Made available in DSpace on 2015-09-25T12:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Vandre Guevara Lyra Batista.pdf: 915279 bytes, checksum: db4c1c0fb945a68ca720e9082f021bfc (MD5) Previous issue date: 2012-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The use of public database, generated from genome projects, such as NCBI, CottonDB, SUCEST FORESTs, among others, is of great importance for molecular studies, especially those related to gene expression, since, in possession of sequences deposited, it is possible to isolate new genes or prospect and know their role in various ontogenetic stages. In plants, a stage of great demand for knowledge is related to reproduction. Currently, several studies with Arabidopsis thaliana involving identification and characterization of genes associated with reproductive organs, especially the bud phenology, has enabled major advances in our understanding of functions and can correlate them with other species. For plant species possessing large commodities such as cotton, these results are relevant, considering that several studies developed with this aim culture studies that enhance the expression quantitative trait dependent physiology of reproduction. In this study, we investigated the temporal and spatial expression of genes that are expressed in cotton bud by semiquantitative RT-PCR and qPCR. We selected four genes with a history of expression in floral buds (cottonbud7, cottonbud8, and cottonbud9 cottonbud10) and used for primer design. Tissue samples of flower buds (2-8 mm, 10-12 mm and 14-20 mm), leaves, stems and roots were collected and used for total RNA extraction and cDNA synthesis. The results of gene expression analyzes showed expression of selected genes in all tissues investigated, though genes cottonbud7 cottonbud10 and showed a stable expression in all phases investigated bud. It was observed further that the cottonbud10 showed a slightly higher expression in floral bud, when compared to other genes. The analysis of gene expression via cottonbud10 qPCR corroborate the results obtained with the RT-PCR. The results obtained in this study provide information about genes to promising research projects involving the improvement program for cotton. / A utilização de banco de dados públicos, gerados a partir de projetos genoma, como o NCBI, CottonDB, SUCEST, FORESTs, entre outros, é de grande relevância para estudos moleculares, especialmente aos relacionados a expressão gênica, uma vez que, de posse das sequências depositadas, é possível prospectar ou isolar novos genes e conhecer sua função em várias fases ontogenéticas. Em plantas, uma das fases de grande demanda de conhecimento é a relacionada com a reprodução. Atualmente, vários estudos com Arabidopsis thaliana envolvendo identificação e caracterização de genes associados aos órgãos reprodutores, especialmente a fenologia do botão floral, tem possibilitado grandes avanços no conhecimento de funções, podendo correlacioná-las em outras espécies. Para espécies vegetais detentoras de grandes commodities, como algodão, tais resultados são relevantes, considerando que várias pesquisas desenvolvidas com essa cultura visam estudos que potencializem a expressão de características quantitativas dependentes da fisiologia de reprodução. Neste trabalho, investigou-se a expressão temporal e espacial de genes que se expressam em botão floral de algodoeiro por meio de RTPCR semiquantitativa e qPCR. Foram selecionados quatro genes com histórico prévio de expressão em botão floral (cottonbud7, cottonbud8, cottonbud9 e cottonbud10) e utilizados para desenho de primers. Amostras de tecidos de botões florais (2-8 mm; 10-12 mm e 14-20 mm), folhas, hastes e raízes foram coletadas e utilizadas para a extração de RNA total e síntese de cDNA. Os resultados das análises de expressão gênica mostraram expressão dos genes selecionados em todos os tecidos investigados, contudo os genes cottonbud7 e cottonbud10 apresentaram estabilidade da expressão em todas as fases investigadas do botão floral. Pôde-se observar ainda, que o cottonbud10 apresentou nível de expressão levemente superior em botão floral, quando comparado aos demais genes. As análises de expressão do gene cottonbud10 via qPCR corroboram com os resultados obtidos com o RT-PCR. Os resultados obtidos neste trabalho, fornecem informações sobre genes promissores para trabalhos de pesquisa envolvendo o programa de melhoramento do algodão.

Orientador: Walter Esteves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-14T02:34:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferrari_RoseliAparecida_M.pdf: 3046954 bytes, checksum: 6a07bc42d36ef99f109a8e74649265a0 (MD5) Previous issue date: 1992 / Resumo: Tendo em vista que a cultura do milho tem grande importância econômica e que o óleo pode ser considerado uma fração nobre deste cereal, a composição lipídica de uma nova cultivar de milho, duplo mutante .denominada Nutrimaiz, foi estudada comparativamente em relação aos seus progenitores Opaco e Pajimaca, bem como em relação ao milho Normal. Os lipídios foram extraídos da farinha de milho integral. As variedades Nutrimaiz e Pajimaca apresentaram teores mais elevados de lipídios em relação as demais. Determinou-se na fração lipídica de cada variedade os índices de refração, iodo, saponificação, teor de matéria insaponificável, tocoferóis totais, carotenóides, porcentagem de fósforo e fosfolipídios, cor, composição em ácidos graxos. A composição triglicerídica foi determinada através de cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) e por dois métodos estatísticos de cálculo, "Random" e "1,3-Random 2-Random". Efe¬tuou-se ainda a separação, identificação e quantificação de classes de lipídios através de TLC-FID das quatro variedades, técnica esta rápida, de relativa simplicidade e de fácil quantificação. As variedades estudadas