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Isolamento e caracterização de um gene que codifica uma isofalvona redutase like de café(Coffea arábica L.) e análise de sua região promotora /

Severino, Fábio Eduardo. January 2008 (has links)
Orientador: Ivan de Godoy Maia / Banca: Miriam Perez Maluf / Banca: Carlos Augusto Colombo / Resumo: Sendo o café (Coffea arabica) um dos mais importantes produtos agrícolas do mundo, o segmento cafeeiro é de grande relevância para o Brasil, que é o seu maior produtor mundial. Doenças e pragas reduzem consideravelmente a produtividade da cultura e conseqüentemente, as margens de lucro. Nesse contexto, a disponibilidade de promotores tecido-específicos, responsáveis pela regulação de genes responsivos a estresses bióticos e abióticos, constitui uma ferramenta fundamental para os programas de melhoramento genético do café visando o incremento de resistência. Pensando nisso, o presente trabalho teve como objetivo realizar a caracterização de um gene que codifica uma Isoflavona Redutase-Like em café (CaIRL), cuja expressão é específica em folha e induzida por estresses, bem como do seu promotor. Para tal, um cDNA cobrindo toda a região codificadora do gene CaIRL foi obtido por 3'RACE e sua seqüência determinada. Uma análise filogenética foi empreendida e mostrou que a CaIRL representa uma nova redutase específica de café. A quantificação da expressão desse gene em folhas de café, via PCR em tempo real, revelou que mesmo é rápida e fortemente induzido pelo fungo da ferrugem alaranjada do cafeeiro (Hemileia vastatrix) e por danos mecânicos realizados no limbo foliar. Uma análise de deleção do promotor CaIRL em plantas de tabaco (Nicotiana tabacum) transgênicas demonstrou que a versão integral desse promotor (0.9 kb) é capaz de garantir uma expressão basal do gene repórter, sendo a mesma induzida por estresse mecânico. Por outro lado, uma expressão bastante reduzida do gene repórter, e não mais induzida por estresse mecânico, foi observada nas plantas transformadas com a versão menor do promotor (0.4 kb). A atividade do promotor CaIRL foi portanto bastante afetada pela deleção efetuada, e uma possível explicação para esse fato está na... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Not available / Mestre
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Caracterização de Retrotransposons com LTR no gênero Eucalyptus /

Marcon, Helena Sanches. January 2014 (has links)
Orientador: Celso Luis Marino / Coorientador: Douglas Silva Domingues / Banca: Ivan de Godoy Maia / Banca: Marie-Anne Van Sluys / Banca: Maria Lucia Carneiro Vieira / Banca: Nathalia de Setta Costa / Resumo: Os retrotransposons com LTR (long terminal repeats) (LTR-RTEs) são os componentes mais abundantes nos genomas vegetais. Eles são divididos em duas superfamílias, Copia e Gypsy, de acordo com a ordem dos domínios internos e com a similaridade das sequências. São conhecidos pela sua natureza ubíqua e plasticidade, o que os leva a serem explorados como ferramentas para o desenvolvimento de marcadores moleculares, utilizando-se assim o padrão de inserção dos LTR-RTEs para geraçã o de polimorfismos. As famílias de LTR-RTEs apresentam número de cópias variável dentro de um mesmo genoma, mas a amplificação de poucas famílias pode contribuir com grandes diferenças de tamanho entre genomas próximos. Em plantas do gênero Eucalyptus existem poucos estudos relacionados aos LTR-RTEs, que geralmente limitam-se a análises em bancos de dados privados. Este trabalho tem como objetivo a caracterização de LTR-RTEs transcricionalmente ativos pertencentes as superfamílias Copia e Gypsy, encontrados no genoma de eucalipto. A partir de análises preliminares de bioinformática, um total de nove famílias de LTR-RTEs foram identificadas; os elementos da superfamília Copia foram classificadas em cinco linhagens e elementos da superfamília Gypsy foram divididos em três linhagens. As análises in silico no genoma draft de Eucalyptus grandis identificaram que as famílias caracterizadas possuem entre 38 e 290 cópias. Os LTR-RTEs foram utilizados para o desenvolvimento de marcadores moleculares IRAP, REMAP e RBIP, que foram avaliados em cinco espécies de eucalipto. Dezesseis primers IRAP foram avaliados e um total de 1521 fragmentos foram gerados, com 321 fragmentos polimórficos, em um intervalo de 250 a 2500 bp e uma média de 19,01 fragmentos amplificados por primer. Vinte e oito combinações de primers REMAP foram avaliadas e geraram 1910 fragmentos, dos quais 492 são polimórficos, em um intervalo de 200 a 1250 bp, com uma média de ... / Abstract: Long Terminal Repeat Retrotransposons (LTR-RTEs) are the most abundant component of plant genomes. They are divided into two superfamilies, Copia and Gypsy, based on coding