Orientador: Leandro Borges Lemos / Coorientador: Gustavo Vitti Môro / Banca: Domingos Fornasieri Filho / Banca: Ivana Marino Bárbaro / Resumo: A cultura do milho ocupa posição de destaque tanto em pesquisas científicas quanto na economia mundial, sendo o Brasil um dos maiores produtores do grão. O elevado potencial produtivo se deve aos programas de melhoramento genético de plantas, onde a seleção de genótipos superiores é realizada com base em índices de seleção. Essa estratégia tem sido eficiente para a obtenção de genótipos superiores, por permitir obter simultaneamente ganhos para caracteres de importância agronômica / econômica. Desta forma, os objetivos do presente trabalho consistiram em mensurar o ganho genético com a seleção de linhagens, baseada em índices de seleção, comparando a eficiência dos diferentes índices e verificando qual (is) é (são) mais indicados para a seleção fenotípica de linhagens de milho. Para isso, 256 linhagens foram avaliadas em experimentos com duas repetições em doze ambientes. Foram considerados os caracteres: produção de grãos, prolificidade, acamamento e quebramento de plantas, altura da planta, altura da espiga, posição relativa da espiga, florescimento feminino e masculino, e intervalo entre florescimentos. Foram aplicadas intensidades de seleção de 10% e 20% para seleção direta e para sete índices. Os resultados das análises indicaram que a seleção direta dos caracteres não foi efetiva na seleção de genótipos superiores. Os índices de Smith & Hazel/ 1943 e Willians/ 1962 resultaram em maiores ganhos para os genótipos estudados / Abstract: Corn is a crop of great importance, occupying a preeminent position both in scientific research and in the world economy, with Brazil being one of the largest grain producers. Increased production and productivity are due in part to the plant breeding programs, where the selection of superior genotypes is performed based on selection indexes. This strategy has been effective for obtaining superior genotypes since it allows to obtain simultaneously gains for many traits of agronomic/economic importance. Thus, the objectives of this work consisted in measuring the genetic gain from selection of lines, which is based on selection indexes , and to compare the efficiency of different indexes to check which one (s) is (are) best suited for phenotypic selection of maize lines. For this, 256 lines were evaluated in experiments with repetition in twelve environments. Grain production, prolificacy, lodging and breaking plant, plant height, ear height, relative position of the spike, male and female flowering, and interval between flushes: the characters were considered. Selection intensities of 10 % and 20% for direct selection and for the seven indices under study were applied. The analysis results indicated that direct selection of characters was not effective in selecting superior genotypes. The indices of Smith & Hazel (1943) and Williams (1962) resulted in greater gains for the genotypes evaluated / Mestre

Orientador: Sonia Marli Zingaretti / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Bianca Waleria Bertoni / Resumo: A utilização de plantas na produção de medicamentos deve estar amparada na correta escolha das plantas de onde serão coletados os metabólitos vegetais, isso é de vital importância, posto que a utilização incorreta de uma espécie como provocar sérios danos a saúde do usuário. Em relação ao gênero Lippia, muitas espécies dentro do gênero, produzem metabolitos secundários de inegável importância farmacológica, no entanto apresentam muitas vezes características morfológicas muito similares o que tem concorrido para a identificação errônea da espécie. Nesse trabalho o objetivo foi utilizar técnicas moleculares (Differential Display - PCR e cDNA-AFLP) para auxiliar a identificação dessas espécies através de marcadores moleculares, também se buscou a identificação dos genes que participam nas vias de produção dos metabolitos secundários majoritários dessas espécies. Os resultados obtidos com o Differential Display não detectaram genes envolvidos com a síntese dos metabólitos, porém foram identificadas sequências de microssatèlites e tranposons que podem ser envolvidas na produção desses compostos. Com o cDNA-AFLP não foi possível separar as espécies em relação aos metabólitos secundários produzidos por ela, o que foi observado é uma grande influência do ambiente, bem como de fatores genéticos na produção desses compostos / Abstract: The use of plants in the production of drugs must be supported in the correct choice of plants from which the plant metabolites will be collected, it is of vital importance, since the misuse of a species can cause serious damage to the user's health. Regarding the genus Lippia, many species within the genus, producing secondary metabolites of undeniable pharmacological importance, however they present very similar morphological characteristics which have contributed to the misidentification of species. In this study the objective was to