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Adaptabilidade, estabilidade, determinação genotípica e correlações entre características agronômicas de soja, em Goiás / Adaptability, stability, genotypic determination and correlations among the agronomical characteristics of soybean, in Goiás

Vieira, Paulo Fernando de Melo Jorge 16 June 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T18:51:14Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 281678 bytes, checksum: 141b60e53d7b10eac349bec016034571 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T18:51:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 281678 bytes, checksum: 141b60e53d7b10eac349bec016034571 (MD5) Previous issue date: 2003-06-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O comportamento agronômico de onze cultivares e uma linhagem de soja foi avaliado durante dois anos agrícolas, 1999/2000 e 2000/2001, em quatro municípios do Estado de Goiás: Chapadão do Céu, Itumbiara, Portelândia e Rio Verde. Os ensaios foram delineados em blocos casualizados com três repetições. O trabalho objetivou avaliar o desempenho dos cultivares e da linhagem com ênfase na produtividade, estimar a adaptabilidade, a estabilidade, o coeficiente de determinação genotípico e a correlação genotípica, fenotípica e ambiental entre as características consideradas em cada ensaio. Utilizaram-se quatro métodos de análise de adaptabilidade e estabilidade: EBERHART e RUSSELL (1966), LIN e BINNS (1988) modificado por CARNEIRO (1998), ANNICCHIARICO (1992) modificado por SCHMILDT (2000) e MURAKAMI e CRUZ (2001). Os genótipos tenderam a manter um comportamento semelhante, quando considerados em condições amplas e de ambientes favoráveis, pelos métodos de LIN e BINNS (1988) modificado por CARNEIRO (1998) e ANNICCHIARICO (1992) modificado por SCHMILDT (2000), contudo, em condições desfavoráveis, alterou-se expressivamente o comportamento da maioria dos cultivares. Os cultivares que se destacaram como de ampla adaptabilidade foram UFV-17 (Minas Gerais), UFV-19 (Triângulo) e UFVS-2003. CAC-1 é indicado a condições favoráveis de ambientes e Garimpo RCH a ambientes desfavoráveis. UFV-20 (Florestal) foi o cultivar de pior desempenho, seguido por UFV-16 (Capinópolis) e Doko RC. Pela metodologia de MURAKAMI e CRUZ (2001), em Chapadão do Céu e Portelândia, não foi possível indicar os melhores genótipos, pois estes ambientes apresentaram alta correlação negativa (r = - 0,3986) entre si, para produtividade de grãos. Em Itumbiara, destacaram-se: UFV-19 (Triângulo), UFV-17 (Minas Gerais), UFVS-2003 e a linhagem UFV-95 370A2121R6; e em Rio Verde: UFV-19 (Triângulo), CAC-1, UFVS-2002, UFV-17 (Minas Gerais) e UFV-16 (Capinópolis). Cultivares de ciclo precoce, como UFV-20 (Florestal), UFV-16 (Capinópolis) e Garimpo RCH, produziram menos, principalmente em condições favoráveis de ambiente. Ocorreram correlações fenotípicas positivas e significativas entre número de dias para floração com número de dias para maturação, altura de plantas e altura de inserção da primeira vagem e correlação negativa entre produtividade e altura de inserção da primeira vagem. / The agronomic behavior of eleven soy cultivars and one line was evaluated during the agricultural years of 1999/2000and 2000/2001, in four municipalities of the state of Goiás: Chapadão do Céu, Itumbiara, Portelândia, and Rio Verde. The experiments were arranged in randomized blocks with three repetitions. The objective of the work was to evaluate the performance of the soybean cultivars and line, focusing on productivity yield, and to estimate the adaptability, stability, genotypic determination coefficient, and genotypic, phenotypic and environmental correlation among the characteristics evaluated in each assay. Four methods of adaptability and stability analysis were used: EBERHART and RUSSELL (1996), LIN and BINNS (1998), modified by CARNEIRO (1998), ANNICCHIARICO (1992), modified by SCHMILDT (2000) and MURAKAMI and CRUZ (2001). The genotypes tended to maintain a similar behavior, when considered under ample and favorable environment conditions, by the methods of LIN and BINNS (1998), modified by CARNEIRO (1998) and ANNICCHIARICO (1992), modified by SCHMILDT (2000). However, under unfavorable conditions, the behavior of most of these cultivars was markedly altered. The cultivars showing high adaptability were UFV-17 (Minas Gerais), UFV-19 (Triângulo) and UFVS-2003. CAC-1 is indicated to favorable environmental conditions and Garimpo RCH to unfavorable environments. UFV-20 (Florestal) had the worst performance, followed by UFV-16 (Capinópolis) and Doko RC. Based on the methodology of MURAKAMI and CRUZ (2001), it was not possible to indicate the best genotypes in Chapadão do Céu and Portelândia, due to the high negative correlation presented by these environments (r=0.3986) for grain productivity. The cultivars UFV-19 (Triângulo), UFV-17 (Minas Gerais), UFVS-2003 and the line UFV -95 370A2121R6 had a high performance in Itumbiara and the cultivars UFV-19 (Triângulo), CAC-1, UFV-17 (Minas Gerais) and UFV-16 (Capinópolis) in Rio Verde. Early–cycle cultivars, such as UFV-20 (Florestal), UFV-16 (Capinópolis) and Garimpo RCH yielded less, especially under favorable environmental conditions. Positive and significant phenotypic correlations occurred between number of days for flowering and number of days for maturation, plant height and height of insertion of the first pod, with negative correlation occurring between productivity and height of insertion of the first pod.