domain order and sequence similarity. As dynamic and ubiquitous entities in plant genomes, marker systems based in LTR-RTEs were developed to exploit LTR-RTEs insertion pattern polymorphism. In most angiosperm genomes, LTR-RTEs families have a wide range of copy number, but the amplification of a few families individually contribute to a large fraction of the genome. LTR-RTEs were scarcely studied in the Eucalyptus genus, with most findings derived from global analyses of private genomic databases. The aim of this work is to characterize transcriptionally active Copia and Gypsy LTR-RTEs in Eucalyptus sp genomes. After preliminary bioinformatics analyses, a total of 9 full-length LTR-RTEs families were classified into five Copia and three Gypsy lineages. BLAT analysis in Eucalyptus grandis draft genome identified that these elements have between 38 and 290 copies. These LTR-RTEs were used to develop IRAP, REMAP and RBIP markers, which were evaluated in five Eucalyptus species (Eucalyptus brassiana, E. grandis, Eucalyptus saligna, Eucalyptus tereticornis and Eucalyptus urophylla). Sixteen IRAP primers produced 321 polymorphic fragments from a total of 1521 bands, ranging from 250 to 2500 bp, with an average of 19.01 bands amplified per IRAP primer. Twenty-eight REMAP primer combinations produced 1910 bands. 492 of them were polymorphic, ranging from 200 to 1250 bp. An average of 13.64 REMAP bands was scored per primer. Our results showed that the genetic similarity assessed by both IRAP and REMAP markers did not reflect molecular phylogenetic analysis. Nonetheless, these markers are useful for the assessment of genetic diversity the individual level and population analysis. We developed RBIP markers for three site-specific ... / Doutor
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Caracterização molecular do fator de transcrição shine e seu potencial como regulador master na síntese de parede celular secundária em Sorghum bicolor L. /

Takahashi, Natália Gonçalves. January 2017 (has links)
Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Michael dos Santos Brito / Coorientador: Silvana Aparecida Creste Dias de Souza / Banca: Elisson Antônio da Costa Romanel / Banca: Luciana Rossini Pinto / Resumo: A busca pela diversificação de fontes da matriz energética, priorizando fontes renováveis, acarreta no maior consumo de etanol de primeira geração, podendo este ser insuficiente em suprir a necessidade da frota brasileira. Dessa forma, o etanol de segunda geração (E2G) surge como uma alternativa para aumento da produção de combustíveis renováveis. Ele é produzido a partir da fermentação dos resíduos de glicose após a quebra da celulose presente na biomassa vegetal. Contudo, além da celulose, a biomassa vegetal é também composta pela lignina, composto considerado recalcitrante no processo de obtenção deste tipo de etanol. Para transpor este obstáculo, é necessário encontrar maneiras de diminuir a quantidade ou modificar a composição da lignina. Fatores de transcrição (FTs) são alvos altamente promissores para a modificação deste polímero, uma vez que estão envolvidos com a regulação de sua via de biossíntese, bem como, da formação de toda parede celular secundária (PCS). Plantas de arroz transformadas para a superexpressão de AtSHN2 de Arabdopsis, apresentaram uma diminuição na quantidade de lignina e mostraram uma modulação na via de celulose, enquanto que a superexpressão do outro gene SHN de Arabidopsis (AtSHN1) em Arabidopsis apresentou uma modificação na via de biossíntese de cera e cutina. Isto ressalta a necessidade de avaliar os FTs de maneira espécie-específica. Assim sendo, este trabalho vem com o objetivo de ajudar a elucidar os mecanismos de funcionamento do FT SHI... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The search for alternative sources of the energy, prioritizing renewable sources, increase the consumption of first generation ethanol, which could not be enough to supply the needs of the Brazilian flex fuel car fleet. In this scenario, second generation ethanol (E2G) appears as an alternative to increase production of renewable fuels. E2G it is produced from the fermentation of glucose residues after breaking the cellulose present in the plant biomass. However, adhered to the cellulose is lignin, a compound considered recalcitrant in the process of obtaining this type of ethanol. To overcome this obstacle, it is necessary to find ways to decrease the amount or modify the lignin composition. Transcription factors (TFs) are highly promising targets for the modification of this polymer, since they are involved in the regulation of its biosynthesis pathway, as well as the formation of the whole secondary cell wall (PCS). Rice plants transformed for the overexpression of AtSHN2 from Arabidopsis showed a decrease in the amount of lignin and a modulation of cellulose pathway whereas the overexpression of another gene of SHN (AtSHN1) in Arabidopsis showed a modification in the biosynthesis pathway of wax and cutin. This highlights the need to evaluate TFs in a species-specific manner. Basing on this, the present work has the objective of helping to elucidate the mode of action of TF SHINE (SHN), considered a potential regulator of PCS in grasses. Aiming to characterize SbSHN TF in ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Herança genética e mapeamento molecular do caráter nuda em aveia hexaplóide

