A produtividade e a qualidade tecnológica do trigo são influenciadas por fatores genéticos, ambientais e de manejo. A participação do ambiente na definição de caracteres componentes do rendimento e atributos qualitativos de farinha requer extensiva avaliação de genótipos em vários locais durante anos. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de anos (2007 a 2011) e regiões de cultivo (Abelardo Luz- SC, Cascavel-PR, Castro-PR, Guarapuava-PR, Não Me Toque- RS e Palotina-PR) sobre a qualidade industrial e produtividade de grãos em conjuntos de ensaios de trigo (Triticum aestivum L.), com vistas a recomendação de cultivares e identificação de regiões que maximizem a qualidade de panificação. Foram realizadas as análises de variância conjunta e calculadas as estatísticas de comparação de médias, associação entre caracteres e adaptabilidade e estabilidade dos genótipos às diferentes regiões de cultivo, utilizando analises gráficas GGE Biplot e análises AMMI. Os resultados indicam que todos os caracteres avaliados foram influenciados pelo genótipo (G), ambiente (E) interação GxE. Os caracteres determinantes da qualidade de panificação de trigo têm sua variação fenotípica controlada principalmente pelo efeito genético. As cultivares CD 150, CD 108 e IPR 85 apresentaram excelente comportamento quanto à qualidade de panificação. O ambiente de teste Não-Me-Toque é ideal para seleção de genótipos com foco no rendimento de grãos e massa do hectolitro. Ambientes ideais para a seleção de genótipos com foco na qualidade de panificação incluem, em ordem, Abelardo Luz, Cascavel e Guarapuava. / The productivity and technological quality of wheat is influenced by genetic, environmental and management factors. The environmental contribution in the definition of component traits of yield and quality attributes of flour requires extensive evaluation of genotypes in multiple locations for years. The objective of this study was to evaluate the effect of years (2007-2011) and growing regions (Abelardo Luz- SC , Cascavel - PR, Castro - PR, Guarapuava - PR , Não-Me-Toque - RS and Palotina - PR) on the quality industrial and grain yield in sets of trials of wheat ( Triticum aestivum L.), with a view to recommending cultivars and identification of regions that maximize the quality of baking. Analyses of joint variance and calculated statistical comparison of means , association between character and adaptability and stability of genotypes to different growing regions, using graphical GGE Biplot analysis and AMMI analysis were performed. The results indicate that all traits were influenced by genotype (G), environment (E) interaction GxE. The determinants of quality characters of wheat bread have their phenotypic variation mainly controlled by genetic effects. The CD 150, CD 108 and IPR 85 cultivars showed excellent behavior in relation to baking quality. The test environment Não-Me-Toque is ideal for selection of genotypes with a focus on yield and hectoliter mass. Ideal environments for the selection of genotypes with a focus on quality of bread making, in order, Abelardo Luz, Cascavel and Guarapuava.

Capes; CNPq; Fundação Araucária / As condições ambientais do cultivo do café, como clima, tipo de solo e altitude, associadas a práticas agrícolas, são responsáveis pela composição química final do grão. Além disso, o genótipo cultivado também influencia diretamente nas características essenciais da bebida, aumentando o seu valor agregado. Portanto, comprovações da origem geográfica e genotípica da genótipo do café devem ser realizadas utilizando métodos confiáveis. A espectroscopia no infravermelho próximo (NIRS), na região de 1100 a 2498 nm, foi utilizada na análise de genótipos de café arábica, cultivadas em diferentes cidades do estado do Paraná, Brasil. Como primeira aproximação, os métodos lineares, análise de componentes principais (ACP) e mínimos quadrados parciais com análise discriminante (PLS-DA), foram utilizados para a interpretação dos dados devido à complexidade e elevada quantidade de informação contida nos espectros. Os modelos PLS-DA obtidos para a classificação geográfica apresentaram uma sensibilidade média de 93,75% e uma especificidade de 100%. Já para a classificação dos genótipos a performance do PLS- DA foi de 93,75% para sensibilidade e 97,13% para a especificidade. Na tentativa de melhorar a performance e a confiabilidade de classificação foram desenvolvidos modelos de dois estágios. Tanto os scores da ACP como as variáveis latentes do PLS-DA foram alimentados em dois tipos diferentes de redes neurais artificiais, o perceptron de múltiplas camadas (MLP) e a rede de funções de base radial (RBF) que são modelos inerentemente não-lineares. Os respectivos parâmetros de arquitetura dessas redes foram otimizados através do método de busca direta simplex sequencial. Os modelos de dois estágios, linear com PLS-DA e não-linear com RBF, foram capazes de classificar geograficamente e genotipicamente com 100% de seletividade e especificidade todas as amostras de treinamento e de teste. As variáveis latentes do PLS-DA por serem determinadas levando-se em consideração a resposta desejada contêm mais informação que os scores da ACP. Já a rede RBF, por possuir um número menor de parâmetros livres e uma estrutura mais simples quando comparada à MLP, possui um treinamento mais rápido e convergente. Quando comparados com os resultados obtidos na espectroscopia de infravermelho médio (FTIR), os modelos obtidos usando os espectros NIRS apresentaram uma performance melhor e mais confiável. Estes resultados indicam que os espectros NIRS contêm informações importantes que aliadas a métodos adequados de reconhecimento de padrões resultam em uma classificação eficiente de amostras de café arábica verde por genótipo e local de cultivo. Além disso, uma análise dos loadings das variáveis latentes do PLS-DA permite associar quais bandas são características em cada classe. Essa