O objetivo desta pesquisa foi avaliar a magnitude da interação genótipos x ambientes (G x E) e a sua conseqüência na adaptabilidade e na estabilidade fenotípica de 100 linhagens experimentais de soja pertencentes a quatro ciclos de maturação (28 precoces, 38 semiprecoces, 27 intermediárias e sete semitardias), através de três metodologias que quantificam a adaptabilidade e/ou estabilidade fenotípica (ecovalência, regressão linear de Eberhart & Russel e AMMI ou "Additive Main effects and Multiplicative Interaction"), com ênfase nas produtividades de grãos e óleo. Os experimentos foram conduzidos em três localidades (Anhembi, Areão e ESALQ) do município de Piracicaba, Estado de São Paulo, Brasil (540 m de altitude, 22 o 42' de latitude sul e 47 o 39' de longitude oeste), em cultivo de verão (semeadura em novembro), nos anos agrícolas de 1996/97, 1997/98, 1998/99 e 1999/00. Em cada local foram avaliados quatro experimentos, correspondentes a quatro ciclos de maturação (CM). O delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com duas repetições estratificadas em conjuntos experimentais e quatro testemunhas comuns por conjunto. A parcela experimental foi representada por quatro fileiras de 5 metros de comprimento, espaçadas de 0,5 metro, sendo utilizadas para a tomada de dados apenas os 4 metros centrais das duas fileiras intermediárias da parcela. Os ambientes corresponderam à combinação de ano e local, totalizando 12 ambientes por CM. Os caracteres avaliados foram: número de dias para a maturidade (NDM), altura de planta na maturidade (APM), acamamento (Ac), valor agronômico (VA), produtividade de grãos (PG), porcentagem de óleo nas sementes (%OL) e produtividade de óleo (PO). Para a análise de adaptabilidade e estabilidade fenotípica utilizou-se apenas os caracteres PG, %OL e PO. Os resultados mostraram que o efeito de ambientes foi mais importante do que o efeito da interação genótipos (G) x ambientes (E), e este, mais importante do que o efeito de genótipos (linhagens). A magnitude da interação G x E, para a PG e PO, foi maior do que para a %OL, indicando que este último caráter foi mais estável. As linhagens precoces (LP) e semiprecoces LSP) foram mais adaptadas, mas exibiram interações G x E mais complexas e foram mais instáveis do que as intermediárias (LI) e semitardias (LST). As LI associaram alta adaptabilidade com estabilidade média para PG e PO, ao contrário¶ das LP, LSP e LST, nas quais a alta adaptabilidade esteve sempre associada com baixa estabilidade. Os anos agrícolas associados com os locais Anhembi e ESALQ foram mais favoráveis que os ambientes relacionados com o local Areão, mas estes apresentaram maior previsibilidade. A seleção de linhagens com média e previsibilidade altas foi mais difícil para a %OL do que para PG e PO, em decorrência das correlações negativas entre as médias e os parâmetros de estabilidade; a utilização desses parâmetros em conjunto mostrou-se mais eficiente na seleção simultânea para adaptabilidade e estabilidade. As metodologias foram similares quanto ao ordenamento das linhagens; no entanto, diferiram quanto à precisão, explicação, informação sobre a interação G x E e adaptabilidade das linhagens. O método da ecovalência pode ser utilizado para selecionar para estabilidade e, quando associado com a média, também para adaptabilidade, sempre que o melhorista não esteja interessado em obter informações adicionais sobre recomendações de linhagens para ambientes específicos. A regressão linear de Eberhart & Russel foi mais influenciada pelos efeitos ambientais do que pelos efeitos da interação G x E, não explicando satisfatoriamente o comportamento das linhagens. O padrão adjacente à interação G x E foi baixo e a presença de ruídos (efeitos aleatórios causados por fatores micro-ambientais) foi alta, evidenciando que apenas parte da variação total observada para a interação G x E foi importante para explicar o comportamento das linhagens. A interpretação gráfica da análise AMMI pelos biplots AMMI1 e AMMI2, para modelos que incluem mais de dois eixos, foi eficiente em explicar a estabilidade das linhagens e ambientes, mas a adaptabilidade foi melhor compreendida com o auxílio das médias preditas para linhagens e ambientes pelo modelo selecionado. O método AMMI foi mais eficiente do que os métodos da ecovalência e da regressão linear de Eberhart & Russel, pois permitiu analisar com mais detalhes os efeitos da interação G x E, ganhando precisão e melhorando o processo de seleção. As linhagens que reuniram maior adaptabilidade com estabilidade para PG e PO dentro de cada CM foram: USP 94-1086 (precoce), USP 93-2316 (semiprecoce), USP 93-5243 (intermediária) e USP 93-5684 (semitardia). / The objective of this research was to evaluate the magnitude of the genotype-environment interaction (G x E) and its consequence on the phenotypic adaptability and stability of one hundred soybean experimental lines belonging to four maturity cycles (28 early, 38 semi-early, 27 intermediate, and seven semi-late), through three methodologies that quantify the phenotypic adaptability and/or stability (ecovalence, linear regression of Eberhart & Russel and AMMI or "Additive Main effects and Multiplicative Interaction"), with emphasis in the seed and oil yield. The experiments were carried out at three localities (Anhembi, Areão and ESALQ) of the Piracicaba county, State of São Paulo, Brazil (540 m of altitude, 22 o 42' South latitude, and 47 o 38' West longitude), during the summer crop season (sowing in november) in the agricultural years of 1996/97, 1997/98, 1998/99, and 1999/00. For each locality and maturity cycle, a randomized complete block experiment was designed, with two replications stratified in experimental sets and four common checks in each set. The experimental plot corresponded to four rows 5.0 m x 0.5 m, where the four central meters of the two intermediate rows were evaluated. Each environment corresponded to a combination of locality and year, totalizing 12 environments by maturity cycle. The traits number of days to maturity (NDM), plant height at maturity (APM), lodging (Ac), agronomic value (VA), seed yield (PG), oil percentage in the seeds (%OL), and oil yield (PO) were evaluated. For the phenotypic adaptability and stability analysis it was only used the characters PG, %OL, and PO. The results showed that the effect of environment was more important than the effect of G x E interaction, and this one more important than the genotype effect (lines). The magnitude of the G x E interaction for PG and PO showed larger than for %OL, indicating that this was more stable. The early and semi-early lines were more adapted, but exhibited G x E interactions more complex and were more ustable than the intermediate and semi-late lines. The intermediate lines associated high adaptability with medium stability for PG and PO, unlike the early, semi-early, and semil-ate lines, for which the high adaptability was always associated with low stability. The agricultural year associated with the Anhembi and ESALQ localities were more favorable than the environments related with Areão locality, but those showed larger predictability. The selection of lines with high means and predictability went more difficult for %OL than for PG and PO, due to the negative correlations between the means and the stability parameters; the combined use of those parameters was shown more efficient in the selection for adaptability and stability. The methodologies were similar with relationship to the ranking of the lines; however, they differed for the precision, explanation, information on the G x E interaction and on adaptability of the lines. The ecovalence method can be used to select for stability and, when associated with the mean, also for adaptability, whenever the breeder is not interested in obtaining additional information on recommendation lines for specific environments. The linear regression of Eberhart & Russel was more influenced by the environmental effects than the effect of G x E interaction, and it did not explain satisfactorily the performance of the lines. The pattern adjacent to G x E interaction was low and the high presence of noises (random variation caused by microenvironments factors), evidencing that only part of the variation observed for the G x E interaction was important to explain the line performance. The graphic interpretation of the AMMI analysis by biplots AMMI1 and AMMI2, for model that includes more than two axes, was efficient in explaining the stability of the lines and environments, but the adaptability was better understood with the aid of means predicted by the selected model for lines and environments. The AMMI method was more efficient than the ecovalence and linear regression of Eberhart & Russel methods, because allowed to analyze with more details the effects of G x E interaction, gaining precision and improving the selection process. The lines that gathered larger adaptability with stability for PG and PO, inside of each maturity cycle, were: USP 94-1086 (early), USP 93-2316 (semi-early), USP 93-5243 (intermediate), and USP 93-5684 (semi-late).