Ubert, Itacir de Pierri January 2016 (has links)
A aveia nuda apresenta a formação de grãos com lema pouco lignificada. Esta característica facilita a separação dos grãos da lema e da pálea durante o processo de trilha. Embora, estudos sobre o caráter nuda iniciaram aproximadamente um século atrás, o controle genético deste caráter ainda não é totalmente compreendido em aveia. Os objetivos deste estudo foram avaliar o caráter nuda em duas populações de linhagens de aveia, determinar o número de genes e mapear regiões genômicas associadas a este caráter. Linhagens obtidas dos cruzamentos simples ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ e ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’, foram avaliadas nas gerações F5:6 e F5:7. Os genitores de cada população são contrastantes para a formação de grãos com casca e sem casca. Com base nos resultados fenotípicos observados, as linhagens foram classificadas em nuda, parcialmente nuda, parcialmente casca e casca. As hipóteses genéticas de quatro e cinco genes controlando o caráter foram testadas. A análise de QTL foi realizada através do mapeamento por intervalo simples, utilizando os dados fenotípicos e o mapa genético de ligação desenvolvido para cada população. Nas duas populações e gerações avaliadas, um grande número de linhagens apresentou expressividade variável, sendo que o maior percentual de grãos sem casca foi observado no terço superior da panícula. Com base no modelo genético proposto, o caráter nuda deve ser controlado por um gene principal N1 com atuação de genes modificadores, os quais desempenham um papel importante no grau de lignificação da lema. A análise de QTL detectou uma única região genômica com grande efeito sobre o caráter nuda nas populações de mapeamento. O marcador ‘GMI_ES14_c19259_657’ apresentou efeito significativo nas duas populações e gerações de autofecundação avaliadas. Estudos complementares serão necessários para confirmar a associação deste marcador com o caráter nuda em diferentes germoplasmas e investigar o potencial de uso deste marcador no melhoramento genético de aveia nuda. / Naked oat presents the formation of grains with a less lignified lemma. This feature allows the grain to be easily separated from palea and lemma during the thresh process. However, studies regarding the formation of naked grains began approximately a century ago; genetic control of this characteristic is not yet fully understood in oats. The objectives of this study were to evaluate the naked trait in two populations of oat lines, to determine the number of genes and to map genomic regions associated with this trait. Lines obtained from the simple crosses ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ and ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’ were evaluated at the F5:6 and F5:7 generations. Parents of each population show the contrasting phenotypes hulled and naked grains. Based on the phenotypic data observed in this study, oat lines were classed as naked, partially naked, partially hulled and hulled. The genetic hypothesis of four and five genes controlling the trait were tested. QTL analysis was performed through simple interval mapping, using the phenotypic data and the genetic linkage map developed for each population. In both populations and generations, a great number of lines exhibited variable expressivity, with the highest percentage of naked grains observed in the upper third of the panicle. Based on the proposed genetic models, the formation of naked grains must be controlled by a principal or major gene (N1) acting with modifier genes, which plays an important role in the degree of lemma lignification. QTL analysis detected a unique genomic region with high association with the naked trait in the mapping populations. The SNP marker ‘GMI_ES14_c19259_657’ presented a significant effect in both populations and generations analyzed. Further studies are needed in order to confirm the association of this marker with the formation of naked grains in different germplasm and to investigate the potential of use this marker in breeding naked oat varieties.