informação pode ser correlacionada com a composição química das amostras fornecendo, assim, dados preliminares para avaliar o efeito da região de cultivo e do tipo de genótipo selecionado nas características químicas do grão de café verde. / The environmental conditions in coffee cultivation, such as climate, soil type and altitude, associated with agronomic practices, are responsible for influence the final chemical composition of the bean. They directly influence the essential features of the beverage, increasing its aggregate price. Proof of geographic and genotypic origin of the coffee genotypes must be done using reliable methods. Thus, the near infrared spectroscopy (NIRS), in the 1100 to 2498nm range, was used for analyze different coffee genotypes that were cultivated in different cities (Brazil - Paraná State). As first approach linear methods, principal components analysis (PCA) and partial least squares with discriminant analysis (PLS-DA), were used for data interpretation due to the high complexity and amount of information contained in the spectra. The obtained PLS-DA models had an average sensitivity of 93.75% and a specificity of 100% for the geographical classification. While for genopyte classification, the PLS-DA performance was 93.75% for sensitivity and 97.13% for specificity. In an attempt to improve the performance and reliability of the developed classifiers, both the PCA scores and the PLS-DA latent variables were fed into two artificial neural networks, the multilayer perceptron (MLP) and radial basis function network (RBF), that are nonlinear models. The architecture parameters of these networks were optimized using the sequential simplex method. The two-stage models, linear with PLS-DA and nonlinear with RBF, were able to classify geographically and genotypically with 100% of selectivity and specificity all the training and test samples. The latent variables of the PLS-DA are determined by taking into account the desired response, so it contains more information than the scores of the PCA. While the RBF network, by having fewer free parameters and a simpler architecture compared to the MLP, has a faster and covergente training. The spectra analysis in near-infrared region showed better results than mid-infrared spectra. These results indicate that NIRS spectra contain important information that, combined with appropriate methods of pattern recognition, allow the classification of green arabica coffee samples by genotype and growing region. Besides, the PLS-DA loadings analysis allows associating which NIRS bands are specific of each class. This information can be correlated with the samples chemical composition, providing preliminary data to evaluate the effect of growing region and genotype in the selected green coffee chemical composition.

A produtividade e a qualidade tecnológica do trigo são influenciadas por fatores genéticos, ambientais e de manejo. A participação do ambiente na definição de caracteres componentes do rendimento e atributos qualitativos de farinha requer extensiva avaliação de genótipos em vários locais durante anos. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de anos (2007 a 2011) e regiões de cultivo (Abelardo Luz- SC, Cascavel-PR, Castro-PR, Guarapuava-PR, Não Me Toque- RS e Palotina-PR) sobre a qualidade industrial e produtividade de grãos em conjuntos de ensaios de trigo (Triticum aestivum L.), com vistas a recomendação de cultivares e identificação de regiões que maximizem a qualidade de panificação. Foram realizadas as análises de variância conjunta e calculadas as estatísticas de comparação de médias, associação entre caracteres e adaptabilidade e estabilidade dos genótipos às diferentes regiões de cultivo, utilizando analises gráficas GGE Biplot e análises AMMI. Os resultados indicam que todos os caracteres avaliados foram influenciados pelo genótipo (G), ambiente (E) interação GxE. Os caracteres determinantes da qualidade de panificação de trigo têm sua variação fenotípica controlada principalmente pelo efeito genético. As cultivares CD 150, CD 108 e IPR 85 apresentaram excelente comportamento quanto à qualidade de panificação. O ambiente de teste Não-Me-Toque é ideal para seleção de genótipos com foco no rendimento de grãos e massa do hectolitro. Ambientes ideais para a seleção de genótipos com foco na qualidade de panificação incluem, em ordem, Abelardo Luz, Cascavel e Guarapuava. / The productivity and technological quality of wheat is influenced by genetic, environmental and management factors. The environmental contribution in the definition of component traits of yield and quality attributes of flour requires extensive evaluation of genotypes in multiple locations for years. The objective of this study was to evaluate the effect of years (2007-2011) and growing regions (Abelardo Luz- SC , Cascavel - PR, Castro - PR, Guarapuava - PR , Não-Me-Toque - RS and Palotina - PR) on the quality industrial and grain yield in sets of trials of wheat ( Triticum aestivum L.), with a view to recommending cultivars and identification of regions that maximize the quality of baking. Analyses of joint variance and calculated statistical comparison of means , association between character and adaptability and stability of genotypes to different growing regions, using graphical GGE Biplot analysis and AMMI analysis were performed. The results indicate that all traits were influenced by genotype (G), environment (E) interaction GxE. The determinants of quality characters of wheat bread have their phenotypic variation mainly controlled by genetic effects. The CD 150, CD 108 and IPR 85 cultivars showed excellent behavior in relation to baking quality. The test environment Não-Me-Toque is ideal for selection of genotypes with a focus on yield and hectoliter mass. Ideal environments for the selection of genotypes with a focus on quality of bread making, in order, Abelardo Luz, Cascavel and Guarapuava.

