A principal característica que diferencia a aveia nuda da aveia com casca é a separação da casca durante o processo de trilha. A expressão incompleta do caráter nuda é um dos entraves à utilização comercial da aveia nuda. Os objetivos deste estudo foram: (i) analisar a expressão do caráter nuda nas panículas dos genitores e da população segregante nas gerações F2 e F3, (ii) estimar o número de genes desse caráter, (iii) analisar possíveis diferenças na expressão do caráter quando utilizadas sementes com e sem casca na semeadura, (iv) determinar a associação do caráter nuda aos caracteres estatura e florescimento. O trabalho foi conduzido na Estação Experimental Agronômica da UFRGS, nos anos 2005 e 2006. Foram utilizados como genitores as linhagens UFRGS 995080-1 (nuda) e UFRGS 970486-3 (com casca), que foram avaliados conjuntamente com a população segregante quanto a presença e distribuição dos grãos sem casca na panícula. O caráter nuda em aveia é governado por um gene dominante de grande efeito sobre o fenótipo, formando três classes fenotípicas distintas na geração F2, nuda, mosaico e com casca, nas proporções 1:2:1, respectivamente. A expressão do caráter nuda nem sempre foi completa nas panículas, mesmo em genótipos homozigotos para a característica, sendo que a menor expressão do caráter nas panículas ocorreu em ramificações de segunda e terceira ordem, localizadas na base destas. Não foram verificadas diferenças nas proporções fenotípicas observadas nas gerações F2 e F3 quando as sementes provenientes de plantas individuais foram separadas em sementes nuda e com casca. Assim como o caráter nuda, a característica multiflora das espiguetas possui herança monogênica, sendo que os dois caracteres são fortemente ligados. Não houve associação do caráter nuda com a estatura da planta e nem com o número de dias para o florescimento. A seleção de fenótipos que formam apenas grãos sem casca ao longo da panícula facilitará o desenvolvimento de novas variedades de aveia nuda, uma vez que são homozigotos e provavelmente apresentarão uma expressão mais estável desta característica. / The major difference between naked and conventional oats is the capacity of dehulling during threshing. The incomplete expression of the naked trait limits the commercial exploitation of naked oats. The objectives of this work were: (i) to analyze the expression of the naked trait in panicles of F2 and F3 segregating populations and the parental genotypes, (ii) to estimate the number of genes controlling this trait, (iii) to evaluate if there are any differences in the expression of the naked character, due to the type of seeds, naked or husked, used, (iv) to determine the association of the naked character with plant height and flowering date. This work was conduced at the Agronomic Experimental Station of UFRGS, in 2005 and 2006. The inbred lines used as parents, UFRGS 995080-1 (naked) and UFRGS 970486-3 (hulled), and the segregating populations F2 and F3 were evaluated for the presence and distribution of the naked grains within the panicles. The naked trait is controlled by one dominant major gene. In the F2 generation three phenotypic classes were observed, naked, mosaic, and hulled, in the proportion of 1:2:1, respectively. The expression of the naked trait was incomplete, even for the dominant homozygous genotypes, as confirmed by the F3 analysis. The expression of the naked character was less evident in the second and third order branches, located mostly at the base of the panicle. There were no differences in the phenotypic proportions observed in the F2 and F3 generations based on the type of seed used, i.e, naked or hulled seeds. The multiflorous trait was also monogenic and strongly linked to naked character. There was no association between the naked trait with plant height and flowering date. Selection of phenotypes that express only dehulled seeds throughout the panicle will facilitate the development of new naked oat varieties, since they are homozygous and will probably have a more stable expression of this characteristic.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2014. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-08-07T13:40:15Z No. of bitstreams: 1 2014_LidiaNascimentoQueiroz_Parcial.pdf: 497818 bytes, checksum: 7e4ff8edf43e92feb69984ba825ac6f5 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-08-07T13:51:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_LidiaNascimentoQueiroz_Parcial.pdf: 497818 bytes, checksum: 7e4ff8edf43e92feb69984ba825ac6f5 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-07T13:51:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_LidiaNascimentoQueiroz_Parcial.pdf: 497818 bytes, checksum: 7e4ff8edf43e92feb69984ba825ac6f5 (MD5) / A ocorrência de perdas de produção na cultura de soja no Brasil é reflexo, entre outros fatores, do déficit hídrico. Ferramentas de melhoramento genético visam fornecer subsídios para contornar esses problemas na medida em que possibilitam a introdução de genes exógenos nas plantas, envolvidos na resposta a estresses ambientais. Vários genes de fatores de transcrição em plantas foram caracterizados e relacionados à tolerância ao estresse hídrico. Dentre eles, o gene do fator de transcrição HaHB11, de girassol, que atua como regulador positivo da cascata de sinalização dependente de ABA (ácido abscísico), aumentando a expressão dos genes de resposta que resultariam na tolerância a estresse hídrico. Na tentativa de obter plantas transgênicas de soja mais tolerantes à seca, o gene do fator HaHB11 foi clonado no vetor pAHAS e a construção obtida foi utilizada para transformação genética de soja via biobalística, utilizando embriões zigóticos como tecido alvo. Foram gerados 14 eventos de transformação, sendo que plantas da segunda geração do primeiro evento apresentaram um locus único de integração dos transgenes. Assim, plantas T4 deste primeiro evento, com 14 dias após a germinação, foram testadas em bioensaios para avaliação da resposta ao estresse hídrico. As plantas transgênicas apresentaram menor perda de água na parte aérea comparadas com as WT durante o estresse, além de possuírem mais raízes laterais desenvolvidas. Além disso, as plantas transgênicas também se recuperaram melhor da condição de estresse. Estes resultados indicam que as plantas transgênicas tiveram melhor desempenho durante o estresse hídrico, e que isso provavelmente está ligado a uma via de resposta dependente de ABA. No entanto, ensaios adicionais