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Identificação de genitores de milho para solos com baixa disponibilidade de fósforo / Identification of corn genitors for soils with low phosphorus availability

Silva, Jaeveson da 08 December 2005 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-09T18:27:59Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 545585 bytes, checksum: 84e8d5f8542f3f0c928cc05bd2e74a49 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-09T18:28:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 545585 bytes, checksum: 84e8d5f8542f3f0c928cc05bd2e74a49 (MD5) Previous issue date: 2005-12-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A alta demanda por alimentos pode trazer sérios riscos à qualidade de vida da população mundial. No entanto, o crescimento da oferta dos produtos agrícolas pode ser obtido através do aumento da área e, ou, da produtividade. Um meio economicamente viável para atingir esta meta é utilizar cultivares que sejam produtivos em ambientes tecnificados e, ou, que não reduzam sua produção quando na presença de algum tipo de estresse. Em geral, as novas áreas agrícolas não têm condições ideais para o cultivo. O manejo do solo tem se apresentado como um dos principais componentes para melhorar o ambiente, aliado ao uso de variedades de plantas que adquiram e utilizem eficientemente os nutrientes disponíveis na solução e sob adsorção nos minerais do solo, principalmente o fósforo (P). Os objetivos deste trabalho também foram identificar genótipos de milho produtivos em solo com baixa disponibilidade de P e verificar a eficácia dos métodos de classificação na seleção das plantas produtivas e eficientes e na seleção precoce de plantas (casa de vegetação). Dois experimentos foram conduzidos em Viçosa-MG, um em casa de vegetação (seleção precoce), em 2002, e o outro em campo, em 2002/2003, considerando dois níveis de disponibilidade de P no solo. Outros quatro experimentos foram realizados em condições de campo, em Viçosa, Capinópolis, Coimbra e Florestal (Minas Gerais), considerando os níveis de adubação utilizados pelos agricultores. Como tratamentos foram considerados 23 genótipos de milho, sendo 15 combinações híbridas (CH) e oito cultivares. As 15 CH foram advindas da combinação de seis desses cultivares. Nos genótipos foram avaliados, em casa de vegetação, as massas secas e os teores e acúmulos de P na parte aérea, raiz e planta inteira, como também as relações parte aérea/raiz de massa seca e P acumulado. Em campo, foram avaliadas a produtividade de grãos e as alturas de planta e de espiga. Os dados foram submetidos às análises de variância simples e conjunta, ao teste de médias e às análises de correlação e dialélicas, bem como a alguns índices de eficiência nutricionais (IEN), para comparação dos genótipos quanto à tolerância e ao uso de P. Na seleção precoce de plantas, considerando a massa seca da parte aérea, as combinações híbridas CH 3 x 6 e CH 3 x 5 e os genitores AG 9010 e Caiano foram classificados como importantes para obtenção de cultivares produtivos quando em baixa disponibilidade de P. Em campo, quanto à produtividade de grãos, destacaram-se novamente os genótipos CH 3 x 6, AG 9010 e, também, o CH 1 x 3. A seleção precoce foi eficiente, pois possibilitou a presença de diferenças entre plantas quanto à aquisição e ao uso de P, assemelhando-se, em alguns casos, com os resultados obtidos em campo. Houve diferença na classificação dos genótipos, dependendo dos IEN, portanto devem-se utilizar aqueles com maior correlação com os dados de produtividade. / The high demand for foods can lead to severe risks to the quality of life of the worldwide population. However, the increase in the supply of agricultural products can be obtained by the increase of the area and / or yield. An economically viable method to reach this goal is to use high yielding cultivars in technified environments and / or that do not reduce its yield in the presence of some type of stress. In general, new agricultural frontiers do not have the ideal conditions for cultivation. Soil management has presented as one of the main components to improve the environment, along with the use of plant varieties that acquire and use the available nutrients efficiently in the solution and under adsorption in soil minerals, especially phosphorus (P). The objectives of this work were also to identify high yielding corn genotypes in soils presenting low P availability and verify the efficacy of the methods of classification in the selection of high yielding and efficient plants and of the early selection of plants (greenhouse). Two experiments were conducted in Viçosa-MG: one under greenhouse conditions (early selection), in 2002, and the other in the field, in 2002/2003, considering two levels of P availability in the soil. Other four experiments were conducted under field conditions, in Viçosa, Capinópolis, Coimbra and Florestal (Minas Gerais), considering the levels of fertilizers used by the producers. Twenty-three corn genotypes were considered as the treatments, being 15 hybrid combinations (HC) and eight cultivars. The 15 HC proceeded from the combination of six of these cultivars. For the genotypes under greenhouse conditions, the dry matter and the amount of P accumulated in the canopy, root and entire plant, as well as the canopy/root ratio of dry matter and accumulated P, were evaluated. In the field, grain yield and plant and ear height were evaluated. The data was submitted to simple and combined variance analysis, average tests and diallel and correlation analysis as well as to some nutritional efficiency indexes (NEI), for the comparison of the genotypes regarding tolerance and P use. In the early selection of plants, considering dry matter of canopy, the hybrid combinations HC 3 x 6 and HC 3 x 5 and the genitors AG 9010 and Caiano, were considered important for the obtainment of productive cultivars under low P availability. In the field, regarding grain yield, again, the genotypes HC 3 x 6, AG 9010 and also HC 1 x 3, were pointed out. The early selection was efficient, for it enabled the obtainment of differences between plants regarding the acquisition and use of P, resembling, in some cases, the results obtained in the field. There was difference in the classification of the genotypes depending on the NEI, therefore, those presenting greater correlation with the yield data should be used.
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Capacidade produtiva, adaptabilidade e estabilidade de híbridos de famílias endogâmicas de milho (Zea mays L.), obtidos pelo método dos híbridos crípticos / Productive capacity, adaptability and stability of hybrids from endogamic families of maize (Zea mays L.) obtained by the cryptic hybrid method

Lopes, Maria Teresa Gomes 01 February 1999 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-10-17T17:03:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 20283543 bytes, checksum: ce5ac777ef1d7956ab6f67822feb99ca (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-17T17:03:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 20283543 bytes, checksum: ce5ac777ef1d7956ab6f67822feb99ca (MD5) Previous issue date: 1999-02-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho, avaliou-se o comportamento de híbridos de famílias endogâmicas de milho obtidos pelo método dos híbridos crípticos, pelo programa de melhoramento de milho do Setor de Genética do Departamento de Biologia Geral da Universidade Federal de Viçosa (DBG-UFV). Estudou-se o potencial do referido método a partir da análise da capacidade produtiva dos híbridos, avaliada em 26 ensaios. Estes foram ainda caracterizados quanto a seus padrões de adaptabilidade e estabilidade. Nos ensaios conduzidos, nenhum dos cinco híbridos de famílias endogâmicas mais produtivos apresentou produção estatisticamente inferior à das testemunhas comerciais, o que revelou que o método dos híbridos crípticos e potencialmente capaz de permitir a obtenção de híbridos superiores. Depois de obtidos os pares de linhagens superiores, derivadas de famílias endogâmicas selecionadas uma ou mais vezes para capacidade específica de combinação, deve ser adequado afirmar que