analysis of adaptability through FGGA method. Regarding the proportion of the catch of GE interaction in the first two axes, the method used allowed to explain 70% of the variation. From the results, it is suggested the formation of two mega-environments formed by A1, A4, A5 and A8 and A7 and the environments. G2 genotypes (CNPA GO 2000-1167), G4 (FMT 701), G5 (FM 993) and G14 (CNPA MT 04 2080) are widely adapted to the environments evaluated. While the technique demonstrated FGGA be easy to interpret, facilitating the Mega-environments training and also the recommendation of genotypes with wide adaptability. / O presente estudo foi realizado com o objetivo de avaliar os efeitos da interação genótipos x ambientes, estimar a adaptabilidade de genótipos de algodão e realizar o agrupamento dos ambientes, por meio do método FGGA (Análise de fatores associados aos efeitos da interação genótipos x ambientes e genotípicos). Foram utilizados dados obtidos junto ao programa de melhoramento genético da Embrapa algodão (CNPA), referentes a 16 genótipos de algodão, em 8 locais (ambientes) distribuídos no Mato Grosso. Foram realizadas analises de variância individual e conjunta, em seguida, as analises de adaptabilidade por meio do método FGGA. Em relação à proporção da captura da interação GxA nos dois primeiros eixos, o método usado permitiu explicar 70% da variação. A partir dos resultados, sugere-se a formação de dois mega- ambientes formados por A1, A4 e A8 e pelos ambientes A5 e A7. Os genótipos G2 (CNPA GO 2000 – 1167), G4 (FMT 701), G5 (FM 993) e G14 (CNPA MT 04 2080) apresentam adaptação ampla para os ambientes avaliados. Enquanto, a técnica FGGA demostrou ser de fácil interpretação, facilitando a formação de Mega-ambientes e também a recomendação de genótipos com ampla adaptabilidade.

L'environnement est une variable essentielle de la traduction des génotypes en phénotypes: ainsi, un génotype donné peut donner naissance à des phénotypes distincts en réponse aux variations environnementales. Ce phénomène, appelé plasticité phénotypique, est universel. Mon projet avait pour objectif d'analyser de façon quantitative et intégrée la plasticité de la reproduction et son évolution chez les nématodes Caenorhabditis, en étudiant les caractéristiques de la lignée germinale. Ce travail a également mis en lumière la sensibilité à l'environnement des traits d'histoire de vie en rapport avec la fitness, et leur évolution. J'ai d'abord analysé la plasticité et les interactions génotype/environnement des traits phénotypiques d'histoire de vie et de la lignée germinale de C. elegans en réponse à des variations environnementales pertinentes sur le plan écologique. J'ai mis en évidence des effets hautement variables de l'environnement et du génotype, et des interactions génotype/environnement pour chacun de ces traits. J'ai ensuite examiné l'évolution intra- et inter-espèces de la lignée germinale et de la reproduction dans le genre Caenorhabditis, et plus particulièrement les variations évolutives dans la sensibilité thermique de la reproduction. J'ai montré que la réduction de la fertilité lors de l'exposition à des températures élevées ne s'expliquait pas seulement par des défauts de spermatogenèse mais également par un large spectre d'erreurs de l'oogenèse. Enfin, j'ai participé à des expériences d'évolution expérimentale visant à quantifier les changements de la lignée germinale qui accompagnent l'adaptation de populations C. elegans à un nouvel environnement.