Existe um relevante interesse em pesquisar a ocorrência de polimorfismos no genoma bovino por diferentes motivos, e mais recentemente, com a finalidade de agregar mais informações ao estudo de características quantitativas visando selecionar animais geneticamente superiores com considerável valor comercial. Os polimorfismos de base única (SNPs) neste estudo foram identificados como RFLP/MboII e RFLP/HpaII sendo que o polimorfismo RFLP/MboII está situado no exon 6 do gene IGF2 (insulin-like growth factor 2), localizado no cromossomo 29 em bovinos, e desempenha um papel importante na proliferação e diferenciação celular para o crescimento e desenvolvimento dos mamíferos. O polimorfismo RFLP/HpaII encontra-se no elemento Bov-A2 (considerado um elemento SINE - Short Interspersed Nucleotide Element) presente na região promotora do gene CYP21 (Steroid 21-hydroxylase gene) no cromossomo 23 em bovinos. Para avaliar a ocorrência dos SNPs utilizou-se a técnica de PCR-RFLP em amostras de DNA a partir de sangue/sêmen de cerca de 300 animais bovinos das raças zebuínas Gir, Guzerá e Nelore. As frequências alélicas mostraram maior incidência do alelo T quando comparado ao C enquanto que as frequências genotípicas apresentaram alta ocorrência do heterozigoto TC em comparação aos homozigotos CC e TT para o polimorfismo IGF2 - RFLP/MboII. Com relação ao polimorfismo CYP21 RFLP/HpaII, a frequência alélica revelou alto valor do alelo T. A população encontrou-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg para os SNPs estudados. Ferramentas de bioinformática foram utilizadas para investigações in silico revelando que os sítios polimórficos estão em regiões com potencial regulatório. A associação desses polimorfismos com DEPs das características reprodutivas e produtivas foram investigadas, entretanto mostrou-se significativas apenas para DP550 (IGF2 - RFLP/MboII) e DP450 (CYP21 - RFLP/HpaII). Os resultados obtidos sugerem que protocolos de Biologia Molecular in vitro podem ser usados para identificar novos marcadores moleculares, como SNPs funcionais adicionando informações que certamente contribuirão para estratégias de melhoramento dessas raças bovinas de grande importância para a produção de carne e leite em nosso país. Este foi o primeiro estudo sobre a ocorrência desses polimorfismos em raças zebuínas criadas no Brasil. / There is a considerable interest in researching the occurrence of polymorphisms in the bovine genome for different reasons, and more recently, in order to add more information to the study of quantitative traits to select genetically superior animals with considerable commercial value. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) in this study were identified as RFLP/MboII and RFLP/HpaII polymorphisms being the RFLP/MboII is situated in exon 6 of the IGF2 gene (insulin-like growth factor 2), located on chromosome 29 in cattle, perform an important role in cell proliferation, differentiation for growth and in the development of mammals. Polymorphism RFLP/HpaII is the element Bov-A2 (considered an element SINE - Short Interspersed Nucleotide Element) present in the promoter region of CYP21 gene (Steroid 21-hydroxylase gene) on chromosome 23 in cattle. To evaluate the occurrence of SNPs, we used the PCR-RFLP method on DNA samples from blood/semen of about 300 cattle breeds from Zebu Gyr, Guzerat and Nellore. The allele frequencies showed a higher incidence of T allele compared to C while the genotype frequencies showed high incidence of heterozygous CT compared to CC and TT homozygous for the IGF2 polymorphism - RFLP/MboII. On the subject of the CYP21 polymorphism - RFLP/HpaII, the allele frequency showed high value T. The population was found in Hardy-Weinberg equilibrium for the SNPs studied. Bioinformatics tools, used for in silico investigations, revealed that the polymorphic sites are in regions with regulatory potential. The association of these polymorphisms with EPDs of reproductive and productive traits were investigated, but proved to be significant only for DP550 (IGF2 - RFLP/MboII) and DP450 (CYP21 - RFLP/HpaII). The results suggest that protocols of molecular biology in vitro can be used to identify new molecular markers, such as functional SNPs adding information that certainly will contribute to the improvement strategies of these breeds of great importance for the production of meat and milk in our country. It has been the first study on the occurrence of these polymorphisms in Zebu breeds raised in Brazil.