use molecular techniques (Differential Display - PCR and cDNA-AFLP) to assist in identification of these species using molecular markers, also sought to identify genes involved in production routes of the major secondary metabolites of these species. The results obtained by the Differential Display did not detect genes involved in the synthesis of metabolites, however tranposons and microsatellites sequences were identified that may be involved in the production of these compounds. The cDNA-AFLP could not separate the species in relation to secondary metabolites produced by the plants, what was observed is a great influence of the environment, as well as genetic factors in the production of these compounds / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: João Martins Pizauro Junior / Banca: Tiago Santana Balbuena / Banca: José Belasque Junior / Resumo: A ORF XAC1201 de Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) codifica uma proteína hipotética que, quando nocauteada por inserção de transposon, leva a alterações na patogenicidade da bactéria em citros. A ORF possui 819 pb e codifica a proteína XAC1201 que possui uma massa molecular de 29,1 kDa. A região codificadora foi clonada no vetor de expressão pET SUMO e a proteína de fusão His-SUMO-XAC1201 foi expressa na Escherichia coli linhagem BL21(DE3) pLysS. A melhor condição para expressão da proteína na forma solúvel foi a 28ºC e 250 rpm por 4h na presença de 0,2 mM IPTG. A purificação foi realizada por cromatografia de afinidade com íons metálicos imobilizados (IMAC) em coluna de Ni2+-Sepharose e a proteína de não fusão foi obtida após digestão com SUMO protease e nova cromatografia em coluna de Ni2+-Sepharose. O rendimento final do processo foi de 3,18% da proteína total, tendo a proteína recombinante nativa sido isolada com alto grau de pureza e na forma nativa. A identidade de XAC1201 recombinante foi confirmada pelas análises de espectrometria de massas, com mais de 80% de cobertura da sequência. Foram realizados testes enzimáticos para verificar as prováveis atividades de fosfohidrolase e histidina quinase, porém, estes testes não foram conclusivos. A análise de frequência e diversidade da ORF XAC1201 em bancos de dados sugere que se trata de uma proteína ubíqua e com função ancestral, presente em diversos filos dentro do Domínio Bacteria. A obtenção desta proteína na forma pura, solúvel e nativa é o primeiro passo para os estudos de caracterização da sua função e, devido à presença de alta identidade desta sequência com muitos outros grupos bacterianos, a elucidação da função desta proteína será de grande interesse, não apenas para Xac, como também para outros microrganismos / Abstract: The ORF XAC1201 of Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) encodes a hypothetical protein and when knocked out by transposon insertion leds to changes in the pathogenicity of the bacterium in citrus. The ORF XAC1201 has 819 bp and encodes a protein with a molecular mass of 29.1 kDa. The coding region was cloned into the expression vector pET SUMO and His-SUMO-XAC1201 fusion protein was expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS strain. The best condition for protein expression in soluble form was 28°C and 250 rpm for 4 hours in the presence of 0.2 mM IPTG. Purification was performed by immobilized metal ions affinity chromatography (IMAC) on a Ni2+-Sepharose column and the non-fusion protein was obtained after digestion with SUMO protease and new chromatography on Ni2+-Sepharose column. The final process yield was 3.18% of the total protein, and the protein was obtained highly pure and in the native form. The identity of the purified protein was confirmed by mass spectrometry analysis with sequence coverage above 80%. Enzymatic assays were made to verify phosphohydrolases and histidine kinase activities, however, the results are inconclusive. It is suggested that XAC1201 is a ubiquitous protein and plays an ancestral role, since it is found in several Phyla within the Bacteria Domain. Obtaining this protein in pure, soluble and native form is the first step towards characterization studies of its function. Since this protein is present not only in Xac but has a ubiquitous presence in many other bacterial groups, the understanding of its function is of great interest to many areas / Mestre