In this thesis, the relationships between 17 traits including starch, fibre, culinary quality and agronomic parameters of potato were investigated. In two studies, 12 genotypes were grown at three locations in Ontario and 18 genotypes were grown at four locations in Manitoba, Ontario and New Brunswick. Genotype by environment interactions were significant for fibre and agronomic traits, except bake score and specific gravity. Correlations were found between some, but not all, starch, fibre and agronomic parameters. Several genotypes containing desirable starch, fibre and agronomic profiles with high stability were identified. Although no single genotype was superior in all analyzed traits, certain genotypes excelled in specific attributes. CV96044-3 had the best starch and fibre profile, but low yields compared to other cultivars. Three genotypes, CV96044-3, F04037 and Goldrush, may be useful parents in a breeding program to improve starch and fibre characteristics, producing cultivars containing all desirable traits. / AAFC, Agricultural Bioproducts Innovation Program, BioPotato Network

In 2007, U.S. Congress created the "Energy Independence and Security Act" with primary goals focused on increasing the knowledge in production of renewable fuels, increasing the percentages of renewable fuels in the transportation sector and decreasing the emissions of greenhouse gases from fossil fuel sources. To achieve these goals, many species have been pointed as sources of feedstock for the biofuel industry. Photoperiod sensitive (PS) biomass sorghum for the lignocellusosic based conversion is one. In this study, three main objectives were addressed regarding the relative performance for biomass yield and biomass composition of PS biomass sorghum. First, genetic and environmental variation effects on the biomass yield and biomass composition, and usefulness of pre-classification of genotypes by biomass lignin content were evaluated. On the set of genotypes and locations tested, the environmental effect had the largest influence on the biomass composition, yield and its components. Although smaller, the genetic variation effect was significant for most of the traits, some traits had significant genotype by environment GXE interaction. The pre-classification of genotypes according to lignin content proved to be an efficient system of separating genotypes as groups, but failed to be efficient in separating on the entries bases. Assessment of growth patterns for biomass yield and composition, characterized photoperiod sensitive sorghum as capable of producing a harvestable crop as soon as 4 months, but variations in the concentration of constituents and moisture percentage, pointed to a harvest window that can be extended up to the 7th month after planting. Genetic variation was observed in this trail for most agronomic and composition traits, but a strong environmental effect was also observed. Lastly, the influence of three diverse cytoplasm male sterility (CMS) systems in biomass sorghum hybrids was assessed. The presence of A1, A2 or A3 CMS in the hybrids tested in this study had no influence on the biomass yield performance or in the biomass composition. Therefore, any of the CMS systems can be used in the production of biomass sorghum hybrid seed. Also, in this trial the environmental effects were significant and strong for most traits evaluated.

Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-08-29T20:03:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) AGENORCORREA.pdf: 4200877 bytes, checksum: 9bbd91a7ee4fb6d49631c8ad58345c05 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-29T20:03:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) AGENORCORREA.pdf: 4200877 bytes, checksum: 9bbd91a7ee4fb6d49631c8ad58345c05 (MD5) Previous issue date: 2008-02-22 / In this work were studied two main aspects of the common bean breeding: a) - Genotype by environment interaction (Chapter 1) and; b) – Genetic divergence (Chapter 2). The trials were carried out at the experimental Campus at the Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul, in Aquidauana and at the Universidade Federal da Grande Dourados, in Dourados-MS, in the period from 2000/2001 to 2005/2006, in the “dry” and “rain” harvest, composing a total of 12 environments, where each environment was characterized by the combination of local x year x crop season. There were thirteen genotypes of common bean assessed in randonized blocks, with three replications per treatment, where each genotype became a treatment. In the study of the genotype by environment interaction the parameters of adaptability and stability of the genotypes were estimated by traditional and multivariate analysis methods, in each trial experimental environment, searching to compare results and efficiency of these methodologies in discrimination of genotypes face to variation of the environment. The pattern analysis was used to identify and group genotypes with similar responses in all environments as well as environments that discriminate similarly the genotypes. The study allowed discriminate genotypes whit high performance, broad adaptation and good predictability of response that may be recommended to favorable and unfavorable environment, in general, and genotypes of less predictability behaviour, whith specific adaptation to certain environments. Multivariate analysis techniques were also used in the study of genetic divergence aiming the formation of genotypes groups based on the genetic distance among them. The study of genetic divergence identified dissimilar groups of genotypes that based on agronomic characters of interest, may be employed in hybridizations, in breeding programs, that are designated to acquisition of hybrids with heterosis, which in combination, can generate populations of broad genetic base. / Neste trabalho foram estudados dois aspectos fundamentais do melhoramento genético do feijoeiro: a) Interação genótipos por ambientes (Capítulo 1) e b) Divergência genética (Capítulo 2). Os ensaios foram desenvolvidos nas áreas experimentais da Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul, Unidade Universitária de Aquidauana, e da Universidade Federal da Grande Dourados, em Dourados, durante os anos agrícolas 2000/2001 a 2005/2006, nas épocas de cultivo “da seca” e “das águas”, perfazendo um total de 12 ambientes sendo cada ambiente caracterizado pela combinação de local x época de cultivo x ano agrícola. Foram avaliados 13 genótipos de feijoeiro comum no delineamento experimental de blocos ao acaso, com três repetições para cada tratamento, constituindo-se cada genótipo num tratamento. No estudo da interação genótipos por ambientes os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade dos genótipos foram estimados por técnicas tradicionais e técnica de análise multivariada, em cada um dos ambientes experimentais, procurando-se comparar resultados e eficiência dessas metodologias na discriminação de genótipos face às variações de ambientes. A análise de padrões foi empregada para identificar e agrupar genótipos com respostas similares em todos os ambientes e ambientes que discriminam de forma semelhante os genótipos. O estudo permitiu discriminar genótipos com bom desempenho, ampla adaptação e previsibilidade de comportamento que poderão ser recomendados, de forma generalizada, para os locais e épocas de cultivos avaliados e, genótipos de comportamento menos previsível, com adaptação específica para certas condições de cultivo. Técnicas de análise multivariada foram também empregadas no estudo da divergência genética objetivando a formação de grupos de genótipos com base na distância genética entre eles. Este estudo permitiu identificar grupos dissimilares de genótipos que, em função dos caracteres de interesse agronômico, poderão ser empregados em hibridações em programas de melhoramento que visem obter híbridos com maior efeito heterótico, que, em combinações, possam gerar populações de base genética ampla.