Capes; CNPq; Fundação Araucária / As condições ambientais do cultivo do café, como clima, tipo de solo e altitude, associadas a práticas agrícolas, são responsáveis pela composição química final do grão. Além disso, o genótipo cultivado também influencia diretamente nas características essenciais da bebida, aumentando o seu valor agregado. Portanto, comprovações da origem geográfica e genotípica da genótipo do café devem ser realizadas utilizando métodos confiáveis. A espectroscopia no infravermelho próximo (NIRS), na região de 1100 a 2498 nm, foi utilizada na análise de genótipos de café arábica, cultivadas em diferentes cidades do estado do Paraná, Brasil. Como primeira aproximação, os métodos lineares, análise de componentes principais (ACP) e mínimos quadrados parciais com análise discriminante (PLS-DA), foram utilizados para a interpretação dos dados devido à complexidade e elevada quantidade de informação contida nos espectros. Os modelos PLS-DA obtidos para a classificação geográfica apresentaram uma sensibilidade média de 93,75% e uma especificidade de 100%. Já para a classificação dos genótipos a performance do PLS- DA foi de 93,75% para sensibilidade e 97,13% para a especificidade. Na tentativa de melhorar a performance e a confiabilidade de classificação foram desenvolvidos modelos de dois estágios. Tanto os scores da ACP como as variáveis latentes do PLS-DA foram alimentados em dois tipos diferentes de redes neurais artificiais, o perceptron de múltiplas camadas (MLP) e a rede de funções de base radial (RBF) que são modelos inerentemente não-lineares. Os respectivos parâmetros de arquitetura dessas redes foram otimizados através do método de busca direta simplex sequencial. Os modelos de dois estágios, linear com PLS-DA e não-linear com RBF, foram capazes de classificar geograficamente e genotipicamente com 100% de seletividade e especificidade todas as amostras de treinamento e de teste. As variáveis latentes do PLS-DA por serem determinadas levando-se em consideração a resposta desejada contêm mais informação que os scores da ACP. Já a rede RBF, por possuir um número menor de parâmetros livres e uma estrutura mais simples quando comparada à MLP, possui um treinamento mais rápido e convergente. Quando comparados com os resultados obtidos na espectroscopia de infravermelho médio (FTIR), os modelos obtidos usando os espectros NIRS apresentaram uma performance melhor e mais confiável. Estes resultados indicam que os espectros NIRS contêm informações importantes que aliadas a métodos adequados de reconhecimento de padrões resultam em uma classificação eficiente de amostras de café arábica verde por genótipo e local de cultivo. Além disso, uma análise dos loadings das variáveis latentes do PLS-DA permite associar quais bandas são características em cada classe. Essa informação pode ser correlacionada com a composição química das amostras fornecendo, assim, dados preliminares para avaliar o efeito da região de cultivo e do tipo de genótipo selecionado nas características químicas do grão de café verde. / The environmental conditions in coffee cultivation, such as climate, soil type and altitude, associated with agronomic practices, are responsible for influence the final chemical composition of the bean. They directly influence the essential features of the beverage, increasing its aggregate price. Proof of geographic and genotypic origin of the coffee genotypes must be done using reliable methods. Thus, the near infrared spectroscopy (NIRS), in the 1100 to 2498nm range, was used for analyze different coffee genotypes that were cultivated in different cities (Brazil - Paraná State). As first approach linear methods, principal components analysis (PCA) and partial least squares with discriminant analysis (PLS-DA), were used for data interpretation due to the high complexity and amount of information contained in the spectra. The obtained PLS-DA models had an average sensitivity of 93.75% and a specificity of 100% for the geographical classification. While for genopyte classification, the PLS-DA performance was 93.75% for sensitivity and 97.13% for specificity. In an attempt to improve the performance and reliability of the developed classifiers, both the PCA scores and the PLS-DA latent variables were fed into two artificial neural networks, the multilayer perceptron (MLP) and radial basis function network (RBF), that are nonlinear models. The architecture parameters of these networks were optimized using the sequential simplex method. The two-stage models, linear with PLS-DA and nonlinear with RBF, were able to classify geographically and genotypically with 100% of selectivity and specificity all the training and test samples. The latent variables of the PLS-DA are determined by taking into account the desired response, so it contains more information than the scores of the PCA. While the RBF network, by having fewer free parameters and a simpler architecture compared to the MLP, has a faster and covergente training. The spectra analysis in near-infrared region showed better results than mid-infrared spectra. These results indicate that NIRS spectra contain important information that, combined with appropriate methods of pattern recognition, allow the classification of green arabica coffee samples by genotype and growing region. Besides, the PLS-DA loadings analysis allows associating which NIRS bands are specific of each class. This information can be correlated with the samples chemical composition, providing preliminary data to evaluate the effect of growing region and genotype in the selected green coffee chemical composition.