são necessários para elucidar melhor o papel do transgene em soja. / The occurrence of losses of soybean (Glycine max) production in Brazil is related, among other factors, to water deficit. Breeding techniques aimed at addressing these problems have continuously failed due to their inability to introduce desirable genes that may be involved in response to environmental stress. Several genes of transcription factors related to drought tolerance in plants have been characterized. Among them, is the gene for sunflower transcription factor HaHB11, which acts as a positive regulator of the ABA-dependent (abscisic acid) signaling cascade, by increasing gene expression response, which results in tolerance to water stress. In an attempt to obtain transgenic drought-tolerant soybeans plants, the HaHB11 gene was cloned into the pAHAS vector and the construction obtained was used for soybean genetic transformation via biolistic using zygotic embryos as target tissues. Fourteen transformation events were generated, and plants arising from the second generation of the first event had a single locus for the gene. Fourteen days after germination plants from this first event were subjected to a bioassay to assess their response to water stress. In addition to developing more lateral roots, transgenic plants showed lower water loss in shoots compared non-transgenic plants when subjected to water stress,. In addition, transgenic plants also recovered better from stress condition. These results indicate that transgenic plants performed better during water stress, and this may be linked to an ABA-dependent response pathway. However, additional trials are required to further elucidate the role of the transgene in soybean.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-12-03T11:43:26Z No. of bitstreams: 1 2013_DioneMendesTeixeiraAlvesFreitas.pdf: 7338695 bytes, checksum: 43f94bef491c6194ec28ca46af457d96 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-12-03T13:58:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_DioneMendesTeixeiraAlvesFreitas.pdf: 7338695 bytes, checksum: 43f94bef491c6194ec28ca46af457d96 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-03T13:58:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_DioneMendesTeixeiraAlvesFreitas.pdf: 7338695 bytes, checksum: 43f94bef491c6194ec28ca46af457d96 (MD5) / Métodos de genotipagem de polimorfismos no DNA em larga escala a baixos custos são fundamentais para ampliar a resolução de estudos filogenéticos e populacionais, viabilizar a integração das tecnologias genômicas na prática do melhoramento genético e auxiliar a montagem de genomas. Neste trabalho, tendo Pinus (Pinus teada L. - Pinaceae) como espécie de interesse, foram desenvolvidos: (1) um estudo filogenético de espécies americanas de Pinus baseado no desenvolvimento de um microarranjo de marcadores moleculares DArT; (2) um mapa genético de alta densidade para P. taeda com base em microssatélites e marcadores genotipados via redução de complexidade genômica e sequenciamento pela metodologia DArT-seq. Para o desenvolvimento da tecnologia DArT, amostras de 16 espécies de Pinus, oito procedências de P. taeda e cinco árvores-elite de P. taeda foram utilizadas para a construção de um microarranjo com 7680 sondas de DNA derivadas de uma fração do genoma com complexidade reduzida via enzimas de restrição. Um total de 4.171 marcadores polimórficos foi identificado entre as espécies de Pinus e 1.211 marcadores entre procedências de P. taeda. Uma análise filogenética de 12 espécies de Pinus da América com 3.273 marcadores DArT, revelou importantes diferenças em relação à proposta mais recente de classificação taxonômica baseada na análise de sequências de DNA cloroplastidial. Nossos resultados sugerem a possibilidade de que P. taeda e demais espécies do norte da América venham a ser classificadas em outra subseção. Um mapa genético com base na análise de 288 megagametófitos haploides da árvore 7-56 de P. taeda foi construído com microssatélites e marcadores DArT-seq (sequências de 69 bases) desenvolvidos a partir da redução da complexidade genômica via enzimas de restrição (PstI-HhaI), e sequenciamento das representações genômicas reduzidas. De um total de 4.367 marcadores DArT-seq de alta qualidade, 2.469 e 32 microssatélites foram mapeados e ordenados em 12 grupos de ligação (n=12 cromossomos em P. taeda) cobrindo 1.226,47 cM, com média de 203 marcadores por grupo de ligação e densidade de 0,62 cM por marcador. O mapa genético foi em seguida utilizado para ancorar 75 clones de BACs (cromossomos artificiais de bactéria) de Pinus taeda disponíveis no NCBI, demonstrando sua potencial utilidade para fins de montagem do genoma, porém corroborando também a natureza repetitiva do genoma ao ancorar múltiplos BACs em diferentes grupos de ligação. O mapa genético aumentou em cerca de 20 vezes a densidade de marcadores dos mapas existentes para a espécie, fornecendo uma ferramenta adicional para estudos de mapeamento genético e montagem do genoma de P. taeda. __________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genome-wide, high-throughput and cost-efficient DNA genotyping methods are key to increase the resolution and speed of phylogenetic and populational studies, allow the integration of genomics into breeding and support the assembly of genomes. In this work having loblolly pine (Pinus taeda L. - Pinaceae) as model species we developed: (1) a phylogenetic study of American Pinus species based on the development of a microarray of DArT markers for species of the genus and (2) a high density genetic map for Pinus taeda using microsatellite markers and sequence based genotyping carried out by the DArT (DArT-seq) method using next-generation sequencing. For DArT microarray probe development, DNA samples of 16 species of Pinus, eight provenances of P. taeda and five elite trees of P. taeda were used to build an array of 7,680 probes derived from a restriction enzyme complexity reduced fraction of the pine genome. A total of 4,171 markers were found polymorphic across samples of Pinus species and 1,211 markers across provenances of P. taeda. A phylogenetic study involving 12 American Pinus species using 3,273 DArT markers revealed important differences from the most recent classification proposed based on chloroplast DNA amplified sequences, additionally suggesting the possibility that P. taeda and its close species from North America could be classified into a new subsection. A genetic