Background: Gene expression regulation is one of the fundamental mechanisms of phenotypic plasticity and is expected to respond to selection in conditions favoring phenotypic response. The observation that many organisms increase their stress tolerance after acclimation to moderate levels of stress is an example of plasticity which has been long hypothesized to be based on adaptive changes in gene expression. We report genome-wide patterns of gene expression in two heat-tolerant and two heat-sensitive parthenogenetic clones of the zooplankton crustacean Daphnia pulex exposed for three generations to either optimal (18°C) or substressful (28°C) temperature. Results: A large number of genes responded to temperature and many demonstrated a significant genotype-byenvironment (GxE) interaction. Among genes with a significant GxE there were approximately equally frequent instances of canalization, i.e. stronger plasticity in heat-sensitive than in heat-tolerant clones, and of enhancement of plasticity along the evolutionary vector toward heat tolerance. The strongest response observed is the across-the-board down-regulation of a variety of genes occurring in heat-tolerant, but not in heat-sensitive clones. This response is particularly obvious among genes involved in core metabolic pathways and those responsible for transcription, translation and DNA repair. Conclusions: The observed down-regulation of metabolism, consistent with previous findings in yeast and Drosophila, may reflect a general compensatory stress response. The associated down-regulation of DNA repair pathways potentially creates a trade-off between short-term benefits of survival at high temperature and long-term costs of accelerated mutation accumulation.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-04-06T23:39:59Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o Alirio- RGV.pdf: 1134374 bytes, checksum: c5cada877e2f1b7066d7296503b7a9a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T23:39:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o Alirio- RGV.pdf: 1134374 bytes, checksum: c5cada877e2f1b7066d7296503b7a9a8 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The aims of this study were to evaluate the adaptability and stability of 14 yellow passion fruit plant hybrids and to estimate the genetic components of variance and average via mixed models (REML/BLUP), estimate the phenotypic, genotypic and environmental correlations between passion fruit characteristics in three environments. The selection of genotypes was based on methods of adaptability, as produced by the harmonic mean of genetic values (MHVG); of stability, as produced by the relative performance of genetic values (PRVG); and on a joint selection for both adaptability and stability, as produced by the harmonic mean of the relative performance of the genetic values (MHPRVG). The genetic correlations were estimated (rG), phenotypic (rF) and environment (rE) for each environment. The following traits were evaluated: fruit number (FN); total cumulative productivity (TCP); fruit mass (FM); fruit length (FL); fruit diameter (FD); peel mass (PM); peel thickness (PT); pulp mass (PUM); juice yield (JY); soluble solids (SS); titratable acidity (TA); and SS/TA (RATIO). The estimates for heritability and the genetic gains in the evaluated environments were found to have good perspectives for the selection of superior genotypes, except for traits TCP, SS, and JY. There was a marked effect from the genotype x environment interaction (GxE) for most traits, except