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Estruturação genômica e padrão de expressão das proteínas híbridas ricas em prolina (HyPRPs) em soja (Glycine max (L.) Merrill)

Oliveira, Rafael Rodrigues de January 2010 (has links)
Os estresses abióticos, tais como seca, alta salinidade e temperaturas extremas são as causas primárias de quebras de safra na agricultura mundial, reduzindo a produção das principais culturas em mais de 50%. Dentre os estresses citados, a seca é um dos principais responsáveis pelas perdas na produção, mesmo que as plantas, ao longo da evolução, já tenham desenvolvido complexas vias metabólicas de resistência à falta de água. As funções classicamente conhecidas da parede celular são: estruturação da planta, determinação do tamanho e do formato das células vegetais e atuação como barreira mecânica à invasão de patógenos. Além disso, vários genes que codificam proteínas da parede celular têm sua regulação alterada mediante alta salinidade, seca e baixas temperaturas, indicando sua participação na resposta ao estresse hídrico. As Proteínas Híbridas Ricas em Prolina (HyPRPs) são glicoproteínas de parede celular com função pouco conhecida. O gene SbPRP (Glyma14g14220), membro da família HyPRP de soja, teve sua expressão aumentada perante a seca, ao estresse salino, a hormônios vegetais, ao ácido salicílico e a infecções virais em um trabalho onde foi utilizada a técnica de Northern blot. Com o objetivo de entender a atuação da proteína SbPRP na aclimatação da soja para tolerância à seca, a região codificadora do gene SbPRP foi isolada por PCR a partir do DNA total de Glycine max (cultivar IAS5), utilizando-se iniciadores específicos. Através do sistema Gateway-Invitrogen de clonagem por recombinação foram obtidas construções para superexpressão e silenciamento de SbPRP. Conjuntos embriogênicos somáticos das cultivares IAS5 e Vencedora foram submetidos ao protocolo de transformação, que combina bombardeamento com o sistema Agrobacterium e ao protocolo de biolística. Atualmente, embriões histodiferenciados encontram-se na fase de regeneração, já tendo sido obtidas cinco plântulas trifolioladas relativas à construção de superexpressão. Com o sequenciamento do genoma da soja foi possível a identificação de 35 genes HyPRP. Através de análises filogenéticas, envolvendo os 35 membros HyPRP de soja, o gene SbPRP (Glyma14g14220) ficou agrupado no mesmo clado composto por outros três genes HyPRP (Glyma04g06970, Glyma06g07070 e Glyma17g32100). Na tentativa de aumentar o conhecimento do papel biológico das HyPRPs em soja, foram delineados experimentos para verificação da resposta dos quatro genes do clado monofilético (Glyma04g06970, Glyma06g07070, Glyma17g32100 e Glyma14g14220). Transcritos do gene Glyma06g07070 não puderam ser detectados, sendo excluídos das análises. Foi possível avaliar os transcritos de três destes genes por PCR em Tempo Real, a partir de RNA de plantas de soja submetidas a tratamentos de alta salinidade, ácido abscísico (ABA), ácido salicílico e infecção por Phakopsora pachirizi (fungo causador da ferrugem asiática). Foram constatados aumentos significativos na expressão dos genes em diversos tempos após a inoculação de urediniósporos de P. pachirizi, em resposta a tratamento com ABA e em resposta ao ácido salicílico. O tratamento com sal reprimiu a expressão dos genes Glyma14g14220 e Glyma17g32100. Os resultados obtidos reforçam a possibilidade das HyPRPs estarem envolvidas em resposta a estresses bióticos e abióticos. / Abiotic stresses like drought, high salinity and high temperatures are the main causes of yield losses in agriculture, causing production decreases of more than 50% in the major crops around the world. Among the cited stresses, drought figures as one of the most important agents causing production decrease, even though plants have developed complex metabolic pathways to tolerate water deficit along evolution. The traditional cell wall functions known are: plant structure, cell format and size determination, and a role as mechanical barrier against pathogen attacks. Besides that, many genes encoding cell wall proteins have their regulation modified by high salinity, drought and low temperatures, which indicates a participation in response to water stress. The Hybrid Proline Rich Proteins (HyPRPs) are cell wall glycoproteins with poorly known function. The gene SbPRP (Glyma14g14220), a HyPRP soybean member, has its expression increased under drought conditions, high salinity, treatment with hormones, salicylic acid and viral infections. Aiming to understand the role of the SpPRP protein in the soybean drought tolerance acclimatation, the SbPRP gene coding sequence was isolated by PCR cloning using specific primers and Glycine max (cultivar IAS5) genomic DNA as template. Constructions were obtained through the Gateway system for SbPRP super expression and silencing. Somatic embryogenic (IAS5 and Vencedora soybean cultivars) sets were submitted to the combined Agrobacterium/bombardment or biolistic protocols. Histo-differentiated embryos are presently in the regeneration phase, and five tree-leaf-seedlings containing the super expression construction were already obtained. After the soybean genome sequencing, it was possible to identify 35 HyPRP genes. Based on phylogenetic analysis, the SbPRP gene has grouped in the same clade formed by three other HyPRP genes (Glyma04g06970, Glyma06g07070 and Glyma17g32100). Trying to increase the knowledge about a possible biological role of the soybean HyPRPs, experiments were delineated to check the response of the four monophyletic clade forming genes (Glyma04g06970, Glyma17g32100 and Glyma14g14220). Transcripts of three genes were detected and analyzed with Real Time PCR experiments after high salinity, ABA, and salicylic acid treatments, and Phakopsora pachirizi infection (Asian rust agent). Transcripts of the gene Glyma06g07070 were not detected in any experiment. An increase in the genes’ expression was observed after different treatment times after the P. pachirizi urediniospores inoculation, and in response to ABA and salicylic acid treatments. Salt treatment repressed the expression of Glyma14g14220 and Glyma17g32100. The results reinforce the possibility of HyPRP involvement in biotic and abiotic responses.