a continuidade do processo permitirá obter híbridos simples, duplos e triplos com elevada capacidade produtiva. Em relação aos números de híbridos S1 x S1, S2 x S2 e S3 x S3 avaliados, de modo geral, a proporção de híbridos S3 x S3 superiores foi maior que a de híbridos S2 x S2, que foi maior que a de híbridos S1 x S1. Portanto, apesar da redução do índice de prolificidade ao valor 1 impossibilitar a continuidade do processo, em trabalhos que utilizem esse método é aconselhável ao melhorista avaliar híbridos de famílias com grau mais elevado de endogamia. Na análise de adaptabilidade e estabilidade, considerando o método proposto por Eberhart e Russell, foram identificados 15 híbridos com produção acima da média geral, considerados os de maior interesse para dar continuidade ao programa de melhoramento. Entre eles, 53,3% apresentaram adaptabilidade geral e alta estabilidade (84-6, 86-1, 86-19, 86-11, 86-15, 86-21, 86-27 e 86-10). Vinte porcento deles apresentaram adaptação específica a ambientes favoráveis e alta estabilidade (86-22, 85-2 e 84-5). Os hibridos 85-1, 85-3 e 86-2, que apresentaram adaptabilidade geral associada à baixa estabilidade, correspondem também a 20% dos mais produtivos. O último (86-8), correspondendo a 6,7%, apresentou adaptação específica a ambientes favoráveis e baixa estabilidade. Com base na análise e considerando uma modificação do método proposto por Lin e Binns, foram identificados os híbridos 86-22, 86-8, 84-5, 85-2 e 86-19 como os mais adaptados a ambientes favoráveis e os híbridos 86-11, 85-3, 86-27 e 86-2, como os mais adaptados a ambientes desfavoráveis. As etapas seguintes deste programa de melhoramento são extrair linhagens dos pares de famílias selecionadas, obter e avaliar os híbridos. / This study was carried out in order to evaluate the behavior of hybrids from maize endogamic families which were obtained through the hybrid cryptic method by the maize breeding program undergoing at the Genetics Sector of the Biology Department in the Universidade Federal de Viçosa (DBG-UFV). This method potential was studied from analysis for hybrid productive capacity which was evaluated in twenty six assays. The hybrids were also characterized for their adaptability and stability patterns. Among the five more productive endogamic-family hybrids neither one showed a statistically inferior production in comparison with the commercial controls, which revealed the cryptic hybrid method to be potentially able to allow for the obtainment of superior hybrids. After obtaining the couples of the superior inbred lines derived from endogamic families selected once or more times for combination specific capacity, it would be appropriate to affirm that the continuity of the process will permit to obtain single cross, double cross and three-way cross hybrids provided with a high productive capacity. In relation to the number of the hybrids S1 x S1, S2 x S2 and S3 x S3 in general, the proportion of the superior hybrids S3 x S3 was higher than that of the S2 x S2 hybrids which was higher than that of the S1 x S1 hybrids. Thus, although the reduction of the prolificacy index to value 1 hampers the process continuity in works using this method, it is recommended that an evaluation be made for those hybrids from families with a higher endogamy level. Considering the method proposed by Eberhart and Russell for the adaptability and stability analysis an identification was performed for fifteen hybrids presenting a production above the general average, which were considered of greater interest for the continuity of the breeding program. Among these hybrids, 53.3% presented general adaptability and high stability (84-6, 86-1, 86-19, 86-11, 86-15, 86-21, 86-27 and 86-10); and 20% from that total (15 hybrids) showed specific adaptation to the favorable environments and high stability (86-22, 85-2 and 84-5). The hybrids 85-1, 85-3 and 86-2 presenting general adaptability associated with low stability also correspond to 20% of the most productive ones. The last one (86-8) corresponding to 6.7% showed a specific adaptation to the favorable environments and low stability. Based on the analysis considering the modification of the method proposed by Lin and Binns, the hybrids 86-22, 86-8, 84-, 85-2 and 86-19 were identified as the most adapted to the favorable environments, and the hybrids 86-11, 85-3, 86-27 and 86-2 as the most adapted to the unfavorable environments. In this breeding program the following phases will consist on the extraction of bred lines from couples of the selected families, as well as to obtain and evaluate the hybrids.
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Genomic reaction norms for tick resistance in Hereford and Braford beef cattle / Normas de reação genômicas para resistência ao carrapato em bovinos Hereford e Braford via modelos de normas de reação

Mota, Rodrigo Reis 15 April 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-01T15:19:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2159462 bytes, checksum: b0441893ed64ffdb6b2ab859e1b8ffd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-01T15:19:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2159462 bytes, checksum: b0441893ed64ffdb6b2ab859e1b8ffd2 (MD5) Previous issue date: 2015-04-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O “carrapato do boi” é um parasito que causa danos substanciais na produção de bovinos em áreas tropicais. Embora países como o Brasil tenham progredido em avaliações genéticas para a resistência ao carrapato, essas avaliações normalmente não tem considerado a interação genótipo x ambiente (G*A), o que pode afetar diretamente no ganho genético uma vez que a comparação entre os valores genéticos dos animais é dependente do ambiente. O objetivo desse estudo foi investigar a presença de G*A, utilizando modelos com diferentes pressuposições de variância genética e residual. Foram utilizados 10.673 contagens de carrapatos de 4.363 animais Hereford e Braford e um pedigree que continha 11.967 indivíduos. Nove modelos, sendo dois modelos animais tradicionais (MA) e sete modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) foram investigados. Modelos de um passo e dois passos foram usados para inferir sobre a sensibilidade dos valores genéticos ao ambiente via MHNR. O critério de informação da deviance (DIC) foi utilizado como critério estatístico na escolha do melhor modelo. O modelo de melhor ajuste foi o modelo de normas de reação de um passo com 10 classes de variâncias residuais baseados em percentis das estimativas de grupo de contemporâneos utilizadas como gradiente ambiental. Os modelos de normas de reação de um passo apresentaram as maiores estimativas de variância genética. As estimativas de variância do efeito de ambiente permanente foram, em geral, similares entre os modelos testados e variaram de 0,007 a 0,010. As estimativas de correlações genéticas entre o intercepto e a inclinação para ambos os efeitos variaram de baixa a média magnitude e apresentaram altos desvios padrão o que pode ser um indicativo de independência paramétrica. Estimativas de herdabilidades foram maiores para MHNR em comparação com MA. As estimativas de repetibilidade variaram ao longo do gradiente ambiental (de 0,18 a 0,45), o que implica na importância do efeito de ambiente permanente para a característica de resistência ao carrapato. As médias a posteriori das correlações genéticas ao longo do gradiente ambiental apresentaram um grande platô com valores acima de 0,80 para ambientes de baixa infestação de carrapatos. Os MHNR são uma poderosa ferramenta na identificação e quantificação da G*A além de ser uma alternativa promissora para as avaliações genéticas para resistência ao carrapato em bovinos Hereford e Braford, podendo elevar a eficiência de seleção e progresso genético. Melhores respostas à seleção são também esperadas em MHNR que consideram heterogeneidade de variância residual. Em um segundo estudo, foi incorporada a informação de marcador para comparar a eficiência de modelos animais convencionais e modelos de normas de reação utilizando o procedimento de um passo que combina a informação de marcador a de pedigree e também comparar o desempenho das predições