for FL, JY, SS, TA, and SS/TA. The most stable and adaptable hybrids in the evaluated environments were BRS Gigante Amarelo (BRS Yellow Giant), HFOP-09, H09-09, GP09-02, GP09-03, and BRS Sol do Cerrado (BRS Sun of Cerrado). In 88.88% of cases the estimates of genotypic correlations were higher than phenotypic in the three environments. In Len??is genotypic correlations between FN x FM, FD, PT, PM, PUM, SS and TA, differed from the other environments. In Dom Basil?o and Rio de Contas to TCP correlated positively with FM, FL, FD and PM. In all environments the selection of fruits with higher FM facilitating higher LF, FD, PM and PUM and the selection of the oval thinner peel fruit shape. In general, for correlations between traits of agronomic importance, such as FN x TCP, SS; FM x FD, PM, PUM, RATIO; FD x FM, PUM, RATIO; FL/FD x PT e FM x RATIO showed the same behavior in the three evaluation environments, except for characteristics FN x FM, FD, PT, PM, PUM e TA in Lenc?is. / Os objetivos deste trabalho foram avaliar a adaptabilidade e estabilidade de 14 h?bridos de maracujazeiro-amarelo, estimar os componentes gen?ticos de vari?ncia e de m?dia via modelos mistos (REML/BLUP), estabelecer as correla??es fenot?picas, genot?picas e ambientais entre caracter?sticas do fruto de maracujazeiro em tr?s ambientes. Foram avaliados 14 gen?tipos de maracujazeiro nos ambientes de Dom Bas?lio-BA, Rio de Contas-BA e Len??is-BA, utilizando o delineamento experimental em blocos casualizados completos, com tr?s repeti??es e nove plantas por parcela. A sele??o gen?tipos baseou-se nos m?todos da adaptabilidade dada pela m?dia harm?nica dos valores gen?ticos (MHVG), estabilidade pela performance relativa dos valores gen?ticos (PRVG) e sele??o conjunta para adaptabilidade e estabilidade dada pela m?dia harm?nica da performance relativa dos valores gen?ticos (MHPRVG). Foram estimadas as correla??o genot?pica (rG), fenot?pica (rF) e de ambiente (rE) para cada ambiente. Foram avaliados os caracteres, n?mero de frutos (NF); produtividade total acumulada (PR); massa do fruto (MF); comprimento de frutos (CF); di?metro do fruto (DF); rela??o CF/DF; massa da casca (MC); espessura de casca (EC); massa da polpa (MP); rendimento de suco (RE); s?lidos sol?veis (SS); acidez titul?vel (AT) e RATIO (SS/AT). As estimativas de herdabilidade e os ganhos gen?ticos nos ambientes avaliados apresentaram boas perspectivas para sele??o de gen?tipos superiores. Houve efeito pronunciado da intera??o GxE para a maioria dos caracteres, exceto CF, RE, SS, AT e SS/AT. De acordo com o crit?rio MHPRVG os h?bridos mais est?veis e adapt?veis nos ambientes de avalia??o foram o BRS Gigante Amarelo, HFOP-09, H09-09, GP09-02, GP09-03 e BRS Sol do Cerrado. Em 88,88% dos casos as estimativas das correla??es genot?picas foram maiores do que as fenot?picas nos tr?s ambientes. Em len??is as correla??es genot?picas foram negativas entre NF x MF, DF, EC, MC, MP, SS e AT, divergindo dos demais ambientes. Nos ambientes de Dom Bas?lio e Rio de Contas a PR correlacionou se positivamente com MF, CF, DF e MC. Em todos os ambientes a sele??o de frutos com maiores MF proporcionar? maiores CF, DF, PC e PP e pela sele??o do formato de frutos ovais menor espessura de casca. De modo geral, para as correla??es entre caracter?sticas de import?ncia agron?mica, como NF x PR, SS; MF x DF, MC, MP, RATIO; DF x MC, MP, RATIO; CF/DF x EC e MC x RATIO apresentaram o mesmo comportamento nos tr?s ambientes de avalia??o, exceto para caracter?sticas NF x MF, DF, EC, MC, MP e AT em Len??is.