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Uso da espectroscopia NIR e calibração multivariada para prospecção de oleaginosas quanto as suas características de óleo e proteína

Almeida, Pollyne Borborema Alves de 08 February 2013 (has links)
Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2016-05-05T12:34:02Z No. of bitstreams: 1 PDF - Pollyne Borborema Alves de Almeida.pdf: 1365095 bytes, checksum: 3d78a3e09b6f12a32fa8c69c10ed0855 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-07-25T19:31:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Pollyne Borborema Alves de Almeida.pdf: 1365095 bytes, checksum: 3d78a3e09b6f12a32fa8c69c10ed0855 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-07-25T19:33:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Pollyne Borborema Alves de Almeida.pdf: 1365095 bytes, checksum: 3d78a3e09b6f12a32fa8c69c10ed0855 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-25T19:33:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Pollyne Borborema Alves de Almeida.pdf: 1365095 bytes, checksum: 3d78a3e09b6f12a32fa8c69c10ed0855 (MD5) Previous issue date: 2013-02-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The potential application of NIR spectroscopy was studied to prospect oil seeds as to its characteristics of oil and protein. Spectra in the region 400-2500 nm were obtained from seeds of peanut, sesame, cotton and castor oil. The reference measurements included: oil content, protein and fatty acids. Using the technique PLS calibration models were developed for genotypes of groundnut, sesame and castor. As for peanuts: oil content (R = 0.4 and RMSECV = 1.7%), water content (R = 0.7 and RMSECV = 0.2%), oleic acid (R = 0.7 and RMSECV = 1.1%), linoleic acid (R = 0.7 and RMSECV = 0.8%), palmitic acid (R = 0.8 and RMSECV = 0.1%) and stearic acid (R = 0.6 and RMSECV = 0.3%); Sesame: oil content (R = 0.7 and RMSECV = 1.7%), water content (R = 0.9 and RMSECV = 0.1%), total protein (R = RMSECV = 0.8 and 0.9%), oleic acid (R = 0.6 and RMSECV = 0.8%), linoleic acid (R = 0.8 and RMSECV = 0.8%), palmitic acid ( R = 0.9 and RMSECV = 0.1%), stearic acid (r = 0.6 and RMSECV = 0.1%) and linolenic acid (R = 0.8 and RMSECV = 0.01%) and; castor : ricinoleic acid (R = 0.90 and RMSECV = 0.57%), oleic acid (R = 0.94 and RMSECV = 0.18%), linoleic acid (R = 0.90 and RMSECV = 0.25% ), palmitic acid (R = 0.92 and RMSECV = 0.04%), stearic acid (R = 0.91 and RMSECV = 0.03%) and linolenic acid (R = 0.51 and = 0.01 RMSECV %). Techniques were applied to cotton selection of samples and variables (APS-MLR). The models PLS and APS-MLR were compared and this obtained better results: oil content (R = 2.1% e RMSEP = 0.7), water content (R = 0.9% and RMSEP = 0.5), linoleic acid (r = 2.0% and RMSEP = 0.1), oleic acid (R = 0.3% and RMSEP = 0.7), palmitic acid (R = 0.9% and RMSEP = 0.3) and stearic acid (R = 0.05 and RMSEP = 0.05%). The levels of oil, water, total protein and fatty acids were predicted in seed and oil by VIS- NIR modeling spectra and calibration by PLS and MLR-APS in oilseeds / O potencial de aplicação da espectrometria NIR foi estudado para prospecção de genótipos de oleaginosas quanto às suas características de óleo e proteína. Espectros na região de 400 a 2500 nm foram obtidos em sementes de amendoim, gergelim, algodão e do óleo de mamona. As medidas de referência contemplaram: teor de óleo, proteína total e ácidos graxos. A técnica de PLS foi utilizada para o desenvolvimento dos modelos para os genótipos de amendoim, gergelim e mamona. Sendo para amendoim: teor de óleo (R = 0,5 e RMSECV = 1,7 %), teor de água (R = 0,8 e RMSECV = 0,2 %), ácido oleico (R = 0,9 e RMSECV = 1,1 %), ácido linoleico (R = 0,8 e RMSECV = 0,8 %), ácido palmítico (R = 0,8 e RMSECV = 0,1 %) e esteárico (R = 0,8 e RMSECV = 0,3 %); Gergelim: teor de água (R = 0,9 e RMSECV = 0,1 %), teor de óleo (r = 0,8 e RMSECV = 1,7 %), proteína total (R = 0,9 e RMSECV = 0,9 %), , ácido oleico (r = 0,8 e RMSECV = 0,8 %), ácido linoleico (R = 0,9 e RMSECV = 0,8 %), ácido palmítico (r = 0,9 e RMSECV = 0,1 %), ácido esteárico (R = 0,8 e RMSECV = 0,1 %) e ácido linolênico (R = 0,9 e RMSECV = 0,01 %) e; mamona: ácido ricinoleico (R = 0,9 e RMSECV = 0,57 %), ácido oleico (r = 0,9 e RMSECV = 0,18 %), ácido linoleico (r = 0,9 e RMSECV = 0,25 %), ácido palmítico (R = 0,9 e RMSECV = 0,04 %), ácido esteárico (R = 0,9 e RMSECV = 0,03 %) e ácido linolênico (R = 0,7 e RMSECV = 0,01 %). Nas amostras de algodão foram aplicadas técnicas de seleção de amostras (algoritmo de partição de amostras) e de variáveis (algoritmo das projeções sucessivas -APS). Os modelos PLS e APS-MLR foram comparados e este forneceu melhores resultados: teor de óleo (R = 0,7 e RMSEP = 2,1 %), teor de água (R = 0,5 e RMSEP = 0,9 %), ácido linoleico (R = 0,1e RMSEP = 2,0 %), ácido oleico (R = 0,7 e RMSEP = 0,3 %), ácido palmítico (R = 0,3 e RMSEP = 0,9 %) e ácido esteárico (R = 0,05 e RMSEP = 0,05 %). Os teores de óleo, água, proteína total e de ácidos graxos foram preditos por modelagem dos espectros VIS-NIR e calibração por PLS e APS- MLR em oleaginosas. Os modelos são viáveis para medidas não destrutivas de sementes em fase de melhoramento genético.