de valores genéticos genômicos (GEBV) obtidos utilizando apenas o fenótipo e a informação de pedigree, como também incorporando a informação de marcador. Quatro diferentes modelos foram testados: dois modelos convencionais (BLUP) e dois de normas de reação de um passo (MNR), sendo um BLUP e um MNR com e sem informação de marcador SNP. Os modelos convencionais apresentaram um pior ajuste em comparação com os modelos de normas de reação. O modelo de normas de reação que incluiu a informação de marcador apresentou estimativa de variância genética inferior ao modelo de normas de reação que não a incluía. Estimativas de herdabilidade e repetibilidade foram, em geral, similares em ambos os modelos e variaram ao longo do gradiente ambiental de 0,07 a 0,46 e 0,20 a 0,60, respectivamente. As correlações genéticas foram notoriamente baixas entre ambientes extremos, o que indica a presença de interação genótipo x ambiente (G*A) para a característica de resistência ao carrapato. As predições de acurácias em um estudo de validação cruzada para os modelos testados foram altas e superiores a 0,55 e 0,59 para os procedimentos de partições “K-means” e partições aleatórias, respectivamente. Esses resultados sugerem que a informação de marcador não contribui para o aumento da acurácia de predição em que estas decrescem à medida que a infestação de carrapatos aumenta e, ou a relação de parentesco entre animais na população de referência e da população de validação diminui. Em um terceiro estudo, os objetivos foram: obter predições de valores genéticos em bovinos Hereford e Braford usando o procedimento de passo único que combina informação de pedigree a de marcador (ssBLUP), estimar os efeitos de marcador das normas de reação associadas com a resistência ao carrapato, bem como identificar genes candidatos derivados dos marcadores SNP mais relevantes. Um modelo de normas de reação de um passo foi ajustado para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos. Para estudar os efeitos de marcadores SNP ao longo de diferentes níveis de infestação de carrapato, foram identificados os 1% SNPs mais relevantes em cada nível de infestação de carrapato e apontadas a similaridade entre estes marcadores ao longo dos níveis. Os efeitos genéticos e de ambiente permanente apresentaram significantes inclinações confirmando a presença de G*A. As correlações entre o intercepto e a inclinação foram positivas e de alta (0,52±0,18) e média (0,26±0,15) magnitudes, respectivamente, para os efeitos genéticos e de ambiente permanente. Dos 410 (1%) de SNPs identificados, 75 foram constantemente relevantes em todos os níveis ambientais e indicaram presença de interação SNP x ambiente. Os SNPs mais relevantes estão localizados nos cromossomos 1, 2, 6, 7, 9, 11, 14, 21 e 23 e genes encontrados próximos a esses marcadores apresentaram variadas funções como metabolismo energético, pigmentação do epitélio da retina, integridade e manutenção de células fotorreceptoras e diferenciação celular. / The cattle tick is a parasite that adversely affects livestock performance in tropical areas. Although countries such as Australia and Brazil have provided genetic evaluations for tick resistance, these evaluations have not typically considered genotype by environment interaction (G*E); hence genetic gains could be adversely affected as breedstock comparisons are environmentally- dependent in the presence of G*E, particularly if residual variability is also heterogeneous across environments. The objective of this study was to investigate the existence of G*E based on various models with different assumptions on genetic and residual variability. Data were collected by the Delta G Connection improvement program including 10,673 tick count phenotypes on 4,363 animals. Nine models including two traditional animal models (AM) and seven different hierarchical Bayesian reaction norm models (HBRNM) were investigated. One-step and two-step modeling approaches were used to infer upon G*E. Model choice was based on the deviance criterion information (DIC). The best-fitting model specified heterogeneous residual variances across 10 subclasses as delimited by every decile of the contemporary group estimates of tick count effects. One-step models generally had the highest estimated genetic variances. Estimates of heritabilities were generally higher for HBRNM than AM. Furthermore, one- step models based on heterogeneous residual variances also generally lead to higher heritability estimates, especially in harsh environments. Estimates of repeatability varied along the environmental gradient (range 0.18-0.45) implying that the relative importance of additive and permanent environment effects for tick resistance is environmentally influenced. The posterior means of the genetic correlations across environmental tick infestation surface plot demonstrated a large plateau above 0.80. HBRNM represent powerful tools to infer G*E and account for their effects for genetic evaluations of tick resistance. Additional increases in accuracies on estimated breeding values are also expected based on HBRNM analyses that additionally consider heterogeneity of residual variances across environments. In a second study, we incorporated marker information to compare a conventional genomic- based single step BLUP model with its one-step genomic reaction norm model extension on tick infestation phenotypes and to compare the performance of genomic estimates breeding values (GEBV) predictions obtained from using only phenotypes and phenotypes plus marker information. Four different models were tested: two conventional animal models, and two one-step reaction norm model with and without genomics. The non reaction norm models seem to be poorer fitting in comparison with its one-step extensions. The reaction norm model including marker information presented lower intercept and slope genetic variance estimates in comparison with the models that included the pedigree-based relationship matrix. Heritability and repeatability estimates were, in general, similar for both models and ranged over the environmental gradient (EG) from 0.07 to 0.46 and from 0.20 to 0.60, respectively. Genetic correlations were remarkably low between extreme EG, indicating the presence of G*E for tick resistance. Cross validation estimates were in average 0.66±0.02, 0.67±0.02, 0.67±0.02 and 0.66±0.02 for BLUP, GBLUP, GLRNM and LRNM, respectively, based on K-means partitioning, whereas GLRNM was 0.71±0.01 and tend to better than BLUP (0.67±0.01), GBLUP (0.70±0.01) and LRNM (0.70±0.01) based on random partitioning. However, no statistical significance was reported between GLRNM and LRNM. Our results also suggest that marker information do not lead for higher prediction accuracies which decreased as the tick infestation level increased and as the relationship between animals in training and validation datasets decreased. In third and last study, was aimed to perform genome-enabled predictions for tick resistance in Hereford and Braford cattle by using single step genomic BLUP methodology (ssGBLUP), to estimate marker effects from reaction norms associated with tick resistance as well as to identify candidate genes derived from the most relevant SNP markers. A one-step reaction norm model was fitted to estimate the (co)variance components and genetic parameters. To study SNP effects across different tick infestation (TI) levels, we identified the top 1% of SNPs in each TI and pointed out to the similarity between these markers across the levels. The additive genetic and permanent environment effects showed significant slope confirming the presence of G*E. Correlations between intercept and slope were positive with high (0.52±0.18) and moderate (0.26±0.15) magnitude for genetic and permanent environment effects, respectively. From the top 1% SNPs (410), 75 were consistently relevant across TI and indicated SNP by environment interaction. The most relevant SNPs were located on chromosomes 1, 2, 6, 7, 9, 11, 14, 21 and 23 and the annotated genes closest these markers showed functions related to energy metabolism, retinal pigment epithelium, maintenance and integrity of the photoreceptor cells, and cell differentiation.