Submitted by Rodolfo Buzinaro null (rodolfobuzinaro@hotmail.com) on 2017-12-19T18:23:38Z No. of bitstreams: 1 Tese_Rodolfo_Buzinaro.pdf: 2463211 bytes, checksum: 329da6c1e9d431004c67fc291ea085f7 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2017-12-20T09:37:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 buzinaro_r_dr_jabo.pdf: 2463211 bytes, checksum: 329da6c1e9d431004c67fc291ea085f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-20T09:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 buzinaro_r_dr_jabo.pdf: 2463211 bytes, checksum: 329da6c1e9d431004c67fc291ea085f7 (MD5) Previous issue date: 2017-11-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O nitrogênio é um dos elementos mais exigidos pela cultura do milho, pois está diretamente ligado à capacidade de produção agrícola desta espécie. Grande parte dos solos brasileiros agricultáveis possuem deficiência de nitrogênio ou este nutriente não está disponível em quantidades suficientes para suprir a necessidade da cultura, sendo necessário realizar aplicações suplementares de nitrogênio para se alcançar elevadas produtividades. As cultivares atuais de milho são altamente dependentes de adubação nitrogenada, pois foram desenvolvidas para ambientes otimizados, não sendo adaptadas para as condições de cultivo sob baixo nitrogênio. O uso de bactérias diazotróficas, as quais possuem a capacidade de fixar nitrogênio e disponibilizá-lo para as plantas, bem como a associação das plantas com essas bactérias, pode se tornar uma alternativa sustentável e economicamente viável para a produção de milho em sistemas agrícolas sob baixa utilização de nitrogênio. Com base no exposto, os objetivos deste trabalho foram identificar e caracterizar genótipos de milho eficientes no uso do nitrogênio e Azospirillum brasilense em ambientes contrastantes quanto a disponibilidade de nitrogênio no solo e selecionar parentais superiores de milho para eficiência no uso de Azospirillum brasilense. Foram utilizados como material genético 48 genótipos de milho obtidos em esquema de dialelo parcial, utilizando-se oito linhagens parentais pertencentes ao grupo heterótico I, e seis linhagens parentais pertencentes ao grupo heterótico II, todas provenientes do Departamento de Genética da ESALQ/USP. Os experimentos foram conduzidos em três safras (primeira safra 2013/2014 e 2014/2015 e segunda safra 2014) no delineamento de blocos casualizados com duas repetições e três testemunhas. Em cada safra foram realizados três experimentos, os quais eram diferenciados pela aplicação com A. brasilense, aplicação de nitrogênio em cobertura e sem nenhuma aplicação, respectivamente. Os caracteres avaliados foram altura de planta, altura de espiga, florescimentos masculino e feminino, tombamento, produtividade de grãos, peso médio de grãos, número de grãos por fileira, número de fileiras de grãos e, diâmetro e comprimento de espiga. Os índices de eficiência no uso de A. brasilense foram obtidos utilizando os dados referentes aos experimentos com A. brasilense e sem aplicação, para todos os caracteres avaliados. Pela análise dialélica os efeitos aditivos foram mais importantes do que os efeitos não-aditivos para a eficiência no uso de A. brasilense para a maioria dos caracteres, com exceção do peso médio de grãos sob inoculação. Os genótipos do grupo heterótico II apresentaram maior concentração e acúmulo de genes favoráveis para a EUAz eficiência. Os genitores 6 e 8 do grupo heterótico I e os genitores 2’ e 5’ do grupo heterótico II, são os que apresentaram melhores estimativas de capacidade geral de combinação, enquanto o cruzamento 8x6’ apresenta maior estabilidade e complementariedade gênica para eficiência no uso de A. brasilense para a produtividade de grãos. A partir das análises dialélicas por modelos mistos para a produtividade de grãos, as combinações 8 x 6’, 2 x 4’ e 1 x 2’ e os parentais envolvidos nesses cruzamentos foram selecionados para desenvolvimento de híbridos. Os genitores 1, 2, 8 do grupo heterótico I e 1’, 2’, 4’, 5’ e 6’ do grupo heterótico II foram selecionados para formar população base para o programa de melhoramento genético para eficiência no uso de Azospirillum brasilense. Pela análise GGE biplot, para a característica produtividade de grãos, constatou-se que os genótipos 11, 5, 12 e 19 são os mais promissores para a eficiência no uso de A. brasilense. O genótipo dialélico 11 é o mais próximo do “genótipo ideal” dentre o conjunto dos genótipos avaliados. Os ambientes sob aplicação de A. brasilense possuem maior capacidade de discriminar os genótipos. / The nitrogen is one of the elements most required by maize crop because it is directly related to the agricultural production capacity of this species. Most brazilian soils have nitrogen deficiency or it is not available in sufficient quantities to meet the need of the crop, and it is necessary to make supplemental nitrogen applications to reach high yields. The current maize cultivars are highly dependent