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Caracterização e padrão de expressão gênica relacionados ao degrane e dormência de sementes em arroz vermelho / Characterization and pattern of gene expression related to the shattering and seed dormancy in red rice

Markus, Catarine January 2013 (has links)
O arroz vermelho é considerado daninho principalmente devido às características de degrane e dormência das sementes, que contribuem para a perpetuação desta espécie na lavoura de arroz. A melhor compreensão destes mecanismos poderá ser utilizada para desenvolver tecnologias que proporcionam o controle desta planta daninha. O objetivo desta dissertação foi avaliar a expressão gênica e variação nucleotídica de genes relacionados ao degrane e dormência em sementes de arroz vermelho. O estudo foi realizado com a espécie silvestre O. glaberrima, cultivares de arroz e ecótipos de arroz vermelho provindos do sul do Brasil. A caracterização fenotípica mostrou que os ecótipos de arroz vermelho apresentam alto nível de degrane em comparação com cultivares de arroz, que possuem pouca variabilidade desta característica. Já a dormência das sementes apresentou grande variabilidade nos ecótipos de arroz vermelho e mostrou-se reduzida nas cultivares de arroz analisadas. A expressão do gene OsXTH8 teve relação direta com o caráter degrane. De forma contrária, a expressão do gene OsCel9D foi relacionada com a repressão deste caráter nos genótipos avaliados. O gene Sh4 não apresentou relação com o processo de degrane. Os genótipos Batatais, Nipponbare, AV 503 e O. glaberrima não apresentaram a mutação G237T no gene Sh4, indicando que este gene não possui envolvimento com o processo de domesticação dos genótipos avaliados. Com relação à dormência das sementes, a expressão do gene OsCYP707A5 não foi associada com essa característica em nenhum dos momentos avaliados. Aos 14 dias após a antese e em sementes maduras, os genes Sdr4 e OsMADS29 apresentam, respectivamente, relação positiva e negativa com a dormência das sementes de arroz vermelho. Durante o processo de germinação das sementes a expressão do gene OsMADS29 apresentou efeito negativo, enquanto que o gene Sdr4 mostrou relação positiva com o caráter dormência. Desta forma, os resultados encontrados sobre a dormência de sementes de arroz vermelho em comparação aos dados descritos na literatura para arroz cultivado são diferentes para o gene OsCYP707A5 e são similares para os genes Sdr4 e OsMADS29. O gene Sh4 não está associado ao degrane de sementes em arroz vermelho, contrariamente ao indicado em arroz cultivado. Os genes OsXTH8 e OsCel9D, até então pouco relacionados ao degrane de sementes, estão associados à ocorrência desta característica em arroz vermelho. / Red rice is the most important weed of the rice crop due to the occurrence of of seed shattering and seed dormancy. The better understanding of regulation of these process can be used to develop biotechnological and management technologies to mitigate the red rice infestation in rice fields. The aim of this study was to evaluate the variability of gene expression and nucleotide composition of genes related to seed shattering and seed dormancy in red rice. The study was based on red rice ecotypes, O. glaberrima and rice varieties from southern Brazil. The seed shattering of the red rice ecotypes was higher in comparison with the rice varieties, that have little variability of this trait. In contrast, seed dormancy had great variability in red rice ecotypes and this was reduced in the rice varieties. The expression of the gene OsXTH8 was directly associated with the seed shattering. Otherwise, the OsCel9D expression was related with the suppression of this characteristic. The gene Sh4 was not associated with the seed shattering. The genotypes Batatais, Nipponbare, AV 503 and O. Glaberrima didn’t show the G237T mutation in exon one of the gene Sh4, indicating that this gene has no involvement with the process of domestication of analyzed genotypes. In respect to seed dormancy, the gene expression of OsCYP707A5 was not related with this trait in any of the seed development and germination evaluated stages. At 14 days