apresentaram índice de refração na faixa de 1,4703 e 1,4710 e o teor de matéria insaponificável compreendido entre 3,07 e 4,72%, sendo que o Nutrimaiz apresentou o menor valor em ambos os casos. O índice de saponificação encontrado variou de 187,01 a 190,55 mg de KOH/l00g de amostra, onde o Nutrimaiz situou-se com valor muito próximo ao do seu progenitor Pajimaca, 189.91. O índice de iodo variou entre 119,28 e 122,57 g I2/100g de amostra, com a variedade Nutrimaiz apresentando o valor de 120,70. A cor esteve na faixa de 101 a 551 e os teores de carotenóides na faixa de 23,62 a 36,17 ppm com o Nutrimaiz apresentando um valor intermediário em ambos os casos, de 216 para a cor e 30,00 ppm para os carotenóides. As porcentagens de fósforo se mantiveram entre 0,0866 e 0,0950 sendo que o Nutrimaiz apresentou o maior valor. Quanto aos teores de ácidos graxos saturados, o Nutrimaiz apresentou teor próximo da variedade Opaco, enquanto que o teor de monoinsaturados foi similar à variedade Pajimaca. No entanto, para o teor de polinsaturados, o Nutrimaiz apresentou valor médio entre o Opaco e o Pajimaca. ? sitosterol foi o esterol predominante nas quatro variedades, sendo que o Nutrimaiz apresentou o menor teor desse esterol dentre as variedades analisadas. Quanto ao perfil de triglicerídios, observa-se que a expectativa estatística, seja levando em conta uma distribuição "Random", quer considerando uma distribuição "1,3-Random 2- Random", se aproxima com boa correlação dos resultados experimentais obtidos por CLAE. Em todos os casos o triglicerídio predominante é o oleoildilinoleína (OLILI), prevalecendo os insaturados. A variedade Nutrimaiz apresentou um teor de triglicerídios saturados inferior ao encontrado em seus progenitores. Nas quatro variedades houve predominância de fosfatidilcolina, sendo que o teor deste fosfolipídio no híbrido Nutrimaiz foi detectado muito próximo do nível existente na variedade Pajimaca / Abstract: Considering that maize cultivation has a big economical importance and that the oil can be considered a noble component of this cereal, the lipid 'composition of a new maize cultivar, a double mutant denominated Nutrimaiz, had been studied compa¬ratively to its progenitors Opaque and Piramex, as well as in relation to normal maize. The lipids were extracted from integral maize kernel flour. The varieties Nutrimaiz and Piramex presented higher lipid contents than the Opaque and Normal corn. In the lipid fraction of each variety following properties were determined: refractive, iodine, saponification indexes; The percentages of unsaponifiable matter, total tocopherols, carotenoids, phosphorus and phospholipids; colour and composition in fatty acids. The triglyceride composition was determined by means of high efficiency liquid chromatography (HPLC) and by two statistical calculation methods, "Random" and 1,3-Random 2-Ramdom. The separation, identification and quantification of the lipid classes werw also accomplished by means of TLC-FID, a fast, relatively simple and of easy quantification technique. The varieties studied presented a refractive index in the range of 1.4703 and 1.4710 and the unsaponifiable matter content ranged from 3.07 and 4.72%, with Nutrimaiz presenting the lower value in both instances. The saponification index ranged from 187.01 to 190.55mg of KOH/100g of sample; Nutrimaiz's value, 189.91, was very close to that of its progenitor Piramex. The iodine index ranged from 119.28 to 122.57g 121100g of sample, with the variety Nutrimaiz presenting the value of 120.70. The colour ranged from 101 a 551 and the carotenoid content from 23.62 to 36.17ppm, with Nutrimaiz presenting an intermediate value in both cases, 216 for colour and 30.00 ppm for the carotenoids. The phosphorous percentage varied from 0.0866 to 0.0950 and Nutrimaiz presented the highest value. As to the saturated fatty acids, Nutrimaiz's content was close to that of the variety Opaque; monoinsaturated acid level was similar to that of the variety Piramex. The polyunsaturated content of Nutrimaiz, however, was situated between those of the Opa¬que and the Piramex. ß sitosterol was the prevailing esterol in all four varieties, and Nutrimaiz presented the lowest content of this esterol among the varieties analysed. As to the triglyceride profile, it was noticed that the statistical expectation, either considering a Random distribution or a "1-3-Random 2-Random" distribution, approached the experimental results obtained by HPLC with a good correlation in all cases the prevailing triglyceride is the oleoildilinolein (OLILI), with a predominance of the unsaturated. The variety Nutrimaiz presented a content of saturated triglyceride inferior to that found in its progenitors. In all four varieties there was a predominance of fostatidilcolin, and the content of this fosfolipid in the hybrid Nutrimaiz was very close to that found in the variety Piramex / Mestrado / Mestre em Tecnologia de Alimentos

O arroz vermelho é considerado daninho principalmente devido às características de degrane e dormência das sementes, que contribuem para a perpetuação desta espécie na lavoura de arroz. A melhor compreensão destes mecanismos poderá ser utilizada para desenvolver tecnologias que proporcionam o controle desta planta daninha. O objetivo desta dissertação foi avaliar a expressão gênica e variação nucleotídica de genes relacionados ao degrane e dormência em sementes de arroz vermelho. O estudo foi realizado com a espécie silvestre O. glaberrima, cultivares de arroz e ecótipos de arroz vermelho provindos do sul do Brasil. A caracterização fenotípica mostrou que os ecótipos de arroz vermelho apresentam alto nível de degrane em comparação com cultivares de arroz, que possuem pouca variabilidade desta característica. Já a dormência das sementes apresentou grande variabilidade nos ecótipos de arroz vermelho e mostrou-se