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterococcus faecalis (E. faecalis), conhecidamente patógeno oportunista, tem sido frequentemente associado a infecções sistêmicas graves. É também encontrado na cavidade oral, com destaque em infecção endodôntica refratária. O objetivo deste estudo foi avaliar características moleculares de E. faecalis isolados de infecção endodôntica primária no Brasil e comparar com isolados orais e não orais de pacientes do Reino Unido e do Japão, assim como E. faecalis resistentes à vancomicina. O presente estudo também investigou o relacionamento entre E. faecalis de diferentes origens (oral e não oral) e de diferentes áreas geográficas para obter uma melhor compreensão do envolvimento dos diferentes reservatórios no surgimento e propagação de clones virulentos, aqueles que possuem genes que conferem infectividade e virulência, assim como resistência aos antibióticos. Para tal, foram estudados E. faecalis isolados em infecções endodônticas no Brasil (n = 20) e orais no Reino Unido (n = 10), e em infecções não orais no Japão (n = 9). Além disso, 20 E. faecalis isolados ambientais do Hospital Universitário de Gales (Cardiff, Reino Unido), classificados como Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) também foram examinados. A Concentração Inibitória Mínima (CIM) dos isolados do Brasil foi obtida pelo método de diluição em agar de acordo com as recomendações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reação em cadeia da polimerase (inglês - PCR) foi a técnica empregada para detectar os genes de virulência e aqueles associados à resistência aos antibióticos, enquanto Reação de Amplificação Aleatória de DNA Polimórfico (inglês - RAPD-PCR) foi escolhida para a tipagem molecular. Dentre os genes de virulência examinados, o gene que codifica a gelatinase gelE foi o mais prevalente entre os isolados (77-100%). Entre isolados orais, foram detectados os genes agg de substâncias de agregação, esp de proteína de evasão imune, cylB de citolisina, genes de resistência à tetraciclina tetM e tetL e à eritromicina ermB com diferentes prevalências. Os isolados clínicos hospitalares do Japão apresentaram perfil genético similar aos isolados orais, mas com maior prevalência de ermB e cylB. Todas as amostras de VRE foram positivas para os genes gelE, esp, agg, vanA, ermB e tetM, 95% foram positivos para cylB e 17% positivo para tetL. Todas as amostras foram negativas para ermA, asa373, vanB, vanC1 e vanC2/3. RAPD-PCR revelou agrupamento de VRE em comparação com outros isolados. Neste estudo, os isolados de E. faecalis de infecções orais apresentaram genes de resistência à tetraciclina, um antimicrobiano frequentemente usado no tratamento local de infecções dentárias, abrindo um debate muito importante sobre o papel e a eficácia desta droga para infecções orais. Claramente, são necessários mais estudos nesta área principalmente em relação à expressão de fatores de virulência entre isolados endodônticos para melhor nortear as estratégias de tratamento. As pressões externas no microambiente dos canais radiculares podem ser responsáveis pela seleção de espécies mais resistentes e virulentas. Por fim, embora isolados orais apresentem genes de virulência fundamentais para a patogenicidade, estes foram detectados em menor incidência em comparação com os isolados não-orais e VRE. / Enterococcus faecalis is an opportunistic pathogen known to cause serious systemic infection. It is also encountered in the oral cavity and has been implicated in persistent root canal infection. The aim of this study was to evaluate a range of molecular characteristics of E. faecalis isolated from primary endondontic infections in Brazil and compare to isolates from oral and non-oral infections in patients from UK and Japan, as well as isolates of vancomycin resistant E. faecalis, VRE, from a hospital environment. The present study was undertaken to explore the relatedness of E. faecalis from different origins, oral and non oral, and from different geographic areas to gain a better understanding of the involvement of the different reservoirs in the emergence and spread of virulent clones, those that acquired a number of genes conferring infectivity and virulence and in addition antibiotic resistance. To do this, E. faecalis from oral infections in Brazilian (n=20) and UK patients (n=10), and non-oral infection in japanese patients (n=9) were studied. In