map, based on a set of 288 haploid megagametophytes of P. taeda tree 7-56 was built with microsatallites and DArT-seq (69 bases tags) markers developed from complexity reduction with double digest (PstI-HhaI) and sequencing. From a total of 4,367 high quality DArT-seq markers, 2,469 and 32 microsatallites were mapped and ordered into 12 linkage groups (n=12 chromosomes in Pinus taeda), covering 1,226.47 cM with an average of 203 markers per linkage group and marker density of 0.62 cM. This genetic map was subsequently used to anchor 75 BAC clones (bacterial artificial chromosomes) of Pinus taeda available in NCBI, demonstrating its potential utility to aid genome assembly, although also corroborating the repetitive nature of the genome as several BAC clones were anchored in multiple positions in different linkage groups. The genetic map presented in this study increased marker density by approximately 20 times the current density of the existing microsatellite maps providing an additional tool for genetic mapping studies and assembly of the P. taeda genome.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-20T12:35:52Z No. of bitstreams: 1 2013_AnadriaStephaniedaSilva.pdf: 1605019 bytes, checksum: 8b58e1375406568079d7945632f595d3 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-20T12:54:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_AnadriaStephaniedaSilva.pdf: 1605019 bytes, checksum: 8b58e1375406568079d7945632f595d3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-20T12:54:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_AnadriaStephaniedaSilva.pdf: 1605019 bytes, checksum: 8b58e1375406568079d7945632f595d3 (MD5) / Paspalum é um dos maiores gêneros de Poaceae com, aproximadamente, 350 espécies. No Brasil, está representado por 203 espécies, das quais, 73 são endêmicas. Tradicionalmente, a caracterização taxonômica de algumas espécies de Paspalum é complexa. A poliploidia é frequente no gênero, muitas espécies possuem citótipos diplóides-sexuais e poliplóides-apomíticos e algumas, surgiram através de hibridação natural. Há discordâncias, entre os autores, quanto à circunscrição de Paspalum polyphyllum Nees ex Trin. e P. bicilium Mez, esta última espécie, incluída na sua sinonímia, baseada em espécimes herborizados. A hipótese do presente estudo é de que estas espécies são distintas. Para essa análise, foram coletados 184 indivíduos de P. polyphyllum e P. bicilium provenientes de 29 populações das regiões Centro-Oeste, Sul e Sudeste do Brasil, Argentina e Bolívia. Procedeu-se a uma análise multivariada de 23 descritores morfológicos e da variabilidade genética das populações de ambas as espécies por marcadores moleculares ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). As análises multivariadas dos dados morfométricos permitiram a distinção das espécies e as características que mais contribuíram para essa distinção foram: largura da ráquis e tamanho das espiguetas e antécios. Os marcadores ISSR geraram um total de 92 bandas polimórficas obtidas através de 15 primers. A análise de variância molecular indicou baixa diversidade genética dentro das populações de P. polyphyllum (11.64%) e P. bicilium (15.69%) em contraste com elevada diferenciação genética entre as populações: 88.36% e 84.31%, respectivamente. O valor da estruturação genética das populações calculadas pelo Fst foi de 0.88363 e 0.84307, respectivamente. O dendrograma feito por UPGMA indica o agrupamento das duas espécies e corrobora a diferenciação das populações. Por fim, apresenta-se o tratamento taxonômico de P. polyphyllum e P. bicilium, com tabela comparativa para distinção destas espécies, descrições, ilustrações, dados fenológicos e ambientais, distribuição geográfica e comentários sobre as espécies. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Paspalum is one of the largest genera of Poaceae with about 350 species. In Brazil, the genus is represented by 203 species, among which 73 are endemic. Traditionally, the taxonomic characterization of some species of Paspalum is complex. Are controversal the circumscription of Paspalum polyphyllum Nees ex Trin. and P. bicilium Mez, the latter species included as a synonym, based on the analysis of herbarium specimens. The hypothesis of this study is that these two species are distinct. 184 individuals of P. polyphyllum and P. bicilium were collected from 29 populations in the West Central, South and Southeast of Brazil, further Argentina and Bolivia. A multivariate analysis of 23 morphological descriptors and the genetic variability of the populations of both species by molecular markers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) were undertaken. Multivariate analyses of the morphometric data showed a distinction between species and the characteristics which contributed most to this distinction were the width of the rachis and size of spikelet and anthecium. ISSR markers generated a total of 92 polymorphic markers across 15 primers. The analysis of molecular variance indicated low genetic diversity within populations of P. polyphyllum (11.64%) and P. bicilium (15.69%) in contrast with high genetic differentiation between populations of 88.36% and 84.31%, respectively. The populations structure calculated by Fst was 0.88363 and 0.84307, respectively. UPGMA dendrograms agree with the species separation and corroborate with the differentiation of populations of both species. Finally, we present a taxonomic treatment for P. polyphyllum and P. bicilium with identification key, descriptions, illustrations, phenological and environmental data, geographical distribution and comments about the species.