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Interação genótipos x ambientes via GGE Biplot/REML-BLUP em milho sob estresse nutricional / Genotype x environment interaction via GGE Biplot/REML-BLUP in maize under nutritional stress

Granato, Ítalo Stefanine Correia 07 February 2014 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-02T09:00:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1174620 bytes, checksum: 417e95559ef7632bbe3dfcc8032b71e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-02T09:00:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1174620 bytes, checksum: 417e95559ef7632bbe3dfcc8032b71e8 (MD5) Previous issue date: 2014-02-07 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção de genótipos para eficiência no uso (EU) é fundamental, pois permite alcançar produtividades satisfatórias, com menores custos e de modo sustentável. Assim, muitos programas de melhoramento para estresse nutricional fazem seleção de genótipos para dois ou mais estresses simultaneamente. No entanto é necessário entender o efeito do tipo e da intensidade do estresse nutricional para a composição da interação genótipo-ambiente (GxA). Neste contexto, uma ferramenta muito utilizada é a modelagem via GGE Biplot (efeitos principais dos genótipos (G) mais interação genótipo-ambiente (GA)) combinada com as equações de modelos mistos. Entretanto, é necessário entender como a predição e correção dos valores genéticos para os efeitos fixos interfere nas análises da interação GxA via GGE Biplot. Diante do exposto, o objetivo foi estudar o efeito do tipo e intensidade do estresse nutricional e do tratamento estatístico nos dados utilizados para compreensão da interação genótipo-ambiente em milho tropical. Para isto, foram avaliadas 41 combinações híbridas em dois experimentos, em baixa e alta disponibilidade de N e P, delineados em blocos ao acaso com duas repetições, em esquema fatorial simples (híbridos x níveis de N ou P). Os experimentos foram conduzidos em casa de vegetação (20o45'14"S; 42o52'53"W), na Universidade Federal de Viçosa, durante o mês de outubro de 2010. As plantas foram colhidas no estádio de seis folhas completamente expandidas (V6). Foram estimados a massa de parte aérea seca (MPS) e o comprimento de raiz lateral (CRLAT). Os dados obtidos foram submetidos a análises estatísticas via REML/BLUP (Máxima Verossimilhança Restrita/Melhor Preditor Linear Não Viesado) para a obtenção dos componentes de variância e as estimativas dos parâmetros genéticos e posteriormente submetido à análise via GGE Biplot. Foi possível concluir que a avaliação e seleção de genótipos de milho tropical deve ser realizada para cada nível de disponibilidade dentro de cada tipo de estresse nutricional e a utilização de médias fenotípicas apresenta maior confiabilidade em relação aos valores genotípicos nas análises da interação GxA via GGE Biplot. / The selection of genotypes for use efficiency (UE) is essential because it allows achieving satisfactory yields with lower costs and sustainably. Thus, many nutritional stress breeding programs make a selection of genotypes for two or more stress simultaneously. However it is necessary to understand the effect of the type and intensity of nutritional stress for the composition of the genotype by environment interaction (GE). In this context, a commonly used tool is modeling via GGE biplot (genotype main effect (G) plus genotype by environment interaction (GE)) combined with mixed models. However, is necessary understand how the prediction and correction of breeding values for fixed effects change the analysis of GE interaction via GGE Biplot. Given the above, the objective was to study the effect of the type and intensity of nutritional stress and the statistical treatment given to the data used to understand the genotype-environment interaction in tropical maize. For this, 41 hybrids were evaluated in two experiments in high and low availability of N and P, using complete blocks design with two replications in a two-way scheme (hybrids x N or P levels). The experiments were conducted in a greenhouse (20o45'14"S; 42o52'53"W; 650 m), at the Federal University of Viçosa, during the month of October 2010. Plants were harvested at the V6 stage. The measured characters were dry shoot mass (MPS) and the length of lateral root (CRLAT). The data was subjected to statistical analysis via REML/BLUP (Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Predictor) for obtaining the variance components and estimation of genetic parameter and after subjected to analysis via GGE Biplot. Thus, we conclude that evaluation and selection of tropical maize genotypes should be performed for each level of availability within each type of nutritional stress and the use of phenotypic means has better reliability compared to the genotypic values in the analysis of GE interaction via GGE Biplot.
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Estudo farmacogenético do metabolismo do tamoxifeno : avaliação genotípica e fenotípica da CYP2D6

Antunes, Marina Venzon January 2012 (has links)
Introdução: As variações da CYP2D6 estão associadas com o desfecho clínico das pacientes na terapia adjuvante do câncer de mama com tamoxifeno (TAM). Esta associação deve-se principalmente a hidroxilação do N-desmetiltamoxifeno (NDT) pela CYP2D6 a endoxifeno (EDF) que, por sua alta potência antiestrogênica, é o principal responsável pela eficácia terapêutica. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre o genótipo e o fenótipo da CYP2D6 com os níveis de EDF e a razão metabólica [NDT]/[EDF] em uma população do Sul do Brasil. Métodos: Foram obtidas amostras de plasma em vale de 97 pacientes em terapia com o tamoxifeno. A genotipagem da CYP2D6 foi realizada com ensaio Luminex, com determinação de escores de atividade genotípica (EAG). As concentrações do TAM e seus metabólitos foram determinados por CLAE-DAD e classificadas em metabolizadores lentos (ML), intermediários (MI), rápidos com atividade diminuída (MR-D), rápidos com atividade rápida (MR-R) e ultra-rápidos (UR). A fenotipagem foi realizada através da determinação do dextrometorfano (DMT) e do dextrorfano (DTF) por CLAE-FL nas amostras de plasma coletadas três horas após administração oral de 33 mg de DMT. A atividade da CYP2D6 foi avaliada pela razão metabólica [DMT]/[DTF]. Resultados: A genotipagem da CYP2D6 mostrou prevalência de 4,1% de ML, 4,1% de MI, 49,5% de MR-D, 39,2% de MR-R e 3,1% de UR. O genótipo (EAG) foi significativamente correlacionado com o fenótipo ([DMT]/[DTF]), com uma associação moderada (rs= -0,463; p<0,001). As medianas das concentrações plasmáticas do TAM e seus metabólitos (ng mL-1) foram: TAM 57,17; HTF 1,01; EDF 6,21; NDT 125,50. Os níveis de EDF foram inferiores nos ML em comparação aos MR (p<0,05). O fenótipo apresentou maior associação, porém ainda moderada, com os níveis de EDF e [NDT]/[EDF] em comparação ao genótipo (r= -0,507 r=0,625, p<0,001 versus r= 0,356 r=0,516; p<0,01). Ao fenótipo da CYP2D6 foram atribuídas 26% da variabilidade dos níveis de EDF e 38 % das razões metabólicas [NDT]/[EDF], enquanto que ao genótipo foram atribuídas 12% e 27 %, respectivamente. Conclusão: A genotipagem e/ou fenotipagem da CYP2D6 não foram capazes de predizer completamente as concentrações de EDF. Desta forma, sugerimos que estudos futuros utilizem o monitoramento dos níveis de EDF durante a terapia com TAM, com o objetivo de avaliar a sua efetividade. / Background: An association between CYP2D6 variation and clinical outcomes among women with breast cancer treated with tamoxifen (TAM) has been demonstrated, such that the presence of 2 functional CYP2D6 alleles was associated with better clinical outcomes. This association is mainly due the CYP2D6 mediated hydroxylation of N-desmethyltamoxifen (NDT) to yield endoxifen (EDF), which because of its high antiestrogenic potency, is the main