addition, 20 environmental VRE isolates from the University Hospital of Wales (Cardiff, UK) were also examined. For braziliam isolates, antimicrobial susceptibility was ascertained by agar dilution, using the recommendations of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). For all isolates, PCR with validated primers was used to detect genes associated with antibiotic resistance and virulence, whilst RAPD-PCR was used to fingerprint isolates. Of the virulence genes examined, gelatinase gene gelE was most prevalent amongst isolates (77-100%). In the case of oral isolates, the genes of aggregation substances agg, immune evasion protein esp, cytolysin cylB, tetracycline resistance tetM and tetL and erythromycin resistance ermB were detected with varying prevalence. Japanese hospital isolates had a similar genetic profile to oral isolates but with higher prevalence of ermB and cylB. All VRE strains were positive for gelE, esp, agg, vanA, ermB and tetM, 95% were positive for cylB and 17% positive for tetL. All isolates were negative for ermA, asa373 vanB, vanC1 and vanC2/3. RAPD-PCR revealed clustering of VRE compared with other isolates. In this study, isolates of E. faecalis from oral infections showed antibiotic resistance genes for tetracycline, an agent used in the local treatment of dental infection. This opens up a much-needed debate on the role and efficacy of this antibiotic for oral infections. Clearly, more research in this area is required particularly in relation to the possession and expression of virulence factors in the root canal environment, to better inform our management strategies. Environmental pressures in root canals may be responsible for the selection of more resistant species and the possession of virulence determinants. This knowledge is important in guiding procedures for controlling the increasing problem of antibiotic resistance amongst clinically relevant bacteria. Furthermore, whilst oral isolates had genes that could contribute to pathogenicity, these were detected at lower incidence compared with non-oral and VRE isolates.

O vírus da cinomose canina (CDV) é classificado no gênero Morbillivirus da família Paramyxoviridae e é o agente etiológico de uma das mais importantes doenças virais de canídeos domésticos. A cinomose ocorre em todo o mundo e produz alta mortalidade em populações imunologicamente naïve. Apesar de encontrar-se bem controlada pela vacinação, casos de cinomose ocorrem esporadicamente tanto em cães vacinados quanto em não vacinados. Uma das causas suspeitas desta falha vacinal é a grande variabilidade genética entre cepas de CDV. O objetivo deste trabalho foi detectar e analisar a variabilidade genética do CDV circulante no País. Foram coletados 386 suabes retais de cães em diversas regiões do Brasil, dos quais se detectaram 155 positivos através de uma RT-nested-PCR de um fragmento do gene do nucleocapsídeo. Destes, 23 foram selecionados para amplificação parcial do gene da hemaglutinina, sequenciamento e análise filogenética. A grande maioria das sequências obtidas agrupou no genótipo América do Sul-I, que inclui isolados da Argentina e do Uruguai, com exceção de uma amostra similar à cepa vacinal Rockborn. A análise filogenética sugere a presença de pelo menos sete subgenótipos do genótipo América do Sul-I circulando neste continente. O grupo América do Sul-II é formado somente por isolados da Argentina. Além disso, propõe-se que este grupo e os clados Rockborn-like e Europa Selvagem sejam denominados subgenótipos dentro de um genótipo único. / Canine distemper virus (CDV) is classified in the genus Morbillivirus within the family Paramyxoviridae and is the etiologic agent of one of the most important viral diseases of domestic Canidea. It occurs worldwide and produces high mortality in immunologically naïve populations. Despite being well controlled by vaccination, cases of canine distemper occur sporadically in vaccinated and unvaccinated dogs. One of the suspected causes of this vaccine failure is the great genetic variability between strains of CDV. The objective of this study was to detect and analyze the genetic variability of CDV circulating in our country. Rectal swabs were collected from 386 dogs in various regions of Brazil, of which 155 were found positive by a nested RT-PCR of a fragment of the nucleocapsid gene. Of these, 23 were selected for partial amplification of the hemagglutinin gene, sequencing and phylogenetic analysis. The vast majority of sequences obtained grouped in genotype South America-I, which includes isolates from Argentina and Uruguay, with the exception of a sample similar to the vaccine strain Rockborn. Phylogenetic analysis suggests the presence of at least seven subgenotypes belonging to South America-I genotype, circulating in this continent. The group South America-II consists only of isolates from Argentina. Furthermore, it is proposed that this group and clades Rockborn-like and Europe Wildlife are denominated subgenotypes within a single genotype.