on nitrogen fertilization since they were developed for optimized environments and were not adapted to the conditions under low nitrogen cultivation. The use of diazotrophic bacteria, which have the ability to fix nitrogen and make it available to plants, as well as the association of plants with these bacteria, can become an ecologically sustainable and economically viable alternative for the production of corn in agricultural systems under low or non-use of nitrogen. Thus, the objectives of this study were to identify and characterize efficient maize genotypes in the use of nitrogen and Azospirillum brasilense in contrasting environments regarding nitrogen availability in the soil and to select higher parental maize for efficiency in the use of Azospirillum brasilense. Were used as genetic material 48 diallelic genotypes were obtained in a partial diallel scheme, using eight lines belonging to the heterotic group I, and six lines belonging to the heterotic group II, all from the Department of Genetics of ESALQ / USP. The experiments were conducted in three crops in a randomized block design with two replicates and three controls. In each season, three experiments were carried out, in which they were differentiated by the application of A. brasilense, application of nitrogen in coverage and without any application, respectively. The evaluated traits were plant height, ear height, male and female blossoms, tipping, grain yield, mean grain weight, number of grains per row, number of rows of grain and diameter and length of the spike. The indices of efficiency in the use of A. brasilense were obtained using the data referring to the experiments with A. brasilense and without application, for all evaluated characters. By conventional diallel analysis the additive effects were more important than the non-additive effects for the efficiency in the use of A. brasilense for most of the characters, except for the average grain weight. The genotypes of the heterotic group II present greater concentration and consistency of genes favorable for this efficiency. The heterotic group I and the heterotic group I and the heterotic group I and the heterotic group II, are the ones that present the best estimates of overall combining ability, while the 8x6 'crossroads present greater stability and gene complementarity for efficiency in the use of A. brasilense. From diallel analyzes by mixed models the combination 8 x 6’, 2 x 4’, 1 x 2’ and parents involved in these crosses were selected for development of hybrids. The genitors 1, 2, 8 from the heterotic group I and 1’, 2’, 4’, 5’ and 6’ from the heterotic groups II were selected to explore basic population in A. brasilense-use efficiency breeding program. From the GGE biplot analysis, for the characteristic grain yield, it was contacted that the diallel genotypes 11, 5, 12 and 19 are the most promising for the efficiency in the use of A. brasilense. The diallelic genotype 11 is the closest to the "ideal genotype" among the set of diallel genotypes evaluated. The environments under application of A. brasilense have a greater ability to discriminate the genotypes.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-08-02T18:55:39Z No. of bitstreams: 2 Tese - Vilmar de Araújo Pontes Júnior - 2016.pdf: 4792286 bytes, checksum: 307ebf4efabeab209ae1b3ac10686956 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-08-02T20:08:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Vilmar de Araújo Pontes Júnior - 2016.pdf: 4792286 bytes, checksum: 307ebf4efabeab209ae1b3ac10686956 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T20:08:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Vilmar de Araújo Pontes Júnior - 2016.pdf: 4792286 bytes, checksum: 307ebf4efabeab209ae1b3ac10686956 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / The assay of VCU (Value of Cutivation and Use), called of final trials, are in network conducted and are systematized in an organized manner which includes the states responsible for over 90% of national production of common bean. The final trials are realized in different locations, seasons and years, aiming of superiors line selection: productive, stable, adapted and with disered agronomic attributes. The genotypes environments interaction (GE) in plant breeding program has implications numberless, mainly in phase of lines final evaluation. In this case, alternatives to minimize the effect of the GE interaction should search. Among them stand out: identification of predictable behaviors of the cultivars, stratification of recommendation regions in homogeneous subregions and decomposition of GE interaction, aiming at identifying of the factors whose interaction is more expressive. The aim of this study was realize environmental stratification of network final trials and decompose the genotypes interactions with environment factors (locations, seasons and years), during ten years of common bean program at Embrapa of grains "carioca" and black, in