responsible for the therapeutic efficacy of TAM. The aim of this study was to evaluate the relation of CYP2D6 genotyping and phenotyping with EDF levels and [NDT]/[EDF] metabolic ratio in breast cancer patients from South of Brazil under TAM therapy. Methods: Trough blood samples were collected from 97 patients. CYP2D6 genotyping was performed with a Luminex assay and calculation of Genotypic activity scores (GAS). Tamoxifen and metabolites EDF, NDT and 4-hidroxy-tamoxifen (HTF) were measured in plasma by HPLC-PDA. CYP2D6 phenotyping was performed by determination of dextromethorphan (DMT) and dextrorphan (DTF) by HPLC-FL at plasma collected three hours after oral administration of 33 mg of DMF. Phenotypes were given according to [DMT]/[DTF] metabolic ratio. Results: CYP2D6 genotyping indicated a prevalence of 4.1% PM, 4.1% IM, 49.5% EM-S, 39.2% EM-F and 3.1% UM. Genotype (GAS), was significantly correlated with phenotype ([DMT]/[DTF]), with a moderate association (rs= -0.463; p<0.001). Median plasma concentrations (ng mL-1) (N=97) were: TAM 57.17; HTF 1.01; EDF 6.21; NDT 125.50. EDF levels were lower in PM than in EM (p<0.05). Phenotype showed stronger, but still moderate, association with EDF and [NDT]/[EDF] than genotype (r= -0.507 r=0.625, p<0.001 versus r= 0,356 r=0.516, p<0.01). Phenotype accounted for 26% of the variability in EDF levels and 38 % of [NDT]/[EDF], while genotype for 12% and 27 %, respectively. Conclusion: CYP2D6 genotyping and/or phenotyping could not fully predict EDF concentrations. Monitoring EDF itself could be considered in further studies during TAM therapy in order to evaluate its efficacy
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A resistência aos anti-retrovirais e a diversidade genética do HIV-1 no Brasil / Antiretrovirais resistance and HIV-1 genotypic diversity in Brazil

Munerato, Patricia [UNIFESP] 30 January 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:50Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10912.pdf: 489538 bytes, checksum: a31cdbf32d17c5739e275f6c404f998e (MD5) / Item withdrawn by Andrea Hayashi (deachan@gmail.com) on 2016-01-22T14:04:18Z Item was in collections: Em verificação - Dissertações e teses (ID: 50) No. of bitstreams: 2 Publico-10912.pdf: 489538 bytes, checksum: a31cdbf32d17c5739e275f6c404f998e (MD5) Publico-10912.pdf.txt: 99064 bytes, checksum: 19968453e528a64deb0c57251df53017 (MD5) / Item reinstated by Andrea Hayashi (deachan@gmail.com) on 2016-01-22T14:06:22Z Item was in collections: Em verificação - Dissertações e teses (ID: 50) No. of bitstreams: 2 Publico-10912.pdf: 489538 bytes, checksum: a31cdbf32d17c5739e275f6c404f998e (MD5) Publico-10912.pdf.txt: 99064 bytes, checksum: 19968453e528a64deb0c57251df53017 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Genótipo Duffy e gravidade das manifestações clínicas na anemia falciforme / Duffy Genotype and Clinical Manifestations Severity in Sickle Cell Anemia

Mecabô, Grazielle [UNIFESP] 23 March 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:04Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12570a.pdf: 1333156 bytes, checksum: 0105b88c65b75a1a3b0f95c3582d66c7 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:04Z : No. of bitstreams: 2 Publico-12570a.pdf: 1333156 bytes, checksum: 0105b88c65b75a1a3b0f95c3582d66c7 (MD5) Publico-12570b.pdf: 1645063 bytes, checksum: 576f56dea0cc9713a43927cf346dd90f (MD5) / INTRODUCAO: Anemia falciforme (AF) apresenta grande variabilidade clinica e estudos previos sugerem que polimorfismos geneticos podem atuar como preditores de complicacoes. O antigeno Duffy parece ter importante papel na retirada de quimiocinas inflamatorias da circulacao, sugerindo que individuos Duffy-Negativo apresentariam menor clearance de citocinas e maior lesao endotelial. OBJETIVOS: Em um grupo de individuos com diagnostico de AF, tivemos por objetivos: determinar a frequencia dos fenotipos do sistema Duffy, determinar a frequencia alelica do gene DUFFY, correlacionar os achados fenotipicos com os genotipicos, determinar a importancia dos fenotipos Duffy em alteracoes clinico-laboratoriais selecionadas. CASUISTICA: 90 pacientes com AF em acompanhamento regular no ambulatorio de hemoglobinopatias da Disciplina de Hematologia e Hemoterapia da Universidade Federal de Sao Paulo (UNIFESP/EPM). METODOS: A fenotipagem eritrocitaria foi realizada pela tecnica de hemaglutinacao em gel. A pesquisa molecular do gene DUFFY foi feita com primers especificos atraves da tecnica de PCR seguida de digestao com enzimas especificas. Foram analisados o polimorfismo rs12075 (125 G>A) que identifica os alelos FY*A e FY*B; as mutacoes: rs2814778 (-33 T>C) que caracteriza o alelo FY*B-33; e rs34599082 (265 C>T) e rs13962 (298G>A) que identificam o alelo FY*Bfraco. Esses individuos foram estratificados, de acordo com os fenotipos, em Duffy-Positivo [Fy(a+b-), Fy(a+b+) e Fy (a-b+)] e Duffy-Negativo [Fy(a-b-)]. Atraves de revisao de prontuarios, foram avaliados: hemoglobina basal (Hb), hemoglobina fetal (HbF), hemoglobina S (HbS), reticulocitos e dosagem de desidrogenase latica (DHL), ulceras de membros inferiores (UMI), priapismo, episodios de sindrome toracica aguda (STA), osteonecrose (ON), elevacao da pressao da arteria pulmonar (PAP . 30mmHg), acidente vascular encefalico (AVE: historia e exames de imagem alterados) e indicacao de uso de hidroxiureia (HU). A analise estatistica foi realizada com os seguintes testes: Mann-Whitney e Fisher, com nivel descritivo de 5%. RESULTADOS: Dos 90 pacientes estudados, 40% eram do genero masculino, a mediana de idade foi de 30,04 } 10,15 anos. A analise fenotipica mostrou que 73,3% dos individuos eram Duffy-Positivo e 26,7% eram Duffy-Negativo. Observamos maior prevalencia do alelo FY*B (71%), sendo que o alelo FY*B-33 foi encontrado em 43% dos alelos FY*B analisados. Os pacientes Duffy-Negativo apresentaram média de Hb de 8,32g/dL, enquanto o grupo Duffy-Positivo mostrava 9,01g/dL (p=0,039). As análises de reticulócitos, HbS, HbF não mostraram significância. O DHL, por sua vez, apresentou média de 634,59U/L nos indivíduos Duffy-Negativo e, 506,42U/L (p=0,045). 63,6% dos indivíduos Duffy-Negativo e 31,5% do outro grupo apresentaram elevação de PAP (p=0,0118; Razão de Chances: 3,792; 95% Intervalo de Confiança: 1,350- 10,652). Não houve diferença significativa na frequência de priapismo, ON, STA e UMI entre os grupos. A manifestação de AVE foi observada apenas nos pacientes Duffy-Positivo (p=0,0049; Razão de Chances: 0,0625; 95% Intervalo de Confiança: 0,0035-1,089). A indicação de uso de HU foi maior nos indivíduos Duffy-Positivo (p=0,0528; Razão de Chances: 0,3524; 95% Intervalo de Confiança: 0,1278-0,9717). CONCLUSÃO: Diante os resultados apresentados, podemos inferir que a presença das mutações estudadas está fortemente associada à expressão do Sistema Duffy. Do ponto de vista dos dados clínico-laboratoriais associados ao Sistema Duffy, embora os indivíduos Duffy-Negativo apresentem maior frequência de PAP elevada, seu índice de utilização de HU é menor e, portanto, não conseguimos afirmar que apresentam pior evolução clínica. Com isso, mais estudos, de preferência multicêntricos, são necessários para esclarecer esta questão. / INTRODUCTION: Sickle cell anemia (SCA) presents with large clinical variability and previous studies suggest that genetic polymorphisms may act as complications predictors. The Duffy antigen appears to play an important role in the removal of inflammatory chemokines from the circulation, suggesting that Duffy-Negative individuals have lower clearance of cytokines and increased endothelial injury. OBJECTIVES: To determine the frequency of Duffy phenotype, determine the allelic frequency of gene DUFFY, correlate the phenotypic findings with the genotype and determine the importance of the Duffy phenotype in clinical and laboratory data from a group of SCA patients. PATIENTS: 90 AF patients regularly followed in the outpatient clinic of Hemoglobinophaties of the Department of Hematology, Federal University of Sao Paulo (UNIFESP / EPM). METHODS: Erytrocyte phenotyping of Duffy blood group was performed by hemagglutination in gel and molecular analysis of DUFFY gene was performed with specific PCR primers followed by digestion with restrition enzymes. We analyzed the rs12075 polymorphism (125 G> A) that identifies the alleles FY*A and FY*B; mutations: rs2814778 (-33 T>C) that characterizes the allele FY*B-33, and rs34599082 (265 C>T) and rs13962 (298G>A) that identify the alleles FY*Bweak. These individuals were stratified according to the phenotype, in Duffy-Positive [Fy (a+b-), Fy (a+b+) and Fy (a-b+)] and Duffy-Negative [Fy(ab-)]. Through medical records review, we evaluated baseline hemoglobin (Hb), fetal hemoglobin (HbF), S hemoglobin (HbS), reticulocytes count, serum lactate dehydrogenase (LDH), ulcers of the lower limbs (UMI), priapism, acute chest syndrome episodes (STA), osteonecrosis (ON), elevated pulmonary arterial pressure (PAP . 