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-24T11:20:19Z No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-24T11:51:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-24T11:51:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Diversity Arrays Technology (DArT) fornece um sistema robusto, de alto rendimento e baixo custo para a identificação de milhares de polimorfismos na sequência do DNA de indivíduos. Apesar da extensa utilização desta plataforma de genotipagem para diversas espécies de plantas, pouco se conhece sobre os atributos dos marcadores DArT do ponto de vista do conteúdo das sequências e sua distribuição em genomas de plantas. Neste trabalho foram investigadas as propriedades genômicas das 7.680 sondas do microarranjo DArT desenvolvido para Eucalyptus, por meio do seu sequenciamento e mapeamento genético e físico no genoma de referência de Eucalyptus grandis. Em seguida, o mapa genético construído foi utilizado para o mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Loci) para sete características quantitativas de crescimento e qualidade da madeira em Eucalyptus. Finalmente, para cada QTL identificado foi realizada uma análise preliminar do número de genes anotados na sequência do genoma de Eucalyptus incluídos no intervalo genômico correspondente. Um mapa consenso com 2.274 marcadores DArT ancorado a 210 microssatélites com uma média de distância entre marcadores consecutivos na ordem de sub-centimorgan e um mapa genético framework com 1.029 marcadores ordenados com maior suporte estatístico foram construídos. Ambos exibiram uma extensa colinearidade com a sequência do genoma quando mapeados fisicamente. O número de sequências únicas observadas para as sondas DArT foi consistente com o número de sequências DArT alinhadas em uma posição única no genoma de Euaclyptus. Com uma cobertura do 97% do genoma físico, estes marcadores demonstraram uma ampla e uniforme distribuição ao longo do genoma. Apenas 1,4 Mpb dos 85,4 Mpb das sequências de scaffolds ainda não ancorados no atual genoma de Eucalyptus foi capturado por 45 marcadores DArT geneticamente mapeados mas fisicamente não alinhados nos 11 pseudo-cromossomos de Eucalyptus, fornecendo evidência sobre a qualidade e a completude da montagem atual do genoma de Eucalyptus. A maioria das 89 sondas do microarranjo DArT que não mapearam fisicamente no genoma correspondem a sequências provavelmente ausentes em E. grandis, o que sugere um caráter pangenômico do microarranjo DArT de Eucalyptus. Uma sobreposição significativa foi encontrada entre o posicionamento dos marcadores DArT e o espaço gênico, com 69% das sondas DArT mapeando dentro de modelos gênicos preditos. Uma correlação significativa foi identificada entre o número de modelos gênicos preditos e o número total de sondas DArT encontradas em todo o genoma (índice de Spearman ρ = 0,682, ρ = 3,79e-18). O mapeamento de QTLs detectou 35 QTLs para as características avaliadas, sendo que vários deles sugestivos de sintenia em nível cromossômico com QTLs detectados em estudos anteriores. Um total de 8.036 modelos gênicos preditos foi observado nos intervalos genômicos compreendidos pelos marcadores flanqueantes aos 18 QTLs mapeados no parental materno e 6.678 nos intervalos dos 17 QTLs identificados no parental paterno. Centenas desses genes poderiam ser sugeridos tentativamente como genes candidatos para as características fenotípicas avaliadas, cuja validação demandaria um esforço considerável. Em conclusão, as propriedades genômicas dos marcadores DArT levantadas neste estudo são particularmente interessantes para os investigadores que trabalham com culturas as quais já contam com microarranjos DArT mas para as quais não existe ainda um genoma de referência que permita uma caracterização detalhada. Estas propriedades são potencialmente úteis para a realização de estudos filogenéticos, de genética de populações e predição de fenótipos via seleção genômica, explorando a proximidade destes marcadores a genes. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Diversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, costeffective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome sequence. The genetic map was used for QTL (Quantitative trait loci) mapping for seven complex growth and wood quality traits in Eucalyptus. Finally, for each QTL we preliminarily assessed the number of annotated gene models in the Eucalyptus genome found in its corresponding genomic interval delimited by flanking markers. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with 1,029 markers ordered with high support, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. DArT markers preferentially target the gene space and display a largely homogeneous distribution across the genome, thereby providing superb coverage for mapping and genome-wide applications in breeding and diversity studies. QTL mapping detected 35 QTLs, several of them syntenic to QTLs in previous studies. A total of 8,036 annotated gene models were found within the genomic interval comprised by the 18 QTLs detected in the maternal parent and 6,678 in the 17 QTLs identified in the paternal parent. Hundreds of such predicted genes could be tentatively suggested as candidates involved in trait variation, whose testing and validation would require a gigantic effort. In conclusion, the comprehensive linkage-to-physical mapping analyses reported herein, provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in plant genomes in general and for Eucalyptus in particular. These results should be valuable to other species for which DArT arrays are available but not yet reference genomes. Based on the genomic characterization of the DArT probe sequences reported, phylogenies, population genetic surveys and phenotype prediction by genomic selection can now be further explored according to the gene proximity or gene content of particular markers sets.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007. / Submitted by Rebeca Araujo Mendes (bekinhamendes@gmail.com) on 2009-12-22T00:36:53Z No. of bitstreams: 1 2007_VaniaCristinaRennoAzevedo.pdf: 4127382 bytes, checksum: 0edbb46c8675a0e799aa5687f5fa2fa9 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2009-12-22T21:12:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_VaniaCristinaRennoAzevedo.pdf: 4127382 bytes, checksum: 0edbb46c8675a0e799aa5687f5fa2fa9 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-22T21:12:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_VaniaCristinaRennoAzevedo.pdf: 4127382 bytes, checksum: 0edbb46c8675a0e799aa5687f5fa2fa9 (MD5) Previous issue date: 2007-03-20 / Marcadores microssatélites têm sido utilizados com grande freqüência como uma ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação. Como parte do Projeto de Dendrogene nosso interesse está centrado na conservação e na definição de estratégias de manejo de árvores madeireiras da floresta amazônica. Este trabalho tem como objetivo estudar a diversidade e a estrutura genética de uma população natural de Manilkara huberi, conhecida como maçaranduba, usando marcadores microssatélites. Aliado a isso, avaliar a variabilidade do cpDNA e por estudo de modelagem avaliar o potencial efeito da exploração na estrutura genética populacional. Esta espécie é intensamente explorada pela indústria madeireira devido à alta