after anthesis and in mature seeds the genes OsMADS29 and Sdr4 were, respectively, positive and negative related with seed dormancy. During seeds germination, the gene Sdr4 had a positive effect on seed dormancy of red rice, and OsMADS29 gene had negative relationship with that character. During the seed germination the genes OsCYP707A5, OsMADS29 and Sdr4 were not associated, negative and positively related with seed dormancy of red rice. The seed dormancy in red rice in comparison to the described results for cultivated rice is differently related for the OsCYP707A5 gene, and is similarly associated for the genes Sdr4 and OsMADS29. In opposition with what was found in cultivated rice, the Sh4 gene is not associated with seed abscission process in red rice. The OsXTH8 and OsCel9D genes, not previously associated with seed shattering in rice cultivars, are associated with these trait in red rice.
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Evaluación de la diversidad genética de tres poblaciones de Caesalpinia spinosa procedentes de Cajamarca, Junín y Ayacucho mediante marcadores morfométricos de frutos y marcadores moleculares RAPD

Orihuela Tacuri, César Diego January 2014 (has links)
Se evaluó la diversidad genética de tres poblaciones silvestres de Caesalpinia spinosa de las regiones de Cajamarca, Junín y Ayacucho. La diversidad genética se evaluó a partir de característica morfométricas del fruto y marcadores moleculares RAPD, para lo cual se colectaron 15 frutos maduros por planta, en un total de 6 plantas por cada población; así mismo, se colectaron hojas jóvenes para extraer el ADN y obtener los marcadores RAPD. Los caracteres morfométricos se midieron directamente y los datos obtenidos se analizaron mediante Análisis de Componentes Principales (ACP) y Análisis de Funciones Discriminantes Canónicas (AFDC) con el programa IBM SPSS Statistics (SPSS Inc.). Los marcadores RAPD se obtuvieron con el uso de los cebadores OPA-09, OPA-12, OPA-15, OPI-01 y OPI-04, de Qiagen OPERON. Los análisis de diversidad a partir de marcadores RAPD se realizaron con los programas POPGENE v.1.31 (F. Yeh et al., 1999), FreeTree v.0.9.1.50 (A. Pavlicek, 1999) y ARLEQUIN v.3.5 (Excoffier et al., 2011). Los análisis de ACP y AFDC mostraron una amplia diversidad de características frutales dentro de cada población, sin embargo no se logró una eficiente diferenciación entre poblaciones. El análisis de marcadores moleculares RAPD evidenció una amplia diversidad genética en las tres poblaciones mediante los índices He, Ne e I. El análisis de agrupamiento y el AMOVA mostraron que las poblaciones poseen diferencias genéticas significativas y que la variabilidad total se explica en un 60.84% por la variabilidad dentro de las poblaciones y en un 39.16% por la variabilidad entre las poblaciones. Los resultados sugieren la presencia de una amplia diversidad genética en las poblaciones, razón por la cual deben estructurarse programas de conservación para evitar perder este banco de genes y mejorar las características de importancia productiva en la planta. / Tesis
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Incorporación de segmentos heteróticos en el genoma de líneas endocriadas de maíz flint para aumentar el rendimiento en grano con bajo costo de producción

Salerno, Juan Carlos January 2009 (has links)
Para incrementar la eficiencia en la producción de semillas híbridas en maíz se necesitan altos rendimientos con un correlativo bajo costo de producción. Esto requiere una expansión de los conocimientos básicos de la herencia de caracteres que posibiliten desarrollar nuevas técnicas de mejoramiento sobre materiales experimentales de textura dura (flint). Los sistemas de letales balanceados permiten estudiar la contribución relativa de distintos segmentos heteróticos en el vigor híbrido dado que permiten lograr la heterocigosis cuasi-permanente de una porción del genomio, mientras el resto del genoma se vuelve homocigota por autofecundaciones sucesivas. Estos sistemas pueden ser transferidos a líneas endocriadas para incrementar el rendimiento del grano y el tamaño de la panoja para aumentar la producción de polen. El objetivo de este trabajo fue incorporar segmentos heteróticos de tres líneas reguladas por sistemas de letales balanceados diferentes (BLS), mediante cruzamientos y retrocruzas, a líneas S5 derivadas de dos híbridos comerciales ACA 2000 y Cóndor de pedigree cerrado, con textura dura (flint), con la finalidad de aumentar el rendimiento en grano o el tamaño de la panoja para la producción de polen. Los análisis de variancia (ANOVA) y de componentes principales (ACP) mostraron un incremento significativo en el rendimiento del grano y el tamaño de la panoja de las líneas S5 de ambos híbridos comerciales, portando cada una de ellas segmentos heteróticos provenientes de tres líneas reguladas por sistemas de letales balanceados diferentes (BLS). / Información extraída de <a href="http://www.agro.unlp.edu.ar/index.php?nContent=48">http://www.agro.unlp.edu.ar/index.php?nContent=48</a>