30 mmHg), stroke (history and neuroimaging) and indication of use of hydroxyurea (HU). Statistical analysis was performed with Mann-Whitney and Fisher tests, with a significance level of 5%. RESULTS: 40% of the patients were male, median age was 30.04 } 10.15 years. Phenotypic analysis revealed 73.3% Duffy-Positive and 26.7% Duffy-Negative individuals. The allele FY*B was found in 71% of the patients, and the FY*B-33 allele was found in 43% of the FY*B alleles. Duffy-Negative patients had a mean Hb of 8.32 g/dL, while Duffy-Positive the mean Hb was 9.01 g/dL (p = 0.039). There were no differences in the reticulocyte count, Hb, HbF withing the groups. However, the mean DHL was 634.59 U/L in Duffy-Negative individuals and 506.42 U/L in Duffy-Positive (p=0.045). 63.6% of Duffy-Negative individuals and 31.5% in Duffy-Positive showed elevated PAP (p = 0.0118, odds ratio: 3.792, 95% confidence interval: 1.350 to 10.652). There were no statistical differences in priapism, ON, STA and UMI frequencies of amoung groups. Stroke was observed only in Duffy-Positive patients (p=0.0049, odds ratio: 0.0625, 95% Confidence Interval: 0.0035 to 1.089). Indications of HU use was higher in Duffy-Positive subjects (p=0.0528, odds ratio: 0.3524, 95% Confidence Interval: 0.1278 to 0.9717). CONCLUSION: Given the results above, we can infer that the presence of the studied mutations is strongly associated with expression of the Duffy antigens. From clinical and laboratory data viewpoint, although Duffy-Negative individuals had a greater frequency of PAP, its rate of use of HU is smaller and therefore one can not say that they had a worse clinical outcome. Thus, further studies, preferably multicenter, are needed to clarify this issue. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Diversidade genética de clones de aceroleira e reação à Lasiodiplodia theobromae. / GENETIC DIVERSITY OF CLONES AND REACTION TO Aceroleira Lasiodiplodia theobromae.

Lima, Eveline Nogueira January 2012 (has links)
LIMA, E. N. Diversidade genética de clones de aceroleira e reação à Lasiodiplodia theobromae. 2012. 81 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-07-02T19:34:39Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-07-02T20:13:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-02T20:13:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) Previous issue date: 2012 / The knowledge about genetic variability and relationship among Indian cherry accessions is an important issue to maximize the use of genetic resources in a breeding program. The objectives of this study were to estimate the genetic diversity of 56 Indian cherry genotypes from the seed garden and clone collection of Embrapa Agroindústria Tropical using ISSR as molecular markers and to evaluate their reaction to infection by Lasiodiplodia theobromae. In order to evaluate genetic relationship among Indian cherry genotypes the genetic distance was calculated based on ISSR data. A distance matrix was obtained based on the Jaccard index of arithmetic complement which was used to construct a phylogram tree with all 56 acessions. The tree was constructed using the hierarchical method, the unweight pair-grouped (UPGMA) generated tree and the optimizing Tocher method. To identify resistant/susceptible genotypes to L. theobromae, it was developed a drill method of inoculation the fungus into the woody tissue of the plant stem. The work was carried out under greenhouse conditions with six genotypes. Disease occurrence was observed 15 days after inoculation by observing lesion presence and measuring lesion length. Data on the genetic diversity showed that three genotypes, numbered 36, 46 (Okinawa) and 47 (Barbados) were the most divergent among all 56 studied. Crossings between 36 (12/7/15) x 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) x 31 (68/1/14), 47 (Barbados) x 2 (8/4/8), 47 (Barbados) x 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) x 32 (68/1/15) and 46 (Okinawa) x 36 (12/7/15) may yield favorable genetic combinations allowing a transgressive genotype selection. In the search to identify potentially resistant genotypes, the accessions 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) and 36 (12/7/15) attained high level resistance. As a conclusion, it was possible to estimate genetic variability and resistant genotypes to L. theobromae in the Indian cherry population. These results may provide valuable information for the breeding program in the near future. / O conhecimento da variabilidade e da relação genética entre diferentes acessos de aceroleira é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos nos programas de melhoramento. Neste trabalho têm-se como objetivos avaliar a diversidade genética de 56 genótipos de aceroleira pertencentes ao Jardim de Sementes e ao Jardim Clonal da Embrapa Agroindústria Tropical por meio de marcadores moleculares ISSR, e avaliar a reação de genótipos de aceroleira à Lasiodiplodia theobromae. Para a avaliação da relação genética entre os genótipos de aceroleira foi calculada a distância genética entre estes tomando-se como base os dados obtidos por meio dos marcadores moleculares ISSR. Uma matriz de distância foi obtida com base no complemento aritmético do índice de Jaccard, a qual foi usada para a formação de um dendrograma onde os diferentes genótipos foram agrupados. Esse agrupamento foi realizado utilizando-se o método hierárquico, UPGMA e o método de otimização de Tocher. Na identificação de genótipos resistentes/suscetíveis à Lasiodiplodia theobromae, foi utilizado o método de inoculação (Furadeira). A avaliação foi realizada em casa de vegetação, contemplando a avaliação de seis genótipos diferentes. Aos 15 dias após a inoculação (DAI) foi procedida a avaliação externa dos sintomas e a medição do comprimento da lesão. Na avaliação da divergência genética através de marcadores moleculares observou-se que os genótipos 36 (12/7/15), 47 (Barbados) e 46 (Okinawa) foram os mais divergentes entre os 56 genótipos avaliados. Os cruzamentos entre os genótipos 36 (12/7/15) e 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) e 31 (68/1/14), 47 (Barbados) e 2 (8/4/8), 47 (Barbados) e 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) e 32 (68/1/15) e entre 46 (Okinawa) e 36 (12/7/15) podem resultar em combinações gênicas favoráveis permitindo a seleção de genótipos transgressivos. Buscando identificar clones resistentes os clones 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) e 36 (12/7/15) mostraram mais resistentes ao fungo em avaliação. Portanto, foi possível identificar variabilidade genética entre os 56 genótipos de aceroleira, assim como genótipos resistentes à Lasiodiplodia theobromae. Essas informações poderão ser utilizadas em futuros trabalhos de melhoramento genético da cultura da aceroleira.