densidade de sua madeira. Treze locos microssatélite altamente polimórficos foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida para repetições de AG/TC. Os níveis de polimorfismo foram avaliados utilizando-se um total de 12 árvores adultas provenientes de uma população natural. Para os estudos de estrutura genética de populações, foram amostradas 481 árvores adultas, 88 regenerantes e 810 descendentes de uma população natural na FLONA Tapajós, PA, Brasil. Todos os indivíduos foram genotipados com sete locos microssatélites altamente polimórficos utilizando detecção florescente. Para adultos, regenerantes e descendentes respectivamente as seguintes estimativas foram obtidas: He= 0,867, 0,840 e 0,811. Os índices de fixação para as três gerações foram significativamente diferentes de zero (f= 0,221, 0,303 e 0,237), porém não estatisticamente diferentes entre si (IC 95%). A divergência genética (?p) entre as três gerações foi baixa para a média dos locos (0,018), mas consistente (IC 95%). A análise de distribuição espacial de genótipos detectou a existência de estruturação genética espacial significativa a uma distância de aproximadamente 450 metros de raio. As análises com marcadores de cpDNA confirmam a presença de estruturação. A taxa de cruzamento multiloco (tm) estimada foi de 0,995, indicando que a espécie é preferencialmente alógama e com fluxo de pólen restrito (49,5 m). Os resultados sugerem padrão de isolamento por distância e que programas de manejo e conservação in situ devem incluir grandes áreas e evitar a fragmentação. As análises genéticas revelaram ainda que para conservação ex situ, sementes devem ser coletadas de pelo menos 188 árvores maternas para que seja preservado um tamanho efetivo de 500. Como a espécie é espacialmente estruturada e de ampla distribuição, a distância mínima entre as árvores deve ser de 500 m. Os resultados obtidos indicam que a estrutura genética desta espécie está associada aos padrões de reprodução e demografia da população. Em análises de modelagem, a M. huberi necessitaria de 130 anos para recuperar a sua área basal original, considerando-se as recomendações atuais permitidas por lei, deixando evidente a insustentabilidade dos atuais ciclos de 30 anos recomendados para programas de manejo. Torna-se claro o entendimento crescente da biologia das espécies para uma redefinição de políticas públicas mais eficientes em relação à sustentabilidade da exploração madeireira e ao uso e conservação dos recursos florestais a longo prazo. Estas informações sobre a estrutura genética de M. huberi devem ser utilizadas para o planejamento adequado de práticas de manejo sustentável de populações da espécie na Floresta Amazônica Brasileira. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Microsatellite markers have been increasingly used as an effective tool for understanding population genetic structure, gene flow, parentage and to quantify the effects of habitat fragmentation and to guide conservation strategies. As part of the Dendrogene Project we are interested in the conservation and management strategies of timber trees from the Amazonian forest. This research aims to study the genetic diversity and population genetic structure of a natural population of Manilkara huberi, known as maçaranduba, using microsatellite markers. We also aim to study the cpDNA variability and by modeling analysis to examine the potential effects of forest logging on the population genetic diversity. This species is intensely exploited by the timber industry due to the high density of its timber. Thirteen highly polymorphic loci were developed from a genomic library enriched for AG/TC repeats. Polymorphisms levels were evaluated using a total of twelve individuals. For population genetic studies 481 adults trees, 88 plantules and 810 seedlings were sampled from an area at a natural population at FLONA Tapajós, PA, Brazil. All individuals were genotyped at seven highly polymorphic microsatellite loci using fluorescence detection technology. For the adults, plantules and the seedlings the following estimates were obtained: expected heterozigosity = 0.867, 0.840 and 0.811. The fixaton index for the three generations were high and significantly different from zero ( = 0.221, 0.303 and 0.237). The genetic divergence ( e H f p θ ) among the three generations was low for the mean over loci (0.018), but consistent (CI 95%). A spatial autocorrelation analysis detected the existence of significant spatial genetic structure at a radius of approximately 450 meters. That spatial structure was confirmed by the analysis based on cpDNA. The multilocus ( ) population outcrossing rate was high (0.995), suggesting that the species is predominantly allogamous, and its pollen flow is restricted to 49.5 m. The results fit into isolation by distance pattern and suggest that in situ conservation management programs should include large areas, avoiding fragmentation. The genetic data also reveal that for ex situ conservation, seeds must be collected from at least 188 maternal trees in order to keep an effective population size of 500 individuals. As the species is spatially structure and shows high distribution, the minimum distance among maternal trees should be 500 m. The results obtained indicate that the genetic structure of this species is associated with patterns of reproduction and demography within populations. The modelling analysis indicate that M. huberi needs about 130 years to recover the original basal area after a exploitation under the conditions recommended by law. The results show that the actual cutting cycle of 30 years, applied in management programs is unsustainable. The knowledge about the species biology is evident in order to apply efficient public policy in relation to the wood exploitation and the use and conservation of forest resources. This information about M.huberi genetic structure should be used to guide sustainable management program of the species in the Brazilian Amazon Forest.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2011. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2012-03-30T14:58:08Z No. of bitstreams: 0 / Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: on 2012-03-30T15:50:43Z (GMT) / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2012-04-02T12:55:14Z No. of bitstreams: 1 2011_JessicaMataSantosMonteiro_Parcial.pdf: 4640261 bytes, checksum: 5d31f934882fee4d9f8a9c238b813383 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2012-04-17T15:55:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_JessicaMataSantosMonteiro_Parcial.pdf: 4640261 bytes, checksum: 5d31f934882fee4d9f8a9c238b813383 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-04-17T15:55:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_JessicaMataSantosMonteiro_Parcial.pdf: 4640261 bytes, checksum: 5d31f934882fee4d9f8a9c238b813383 (MD5) / A banana é a segunda fruta mais produzida no Brasil e corresponde a 15,7% de toda a fruta produzida no país, superado apenas pela laranja em 44,1%. É uma fruta de grande importância econômica e social no mundo inteiro e o Brasil é o quarto maior produtor mundial onde esta é cultivada do Norte ao Sul do país. Entre os principais fatores bióticos que afetam a produtividade da bananeira estão os fitonematoides, Radopholus similis, Meloidogyne incognita, M. javanica, M. arenaria, Helicotylenchus multicinctus, Rotylenchulus reniformis e Pratylenchus coffeae, sendo o nematoide cavernícola (Radopholus similis) considerado o mais nocivo. O parasitismo desses nematoides causa perdas diretas (danos na planta e redução da produtividade) e indiretas (aumento de gastos com insumos, mão de obra e fertilizantes). O manejo desses nematoides através da aplicação de nematicidas tem se tornado uma prática cada vez mais prejudicial não só ao ambiente e ao homem, como ineficaz e não proporciona ao longo do tempo uma erradicação completa desses organismos. A resistência genética é entre todas as medidas de controle a mais viável de controle dos nematoides. Vários genótipos de bananeira têm sido introduzidos e/ou desenvolvidos no Brasil pelo Programa de Melhoramento da Embrapa Mandioca e Fruticultura, em Cruz das Almas, Bahia. Avaliações em campo desses genótipos quanto à incidência e severidade das doenças fúngicas e bacterianas de importância para a cultura têm sido realizadas, entretanto, para os nematoides fitoparasitas tais informações são inexistentes, sobretudo sobre resistência a R. similis. Com base no exposto, este estudo teve por objetivos detectar e identificar a associação em campo, de fitonematoides com diferentes genótipos de Musa triploides (AAA e AAB) e tetraploides (AAAA e AAAB) melhorados e/ou recomendados, cultivados em cinco áreas experimentais do Programa de Melhoramento de Banana da Embrapa Mandioca e Fruticultura, localizadas nas regiões geográficas do Brasil: Norte (Acre), Nordeste (Pernambuco), Centro Oeste (Distrito Federal), Sudeste (São Paulo) e Sul (Santa Catarina) e; avaliar em casa de vegetação o comportamento de 22 genótipos triploides e tetraploides introduzidos e/ou melhorados pela Embrapa Mandioca e Fruticultura frente a R. similis. Para detecção e identificação de fitonematoides em associação com raízes e solo de bananeiras, foram amostrados solos e raízes de cerca de 25 genótipos de cada região, sendo as amostras de raízes divididas em duas partes de 250 g, sendo uma delas trituradas e inoculadas em tomateiros „Santa Cruz„, com o objetivo de multiplicar as espécies de Meloidogyne presentes nas mesmas com base nos perfis de esterase. A outra parte, assim como o solo, foram submetidos à extração. Os nematoides foram mortos e fixados, para posterior preparo de lâminas semipermanentes e identificação do gênero e espécies presentes nas amostras. Para avaliação do comportamento dos genótipos em casa de vegetação, mudas micropropagadas de 22 genótipos aclimatadas em casa de vegetação durante dois meses foram inoculadas com uma suspensão de 300 nematoides (juvenis e adultos)/planta, distribuídas em experimento inteiramente casualizado com 4 repetições. Sessenta dias após a inoculação, foram avaliadas quanto ao número de nematoides nas raízes e no solo, sendo determinado o fator de reprodução (FR=Pf/Pi). O genótipo que permitiu a maior multiplicação dos nematoides, foi considerado padrão de suscetibilidade. Com base na percentagem de redução do fator de reprodução em relação ao padrão de suscetibilidade, foi feita a classificação da reação de resistência. Também foi realizada uma análise prévia dos perfis proteicos de quatro genótipos contrastantes. Observou-se a predominância de Meloidogyne javanica e M. incognita na maioria dos genótipos de todas as áreas amostradas, seguidos de Helicotylenchus spp., Rotylenchulus reniformis, Radopholus similis, Scutellonema sp. e Criconemoides sp. Os resultados do ensaio de resistência destacaram as cultivares Enxerto 33, Thap Maeo, Calypso, Caipira, Tropical e Maçã como moderadamente resistentes, ao contrario das cultivares Preciosa, Maravilha e Prata Anã, classificadas como altamente suscetíveis. As demais cultivares comportaram-se como suscetíveis. Análise de proteína de raízes por SDS-PAGE mostraram diferenças entre o perfil proteico de cultivares moderadamente resistentes e suscetíveis. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Banana is the second fruit most produced in Brazil, accounting for 15.7% of all fruit produced in the country, surpassed only by orange with 44.1%. It is a fruit of great economic and social importance worldwide, and Brazil is the fourth largest world producer, where it is cultivated from North through South. Among major biotic factors affecting yield of banana, are the nematodes Radopholus similis, Meloidogyne incognita, M. javanica, M. arenaria, Helicotylenchus multicinctus, Rotylenchulus reniformis and Pratylenchus coffeae, and the burrowing nematode (R. similis) is considered the most damaging to banana. Parasitism of nematodes leads to direct (plant damage and decreased yield) and indirect losses (increased spending on supplies, labor and fertilizer). The management of these nematodes through the application of nematicides has become a practice increasingly harmful not only for the environment and man, as ineffective to provide over time a complete eradication of these organisms. Genetic resistance is among all measures the most feasible to control of plant-parasitic nematodes. Several genotypes of banana have been introduced and/or developed in Brazil by The Banana Breeding Program of Embrapa Mandioca e Fruticultura, in Cruz das Almas, Bahia. Evaluation under field conditions of these genotypes on the incidence and severity of fungal and bacterial infections of importance to the culture have been carried out, however, for plant-parasites nematodes, information are not available, especially on resistance to R. similis. Based on the foregoing, this study aimed to detect and identify field association of nematodes with different