main three producing regions in brazilian (R1-South-Central, R2-Central, R3-Northeast). In study of environmental stratification also was evaluated representativeness of base locations of this program. Data for grain yield of the conducted trials in random blocks, with three replications, during 2001 until 2012, 670 trials total (292 in R1, 250 R2 and 128 R3). During all period were evaluated 88 genotypes of “carioca” group (76 lines and 12 checks) and evaluated 71 genotypes in black group (58 lines and 13 checks). In all regions the local effect were considered as random and genotypes fixed. Environmental stratification was separately realized in the main crop seasons of each region, utilized factors analysis methodology and ecovalence. For simultaneously utilization were estimated redundance index joint: redundance percentage (RP), redundance fraction (RF) and redundance percentage in season (RPS). The elimination local was established based observing the three index redundancy values (RP ≥ 15%, RF ≥ ½ e RPS ≥ 50%). To R1, Candoi-PR, Palma-SC, Catanduvas-PR, Campos Novos-SC, Laranjeiras do Sul-PR, Roncador-PR e Dois Vizinhos-PR in rainy seasons and Passo Fundo-RS, Prudentópolis-PR e Dourados-MS in dry seasons were considered redundant, should be eliminated of the trials network. The new evaluation network would be formed by 29 municipalities in rainy and twelve municipalities in dry, considered informative at final trials network. In R2, Morrinhos-GO, Inhumas-GO, Urutaí-GO, Santo Antônio de Goiás-GO, Cristalina-GO e Planaltina-GO e Sinop-MT in rainy and Porangatu-GO, Goiatuba-GO, Urutaí-GO, Senador Canedo-GO, Cáceres-MT, Primavera do Leste-MT e Brasília-DF in dry were redundantes and should be eliminated of the network. This region stayed with 12 municipalities available for realization of the rainy season assays and ten in winter season. To R3, should be eliminated of the network Coronel João Sá-BA, Poço Redondo-SE, Nossa Senhora das Dores-SE, Simão Dias-SE, because, no aggregate in informations to evaluation of the lines, it was uninformative. For this region remained 14 municipalities to composition of the network. Can be concluded than evaluation network at Embrapa represented efficient form variation of the cultive with common bean in Brazil and than environments base of the breeding program in regions South-Central and Central, are consistentes and informative, except during in the rainy season in that Santo Antônio de Goiás-GO is not mandatory enter the assays network. Especially, Ponta Grossa and Santo Antonio de Goias-GO, than are evaluation strategic points of the segregation populations and initial lines, of the common bean breeding program genetic at Brazil. To check with which environmental factors (locations, seasons and/or years) of the common bean genotypes interaction was more expressive, the GE interaction was decomposed in genotypes x years, genotypes x seasons and genotypes x locations. Were utilized grain yield of data 501 trials, 207 in R1, 202 in R2 and 92 in R3. For the fisrt two regions the analysis were partially balanced, this is, only utilized trials data of the locations had evaluation at least one season and in two years each cycle. In R3 the joint analyses were balanced, considered just assays data of the locations with evaluation in two years of the each cycle. In all regions genotype effects, local, season and year were considered fixed. To identify importance of the each variation source from joint variance analyse was estimated contribution of each in relation overall variation, used estimated determination coefficient (R2). The contribuition average over years for genotypes effect in all regions, at “carioca” and black group was important less, followed followed year and season. However, local with interaction was more pronounced in all regions. The interaction GxL was more important in the three regions for both groups, compared with intractions GxS and GxY. Thus, in the R1, R2 and R3, priority should be given of locations increment number evaluation, over seasons and years, aiming at more efficient and safe recommendation of new cultivars to the main producer regions common bean of Brazil. / Os ensaios de VCU (Valor de Cultivo e Uso), denominados de ensaios finais, são conduzidos em rede e estão sistematizados de forma organizada que inclui os Estados responsáveis por mais de 90% da produção nacional de feijoeiro-comum. Os ensaios finais são realizados em diferentes locais, épocas e anos, visando a seleção de linhagens superiores: produtivas, estáveis, adaptadas e com atributos agronômicos desejáveis. A interação de genótipos com ambientes (GxA) tem inúmeras implicações no programa de melhoramento de plantas, principalmente, na fase de avaliação final das linhagens. Em virtude disso, alternativas para minimizar o efeito da interação GxA devem ser procuradas. Entre elas destacam-se: a identificação de cultivares de comportamentos previsíveis, a estratificação das regiões