reduzida nas cultivares de arroz analisadas. A expressão do gene OsXTH8 teve relação direta com o caráter degrane. De forma contrária, a expressão do gene OsCel9D foi relacionada com a repressão deste caráter nos genótipos avaliados. O gene Sh4 não apresentou relação com o processo de degrane. Os genótipos Batatais, Nipponbare, AV 503 e O. glaberrima não apresentaram a mutação G237T no gene Sh4, indicando que este gene não possui envolvimento com o processo de domesticação dos genótipos avaliados. Com relação à dormência das sementes, a expressão do gene OsCYP707A5 não foi associada com essa característica em nenhum dos momentos avaliados. Aos 14 dias após a antese e em sementes maduras, os genes Sdr4 e OsMADS29 apresentam, respectivamente, relação positiva e negativa com a dormência das sementes de arroz vermelho. Durante o processo de germinação das sementes a expressão do gene OsMADS29 apresentou efeito negativo, enquanto que o gene Sdr4 mostrou relação positiva com o caráter dormência. Desta forma, os resultados encontrados sobre a dormência de sementes de arroz vermelho em comparação aos dados descritos na literatura para arroz cultivado são diferentes para o gene OsCYP707A5 e são similares para os genes Sdr4 e OsMADS29. O gene Sh4 não está associado ao degrane de sementes em arroz vermelho, contrariamente ao indicado em arroz cultivado. Os genes OsXTH8 e OsCel9D, até então pouco relacionados ao degrane de sementes, estão associados à ocorrência desta característica em arroz vermelho. / Red rice is the most important weed of the rice crop due to the occurrence of of seed shattering and seed dormancy. The better understanding of regulation of these process can be used to develop biotechnological and management technologies to mitigate the red rice infestation in rice fields. The aim of this study was to evaluate the variability of gene expression and nucleotide composition of genes related to seed shattering and seed dormancy in red rice. The study was based on red rice ecotypes, O. glaberrima and rice varieties from southern Brazil. The seed shattering of the red rice ecotypes was higher in comparison with the rice varieties, that have little variability of this trait. In contrast, seed dormancy had great variability in red rice ecotypes and this was reduced in the rice varieties. The expression of the gene OsXTH8 was directly associated with the seed shattering. Otherwise, the OsCel9D expression was related with the suppression of this characteristic. The gene Sh4 was not associated with the seed shattering. The genotypes Batatais, Nipponbare, AV 503 and O. Glaberrima didn’t show the G237T mutation in exon one of the gene Sh4, indicating that this gene has no involvement with the process of domestication of analyzed genotypes. In respect to seed dormancy, the gene expression of OsCYP707A5 was not related with this trait in any of the seed development and germination evaluated stages. At 14 days after anthesis and in mature seeds the genes OsMADS29 and Sdr4 were, respectively, positive and negative related with seed dormancy. During seeds germination, the gene Sdr4 had a positive effect on seed dormancy of red rice, and OsMADS29 gene had negative relationship with that character. During the seed germination the genes OsCYP707A5, OsMADS29 and Sdr4 were not associated, negative and positively related with seed dormancy of red rice. The seed dormancy in red rice in comparison to the described results for cultivated rice is differently related for the OsCYP707A5 gene, and is similarly associated for the genes Sdr4 and OsMADS29. In opposition with what was found in cultivated rice, the Sh4 gene is not associated with seed abscission process in red rice. The OsXTH8 and OsCel9D genes, not previously associated with seed shattering in rice cultivars, are associated with these trait in red rice.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-01-25T15:06:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5823294 bytes, checksum: 57e386562b625c863d229de50fec54e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-25T15:06:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5823294 bytes, checksum: 57e386562b625c863d229de50fec54e3 (MD5) Previous issue date: 2016-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A recente liberação de uma nova anotação do genoma da soja (Glycine max) levantou a possibilidade da existência de novos genes pertencentes à superfamília NAC (NAM, ATAF e CUC). Os genes NAC codificam fatores de transcrição envolvidos no controle da morfofisiologia dos vegetais e nas respostas aos estresses ambientais. Neste trabalho, nós realizamos a revisitação do genoma da soja e o confrontamos com a estrutura altamente conservada do domínio NAC na busca de genes ainda não descritos na literatura. Nossa varredura identificou 32 novos genes candidatos, atualizando a superfamília para 180 membros. Também reaizamos uma análise filogenética e agrupamos todos os genes em cinco grandes subfamílias, baseado na ortologia com genes de Arabidopsis thaliana e na proximidade filogenética com genes de soja cujas funções já foram caracterizadas. Por fim, procedeu-se à clonagem de três representantes da superfamília, sendo dois já descritos e um membro novo, que foi avaliado quanto à sua localização nuclear e sua capacidade de transativação em leveduras. Para validar as análises in silico da presença de novos genes NAC no genoma da soja e sua relação com respostas fisiológicas, quatro genes tiveram seus perfis de expressão gênica em condições de estresse monitorados por qRT-PCR, sendo que três deles eram novos membros encontrados nesta investigação. Estes resultados forneceram evidências de que os novos genes são provavelmente expressos e fundamentaram um inventário mais completo da superfamília de NAC da soja para futuras análises. / The release of a new soybean (Glycine max) genome-annotation