Amebas de vida livre (AVL) são distribuídas mundialmente no solo e na água. Um número pequeno delas é considerado importante para a saúde dos seres humanos: Acanthamoeba spp., Naegleria fowleri, Balamuthia mandrillaris e Sappinia diploidea. Algumas das infecções são oportunistas, ocorrendo em indivíduos imunocomprometidos, enquanto outras são não oportunistas. Amostras de água foram coletadas de banheira de hidromassagens e piscinas térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil, com o objetivo de determinar a presença de Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. De 72 amostras analisadas, 20 (27,77%) foram positivas para amebas de vida livre, e identificadas morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 11 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 9 com o grupo III. Entre os isolados, 11(55%) foram considerados potencialmente patogênicos a partir de testes de osmotolerância e termotolerância. Somente 9 isolados quando submetidos à Reação da PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba. A análise do sequenciamento através da comparação das sequências dispostas no GenBank, demonstrou a distribuição nos grupos genotípicos T3 (11,1%), T5 (11,1%), T4 (33,3%) e T15 (44,4%).Os resultados obtidos com este confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana nos ambientes de banheiras de hidromassagem e piscinas térmicas. / Free-living amoebae (FLA) are widely distributed in soil and water. A few number of them are implicated in human disease: Acanthamoeba spp., Naegleria fowleri, Balamuthia mandrillaris and Sappinia diploidea. Some of the infections were opportunistic, occurring mainly in immunocompromised hosts, while others are non opportunistic. Water samples were collecyed from both hot tubs and thermal swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil, to determine the presence of Acanthamoeba in the water as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Eschererichia coli. The identification of the isolates was based on the cysts morphology and PCR amplification using genus-specific oligonucleotides. From 72 samples analyzed, 20 (27,77%) were positive for free-living amoebae, and the isolates were morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 11 presented morphological characteristics compatible with group II, and 9 with group III. Among the isolates, 11 (55%) were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature assays. The isolates when submitted to PCR reaction only 9 were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba. The sequences analysis when compare to the sequences in the GenBank, showed that genotype distribution in group T3 (11,1%), T5 (11,1%), T4 (33,3%) and T15 (44,4%). The results of this study confirmed the presence of potentially pathogenic isolates of free living amoebae in hot swimming pool and spas which can present risks to human health.

As dermatofitoses apresentam alta prevalência na população em geral, sendo Trichophyton interdigitale (Trichophyton mentagrophytes) a segunda espécie mais frequentemente relatada como causadora de infecção em humanos. O objetivo do trabalho foi determinar a identidade genética, o perfil enzimático e de assimilação de açúcares e a suscetibilidade a antifúngicos de isolados clínicos do gênero Trichopyton. Os isolados foram avaliados por de ensaios enzimáticos, assimilação de fontes de carbono e da atividade antifúngica in vitro. A caracterização genotípica foi realizada através da amplificação e do sequenciamento da região do gene que codifica a região interna do gene DNA ribossomal dos isolados testados. No estudo, todos os isolados secretaram DNase, mas nenhum deles foi capaz de secretar fosfolipase e proteinase. Por outro lado, urease e lipase foram produzidas pela maioria dos isolados testados. Entre os antifúngicos avaliados, a terbinafina e o itraconazol demonstraram melhores resultados de sensibilidade, enquanto o fluconazol apresentou baixa atividade para as amostras. A anfotericina B, apesar de menos eficaz que a terbinafina e o itraconazol, também demonstrou resultados satisfatórios. A combinação entre os antifúngicos tioconazol e terbinafina demonstrou ter atividade antagônica em todos os isolados. Todos os dermatófitos testados assimilaram inulina, sorbitol, manose, glicose e trealose. Os demais carboidratos tiveram assimilação variável entre os isolados. Genotipicamente, todos os isolados do estudo foram identificados como pertencentes à espécie T. interdigitale. Os ensaios enzimáticos e de assimilação de carboidratos apresentaram resultados variáveis entre os isolados testados, inferindo variação intraespecífica entre as amostras de T. interdigitale. O perfil de sensibilidade aos antimicóticos testados seguiu o padrão de resultados observado em estudos anteriores. A