Orientador: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Viviane Formice Vianna / Resumo: A soja destaca-se como a oleaginosa de maior importância no mundo, tendo em vista sua relevância nutricional e econômica. Devido ao aumento da área cultivada e, consequentemente da produtividade, o Brasil atualmente, é considerado o maior exportador de soja. No entanto, observa-se que a base genética da soja é restrita, devido à indisponibilidade de alelos capazes de enfrentar estresses bióticos e abióticos de forma totalmente eficiente. Desta forma, os programas de melhoramento visam aumentar a variabilidade genética para o desenvolvimento de cultivares mais produtivas e adaptadas. Estudos a respeito de novas fontes de germoplasma, como as Plant Introductions - PIs, tornam-se necessários para a identificação de características agronômicas de interesse para os melhoristas. Sendo assim, o presente trabalho possui como objetivo geral a avaliação do desempenho agronômico e a divergência genética de 93 acessos de soja, pertencentes a um painel de diversidade visando a obtenção de dados que possam ser utilizados no incremento de programas de melhoramento de soja brasileiros / Abstract: Soybean stands out as the most important oilseed in the world, given its nutritional and economic importance. Due to increased acreage and hence productivity, today, Brazil is the largest exporter of soybeans. However, it is observed that the genetic basis of soybean is restricted due to the unavailability of alleles able to cope with biotic and abiotic stresses fully efficiently. Thus, breeding programs aimed at increasing the genetic variability for the development of more productive and adapted cultivars. Studies regarding new sources of germplasm, such as Plant Introductions - PIs, become necessary for the identification of agronomic traits of interest to breeders. Therefore, the present work has as main objective the evaluation of agronomic performance and the genetic diversity of 93 accesses of soybean, belonging to a panel of diversity in order to obtain data that can be used in the growth of Brazilian soybean breeding programs / Mestre

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Banca: Mauro Alexandre Xavier / Banca: Luciana Aparecida Carlini Garcia / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Resumo: A demanda crescente pelo etanol combustível como fonte de energia renovável traz uma série de novos desafios aos programas de melhoramento, uma vez que, atrelado ao aumento da produtividade será necessário o desenvolvimento de novos cultivares de cana-de-açúcar com maior produção de biomassa para sua utilização na produção de energia elétrica e etanol celulósico ou de segunda geração. A incorporação de germoplasma selvagem, como fontes de genes relacionados à fibra, perfilhamento, entre outros, constitui uma das estratégias para promover aumentos significativos de biomassa. Diante deste fato, é de suma importância a caracterização do germoplasma básico, constituído pelos acessos selvagens de cana-de-açúcar (Complexo Saccharum) para a sua utilização como genitores em cruzamentos. O trabalho em questão teve como objetivo a caracterização agronômica, citogenética e molecular de acessos do Complexo Saccharum. Para tanto, foram avaliados os atributos de produção e de qualidade de acessos selvagens de cana, bem como, a magnitude da diversidade genética obtida por marcadores do tipo microssatélites destes acessos e de cultivares comerciais de interesse a serem utilizados no processo de introgressão genética. Paralelamente, foram caracterizados por meio da técnica de citogenética, acessos de cultivares comerciais, citótipos de S.spontaneum e híbridos de indivíduos selecionados de famílias oriundas de cruzamentos entre cultivares comerciais e acessos selvagens. Os resultados aqui obtidos darão suporte ao Programa de Introgressão Genética do Programa de Melhoramento de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC), para desenvolvimento de cultivares com níveis maiores de biomassa / Abstract: The growing demand for ethanol fuel as a renewable source of energy brings several new challenges to the breeding programs, since aside to the productivity increase there is a need to develop new sugarcane cultivars with high biomass production to be used in electricity production and cellulosic ethanol from second generation. The introduction of wild germplasm as a source of new genes for fiber, tillering among others constitutes one of the strategies to promote significant increases in biomass. Therefore, it is of imperative importance to characterize the basic germplasm composed by sugarcane wild accessions focusing on their use as parents in crosses. This project had as objective the characterization at the agronomic, cytogenetic and molecular level of accessions from the Saccharum Complex. The biometric and quality atrtributes of the wild accessions were evaluate at field experiments. The magnitude of the genetic variability of the wild accessions and commercial cultivars used as parents in the IAC genetic introgression program were obtain through microsatellite molecular markers. In addition, commercial varieties, cytotypes of S.spontaneum and hybrids selected from families derived from crosses between cultivars and wild accessions were characterizing by cytogenetic techniques. The obtained results will give support to the Genetic Introgression Program from the IAC Sugarcane Breeding Program in the development of high biomass cultivars / Doutor