triploid (AAA and AAB) and tetraploid (AAAB and AAAA) genotypes of Musa, developed and/or recommended, for growing in five experimental areas of the Banana Breeding Program of Embrapa Mandioca e Fruticultura, located in five geographic regions of Brazil: Northern (State of Acre), Northeast (State of Pernambuco), Central west (Distrito Federal), Southeast (State of São Paulo) and South (State of Santa Catarina); and, to assess under greenhouse conditions resistance reaction of 22 triploid and tetraploid genotypes introduced and/or developed by Embrapa Mandioca e Fruticultura to R. similis. For detection of nematodes associated with banana roots and rhizosphere soils of approximately 25 genotypes had been sampled in each region, and the root samples divided into two parts of 250 g each, one of them was crushed and inoculated on tomato plants „Santa Cruz‟ in order to increase the number of specimens of Meloidogyne spp. present in the same genotype to be identified by using profiles of esterase. The second part of roots, and the soil sample were submitted to extraction of nematodes, and the nematodes were gently killed and fixed for subsequent preparation of semi-permanent slides for identification at genus and species levels, of all plant parasitic nematodes detected. To evaluate the resistance reaction of banana genotypes under greenhouse, plantlets of 22 genotypes acclimated in a greenhouse during two months were inoculated with a suspension of 300 nematodes (juveniles and adults) / plant, distributed in completely randomized design with four replications. Sixty days after inoculation, the plants were removed form soil, and the experiment evaluated on the number of nematodes in roots and soil, and determined the reproduction factor (RF = Pf / Pi), and based on the percentage reduction of the factor of reproduction in relation to the most susceptible genotype, the resistance reaction was ranked. Finally, there was a preliminary analysis of protein profiles of four contrasting genotypes. We observed a dominance of Meloidogyne javanica and M. incognita in most genotypes of all areas sampled, followed by Helicotylenchus spp., Rotylenchulus reniformis, Radopholus similis, Scutellonema sp. and Criconemoides sp. The results highlight cultivars Enxerto 33, Thap Maeo, Calypso, Caipira, and Tropical as moderately resistant to R. similis, unlike the cultivars Preciosa, Maravilha and Prata Anã, classified as highly susceptible. The other cultivars proved to be susceptible. Analysis of root proteins by SDS-PAGE showed differences between the protein profile of moderately resistant and susceptible cultivars.

Dissertação (mestrado)–Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2013. / Submitted by Letícia Gomes T. da Silva (leticiasilva@bce.unb.br) on 2013-11-25T16:53:05Z No. of bitstreams: 1 2013_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 12949154 bytes, checksum: 95335e29ea847b83320fb5c255b7eec4 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2013-11-26T20:22:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 12949154 bytes, checksum: 95335e29ea847b83320fb5c255b7eec4 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-26T20:22:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 12949154 bytes, checksum: 95335e29ea847b83320fb5c255b7eec4 (MD5) / O gênero Mesosetum Steud. compreende 25 espécies distribuídas do sul do México ao nordeste da Argentina. Apesar do vasto material examinado pelas duas últimas revisões taxonômicas, um exíguo número de exemplares era disponível para representar a amplitude morfológica em seis espécies de Mesosetum sect. Bifaria (Hack.) Chase. Em relação à citologia do gênero Mesosetum, as contagens cromossômicas eram restritas a 3 espécies, todas citando 2n=16 cromossomos. O único estudo sobre megagametófito sugeriu modo de reprodução sexual em Mesosetum. Os objetivos da presente dissertação de mestrado foram ampliar o conhecimento morfológico, citogenético e reprodutivo em espécies de Mesosetum sect. Bifaria. O exame de novas coleções revelou alguns caracteres taxonômicos não mais adequados à distinção das espécies. Entretanto, novos caracteres taxonômicos foram identificados por observações de campo, cultivo de mudas, revisão das coleções de herbário e exame das glumas e do antécio fértil em microscopia eletrônica de varredura (MEV). Os estudos citogenéticos foram realizados em 10 acessos de 6 espécies, incluindo mitose e comportamento meiótico. Foram registrados números cromossômicos de 2n=8, 2n=16 e 2n=24 para espécies de Mesosetum sect. Bifaria. O número cromossômico 2n=8 foi registrado pela primeira vez em Poaceae Neotropical e tribo Paniceae s. l. As contagens cromossômicas com 2n=24 também foram inéditas no gênero. Os diferentes citótipos divergiram quanto à frequencia de irregularidades, sugerindo ocorrência de poliploidia no gênero Mesosetum. Sacos embrionários do tipo Polygonum foram observados, sugerindo modo de reprodução sexual em espécies de Mesosetum com distintos números cromossômicos. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The genus Mesosetum Steud. comprises 25 species distributed from southern Mexico to northeastern Argentina. Although vast material was examined by the two latest taxonomic reviews, a low number of exsiccatae was available to represent the morphological amplitude in six species of Mesosetum sect. Bifaria (Hack.) Chase. In knowledge about cytogenetic for genus Mesosetum, the chromosome counts were restricted to three species, all citing 2n=16 chromosomes. The only study about megagametophyte suggested sexual reproduction mode in Mesosetum. The aims of present dissertation were to expand the morphological, cytogenetic and reproductive knowledge in species of Mesosetum sect. Bifaria. The examination of new collections revealed some taxonomic characters inadequate to distinguish the species. However, new taxonomic characters were identified upon observations of habitat, plant cultivation, herbarium collections and examination of glumes and fertile anthoecium in scanning electron microscopy (SEM). Cytogenetic studies were performed in 10 accessions from six species, including meiotic behavior and mitosis. Chromosome numbers of 2n=8, 2n=16 and 2n=24 were recorded in species of Mesosetum sect. Bifaria. Chromosome number 2n=8 was recorded for first time in Neotropical Poaceae and Paniceae s. l. The chromosome counts of 2n=24 were also unprecedented in the genus. The cytotypes differed in frequency of irregularities, suggesting occurrence of polyploidy in genus Mesosetum. The Polygonum embryo sacs were identified, suggesting sexual reproduction mode in Mesosetum species with distinct chromosome numbers.