identificação genotípica através da amplificação e do sequenciamento da região ITS permitiu garantir a identidade entre os isolados testados. / The prevalence of dermatophytosis among population is high, and Trichophyton interdigitale (Trichophyton mentagrophytes) is the second most frequently reported species to cause infection in humans. This study objective was to evaluate the genetic identity, the enzymatic profile and the assimilation of carbon sources, as well as the antifungal susceptibility of clinical isolates of Trichophyton sp. The isolates were analyzed phenotypically by enzymatic assays, assimilation of carbon sources and antifungal activity in vitro. The genotypic characterization was performed by amplification and sequencing the gene region encoding the internal region of the DNA ribosomal gene of the isolates tested. In our study, all isolates secreted DNase, while none of them was capable of secreting phospholipase, keratinase and proteinase. On the other hand, lipase and urease were secreted by most of the isolates. Of the antifungal agents tested, the best results in terms of sensitivity were found with terbinafine and itraconazole, while the antifungal activity of fluconazole was found to be weak. Amphotericin B, although less effective than terbinafine and itraconazole, also yielded satisfactory results. Evaluation of the drug combination of tioconazole and terbinafine revealed an antagonistic effect for all tested isolates. All isolates assimilated inulin, sorbitol, glucose, trehalose and mannose. Arabinose, dulcitol, galactose and xylose were assimilated by some of the isolates, whereas the most isolates assimilated cellobiose, dulcitol, erytritol and mannitol. Genotypically, all isolates in the study were identified as belonging to Trichophyton interdigitale species. In general, enzyme assays and assimilation of carbohydrates showed variable results among the isolates tested, inferring intraspecific variation between Trichophyton interdigitale samples. The sensitivity profile of the antifungal agents tested in this study was similar to results obtained in previous studies. The genotypic identification, by amplification and sequencing of the ITS region, has ensured the identity of the isolates tested.

Introdução: As variações da CYP2D6 estão associadas com o desfecho clínico das pacientes na terapia adjuvante do câncer de mama com tamoxifeno (TAM). Esta associação deve-se principalmente a hidroxilação do N-desmetiltamoxifeno (NDT) pela CYP2D6 a endoxifeno (EDF) que, por sua alta potência antiestrogênica, é o principal responsável pela eficácia terapêutica. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre o genótipo e o fenótipo da CYP2D6 com os níveis de EDF e a razão metabólica [NDT]/[EDF] em uma população do Sul do Brasil. Métodos: Foram obtidas amostras de plasma em vale de 97 pacientes em terapia com o tamoxifeno. A genotipagem da CYP2D6 foi realizada com ensaio Luminex, com determinação de escores de atividade genotípica (EAG). As concentrações do TAM e seus metabólitos foram determinados por CLAE-DAD e classificadas em metabolizadores lentos (ML), intermediários (MI), rápidos com atividade diminuída (MR-D), rápidos com atividade rápida (MR-R) e ultra-rápidos (UR). A fenotipagem foi realizada através da determinação do dextrometorfano (DMT) e do dextrorfano (DTF) por CLAE-FL nas amostras de plasma coletadas três horas após administração oral de 33 mg de DMT. A atividade da CYP2D6 foi avaliada pela razão metabólica [DMT]/[DTF]. Resultados: A genotipagem da CYP2D6 mostrou prevalência de 4,1% de ML, 4,1% de MI, 49,5% de MR-D, 39,2% de MR-R e 3,1% de UR. O genótipo (EAG) foi significativamente correlacionado com o fenótipo ([DMT]/[DTF]), com uma associação moderada (rs= -0,463; p<0,001). As medianas das concentrações plasmáticas do TAM e seus metabólitos (ng mL-1) foram: TAM 57,17; HTF 1,01; EDF 6,21; NDT 125,50. Os níveis de EDF foram inferiores nos ML em comparação aos MR (p<0,05). O fenótipo apresentou maior associação, porém ainda moderada, com os níveis de EDF e [NDT]/[EDF] em comparação ao genótipo (r= -0,507 r=0,625, p<0,001 versus r= 0,356 r=0,516; p<0,01). Ao fenótipo da CYP2D6 foram atribuídas 26% da variabilidade dos níveis de EDF e 38 % das razões metabólicas [NDT]/[EDF], enquanto que ao genótipo foram atribuídas 12% e 27 %, respectivamente. Conclusão: A genotipagem e/ou fenotipagem da CYP2D6 não foram capazes de predizer completamente as concentrações de EDF. Desta forma, sugerimos que estudos futuros utilizem o monitoramento dos níveis de EDF durante a terapia com TAM, com o objetivo de avaliar a sua efetividade. / Background: An association between CYP2D6 variation and clinical outcomes among women with breast cancer treated with tamoxifen (TAM) has been demonstrated, such that the presence of 2 functional