Orientador: Regina Maura Bueno Franco / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T14:45:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_RicardoCondeAlves_M.pdf: 3524379 bytes, checksum: 96e6db4afee4c65f60a4ee47a8ee3232 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Cães e gatos são os animais domésticos mais utilizados para interagir e conviver com as pessoas. Estes animais cada vez mais compartilham o mesmo habitat que os seres humanos. Em que pese os benefícios advindos deste íntimo relacionamento, há que se considerar que cães e gatos podem albergar parasitos com potencial zoonótico, dentre os quais Giardia e Cryptosporidium, ambos de grande importância na medicina veterinária e na saúde pública. Giardia é um protozoário entérico cosmopolita responsável por diarreia em grande variedade de hospedeiros, incluindo o ser humano. Cryptosporidium é um parasito emergente e oportunista, que ganhou destaque com o advento da síndrome da deficiência imunológica adquirida, uma vez que este protozoário pode causar quadros graves em indivíduos imunocomprometidos. Do ponto de vista epidemiológico, é importante entender quais são as espécies de Giardia e Cryptosporidium que acometem os seres humanos e os animais, bem como conhecer aquelas que possuem potencial zoonótico. Conhecer a prevalência desses parasitos na população de cães e gatos torna-se ferramenta importante, que possibilita delinear ações que reduzam o risco de transmissão para outros animais, bem como para a população humana. A determinação das assembleias de Giardia duodenalis mais prevalentes nos cães e gatos também é de grande relevância, visto que este protozoário possui grande diversidade genética e os hospedeiros das espécies canina e felina podem albergar tanto assembleias zoonóticas quanto espécie-específicas. O presente estudo teve como objetivo, através do uso de métodos parasitológicos tradicionais, avaliar a prevalência de G. duodenalis e Cryptosporidium sp. em cães (n=299) e gatos (n=38) pertencentes aos estratos errante, comunitário e semidomiciliado e recolhidos ao Centro de Controle de Zoonoses de Campinas (CCZ), no período de março de 2011 a março de 2012. As amostras fecais positivas para G. duodenalis foram caracterizadas molecularmente através do locus tpi. Também se avaliou a eventual associação entre as características epidemiológicas da população em estudo e infecção por Giardia e Cryptosporidium. Os resultados revelaram uma prevalência de 13,3% para G. duodenalis nas amostras fecais de cães. Houve diferença estatisticamente significativa em relação à consistência da amostra fecal, com maior ocorrência nas amostras pastosas ou diarreicas. A prevalência de G. duodenalis em gatos foi de 5,5%. Em relação ao Cryptosporidium, sua prevalência em cães foi de 2,0%. Não foram encontrados oocistos nas amostras de gatos. Os resultados moleculares indicaram em todas as amostras de cães sequenciadas identidade com as assembleias C ou D de G. duodenalis, sugerindo que animais desta espécie pertencentes aos estratos avaliados constituem baixo risco à saúde pública no município de Campinas. A amostra de gato em que foi possível realizar o sequenciamento revelou identidade com a assembleia AI, demonstrando que animais desta espécie pertencentes aos estratos avaliados podem se constituir em preocupação em saúde pública no município de Campinas, podendo os mesmos eliminar cistos com potencial zoonótico / Abstract: Dogs and cats are the most common domestic animals used for interact and live with humans. Even more these animals are sharing the same habitat with the human beings. Despite of the benefits of this intimate relationship, we must consider that dogs and cats can be hosts for zoonotic parasites, including Giardia and Cryptosporidium, both parasites with great relevance in veterinary medicine and public health. Giardia is a cosmopolitan enteric protozoan responsible for diarrhea in a wide variety of hosts, including man. Cryptosporidium is an emergent and opportunist parasite, which attained relevance with the advent of the acquired immune deficiency syndrome, since this parasite can cause severe disease in immunocompromised individuals. From an epidemiological standpoint, it is important to understand which are the Cryptosporidium species and Giardia genotypes which affect humans and animals, as well as know those with zoonotic potential. The prevalence rates knowledge of these parasites in canine and feline populations becomes an important tool that makes possible to delineate actions to reduce risk of transmission to other animals, as well as to the human population. The assemblages of Giardia duodenalis more prevalent in dogs and cats are also an important determination, since this protozoan has great genetic diversity and also the canine and feline's host species can harbor both zoonotic and species-specific assemblages. Through the use of traditional parasitological methods, the present study aimed to evaluate the prevalence of G. duodenalis and Cryptosporidium sp. in dogs (n=299) and cats (n=38) belonging to stray, community and semi-domesticated strata and captured by the Zoonosis Control Center of Campinas (CCZ), from March 2011 to March 2012. The positive samples for G. duodenalis have been molecularly characterized through locus tpi. The possible association among the epidemiological characteristics of the studied population with the infection by Giardia and Cryptosporidium, was also evaluated. The prevalence of G. duodenalis was 13.3% in fecal samples in dogs and statistical significant difference has been observed in relation to the consistency of the fecal sample, with higher prevalence in doughy or diarrheic samples. The prevalence of G. duodenalis in cats was 5.5%. In relation to Cryptosporidium, the prevalence in dogs was 2.0%. Oocysts were not found in fecal samples from cats. All amplified sequences sampled from dogs feces showed identity with C or D assemblage of G. duodenalis, suggesting that dogs belonging to evaluated strata constitute low risk to public health in the city of Campinas. The cat's fecal sample, which were possible to sequence, showed identity with the Assemblage AI, demonstrating that animals of this species belonging to this particular strata can be a concern in public health for the city of Campinas, since they can eliminate cysts with zoonotic potential / Mestrado / Parasitologia / Mestre em Parasitologia