A qualidade da farinha de um lote de trigo determina a velocidade e o valor da sua comercialização. O conceito de qualidade é definido a partir da interpretação da análise de diversos parâmetros físicos, químicos e reológicos que possibilita sua indicação para determinada finalidade. O conhecimento das bases genéticas que determinam estas características e a influência do ambiente sobre elas é de interesse dos programas de melhoramento genético que objetivam criar cultivares com qualidade de farinha definida. Neste trabalho foram estudadas as características de qualidade relacionadas a dureza dos grãos, a força do glúten e a cor da farinha. Os experimentos foram conduzidos a campo nos anos de 2007 e 2008 na Estação Experimental Agronômica da UFRGS em Eldorado do Sul, na FUNDACEP em Cruz Alta e em Bom Jesus. Os principais objetivos foram: quantificar a contribuição genética de genitores com valor fenotípico semelhante; determinar parâmetros genéticos de herdabilidade e número de genes envolvidos na expressão das três características em populações de linhagens homozigotas recombinantes (LHR) e verificar a interação genótipo x ambiente (GxA), a adaptabilidade e a estabilidade de 20 cultivares e linhagens elites em seis ambientes do RS. Concluiu-se que os parâmetros de qualidade avaliados foram controlados por genes de efeito aditivos e não aditivos e identificou-se genótipos com maior capacidade para transferir às progênies seu valor fenotípico. A herança das características de cores da farinha e dureza dos grãos foi monogênica e para a força do glúten foi poligênica. A herdabilidade no sentido amplo foi de moderada a elevada para as três características. Os parâmetros de cor da farinha definidas pela luminosidade (L*) e coordenadas de cromaticidade (b*) foram significativamente influenciadas pela dureza dos grãos, sendo que as farinhas escuras derivaram de grãos mais duros. Nas populações de LHR estudadas, a força do glúten não foi correlacionada significativamente com a dureza dos grãos e cor da farinha, indicando a possibilidade de se obter genótipos recombinantes com farinha clara e glúten forte. Houve interação tríplice (genótipo x ano x local) para as três características e foi possível identificar genótipos com maior adaptabilidade e estabilidade. / Flour quality of a wheat lot determines the speed and the value of its commercialization. Quality concept is defined departing from the interpretation of the analysis of several physical, chemical and rheological parameters which determine its indication for a given purpose. The knowledge of the genetic basis which determines these characteristics and the environmental influence on them is of interest of genetic improvement programs aiming to release cultivars with well defined flour characteristics. This work studied the quality characteristics related to grain hardness, gluten strength and flour color. The experiments were carried out in the field in the years 2007 and 2008 at the Agronomic Experimental Station of the Federal University of Rio Grande do Sul, in Eldorado do Sul, and at FUNDACEP, in Cruz Alta and Bom Jesus. The main goals were: quantify the genetic contribution of genitors with similar phenotypic values; determine heritable genetic parameters and number of genes in recombinant inbred line (RIL) progeny population and check the interaction genotype x environment (G x E), the adaptability and the stability of 20 cultivars and elite progenies in six environments in Rio Grande do Sul. It was concluded that the quality parameters evaluated were controlled by additive and nonadditive effect genes, and genotypes with higher capacity to transfer to their progenies their phenotypic value were identified. The flour color parameters lightness (L*) and cromaticity coordinate (b*) grain hardness heritable characteristics were monogenic and for gluten strength polygenic. Heritability in the wide sense was moderate to high in the three characteristics studied. Flour colors were significantly influenced by grain hardness, and dark flours were derived from harder grains. In the RIL populations studied, gluten strength did not correlate significantly with grain hardness characteristics, indicating the possibility to obtain recombinant genotypes with light-colored strong gluten flour. There was triplex interaction (genotype x year x locality) for the three characteristics, and it was possible to identify genotypes with higher adaptability and stability.

O enrolamento do arroz é uma doença viral emergente no Brasil causada pelo Rice stripe necrosis virus (RSNV) que é transmitido pelo protozoário Polymyxa graminis. RSNV é um membro do gênero Benyvirus com genoma dividido em 4 RNAs de fita simples no sentido positivo (ssRNA +). Em função da falta de conhecimento sobre a seqüência de nucleotídeos do seu genoma, a detecção de RSNV através de métodos moleculares não é utilizada. O objetivo deste trabalho foi identificar seqüências do genoma de RSNV que possibilitassem sua detecção em plantas de arroz através da técnica de transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). As seqüências do genoma foram identificadas a partir de clones de uma biblioteca de cDNAs obtidos de uma amostra do vírus parcialmente purificado. Os clones que hibridizaram com sondas sintetizadas a partir de RNA de plantas infectadas com RSNV foram seqüenciados e comparados às seqüências do GenBank. Um fragmento de 957 nt da extremidade 3’ da fita de um dos 4 RNAs genômicos de RSNV foi obtido. A análise da seqüência nucleotídeos desse fragmento não revelou qualquer similaridade com seqüências conhecidas, tampouco indicou uma possível função. Um par de oligonucleotídeos iniciadores foi desenhado a partir de um clone que potencialmente contém uma seqüência de RSNV. A especificidade e a sensibilidade da RT-PCR utilizando esse par de oligonucleotídeos iniciadores, bem como sua eficiência na detecção do vírus em diferentes partes da planta de arroz, foram avaliadas. Os resultados indicam que a RT-PCR é específica para RSNV e pode detectar o vírus em tecido oriundo das raízes, do colo e de folhas com distorção. Comparada ao diagnóstico da doença através da observação de sintomas e de estruturas do vetor, a RT-PCR é uma ferramenta confiável para a diagnose do enrolamento do arroz.