Orientador:  Antonio de Goes / Banca: Alessandro de Mello Varani / Banca: Edson Luiz Furtado / Resumo: Phyllosticta corresponde a um importante gênero de fungos associados ao reino vegetal. Devido à importância econômica dos prejuízos ocasionados por algumas espécies de Phyllosticta e ao comportamento cosmopolita das espécies endofíticas, várias pesquisas têm sido realizadas no intuito de identificar e reclassificar as espécies desse gênero. Mediante a aplicação do sequenciamento de diferentes regiões gênicas, novas espécies de Phyllosticta foram relatadas recentemente, e concomitante aos novos relatos, surgiram dúvidas acerca da identificação das espécies já relatadas e comumente citadas na literatura. Neste contexto, estudos indicaram que mangueiras são hospedeiras de diferentes espécies endofíticas de Phyllosticta spp. e, que P. capitalensis pode ocasionar lesões em frutos de goiabeiras, cujos sintomas eram até então atribuídos à outra espécie do gênero. Assim, tendo em vista a reclassificação e identificação de novas espécies, fez-se necessário a realização de estudos do complexo de espécies de Phyllosticta ainda não conhecidas, dando continuidade aos trabalhos já realizados no Brasil em mangueiras e goiabeiras, culturas nas quais a identificação do fungo ainda não está bem esclarecida. Para tanto, este trabalho objetivou obter uma coleção atual de isolados de Phyllosticta de folhas assintomáticas de goiabeiras e de mangueiras, e de frutos sintomáticos de goiabeiras. Amostras de folhas de ambas as espécies de plantas foram coletadas em bancos de germoplasma e em áreas de produção comercial. Foram selecionados 102 isolados, segundo suas características fenotípicas em meio de cultura, para serem submetidos ao sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2, e dos genes codificadores da actina (ACT) e do gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (GPDH). Ainda, a fim de corroborar os resultados obtidos pelo sequenciamento e objetivando analisar o perfil genético dos indivíduos, foram ... / Abstract: Phyllosticta corresponds to an important genus of fungi associated with the plant kingdom. Due to the economic importance of damages caused by some species of Phyllosticta and the cosmopolitan behavior of endophytic species, several studies have been conducted in order to identify and reclassify species of this genus. Through the application of sequencing of different gene regions, new species of Phyllosticta were recently reported, and concomitant to the new reports, doubts were raised about the identification of previously reported and commonly cited species in literature. In this context, studies indicated that mango is hosted by different endophytic species of Phyllosticta spp. and that P. capitalensis can cause lesions on guava fruits, whose symptoms were previously attributed to other species of the genus. Thus, because of the reclassification and identification of new species, it was necessary to perform studies of the complex of Phyllosticta species not yet known, by continuing the work already carried out in Brazil with guava and mango crops in which the identification of the fungus is still unclear. Therefore, this study aimed to obtain a current collection of Phyllosticta isolates from asymptomatic leaves of guava and mango, and symptomatic fruits of guava. Leaves samples of both plant species were collected in germplasm banks and in areas of commercial production of the fruits. It were selected 102 isolates, according to their phenotypic characteristics in culture medium, to be submitted to the sequencing of ITS1-5.8S-ITS2, actin (ACT) and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GPDH) genes. Also, in order to corroborate the results obtained by sequencing and aiming to analyze the genetic profile of the isolates, fAFLP markers (fluorescent Amplified Fragment Length Polymorphism) analysis were applied. Both techniques allowed the separation of isolates according to their species, which were identified as ... / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Alessandro de Mello Varani / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Marcos Tulio de Oliveira / Banca: Maria Teresa Marques Novo Mansur / Banca: Maria Célia Bertolini / Resumo: O Cancro Cítrico é uma importante doença que afeta diversas espécies de citros. Tal doença resulta da infecção pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), transmitida pela água, contato ou propagação de folhas infectadas. Estudos comparativos têm mostrado que uma das características mais intrigantes do gênero Xanthomonas é a extraordinária plasticidade do genoma e sua arquitetura altamente mosaica. Isso se deve principalmente a rearranjos genômicos envolvendo diversas ilhas genômicas (GI), sequências de Inserção (IS), e alguns eventos de inserção de profagos. A anotação de IS de alta qualidade em conjunto com a genômica comparativa revelaram um transposon completo da família TN3 no genoma de Xanthomonas citri (ISXax2), contendo diversos genes passageiros efetores do SSTT, incluindo a altamente conservada transglicosilase lítica de mureína (mlt), uma proteína auxiliar do SSTT. Inserção aleatória de transposons foi utilizada para gerar o mutante cromossomal