Orientador: Antonio Fernando Ribeiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T10:15:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marsom_FernandoAugustodeLima_M.pdf: 12182231 bytes, checksum: e98655cb1347b5ba1ffbceac13daebb0 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Introdução: A fibrose cística (FC) se manifesta clinicamente com várias formas de gravidade, moduladas por diferentes genótipos e o meio ambiente. Enquanto as classes das mutações no gene CFTR ("Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator") estão bem definidas, como moduladores de gravidade da FC, os polimorfismos continuam controversos. Objetivo: Verificar se polimorfismos em genes modificadores estão associados com a gravidade da FC. Método: Estudo de corte transversal, entre 2009 a 2010. Todos pacientes foram submetidos à análise das principais mutações no gene CFTR, presença dos polimorfismos (por meio de diferentes técnicas moleculares - "nested" PCR, digestão enzimática, PCR "multiplex", genotipagem em sequenciador automático e PCR ARMS) e características clínicas de gravidade da FC. Resultado: As mutações identificadas no gene CFTR foram associadas com variáveis que descrevem o início da doença, atuando como fator de proteção a clínica de maior gravidade [idade (p?0,0001), 1ª manifestação clínica (1MC) (p?0,0001), diagnóstico (p?0,0001), início dos sintomas pulmonares (ISP) (p?0,0001) e digestivos (ISD) (p?0,0001), 1ª bactéria Pseudomonas aeruginosa isolada (1PA) (p?0,0001), insuficiência pancreática (IP) (p?0,0001), P. aeruginosa mucóide (PAM) (p?0,0001), P. aeruginosa não mucóide (PANM) (p?0,0001)]. O gene ACE foi associado a 1MC (p:0,038), ao escore de Bhalla (EB) (p:0,049) e a presença de Bulkolderia cepacia (BC) (p:0,038). O polimorfismo GCLC129C>T foi associado à PAM (p:0,037). O polimorfismo GCLC350 foi associado a 1PA (p:0,049), Achromobacter xylosoxidans (p:0,044) e Staphylococcus aureus (SA) (p:0,037). O gene GSTM1 foi associado ao diagnóstico (p:0,014), índice de massa corpórea (IMC) (0,045), escore de Kanga (EK) (p:0,046), capacidade vital forçada [CVF(%)] (p:0,004) e volume expiratório forçado no primeiro segundo [VEF1(%)] (p:0,004). O gene GSTT1 foi associado ao ISD (p:0.033), osteoporose (p:0.021), EB (p:0,026), escore de Shwachman Kulczycki (SC) (p:0,009), CVF(%) (p:0,015), VEF1(%) (p:0,005), razão entre o VEF1 e a CVF [TIF(%)] (p:0,033), fluxo expiratório forçado entre 25 e 75% da CVF [FEF25- 75%(%)] (p:0,005) e PAM (p:0,038). O agrupamento genotípico dos genes GSTM1 e GSTT1 foi associado com o diagnóstico (p:0,014), BC (p:0,042) e SA (p:0,032). O gene GSTP1 foi associado com o ISP (p:0,026), IP (p:0,011), EB (p:0,015), EK (p:0,028), SC (p:0,039), CVF(%) (p:0,021), VEF1(%) (p:0,021), FEF25-75% (p:0,02) e 1PA (p:0,022). O alelo 1 para o polimorfismo de repetição AAT no gene NOS-1 foi associado com a idade (p:0,009) e com o ISD (p:0,001). O alelo 2 com ISP (p:0,031), ISD (p:0,001) e EB (p:0,046). O alelo 1 para o polimorfismo GT-1 no gene NOS-1 não apresentou associação com as variáveis clínicas. O alelo 2 apresentou associação com a saturação de oxigênio transcutânea (p:0,012), EB (p:0,013), CVF(%) (p:0,038), VEF1(%) (p:0,007), TIF(%) (p:0,036) e FEF25-75(%) (p:0,007). O alelo 1 para o polimorfismo de repetição GT-2 no gene NOS1 apresentou associação com a CVF(%) (p:0,032). O alelo 2 apresentou associação com o TIF(%) (p:0,009). O polimorfismo Arg>Gly no gene ADRB2R apresentou associação com a IP (p:0,009), EB (p:0,039), VEF1(%) (p:0,003), FEF25-75(%) (p:0,008), 1PA (p:0,012), PAM (p:0,023) e PANM (p:0,024). O polimorfismo Gln>Glu no gene ADRB2R apresentou associação com o EB (p:0,019) e TIF(%) (p:0,047). A resposta ao broncodilatador inalatório na prova de espirometria apresentou associação com os marcadores de gravidade clínica VEF1(%) (p:0,011) e FEF25-75(%) (p:0,019) apenas para o polimorfismo Arg>Gly no gene ADRB2R. Conclusão: Houve associação entre os polimorfismos analisados e as mutações no gene CFTR com a gravidade clínica da FC / Abstract: Introduction: Cystic fibrosis (CF) is clinically manifested in various forms of gravity, modulated by different genotypes and environment. While the classes of mutations in the CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) gene are well defined as modulators of severity in CF, polymorphisms remain controversial. Objective: To determine whether polymorphisms in modifier genes are associated with the severity in the CF. Method: Cross-sectional study, between 2009 to 2010. All patients were subjected to analysis of major mutations in CFTR gene, presence of polymorphisms (using different molecular techniques - Nested PCR, enzyme digestion, multiplex PCR, genotyping in automatic sequencer and ARMS PCR) and clinical severity in CF. Results: Mutations were identified in CFTR gene associated with variables that describe the onset of the disease, acting as a protective factor for the clinical severity [age (p?0.0001), first clinical manifestation (1CM) (p?0.0001), diagnosis (p?0.0001) , onset of pulmonary symptoms (OPS) (p?0.0001) and digestive (ODS) (p?0.0001), 1st isolated bacterium Pseudomonas aeruginosa (1PA) (p?0.0001), pancreatic insufficiency (PI) ( p?0.0001), P. aeruginosa mucoid (PAM) (p?0.0001) and P. aeruginosa no mucoid (PANM) (p?0.0001)]. ACE gene was associated with 1CM (p:0.038), Bhalla score (BS) (p:0.049) and presence of Bulkolderia cepacia (BC) (p:0.038). Polymorphism GCLC129C>T was associated with PAM (p:0.037). Polymorphism GCLC350 was associated with 1PA (p:0.049), Achromobacter xylosoxidans (p:0.044) and Staphylococcus aureus (SA) (p:0.037). GSTM1 gene was associated with diagnosis (p:0.014), body mass index (BMI) (0.045), Kanga score (KS) (p:0.046), forced vital capacity [FVC(%)] (p:0.004) and forced expiratory volume in one second [FEV1(%)] (p:0.004). GSTT1 gene was associated with ODS (p:0033), osteoporosis (p:0.021), BS (p:0.026), Shwachman-Kulczycki score (SS) (p:0.009), FVC(%) (p:0.015) , FEV1(%) (p:0.005), ratio between FEV1 and FVC [TIF(%)] (p:0.033), forced expiratory flow between 25 and 75% of FVC [FEF25-75%(%)] (p:0.005) and PAM (p:0.038). The genotypic groupings of genes GSTM1 and GSTT1 was associated with diagnosis (p:0.014), BC (p:0.042) and SA (p:0.032). GSTP1 gene was associated with the OPS (p:0.026), PI (p:0.011), BS (p:0.015), KS (p:0.028), SS (p:0.039), FVC(%) (p:0.021 ), FEV1(%) (p:0.021), FEF25-75% (p:0.02) and 1PA (p:0.022). Allele 1 for AAT repeat polymorphism in NOS-1 gene was associated with age (p:0.009) and ODS (p:0.001). Allele 2 with OPS (p:0.031), ODS (p:0.001) and BS (p:0.046). Allele 1 for repeat polymorphism GT-1 in NOS-1 gene was not associated with clinical variables. Allele 2 was associated with transcutaneous oxygen saturation (p:0.012), BS (p:0.013), FVC(%) (p:0.038), FEV1(%) (p:0.007), TIF(%) (p:0.036) and FEF25-75(%) (p:0.007). The allele 1 for repeat polymorphism GT-2 in NOS1 gene was associated with FVC(%) (p:0.032). The allele 2 was associated with the TIF(%) (p:0.009). Polymorphism Arg>Gly in ADRB2R gene was associated with PI (p:0.009), BS (p:0.039), FEV1(%) (p:0.003), FEF25-75(%) (p:0.008), 1PA ( p:0.012), PAM (p:0.023) and PANM (p:0.024). Polymorphism Gln>Glu in ADRB2R gene was associated with BS (p:0.019) and TIF(%) (p:0.047). The response to inhaled bronchodilator in the spirometry test presented association for the markers of clinical severity FEV1(%) (p:0.011) and FEF25-75(%) (p:0.019) only for the polymorphism Arg>Gly in ADRB2R gene. Conclusion: There was association between the polymorphisms studied and CFTR mutations with the clinical severity in CF / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Saude da Criança e do Adolescente

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-20T10:13:08Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 831821 bytes, checksum: 1ffb11ab0b7d700a83be396e86b775e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-20T10:13:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 831821 bytes, checksum: 1ffb11ab0b7d700a83be396e86b775e4 (MD5) Previous issue date: 2015-02-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objetivou-se neste trabalho investigar a presença de interação genótipos x níveis de proteína na ração, sobre o período de crescimento e avaliar por análises multicaracterísticas a conversão alimentar individual e o desempenho produtivo em períodos parciais de dois grupos genéticos de codornas de corte pertencentes à Granja de Melhoramento de Aves da Universidade Federal de Viçosa. Foi avaliado o peso corporal de 970 e 410 animais dos grupos genéticos UFV1 e UFV2, respectivamente, no 28° e 35° dias de idade, alimentados com ração contendo níveis crescentes (22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 e 29%) de proteína bruta (PB). No período de 21 a 35 dias de idade foram avaliadas 188 codornas do grupo genético UFV1 e 191 da UFV2, para averiguar a conversão alimentar individual e o desempenho produtivo em períodos parciais. As avaliações para a obtenção das normas de reação e os parâmetros genéticos foram realizadas no software WOMBAT. Com análise de normas de reação verifica-se que não existe a interação genótipos x ambientes para as idades avaliadas em ambos os grupos genéticos. Para o grupo UFV1, a estimativa mais alta de correlação genética, para ganho de peso (GP), foi encontrada entre ganho de peso no período de 21 a 28 dias e o período total (GP2128 x GP135) (0,90), diferente do que foi encontrado para a UFV2, onde obteve maior correlação entre o período parcial de 28 a 35 dias e o período total (GP2835 x GP135) (0,93). As estimativas de herdabilidade e correlação genética para conversão alimentar individual (CA) foram maiores para o período parcial de 21 a 28 dias (CA2128) (0,51 e 0,92) na UFV1, e de 28 a 35 dias (CA2835) (0,34 e 0,85), para a UFV2. Concluiu-se que a avaliação pode ser feita em qualquer nível de proteína. Verificou-se também a não existência de interação genótipos x ambientes para as duas linhagens estudadas. Portanto, é possível utilizar dieta contendo 22% de PB para codornas de corte sem que haja prejuízo no peso corporal ao abate. Recomenda-se, para o grupo genético UFV1, a seleção de codornas de corte considerando o ganho de peso de 21 a 28 dias de idade, e para o grupo genético UFV2 a seleção por ganho de peso de 28 a 35 dias de idade, o que permitiria uma redução no custo de produção e um aumento no ganho genético tanto para ganho de peso quanto para melhor conversão alimentar. / The objective of this study was to investigate the presence of genotype x protein level interaction (G*E) via reaction norm models on growth period as well as to evaluate individual feed intake and the growth performance of two genetic lines (UFV1, UFV2) in partial production periods of quails. Data included body weights at 28 and 35 days old on 1280 animals being 970 from UFV1 and 410 from UFV2 from Viçosa Federal University (Universidade Federal de Viçosa). Animals were fed with eight different protein level in diet (range 22-29%). Moreover, we evaluated individual feed intake and growth performance in partial periods for 188 and 191 animals belonging to UFV1 and UFV2 lines, respectively, from 21 to 35 days old. The analysis to estimate the reaction norms and genetic parameters were performed in WOMBAT software. The results indicated no G*E for both ages in both genetic lines. The highest weight gain (WG), genetic correlation estimate was found between 21-28 days old (WG2128) and total period (WG135; 0.90) for UFV1, whereas, for UFV2, was for 28-35 days old (WG2835) and WG135 (0.93). Heritability estimates and genetic correlations for individual feed intake (IFI) were higher for 21-28 days old (IFI2128) and 28-35 days old (IFI2835) periods for UFV1 and UFV2, respectively. Therefore, we inferred that there was no G*E for both genetic lines and thus genetic evaluations could be done at any protein level. However, we recommend a diet containing 22% CP for quails without loss in body weight at slaughter. Finally, we also recommended selection of quails for weight gain on ages from 21 to 28 days for UFV1 whereas on ages from 28 to 35 days for which would allowed a reduction in the production cost and increase genetic gains for WG and also IFI.