raised the possibility that new NAC-superfamily genes would be present in soybean genome. The NAC (NAM, ATAF and CUC) genes encode transcription factors involved with the control of normal plant morphophysiology and stress responses. Here, we interrogated the newly annotated soybean genome against a conserved NAC- domain structure. Our data show 32 putative novel NAC-gene members, updating the superfamily to 180 gene members. We also organized the genes in five phylogenetic groups, according to the functions of orthologous Arabidopsis thaliana genes and NAC soybean genes. Finally, we cloned three gene members: two gene members already described and a new gene, which was characterized regarding to its nuclear localization and transactivation capacity. To validate our in silico analyses, we monitored the gene-expression profiles of three new NAC- genes by qRT-PCR. These data provided evidence that the new genes are probably expressed and established a more complete framework of the soybean NAC superfamily for future analyses.

Orientador : Rolf Dieter Illg / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-15T23:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Faria_RicardoTadeude_M.pdf: 2054667 bytes, checksum: 9dfc11dd2295abce2168b07a7b601658 (MD5) Previous issue date: 1992 / Resumo: Com o objetivo de estudar o controle genético da regeneração de plantas "in vitro" em tomate. gen6tipos com alta e baixa capacidade deregeneração de plantas foram, identificados para um determinado meio de cultura. Para a indução de calos, o meio de cultura contendo os sais de Murashige & Skoog (MS) foi suplementado com 1 mg/l de AIA e 2,25 mg/l de BAPi para a regeneração de plantas adicionou-se 0,5 mg/l de AIA e 5mg/l de BAP. Como explante utilizaram-se segmentos de hípoc6tilo de plantas germinadas "in vitro", inoculados por 15 dias no meio de indução de calos e subcultivados a cada 30 dias em meio de regeneração por um per1odo de 2 meses. Após esse perlodo os calos foram. transferidos, por mais 30 dias, para meio MS sem fitorreguladores, para alongamento dasgema e crescimento dos "plantlets". o gen6tipo WV-700 (LvcopersiconDimDinellifolium) que apresentou uma alta capacidade de regeneraçãode plantas (927.),utilizado como doador de p6lem, foi cruzado com os gen6tipos de L. esculentum recalcitrantes' para esta caracter1stica: VFN-S(57.), Petomech(77.), Santa Rita(07.), além de dois gen6tipos da variedade cerasiforme: CNPH-OSO(S7.) e Red CherI'Y{S%). Os cultivares VFN-S e Santa Rita destinam-se ao consumo "in natura" e Petomech à indústria. A análise estatística dos dados, obtidos pela freqência de calosque regeneram (R), envolveu resultados das gerações F, F , cruzamentos 12 reciprocos, além de retrocruzamentos com os 5 genótipos que não regeneram plantas(NR). Os hlbridos F apresentaram alta capacidade de regeneração de plantas (75-907.). Com efeito de dominancia, não tendo sido observado diferenças nos cruzamentos recíprocos. A segregação na geração F foi pr6xima de 9:7 (R:NR) e nos retrocruzamentos próximo de1:3(R:NR), ambas não significativas ao nível de 5'%. no teste X2. Sugerindo, portanto, o envolvimento de dois genes dominantes com interação na expressão da regeneração. Esses resultados indicam que a transferência da capacidade de regeneração de genótipos selvagensPara variedades comerciais do tomateiro, deve ser relativamente fácil. já que essa característica é dominante e controlada qualitativamente / Abstract: With the objective of studying the genetic control of in vitro plant regeneration ability in tomato, high and low expressing genotypes for that trait were initially identified, using a previously defined culture medium. For callus induction, the utilized medium was that of Murashige &, Skoog (MS), supplemented with IAA (1 mg/l) and BAP (0,5 mg/I) and BAP (2,25 mg/l)for plant regeneration IAA(0,5 mg/l)and BAP(0,5 mg/l) was added to the same MS medium.Hypocotyl segments were inoculated for 15 days in callus lnduction medium and thereafter, subcultured every 30 days in regeneration medium, for two months.. Subsequent1ycalli were transfered to MS medium without growth regulators for one month more, to promot_ bud elongation and plantlet growth. LYCODersicon pimpinellifolium, genotype WV-700, with high plant regeneration ability (92%.) used as polen danar, was crossed to 5 different recalcitrant b esculentum genatypes for that charactet, namely: VFN-S' (5%),Petomech (7%.),Santa Rita (0%.), beyand two cerasif orme genotypesof L esculentum, namely CNPH-oSO (8%.) and Red Cherry (5%.). VFN-8 and Santa Rita cultlvars are used in salads or for consuption 'in natura', whereas Petomech is destinated for industry; cerasiforme genotypes have no economic importance. Statistical analysis were based upon frequency data of calli that regenerated plants (R) in F1, F2, reciprocal crosses and backcrosses, with all five genotypes that did not regenerate plants (NR). F1 hibrids showed high plant regeneration ability (75-90%.) with and effect of dominance; no differences were observed in recipocral crosses. Segregation ratio in F2 generation was near to 9:7(R:NR) and in backcrosses the ratio expressed was near to 1 : 3 (R:NR), both not signíficant at the 5%. level, in x2- Tests, suggesting an interaction of two dominant genes in the expression of the trait studied. These results indicate that the transfer of plant regeneration ability from wild tomato genotypes to commercial ones, must be relatively easy once a qualitatively inherited dominant trait involved. / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Rosely Rocha Sharif / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-16T04:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Monteiro_AnaMaria_D.pdf: 5432180 bytes, checksum: 7f1a5c87d4487cd39d1299f928777a01 (MD5) Previous issue date: 1984 / Resumo: O desenvolvimento vegetativo