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Potencial de genótipos de feijão-caupi para a produção de feijão verde no norte do estado do Ceará. / Potential of genotypes of cowpea for the production of beans in upstate Ceará

Almeida, Wener Santos de January 2013 (has links)
ALMEIDA, W. S. Potencial de genótipos de feijão-caupi para a produção de feijão verde no norte do estado do Ceará. 2013. 80 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2013. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-08-04T23:39:19Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_wsalmeida.pdf: 1044486 bytes, checksum: 250293a9bb9d6212ab823bf06cf0556d (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-08-06T20:46:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_wsalmeida.pdf: 1044486 bytes, checksum: 250293a9bb9d6212ab823bf06cf0556d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-06T20:46:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_wsalmeida.pdf: 1044486 bytes, checksum: 250293a9bb9d6212ab823bf06cf0556d (MD5) Previous issue date: 2013 / The objective of this study was to evaluate the yield potential of cowpea genotypes for the production of green beans, and select the most appropriate to recommend to farmers how to cultivate the state of Ceará. We evaluated 16 genotypes of cowpea at Pentecost and Low Acaraú municipalities of Ceará. The experimental design was a randomized block with four replications. The variables evaluated were: green pod length, green pod mass, bulk grain green pod, number of pod green beans, green beans 100 mass index, green beans, yield of green pods and grain yield green. Was performed to correct moisture from green pods, being performed by the method of soaking water from beans and green beans until constant weight. Analyses of variance were combined and used to determine the genetic variability among the genotypes. Mean values for each variable were grouped by Scott-Knott. Correlations were estimated using path analysis following the model proposed by Li, determining the direct and indirect effects of yield components. Regarding the correction of moisture pods and green beans after harvest, it was observed that the original data have higher representativeness of the dry mass and require increased experimental precision, and correction of moisture from the pods of green beans and environmental conditions evaluated not necessary. With respect to yield and its components, we observed differential response of genotypes for all traits, indicating the presence of genetic variability. The BRS Tumucumaque genotype had the highest average grain yield components and green primary production in comparison with other genotypes at Pentecost. As for the municipality of Low Acaraú genotypes MNC05-841B-49 and Paulistinha had the highest average grain yield components and green primary production in comparison with other genotypes. Observed differential response of genotypes in the environments, indicating the necessity of performing path analysis for each situation. A selection of more productive genotypes in Low Acaraú should be done through indirect selection for grain yield component of green pod, since it presents greater direct effect on productivity, high heritability and high genetic variability coefficient and CVg / CVe greater than unity. Have a selection of more productive genotypes at Pentecost must be performed by indirect selection component yield of green pods, because this has high positive correlation with grain yield green. / O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial produtivo de genótipos de feijão-caupi para a produção de feijão-verde, e selecionar o mais adequado para recomendar como cultivar aos produtores do estado do Ceará. Foram avaliados 16 genótipos de feijão-caupi em Pentecoste e Baixo Acaraú, municípios do estado do Ceará. O delineamento experimental adotado foi o de blocos casualizados com quatro repetições. As variáveis avaliadas foram: comprimento de vagem verde, massa de vagem verde, massa de grãos de vagem verde, número de grãos de vagem verde, massa de 100 grãos verdes, índice de grãos verdes, produtividade de vagens verdes e produtividade de grãos verdes. Realizou-se a correção de umidade das vagens verdes, sendo esta realizada pelo método da embebição de água das vagens e grãos verdes até atingir peso constante. As análises de variância univariada e conjunta foram utilizadas para a determinação da variabilidade genética entre os genótipos avaliados. Os valores médios de cada variável foram agrupados pelo teste de Scott-Knott. As correlações foram estimadas por meio da análise de trilha seguindo o modelo proposto por Li, determinando-se os efeitos diretos e indiretos dos componentes da produtividade. Em relação à correção de umidade das vagens e grãos verdes após a colheita, observou-se que os dados originais apresentam maiores representatividades da massa seca e pressupõem uma maior precisão experimental, sendo a correção de umidade das vagens e dos grãos verdes nas condições ambientais avaliadas desnecessária. Com relação à produtividade e seus componentes, observou-se resposta diferenciada dos genótipos para todos os caracteres avaliados, demonstrando presença de variabilidade genética. O genótipo BRS Tumucumaque apresentou as maiores médias de produtividade de grãos verdes e componentes primários da produção em relação aos demais genótipos em Pentecoste. Já para o município de Baixo Acaraú, os genótipos MNC05-841B-49 e Paulistinha apresentaram as maiores médias de produtividade de grãos verdes e componentes primários da produção em relação aos demais genótipos. Observou-se resposta diferenciada dos genótipos nos ambientes, indicando a necessidade da realização da análise de trilha para cada situação. A seleção de genótipos mais produtivos em Baixo Acaraú deve ser realizada por meio de seleção indireta pelo componente massa de grãos de vagem verde, pelo fato de apresentar maior efeito direto sobre a produtividade, alta herdabilidade e alto coeficiente de variabilidade genético e relação CVg/CVe maior que a unidade. Já a seleção de genótipos mais produtivos em Pentecoste deve ser realizada por meio de seleção indireta do componente produtividade de vagens verdes, pelo fato de apresentar correlação positiva alta com a produtividade de grãos verdes.

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