Orientador: Mary Ann Foglio / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-26T10:27:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lloret_FelipeCyrillo_M.pdf: 3758612 bytes, checksum: 7002aac1760fd55833ce91a085d63599 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A Pterodon pubescens Benth, conhecida como sucupira é nativa das regiões que consiste o cerrado brasileiro, nos estados de Minas Gerais, São Paulo, Goiás e Mato Grosso do Sul. Nosso grupo iniciou estudos com a espécie Pterodon pubescens Benth em 1998. Inicialmente foram desenvolvidos estudos relacionado a eficácia dos seus extratos e determinação dos princípios ativos. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do calor sobre o processo de formação e degradação dos componentes vouacapanos nos frutos de Pterodon pubescens Benth. e sua influência sobre a atividade antiproliferativa in vitro em células tumorais humanas. Os frutos de P. pubescens foram coletados no município de São Carlos, localizado no estado de São Paulo, e no município de Ponto Chique, localizado no estado de Minas Gerais no período de agosto e setembro de 2012. Mensalmente foram preparados extratos por sistema Soxhlet e maceração dinâmica com as amostras de frutos provenientes dos municípios de São Carlos e de Ponto Chique armazenados em estufa, analisados por cromatografia gasosa capilar acoplada a um detector seletivo de massas e tiveram suas atividades antiproliferativas contra linhagem tumoral humana (PC-3) avaliadas por método de sulforrodamina B. Todos os resultados de teores dos compostos de interesse obtidos por CG-EM foram submetidos a análise de variância de uma única via (ANOVA), considerando-se como nível crítico p? 0,05 para que seja considerados diferença significante entre os grupos estudados, seguidos do Teste de Duncan. Para a análise dos compostos que possuem uma maior influência na atividade antiproliferativa do nos extratos obtidos foi utilizado a Análise de Componentes Principais. Foi possível concluir que há uma possível variação genética das espécies de Pterodon pubescens Benth., e que o calor não influenciou na formação do 6?- hidróxi- 7?- acetoxivouacapano, porém influencia no teor dos outros compostos estudados / Abstract: Pterodon pubescens Benth (Fabeacea) chemical variability was investigated to understand if the secondary metabolites 6?-acetoxi 7?-hydroxy-vouacapan content variability, was produced as an artefact overtime or was characteristic of genotype variability. The oil was extracted both by soxhlet system and at room temperature with stirring. The chemical composition was monitored by gas chromatography-mass spectrometry. The samples were tested in an anticancer assay against prostate (PC-03) human cancer cell line. The response parameter (TGI) was calculated. The chemical variability data was evaluate using the statistical analysis using Principal Component Analysis (PCA) to understand which of the extract's components had a real impact on the in vitro antiproliferative activity. Hierarchical Cluster Analysis (HCA) was performed to visualize the similarities among the extracts components with TGI values. Unscrumbler® v. 9.7 software was employed for analysis. The chemical composition of samples from São Carlos, São Paulo and Ponto Chique, Minais Gerais were monitored monthly during one year for Geranilgeraniol, 6?-acetoxi 7?-hydroxy-vouacapan, 6?- hydroxy-7?-acetoxy-vouacapan-17?-oate methyl ester and 6?-acetoxy-7?-hydroxyvouacapan- 17?-oate methyl ester. In vitro cytotoxicity screening against human prostate cancer cell line displayed higher selectivity and potent anticancer activity with TGI 11.43 mg ml?1 when higher 6?-acetoxi 7?-hydroxy-Vouacapan over total Voaucapan ratio (3.14) was achieved. Nevertheless 6?-acetoxi 7?-hydroxyvouacapan maintained approximately the same content throughout the year among the samples in opposition to overall Voaucapan content. The total Vouacapan total content was directly proportional to Geranygeraniol content decrease content. Samples from São Carlos at time zero had 26% geranylgeraniol content whereas Minas Gerais samples contained the highest content of 1.3%. Throughout the stability test geranylgeraniol concentration decreased with a straight relationship of overall increase of vouacapan content. This study highlights the complexity of factors involved in the production of secondary metabolites in plants. To enable the development of an herbal medicine, one of the greatest challenges is plant input standardization in order to meet efficacy, safety and reproducibility final product's requirements as recommended by Brazilian Sanitary Regulatory Agency (ANVISA). Data presented herein suggest that 6?-acetoxi 7?-hydroxy-vouacapan content variability has a straight relationship with genotype other than produced as artefact overtime / Mestrado / Farmacologia, Anestesiologia e Terapeutica / Mestre em Odontologia

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-09-24T15:54:41Z No. of bitstreams: 1 Diego Alves Gomes.pdf: 641106 bytes, checksum: e3a9c10a282d5b53f35a5970ca85915d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-24T15:54:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diego Alves Gomes.pdf: 641106 bytes, checksum: e3a9c10a282d5b53f35a5970ca85915d (MD5) Previous issue date: 2018-08-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The aim of the selection of genotypes of cassava (Manihot esculenta crantz) to divergent groups of genotypes. 23 quantitative variables were used 28 genotypes, Amansa Burro, Aramaris, Bom Jardim, Bromadeira, Caipira, Caitité, Caravela, Kiriris, Lagoão, Lavra Velha, Malacacheta MR, Mulatinha, Parazinha, Peru, Poti Branca, Salangor, Sergipana, Sergipe, Sergipe MR, Simbé, Tapioqueira, Tussuma, Verdinha, 2006-4, 2006-5, 2006-8, 2006-10 e 2006-12. Through factor analysis reduced the number of variables to thirteen, heights of the plants, stem diameter, length of the tuberous roots, diameter of Tuberous roots, weight of the tuberous roots, harvest index, aboveground productivity, productivity of Tuberous roots, percentage of dry mass of Tuberous roots, , levels of starch in tuberous roots, productivity of starch in tuberous roots, content of flour in tuberous roots and productivity of flour in tuberous roots. Using the hierarchical cluster analysis, in which the best combination of hierarchical methods for this situation was the distance of Chebyshev with the connection method. The Group G2 formed with the genotypes Salangor, Tussuma, Bom jardim, Lavra velha and Sergipana presented in common, good flour content in tuberous roots despite the low productivity of Tuberous roots, little starch content and low productivity of the shoot. The G3 Group formed by genotypes Poti Branco, Caitite, Sergipe, Simbé, Amansa burro and Peru , closed as key features, diameter of Tuberous roots, the percentage of dry pasta in tuberous roots, the starch content in tuberous roots, the flour content in tuberous roots, the low values of stem diameter and length of the tuberous roots. The G4 group formed by 2006-5, has similar characteristics to the G3 Group, seen this genotype have been genetically modified at Embrapa. The G5 group, formed by Parazinha, Sergipe MR, Lagoão, Bromadeira, Caravela, Aramaris e Tapioqueira, high values for the diameter of the tuberous roots, tuberous root weight, harvest index, the percentage of dry pasta in tuberous roots, the content of starch in tuberous roots, and the flour content in tuberous roots and low values of diameter of stem, productivity of Tuberous roots and aboveground productivity. For the G6 group, formed with the genotypes 2006-8 and 2006-12 stands out