CYP2D6 alleles was associated with better clinical outcomes. This association is mainly due the CYP2D6 mediated hydroxylation of N-desmethyltamoxifen (NDT) to yield endoxifen (EDF), which because of its high antiestrogenic potency, is the main responsible for the therapeutic efficacy of TAM. The aim of this study was to evaluate the relation of CYP2D6 genotyping and phenotyping with EDF levels and [NDT]/[EDF] metabolic ratio in breast cancer patients from South of Brazil under TAM therapy. Methods: Trough blood samples were collected from 97 patients. CYP2D6 genotyping was performed with a Luminex assay and calculation of Genotypic activity scores (GAS). Tamoxifen and metabolites EDF, NDT and 4-hidroxy-tamoxifen (HTF) were measured in plasma by HPLC-PDA. CYP2D6 phenotyping was performed by determination of dextromethorphan (DMT) and dextrorphan (DTF) by HPLC-FL at plasma collected three hours after oral administration of 33 mg of DMF. Phenotypes were given according to [DMT]/[DTF] metabolic ratio. Results: CYP2D6 genotyping indicated a prevalence of 4.1% PM, 4.1% IM, 49.5% EM-S, 39.2% EM-F and 3.1% UM. Genotype (GAS), was significantly correlated with phenotype ([DMT]/[DTF]), with a moderate association (rs= -0.463; p<0.001). Median plasma concentrations (ng mL-1) (N=97) were: TAM 57.17; HTF 1.01; EDF 6.21; NDT 125.50. EDF levels were lower in PM than in EM (p<0.05). Phenotype showed stronger, but still moderate, association with EDF and [NDT]/[EDF] than genotype (r= -0.507 r=0.625, p<0.001 versus r= 0,356 r=0.516, p<0.01). Phenotype accounted for 26% of the variability in EDF levels and 38 % of [NDT]/[EDF], while genotype for 12% and 27 %, respectively. Conclusion: CYP2D6 genotyping and/or phenotyping could not fully predict EDF concentrations. Monitoring EDF itself could be considered in further studies during TAM therapy in order to evaluate its efficacy

O vírus da cinomose canina (CDV) é classificado no gênero Morbillivirus da família Paramyxoviridae e é o agente etiológico de uma das mais importantes doenças virais de canídeos domésticos. A cinomose ocorre em todo o mundo e produz alta mortalidade em populações imunologicamente naïve. Apesar de encontrar-se bem controlada pela vacinação, casos de cinomose ocorrem esporadicamente tanto em cães vacinados quanto em não vacinados. Uma das causas suspeitas desta falha vacinal é a grande variabilidade genética entre cepas de CDV. O objetivo deste trabalho foi detectar e analisar a variabilidade genética do CDV circulante no País. Foram coletados 386 suabes retais de cães em diversas regiões do Brasil, dos quais se detectaram 155 positivos através de uma RT-nested-PCR de um fragmento do gene do nucleocapsídeo. Destes, 23 foram selecionados para amplificação parcial do gene da hemaglutinina, sequenciamento e análise filogenética. A grande maioria das sequências obtidas agrupou no genótipo América do Sul-I, que inclui isolados da Argentina e do Uruguai, com exceção de uma amostra similar à cepa vacinal Rockborn. A análise filogenética sugere a presença de pelo menos sete subgenótipos do genótipo América do Sul-I circulando neste continente. O grupo América do Sul-II é formado somente por isolados da Argentina. Além disso, propõe-se que este grupo e os clados Rockborn-like e Europa Selvagem sejam denominados subgenótipos dentro de um genótipo único. / Canine distemper virus (CDV) is classified in the genus Morbillivirus within the family Paramyxoviridae and is the etiologic agent of one of the most important viral diseases of domestic Canidea. It occurs worldwide and produces high mortality in immunologically naïve populations. Despite being well controlled by vaccination, cases of canine distemper occur sporadically in vaccinated and unvaccinated dogs. One of the suspected causes of this vaccine failure is the great genetic variability between strains of CDV. The objective of this study was to detect and analyze the genetic variability of CDV circulating in our country. Rectal swabs were collected from 386 dogs in various regions of Brazil, of which 155 were found positive by a nested RT-PCR of a fragment of the nucleocapsid gene. Of these, 23 were selected for partial amplification of the hemagglutinin gene, sequencing and phylogenetic analysis. The vast majority of sequences obtained grouped in genotype South America-I, which includes isolates from Argentina and Uruguay, with the exception of a sample similar to the vaccine strain Rockborn. Phylogenetic analysis suggests the presence of at least seven subgenotypes belonging to South America-I genotype, circulating in this continent. The group South America-II consists only of isolates from Argentina. Furthermore, it is proposed that this group and clades Rockborn-like and Europe Wildlife are denominated subgenotypes within a single genotype.