e reprodutivo das gemas laterais de milho, Zea mays L., foi analisado neste trabalho. Constatou-se forte dominância apical durante o período de crescimento vegetativo das plantas e foi sugerido que giberelinas podem estar envolvidas neste processo. Nutrientes minerais não afetaram diretamente o desenvolvimento das gemas laterais de milho. Um relacionamento temporal entre o alongamento do eixo principal, iniciação floral e parada de formação de folhas e gemas foi observado. Este relacionamento pareceu ser também fisiológico, já que condições de dias curtos promoveram conjuntamente os três eventos e dias longos ou noites longas interrompidas prolongaram o crescimento vegetativo das plantas. O papel das citocinas na interrelação destes fenômenos não ficou esclarecido. Os efeitos dos tratamentos com ácido giberélico e com os inibidore de biossíntese de giberelinas sugeriram que este grupo de hormônios poderia ser importante no relacionamento do alongamento de eixo, iniciação floral e para de formação de gemas. Análises das giberelinas endógenas indicaram que elas estavam presentes em maior quantidade durante o alongamento e iniciação floral. A inflorescência e região apical do eixo foram as regiões onde se detectaram os níveis mais altos destes hormônios. Sugeriu-se a presença de 'GA IND. 20¿ e GÁS conjugadas na fase anterior ao alongamento do eixo... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Not informed. / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T16:24:56Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3101446 bytes, checksum: 21bfb505e31d919a89cf8e3398f33a43 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-16T16:24:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3101446 bytes, checksum: 21bfb505e31d919a89cf8e3398f33a43 (MD5) Previous issue date: 2017-07-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A detecção de sequências de DNA in situ por meio de técnicas de citogenética molecular consiste em uma das metodologias mais utilizadas para o mapeamento físico. Embora seja amplamente aplicada na pesquisa genômica, a Hibridização Fluorescente In Situ (FISH - Fluorescent In Situ Hybrid/zation) tem sido considerada uma técnica relativamente demorada, uma vez que requer a construção de uma sonda marcada. A Reação de Amplificação In Situ (PRINS Primed ln situ Label/ing), por sua vez, consiste em uma alternativa sensível e rápida em relação a FISH. No entanto, a especificidade e sensibilidade da técnica de PRINS podem ser influenciadas por fatores especie-específicos. Desse modo, o presente estudo teve como objetivo adaptar um protocolo de PRINS reprodutível para o mapeamento físico de genes de rRNA 58 em duas espécies com cromossomos de tamanhos relativamente diferentes: Eucalyptus dunnii Maiden e Zea mays L. Inicialmente, meristemas radiculares de ambas as espécies foram sincronizados com hidroxiureia e tratados com o agente anti- tubulínico amiprofos-metil para o acúmulo de metáfases. Em seguida, os meristemas foram submetidos a maceração enzimática e as lâminas confeccionadas pelas técnicas de dissociação celular e secagem ao ar. Após o pré-tratamento das lâminas, um par de primers específicos para a região 58 de E. glóbulus foi utilizado para a reação de PRINS, que consistiu de um único ciclo. A reação foi conduzida em preparações de E. dunnii e Z. mays contendo cromossomos metafásicos morfologicamente preservados, sem resíduos de citoplasma ou sobreposições. A técnica de FISH foi adicionalmente aplicada na espécie Z. mays com o intuito de confirmar os resultados obtidos pela PRINS. O mesmo par de primers foi utilizado para a construção de sondas marcadas com fluorescência, as quais foram posteriormente hibridizadas com o DNA alvo. Os cariótipos de E. dunnii e Z. mays exibiram 2n = 2x = 22 e Zn = 2x = 20 cromossomos, respectivamente. Em ambas as espécies, o cromossomo portador da constrição secundaria foi classificado como o número 6. O protocolo de citogenética clássica associado a reação de PRIN8 resultou em sinais nítidos para a sequência de rDNA 58 tanto em núcleos interfásicos quanto em cromossomos metafásicos de E. dunnii e Z. mays. Em E. dunnii, os genes de rRNA 58 foram mapeados no braço curto do cromossomo 5, em posição pericentromérica. Na espécie Z. mays, o sinal foi localizado na região terminal do braço longo do cromossomo 2. A técnica de FISH confirmou o resultado obtido pela PRIN8 nessa especie. Embora o tamanho dos cromossomos possa influenciar na resolução de técnicas de citogenética molecular, o protocolo descrito resultou em uma elevada razão sinal:background para ambas as espécies estudadas, evidenciando sua reprodutibilidade. Esse estudo consiste no primeiro relato do mapeamento de sequências específicas em E. dunnii e Z. mays pela PRIN8, contribuindo para o desenvolvimento e aperfeiçoamento das técnicas de mapeamento físico em espécies vegetais. Além disso, a localização dos genes de rDNA 58 ainda não se encontra disponível no mapa de ligação ou no genoma sequenciado de Eucalyptus. Dentro desse contexto, a localização física das sequências de rDNA 58 de E. dunnii pode ser integrada aos dados de sequenciamento e auxiliar no alinhamento de sequencias e posicionamento dos genes de rDNA 58 no genoma sequenciado. / The in situ detection of DNA sequences by molecular cytogenetic techniques is one of the most used methodologies for physical mapping. Although widely applied in genomic research, the Fluorescent ln situ Hybridization (FISH) has been considered a relatively time-consuming technique, due to the need of constructing a labeled probe. The Primed ln situ Labelling (PRIN8), on the other hand, is a sensitive and fast alternative to FI8H. Nevertheless, the specificity and sensitivity of the PRIN8 technique may be influenced by species-specific factors. Therefore, the present study aimed to adapt a reproducible PRIN8 protocol for