de recomendação em sub-regiões homogêneas e a decomposição da interação GxA, visando a identificação dos fatores cuja interação é mais expressiva. O objetivo do presente trabalho foi realizar a estratificação ambiental da rede de ensaios finais e decompor as interações de genótipos com os fatores ambientais (locais, épocas e anos), durante dez anos do programa de melhoramento do feijoeiro-comum da Embrapa de grãos carioca e preto, nas três principais regiões produtoras no Brasil (R1-Centro-Sul, R2- Central, R3-Nordeste). No estudo de estratificação ambiental também foi avaliada a representatividade dos locais base desse programa. Foram utilizados dados de produtividade de grãos, provenientes dos ensaios conduzidos em blocos casualizados, com três repetições, no período de 2001 a 2012, totalizando 670 ensaios (292 na R1, 250 na R2 e 128 na R3). Durante todo período foram avaliados 88 genótipos do grupo carioca (76 linhagens e 12 testemunhas) e 71 genótipos avaliados no grupo preto (58 linhagens e 13 testemunhas). Em todas as regiões os efeito de local foi considerado como aleatório e o de genótipo como fixo. A estratificação ambiental foi realizada separadamente nas principais épocas de cultivo de cada região, utilizando-se as metodologias da análise de fatores e de ecovalência. Para utilização das metodologias simultaneamente foram estimados os índices de redundância conjunta: porcentagem de redundância (PR), fração de redundância (FR) e porcentagem de redundância na safra (PRS). A eliminação de um local foi estabelecida com base no critério observando os valores dos três índices de redundância (PR ≥ 15%, FR ≥ 1/2 e PRS ≥ 50%), em que o local para ser eliminado precisava atingir pelo menos dois destes valores. Para a R1, Candoi-PR, Palma-SC, Catanduvas-PR, Campos Novos-SC, Laranjeiras do Sul-PR, Roncador-PR e Dois Vizinhos-PR nas águas e Passo Fundo-RS, Prudentópolis-PR e Dourados-MS na seca foram redundantes, podendo ser eliminados da rede de ensaios. A nova rede de avaliação seria formada por 29 municípios nas águas e doze na seca, considerados informativos para a rede de ensaios finais. Na R2, MorrinhosGO, Inhumas-GO, Urutaí-GO, Santo Antônio de Goiás-GO, Cristalina-GO e PlanaltinaGO e Sinop-MT nas águas e Porangatu-GO, Goiatuba-GO, Urutaí-GO, Senador CanedoGO, Cáceres-MT, Primavera do Leste-MT e Brasília-DF no inverno foram redundantes e podem ser eliminados da rede. Essa região ficou com dez municípios para realização de ensaios nas águas e nove no inverno. Para a R3, Coronel João Sá-BA, Poço Redondo-SE, Nossa Senhora das Dores-SE, Simão Dias-SE podem ser eliminados da rede, pois, não agregaram informação à rede de avaliação de linhagens, sendo pouco informativos. Para essa região restaram 14 municípios para a composição da rede. Pode-se concluir que a rede de avaliação da Embrapa representa de forma eficiente as variações de cultivo do feijoeirocomum no Brasil e que os ambientes que são bases de melhoramento nas regiões CentroSul e Central, encontram-se consistentes e informativos, exceto Santo Antônio de GoiásGO na época das águas não é obrigatória a sua presença na rede de ensaios finais. Com destaque para aos municípios de Ponta Grossa-PR e Santo Antônio de Goiás-GO, que são pontos estratégicos para a avaliação das populações segregantes e de linhagens iniciais do programa de melhoramento genético de feijoeiro-comum no Brasil. Para verificar com qual dos fatores ambientais (locais, épocas ou anos) a interação de genótipos de feijoeirocomum foi a mais expressiva, a interação GxA foi decomposta em genótipos x anos, genótipos x épocas e genótipos x locais. Foram utilizados dados de produtividade de grãos de 501 ensaios, sendo 207 na R1, 202 na R2 e 92 na R3. Para as duas primeiras regiões as análises foram parcialmente balanceadas, isto é, utilizando apenas os dados dos ensaios realizados nos locais com avaliação em pelo menos uma época em dois anos distintos de cada ciclo. Na R3 as análises conjuntas foram balanceadas, utilizando apenas os dados dos ensaios nos locais com avaliação nos dois anos de cada ciclo. Em todas as regiões os efeitos de genótipo, local, época e ano foram considerados fixos. Para a identificação da importância de cada fonte de variação da análise conjunta estimou-se a contribuição de cada uma em relação a variação total, utilizando-se a estimativa do coeficiente de determinação (R2). A média das contribuições ao longo dos anos para o efeito de genótipos em todas as regiões, para os grupos carioca e preto foi a de menor importância, seguida de ano e de época. Porém, a interação com local foi mais pronunciada em todas as regiões. A interação GxL foi a mais importante nas três regiões para ambos os grupos, comparada com as interações GxE e GxA. Assim, nas R1, R2 e R3, deve-se priorizar o aumento do número de locais de avaliação, em detrimento de épocas e anos, visando a recomendação mais eficiente e segura de novas cultivares para as principais regiões produtoras de feijão do Brasil.