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Herança genética e mapeamento molecular do caráter nuda em aveia hexaplóide

Ubert, Itacir de Pierri January 2016 (has links)
A aveia nuda apresenta a formação de grãos com lema pouco lignificada. Esta característica facilita a separação dos grãos da lema e da pálea durante o processo de trilha. Embora, estudos sobre o caráter nuda iniciaram aproximadamente um século atrás, o controle genético deste caráter ainda não é totalmente compreendido em aveia. Os objetivos deste estudo foram avaliar o caráter nuda em duas populações de linhagens de aveia, determinar o número de genes e mapear regiões genômicas associadas a este caráter. Linhagens obtidas dos cruzamentos simples ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ e ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’, foram avaliadas nas gerações F5:6 e F5:7. Os genitores de cada população são contrastantes para a formação de grãos com casca e sem casca. Com base nos resultados fenotípicos observados, as linhagens foram classificadas em nuda, parcialmente nuda, parcialmente casca e casca. As hipóteses genéticas de quatro e cinco genes controlando o caráter foram testadas. A análise de QTL foi realizada através do mapeamento por intervalo simples, utilizando os dados fenotípicos e o mapa genético de ligação desenvolvido para cada população. Nas duas populações e gerações avaliadas, um grande número de linhagens apresentou expressividade variável, sendo que o maior percentual de grãos sem casca foi observado no terço superior da panícula. Com base no modelo genético proposto, o caráter nuda deve ser controlado por um gene principal N1 com atuação de genes modificadores, os quais desempenham um papel importante no grau de lignificação da lema. A análise de QTL detectou uma única região genômica com grande efeito sobre o caráter nuda nas populações de mapeamento. O marcador ‘GMI_ES14_c19259_657’ apresentou efeito significativo nas duas populações e gerações de autofecundação avaliadas. Estudos complementares serão necessários para confirmar a associação deste marcador com o caráter nuda em diferentes germoplasmas e investigar o potencial de uso deste marcador no melhoramento genético de aveia nuda. / Naked oat presents the formation of grains with a less lignified lemma. This feature allows the grain to be easily separated from palea and lemma during the thresh process. However, studies regarding the formation of naked grains began approximately a century ago; genetic control of this characteristic is not yet fully understood in oats. The objectives of this study were to evaluate the naked trait in two populations of oat lines, to determine the number of genes and to map genomic regions associated with this trait. Lines obtained from the simple crosses ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ and ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’ were evaluated at the F5:6 and F5:7 generations. Parents of each population show the contrasting phenotypes hulled and naked grains. Based on the phenotypic data observed in this study, oat lines were classed as naked, partially naked, partially hulled and hulled. The genetic hypothesis of four and five genes controlling the trait were tested. QTL analysis was performed through simple interval mapping, using the phenotypic data and the genetic linkage map developed for each population. In both populations and generations, a great number of lines exhibited variable expressivity, with the highest percentage of naked grains observed in the upper third of the panicle. Based on the proposed genetic models, the formation of naked grains must be controlled by a principal or major gene (N1) acting with modifier genes, which plays an important role in the degree of lemma lignification. QTL analysis detected a unique genomic region with high association with the naked trait in the mapping populations. The SNP marker ‘GMI_ES14_c19259_657’ presented a significant effect in both populations and generations analyzed. Further studies are needed in order to confirm the association of this marker with the formation of naked grains in different germplasm and to investigate the potential of use this marker in breeding naked oat varieties.

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