XacΔmltB e mutação sítio-dirigida foi utilizada para gerar o mutante plasmidial XacΔmlt. Usando ISXax2 de Xac como exemplo demonstramos que a cópia plasmidial de mltB (mlt) era funcional e requerida para gerar sintomas in vivo. Ensaios de transposição demonstraram taxas para ISXax2 com uma frequência de cerca de 1.65 x 10-5. Neste estudo nós usamos uma mistura de abordagens experimentais e de bioinformática para elucidar o papel e comportamento desse potencial elemento transponível no plasmídeo de Xac. Demonstramos que a estrutura completa foi capaz de sofrer transposição e que Cassetes de Inserção Móveis (MICs) contendo efetores TAL também poderiam ser mobilizados. Estes resultados mostram forte evidência que em Xac e espécies relacionadas, genes de virulência e patogenicidade podem se espalhar através de um mecanismo de transposição do tipo TN3, usando para tanto plasmídeos conjugativos como vetores intercelulares. Propomos ... / Abstract: Citrus canker (CC) is an important disease affecting many citrus species. It can result from infection by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) and can be transmitted by water, contact or propagation of infected leaves. Comparative studies have shown that one of the most intriguing features within the Xanthomonas genus is the extraordinary genome plasticity and highly mosaic architecture. This is largely the consequence of genomic rearrangements involving several genomic islands (GI), insertion sequences (IS), and few prophages insertion events. High quality IS annotation coupled with comparative genomics revealed a complete transposon of the Tn3 family in the Xanthomonas citri genome (ISXax2), with several T3SEs passenger genes, including a highly conserved lytic murein transglycosylase (mlt), a helper protein of the T3SS. Random transposon insertion was used to generate XacΔmltB and site directed mutagenesis was used to generate the XacΔmlt mutant. Using ISXax2 from Xac as an example we demonstrated that the plasmid copy of mltB (mlt) was indeed functional and required to generate symptoms in vivo. Transposition assays showed transposition rates for ISXax2 with a frequency of about 1.65 x 10-5. In this study we have used a mixture of bioinformatic and experimental approaches to address the role and behavior of such potentially transposable element. We showed that the entire structure was capable of transposition and that MICs (Mobile Insertion Cassettes) containing TAL effectors could also be mobilized. These results provide strong evidence that, in the case of Xac and closely related species, pathogenicity and virulence genes can be spread by a Tn3-like transposition mechanism, using conjugative plasmids as intercellular vectors. We propose that this process is a key agent to modulate the bacterial virulence and the host-specificity in this group of plant pathogens / Doutor

Orientador: Leila Trevisan Braz / Coorientador: Pedro Luiz Martins Soares / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Pablo Forlan Vargas / Resumo: Este estudo foi desenvolvido na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (UNESP-FCAV), Câmpus de Jaboticabal- SP, com o objetivo de avaliar o modo de herança da resistência do melão 'Gaúcho Redondo' a Meloidogyne incognita. Para tanto, foi conduzido um experimento em delineamento em blocos casualizados, com três blocos e seis tratamentos, os quais envolveram as linhas parentais 'Gaúcho Redondo' (P1 resistente à M. incognita) e JAB 20 (P2 suscetível, resultado do programa de Melhoramento Genético da Cultura do Melão Rendilhado da UNESP-FCAV), assim como as gerações F1 (P1xP2), F2 (F1xF1), e retrocruzamentos (RC1P1 e RC1P2). Foram avaliadas plantas individuais após 70 dias da inoculação com o patógeno, por meio do fator de reprodução do nematoide (FR), calculado pela contagem do número de ovos e juvenis de segundo estádio, contido na suspensão de cada raiz processada, dividido pela população inicial. A hipótese de herança monogênica foi rejeitada ao nível de significância de 1% de probabilidade no teste do qui-quadrado (χ2), indicando que a resistência está sob controle de mais de um lócus gênico, o que foi confirmado pela análise quantitativa, que evidenciou a existência de seis genes envolvidos na herança da resistência ao nematoide. Houve predominância dos efeitos aditivos no controle da característica em estudo, o que permite resposta aos processos de seleção / Abstract: This study was conducted at the College of Agriculture and Veterinary Sciences (UNESP-FCAV) in Jaboticabal-SP, in order to evaluate the mode of inheritance of resistance of melon 'Gaucho Round' to Meloidogyne incognita. Therefore, an experiment was conducted in randomized block design with three blocks and six treatments, which involved the parental lines 'Gaucho Round' (P1 resistant to M. incognita) and JAB 20 (P2 susceptible result of Breeding Program Culture Melon Tracery UNESP-FCAV), as well as the F1 (P1xP2), F2 (F1xF1) and backcross (RC1P1 and RC1P2). Individual plants were evaluated 