the physical mapping of 58 rRNA genes in two species with chromosomes of relatively different sizes: Eucalyptus dunnii Maiden and Zea mays L. Initially, root meristems of both species were synchronized with hydroxyurea (HU) and treated with the anti-tubulin agent amiprophos methyl (APM) for metaphase accumulation. Then, the meristems were submitted to enzymatic maceration and the slides were prepared by the cell dissociation and air drying techniques. After pre-treatment of the slides, a pair of primers specific to the 58 region of E. globulus was used to the PRIN8 reaction, which consisted of a single cycle. The reaction was conducted on preparations of both E. dunnii and Z. mays containing morphologically preserved metaphasic chromosomes, without cytoplasmic debris or overlaps. The FISH technique was additionally conducted in the species Z. mays with the aim to confirm the results obtained by PRIN8. The same pair of primers was used for constructing the fluorescently labeled probes, which were subsequently hybridized to the target DNA. The karyotypes of E. dunnii and Z. mays exhibited 2n = 2x = 22 and 2n = 2x = 20 chromosomes, respectively. In both species, the chromosome carrying the secondary constriction was classified as number 6. The classical cytogenetics protocol associated with PRIN8 resulted in clear signals for the 58 rDNA sequence in both interphase nucleus and metaphase chromosomes of E. dunnii and Z. mays. ln E. dunnii, the 58 rRNA genes were mapped on the short arm of chromosome 5, in pericentromeric position. In the species Z. mays, the signal was located in the terminal region of the chromosome 2 long arm. The FISH technique confirmed the result obtained by the PRINS reaction in this species. Although the chromosome size may influence the resolution of molecular cytogenetic techniques, the described protocol resulted in a high signal:background ratio for both studied species, evidencing its reproducibility. This study comprises the first report on the mapping of specific sequences in E. dunnii and Z. mays by the PRINS technique, contributing to de development and improvement of physical mapping techniques in plant species. In addition, the localization of 58 rDNA genes is not yet available in the linkage map or in the sequenced genome of Eucalyptus. In this context, the physical localization of E. dunnii 58 rDNA may be integrated With sequencing data and assist in sequence alignment and positioning of 58 rDNA genes in the sequenced genome.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-14T10:00:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1540861 bytes, checksum: c42c7004648b800ccaa5bd04bd6ec71e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T10:00:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1540861 bytes, checksum: c42c7004648b800ccaa5bd04bd6ec71e (MD5) Previous issue date: 2006-03-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Durante a coevolução entre vírus e hospedeiro desenvolve-se uma interação complexa envolvendo diversos mecanismos de ataque do patógeno, e de defesa do hospedeiro. A alteração no padrão de expressão gênica do hospedeiro é uma conseqüência desses mecanismos. Entretanto, o conhecimento sobre os efeitos da infecção viral na expressão gênica ainda é limitado. Com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos em uma interação vírus - planta, uma biblioteca subtrativa foi produzida a partir de plantas suscetíveis de tomateiro infectadas pelo potyvírus Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), utilizando-se folhas inoculadas, 72 horas após a inoculação. Foram identificados 777 genes diferencialmente expressos durante a infecção viral, que possuem homologia com proteases, proteossomos, diversos fatores de transcrição, proteínas envolvidas na via de ubiquitinação, proteínas de resposta a choque térmico, catalases, proteínas envolvidas em silenciamento gênico, dentre outras. Também foram identificados 104 genes reprimidos, que da mesma forma apresentaram homologia com genes envolvidos em diversas vias celulares. A expressão diferencial dos genes foi validada por RT- PCR quantitativo e análise de macroarranjos. O estudo dos genes identificados, em conjunto com as informações sobre o ciclo de infecção viral, proporciona uma visão global de como o vírus utiliza fatores do hospedeiro para a biossíntese de proteínas virais e infecção de novos tecidos, e também das respostas de defesa do hospedeiro na tentativa de conter, ou ao menos minimizar, os danos causados pela infecção viral. A análise funcional dos genes identificados será necessária para determinar seu papel específico na interação. / During co-evolution between virus and host, a complex interaction has been developed involving several mechanisms of pathogen attack and host defense. Host defense responses cause up- and downward shifts in gene expression. However, the effects of viral infection in the host s gene expression profile are still poorly understood. With the objective of identifying differentially expressed genes in a virus- host interaction, susceptible tomato plants were inoculated with the potyvirus Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), and a subtractive library was constructed based on mRNA extracted from inoculated leaves at 72 h after inoculation. A total of 777 genes differentially expressed were identified, including genes involved in a number of plant defense responses as well as transcriptional regulators and signaling proteins, including catalase, aldolase, cystein proteases, heat shock proteins, polyubiquitin, proteassome subunits, proteins involved in gene silencing, among others. A total of 104 down-regulated genes were also identified, which likewise display homology with genes involved in several metabolic pathways. Differential expression of selected genes was validated by quantitative RT-PCR and macroarray analysis. The study of these genes, together with information on the viral infection cycle, provides a global view of the host factors used by the virus to synthesize its proteins and to infect new cells and tissues, as well as the responses from the host, in its attempt to contain or at least minimize the damage caused by the infection. Functional analysis of these genes will be necessary in order to determine their specific role in the interaction. / Não foi encontrado o currículo lattes do autor.