the characteristics and crop productivity index of Tuberous roots, with low values for the diameter of the stem and the length of the tuberous roots. In the G7 group, composed of the 2006-4 and 2006-12 genotypes, satisfactory characteristics for harvest and productivity index of Tuberous roots, and productivity of Tuberous roots, and low values for plant height and productivity of the shoot. The latter group, the G8 formed by Kiriris, Malacacheta MR, Caipira and Verdinha the main feature of this group is the presence of all variables. / Objetivou-se a seleção de genótipos de mandioca (Manihot esculenta crantz) para formação de grupos divergentes de genótipos. Foram utilizadas 23 variáveis quantitativas de 28 genótipos, Amansa Burro, Aramaris, Bom Jardim, Bromadeira, Caipira, Caitité, Caravela, Kiriris, Lagoão, Lavra Velha, Malacacheta MR, Mulatinha, Parazinha, Peru, Poti Branca, Salangor, Sergipana, Sergipe, Sergipe MR, Simbé, Tapioqueira, Tussuma, Verdinha, 2006-4, 2006-5, 2006-8, 2006-10 e 2006-12. Por meio de análise fatorial reduziu-se o número de variáveis a treze, alturas das plantas, diâmetro de caule, comprimento das raízes tuberosas, diâmetro das raízes tuberosas, peso das raízes tuberosas, índice de colheita, produtividade da parte aérea, produtividade de raízes tuberosas, porcentagem de massa seca de raízes tuberosas, teor de amido em raízes tuberosas, produtividade de amido em raízes tuberosas, teor de farinha em raízes tuberosas e produtividade de farinha em raízes tuberosas. Utilizou-se a análise de agrupamento hierárquico, em que a melhor combinação dos métodos hierárquicos para essa situação experimental foi a Distância de Chebyshev com o método de ligação médio. Os grupos foram formados com o auxílio do índice de Ratkowsky. O grupo G1 formado com o genótipo Mulatinha possui características balanceadas entre parte superior e inferior da planta, na produção da parte aérea da mandioca e raiz com grande diâmetro e no teor de amido na raiz, apresentando baixo diâmetro de caule e teor de matéria seca. O grupo G2 formado com os genótipos Salangor, Tussuma, Bom jardim, Lavra velha e Sergipana apresentaram em comum, bom teor de farinha nas raízes tuberosas apesar da baixa produtividade de raízes tuberosas, pouco teor de amido e baixa produtividade da parte aérea. No grupo G3 formado pelos genótipos Poti Branco, Caitite, Sergipe, Simbé, Amansa burro e Peru encerraram como principais características, diâmetro de raízes tuberosas, a porcentagem de massa seca nas raízes tuberosas, o teor de amido nas raízes tuberosas, o teor de farinha em raízes tuberosas, os baixos valores de diâmetro do caule e o comprimento das raízes tuberosas. O grupo G4 formado por 2006-5, possui características semelhantes ao grupo G3, visto esse genótipo ter sido modificado geneticamente na Embrapa. No grupo G5, formado por Parazinha, Sergipe MR, Lagoão, Bromadeira, Caravela, Aramaris e Tapioqueira, obteve-se valores altos para o diâmetro das raízes tuberosas, o peso de raízes tuberosas, o índice de colheita, a porcentagem de massa seca nas raízes tuberosas, o teor de amido nas raízes tuberosas e o teor de farinha nas raízes tuberosas, e, baixos valores de diâmetro do caule, de produtividade de raízes tuberosas e de produtividade de parte aérea. Para o grupo G6, formado com os genótipos 2006-8 e 2006-12 destaca-se as características índice de colheita e de produtividade de raízes tuberosas, com baixos valores para o diâmetro do caule e o comprimento das raízes tuberosas. No grupo G7, composto pelos genótipos 2006-4 e 2006-12, apresentam características satisfatória para índice de colheita e produtividade de raízes tuberosas, e baixo valores para altura de planta e produtividade de parte aérea. O último grupo, o G8 formado por Kiriris, Malacacheta MR, Caipira e Verdinha a principal característica desse grupo é a presença de todas as variáveis.

As conexinas (Cx) compõem as junções comunicantes do tipo gap, entre elas a Cx43 é a mais prevalente. A diminuição de sua expressão está relacionada com diversas alterações fisiológicas. Sua importância in vivo foi relatada em camundongos com deleção de um dos alelos de Cx43 (Cx43+/-), pois os animais Cx43-/- não são viáveis. Devido esta inviabilidade técnica, os estudos com essa proteína foram realizados com animais Cx43+/-. Assim, este trabalho propõe a criação de um modelo transgênico para o estudo da Cx43. Para isso, o gene Cx43 foi reintroduzido ao genoma murino, porém regulado pelo sistema induzido por doxiciclina TetOn. Vetores de expressão gênica foram construídos e validados quanto sua funcionalidade in vitro e posterior transferencia para zigotos murinos por meio de microinjeção pronuclear. Obtivemos sucesso na construção do sistema de expressão. A funcionalidade dos vetores foi confirmada in vitro utilizando células HeLa e E10. Nos experimentos in vivo, apesar das taxas adequadas de nascimento nenhum deles apresentou genótipo positivo para o transgene. / The connexins (Cx) comprise gap junctions type, and the Cx43 is the most prevalent. The decrease of its expression is related to various physiological changes. Its importance in vivo has been reported in mice with deletion of one allele of Cx43 (Cx43+/-), because the animals Cx43-/- are not viable. So all studies with this protein were performed with animals Cx43+/-. Thus, this paper proposes the creation of new a transgenic model for the study of Cx43 protein. For this, the Cx43 gene was reintegrated to the murine genome, but drived by doxycycline Teton inducible system. Gene expression vectors were constructed and validated in vitro and subsequent transfer to mouse zygotes by pronuclear microinjection. We got success in vector construction and functionality. The functionality of the vectors was confirmed in vitro using HeLa cells and E10. In experiments in vivo, despite adequate rates of birth, no one animal showed positive genotype for the transgene.

O experimento consistiu de dezesseis tratamentos distribuídos num esquema fatorial 4x2x2, sendo 4 genótipos (Excel (E) - Nn, Linha 21 (L21) - nn, Maximus (M) - NN e Optimus (O) - NN), 2 sexos (machos castrados e fêmeas) e 2 pesos (leves – 95 a 100Kg e pesados – 115 a 120Kg) e seis repetições. Foram realizadas medidas de composição da carcaça: Peso da Carcaça Resfriada (PCR), Área de Olho de Lombo (AOL), Comprimento de Olho de Lombo (COL), Profundidade de Toucinho (PT), Porcentagem de Carne Magra (%CM) e medidas de Espessuras de Músculo (EM) e Gordura (EG) e avaliações de qualidade de carne: pH, cor (L*a*b*), Perda por Exsudação (PE) e Capacidade de Retenção de Água (CRA). Os resultados estatísticos da composição da carcaça para o genótipo nn indicaram valor de AOL significativamente superior em relação aos genótipos Nn, NNM e NNO e valor de PT significativamente menor que NNM e NNO, porém, não diferindo de Nn. Quanto à EM, ocorreu uma tendência do NNM apresentar os maiores valores, seguido pelo Nn, nn e NNO. Em relação à EG, NNO mostrou os maiores valores, não diferindo significativamente de NNM e nn, enquanto o genótipo Nn apresentou o menor valor para esta característica. A %CM dos genótipos nn e Nn foi significativamente maior que NNM e NNO, confirmando a expressão do gene recessivo (n) em depositar mais carne na carcaça que o dominante (N). Os resultados estatísticos de qualidade de carne mostraram que o genótipo nn apresentou o menor valor de pH24 no músculo Semimembranosus, combinado com os maiores valores de luminosidade (L*) e PE em comparação com Nn, NNM e NNO. Não houve diferença significativa entre os genótipos NN and Nn na PE. Em relação à CRA, NNM obteve valor significativamente menor que Nn, nn e NNO. Os