70 days after inoculation with the pathogen through the nematode reproduction factor (FR), calculated by counting the number of eggs and second stage juveniles contained in the suspension of each root processed, divided by the initial population . The hypothesis of monogenic inheritance was rejected at a significance level of 1% probability in the chi-square (χ2), indicating that resistance is under the control of more than one gene locus, which was confirmed by quantitative analysis, which showed the existence of six genes involved in inheritance of resistance to nematodes. Predominance of additive effects in controlling the trait under study, allowing response to selection processes / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Rui Pereira Leite Júnior / Banca: Alessandro de Mello Varani / Banca: José Belasque Júnior / Resumo: O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ... / Abstract: Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ... / Mestre

Orientador: Gustavo Vitti Môro / Coorientador: Sanzio Carvalho Lima Barrios / Banca: Ricardo Andrade Reis / Banca: Cacilda Borges do Valle / Resumo: O mercado forrageiro possui uma demanda por novas cultivares de Brachiaria decumbens que apresentem diferenciais quanto ao desempenho agronômico e valor nutritivo. Essa demanda impulsiona o surgimento de programas de melhoramento da espécie voltado para o desenvolvimento de cultivares. Para isso, é necessário à seleção de genótipos sexuais superiores de Brachiaria decumbens como fonte de variabilidade para o programa e formação da população base para recombinação, estes genótipos podem ser usados, por exemplo, na recombinação em esquemas de seleção recorrente reciproca que por sua vez é dependente do desempenho de suas progênies obtidas em cruzamentos com um genótipo apomítico testador. Assim, o objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos e correlações genéticas para características agronômicas e de valor nutritivo em híbridos intraespecíficos de Brachiaria decumbens e comparar diferentes índices para a seleção dos melhores genitores e os ganhos obtidos com diferentes intensidades de seleção, bem como verificar o padrão multivariado das progênies por meio de análise de componentes principais. Para isso, uma população de 1.415 híbridos foi avaliada em campo experimental na Embrapa Gado de Corte em Campo Grande/MS/Brasil, durante sete cortes, para as características: peso verde de campo (PVC); matéria seca total (MST); velocidade de rebrota (VEL); densidade de perfilhos rebrotados (DEN); capacidade de rebrota (REB); proteína bruta (PB); digestibilidade in vitro da matéria orgânica (DIV); fibra em detergente neutro (FDN) e lignina (LIG). Avaliações complementares em casa de vegetação para definição de resistência as cigarrinhas das pastagens estão em andamento. As análises estatísticas foram realizadas utilizando a metodologia de modelos mistos e componentes principais. Evidenciou-se a presença de variabilidade genética para todos os caracteres avaliados e estimativas ... / Abstract: The forage market has a demand for new cultivars of Brachiaria decumbens with superior agronomic performance and nutritional value. This demand encourages the pasture species improvement program. Therefore, it is necessary to select superior sexual genotypes of Brachiaria decumbens for the recombination in projects of reciprocal recurrent selection as a source of variability for the program and for the formation of a base population for selection. These genotypes can be used, for example, in the reciprocal recombination in recurrent selection schemes which in turn depend on the performance of ther progenies. These progenies are obtained from a cross with an apomictic tester genotype. The objective of this study was to estimate genetic parameters and genetic correlations for agronomic traits and nutritional value in intraspecific hybrids of B. decumbens. Furthermore, it aimed at comparing different indices for the selection of the best hybrids and genetic gain with different intensities of selection, as well as verifying the multivariate pattern of the progenies using a principal component analysis. For that, a population of 1,415 hybrids was evaluated in field plots at Embrapa Beef Cattle in Campo Grande/MS/Brazil, with seven cuts, estimating: field green weight (PVC); total dry matter (MST); speed of regrowth (VEL); tiller regrowth density (DEN); regrowth ability (REB); crude protein (CP); in vitro organic matter digestibility (DIV); neutral detergent fiber (NDF) and lignin (LIG). The statistical analyses were conducted using the mixed models methodology and principal component methodology. The presence of genetic variability for all characters assessed were detected and estimates of heritability of medium to high magnitude, indicating the possibility of gains with selection. Significant associations were observed between PVC and MST (0.99), MST and VEL (0.81), MST and DIV (-0.71), MST and LIG (0.71) and PB and DIV (0.70), indicating ... / Mestre