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8344_Dissertação Final Larissa Vianna.pdf: 1816030 bytes, checksum: db630057efda6e596abefc0d380531fa (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES / Vochysia bifalcata é conhecida popularmente como Guaricica, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de degradação de seus ambientes naturais e exploração antrópica, considerado o estado de ameaça em que se encontram, faz-se necessário obter informações mais detalhadas sobre a diversidade genética de populações naturais desta espécie, o que é possível a partir de estudos com marcadores microssatélites. Neste contexto, o objetvo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética da espécie Vochysia bifalcata em duas populações nativas estabelecidas no Parque Nacional do Caparaó, ES, bem como, caracterizar a fertilidade do solo. Para tanto, foram coletadas amostras foliares de 28 individuos adultos em ambas populações, os testes de transferifilidades foram realizados utilizando 8 primers microssatélites desenvolvidos para Qualea grandiflora e 10 desenvolvidos para Vochysia ferrugínea no genoma dos indivíduos de Vochysia bifalcata. Os marcadores que geraram amplificações satisfatórias foram utilizados para os estudos de diversidade e estrutura genética em todos os 28 indivíduos amostrados. Para a caracterização dos atributos químicos do solo, foram selecionados aleatoriamente seis pontos de amostragem de solos em cada população, nas camadas de 0 – 5; 5 – 10 e 10 – 20 cm. Os resultados de amplificação heteróloga de Vochysia ferruginea para V. bifalcata foram satisfatórios, sendo utilizados para as análises estatísticas e de Qualea grandiflora para V. bifalcata foram satisfatórios, entretanto se mostraram monomórficos. Para os iniciadores de V. ferruginea os resultados mostraram a ocorrência média de 4,85 alelos/loco. Dois dos sete locos analisados evidenciaram a presença de alelos nulos, com frequência significativa. Os valores de riqueza alélica foram similares entre as duas populações. O valor médio de heterozigosidade observada para a população I foi 0,434 e para população II foi 0,355, ambos distintos do esperado para o equilíbrio de Hardy-Weinberg. O índice de fixação médio para a população I foi de 0,390 e para a população II de 0,328, indicando presença de endogamia nas populações. O valor médio do Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) foi de 0,608 para a população I e 0,566 para a população II, sendo considerados altamente informativos. O par de genótipos (9 e 11) e (5 e 9) foram identificados como os menos dissimilares na população I e população II, respectivamente. O valor de GST (0,079), indicou uma diferenciação genética moderada entre as populações. Para AMOVA, 10 92,86% da variação foram dentro de populações e 7,13% entre populações. Com a análise bayesiana foi possível definir a divisão dos genótipos em dois grupos. O fluxo gênico médio obtido foi de 2,88 sendo considerado alto o suficiente para contrapor os efeitos da deriva genética. Os parâmetros genéticos obtidos geraram informações sobre a variabilidade genética existente, comprovando a importância do Parque Nacional do Caparaó para fins conservacionistas. As amostras de solos analisadas evidenciaram que a fertilidade de ambas populações apresenta-se baixas e com uma acidez elevada / Vochysia bifalcata is popularly known as Guaricica, is a tree neotropical species whose survival is threatened due to degradation processes of the natural environment and man operation, considered the threat of state they are in, it is necessary to obtain more detailed information the genetic diversity of natural populations of this species, which is possible from studies with microsatellite markers. In this context, the present study was to evaluate objetvo the genetic diversity of Vochysia bifalcata species and characterize soil fertility in two native populations established in Caparaó National Park, ES. Therefore, leaf samples from 28 adult individuals were collected from two native populations of V. bifalta. For transferability test were tested 8 microsatellite primers developed for Qualea grandiflora and 10 designed to Vochysia ferruginea in the genome of individuals to V. bifalcata. Total genomic DNA was isolated using the Doyle & Doyle protocol (1990) modified. The amplified fragments were separated by electrophoresis on gel polyacrylamide 10% with 1X TBE buffer. Electrophoresis was performed at constant voltage of 100 W for 5 hours. The markers that generate satisfactory amplifications were then used for the studies and genetic diversity of structure in all 28 individuals sampled. We randomly selected six soil sampling points in each population at depths 0-5; 5-10 e 10-20 cm and chemical analyzes were performed using the methodology proposed by EMBRAPA (1997). The heterologous amplification results for V. ferruginea to V. bifalcata were satisfactory, and then used for statistical analysis and Q. grandiflora for V. bifalcata were satisfactory, however proved to be monomorphic. For starters, V. ferruginea the results showed the average occurrence of 4.85 alleles/locus. In both two populations of seven loci analyzed suggested the presence of null alleles, with significant frequency. The allelic richness were similar between the two populations. The average observed heterozygosity for the