resultados obtidos permitem concluir que o gene halotano em homozigose (L21) contribuiu para a obtenção de uma carcaça mais musculosa, porém, com qualidade de carne inferior, apresentando maior incidência de carne PSE. Em relação ao sexo, os machos resultaram carcaças mais pesadas, mais gordas e carne com menor luminosidade. Finalmente, com exceção da %CM, os valores de composição da carcaça aumentaram com o peso de abate, não sendo constatadas mudanças nas características de qualidade avaliadas. / This experiment consisted of sixteen treatments in a 4x2x2 factorial arrangement, 4 genotypes (Excel – Nn, Line 21 – nn, Maximus – NN and Optimus – NN), 2 sexes (barrows and gilts) and 2 weights (light – 95-100Kg and heavy – 115-120Kg) and 6 repetition. The exams were submitted to the following carcass composition measurements: Cold Carcass Weight (CCW), Loin Eye Area (LEA), Loin Eye Length (LEL), Fat Depth (FD), Lean Meat Percentage (LM%) and Fat (FT) and Muscle (MT) Thickness. Meat quality measurements were also realized: pH, Color (L*a*b*), Drip Loss (DL) and Water Holding Capacity (WHC). The results of this study showed that genotype nn had shown significantly higher values of LEA than another genotypes and significantly lower values of FD than NNM and NNO, and it didn’t differ from genotype Nn. There was a tendency by genotype NNM to show higher values of MT followed by Nn, nn and NNO. Genotype NNO showed higher values to FT and did not differed significantly from NNM and nn, while genotype Nn showed lower values to this characteristic. Genotypes nn and Nn showed significantly higher values of LM% than NNM and NNO. With reference to meat quality, genotype nn has shown lower value of pH24 measured in the muscle Semimenbranosus and higher values of L* and DL than genotypes Nn, NNM and NNO. Genotype NNM had significantly higher values of WHC than nn, Nn and NNO. There was no significant difference between NN and Nn when considered DL. The results above indicate that halothane gene in homozygous (nn) helped to obtain more muscular carcasses. On the other hand, this genotype showed worst meat quality. As a consequence of that, genotype nn has shown higher incidence of pale, soft and exudative meat. With reference to sex, barrows had significantly higher values to CCW, FD, FT, L* and b*, resulting paler meat and heavier and fatter carcass than gilts. Except for LM%, as carcass weight increased there were increases in all the characteristics. The data from this study suggest that there were no meat quality differences between the two slaughter weights.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-20T22:24:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-21T17:11:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-21T17:11:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) Previous issue date: 2010 / O rotavírus (RV) é o principal agente viral associado às gastrenterites, ocasionando em média 39% dos casos diarreicos que culminam em hospitalizações, sendo responsável por cerca de 520.000 óbitos entre crianças menores de cinco anos de idade a cada ano. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possui RNA de dupla fita (dsRNA) com 11 segmentos codificando 12 proteínas, sendo seis estruturais (VPs) e seis não estruturais (NSPs). A proteína VP4, juntamente com a VP7, compõem a camada externa do RV, designando os genótipos P e G, respectivamente. Até o momento foram descritos 23 tipos G e 31 tipos P. O genótipo G9 emergiu em escala global e é possivelmente associado a manifestação clínica mais grave, estando geralmente acompanhado do genótipo P[8]. O genótipo G9 possui 6 linhagens distintas e o P[8] 4 linhagens. Este estudo objetivou caracterizar os genes VP7 e VP4 de RV do genótipo G9, circulantes na região metropolitana de Belém, Pará, no período de 1999 a 2007. O dsRNA viral de 38 amostras selecionadas foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida para determinação dos eletroferotipos, seguido da reação de seqüenciamento. Na presente investigação, foi possível a análise de 32 amostras selecionadas, sendo todas genótipo G9P[8] associadas ao eletroferotipo longo. A análise filogenética do gene VP7 demonstrou que as amostras G9 agruparam na linhagem 3 com elevados índices de similaridade, apresentando 8 substituições nucleotídicas. Contudo, apenas três modificações aminoacídicas foram observadas nas posições 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), sendo estes resíduos 43 e 73 exclusivos das amostras do ano de 2007. A análise do gene VP4 demonstrou que as amostras P[8] agruparam na linhagem 3, identificando-se 15 substituições nucleotídicas, as quais ocasionaram quatro modificações aminoacídicas nos resíduos 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). As modificações nos resíduos 172 e 275 são exclusivos das amostras dos anos de 1999 a 2002. As amostras do presente estudo apresentaram elevada similaridade ao longo do tempo estudado. As amostras de 2007 foram as mais divergentes, tanto para o gene VP4 quanto para o gene VP7. É importante se proceder ao contínuo monitoramento do genótipo G9 na região metropolitana de Belém, a fim de detectar possíveis variantes emergentes que possam representar um desafio as estratégias de imunização atuais. / Rotavírus (RV) is the principal viral agent associated with gastroenterites, being responsible for 39% of the diarrhea cases that need hospitalization and with 520.000 deaths among children under five years. It belongs the to Reoviridae family, genus Rotavirus, the genome consists of 11 segments of double-stranded RNA that encoding 12 proteins, six structural (VPs) and six non-structural (NSPs). The VP4 protein, together VP7 protein, compose the outer layer of the RV, defining genotypes P and G, respectively. Until now, at least 23 different G genotypes and 31 P genotypes have been established. The G9 genotype emerged in world scale, and is possibly associated with severe clinical manifestation, being generally associated with P[8] genotype. The G9 genotype has 6 distinct lineages and P[8] 4 lineages. The aimed of this study was the characterization of VP4 and VP7 genes of the RV G9 genotype, that circulated in the metropolitan region of Belém, in the period of 1999 to 2007. The viral dsRNA of 38 selected samples were extracted from fecal suspensions and submitted to electrophorese in gel of poliacrylamide to determine the electropherotypes, followed sequencing reaction. In the present investigation, was possible analyzed 32 selected samples, all of them G9P[8] genotype, with long electropherotype. Phylogenetic analysis of VP7 gene showed that all G9 strains belong to lineage 3 with high similarity indexes, with 8 nucleotide changes. However, only three amino acids changes were observed in the positions 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), being the substitutions at positions 43 and 73 exclusive of the samples isolated in 2007 year. Phylogenetic analysis of VP4 gene revealed that all strains P[8] belong to lineage 3, with 15 nucleotide changes, that showed four amino acids substitutions at positions 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). The amino acids substitutions at positions 172 and 275 were exclusive of the strains isolated from 1999 to 2002. The samples of the present study showed high homology throughout the studied period. The strains isolated in 2007 were the most divergence either to VP4 as to VP7 gene. It is important the continuous surveillance of G9 genotype in the metropolitan region of Belém, to detected possible new genetic variants that can represent a challenge to the current strategies of immunization.