population I was 0.434 and population II was 0.355, both distinct from the expected to the Hardy-Weinberg equilibrium. The average fixation index for the population I was 0.390 and the population II was 0.328, indicating the presence of inbreeding within populations. The average value of Polymorphic Information Content (PIC) was 0.608 for the population I and 0.566 for the population II and are considered highly informative. The pair of genotypes (9 and 11) and (5 and 9) were identified as the least dissimilar opulations the population I and II, respectively. The amount of GST (0.079) indicated a moderate genetic differentiation among populations. To AMOVA, 92.86% of the variation was within 12 populations and among populations 7.13%. After analyzing the program, STRUCTURE was possible to define the division into two groups of genotypes. The obtained average gene flow was 2.88 being considered high enough to counteract the effects of genetic drift. These data generate important information about the genetic variability, proving the importance of Caparaó National Park for the species conservation. Soil samples analyzed demonstrated that the fertility of both populations are present and a low acidity, the homogeneity of the soil fertility can be explained by the soil and climatic characteristics similar between the two study populations.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-14T12:58:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712676 bytes, checksum: 43131435394efa66e7de7d847c774520 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T12:58:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712676 bytes, checksum: 43131435394efa66e7de7d847c774520 (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Eucalyptus é um grupo extremamente bem sucedido de plantas arbóreas, compreendendo mais 700 espécies. Além de sua importância em regiões endêmicas como a Austrália, o eucalipto é importante na economia global devido a sua alta taxa de crescimento, adaptabilidade a várias condições ecológicas (elevação, clima e solo) e uso variado (matéria prima, carvão, fibra, polpa e papel). O estudo do genoma contribui para o entendimento de aspectos evolutivos e outros aspectos biológicos básicos do grupo. O entendimento da natureza de um genoma requer informação sobre o conteúdo de DNA e deveria ser considerada crucial em qualquer programa de análise genômica comparativa. O presente estudo determinou e reavaliou o tamanho do genoma e a composição de bases de 25 espécies de Eucalyptus. Além disso, o estudo comparou cariogramas de diferentes espécies, por citogenética clássica e molecular, em busca de possíveis alterações ou regiões não homólogas nos cromossomos de espécies que apresentavam maior diferença no conteúdo de DNA nuclear. No primeiro artigo, foi desenvolvido um protocolo citogenético para a obtenção de cromossomos com uma melhor resolução longitudinal. Assim, foi possível a montagem do cariograma de E. citriodora com 2n = 22 cromossomos. No segundo artigo, o valor 2C e a relação AT/CG foram estimados para as 25 espécies de Eucalyptus. A partir dos valores do tamanho do genoma os quais variaram entre 2C = 0,91 pg e 2C = 1,37 pg, foi feita uma análise comparativa do cariograma de quatro espécies e nenhuma diferença foi identificada. Em uma abordagem citomolecular, com o uso da hibridização in situ do genoma nenhuma região de não homologia cromossômica foi discriminada entre as espécies E. baileyana (1,36 pg) e E. citriodora (1,01 pg). Os resultados alcançados no presente trabalho corroboram para considerar pequenas alterações do conteúdo de DNA dispersas no genoma, possivelmente provenientes da atividade de elementos transponíveis, como a principal causa da variação do tamanho do genoma em Eucalyptus. / The genus Eucalyptus represents an extremely successful group of woody plants covering more than 700 species. Besides its importance in the Australian environment, eucalypts are important in the global economy due to their high growth rates, adaptability to various ecological conditions (e.g. elevation, climates, soils) and multiple uses (e.g. raw material, energy wood, timber, pulp and paper). The study of genome contributes to understanding evolutionary aspects of the group and others basic biological processes. A basic understanding of the nature of a given genome requires information regarding the amount of DNA and it should be considered a crucial aspect of any truly comprehensive program of comparative genomic analysis. The present study determinate, as well as revaluate, the size and genomic base composition of 25 Eucalyptus species. Furthermore, this study compared karyotypes of different species by classical and molecular cytogenetic looking for possible chromosomal alterations or chromosomal non-homologous regions correlated with the genome size variation among the species. In the first paper, a cytogenetic protocol was developed to obtain of chromosomes with improved longitudinal resolution. Thus, E. citriodora karyogram was assembly confirming a karyotype with 2n = 22 chromosomes. In the second paper 2C value and base composition were measured for 25 Eucalyptus species. From the genome size differences that range from 2C = 0.91 pg to 2C = 1.37 pg comparative karyological analysis were conducted and no remarkable differences were indentified. In a molecular cytogenetic approach, a genome in situ hybridization experiment was performed and it was not possible discriminate any non- homologous chromosomal regions, between E. baileyana (1.36 pg) and E. citriodora (1.01 pg). The results achieve in the present work corroborate to considerate small and dispersed DNA content changes, possible due transposable elements activity, as the mainly cause of genome size variation in Eucalyptus. / O autor escreveu a tese toda em inglês, por isso o título ficou no mesmo idioma.